JP2021514609A - ウイルス混入物質を同定するためのシステムおよび方法 - Google Patents
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Abstract
Description
I.定義
本明細書中に別段の指示がない限り、または文脈に矛盾することが明らかでない限り、請求されている本発明について記載する文脈において、とりわけ、特許請求の範囲との関連において、「a」、「an」、「the」、および同様な指示対象の使用は、単数形および複数形の両方を対象とするものと解釈すべきである。
細胞培養物中に存在するウイルスを同定してシーケンシングするための代表的方法には、培養中の細胞を溶解して細胞デブリを取り除く工程と、試料を濃縮してウイルス核酸を富化する工程と、富化された試料中に存在する細胞から放出された核酸を酵素的に消化する工程と、消化された試料からウイルス核酸を抽出する工程と、ウイルス核酸をシーケンシングしてウイルスを同定する工程と、が含まれる。
細胞培養試料を、培養の対象とされる細胞が破壊または溶解するように、処理する。細胞は、典型的に、チャイニーズハムスター卵巣細胞のような真核細胞である。細胞培養に使用できる他の細胞および細胞株の例を、以下に示す。
細胞を溶解することにより、細胞デブリが生ずる。細胞デブリは、従来技術、例えば、遠心分離、サイズ濾過、またはそれらの組み合わせを使用して取り除くことができる。
一実施形態では、低速の遠心分離を使用して、細胞デブリを取り除く。通例は、試料を1,600xgで5分間遠心させることにより清澄化し、次いで、上清を取り出す。
一実施形態では、試料を濾過することによって、細胞デブリを取り除く。例えば、細孔直径が0.2〜0.45μmのフィルターを使用して、試料を濾過する場合もある。好適なフィルターは市販されている。或る特定の実施形態では、まず試料を遠心分離してから、上清を濾過して、核のような細胞小器官を非限定的に含む追加的な細胞デブリを取り除く。別の実施形態では、0.8μmフィルターを使用して、試料を濾過する。
例えば、Amicon(登録商標)100kDaコンセントレーターを使用し、製造元の指示に従い、濾液を濃縮する。濾液を濃縮しウイルス核酸の総回収量を増加させる方法としては、ほかにも、凍結乾燥が挙げられる。ただし、これに限定されるものではない。一実施形態では、試料を透析濾過により濃縮する。
次いで、濃縮された試料をヌクレアーゼで処理することにより、細胞培養物中の細胞由来の核酸が消化される。この段階では、ウイルスキャプシドの保護特性により、感染ウイルスがヌクレアーゼ処理の影響を受けずに済む。
ウイルス核酸を、ヌクレアーゼカクテルで消化した後、試料から抽出する。一実施形態では、0.5M EDTAをチューブに加え、その後、抽出を行い、最終濃度3mMのEDTAを得る。ウイルス核酸の抽出には、サーモフィッシャー社(ThermoFisher)製のPureLink(商標)Viral RNA/DNA Mini Kitが使用される場合もある。
1.310μLのRNアーゼ不含水(キットに付属)を、キットに付属のチューブ中に用意された310μgの凍結乾燥キャリアRNAに加え、1μg/μLのキャリアRNAストック溶液を得た。
2.溶液を完全に混合し、少量に分注する。アリコートを−20℃で保管する。
凍結および解凍の繰り返しを回避すること。
3.所望される数の試料を同時的に処理するための、溶解バッファー/キャリアRNAミックスの所要量を、次式を使用して計算する。
N×0.21mL(Lysisバッファー/反応の用量)=AmL
AmL×28μL/mL=BμL
式中:
N=試料の数
A=溶解バッファー(L22)の計算量
B=溶解バッファー(L22)に添加される、1μg/μLキャリアRNAストック溶液の計算量
4.必要量の1μg/μLキャリアRNAストック溶液を解凍する。
5.滅菌チューブで、キャリアRNAストック溶液(B、上記のように計算)の用量を、溶解バッファー(A、上記のように計算)の用量に加える。上下にピペッティングして穏やかに混合する。気泡が発生するので、ボルテックスは回避すること。
6.使用まで4℃にて保管すること。1時間以内にバッファーを使用すること。
後述の溶解物調製プロトコールは、200μLの出発物質を対象としている。200μL超(500μL以下)の試料用量を処理する場合は、それに応じて試薬量を増加させる。
2.無細胞試料200μlを、マイクロ遠心チューブに加える。
注記:200μL未満の試料を処理する場合は、PBS(リン酸緩衝生理食塩水)または0.9%NaClを使用して、試料の最終用量を200μLになるように調整する。
3.溶解バッファー200μL(キャリアRNA含有量:5.6μg)を加える。チューブの蓋を閉じ、15秒間ボルテックスして混合する。
4.56℃で15分間インキュベートする。
5.96〜100%エタノール250μLをチューブに加え、蓋を閉めてから、15秒間ボルテックスして混合する。
6.溶解液を室温で5分間インキュベートする。
1.上記の溶解液を回収チューブのウイルススピンカラムに加える。
2.カラムを6800xgで1分間遠心させる。回収チューブをデカンテーションする。スピンカラムを新しい洗浄チューブに入れる。
3.500μLの洗浄バッファー(WII)およびエタノールでカラムを洗浄する。6800xgで1分間遠心させる。通過画分を廃棄する。
4.500μLの洗浄バッファー(WII)を用いて、洗浄工程3を1回繰り返す。
5.回収チューブを廃棄し、スピンカラムを別の清浄な洗浄チューブに入れる。
6.スピンカラムを最高速度で1分間遠心し、残留洗浄バッファー(WII)を除去する。
7.スピンカラムを清潔な1.7mL回収チューブに入れる。
8.キットに付属の10〜50μLの滅菌RNアーゼ不含水(E3)で溶出させる(カートリッジ中心部に水を加える)。
9.室温で1分間インキュベートする。スピンカラムを最高速度で1分間遠心分離させて、核酸を溶出させる。回収チューブには、精製されたウイルス核酸が含まれている。スピンカラムを廃棄する。
10.精製されたウイルスRNA/DNAを−80℃で保管するか、または所望される下流アプリケーション用にRNA/DNAを使用する。
いったんウイルス核酸が抽出されたら、シーケンシング用ライブラリーの調製を開始できる。ここで重要なのは、シーケンシングの前にはウイルス核酸が増幅に供されないという点である。一実施形態では、SQK−LSK308(1D2)またはSQK−RAD004(Rapid)ONTライブラリー調製キットを使用して、製造元の指示に従い、ライブラリー調製を行った。SQK−RAD004は、15分間で迅速にライブラリーを調製するキットである。それに対し、SQK−LSK308は、ライブラリー調製時間が長く(約3時間)、かつ堅牢性に優れる。
目的タンパク質の発現または分泌は、本明細書中に開示されている細胞培養物中の細胞によって為されるのが、通例である。原核細胞または真核細胞における発現に適した任意の目的タンパク質を、提供された工学的宿主細胞系において使用できる。例えば、目的タンパク質としては、限定されるものではないが、抗体もしくはその抗原結合フラグメント、キメラ抗体もしくはその抗原結合フラグメント、ScFvもしくはそのフラグメント、Fc融合タンパク質もしくはそのフラグメント、成長因子もしくはそのフラグメント、サイトカインもしくはそのフラグメント、または細胞表面受容体もしくはそのフラグメントの細胞外ドメインが挙げられる。目的タンパク質は、単一のサブユニットからなる単純なポリペプチドである場合もあれば、あるいは2つ以上のサブユニットを含む複雑なマルチサブユニットタンパク質である場合もある。タンパク質で、関心の対象とされるのは、生物医薬品、食品添加物または保存料、あるいは精製および品質基準の対象となる任意のタンパク質産物であり得る。
本明細書に記載の細胞培養は、回分培養を指す「流加回分細胞培養」または「流加回分培養」であり得る。本回分培養では、まず細胞および培地を培養容器に供給する。中間の追加的な培養栄養素は、培養中に離散的増分にて培養物にゆっくり供給される。この栄養素供給は、培養終了前に、細胞および/または産物を定期的に採取することの有無に関係なく為される。流加回分培養には、培養物全体(細胞および培地を含み得る)を定期的に取り除いて新鮮な培地と交換する、「半連続流加回分培養」が包含される。流加回分培養は、単純な「回分培養」とは区別される。この回分培養において、細胞培養用の全てのコンポーネント(動物細胞および全ての培養栄養素を含む)が、回分培養の培養プロセスの開始時に培養容器に供給される。流加回分培養は、標準的な流加プロセス中に培養容器から上清が除去されない限り、「灌流培養」とは異なり得る。この灌流培養では、細胞は、例えば濾過によって培養物中に拘束され、培養培地が連続的または断続的に導入されて培養容器から除去される。対照的に、流加細胞培養中には、試験目的で試料を取り出すことが想到される。流加プロセスは、ワーキングボリューム(working volume)および/またはタンパク質産生が最大限に到達したことが判別され、かつ以後にタンパク質が回収されるまで継続される。
材料および方法:
マウスアデノウイルス1型(MAV1)(約30,000bpのdsDNAウイルス)を、CHO−K1指標細胞上で、7日間増殖させた。細胞フラスコを、VERA最適化研究に使用するため、事前に一晩凍結してから、解凍した。SQK−LSK308(1D2)またはSQK−RAD004(Rapid)ONTライブラリー調製キットのいずれかを使用して、製造元の指示に従い、ライブラリーを調製した。SQK−RAD004は、15分間で迅速にライブラリーを調製するキットである。それに対し、SQK−LSK308は、ライブラリー調製時間が長く(約3時間)、かつ堅牢性に優れる。ONTのWIMPソフトウェアを使用して、データを分析する。このソフトウェアは、RefSeqからのウイルス、細菌、および真菌データベースに対しリードをアラインするプラットフォームであり、定期的に更新される。対応する「真核生物」または「細菌」のアラインメントは、偽陽性を表す。その原因として最も考えられるのは、CHO(宿主)リードが真菌(真核生物)データベースに対し部分的にアライメントされたことである。
初期作業では、ランダムPCR技術の組み込みに焦点を当て、ストックウイルス力価から残りの少量のウイルス核酸を増幅した。この結果、大量の全リードがシーケンシングに利用可能となったが、一方、残留した宿主核酸も増幅されてしまい、シーケンシング後のデータ分析が複雑にもなった。増幅なしでは、大量のネイティブウイルスリードをシーケンシングするのが困難となった。VERAとランダムプライミングとの併用により、ウイルスリードのアライメントが増強するが、その効率性は、標的指向させたPCRプライマーを使用した場合に比べて劣っていた(図2)。
0.22μmフィルターを使用して、宿主の細胞デブリ(すなわち、核)を、より適切に捕捉した。この初期VERA手技により、2つの試料(試験#1Aおよび試験#1B)を調製した。試験#1Aでは、ヌクレアーゼ処理を施さなかったVERA(図1の工程D)からの残りの保持液をシーケンシングしようと試みた。試験#1Bでは、ヌクレアーゼカクテル処理後に、試料をシーケンシングした。OmniCleaveとRiboShredderとの併用により、ヌクレアーゼ処理で宿主の核酸が消化された後に、ウイルスのシーケンシング済みリードの増分が漸増したかどうかを試験する(図1の工程E)。いずれの調製物によっても、ウイルスの同定が生起されなかった。同定されなかった微小な残留リードを奪回(rescue)するため、図2のランダムPCR手法を用いた。これにより、MAV1リードが正確に同定された。一方、MAV1のシーケンシングメトリクスは、2つの調製物間で変化がなく、合計ウイルスリードは、合計アライン済みリードの2%にすぎなかった(図3Aおよび図3B)。
別の実験では、0.45μmフィルターを保持し、試料を(i)ベンゾナーゼ(登録商標)、(ii)OmniCleave(商標)、および(iii)RiboShredder(商標)のヌクレアーゼカクテルで処理した。上記工程4.5のバッファー交換保持液50μLに、OmniCleave 100μL、ベンゾナーゼ100μL、RiboShredder 100μL、および10XのDNアーゼバッファー35μLを加えた。試料をサーモミキサーで37℃、500RPMで2時間インキュベートした。ヌクレアーゼ:保持液は、2:1とすることが、好適とされる。この配合のカクテルは、CHO gDNA、mRNA、および大部分のrRNAを除去するうえで、十分であった(図4)。この配合でヌクレアーゼ処理を使用してVERAプロトコールの二連の調製物をシーケンシングした結果、合計ウイルスリードの収量が大幅に増加した。MAV1にマッピングされた全リードの増分は、87%および92%であった。このことから、宿主核酸の減少が達成されたことが、示唆される(図5Aおよび図5B)。
DNAウイルス(MVM、PI2、REO2、および/またはMAV−1)を、CHO−K1細胞にスパイクした。細胞を超遠心分離に供した後、ウイルスでスパイクされたCHO−K1細胞に対してフェノール/クロロホルム抽出を行った。細胞をVERAプロトコールに供した後、ウイルスが添加されたCHO−K1細胞に対してDNAの自動抽出を行った。自動抽出は、試薬の使用量およびインキュベーション時間を指示する精製プロトコールを用いて予備プログラムされたiPrep(商標)Purification Instrument用のiPrep(商標)PureLink(商標)ウイルスキットを使用して行った。表3から分かるように、自動抽出によって、ウイルス富化が低減した。一方、超遠心分離後も、宿主リードは高比率のままに維持された。
Claims (18)
- 試料中のウイルスを同定するための方法であって、
細胞培養物の試料中の真核細胞を溶解する工程と、
前記試料から細胞デブリを除去する工程と、
前記試料を濃縮して保持液を生成する工程と、
前記保持液をヌクレアーゼで処理して、真核生物の核酸を分解する工程と、
前記ヌクレアーゼ処理された保持液からウイルス核酸を抽出する工程と、
前記試料中の前記核酸を増幅することなしに、前記ウイルス核酸をシーケンシングして前記ウイルスを同定する工程と
を含む、方法。 - 前記真核細胞がチャイニーズハムスター卵巣細胞を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記真核細胞がタンパク質薬物産物を分泌する、請求項1または2に記載の方法。
- 前記タンパク質薬物産物が、抗体またはその抗原結合フラグメント、融合タンパク質、および組換えタンパク質からなる群から選択される、請求項3に記載の方法。
- 前記細胞培養物を処理して前記同定されたウイルスを除去する工程を更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記細胞が、凍結融解技術を使用して溶解される、請求項1〜5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記細胞デブリを除去する工程が、前記溶解された試料を遠心分離して上清を作製することと、前記上清を濾過して前記試料から細胞デブリを除去することとを含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ウイルスがRNAウイルスである、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ウイルスが、マウス微小ウイルス(MVM)、Kウイルス、マウス脳脊髄炎ウイルス、およびマウスアデノウイルス、MAV1、P12、EMC、乳酸脱水素酵素ウイルス(LDV)、ポリオーマウイルス、マウス肝炎ウイルス(MHV)、センダイウイルス、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス(LCM)、レオウイルス3型、キルハムラットウイルス、およびトゥーランH−1ウイルス(Toolan’s H−1 virus)からなる群から選択される、請求項1〜7のいずれか一項に記載の方法。
- 細胞培養試料中のウイルス核酸を検出するための方法であって、
前記細胞培養試料中の細胞を溶解して細胞デブリを生成する工程と、
前記細胞デブリを分離して上清を作製する工程と、
前記上清を濃縮して保持液を作製する工程と、
前記保持液中の真核生物核酸を酵素的に消化する工程と、
前記保持液からウイルス核酸を抽出する工程と、
前記抽出されたウイルス核酸を増幅せずに前記抽出されたウイルス核酸をシーケンシングする工程であって、前記シーケンシングにより得られたウイルスリードが、前記シーケンシングにより得られた細胞核酸リードを上回る、工程と
を含む、方法。 - 前記ウイルスリードが、前記シーケンシングにより得られた全リードの少なくとも51%である、請求項10に記載の方法。
- 前記ウイルスリードが、前記シーケンシングにより得られた全リードの50〜99%である、請求項10に記載の方法。
- 前記ウイルスリードが、前記シーケンシングにより得られた全リードの少なくとも80%である、請求項10に記載の方法。
- 前記ウイルスリードが、前記シーケンシングにより得られた全リードの少なくとも85%である、請求項10に記載の方法。
- 前記ウイルスリードが、前記シーケンシングにより得られた全リードの少なくとも90%である、請求項9に記載の方法。
- 前記ウイルスがRNAウイルスである、請求項9〜15のいずれか一項に記載の方法。
- 前記シーケンシングが、試料調製から8時間以内に完了する、請求項1〜16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記シーケンシングが、リアルタイムナノポアシーケンシングである、請求項1〜17のいずれか一項に記載の方法。
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