JP2021121799A - がんの治療方法と、治療法に対する臨床的感度の予測因子としてのバイオマーカーの使用 - Google Patents

がんの治療方法と、治療法に対する臨床的感度の予測因子としてのバイオマーカーの使用 Download PDF

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Abstract

【課題】がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法を提供する。【解決手段】がんであるその対象に、その治療化合物を投与することと、その対象から試料を採取することと、その対象から得た試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すこと、その対象の試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと比べて変化した場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することを含み、その治療化合物が、下記の式Iの化合物である方法。<a化1>I【選択図】図1A

Description

1.技術分野
本発明で提供するのは、いくつかの実施形態では、がん(例えば、リンパ腫、多発性骨
髄腫(MM)及び急性骨髄性白血病(AML)などの白血病)のような様々な疾患と障害
の患者において、特定の化合物に対する臨床的感度と治療応答性を予測及びモニタリング
する際に、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3、DDIT3、切
断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物などの特定
のバイオマーカーを使用する方法である。さらに提供するのは、この方法を行うためのキ
ットである。また、提供するのは、特定の実施形態では、疾患の治療における、化合物の
有効性を判断する方法である。
2.背景技術
がんは、一定の正常な組織に由来する異常細胞数の増加、隣接組織へのこれらの異常細
胞の浸潤、またはリンパもしくは血液による、所属リンパ節及び遠隔部位への悪性細胞の
拡散(転移)によって主に特徴付けられる。概して、がんは、固形がんと血液がんに分類
される。固形がんの例としては、メラノーマ、副腎癌、乳癌、腎細胞癌、膵臓癌及び小細
胞肺癌(SCLC)などが挙げられるが、これらに限らない。
血液がんには概して、リンパ腫、白血病及び骨髄腫という3つの主なタイプが含まれる
。リンパ腫とは、リンパ系に由来するがんを指す。リンパ腫としては、ホジキンリンパ腫
、非ホジキンリンパ腫(NHL)、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫(DLBCL)及び
末梢性T細胞リンパ腫(PTCL)などが挙げられるが、これらに限らない。白血病とは
、造血組織の悪性新生物を指す。急性白血病は主に、未分化細胞集団に関するものであり
、慢性白血病は、より成熟した細胞形態に関するものである。急性白血病は、急性リンパ
芽球性白血病(ALL)と急性骨髄芽球性白血病(AML)のタイプに分けられる。Th
e Merck Manual,946−949(17th ed.1999)。慢性白
血病は、慢性リンパ性白血病(CLL)または慢性骨髄性白血病(CML)に分けられる
。The Merck Manual,949−952(17th ed.1999)。
骨髄腫は、骨髄中の形質細胞のがんである。骨髄腫は、多くの部位において、骨髄中で生
じることが多いので、多発性骨髄腫(MM)という場合が多い。
現在のがん治療は、患者の腫瘍性細胞を根絶するための手術、化学療法、ホルモン療法
及び/または放射線治療を伴うことがある(例えば、Stockdale,Medici
ne,vol.3,Chapter12,Section IV(Rubenstein
and Federman eds.,1998を参照されたい)。最近では、がん治
療は、生物学的療法または免疫療法を伴うこともできる。これらのアプローチはいずれも
、患者に大きな不利益をもたらすことがある。
したがって、がん(リンパ腫(例えばNHL)、MM、白血病(例えばAML)及び固
形がんが挙げられるが、これらに限らない)の患者の治療に用いることのできる新たな方
法、治療及び組成物に対する需要は非常に大きい。
がんの治療に安全かつ有効に用いることができる化合物をもたらすために、多くの研究
が行われている。これらの化合物の臨床的有効性を正確に予測することは容易にはできな
い。通常、最低でも数カ月の治療を必要とする患者の応答の点でしか測定できないからで
ある。従来の方法の欠点に鑑みると、特定の化合物の薬力学的な活性の検出、定量及び特
徴付けを行うための効率的で高感度かつ正確な方法を開発するニーズが存在する。本発明
は、これらのニーズとその他のニーズを満たすものである。
3.発明の概要
一態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性
が高い対象の特定方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの
参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバ
イオマーカーの参照レベルよりも低い。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能
性が高い対象の特定方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの
参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバ
イオマーカーの参照レベルよりも低い。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
(a)そのがんである対象から試料を採取することと、
(b)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(c)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
(d)その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの
参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバ
イオマーカーの参照レベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対
象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する
可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの
参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバ
イオマーカーの参照レベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対
象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する
可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの
参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバ
イオマーカーの参照レベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、対象のがんの治療における治療化合物の
有効性のモニタリング方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと比較することであって、その参照と比較したときのレベルの変化によって
、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較すること
と、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、参照よりもレベルが上昇していることによって、対象のがん
の治療における治療化合物の有効性が示される。別の実施形態では、参照よりもレベルが
低下していることによって、対象のがんの治療における治療化合物の有効性が示される。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、その方法は、治療化合物に応答
する可能性が高いと診断された対象に、その治療化合物を治療上有効な量投与することを
さらに含む。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、その方法は、第2の活性剤また
は支持療法剤を治療上有効な量投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、こ
の第2の活性剤は、造血成長因子、サイトカイン、抗がん剤(例えばチェックポイントイ
ンヒビター)、抗生物質、cox−2インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコ
ステロイド、がん抗原に特異的に結合する治療抗体、またはそれらの薬理学的に活性な変
異体もしくは誘導体である。特定の実施形態では、この抗がん剤は、チェックポイントイ
ンヒビターである。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「免疫調節化合物」または
「免疫調節剤」という用語は、LPS誘導性単球TNF−α、IL−1β、IL−12、
IL−6、MIP−1α、MCP−1、GM−CSF、G−CSF及びCOX−2の1つ
以上の産生を阻害する特定の有機小分子を含むことができる。本明細書に開示されている
免疫調節化合物は、TNF−α mRNAの分解を高めることができる。さらに、理論に
拘束されるものではないが、本明細書に開示されている免疫調節化合物は、T細胞の強力
な共刺激因子であるとともに、細胞の増殖を用量依存的な形で劇的に増大させることがで
きる。また、本明細書に開示されている免疫調節化合物は、CD4+T細胞サブセットに
対する共刺激作用よりも、CD8+T細胞サブセットに対する共刺激作用の方が大きくて
よい。加えて、この化合物は、骨髄系細胞の応答に対する抗炎症特性を有することができ
るが、T細胞を効率的に共刺激して、IL−2、IFN−γをさらに多い量で産生させ、
T細胞の増殖とCD8+T細胞の細胞障害活性を高めることもできる。さらに、特定の理
論に拘束されるものではないが、本明細書に開示されている免疫調節化合物は、サイトカ
インの活性化を通じて間接的に、また直接、ナチュラルキラー(「NK」)細胞とナチュ
ラルキラーT(「NKT」)細胞に作用できるとともに、NK細胞が有益なサイトカイン
(IFN−γなどであるが、これに限らない)を産生する能力を高めて、NK細胞とNK
T細胞の細胞障害活性を高めることができる。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、参照は、治療化合物を対象に投
与する前に、その対象から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコン
トロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法の別の実施
形態では、参照は、がんではない健常な対象から得たコントロール試料を用いることによ
って調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供す
る各種方法の別の実施形態では、参照は、がんではない健常な対象群から得たコントロー
ル試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のもの
である。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、参照は、がんである第2の対象
から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料
と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法のさらに別の実施形態では、参照
は、がんの対象群から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロ
ール試料は、試料と同じ供給源のものである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫(MM)
、リンパ腫または白血病である。いくつかの実施形態では、がんは、MMである。いくつ
かの実施形態では、がんは、リンパ腫である。別の実施形態では、がんは、白血病である
。いくつかの実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血
病(CML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)または急性骨髄性白血病(AML)で
ある。具体的実施形態では、白血病は、AMLである。具体的実施形態では、白血病は、
再発性であるか、難治性であるか、または従来療法に対して耐性である。いくつかの実施
形態では、がんは、骨髄異形成症候群(MDS)である。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーは、CRBNに直接
または間接的に影響されるタンパク質である。特定の実施形態では、バイオマーカーは、
CRBNに直接影響されるタンパク質(CRBN基質など)である。別の実施形態では、
バイオマーカーは、CRBNに間接的に影響されるタンパク質(CRBN基質に影響され
る下流タンパク質など)である。本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、
バイオマーカーは、CRBN関連タンパク質(CAP)である。いくつかの実施形態では
、このCAPは、CRBNの基質である。いくつかの実施形態では、CAPは、特定の条
件下におけるCRBNの結合パートナーである。いくつかの実施形態では、CAPは、C
RBN基質の影響を受ける下流因子である。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、小胞体ストレス応答(UPR)における
機能を有するものである。特定の実施形態では、バイオマーカーは、GCN2関連シグナ
リング経路における機能を有するものである。別の実施形態では、バイオマーカーは、A
TF4関連シグナリング経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では
、バイオマーカーは、IRE1関連シグナリング経路における機能を有するものである。
さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、XBP1関連シグナリング経路における機
能を有するものである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ATF6関連シグ
ナリング経路における機能を有するものである。特定の実施形態では、バイオマーカーは
、アポトーシス経路における機能を有するものである。別の実施形態では、バイオマーカ
ーは、ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)経路のRNA基質である。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1及びGSPT2からなる群か
ら選択したeRF3ファミリーメンバーである。いくつかの実施形態では、バイオマーカ
ーは、GSPT1及びGSPT2からなる群から選択したeRF3ファミリーメンバーで
あり、そのバイオマーカーのレベルは、参照よりも低い。一実施形態では、バイオマーカ
ーは、GSPT1である。別の実施形態では、バイオマーカーは、GSPT2である。さ
らに別の実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1であり、GSPT1のレベルは、
参照よりも低い。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、GSPT2であり、GS
PT2のレベルは、参照よりも低い。
特定の実施形態では、バイオマーカーは、IKZF1である。いくつかの実施形態では
、バイオマーカーは、IKZF1であり、IKZF1のレベルは、参照よりも低い。
特定の実施形態では、バイオマーカーは、ATF4、ATF3及びDDIT3からなる
群から選択されている。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ATF4、ATF
3及びDDIT3からなる群から選択されており、そのバイオマーカーのレベルは、参照
よりも高い。一実施形態では、バイオマーカーは、ATF4である。別の実施形態では、
バイオマーカーは、ATF3である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、DD
IT3である。一実施形態では、バイオマーカーは、ATF4であり、ATF4のレベル
は、参照よりも高い。別の実施形態では、バイオマーカーは、ATF3であり、ATF3
のレベルは、参照よりも高い。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、DDIT3
であり、DDIT3のレベルは、参照よりも高い。
特定の実施形態では、バイオマーカーは、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物
及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択されている。いくつかの実施形態で
は、バイオマーカーは、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物及びSRSF6 N
MD転写産物からなる群から選択されており、そのバイオマーカーのレベルは、参照より
も高い。一実施形態では、バイオマーカーは、切断PARPである。別の実施形態では、
バイオマーカーは、SRSF3 NMD転写産物である。さらに別の実施形態では、バイ
オマーカーは、SRSF6 NMD転写産物である。一実施形態では、バイオマーカーは
、切断PARPであり、切断PARPのレベルは、参照よりも高い。別の実施形態では、
バイオマーカーは、SRSF3 NMD転写産物であり、SRSF3 NMD転写産物の
レベルは、参照よりも高い。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、SRSF6
NMD転写産物であり、SRSF6 NMD転写産物のレベルは、参照よりも高い。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そ
のバイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、本発明で提供する方法は、試料内のタ
ンパク質と、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第1の抗体とを接触させ
ることをさらに含む。
一実施形態では、本発明で提供する方法は、
(i)第1の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第
2の抗体とを接触させることであって、その第2の抗体が、バイオマーカータンパク質に
免疫特異的に結合するとともに、その第2の抗体が、バイオマーカータンパク質上のエピ
トープのうち、第1の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、前記接触させ
ることと、
(ii)バイオマーカータンパク質に結合した第2の抗体の存在を検出することと、
(iii)第2の抗体における検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク
質の量を割り出すことと、をさらに含む。
別の実施形態では、本発明で提供する方法は、
(i)バイオマーカータンパク質に結合した第1の抗体と、検出可能な標識を有する第
2の抗体とを接触させることであって、その第2の抗体が、第1の抗体に免疫特異的に結
合する、前記接触させることと、
(ii)第1の抗体に結合した第2の抗体の存在を検出することと、
(iii)第2の抗体における検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク
質の量を割り出すことと、をさらに含む。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そ
のバイオマーカーのmRNAレベルを割り出すことによって測定する。本発明で提供する
各種方法の別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーのcDN
Aレベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の式Iの化
合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
は、ハロ置換アリールであり、
とRはそれぞれハロである。
一実施形態では、治療化合物は、
2−(3−クロロ−4−メチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メトキシフェニル)アセトアミド

2−(3−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロフェニル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−p−トリルアセトアミド、
2−(3,4−ジクロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−
イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトア
ミド、
2−(2−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(トリフルオロメチル)フェニル
)アセトアミド、
2−(4−tert−ブチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−
3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−フェニルアセトアミド、
2−(3−クロロ−4−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(トリフルオロメチルチオ)フェ
ニル)アセトアミド、
2−(2,6−ジフルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−o−トリルアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−フルオロフェニル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシフェニル)−2,2−ジフルオロアセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(トリフルオロメトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
2−(3−ブロモ−4−(トリフルオロメトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−
ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2
,2−ジフルオロアセトアミド、
2−(3−クロロ−4−メトキシフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−m−トリルアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシフェニル)アセト
アミド、
2−(3,4−ジフルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−フルオロフェニル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(トリフルオロメチル)ピリジン
−2−イル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロピルフェニル)アセトア
ミド、
2−(2,4−ジクロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−
イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトア
ミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−メトキシフェニル)アセトアミド

2−(4−シクロプロピルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
2−(4−クロロ−2−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
2−(4−クロロ−3−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−フルオロ−2−メチルフェニル)
アセトアミド、
2−(3−クロロ−2−メチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−(トリフルオロメ
チル)フェニル)アセトアミド、
2−(4−クロロ−2−メチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−メチルフェニル)
アセトアミド、
2−(4−クロロ−2−(トリフルオロメチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジ
オキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,
2−ジフルオロアセトアミド、
2−シクロヘキシル−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オ
キソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
2−(4−クロロ−2−(トリフルオロメトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−
ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2
,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−メトキシエトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−ヒドロキシエトキシ)フェ
ニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(2−メトキシエトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−ヒドロキシエチル)フェニ
ル)アセトアミド、
2−(3−(ジメチルアミノ)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(ピペリジン−1−イル)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−モルホリノフェニル)アセトアミ
ド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−イソプロポキシフ
ェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(2,2,2−トリフルオロエト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシ−4−フルオロフェニル)−2,2−ジフルオ
ロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−イソプロポキシフェニル)アセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−フルオロ−4−イソプロポキシフ
ェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(モルホリノメチル)フェニル)
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−(2,2,2−ト
リフルオロエトキシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシ−2−メチルフェ
ニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシ−3−メチルフェ
ニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−フルオロ−4−イソプロポキシフ
ェニル)アセトアミド、
2−(3−クロロ−4−イソプロポキシフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピ
ペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフ
ルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−メチル−4−(トリフルオロメト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−フルオロ−4−(トリフルオロメ
トキシ)フェニル)アセトアミド、
2−(5−クロロピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−
3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−フルオロピリジン−2−イル)ア
セトアミド、
2−(2,4−ジフルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
2−(4−ブロモフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(2−メトキシエトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−ヒドロキシシクロヘキシル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−ヒドロキシシクロペンチル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−メチル−4−(トリフルオロメト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(3−エトキシピリジン−2−イル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−メチルピリジン−2−イル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−メチルピリジン−2−イル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシ−6−フルオロフェニル)−2,2−ジフルオ
ロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4’−フルオロビフェニル−4−イル
)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシ−5−フルオロフェニル)−2,2−ジフルオ
ロアセトアミド、
2−シクロペンチル−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オ
キソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
2−(3−クロロ−4−(トリフルオロメトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−
ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2
,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メトキシ−2−(トリフルオロメ
チル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(2−ヒドロキシエトキシ)フェ
ニル)アセトアミド、
2−(4−クロロ−2−エトキシフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−ヒドロキシフェニル)アセトアミ
ド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(メチルアミノ)フェニル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシ−2−(トリフル
オロメチル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メチルシクロヘキシル)アセトア
ミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−イソプロポキシエトキシ)
フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−ヒドロキシフェニル)アセトアミ
ド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−((4−メチルピペラジン−1−
イル)メチル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メチル−2−(トリフルオロメチ
ル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(2−メトキシエトキシ)
エトキシ)フェニル)アセトアミド、
2−(3−(2−(ジメチルアミノ)エトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−ジ
オキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,
2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−イソプロピルピリジン−2−イル
)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(メチルスルホニル)エト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(3−(メチルスルホニル)プロ
ピル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(2−フルオロプロパン−2−イ
ル)フェニル)アセトアミド、
2−(1−ベンジル−6−オキソ−1,6−ジヒドロピリジン−3−イル)−N−((2
−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)
メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−メトキシピリジン−2−イル)ア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−メチル−6−オキソ−1,6−ジ
ヒドロピリジン−3−イル)アセトアミド、
2−(5−tert−ブチルピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピ
ペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフ
ルオロアセトアミド、
2−(5−シクロプロピルピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペ
リジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフル
オロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−イソプロポキシピリジン−2−イ
ル)アセトアミド、
2−(5−ブロモピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−
3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−(トリフルオロメ
トキシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロシクロヘキシル)アセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(メチルスルホニル)フェニル)
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(メチルスルホニル)フェニル)
アセトアミド、
2−(2−アミノピリミジン−5−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−(トリフルオロメチルチオ)ピリ
ジン−2−イル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(メチルアミノ)エトキシ
)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−メチル−6−オキソ−1,6−ジ
ヒドロピリダジン−3−イル)アセトアミド、
2−(2−アミノピリミジン−4−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(ピリミジン−4−イル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(ピペリジン−1−イル)
エトキシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−モルホリノエトキシ)フェ
ニル)アセトアミド、
2−(3−(2−(4,4−ジフルオロピペリジン−1−イル)エトキシ)フェニル)−
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−メチル−6−オキソ−1,6−ジ
ヒドロピリダジン−4−イル)アセトアミド及び
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(4−メチルピペラジン−1−イ
ル)フェニル)アセトアミドからなる群から選択されている。
具体的実施形態では、治療化合物は、2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2
,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル
)−2,2−ジフルオロアセトアミド(化合物D)、またはその立体異性体もしくは立体
異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プ
ロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
別の具体的実施形態では、治療化合物は、2−(4−フルオロフェニル)−N−((2
−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)
メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド(化合物E)、またはその立体異性体もしく
は立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポロー
グ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
4.図面の簡単な説明
図1A及び1Bには、化合物Dが、各種のAML細胞株において、GSPT1の分解を誘導したことが示されている。図1Aには、NB4細胞株において、化合物Dが、GSPT1とIKZF1の分解(プロテアソームインヒビターMG132によってブロックできる)を誘導したことが示されている。図1Aには、ポマリドミドとレナリドミドが、IKZF1の分解を誘導したが、GSPT1レベルには有意な作用は及ぼさなかったことも示されている。図1Bには、化合物Dが、HNT−34、KG−1、HL−60及びU937を含む4つの異なるAML細胞株において、GSPT1の分解を様々な程度で誘導したことが示されている。図1Bには、化合物Dが、非感受性AML細胞株OCI−AML3において、GSPT1に対してほとんど作用を及ぼさなかったことも示されている。
図2A〜2Dには、OCI−AML2細胞とMOLM−13細胞において、化合物Dの抗増殖作用と、化合物Dの誘導による、GSPT1の分解が、CRBN依存性であることが示されている。図2A及び2Bには、OCI−AML2細胞(図2A)とMOLM−13細胞(図2B)において、化合物Dの抗増殖作用が、CRBN依存性であることが示されている。図2C及び2Dには、OCI−AML2細胞(図2C)とMOLM−13細胞(図2D)において、化合物Dの誘導による、GSPT1の分解が、CRBN依存性であることが示されている。
図3A〜3Cには、GSPT1の安定化により、化合物Dの抗増殖作用が阻害されたことが示されている。図3Aには、完全長GSPT1と、1〜138番目のアミノ酸が欠失したGSPT1の配列が示されている。図3Bには、HA−GSPT1−G575NとHA−GSPT1−Δ(1−138)−G575NにおけるG575Nという変異によって、化合物Dの誘導による、HA−GSPT1とHA−GSPT1−Δ(1−138)の分解が防止されたことが示されている。図3Cには、安定化したGSPT1−G575NとGSPT1−Δ(1−138)−G575Nの過剰発現によって、化合物Dの抗増殖作用が阻害されたことが示されている。
図4A〜4Kには、各種細胞株において、GSPT1特異的shRNAによって、GSPT1の発現がノックダウンされ、細胞の増殖が阻害されたことが示されている。図4Aには、GSPT1特異的shRNA(shGSPT1−1、shGSPT1−2、shGSPT1−3及びshGSPT1−4など)を発現する293FTヒト胎児腎細胞において、様々な程度で細胞の増殖が阻害されたことと、shGSPT1−4を用いてGSPT1を枯渇したところ、eRF1とCRBNのレベルが低下したことが示されている。図4B〜4Kには、KG1(図4B及び4E)、U937(図4C及び4E)、NB−4(図4D及び4E)、Kasumi−1(図4F及び4I)、HL−60(図4G及び4I)、MV−4−11(図4H及び4I)、ならびにOCI−AML3(図4J及び4K)を含む7つのAML細胞株において、GSPT1の発現がノックダウンされたこと(図4E、4I及び4K)と、細胞の成長が阻害されたこと(図4B〜4D、4F、4H及び4J)が示されている。
図5A〜5Hには、各種のAML細胞株において、GSPT1の過剰発現によって、化合物Dの抗増殖作用が低下したことが示されている。図5A〜5Dには、ヒト組織球性リンパ腫細胞株U937(図5A及び5B)と、急性骨髄性白血病細胞株MOLM−13(図5C及び5D)において、化合物D(図5A及び5C)と化合物E(図5B及び5D)によって、細胞の増殖が阻害されたことと、ゲノム編集ツールのCRISPRを用いてCRBNを枯渇させることによって、抗増殖作用が妨げられたとともに、EF1aプロモーターによって、外因性GSPT1を過剰発現させることによって、抗増殖作用が劇的に低下したことが示されている。図5E〜5Hには、OCI−AML2細胞(図5E及び5F)とMOLM−13細胞(図5G及び5H)において、GSPT1(図5F及び5H)の過剰発現によって、化合物D(図5E及び5G)の抗増殖作用が低下したことが示されている。
図6A〜6Eには、GSPT1の枯渇によって、急性骨髄性白血病細胞株AML3及びKG1が、化合物Dと化合物Eに感作されたことが示されている。図6A〜6Dには、KG1細胞(図6A及び6B)とAML細胞(図6C及び6D)において、GSPT1の発現をshGSPT1−1またはshGSPT1−3によってダウンレギュレーションしたところ、化合物D(図6A及び6C)と化合物E(図6B及び6D)が、特に高濃度で、抗増殖作用を示したことと、その抗増殖作用が向上したことが示されている。図6Eには、shGSPT1−1とshGSPT1−3の両方によって、GSPT1とeRF1の発現が低下したことが示されている。
図7A及び7Bには、ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株KG1において、化合物Dの誘導による小胞体ストレス応答(UPR)が、アポトーシス細胞死よりも先に生じたことが示されている。図7Aには、化合物Dによって、GSPT1とBIP(CT−RmAbによって検出した場合)の分解が誘導されたことが示されている。図7Bには、化合物Dによる処置に応答して、p−eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、切断カスパーゼ3及び切断PARPのレベルが上昇したことが示されている。
図8A及び8Bには、KG1細胞において、化合物Dと化合物Eによって、アポトーシスが誘導されたことが示されている。図8Aには、化合物Dと化合物Eの両方によって、GSPT1、GSPT2及びBIP(CT−Abによって検出した場合)のレベルが低下したことが示されている。図8Bには、化合物Dと化合物Eの両方によって、ATF−3、DDIT3、切断カスパーゼ3及び切断PARPのレベルが上昇したことが示されている。
図9A及び9Bには、KG1細胞において、アポトーシスマーカーの出現よりも先に、化合物Dの誘導による、ATF4経路の活性化が生じたことが示されている。図9Aには、化合物Dによって、GSPT1の分解が誘導されたとともに、化合物Dによる処置から2時間後には、p−eIF2α、ATF4、ATF3及びCHOP(すなわちDDIT3)のレベルが上昇したことが示されている。図9Bには、化合物Dによる処置からおよそ6時間後に、切断カスパーゼ8、切断カスパーゼ9、切断カスパーゼ3、切断カスパーゼ7及び切断PARPのようなアポトーシスマーカーのレベルが上昇したことが示されている。
図10A及び10Bには、OCI−AML2細胞において、GSPT1の安定化によって、化合物Dによる、ATF4経路の活性化が阻止されたことが示されている。図10Aには、HA−GSPT1−G575NとHA−GSPT1−Δ(1−138)−G575NにおけるG575Nという変異によって、化合物Dの誘導による、HA−GSPT1とHA−GSPT1−Δ(1−138)の分解が防止されたことが示されている。p−eIF2α、ATF4、ATF3、CHOP/DDIT3(図10A)、切断カスパーゼ8、切断カスパーゼ9、切断カスパーゼ3、切断カスパーゼ7及び切断PARP(図10B)のレベルが変化しなかったことによって示されているように、GSPT1の安定化によって、化合物Dによる、ATF4とアポトーシス経路の活性化が阻止された。
KG−1細胞において、化合物Dによって、ATF4経路が活性化されたことが示されている。
KG−1細胞において、化合物Dによって、IRE1経路とATF6経路が活性化されたことが示されている。
U937細胞において、PERKの消失によって、TGの誘導によるUPRとアポトーシスが遅延したことが示されている。
U937細胞では、PERKの消失によって、化合物Dの誘導によるUPRとアポトーシスが影響を受けなかったことが示されている。
U937細胞において、GCN2の消失によって、化合物Dの誘導による、ATF4と切断カスパーゼ3の増大がブロックされたことが示されている。
U937細胞において、GCN2の枯渇によって、化合物Dによる、アポトーシスの用量依存的な誘導が妨げられたことが示されている。
U937細胞において、化合物Dによって、ATF4とアポトーシス経路の活性化が時間依存的に誘導されたことと、GCN2の枯渇によって、これらの作用が妨げられたことが示されている。
図18A及び18Bには、AML細胞株OCI−AML2(図18A)とMV−4−11(図18B)において、GCN2のノックアウトによって、化合物Dの誘導による、ATF−4経路とアポトーシスの誘導が阻止されたことが示されている。
OCI−AML2細胞において、化合物Dの誘導によるアポトーシスには、HRIが不要であることが示されている。
OCI−AML2細胞において、化合物Dの誘導によるアポトーシスには、PKRが不要であることが示されている。
IRE1の除去によって、TG(上のパネル)または化合物D(下のパネル)の誘導による、XBP1の蓄積が防止されたことが示されている。
化合物Dによる、ATF4経路の活性化とアポトーシスの誘導には、IRE1が不要であることが示されている。
同じ遺伝的背景を有するU937細胞において、GCN2の消失によって、化合物Dによるアポトーシスの誘導が妨げられたことが示されている。
GCN2の過剰発現によって、化合物Dに対する細胞の感度が低下したことが示されており、これは、ATF4経路の低レベルの慢性的活性化によるものと見られる。
図25A〜25Cには、U937 GCN2ノックアウト細胞において、野生型のGCN2の再導入によって、化合物Dの誘導による、ATF−4経路の活性化、アポトーシス及び抗増殖性が回復したが、変異体GCN2の再導入によっては回復しなかったことが示されている。図25Aには、U937クローン3細胞と、GCN2−/− 4−3によるGCN2ノックアウトU937細胞と、EF1a−GCN2をトランスフェクションしたGCN2ノックアウトU937細胞と、PGK−GCN2をトランスフェクションしたGCN2ノックアウトU937細胞とを播種した48ウェルプレート中のCell TiterGloが示されている。図25Bには、野生型のGCN2の再導入によって、化合物Dの誘導による、ATF−4経路の活性化とアポトーシスが回復したが、変異体GCN2の再導入によっては回復しなかったことが示されている。図25Cには、野生型のGCN2の再導入によって、化合物Dの抗増殖作用が回復したが、変異体GCN2の再導入によっては回復しなかったことが示されている。
図26A及び26Bには、翻訳リードスルーが、p−eIF2αレベルの上昇の原因ではないことが示されている。図26Aには、化合物DとG418によって、翻訳リードスルーが同程度のレベルで誘導されたことが示されている。図26Bには、化合物Dによって、p−eIF2αレベルが上昇したが、G418による影響はなかったことが示されている。
ATF4、ATF3及びDDIT3が、化合物D及び化合物Eの誘導によるアポトーシスの予測バイオマーカーとして機能することと、化合物Dまたは化合物Eによる処理に応答して、GSPT1のレベルが低下し、p−eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、切断カスパーゼ3及び切断PARPのレベルが上昇したことが示されている。
図28A及び28Bには、GSPT1を、PBMCにおける化合物の毒性のバイオマーカーとして使用できることが示されている。図28Aには、正常な末梢血単核球(PBMC)における化合物の毒性の予測が示されている。図28Aには、化合物Dと化合物Eによって、GSPT1の発現が低下したが、p−eIF2α、ATF3(スプライシングバリアント中の可能性が高い)及びDDIT3のレベルが上昇し、その結果、切断カスパーゼ3の増大により、カスパーゼ3が活性化したことが示されている。そして、その切断カスパーゼ3が、PARPを切断することによってPARPを不活化し、アポトーシスを誘導した。図28Bには、2人の正常なドナー(ID番号4328及び4379)と2人のAML患者(ID番号11SH及び09P6)から得たPBMCにおいて、化合物Dによる処置に応答したGSPT1レベルが示されている。
図29A〜29Jには、各種のAML細胞株において、化合物Dが、UPR経路の活性化とNMD経路の阻害に及ぼした作用が示されている。図29A〜29Fには、KG−1細胞において、化合物Dによる処理が、UPR経路とNMD経路に及ぼした作用が示されている。図29A及び29Bには、化合物Dによって、ATF3(図29A)とDDIT3(CHOP)(図29B)のmRNAレベルが上昇したことが示されている。図29C及び29Dには、化合物Dによって、SRSF3−1(NMD転写産物)(図29C)のmRNAレベルが上昇したが、SRSF3−3(正常転写産物)(図29D)のmRNAレベルは上昇しなかったことが示されている。図29E及び29Fには、化合物Dによって、SRSF6−1(NMD転写産物)(図29E)のmRNAレベルが上昇したが、SRSF6−3(正常転写産物)(図29F)のmRNAレベルは上昇しなかったことが示されている。図29G〜29Jには、HL−60細胞において、化合物Dによる処理が、UPR経路とNMD経路に及ぼす作用が示されている。化合物Dによって、ATF3(図29G)、DDIT3(CHOP、図29H)、SRSF3 NMD転写産物(図29I)、SRSF6 NMD転写産物(図29J)のレベルが上昇したが、SRSF3非NMD(正常)転写産物(図29I)及びSRSF6非NMD(正常)転写産物(図29J)は上昇しなかった。
図30A〜30Dには、KG−1(図30A及び30B)とHL−60(図30C及び30D)における、GSPT1の減少、UPR経路の活性化及びNMD経路の阻害と、アポトーシス誘導との相関関係が示されている。図30A〜30Cでは、24時間時点におけるカスパーゼ3/7の活性化が、8時間時点におけるGSPT1タンパク質の低下と、ATF3、CHOP、SRSF3 NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物の向上と比較されている。図30B〜30Dでは、48時間時点におけるカスパーゼ3/7の活性化が、8時間時点におけるGSPT1タンパク質の低下と、ATF3、CHOP、SRSF3 NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物の向上と比較されている。
図31A及び31Bには、試験したAML細胞株のうち最も感受性の高いHNT−34において、化合物Dによって、アポトーシスが誘導されたことが示されている。図31Aには、異なる処理時間長における化合物Dのアポトーシス誘導のEC50値が示されている。図31Bには、異なる処理時間長において、各種濃度の化合物Dによって誘導されたアポトーシスレベルが示されている。
図32A〜32Gには、HNT−34細胞においては、化合物Dによって、UPR経路が誘導され、その後、アポトーシスが誘導された(図32A〜32E)が、PBMCにおいては、作用が低下した(図32F及び32G)ことが示されている。図32Aには、各種濃度の化合物Dによる異なる時間長での処置に応答したHNT−34細胞中のGSPT1、ATF4、ATF3及びPARPのウエスタンブロット解析が示されている。図32B〜32Eでは、GSPT1(図32B)、ATF3(図32C)、ATF4(図32D)及び切断PARP(図32E)のウエスタンブロット強度が定量されている。図32Fには、各種濃度の化合物Dによる異なる時間長での処置に応答したPBMCにおけるGSPT1のウエスタンブロット解析が示されている。図32Gでは、PBMCにおけるGSPT1のウエスタンブロット強度が定量されている。
図33A〜33Dには、HNT−34細胞(図33A及び33C)とPBMC(図33B及び33D)において、各種濃度の化合物Dによる異なる時間長での処置に応答したATF3(図33A及び33B)とDDIT3(図33C及び33D)のmRNAレベルが示されている。
HNT−34細胞において、化合物DがGSPT1の発現に時間依存的及び濃度依存的に及ぼす作用が示されている。
図35A〜35Dには、9つのAML細胞株パネルにおいて、4時間(図35A)、8時間(図35B)、20時間(図35C)及び24時間(図35D)の処置で、化合物DがGSPT1の発現に濃度依存的に及ぼす作用が示されている。
AML細胞パネルにおけるGSPT1レベルの低下とアポトーシスの誘導との正の関連性が示されている。
5.発明を実施するための形態
本発明で提供する方法は、生体試料中の特定の分子(例えば、mRNA、cDNAまた
はタンパク質)のレベルの変化、例えば、レベルの上昇及び/またはレベルの低下を用い
て、がん(例えば、MDS、リンパ腫、MMまたは白血病)であるかまたはがんの疑いの
ある対象の、治療化合物(例えば化合物Dもしくは化合物E、またはその立体異性体もし
くは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポロ
ーグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形)に対する応答性を
予測できるという発見に部分的に基づいている。
5.1 定義
本明細書で使用する場合、「がん」という用語としては、固形がんと血液がんが挙げら
れるが、これらに限らない。「がん」という用語は、組織または器官の疾患を指し、膀胱
、骨、血液、脳、乳房、頸部(cervix)、胸部、大腸、子宮内膜、食道、眼、頭部
、腎臓、肝臓、リンパ節、肺、口腔、頸部(neck)、卵巣、膵臓、前立腺、直腸、皮
膚、胃、精巣、咽喉及び子宮の癌が挙げられるが、これらに限らない。具体的ながんとし
ては、進行性悪性腫瘍、アミロイドーシス、神経芽腫、髄膜腫、血管周囲細胞腫、多発性
脳転移、多形性膠芽腫、神経膠肉腫、脳幹グリオーマ、予後不良の悪性脳腫瘍、悪性グリ
オーマ、再発悪性グリオーマ、退形成星性細胞腫、退形成乏突起神経膠腫、神経内分泌腫
瘍、直腸腺癌、大腸癌(ステージ3及びステージ4の大腸癌を含む)、切除不能な大腸癌
、転移性肝細胞癌、カポジ肉腫、核型急性骨髄芽球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジ
キンリンパ腫、皮膚T細胞性リンパ腫、皮膚B細胞性リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞
リンパ腫、低悪性度濾胞性リンパ腫、悪性メラノーマ、悪性中皮腫、悪性胸水中皮腫症候
群、腹膜癌、漿液性乳頭状癌、婦人科肉腫、軟部組織肉腫、強皮症、皮膚血管炎、ランゲ
ルハンス細胞組織球増殖症、平滑筋肉腫、進行性骨化性線維異形成症、ホルモン抵抗性前
立腺癌、切除後のハイリスク軟部組織肉腫、切除不能な肝細胞癌、ワルデンシュトレーム
型マクログロブリン血症、くすぶり型骨髄腫、無症候性骨髄腫、卵管癌、アンドロゲン非
依存性前立腺癌、アンドロゲン依存性ステージIV非転移性前立腺癌、ホルモン非感受性
前立腺癌、化学療法非感受性前立腺癌、甲状腺乳頭癌、濾胞性甲状腺癌、甲状腺髄様癌、
ならびに平滑筋腫が挙げられるが、これらに限らない。
本明細書で使用する場合、「腫瘍」という用語は、悪性または良性を問わず、すべての
腫瘍性細胞の成長及び増殖と、すべての前がん細胞、前がん組織、がん細胞及びがん組織
を指す。「腫瘍性」とは、本明細書で使用する場合、悪性か良性かを問わず、いずれの形
態の異常調節細胞または無秩序細胞の成長であって、その結果、異常な組織の成長に至る
ものを指す。したがって、「腫瘍性細胞」には、異常調節細胞または無秩序細胞が成長し
ている悪性細胞と良性細胞が含まれる。
本明細書で使用する場合、「血液がん」または「血液の悪性腫瘍」とは、体の造血系及
び免疫系(骨髄及びリンパ組織)のがんを指す。このようながんとしては、白血病、リン
パ腫(非ホジキンリンパ腫)、ホジキン病(ホジキンリンパ腫ともいう)及び骨髄腫が挙
げられる。一実施形態では、骨髄腫は、多発性骨髄腫である。いくつかの実施形態では、
白血病は、例えば、急性骨髄性白血病(AML)、急性リンパ性白血病(ALL)、成人
T細胞白血病、慢性リンパ性白血病(CLL)、有毛細胞白血病、骨髄異形成症、骨髄増
殖性疾患、慢性骨髄性白血病(CML)、骨髄異形成症候群(MDS)、1型ヒトリンパ
球向性ウイルス(HTLV−1)白血病、肥満細胞症またはB細胞急性リンパ芽球性白血
病である。いくつかの実施形態では、リンパ腫は、例えば、びまん性大細胞型B細胞リン
パ腫(DLBCL)、B細胞免疫芽球性リンパ腫、小非分割細胞性リンパ腫、1型ヒトリ
ンパ球向性ウイルス(HTLV−1)白血病/リンパ腫、成人T細胞リンパ腫、末梢性T
細胞リンパ腫(PTCL)、皮膚T細胞性リンパ腫(CTCL)、マントル細胞リンパ腫
(MCL)、ホジキンリンパ腫(HL)、非ホジキンリンパ腫(NHL)、AIDS関連
性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、T細胞/組織球豊富型大細胞型B
細胞リンパ腫、形質転換リンパ腫、縦隔原発(胸腺)大細胞型B細胞リンパ腫、脾臓辺縁
帯リンパ腫、リヒタートランスフォーメーション、節性辺縁帯リンパ腫またはALK陽性
大細胞型B細胞リンパ腫である。一実施形態では、血液がんは、例えば、DLBCL、濾
胞性リンパ腫または辺縁帯リンパ腫を含む緩慢性リンパ腫である。
「白血病」という用語は、造血組織の悪性新生物を指す。白血病としては、慢性リンパ
性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病及び急性骨髄
芽球性白血病が挙げられるが、これらに限らない。白血病は、再発性であることも、難治
性であることも、または従来療法に対して耐性であることもできる。
「骨髄異形成症候群」という用語は、血液の1つ以上の細胞成分(赤血球、白血球(リ
ンパ球以外)及び血小板(またはその前駆細胞である巨核球))の産生異常によって特徴
付けられる血液の状態を指し、不応性貧血(RA)、環状鉄芽球を伴うRA(RARS)
、芽球過剰のRA(RAEB)、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症(RCMD)、
単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症(RCUD)、分類不能型骨髄異形成症候
群(MDS−U)、del(5q)単独の染色体異常を伴う骨髄異形成症候群、治療関連
骨髄性腫瘍及び慢性骨髄単球性白血病(CMML)という障害が含まれる。
本明細書で使用する場合、「前骨髄球性白血病」または「急性前骨髄球性白血病」とは
、骨髄系の細胞における成熟血液細胞不全と、前骨髄球という未熟細胞の過剰が見られる
、骨髄の悪性腫瘍を指す。この白血病は通常、15番染色体と17番染色体の領域の転座
によって特徴付けられる。
本明細書で使用する場合、「急性リンパ性白血病(ALL)」(「急性リンパ芽球性白
血病」としても知られている)とは、初期の無顆粒白血球細胞、すなわちリンパ球の異常
な成長と発生を原因とする悪性疾患を指す。
本明細書で使用する場合、「T細胞白血病」とは、Tリンパ球またはT細胞という、リ
ンパ系の特定の細胞が悪性化している疾患を指す。T細胞は、正常時には、ウイルス感染
細胞と、外来細胞と、がん細胞を攻撃するとともに、免疫応答を調節する物質を産生する
ことができる白血球細胞である。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「治療する」、「治療すること
」及び「治療」という用語は、患者が特定のがんを罹患しているときに行う処置であって
、がんの重症度を低下させるか、またはがんの進行を遅らせるか、もしくはゆっくりにす
る処置を指す。
「感受性」または「感受性を有する」という用語は、化合物による治療について使用す
る場合には、治療する腫瘍または疾患の進行の抑制または低下における、化合物の有効性
の程度を指す相対的な用語である。例えば、「感受性の向上」という用語は、化合物との
関連で、細胞または腫瘍の治療について使用する場合には、腫瘍を治療する有効性が少な
くとも約5%以上向上することを指す。
本明細書で使用する場合、「化合物」及び「治療化合物」という用語は、同義的に用い
られており、式Iの化合物が含まれる。化合物の非限定的な例としては、下記の5.7項
で開示されているものが挙げられる。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、化合物の「治療上有効な量」と
いう用語は、がんの治療もしくは管理の際に治療効果をもたらすか、またはがんの存在と
関連する1つ以上の症状を遅らせたり、もしくは最小限にしたりするのに十分な量である
。化合物の治療上有効な量とは、単独の治療剤、または他の療法と組み合わせる治療剤の
量であって、がんの治療または管理の際に治療効果をもたらす量を意味する。「治療上有
効な量」という用語は、治療法全体を改善したり、がんの症状もしくは原因を軽減もしく
は回避したり、または別の治療剤の治療有効性を高めたりする量を含むことができる。こ
の用語は、生体分子(例えば、タンパク質、酵素、RNAもしくはDNA)、細胞、組織
、系、動物またはヒトの生物学的または医学的応答であって、研究者、獣医、医師または
臨床医によって求められている応答を誘発するのに十分な化合物量も指す。
「応答性」または「応答する」という用語は、治療に関して使用する場合には、治療す
る疾患、例えばMMまたはAMLの症状の抑制または軽減における治療有効性の程度を指
す。例えば、「応答性の向上」という用語は、細胞または対象の治療に関して使用する場
合には、当該技術分野において知られているいずれかの方法を用いて測定したときに、疾
患の症状を抑制または軽減する有効性が、対照の治療(例えば、同じ細胞もしくは対象、
または異なる細胞もしくは対象の治療)よりも向上することを指す。特定の実施形態では
、この有効性の向上は、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少なくとも約20%、
少なくとも約30%、少なくとも約40%または少なくとも約50%である。
本明細書で使用する場合、「対象の有効な応答」、「患者の有効な応答」及び「患者の
腫瘍の有効な応答」という用語は、患者に対する治療効果がいずれかに向上することを指
す。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、腫瘍の進行速度が約5%、約10%、約2
5%、約50%または約100%低下することであることができる。「患者の腫瘍の有効
な応答」は、例えば、がんの身体的症状が約5%、約10%、約25%、約50%または
約100%軽減することであることができる。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、
遺伝子の発現、細胞数、アッセイ結果、腫瘍のサイズなどのいずれかの好適な手段によっ
て測定した場合に、患者の応答が、約5%、約10%、約25%、約50%、約100%
、約200%または約200%超向上することであることができる。
がんまたはがん関連疾患の改善は、完全な応答または部分的な応答として特徴付けるこ
とができる。「完全な応答」とは、臨床的に検出可能な疾患が見られないとともに、いず
れかの過去の異常な放射線検査結果、骨髄及び脳脊髄液(CSF)または異常なモノクロ
ーナルタンパク質測定値が正常化することを指す。「部分的な応答」とは、新たな病変の
ない状態で、すべての測定可能な腫瘍量(すなわち、対象に存在する悪性細胞の数、腫瘍
塊の体積測定値、または異常なモノクローナルタンパク質の量)が、少なくとも約10%
、約20%、約30%、約40%、約50%、約60%、約70%、約80%または約9
0%減少することを指す。「治療」という用語では、完全な応答と部分的な応答の両方が
想定されている。
「見込み」という用語は概して、ある事象の確率の上昇を指す。「見込み」という用語
では、患者の腫瘍の応答の有効性に関して使用する場合には、概して、腫瘍の進行速度ま
たは腫瘍細胞の成長速度が低下する確率の上昇が想定されている。「見込み」という用語
は、患者の腫瘍の応答の有効性に関して使用する場合には、概して、腫瘍治療の進展の増
大を証明し得る指標(mRNAまたはタンパク質の発現など)の向上も意味することがで
きる。
「予測する」という用語は概して、事前に判断したり、見定めたりすることを意味する
。がん治療の有効性を「予測する」ために使用する場合には、例えば、「予測する」とい
う用語は、最初、治療の開始前、または治療期間が実質的に進む前に、がん治療の転帰の
見込みを判断できることを意味することができる。
「モニタリングする」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、活性の管理、
監督、統制、観察、追跡または監視を指す。例えば、「化合物の有効性をモニタリングす
る」という用語は、患者または腫瘍細胞培養液のがんを治療する有効性を追跡することを
指す。同様に、「モニタリングする」という用語は、個別に、または臨床試験において、
患者コンプライアンスに関して使用する場合には、患者が実際に、処方どおりに試験薬を
服用していることを追跡または確認することを指す。モニタリングは、例えば、mRNA
またはタンパク質バイオマーカーの発現を追跡することによって行うことができる。
「腫瘍」とは、本明細書で使用する場合、悪性か良性かを問わず、すべての腫瘍性細胞
の成長及び増殖と、すべての前がん細胞、前がん組織、がん細胞及びがん組織を指す。「
腫瘍性」とは、本明細書で使用する場合、悪性か良性かを問わず、いずれの形態の異常調
節細胞または無秩序細胞の成長であって、その結果、異常な組織の成長に至るものを指す
。したがって、「腫瘍性細胞」には、異常調節細胞または無秩序細胞が成長している悪性
細胞と良性細胞が含まれる。
本明細書で使用する場合、「セレブロン関連タンパク質」または「CAP」とは、直接
もしくは間接的に、セレブロン(CRBN)と相互作用するか、またはCRBNに結合す
るタンパク質を指す。例えば、この用語は、セレブロンに直接結合するいずれかのタンパ
ク質と、CRBN経路の間接的な下流エフェクターであるいずれかのタンパク質を指す。
特定の実施形態では、「セレブロン関連タンパク質」または「CAP」は、CRBNの基
質、例えば、CRBNを伴うE3ユビキチンリガーゼ複合体のタンパク質基質、またはそ
の下流基質である。いくつかの実施形態では、「セレブロン関連タンパク質」または「C
AP」は、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3またはDDIT3
である。
「調節する」という用語は、本明細書で使用する場合、分子の活性または生体機能を制
御すること(分子の活性または生体機能を高めたり、または低下させたりすることなど)
を指す。
「がん」及び「がん性」という用語は、無秩序細胞の成長によって典型的に特徴付けら
れる、哺乳動物の生理的状態を指すか、またはこの状態を記述するものである。がんの例
としては、血液がん(例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫及び白血病)と、固形がんが挙げ
られるが、これらに限らない。
「難治性」または「耐性」という用語は、強力な治療の後でも、患者のリンパ系、血液
及び/または造血組織(例えば骨髄)に、残存がん細胞(例えば、白血病細胞またはリン
パ腫細胞)がある状況を指す。
「再発した」という用語は、治療後にがんが寛解した患者のリンパ系、血液及び/また
は造血組織(例えば骨髄)で、がん細胞(例えば、白血病細胞またはリンパ腫細胞)が再
発したとともに、正常な血液細胞が減少した状態を指す。
「生物学的マーカー」または「バイオマーカー」は、検出されることで、特定の生体状
態(例えば、がんの存在など)を示す物質である。いくつかの実施形態では、バイオマー
カーは、個別に判定できる。別の実施形態では、いくつかのバイオマーカーを同時に測定
できる。
いくつかの実施形態では、「バイオマーカー」によって、疾患のリスクもしくは進行、
または所定の治療に対する疾患の感受性と相関し得るmRNA発現レベルの変化が示され
る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、mRNAまたはcDNAなどの核酸で
ある。
追加の実施形態では、「バイオマーカー」によって、疾患のリスクもしくは進行、また
は治療に対する患者の感受性と相関し得るポリペプチドまたはタンパク質の発現レベルの
変化が示される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ポリペプチドもしくはタ
ンパク質、またはその断片であることができる。特定のタンパク質の相対レベルは、当該
技術分野において知られている方法によって割り出すことができる。例えば、抗体ベース
の方法(イムノブロット、酵素結合免疫吸着法(ELISA)または他の方法など)を使
用することができる。
「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書で同義的に用いられてい
る場合、ペプチド結合によって連なって結合している3つ以上のアミノ酸のポリマーを指
す。「ポリペプチド」という用語には、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質類似体
、オリゴペプチドなどが含まれる。「ポリペプチド」という用語は、本明細書で使用する
場合、ペプチドも指すこともできる。ポリペプチドを構成するアミノ酸は、天然由来であ
っても、合成したものであってもよい。ポリペプチドは、生体試料から精製できる。ポリ
ペプチド、タンパク質またはペプチドには、修飾ポリペプチド、修飾タンパク質及び修飾
ペプチド、例えば、グリコポリペプチド、グリコタンパク質もしくはグリコペプチド、ま
たはリポポリペプチド、リポタンパク質もしくはリポペプチドも含まれる。
本明細書で同義的に用いられている場合、「抗体」、「免疫グロブリン」または「Ig
」という用語には、完全にアセンブルされた抗体と、抗原に特異的に結合する能力を保持
している抗体断片が含まれる。本発明で提供する抗体としては、合成抗体、モノクローナ
ル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え作製した抗体、多特異性抗体(二重特異性抗体を
含む)、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、一本鎖Fv(scFv)
(例えば、単特異性scFv、二重特異性scFvなどを含む)、ラクダ化抗体、Fab
断片、F(ab’)断片、ジスルフィド結合Fv(sdFv)、抗イディオタイプ(抗I
d)抗体、及び上記のいずれかのうちのエピトープ結合断片が挙げられるが、これらに限
らない。具体的には、本発明で提供する抗体としては、免疫グロブリン分子と、免疫グロ
ブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、CRBN抗原に免疫特異的に結合する抗
原結合部位を含む抗原結合ドメインまたは分子(例えば、抗CRBN抗体の1つ以上の相
補性決定領域(CDR))が挙げられる。本発明で提供する抗体は、免疫グロブリン分子
のいずれかのクラス(例えば、IgG、IgE、IgM、IgD及びIgA)またはいず
れかのサブクラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1及びI
gA2)のものであることができる。いくつかの実施形態では、抗CRBN抗体は、完全
ヒトモノクローナルCRBN抗体のような完全ヒトCRBN抗体である。特定の実施形態
では、本発明で提供する抗体は、IgG抗体またはそのサブクラス(例えば、ヒトIgG
1またはIgG4)である。
「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」、「抗原結合断片」という用語と、類似の用
語は、抗原と相互作用するとともに、その結合物質に、その抗原に対する特異性と親和性
をもたらすアミノ酸残基を含む抗体部分(例えばCDR)を指す。抗原結合領域は、齧歯
動物(例えば、ウサギ、ラットまたはハムスター)及びヒトのようないずれかの動物種に
由来するものであることができる。いくつかの実施形態では、抗原結合領域は、ヒト由来
のものである。
「エピトープ」という用語は、本明細書で使用する場合、抗原の表面上の領域のうち、
抗体の1つ以上の抗原結合領域に結合でき、哺乳動物(例えばヒト)のような動物におい
て、抗原活性または免疫原性活性を有し、免疫応答を誘発できる局所領域を指す。免疫原
性活性を有するエピトープは、動物において抗体応答を誘発するポリペプチド部分である
。抗原活性を有するエピトープは、抗体が免疫特異的に結合するポリペプチド部分であり
、この結合は、当該技術分野において周知のいずれかの方法によって、例えば、本明細書
に記載されているイムノアッセイによって判断する。抗原エピトープは必ずしも、免疫原
性を有する必要はない。エピトープは通常、アミノ酸または糖側鎖などの化学的に活性な
分子表面基からなり、特有の三次元構造の特徴と、特有の荷電特性を有する。エピトープ
に寄与するポリペプチド領域は、そのポリペプチドの連続するアミノ酸であってもよく、
またはエピトープは、そのポリペプチドの2つ以上の非連続領域から生じたものであって
もよい。エピトープは、抗原の三次元表面機構であっても、なくてもよい。
「完全ヒト抗体」及び「ヒト抗体」という用語は、本明細書では同義的に用いられてお
り、ヒト可変領域と、いくつかの実施形態では、ヒト定常領域とを含む抗体を指す。具体
的な実施形態では、これらの用語は、ヒト由来の可変領域と定常領域とを含む抗体を指す
。「完全ヒト抗体」という用語には、Kabat et al.,Sequences
of Proteins of Immunological Interest,U.
S.Department of Health and Human Service
s,NIH Publication No.91−3242(5th ed.1991
)によって説明されているように、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に対応する可変領
域と定常領域とを有する抗体が含まれる。
「組み換えヒト抗体」という語句には、宿主細胞にトランスフェクションした組み換え
発現ベクターを用いて発現させた抗体、組み換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリー
から単離した抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子のトランスジェニック及び/または染色体
導入動物(例えば、マウスまたはウシ)から単離した抗体(例えば、Taylor et
al.,Nucl.Acids Res.1992,20:6287−6295を参照
されたい)のように、組み換え手段によって調製、発現、作製もしくは単離されるヒト抗
体、または、ヒト免疫グロブリン遺伝子配列を他のDNA配列にスプライシングすること
を伴ういずれかの他の手段によって調製、発現、作製もしくは単離される抗体が含まれる
。このような組み換えヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変領
域と定常領域とを有することができる。Kabat et al.,Sequences
of Proteins of Immunological Interest,U
.S.Department of Health and Human Servic
es,NIH Publication No.91−3242(5th ed.199
1)を参照されたい。特定の実施形態では、しかしながら、このような組み換えヒト抗体
に対して、インビトロ変異誘発(または、ヒトIg配列のトランスジェニック動物を用い
るときには、インビボ体細胞変異誘発)を行うので、組み換え抗体の重鎖可変領域と軽鎖
可変領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系の重鎖可変配列と軽鎖可変配列に由来すると
ともに、それらの配列に関連するが、天然では、インビボのヒト抗体生殖細胞系レパート
リーには存在できない配列である。
「モノクローナル抗体」という用語は、均質な抗体または実質的に均質な抗体の集団か
ら得られた抗体を指し、各モノクローナル抗体は典型的には、抗原上の1つのエピトープ
を認識することになる。いくつかの実施形態では、「モノクローナル抗体」は、本明細書
で使用する場合、1つのハイブリドーマ細胞またはその他の細胞によって産生される抗体
であり、その抗体は、1つのエピトープのみに免疫特異的に結合し、その結合は、ELI
SA、または当該技術分野において知られているか、または本明細書に示されている実施
例におけるその他の抗原結合アッセイもしくは競合結合アッセイによって判定する。「モ
ノクローナル」という用語は、いずれかの特定の抗体作製方法に限定されない。例えば、
本発明で提供するモノクローナル抗体は、Kohler et al.,Nature
1975,256:495−497に記載されているようなハイブリドーマ法によって作
製しても、本明細書に記載されているような技法を用いて、ファージライブラリーから単
離してもよい。クローナル細胞株と、その細胞株によって発現されるモノクローナル抗体
を調製するその他の方法は、当該技術分野において周知である。例えば、Short P
rotocols in Molecular Biology,Chapter 11
(Ausubel et al.,eds.,John Wiley and Sons
,New York,5th ed.2002)を参照されたい。その他のモノクローナ
ル抗体を作製するその他の例示的な方法は、本明細書の実施例に示されている。
「ポリクローナル抗体」とは、本明細書で使用する場合、多くのエピトープを有するタ
ンパク質に対する免疫原性応答の際に産生される抗体集団を指し、したがって、そのタン
パク質の同じエピトープまたは異なるエピトープに対する多種多様な抗体を含む。ポリク
ローナル抗体の作製方法は、当該技術分野において知られている。例えば、Short
Protocols in Molecular Biology,Chapter 1
1(Ausubel et al.,eds.,John Wiley and Son
s,New York,5th ed.2002)を参照されたい。
「セレブロン」または「CRBN」という用語と、類似の用語は、ヒトCRBNタンパ
ク質(例えば、GenBankアクセッション番号NP_057386のヒトCRBNア
イソフォーム1、またはGenBankアクセッション番号NP_001166953の
ヒトCRBNアイソフォーム2(それぞれ、参照により、その全体が本明細書に援用され
る))と、そのSNPバリアントを含む関連ポリペプチドのように、いずれかのCRBN
のアミノ酸配列を含むポリペプチド(「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質
」は、本明細書では同義的に用いられている)を指す。関連CRBNポリペプチドとして
は、アレルバリアント(例えばSNPバリアント)、スプライスバリアント、断片、誘導
体、置換バリアント、欠失バリアント、挿入バリアント、融合ポリペプチド及び種間相同
体(特定の実施形態では、CRBN活性を保持している、及び/または抗CRBN免疫応
答を引き起こすのに十分であるもの)が挙げられる。
「発現する」または「発現」という用語は、本明細書で使用する場合、遺伝子から転写
して、その遺伝子の2本の核酸鎖のうちの1本の領域と少なくとも部分的に相補的なRN
A核酸分子をもたらすことを指す。「発現する」または「発現」という用語は、本明細書
で使用する場合、RNA分子から翻訳して、タンパク質、ポリペプチドまたはその一部を
もたらすことも指す。
「レベル」という用語は、バイオマーカー分子の量、蓄積または比率を指す。レベルは
、例えば、遺伝子によってコードされたメッセンジャーRNA(mRNA)の量もしくは
合成速度、遺伝子によってコードされたポリペプチドもしくはタンパク質の量もしくは合
成速度、または細胞もしくは生体液に蓄積された生体分子の量もしくは合成速度によって
表すことができる。「レベル」という用語は、試料中の分子の絶対量、またはその分子の
相対量を定常状態または非定常状態の条件下で求めたものを指す。
「アップレギュレーションされている」mRNAは概して、所定の治療または条件によ
って増加する。「ダウンレギュレーションされている」mRNAは概して、所定の治療ま
たは条件に応じて、そのmRNAの発現レベルが低下していることを指す。場合により、
mRNAレベルは、所定の治療または条件によって変化しないままである場合もある。患
者試料由来のmRNAは、薬物で治療した場合、未治療のコントロールと比べて、「アッ
プレギュレーションする」場合もある。このアップレギュレーションは、例えば、比較用
コントロールのmRNAレベルの約5%、約10%、約20%、約30%、約40%、約
50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約100%、約200%、約300
%、約500%、約1,000%、約5,000%またはこれを超える程度上昇すること
であることができる。あるいは、mRNAは、特定の化合物またはその他の薬剤の投与に
応答して、「ダウンレギュレーション」するか、または低下したレベルで発現する場合も
ある。ダウンレギュレーションしたmRNAは、例えば、比較用コントロールmRNAレ
ベルの約99%、約95%、約90%、約80%、約70%、約60%、約50%、約4
0%、約30%、約20%、約10%、約1%またはこれを下回るレベルで存在し得る。
同様に、患者試料由来のポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーのレベルは、薬
物で治療すると、未治療のコントロールと比べて、上昇する場合がある。この上昇は、比
較用コントロールタンパク質レベルの約5%、約10%、約20%、約30%、約40%
、約50%、約60%、約70%、約80%、約90%、約100%、約200%、約3
00%、約500%、約1,000%、約5,000%またはこれを超えるレベルである
ことができる。あるいは、タンパク質バイオマーカーのレベルは、特定の化合物またはそ
の他の薬剤の投与に応答して、低下する場合もある。この低下は、例えば、比較用コント
ロールタンパク質レベルの約99%、約95%、約90%、約80%、約70%、約60
%、約50%、約40%、約30%、約20%、約10%、約1%またはこれを下回るレ
ベルで存在することができる。
「割り出す」、「測定する」、「評価する(evaluating)」、「評価する(
assessing)」及び「アッセイする」という用語は、本明細書で使用する場合、
概して、いずれかの形態の測定を指し、ある要素が存在するか否かを判断することを含む
。これらの用語には、定量及び/または定性的な判定が含まれる。評価は、相対的である
ことも、絶対的であることもある。「存在を評価する」こととしては、存在する物の量を
割り出すことと、有無を割り出すことを挙げることができる。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書では、ヌクレオチド、例え
ば、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドで構成されたいずれかの長さの
ポリマー、または合成によって作製した化合物であって、2本の天然の核酸と同様に、天
然の核酸と配列特異的にハイブリダイズできる、例えば、ワトソン・クリック塩基対相互
作用に関与できるものを説明する目的で、同義的に用いられている。本明細書で、ポリヌ
クレオチド配列に関して使用する場合、「塩基(bases)」(または「塩基(bas
e)」)という用語は、「ヌクレオチド(nucleotides)」(または「ヌクレ
オチド(nucleotide)」)、すなわち、ポリヌクレオチドのモノマーサブユニ
ットと同義である。「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、既知のプリン
塩基及びピリミジン塩基のみならず、修飾された他の複素環式塩基も含む部分を含むよう
に意図されている。このような修飾には、メチル化プリンもしくはメチル化ピリミジン、
アシル化プリンもしくはアシル化ピリミジン、アルキル化リボースまたは他の複素環が含
まれる。加えて、「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、従来のリボース
糖とデオキシリボース糖のみならず、他の糖も含む部分も含む。修飾ヌクレオシドまたは
修飾ヌクレオチドは、糖部分に対する修飾も含み、例えば、そのヒドロキシル基の1つ以
上が、ハロゲン原子もしくは脂肪族基と置き換えられているか、またはエーテル、アミン
などとして官能化されている。「類似体」という用語は、模倣体、誘導体として文献で認
識されている構造的特徴を有する分子、類似の構造を有する分子、または他の同様の用語
を指し、例えば、非天然ヌクレオチドが組み込まれたポリヌクレオチド、ヌクレオチド模
倣体(2’−修飾ヌクレオシドなど)、ペプチド核酸、オリゴマーヌクレオシドホスホネ
ート及び置換基(保護基または連結部分など)が付加されているいずれのポリヌクレオチ
ドも含む。
「相補的」という用語は、ポリヌクレオチドの配列に基づく、ポリヌクレオチド間の特
異的な結合を指す。本明細書で使用する場合、第1のポリヌクレオチドと第2のポリヌク
レオチドは、ストリンジェントな条件でのハイブリダイゼーションアッセイにおいて、互
いに結合し合う場合、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて、所定のレベル
または検出可能なレベルのシグナルを生成する場合、相補的である。ポリヌクレオチドの
部分は、従来の塩基対形成規則(例えば、AはT(またはU)と対になり、GはCと対に
なる)に従う場合、互いに相補的であるが、ミスマッチ配列、挿入配列または欠失配列の
小さな領域(例えば約3塩基未満)が存在してもよい。
2つの核酸配列との関連においては、「配列同一性」または「同一性」という用語は、
その2つの配列における残基のうち、所定の比較ウィンドウにわたって最大一致するよう
にアラインメントしたときに同じである残基を指し、付加、欠失及び置換を考慮すること
ができる。
ポリヌクレオチドとの関連においては、様々な文法形態の「実質的な同一性」または「
相同」という用語は、概して、あるポリヌクレオチドが、参照配列に対して所望の同一性
、例えば、少なくとも60%の同一性、少なくとも70%の同一性、少なくとも80%の
同一性、少なくとも90%の同一性及び少なくとも95%の同一性を有する配列を含むこ
とを意味する。ヌクレオチド配列が実質的に同一であるかどうかの別の尺度は、2つの分
子が、ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズするかどうかである。
「単離した」及び「精製した」という用語は、物質(mRNA、DNAまたはタンパク
質など)が、その物質を含む試料の相当部分を占めるように、すなわち、その物質が、典
型的に、天然の状態または未単離の状態で存在する割合を上回るように、その物質を単離
することを指す。典型的に、試料の相当部分とは、例えば、試料の1%超、2%超、5%
超、10%超、20%超、50%超またはそれを上回る割合、通常は最大で約90%〜1
00%を占める。例えば、単離したmRNAの試料は、典型的に、少なくとも約1%の全
mRNAを含む。ポリヌクレオチドの精製技法は、当該技術分野において周知であり、例
えば、ゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティクロマトグラフィー
、フローソーティング及び密度による沈降が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「結合した」という用語は、直接的または間接的な結合を示
す。化学的構造との関連においては、「結合した(bound)」(または「結合した(
bonded)」)とは、2つの部分を直接連結するか、2つの部分を間接的に連結する
(例えば、連結基または分子のいずれかの他の介在部分を介して連結する)化学結合が存
在することを指すことができる。この化学結合は、共有結合、イオン結合、配位錯体、水
素結合、ファンデルワールス相互作用または疎水性スタッキングであってもよいし、複数
のタイプの化学結合の特徴を示すものであってもよい。特定のケースでは、「結合した」
には、その結合が直接的である実施形態と、その結合が間接的である実施形態とが含まれ
る。
「試料」という用語は、本明細書で使用する場合、典型的には(ただし、必須ではない
)、流体形態の物質または物質の混合物であって、1つ以上の目的成分を含む物質または
物質の混合物に関するものである。
「生体試料」とは、本明細書で使用する場合、生体組織の試料または生体液由来の試料
を含め、生体対象から得た試料であって、インビボまたはインサイチュで得たか、到達し
たかまたは採取した試料を指す。生体試料には、前がん細胞、前がん組織、がん細胞また
はがん組織を含む生体対象領域から得た試料も含まれる。このような試料は、哺乳動物か
ら単離した器官、組織及び細胞であることができるが、これらに限らない。例示的な生体
試料としては、細胞溶解液、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細
胞小器官、生体液、血液試料、尿試料、皮膚試料などが挙げられるが、これらに限らない
。好ましい生体試料としては、全血、部分精製血液、PBMC、組織生検体などが挙げら
れるが、これらに限らない。
「アナライト」という用語は、本明細書で使用する場合、試料の既知または未知の構成
要素を指す。
「捕捉物質」という用語は、本明細書で使用する場合、その物質がmRNAまたはタン
パク質と結合して、mRNAまたはタンパク質を不均一混合物から濃縮させるのに十分で
ある相互作用を通じて、mRNAまたはタンパク質と結合する物質を指す。
「プローブ」という用語は、本明細書で使用する場合、特異的標的のmRNAバイオマ
ーカー配列に向けられる捕捉物質を指す。したがって、プローブセットの各プローブは、
それぞれの標的mRNAバイオマーカーを有する。プローブ/標的mRNA二本鎖は、プ
ローブをその標的mRNAバイオマーカーにハイブリダイズさせることによって形成され
る構造体である。
「核酸プローブ」または「オリゴヌクレオチドプローブ」という用語は、本発明で提供
するmRNAバイオマーカーのような、相補的な配列の標的核酸に、通常は、水素結合を
形成することによる相補的な塩基対合を通じて結合できる核酸を指す。本明細書で使用す
る場合、プローブは、天然の塩基(例えば、A、G、CもしくはT)または修飾塩基(7
−デアザグアノシン、イノシンなど)を含んでよい。加えて、プローブ内の塩基は、ハイ
ブリダイゼーションに干渉しない限り、ホスホジエステル結合以外の結合によって連結さ
れていてもよい。当業者であれば、プローブは、ハイブリダイゼーション条件のストリン
ジェンシーに応じて、そのプローブ配列と完全な相補性を持たない標的配列と結合し得る
ことがわかるであろう。プローブは、タグ、例えば、発色団、発光団、色原体で直接標識
するか、ストレプトアビジン複合体が後で結合し得るビオチンで間接的に標識するのが好
ましい。プローブの有無についてアッセイすることによって、目的の標的mRNAバイオ
マーカーの有無を検出することができる。
「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は、そのアッセイにおいて所望のレベ
ルの特異性をもたらすのに十分な相補性を持つ核酸の結合対、例えば、プローブと標的m
RNAの結合対を生成させるのに適合する一方で、所望の特異性をもたらすには相補性が
不十分である結合メンバー間の結合対の形成には概して不適合である条件を指す。「スト
リンジェントなアッセイ条件」という用語は、概して、ハイブリダイゼーション条件と洗
浄条件を組み合わせたものを指す。
「標識」または「検出可能な部分」とは、核酸との関連においては、核酸と連結したと
きに、例えば、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段または化学
的手段によって、その核酸を検出可能にする組成物を指す。例示的な標識としては、放射
性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、酵素、ビオチン、ジゴキ
シゲニン、ハプテンなどが挙げられるが、これらに限定されない。「標識した核酸または
オリゴヌクレオチドプローブ」は概して、共有結合、リンカー、または化学結合、または
イオン結合による非共有結合、ファンデルワールス力、静電引力、疎水性相互作用または
水素結合のいずれかによって標識に結合したプローブであって、核酸またはプローブに結
合した標識の存在を検出することによって、その核酸またはプローブの存在を検出できる
ようにしたものである。
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「PCR」という用語は、本明細書で使用する場合、
概して、例えば、米国特許第4,683,195号に記載されているように、少量の核酸
、RNA及び/またはDNAを増幅する手順を指す。概して、オリゴヌクレオチドプライ
マーを設計できるように、目的の領域の末端またはその領域を越える領域から得られる配
列情報を入手する必要があり、これらのプライマーは、増幅するテンプレートの逆鎖の配
列と同一または同様となる。これらの2つのプライマーの5’末端ヌクレオチドは、増幅
する物質の末端と一致し得る。PCRを用いて、特定のRNA配列、全ゲノムDNA由来
の特定のDNA配列及び全細胞RNAから転写したcDNA、バクテリオファージまたは
プラスミド配列などを増幅できる。概して、Mullis et al.,Cold S
pring Harbor Symp.Quant.Biol.1987,51:263
−273;PCR Technology(Stockton Press,NY,Er
lich,ed.,1989)を参照されたい。
「サイクル数」または「C」という用語は、本明細書においてPCR法に関して使用
するときには、蛍光レベルが所定の設定閾値レベルを超えるPCRサイクル数を指す。C
の測定を用いて、例えば、元の試料中のmRNAレベルを概算できる。Cの測定値は
、一方の核酸のCをもう一方の核酸のCから減じたときの「dC」すなわち「C
差」のスコアの観点で用いる場合が多い。
「互変異性体」とは、本明細書で使用する場合、化合物の異性体同士が平衡状態にある
ものを指す。異性体の濃度は、化合物の存在する環境に左右されることになり、例えば、
その化合物が固体であるか、または有機溶液もしくは水溶液中にあるかによって異なるこ
とがある。例えば、水溶液中では、ピラゾールには、下記の異性体が見られることがあり
、これらの異性体は、互いの互変異性体と称される。
Figure 2021121799
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「製薬学的に許容可能な塩
」という用語には、その用語によって言及されている化合物の非毒性の酸付加塩と塩基付
加塩が含まれる。許容可能な非毒性の酸付加塩としては、当該技術分野において知られて
いる有機酸及び無機酸に由来するものが挙げられ、例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、
硫酸、メタンスルホン酸、酢酸、酒石酸、乳酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、マレイ
ン酸、ソルビン酸、アコニット酸、サリチル酸、フタル酸、エンボル酸、エナント酸など
が挙げられる。本質的に酸性である化合物は、各種の製薬学的に許容可能な塩基と塩を形
成できる。このような酸性化合物の製薬学的に許容可能な塩基付加塩を調製するのに使用
できる塩基は、非毒性の塩基付加塩、すなわち、薬理学的に許容可能なカチオンを含む塩
(アルカリ金属塩またはアルカリ土類金属塩(具体的には、カルシウム塩、マグネシウム
塩、ナトリウム塩またはカリウム塩)などであるがこれらに限らない)を形成するもので
ある。好適な有機塩基としては、N,N−ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイ
ン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルミン(N−メチルグルカミ
ン)、リシン及びプロカインが挙げられるが、これらに限らない。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「溶媒和物」という用語は
、本発明で提供する化合物またはその塩であって、さらに、非共有結合分子間力によって
結合した溶媒を化学量論的量または非化学量論的量で含むものを意味する。溶媒が水の場
合、その溶媒和物は、水和物である。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「共結晶」という用語は、
1つの結晶格子に2つ以上の化合物を含む結晶体を意味する。共結晶には、結晶格子内で
非イオン性相互作用によって結合し合った2つ以上の不揮発性化合物の結晶性分子錯体が
含まれる。本明細書で使用する場合、共結晶には、その結晶性分子錯体に、治療用化合物
と、1つ以上の追加の不揮発性化合物(複数可)(本明細書では、カウンター分子(複数
可)という)が含まれている医薬品共結晶が含まれる。医薬品共結晶中のカウンター分子
は典型的には、製薬学的に許容可能な非毒性分子(例えば、食品添加物、保存剤、医薬品
賦形剤またはその他の医薬活性成分(API)など)である。いくつかの実施形態では、
医薬品共結晶は、APIの化学構造的一体性を損なうことなく、薬品の特定の物理化学的
特性(例えば、溶解性、溶解速度、バイオアベイラビリティ及び/または安定性)を高め
る。例えば、Jones et al.,MRS Bulletin 2006,31,
875−879、Trask,Mol.Pharmaceutics 2007,4(3
):301−309、Schultheiss & Newman,Crystal G
rowth & Design 2009,9(6):2950−2967、Shan
& Zaworotko,Drug Discovery Today 2008,13
(9/10):440−446及びVishweshwar et al.,J.Pha
rm.Sci.2006,95(3):499−516を参照されたい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「立体異性体」という用語には
、本発明の鏡像異性的に/立体異性体的に純粋な化合物と鏡像異性的に/立体異性体的に
濃縮された化合物のすべてが含まれる。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「立体異性体的に純粋な」
という用語は、化合物の1つの立体異性体を含むとともに、その化合物の他の立体異性体
を実質的に含まない組成物を意味する。例えば、キラル中心を1つ有する化合物の立体異
性体的に純粋な組成物は、その化合物の逆のエナンチオマーを実質的に含まないことにな
る。キラル中心を2つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の他の
ジアステレオマーを実質的に含まないことになる。典型的な立体異性体的に純粋な化合物
は、その化合物の1つの立体異性体を約80重量%超、その化合物の他の立体異性体を約
20重量%未満、より好ましくは、その化合物の1つの立体異性体を約90重量%超、そ
の化合物の他の立体異性体を約10重量%未満、さらに好ましくは、その化合物の1つの
立体異性体を約95重量%超、その化合物の他の立体異性体を約5重量%未満、最も好ま
しくは、その化合物の1つの立体異性体を約97重量%超、その化合物の他の立体異性体
を約3重量%未満含む。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「立体異性体的に濃縮され
た」という用語は、化合物の1つの立体異性体を約60重量%超、好ましくは、約70重
量%超、より好ましくは、化合物の1つの立体異性体を約80重量%超含む組成物を意味
する。本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「鏡像異性的に純粋な
」という用語は、キラル中心を1つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物を意味す
る。同様に、「立体異性体的に濃縮された」という用語は、キラル中心を1つ有する化合
物の立体異性体的に濃縮された組成物を意味する。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「プロドラッグ」という用語は
、化合物の誘導体であって、生物学的条件下(インビトロまたはインビボ)で加水分解し
たり、酸化したり、または別段の形で反応したりして、その化合物をもたらすことのでき
る誘導体を意味する。プロドラッグの例としては、生加水分解性部分(生加水分解性アミ
ド、生加水分解性エステル、生加水分解性カルバメート、生加水分解性カーボネート、生
加水分解性ウレイド及び生加水分解性フォスフェート類似体など)を含む化合物が挙げら
れるが、これらに限らない。プロドラッグの他の例としては、−NO、−NO、−ON
Oまたは−ONO部分を含む化合物が挙げられる。プロドラッグは典型的には、Bur
ger’s Medicinal Chemistry and Drug Disco
very,172−178,949−982(Manfred E.Wolff,ed.
,5th ed.1995)及びDesign of Prodrugs(H.Bund
gaard,ed.,Elselvier,New York 1985)に記載されて
いるような周知の方法を用いて調製できる。
化合物は、その原子の1つ以上において、非天然な割合の原子同位体を含むことができ
る点にも留意すべきである。例えば、化合物は、例えば、トリチウム(H)、ヨウ素1
25(125I)、硫黄35(35S)または炭素14(14C)のような放射性同位体
で放射線標識されていても、重水素(H)、炭素13(13C)または窒素15(15
N)などの同位体が濃縮されていてもよい。本明細書で使用する場合、「アイソトポロー
グ」は、同位体的に濃縮された化合物である。「同位体的に濃縮された」という用語は、
その原子の天然の同位体組成以外の同位体組成を有する原子を指す。「同位体的に濃縮さ
れた」とは、その原子の天然の同位体組成以外の同位体組成を有する原子を少なくとも1
つ含む化合物を指してもよい。「同位体組成」という用語は、所定の原子において存在す
る各同位体の量を指す。放射線標識化合物と、同位体的に濃縮されている化合物は、治療
剤、例えば、がん治療剤、炎症治療剤、研究試薬、例えば、結合アッセイ試薬及び診断剤
、例えば、インビボイメージング剤として有用である。本明細書に記載されているような
化合物の同位体の変形形態はいずれも、放射性であるか否かにかかわらず、本発明で提供
する実施形態の範囲に含まれるように意図されている。いくつかの実施形態では、本発明
の化合物のアイソトポローグを提供し、例えば、このアイソトポローグは、重水素、炭素
13または窒素15が濃縮された化合物である。いくつかの実施形態では、本発明で提供
するアイソトポローグは、重水素が濃縮された化合物である。いくつかの実施形態では、
本発明で提供するアイソトポローグは、重水素が濃縮された化合物であって、キラル中心
で重水素化されている化合物である。いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、
式Iの化合物のアイソトポローグであって、キラル中心で重水素化されているアイソトポ
ローグである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するのは、化合物Cのアイソト
ポローグであって、キラル中心で重水素化されているアイソトポローグである。
アルキル基を除き、本明細書に記載されている基が「置換されている」というときには
、それらの基は、いずれかの適切な1つの置換基または複数の置換基で置換されていてよ
い。置換基の実例は、本明細書に開示されている例示的な化合物と実施形態に見られるも
のと、ハロゲン(クロロ、ヨード、ブロモまたはフルオロ)、アルキル、ヒドロキシル、
アルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アルキルアミノ、カルボキシ、ニトロ、シア
ノ、チオール、チオエーテル、イミン、イミド、アミジン、グアニジン、エナミン、アミ
ノカルボニル、アシルアミノ、ホスホネート、ホスフィン、チオカルボニル、スルフィニ
ル、スルホン、スルホンアミド、ケトン、アルデヒド、エステル、尿素、ウレタン、オキ
シム、ヒドロキシルアミン、アルコキシアミン、アラルコキシアミン、N−オキシド、ヒ
ドラジン、ヒドラジド、ヒドラゾン、アジド、イソシアネート、イソチオシアネート、シ
アネート、チオシアネート、酸素(=O)、B(OH)2、O(アルキル)アミノカルボ
ニル、シクロアルキル(単環であっても、縮合型もしくは非縮合型の多環であってもよい
(例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチルもしくはシクロヘキシル))
、またはヘテロシクリル(単環であっても、縮合型もしくは非縮合型の多環であってもよ
い(例えば、ピロリジル、ピペリジル、ピペラジニル、モルホリニルもしくはチアジニル
)、単環または縮合型もしくは非縮合型の多環アリールまたはヘテロアリール(例えば、
フェニル、ナフチル、ピロリル、インドリル、フラニル、チオフェニル、イミダゾリル、
オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ピラゾリ
ル、ピリジル、キノリニル、イソキノリニル、アクリジニル、ピラジニル、ピリダジニル
、ピリミジル、ベンズイミダゾリル、ベンゾチオフェニルまたはベンゾフラニル)アリー
ルオキシ、アラルキルオキシ、ヘテロシクリルオキシ及びヘテロシクリルアルコキシであ
る。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「アルキル」という用語は
、本明細書で定められているような数の炭素原子を有する直鎖または分岐鎖の飽和炭化水
素を指す。代表的な飽和直鎖アルキルとしては、−メチル、−エチル、−n−プロピル、
−n−ブチル、−n−ペンチル及び−n−ヘキシルが挙げられ、飽和分岐鎖アルキルとし
ては、−イソプロピル、−sec−ブチル、−イソブチル、−tert−ブチル、−イソ
ペンチル、2−メチルブチル、3−メチルブチル、2−メチルペンチル、3−メチルペン
チル、4−メチルペンチル、2−メチルヘキシル、3−メチルヘキシル、4−メチルヘキ
シル、5−メチルヘキシル、2,3−ジメチルブチルなどが挙げられる。アルキルは、非
置換であっても、置換されていてもよい。本明細書に記載されているアルキル基が「置換
されている」というときには、そのアルキル基は、本明細書に開示されている例示的な化
合物と実施形態で見られるような置換基と、ハロゲン(クロロ、ヨード、ブロモもしくは
フルオロ)、アルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アル
キルアミノ、カルボキシ、ニトロ、シアノ、チオール、チオエーテル、イミン、イミド、
アミジン、グアニジン、エナミン、アミノカルボニル、アシルアミノ、ホスホネート、ホ
スフィン、チオカルボニル、スルフィニル、スルホン、スルホンアミド、ケトン、アルデ
ヒド、エステル、尿素、ウレタン、オキシム、ヒドロキシルアミン、アルコキシアミン、
アラルコキシアミン、N−オキシド、ヒドラジン、ヒドラジド、ヒドラゾン、アジド、イ
ソシアネート、イソチオシアネート、シアネート、チオシアネート、B(OH)2または
O(アルキル)アミノカルボニルのようないずれかの1つの置換基または複数の置換基で
置換されていてよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「シクロアルキル」という用語
は、3〜15個の炭素原子を含む飽和または部分飽和の環状アルキルであって、炭素原子
間の交互二重結合または共鳴二重結合のないものを意味する。シクロアルキルは、1〜4
個の環を含んでよい。非置換のシクロアルキルの例としては、シクロプロピル、シクロブ
チル、シクロペンチル、シクロヘキシル及びアダマンチルが挙げられるが、これらに限ら
ない。シクロアルキルは、下に定められているような置換基のうちの1つ以上で置換され
ていてもよい。シクロアルキルは、非置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「アルコキシ」という用語は、
−O−(アルキル)を指し、そのアルキルは、本明細書で定義されているものである。ア
ルコキシの例としては、−OCH、−OCHCH、−O(CHCH、−O
(CHCH、−O(CHCH及び−O(CHCHが挙げられる
が、これらに限らない。
本明細書で使用する場合、「アリール」という用語は、5〜14個の環原子を含む炭素
環式芳香族環を意味する。炭素環式アリール基の環原子は、すべて炭素原子である。アリ
ール環構造には、単環式、二環式または三環式化合物のように、1つ以上の環構造を有す
る化合物と、ベンゾ縮合型炭素環式部分(5,6,7,8−テトラヒドロナフチルなど)
が含まれる。代表的なアリール基としては、フェニル、アントラセニル、フルオレニル、
インデニル、アズレニル、フェナントレニル及びナフチルが挙げられる。アリールは、非
置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「ヘテロアリール」という用語
は、5〜14個の環原子を含む芳香族環であって、その環原子のうち、少なくとも1つ(
例えば、1つ、2つまたは3つ)が、ヘテロ原子(例えば、窒素、酸素または硫黄)であ
る芳香族環を意味する。ヘテロアリール環構造には、単環式、二環式または三環式化合物
のように、1つ以上の環構造を有する化合物と、縮合複素環部分が含まれる。ヘテロアリ
ールの例としては、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサジアゾリル、ピリジル、フリル
、ベンゾフラニル、チオフェニル、チアゾリル、ベンゾチオフェニル、ベンゾイソオキサ
ゾリル、ベンゾイソチアゾリル、キノリニル、イソキノリニル、ピロリル、インドリル、
オキサゾリル、ベンズオキサゾリル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、チアゾリル、
ベンゾチアゾリル、イソオキサゾリル、ピラゾリル、イソチアゾリル、ピリダジニル、ピ
リミジニル、ピラジニル、トリアジニル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、
ベンゾキナゾリニル、キノキサリニル、アクリジニル、ピリミジル、オキサゾリル、ベン
ゾ[1,3]ジオキソール及び2,3−ジヒドロ−ベンゾ[1,4]ダイオキシンが挙げ
られるが、これらに限らない。ヘテロアリールは、非置換であっても、置換されていても
よい。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「複素環」という用語は、
炭素原子と水素原子を含む単環または多環であって、任意に応じて、1つまたは2つの多
重結合を有する単環または多環を意味し、その環原子は、少なくとも1つのヘテロ原子、
具体的には、窒素、酸素及び硫黄から独立して選択した1〜3個のヘテロ原子を含む。複
素環の環構造としては、単環式化合物、二環式化合物及び三環式化合物が挙げられるが、
これらに限らない。具体的な複素環は、単環または二環式である。代表的な複素環として
は、モルホリニル、ピロリジノニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ヒダ
ントイニル、バレロラクタミル、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、
テトラヒドロピラニル、テトラヒドロピリジニル、テトラヒドロピリミジニル、テトラヒ
ドロチオフェニル及びテトラヒドロチオピラニルが挙げられる。複素環は、非置換であっ
ても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「ヘテロシクロアルキル」とい
う用語は、その環内の炭素原子の少なくとも1つが、ヘテロ原子(例えば、窒素、酸素ま
たは硫黄)に置き換えられているシクロアルキル基を指す。ヘテロシクロアルキル環は、
非置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「アルキレンジオキシ」という
用語は、複数の−CH基の両末端に酸素原子が付いたものを指し、その−CH基は、
任意に応じてアルキル基で置換されている。例としては、−O−CH−O−(メチレン
ジオキシ)、−O−CHCH−O−(エチレンジオキシ)、−O−CHCHCH
−O−(トリメチレンジオキシ)、−O−CHCHCHCH−O−(テトラメ
チレンジオキシ)、−O−CH(CH)CH−O−(α−メチルエチレンジオキシ)
、−O−CH(C)CH−O−(α−エチルエチレンジオキシ)などが挙げられ
る。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「アルキルチオ」という用語は
、Y−S−という式を有する基を指し、この式中、Yは、上で定義したようなアルキルで
ある。
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって判断されるような、特定の値の
許容可能な誤差を意味し、この誤差は部分的には、その値を測定したり、割り出したりす
る方法に左右される。特定の実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、標準
偏差が1、2、3または4以内であることを意味する。特定の実施形態では、「約」また
は「およそ」という用語は、所定の値または範囲の50%、20%、15%、10%、9
%、8%、7%、6%、5%、4%、3%、2%、1%、0.5%または0.05%以内
であることを意味する。
図示されている構造と、その構造に与えられた名称との間に矛盾がある場合、図示され
ている構造が優先されることに留意されたい。加えて、さらに、構造または構造の一部の
立体化学が、例えば、太線または破線で示されていない場合、その構造または構造の一部
には、そのすべての立体異性体が含まれると解釈するものとする。
本明細書に示されている実施形態の実施の際には、別段に示されていない限り、分子生
物学、微生物学及び免疫学の従来の技法を用いることとし、これらの技法は、当業者の技
能の範囲内である。このような技法は、文献で十分に説明されている。特に好適な参照用
テキストの例としては、Sambrook et al.,Molecular Clo
ning:A Laboratory Manual (2d ed.1989)、Gl
over,ed.,DNA Cloning,Volumes I and II(19
85)、Gait,ed.,Oligonucleotide Synthesis(1
984)、Hames & Higgins,eds.,Nucleic Acid H
ybridization(1984)、Hames & Higgins,eds.,
Transcription and Translation(1984)、Fres
hney,ed.,Animal Cell Culture:Immobilized
Cells and Enzymes(IRL Press,1986)、Immun
ochemical Methods in Cell and Molecular
Biology(Academic Press,London)、Scopes,Pr
otein Purification:Principles and Practi
ce(Springer Verlag,N.Y.,2d ed.1987)及びWei
r & Blackwell,eds.,Handbook of Experimen
tal Immunology,Volumes I−IV(1986)が挙げられる。
5.2 バイオマーカーとその使用方法
本発明で提供する方法は部分的には、がん(例えば、リンパ腫、MM、MDSまたは白
血病)の対象のうち、所定の治療、例えば、式Iの化合物のような化合物、またはその立
体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、
アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形に応答
する対象においては、化合物で治療した際に、特定のバイオマーカーの検出可能な増加ま
たは減少が観察されるという所見と、その治療に対するその対象の応答性の予測に、これ
らのバイオマーカーのレベルを利用できるという所見に基づいている。いくつかの実施形
態では、その化合物は、本明細書に記載されているようなものである。特定の実施形態で
は、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は
、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
「生物学的マーカー」または「バイオマーカー」とは、変化したり、及び/または検出
されたりすることによって、特定の生体状態を示す物質である。いくつかの実施形態では
、マーカーの示す内容は、所定の治療(例えば、式Iの化合物のような化合物、またはそ
の立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和
物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形)
に対する疾患、例えばがん(例えば、リンパ腫、MM、MDSまたは白血病)の応答性で
ある。
実施例に説明されているとともに、図に示されているように、特定のタンパク質及び/
またはmRNAのレベルは、化合物Dまたは化合物Eによる治療に応答して変化する。こ
れらのバイオマーカーとしては、GSPT1、GSPT2、IKZF1、eRF1、BI
P、GCN2、eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、PPP1R15A、TN
FRSF10B、GADD45A、FAS、IRE1、XBP1、SEC24D、DNA
JB9、EDEM1、ATF6、カスパーゼ3、カスパーゼ7、カスパーゼ8、BID、
カスパーゼ9、PARP、Mcl−1、SRSF3及びSRSF6が挙げられる。したが
って、いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、GSPT1、
GSPT2、IKZF1、eRF1、BIP、GCN2、eIF2α、ATF4、ATF
3、DDIT3、PPP1R15A、TNFRSF10B、GADD45A、FAS、I
RE1、XBP1、SEC24D、DNAJB9、EDEM1、ATF6、カスパーゼ3
、カスパーゼ7、カスパーゼ8、BID、カスパーゼ9、PARP、Mcl−1、SRS
F3及びSRSF6からなる群から選択されている。本発明で示されている各バイオマー
カーには、その各種のアイソフォーム、リン酸化形態、切断形態、修飾形態及びスプライ
シングバリアントが含まれる。例えば、eIF2αには、eIF2αのリン酸化形態(す
なわちp−eIF2α)が含まれる。GCN2には、GCN2のリン酸化形態(すなわち
p−GCN2)が含まれる。BIPには、修飾形態(例えばC末端修飾BIP)が含まれ
る。ATF3には、ATF3のスプライシングバリアントが含まれる。カスパーゼ3には
、カスパーゼ3の切断形態が含まれる。カスパーゼ7には、カスパーゼ7の切断形態が含
まれる。カスパーゼ8には、カスパーゼ8の切断形態が含まれる。カスパーゼ9には、カ
スパーゼ9の切断形態が含まれる。PARPには、PARPの切断形態が含まれる。した
がって、いくつかの実施形態では、これらのバイオマーカーのアイソフォーム、リン酸化
形態、切断形態、修飾形態及び/またはスプライシングバリアントのレベルは、化合物に
よる治療に応答して、上昇または低下するので、バイオマーカーのこれらのアイソフォー
ム、リン酸化形態、切断形態、修飾形態及び/またはスプライシングバリアントを用いて
、患者の応答を予測できる。
真核生物ペプチド鎖解離因子GTP結合サブユニットGSPT1は、GSPT1(G1
−S期移行タンパク質1ホモログ)ともいう。GSPT1は、終止コドンのUAA、UA
G及びUGAに応答する、翻訳の終止に関与するとともに、哺乳動物細胞の成長の調節に
も関与する。GSPT1は、eRF1の活性を刺激するとともに、一過性のSURF複合
体(mRNAのナンセンス変異依存分解機構(NMD)の関連において、UPF1を停滞
リボソームに動員する複合体)の構成要素である。
真核生物ペプチド鎖解離因子GTP結合サブユニットGSPT2は、GSPT2(G1
−S期移行タンパク質2ホモログ)ともいう。GSPT1のように、GSPT2も、終止
コドンのUAA、UAG及びUGAに応答する、翻訳の終止に関与するとともに、一過性
のSURF複合体(mRNAのナンセンス変異依存分解機構(NMD)の関連において、
UPF1を停滞リボソームに動員する複合体)の構成要素である。GSPT2は、ETF
1の解離因子活性の強力な刺激因子としての役割を果たすとともに、細胞周期の進展にお
いて役割を果たし得ることが示唆されている。加えて、GSPT2は、リボソーム及びE
TF1依存性であるGTPase活性を呈することも示されている。
活性化転写因子4(ATF4)は、cAMP応答エレメント結合タンパク質2(CRE
B−2)としても知られている転写因子である。この因子は、AP−1ファミリー、CR
EB及びCREB様タンパク質を含むDNA結合タンパク質ファミリーに属している。
活性化転写因子3(ATF3)は、転写因子の哺乳動物活性化転写因子/cAMP応答
エレメント結合(CREB)タンパク質ファミリーに属している。ATF3遺伝子は、が
ん細胞に曝露される多くのシグナルを含む様々なシグナルによって誘導され、細胞ストレ
ス応答の複雑なプロセスに関与する。
DNA損傷誘発性転写産物3(DDIT3)は、転写因子のCCAAT/エンハンサー
結合タンパク質(C/EBP)ファミリーのメンバーである。DDIT3は、C/EBP
相同タンパク質(CHOP)としても知られている。このタンパク質は、他のC/EBP
メンバー(C/EBP及びLAP(肝臓賦活剤タンパク質など)とヘテロ二量体を形成す
るとともに、それらのDNA結合活性を阻害することによって、優性ネガティブインヒビ
ターとして機能する。DDIT3は、小胞体(ER)ストレス応答における多機能転写因
子である。DDIT3は、多種多様な細胞ストレスに対する応答において不可欠な役割を
果たし、ERストレスに応答して、細胞周期の停止とアポトーシスを誘導する。
IKAROSファミリージンクフィンガー1(IKZF1、Ikarosとしても知ら
れている)は、クロマチンリモデリングと関連するジンクフィンガーDNA結合タンパク
質のファミリーに属する転写因子である。IKZF1の発現は、胎児と成人の血リンパ系
に限定されており、リンパ球分化の調節因子として機能する。大半のアイソフォームでは
、C末端ドメインが共通しており、このドメインは、ヘテロ二量体化またはホモ二量体化
と他のタンパク質との相互作用とに必要な2つのジンクフィンガーモチーフを含む。しか
しながら、アイソフォームにおいては、DNAを結合させるN末端ジンクフィンガーモチ
ーフの数と、核局在化シグナルの存在が異なり、その結果、DNA結合特性を有するメン
バーと有さないメンバーが生じる。わずかなアイソフォームのみが、標的遺伝子のプロモ
ーター内の特異的コアDNA配列エレメントへの高親和性結合をもたらす3つ以上の必須
N末端ジンクモチーフを含む。非DNA結合アイソフォームは主に、細胞質で見られ、優
性ネガティブ因子として機能すると考えられている。いくつかの優性ネガティブアイソフ
ォームの過剰発現は、急性リンパ芽球性白血病(ALL)のようなB細胞悪性腫瘍と関連
付けられている。
真核生物解離因子1(eRF1)は、mRNA配列内の3つの終止コドンをすべて認識
して、新生ポリペプチドを解離させることによって、タンパク質の翻訳を終止させるタン
パク質である。この因子は、ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)の仕組みに
よって、合成が途中で終了したmRNAの分解を促すSURF複合体の構成要素である。
SEC24Dは、小胞輸送に関与するSEC23/SEC24ファミリーのSEC24
サブファミリーのメンバーである。SEC24Dは、小胞の形成、カーゴの選択及び濃度
に関与する。
DNAJB9は、Jタンパク質ファミリーのメンバーである。Jタンパク質は、hsp
70のATPase活性を調節する。DNAJB9は、UPRの間に、ERストレスによ
って誘導され、ストレスを受ける細胞をアポトーシスから保護する際に役割を果たす。
DNAJC6も、Jタンパク質ファミリーのメンバーであり、ATPase活性を刺激
することによって、分子シャペロン活性を調節する。DNAJタンパク質は、保存された
70個のアミノ酸のJドメイン(通常、N末端に位置する)と、グリシン/フェニルアラ
ニン(G/F)リッチ領域と、ジンクフィンガードメインに似た4つのモチーフを含むシ
ステインリッチドメインという最大3個の異なるドメインを有することがある。
Xボックス結合タンパク質1(XBP1)は、Xボックスというプロモーターエレメン
トに結合することによって、MHCクラスII遺伝子を調節する転写因子である。このタ
ンパク質は、1型T細胞白血病ウイルスプロモーターのプロモーター内のエンハンサーに
結合する細胞内転写因子として同定されているbZIPタンパク質である。このタンパク
質は、ウイルストランスアクチベーターのDNA結合パートナーとして作用することによ
って、ウイルスタンパク質の発現を増大させることができる。XBP1は、ERストレス
の際にUPRを調節する転写因子として機能する。
ER分解促進性マンノシダーゼα様1(EDEM1)とER分解促進性マンノシダーゼ
α様2(EDEM2)は、ER関連分解(ERAD)に直接関与し、ミスフォールディン
グした糖タンパク質を、N−グリカン非依存性の分解の標的とする。
低酸素時アップレギュレーション1(HYOU1)は、ヒートショックタンパク質70
ファミリーに属している。HYOU1の5’−UTRにおけるシス作動性セグメントは、
ストレス依存性誘導に関与し、その結果、低酸素条件下で、ER内にHYOU1を蓄積さ
せる。HYOU1は、タンパク質のフォールディングとER内での分泌において重要な役
割を果たす。HYOU1は、腫瘍、特に乳房腫瘍でもアップレギュレーションするととも
に、腫瘍の侵襲性と関連付けられている。
ヒートショック70kDAタンパク質5(HSPA5、BIPとしても知られている)
は、ヒートショックタンパク質70ファミリーのメンバーである。BIPは、保持目的で
ER内腔に逆輸送するのに、シスゴルジ内のKDELレセプターとの結合を必要とするE
R内腔KDELタンパク質である。BIPは、UPRセンサーのPERK、IRE1及び
ATF6のER内腔ドメインと相互作用して、それらの活性化を防ぐ。BIPのC末端免
疫活性の低下により、BIPの誤局在が示され、この誤局在により、BIPがPERK、
IRE1及びATF6から解離して、UPRが誘導されると推定されている。
真核生物翻訳開始因子2α(eIF2α)は、メチオニル開始tRNAを40Sリボソ
ームサブユニットに結合させるとともに、ピューロマイシン感受性の80S転写開始前複
合体の形成を触媒する。IL−6シグナリング経路とTGF−βレセプターシグナリング
は、その関連経路の一部である。
タンパク質フォスファターゼ1調節サブユニット15A(PPP1R15A)は、DN
A障害剤による治療と、ストレスによる成長停止状態の結果、mRNAレベルが上昇する
遺伝子群に属している。特定の細胞株では、p53の状態にかかわらず、電離性放射線に
よるPPP1R15Aの誘導が見られ、そのタンパク質応答は、電離性放射線照射後のア
ポトーシスと相関する。GPCRシグナリングは、PPP1R15A関連経路の1つであ
る。
成長停止及びDNA損傷誘発性45α(GADD45A)は、DNA障害剤による治療
と、ストレスによる成長停止状態の結果、mRNAレベルが上昇する遺伝子のファミリー
のメンバーである。GADD45Aは、MTK1/MEKK4キナーゼを介してp38/
JNK経路の活性化を媒介することによって、環境ストレスに応答する。DNA損傷の誘
発による、この遺伝子の転写は、p53依存性の機構とp53非依存性の機構の両方によ
って媒介される。
腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー1A(TNFRSF1A)は、T
NFレセプターファミリーのメンバーである。TNFRSF1Aは、TNF−αに対する
主要レセプターの1つである。TNFRSF1Aは、NF−κBを活性化し、アポトーシ
スを媒介し、炎症を調節する。抗アポトーシスタンパク質BCL2関連athanoge
ne4(BAG4/SODD)と、アダプタータンパク質TRADO及びTRAF2は、
TNFRSF1Aと相互作用するので、TNFRSF1Aによって媒介されるシグナル伝
達において調節的役割を果たす。アダプター分子FADDは、カスパーゼ8を活性化TN
FRSF1Aに動員する。得られた細胞死誘導シグナリング複合体(DISC)は、カス
パーゼ8によるタンパク質分解の活性化を行い、この活性化により、システイン−アスパ
ラギン酸プロテアーゼ(カスパーゼ)の媒介による、その後のアポトーシスカスケードが
開始される。
腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー1B(TNFRSF1B)も、T
NFレセプターファミリーのメンバーである。TNFRSF1Bは、TNFレセプター1
と会合し、そのヘテロ複合体は、E3ユビキチンリガーゼ活性を有するc−IAP1とc
−IAP2という2つの抗アポトーシスタンパク質を動員する。c−IAP1は、抗アポ
トーシスシグナルを媒介するTNFレセプター関連因子2のユビキチン化と分解によって
、TNF誘導性アポトーシスを促す。
腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー10B(TNFRSF10B)は
、TNFレセプターファミリーのメンバーであり、細胞内細胞死ドメインを含む。TNF
関連アポトーシス誘導リガンド(TNFSF10/TRAIL/APO−2L)により活
性化すると、TNFRSF10Bは、アポトーシスシグナルを伝達する。細胞死ドメイン
を含むアダプタータンパク質FADDは、TNFRSF10Bによって媒介されるアポト
ーシスに必要となる。
BH3相互作用ドメイン(BID)は、アゴニストのBAXまたはアンタゴニストのB
CL2のいずれかとヘテロ二量体化する細胞死アゴニストである。BIDは、細胞死制御
因子のBCL−2ファミリーのメンバーである。BIDは、カスパーゼ8によって誘導さ
れるミトコンドリア損傷を媒介する。カスパーゼ8がBIDを切断してから、BIDのC
末端部分がミトコンドリアに移動して、シトクロムcの放出を誘発する。
カスパーゼ8は、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼの連続的な活性
化は、アポトーシスにおいて中心的な役割を果たす。カスパーゼは、プロテアーゼ大サブ
ユニットと、プロテアーゼ小サブユニットと、プロドメインとで構成された不活性な酵素
前駆体として存在する。カスパーゼの活性化には、この大サブユニットと小サブユニット
とからなるヘテロ二量体酵素を生成させるためのタンパク質分解が必要である。カスパー
ゼ8は、FASと他のアポトーシス刺激によって誘導されるプログラム細胞死に関与する
。カスパーゼ8は、N末端FADD様細胞死エフェクタードメインを通じて、Fas相互
作用タンパク質FADDと相互作用できる。
カスパーゼ9は、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼ9の活性化は、
カスパーゼ活性化カスケードにおいて最も初期に行われるものの1つである。カスパーゼ
9では、アポプトソーム(シトクロムcとアポトーシスペプチダーゼ活性化因子1とのタ
ンパク質複合体)によって、タンパク質の分解と活性化が行われる。カスパーゼ9は、腫
瘍サプレッサーであり、アポトーシスにおいて中心的な役割を果たす。
カスパーゼ3も、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼ3は、カスパー
ゼ6、7及び9を切断して、活性化する。カスパーゼ3自体は、カスパーゼ8、9及び1
0によって処理される。
カスパーゼ7も、カスパーゼファミリーに属している。カスパーゼ7の前駆体は、カス
パーゼ3と10によって切断される。カスパーゼ7は、細胞死刺激によって活性化され、
アポトーシスを誘導する。
ポリADP−リボースポリメラーゼ(PARP)は、各種の重要な細胞プロセス(分化
、増殖及び腫瘍形質転換など)の調節に関与するタンパク質のファミリーである。PAR
Pは、DNA損傷からの細胞の回復に関与する分子イベントも調節する。
Fas細胞表面細胞死レセプター(FAS)は、TNFレセプターファミリーのメンバ
ーである。このレセプターは、細胞死ドメインを含む。FASは、プログラム細胞死の調
節において中心的な役割を果たし、各種の悪性腫瘍と免疫系疾患に関与している。FAS
とそのリガンドとの相互作用により、Fas関連細胞死ドメインタンパク質(FADD)
と、カスパーゼ8と、カスパーゼ10とを含む細胞死誘導シグナリング複合体の形成が可
能になる。この複合体中のカスパーゼの自己タンパク質分解処理は、下流カスパーゼカス
ケードを誘発して、アポトーシスを導く。
Fas関連細胞死ドメイン(FADD)は、各種の細胞表面レセプターと相互作用し、
細胞アポトーシスシグナルを媒介する。FADDは、そのC末端細胞死ドメインを通じて
、FAS、TNFレセプター、TNFRSF25及びTNFSF10/TRAILレセプ
ターによって動員させることができ、これらのレセプターによって開始される死シグナリ
ングに関与する。FADDとレセプターとの相互作用により、FADDのN末端エフェク
タードメインが現れ、その結果、カスパーゼ8を動員可能になり、それによって、カスパ
ーゼカスケードを活性化させる。
イノシトール要求性酵素1(IRE1、ERN1としても知られている)は、キナーゼ
ドメインとエンドヌクレアーゼドメインを有する膜貫通ERタンパク質である。IRE1
は、UPR経路の一部として、ミスフォールディングしたタンパク質の分解を調節する。
IRE1は、XBP1 mRNAのスプライシングを触媒して、活性型のXBP1タンパ
ク質が産生されるようにする。活性XBP1は、転写因子として、ERAD経路に関与す
る遺伝子をアップレギュレーションし、XBP1の発現と、ERシャペロンの合成を誘導
する。
活性化転写因子6(ATF6)は、ERストレスの際に、UPRのための標的遺伝子を
活性化する。ATFは、膜貫通ERタンパク質であり、ERストレスセンサー/トランス
デューサーとして機能する。ERストレス誘導性のタンパク質分解の後、ATFは、ER
シャペロンをコードする遺伝子のプロモーターに存在するERストレス応答エレメント(
ERSE)を介して、核転写因子として機能する。
骨髄細胞白血病1(Mcl−1)は、BCL−2ファミリーのメンバーである。BCL
−2ファミリーメンバーは、プログラム細胞死の制御因子である。選択的スプライシング
によって、複数の転写バリアントが得られる。最長の遺伝子産物(アイソフォーム1)が
、アポトーシスを阻害し、細胞の生存を高める一方で、それよりも短い遺伝子産物(アイ
ソフォーム2及びアイソフォーム3)は、アポトーシスを促し、細胞死を誘導する。
一般制御現象必須因子2(General Control Nonderepres
sible 2)(GCN2、eIF2αキナーゼ4ともいう)は、eIF2αをリン酸
化して不活化し、その結果、タンパク質合成を抑制する4つのキナーゼのうちの1つであ
る。アミノ酸欠乏により、GCN2へのアンジャージtRNAの結合によって、GCN2
が活性化する。tRNAの結合により、GCN2のコンフォメーション変化が誘導され、
それにより、ATPの結合と、GCN2の自己リン酸化が促される。
セリン/アルギニンリッチスプライシング因子3(SRSF3、SFRS3ともいう)
は、スプライセオソームの一部を形成するpre−mRNAスプライシング因子のセリン
/アルギニン(SR)リッチファミリーのメンバーである。各SRリッチファミリーメン
バーは、RNAを結合するためのRNA認識モチーフ(RRM)と、他のタンパク質を結
合するためのRSドメインを含む。セリンとアルギニンに富むRSドメインは、これらの
スプライシング因子間の相互作用を促す。SRファミリータンパク質は、mRNAのスプ
ライシングと、mRNAの核からの輸送と、翻訳に不可欠である。SRSF3には、完全
長機能性タンパク質をコードする正常転写産物と、未成熟終止コドンを含むNMD転写産
物(NMD経路を通じて、除去することができる)という少なくとも2つの異なる転写バ
リアントが見出されている。
セリン/アルギニンリッチスプライシング因子6(SRSF6、SFRS6ともいう)
も、pre−mRNAスプライシング因子のセリン/アルギニン(SR)リッチファミリ
ーのメンバーである。SRSF6は、別のファミリーメンバーSRSF12と相互作用す
ることが示されている。選択的スプライシングにより、少なくとも、完全長機能性タンパ
ク質をコードする正常転写産物と、未成熟終止コドンを含むNMD転写産物を含め、SR
SF6の異なる転写バリアントが作製される。
本発明で提供する各種方法の特定の実施形態では、バイオマーカーは、例えば、タンパ
ク質間相互作用(例えば、特定のCRBN基質もしくはその下流エフェクター)を通じて
、または各種の細胞経路(例えば、シグナル伝達経路)を通じて、セレブロン(CRBN
)に直接または間接的に影響されるタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマー
カーは、CRBN関連タンパク質(CAP)である。いくつかの実施形態では、バイオマ
ーカーは、CRBNに直接または間接的に影響されるタンパク質のmRNAである。別の
実施形態では、バイオマーカーは、CRBNに直接または間接的に影響されるタンパク質
のcDNAである。タンパク質のCRBNには、少なくとも2つのアイソフォームが存在
し、それらはそれぞれ、442アミノ酸長と、441アミノ酸長である。CRBNは、最
近、サリドマイドに結合して、出生異常を引き起こす重要な分子標的として同定された。
Ito et al.,Science 2010,327:1345−1350を参照
されたい。損傷DNA結合タンパク質1(DDB1)は、CRBNと相互作用することが
分かったので、サリドマイドと間接的に関連付けられた。さらに、サリドマイドは、イン
ビトロで、CRBNの自己ユビキチン化を阻害できたことから、サリドマイドが、E3ユ
ビキチン−リガーゼインヒビターであることが示唆された。上記文献を参照されたい。重
要なことに、この活性は、野生型細胞では、サリドマイドによって阻害されたが、CRB
N結合部位の変異のうち、サリドマイドの結合を阻止する変異を有する細胞では、阻害さ
れなかった。上記文献を参照されたい。サリドマイド結合部位は、CRBNにおいて、保
存性の高い104個のC末端アミノ酸領域にマッピングされた。上記文献を参照されたい
。CRBNにおける個々の点変異のY384AとW386Aはいずれも、サリドマイドの
結合に関して異常を示し、二重変異では、サリドマイド結合活性が最も低かった。上記文
献を参照されたい。CRBNとサリドマイドの催奇性作用との関連性は、ゼブラフィッシ
ュの動物モデルとニワトリ胚で確認された。上記文献を参照されたい。
サリドマイドまたはその他の薬物の有効な作用に、CRBN、CRBN E3ユビキチ
ン−リガーゼ複合体またはCRBNの1つ以上の基質に、それら薬物が結合することが必
要なのかは、まだ分かっていない。これらの薬物と、CRBNまたはCRBN関連タンパ
ク質との相互作用に関する理解は、薬物の有効性及び/または毒性の分子機序の解明を促
進することになるとともに、有効性と毒性プロファイルの向上した新薬の開発につながる
こともある。
実施例に示されているように、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、AT
F3及びDDIT3のような特定のCAPのレベルは、化合物DまたはEによる治療に応
答して変化する。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1
、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3及びDDIT3からなる群から選択した
CAPである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1またはGSPT
2のようなeRF3ファミリーメンバーである。具体的実施形態では、バイオマーカーは
、GSPT1である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、GSPT2である。
さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、IKZF1である。特定の実施形態
では、バイオマーカーは、ATF4、ATF3及びDDIT3からなる群から選択したC
APである。ある1つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF4である。さら
に別の実施形態では、バイオマーカーは、ATF3である。さらに別の実施形態では、バ
イオマーカーは、DDIT3である。別の実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1
、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3もしくはDDIT3の結合パートナー、
その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の因子である。例えば、いく
つかの実施形態では、バイオマーカーは、eRF3ファミリーメンバーの結合パートナー
、その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の因子である。具体的実施
形態では、バイオマーカーは、eRF1のような、GSPT1の結合パートナーである。
実施例に示されているように、GSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルは、
化合物DまたはEによる治療に応答して、参照よりも低下する。eRF3ファミリーメン
バーのダウンレギュレーションにより、タンパク質のミスフォールディング及び/または
凝集、タンパク質の誤局在、ならびにタンパク質機能の直接的な変化などの作用が生じる
。実施例に示されているように、影響を受ける細胞経路の1つは、小胞体ストレス応答(
UPR)(小胞体(ER)に関連する細胞ストレス応答)である。したがって、UPRま
たはその下流経路に関与する因子またはタンパク質は、本開示によるバイオマーカーとし
て使用できる。UPRに関連する経路としては、ATF4シグナリング経路(ATF4関
連シグナリング経路)及び関連アポトーシス経路、IRE1シグナリング経路(IRE1
関連シグナリング経路)、ならびにATF6シグナリング経路(ATF6関連シグナリン
グ経路)が挙げられるが、これらに限らない。したがって、いくつかの実施形態では、本
発明で示されているバイオマーカーは、ERストレス経路における機能を有するものであ
る。いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、UPR経路にお
ける機能を有するものである。特定の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカ
ーは、ATF4関連シグナリング経路における機能を有するものである。別の実施形態で
は、本発明で示されているバイオマーカーは、IRE1関連シグナリング経路における機
能を有するものである。さらに別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカー
は、ATF6関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形
態では、本発明で示されているバイオマーカーは、FAS/FADD関連シグナリング及
びアポトーシス経路における機能を有するものである。
ATF4関連シグナリング経路は、リン酸化eIF2αによって活性化されるシグナリ
ング経路である。ATF4の活性化により、ATF3及びDDIT3などの構成要素を含
むその下流シグナリング経路が誘導される。また、これにより、細胞周期に関与するタン
パク質機構の翻訳が抑制され、その結果、G1期において細胞周期が停止する。ATF関
連シグナリング経路は、ATF4経路に直接または間接的に影響されるいずれかの下流経
路を含む。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ATF4関連シグ
ナリング経路における機能を有するものである。ATF4関連シグナリング経路に関与す
る例示的なバイオマーカー(構成要素)としては、ATF4、ATF3、PPP1R15
A、TNFRSF10B、DDIT3、GADD45A、TNFRSF1A、TNFRS
F1B、FAS及びFADDが挙げられるが、これらに限らない。
eIF2αは、PERK、GCN2、PKR及びHRIを含む4つの異なるキナーゼに
よってリン酸化できる。したがって、ATF4関連シグナリング経路は、PERK、GC
N2、PKR及び/またはHRIによって活性化できる。実施例に示されているように、
GCN2は、化合物D誘導性のATF4シグナリング経路にとって重要である。したがっ
て、特定の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、GCN2関連シグナ
リング経路における機能を有するものである。GCN2関連シグナリング経路に関与する
例示的なバイオマーカー(構成要素)としては、GCN2、eIF2α、ATF4、AT
F3、PPP1R15A、TNFRSF10B、DDIT3、GADD45A、TNFR
SF1A、TNFRSF1B、FAS及びFADDが挙げられるが、これらに限らない。
また、実施例に示されているように、GCN2、eIF2α、ATF4、ATF3、DD
IT3、PPP1R15A、TNFRSF10B、GADD45A及びFASなど、GC
N2関連シグナリング経路内のタンパク質のレベルは、化合物DまたはEによる治療に応
答して変化する。したがって、いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマ
ーカーは、GCN2、eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、PPP1R15A
、TNFRSF10B、GADD45A及びFASからなる群から選択されている。具体
的実施形態では、バイオマーカーは、GCN2である。別の具体的実施形態では、バイオ
マーカーは、eIF2αである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、A
TF4である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF3である。あ
る1つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、DDIT3である。別の具体的実施形
態では、バイオマーカーは、PPP1R15Aである。さらに別の具体的実施形態では、
バイオマーカーは、TNFRSF10Bである。さらに別の具体的実施形態では、バイオ
マーカーは、GADD45Aである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、FASで
ある。
IRE1関連シグナリング経路は、UPRの際に活性化される別のシグナリング経路で
ある。UPRが活性化すると、IRE1(ER膜貫通レセプター)は、ホモ二量体化とト
ランス自己リン酸化によって、自己活性化する。活性化IRE1内腔ドメインは、252
bpのイントロンをスプライシングすることによって、転写因子XBP1 mRNAを活
性化できる。活性化XBP1は、UPR関連遺伝子のストレスエレメントプロモーターに
直接結合することによって、これらの標的遺伝子の発現をアップレギュレーションする。
特定の実施形態では、バイオマーカーは、IRE1関連シグナリング経路における機能を
有するものである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、XBP1関連シグナリ
ング経路における機能を有するものである。IRE1関連シグナリング経路に関与する例
示的なバイオマーカー(構成要素)としては、IRE1、XBP1、SEC24D、DN
AJB9、DNAJC6、EDEM1、EDEM2及びHYOU1が挙げられるが、これ
らに限らない。XBP1関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカー(構成
要素)としては、XBP1、SEC24D、DNAJB9、DNAJC6、EDEM1、
EDEM2及びHYOU1が挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では
、バイオマーカーは、IRE1、XBP1、SEC24D、DNAJB9及びEDEM1
のような、IRE1関連経路内のタンパク質である。したがって、いくつかの実施形態で
は、バイオマーカーは、IRE1、XBP1、SEC24D、DNAJB9及びEDEM
1からなる群から選択されている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、IRE1で
ある。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、XBP1である。さらに別の具体的
実施形態では、バイオマーカーは、SEC24Dである。さらに別の具体的実施形態では
、バイオマーカーは、DNAJB9である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、E
DEM1である。
ATF6関連シグナリング経路も、UPRの際に活性化される。PERKとIRE1の
ように、ATF6は、ER膜貫通レセプターである。UPRの活性化の際に、HSPA5
がATF6から解離すると、90kDaのATF6全体がゴルジ体に移動し、ゴルジ体に
おいて、プロテアーゼによって切断されて、活性な50kDaの転写因子を形成し、この
因子が核に移動する。この50kDaのATF6は、UPRにおいてアップレギュレーシ
ョンされる遺伝子上流のストレスエレメントプロモーターに結合する。特定の実施形態で
は、バイオマーカーは、ATF6関連シグナリング経路における機能を有するものである
。ATF6関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカー(構成要素)として
は、ATF6、XBP1、EDEM1、EDEM2、HYOU1及びHSPA5が挙げら
れるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ATF6、X
BP1及びEDEM1のような、ATF6関連経路内のタンパク質である。したがって、
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ATF6、XBP1及びEDEM1からな
る群から選択されている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF6である。別
の具体的実施形態では、バイオマーカーは、XBP1である。さらに別の具体的実施形態
では、バイオマーカーは、EDEM1である。
FAS/FADD関連シグナリング及びアポトーシス経路は、UPRの際に活性化する
ことのある下流経路である。UPRの主な目的(タンパク質の翻訳の抑制、ミスフォール
ディングしたタンパク質の分解、及びシャペロンタンパク質の産生を増大させるシグナリ
ング経路の活性化など)が達成されないと、UPRは、アポトーシスを誘導する。リガン
ドによって刺激されると、FASレセプターは、三量体化する。アダプタータンパク質の
FADDは、アポトーシスの際に、FASをプロカスパーゼ8及び10と結合させて、細
胞死誘導シグナリング複合体(DISC)を形成させる。特定の実施形態では、バイオマ
ーカーは、FAS/FADD関連シグナリング及びアポトーシス経路における機能を有す
るものである。FAS/FADD関連シグナリング及びアポトーシス経路に関与する例示
的なバイオマーカー(構成要素)としては、FAS、FADD、カスパーゼ8、BID、
カスパーゼ9、カスパーゼ3、カスパーゼ7及びPARPが挙げられるが、これらに限ら
ない。実施例に説明されているように、アポトーシス経路内のタンパク質のレベルは、化
合物DまたはEによる治療に応答して変化する。このようなタンパク質としては、カスパ
ーゼ3、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、PARP及びMcl−1が挙げら
れる。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ3、カスパ
ーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、PARP及びMcl−1からなる群から選択され
ている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ3である。別の具体的実施
形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ7である。さらに別の具体的実施形態では、バ
イオマーカーは、カスパーゼ8である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカー
は、カスパーゼ9である。ある1つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、PARP
である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、Mcl−1である。
NMD関連シグナリング経路は、ナンセンスmRNAバリアント、例えば、未成熟終止
コドンを含む選択的スプライシング形態のmRNAを除去することによって、遺伝子の発
現エラーを低減する、真核生物のサーベイランス経路である。NMD経路における3つの
主な構成要素には、UPF1と、UPF2と、UPF3がある。UPF2とUPF3は、
mRNAに結合するエキソン接合部複合体(EJC)の一部である。UPF1のリン酸化
は、SMG−1、SMG−5、SMG−6及びSMG−7によって媒介される。未成熟終
止コドンを含むmRNAの選択的スプライシングバリアント(SRSF3及びSRSF6
のNMD転写産物など)をNMD経路によって除去して、異常なタンパク質を軽減できる
。NMD関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカーとしては、NMD経路
沿いの構成要素(例えば、UPF1、UPF2、UPF3、SMG−1、SMG−5、S
MG−6及びSMG−7)と、NMD経路のRNA基質(例えば、SRSF3及びSRS
F6のNMD転写産物)が挙げられるが、これらに限らない。実施例に説明されているよ
うに、NMD経路のRNA基質のレベルは、化合物Dによる治療に応答して変化する。こ
のようなRNA基質としては、SRSF3及びSRSF6のNMD転写産物が挙げられる
。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、UPF1、UPF2、UP
F3、SMG−1、SMG−5、SMG−6及びSMG−7からなる群から選択されてい
る。別の実施形態では、バイオマーカーは、SRSF3またはSRSF6のNMD転写産
物である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、SRSF3のNMD転写産物である
。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、SRSF6のNMD転写産物である。
いくつかの実施形態では、測定するバイオマーカーには、1つのバイオマーカーが含ま
れる。特定の実施形態では、測定するバイオマーカーには、2つのバイオマーカーが含ま
れる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、3つのバイオマーカーが含まれ
る。特定の実施形態では、測定するバイオマーカーには、4つのバイオマーカーが含まれ
る。いくつかの実施形態では、測定するバイオマーカーには、5つのバイオマーカーが含
まれる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、6つのバイオマーカーが含ま
れる。さらに別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、7つのバイオマーカーが
含まれる。特定の実施形態では、測定するバイオマーカーには、8つのバイオマーカーが
含まれる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、9つのバイオマーカーが含
まれる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、10個以上のバイオマーカー
が含まれる。
また、本発明で提供するのは、本発明で提供する化合物に対する予測因子または診断因
子として、バイオマーカー、例えば、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、
ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSFSR6
NMD転写産物を用いて、がんを治療または管理方する法である。特定の実施形態では、
本発明で提供するのは、予測因子または診断因子として、本発明で示されている1つ以上
のバイオマーカー、例えば、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3
、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSFSR6 NMD転
写産物のレベルを用いて、化合物による治療の対象であるがん患者、例えば、多発性骨髄
腫、リンパ腫、MDSまたは白血病患者をスクリーニングまたは特定する方法である。い
くつかの実施形態では、本発明で提供するのは、予測因子または診断因子として、バイオ
マーカー(例えば、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3、DDI
T3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSFSR6 NMD転写産物)
のレベルを用いて、本発明で提供する化合物による治療に対する応答速度のより高い患者
を選択する方法である。特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物E
である。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの
化合物は、化合物Eである。
一態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性
が高い対象の特定方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能
性が高い対象の特定方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、がんの対象から得た試料に、治療化
合物を投与するのは、インビトロで行う。別の実施形態では、がんの対象から得た試料に
、治療化合物を投与するのは、インビボで行う。特定の実施形態では、試料は、細胞であ
る。一実施形態では、その細胞を化合物と、ある期間にわたって、例えば、5分間、10
分間、15分間、20分間、25分間、30分間、35分間、40分間、45分間、50
分間、55分間、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、
9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、1
7時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、2
日間、3日間、またはそれを超える期間、接触させる。別の実施形態では、細胞は、がん
の対象(またはがんの疑いのある対象)から採取する。
いくつかの実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマー
カーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベ
ルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
別の態様では、対象が、治療化合物に応答する可能性が高いと診断されたときに、本発
明で提供する方法は、その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することをさら
に含む。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であっ
て、
(a)そのがんである対象から試料を採取することと、
(b)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(c)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
(d)その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式I
の化合物は、化合物Eである。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、がんの対象に、治療化合物を投与す
るのは、インビトロで行う。別の実施形態では、がんの対象に、治療化合物を投与するの
は、インビボで行う。特定の実施形態では、試料は、細胞である。一実施形態では、その
細胞を化合物と、ある期間にわたって、例えば、5分間、10分間、15分間、20分間
、25分間、30分間、35分間、40分間、45分間、50分間、55分間、1時間、
2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時間、9時間、10時間、11時
間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間、17時間、18時間、19時
間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間、2日間、3日間、またはそれ
を超える期間、接触させる。別の実施形態では、細胞は、がんの対象(またはがんの疑い
のある対象)から採取する。
いくつかの実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマー
カーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベ
ルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、その治療化合物
に応答する可能性が高い患者に投与する。また、本発明で提供するのは、過去にがんの治
療を受けたことがあるが、標準的な療法に応答しない患者と、過去に治療を受けたことが
ない患者の治療方法である。いくつかの疾患または障害は、特定の年齢群に多く見られる
が、本発明は、患者の年齢にかかわらず、患者を治療する方法も含む。本発明はさらに、
問題の疾患または状態を治療するために手術を受けたことのある患者と、そのような手術
を受けたことのない患者を治療する方法を含む。がん患者は、臨床症状が不均一であると
ともに、臨床転帰が様々であるので、患者に行う治療は、その患者の予後に応じて変化し
得る。熟練の臨床医であれば、過度の実験なしに、具体的な二次薬剤、手術のタイプ、及
び薬物ベースではない標準的な療法のタイプのうち、個々のがん患者の治療に有効に使用
できるものを容易に判断できる。
特定の実施形態では、本発明の化合物の治療上または予防上有効な量は、1日当たり約
0.005〜約1,000mg、1日当たり約0.01〜約500mg、1日当たり約0
.01〜約250mg、1日当たり約0.01〜約100mg、1日当たり約0.1〜約
100mg、1日当たり約0.5〜約100mg、1日当たり約1〜約100mg、1日
当たり約0.01〜約50mg、1日当たり約0.1〜約50mg、1日当たり約0.5
〜約50mg、1日当たり約1〜約50mg、1日当たり約0.02〜約25mgまたは
1日当たり約0.05〜約10mgである。
特定の実施形態では、治療上または予防上有効な量は、1日当たり約0.1mg、約0
.2mg、約0.5mg、約1mg、約2mg、約5mg、約10mg、約15mg、約
20mg、約25mg、約30mg、約40mg、約45mg、約50mg、約60mg
、約70mg、約80mg、約90mg、約100mgまたは約150mgである。
一実施形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互
変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和
物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の1日当たりの推奨用量範囲は、本明細書に記
載されている状態に関しては、1日当たり約0.1mg〜約50mgの範囲内であり、好
ましくは、これを1日に1回または1日に数回に分けて投与する。いくつかの実施形態で
は、投与量は、1日当たり約1mg〜約50mgの範囲である。別の実施形態では、投与
量は、1日当たり約0.5mg〜約5mgの範囲である。1日当たりの具体的な用量とし
ては、1日当たり0.1mg、0.2mg、0.5mg、1mg、2mg、3mg、4m
g、5mg、6mg、7mg、8mg、9mg、10mg、11mg、12mg、13m
g、14mg、15mg、16mg、17mg、18mg、19mg、20mg、21m
g、22mg、23mg、24mg、25mg、26mg、27mg、28mg、29m
g、30mg、31mg、32mg、33mg、34mg、35mg、36mg、37m
g、38mg、39mg、40mg、41mg、42mg、43mg、44mg、45m
g、46mg、47mg、48mg、49mgまたは50mgが挙げられる。特定の実施
形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化
合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
具体的実施形態では、推奨開始投与量は、1日当たり0.5mg、1mg、2mg、3
mg、4mg、5mg、10mg、15mg、20mg、25mgまたは50mgであっ
てよい。別の実施形態では、推奨開始投与量は、1日当たり0.5mg、1mg、2mg
、3mg、4mgまたは5mgであってよい。用量は、1日当たり10mg、15mg、
20mg、25mg、30mg、35mg、40mg、45mgまたは50mgまで段階
的に増やしてよい。具体的実施形態では、本発明の化合物は、1日当たり約25mgの量
で、AMLを含む白血病の患者に投与できる。特定的な実施形態では、本発明の化合物は
、1日当たり約10mgの量で、AMLを含む白血病の患者に投与できる。
特定の実施形態では、治療上または予防上有効な量は、約0.001〜約100mg/
kg/日、約0.01〜約50mg/kg/日、約0.01〜約25mg/kg/日、約
0.01〜約10mg/kg/日、約0.01〜約9mg/kg/日、0.01〜約8m
g/kg/日、約0.01〜約7mg/kg/日、約0.01〜約6mg/kg/日、約
0.01〜約5mg/kg/日、約0.01〜約4mg/kg/日、約0.01〜約3m
g/kg/日、約0.01〜約2mg/kg/日または約0.01〜約1mg/kg/日
である。
投与量は、mg/kg/日以外の単位で表すこともできる。例えば、非経口投与用の用
量は、mg/m/日で表すことができる。当業者であれば、対象の所与の身長もしくは
体重、またはこの両方に対して、用量をmg/kg/日からmg/m/日に変換する方
法が容易に分かるであろう(www.fda.gov/cder/cancer/ani
malframe.htmを参照されたい)。例えば、65kgのヒトに対する1mg/
kg/日の用量は、38mg/m/日と概ね等しい。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の定常状態における血漿
中濃度を約0.001〜約500μM、約0.002〜約200μM、約0.005〜約
100μM、約0.01〜約50μM、約1〜約50μM、約0.02〜約25μM、約
0.05〜約20μM、約0.1〜約20μM、約0.5〜約20μMまたは約1〜約2
0μMの範囲にするのに十分なものである。
別の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の定常状態における血漿中
濃度を約5〜約100nM、約5〜約50nM、約10〜約100nM、約10〜約50
nMまたは約50〜約100nMの範囲にするのに十分なものである。
本明細書で使用する場合、「定常状態における血漿中濃度」という用語は、本発明で提
供する化合物、例えば、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物
、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、
水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の投与から、ある期間経過後に到達する濃
度である。定常状態に達すると、その化合物の血漿中濃度の時間依存性曲線で見られるピ
ークとトラフは微小になる。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の最高血漿中濃度(ピー
ク濃度)を約0.001〜約500μM、約0.002〜約200μM、約0.005〜
約100μM、約0.01〜約50μM、約1〜約50μM、約0.02〜約25μM、
約0.05〜約20μM、約0.1〜約20μM、約0.5〜約20μMまたは約1〜約
20μMの範囲にするのに十分なものである。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の最低血漿中濃度(トラ
フ濃度)を約0.001〜約500μM、約0.002〜約200μM、約0.005〜
約100μM、約0.01〜約50μM、約1〜約50μM、約0.01〜約25μM、
約0.01〜約20μM、約0.02〜約20μM、約0.02〜約20μMまたは約0
.01〜約20μMの範囲にするのに十分なものである。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の曲線下面積(AUC)
を約100〜約100,000ng・hr/mL、約1,000〜約50,000ng・
hr/mL、約5,000〜約25,000ng・hr/mLまたは約5,000〜約1
0,000ng・hr/mLの範囲にするのに十分なものである。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法の1つで治療する患者は、式Iの化合物、
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩
、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結
晶多形の投与前に、抗がん療法で治療したことがない者である。特定の実施形態では、本
発明で提供する方法の1つで治療する患者は、式Iの化合物、またはその立体異性体もし
くは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポロ
ーグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の投与前に、抗がん
療法で治療したことのある者である。特定の実施形態では、本発明で提供する方法の1つ
で治療する患者は、抗がん療法に対する薬物耐性を発現した者である。特定の実施形態で
は、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は
、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
治療する疾患と、対象の状態に応じて、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは
立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ
、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、非経口投与経路(例
えば、筋内注射、筋内注入、腹腔内注射、腹腔内注入、静脈内注射、静脈内注入、CIV
、嚢内注射、嚢内注入、皮下注射もしくは皮下埋入)、吸入投与経路、経鼻投与経路、経
腟投与経路、直腸投与経路、舌下投与経路または局所(例えば経皮もしくは局部)投与経
路によって投与してよい。式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合
物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ
、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、好適な投与単位で、単独で、または
各投与経路に適する製薬学的に許容可能な賦形剤、担体、アジュバント及びビヒクルと組
み合わせて調合してよい。特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式I
の化合物は、化合物Eである。
一実施形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互
変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和
物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、非経口投与する。別の実施形態では、式I
の化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許
容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物
もしくは結晶多形は、静脈内投与する。特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物D
または化合物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形
態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学
的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接
化合物もしくは結晶多形は、単回用量(例えば単回ボーラス注射)として、または経時的
に(例えば、経時的な持続注入もしくは経時的な分割ボーラス投与で)送達させることが
できる。本発明の化合物は、必要な場合、例えば、患者の疾患が安定もしくは退縮するま
で、または患者の疾患が進行するかまたは許容不能な毒性が見られるまで、反復投与でき
る。例えば、固形がんに関しては、疾患の安定とは概して、測定可能な病変の垂直直径が
、最後の測定値から25%以上増大しないことを意味する。Therasse et a
l.,J.Natl.Cancer Inst.2000,92(3):205−216
。疾患の安定またはその欠乏は、患者の症状の評価、身体診察、及びX線、CAT、PE
T、MRIスキャンまたはその他の広く認められている評価様式を用いてイメージ化した
腫瘍可視化など、当該技術分野において知られている方法によって判断する。特定の実施
形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化
合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学
的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接
化合物もしくは結晶多形は、1日に1回(QD)投与することも、1日当たりの用量を複
数回(1日に2回(BID)、1日3回(TID)及び1日に4回(QID)など)に分
けることもできる。加えて、この投与は、持続的(すなわち、連日または毎日)であるこ
とも、間欠的、例えば周期的(すなわち、数日、数週間または数カ月の休薬期間を含む)
であることができる。本明細書で使用する場合、「毎日」という用語は、式Iの化合物、
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩
、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結
晶多形のような治療用化合物を、例えば、ある期間にわたって、各日に1回または2回以
上投与すること意味するように意図されている。「持続」という用語は、式Iの化合物、
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩
、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結
晶多形のような治療用化合物を毎日、少なくとも10日間〜52週間連続で投与すること
を意味するように意図されている。「間欠的な」または「間欠的に」という用語は、本明
細書で使用する場合、規則的な間隔または不規則な間隔のいずれかで、停止及び開始する
ことを意味するように意図されている。例えば、式Iの化合物、またはその立体異性体も
しくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポ
ローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の間欠的な投与は
、1週間に1〜6日行うか、周期的に行う(例えば、2〜8週間連続で毎日投与してから
、最長で1週間の休薬期間を設ける)か、または1日おきに行うものである。「周期化」
という用語は、本明細書で使用する場合、休薬期間を設けながら、式Iの化合物、または
その立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒
和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形
のような治療用化合物を毎日または持続的に投与することを意味するように意図されてい
る。特定の実施形態では、休薬期間は、治療期間と同じ長さである。別の実施形態では、
休薬期間は、治療期間と異なる長さである。いくつかの実施形態では、周期の長さは、1
週間、2週間、3週間、4週間、5週間、6週間、7週間、8週間、9週間または10週
間である。周期化のいくつかの実施形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もし
くは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポロ
ーグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形のような治療用化合
物を1日、2日間、3日間、4日間、5日間、6日間、7日間、8日間、9日間、10日
間、15日間、20日間、25日間または30日間、毎日投与してから、休薬期間を設け
る。特定的な実施形態では、4週間の周期の5日間、治療用化合物を毎日投与する。別の
特定的な実施形態では、4週間の周期の10日間、治療用化合物を毎日投与する。特定の
実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式I
の化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
いくつかの実施形態では、投与頻度は、ほぼ毎日〜ほぼ毎月の範囲内である。特定の実
施形態では、投与は、1日に1回、1日に2回、1日に3回、1日に4回、1日おき、1
週間に2回、1週間に1回、2週間おき、3週間おきまたは4週間おきである。一実施形
態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、
製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶
、包接化合物もしくは結晶多形を1日に1回投与する。別の実施形態では、式Iの化合物
、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形を1日に2回投与する。さらに別の実施形態では、式Iの化合物、またはその立
体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、
アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を1日
に3回投与する。さらに別の実施形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしく
は立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポロー
グ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を1日に4回投与する
。特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態で
は、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eで
ある。
特定の実施形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物
、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、
水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を1日〜6カ月間、1週間〜3カ月間、1
週間〜4週間、1週間〜3週間または1週間〜2週間、1日に1回投与する。特定の実施
形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体
、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結
晶、包接化合物もしくは結晶多形を1週間、2週間、3週間または4週間、1日に1回投
与する。一実施形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合
物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ
、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を1週間、1日に1回投与する。別の実
施形態では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性
体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共
結晶、包接化合物もしくは結晶多形を2週間、1日に1回投与する。さらに別の実施形態
では、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製
薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、
包接化合物もしくは結晶多形を3週間、1日に1回投与する。さらに別の実施形態では、
式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的
に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化
合物もしくは結晶多形を4週間、1日に1回投与する。特定の実施形態では、式Iの化合
物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dであ
る。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
また、本発明で提供するのは、バイオマーカー(例えば、GSPT1、GSPT2、I
KZF1、ATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産
物またはSFSR6 NMD転写産物)を用いて、治療化合物に対する患者の応答性、ま
たは治療化合物の有効性を予測またはモニタリングする方法である。特定の実施形態では
、本発明で提供するのは、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3、
DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSFSR6 NMD転写
産物のレベルのような予測因子または診断因子を用いて、がん(例えば、多発性骨髄腫、
リンパ腫、MDSもしくは白血病)であるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物
に対する応答性を予測する方法である。いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは
、バイオマーカー(例えば、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3
、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSFSR6 NMD転
写産物)のレベルを予測因子または診断因子として用いて、対象のがん(例えば、多発性
骨髄腫、リンパ腫、MDSまたは白血病)の、治療化合物による治療の有効性をモニタリ
ングする方法である。特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物Eで
ある。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式Iの化
合物は、化合物Eである。
したがって、さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの
疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する
可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対
象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する
可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式I
の化合物は、化合物Eである。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、がんの対象から得た試料に、治療化
合物を投与するのは、インビトロで行う。別の実施形態では、がんの対象から得た試料に
、治療化合物を投与するのは、インビボで行う。いくつかの実施形態では、試料は、細胞
である。一実施形態では、その細胞を化合物と、ある期間にわたって、例えば、5分間、
10分間、15分間、20分間、25分間、30分間、35分間、40分間、45分間、
50分間、55分間、1時間、2時間、3時間、4時間、5時間、6時間、7時間、8時
間、9時間、10時間、11時間、12時間、13時間、14時間、15時間、16時間
、17時間、18時間、19時間、20時間、21時間、22時間、23時間、24時間
、2日間、3日間、またはそれを超える期間、接触させる。例えば,別の実施形態では、
細胞は、がんの対象(またはがんの疑いのある対象)から採取する。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベ
ルは、参照試料から得られるそのバイオマーカーのレベルよりも高い。本発明で提供する
各種方法の別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、参照試料から得られ
るそのバイオマーカーのレベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、治療化合物による、対象のがん治療の有
効性のモニタリング方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと比較することであって、その参照と比較したときのレベルの変化によって
、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較すること
と、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式I
の化合物は、化合物Eである。
いくつかの実施形態では、参照よりもレベルが上昇していることによって、対象のがん
の治療における治療化合物の有効性が示される。別の実施形態では、参照よりもレベルが
低下していることによって、対象のがんの治療における治療化合物の有効性が示される。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、その方法は、第2の活性剤また
は支持療法剤を治療上有効な量投与することをさらに含む。この第2の活性剤は、大分子
(例えばタンパク質)であることも、小分子(例えば、合成無機分子、有機金属分子また
は有機分子)であることもできる。いくつかの実施形態では、第2の活性剤は、造血成長
因子、サイトカイン、抗がん剤(例えばチェックポイントインヒビター)、抗生物質、c
ox−2インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、がん抗原に特異
的に結合する治療抗体、またはそれらの薬理学的に活性な変異体もしくは誘導体である。
特定の実施形態では、この抗がん剤は、チェックポイントインヒビターである。
いくつかの実施形態では、第2の活性剤は、本発明で提供する化合物、またはその立体
異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、ア
イソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の投与と
関連する有害作用を緩和できる小分子である。多くの第2の小分子活性剤は、本発明で提
供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的
に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化
合物もしくは結晶多形とともに(例えば、その前、その後またはそれと同時に)投与する
と、相乗作用をもたらすことができると考えられている。第2の小分子活性剤の例として
は、抗がん剤、抗生物質、免疫抑制剤及びステロイドが挙げられるが、これらに限らない
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、参照は、治療化合物を対象に投
与する前に、その対象から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコン
トロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法の別の実施
形態では、参照は、がんではない健常な対象から得たコントロール試料を用いることによ
って調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、がんは、固形がんまたは血液が
んである。いくつかの実施形態では、がんは、固形がんである。いくつかの実施形態では
、固形がんは、転移性である。いくつかの実施形態では、固形がんは、肝細胞癌、メラノ
ーマ、前立腺癌、卵巣癌または神経膠肉腫である。いくつかの実施形態では、がんは、血
液腫瘍である。特定の実施形態では、血液腫瘍は、転移性である。本発明で提供する各種
方法のいくつかの実施形態では、がんは、MMである。特定の実施形態では、がんは、白
血病である。本発明で示すがんには、CLL、CML、ALLまたはAMLのような各種
タイプの白血病が含まれる。具体的実施形態では、白血病は、AMLである。具体的実施
形態では、白血病は、再発性であるか、難治性であるか、または従来の療法に対して耐性
である。特定の実施形態では、本発明で示すがんは、リンパ腫であり、NHLが挙げられ
るが、これに限らない。いくつかの実施形態では、本発明で示すがんは、NHLであり、
DLBCLが挙げられるが、これに限らない。いくつかの実施形態では、本発明で示すが
んは、MDSである。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、各種タイプのがんの治療、予防ま
たは管理を含む。一実施形態では、本発明で提供する方法は、式Iの化合物、またはその
立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物
、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を治
療上有効な量投与することによって、CLL、CML、ALLまたはAMLのような各種
タイプの白血病を治療、予防または管理することを含む。特定の実施形態では、式Iの化
合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dで
ある。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象の急性白血病の治療、予防ま
たは管理を含む。いくつかの実施形態では、この急性白血病は、AMLであり、AMLと
しては、未分化AML(M0)、骨髄芽球性白血病(M1)、骨髄芽球性白血病(M2)
、前骨髄球性白血病(M3またはM3亜型[M3V])、骨髄単球性白血病(M4または
好酸球増加を伴うM4亜型[M4E])、単球性白血病(M5)、赤白血病(M6)及び
巨核芽球性白血病(M7)が挙げられるが、これらに限らない。一実施形態では、急性骨
髄性白血病は、未分化AML(M0)である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、骨
髄芽球性白血病(M1)である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、骨髄芽球性白血
病(M2)である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、前骨髄球性白血病(M3また
はM3亜型[M3V])である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、骨髄単球性白血
病(M4または好酸球増加を伴うM4亜型[M4E])である。一実施形態では、急性骨
髄性白血病は、単球性白血病(M5)である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、赤
白血病(M6)である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、巨核芽球性白血病(M7
)である。したがって、対象のAMLの治療、予防または管理方法は、その対象に、急性
骨髄性白血病を治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、ま
たはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、
溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶
多形を単独で、または第2の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施
形態では、この方法は、対象に、AMLを治療、予防または管理するのに有効な量で、本
発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、
製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶
、包接化合物もしくは結晶多形を第2の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象の骨髄異形成症候群(MDS
)を治療、予防及び/または管理することを含む。いくつかの実施形態では、MDSは、
再発性、耐性または難治性MDSである。いくつかの実施形態では、MDSは、不応性貧
血(RA)、環状鉄芽球を伴うRA(RARS)、芽球過剰のRA(RAEB)、多血球
系異形成を伴う不応性血球減少症(RCMD)、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球
減少症(RCUD)、分類不能型骨髄異形成症候群(MDS−U)、del(5q)単独
の染色体異常を伴う骨髄異形成症候群、治療関連骨髄性腫瘍及び慢性骨髄単球性白血病(
CMML)から選択されている。したがって、対象のMDSの治療、予防または管理方法
は、その対象に、MDSを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する
化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容
可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物も
しくは結晶多形を単独で、または第2の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いく
つかの実施形態では、この方法は、対象に、MDSを治療、予防または管理するのに有効
な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互
変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和
物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第2の活性剤と組み合わせて投与する工程を
含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象のALLを治療、予防または
管理することを含む。いくつかの実施形態では、ALLには、骨髄の芽球細胞(B細胞)
、胸腺(T細胞)及びリンパ節に由来する白血病が含まれる。急性リンパ性白血病は、F
rench−American−British(FAB)形態分類スキームに従って、
L1−成熟した形態を持つリンパ芽球(T細胞またはB前駆細胞)と、L2−未成熟かつ
多形性(形状が様々な)リンパ芽球(T細胞またはB前駆細胞)と、L3−リンパ芽球(
B細胞またはバーキット細胞)として分類できる。一実施形態では、ALLは、骨髄の芽
球細胞(B細胞)に由来するものである。一実施形態では、ALLは、胸腺(T細胞)に
由来するものである。一実施形態では、ALLは、リンパ節に由来するものである。一実
施形態では、ALLは、成熟した形態を持つリンパ芽球(T細胞またはB前駆細胞)によ
って特徴付けられるL1型である。一実施形態では、ALLは、未熟かつ多形性(形状が
様々な)リンパ芽球(T細胞またはB前駆細胞)によって特徴付けられるL2型である。
一実施形態では、ALLは、リンパ芽球(B細胞またはバーキット細胞)によって特徴付
けられるL3型である。特定の実施形態では、ALLは、T細胞白血病である。一実施形
態では、T細胞白血病は、末梢性T細胞白血病である。別の実施形態では、T細胞白血病
は、T細胞リンパ芽球性白血病である。別の実施形態では、T細胞白血病は、皮膚T細胞
性白血病である。別の実施形態では、T細胞白血病は、成人T細胞白血病である。したが
って、対象のALLの治療、予防または管理方法は、その対象に、ALLを治療、予防ま
たは管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは
立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ
、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第2の
活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象
に、ALLを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、また
はその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶
媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多
形を第2の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象のCMLを治療、予防または
管理することを含む。この方法は、対象に、慢性骨髄性白血病を治療、予防または管理す
るのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体
混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラ
ッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第2の活性剤と組
み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、CML
を治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体
異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、ア
イソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第2の
活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象のCLLを治療、予防または
管理することを含む。この方法は、対象に、慢性リンパ性白血病を治療、予防または管理
するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性
体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロド
ラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第2の活性剤と
組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、CL
Lを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立
体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、
アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第2
の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、NHLを含むリンパ腫の治療、予防また
は管理方法であって、リンパ腫の患者に、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは
立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ
、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を治療上有効な量、単独
でまたは第2の活性剤と組み合わせて投与することを含む方法である。いくつかの実施形
態では、この方法は、対象に、リンパ腫を治療、予防または管理するのに有効な量で、本
発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、
製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶
、包接化合物もしくは結晶多形を第2の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いく
つかの実施形態では、本発明で提供するのは、NHL(DLBCLが挙げられるが、これ
に限らない)の治療または管理方法である。特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合
物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実
施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、腎機能の低下した患者の疾患の治療、予
防または管理方法である。特定の実施形態では、本発明で提供するのは、腎機能の低下し
た患者のがんの治療、予防または管理方法である。特定の実施形態では、本発明で提供す
るのは、疾患、加齢またはその他の患者因子(これらに限らない)により、腎機能の低下
した患者に対して、適切な用量調節を行う方法である。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、腎機能の低下した患者のMM(再発性/
難治性MMを含む)またはその症状の治療、予防または管理方法であって、腎機能の低下
した再発性/難治性MM患者に、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性
体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロド
ラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を治療上有効な量、単独で、また
は第2の活性剤と組み合わせて投与することを含む方法である。いくつかの実施形態では
、この方法は、腎機能の低下した患者の再発性/難治性MMを治療、予防または管理する
のに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混
合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッ
グ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第2の活性剤と組み合わせて、その
対象に投与する工程を含む。特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合
物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式
Iの化合物は、化合物Eである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマ
ーカーは、ATF3、ATF4、ATF6、BID、BIP、カスパーゼ3、カスパーゼ
7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、DDIT3、DNAJB9、EDEM1、eIF2α
、eRF1、FAS、GADD45A、GCN2、IKZF1、IRE1、Mcl−1、
PARP、PPP1R15A、GSPT1、GSPT2、SEC24D、SRSF3、S
RSF6、TNFRSF10B及びXBP1からなる群から選択されている。本発明で提
供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2
、IKZF1、ATF4、ATF3及びDDIT3からなる群から選択されている。本発
明で提供する各種方法の別の実施形態では、バイオマーカーは、切断PARP、SRSF
3 NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択されている。
一実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1である。別の実施形態では、バイオマ
ーカーは、GSPT2である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、IKZF1
である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、eRF1である。一実施形態では
、バイオマーカーは、BIPである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、非修飾B
IPである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、C末端修飾BIPである。さ
らに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、KDEL抗体によって認識できないC
末端修飾BIPである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、BIPの非
修飾C末端を認識するBIP抗体によって認識できないC末端修飾BIPである。具体的
実施形態では、バイオマーカーは、KDEL抗体と、BIPの非修飾C末端を認識するB
IP抗体の両方によって認識できないC末端修飾BIPである。一実施形態では、バイオ
マーカーは、GCN2である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、非リン酸化GC
N2である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、リン酸化GCN2である。一
実施形態では、バイオマーカーは、eIF2αである。具体的実施形態では、バイオマー
カーは、非リン酸化eIF2αである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、リ
ン酸化eIF2αである。一実施形態では、バイオマーカーは、ATF4である。別の実
施形態では、バイオマーカーは、ATF3である。さらに別の実施形態では、バイオマー
カーは、ATF3のスプライシングバリアントである。さらに別の実施形態では、バイオ
マーカーは、DDIT3である。一実施形態では、バイオマーカーは、PPP1R15A
である。別の実施形態では、バイオマーカーは、TNFRSF10Bである。さらに別の
実施形態では、バイオマーカーは、GADD45Aである。さらに別の実施形態では、バ
イオマーカーは、FASである。一実施形態では、バイオマーカーは、IRE1である。
具体的実施形態では、バイオマーカーは、非リン酸化IRE1である。別の具体的実施形
態では、バイオマーカーは、リン酸化IRE1である。一実施形態では、バイオマーカー
は、XBP1である。別の実施形態では、バイオマーカーは、SEC24Dである。さら
に別の実施形態では、バイオマーカーは、DNAJB9である。さらに別の実施形態では
、バイオマーカーは、EDEM1である。一実施形態では、バイオマーカーは、ATF6
である。別の実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ8である。具体的実施形態で
は、バイオマーカーは、切断カスパーゼ8である。さらに別の実施形態では、バイオマー
カーは、BIDである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ9であ
る。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断カスパーゼ9である。一実施形態では
、バイオマーカーは、カスパーゼ3である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切
断カスパーゼ3である。別の実施形態では、バイオマーカーは、PARPである。具体的
実施形態では、バイオマーカーは、切断PARPである。さらに別の実施形態では、バイ
オマーカーは、カスパーゼ7である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断カス
パーゼ7である。さらなる実施形態では、バイオマーカーは、Mcl−1である。具体的
実施形態では、バイオマーカーは、SRSF3である。別の実施形態では、バイオマーカ
ーは、未成熟終止コドンを含む、SRSF3のスプライシングバリアント(例えばSRS
F3のNMD転写産物)である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、SRSF
6である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、未成熟終止コドンを含む、SR
SF6のスプライシングバリアント(例えばSRSF6のNMD転写産物)である。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応答して低
下する。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2、IKZ
F1、eRF1、BIP及びMcl−1からなる群から選択されており、バイオマーカー
のレベルは、治療化合物に応答して、参照よりも低下する。
別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応答して上昇する
。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ATF4、ATF3及びDDIT3から
なる群から選択されており、バイオマーカーのレベルは、治療化合物に応答して、参照よ
りも上昇する。別の実施形態では、バイオマーカーは、SEC24D、DNAJB9、X
BP1、EDEM1、eIF2α、PPP1R15A、GADD45A、TNFRSF1
0B、カスパーゼ8の切断形態、BID、カスパーゼ9の切断形態、カスパーゼ3の切断
形態、カスパーゼ7の切断形態、切断PARP、FAS、SRSF3のNMD転写産物、
SRSF6のNMD転写産物からなる群から選択されており、バイオマーカーのレベルは
、化合物による治療に応答して上昇する。
本発明で提供する各種方法の特定の実施形態では、バイオマーカーは、例えば、タンパ
ク質間相互作用(例えば、特定のCRBN基質もしくはその下流エフェクター)を通じて
、または各種の細胞経路(例えば、シグナル伝達経路)を通じて、CRBNに直接または
間接的に影響されるタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、CRB
N関連タンパク質(CAP)である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、CR
BNに直接または間接的に影響されるタンパク質のmRNAである。別の実施形態では、
バイオマーカーは、CRBNに直接または間接的に影響されるタンパク質のcDNAであ
る。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治
療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマー
カーがCAPである、前記割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応
答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマー
カーがCAPである、前記割り出すことと、
(d)その試料中のバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異
なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
(a)そのがんである対象から試料を採取することと、
(b)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマー
カーがCAPである、前記割り出すことと、
(c)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
(d)その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのあ
る対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマー
カーがCAPである、前記割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する
可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのあ
る対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマー
カーがCAPである、前記割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する
可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のがんの、治療化合物による治
療の有効性のモニタリング方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマー
カーがCAPである、前記割り出すことと、
(d)その試料中のそのバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たそのバイオマー
カーのレベルと比較することであって、その参照と比較したときのレベルの変化によって
、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較すること
と、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式I
の化合物は、化合物Eである。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2及びIKZF1
からなる群から選択したCAPである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、G
SPT1またはGSPT2のようなeRF3ファミリーメンバーである。具体的実施形態
では、バイオマーカーは、GSPT1である。別の具体的実施形態では、バイオマーカー
は、GSPT2である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、IKZF1
である。別の実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2もしくはIKZ
F1の結合パートナー、その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の因
子である。例えば、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、eRF3ファミリーメ
ンバーの結合パートナー、その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の
因子である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、eRF1のような、GSPT1の
結合パートナーである。
実施例に示されているように、GSPT1、GSPT2またはIKZF1などのバイオ
マーカーのレベルは、化合物DまたはEによる処置に応答して、参照よりも低下する。し
たがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2及びI
KZF1からなる群から選択されており、バイオマーカーのレベルは、化合物DまたはE
による処置に応答して低下する。すなわち、本発明で提供する各種方法のいくつかの実施
形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2もしくはIKZF1、またはそれ
らの影響を受けるタンパク質(もしくは因子)であり、このバイオマーカーのレベルは、
参照よりも低い。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治
療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルを割り出すこと
と、
(d)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルが、参照レベル
よりも低い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断すること
と、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応
答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルを割り出すこと
と、
(d)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルが、参照レベル
よりも低い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断すること
と、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
(a)そのがんである対象から試料を採取することと、
(b)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルを割り出すこと
と、
(c)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルが、参照レベル
よりも低い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断すること
と、
(d)その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのあ
る対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルを割り出すこと
と、
(d)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルが、参照試料か
ら得たGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルよりも低い場合に、その対象を
、その治療用化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのあ
る対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルを割り出すこと
と、
(d)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルが、参照試料か
ら得たGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルよりも低い場合に、その対象を
、その治療用化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のがんの、治療化合物による治
療の有効性のモニタリング方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルを割り出すこと
と、
(d)その試料中のGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルを、参照試料か
ら得たGSPT1、GSPT2またはIKZF1のレベルと比較することであって、その
参照よりもレベルが低下していることによって、その対象のがんの治療におけるその治療
化合物の有効性が示される、前記比較することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式I
の化合物は、化合物Eである。
具体的実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1であり、がんは、多発性骨髄腫(
MM)、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。
いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、
慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血
病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病(AML)である。具体的実施
形態では、バイオマーカーは、GSPT1であり、治療化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実施形態で
は、治療化合物は、化合物Eである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、GSPT2であり、がんは、多発性骨髄
腫(MM)、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫であ
る。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病
は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性
白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病(AML)である。別の具
体的実施形態では、バイオマーカーは、GSPT2であり、治療化合物は、化合物Dまた
は化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実
施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、IKZF1であり、がんは、多発性骨髄
腫(MM)、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫であ
る。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病
は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性
白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病(AML)である。別の具
体的実施形態では、バイオマーカーは、IKZF1であり、治療化合物は、化合物Dまた
は化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実
施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、UPRまたはその下流経路に関与する因
子またはタンパク質である。特定の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカー
は、ERストレス経路における機能を有するものである。別の実施形態では、本発明で示
されているバイオマーカーは、NMD経路における機能を有するものである。さらに別の
実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、NMD経路のRNA基質である
別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ATF4関連シグナリン
グ経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、
治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑い
のある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物によ
る治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ATF4関連シグナ
リング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカ
ーは、ATF4関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、ATF
4、ATF3、PPP1R15A、TNFRSF10B、DDIT3、GADD45A、
TNFRSF1A、TNFRSF1B、FAS及びFADDからなる群から選択した因子
またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF4である。別
の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF3である。さらに別の具体的実施形態
では、バイオマーカーは、PPP1R15Aである。さらに別の具体的実施形態では、バ
イオマーカーは、TNFRSF10Bである。ある1つの具体的実施形態では、バイオマ
ーカーは、DDIT3である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、GADD4
5Aである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、TNFRSF1Aであ
る。一実施形態では、バイオマーカーは、TNFRSF1Bである。具体的実施形態では
、バイオマーカーは、FASである。別の実施形態では、バイオマーカーは、FADDで
ある。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫(MM)、リンパ腫または白血病
である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がん
は、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄
性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白
血病は、急性骨髄性白血病(AML)である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、
化合物Dまたは化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dである。
別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、GCN−2関連シグナリ
ング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち
、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑
いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物に
よる治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、GCN2関連シグ
ナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマー
カーは、GCN−2関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、G
CN2、eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、PPP1R15A、TNFRS
F10B、GADD45A及びFASからなる群から選択した因子またはタンパク質であ
る。具体的実施形態では、バイオマーカーは、GCN2である。別の具体的実施形態では
、バイオマーカーは、eIF2αである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカ
ーは、ATF4である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF3で
ある。ある1つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、DDIT3である。別の具体
的実施形態では、バイオマーカーは、PPP1R15Aである。さらに別の具体的実施形
態では、バイオマーカーは、TNFRSF10Bである。さらに別の具体的実施形態では
、バイオマーカーは、GADD45Aである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、
FASである。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫(MM)、リンパ腫また
は白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態で
は、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、
慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態
では、白血病は、急性骨髄性白血病(AML)である。別の具体的実施形態では、治療化
合物は、化合物Dまたは化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物D
である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、IRE1関連シグナリン
グ経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、
治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑い
のある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物によ
る治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、IRE1関連シグナ
リング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカ
ーは、IRE1関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、IRE
1、XBP1、SEC24D、DNAJB9及びEDEM1からなる群から選択した因子
またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、IRE1である。別
の具体的実施形態では、バイオマーカーは、XBP1である。さらに別の具体的実施形態
では、バイオマーカーは、SEC24Dである。さらに別の具体的実施形態では、バイオ
マーカーは、DNAJB9である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、EDEM1
である。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫(MM)、リンパ腫または白血
病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、が
んは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨
髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、
白血病は、急性骨髄性白血病(AML)である。別の具体的実施形態では、治療化合物は
、化合物Dまたは化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dである
。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
さらに別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、XBP1関連シグ
ナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象の
うち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがん
の疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合
物による治療の有効性をモニタリングすること、またはがんを治療するのに、XBP1関
連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイ
オマーカーは、XBP1関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって
、XBP1、SEC24D、DNAJB9、DNAJC6、EDEM1、EDEM2及び
HYOU1からなる群から選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、
バイオマーカーは、XBP1である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、SE
C24Dである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、DNAJB9であ
る。一実施形態では、バイオマーカーは、DNAJC6である。具体的実施形態では、バ
イオマーカーは、EDEM1である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ED
EM2である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、HYOU1である。いくつ
かの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫(MM)、リンパ腫または白血病である。具体
的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病で
ある。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急
性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性
骨髄性白血病(AML)である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dまた
は化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実
施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
さらに別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ATF6関連シグ
ナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象の
うち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがん
の疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合
物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ATF6関連
シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオ
マーカーは、ATF6関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、
ATF6、XBP1及びEDEM1からなる群から選択した因子またはタンパク質である
。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF6である。別の具体的実施形態では、
バイオマーカーは、XBP1である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは
、EDEM1である。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫(MM)、リンパ
腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施
形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白
血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実
施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病(AML)である。別の具体的実施形態では、
治療化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化
合物Dである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、FAS/FADD
関連シグナリング及びアポトーシス経路における機能を有するものである。いくつかの実
施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、
がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか
、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治
療するのに、FAS/FADD関連シグナリング経路及びアポトーシス経路に関与するバ
イオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ATF6関連シグ
ナリング及びアポトーシス経路に関与する因子またはタンパク質であって、カスパーゼ3
、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、PARP及びMcl−1からなる群から
選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパ
ーゼ3である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ7である。さら
に別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ8である。さらに別の具体的
実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ9である。ある1つの具体的実施形態では
、バイオマーカーは、PARPである。特定的な実施形態では、バイオマーカーは、切断
PARPである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、Mcl−1である。いく
つかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫(MM)、リンパ腫または白血病である。具
体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病
である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、
急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急
性骨髄性白血病(AML)である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dま
たは化合物Eである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的
実施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、NMD関連シグナ
リング経路沿いの構成要素またはNMD関連シグナリングのRNA基質である。いくつか
の実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定する
か、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測す
るか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがん
を治療するのに、NMD関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いく
つかの実施形態では、バイオマーカーは、NMD関連シグナリング経路のRNA基質(例
えば、SRSF3またはSRSF6のNMD転写産物)である。具体的実施形態では、バ
イオマーカーは、SRSF3のNMD転写産物である。別の具体的実施形態では、バイオ
マーカーは、SRSF6のNMD転写産物である。いくつかの実施形態では、がんは、多
発性骨髄腫(MM)、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リン
パ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では
、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急
性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病(AML)である
。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。具体的実施
形態では、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化
合物Eである。
いくつかのさらに具体的な実施形態では、GCN2関連シグナリング経路に関与するバ
イオマーカーは、ATF4、ATF3またはDDIT3からなる群から選択されており、
このバイオマーカーのレベルは、参照よりも上昇する。特定のさらに具体的な実施形態で
は、FAS/FADD関連シグナリング及びアポトーシス経路に関与するバイオマーカー
は、切断PARPであり、このバイオマーカーのレベルは、参照よりも上昇する。別のさ
らに具体的な実施形態では、NMD関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーは、
SRSF3 NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択されて
おり、このバイオマーカーのレベルは、参照よりも上昇する。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治
療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルが、参照レベルよりも高い場合
に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応
答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルが、参照レベルよりも高い場合
に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
(a)対象から試料を採取することと、
(b)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルを割り出すことと、
(c)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルが、参照レベルよりも高い場合
に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
(d)その治療化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、その治療化合物を
治療上有効な量投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのあ
る対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルが、参照試料から得たATF4
、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSRSF6
NMD転写産物のレベルよりも高い場合に、その対象を、その治療用化合物によるがん
の治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのあ
る対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
(a)その対象から試料を採取することと、
(b)その治療化合物をその試料に投与することと、
(c)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルを割り出すことと、
(d)試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD
転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルが、参照試料から得たATF4、A
TF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはSRSF6 N
MD転写産物のレベルよりも高い場合に、その対象を、その治療用化合物によるがんの治
療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のがんの、治療化合物による治
療の有効性のモニタリング方法であって、
(a)その治療化合物をその対象に投与することと、
(b)その対象から試料を採取することと、
(c)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルを割り出すことと、
(d)その試料中のATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 N
MD転写産物またはSRSF6 NMD転写産物のレベルのレベルを、参照試料から得た
ATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3 NMD転写産物またはS
RSF6 NMD転写産物のレベルと比較することであって、その参照よりもレベルが上
昇していることによって、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示さ
れる、前記比較することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dまたは化合物
Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物Dである。別の実施形態では、式I
の化合物は、化合物Eである。
ある1つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF4であり、がんは、MM、
リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体的実施形態で
は、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具
体的実施形態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである。一実施形態
では、白血病は、AMLである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF4であ
り、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、AT
F4であり、治療化合物は、化合物Eである。
具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF3であり、がんは、MM、リンパ腫ま
たは白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体的実施形態では、がんは
、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形
態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである。一実施形態では、白血
病は、AMLである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF3であり、治療化
合物は、化合物Dである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ATF3であり
、治療化合物は、化合物Eである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、DDIT3であり、がんは、MM、リン
パ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体的実施形態では、
がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的
実施形態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである。一実施形態では
、白血病は、AMLである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、DDIT3であり
、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、DDI
T3であり、治療化合物は、化合物Eである。
ある1つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断PARPであり、がんは、M
M、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体的実施形
態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別
の具体的実施形態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである。一実施
形態では、白血病は、AMLである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断PA
RPであり、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実施形態では、バイオマーカー
は、切断PARPであり、治療化合物は、化合物Eである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、SRSF3 NMD転写産物であり、が
んは、MM、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体
的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病で
ある。別の具体的実施形態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである
。一実施形態では、白血病は、AMLである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、
SRSF3 NMD転写産物であり、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実施形
態では、バイオマーカーは、SRSF3 NMD転写産物であり、治療化合物は、化合物
Eである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、SRSF6 NMD転写産物であり、が
んは、MM、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体
的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病で
ある。別の具体的実施形態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである
。一実施形態では、白血病は、AMLである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、
SRSF6 NMD転写産物であり、治療化合物は、化合物Dである。別の具体的実施形
態では、バイオマーカーは、SRSF6 NMD転写産物であり、治療化合物は、化合物
Eである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そ
のバイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイ
オマーカーのmRNAレベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法のさらに別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そ
のバイオマーカーのcDNAレベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の5.7項
に記載されている化合物である。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の式Iの化
合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
は、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換さ
れたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRはそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基は、1〜3個のQという基であり、各Qは独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の式Iの化
合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
は、ハロ置換アリールであり、
とRはそれぞれハロである。
具体的実施形態では、治療化合物は、2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2
,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル
)−2,2−ジフルオロアセトアミド(「化合物D」)、またはその立体異性体もしくは
立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ
、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
別の具体的実施形態では、治療化合物は、2−(4−フルオロフェニル)−N−((2
−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)
メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド(「化合物E」)、またはその立体異性体も
しくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポ
ローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
いくつかの実施形態では、治療化合物は、化合物Dであり、がんは、MM、リンパ腫ま
たは白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体的実施形態では、がんは
、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形
態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである。一実施形態では、白血
病は、AMLである。
いくつかの実施形態では、治療化合物は、化合物Eであり、がんは、MM、リンパ腫ま
たは白血病である。一実施形態では、がんは、MMである。具体的実施形態では、がんは
、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形
態では、白血病は、CLL、CML、ALLまたはAMLである。一実施形態では、白血
病は、AMLである。
いくつかの実施形態では、患者もしくは対象の応答性、または治療の有効性は、がんの
患者の全生存期間(OS)、完全寛解率(CRR)、客観的奏効率(ORR)、無増悪期
間、無再発生存率(RFS)、無増悪生存期間(PFS)、無イベント生存期間、寛解持
続期間、奏効期間及び/または寛解/奏効までの時間によって割り出す。一実施形態では
、がんは、血液がんである。特定の実施形態では、ORRには、完全寛解(CR)(すな
わち、形態学的な無白血病状態、形態学的なCR、細胞遺伝学的なCR、分子的なCR、
及び血液の回復が不完全である形態学的なCR)、ならびに部分寛解のすべての奏効が含
まれる。
別の実施形態では、本発明で提供する各種方法は、がん、例えば血液がんである患者の
全生存期間(OS)、完全寛解率(CRR)、客観的奏効率(ORR)、無増悪期間、無
再発生存率(RFS)、無増悪生存期間(PFS)、無イベント生存期間、寛解持続期間
、奏効持続期間及び/または寛解/奏効までの時間を向上させるためのものである。
本明細書で使用する場合、全生存期間(OS)とは、臨床試験において、無作為化時点
から、いずれかの理由で死亡するまでの時間を意味する。無増悪生存期間(PFS)とは
、臨床試験において、無作為化時点から、憎悪または死亡するまでの時間を意味する。無
イベント生存期間(EFS)とは、試験登録時点から、いずれかの治療失敗イベント(疾
患の進行、いずれかの理由による治療の中止、または死亡を含む)が見られるまでの時間
を意味する。全奏効率(ORR)とは、完全奏効を示した患者と部分奏効を示した患者の
割合(%)の合計を意味する。奏効持続期間(DoR)は、奏効を示してから、再発する
か、または疾患が進行するまでの時間である。
5.3.バイオマーカーの検出及び定量方法
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、生体試料由来のバイオマーカー(CRB
NまたはCRBNに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質など)のタンパク質レベ
ルの検出及び定量方法であって、試料内のタンパク質と、そのバイオマーカータンパク質
に免疫特異的に結合する第1の抗体とを接触させることを含む方法である。いくつかの実
施形態では、本発明で提供する方法は、(i)第1の抗体に結合したバイオマーカータン
パク質と、検出可能な標識を有する第2の抗体とを接触させることであって、その第2の
抗体が、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、その第2の抗体が
、バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、第1の抗体とは異なるエピトープに
免疫特異的に結合する、前記接触させることと、(ii)バイオマーカータンパク質に結
合した第2の抗体の存在を検出することと、(iii)第2の抗体の検出可能な標識の量
に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことをさらに含む。別の実施形態で
は、本発明で提供する方法は、(i)第1の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と
、検出可能な標識を有する第2の抗体とを接触させることであって、その第2の抗体が、
第1の抗体に免疫特異的に結合する、前記接触させることと、(ii)第1の抗体に結合
した第2の抗体の存在を検出することと、(iii)第2の抗体の検出可能な標識の量に
基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことをさらに含む。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、この方法は、免疫組織化学二重
染色を用いて、CRBNまたはCRBNに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質の
ようなバイオマーカーのレベルを割り出すことを含む。免疫組織化学二重染色アッセイで
は、本発明で示されているバイオマーカーを標的とする第1の標識抗体と、がんのバイオ
マーカーを標的とする第2の標識抗体を用いて、本発明で示されているバイオマーカーと
別のがんバイオマーカーを同時に検出する。このようなアッセイは、本発明で示されてい
るバイオマーカーを検出及び測定する際の特異性、精度及び感受性を向上させることがで
きる。いくつかの実施形態では、上記のがんバイオマーカーは、リンパ腫バイオマーカー
である。別の実施形態では、がんバイオマーカーは、NHLバイオマーカーである。特定
の実施形態では、がんバイオマーカーは、DLBCLバイオマーカーである。いくつかの
実施形態では、がんバイオマーカーは、MMバイオマーカーである。別の実施形態では、
がんバイオマーカーは、白血病バイオマーカーである。さらに別の実施形態では、がんバ
イオマーカーは、AMLバイオマーカーである。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、(i)試料内のタン
パク質と、本発明で示されているバイオマーカーに免疫特異的に結合する第1の抗体とを
接触させることであって、その第1の抗体が、第1の検出可能な標識と結合している、前
記接触させることと、(ii)その試料内のタンパク質と、がんバイオマーカーに免疫特
異的に結合する第2の抗体とを接触させることであって、その第2の抗体が、第2の検出
可能な標識と結合している、前記接触させることと、(iii)それらのタンパク質に結
合したその第1の抗体と第2の抗体の存在を検出することと、(iv)第1の抗体の検出
可能な標識の量に基づき、本発明で示されているバイオマーカーのレベルを割り出すとと
もに、第2の抗体の検出可能な標識の量に基づき、がんバイオマーカーのレベルを割り出
すことを含む。いくつかの実施形態では、がんバイオマーカーは、リンパ腫バイオマーカ
ーである。別の実施形態では、がんバイオマーカーは、NHLバイオマーカーである。特
定の実施形態では、がんバイオマーカーは、DLBCLバイオマーカーである。いくつか
の実施形態では、がんバイオマーカーは、MMバイオマーカーである。別の実施形態では
、がんバイオマーカーは、白血病バイオマーカーである。さらに別の実施形態では、がん
バイオマーカーは、AMLバイオマーカーである。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、生体試料由来のバイオマーカー(CRB
Nまたは本発明で示されているバイオマーカーなど)のRNA(例えばmRNA)レベル
の検出及び定量方法であって、(a)その試料からRNAを得ることと、(b)そのRN
Aと、そのRNA内の配列に特異的に結合するプライマーとを接触させて、前記RNAと
相補的な配列を有する第1のDNA分子を生成させることと、(c)上記のバイオマーカ
ーをコードする遺伝子のセグメントに対応するDNAを増幅することと、(d)その増幅
したDNAの量に基づき、上記のバイオマーカーのRNAレベルを割り出すことを含む方
法である。
いくつかの実施形態では、上記のバイオマーカー(複数可)は、本発明で示されている
他のバイオマーカー(複数可)(CRBN、GSPT1、GSPT2、IKZF1、AT
F4、ATF3及びDDIT3など)と組み合わせて評価する。
本発明で提供する各種方法の特定の実施形態では、工程の2つ以上を順次に行う。本発
明で提供する方法の別の実施形態では、工程の2つ以上を並行して(例えば同時に)行う
GSPT1、GSPT2、IKZF1、eRF1、BIP、GCN2、eIF2α、A
TF4、ATF3、DDIT3、PPP1R15A、TNFRSF10B、GADD45
A、FAS、IRE1、XBP1、SEC24D、DNAJB9、EDEM1、ATF6
、カスパーゼ3、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、BID、PARP、Mc
l−1、SRSF3、SRSF6またはこれらを組み合わせたものなどのバイオマーカー
のタンパク質レベルの検出及び定量方法のためのものとして、本発明で示す例示的なアッ
セイは、ウエスタンブロット解析及び酵素結合免疫吸着法(ELISA)(例えばサンド
イッチELISA)のようなイムノアッセイである。GSPT1、GSPT2、IKZF
1、eRF1、BIP、GCN2、eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、PP
P1R15A、TNFRSF10B、GADD45A、FAS、IRE1、XBP1、S
EC24D、DNAJB9、EDEM1、ATF6、カスパーゼ3、カスパーゼ7、カス
パーゼ8、カスパーゼ9、BID、PARP、Mcl−1、SRSF3、SRSF6また
はこれらを組み合わせたものなどのバイオマーカーのRNAレベルの検出及び定量方法の
ためのものとして、本発明で示す例示的なアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(R
T−PCR)、例えば定量RT−PCR(qRT−PCR)である。
CRBN、CRBNに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質(例えば、GSPT
1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3及びDDIT3)、またはこれらを組
み合わせたものなどのバイオマーカーのタンパク質レベルの検出及び定量方法のためのも
のとして、本発明で示す例示的なアッセイは、ウエスタンブロット解析及び酵素結合免疫
吸着法(ELISA)(例えばサンドイッチELISA)のようなイムノアッセイである
。CRBN、CRBNに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質(例えば、GSPT
1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3及びDDIT3)、またはこれらを組
み合わせたものなどのバイオマーカーのRNAレベルの検出及び定量方法のためのものと
して、本発明で示す例示的なアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)
、例えば定量RT−PCR(qRT−PCR)である。
5.4.対象、試料及び細胞のタイプ
特定の実施形態では、本発明で提供する各種方法では、対象または個体(例えば患者)
由来の試料(例えば生体試料)を使用する。この対象は、がん(例えば、リンパ腫、MM
または白血病)の患者のような患者であることができる。対象は、哺乳動物、例えばヒト
であることができる。対象は、男性または女性であることができ、成人、小児または乳児
であることができる。試料は、がん(例えば、リンパ腫、MMもしくは白血病)の活動期
の最中のある時点、またはがん(例えば、リンパ腫、MMもしくは白血病)が不活性なと
きに解析することができる。特定の実施形態では、対象由来の2つ以上の試料を採取する
ことができる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、対象から得た体液を含む
。体液の非限定的な例としては、血液(例えば全血)、血漿、羊水、房水、胆汁、耳垢、
クーパー液、射精前液、乳び、び汁、膣液、間質液、リンパ液、月経血、母乳、粘液、胸
膜液、膿汁、唾液、皮脂、精液、血清、汗、涙、尿、膣潤滑液、嘔吐物、水、糞便、体内
液(脳及び脊髄周囲の脳脊髄液を含む)、滑液、細胞内液(細胞内側の流体)、ならびに
硝子体液(眼球内の流体)が挙げられる。いくつかの実施形態では、試料は、血液試料で
ある。血液試料は、例えば、Innis et al,eds.,PCR Protoc
ols(Academic Press,1990)に記載されているような従来の技法
を用いて採取できる。従来の技法または市販のキット、例えばRosetteSepキッ
ト(カナダ、バンクーバーのStein Cell Technologies)を用い
て、血液試料から、白血球細胞を分離することができる。従来の技法、例えば、磁気活性
化細胞選別(MACS)(カリフォルニア州オーバーンのMiltenyi Biote
c)または蛍光活性化細胞選別(FACS)(カリフォルニア州サンノゼのBecton
Dickinson)を用いて、白血球細胞のサブ集団、例えば、単核球、B細胞、T
細胞、単球、顆粒球またはリンパ球をさらに単離できる。
一実施形態では、血液試料は、約0.1mL〜約10.0mL、約0.2mL〜約7m
L、約0.3mL〜約5mL、約0.4mL〜約3.5mLまたは約0.5mL〜約3m
Lである。別の実施形態では、血液試料は、約0.3mL、約0.4mL、約0.5mL
、約0.6mL、約0.7mL、約0.8mL、約0.9mL、約1.0mL、約1.5
mL、約2.0mL、約2.5mL、約3.0mL、約3.5mL、約4.0mL、約4
.5mL、約5.0mL、約6.0mL、約7.0mL、約8.0mL、約9.0mLま
たは約10.0mLである。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で用いる試料は、生検標本(例えば腫瘍生検標
本)を含む。生検標本は、いずれかの器官または組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、
大腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、乳房またはその他の器官から得たも
のであることができる。対象から試料を単離するには、当業者に知られているいずれかの
生検技法、例えば、開放生検、非切開生検、コア生検、切開生検、切除生検または細針吸
引生検を用いることができる。
一実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、対象が、疾患または障害に対
する治療を受ける前に、対象から採取する。別の実施形態では、試料は、対象が、疾患ま
たは障害に対する治療を受けている最中に、対象から採取する。別の実施形態では、試料
は、対象が、疾患または障害に対する治療を受けた後に、対象から採取する。各種の実施
形態では、その治療には、化合物(例えば、下記の5.7項に示されている化合物)を対
象に投与することが含まれる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、複数の細胞(がん(例え
ばリンパ腫、MMまたは白血病)細胞など)を含む。このような細胞としては、いずれか
のタイプの細胞、例えば、幹細胞、血液細胞(例えば末梢血単核球(PBMC))、リン
パ球、B細胞、T細胞、単球、顆粒球、免疫細胞またはがん細胞を挙げることができる。
B細胞(Bリンパ球)としては、例えば、血漿B細胞、記憶B細胞、B1細胞、B2細
胞、辺縁帯B細胞及び濾胞性B細胞が挙げられる。B細胞は、免疫グロブリン(抗体)と
B細胞レセプターを発現できる。
特異的細胞集団は、市販の抗体(例えば、Quest Diagnostic(カリフ
ォルニア州サンファンカピストラーノ)またはDako(デンマーク)の抗体)を組み合
わせたものを用いて得ることができる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法における細胞は、PBMCである。特定の
実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、疾患組織、例えば、がん(例えば
リンパ腫、MMまたは白血病)の個体から得たものである。
特定の実施形態では、化合物の作用を評価するか、作用機序を調べるか、またはバイオ
マーカーの参照レベルを確立するなどするための疾患モデルとして、細胞株を使用する。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞は、がん(例えばAML)
細胞株に由来するものである。一実施形態では、AML細胞株は、KG−1細胞株である
。別の実施形態では、AML細胞株は、KG−1A細胞株である。さらに別の実施形態で
は、AML細胞株は、KASUMI−1細胞株である。さらに別の実施形態では、AML
細胞株は、NB4細胞株である。一実施形態では、AML細胞株は、MV−4−11細胞
株である。別の実施形態では、AML細胞株は、MOLM−13細胞株である。さらに別
の実施形態では、AML細胞株は、HL−60細胞株である。さらに別の実施形態では、
AML細胞株は、U−937細胞株である。一実施形態では、AML細胞株は、OCI−
AML2細胞株である。別の実施形態では、AML細胞株は、OCI−AML3細胞株で
ある。さらに別の実施形態では、AML細胞株は、HNT−34細胞株である。さらに別
の実施形態では、AML細胞株は、ML−2細胞株である。一実施形態では、AML細胞
株は、AML−193細胞株である。別の実施形態では、AML細胞株は、F36−P細
胞株である。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法は、健常な個体から得た細胞において、遺
伝子の再構成を検出するのに有用である。特定の実施形態では、本発明で提供する方法で
用いる細胞数は、1つの細胞〜約10個の細胞の範囲であることができる。いくつかの
実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞数は、約1×10個、約5×10
個、約1×10個、約5×10個、約1×10個、約5×10個、約1×10
個、約5×10個、約1×10個、約5×10個または約1×10個である。
対象から採取する細胞の数とタイプは、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免
疫細胞化学法(例えば、組織特異的抗体もしくは細胞マーカー特異的抗体による染色)、
蛍光活性化細胞選別(FACS)、磁気活性化細胞選別(MACS)のような標準的な細
胞検出技法を用いて、細胞表面マーカーの変化を測定することによって、光学顕微鏡もし
くは共焦点顕微鏡を用いて、細胞の形態を調べることによって、ならびに/またはPCR
及び遺伝子発現プロファイリングのような、当該技術分野において周知である技法を用い
て、遺伝子発現の変化を測定することによってモニタリングできる。これらの技法は、1
つ以上の特定のマーカーに対して陽性である細胞を特定するのにも用いることができる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法において、細胞サブセットを使用する。特
異的細胞集団の選別及び単離方法は、当該技術分野において周知であり、細胞のサイズ、
形態、または細胞内マーカーもしくは細胞外マーカーに基づくことができる。このような
方法としては、フローサイトメトリー、フローソーティング、FACS、ビーズベースの
分離法(磁気細胞選別など)、サイズベースの分離法(例えば、ふるい、障害物の配列ま
たはフィルター)、マイクロフルイディクスデバイスでの選別、抗体ベースの分離法、沈
降、親和性吸着、親和性抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャーマイクロダイセ
クションなどが挙げられるが、これらに限らない。蛍光活性化細胞選別(FACS)は、
細胞を含む粒子を、その粒子の蛍光特性に基づき分離するための周知の方法である(Ka
march,Methods Enzymol.1987,151:150−165)。
個々の粒子内の蛍光部分のレーザー励起により、わずかに帯電することで、混合物から陽
性粒子と陰性粒子を電磁分離可能になる。一実施形態では、細胞表面マーカー特異的抗体
またはリガンドは、別個の蛍光標識で標識されている。細胞をセルソーターで処理して、
その細胞が、用いる抗体に結合する能力に基づき、細胞を分離させる。FACSで選別す
る粒子を96ウェルプレートまたは384ウェルプレートの個々のウェルに直接入れて、
分離とクローニングを促してよい。
一実施形態では、RNA(例えばmRNA)またはタンパク質を腫瘍から精製して、遺
伝子またはタンパク質発現解析によって、バイオマーカーの有無を測定する。特定の実施
形態では、バイオマーカーの有無は、定量リアルタイムPCR(qRT−PCR)、マイ
クロアレイ、フローサイトメトリーまたは免疫蛍光法によって測定する。別の実施形態で
は、バイオマーカーの有無は、ELISAまたは当該技術分野において知られているその
他の類似の方法によって測定する。
5.5 試料中のmRNAレベルの検出方法
mRNAレベルを検出または定量するいくつか方法が、当該技術分野において知られて
いる。例示的な方法としては、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、PC
Rベースの方法などが挙げられるが、これらに限らない。バイオマーカー(例えば、CR
BN、もしくはCRBNに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質のmRNA、また
はその断片)のmRNA配列を用いて、そのmRNA配列と少なくとも部分的に相補的で
あるプローブを調製できる。そして、そのプローブを用いて、PCRベースの方法、ノー
ザンブロッティング、ディップスティックアッセイなどのようないずれかの好適なアッセ
イによって、試料中のmRNAを検出できる。
別の実施形態では、生体試料中の化合物の活性を試験するための核酸アッセイを準備で
きる。アッセイは典型的には、固体支持体と、その支持体と接触している少なくとも1つ
の核酸を含み、その核酸は、バイオマーカー(例えば、CRBNまたはCRBNに直接も
しくは間接的に影響されるタンパク質)のmRNAのように、患者への化合物による治療
の際に発現が変化したmRNAの少なくとも一部に対応している。このアッセイは、試料
中のそのmRNAの発現の変化を検出するための手段を有することもできる。
このアッセイ方法は、所望のmRNA情報のタイプに応じて変化し得る。例示的な方法
としては、ノーザンブロット及びPCRベースの方法(例えばqRT−PCR)が挙げら
れるが、これらに限らない。qRT−PCRなどの方法は、試料中のmRNAの量を正確
に定量することもできる。
いずれかの好適なアッセイプラットフォームを用いて、試料中のmRNAの存在を割り
出すことができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、
テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートま
たは光ファイバーの形態であってよい。アッセイシステムは、mRNAに対応する核酸が
結合した固体支持体を有してもよい。固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、
金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピ
ラリー、フィルム、プレートまたはスライドを含んでよい。アッセイ構成要素は、mRN
Aを検出するためのキットとして、一緒に調製及びパッケージ化することができる。
所望の場合、核酸を標識して、標識化したmRNAの集団を作製できる。概して、試料
は、当該技術分野において周知である方法を用いて(例えば、DNAリガーゼ、ターミナ
ルトランスフェラーゼを用いるか、またはRNA骨格を標識することによってなど)標識
できる。例えば、Ausubel et al.,Short Protocols i
n Molecular Biology(Wiley & Sons,3rd ed.
1995)、Sambrook et al.,Molecular Cloning:
A Laboratory Manual(Cold Spring Harbor,N
.Y.,3rd ed.2001)を参照されたい。いくつかの実施形態では、試料は、
蛍光標識で標識する。例示的な蛍光色素としては、キサンテン色素、フルオレセイン色素
(例えば、フルオレセインイソチオシアネート(FITC)、6−カルボキシフルオレセ
イン(FAM)、6カルボキシ−2’,4’,7’,4,7−ヘキサクロロフルオレセイ
ン(HEX)、6−カルボキシ−4’,5’−ジクロロ−2’,7’−ジメトキシフルオ
レセイン(JOE))、ローダミン色素(例えば、ローダミン110(R110)、N,
N,N’,N’−テトラメチル−6−カルボキシローダミン(TAMRA)、6−カルボ
キシ−X−ローダミン(ROX)、5−カルボキシローダミン6G(R6G5またはG5
)、6−カルボキシローダミン6G(R6G6またはG6))、シアニン色素(例えばC
y3、Cy5及びCy7)、Alexa色素(例えばAlexa−fluor−555)
、クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン、ベンズイミド色素(例えばH
oechst33258)、フェナントリジン色素(例えばTexas Red)、エチ
ジウム色素、アクリジン色素、カルバゾール色素、フェノキサジン色素、ポルフィリン色
素、ポリメチン色素、BODIPY色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロ
トリアジニル、エオシン色素、テトラメチルローダミン、リサミン、ナフトフルオレセイ
ンなどが挙げられるが、これらに限らない。
いくつかの実施形態では、mRNA配列は、本発明で示されているバイオマーカーの少
なくとも1つのmRNAを含む。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT
1、GSPT2、IKZF1、eRF1、BIP、GCN2、eIF2α、ATF4、A
TF3、DDIT3、PPP1R15A、TNFRSF10B、GADD45A、FAS
、IRE1、XBP1、SEC24D、DNAJB9、EDEM1、ATF6、カスパー
ゼ3、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、BID、PARP、Mcl−1、S
RSF3、SRSF6またはその断片のmRNAからなる群から選択されている。
一実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4
、ATF3及びDDIT3またはその断片のmRNAからなる群から選択されている。一
実施形態では、mRNAは、GSPT1 mRNAである。別の実施形態では、mRNA
は、GSPT2 mRNAである。さらに別の実施形態では、mRNAは、IKZF1
mRNAである。別の実施形態では、mRNAは、ATF4 mRNAである。さらに別
の実施形態では、mRNAは、ATF3 mRNAである。別の実施形態では、mRNA
は、DDIT3 mRNAである。上記の核酸は、固体支持体上の特定のアドレス可能な
位置に存在してよく、それぞれ、細胞または患者において、化合物で処置すると示差的に
発現するmRNA配列の少なくとも一部に対応している。
典型的なmRNAアッセイ方法は、1)表面に結合させた対象プローブを得る工程と、
2)特異的な結合をもたらすのに十分な条件で、mRNA集団を、その表面結合プローブ
にハイブリダイズさせる工程と、(3)ハイブリダイズ後に洗浄して、その表面結合プロ
ーブに特異的に結合しなかった核酸を除去する工程と、(4)ハイブリダイズしたmRN
Aを検出する工程を含むことができる。これらの各工程で用いる試薬と、その使用条件は
、具体的な用途によって変化し得る。
ハイブリダイゼーションは、好適なハイブリダイゼーション条件下で行うことができ、
この条件は、所望されるストリンジェンシーの点で異なり得る。典型的な条件は、相補的
な結合メンバー間、すなわち、表面に結合させた対象プローブと、試料中の相補的なmR
NAとの間のプローブ/標的複合体を固体表面上に生成させるのに十分な条件である。特
定の実施形態では、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使用してよい。
ハイブリダイゼーションは典型的には、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条
件下で行う。標準的なハイブリダイゼーション技法(例えば、試料中の標的mRNAの、
プローブへの特異的な結合をもたらすのに十分な条件下)は、Kallioniemi
et al.,Science 1992,258:818−821及び国際特許出願公
開第WO93/18186号に記載されている。一般的な技法のいくつかの手引書、例え
ばTijssen,Hybridization with Nucleic Acid
Probes,Parts I and II(Elsevier,Amsterda
m 1993)が入手可能である。インサイチュハイブリダイゼーションに適する技法の
説明については、Gall et al.,Meth.Enzymol.1981,21
:470−480、Angerer et al.,Genetic Engineer
ing:Principles and Methods,Vol 7,pgs43−6
5(Plenum Press,New York,Setlow and Holla
ender,eds.1985)を参照されたい。温度、塩濃度、ポリヌクレオチド濃度
、ハイブリダイゼーション時間及び洗浄条件のストリンジェンシーなどを含む適切な条件
の選択は、試料の供給源、捕捉物質の同一性、予測される相補性の度合いなどを含む実験
設計に左右されることになり、当業者であれば、日常的な実験の要素として決定すること
ができる。
当業者であれば、代替的であるが、同等のハイブリダイゼーション条件と洗浄条件を用
いて、同程度のストリンジェンシーの条件をもたらすことができる旨を容易に認識するで
あろう。
mRNAのハイブリダイゼーション手順後、典型的には、表面に結合したポリヌクレオ
チドを洗浄して、未結合の核酸を除去する。洗浄は、いずれかの利便的な洗浄プロトコー
ルを用いて行ってよく、その洗浄条件は典型的には、上記のように、ストリンジェントで
ある。続いて、標準的な技法を用いて、標的mRNAのプローブへのハイブリダイゼーシ
ョンを検出する。
PCRベースの方法のような他の方法を用いて、CRBNまたはCRBNに直接もしく
は間接的に影響されるタンパク質の発現を検出することもできる。PCRの方法の例は、
米国特許第6,927,024号で見ることができ、この特許は、参照により、その全体
が本明細書に援用される。RT−PCRの方法の例は、米国特許第7,122,799号
で見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。蛍光イ
ンサイチュPCRの方法は、米国特許第7,186,507号で見ることができ、この特
許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、RNA標的の検出と定量の両方に、定量逆転写PCR(qR
T−PCR)を用いることができる(Bustin et al.,Clin.Sci.
2005,109:365−379)。qRT−PCRによって得られる定量結果は概し
て、定性的データよりも情報量が多い。したがって、いくつかの実施形態では、qRT−
PCRベースのアッセイは、細胞ベースのアッセイの際に、mRNAレベルを測定するの
に有用であることがある。qRT−PCRの方法は、患者の治療をモニタリングするのに
も有用である。qRT−PCRベースの方法の例は、例えば、米国特許第7,101,6
63号で見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
通常の逆転写酵素PCRと、アガロースゲルによる解析とは対照的に、qRT−PCR
では、定量結果が得られる。qRT−PCRの更なる利点は、使用が比較的容易なことと
、簡便であることである。Applied Biosystems7500のようなqR
T−PCR用の計器が市販されており、試薬も、TaqMan(登録商標)Sequen
ce Detection Chemistryなどが市販されている。例えば、Taq
Man(登録商標)Gene Expression Assaysをメーカーの指示に
従って使用することができる。これらのキットは、ヒト、マウス及びラットmRNA転写
産物の迅速で信頼性の高い検出と定量を行うための調合済みの遺伝子発現アッセイである
。例示的なqRT−PCRプログラムは、例えば、50℃で2分、95℃で10分、95
℃で15秒を40サイクル後に、60℃で1分行うものである。
特定のアンプリコンの蓄積と関連する蛍光シグナルが閾値と交差するサイクル数(C
という)を割り出すために、例えば、比較C相対定量算出法を用いる7500 Rea
l−Time PCR System Sequence Detection vs.
というソフトウェアを用いて、データを解析できる。この方法を用いる場合、出力は、発
現レベルの倍率変化として表される。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、ソフトウ
ェアによって自動的に決定されるように選択できる。いくつかの実施形態では、閾値レベ
ルは、ベースラインを上回るが、増幅曲線の指数関数的増加領域の範囲内となるように十
分低くなるよう設定する。
5.6 試料中のポリペプチドレベルまたはタンパク質レベルの検出方法
いくつかのタンパク質検出方法と定量方法を用いて、CRBNまたはCRBNに直接も
しくは間接的に影響されるタンパク質のようなバイオマーカーのレベルを測定できる。い
ずれかの好適なタンパク質定量方法を用いることができる。いくつかの実施形態では、抗
体ベースの方法を使用する。使用できる例示的な方法としては、イムノブロッティング(
ウエスタンブロット)、ELISA、免疫組織化学法、フローサイトメトリー、サイトメ
トリービーズアレイ、質量分析などが挙げられるが、これらに限らない。直接ELISA
、間接ELISA及びサンドイッチELISAを含め、いくつかのタイプのELISAが
広く用いられている。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2、IKZF1、
eRF1、BIP、GCN2、eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、PPP1
R15A、TNFRSF10B、GADD45A、FAS、IRE1、XBP1、SEC
24D、DNAJB9、EDEM1、ATF6、カスパーゼ3、カスパーゼ7、カスパー
ゼ8、カスパーゼ9、BID、PARP、Mcl−1、SRSF3及びSRSF6のタン
パク質からなる群から選択されている。特定の実施形態では、バイオマーカーは、CRB
Nに直接または間接的に影響されるタンパク質である。一実施形態では、バイオマーカー
は、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、ATF3及びDDIT3からなる
群から選択されている。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GS
PT2及びIKZF1からなる群から選択されている。別の実施形態では、バイオマーカ
ーは、ATF4、ATF3及びDDIT3からなる群から選択されている。具体的実施形
態では、バイオマーカーは、GSPT1である。別の具体的実施形態では、バイオマーカ
ーは、GSPT2である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、IKZF
1である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ATF4である。さらに別の具体的実
施形態では、バイオマーカーは、ATF3である。さらに別の具体的実施形態では、バイ
オマーカーは、DDIT3である。
5.7 化合物
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
は、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRはそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基は、1〜3個のQという基であり、各Qは独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式IIの化合物、
Figure 2021121799
II
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、上記の式中、
は、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
の置換基が存在するとき、その基は、1〜3個のQという基であり、各Qは独立し
て、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシク
ロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−
OR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(R
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している。
一実施形態では、本発明の化合物は、式Iまたは式IIを有し、式中、Rは、任意に
置換されたアリールであり、
の置換基が存在するとき、その置換基は、1〜3個のQという基であり、各Qは独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している。
一実施形態では、化合物は、式Iまたは式IIのものであり、式中、Rは、任意に置
換されたアリール、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたヘテロシクリル
または任意に置換されたヘテロアリールであり、Rの置換基が存在するとき、その置換
基は、1〜3個のQという基であり、各Qは独立して、ハロ、アルキル、任意に置換され
たシクロアルキル、任意に置換されたアリール、−RORまたは−RN(R)(
)であり、各Rは独立して、直接結合またはアルキレンであり、各Rは独立して
、水素、ハロ、アルキル、アルコキシ、ハロアルコキシまたはハロアルキルであり、i)
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはii)RとR
は、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルも
しくはハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロ
アリール環を形成している。
一実施形態では、化合物は、式Iまたは式IIを有しており、式中、Rは、任意に置
換されたフェニル、任意に置換されたシクロヘキシル、任意に置換されたピペリジニルま
たは任意に置換されたピリジルであり、Rの置換基が存在するとき、その置換基は、1
〜3個のQという基であり、各Qは独立して、ハロ、アルキル、−RORまたは−R
N(R)(R)であり、各Rは独立して、直接結合またはアルキレンであり、各
は独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシ、ハロアルコキシまたはハロアルキ
ルであり、i)RとRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、または
ii)RとRは、それらを置換する窒素原子と一体になって、5もしくは6員のヘテ
ロシクリル環を形成している。
一実施形態では、化合物は、式Iまたは式IIのものであり、式中、Rは、任意に置
換されたフェニル、任意に置換されたシクロヘキシル、任意に置換されたピペリジニルま
たは任意に置換されたピリジルであり、Rの置換基が存在するとき、その置換基は、1
〜3個のQという基であり、各Qは独立して、ブロモ、フルオロ、クロロ、メチル、イソ
プロピル、tertブチルトリフルオロメチル、メトキシ、エトキシ、イソプロピルオキ
シ、メトキシエトキシ、イソプロピルオキシエトキシ、トリフルオロメトキシ、メチルア
ミノ、ジメチルアミノまたはピペリジニルである。
一実施形態では、化合物は、式Iまたは式IIを有しており、式中、Rは、任意に置
換されたアリールであり、Rの置換基が存在するとき、その置換基は、1〜3個のQと
いう基であり、各Qは独立して、ハロ、アルキル、−ROR、−RSRまたは−
ORC(O)N(R)(R)であり、各Rは独立して、直接結合またはアル
キレンであり、各Rは独立して、水素、ハロ、アルキルまたはハロアルキルであり、R
とRはそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。
一実施形態では、化合物は、式Iまたは式IIを有しており、式中、Rは、任意に置
換されたアリールであり、Rの置換基が存在するとき、その置換基は、1〜3個のQと
いう基であり、各Qは独立して、フルオロ、クロロ、メチル、−ROR、−RN(
)(R)、−RSRまたは−RORC(O)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、直接結合またはメチレンであり、各Rは独立して、水素、メチル、
エチルまたはトリフルオロメチルであり、RとRはそれぞれ独立して、水素またはメ
チルである。
一実施形態では、化合物は、式Iまたは式IIを有しており、式中、Rは、任意に置
換されたフェニルであり、Rの置換基が存在するとき、その置換基は、1〜3個のQと
いう基であり、各Qは独立して、フルオロ、クロロ、メチル、tertブチル、−R
、−RN(R)(R)、−RSRまたは−RORC(O)N(R
(R)であり、各Rは独立して、直接結合またはメチレンであり、各Rは独立して
、水素、メチル、エチルまたはトリフルオロメチルであり、RとRはそれぞれ独立し
て、水素またはメチルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式IIIの化合物、
Figure 2021121799
III
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
各Qは独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ヒドロキシ
ル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルア
ルキル、任意に置換されたアリール、−ROR、−RSR、−RN(R)(
)、−RORN(R)(R)または−RORC(J)N(R)(R
)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成しており、
nは、0〜3である。
一実施形態では、本発明で提供するのは、式IIIの化合物、またはその立体異性体も
しくは立体異性体混合物、または製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、
包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
は、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換され
たシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリー
ル、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
とRは、
i)それぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、または
ii)それらを置換する窒素原子と一体になって、5もしくは6員のヘテロシクリルを
形成しているものとして選択されており、
nは、0〜3である。
一実施形態では、本発明における化合物は、式IIIのものであり、式中、Qは、水
素、Br、Cl、F、メチル、イソプロピル、t−ブチル、イソプロピル、シクロプロピ
ル、−CF、−OH、−SCH、−SCF、−C(CHF、−OCH3、−
OCF、−OCHCH、−OCH(CH、−OCHCF、−O(CH
OCH、−O(CHOCH(CH、−O(CHO(CH
OCH、−NHCH、−N(CH、−O(CH−モルホリニル、ピペリ
ジル、モルホリニル、−CH−モルホリニル、−O(CH−4,4−ジフルオロ
−1−ピペリジルまたはp−フルオロフェニルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式IVの化合物、
Figure 2021121799
IV
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
は、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置
換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換された
アリール、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(
)(R)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。
一実施形態では、本発明における化合物は、式IVのものであり、式中、Qは、水素
、ハロ、アルキル、任意に置換されたアリール、−RORまたは−RN(R)(
)であり、Rは独立して、直接結合またはアルキレンであり、Rは、水素、アル
キルまたはハロアルキルであり、RとRはそれぞれ独立して、水素またはアルキルで
ある。いくつかの実施形態では、Qは、水素、Br、Cl、F、メチル、イソプロピル
、t−ブチル、イソプロピル、−OCH、−SCH、−C(CHF、−OCH
(CH、−O(CHOCHまたはp−フルオロフェニルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式Vの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
とQはそれぞれ独立して、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル
、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアル
キル、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R
)(R)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキル、ヒドロキシアルキルまたはアルコ
キシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。
一実施形態では、本発明における化合物は、式Vのものであり、式中、QとQはそ
れぞれ独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−RORまたは−R
N(R)(R)であり、Rは、直接結合またはアルキレンであり、Rは、水素
、アルキルまたはハロアルキルであり、RとRはそれぞれ独立して、水素またはアル
キルである。いくつかのこのような実施形態では、QとQはそれぞれ独立して、水素
、F、メチル、−CF、−OH、−OCF、−OCHCH、OCH(CH
、−OCHCFまたは−NHCHである。
一実施形態では、本発明における化合物は、式Vのものであり、式中、Qは、水素で
あり、Qは、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−RN(R)(R
または−RORであり、Rは、直接結合またはアルキレンであり、Rは、水素、
アルキルまたはハロアルキルであり、RとRはそれぞれ独立して、水素またはアルキ
ルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式VIの化合物、
Figure 2021121799
VI
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
とQはそれぞれ独立して、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル
、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアル
キル、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R
)(R)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキル、アルコキシアルキルまたはヒドロ
キシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している。
一実施形態では、本発明における化合物は、式VIのものであり、式中、QとQ
それぞれ独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−RN(R)(R
)または−RORであり、Rは、直接結合またはアルキレンであり、Rは、水
素、アルキルまたはハロアルキルであり、RとRは、それらを置換する窒素原子と一
体になって、6員のヘテロシクリルを形成している。いくつかのこのような実施形態では
、QとQはそれぞれ独立して、水素、F、Cl、−OH、メチル、−CF、−NH
CH、−N(CH、−OCF、−OCHCH、−OCHCF、−OC
H(CH、−O(CHOCH、−O(CHOCH(CH、−
O(CHO(CHOCH、O(CH−モルホリニル、ピペリジル、
モルホリニル、−CH−モルホリニルまたは−O(CH−4,4−ジフルオロ−
1−ピペリジルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式VIIの化合物、
Figure 2021121799
VII
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
は、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置
換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、−ROR、−
SR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(R)または−R
ORC(J)N(R)(R)であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキル、アルコキシアルキルまたはヒドロ
キシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している。
一実施形態では、本発明における化合物は、式VIIのものであり、式中、Qは、水
素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−RN(R)(R)または−ROR
であり、Rは、直接結合またはアルキレンであり、Rは、水素、アルキルまたはハ
ロアルキルであり、RとRは、それらを置換する窒素原子と一体になって、6員のヘ
テロシクリルを形成している。いくつかのこのような実施形態では、Qは、水素、F、
Cl、メチル、ピペリジル、モルホリニル、−CH−モルホリニル、−N(CH
、−O(CHOCH、−O(CHOCH(CH、−O(CH
O(CHOCHまたは−O(CH−4,4−ジフルオロ−1−ピペリジル
である。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式VIIIの化合物、
Figure 2021121799
VIII
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
とQはそれぞれ独立して、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル
、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアル
キル、任意に置換されたアリール、−ROR、−RSR、−RN(R)(R
)、−RORN(R)(R)または−RORC(J)N(R)(R
であり、
各Rは独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rは独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jは、OまたはSであり、
とRはそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、6員のヘテロシクリルを形成している。
一実施形態では、本発明における化合物は、式VIIIのものであり、式中、QとQ
はそれぞれ独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、任意に置換された
アリールまたは−RORであり、Rは、直接結合またはアルキレンであり、R
、水素、アルキルまたはハロアルキルである。いくつかのこのような実施形態では、Q
とQはそれぞれ独立して、水素、F、Br、Cl、メチル、イソプロピル、t−ブチル
、−C(CHF、p−フルオロフェニル、シクロプロピル、−N(CH、−
OCH、−OCH(CH、−O(CHOCH、−O(CHOCH
(CH、−O(CHOCH、−O(CHO(CHOCH
−OCF、−O(CH−4,4−ジフルオロ−1−ピペリジル、−SCF、モ
ルホリニル、ピペリジルまたはCH−モルホリニルである。
一実施形態では、本発明で提供する化合物は、
2−(3−クロロ−4−メチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メトキシフェニル)アセトアミド

2−(3−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロフェニル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−p−トリルアセトアミド、
2−(3,4−ジクロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−
イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトア
ミド、
2−(2−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(トリフルオロメチル)フェニル
)アセトアミド、
2−(4−tert−ブチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−
3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−フェニルアセトアミド、
2−(3−クロロ−4−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(トリフルオロメチルチオ)フェ
ニル)アセトアミド、
2−(2,6−ジフルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−o−トリルアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−フルオロフェニル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシフェニル)−2,2−ジフルオロアセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(トリフルオロメトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
2−(3−ブロモ−4−(トリフルオロメトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−
ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2
,2−ジフルオロアセトアミド、
2−(3−クロロ−4−メトキシフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−m−トリルアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシフェニル)アセト
アミド、
2−(3,4−ジフルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−フルオロフェニル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(トリフルオロメチル)ピリジン
−2−イル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロピルフェニル)アセトア
ミド、
2−(2,4−ジクロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−
イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトア
ミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−メトキシフェニル)アセトアミド

2−(4−シクロプロピルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
2−(4−クロロ−2−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
2−(4−クロロ−3−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−フルオロ−2−メチルフェニル)
アセトアミド、
2−(3−クロロ−2−メチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−(トリフルオロメ
チル)フェニル)アセトアミド、
2−(4−クロロ−2−メチルフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−メチルフェニル)
アセトアミド、
2−(4−クロロ−2−(トリフルオロメチル)フェニル)−N−((2−(2,6−ジ
オキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,
2−ジフルオロアセトアミド、
2−シクロヘキシル−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オ
キソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
2−(4−クロロ−2−(トリフルオロメトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−
ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2
,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−メトキシエトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−ヒドロキシエトキシ)フェ
ニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(2−メトキシエトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−ヒドロキシエチル)フェニ
ル)アセトアミド、
2−(3−(ジメチルアミノ)フェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(ピペリジン−1−イル)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−モルホリノフェニル)アセトアミ
ド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−イソプロポキシフ
ェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(2,2,2−トリフルオロエト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシ−4−フルオロフェニル)−2,2−ジフルオ
ロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−イソプロポキシフェニル)アセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−フルオロ−4−イソプロポキシフ
ェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(モルホリノメチル)フェニル)
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−(2,2,2−ト
リフルオロエトキシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシ−2−メチルフェ
ニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシ−3−メチルフェ
ニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−フルオロ−4−イソプロポキシフ
ェニル)アセトアミド、
2−(3−クロロ−4−イソプロポキシフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピ
ペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフ
ルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−メチル−4−(トリフルオロメト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−フルオロ−4−(トリフルオロメ
トキシ)フェニル)アセトアミド、
2−(5−クロロピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−
3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−フルオロピリジン−2−イル)ア
セトアミド、
2−(2,4−ジフルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド、
2−(4−ブロモフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)
−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(2−メトキシエトキシ)フェニ
ル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−ヒドロキシシクロヘキシル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−ヒドロキシシクロペンチル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−メチル−4−(トリフルオロメト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(3−エトキシピリジン−2−イル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−メチルピリジン−2−イル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−メチルピリジン−2−イル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシ−6−フルオロフェニル)−2,2−ジフルオ
ロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4’−フルオロビフェニル−4−イル
)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2−(2−エトキシ−5−フルオロフェニル)−2,2−ジフルオ
ロアセトアミド、
2−シクロペンチル−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オ
キソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
2−(3−クロロ−4−(トリフルオロメトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−
ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2
,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メトキシ−2−(トリフルオロメ
チル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(2−ヒドロキシエトキシ)フェ
ニル)アセトアミド、
2−(4−クロロ−2−エトキシフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジ
ン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−ヒドロキシフェニル)アセトアミ
ド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(2−(メチルアミノ)フェニル)アセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−イソプロポキシ−2−(トリフル
オロメチル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メチルシクロヘキシル)アセトア
ミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−イソプロポキシエトキシ)
フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−ヒドロキシフェニル)アセトアミ
ド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−((4−メチルピペラジン−1−
イル)メチル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−メチル−2−(トリフルオロメチ
ル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(2−メトキシエトキシ)
エトキシ)フェニル)アセトアミド、
2−(3−(2−(ジメチルアミノ)エトキシ)フェニル)−N−((2−(2,6−ジ
オキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,
2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−イソプロピルピリジン−2−イル
)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(メチルスルホニル)エト
キシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(3−(メチルスルホニル)プロ
ピル)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(2−フルオロプロパン−2−イ
ル)フェニル)アセトアミド、
2−(1−ベンジル−6−オキソ−1,6−ジヒドロピリジン−3−イル)−N−((2
−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)
メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−メトキシピリジン−2−イル)ア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−メチル−6−オキソ−1,6−ジ
ヒドロピリジン−3−イル)アセトアミド、
2−(5−tert−ブチルピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピ
ペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフ
ルオロアセトアミド、
2−(5−シクロプロピルピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペ
リジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフル
オロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−イソプロポキシピリジン−2−イ
ル)アセトアミド、
2−(5−ブロモピリジン−2−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−
3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセ
トアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロ−2−(トリフルオロメ
トキシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロシクロヘキシル)アセト
アミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−(メチルスルホニル)フェニル)
アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(メチルスルホニル)フェニル)
アセトアミド、
2−(2−アミノピリミジン−5−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(5−(トリフルオロメチルチオ)ピリ
ジン−2−イル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(メチルアミノ)エトキシ
)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−メチル−6−オキソ−1,6−ジ
ヒドロピリダジン−3−イル)アセトアミド、
2−(2−アミノピリミジン−4−イル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン
−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロア
セトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(ピリミジン−4−イル)アセトアミド

N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−(ピペリジン−1−イル)
エトキシ)フェニル)アセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(2−モルホリノエトキシ)フェ
ニル)アセトアミド、
2−(3−(2−(4,4−ジフルオロピペリジン−1−イル)エトキシ)フェニル)−
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド、
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(1−メチル−6−オキソ−1,6−ジ
ヒドロピリダジン−4−イル)アセトアミド及び
N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−
5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(3−(4−メチルピペラジン−1−イ
ル)フェニル)アセトアミドからなる群から選択されている。
具体的実施形態では、治療化合物は、2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2
,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル
)−2,2−ジフルオロアセトアミド(化合物D)、またはその立体異性体もしくは立体
異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プ
ロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
別の具体的実施形態では、治療化合物は、2−(4−フルオロフェニル)−N−((2
−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)
メチル)−2,2−ジフルオロアセトアミド(化合物E)、またはその立体異性体もしく
は立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポロー
グ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
本発明で提供する各種化合物は、1つ以上のキラル中心を含み、エナンチオマーの混合
物(例えばラセミ混合物)またはジアステレオマーの混合物として存在できる。本発明で
提供する方法には、上記のような化合物の立体異性体的に純粋な形態と、それらの形態の
混合物を使用することが含まれる。例えば、本発明で提供する方法では、特定の化合物の
エナンチオマーを等量または不等量含む混合物を使用してよい。これらの異性体は、不斉
合成しても、キラルカラムまたはキラル分割剤などの標準的な技法を使用して分割しても
よい。Jacques et al.,Enantiomers,Racemates
and Resolutions(Wiley−Interscience,New Y
ork,1981)、Wilen et al.,Tetrahedron 1977,
33:2725−2736、Eliel,Stereochemistry of Ca
rbon Compounds(McGraw−Hill,NY,1962)、Wile
n,Tables of Resolving Agents and Optical
Resolutions,p.268(Eliel,ed.,Univ.of Not
re Dame Press,Notre Dame,IN,1972)を参照されたい
また、本発明で提供するのは、本発明で提供する化合物を同位体的に濃縮したアナログ
である。医薬を同位体的に濃縮して(例えば重水素化して)、薬物動態(「PK」)と、
薬力学的作用(「PD」)と、毒性プロファイルを改善することは、いくつかのクラスの
薬物で過去に示されている。例えば、Lijinsky et.al.,Food Co
smet.Toxicol.,20:393(1982)、Lijinsky et.a
l.,J.Nat.Cancer Inst.,69:1127(1982)、Mang
old et.al.,Mutation Res.308:33(1994)、Gor
don et.al.,Drug Metab.Dispos.,15:589(198
7)、Zello et.al.,Metabolism,43:487(1994)、
Gately et.al.,J.Nucl.Med.,27:388(1986)、W
ade D,Chem.Biol.Interact.117:191(1999)を参
照されたい。
いずれかの特定の理論に拘束される訳ではないが、薬物の同位体的な濃縮を用いて、例
えば、(1)不要な代謝物を低減もしくは排除したり、(2)親薬物の半減期を延長した
り、(3)所望の作用をもたらすのに必要な投与数を減らしたり、(4)所望の作用をも
たらすのに必要な投与量を軽減したり、(5)いずれかの活性代謝物が形成される場合、
その形成を増大させたり、ならびに/または(6)特定の組織において、有害な代謝物の
産生を軽減したり、ならびに/もしくは併用療法(その併用療法が意図的か否かは問わな
い)のために、有効性の向上した薬物及び/もしくは安全性の向上した薬物を作製したり
できる。
原子が、その同位体の1つに置換されると、化学反応の反応速度が変化する場合が多い
。この現象は、速度論的同位体効果(「KIE」)として知られている。例えば、C−H
結合が、化学反応における律速段階(すなわち、遷移状態のエネルギーが最も高い段階)
の際に分断される場合、その水素の重水素への置換により、反応速度が遅くなり、その反
応プロセスが遅くなる。この現象は、重水素速度論的同位体効果(「DKIE」)として
知られている(例えば、Foster et al.,Adv.Drug Res.,v
ol.14,pp.1−36(1985)、Kushner et al.,Can.J
.Physiol.Pharmacol.,vol.77,pp.79−88(1999
))を参照されたい)。
DKIEの程度は、C−H結合が分断される所定の反応の速度と、水素が重水素に置換
されている場合の同じ反応との速度の比として表すことができる。DKIEは、約1(同
位体効果のない場合)から、非常に大きな数(50を超える数など)までに及ぶことがで
き、50を超える場合は、水素を重水素に置換すると、その反応が、50倍超遅くなり得
ることを意味する。特定の理論に拘束されるものではないが、DKIE値が高いのは、部
分的には、不確定性原理の結果であるトンネリングとして知られる現象によるものと見ら
れる。トンネリングは、水素原子の小さい質量に起因するとともに、プロトンの関与する
遷移状態が、所要の活性化エネルギーのない状態で形成される場合があり得るために生じ
る。重水素の質量は水素よりも重いので、統計的には、この現象を起こす可能性が水素よ
りもかなり低い。
トリチウム(「T」)は、水素の放射性同位体であり、研究、核融合炉、中性子発生装
置及び放射性医薬品で用いられている。トリチウムは、核内に中性子を2つ有するととも
に、原子量が約3である水素原子である。トリチウムは、天然においては、環境内で最も
低い濃度で存在し、TOとして見られることが最も一般的である。トリチウムは、ゆっ
くり分解し(半減期=12.3年)、ヒトの皮膚の外層を通過できない低エネルギーのβ
粒子を放出する。この同位体に関連する主な危険は、内部被ばくであるが、重大な健康リ
スクを引き起こすには、大量に摂取しなければならない。トリチウムは、危険なレベルに
到達するまでに必要な消費量が重水素よりも少ない。水素がトリチウム(「T」)に置換
されると、重水素よりも強固な結合が得られ、重水素よりも数値的に大きい同位体効果が
得られる。
同様に、他の元素の同位体への置換(炭素の13Cまたは14Cへの置換、硫黄の33
S、34Sまたは36Sへの置換、窒素の15Nへの置換、及び酸素の17Oまたは18
Oへの置換が挙げられるが、これらに限らない)により、同様の速度論的同位体効果が得
られる。
動物の体では、その循環系から、治療剤などの外来物質を除去する目的で、様々な酵素
が発現される。このような酵素の例としては、腎排泄のために、これらの外来物質と反応
して、極性の向上した中間体または代謝物に変換させるシトクロムP450酵素(「CY
P」)、エステラーゼ、プロテアーゼ、レダクターゼ、デヒドロゲナーゼ及びモノアミン
オキシダーゼが挙げられる。特に一般的な医薬化合物代謝反応のいくつかは、炭素−水素
(C−H)結合を炭素−酸素(C−O)または炭素−炭素(C−C)π結合のいずれかに
酸化することを伴う。得られる代謝物は、生理的条件下で安定であることも、不安定であ
ることもあり、親化合物と実質的に異なる薬物動態プロファイル、薬力学プロファイル、
及び急性かつ長期的な毒性プロファイルを有し得る。多くの薬物では、このような酸化は
急速である。その結果、これらの薬物では、複数回投与したり、または1日当たりの投与
量を多くしたりする必要があることが多い。
本発明で提供する化合物の特定の位置で同位体的に濃縮すると、天然の同位体組成を有
する同様の化合物と比べて、本発明で提供する化合物の薬物動態プロファイル、薬理学的
プロファイル及び/または毒物学的プロファイルに影響を及ぼす検出可能なKIEを得る
ことができる。一実施形態では、代謝の際のC−H結合切断部位において、重水素濃縮を
行う。
化合物を試験して、所望の抗増殖活性を有する化合物を同定するには、標準的な生理学
的手順、薬理学的手順及び生化学的手順を利用可能である。
このようなアッセイとしては、例えば、結合アッセイ、放射能取り込みアッセイのよう
な生化学的アッセイと、様々な細胞ベースのアッセイが挙げられる。本発明で提供する化
合物は、当業者に知られている方法によって、また、本明細書の実施例の項に示されてい
る手順と同様の手順と、その通常的な修正形態に従って調製できる。
化合物を調製するための例示的な反応スキームを以下に示す。
Figure 2021121799
上記の詳細な説明と付随の例は、例示的なものに過ぎず、主題の範囲を限定するものと
して解釈すべきでないことが分かる。開示されている実施形態に対する各種の変更と修正
は、当業者には明らかであろう。このような変更と修正(本発明で示す化学構造、置換基
、誘導体、中間体、合成、調合及び/または使用方法に関する変更と修正が挙げられるが
、これらに限らない)は、本発明の趣旨と範囲から逸脱しなければ、行ってよい。本明細
書で参照されている米国特許と文献は、参照により援用される。
5.8 医薬組成物
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、式Iの化合物、またはその立体異性体も
しくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポ
ローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を含む医薬組成物
である。いくつかの実施形態では、本発明で提供する医薬組成物は、本発明で提供する化
合物の1つ以上を治療上有効な量と、製薬学的に許容可能な担体、希釈剤または賦形剤と
を含む。いくつかの実施形態では、化合物は、その組成物における唯一の製薬学的活性成
分として調合しても、他の活性成分と組み合わせてもよい。特定の実施形態では、式Iの
化合物は、化合物Dまたは化合物Eである。一実施形態では、式Iの化合物は、化合物D
である。別の実施形態では、式Iの化合物は、化合物Eである。
化合物は、注射、舌下及び口腔内、直腸、経腟、眼局所、耳内、経鼻、吸入、霧状化、
皮膚または経皮などの様々な投与経路に適する医薬組成物に調合できる。典型的には、上
記の化合物は、当該技術分野において周知である技法と手順を用いて、医薬組成物に調合
する(例えば、Ansel,Introduction to Pharmaceuti
cal Dosage Forms,(7th ed.1999)を参照されたい)。
本発明の組成物では、有効濃度の1つ以上の化合物または製薬学的に許容可能な塩が、
好適な製剤用担体またはビヒクルと混合されている。特定の実施形態では、組成物中の化
合物の濃度は、投与したときに、固形がんと血液がんを含むがんの症状及び/または進行
のうちの1つ以上を治療、予防または改善する量を送達するのに有効な濃度である。
活性化合物は、治療する患者に、望ましくない副作用のない状態で、治療上有用な作用
をもたらすのに十分な量にする。治療上有効な濃度は、本明細書に記載されているインビ
トロ系とインビボ系において、化合物を試験してから、その試験結果から、ヒトへの投与
量について推定することによって、実験で定めてよい。医薬組成物中の活性化合物の濃度
は、その活性化合物の吸収、組織分布、不活化及び排泄率、その化合物の物理化学的特徴
、投与スケジュール、投与量、ならびに当業者に知られているその他の要因に左右される
ことになる。
製薬学上、治療上活性な化合物とその塩は、単位投与形態または複数回投与形態で調合
及び投与する。単位投与形態とは、本明細書で使用する場合、ヒトと動物の対象に適する
物理的に別個の単位を指し、当該技術分野において知られているようにして、個別に包装
されている。各単位用量には、必要な製剤用担体、ビヒクルまたは希釈剤と併せて、所望
の治療作用をもたらすのに十分な所定量の治療上活性な化合物が含まれる。単位投与形態
の例としては、アンプル、シリンジ、及び個別包装の錠剤またはカプセル剤が挙げられる
。単位投与形態は、それを分割して、または複数で投与してもよい。複数回投与形態は、
分割して単位投与形態を投与するために、同じ単位投与形態が複数、1つの容器に包装さ
れているものである。複数回投与形態の例としては、錠剤もしくはカプセル剤の入ったバ
イアルもしくはボトル、または数パイントもしくは数ガロンのボトルが挙げられる。すな
わち、複数回投与形態は、パッケージ内で分割されていない状態で、単位用量が複数集ま
ったものである。
正確な投与量と治療期間は、治療する疾患の相関的要素であり、既知の試験プロトコー
ルを用いて、またはインビボもしくはインビトロ試験データから推定することによって、
実験で定めてよいことは分かる。濃度と投与量の値は、緩和対象の状態の重症度によって
も変化し得ることに留意されたい。いずれかの特定の対象では、時間の経過とともに、個
々のニーズと、組成物を投与するかまたはその投与について指導する専門家の判断に従っ
て、具体的な投与レジメンを調節する必要があることと、本明細書に定められている濃度
範囲は、例示的なものに過ぎず、特許請求されている組成物の範囲または実施を限定する
ようには意図されていないことをさらに理解されたい。
非経口投与、皮内投与、皮下投与または局所投与で用いる液剤または懸濁剤は、滅菌希
釈剤(水、生理食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリ
コール、ジメチルアセトアミドまたはその他の合成溶媒など)、抗菌剤(ベンジルアルコ
ール及びメチルパラベンなど)、抗酸化剤(アスコルビン酸及び重硫酸ナトリウムなど)
、キレート剤(エチレンジアミン四酢酸(EDTA)など)、緩衝剤(アセテート、シト
レート及びフォスフェートなど)、ならびに浸透圧調節剤(ナトリウムクロライドまたは
デキストロースなど)のうちの構成要素のいずれかを含むことができる。非経口調製剤は
、ガラス、プラスチックまたはその他の好適な材料で作られたアンプル、ペン、使い捨て
式シリンジ、または単位投与量もしくは複数回投与量バイアルに入れることができる。
化合物の溶解性が不十分な場合には、化合物を可溶化する方法を用いてもよい。このよ
うな方法は、当業者に知られており、ジメチルスルホキシド(DMSO)のような共溶媒
を用いること、TWEEN(登録商標)のような界面活性剤を用いること、または化合物
を水酸化ナトリウム水溶液、炭酸水素ナトリウム水溶液もしくは塩酸水溶液に溶解するこ
とが挙げられるが、これらに限らない。
徐放調製剤を調製することもできる。徐放調製剤の好適な例としては、本発明で提供す
る化合物を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスであって、そのマトリックスが
、成形品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態であるものが挙げられる。徐
放マトリックスの例としては、イオントフォレシスパッチ、ポリエステル、ヒドロゲル(
例えば、ポリ(2−ヒドロキシエチル−メタクリレート)またはポリ(ビニルアルコール
))、ポリラクチド、L−グルタミン酸とエチル−L−グルタメートとのコポリマー、非
分解性エチレン−ビニルアセテート、分解性乳酸−グリコール酸コポリマー(LUPRO
N DEPOT(商標)(乳酸−グリコール酸コポリマーとロイプロリドアセテートで構
成された注射用マイクロスフィア)など)、及びポリ−D−(−)−3−ヒドロキシ酪酸
が挙げられる。エチレン−ビニルアセテートのようなポリマーと、乳酸−グリコール酸に
より、100日にわたって、分子を放出できるようになるが、特定のヒドロゲルは、これ
よりも短い期間で、タンパク質を放出させる。カプセル化した化合物が、体内に長期間留
まるときには、その化合物は、37℃で水分に暴露されると、変性または凝集でき、その
結果、生物学的活性が消失し、その構造が変化する可能性がある。関与する作用機序に応
じて、安定化のために、合理的な方策を考案できる。例えば、その凝集機序が、チオ−ジ
スルフィド交換を通じて分子間S−S結合の形成であることを見出した場合には、安定化
は、スルフヒドリル残基を修飾し、酸性溶液から凍結乾燥し、水分含量を制御し、適当な
添加剤を使用し、特定のポリマーマトリックス組成物を作ることによって行ってよい。
本発明で提供する組成物であって、ラクトースを含まない組成物は、当該技術分野にお
いて周知であるとともに、例えば、The U.S.Pharmacopeia(USP
)に列挙されている賦形剤を含むことができる。概して、ラクトースを含まない組成物は
、活性成分と、結合剤/充填剤と、潤沢剤を、製薬学的に適合性があり、製薬学的に許容
可能である量で含む。ラクトースを含まない例示的な剤形は、活性成分と、微結晶性セル
ロースと、アルファ化デンプンと、マグネシウムステアレートを含む。
さらに、本発明で提供する化合物を含む無水の医薬組成物と剤形も含む。本発明で提供
する無水の医薬組成物と剤形は、当業者に知られているように、無水または低水分量の成
分と、低水分条件または低湿条件を用いて調製できる。無水医薬組成物は、その無水性が
保たれるように調製及び保存しなければならない。したがって、無水組成物は、好適な製
剤キットに含めることができるように、水への暴露を防ぐことが知られている材料を用い
て包装する。好適な包装材の例としては、密閉ホイル、プラスチック、単位用量用容器(
例えばバイアル)、ブリスターパック及びストリップパックが挙げられるが、これらに限
らない。
活性成分を0.001%〜100%の範囲で含み、残部が非毒性の担体からなる剤形ま
たは組成物を調製してよい。いくつかの実施形態では、想定されている組成物は、活性成
分を約0.005%〜約95%含む。別の実施形態では、想定されている組成物は、活性
成分を約0.01%〜約90%含む。別の実施形態では、想定されている組成物は、活性
成分を約0.1%〜約85%含む。別の実施形態では、想定されている組成物は、活性成
分を約0.1%〜約75〜95%含む。
この組成物は、所望の組み合わせの特性を得るために、他の活性化合物を含んでよい。
本発明で提供する化合物または本明細書に記載されているようなその製薬学的に許容可能
な塩は、有益なことに、治療または予防目的で、上で言及した疾患または病状(固形がん
または血液がんなど)の1つ以上の治療において有用なことが一般技術分野で知られてい
る別の薬理剤とともに投与してもよい。このような併用療法が、本発明で提供する組成物
と治療方法のさらなる態様を構成することを理解されたい。
5.8.1 注射剤、液剤及び乳剤
本発明の組成物の非経口投与としては、静脈内投与、皮下投与及び筋内投与が挙げられ
る。非経口投与用の組成物としては、すぐに注射できる滅菌液剤、滅菌乾燥可溶性物(使
用直前に溶媒と組み合わせる状態になっている凍結乾燥粉末など)、すぐに注射できる滅
菌懸濁剤、及び滅菌乳剤が挙げられる。この液剤は、水性であっても、非水性であっても
よい。単位投与用の非経口調製剤は、アンプル、バイアルまたは注射針付きシリンジに入
っている。非経口投与の調製剤はいずれも、当該技術分野において知られているとともに
、実施されているように、滅菌されていなければならない。
非経口調製剤で用いる製薬学的に許容可能な担体としては、水性ビヒクル、非水性ビヒ
クル、抗菌剤、等張化剤、緩衝剤、抗酸化剤、局所麻酔剤、懸濁化及び分散剤、乳化剤、
金属イオン封鎖またはキレート剤、ならびにその他の製薬学的に許容可能な物質が挙げら
れる。
水性ビヒクルの例としては、ナトリウムクロライド注射液、リンゲル注射液、等張デキ
ストロース注射液、注射用滅菌水、デキストロース及び乳酸リンゲル注射液が挙げられる
。非水性非経口ビヒクルとしては、綿実油、コーン油、ゴマ油及びラッカセイ油などの植
物油の固定油が挙げられる。複数回投与用容器に入れる非経口調製剤には、静菌濃度また
は静真菌濃度の抗菌剤を加えなければならず、この抗菌剤としては、フェノールまたはク
レゾール、水銀剤、ベンジルアルコール、クロロブタノール、メチル及びプロピル−p−
ヒドロキシ安息香酸エステル、チメロサール、ベンザルコニウムクロライド、ならびにベ
ンゼトニウムクロライドが挙げられる。等張化剤としては、ナトリウムクロライドとデキ
ストロースが挙げられる。緩衝剤としては、フォスフェートとシトレートが挙げられる。
抗酸化剤としては、重硫酸ナトリウムが挙げられる。局所麻酔剤としては、プロカインヒ
ドロクロライドが挙げられる。懸濁化及び分散剤としては、ナトリウムカルボキシメチル
セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びポリビニルピロリドンが挙げられ
る。乳化剤としては、ポリソルベート80(TWEEN(登録商標)80)が挙げられる
。金属イオン封鎖剤または金属イオンのキレート剤としては、EDTAが挙げられる。製
剤用担体としては、水混和性ビヒクル用のエチルアルコール、ポリエチレングリコール及
びプロピレングリコール、ならびにpH調整用の水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸また
は乳酸も挙げられる。
注射剤は、局部投与と全身投与用に設計されている。典型的には、治療する組織(複数
可)に対して活性化合物を少なくとも約0.1%w/wから、約90%w/w以上までの
濃度(1%w/w超など)で含めるように、治療上有効な投与量を調合する。この活性成
分は、1回投与しても、時間間隔をあけて、投与量を多くのより少量に分けて投与しても
よい。正確な投与量と治療期間は、治療する組織の相関的要素であり、既知の試験プロト
コールを用いて、またはインビボもしくはインビトロ試験データから推定することによっ
て、実験で定めてよいことが分かる。濃度と投与量の値は、治療する個体の年齢によって
変化し得ることにも留意されたい。いずれかの特定の対象では、時間の経過とともに、個
々のニーズと、製剤を投与するかまたはその投与について指導する専門家の判断に従って
、具体的な投与レジメンを調節する必要があることと、本明細書に定められている濃度範
囲は、例示的なものに過ぎず、特許請求されている製剤の範囲または実施を限定するよう
には意図されていないことをさらに理解されたい。
5.8.2 凍結乾燥粉末
本発明においてさらに目的とするものは、投与の際に、液剤、乳剤及びその他の混合物
として再構成できる凍結乾燥粉末である。この凍結乾燥粉末は、固体またはゲルとして再
構成と調合をしてもよい。
滅菌凍結乾燥粉末は、本発明で提供する化合物またはその製薬学的に許容可能な塩を好
適な溶媒に溶解することによって調製する。この溶媒は、安定性を向上させる賦形剤、ま
たはその粉末もしくはその粉末から調製した再構成済みの液剤の他の薬理学的構成成分を
含んでよい。用いてよい賦形剤としては、デキストロース、ソルビトール、フルクトース
、コーンシロップ、キシリトール、グリセリン、グルコース、スクロースまたはその他の
好適な賦形剤が挙げられるが、これらに限らない。溶媒は、シトレート、フォスフェート
または当業者に知られているその他の緩衝剤のような緩衝剤も含んでよい。続いて、上記
の溶液を滅菌ろ過してから、当業者に知られている標準的な条件下で凍結乾燥することに
よって、所望の製剤が得られる。概して、得られた液剤は、凍結乾燥用のバイアルに分け
て入れる。各バイアルには、その化合物の単回投与量または複数回投与量を入れることに
なる。凍結乾燥粉末は、適切な条件(約4℃〜室温など)で保存することができる。
一態様では、この凍結乾燥製剤は、投与前に、好適な希釈剤で適切な濃度に再構成する
のに適している。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、室温において安定している。一実施
形態では、凍結乾燥製剤は、室温において、最長で約24カ月安定している。一実施形態
では、凍結乾燥製剤は、室温において、最長で約24カ月、最長で約18カ月、最長で約
12カ月、最長で約6カ月、最長で約3カ月または最長で約1カ月安定している。一実施
形態では、凍結乾燥製剤は、保存時、40℃/75%RHの加速条件下で、最長で約12
カ月、最長で約6カ月または最長で約3カ月安定している。
いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、静脈内投与用に水溶液で再構成するのに適
している。特定の実施形態では、本発明で提供する凍結乾燥製剤は、水で再構成するのに
適している。一実施形態では、再構成済み水溶液は、再構成してから、室温において、最
長で約24時間安定している。一実施形態では、再構成済みの水溶液は、再構成してから
、室温において、約1〜24時間、2〜20時間、2〜15時間、2〜10時間安定して
いる。一実施形態では、再構成済みの水溶液は、再構成してから、室温において、最長で
約20時間、15時間、12時間、10時間、8時間、6時間、4時間または2時間安定
している。特定の実施形態では、再構成した凍結乾燥製剤は、pHが約4〜5である。
特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは
立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ
、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形と、緩衝剤と、充填剤を
含む。
一実施形態では、凍結乾燥製剤は、その凍結乾燥製剤の総重量に対して、式Iの化合物
、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形を約0.1〜2%と、緩衝剤を約1〜15%と、充填剤を約70〜95%含む。
特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、その凍結乾燥製剤の総重量に対して、式Iの化
合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可
能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もし
くは結晶多形を約0.1〜約2%で含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、式
Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に
許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合
物もしくは結晶多形をバイアル、例えば20mlのバイアル内に、約0.1mg〜約5m
gの量で含む。
特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、凍結乾燥製剤の総重量に対して、シトレート緩
衝剤を約5%〜約25%の量で含む。一実施形態では、シトレート緩衝剤は、無水クエン
酸と無水ナトリウムシトレートを含む。
いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤中の充填剤は、Captisol(登録商標)
、マンニトールまたはKleptose(登録商標)、例えば、β−シクロデキストリン
、ヒドロキシプロピルβ−シクロデキストリン及びメチル化β−シクロデキストリンを含
む。
凍結乾燥製剤は、患者に非経口投与する目的で、いずれかの製薬学的に許容可能な希釈
剤を用いて再構成できる。このような希釈剤としては、注射用滅菌水(SWFI)、5%
デキストロース水溶液(D5W)または共溶媒系が挙げられるが、これらに限らない。い
ずれかの量の希釈剤を用いて、凍結乾燥製剤を再構成して、好適な注射用液剤を調製する
ようにしてよい。したがって、希釈剤の量は、凍結乾燥製剤を溶解するのに十分な量でな
ければならない。一実施形態では、1〜5mLまたは1〜3mLの希釈剤を用いて凍結乾
燥製剤を再構成して、式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、
互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水
和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の終濃度を約0.1〜5mg/mL、約0.
1〜1mg/mLまたは約0.5〜1mg/mLにする。特定の実施形態では、再構成済
みの液剤中の式Iの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性
体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共
結晶、包接化合物もしくは結晶多形の終濃度は、約0.5mg/mLである。特定の実施
形態では、0.05〜0.5mg/mLの終濃度を得るための再構成希釈剤の体積は、2
ml〜20mlの間で変動する。特定の実施形態では、所要投与量に応じて、複数のバイ
アルを再構成に用いてよい。
5.8.3 局所投与
局所混合物は、局部投与と全身投与用に、説明されているようにして調製する。得られ
る混合物は、溶液、懸濁液、乳濁液などであってよく、その混合物をクリーム、ゲル、軟
膏剤、乳剤、液剤、エリキシル剤、ローション剤、懸濁剤、チンキ剤、パスタ剤、発泡剤
、エアゾール剤、灌注剤、噴霧剤、坐剤、絆創膏剤、皮膚パッチまたは局所投与に適する
いずれかの他の製剤として調合する。
化合物またはその製薬学的に許容可能な塩は、局所投与(吸入によるなど)用のエアゾ
ール剤として調合してよい(例えば、炎症性疾患、特にぜんそくの治療に有用なステロイ
ドを送達するためのエアゾール剤について説明している米国特許第4,044,126号
、同第4,414,209号及び同第4,364,923号を参照されたい)。気道に投
与するためのこれらの製剤は、ネブライザー用のエアゾール剤もしくは液剤、または通気
用の超微粒粉末の形態であって、単独で、またはラクトースのような不活性担体と組み合
わせた形態であることができる。このようなケースでは、製剤の粒径は、50マイクロメ
ートル未満または10マイクロメートル未満となる。
これらの液剤、特に、眼科用途として意図されている液剤は、適度な塩を含むpH約5
〜7の0.01%〜10%等張液として調合してよい。
5.8.4 他の投与経路用の組成物
本発明では、経皮パッチ及び直腸投与のような他の投与経路も想定されている。
例えば、直腸投与用の医薬品剤形は、全身作用のための肛門坐剤、カプセル剤及び錠剤
である。肛門坐剤とは、本明細書で使用する場合、直腸内に挿入する固形物であって、体
温で融解または軟化して、1つ以上の薬理学上または治療上活性な成分を放出する固形物
を意味する。肛門坐剤で用いる製薬学的に許容可能な物質としては、基剤(またはビヒク
ル)と、融点を上昇させる物質が挙げられる。基剤の例としては、例えば、ココアバター
(テオブロマ油)、グリセリンゼラチン、カーボワックス(ポリオキシエチレングリコー
ル)、ならびに脂肪酸のモノグリセリド、ジグリセリド及びトリグリセリドの適切な混合
物が挙げられる。各種基剤を組み合わせたものを用いてもよい。坐剤の融点を上昇させる
物質としては、例えば、ゲイロウとワックスが挙げられる。肛門坐剤は、圧縮法または成
形のいずれかによって調製してよい。肛門坐剤の例示的な重量は、約2〜3グラムである
5.8.5 徐放組成物
本発明で提供する活性成分は、放出制御手段によって、または当業者に周知である送達
器具によって投与できる。例としては、米国特許第3,845,770号、同第3,91
6,899号、同第3,536,809号、同第3,598,123号、同第4,008
,719号、同第5,674,533号、同第5,059,595号、同第5,591,
767号、同第5,120,548号、同第5,073,543号、同第5,639,4
76号、同第5,354,556号、同第5,639,480号、同第5,733,56
6号、同第5,739,108号、同第5,891,474号、同第5,922,356
号、同第5,972,891号、同第5,980,945号、同第5,993,855号
、同第6,045,830号、同第6,087,324号、同第6,113,943号、
同第6,197,350号、同第6,248,363号、同第6,264,970号、同
第6,267,981号、同第6,376,461号、同第6,419,961号、同第
6,589,548号、同第6,613,358号、同第6,699,500号及び同第
6,740,634号(それぞれ、参照により、本明細書に援用される)に記載されてい
るものが挙げられるが、これらに限らない。このような剤形を用いて、例えば、ヒドロプ
ロピルメチルセルロース、その他のポリマーマトリックス、ゲル、透過性膜、浸透圧シス
テム、多層コーティング、微小粒子、リポソーム、マイクロスフィアまたはこれらを組み
合わせたものによって、1つ以上の活性成分を徐放または制御放出させて、様々な割合で
所望の放出プロファイルをもたらすことができる。本明細書に記載されている製剤を含め
、当業者に知られている好適な放出制御型製剤は、本発明で提供する活性成分とともに用
いる目的で容易に選択できる。
放出制御型の医薬品にはいずれも、非制御型の対応物よりも、薬物療法を改善させると
いう共通の目的がある。一実施形態では、最適に設計した放出制御型調製剤を医療におい
て用いることは、最低限の薬物を用いて、最小限の期間で、状態を治癒または制御するこ
とによって特徴付けられる。特定の実施形態では、放出制御型製剤の利点としては、薬物
活性の延長と、投与頻度の軽減と、患者コンプライアンスの向上が挙げられる。加えて、
放出制御型製剤を用いて、作用開始時間またはその他の特徴(薬物の血中レベルなど)に
影響を及ぼすことができるので、副作用(例えば有害作用)の発生に影響を及ぼすことが
できる。
大半の放出制御型製剤は、所望の治療効果を即座にもたらす量の薬物(活性成分)を最
初に放出した後に、そのレベルの治療効果または予防効果を長期間保つように、別の量の
薬物を徐々に、かつ持続的に放出するように設計されている。体内で薬物をこの一定レベ
ルに保つためには、代謝される薬物と、体内から排泄される薬物の量を補充する速度で、
薬物が剤形から放出されなければならない。活性成分の放出制御は、各種条件(pH、温
度、酵素、水、その他の生理的条件または化合物が挙げられるが、これらに限らない)に
よって刺激できる。
特定の実施形態では、この薬剤は、静脈内注入、埋め込み型浸透圧ポンプ、経皮パッチ
、リポソームまたはその他の投与様式を用いて投与してよい。一実施形態では、ポンプを
用いてよい。Sefton,CRC Crit.Ref.Biomed.Eng.198
7,14:201−240、Buchwald et al.,Surgery 198
0,88:507−516、Saudek et al.,N.Engl.J.Med.
1989,321:574−579を参照されたい。別の実施形態では、ポリマー材を用
いることができる。さらに別の実施形態では、放出制御システムは、治療標的の近くに配
置でき、その結果、全身用量の一部しか必要としない。例えば、Goodson,Med
ical Applications of Controlled Release,
vol.2,pp.115−138(1984)を参照されたい。
いくつかの実施形態では、放出制御器具を対象の不適切な免疫応答部位または腫瘍の近
くに導入する。他の放出制御システムは、Langerによる論評(Science 1
990,249:1527−1533)で考察されている。活性成分は、固体の内部マト
リックス(例えば、ポリメチルメタクリレート、ポリブチルメタクリレート、可塑化また
は非可塑化ポリビニルクロライド、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート
、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチ
レン−ビニルアセテートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコ
ーンカーボネートコポリマー、親水性ポリマー(アクリル酸とメタクリル酸のエステルの
ヒドロゲル、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール及び架橋部分加水分解ポリビニルア
セテートなど))に分散させることができる。いくつかの実施形態では、この内部マトリ
ックスは、外側のポリマー膜(例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン/プロ
ピレンコポリマー、エチレン/エチルアクリレートコポリマー、エチレン/ビニルアセテ
ートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポ
リエチレン、ポリビニルクロライド、ビニルアセテートとのビニルクロライドコポリマー
、ビニリデンクロライド、エチレン、プロピレン、アイオノマーポリエチレンテレフタレ
ート、ブチルゴム、エピクロルヒドリンゴム、エチレン/ビニルアルコールコポリマー、
エチレン/ビニルアセテート/ビニルアルコールターポリマー及びエチレン/ビニルオキ
シエタノールコポリマー)によって囲まれている。特定の実施形態では、外側のポリマー
膜は、体液に溶解しない。そして、活性成分は、放出速度制御段階において、外側のポリ
マー膜を通って拡散する。このような非経口用組成物に含まれる活性成分の割合は、その
具体的性質と対象のニーズに左右される。
5.8.6 標的化製剤
本発明で提供する化合物またはその製薬学的に許容可能な塩は、治療する対象の特定の
組織、レセプターまたは体のその他の区域を標的にするように調合してもよい。このよう
な標的方法は、数多くが当業者に周知である。このような標的方法はいずれも、本発明に
おいて、本発明の組成物での使用が想定されている。標的方法の非限定的な例については
、例えば、米国特許第6,316,652号、同第6,274,552号、同第6,27
1,359号、同第6,253,872号、同第6,139,865号、同第6,131
,570号、同第6,120,751号、同第6,071,495号、同第6,060,
082号、同第6,048,736号、同第6,039,975号、同第6,004,5
34号、同第5,985,307号、同第5,972,366号、同第5,900,25
2号、同第5,840,674号、同第5,759,542号及び同第5,709,87
4号を参照されたい。
一実施形態では、組織標的化リポソーム(腫瘍標的化リポソームなど)を含むリポソー
ム懸濁液も、製薬学的に許容可能な担体として適していることがある。これらのリポソー
ムは、当業者に知られている方法に従って調製してよい。例えば、リポソーム製剤は、米
国特許第4,522,811号に記載されているようにして調製してよい。簡潔に述べる
と、多重膜ベシクル(MLV)のようなリポソームは、卵ホスファチジルコリンと脳ホス
ファチジルセリン(7:3のモル比)をフラスコの内側で乾燥させることによって形成し
てよい。二価カチオンのないリン酸緩衝生理食塩水(PBS)に本発明で提供する化合物
を溶解させたものを加え、脂質膜が分散するまで、フラスコを振とうする。得られたベシ
クルを洗浄して、封入されなかった化合物を除去し、遠心分離によってペレット化してか
ら、PBSに再懸濁する。
5.8.7 製品
本発明の化合物または製薬学的に許容可能な塩は、包装材と、本発明で提供する化合物
またはその製薬学的に許容可能な塩であって、固形がんと血液腫瘍を含むがんの1つ以上
の症状または進行を治療、予防または改善するために用いる化合物またはその塩と、その
化合物またはその製薬学的に許容可能な塩が、固形がんと血液腫瘍を含むがんの1つ以上
の症状または進行を治療、予防または改善するために用いるものであることを示している
ラベルとを含む製品として包装できる。
本発明で提供する製品は、包装材を含む。医薬品を包装するのに用いる包装材は、当業
者に周知である。例えば、米国特許第5,323,907号、同第5,052,558号
及び同第5,033,252号を参照されたい。医薬用包装材の例としては、ブリスター
パック、ボトル、チューブ、吸入器、ポンプ、バッグ、バイアル、容器、シリンジ、ペン
、ボトル、ならびに選択された製剤と、意図されている投与及び治療様式に適するいずれ
かの包装材が挙げられるが、これらに限らない。本発明で提供する化合物及び組成物の様
々な製剤が想定されている。
5.9 キット
一態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が
高い対象を特定するためのキットであって、その治療化合物で処置した試料中のバイオマ
ーカーのレベルを検出するための手段を含み、その治療化合物が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成しているキットである。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんを治療するためのキットであって、治療化
合物で処置した試料中のバイオマーカーのレベルを検出する手段を含み、その治療化合物
が、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成しているキットである。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対
象の、治療化合物に対する応答性を予測するためのキットであって、その治療化合物で処
置した試料中のバイオマーカーのレベルを検出するための手段を含み、その治療化合物が
、下記の式Iの化合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成しているキットである。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、対象のがんの治療における治療化合物の
有効性をモニタリングするためのキットであって、その治療化合物で処置した試料中のバ
イオマーカーのレベルを検出するための手段を含み、その治療化合物が、下記の式Iの化
合物、
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、その置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成しているキットである。
本発明で提供する各種キットの特定の実施形態では、治療化合物は、化合物Dである。
別の実施形態では、治療化合物は、化合物Eである。
特定の実施形態では、本発明で提供する各種キットによって検出するバイオマーカーは
、CAPである。いくつかの実施形態では、そのバイオマーカーには、1つのCAPが含
まれる。別の実施形態では、バイオマーカーには、2つのCAPが含まれる。さらに別の
実施形態では、バイオマーカーには、3つのCAPが含まれる。さらに別の実施形態では
、バイオマーカーには、4つのCAPが含まれる。いくつかの実施形態では、バイオマー
カーには、5つのCAPが含まれる。特定の実施形態では、バイオマーカーには、6つの
CAPが含まれる。別の実施形態では、バイオマーカーには、7つのCAPが含まれる。
さらに別の実施形態では、バイオマーカーには、8つのCAPが含まれる。さらに別の実
施形態では、バイオマーカーには、9つのCAPが含まれる。いくつかの実施形態では、
バイオマーカーには、10個以上のCAPが含まれる。
特定の実施形態では、本発明で提供する各種キットによって検出するバイオマーカーは
、GSPT1、GSPT2、IKZF1、eRF1、BIP、GCN2、eIF2α、A
TF4、ATF3、DDIT3、PPP1R15A、TNFRSF10B、GADD45
A、FAS、IRE1、XBP1、SEC24D、DNAJB9、EDEM1、ATF6
、カスパーゼ3、カスパーゼ7、カスパーゼ8、カスパーゼ9、BID、PARP、Mc
l−1、SRSF3及びSRSF6からなる群から選択したCAPである。いくつかの実
施形態では、バイオマーカーは、GSPT1、GSPT2、IKZF1、ATF4、AT
F3及びDDIT3からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、バイオマ
ーカーは、GSPT1である。特定の実施形態では、バイオマーカーは、GSPT2であ
る。別の実施形態では、バイオマーカーは、IKZF1である。さらに別の実施形態では
、バイオマーカーは、ATF4である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、A
TF3である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、DDIT3である。
特定の実施形態では、本発明で提供する各種キットによって検出するバイオマーカーは
、UPRにおける機能を有するものである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは
、GCN2関連シグナリング経路における機能を有するものである。別の実施形態では、
バイオマーカーは、ATF4関連シグナリング経路における機能を有するものである。さ
らに別の実施形態では、バイオマーカーは、IRE1関連シグナリング経路における機能
を有するものである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、XBP1関連シグナ
リング経路における機能を有するものである。特定の実施形態では、バイオマーカーは、
ATF6関連シグナリング経路における機能を有するものである。別の実施形態では、バ
イオマーカーは、アポトーシス経路における機能を有するものである。さらに別の実施形
態では、バイオマーカーは、NMD経路における機能を有するものである。さらに別の実
施形態では、バイオマーカーは、NMD経路のRNA基質である。
本発明で提供する各種キットの特定の実施形態では、試料は、腫瘍生検標本、節部生検
標本、または骨髄、脾臓、肝臓、脳もしくは乳房から採取した生検標本から得る。
本発明で提供する各種キットのいくつかの実施形態では、がんは、血液がんである。特
定の実施形態では、血液がんは、多発性骨髄腫、白血病及びリンパ腫からなる群から選択
されている。一実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性
リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病(AML)である。具体的実施形態では、白
血病は、AMLである。特定の実施形態では、白血病は、再発性であるか、難治性である
か、または従来療法に対して耐性である。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、1つ以上のバイオマーカーのmRNAレ
ベルを検出するためのキットである。特定の実施形態では、このキットは、1つ以上のバ
イオマーカーのmRNAに特異的に結合する1つ以上のプローブを含む。特定の実施形態
では、このキットは、洗浄液をさらに含む。特定の実施形態では、このキットは、ハイブ
リダイゼーションアッセイを行うための試薬と、mRNAの単離または精製手段と、検出
手段と、ポジティブコントロール及びネガティブコントロールをさらに含む。特定の実施
形態では、このキットは、キットを使用するための説明をさらに含む。このキットは、家
庭用途、臨床用途または研究用途に合わせて作ることができる。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、1つ以上のバイオマーカーのタンパク質
レベルを検出するためのキットである。特定の実施形態では、このキットは、タンパク質
バイオマーカーを認識する抗体をコートしたディップスティックと、洗浄液と、アッセイ
を行うための試薬と、タンパク質の単離または精製手段と、検出手段と、ポジティブコン
トロール及びネガティブコントロールを含む。特定の実施形態では、このキットは、キッ
トを使用するための説明をさらに含む。このキットは、家庭用途、臨床用途または研究用
途に合わせて作ることができる。
このようなキットでは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テスト
ストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光
ファイバーを用いることができる。このキットの固体支持体は、例えば、プラスチック、
シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多
糖、キャピラリー、フィルム、プレートまたはスライドであることができる。生体試料は
、例えば、細胞培養液、細胞株、組織、器官、細胞小器官、生体液、血液試料、尿試料ま
たは皮膚試料であることができる。
別の実施形態では、このキットは、固体支持体、その支持体に結合させる核酸であって
、mRNAの少なくとも20塩基、50塩基、100塩基、200塩基、350塩基また
はそれを超える塩基と相補的である核酸と、生体試料におけるそのmRNAの発現を検出
するための手段を含む。
具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に、化合物またはそ
の医薬組成物を含み、さらに、1つ以上の容器内に、RNAを単離するための構成要素を
含む。別の具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に、化合物
または医薬組成物を含み、さらに、1つ以上の容器内に、RT−PCR、qRT−PCR
、ディープシーケンシングまたはマイクロアレイを行うための構成要素を含む。
特定の実施形態では、本発明で提供するキットでは、定量リアルタイムPCR(qRT
−PCR)、マイクロアレイ、フローサイトメトリーまたは免疫蛍光法によって、バイオ
マーカーの発現を検出するための手段を用いる。別の実施形態では、バイオマーカーの発
現は、ELISAベースの手法または当該技術分野において知られているその他の類似の
方法によって測定する。
別の具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に、化合物また
はその医薬組成物を含み、さらに、1つ以上の容器内に、タンパク質を単離するための構
成要素を含む。別の具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に
、化合物または医薬組成物を含み、さらに、1つ以上の容器内に、フローサイトメトリー
またはELISAを行うための構成要素を含む。
別の態様では、本発明で提供するのは、バイオマーカーを測定するためのキットであっ
て、本発明で示されているバイオマーカーまたはそのバイオマーカー(例えば1つ、2つ
、3つ、4つ、5つまたは6つ以上のバイオマーカー)のサブセットの1つ以上の遺伝子
産物の量を測定するのに必要な物質を供給するキットである。このようなキットは、RN
Aまたはタンパク質を測定するのに必要な物質と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態
では、このようなキットは、マイクロアレイを含み、このマイクロアレイは、本発明で示
されているバイオマーカーもしくはバイオマーカーのサブセット、またはそれらをいずれ
かに組み合わせたものの1つ以上の遺伝子産物にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド
、DNA及び/またはRNA断片で構成されている。いくつかの実施形態では、上記のよ
うなキットは、バイオマーカーもしくはバイオマーカーのサブセット、またはその両方の
RNA産物またはRNA産物のcDNAコピーのいずれかのPCR用プライマーを含んで
よい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、PCR用のプライマーと、qPC
R用のプローブを含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、複数のプ
ライマーと、複数のプローブを含んでよく、本発明で示されているバイオマーカーまたは
バイオマーカーのサブセットの複数の遺伝子産物を同時に測定できるように、そのプロー
ブのいくつかは、異なるフルオロフォアを有する。いくつかの実施形態では、このような
キットは、RNAからcDNAを作製するための物質と試薬をさらに含んでよい。いくつ
かの実施形態では、このようなキットは、本発明で示されているバイオマーカーまたはバ
イオマーカーのサブセットのタンパク質産物に対して特異的な抗体を含んでよい。加えて
、このようなキットは、生体試料からRNA及び/またはタンパク質を単離するための物
質と試薬を含んでもよい。加えて、このようなキットは、生体試料から単離したRNAか
らcDNAを合成するための物質と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態では、このよ
うなキットは、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品で
あって、患者が臨床的に、化合物に対する感受性を有するかを予測するための製品を含ん
でよい。いくつかの実施形態では、このキットは、説明とともに、コンピューター可読媒
体に組み込まれたコンピュータープログラム製品を含んでよい。
いくつかの実施形態では、このようなキットは、本発明で示されているバイオマーカー
またはバイオマーカーのサブセットの1つ以上の核酸産物の発現を測定する。この実施形
態に従って、キットは、本発明で示されているバイオマーカーまたは本バイオマーカーの
サブセットの特定の核酸産物の発現を測定するのに必要な物質と試薬を含んでよい。例え
ば、マイクロアレイまたはRT−PCRキットは、特定の条件用に作製してよいとともに
、本発明で示されているバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの特定のRN
A転写産物のレベルを測定して、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受性を有
するかを予測するのに必要なそれらの試薬と物質のみを含んでよい。あるいは、いくつか
の実施形態では、キットは、本発明で示されているバイオマーカー以外の遺伝子の特定の
核酸産物の発現を測定するのに必要な物質と試薬を含むことができる。例えば、特定の実
施形態では、キットは、本発明で示されているバイオマーカー以外の少なくとも1個、少
なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少
なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個
、少なくとも20個、少なくとも25個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なく
とも40個、少なくとも45個、少なくとも50個またはそれを超える数の遺伝子の発現
レベルを測定するのに必要な試薬と物質に加えて、本発明で示されているバイオマーカー
の1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、15個、20個、
25個、30個、35個、40個、45個、50個またはそれを超える数の遺伝子の発現
レベルを測定するのに必要な物質と試薬を含む。別の実施形態では、キットは、本発明で
示されているバイオマーカーの少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少な
くとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少な
くとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25
個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも45個、少な
くとも50個またはそれを超える数と、本発明で示されているバイオマーカーではない遺
伝子のうちの1個、2個、3個、4個、5個、10個、15個、20個、25個、30個
、35個、40個、45個、50個、55個、60個、65個、70個、75個、80個
、85個、90個、95個、100個、125個、150個、175個、200個、22
5個、250個、300個、350個、400個、450個またはこれを超える数の遺伝
子の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質を含む。特定の実施形態では、キットは
、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも1個、少なくとも2
個、少なくとも3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7
個、少なくとも8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくと
も20個、少なくとも25個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個
、少なくとも45個、少なくとも50個またはこれを超える数の遺伝子と、本発明で示さ
れているバイオマーカーではない遺伝子のうちの1〜10個、1〜100個、1〜150
個、1〜200個、1〜300個、1〜400個、1〜500個、1〜1000個、25
〜100個、25〜200個、25〜300個、25〜400個、25〜500個、25
〜1000個、100〜150個、100〜200個、100〜300個、100〜40
0個、100〜500個、100〜1000個または500〜1000個の発現レベルを
測定するのに必要な試薬と物質を含む。
核酸マイクロアレイキットでは、キットは概して、固体支持体表面に結合させたプロー
ブを含む。このような実施形態の1つでは、プローブは、オリゴヌクレオチドプローブ、
または150ヌクレオチド長〜800ヌクレオチド長の範囲であるプローブを含む、さら
に長いプローブのいずれかであることができる。プローブは、検出可能な標識で標識して
よい。具体的実施形態では、プローブは、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子
産物のうちの1つ以上に対して特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイ行うた
めの説明と、そのアッセイの実施により得られるデータを解釈及び解析する方法を含んで
よい。具体的実施形態では、キットは、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受
性を有するかを予測するための説明を含む。本発明のキットは、ハイブリダイゼーション
試薬、及び/またはプローブが標的核酸配列にハイブリダイズすると生成されるシグナル
を検出するのに必要な試薬も含んでよい。概して、マイクロアレイキット用の物質と試薬
は、1つ以上の容器に入っている。キットの各構成要素は概して、それぞれ好適な容器に
入っている。
特定の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本発明で示されているバイオマー
カーの遺伝子以外の遺伝子のうちの少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、
少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、
少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも
25個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも45個、
少なくとも50個またはこれを超える数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬
と物質に加えて、本発明で示されているバイオマーカーまたはそれを組み合わせたものの
遺伝子のうちの1個、2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個、15
個、20個、25個、30個、35個、40個、45個、50個またはこれを超える数の
遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な物質と試薬を含む。別の実施形態では、核酸マ
イクロアレイキットは、本発明で示されているバイオマーカーまたはこれらを組み合わせ
たものの遺伝子のうちの少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも3個、少なくとも
4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも8個、少なくとも
9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少なくとも25個、少
なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも45個、少なくとも
50個またはこれを超える数の遺伝子と、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子
ではない遺伝子のうちの1個、2個、3個、4個、5個、10個、15個、20個、25
個、30個、35個、40個、45個、50個、55個、60個、65個、70個、75
個、80個、85個、90個、95個、100個、125個、150個、175個、20
0個、225個、250個、300個、350個、400個、450個またはこれを超え
る数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質を含む。別の実施形態では、
核酸マイクロアレイキットは、本発明で示されているバイオマーカーまたはこれらをいず
れかに組み合わせたものの遺伝子のうちの少なくとも1個、少なくとも2個、少なくとも
3個、少なくとも4個、少なくとも5個、少なくとも6個、少なくとも7個、少なくとも
8個、少なくとも9個、少なくとも10個、少なくとも15個、少なくとも20個、少な
くとも25個、少なくとも30個、少なくとも35個、少なくとも40個、少なくとも4
5個、少なくとも50個またはこれを超える数の遺伝子と、本発明で示されているバイオ
マーカーの遺伝子ではない1〜10個、1〜100個、1〜150個、1〜200個、1
〜300個、1〜400個、1〜500個、1〜1000個、25〜100個、25〜2
00個、25〜300個、25〜400個、25〜500個、25〜1000個、100
〜150個、100〜200個、100〜300個、100〜400個、100〜500
個、100〜1000個または500〜1000の遺伝子の発現レベルを測定するのに必
要な試薬と物質を含む。
定量PCRでは、キットは概して、事前に選択したプライマーであって、特定の核酸配
列に対して特異的なプライマーを含む。定量PCRキットは、核酸を増幅するのに適する
酵素(例えば、Taqポリメラーゼのようなポリメラーゼ)と、デオキシヌクレオチドと
、増殖反応に必要な緩衝剤も含んでよい。定量PCRキットは、ある状態と関連するか、
その状態を示す核酸配列に対して特異的なプローブも含んでよい。プローブは、フルオロ
フォアで標識されていてもいなくてもよい。プローブは、クエンチャー分子で標識されて
いてもいなくてもよい。いくつかの実施形態では、定量PCRキットは、酵素(例えば、
AMV、MMLVなどのような逆転写酵素)と、逆転写用のプライマーとともに、デオキ
シヌクレオチドと、逆転写反応に必要な緩衝剤を含め、逆転写RNAに適する構成要素も
含んでよい。定量PCRキットの各構成要素は概して、それぞれ好適な容器に入っている
。したがって、これらのキットは、概して、それぞれ個々の試薬、酵素、プライマー及び
プローブに好適な別々の容器を含む。さらに、定量PCRキットは、その反応を行うため
の説明と、その反応の実施により得られるデータを解釈及び解析する方法も含んでよい。
具体的実施形態では、キットは、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受性を有
するかを予測するための説明を含む。
抗体ベースのキットでは、キットは、例えば、(1)目的のペプチド、ポリペプチドま
たはタンパク質に結合する第1の抗体(固体支持体に結合させてもさせなくてもよい)と
、任意に応じて、(2)第1の抗体、またはペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質
のいずれかに結合するとともに、検出可能な標識(例えば、蛍光標識、放射性同位体また
は酵素)にコンジュゲートされている第2の異なる抗体とを含むことができる。具体的実
施形態では、目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質は、状態(例えば疾患)と
関連するか、または状態を示すものである。抗体ベースのキットは、免疫沈降を行うため
のビーズも含んでよい。抗体ベースのキットの各構成要素は概して、それぞれ好適な容器
に入っている。したがって、これらのキットは概して、各抗体と試薬に好適な別々の容器
を含む。さらに、抗体ベースのキットは、アッセイを行うための説明と、そのアッセイの
実施によって得られるデータを解釈及び解析する方法を含んでよい。具体的実施形態では
、キットは、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受性を有するかを予測するた
めの説明を含む。
一実施形態では、本発明で提供するキットは、本発明で提供する化合物、またはその製
薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和
物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を含む。キットは、追加の活性剤(本明細書に
開示されている活性剤が挙げられるが、これらに限らない)をさらに含んでよい。
本発明で提供するキットは、活性成分を投与するのに用いる器具をさらに含んでよい。
このような器具の例としては、シリンジ、点滴袋、パッチ及び吸入器が挙げられるが、こ
れらに限らない。
キットは、移植用の細胞または血液と、1つ以上の活性成分を投与するのに使用できる
製薬学的に許容可能なビヒクルをさらに含んでよい。例えば、非経口投与のために再構成
する必要のある固体形態で活性成分を供給する場合、キットは、活性成分を溶解して、微
粒子を含まない滅菌溶液であって、非経口投与に適する溶液を形成できる好適なビヒクル
用の密閉容器を含むことができる。製薬学的に許容可能なビヒクルの例としては、注射用
水のUSP、水性ビヒクル(ナトリウムクロライド注射液、リンゲル注射液、デキストロ
ース注射液、デキストロース及びナトリウムクロライド注射液及び乳酸リンゲル注射液な
どであるが、これらに限らない)、水混和性ビヒクル(エチルアルコール、ポリエチレン
グリコール及びポリプロピレングリコールなどであるが、これらに限らない)、ならびに
非水性ビヒクル(コーン油、綿実油、ラッカセイ油、ゴマ油、エチルオレエート、イソプ
ロピルミリステート及びベンジルベンゾエートなどであるが、これらに限らない)が挙げ
られるが、これらに限らない。
本発明で提供する方法とキットの特定の実施形態では、タンパク質の精製、試料の標識
または固相アッセイの実施のために固相支持体を使用する。本明細書に開示されている方
法を行うのに適する固相の例としては、ビーズ、粒子、コロイド、単一表面、チューブ、
マルチウェルプレート、マイクロタイタープレート、スライド、膜、ゲル及び電極が挙げ
られる。固相が粒子状物質(例えばビーズ)である場合、その固相は、一実施形態では、
マルチウェルプレートのウェルに配分して、固相支持体の並行処理を可能にする。
本発明で提供する各種の方法及び/またはキットのいずれかにおいては、例えば、1つ
以上の試薬(核酸プライマー、固体支持体などであるが、これらに限らない)に関して、
上記の実施形態をいずれかに組み合わせたものも想定されていることに留意する。
本発明の特定の実施形態は、下記の非限定的な例によって例示されている。
下記の実施例は、別段に詳細に説明されている場合を除き、当業者に周知であるととも
に、当業者にとって定型的である標準的な技法を用いて行われている。実施例は、単に例
示的なものとして意図されている。
6.1 2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3
−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセト
アミド(化合物D)の調製
A.メチル4−ブロモ−2−メチルベンゾエート:メタノール(1L)中の4−ブロモ
−2−メチル安息香酸(100g、465.02ミリモル)と濃硫酸(52mL)を合わ
せて、65℃まで18時間加熱した。その反応物を濃縮し、残渣をエチルアセテート(5
00mL)で希釈し、飽和炭酸水素ナトリウム溶液(150mL)、水(200mL)、
ブライン(250mL)で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。有機相を減圧下で濃縮し
、高真空下でさらに乾燥して、メチル4−ブロモ−2−メチルベンゾエート(102g、
445.27ミリモル、収率95%)を赤色の液体として得た。1H NMR (400
MHz, クロロホルム−d) δ 7.78 (d, J = 8.3 Hz, 1H),7
.45 − 7.30 (m, 2H),3.88 (s, 3H),2.57 (s, 3H)
B.メチル−4−ブロモ−2−(ブロモメチル)ベンゾエート:アセトニトリル(60
0mL)中のメチル4−ブロモ−2−メチルベンゾエート(102g、445.27ミリ
モル)と、NBS(79.2g、445.27ミリモル)と、アゾイソブチロニトリル(
2.58g、16ミリモル)を合わせ、85℃で18時間還流した。その混合物を濃縮し
、その残渣に、ジクロロメタン(150mL)を加えた。得られた固体をろ過によって取
り出した。このろ液を濃縮し、フラッシュカラムクロマトグラフィー(ヘキサン中の0〜
4%EtOAc)によって精製した。生成物を含む画分を減圧下で濃縮し、高真空下でさ
らに乾燥して、メチル−4−ブロモ−2−(ブロモメチル)ベンゾエート(100g、3
24.70ミリモル、収率72.9%)を灰白色の固体として得た。1H NMR (30
0 MHz, ジメチルスルホキシド−d) δ 7.88 (d, J = 2.2 Hz,
1H),7.82 (dd, J = 8.4,2.1 Hz, 1H),7.72 − 7.6
4 (m, 1H),5.00 (s, 2H),3.88 (s, 3H)。
C.3−(5−ブロモ−1−オキソイソインドリン−2−イル)ピペリジン−2,6−
ジオン:メチル−4−ブロモ−2−(ブロモメチル)ベンゾエート(100g、324.
70ミリモル)と、3−アミノピペリジン−2,6−ジオンヒドロクロライド(53.2
g、324.70ミリモル)と、トリエチルアミン(113.29mL、811.75ミ
リモル)と、乾燥ジメチルホルムアミド(400mL)を合わせ、室温で、不活性雰囲気
下において18時間攪拌した。その反応物を5℃まで冷却し、室温で2時間、継続的に攪
拌しながら、水(400mL)、酢酸(115mL)、ジエチルエーテル(300mL)
で希釈した。得られた固体をろ過し、エーテル(100mL)で洗浄し、高真空下でさら
に乾燥して、3−(5−ブロモ−1−オキソイソインドリン−2−イル)ピペリジン−2
,6−ジオン(46g、142.35ミリモル、収率43.8%)を明るい青色の固体と
して得た。MS (ESI) m/z 325.0 [M+1]
D.2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5
−カルボニトリル:3−(5−ブロモ−1−オキソイソインドリン−2−イル)ピペリジ
ン−2,6−ジオン(46g、142.35ミリモル)と、1,1’−ビス(ジフェニル
ホスフィノ)フェロセン(788mg、1.423ミリモル)と、シアン化亜鉛(25g
、213.52ミリモル)と、亜鉛アセテート(7.83g、42.7ミリモル)と、乾
燥ジメチルホルムアミド(360mL)を合わせ、脱気してから、トリス(ジベンジリデ
ンアセトン)ジパラジウム(0)(0.364g、0.398ミリモル)を加えた。この
混合物を脱気し、3回アルゴン置換してから、120℃で20時間攪拌した。この混合物
を室温まで冷却し、ろ過し、シリカカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン中の0〜
5%メタノール)によって精製した。生成物を含む画分を合わせ、溶媒を減圧下で除去し
てから、高真空下でさらに乾燥して、2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−
1−オキソイソインドリン−5−カルボニトリル(22g、81.78ミリモル、収率5
7.2%)を褐色の固体として得た。MS (ESI) m/z 268.0 [M−H
E.3−(5−(アミノメチル)−1−オキソイソインドリン−2−イル)ピペリジン
−2,6−ジオン:2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソイ
ンドリン−5−カルボニトリル(10g、37.13ミリモル)と、メタンスルホン酸(
2.6mL、40.85ミリモル)と、10%乾燥パラジウム炭(4g)と、ジメチルア
セトアミド(320mL)を合わせ、水素化容器中で振とうし、50Psi、40℃に2
0時間保った。水素雰囲気を脱気し、混合物をセライトパッドでろ過し、水(100mL
)で洗浄し、濃縮した。得られた残渣に、1%メタノール−ジクロロメタンを加え、これ
をろ過し、高真空下で乾燥して、3−(5−(アミノメチル)−1−オキソイソインドリ
ン−2−イル)ピペリジン−2,6−ジオン(5.6g、15.17ミリモル、収率40
%)を灰白色の固体として得た。MS (ESI) m/z 272.0 [M−1]。
F.2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−
イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロアセトア
ミド:DMF(3mL)中の3−(5−(アミノメチル)−1−オキソイソインドリン−
2−イル)ピペリジン−2,6−ジオンメタンスルホネート(0.200g、0.541
ミリモル)に、HATU(0.226g、0.596ミリモル)と、2−(4−クロロフ
ェニル)−2,2−ジフルオロ酢酸(0.112g、0.541ミリモル)を加えてから
、N−エチル−N−イソプロピルプロパン2−アミン(0.262ml、1.624ミリ
モル)を加えた。25℃で16時間攪拌した。30mLの水を加えて、ろ過した。EtO
Acですすぎ、真空下で乾燥して、2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2,6
−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−
2,2−ジフルオロアセトアミド(0.080g、0.173ミリモル、収率32.0%
)を白色の固体として得た。H NMR (500 MHz, DMSO−d ) δ p
pm 10.98 (s, 1 H) 9.68 (t, J = 6.15 Hz,1 H) 7.
69 (d, J = 7.88 Hz, 1 H) 7.58 − 7.66 (m, 4 H) 7
.33 − 7.44 (m, 2 H) 5.11 (dd, J = 13.24, 5.04
Hz, 1 H) 4.39 − 4.50 (m, 3 H) 4.24 − 4.35 (m,
1 H) 2.85 − 2.98 (m, 1 H) 2.61 (dd, J = 15.29,
2.05 Hz, 1 H) 2.39 (dd, J = 12.93, 4.73 Hz, 1
H) 1.95 − 2.07 (m, 1 H)。MS (ESI) m/z 462.0 [
M+1]
6.2 N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソイン
ドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロフェニル)アセ
トアミド(化合物E)の調製
3−(5−(アミノメチル)−1−オキソイソインドリン−2−イル)ピペリジン−2
,6−ジオンは、実施例5.1で示した方法を用いて調製できる。DMF(3mL)中の
3−(5−(アミノメチル)−1−オキソイソインドリン−2−イル)ピペリジン−2,
6−ジオンメタンスルホネート(0.200g、0.541ミリモル)に、HATU(0
.226g、0.596ミリモル)と、2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロフェニ
ル)酢酸(0.103g、0.541ミリモル)を加えてから、N−エチル−N−イソプ
ロピルプロパン2−アミン(0.262ml、1.624ミリモル)を加えた。25℃で
16時間攪拌した。30mLの水を加えて、ろ過した。EtOAcですすぎ、真空下で乾
燥して、N−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1−オキソイソイン
ドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフルオロ−2−(4−フルオロフェニル)アセ
トアミド(0.100g、0.225ミリモル、収率41.5%)を白色の固体として得
た。 H NMR (500 MHz, DMSO−d) δ ppm 10.98 (br
.s., 1 H) 9.66 (t, J = 5.99 Hz, 1 H) 7.58 − 7.
73 (m, 3 H) 7.29 − 7.47 (m, 4 H) 5.11 (dd, J =
13.40,5.20 Hz,1 H) 4.38 − 4.53 (m, 3 H) 4.24
− 4.36 (m, 1 H) 2.81 − 3.00 (m, 1 H) 2.56 − 2.
67 (m, 1 H) 2.40 (qd, J = 13.19, 4.57 Hz, 1 H)
1.91 − 2.07 (m, 1 H)。
6.3 化合物Dは、AML細胞株にわたって広範な抗増殖作用を有する。
過剰なAML細胞株を化合物Dの段階希釈液で処置した。各細胞株における化合物Dの
抗増殖作用のIC50値(72時間のCTGアッセイで割り出したもの)が、表1にまと
められている。
表1.AML細胞株における化合物Dの抗増殖作用のIC50
Figure 2021121799
対照的に、化合物DのIC50値は、非腫瘍形成性ヒト肝細胞株THLE−2では、お
よそ10μMであったとともに、健常なドナーのPBMCにおけるIC50値は、10μ
M超であった(データは示されていない)。
図1Aには、代表的なものとして、NB4細胞株において、化合物Dが、GSPT1と
IKZF1の分解(プロテアソームインヒビターのMG132によってブロックできる)
を誘導したことが示されている。対照的に、ポマリドミドとレナリドミドには、GSPT
1レベルに対する有意な作用は見られなかったが、化合物DがIKZF1の分解を誘導し
た濃度よりもかなり低い濃度で、IKZF1の分解を誘導した。これにより、化合物Dで
は、細胞の増殖を阻害する作用機序がポマリドミド及びレナリドミドとは異なることが示
唆されている。
図1Bには、化合物Dに4時間曝露した場合のGSPT1タンパク質の減少度が、化合
物Dの抗増殖能(表1においてIC50値として示されている)と相関していることが示
されている。試験した5つのAML細胞株の中でも、HNT−34細胞株において、化合
物Dの抗増殖活性が最も強力であった(IC50は3nMであった)とともに、GSPT
1タンパク質の消失の誘導が最も大きかった。その一方で、化合物Dの抗増殖作用に対し
て比較的非感受性であるOCI−AML3細胞株では、GSPT1タンパク質のレベルは
、わずかしか変化しなかった。OCI−AML3細胞では、化合物Dが、GSPT1の減
少に対する作用を有さないことから、化合物Dの誘導による、細胞成長の阻害には、GS
PT1タンパク質の消失が必須であることが示されている。
6.4 化合物Dの抗増殖作用と、化合物Dの誘導による、GSPT1の分解は、CRB
N依存性である。
OCI−AML2とMOLM−13という2つの異なるAML細胞株と、それらのCR
BN−/−対応物を化合物Dの段階希釈液で処置した。図2Aと図2Bに示されているよ
うに、親OCI−AML2細胞(図2A)と親MOLM−13細胞(図2B)では、化合
物Dは、用量依存的な抗増殖作用を示した。CRBNを枯渇したところ、この作用が完全
に阻害されたことから、これらの細胞における化合物Dの抗増殖作用は、CRBN依存性
であることが示唆された。ウエスタンブロットによって、親細胞(図2C及び2D、左パ
ネル)では、100nMの化合物Dによって、GSPT1の分解が誘導されたことと、C
RBN−/− OCI−AML2細胞(図2C、右パネル)と、CRBN−/− MOL
M−13細胞(図2D、右パネル)では、同じ濃度の化合物Dによって、GSPT1の分
解を誘導できなかったことが示されている。したがって、化合物Dの誘導による、GSP
T1の分解も、CRBN依存性である。
異なるCRBN結合化合物の化合物Fであって、AML血液がん細胞株以外の株(多発
性骨髄腫など)において抗増殖活性を示した化合物Fは、試験した11個のAML細胞株
(化合物Dの成長阻害活性に対する感受性を有していた10個の細胞株を含む)のいずれ
においても、細胞の成長を阻害しなかった(データは示されていない)。しかしながら、
化合物Dの存在下で、過剰な化合物FをKG−1 AML細胞培養液に加えたところ、お
そらく、化合物DのCRBNに対する結合との競合により、化合物Dの抗増殖活性が低下
した。化合物Fが、化合物Dの抗増殖作用に及ぼす相対的な影響は、化合物Fの濃度の向
上とともに、漸次的に増大した(表2)。100μMの化合物Fの存在下では、化合物D
が細胞の成長を阻害する能力は、IC50が0.01μM(化合物Fの非存在下)から6
.8μM(化合物Fの存在下)に変化したことによって示されているように、およそ60
分の1に低下したとともに、化合物Dが、アポトーシスを誘導する能力は、EC50が0
.02μM(化合物Fの非存在下)から8μM(化合物Fの存在下)に変化したことによ
って示されているように、およそ40分の1に低下した(表2)。これらの結果から、化
合物DとCRBNとの相互作用が、化合物Dの抗増殖活性における重要な要因であること
が明らかになった。
表2.化合物Fとの競合によって、化合物Dが細胞の成長を阻害する能力とアポトーシ
スを誘導する能力が低下した。
Figure 2021121799
6.5 GSPT1の安定化によって、化合物Dの抗増殖作用が阻害された。
GSPT1の安定化により、化合物Dの抗増殖作用に対する耐性が付与されるのかをさ
らに調べるために、G575Nの変異を有するHA標識GSPT1(HA−GSPT1−
G575N)と、1〜138番目のアミノ酸が欠失しているとともに、G575Nの変異
を有するHA標識GSPT1(HA−GSPT1−Δ(1−138)−G575N)をO
CI−AML2細胞において過剰発現させた。GSPT1におけるG575Nという変異
によって、GSPT1は、CRBNユビキチンE3−リガーゼ複合体による分解に対する
耐性を得る。図3Aには、完全長GSPT1と、1〜138番目のアミノ酸が欠失したG
SPT1が示されている。図3Bには、親OCI−AML2細胞における野生型GSPT
1は、化合物Dによる処置によって分解したが、HA−GSPT1−G575NとHA−
GSPT1−Δ(1−138)−G575Nは、化合物Dの存在下で、インタクトな状態
を保ったことが示されている。親OCI−AML2細胞と、EF1a−GSPT1−G5
75NまたはEF1a−GSPT1−Δ(1−138)−G575Nをトランスフェクシ
ョンしたOCI−AML2細胞において、化合物Dの抗増殖作用を調べた。図3Cには、
GSPT1−G575NとGSPT1−Δ(1−138)−G575Nの過剰発現によっ
て、化合物Dの抗増殖作用が阻害されたことが示されており、これにより、OCI−AM
L2細胞においては、GSPT1を安定化すると、化合物Dの抗増殖作用に対する耐性が
付与されることが示唆されている。
6.6 GSPT1の枯渇により、細胞の増殖が阻害された。
各種のGSPT1領域を特異的に標的とするshRNAを発現する293FTヒト胎児
腎細胞において、GSPT1の枯渇が、細胞の増殖に及ぼす作用を割り出した。図4Aに
示されているように、感染から7日目に、発現ベクターを単独で含むか、またはGSPT
1特異的ではないコントロールのshRNAを有する細胞では、正常な細胞増殖が見られ
たが、GSPT1特異的shRNA(shGSPT1−1、shGSPT1−2、shG
SPT1−3及びshGSPT1−4など)を発現する細胞では、細胞の増殖が様々な程
度で阻害された。
図4Aでは、感染細胞中の各種遺伝子の発現レベルも測定した。発現ベクター単独また
はコントロールshRNAの場合と比べて、4つのGSPT1特異的shRNAはいずれ
も、GSPT1の発現をブロックした。特に、shGSPT1−4は、eRF1とCRB
Nの発現を低下させた。したがって、GSPT1を枯渇させたところ、おそらく、eRF
1/GSPT1(GSPT1)複合体の不活化により、細胞の増殖が阻害された。
7つのAML細胞株(KG1、U937、NB−4、Kasumi−1、HL−60、
MV−4−11及びOCI−AML3)において、GSPT1の枯渇と、抗増殖活性との
直接的な関連性を調べた。7つのすべての細胞株において、GSPT1のノックダウンに
より、細胞の増殖と生存能が低下した(4つの異なるshRNAはそれぞれ、化合物Dで
インキュベートした場合の作用を本質的に模倣するものであった)(図4B〜4K)。O
CI−AML3(化合物Dの抗増殖活性に対する感受性が最も低いAML細胞株)でも、
GSPT1のノックダウンは、化合物Dの非存在下で、細胞の成長の阻害を誘導するのに
有効であった(図4J〜4K)。
6.7 U937細胞、MOLM13細胞及びOCI−AML2細胞において、GSPT
1の過剰発現により、化合物Dと化合物Eの抗増殖作用がアンタゴナイズされた。
ヒト組織球性リンパ腫細胞株U937と、ヒト白血病細胞株MOLM13において、G
SPT1の過剰発現によって、化合物Dと化合物Eの抗増殖作用にもたらされる作用を割
り出した。治療化合物(例えば、化合物Dまたは化合物E)は、0.001μMから10
μMまで漸増させた。細胞の増殖は、処置から48時間後に、CellTiter−Gl
o細胞生存能アッセイによって測定した。図5A〜5Dに示されているように、親細胞で
は、化合物Dと化合物Eによって、細胞の増殖が阻害された。一方で、CRBN−/−細
胞では、この抗増殖作用が完全に妨げられたことから、これらの化合物の抗増殖作用がC
RBN依存性であることが示唆されている。しかしながら、図5A〜5Dに示されている
ように、EF1αプロモーターによって、外因性GSPT1を過剰産生させたところ、化
合物Dと化合物Eの抗増殖作用が低下した。この結果から、GSPT1の過剰発現により
、化合物Dと化合物Eの抗増殖作用がアンタゴナイズされたことが示唆されている。
2つの異なるプロモーター(EF1αまたはサイトメガロウイルス[CMV])を用い
て、OCI−AML2細胞とMOLM−13細胞において、レンチウイルストランスダク
ションによって、外因性GSPT1の過剰産生を駆動した(図5F及び5H、トランスダ
クション細胞抽出物のDMSOレーン)。OCI−AML2親細胞(図5F、左パネル)
とMOLM−13親細胞(図5H、左パネル)を化合物Dでインキュベートしたところ、
内因性GSPT1の活発な分解が誘発された。対照的に、トランスダクション細胞におい
て、EF1αプロモーターによってGSPT1の過剰発現を誘導したところ、化合物Dの
誘導による、GSPT1の枯渇が相殺された(図5F、右パネル[OCI−AML2]及
び図5H、右パネル[MOLM−13])。トランスダクション細胞における細胞増殖の
評価結果から、EF1αプロモーターによってGSPT1の過剰発現を誘導したところ、
化合物Dの抗増殖作用が、対応する親細胞で見られた作用よりも実質的に低下したことが
明らかになった(図5E[OCI−AML2]及び図5G[MOLM−13])。親細胞
と、GSPT1過剰発現細胞との間では、CRBNタンパク質のレベルの有意差は観察さ
れなかった(図5F及び5H)。これらの結果から、AML細胞における、化合物Dの媒
介による、GSPT1の低下に対する作用と、成長阻害との関連性が示されている。
6.8 GSPT1の枯渇により、急性骨髄性白血病細胞株AML3とKG1が、化合物
Dと化合物Eに感作された。
ヒト急性骨髄性白血病細胞株AMLとKG1でも、GSPT1の枯渇によって、化合物
Dと化合物Eの抗増殖作用に及ぶ作用を割り出した。コントロールshRNA、shGS
PT1−1またはshGSPT1−3を発現するレンチウイルスベクターに細胞を7日間
感染させてから、0.0001μM〜1μMの漸増量のDMSO、化合物Dまたは化合物
Eで処置した。処置から2日後に、CellTiter−Glo細胞生存能によって、細
胞の増殖を測定した。図6A〜6Dに示されているように、親細胞、またはGSPT1特
異的ではないコントロールshRNAに感染させた細胞では、化合物Dと化合物Eは、特
に高い濃度において、抗増殖作用を示した。一方で、shGSPT1−1またはshGS
PT1−3によって、GSPT1の発現を枯渇させたところ、この抗増殖作用は劇的に向
上した。図6Eに示されているように、KG1細胞とAML3細胞において、ノックダウ
ンから7日目に、GSPT1の発現レベルを測定した。shGSPT1−1とshGSP
T1−3のいずれも、GSPT1とeRF1の発現を低下させたとともに、CRBNの発
現をわずかに低下させた。
6.9 ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株KG1において、化合物Dの誘導による小胞体
ストレス応答(UPR)は、アポトーシス細胞死よりも先に生じた。
化合物Dの誘導によってGSPT1が分解される細胞作用を、KG1細胞においてさら
に調べた。細胞をDMSO単独または200nMの化合物Dで処置した。2時間後、4時
間後または6時間後、UPR経路またはアポトーシス経路沿いの各種の細胞構成要素の発
現レベルを測定した。図7Aに示されているように、化合物Dは、GSPT1、GSPT
2及びBIP(CT−RmAbによって検出した場合)の分解を誘導した。BIPの低下
は、UPRを示している。同様に、図7Bに示されているように、化合物Dは、ATF−
4と、その下流標的のATF−3の発現を増大させた。p−eIF2α、DDIT3、切
断カスパーゼ3、切断カスパーゼ8、切断カスパーゼ9及び切断PARPのレベルも増大
したことから、アポトーシスの開始が示唆された。
6.10 ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株KG1において、化合物Dと化合物Eは、ア
ポトーシスを誘導した。
化合物Dまたは化合物Eの誘導によって、GSPT1が分解される細胞作用を、KG1
細胞においてさらに調べた。細胞をDMSO単独、200nMの化合物Dまたは200n
Mの化合物Eで処置した。8時間後または12時間後に、UPR経路またはアポトーシス
経路沿いの各種の細胞構成要素の発現レベルを測定した。図8Aに示されているように、
化合物Dまたは化合物Eは、GSPT1、GSPT2及びBIP(CT−Abによって検
出した場合)の分解を誘導した。BIPの低下は、UPRを示している。同様に、図8B
に示されているように、化合物Dまたは化合物Eは、ATF3、DDIT3、切断カスパ
ーゼ3、切断カスパーゼ8及び切断PARPのレベルを上昇させたことから、アポトーシ
スの開始が示唆された。
6.11 KG−1細胞において、化合物Dの誘導による、ATF4経路の活性化は、ア
ポトーシスマーカーの出現よりも先に生じた。
化合物Dで処置した場合の細胞イベントの時系列をさらに調べるために、KG1細胞を
DMSO単独または200nMの化合物Dで処置した。2時間、4時間、6時間、8時間
、10時間または12時間の時点で、ATF4経路またはアポトーシス経路沿いの各種の
細胞構成要素の発現レベルを測定した。図9Aに示されているように、化合物Dによって
、2時間という早い時点にGSPT1の分解が誘導されたとともに、ATF4経路沿いの
構成要素であるp−eIF2α、ATF4、ATF3及びCHOP(すなわちDDIT3
)のレベルが上昇した。図9Bには、切断カスパーゼ8、切断カスパーゼ9、切断カスパ
ーゼ3、切断カスパーゼ7及び切断PARPなどのアポトーシスマーカーのレベルが、お
よそ6時間の時点に上昇し始めたことが示されている。これらのデータによって、化合物
Dによって、ATF4経路の活性化が誘導されてから、アポトーシスに至ったことが示さ
れた。
6.12 OCI−AML2細胞において、GSPT1を安定化させたところ、化合物D
による、ATF4経路の活性化が阻止された。
親OCI−AML2細胞と、HA−GSPT1−G575NまたはHA−GSPT1−
Δ(1−138)−G575Nを発現するOCI−AML2細胞をDMSO単独または2
00nMの化合物Dで処置した。図10Aには、HA−GSPT1−G575NまたはH
A−GSPT1−Δ(1−138)−G575Nを発現するOCI−AML2細胞が、親
OCI−AML2細胞と同じようには、化合物Dに応答しなかったことが示されている。
例えば、化合物Dが、親細胞において、p−eIF2α、ATF4、ATF3、CHOP
/DDIT3、切断カスパーゼ8、切断カスパーゼ9、切断カスパーゼ3、切断カスパー
ゼ7及び切断PARPのレベルを誘導したのに対して、それらの細胞構成要素のレベルは
、HA−GSPT1−G575NまたはHA−GSPT1−Δ(1−138)−G575
Nを発現する細胞においては、未変化のままであった(図10A及び10B)。HA−G
SPT1−G575NまたはHA−GSPT1−Δ(1−138)−G575Nを発現す
る細胞の、化合物Dによる処置に対する耐性は、図10Aに示されているように、GSP
T1の安定化によるものと見られる。
6.13 KG−1細胞において、化合物Dによって、ATF4経路が活性化された。
KG−1細胞をDMSO単独または200nMの化合物Dで処置した。処置から2時間
、4時間または6時間の時点で、ATF4経路沿いの各種の細胞構成要素のmRNA発現
レベルを測定した。図11には、KG1細胞における、化合物Dの誘導による、ATF−
4、ATF−3、DDIT3/CHOP、PPP1R15A、GADD45A及びTNF
RSF10B(eIF2αキナーゼ(複数可)/p−eIF2α/ATF4経路沿いの構
成要素)の発現が示されている。
6.14 KG−1細胞において、化合物Dによって、IRE1経路とATF6経路が活
性化された。
KG−1細胞をDMSO単独または200nMの化合物Dで処置した。処置から2時間
、4時間または6時間の時点で、IRE1経路またはATF6経路沿いの各種の細胞構成
要素のmRNA発現レベルを測定した。図12には、KG1細胞における、化合物Dの誘
導による、SEC24D、DNAJB9、EDEM1及びXBP1(IRE1経路または
ATF6経路沿いの構成要素)の発現が示されている。
6.15 PERKの消失によって、TGの誘導によるUPRとアポトーシスが遅延した

U937細胞において、CRISPRによる遺伝子編集によって、PERK−/−コン
ストラクト1またはPERK−/−コンストラクト2を用いて、PERK(4つのeIF
2αキナーゼのうちの1つ)をノックアウトした。図13には、野生型U937細胞にお
いて、0.5μMのTGによって、UPRとアポトーシスが誘導されたが、PERKをノ
ックアウトした細胞では、TGの作用が遅延したことが示されている。例えば、野生型U
937細胞では、p−eIF2α、ATF4、ATF3、CHOP/DDIT3、切断カ
スパーゼ8及び切断カスパーゼ3のレベルは、TGによる処置から4時間後に上昇したが
、PERKノックアウト細胞では、p−eIF2α、ATF4、ATF3、CHOP、切
断カスパーゼ8及び切断カスパーゼ3のレベルは、TGによる処置から8時間後または1
6時間後まで上昇しなかった。
6.16 PERKの消失によって、化合物Dの誘導によるアポトーシスは影響を受けな
かった。
図14には、野生型U937細胞と、PERKをノックアウトしたU937細胞におい
て、2μMの化合物Dによってアポトーシスが誘導されたことが示されている。例えば、
野生型U937細胞とPERKノックアウトU937細胞の両方において、化合物Dによ
る処置後、GSPT1とMcl−1のレベルは低下し、p−eIF2α、ATF4及び切
断カスパーゼ3のレベルは上昇した。このことから、PERKの消失によって、化合物D
の誘導によるアポトーシスは影響を受けなかったので、PERKが、化合物Dによる処置
によって活性化されるeIF2αキナーゼではないことが示唆されている。
6.17 U937細胞では、GCN2の消失によって、化合物Dによる、アポトーシス
の誘導がブロックされた。
U937細胞において、GCN2 CRISPRコンストラクト1またはGCN2 C
RISPRコンストラクト4を用いて、CRISPRによる遺伝子編集によって、GCN
2(4つのeIF2αキナーゼのうちの1つ)をノックアウトした。図15には、野生型
U937細胞では、4μMの化合物Dによって、ATF4経路とアポトーシスが誘導され
たが、GCN2をノックアウトしたU937細胞では、化合物Dのこれらの作用がブロッ
クされたことが示されている。例えば、野生型U937細胞では、化合物Dによる処置後
、GSPT1のレベルは低下し、ATF4と切断カスパーゼ3のレベルは上昇した。GC
N2ノックアウトU937細胞では、化合物Dによる処置後、ATF4と切断カスパーゼ
3の誘導は、有意にブロックされたが、GSPT1のレベルは低下した。このことから、
GCN2の消失によって、化合物Dの誘導による、ATF4経路の活性化とアポトーシス
がブロックされたので、GCN2が、化合物Dによる処置によって活性化されるeIF2
αキナーゼであることが示唆されている。
図16には、U937細胞において、GCN2の枯渇によって、化合物Dによる、アポ
トーシスの用量依存的な誘導が妨げられたことが示されている。親U937細胞、クロー
ン2細胞及びクローン3細胞では、ATF4、ATF3、CHOP/DDIT3、切断カ
スパーゼ8及び切断カスパーゼ3のレベルの上昇によって示されているように、0.5〜
4.5μMの化合物Dによって、ATF4経路とアポトーシスが誘導された。対照的に、
GCN2−/− T1−28細胞とGCN2−/− T4−3細胞では、化合物Dで処理
しても、ATF4、ATF3、CHOP/DDIT3、切断カスパーゼ8及び切断カスパ
ーゼ3のレベルは変化しなかったが、GSPT1は、化合物Dに応答して分解された。し
たがって、U937細胞では、GCN2の除去によって、化合物Dによる、ATF4経路
とアポトーシスの用量依存的な活性化がブロックされた。
図17には、U937細胞において、化合物Dによって、ATF4経路とアポトーシス
の活性化が時間依存的に誘導されたことと、GCN2の枯渇によって、これらの作用が妨
げられたことが示されている。例えば、野生型U937細胞では、4μMの化合物Dによ
って、GSPT1の分解と、ATF4経路の活性化と、アポトーシスが誘導された(p−
eIF2α、ATF4、ATF3、CHOP/DDIT3及び切断カスパーゼ3のレベル
の上昇によって示された)。しかし、GCN2をノックアウトしたU937細胞では、化
合物Dによって、GSPT1の分解は誘導されたものの、化合物Dで処置しても、p−e
IF2α、ATF4、ATF3、CHOP/DDIT3及び切断カスパーゼ3のレベルは
、未変化のままであった。したがって、GCN2の消失によって、化合物Dの誘導による
、ATF4経路の活性化とアポトーシスがブロックされた。
6.18 AML細胞株OCI−AML2とMV−4−11では、GCN2の消失によっ
て、化合物Dによる、ATF−4経路とアポトーシスの誘導が阻止された。
AML細胞株OCI−AML2クローン14と、OCI−AML2のGCN2ノックア
ウトクローン1〜13を化合物Dの段階希釈液(0.330nM、1μM、3.3μM)
で24時間処置した。図18Aには、GCN2のノックアウトによって、化合物Dの誘導
による、GSPT1の分解には影響は及ばなかったが、化合物Dの誘導による、eIF2
αのリン酸化が阻止され、その後、ATF−4経路が活性化し(ATF−4とCHOPの
レベルの上昇によって示されている)、アポトーシスが生じた(切断カスパーゼ8と切断
カスパーゼ3のレベルの上昇によって示されている)ことが示されている。別のAML細
胞株のMV−4−11でも、同様の作用が観察された(図18Bに示されている)。
6.19 HRIは、化合物Dによる、アポトーシスの誘導には必須ではない。
U937細胞において、HRI CRISPRコンストラクト3を用いて、CRISP
Rによる遺伝子編集によって、HRI(4つのeIF2αキナーゼの1つ)をノックアウ
トした。野生型U937細胞またはHRI CRISPRノックアウトU937細胞を4
μMの化合物Dで16時間処置した。図19には、HRIのノックアウトによって、化合
物Dの誘導による、p−eIF2αと切断カスパーゼ3のレベルの上昇には影響が及ばな
かったことが示されており、これにより、化合物Dによる、ATF4経路の活性化とアポ
トーシスの誘導には、HRIは必須でないと見られることが示されている。
6.20 PKRは、化合物Dによる、アポトーシスの誘導には必須ではない。
U937細胞において、PKR CRISPRコンストラクト4を用いて、CRISP
Rによる遺伝子編集によって、PKR(4つのeIF2αキナーゼのうちの別のキナーゼ
)をノックアウトした。野生型U937細胞またはPKR CRISPRノックアウトU
937細胞を2μMの化合物Dで16時間処置した。図20には、PKRのノックアウト
によって、化合物Dの誘導による、ATF4と切断カスパーゼ3のレベルの上昇には影響
が及ばなかったことが示されており、化合物Dによる、ATF4経路の活性化とアポトー
シスの誘導には、PKRも不要と見られることが示されている。
6.21 IRE1の除去によって、TGまたは化合物Dの誘導による、XBP1の蓄積
が防止された。
U937細胞において、IRE1 CRISPRコンストラクトを用いて、CRISP
Rによる遺伝子編集によって、IRE1(XBP1経路を活性化するキナーゼ)をノック
アウトした。野生型U937細胞またはIRE1 CRISPRノックアウトU937細
胞を0.5μMのTGで6時間、または4μMの化合物Dで8時間、16時間もしくは3
2時間処置してから、XBP1アッセイを行った。図21には、IRE1のノックアウト
によって、TG(上のパネル)または化合物D(下のパネル)の誘導による、XBP1レ
ベルの上昇が有効にブロックされたことが示されており、TGと化合物Dの両方が、IR
E1を通じて、XBP1経路を活性化させることが示された。
6.22 IRE1の消失によって、化合物Dによる、アポトーシスの誘導には影響が及
ばなかった。
野生型U937細胞またはIRE1 CRISPRノックアウトU937細胞を4μM
の化合物Dで16時間処置した。図22には、IRE1のノックアウトによって、化合物
Dの誘導による、ATF4と切断カスパーゼ3のレベルの上昇には影響が及ばなかったこ
とが示されており、化合物Dによる、ATF4経路の活性化とアポトーシスの誘導には、
IRE1は不要であることが示されている。
6.23 同じ遺伝的背景を持つU937細胞において、GCN2の消失によって、化合
物Dによる、アポトーシスの誘導が妨げられた。
U937クローン3細胞と、GCN2−/− 4−18によってGCN2をノックアウ
トしたU937クローン3細胞と、GCN2−/− 4−3によってGCN2をノックア
ウトしたU937細胞を4μMの化合物Dで8時間、16時間または24時間処置した。
図23には、U937クローン3細胞とU937細胞の両方において、GCN2のノック
アウトによって、化合物Dの誘導によるアポトーシスが妨げられたことが示されている。
例えば、化合物Dの誘導による、ATF4と切断カスパーゼ3のレベルの上昇は、GCN
2ノックアウトによって妨げられた。しかしながら、eIF2αのリン酸化は、完全には
ブロックされなかったが、U937クローン3よりも遅延したことから、GCN2が正常
時にeIF2αをリン酸化する時点よりも遅く、別のキナーゼ(GCN2以外)がeIF
2αをリン酸化すると見られることが示唆されている。
6.24 GCN2を過剰発現させたところ、おそらく、ATF4経路の低レベルの慢性
的活性化により、化合物Dに対する細胞の感度が低下した。
U937クローン3細胞と、GCN2−/− 4−3によるGCN2ノックアウトU9
37細胞と、EF1a−GCN2をトランスフェクションしたGCN2ノックアウトU9
37細胞と、PGK−GCN2をトランスフェクションしたGCN2ノックアウトU93
7細胞を4μMの化合物Dで24時間処置した。トランスフェクション細胞では、EF1
aプロモーターまたはPGKプロモーターのいずれかで、外因性GCN2の発現を駆動し
た。図24には、EF1aプロモーターの駆動によって、GCN2を過剰発現させたとこ
ろ、化合物Dに対する細胞の感度が低下したことが示されており、これは、ATF4経路
の低レベルの慢性的活性化によるものと見られ、この慢性的活性化は、化合物Dで処置し
なかった細胞において、ATF4のレベルがわずかに上昇したことによって示されている
。対照的に、PGK−GCN2をトランスフェクションした細胞では、GCN2の発現は
非常に低レベルであったので、ATF4レベルは、化合物Dで処置しなかった細胞では低
かったとともに、それらの細胞では、化合物Dの誘導によるアポトーシスに対する感度が
それほど低下しなかった(化合物Dによる処置後の切断カスパーゼ3レベルの上昇によっ
て示されている)。
6.25 U937 GCN2ヌル細胞において、野生型GCN2の再導入によって、化
合物Dの誘導による、アポトーシスの誘導と、化合物Dの抗増殖作用が回復したが、変異
GCN2の再導入によっては回復しなかった。
図25Aには、U937クローン3細胞と、GCN2−/− 4−3によるGCN2ノ
ックアウトU937細胞と、EF1a−GCN2をトランスフェクションしたGCN2ノ
ックアウトU937細胞と、PGK−GCN2をトランスフェクションしたGCN2ノッ
クアウトU937細胞を播種した48ウェルプレートにおけるCell TiterGl
oが示されている。細胞は、化合物Dの段階希釈液(1nM、10nM、100nM、1
μM及び10μM)で処置した。Cell TiterGloデータから、GCN2のノ
ックアウトによって、化合物Dの誘導によるアポトーシスに対する耐性が付与されたこと
と、外因性GCN2の再導入によって、化合物Dの抗増殖作用が回復したことが示されて
いる。実施例6.24の結果と一致することに、EF1aプロモーターによるGCN2の
過剰発現によって、PGKプロモーターからGCN2を発現する細胞と比べて、化合物D
の誘導によるアポトーシスに対する細胞の感度が低下した。
T899A/T904A(GCN2の自己リン酸化をブロックする)、K619R(キ
ナーゼ活性を妨げる)及びF1143L/R1144L(tRNAの結合をブロックする
)を含む各種のGCN2変異体を作製した。野生型GCN2または上記のような変異体を
U937 GCN2ヌル細胞に再導入し、それらの細胞を4μMの化合物Dで24時間処
置した。図25Bには、野生型のGCN2の再導入によって、化合物Dの誘導による、A
TF−4経路の活性化とアポトーシスが回復したが、変異体の再導入によっては回復しな
かったことが示されている。増殖アッセイでは、野生型GCN2または上記のような変異
体をU937 GCN2ヌル細胞に再導入し、それらの細胞を化合物Dの段階希釈液(1
0nM、100nM、1μM及び10μM)で処置した。図25Cには、野生型のGCN
2の再導入によって、化合物Dの抗増殖作用が回復したが、変異体の再導入によっては回
復しなかったことが示されている。
6.26 翻訳リードスルーは、p−eIF2レベルの上昇の原因ではない。
アミノ酸飢餓が原因で、eIF2αをリン酸化するGCN2が活性化することが知られ
ている。GSPT1は、正常な翻訳の終止を媒介するので、化合物DによりGSPT1が
枯渇されると、終止コドンがリードスルーされることがあるという仮説が立てられる。化
合物Dによって誘導される翻訳リードスルーが、p−eIF2αレベルの上昇に寄与する
のかを調べた。Fluc/Nluc−G36Aリードスルーレポーターを安定的に発現す
るOCI−AML2細胞を300μg/mLのG418または200nMの化合物Dで、
2時間、4時間、6時間、8時間、10時間、12時間または16時間処置した。p−e
IF2αのレベルをイムノブロット解析によって測定した。AML2リードスルーアッセ
イを行って、リードスルーレポーターを測定した。図26Aには、化合物DとG418に
よって、翻訳リードスルーが同程度のレベルで誘導されたことが示されている。図26B
には、化合物Dによって、p−eIF2αレベルが上昇したが、G418には、p−eI
F2αレベルに対する作用がほとんど見られなかったことが示されている。すなわち、図
26Aと図26Bに示されている結果を総合すると、翻訳リードスルーは、p−eIF2
αレベルの上昇の原因ではないと見られることが示されている。
6.27 GSPT1、p−eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、切断カスパ
ーゼ3及び切断PARPは、化合物Dと化合物Eの誘導によるアポトーシスの予測バイオ
マーカーとして機能する。
1μMの化合物Dまたは1μMの化合物Eで処置した細胞において、ATF4経路とア
ポトーシス経路沿いの各種遺伝子の発現レベルを測定した。図27に示されているように
、GSPT1のレベルは、化合物Dまたは化合物Eによる処置に応答して低下した。sh
RNAによってGSPT1をノックダウンした細胞では、化合物Dと化合物Eのいずれに
よっても、p−eIF2α、ATF4、ATF3及びDDIT3のレベルが上昇し、その
結果、切断カスパーゼ3の増大により、カスパーゼ3が活性化した。そして、その切断カ
スパーゼ3が、PARPを切断することによってPARPを不活化し、アポトーシスを誘
導した。
したがって、GSPT1、p−eIF2α、ATF4、ATF3、DDIT3、切断カ
スパーゼ3及び切断PARPは、化合物Dまたは化合物Eの誘導によるアポトーシスを示
すバイオマーカーとして機能できる。
6.28 正常な末梢血単核球(PBMC)における化合物毒性の予測
PBMCにおいて、GSPT1、p−eIF2α、ATF3、DDIT3及び下流のア
ポトーシス指標のレベルによって、化合物の毒性をモニタリングした。PBMCを1nM
、10nM、100nMまたは1000nMの化合物Dまたは化合物Eで20時間処置し
た。図28Aに示されているように、化合物Dと化合物Eのいずれによっても、GSPT
1の発現は低下したが、p−eIF2αと、ATF3(スプライシングバリアント内の可
能性が高い)と、DDIT3のレベルは上昇し、その結果、切断カスパーゼ3の増大によ
り、カスパーゼ3が活性化した。そして、その切断カスパーゼ3が、PARPを切断する
ことによってPARPを不活化し、アポトーシスを誘導した。したがって、GSPT1、
p−eIF2α、ATF3、DDIT3、切断カスパーゼ3及び切断PARPは、化合物
の毒性を予測するバイオマーカーとして機能できる。
正常なヒトPBMC(ID番号4328及び4379)とAML患者PBMC(ID番
号11SH及び09P6)において、ウエスタン解析によって、化合物Dの媒介による、
GSPT1タンパク質レベルの低下を評価した(図28B)。ウエスタンブロットによる
定量によって、正常なPBMC試料と、1つのAML患者PBMC試料(ID番号11S
H)の両方において、濃度依存的かつ時間依存的にGSPT1タンパク質が減少したこと
が示された。ID番号09P6のAML患者PBMC試料では、GSPT1の基底発現は
、ほとんど観察されなかった。ID番号11SHのAML患者試料におけるGSPT1の
濃度依存的な低下は、感受性AML細胞株で観察されたものと同程度で、100nMの化
合物Dによって、8時間時点で、GSPT1が86%低下した(表3)。2つの正常なP
BMC試料では、100nMの化合物Dに対するGSPT1の応答性は低く、GSPT1
の低下率は、8時間時点で、39%と67%に過ぎなかった(表3)。したがって、GS
PT1タンパク質レベルは、PBMCにおいて、化合物毒性のバイオマーカーとして機能
できる。
表3.正常なドナーとAML患者から得たPBMCにおける、化合物Dによる、GSP
T1レベルの低下
Figure 2021121799
6.29 KG−1細胞とHL−60細胞において、化合物Dによって、UPR経路が
誘導されたとともに、NMD経路が阻害された。
化合物Dは、KG−1細胞において、用量依存的かつ時間依存的に、UPRストレスR
NA、ATF3及びCHOP、ならびにナンセンス変異依存分解機構(NMD)RNAの
SRSF3及びSRSF6を調節する。KG−1細胞を10cm皿に播種し、一晩イン
キュベートした。翌日、KG−1細胞を6点用量応答(0nM、3nM、10nM、30
nM、100nM、300nM)の化合物Dによって処置し、2時間、4時間、8時間及
び20時間インキュベートした。細胞をディッシュから取り出し、RNAの単離(Qia
gen RNA単離キット)用に細胞ペレットを調製した。NanoDropという分光
光度計を用いて、全RNAを定量し、1μgの全RNAを用いて、cDNAを逆転写した
。各試料に対して、ATF3、CHOP、ならびにSRSF3及びSRSF6のNMD転
写産物と正常転写産物の両方に対するプライマーセットを用いて、定量PCRを反復して
行った。データは、18Sハウスキーピング遺伝子と、2時間のDMSOによるコントロ
ールで二重に補正した。各時点において、nM単位の薬物濃度(x軸)に対して、補正済
みのRNA発現(y軸)をプロットした。SRSF3−1 NMDは、SRSF3のNM
D転写産物の増殖物を、SRSF6−1 NMDは、SRSF6のNMD転写産物の増殖
物を示している。SRSF3−3 Normalは、SRSF3遺伝子の正常転写産物の
増殖物を、SRSF6−3 Normalは、SRSF6遺伝子の正常転写産物の増殖物
を示している。化合物DによってKG−1細胞を処置したところ、ATF3、CHOP、
ならびにSRSF3及びSRSF6のNMD転写産物の用量依存的かつ時間依存的な増加
が観察された。
図29A〜29Fには、KG−1細胞において、化合物Dによる処置によって、UPR
経路とNMD経路に及んだ作用が示されている。図29Aと図29Bには、100nMの
化合物Dによって、ATF3(図29A)とDDIT3(CHOP)(図29B)のmR
NAレベルが、治療の4時間以内に増加したことが示されている。ATF3とCHOPの
増加は、30nM以上の化合物Dでは、治療の8時間以内に観察された。加えて、100
nM以上の化合物Dによって、ATF3のmRNAレベルがおよそ100倍に、DDIT
3(CHOP)のmRNAレベルがおよそ10倍に誘導された。図29Cと図29Dには
、100nMの化合物Dによって、SRSF3−1(NMDの対象となる転写産物)(図
29C)のmRNAレベルは上昇したが、SRSF3−3(正常転写産物)(図29D)
のレベルは、処置の8時間以内には上昇しなかったことが示されている。図29Eと29
Fには、化合物Dによって、SRSF6−1(NMD転写産物)(図29E)のmRNA
レベルは上昇したが、SRSF6−3(正常転写産物)(図29F)のレベルは、処置の
8時間以内には上昇しなかったことが示されている。したがって、NMD転写産物の蓄積
により、化合物Dが、KG−1細胞において、NMD経路を阻害したことが示されている
。NMD経路の阻害は、GSPT1の分解によるものと見られる。
ATF3、CHOP、SRSF3 NMD転写産物(SRSF3−1)及びSRSF6
NMD転写産物(SRSF6−1)が、化合物Dの誘導により、濃度依存的かつ時間依
存的に増加することは、別の感受性AML細胞株のHL−60でも同様に観察された。H
L−60細胞を100nM以上の化合物Dで処置したところ、ATF3、CHOP、SR
SF3 NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物の発現が増大したが、非NMD
転写産物(SRSF3−3及びSRSF6−3)は、8時間の時点では増大しなかった(
図29G〜29J)。30nMの化合物D濃度では、20時間の時点に、ATF3、CH
OP及びNMD転写産物の増加が観察されたが、これよりも高い薬物濃度では、ATF3
とCHOPの発現の増大は横ばいであった(図29G〜29J)。化合物Dの試験濃度範
囲では、2時間及び4時間の時点においては、遺伝子調節の有意な変化は観察されなかっ
た。
6.30 KG−1細胞株とHL−60細胞株におけるGSPT1の減少、UPR経路の
活性化及びNMD経路の阻害と、アポトーシス誘導との相関関係
KG−1とHL−60という2つの感受性AML細胞株において、GSPT1タンパク
質の濃度依存的な減少と、ATF3、CHOP、SRSF3 NMD転写産物及びSRS
F6 NMD転写産物のRNA発現の8時間時点での増大を、24時間時点(図30A[
KG−1]、図30C[HL−60])と、48時間時点(図30B[KG−1]、図3
0D[HL−60])におけるカスパーゼ3/7の活性化(アポトーシス)と比較した。
HL−60細胞において、30nM以上の化合物Dによって、8時間時点で、GSPT
1の完全な低下が観察された一方で、ATF3、CHOP、SRSF3 NMD転写産物
及びSRSF6 NMD転写産物は、100nM以上の化合物Dによって増大した(図3
0C)。41nM〜123nMの化合物D濃度において、24時間時点で、アポトーシス
の誘導が観察され、平均増大率はそれぞれ9%と19%であった(図30C)。48時間
時点の方が、高いアポトーシス誘導率が観察された(図30D)。
化合物Dで処置したKG−1細胞でも、同様の結果が観察され、100nM以上の濃度
によって、GSPT1タンパク質レベルが90%超低下した一方で、ATF3、CHOP
、SRSF3 NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物のRNAの発現が誘導さ
れた(図30A)。24時間時点でアポトーシスの誘導が観察され、アポトーシスの平均
増大率は、41nMの化合物Dにおいて11%、123nMの化合物Dにおいて16%で
あった(図30A)。48時間時点の方が、高いアポトーシス誘導率が観察された(図3
0B)。
6.31 感受性の最も高いAML細胞株であるHNT−34では、化合物Dによって、
インキュベーションから8〜16時間の時点で、アポトーシスが誘導された。
細胞を0.01μM、0.1μMまたは1μMの化合物Dで、所定の時間間隔(例えば
、1時間、2時間、4時間、8時間、16時間、24時間、48時間または72時間)で
インキュベートした。処置の最後に、細胞を洗浄し、72時間のインキュベーションの残
りの期間にわたって、1000倍過剰のグルタルアミドを含む培地において、化合物Dの
非存在下で再度インキュベートした。72時間の時点に、アネキシンV/7−アミノアク
チノマイシンD(7−AAD)フローサイトメトリーによって、すべての培養液のアポト
ーシスについて評価した。感受性の最も高いAML細胞株のHNT−34では、細胞は、
100nMの化合物Dによる処置から8〜16時間以内にアポトーシスを起こしたととも
に、インキュベーションの8〜16時間以内に、アポトーシス率が最も高かった(図31
B)。HNT−34細胞における半最大アポトーシス応答に必要な化合物D濃度は、最初
の24時間の経過時間で徐々に低下し、この24時間時点の効能は、化合物Dに72時間
曝露した培養液で見られた効能と同程度であった(図31A)。
6.32 HNT−34細胞では、化合物Dによって、UPRが誘導され、それに続いて
、アポトーシスが誘導されたが、PBMCでは、作用の低下が見られた。
化合物D(1nM、10nM及び100nM)でインキュベーションした後のHNT−
34 AML細胞と正常なPBMCのウエスタンブロット解析によって、GSPT1の分
解の時間的経過をモニタリングした(図32A〜32D)。HNT−34細胞では、10
nMの化合物Dでインキュベーションしてから2時間以内に、GSPT1の分解が明らか
に認められ、ATF4タンパク質の誘導は8時間の時点、ATF3タンパク質は12時間
の時点に見られ、PARPの切断は24時間の時点に見られた(図32A[ブロット]、
図32B〜32E[デンシトメトリー測定結果])。10nMの化合物Dでインキュベー
トした健常なPBMCにおけるGSPT1の分解は、4時間の時点に明らかに認められた
(図32F及び32G)が、UPR経路内のタンパク質の誘導またはPARPの切断は見
られなかった。
HNT−34細胞におけるUPR因子ATF3とDDIT3のmRNA誘導動態も、P
BMCにおける動態とは大きく異なっていた。HNT−34細胞では、化合物Dによって
、8時間以内に、ATF3とDDIT3のmRNAが誘導された(図33A及び33C)
。対照的に、化合物Dでインキュベートした健常なPBMCでは、ATF3またはDDI
T3のmRNAの誘導は、8時間までには検出されなかった(図33B及び33D)。正
常なPBMCでは、GSPT1の分解が明らかに認められたにもかかわらず、アポトーシ
スが見られなかったことから、この化合物に関して、治療可能時間域の潜在性がさらに裏
付けられた。このことは、正常な成人リンパ球における方が、腫瘍細胞よりも、化合物D
で観察される細胞毒性が低いこと(データは示されていない)とも一致している。
6.33 化合物Dで処置したAML細胞株のパネルにおける、GSPT1の減少とアポ
トーシス応答との相関関係
化合物Dの媒介によるアポトーシスに対する感度が異なる9つのAML細胞株のパネル
において、化合物DがGSPT1タンパク質レベルに及ぼす作用を、ウエスタン解析によ
って評価した。化合物DのアポトーシスEC50値は、表4にまとめられている。GSP
T1タンパク質レベルの低下は、9つのAML細胞株のうちの8つにおいては、3〜10
00nMの範囲にわたって濃度依存的であったとともに、相対的に感受性の低い1つのA
ML細胞株においては、300〜1000nMの範囲にわたって濃度依存的であった。化
合物Dによる、GSPT1の減少の時間的経過についても、48時間の時点まで調べた。
HNT−34細胞、HL−60細胞及びML−2細胞では、試験を行ったすべての濃度(
3〜300nM)の化合物Dの存在下で、1〜20時間の期間を通じて、GSPT1の進
行性分解が明らかに認められ、HNT−34細胞またはHL−60細胞では、100nM
または300nMの化合物Dにおいて、GSPT1は、20時間の時点には、ほとんど残
っていなかった(図34及び図35C)。KG−1細胞とOCI−AML2細胞では、3
〜1000nMの化合物Dにおいて、GSPT1の時間依存的な減少も観察され、KG−
1細胞では、100〜300nMにおいて、24時間の時点で、またはOCI−AML2
細胞では、300nM及び1000nMにおいて、24時間の時点で、GSPT1は、ほ
とんど残っていなかった(図35D)。GSPT1の消失は、Kasumi−1細胞、A
ML−193細胞及びF36−P細胞における方がゆっくりであった。OCI−AML3
細胞では、化合物Dによって、GSPT1タンパク質レベルはあまり低下しなかった。O
CI−AML3細胞では、300nMと1000nMにおいて、24時間時点と48時間
時点で、GSPT1のほんのわずかな消失が観察された。
表4.AML細胞株における、化合物Dの誘導によるアポトーシス
Figure 2021121799
GSPT1のタンパク質レベルは、100nMの化合物Dによって、感受性の高い細胞
株HNT−34、HL−60及びKG−1では、4時間の時点に、80%超低下し、細胞
株OCI−AML2及びML−2では、8時間の時点に低下した(図35A及び35B、
表5)。HNT−34細胞、HL−60細胞及びKG−1細胞では、8時間の時点に、G
SPT1の90%超の低下が観察された。感受性が中程度の細胞株のKasumi−1と
AML−193においては、GSPT1の低下範囲は、それぞれ51%〜61%であった
一方で、非感受性細胞株のF36−PとOCI−AML3においては、GSPT1の低下
範囲は、300nMの化合物Dにおいて、8時間の時点で、それぞれ18%〜37%であ
った。OCI−AML3以外のすべての細胞株では、100nMの化合物Dにおいて、2
0〜24時間の時点に、GSPT1が80%超低下した。
表5.AML細胞株パネルにおける、化合物Dの媒介による、GSPT1の低下とカス
パーゼ3/7の活性化
Figure 2021121799
:F36−PにおけるGSPT1の変化は、8時間時点では、濃度依存的ではなかった

:3nMと300nMとの間の視覚的補間値
これらの9つのAML細胞株において、化合物Dの媒介による、8時間時点のGSPT
1の低下を、12時間、24時間及び48時間の時点におけるカスパーゼ3/7の活性化
(アポトーシス)の誘導と比較した。表5に示されているように、8時間時点では、GS
PT1タンパク質の低下は、32%(OCI−AML3)〜100%(HL−60及びH
NT−34)の範囲であった。5つの細胞株のうちの4つの細胞において、アポトーシス
が、24時間の時点で観察されたとともに、GSPT1の低下率が、100nMの化合物
Dにおいて80%超であった(HL−60、HNT−34、KG−1、ML−2)が、O
CI−AML2細胞株は唯一の例外であった。AML細胞パネルでは、GSPT1の低下
レベルと、アポトーシス誘導との間に、正の関連性(R=0.50、R=0.71、p
値=4.86E−002)が観察され(図36)、90%超のGSPT1低下率は、アポ
トーシスの誘導と相関していた。
本明細書では、例示目的で、具体的な実施形態について説明してきたが、本発明で提供
するものの趣旨と範囲から逸脱しなければ、各種の修正を行ってよいことは上記から明ら
かであろう。上で言及した参照文献はいずれも、参照により、その全体が本明細書に援用
される。
本件出願は、以下の構成の発明を提供する。
(構成1)
がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)前記治療化合物を前記対象に投与することと、
(b)前記対象から試料を採取することと、
(c)前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

を含み、
前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
(化1)
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している前記方法。
(構成2)
がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
(a)前記対象から試料を採取することと、
(b)前記治療化合物を前記試料に投与することと、
(c)前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

を含み、
前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
(化2)
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している前記方法。
(構成3)
前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよ
りも高い、構成1または構成2に記載の方法。
(構成4)
前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよ
りも低い、構成1または構成2に記載の方法。
(構成5)
がんの治療方法であって、
(a)前記がんである対象から試料を採取することと、
(b)前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(c)前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベル
と異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと

(d)前記治療化合物を治療上有効な量、前記対象に投与することと、
を含み、
前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
(化3)
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している前記方法。
(構成6)
前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよ
りも高い、構成5に記載の方法。
(構成7)
前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよ
りも低い、構成5に記載の方法。
(構成8)
がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法で
あって、
(a)前記治療化合物を前記対象に投与することと、
(b)前記対象から試料を採取することと、
(c)前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマー
カーのレベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物による前記がんの治療に応答
する可能性が高いと診断することと、
を含み、
前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
(化4)
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している前記方法。
(構成9)
がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法で
あって、
(a)前記対象から試料を採取することと、
(b)前記治療化合物を前記試料に投与することと、
(c)前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマー
カーのレベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物による前記がんの治療に応答
する可能性が高いと診断することと、
を含み、
前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
(化5)
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している前記方法。
(構成10)
前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよ
りも高い、構成8または構成9に記載の方法。
(構成11)
前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよ
りも低い、構成8または構成9に記載の方法。
(構成12)
対象のがんの治療における治療化合物の有効性のモニタリング方法であって、
(a)前記治療化合物を前記対象に投与することと、
(b)前記対象から試料を採取することと、
(c)前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
(d)前記試料中の前記バイオマーカーのレベルを、参照試料から得た前記バイオマー
カーのレベルと比較することであって、前記参照と比較したときのレベルの変化によって
、前記対象の前記がんの治療における前記治療化合物の有効性が示される、前記比較する
ことと、
を含み、
前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
(化6)
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
とRがそれぞれハロであり、
の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
)または−RORC(J)N(R)(R)であり、
各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Jが、OまたはSであり、
とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
ール環を形成している前記方法。
(構成13)
前記参照よりもレベルが上昇していることによって、前記対象の前記がんの治療におけ
る前記治療化合物の有効性が示される、構成12に記載の方法。
(構成14)
前記参照よりもレベルが低下していることによって、前記対象の前記がんの治療におけ
る前記治療化合物の有効性が示される、構成12に記載の方法。
(構成15)
前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、前記治療化合物を治
療上有効な量投与することをさらに含む、構成1〜4及び8〜11のいずれか1項に記載
の方法。
(構成16)
第2の活性剤または支持療法剤を治療上有効な量投与することをさらに含む、構成5〜
7及び15のいずれか1項に記載の方法。
(構成17)
前記第2の活性剤が、造血成長因子、サイトカイン、抗がん剤、抗生物質、cox−2
インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、がん抗原に特異的に結合
する治療抗体、またはそれらの薬理学的に活性な変異体もしくは誘導体である、構成16
に記載の方法。
(構成18)
前記治療化合物を前記対象に投与する前に、前記対象から得たコントロール試料を用い
ることによって、前記参照を調製し、前記コントロール試料が、前記試料と同じ供給源の
ものである、構成1〜17のいずれか1項に記載の方法。
(構成19)
がんではない健常な対象から得たコントロール試料を用いることによって、前記参照を
調製し、前記コントロール試料が、前記試料と同じ供給源のものである、構成1〜17の
いずれか1項に記載の方法。
(構成20)
前記がんが、多発性骨髄腫(MM)、リンパ腫または白血病である、構成1〜19のい
ずれか1項に記載の方法。
(構成21)
前記がんが、リンパ腫である、構成1〜19のいずれか1項に記載の方法。
(構成22)
前記がんが、白血病である、構成1〜19のいずれか1項に記載の方法。
(構成23)
前記白血病が、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急
性骨髄性白血病または骨髄異形成症候群(MDS)である、構成22に記載の方法。
(構成24)
前記白血病が、急性骨髄性白血病(AML)である、構成22に記載の方法。
(構成25)
前記白血病が、再発性であるか、難治性であるか、または従来療法に対して耐性である
、構成22〜24のいずれか1項に記載の方法。
(構成26)
前記バイオマーカーが、CRBN関連タンパク質である、構成1〜25のいずれか1項
に記載の方法。
(構成27)
前記バイオマーカーが、小胞体ストレス応答(UPR)における機能を有するものであ
る、構成1〜25のいずれか1項に記載の方法。
(構成28)
前記バイオマーカーが、GCN2関連シグナリング経路における機能を有するものであ
る、構成1〜25のいずれか1項に記載の方法。
(構成29)
前記バイオマーカーが、ATF4関連シグナリング経路における機能を有するものであ
る、構成1〜25のいずれか1項に記載の方法。
(構成30)
前記バイオマーカーが、IRE1関連シグナリング経路における機能を有するものであ
る、構成1〜25のいずれか1項に記載の方法。
(構成31)
前記バイオマーカーが、XBP1関連シグナリング経路における機能を有するものであ
る、構成1〜25のいずれか1項に記載の方法。
(構成32)
前記バイオマーカーが、ATF6関連シグナリング経路における機能を有するものであ
る、構成1〜25のいずれか1項に記載の方法。
(構成33)
前記バイオマーカーが、アポトーシス経路における機能を有するものである、構成1〜
25のいずれか1項に記載の方法。
(構成34)
前記バイオマーカーが、ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)経路のRNA
基質である、構成1〜25のいずれか1項に記載の方法。
(構成35)
前記バイオマーカーが、GSPT1及びGSPT2からなる群から選択したeRF3フ
ァミリーメンバーである、構成1〜34のいずれか1項に記載の方法。
(構成36)
前記バイオマーカーのレベルが、参照よりも低い、構成35に記載の方法。
(構成37)
前記バイオマーカーが、GSPT1である、構成35に記載の方法。
(構成38)
前記バイオマーカーが、GSPT2である、構成35に記載の方法。
(構成39)
前記バイオマーカーが、IKZF1である、構成1〜34のいずれか1項に記載の方法

(構成40)
前記バイオマーカーのレベルが、参照よりも低い、構成39に記載の方法。
(構成41)
前記バイオマーカーが、ATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3
NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択されている、構成
1〜34のいずれか1項に記載の方法。
(構成42)
前記バイオマーカーのレベルが、参照よりも高い、構成41に記載の方法。
(構成43)
前記バイオマーカーが、ATF4である、構成41に記載の方法。
(構成44)
前記バイオマーカーが、ATF3である、構成41に記載の方法。
(構成45)
前記バイオマーカーが、DDIT3である、構成41に記載の方法。
(構成46)
前記バイオマーカーが、切断PARPである、構成41に記載の方法。
(構成47)
前記バイオマーカーが、SRSF3 NMD転写産物である、構成41に記載の方法。
(構成48)
前記バイオマーカーが、SRSF6 NMD転写産物である、構成41に記載の方法。
(構成49)
前記バイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって、前記バイオマーカー
のレベルを測定する、構成1〜48のいずれか1項に記載の方法。
(構成50)
前記試料内のタンパク質と、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第
1の抗体とを接触させることを含む、構成49に記載の方法。
(構成51)
(i)前記第1の抗体に結合した前記バイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を
有する第2の抗体とを接触させることであって、前記第2の抗体が、前記バイオマーカー
タンパク質に免疫特異的に結合するとともに、前記第2の抗体が、前記バイオマーカータ
ンパク質上のエピトープのうち、前記第1の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結
合する、前記接触させることと、
(ii)前記バイオマーカータンパク質に結合した前記第2の抗体の存在を検出するこ
とと、
(iii)前記第2の抗体の検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパ
ク質の量を割り出すことと、
をさらに含む、構成50に記載の方法。
(構成52)
(i)前記バイオマーカータンパク質に結合した前記第1の抗体と、検出可能な標識を
有する第2の抗体とを接触させることであって、前記第2の抗体が、前記第1の抗体に免
疫特異的に結合する、前記接触させることと、
(ii)前記第1の抗体に結合した前記第2の抗体の存在を検出することと、
(iii)前記第2の抗体の検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパ
ク質の量を割り出すことと、
をさらに含む、構成50に記載の方法。
(構成53)
前記バイオマーカーのmRNAレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーの
レベルを測定する、構成1〜48のいずれか1項に記載の方法。
(構成54)
前記バイオマーカーのcDNAレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーの
レベルを測定する、構成1〜48のいずれか1項に記載の方法。
(構成55)
前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
(化7)
Figure 2021121799

またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な
塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは
結晶多形であり、式中、
が、ハロ置換アリールであり、
とRがそれぞれハロである、構成1〜54のいずれか1項に記載の方法。
(構成56)
前記治療化合物が、2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピ
ペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフ
ルオロアセトアミド(化合物D)、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互
変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和
物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である、構成1〜54のいずれか1項に記載の
方法。
(構成57)
前記治療化合物が、2−(4−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソ
ピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジ
フルオロアセトアミド(化合物E)、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、
互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水
和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である、構成1〜54のいずれか1項に記載
の方法。

Claims (33)

  1. がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定し、またはがんであ
    るかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するためのデータ
    を取得する方法であって:
    (i)
    (a)前記治療化合物を投与された対象からの試料中のバイオマーカーのレベルを割り
    出すこと、
    または
    (ii)
    (a)前記治療化合物を前記対象から採取された試料に投与すること、及び、(b)前
    記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すこと、
    を含み、
    (I)前記バイオマーカーがGSPT1またはGSPT2であり、かつ、前記対象は、前
    記試料中の前記バイオマーカーのレベルが参照試料中の前記バイオマーカーの参照レベル
    よりも低い場合に、前記治療化合物に応答する可能性が高いか;
    (II)前記バイオマーカーがIKZF1であり、かつ、前記対象は、前記試料中の前記
    バイオマーカーのレベルが参照試料中の前記バイオマーカーの参照レベルよりも低い場合
    に、前記治療化合物に応答する可能性が高いか;または
    (III)前記バイオマーカーが、ATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、S
    RSF3 NMD転写産物、及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択され、
    かつ、前記対象は、前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが参照試料中の前記バイオ
    マーカーの参照レベルよりも高い場合に、前記治療化合物に応答する可能性が高く;
    前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
    Figure 2021121799
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩
    、溶媒和物、アイソトポローグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、
    式中、
    が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
    換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    とRがそれぞれハロであり、
    の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
    立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
    シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
    、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
    )または−RORC(J)N(R)(R)であり、
    各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Jが、OまたはSであり、
    とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
    、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
    はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
    ール環を形成している前記方法。
  2. 対象のがんの治療における治療化合物の有効性をモニタリングするためのデータを取得
    する方法であって、
    (a)前記治療化合物を投与された対象からの試料中のバイオマーカーのレベルを割り出
    すこと
    を含み、
    (I)前記バイオマーカーがGSPT1またはGSPT2であり、かつ、前記治療化合物
    は、前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが参照試料中の前記バイオマーカーの参照
    レベルよりも低い場合に、前記対象の前記がんの治療において有効である可能性が高いか

    (II)前記バイオマーカーがIKZF1であり、かつ、前記治療化合物は、前記試料中
    の前記バイオマーカーのレベルが参照試料中の前記バイオマーカーの参照レベルよりも低
    い場合に、前記対象の前記がんの治療において有効である可能性が高いか;または
    (III)前記バイオマーカーが、ATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、S
    RSF3 NMD転写産物、及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択され、
    かつ、前記治療化合物は、前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが参照試料中の前記
    バイオマーカーの参照レベルよりも高い場合に、前記対象の前記がんの治療において有効
    である可能性が高く;
    前記治療化合物が、下記の式Iの化合物、
    Figure 2021121799
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩
    、溶媒和物、アイソトポローグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、
    式中、
    が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
    換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    とRがそれぞれハロであり、
    の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
    立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
    シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
    、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
    )または−RORC(J)N(R)(R)であり、
    各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Jが、OまたはSであり、
    とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
    、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
    はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
    ール環を形成している前記方法。
  3. がんを治療する方法における使用のための医薬組成物であって、前記方法が:
    (a)がんを有する対象からの試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
    (b)前記試料中の前記バイオマーカーのレベルを前記バイオマーカーの参照レベルと
    比較することによって、前記対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断すること
    と、
    (c)前記治療化合物を前記対象に投与することと、
    を含み、
    (I)前記バイオマーカーがGSPT1またはGSPT2であり、かつ、前記対象は、前
    記試料中の前記バイオマーカーのレベルが前記参照レベルよりも低い場合に、前記治療化
    合物に応答する可能性が高いか;
    (II)前記バイオマーカーがIKZF1であり、かつ、前記対象は、前記試料中の前記
    バイオマーカーのレベルが前記参照レベルよりも低い場合に、前記治療化合物に応答する
    可能性が高いか;または
    (III)前記バイオマーカーが、ATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、S
    RSF3 NMD転写産物、及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択され、
    かつ、前記対象は、前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが前記参照レベルよりも高
    い場合に、前記治療化合物に応答する可能性が高く;
    前記医薬組成物が、下記の式Iの化合物、
    Figure 2021121799
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩
    、溶媒和物、アイソトポローグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を含み、
    式中、
    が、H、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置
    換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    とRがそれぞれハロであり、
    の置換基が存在するとき、前記置換基が、1〜3個のQという基であり、各Qが独
    立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換された
    シクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール
    、−ROR、−RSR、−RN(R)(R)、−RORN(R)(
    )または−RORC(J)N(R)(R)であり、
    各Rが独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Rが独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Jが、OまたはSであり、
    とRがそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはRとR
    、それらを置換する窒素原子と一体になって、1つもしくは2つのハロ、アルキルもしく
    はハロアルキルで任意に置換された5もしくは6員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリ
    ール環を形成している前記医薬組成物。
  4. 前記方法が第2の活性剤または支持療法剤を治療上有効な量投与することを含む、請求
    項3に記載の医薬組成物。
  5. 前記第2の活性剤が、造血成長因子、サイトカイン、抗がん剤、抗生物質、cox−2
    インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、がん抗原に特異的に結合
    する治療抗体、またはそれらの薬理学的に活性な変異体もしくは誘導体である、請求項4
    に記載の医薬組成物。
  6. 前記治療化合物を前記対象に投与する前に、前記対象から得たコントロール試料を用い
    ることによって、前記参照試料を調製し、前記コントロール試料が、前記試料と同じ供給
    源のものである、請求項1または2に記載の方法。
  7. がんではない健常な対象から得たコントロール試料を用いることによって、前記参照試
    料を調製し、前記コントロール試料が、前記試料と同じ供給源のものである、請求項1ま
    たは2に記載の方法。
  8. 前記がんが、多発性骨髄腫(MM)、リンパ腫または白血病である、請求項1〜2及び
    6〜7のいずれか1項に記載の方法。
  9. 前記がんが、リンパ腫である、請求項1〜2及び6〜7のいずれか1項に記載の方法。
  10. 前記がんが、白血病である、請求項1〜2及び6〜7のいずれか1項に記載の方法。
  11. 前記白血病が、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急
    性骨髄性白血病または骨髄異形成症候群(MDS)である、請求項10に記載の方法。
  12. 前記白血病が、急性骨髄性白血病(AML)である、請求項10に記載の方法。
  13. 前記白血病が、再発性であるか、難治性であるか、または従来療法に対して耐性である
    、請求項10〜12のいずれか1項に記載の方法。
  14. 前記バイオマーカーが、GSPT1またはGSPT2である、請求項1〜2及び6〜1
    3のいずれか1項に記載の方法。
  15. 前記バイオマーカーが、GSPT1である、請求項14に記載の方法。
  16. 前記バイオマーカーが、GSPT2である、請求項14に記載の方法。
  17. 前記バイオマーカーが、IKZF1である、請求項1〜2及び6〜13のいずれか1項
    に記載の方法。
  18. 前記バイオマーカーが、ATF4、ATF3、DDIT3、切断PARP、SRSF3
    NMD転写産物及びSRSF6 NMD転写産物からなる群から選択されている、請求
    項1〜2及び6〜13のいずれか1項に記載の方法。
  19. 前記バイオマーカーが、ATF4である、請求項18に記載の方法。
  20. 前記バイオマーカーが、ATF3である、請求項18に記載の方法。
  21. 前記バイオマーカーが、DDIT3である、請求項18に記載の方法。
  22. 前記バイオマーカーが、切断PARPである、請求項18に記載の方法。
  23. 前記バイオマーカーが、SRSF3 NMD転写産物である、請求項18に記載の方法
  24. 前記バイオマーカーが、SRSF6 NMD転写産物である、請求項18に記載の方法
  25. 前記バイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって、前記バイオマーカー
    のレベルを測定する、請求項1〜2及び6〜24のいずれか1項に記載の方法。
  26. 前記試料内のタンパク質と、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第
    1の抗体とを接触させることを含む、請求項25に記載の方法。
  27. (i)前記第1の抗体に結合した前記バイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を
    有する第2の抗体とを接触させることであって、前記第2の抗体が、前記バイオマーカー
    タンパク質に免疫特異的に結合するとともに、前記第2の抗体が、前記バイオマーカータ
    ンパク質上のエピトープのうち、前記第1の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結
    合する、前記接触させることと、
    (ii)前記バイオマーカータンパク質に結合した前記第2の抗体の存在を検出するこ
    とと、
    (iii)前記第2の抗体の検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパ
    ク質の量を割り出すことと、をさらに含む、請求項26に記載の方法。
  28. (i)前記バイオマーカータンパク質に結合した前記第1の抗体と、検出可能な標識を
    有する第2の抗体とを接触させることであって、前記第2の抗体が、前記第1の抗体に免
    疫特異的に結合する、前記接触させることと、
    (ii)前記第1の抗体に結合した前記第2の抗体の存在を検出することと、
    (iii)前記第2の抗体の検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパ
    ク質の量を割り出すことと、をさらに含む、請求項26に記載の方法。
  29. 前記バイオマーカーのmRNAレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーの
    レベルを測定する、請求項1〜2及び6〜24のいずれか1項に記載の方法。
  30. 前記バイオマーカーのcDNAレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーの
    レベルを測定する、請求項1〜2及び6〜24のいずれか1項に記載の方法。
  31. 前記治療化合物が、下記の式Iの化合物:
    Figure 2021121799
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩
    、溶媒和物、アイソトポローグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、
    式中、
    が、ハロ置換アリールであり、
    とRがそれぞれハロである、請求項1〜2及び6〜30のいずれか1項に記載の
    方法。
  32. 前記治療化合物が、2−(4−クロロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソピ
    ペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジフ
    ルオロアセトアミド(化合物D)、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互
    変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、水和物、共結晶、包
    接化合物もしくは結晶多形である、請求項1〜2及び6〜30のいずれか1項に記載の方
    法。
  33. 前記治療化合物が、2−(4−フルオロフェニル)−N−((2−(2,6−ジオキソ
    ピペリジン−3−イル)−1−オキソイソインドリン−5−イル)メチル)−2,2−ジ
    フルオロアセトアミド(化合物E)、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、
    互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、水和物、共結晶、
    包接化合物もしくは結晶多形である、請求項1〜2及び6〜30のいずれか1項に記載の
    方法。
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