JP2021505158A5

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Publication number: JP2021505158A5
Application number: JP2020531053A
Authority: JP
Filing date: 2018-12-07
Publication date: 2022-01-06

Description

[本発明1001]
テトラトリコペプチドリピート（ＴＰＲ）ドメインを含むポリペプチドをコードする遺伝子の発現が減弱されている変異微生物であって、
前記変異微生物および対照微生物が同一条件下で培養されると、
（ａ）前記対照微生物よりも少なくとも25％多く脂質を生成し、かつ／または
（ｂ）前記対照微生物と比較して脂質への炭素分配の増加を呈する、変異微生物。
[本発明1002]
前記ＴＰＲドメインが、配列番号1で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％の同一性を有する、本発明1001の変異微生物。
[本発明1003]
前記ＴＰＲドメインが、配列番号1で示されるアミノ酸配列またはその保存的バリアントを含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1004]
前記ＴＰＲドメインが、配列番号1で示されるアミノ酸配列を有する、本発明1001の変異微生物。
[本発明1005]
前記ポリペプチドが、配列番号3で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも約50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％の同一性を有するアミノ酸配列を含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1006]
前記ポリペプチドが、配列番号3で示されるアミノ酸配列またはその保存的バリアントを含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1007]
前記ポリペプチドが、配列番号3で示されるアミノ酸配列を有する、本発明1001の変異微生物。
[本発明1008]
前記ポリペプチドが、配列番号3で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％の同一性を有する未知の機能のドメイン（ＤＵＦ4470）を含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1009]
前記ポリペプチドが、配列番号3で示されるアミノ酸配列を含む未知の機能のドメイン（ＤＵＦ4470）またはその保存的バリアントを含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1010]
前記ポリペプチドが、配列番号3で示されるアミノ酸配列を有する未知の機能のドメイン（ＤＵＦ4470）を含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1011]
不等毛類または藻類種におけるＮａｇａ＿100148ｇ8遺伝子座またはシンテニー遺伝子座の遺伝子に対する、またはその遺伝子の発現に影響を与える、1つ以上の変異を含む、本発明1001の変異微生物。
[本発明1012]
配列番号4に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、または少なくとも95％を有するオープンリーディングフレームを含む遺伝子に対する変異、またはその発現に影響を与える変異を含む、本発明1011の変異微生物。
[本発明1013]
前記1つ以上の変異が、配列番号1、配列番号2、もしくは配列番号3に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、もしくは少なくとも95％の同一性を有するアミノ酸配列を含み、および／または配列番号4に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、もしくは少なくとも約95％の同一性を有するヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームを含む、ポリペプチドをコードする核酸に存在するか、またはその核酸の発現に影響を与える、本発明1011の変異微生物。
[本発明1014]
前記1つ以上の変異が、前記Ｎａｇａ＿100148ｇ8の前記遺伝子の前記ＤＵＦ4470ドメインにある、本発明1011の変異微生物。
[本発明1015]
前記対照微生物が野生型微生物である、本発明1001〜1014のいずれかの変異微生物。
[本発明1016]
対照微生物よりも少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも15％、少なくとも20％、少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも110％、少なくとも120％、少なくとも130％、少なくとも140％、少なくとも150％、少なくとも160％、少なくとも170％、少なくとも180％、少なくとも190％、または少なくとも200％多く、脂肪酸メチルエステル誘導体化脂質（ＦＡＭＥ脂質）を生成する、本発明1001〜1015のいずれかの変異微生物。
[本発明1017]
唯一の窒素源として硝酸塩を含む培地で培養されると、対照微生物よりも少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも15％、少なくとも20％、少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも110％、少なくとも120％、少なくとも130％、少なくとも140％、少なくとも150％、少なくとも160％、少なくとも170％、少なくとも180％、少なくとも190％、または少なくとも200％多く、脂肪酸メチルエステル誘導体化脂質（ＦＡＭＥ脂質）を生成する、本発明1016の変異微生物。
[本発明1018]
藻類であり、光独立栄養条件下で培養すると、対照藻類よりも少なくとも5％、少なくとも10％、少なくとも15％、少なくとも20％、少なくとも25％、少なくとも30％、少なくとも35％、少なくとも40％、少なくとも45％、少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも100％、少なくとも110％、少なくとも120％、少なくとも130％、少なくとも140％、少なくとも150％、少なくとも160％、少なくとも170％、少なくとも180％、少なくとも190％、または少なくとも200％多く、ＦＡＭＥ脂質である、本発明1016または1017の変異微生物。
[本発明1019]
前記対照微生物のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率よりも少なくとも20％、少なくとも30％、少なくとも40％、少なくとも50％、少なくとも60％、少なくとも70％、少なくとも80％、少なくとも90％、少なくとも100％、少なくとも120％、少なくとも140％、少なくとも160％、少なくとも180％、少なくとも200％、少なくとも220％、少なくとも240％、少なくとも260％、少なくとも280％、または少なくとも300％高い、ＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、本発明1001〜1018のいずれかの変異微生物。
[本発明1020]
前記対照微生物に対して窒素が豊富である条件下で、前記対照微生物のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率よりも20〜300％高いＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、本発明1019の変異微生物。
[本発明1021]
前記対照微生物に対して窒素が豊富である条件下で、約0．25〜約0．75、または約0．3〜約0．7のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、本発明1020の変異微生物。
[本発明1022]
脂質生成または生産性が、バッチ、半連続、または連続培養条件を使用して決定される、本発明1001〜1021のいずれかの変異微生物。
[本発明1023]
前記同一条件が、2ｍＭ未満のアンモニウムを含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含む、本発明1001〜1022のいずれかの変異微生物。
[本発明1024]
前記同一条件が、実質的に唯一の窒素源として硝酸塩を含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含む、本発明1023の変異微生物。
[本発明1025]
前記同一条件が、前記対照微生物に対して栄養素が豊富な培地で、前記変異および対照微生物を培養することを含む、本発明1001〜1024のいずれかの変異微生物。
[本発明1026]
古典的に誘導された変異体または遺伝子操作された変異体である、本発明1001〜1025のいずれかの変異微生物。
[本発明1027]
ＴＰＲドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子に変異を有し、
前記変異が、対照微生物における前記遺伝子の発現と比較して、ＴＰＲドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子の発現の減少を生じる、本発明1026の変異微生物。
[本発明1028]
前記変異が、ノックダウン変異である、本発明1026の変異微生物。
[本発明1029]
前記ノックダウン変異が、Ｃａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムを使用して生成される、本発明1028の変異微生物。
[本発明1030]
ＴＰＲドメインを有する前記ポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子を標的とする、ＲＮＡｉ構築物、リボザイム構築物、またはアンチセンス構築物を含む、本発明1027の変異微生物。
[本発明1031]
ＴＰＲドメインを含むポリペプチドをコードする前記遺伝子、またはその発現に影響を与える遺伝子にノックアウト変異を有する、本発明1027の変異微生物。
[本発明1032]
前記ノックアウト変異が、部位特異的相同組換えによって生成される、本発明1031の変異微生物。
[本発明1033]
前記ノックアウト変異が、部分的または完全な欠失、短縮、フレームシフト、または挿入変異によって前記遺伝子を破壊する、本発明1031または1032の変異微生物。
[本発明1034]
前記ノックアウト変異が、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）システム、および／またはＣａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムを使用して生成される、本発明1031〜1033のいずれかの変異微生物。
[本発明1035]
前記遺伝子へのＣａｓ／ＣＲＩＳＰＲが媒介する挿入を含む、本発明1029、1031、1033、および1034のいずれかの変異微生物。
[本発明1036]
除草剤耐性、毒素耐性、向上した増殖特性、向上した光合成効率、向上した脂質生成もしくは蓄積、および／または特定の脂質の生成を与える、少なくとも1つの追加の遺伝子改変
を含む、本発明1001〜1035のいずれかの変異微生物。
[本発明1037]
藻類または不等毛類種である、本発明1001〜1036のいずれかの変異微生物。
[本発明1038]
アクナンテス（Ａｃｈｎａｎｔｈｅｓ）、アンフィプロラ（Ａｍｐｈｉｐｒｏｒａ）、アンフォラ（Ａｍｐｈｏｒａ）、アンキストロデスムス（Ａｎｋｉｓｔｒｏｄｅｓｍｕｓ）、アステロモナス（Ａｓｔｅｒｏｍｏｎａｓ）、ベケロビア（Ｂｏｅｋｅｌｏｖｉａ）、ボリドモナス（Ｂｏｌｉｄｏｍｏｎａｓ）、ボロディネラ（Ｂｏｒｏｄｉｎｅｌｌａ）、ボトリディウム（Ｂｏｔｒｙｄｉｕｍ）、ボトリオコッカス（Ｂｏｔｒｙｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラクテオコッカス（Ｂｒａｃｔｅｏｃｏｃｃｕｓ）、キートケロス（Ｃｈａｅｔｏｃｅｒｏｓ）、カルテリア（Ｃａｒｔｅｒｉａ）、クラミドモナス（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ）、クロロコックム（Ｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｍ）、クロロゴニウム（Ｃｈｌｏｒｏｇｏｎｉｕｍ）、クロレラ（Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、クロオモナス（Ｃｈｒｏｏｍｏｎａｓ）、クリソスファエラ（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｈａｅｒａ）、クリコスファエラ（Ｃｒｉｃｏｓｐｈａｅｒａ）、クリプテコディニウム（Ｃｒｙｐｔｈｅｃｏｄｉｎｉｕｍ）、クリプトモナス（Ｃｒｙｐｔｏｍｏｎａｓ）、シクロテラ（Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ）、デスモデスムス（Ｄｅｓｍｏｄｅｓｍｕｓ）、ドナリエラ（Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ）、エリプソイドン（Ｅｌｉｐｓｏｉｄｏｎ）、エミリアニア（Ｅｍｉｌｉａｎｉａ）、エレモスファエラ（Ｅｒｅｍｏｓｐｈａｅｒａ）、エルノデスミウス（Ｅｒｎｏｄｅｓｍｉｕｓ）、ユーグレナ（Ｅｕｇｌｅｎａ）、ユースティグマトス（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｓ）、フランケイア（Ｆｒａｎｃｅｉａ）、フラギラリア（Ｆｒａｇｉｌａｒｉａ）、フラギラロプシス（Ｆｒａｇｉｌａｒｏｐｓｉｓ）、グロエオサムニオン（Ｇｌｏｅｏｔｈａｍｎｉｏｎ）、ヘマトコッカス（Ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ハンチア（Ｈａｎｔｚｓｃｈｉａ）、ヘテロシグマ（Ｈｅｔｅｒｏｓｉｇｍａ）、ハイメノモナス（Ｈｙｍｅｎｏｍｏｎａｓ）、イソクリシス（Ｉｓｏｃｈｒｙｓｉｓ）、レポシンクリス（Ｌｅｐｏｃｉｎｃｌｉｓ）、ミクラクチニウム（Ｍｉｃｒａｃｔｉｎｉｕｍ）、モノダス（Ｍｏｎｏｄｕｓ）、モノラフィディウム（Ｍｏｎｏｒａｐｈｉｄｉｕｍ）、ナノクロリス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ナンノクロロプシス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｏｐｓｉｓ）、ナビキュラ（Ｎａｖｉｃｕｌａ）、ネオクロリス（Ｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロクロリス（Ｎｅｐｈｒｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロセルミス（Ｎｅｐｈｒｏｓｅｌｍｉｓ）、ニッチア（Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ）、オクロモナス（Ｏｃｈｒｏｍｏｎａｓ）、オエドゴニウム（Ｏｅｄｏｇｏｎｉｕｍ）、オオキスティス（Ｏｏｃｙｓｔｉｓ）、オストレオコッカス（Ｏｓｔｒｅｏｃｏｃｃｕｓ）、パラクロレラ（Ｐａｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、パリエトクロリス（Ｐａｒｉｅｔｏｃｈｌｏｒｉｓ）、パスケリア（Ｐａｓｃｈｅｒｉａ）、パブロバ（Ｐａｖｌｏｖａ）、ペラゴモナス（Ｐｅｌａｇｏｍｏｎａｓ）、フェオダクチラム（Ｐｈａｅｏｄａｃｔｙｌｕｍ）、ファグス（Ｐｈａｇｕｓ）、ピコクロラム（Ｐｉｃｏｃｈｌｏｒｕｍ）、プラチモナス（Ｐｌａｔｙｍｏｎａｓ）、プレウロクリシス（Ｐｌｅｕｒｏｃｈｒｙｓｉｓ）、プレウロコッカス（Ｐｌｅｕｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プロトテカ（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードクロレラ（Ｐｓｅｕｄｏｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、シュードネオクロリス（Ｐｓｅｕｄｏｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、シュードスタウラストラム（Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｕｒａｓｔｒｕｍ）、ピラミモナス（Ｐｙｒａｍｉｍｏｎａｓ）、ピロボトリス（Ｐｙｒｏｂｏｔｒｙｓ）、セネデスムス（Ｓｃｅｎｅｄｅｓｍｕｓ）、シゾクラミデラ（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｌａｍｙｄｅｌｌａ）、スケレトネマ（Ｓｋｅｌｅｔｏｎｅｍａ）、アオミドロ（Ｓｐｙｒｏｇｙｒａ）、スチココッカス（Ｓｔｉｃｈｏｃｏｃｃｕｓ）、テトラクロレラ（Ｔｅｔｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、テトラセルミス（Ｔｅｔｒａｓｅｌｍｉｓ）、タラシオシーラ（Ｔｈａｌａｓｓｉｏｓｉｒａ）、トリボネマ（Ｔｒｉｂｏｎｅｍａ）、フシナシミドロ（Ｖａｕｃｈｅｒｉａ）、ビリジエラ（Ｖｉｒｉｄｉｅｌｌａ）、ビスケリア（Ｖｉｓｃｈｅｒｉａ）、およびボルボックス（Ｖｏｌｖｏｘ）からなる群から選択される藻類種である、本発明1037の変異微生物。
[本発明1039]
珪藻類（ｂａｃｉｌｌａｒｉｏｐｈｙｔｅｓ）、真正眼点藻（ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｐｈｙｔｅｓ）、黄緑色藻類（ｘａｎｔｈｏｐｈｙｔｅｓ）、褐藻類（ｐｈａｅｏｐｈｙｔｅｓ）、黄金色藻（ｃｈｒｙｓｏｐｈｙｔｅｓ）、またはラフィド藻（ｒａｐｈｉｄｏｐｈｙｔｅｓ）からなる群から選択される不等毛類である、本発明1037の変異微生物。
[本発明1040]
等毛類であり、さらに、ラビリンチュラ（Ｌａｂｒｙｉｎｔｈｕｌａ）、ラビリンチュロイド（Ｌａｂｒｙｉｎｔｈｕｌｏｉｄｅｓ）、スラウストキトリウム（Ｔｈｒａｕｓｔｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、シゾキトリウム（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、アプラノキトリウム（Ａｐｌａｎｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、オーランチオキトリウム（Ａｕｒａｎｔｉｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、オブロンギキトリウム（Ｏｂｌｏｎｇｉｃｈｙｔｒｉｕｍ）、ジャポノキトリウム（Ｊａｐｏｎｏｃｈｙｔｒｉｕｍ）、ディプロフリス（Ｄｉｐｌｏｐｈｒｙｓ）、およびウルケニア（Ｕｌｋｅｎｉａ）からなる群から選択される属のラビリンチュラ類（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｅｔｅ）種である、本発明1038の変異微生物。
[本発明1041]
本発明1001〜1040のいずれかの変異微生物の溶解物。
[本発明1042]
脂質を生成するために、本発明1001〜1040のいずれかの変異微生物を培養培地で培養する工程を含む、脂質の生成方法。
[本発明1043]
前記微生物、前記培養培地、またはそれらの両方から脂質を単離する工程をさらに含む、本発明1042の方法。
[本発明1044]
前記微生物が、バッチ、連続、または半連続培養条件を使用して培養される、本発明1042または1043の方法。
[本発明1045]
前記微生物が藻類であり、前記培養工程が光独立栄養条件下である、本発明1042〜1044のいずれかの方法。
[本発明1046]
前記微生物がラビリンチュラ類（Ｌａｂｙｒｉｎｔｈｕｌｏｍｙｃｅｔｅ）であり、前記培養工程が従属栄養条件下である、本発明1042〜1044のいずれかの方法。
[本発明1047]
ＣＲＩＳＰＲシステムのガイドＲＮＡであって、配列番号5に対応する配列を含む、ガイドＲＮＡ。
[本発明1048]
キメラガイドである、本発明1047のガイドＲＮＡ。
[本発明1049]
前記ガイドが、ｔｒａｃｒ配列を含まない、本発明1047のガイドＲＮＡ。
[本発明1050]
配列番号1、配列番号2、もしくは配列番号3に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、もしくは少なくとも99％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する藻類遺伝子；前記Ｎａｇａ＿100148ｇ8遺伝子座の遺伝子；および／または配列番号4に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、もしくは少なくとも99％の同一性の配列を含むオープンリーディングフレームを含む遺伝子、からの、または、それらに隣接する、ヌクレオチド配列を含む、相同組換えのための核酸構築物。
[本発明1051]
配列番号1、配列番号2、もしくは配列番号3に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、もしくは少なくとも99％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する遺伝子；前記Ｎａｇａ＿100148ｇ8遺伝子座の遺伝子；および／または配列番号4に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、もしくは少なくとも99％の同一性を有する配列を含むＯＲＦを含む遺伝子、の少なくとも一部分に相補的なヌクレオチド配列を含む、アンチセンスＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、またはリボザイムの発現のための、核酸構築物。
[本発明1052]
ＣＲＩＳＰＲシステムのガイドＲＮＡをコードする核酸分子であって、前記ガイドＲＮＡが、配列番号1、配列番号2、もしくは配列番号3に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、もしくは少なくとも99％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する藻類遺伝子；前記Ｎａｇａ＿100148ｇ8遺伝子座の遺伝子；および／または配列番号4に対して少なくとも50％、少なくとも55％、少なくとも60％、少なくとも65％、少なくとも70％、少なくとも75％、少なくとも80％、少なくとも85％、少なくとも90％、少なくとも95％、少なくとも96％、少なくとも97％、少なくとも98％、もしくは少なくとも99％の同一性を有する配列を含むオープンリーディングフレームを含む遺伝子、の少なくとも一部分を含む、核酸分子。
[本発明1053]
ＴＰＲドメインを含むポリペプチドの発現を減弱させる、1つ以上の変異および／または1つ以上の作用物質を前記微生物に導入する工程を含む、本発明1001〜1040のいずれかの変異微生物を生成するための方法。
[本発明1054]
前記1つ以上の変異または作用物質が、配列番号1、配列番号2、もしくは配列番号3のアミノ酸配列を含むポリペプチド；前記Ｎａｇａ＿100148ｇ8遺伝子座の遺伝子；および／または配列番号4のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームを含む遺伝子、の発現に影響を与える、本発明1053の方法。
[本発明1055]
前記1つ以上の作用物質が、アンチセンスＲＮＡ、ＲＮＡｉ、ｓｈＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、リボザイム、Ｃａｓ／ＣＲＩＳＰＲシステムの構成要素、および／または転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）システムの構成要素からなる群から選択される、本発明1053または1054の方法。
本開示のこれらおよび他の目的および特色は、添付の図面と併せて次の詳細な説明を閲読すると、より完全に明らかになるであろう。

Claims

テトラトリコペプチドリピート（ＴＰＲ）ドメインを含むポリペプチドをコードする遺伝子の発現が減弱されている変異微生物であって、
前記変異微生物および対照微生物が同一条件下で培養されると、
（ａ）前記対照微生物よりも少なくとも２５％多く脂質を生成し、かつ／または
（ｂ）前記対照微生物と比較して脂質への炭素分配の増加を呈する、変異微生物。
前記ＴＰＲドメインが、配列番号１で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の同一性を有する、または、前記ＴＰＲドメインが、配列番号１で示されるアミノ酸配列またはその保存的バリアントを含む、請求項１に記載の変異微生物。
前記ポリペプチドが、配列番号２で示されるアミノ酸配列に対して少なくとも８０％の同一性を有する未知の機能のドメイン（ＤＵＦ４４７０）を含む、または、前記ポリペプチドが、配列番号２で示されるアミノ酸配列を含む未知の機能のドメイン（ＤＵＦ４４７０）またはその保存的バリアントを含む、請求項１に記載の変異微生物。
前記変異微生物が、不等毛類または藻類種におけるＮａｇａ＿１００１４８ｇ８遺伝子座またはシンテニー遺伝子座の遺伝子に対する、またはその遺伝子の発現に影響を与える、１つ以上の変異を含み、任意で、前記１つ以上の変異が、前記ＤＵＦ４４７０ドメインにある、請求項１〜３のいずれか一項に記載の変異微生物。
配列番号４に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するオープンリーディングフレームを含む遺伝子に対する変異、またはその発現に影響を与える変異を含む、請求項４に記載の変異微生物。
対照微生物よりも少なくとも８０％多く、脂肪酸メチルエステル誘導体化脂質（ＦＡＭＥ脂質）を生成する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の変異微生物であって、任意で、前記変異微生物および対照微生物が、唯一の窒素源として硝酸塩を含む培地または光独立栄養条件下で培養される、変異微生物。
前記対照微生物に対して窒素が豊富である条件下で、前記対照微生物のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率よりも少なくとも９０％高いＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、請求項１〜６のいずれか一項に記載の変異微生物。
前記対照微生物に対して窒素が豊富である条件下で、約０．２５〜約０．７５、または約０．３〜約０．７のＦＡＭＥ／ＴＯＣ比率を呈する、請求項７に記載の変異微生物。
前記同一条件が、２ｍＭ未満のアンモニウムを含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含む、または、
前記同一条件が、実質的に唯一の窒素源として硝酸塩を含む培地で前記変異および対照微生物を培養することを含む、および／もしくは
前記同一条件が、前記対照微生物に対して栄養素が豊富な培地で、前記変異および対照微生物を培養することを含む、および／もしくは
前記変異微生物が、古典的に誘導された変異体または遺伝子操作された変異体である、
請求項１〜８のいずれか一項に記載の変異微生物。
前記変異が、ノックダウン変異である、請求項４または５に記載の変異微生物。
藻類または不等毛類種である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の変異微生物。
アクナンテス（Ａｃｈｎａｎｔｈｅｓ）、アンフィプロラ（Ａｍｐｈｉｐｒｏｒａ）、アンフォラ（Ａｍｐｈｏｒａ）、アンキストロデスムス（Ａｎｋｉｓｔｒｏｄｅｓｍｕｓ）、アステロモナス（Ａｓｔｅｒｏｍｏｎａｓ）、ベケロビア（Ｂｏｅｋｅｌｏｖｉａ）、ボリドモナス（Ｂｏｌｉｄｏｍｏｎａｓ）、ボロディネラ（Ｂｏｒｏｄｉｎｅｌｌａ）、ボトリディウム（Ｂｏｔｒｙｄｉｕｍ）、ボトリオコッカス（Ｂｏｔｒｙｏｃｏｃｃｕｓ）、ブラクテオコッカス（Ｂｒａｃｔｅｏｃｏｃｃｕｓ）、キートケロス（Ｃｈａｅｔｏｃｅｒｏｓ）、カルテリア（Ｃａｒｔｅｒｉａ）、クラミドモナス（Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ）、クロロコックム（Ｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｍ）、クロロゴニウム（Ｃｈｌｏｒｏｇｏｎｉｕｍ）、クロレラ（Ｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、クロオモナス（Ｃｈｒｏｏｍｏｎａｓ）、クリソスファエラ（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｈａｅｒａ）、クリコスファエラ（Ｃｒｉｃｏｓｐｈａｅｒａ）、クリプテコディニウム（Ｃｒｙｐｔｈｅｃｏｄｉｎｉｕｍ）、クリプトモナス（Ｃｒｙｐｔｏｍｏｎａｓ）、シクロテラ（Ｃｙｃｌｏｔｅｌｌａ）、デスモデスムス（Ｄｅｓｍｏｄｅｓｍｕｓ）、ドナリエラ（Ｄｕｎａｌｉｅｌｌａ）、エリプソイドン（Ｅｌｉｐｓｏｉｄｏｎ）、エミリアニア（Ｅｍｉｌｉａｎｉａ）、エレモスファエラ（Ｅｒｅｍｏｓｐｈａｅｒａ）、エルノデスミウス（Ｅｒｎｏｄｅｓｍｉｕｓ）、ユーグレナ（Ｅｕｇｌｅｎａ）、ユースティグマトス（Ｅｕｓｔｉｇｍａｔｏｓ）、フランケイア（Ｆｒａｎｃｅｉａ）、フラギラリア（Ｆｒａｇｉｌａｒｉａ）、フラギラロプシス（Ｆｒａｇｉｌａｒｏｐｓｉｓ）、グロエオサムニオン（Ｇｌｏｅｏｔｈａｍｎｉｏｎ）、ヘマトコッカス（Ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ハンチア（Ｈａｎｔｚｓｃｈｉａ）、ヘテロシグマ（Ｈｅｔｅｒｏｓｉｇｍａ）、ハイメノモナス（Ｈｙｍｅｎｏｍｏｎａｓ）、イソクリシス（Ｉｓｏｃｈｒｙｓｉｓ）、レポシンクリス（Ｌｅｐｏｃｉｎｃｌｉｓ）、ミクラクチニウム（Ｍｉｃｒａｃｔｉｎｉｕｍ）、モノダス（Ｍｏｎｏｄｕｓ）、モノラフィディウム（Ｍｏｎｏｒａｐｈｉｄｉｕｍ）、ナノクロリス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ナンノクロロプシス（Ｎａｎｎｏｃｈｌｏｒｏｐｓｉｓ）、ナビキュラ（Ｎａｖｉｃｕｌａ）、ネオクロリス（Ｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロクロリス（Ｎｅｐｈｒｏｃｈｌｏｒｉｓ）、ネフロセルミス（Ｎｅｐｈｒｏｓｅｌｍｉｓ）、ニッチア（Ｎｉｔｚｓｃｈｉａ）、オクロモナス（Ｏｃｈｒｏｍｏｎａｓ）、オエドゴニウム（Ｏｅｄｏｇｏｎｉｕｍ）、オオキスティス（Ｏｏｃｙｓｔｉｓ）、オストレオコッカス（Ｏｓｔｒｅｏｃｏｃｃｕｓ）、パラクロレラ（Ｐａｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、パリエトクロリス（Ｐａｒｉｅｔｏｃｈｌｏｒｉｓ）、パスケリア（Ｐａｓｃｈｅｒｉａ）、パブロバ（Ｐａｖｌｏｖａ）、ペラゴモナス（Ｐｅｌａｇｏｍｏｎａｓ）、フェオダクチラム（Ｐｈａｅｏｄａｃｔｙｌｕｍ）、ファグス（Ｐｈａｇｕｓ）、ピコクロラム（Ｐｉｃｏｃｈｌｏｒｕｍ）、プラチモナス（Ｐｌａｔｙｍｏｎａｓ）、プレウロクリシス（Ｐｌｅｕｒｏｃｈｒｙｓｉｓ）、プレウロコッカス（Ｐｌｅｕｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プロトテカ（Ｐｒｏｔｏｔｈｅｃａ）、シュードクロレラ（Ｐｓｅｕｄｏｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、シュードネオクロリス（Ｐｓｅｕｄｏｎｅｏｃｈｌｏｒｉｓ）、シュードスタウラストラム（Ｐｓｅｕｄｏｓｔａｕｒａｓｔｒｕｍ）、ピラミモナス（Ｐｙｒａｍｉｍｏｎａｓ）、ピロボトリス（Ｐｙｒｏｂｏｔｒｙｓ）、セネデスムス（Ｓｃｅｎｅｄｅｓｍｕｓ）、シゾクラミデラ（Ｓｃｈｉｚｏｃｈｌａｍｙｄｅｌｌａ）、スケレトネマ（Ｓｋｅｌｅｔｏｎｅｍａ）、アオミドロ（Ｓｐｙｒｏｇｙｒａ）、スチココッカス（Ｓｔｉｃｈｏｃｏｃｃｕｓ）、テトラクロレラ（Ｔｅｔｒａｃｈｌｏｒｅｌｌａ）、テトラセルミス（Ｔｅｔｒａｓｅｌｍｉｓ）、タラシオシーラ（Ｔｈａｌａｓｓｉｏｓｉｒａ）、トリボネマ（Ｔｒｉｂｏｎｅｍａ）、フシナシミドロ（Ｖａｕｃｈｅｒｉａ）、ビリジエラ（Ｖｉｒｉｄｉｅｌｌａ）、ビスケリア（Ｖｉｓｃｈｅｒｉａ）、およびボルボックス（Ｖｏｌｖｏｘ）からなる群から選択される藻類種である、請求項１１に記載の変異微生物。
請求項１〜１２のいずれか一項に記載の変異微生物の溶解物。
脂質を生成するために、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の変異微生物を培養培地で培養する工程を含む、脂質の生成方法。
ＣＲＩＳＰＲシステムのガイドＲＮＡであって、配列番号５に対応する配列を含み、任意で、キメラガイドである、または前記ガイドが、ｔｒａｃｒ配列を含まない、ガイドＲＮＡ。
配列番号１、配列番号２、もしくは配列番号３に対して少なくとも９０％の同一性を有するアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする自然発生する藻類遺伝子；前記Ｎａｇａ＿１００１４８ｇ８遺伝子座の遺伝子；および／または配列番号４に対して少なくとも９０％の同一性の配列を含むオープンリーディングフレームを含む遺伝子、からの、または、それらに隣接する、ヌクレオチド配列を含む、相同組換えのための核酸構築物。
ＴＰＲドメインを含むポリペプチドの発現を減弱させる、１つ以上の変異および／または１つ以上の作用物質を前記微生物に導入する工程を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の変異微生物を生成するための方法であって、任意で、前記１つ以上の変異または作用物質が、配列番号１、配列番号２、もしくは配列番号３のアミノ酸配列を含むポリペプチド；前記Ｎａｇａ＿１００１４８ｇ８遺伝子座の遺伝子；および／または配列番号４のヌクレオチド配列を含むオープンリーディングフレームを含む遺伝子、の発現に影響を与える、方法。