CN113528643A - 抑郁症相关的生物标志物及其诊断产品和应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了抑郁症相关的生物标志物及其诊断产品和应用,所述生物标志物包括MS4A7、RPL24、STAU1,可将所述生物标志物应用于抑郁症的早期诊断,具有准确性高、敏感性高、特异性强等优点,且以临床上最易采集的外周血为检测样本,检测方便,本发明为抑郁症的诊断和检测提供了新的客观分子指标,有助于解决目前抑郁症的诊断过于依赖临床医师的主观判断的问题,在本领域具有很好的应用前景。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,具体而言,本发明涉及抑郁症相关的生物标志物及其诊断产品和应用。
背景技术
抑郁症(Major depressive disorder,MDD)是一种常见的情感障碍性疾病,它以持续的情绪低落为特征,主要有三大表现:情绪抑郁、思维不集中和精神运动性迟缓(HASHIMOTO K.Metabolomics of major depressive disorder and bipolar disorder:overview and future perspective[J].Adv Clin Chem,2018,84:81),其主要症状包括自我评价低、情绪低落、快感缺失,同时伴有认知、睡眠及饮食障碍。抑郁症是最常见的精神障碍之一,影响到全球约20%的人群,具有发病率、复发率、致残率较高,而识别率、就诊率、治疗率较低等特点,不仅严重损害患者自身的身心健康,还对其家庭造成极大的负担,是严重的社会问题之一。几十年来,抑郁症的发病率一直呈稳步上升趋势,根据残疾调整的生活年数(Disability-adjusted life years,DALY),重度抑郁障碍在1990年被列为世界第四大疾病(HALARIS A.Inflammation,heart disease,and depression[J].Curr PsychiatrRep,2013,15(10):400),根据世界卫生组织(WHO)统计2005至2015年抑郁症的增长率为18.4%(World Health Organization.Depression and Other Common MentalDisorders:Global Health Estimates[S].2017),到2020年仅次于心血管疾病居第二位。
抑郁症发病机制复杂,涉及多系统、多环节的功能失调,可表现为多种生化物质的动态平衡异常,截止到目前为止,抑郁症的病因尚不完全清楚,并且现如今临床医师还是以临床表现及量表作为主要的诊断依据,进行主观判断来诊断抑郁症,使得误诊或漏诊的现象频发(杨钦焱,周敏,罗春琼,等.抑郁症的诊断研究进展[J].国际精神病学杂志,2014,41(2):100-102),特别是在抑郁症早期,由于抑郁症所表现的症状多种多样,诊断相当困难,患者常常会经历误诊或者漏诊的情况而无法得到有效的治疗,目前尚缺乏实验诊断等客观的诊断指标或标准,因此,找到一种可靠客观的诊断方法至关重要。生物标志物是一种能客观测量并评价正常生物过程、病理过程或对药物干预反应的指示物(范月蕾,陈大明,于建荣.生物标志物研究进展与应用趋势[J].生命的化学,2013,34(3):344-351.),筛选抑郁症相关的生物标志物将有助于揭示其潜在的病理生理机制,从而提供可靠客观的诊断方法,用于抑郁症的早期诊断,进而在抑郁症的早期进行及时有效的干预治疗。
发明内容
鉴于此,针对当前该领域现有诊断方法存在的上述不足,本发明的目的在于提供能用于抑郁症早期诊断的生物标志物及其诊断产品和应用。
本发明的上述目的通过以下技术方案得以实现:
本发明的第一方面提供了检测样本中生物标志物的试剂在制备用于早期诊断抑郁症的产品中的应用。
进一步,所述生物标志物包括MS4A7、RPL24、STAU1中的任意两种或三种;
优选地,所述生物标志物为MS4A7、RPL24;
优选地,所述生物标志物为MS4A7、STAU1;
优选地,所述生物标志物为RPL24、STAU1;
更优选地,所述生物标志物为MS4A7、RPL24、STAU1。
本发明中所述的生物标志物包括基因MS4A7、RPL24、STAU1,基因MS4A7、RPL24、STAU1的信息分别如下:
基因MS4A7:membrane spanning 4-domains A7,位于11号染色体长臂1区2带2次亚带上,以Gene ID:58475可在NCBI中找到典型的智人mRNA和蛋白序列;
基因RPL24:ribosomal protein L24,位于3号染色体长臂1区2带3次亚带上,以Gene ID:6152可在NCBI中找到典型的智人mRNA和蛋白序列;
基因STAU1:staufen double-stranded RNAbinding protein 1,位于20号染色体长臂1区3带1亚带3次亚带上,以Gene ID:6780可在NCBI中找到典型的智人mRNA和蛋白序列。
进一步,所述产品包括检测样本中生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1表达水平的试剂。
进一步,所述试剂包括检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂、检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂。
进一步,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂包括特异性识别所述生物标志物的探针、特异性扩增所述生物标志物的引物。
进一步,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂包括特异性结合所述生物标志物编码的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、高亲和性多聚体、肽、肽模拟物、核酸适配体。
进一步,所述样本选自血液、组织;
优选地,所述样本为血液。
本发明中所述的探针可以通过化学合成来制备,通过使用本领域技术人员熟知的方法参考已知信息来恰当设计,并通过化学合成来制备,或者可以通过从生物材料制备含有期望核酸序列的基因,并使用设计用于扩增期望核酸序列的引物扩增它来制备。
本发明中所述的引物可以通过化学合成来制备,通过使用本领域技术人员熟知的方法参考已知信息来适当地设计,并通过化学合成来制备。
本发明的第二方面提供了一种早期诊断抑郁症的产品。
进一步,所述产品包括检测样本中生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1表达水平的试剂;
优选地,所述试剂包括检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂、检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂;
更优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂包括特异性识别所述生物标志物的探针、特异性扩增所述生物标志物的引物;
更优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂包括特异性结合所述生物标志物编码的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、高亲和性多聚体、肽、肽模拟物、核酸适配体;
优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的方法包括采用聚合酶链反应、逆转录聚合酶链反应、竞争性聚合酶链反应、实时荧光定量逆转录多聚酶链反应、核酸酶保护分析、原位杂交法、核酸微阵列、RNA印迹、DNA芯片进行检测;
优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的方法包括采用酶联免疫吸附试验、免疫印迹、免疫电泳、组织免疫染色、免疫沉淀分析法、放射免疫分析、放射免疫扩散法、补体固定分析法、荧光激活细胞分选、质量分析、蛋白质微阵列的方法进行检测。
进一步,所述样本选自血液、组织;
优选地,所述样本为血液。
进一步,所述产品包括试剂盒、芯片、试纸、高通量测序平台;
优选地,所述试剂盒包括qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、电化学发光检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒。
进一步,所述试剂盒还包括评估受试者是否患有抑郁症和/或抑郁症的患病风险的说明书。
进一步,所述受试者是指任何动物,包括人类和非人类动物,其中,非人类动物包括所有的脊椎动物,如哺乳动物和非哺乳动物,所述的哺乳动物包括非人灵长类动物、小鼠、大鼠、豚鼠、山羊、绵羊、狗、兔、猪、猫、牛,所述非哺乳动物包括鸡、两栖类、爬行动物;
优选地,所述受试者为人。
进一步,所述试剂盒还包括容器、阳性对照物、阴性对照物、缓冲剂、助剂、溶剂,以及附有试剂盒的使用说明书,其中记载了如何采用试剂盒进行检测,和如何利用检测结果对结果进行判断。
进一步,所述高通量测序平台是一种特殊的工具,随着高通量测序技术的发展,对一个人的基因表达谱的构建将成为十分便捷的工作。通过对比疾病患者和正常人群的基因表达谱,容易分析出哪个基因的异常与疾病相关。因此,在高通量测序中获知生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的异常与抑郁症相关也属于使用了本发明中所述的生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的新用途,同样包含在本发明的保护范围之内。
本发明的第三方面提供了一种早期抑郁症的诊断系统。
进一步,所述诊断系统包括:
(1)检测单元:所述检测单元用于检测本发明第一方面中所述生物标志物的表达水平;
(2)结果判断单元:所述结果判断单元用于根据检测单元所检测得到的表达水平的结果,输出是否患有抑郁症和/或抑郁症的患病风险的结果;
优选地,所述检测单元包括qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、电化学发光检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒、qPCR仪、ELISA检测装置、免疫印迹检测装置、免疫组化检测装置、免疫层析检测装置、电化学发光检测装置、流式细胞分析仪;
优选地,所述结果判断单元包括输入单元、分析单元和输出单元;
更优选地,所述输入单元用于输入所述生物标志物的表达水平;
更优选地,所述分析单元用于根据所述生物标志物的表达水平,分析出是否患有抑郁症和/或抑郁症的患病风险;
更优选地,所述输出单元用于输出分析单元的分析结果。
本发明的第四方面提供了如下任一方面的应用:
(1)生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1在构建预测早期抑郁症的计算模型中的应用;
(2)生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1在构建早期抑郁症的诊断系统中的应用。
以下将对本发明进一步详细说明,应理解,所述用语旨在描述目的,而非限制本发明。
本发明中使用的术语“诊断”,是指分子或病理学状态、疾病或病症的鉴定或分类,例如,“诊断”可以是指,通过所累及的组织/器官,或通过分子特征(例如,表征为特定基因或该基因所编码的蛋白质之一或其组合的表达),鉴定是否患有抑郁症或患抑郁症的风险;
本发明中使用的术语“表达水平”,是指生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的表达水平,对所述生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的表达水平的检测可以采用本领域技术人员已知的检测方法进行检测,包括(但不限于):检测所述生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的RNA转录物的量或所述生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1编码的蛋白的量的方法;其中,RNA转录物可以通过例如杂交、扩增、测序的方法来检测和量化,包括(但不限于)将RNA转录物与探针或者引物杂交的方法,通过基于聚合酶链式反应(PCR)的各种定量PCR技术或测序技术检测RNA转录物或其对应20cDNA产物的量的方法;所述定量PCR技术包括(但不限于)荧光定量PCR、实时PCR或半定量PCR技术;所述测序技术包括(但不限于)Sanger测序、二代测序、三代测序和单细胞测序等;优选地,所述测序技术为二代测序,更优选地为靶向RNA-seq技术。
本发明中使用的术语“计算模型”,是指将生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的表达水平与抑郁症的患病风险或可能性关联起来的数学模型,可以采用任何适宜的现有技术中所述的数学方法将生物标志物组合与疾病关联起来,用于将生物标志物组合与疾病关联起来的对数函数优选采用通过应用统计方法开发和获得的算法,例如,适宜的统计方法是判别分析(DA)(即线性、二次、规则DA)、Kernel方法(即SVM)、非参数方法(即k-最近邻居分类器)、PLS(部分最小二乘)、基于树的方法(即逻辑回归、CART、随机森林方法、助推/装袋方法)、广义线性模型(即对数回归)、基于主分量的方法(即SIMCA)、广义叠加模型、基于模糊逻辑的方法、基于神经网络和遗传算法的方法。熟练的技术人员在选择适宜的统计方法来评估本发明的生物标志物组合并由此获得适宜的数学算法方面不会有问题。在实施方案中,用于获得评估抑郁症中使用的数学算法的统计方法选自DA(即线性、二次、规则判别分析)、Kernel方法(即SVM)、非参数方法(即k-最近邻居分类器)、PLS(部分最小二乘)、基于树的方法(即逻辑回归、CART、随机森林方法、助推方法)、或广义线性模型(即对数回归)。
本发明的优点和有益效果:
本发明提供了一组能用于抑郁症早期诊断的生物标志物组合MS4A7+RPL24、MS4A7+STAU1、RPL24+STAU1、MS4A7+RPL24+STAU1,通过检测生物标志物组合MS4A7+RPL24、MS4A7+STAU1、RPL24+STAU1、MS4A7+RPL24+STAU1的表达水平,可以实现抑郁症的早期诊断,检测的准确性、敏感性和特异性均较高,为抑郁症的诊断提供了一种客观可靠的检测指标,有利于打破当前抑郁症临床诊断过于依赖量表和临床医师的主观判断的局限性,在本领域具有很好的应用前景。
附图说明
以下,结合附图来详细说明本发明的实施方案,其中:
图1显示MS4A7基因在抑郁症组和健康对照组之间差异表达的箱线图;
图2显示RPL24基因在抑郁症组和健康对照组之间差异表达的箱线图;
图3显示STAU1基因在抑郁症组和健康对照组之间差异表达的箱线图;
图4显示MS4A7基因诊断抑郁症的ROC曲线图;
图5显示RPL24基因诊断抑郁症的ROC曲线图;
图6显示STAU1基因诊断抑郁症的ROC曲线图;
图7显示MS4A7+RPL24基因诊断抑郁症的ROC曲线图;
图8显示MS4A7+STAU1基因诊断抑郁症的ROC曲线图;
图9显示RPL24+STAU1基因诊断抑郁症的ROC曲线图;
图10显示MS4A7+RPL24+STAU1基因诊断抑郁症的ROC曲线图。
具体实施方式
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明,仅用于解释本发明,而不能理解为对本发明的限制。本领域的普通技术人员可以理解为:在不脱离本发明的原理和宗旨的情况下可以对这些实施例进行多种变化、修改、替换和变型,本发明的范围由权利要求及其等同物限定。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件或按照厂商所建议的条件实施检测。
实施例1筛选抑郁症中差异表达的基因
1、数据来源
数据来自于基因表达综合数据库(GEO数据库),在GEO数据库中搜索公共基因表达数据和完整的临床注释,根据临床信息,选择血液临床样本;
从GEO数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)中下载抑郁症(MDD)数据集GSE19738,GSE19738中包含的样本量为抑郁症患者:健康对照者=33:34,其中所述样本分别为抑郁症患者和健康对照者的全血样本。
2、数据预处理
对上述从GEO数据库中下载的数据集的原始数据进行了标准化处理,对标准化后的基因表达矩阵通过Platform注释文件进行注释,多个探针对应同一个基因的,取平均值作为该基因的表达量,然后获得基因表达矩阵文件。
3、差异表达分析
使用R语言软件中的“edgeR”包对上述数据集中的数据进行差异表达分析,差异表达基因的筛选标准为:P.Value<0.05。
4、实验结果
分析的结果显示,基因MS4A7、RPL24、STAU1在GEO数据库中呈现差异表达,且差异具有统计学意义(P<0.05),其表达情况分别见表1和图1-3,其中,相比于健康对照者,基因MS4A7和RPL24在抑郁症患者的血液中表达下调,基因STAU1在抑郁症患者的血液中表达上调。
表1基因MS4A7、RPL24、STAU1的表达情况
基因 | AveExpr | t | P.Value |
MS4A7 | 9.45485 | -3.02520 | 0.00353 |
RPL24 | 10.88810 | -2.07819 | 0.04156 |
STAU1 | 8.72920 | 2.94099 | 0.00449 |
实施例2诊断效能验证
1、实验方法
对实施例1中筛选出的差异表达基因MS4A7、RPL24、STAU1,使用R包“pROC”(版本1.15.0)绘制受试者工作特征曲线(ROC曲线),分析差异表达基因作为检测变量的敏感性、特异性、AUC值,以判断所述指标单独或者联合时的诊断效能;
在判断单独指标的诊断效能时,直接使用基因的表达量进行分析,选择Youden指数最大的一点对应的水平作为其cutoff值,AUC在0.5<AUC<0.8的基因被用于联合分析;
在判断指标联合的诊断效能时,首先使用glmnet对各基因的表达水平进行Logistics回归,建立Logistic回归模型,通过拟合出的回归曲线计算出每个个体患病与否的概率(预测概率),确定不同的概率划分阈值,根据确定的概率划分阈值,计算得出联合诊断方案的灵敏度、特异性以及准确性等。
2、实验结果
结果见表2和图4-10,结果显示基因联合MS4A7+RPL24、MS4A7+STAU1、RPL24+STAU1、MS4A7+RPL24+STAU1对于抑郁症的诊断效果优于单个基因,在抑郁症的诊断中具有较高的准确性,尤其是三者联合,具有较高的准确性、敏感性和特异性,表明了MS4A7、RPL24、STAU1基因联合能够应用于抑郁症的诊断中。
表2基因的诊断效能分析
基因 | AUC | 敏感性 | 特异性 |
MS4A7 | 0.716 | 0.545 | 0.853 |
RPL24 | 0.648 | 0.758 | 0.647 |
STAU1 | 0.693 | 0.939 | 0.382 |
MS4A7+RPL24 | 0.786 | 0.788 | 0.706 |
MS4A7+STAU1 | 0.805 | 0.788 | 0.706 |
RPL24+STAU1 | 0.725 | 0.758 | 0.647 |
MS4A7+RPL24+STAU1 | 0.866 | 0.970 | 0.676 |
上述实施例的说明只是用于理解本发明的方法及其核心思想。应当指出,对于本领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以对本发明进行若干改进和修饰,这些改进和修饰也将落入本发明权利要求的保护范围内。
Claims (10)
1.检测样本中生物标志物的试剂在制备用于早期诊断抑郁症的产品中的应用,其特征在于,所述生物标志物包括MS4A7、RPL24、STAU1中的任意两种或三种;
优选地,所述生物标志物为MS4A7、RPL24;
优选地,所述生物标志物为MS4A7、STAU1;
优选地,所述生物标志物为RPL24、STAU1;
更优选地,所述生物标志物为MS4A7、RPL24、STAU1。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述产品包括检测样本中生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1表达水平的试剂。
3.根据权利要求2所述的应用,其特征在于,所述试剂包括检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂、检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂包括特异性识别所述生物标志物的探针、特异性扩增所述生物标志物的引物。
5.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂包括特异性结合所述生物标志物编码的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、高亲和性多聚体、肽、肽模拟物、核酸适配体。
6.根据权利要求1-5任一项所述的应用,其特征在于,所述样本选自血液、组织;
优选地,所述样本为血液。
7.一种早期诊断抑郁症的产品,其特征在于,所述产品包括检测样本中生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1表达水平的试剂;
优选地,所述试剂包括检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂、检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂;
更优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的试剂包括特异性识别所述生物标志物的探针、特异性扩增所述生物标志物的引物;
更优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的试剂包括特异性结合所述生物标志物编码的蛋白质全长或其片段的抗体、抗体片段、高亲和性多聚体、肽、肽模拟物、核酸适配体;
优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的mRNA表达水平的方法包括采用聚合酶链反应、逆转录聚合酶链反应、竞争性聚合酶链反应、实时荧光定量逆转录多聚酶链反应、核酸酶保护分析、原位杂交法、核酸微阵列、RNA印迹、DNA芯片进行检测;
优选地,所述检测生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1的蛋白表达水平的方法包括采用酶联免疫吸附试验、免疫印迹、免疫电泳、组织免疫染色、免疫沉淀分析法、放射免疫分析、放射免疫扩散法、补体固定分析法、荧光激活细胞分选、质量分析、蛋白质微阵列的方法进行检测。
8.根据权利要求7所述的产品,其特征在于,所述产品包括试剂盒、芯片、试纸、高通量测序平台;
优选地,所述试剂盒包括qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、电化学发光检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒。
9.一种早期抑郁症的诊断系统,其特征在于,所述诊断系统包括:
(1)检测单元:所述检测单元用于检测权利要求1中所述生物标志物的表达水平;
(2)结果判断单元:所述结果判断单元用于根据检测单元所检测得到的表达水平的结果,输出是否患有抑郁症和/或抑郁症的患病风险的结果;
优选地,所述检测单元包括qPCR试剂盒、ELISA试剂盒、免疫印迹检测试剂盒、免疫组化检测试剂盒、免疫层析检测试剂盒、电化学发光检测试剂盒、流式细胞分析试剂盒、qPCR仪、ELISA检测装置、免疫印迹检测装置、免疫组化检测装置、免疫层析检测装置、电化学发光检测装置、流式细胞分析仪;
优选地,所述结果判断单元包括输入单元、分析单元和输出单元;
更优选地,所述输入单元用于输入所述生物标志物的表达水平;
更优选地,所述分析单元用于根据所述生物标志物的表达水平,分析出是否患有抑郁症和/或抑郁症的患病风险;
更优选地,所述输出单元用于输出分析单元的分析结果。
10.如下任一方面的应用,其特征在于,所述应用包括:
(1)生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1在构建预测早期抑郁症的计算模型中的应用;
(2)生物标志物MS4A7、RPL24、STAU1在构建早期抑郁症的诊断系统中的应用。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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CN202110824150.4A CN113528643A (zh) | 2021-07-21 | 2021-07-21 | 抑郁症相关的生物标志物及其诊断产品和应用 |
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CN114410773A (zh) * | 2022-01-27 | 2022-04-29 | 宁波大学 | 用于预测或诊断抑郁症复发的标志物组合及其应用 |
CN114438191A (zh) * | 2022-01-27 | 2022-05-06 | 宁波大学 | 缺氧诱导因子1α作为标志物在抑郁症复发诊断中的应用 |
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CN111910000A (zh) * | 2020-07-02 | 2020-11-10 | 中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所) | 一种预测鼻咽癌预后的肿瘤微环境成分标志物组合及系统 |
-
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Patent Citations (1)
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