JP2021509278A - 核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本願の主題に関連すると考えられる2018年7月5日付公開の国際公開第WO2018/122856号、2018年7月5日付公開の国際公開第WO2018/122852号及び2018年7月4日付出願の国際特許出願第PCT/IL2018/050726号を本願において参照し、参照することによりその開示が本明細書に組み込まれる。
本発明は、一般的にローリングサークル増幅に関する。
本発明は、ローリングサークル増幅(RCA)の改良された方法を提供することを目的とする。
本発明は、以のびる下の図面と合わせて考慮することで、以下の詳細な説明からより完全に理解され認識されるであろう。
以下、ローリングサークル増幅(RCA)実行中の多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離された標的分子特異的ミクロゲル領域を規定する、本発明の好ましい実施態様に従って構築されて動作する電気泳動アレイアセンブリ100を簡略化して示す組立図と展開図である図1A及び図1Bと、脱水されて保存の作業用配置にある、多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域を示す、図1A及び図1Bの電気泳動アレイアセンブリを簡略化して示す組立図と展開図である図2A及び図2Bを参照する。電気泳動アレイアセンブリ100は、図7A〜図7Iを参照して後述する方法における使用に特に適していることが理解される。
溶液の体積:約100mm3
基板110と窓130の間の内部高さ:0.8mm〜2.0mm
図1A及び1Bの作業用配置における基板110上方の標的分子特異的ミクロゲルデポジット170の高さ:0.5mm〜1.25mm
図2A及び図2Bの作業用配置における基板110上方の標的分子特異的ミクロゲルデポジット190の高さ:0.1mm〜0.3mm
図1A及び図1Bの作業用配置における基板110上方の各標的分子特異的ミクロゲルデポジット170の表面積:.0016〜.009mm2
溶液に暴露された各標的分子特異的ミクロゲルデポジット170の溶液の体積に対する表面積の割合:溶液の1立方ミリメートル当たりのミクロゲルデポジットの暴露された表面積の0.000016〜0.00009mm2
電気泳動アレイ上の、少なくとも多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に溶液を導入するステップであって、ここで、多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の各々は、多重の予め選択された核酸標的分子のうち異なるものの結合とローリングサークル増幅の実行に適する物質を含むミクロゲルデポジットを含み、
不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の各々において、ローリングサークル増幅の様々な段階中にそこに電場を印加しつつ、少なくとも概して同時にローリングサークル増幅を実行するステップ、及び
多重の予め選択された核酸標的分子の少なくとも1つの存在を、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の対応するものの少なくとも1つにおいて検出するステップ、
ここで、検出は、上記導入の短時間の間に起こり、この短時間は、好ましくは30分未満であり、より好ましくは25分未満であり、さらにより好ましくは20分未満である。
米国特許第5,854,033号; Lizardiet al., Nature Genetics 19(3):225-232 (1998),
Michael G. Mohsen and Eric T. Kool, The Discovery of Rolling Circle Amplification and Rolling Circle Transcription、Acc Chem Res. 2016, 49(11): 2540-2550
Peiying Feng, et al., Identification and Typing of Isolates of Cyphellophora and Relatives by Use of Amplified Fragment Length Polymorphism and Rolling Circle Amplification, Journal of Clinical Microbiology, 2013 Volume 51 Number 3, p. 931-937.
Signal Amplification by Rolling Circle Amplification on DNA Microarrays, G. Nallur et al., Nucleic Acids Research, 2001, Vol. 29,. Vol. 29, No. 123, e118
M. Monsur Ali et al., Rolling Circle Amplification: a versatile tool for chemical biology, materials science and medicine, Chemical Society Review, Chem. Soc. Rev., 2014, 43, 3324-3341.
Ali MM, Li F, Zhang Z, Zhang K, Kang D, Ankrum JA, Le XC, Zhao W. Rolling Circle Amplification: a versatile tool for chemical biology, materials science and medicine. Chem Soc Rev. 2014; 43:3324.
Kool, ET. Rolling circle synthesis of oligonucleotides and Amplification of select randomized circular oligonucleotide s. US. 5714320. Feb 3. 1998.
Fire A, Xu S. Rolling replication of short DNA circles. Proc Natl Acad Sci U S A. 1995; 92:4641- 4645.
Nilsson M, MalmgrenH, Samiotaki M, Kwiatkowski M, Chowdhary BP, Landegren U. Padlock Probes: Circularizing Oligonucleotide s for Localized DNA Detection. Science. 1994; 265:2085- 2088.
実施例1
図7A〜図7Jの方法を採用してNeisseria meningitidisを表す合成DNA標的分子を使用する髄膜炎病原体の検出
100個の不動にされ乾燥された標的分子特異的ミクロゲルデポジット190を含む、電気泳動アレイアセンブリ700(図7A)と同様の、ベースの直径が0.45mmで高さが約0.2mm〜0.3mmの電気泳動アレイアセンブリが提供された。48個の不動にされ乾燥された標的分子特異的ミクロゲルデポジット190が、フォワードプライマー322に予めハイブリダイズされたRCA円形プローブ320と、各々が髄膜炎の検出に関係がある、異なる9病原体のDNA標的(とりわけ、Neisseria meningitidisのものを含む)に特異的なリバースプライマー324でスポットされた。このようにしてスポットされた48の不動にされ乾燥された標的分子特異的ミクロゲルデポジット190は、以下の通り標的分子特異的であった。
デポジット1−Neisseria meningitidis特異的
デポジット2−Neisseria meningitidis特異的
デポジット3−Neisseria meningitidis特異的
デポジット4−Escherichia coli特異的
デポジット5−Escherichia coli特異的
デポジット6−Escherichia coli特異的
デポジット7−Neisseria meningitidis特異的
デポジット8−Neisseria meningitidis特異的
デポジット9−Neisseria meningitidis特異的
デポジット10−Enterovirus特異的
デポジット11−Enterovirus特異的
デポジット12−Neisseria meningitidis特異的
デポジット13−Neisseria meningitidis特異的
デポジット14−Neisseria meningitidis特異的
デポジット15−B群Streptococcus
デポジット16−B群Streptococcus
デポジット17−B群Streptococcus
デポジット18−Neisseria meningitidis特異的
デポジット19−Neisseria meningitidis特異的
デポジット20−Neisseria meningitidis特異的
デポジット21−Haemophilus influenzae特異的
デポジット22−Haemophilus influenzae特異的
デポジット23−Haemophilus influenzae特異的
デポジット24−Neisseria meningitidis特異的
デポジット25−Neisseria meningitidis特異的
デポジット26−Neisseria meningitidis特異的
デポジット27−Human herpes virus特異的
デポジット28−Human herpes virus特異的
デポジット29−Human herpes virus特異的
デポジット30−Human herpes virus特異的
デポジット31−Neisseria meningitidis特異的
デポジット32−Neisseria meningitidis特異的
デポジット33−Neisseria meningitidis特異的
デポジット34−Human parechovirus特異的
デポジット35−Human parechovirus特異的
デポジット36−Human parechovirus特異的
デポジット37−Neisseria meningitidis特異的
デポジット38−Neisseria meningitidis特異的
デポジット39−Neisseria meningitidis特異的
デポジット40−Lysteria monocytogenes特異的
デポジット41−Lysteria monocytogenes特異的
デポジット42−Lysteria monocytogenes特異的
デポジット43−Neisseria meningitidis特異的
デポジット44−Neisseria meningitidis特異的
デポジット45−Neisseria meningitidis特異的
デポジット46−Varicella zoster特異的
デポジット47−Varicella zoster特異的
デポジット48−Varicella zoster特異的
図7A〜図7Jの方法を採用して脳脊髄液サンプルにスパイクしたNeisseria meningitides病原体から抽出したゲノムDNA標的分子を使用する髄膜炎病原体の検出
100個の不動にされ乾燥された標的分子特異的ミクロゲルデポジット190を含む、電気泳動アレイアセンブリ700(図7A)と同様の、ベースの直径が0.45mmで高さが約0.2mm〜0.3mmの電気泳動アレイアセンブリが提供された。21の不動にされ乾燥された標的分子特異的ミクロゲルデポジット190が、フォワードプライマー322に予めハイブリダイズされたRCA円形プローブ320と、各々が髄膜炎の検出に関係がある、異なる9病原体のDNA標的(とりわけ、Neisseria meningitidisのものを含む)に特異的なリバースプライマー324でスポットされた。このようにしてスポットされた21の不動にされ乾燥された標的分子特異的ミクロゲルデポジット190は、以下の通り標的分子特異的であった。
デポジット1−Escherichia coli特異的
デポジット2−Escherichia coli特異的
デポジット3−Neisseria meningitidis特異的
デポジット4−Neisseria meningitidis特異的
デポジット5−Neisseria meningitidis特異的
デポジット6−Enterovirus特異的
デポジット7−Enterovirus特異的
デポジット8−Neisseria meningitidis特異的
デポジット9−Neisseria meningitidis特異的
デポジット10−Neisseria meningitidis特異的
デポジット11−B群Streptococcus
デポジット12−B群Streptococcus
デポジット13−Haemophilus influenzae特異的
デポジット14−Haemophilus influenzae特異的
デポジット15−Neisseria meningitidis特異的
デポジット16−Neisseria meningitidis特異的
デポジット17−Neisseria meningitidis特異的
デポジット18−Lysteria monocytogenes特異的
デポジット19−Lysteria monocytogenes特異的
デポジット20−Varicella zoster特異的
デポジット21−Varicella zoster特異的
Claims (33)
- 溶液中の、多重の予め選択された核酸標的分子の中から少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法において使用するための、室温保存可能な電気泳動アレイであって、
多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲルデポジットを含み、前記多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲルデポジットの各々は、ローリングサークル増幅の実行と、前記多重の予め選択された核酸標的分子の少なくとも1つの結合に適する物質を含み、前記ミクロゲルデポジットの各々は、その中に予めアンカーされた少なくとも以下の要素、即ち、
前記多重の予め選択された核酸標的分子の少なくとも1つに特異的なRCAプローブ、及び
少なくとも1つのプライマー
を含むことを特徴とする、電気泳動アレイ。 - 前記ミクロゲルデポジットは脱水されているが、少なくとも1つの核酸標的分子を含む溶液に暴露すると再水和できる、請求項1に記載の電気泳動アレイ。
- 前記少なくとも1つのプライマーは、少なくとも1つのフォワードプライマーと、少なくとも1つのリバースプライマーを含む、請求項1または2に記載の電気泳動アレイ。
- 前記RCAプローブは、前記少なくとも1つのプライマーに予めハイブリダイズされている、請求項1〜3のいずれかに記載の電気泳動アレイ。
- 前記ミクロゲルデポジットの各々は、水和時に概して半球形の構成を有する、請求項1〜4のいずれかに記載の電気泳動アレイ。
- 前記多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲルデポジットは、多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域を規定し、かつ、
前記電気泳動アレイは、以下の方法の実施に利用され、前記以下の方法は、
前記多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の各々に前記溶液を導入することと、
前記多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の各々において、前記ローリングサークル増幅の様々な段階中にそこに電場を印加しつつ、少なくとも概して同時にローリングサークル増幅を実行することと、
前記多重の予め選択された核酸標的分子の少なくとも1つを前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の対応するものの少なくとも1つにおいて検出することを含む方法であって、
ここで、前記検出することは、前記導入することの短時間の間に起こるものであり、前記短時間は、30分未満である
請求項1〜5のいずれかに記載の電気泳動アレイ。 - 前記検出することは、光検出を含む、請求項6に記載の電気泳動アレイ。
- 前記検出することは、蛍光検出を含む、請求項6に記載の電気泳動アレイ。
- 前記そこに電場を印加することは、前記ローリングサークル増幅における、少なくとも2つの異なる段階中に起こる、請求項6〜8のいずれかに記載の電気泳動アレイ。
- 前記電場は、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の各々において、少なくとも概して同じである、請求項6〜9のいずれかに記載の電気泳動アレイ。
- 前記検出することは、20分未満の持続時間内に起こる、請求項6〜10のいずれかに記載の電気泳動アレイ。
- 前記検出することは、15分未満の持続時間内に起こる、請求項6〜11のいずれかに記載の電気泳動アレイ。
- 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも1つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項6〜12のいずれかに記載の電気泳動アレイ。 - 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも2つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項6〜13のいずれかに記載の電気泳動アレイ。 - 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも3つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項6〜14のいずれかに記載の電気泳動アレイ。 - 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも4つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項6〜15のいずれかに記載の電気泳動アレイ。 - 溶液中の、多重の予め選択された核酸標的分子の中から少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法であって、前記方法は、
電気泳動アレイ上の、少なくとも多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に前記溶液を導入することを含むものであって、前記多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の各々は、前記多重の予め選択された核酸標的分子のうち異なるものの結合とローリングサークル増幅の実行に適する物質を含むミクロゲルデポジットを含み、及び、前記方法は、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域において、前記ローリングサークル増幅の様々な段階中にそこに電場を印加しつつ、少なくとも概して同時にローリングサークル増幅を行うことと、
前記多重の予め選択された核酸標的分子の少なくとも1つの存在を前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の対応するものの少なくとも1つにおいて検出することを含み、
ここで、前記検出することは、前記導入することの短時間の間に起こり、前記短時間は30分未満である、少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。 - 前記検出することは、光検出を含む、請求項17に記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記検出することは、蛍光検出を含む、請求項17に記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記そこに電場を印加することは、前記ローリングサークル増幅における少なくとも2つの異なる段階中に起こる、請求項17〜19のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記電場は、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域の各々において、少なくとも概して同じである、請求項17〜20のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記検出することは、20分未満の持続時間内に起こる、請求項17〜21のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記検出することは、15分未満の持続時間内に起こる、請求項17〜22のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも1つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項17〜23のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。 - 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも2つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項17〜24のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。 - 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも3つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項17〜25のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。 - 前記ローリングサークル増幅中に前記電場を印加することは、以下の少なくとも4つ、即ち、
前記溶液中の核酸標的分子を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記溶液中の核酸標的分子-RCAプローブのハイブリッド産物を前記ミクロゲルデポジットの方に移動させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットから離れてしまったRCAアンプリコンを再捕捉するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAプローブを前記ミクロゲルデポジット内に移動させて既に前記ミクロゲルデポジットに結合している捕捉プローブ及びプライマーの少なくとも1つとハイブリダイズさせるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域から望ましくない分子を除去するために、前記ミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを延長するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンを圧縮するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
前記ミクロゲルデポジットに結合しているRCAアンプリコンの近傍でRCA試薬を攪拌するために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAにおける酵素活性の速度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に電場を印加することと、
RCAアンプリコンの前記ミクロゲルデポジットへの結合の強度を向上させるために、前記不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲル領域に連続して極性を反転させる電場を印加すること
を含む、請求項17〜26のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。 - 前記電気泳動アレイは、室温保存可能な電気泳動アレイを含む、請求項17〜27のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記電気泳動アレイは、
多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲルデポジットを含み、前記多重の、不動にされ、相互に間隔をあけ、かつ相互に電気的に分離されたミクロゲルデポジットの各々は、ローリングサークル増幅の実行と、前記多重の予め選択された核酸標的分子の少なくとも1つの結合に適する物質を含み、
前記ミクロゲルデポジットの各々は、その中に予めアンカーされた少なくとも以下の要素、即ち、
前記多重の予め選択された核酸標的分子の少なくとも1つに特異的なRCAプローブ、及び
少なくとも1つのプライマー
を含む、請求項17〜28のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。 - 前記ミクロゲルデポジットは脱水されているが、少なくとも1つの核酸標的分子を含む溶液に暴露すると再水和できる、請求項29に記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記少なくとも1つのプライマーは、少なくとも1つのフォワードプライマーと、少なくとも1つのリバースプライマーを含む、請求項29または30に記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記RCAプローブは、前記少なくとも1つのプライマーに予めハイブリダイズされている、請求項29〜31のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
- 前記ミクロゲルデポジットの各々は、水和時に概して半球形の構成を有する、請求項29〜32のいずれかに記載の少なくとも1つの核酸標的分子の存在を迅速に検出する方法。
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