JP2021501592A5 - - Google Patents
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Claims (12)
- 個体がどの程度免疫応答性であるかを決定するためのプロセスであって、
（ｉ）以下の表１．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４およびｇ４に示されるいずれか１０個のプローブ配列、または
（ii）以下の表１３．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４、ｇ４、ｈ４およびｉ４に示されるいずれか１０個のプローブ配列、または
（iii）以下の表１６．ｄに示されるいずれか１０個のプローブ配列
に対応する少なくとも１０個の染色体相互作用の存在または非存在を検出することを含むプロセス。
- 表１に示される２０８番目のマーカーであるプローブ配列ＡＧＴＧＣＴＧＧＧＴＴＣＣＡＣＡＣＣＴＣＴＣＡＧＣＴＣＴＴＣＧＡＣＣＴＣＣＡＧＧＴＣＣＣＣＣＧＣＣＡＣＴＴＣＣＡＣＧＧＣに対応する染色体相互作用、ＯＲＦ７１２＿９＿１２０８８８３６６＿１２０８９３３２０＿１２０９１３５４６＿１２０９１９７１０＿ＲＲの存在または非存在を検出することを含む請求項１記載のプロセス。
- 表１．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４およびｇ４のプローブ配列、表１３．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４、ｇ４、ｈ４およびｉ４のプローブ配列、または表１６．ｄのプローブ配列に対応する少なくとも２０、３０または４０個の染色体相互作用の存在または非存在が決定される請求項１記載のプロセス。
- 染色体相互作用が、
−染色体相互作用の部位でのＤＮＡループの存在または非存在を検出することにより、および／または
−染色体コンフォメーションに集められる染色体の遠位領域の存在または非存在を検出することにより、および／または
−分類のあいだに生成され、その配列が、染色体相互作用に集められる染色体の領域に各々対応する２つの領域を含むライゲーションされた核酸の存在を検出することであって、ライゲーションされた核酸の検出が、好ましくは、
（ｉ）表１．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４およびｇ４に記載される特異的プローブ配列のいずれかに少なくとも７０％の同一性を有するプローブ、および／または（ii）以下の表４．ｈおよびｉに記載されるいずれかのプライマーペアと少なくとも７０％の同一性を有するプライマーペア；または
（ａ）表１３．ａ４、ｂ４、ｃ４、ｄ４、ｅ４、ｆ４、ｇ４、ｈ４およびｉ４に記載される特異的プローブ配列のいずれかに少なくとも７０％の同一性を有するプローブ、および／または（ｂ）表１３．ａ６、ａ７、ｂ６、ｂ７、ｃ６、ｃ７、ｄ６、ｄ７、ｅ６、ｅ７、ｆ６、ｆ７、ｇ６、ｇ７、ｈ６、ｈ７、ｉ６およびｉ７に記載されるいずれかのプライマーペアと少なくとも７０％の同一性を有するプライマーペア；または
（α）表１６．ｄに記載される特異的プローブ配列のいずれかに少なくとも７０％の同一性を有するプローブ、および／または（β）以下の表１７．ａおよびｂに記載されるいずれかのプライマーペアと少なくとも７０％の同一性を有するプライマーペア
のいずれかを用いるものである、ライゲーションされた核酸の存在を検出することにより
分類される請求項１〜３のいずれか１項に記載のプロセス。
- −プロセスが医学的治療に対して個体を選択するために実施される；および／または
−免疫応答性が免疫療法または免疫チェックポイント療法に対する応答性である；および／または
−免疫応用性ががん免疫療法に対する応答性である；および／または
−プロセスが、少なくとも１つの定義された時点での免疫応答性を決定するために行なわれる
請求項１〜４のいずれか１項に記載のプロセス。 - 少なくとも１つの時点が治療経過中である請求項５記載のプロセス。
- −個体が免疫療法を受けるかどうかを選択するために行われ、ここで免疫療法は、好ましくは低分子免疫療法、抗体免疫療法または細胞免疫療法を含む
請求項１〜６のいずれか１項に記載のプロセス。 - 分類または検出が、ライゲーション産物を増幅可能なプライマーおよびＰＣＲ反応中にライゲーション部位に結合するプローブを用いる定量ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）によるライゲーション産物の特異的な検出を含み、前記プローブが染色体相互作用に集まっている各染色体領域由来の配列に相補的な配列を含み、好ましくは、前記プローブは、
前記ライゲーション産物に特異的に結合するオリゴヌクレオチド、および／または
オリゴヌクレオチドの５’末端に共有結合される蛍光団、および／または
オリゴヌクレオチドの３’末端に共有結合される消光団
を含む請求項４記載のプロセス。 - 前記蛍光団がＨＥＸ、テキサスレッドおよびＦＡＭから選択され；および／または
前記プローブが１０〜４０ヌクレオチド塩基長、好ましくは２０〜３０ヌクレオチド塩基長の核酸配列を含む請求項８記載のプロセス。 - 免疫応答性がＰＤ−１阻害剤またはＰＤ−Ｌ１阻害剤に対するものである請求項１〜９のいずれか１項に記載のプロセス。
- 免疫応答性が、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１に特異的な抗体に対するものである請求項１〜１０のいずれか１項に記載のプロセス。
- 染色体相互作用の存在または非存在が、
（ｉ）個体のＤＮＡに存在する染色体相互作用を架橋する工程；
（ii）前記架橋したＤＮＡを、架橋され切断されたＤＮＡ端を生成するために切断させる工程；
（iii）前記架橋され切断されたＤＮＡ端をライゲーションする工程；および
（iv）得られたライゲートされたＤＮＡの存在または非存在を同定して特定の染色体相互作用の存在または非存在を同定する工程
を含む方法により決定される請求項１〜１１のいずれか１項に記載のプロセス。
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