JP2020529853A - 特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr−cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 - Google Patents
特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr−cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2020529853A JP2020529853A JP2020506813A JP2020506813A JP2020529853A JP 2020529853 A JP2020529853 A JP 2020529853A JP 2020506813 A JP2020506813 A JP 2020506813A JP 2020506813 A JP2020506813 A JP 2020506813A JP 2020529853 A JP2020529853 A JP 2020529853A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cell
- phage
- propagator
- host
- strain
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N7/00—Viruses; Bacteriophages; Compositions thereof; Preparation or purification thereof
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/74—Bacteria
- A61K35/741—Probiotics
- A61K35/744—Lactic acid bacteria, e.g. enterococci, pediococci, lactococci, streptococci or leuconostocs
- A61K35/747—Lactobacilli, e.g. L. acidophilus or L. brevis
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
- A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
- A61K35/66—Microorganisms or materials therefrom
- A61K35/76—Viruses; Subviral particles; Bacteriophages
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2320/00—Applications; Uses
- C12N2320/30—Special therapeutic applications
- C12N2320/32—Special delivery means, e.g. tissue-specific
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2330/00—Production
- C12N2330/50—Biochemical production, i.e. in a transformed host cell
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2795/00—Bacteriophages
- C12N2795/00011—Details
- C12N2795/00023—Virus like particles [VLP]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2795/00—Bacteriophages
- C12N2795/00011—Details
- C12N2795/00032—Use of virus as therapeutic agent, other than vaccine, e.g. as cytolytic agent
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2795/00—Bacteriophages
- C12N2795/00011—Details
- C12N2795/00051—Methods of production or purification of viral material
- C12N2795/00052—Methods of production or purification of viral material relating to complementing cells and packaging systems for producing virus or viral particles
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2795/00—Bacteriophages
- C12N2795/00011—Details
- C12N2795/14011—Details ssDNA Bacteriophages
- C12N2795/14111—Inoviridae
- C12N2795/14151—Methods of production or purification of viral material
- C12N2795/14152—Methods of production or purification of viral material relating to complementing cells and packaging systems for producing virus or viral particles
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2800/00—Nucleic acids vectors
- C12N2800/80—Vectors containing sites for inducing double-stranded breaks, e.g. meganuclease restriction sites
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Zoology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Mycology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Virology (AREA)
- Public Health (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Immunology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Material From Animals Or Micro-Organisms (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Medicinal Preparation (AREA)
Abstract
Description
ファージの集団を産生する方法であって、ファージが、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能である第1の型のものであり、方法が、
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものである第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、前記第1の型のファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させ、それによって、ファージの集団を産生する工程と、
(d)任意選択で、前記集団のファージを単離する工程
とを含む、方法。
ファージを増殖させるための細胞(プロパゲーター細胞)であって、ファージは、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能である第1の型のものであり、プロパゲーター細胞が、その表面にレセプターを含み、第2の種又は株のものであり、第2の種又は株は、第1の種又は株と異なり、それによって、プロパゲーター細胞が、それにおけるファージの増殖のために前記第1の型のファージによる感染を受けることが可能である、プロパゲーター細胞。
任意選択で、プロパゲーター細胞を培養し、前記第1の型のファージを増殖させるための発酵容器に含まれる、本発明によるプロパゲーター細胞の集団。
ペプチドグリカン、又はムレインは、細菌細胞壁の重要な構成成分であり、バクテリオファージの吸着に関与する場合が多い。これは、複数ユニットのアミノ酸及び糖誘導体 - N-アセチルグルコサミン及びN-アセチルムラミン酸から構成されるポリマーである。これらの糖構成要素は、グリコシド結合を介して接続され、アミノ酸の架橋を介して一緒に接合されるグリカンテトラペプチドシートを形成する。架橋は、ジアミノピメリン酸(アミノ酸類似体)とD-アラニンの間のペプチド結合を介して、又は短鎖ペプチドインターブリッジを介して生じる。これらのペプチドインターブリッジは、グラム陽性細菌においてより多数であり、それらの特徴的なより厚みのある細胞壁をもたらす。
グラム陰性細菌では、ペプチドグリカン層が比較的薄く、細胞壁の主要な構成成分である外膜の内部に位置する。これらの二層は、ブラウンのリポタンパク質によって接続される。外膜は、タンパク質、多糖及び脂質(後者の2つの分子はLPS層に由来する)で装飾された脂質二重層から構成される精巧な構造である。LPSは、3つの部分:脂質A、コア多糖及びO-多糖からなる複合体である。脂質Aは、一般的に、グルコサミンホスフェートジサッカライドに付着した脂肪酸から構成される。コア多糖は、ケトデオキシオクトネートリンカーを介して脂質Aに接続される。コア多糖及びO-多糖(O-鎖又はO-抗原)は、外膜に対して外部に広がる糖残基のいくつかのユニットを含有する。LPSの3つの構成成分のすべてを含有する細胞はスムース(S)型と命名され、O-多糖部分が欠如するものはラフ(R)型として識別される。一般的に、O-抗原を構成する糖類は非常に多様であり、コア多糖のものは、種の間でより保存される。このため、S型の株にのみ特異的であるファージは、O-多糖を標的とする傾向があり、よって、一般的に、R型の細胞に吸着することができるものと比較すると、より狭い宿主範囲を有する(Rakhubaら 2010)。
この項では、ファージのレセプターとしても作用する、細胞壁部分以外の細菌構造について議論する。これらには、鞭毛、線毛及び莢膜のような構造が含まれる。これらは、グラム株の両方に由来する種において見られ得る。例えば、Table 3(表3)を参照のこと。
プロモーターとして、例えば、組換え核酸構築物、ポリヌクレオチド、発現カセット及び本発明のポリヌクレオチド及び組換え核酸構築物を含むベクターの調製に使用するための、構成型、誘導型、時間制御型、発生制御型、化学制御型プロモーターが挙げられる。これらの様々な型のプロモーターは、当技術分野で公知である。
例証として、本発明は、以下の記述を提供する。
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものである第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、前記第1の型のファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させ、それによって、ファージの集団を産生する工程と、
(d)任意選択で、前記集団のファージを単離する工程
とを含む、方法。
(a)前記第2の細胞のCas(例えば、Cas3、9、cpf1及び/又はCASCADE Cas)が、前記crRNA(又はgRNA)とともに作動可能ではなく、
(b)前記第2の細胞のtracrRNAが、前記crRNAとともに作動可能ではなく、及び/又は
(c)前記第2の細胞が、前記crRNAをコードするヌクレオチド配列から前記crRNAを生成するのに作動可能ではない(又は前記gRNAをコードするヌクレオチド配列から前記gRNAを生成するのに作動可能ではない)、記述2から4のいずれか1つの方法。
本発明は、以下の概念も提供する:
1.ファージの集団を産生する方法であって、ファージが、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能である第1の型のものであり、方法が、
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものである第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、前記第1の型のファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させ、それによって、ファージの集団を産生する工程と、
(d)任意選択で、前記集団のファージを単離する工程
とを含む、方法。
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものであり、前記核酸の複製を生成することが可能であるDNAを含む第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、第2の細菌細胞に含まれるレセプターにファージを結合させることによって、ファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させる行程であって、前記核酸の複製をパッケージングするファージのコートタンパク質が産生され、それによって、粒子の集団を産生する工程と、
(d)任意選択で、前記集団の粒子を単離する工程
とを含む、方法。
(a)前記第2の細胞のCas(任意選択で、Cas3、9、cpf1及び/又はCASCADE Cas)が、前記crRNA(又はgRNA)とともに作動可能ではなく、
(b)前記第2の細胞のtracrRNAが、前記crRNAとともに作動可能ではなく、及び/又は
(c)前記第2の細胞が、前記crRNAをコードするヌクレオチド配列から前記crRNAを生成するのに作動可能ではない(又は前記gRNAをコードするヌクレオチド配列から前記gRNAを生成するのに作動可能ではない)、概念4から6のいずれか1つの方法。
(a)ファージ又は粒子が、1つ又は複数のプロトスペーサーヌクレオチド配列を標的とすることが可能である活性CRISPR/Casシステムを形成するために、前記宿主細胞の株又は種の細菌のCasとともに作動可能であるcrRNA(又はシングルガイドRNA)をコードするヌクレオチド配列を含み、各標的配列が、前記宿主細胞のゲノムに含まれ、それによって、crRNA(又はgRNA)が宿主細胞のCasをガイドして標的配列を修飾し(任意選択で、切断し)、それによって、宿主細胞を死滅させるか又は宿主細胞集団の成長を低減し、
(b)宿主細胞と第2の細胞が、同じ種(任意選択で、大腸菌株)のものであり、
(c)各第2の細菌細胞のゲノムが、前記標的配列を含まず、第1及び第2の細胞が、同じ種の異なる株である、概念1から9のいずれか1つの方法。
概要:
本発明者らは、細菌の産生株(この場合には、大腸菌産生細胞)を遺伝子操作し、ファージレセプターを発現させ、ヘルパーファージによる感染に感受性の株とした。産生細菌は、CRISPRアレイとファージパッケージング部位を含有するベクターを保有し、その結果、ベクターは、ヘルパーによって感染した細胞内においてパッケージングされ(感染していない細胞においてはパッケージングされない)、それによって、crRNAをコードするファージ様粒子に対する産生株としての細菌の使用が可能となった。本発明者らは、更に、このような産生株によって生成された溶菌液がファージ様粒子を含有し、これを使用して、他の関連する大腸菌標的集団にCRISPRアレイを送達することができることを示した。ここで、本発明者らは、このベクターをCRISPR Guided Vectors(CGV(商標))と称する。
産生株として、本発明者らは、ヘルパーファージM13KO7(図1_X)に対するレセプターを発現するプラスミドで形質転換した大腸菌株MG1655を使用し、一方、レセプター(図1_Y)を受容しない株系列を対照とした。レセプターは、New England Biolabsから入手したプラスミドpCJ105から発現したF-pilusであった。両方の株をCGV(図1_3)で形質転換し、CGV-PLPの産生のためにヘルパーファージM13KO7に感染させた。
Claims (37)
- ファージの集団を産生する方法であって、ファージが、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能である第1の型のものであり、前記方法が、
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものである第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、前記第1の型のファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させ、それによって、ファージの集団を産生する工程と、
(d)任意選択で、前記集団のファージを単離する工程
とを含む、方法。 - ファージのコートタンパク質によってパッケージングされた核酸を含む形質導入粒子の集団を産生する方法であって、粒子が、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能であり、それによって、宿主細胞が核酸により形質導入され、前記方法が、
(a)その表面にレセプターを含み、第1の種又は株とは異なる第2の種又は株のものであり、前記核酸の複製を生成することが可能であるDNAを含む第2の細菌細胞の集団を準備する工程と、
(b)第2の細胞を、第2の細菌細胞に含まれるレセプターにファージを結合させることによって、ファージに感染させる工程と、
(c)第2の細胞においてファージを増殖させる行程であって、前記核酸の複製をパッケージングするファージのコートタンパク質が産生され、それによって、粒子の集団を産生する工程と、
(d)任意選択で、前記集団の粒子を単離する工程
とを含む、方法。 - 粒子が、非複製型形質導入粒子又はファージである、請求項2に記載の方法。
- ファージ又は粒子が、1つ又は複数のプロトスペーサーヌクレオチド配列を標的とすることが可能である活性CRISPR/Casシステムを形成するために、前記宿主細胞の株又は種の細菌のCasとともに作動可能であるcrRNA(又はシングルガイドRNA)をコードするヌクレオチド配列を含み、各標的配列が、前記宿主細胞のゲノムに含まれ、それによって、crRNA(又はgRNA)が宿主細胞のCasをガイドして標的配列を修飾し(任意選択で、切断し)、それによって、宿主細胞を死滅させるか又は宿主細胞集団の成長を低減する、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- ファージが感染した場合に、第2の細胞が前記活性CRISPR/Casシステムを含まない、請求項4に記載の方法。
- 各第2の細菌細胞のゲノムが、前記標的配列を含まない、請求項4又は5に記載の方法。
- (a)前記第2の細胞のCas(任意選択で、Cas3、9、cpf1及び/又はCASCADE Cas)が、前記crRNA(又はgRNA)とともに作動可能ではなく、
(b)前記第2の細胞のtracrRNAが、前記crRNAとともに作動可能ではなく、及び/又は
(c)前記第2の細胞が、前記crRNAをコードするヌクレオチド配列から前記crRNAを生成するのに作動可能ではない(又は前記gRNAをコードするヌクレオチド配列から前記gRNAを生成するのに作動可能ではない)、請求項4から6のいずれか一項に記載の方法。 - crRNA(又はgRNA)が、第2の細胞のCas(任意選択で、第2の細胞のCas3、9、cpf1及び/又はCASCADE Cas)とともに作動可能ではないリピート配列を含む、請求項4から7のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ヌクレオチド配列が、前記宿主の種又は株の細菌におけるcrRNA(又はgRNA)の転写のためのプロモーターであって、前記第2の種又は株におけるcrRNA(又はgRNA)の転写のためのものではないプロモーターに作動可能に接続している、請求項4から8のいずれか一項に記載の方法。
- (a)ファージ又は粒子が、1つ又は複数のプロトスペーサーヌクレオチド配列を標的とすることが可能である活性CRISPR/Casシステムを形成するために、前記宿主細胞の株又は種の細菌のCasとともに作動可能であるcrRNA(又はシングルガイドRNA)をコードするヌクレオチド配列を含み、各標的配列が、前記宿主細胞のゲノムに含まれ、それによって、crRNA(又はgRNA)が宿主細胞のCasをガイドして標的配列を修飾し(任意選択で、切断し)、それによって、宿主細胞を死滅させるか又は宿主細胞集団の成長を低減し、
(b)宿主細胞と第2の細胞が、同じ種(任意選択で、大腸菌株)のものであり、
(c)各第2の細菌細胞のゲノムが、前記標的配列を含まず、第1及び第2の細胞が、同じ種の異なる株である、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。 - 前記宿主の種又は株の細菌が、宿主細菌に感染する前記第1の型のファージ又は粒子を死滅させるか又はその増殖を低減する抗ファージ毒素又は機構を含み、第2の細菌が、前記毒素又は機構を含まない、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記宿主の種又は株の細菌が、宿主細菌に感染する前記第1の型のファージ又は粒子を死滅させるか又はその増殖を低減するのに活性であるCRISPR/Casシステムを含み、第2の細菌が、前記システムを含まない、請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。
- 第2の細菌細胞が、レセプターを生成するように遺伝子操作されており、前記第2の種又は株の野生型細菌が前記レセプターを生成しない、請求項1から12のいずれか一項に記載の方法。
- ファージ又は粒子が、前記第2の細胞において及び前記第1の種又は株の細胞において作動可能である複製起点を含む、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
- 第2の細胞が、大腸菌細胞である、請求項1から14のいずれか一項に記載の方法。
- 第1及び第2の細胞が、同じ種(任意選択で、大腸菌株)のものである、請求項1から15のいずれか一項に記載の方法。
- 宿主細胞の株がヒト病原性株であり、第2の細胞株がヒト病原性株ではない、請求項16に記載の方法。
- 第2の細胞が、宿主の種又は株(任意選択で、ハザードグループ3又は4)の細胞と比較して、より低いハザードカテゴリー(任意選択で、ハザードグループ1又は2)の細胞である、請求項1から17のいずれか一項に記載の方法。
- レセプターが、リポ多糖、タイコ酸(任意選択で、ManNAc残基のC4ヒドロキシルに付着した1から3個のグリセロールホスフェートを有し、それにグリセロール-又はリビトールホスフェートリピートの長鎖が続くManNAc(β1→4)GlcNAc二糖)、タンパク質及び鞭毛から選択される、請求項1から18のいずれか一項に記載の方法。
- レセプターが、宿主細胞のO-抗原を含む、請求項1から19のいずれか一項に記載の方法。
- ファージ又は粒子が、任意選択で、ファージ又は粒子が第2の細胞において複製する場合に、第2の細胞において、エンドリシン又はホリンを発現するのに作動可能である、請求項1から20のいずれか一項に記載の方法。
- ファージのコートタンパク質によってパッケージングされた核酸を含むファージ又は形質導入粒子を増殖させるための細胞(プロパゲーター細胞)であって、ファージ又は粒子が、第1の細菌の種又は株の細胞(宿主細胞)に、前記種又は株の細菌に含まれる細胞表面レセプターに結合することによって、感染することが可能である第1の型のものであり、プロパゲーター細胞が、その表面にレセプターを含み、第2の種又は株のものであり、第2の種又は株が、第1の種又は株と異なり、それによって、プロパゲーター細胞が、それにおけるファージ又は粒子のそれぞれの増殖のために前記第1の型のファージ又は前記粒子による感染を受けることが可能である、プロパゲーター細胞。
- レセプターが、プロパゲーター細胞のゲノムに含まれる発現可能なヌクレオチド配列によってコードされるタンパク質を含み、プロパゲーター細胞と同じ種又は株の野生型細胞が前記発現可能なヌクレオチド配列を含まない、請求項22に記載のプロパゲーター細胞。
- レセプターが、プロパゲーター細胞における1つ又は複数の酵素の作用の産物である糖部分を含み、プロパゲーター細胞のゲノムが前記1つ又は複数の酵素をコードする1つ又は複数の発現可能なヌクレオチド配列を含み、プロパゲーター細胞と同じ種又は株の野生型細胞が前記発現可能なヌクレオチド配列を含まない、請求項22に記載のプロパゲーター細胞。
- レセプターが、プロパゲーター細胞における1つ又は複数の酵素の作用の産物であるタイコ酸部分を含み、プロパゲーター細胞のゲノムが前記1つ又は複数の酵素をコードする1つ又は複数の発現可能なヌクレオチド配列を含み、プロパゲーター細胞と同じ種又は株の野生型細胞が前記発現可能なヌクレオチド配列を含まない、請求項22に記載のプロパゲーター細胞。
- 酵素が、TarO、TarA、TarB、TarF、TarK、及びTarL(又は宿主細胞及び/又は第2の細胞によって発現されたこれらの相同体)から選択される、請求項25に記載のプロパゲーター細胞。
- 前記第1の型のファージ又は前記形質導入粒子と組み合わせた、請求項22から26のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞。
- 前記第1の型の1つ若しくは複数のプロファージ(任意選択で、プロパゲーター細胞の染色体に組み込まれた)、又は形質導入粒子の前記核酸の複製を生成することが可能であるDNA(任意選択で、プロパゲーター細胞の染色体に組み込まれた)を含む、請求項22から27のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞。
- プロパゲーター細胞がグラム陰性細菌細胞であり、任意選択で、宿主細胞がグラム陰性細菌細胞である、請求項22から28のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞。
- プロパゲーター細胞がグラム陽性細菌細胞であり、任意選択で、宿主細胞がグラム陽性細菌細胞である、請求項22から28のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞。
- 任意選択で、プロパゲーター細胞を培養し、前記第1の型のファージ又は前記形質導入粒子を増殖させるための発酵容器に含まれる、請求項22から30のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞の集団。
- 各プロパゲーター細胞が、請求項1から21のいずれか一項に規定の第2の細胞である、請求項22から31のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞又は集団。
- 各宿主細胞が、請求項1から21のいずれか一項に規定の宿主細胞である、請求項22から31のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞又は集団。
- ファージ又は粒子が、請求項1から21のいずれか一項に規定のファージ又は粒子である、請求項22から31のいずれか一項に記載のプロパゲーター細胞又は集団。
- ヒト又は動物対象における疾患又は状態を処置又は予防する方法であって、疾患又は状態が、対象に含まれる(任意選択で、対象の腸に含まれる)宿主細胞によって媒介され、前記方法が、プロパゲーター細胞を対象に(任意選択で、対象の腸に生息するために)投与する工程を含み、プロパゲーター細胞が請求項22から34のいずれか一項に記載されており、プロパゲーター細胞がファージ又は形質導入粒子を産生し、ファージ又は粒子が、それぞれ、患者の(任意選択で、その腸の)宿主細胞に感染し、それによって、宿主細胞を死滅させるか又は対象の宿主細胞の成長若しくは増殖を阻害し、それによって、疾患又は状態が処置又は予防される、方法。
- プロパゲーター細胞が、ラクトバチルス菌(任意選択で、ラクトバチルス・ロイテリ)の細胞である、請求項35に記載の方法。
- ファージが、宿主細胞においてCasをガイドし、宿主細胞のDNAを修飾し(任意選択で、切断し)、それによって、前記死滅させるか又は阻害することを実行する、抗宿主細胞のcrRNA又はgRNAをコードする、請求項35又は36に記載の方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2023132873A JP2023175695A (ja) | 2017-08-08 | 2023-08-17 | 特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr-cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
GB1712733.3 | 2017-08-08 | ||
GBGB1712733.3A GB201712733D0 (en) | 2017-08-08 | 2017-08-08 | Methods & cells |
PCT/EP2018/071454 WO2019030257A1 (en) | 2017-08-08 | 2018-08-08 | PROPAGATOR CELLS AND METHODS FOR PROPAGATING PHAGES, ESPECIALLY FOR THE ADMINISTRATION OF CRISPR-CAS COMPONENTS VIA PROBIOTIC ORGANISMS |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023132873A Division JP2023175695A (ja) | 2017-08-08 | 2023-08-17 | 特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr-cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 |
Publications (3)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2020529853A true JP2020529853A (ja) | 2020-10-15 |
JP2020529853A5 JP2020529853A5 (ja) | 2021-10-21 |
JP7335227B2 JP7335227B2 (ja) | 2023-08-29 |
Family
ID=59894948
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020506813A Active JP7335227B2 (ja) | 2017-08-08 | 2018-08-08 | 特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr-cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 |
JP2023132873A Pending JP2023175695A (ja) | 2017-08-08 | 2023-08-17 | 特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr-cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2023132873A Pending JP2023175695A (ja) | 2017-08-08 | 2023-08-17 | 特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr-cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US11891629B2 (ja) |
EP (1) | EP3665272A1 (ja) |
JP (2) | JP7335227B2 (ja) |
CN (1) | CN110997905A (ja) |
GB (1) | GB201712733D0 (ja) |
WO (1) | WO2019030257A1 (ja) |
Families Citing this family (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
ES2905525T3 (es) | 2015-05-06 | 2022-04-11 | Snipr Tech Ltd | Alteración de poblaciones microbianas y modificación de la microbiota |
GB201609811D0 (en) | 2016-06-05 | 2016-07-20 | Snipr Technologies Ltd | Methods, cells, systems, arrays, RNA and kits |
US10760075B2 (en) | 2018-04-30 | 2020-09-01 | Snipr Biome Aps | Treating and preventing microbial infections |
US11851663B2 (en) | 2018-10-14 | 2023-12-26 | Snipr Biome Aps | Single-vector type I vectors |
CN114040971A (zh) * | 2019-03-07 | 2022-02-11 | 加利福尼亚大学董事会 | CRISPR-Cas效应子多肽及其使用方法 |
CN109897804B (zh) * | 2019-03-26 | 2022-07-26 | 广东省微生物研究所(广东省微生物分析检测中心) | 一株同时具有硝化和反硝化功能的卓贝尔氏菌及其应用 |
CN110438033B (zh) * | 2019-07-02 | 2021-04-27 | 浙江工业大学 | 一种油脂降解菌、应用及油脂降解方法 |
CN112391357A (zh) * | 2019-08-14 | 2021-02-23 | 宁波大学 | 温和气单胞菌高效裂解性噬菌体vB_AsoP-yong及其应用 |
WO2023288250A1 (en) * | 2021-07-15 | 2023-01-19 | North Carolina State University | Compositions, methods, and systems for enhanced dna transformation in bacteria |
WO2023111286A1 (en) * | 2021-12-17 | 2023-06-22 | Snipr Biome Aps | Nucleic acid delivery methods and compositions |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016177682A1 (en) * | 2015-05-06 | 2016-11-10 | Snipr Technologies Limited | Altering microbial populations & modifying microbiota |
WO2016205276A1 (en) * | 2015-06-15 | 2016-12-22 | North Carolina State University | Methods and compositions for efficient delivery of nucleic acids and rna-based antimicrobials |
WO2017112620A1 (en) * | 2015-12-22 | 2017-06-29 | North Carolina State University | Methods and compositions for delivery of crispr based antimicrobials |
Family Cites Families (32)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU699322B2 (en) | 1994-04-05 | 1998-12-03 | Exponential Biotherapies, Inc. | Antibacterial therapy with genotypically modified bacteriophage |
US20020044922A1 (en) | 1996-02-06 | 2002-04-18 | Sven Mardh | Recombinant phages |
JP2002543816A (ja) | 1999-05-13 | 2002-12-24 | エクスポネンシャル バイオセラピーズ,アイエヌシー. | バンコマイシン耐性腸球菌株に感染した患者を救済するために有用なバクテリオファージ株 |
US20020001590A1 (en) | 2000-04-20 | 2002-01-03 | Mount Sinai Hospital | Antibacterial therapy for multi-drug resistant bacteria |
AU2001263155A1 (en) * | 2000-05-16 | 2001-11-26 | Massachusetts Institute Of Technology | Methods and compositions for interaction trap assays |
US6608187B2 (en) | 2000-05-23 | 2003-08-19 | The Rockefeller University | C1 bacteriophage lytic system |
US20020013270A1 (en) | 2000-06-05 | 2002-01-31 | Bolte Ellen R. | Method for treating a mental disorder |
ES2252263T3 (es) | 2000-07-25 | 2006-05-16 | The Government Of The Usa, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Bacteriofago que tiene una gama de hospedadores multiple. |
AU2002365188A1 (en) | 2001-11-07 | 2003-07-30 | Musc Foundation For Research Development | Nucleic acid delivery and expression |
US8445639B2 (en) | 2006-05-15 | 2013-05-21 | Avidbiotics Corporation | Recombinant bacteriophage and methods for their use |
US8241623B1 (en) * | 2009-02-09 | 2012-08-14 | David Bermudes | Protease sensitivity expression system |
WO2013187556A1 (en) | 2012-06-14 | 2013-12-19 | Scripps Korea Antibody Institute | Novel antibody specific for clec14a and uses thereof |
WO2014124226A1 (en) | 2013-02-07 | 2014-08-14 | The Rockefeller University | Sequence specific antimicrobials |
US9676641B2 (en) | 2014-01-29 | 2017-06-13 | Synphagen Llc | Therapeutic phages and methods for delivery of nucleic acids for therapeutic uses |
GB201406968D0 (en) | 2014-04-17 | 2014-06-04 | Green Biologics Ltd | Deletion mutants |
GB201406970D0 (en) | 2014-04-17 | 2014-06-04 | Green Biologics Ltd | Targeted mutations |
WO2015188230A1 (en) * | 2014-06-11 | 2015-12-17 | Stock And Animal Products Pty Ltd | Bacteriophage production method |
WO2016033298A1 (en) | 2014-08-28 | 2016-03-03 | North Carolina State University | Novel cas9 proteins and guiding features for dna targeting and genome editing |
GB2531454A (en) | 2016-01-10 | 2016-04-20 | Snipr Technologies Ltd | Recombinogenic nucleic acid strands in situ |
GB201609811D0 (en) | 2016-06-05 | 2016-07-20 | Snipr Technologies Ltd | Methods, cells, systems, arrays, RNA and kits |
EP3634442A4 (en) | 2017-05-24 | 2021-05-26 | Tets, Viktor, Veniaminovich | METHODS OF TREATMENT AND PREVENTION OF DISEASES |
US20200263186A1 (en) | 2017-05-26 | 2020-08-20 | North Carolina State University | Altered guide rnas for modulating cas9 activity and methods of use |
US11453874B2 (en) | 2017-06-07 | 2022-09-27 | The Rockefeller University | Enhancement of CRISPR gene editing or target destruction by co-expression of heterologous DNA repair protein |
GB201710126D0 (en) | 2017-06-25 | 2017-08-09 | Snipr Tech Ltd | Vectors & Methods |
US10624329B2 (en) | 2017-11-14 | 2020-04-21 | Andy Broughton | Fishing line indication device |
US20190160120A1 (en) | 2017-11-29 | 2019-05-30 | Snipr Biome Aps | Dna, methods etc |
US10760075B2 (en) | 2018-04-30 | 2020-09-01 | Snipr Biome Aps | Treating and preventing microbial infections |
WO2020072254A1 (en) | 2018-10-01 | 2020-04-09 | North Carolina State University | Recombinant type i crispr-cas system and uses thereof for killing target cells |
US20220177943A1 (en) | 2018-10-01 | 2022-06-09 | Rodolphe Barrangou | Recombinant type i crispr-cas system and uses thereof for screening for variant cells |
US20220056433A1 (en) | 2018-10-01 | 2022-02-24 | North Carolina State University | Recombinant type i crispr-cas system and uses thereof for genome modification and alteration of expression |
WO2020072248A1 (en) | 2018-10-01 | 2020-04-09 | North Carolina State University | Recombinant type i crispr-cas system |
US11851663B2 (en) | 2018-10-14 | 2023-12-26 | Snipr Biome Aps | Single-vector type I vectors |
-
2017
- 2017-08-08 GB GBGB1712733.3A patent/GB201712733D0/en not_active Ceased
-
2018
- 2018-08-08 US US16/637,656 patent/US11891629B2/en active Active
- 2018-08-08 WO PCT/EP2018/071454 patent/WO2019030257A1/en unknown
- 2018-08-08 CN CN201880051489.1A patent/CN110997905A/zh active Pending
- 2018-08-08 JP JP2020506813A patent/JP7335227B2/ja active Active
- 2018-08-08 EP EP18756388.7A patent/EP3665272A1/en active Pending
-
2023
- 2023-08-17 JP JP2023132873A patent/JP2023175695A/ja active Pending
- 2023-12-13 US US18/539,066 patent/US20240117323A1/en active Pending
Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2016177682A1 (en) * | 2015-05-06 | 2016-11-10 | Snipr Technologies Limited | Altering microbial populations & modifying microbiota |
WO2016205276A1 (en) * | 2015-06-15 | 2016-12-22 | North Carolina State University | Methods and compositions for efficient delivery of nucleic acids and rna-based antimicrobials |
WO2017112620A1 (en) * | 2015-12-22 | 2017-06-29 | North Carolina State University | Methods and compositions for delivery of crispr based antimicrobials |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP7335227B2 (ja) | 2023-08-29 |
US20210230559A1 (en) | 2021-07-29 |
GB201712733D0 (en) | 2017-09-20 |
US20240117323A1 (en) | 2024-04-11 |
CN110997905A (zh) | 2020-04-10 |
JP2023175695A (ja) | 2023-12-12 |
EP3665272A1 (en) | 2020-06-17 |
WO2019030257A1 (en) | 2019-02-14 |
US11891629B2 (en) | 2024-02-06 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7335227B2 (ja) | 特に、プロバイオティクス生物を介してcrispr-cas構成成分を送達するための、プロパゲーター細胞及びファージを増殖するための方法 | |
Pires et al. | Genetically engineered phages: a review of advances over the last decade | |
JP6140762B2 (ja) | 制御された遺伝子自殺機序組成物及び方法 | |
Goodridge | Designing phage therapeutics | |
Rakhuba et al. | Bacteriophage receptors, mechanisms of phage adsorption and penetration into host cell | |
Gervasi et al. | Expression and delivery of an endolysin to combat Clostridium perfringens | |
Van Pijkeren et al. | Genome editing of food-grade lactobacilli to develop therapeutic probiotics | |
Jariah et al. | Interaction of phages, bacteria, and the human immune system: Evolutionary changes in phage therapy | |
JP2022523043A (ja) | 方法、使用、および組成物 | |
Dawoud et al. | Improving the efficiency of transposon mutagenesis in Salmonella enteritidis by overcoming host-restriction barriers | |
Liu et al. | Methods of DNA introduction for the engineering of commensal microbes | |
CN111094546A (zh) | 粗糙型肠炎沙门氏菌的获取及其用于禽流感疫苗的基因改造 | |
Zhang et al. | Aeromonas veronii virulence and adhesion attenuation mediated by the gene aodp | |
Pacios-Michelena et al. | Phage therapy as a tool for control of foodborne diseases: Advantages and limitations | |
RU2547584C2 (ru) | Гидролаза пептидогликана, экспрессионная плазмида, содержащая фрагмент днк, кодирующий гидролазу пептидогликана, бактерия-продуцент и способ микробиологического синтеза гидролазы пептидогликана | |
Erazo Garzon | Identification of genes involved in the DNA injection process by lactococcal P335 phages | |
Ando et al. | Synthetic biology and therapies for infectious diseases | |
Harvey et al. | Bacteria defend against phages through type IV pilus glycosylation | |
Danis-Włodarczyk | Characterization of lytic bacteriophages infecting Pseudomonas aeruginosa and their peptidoglycan and exopolysaccharide degrading enzymes | |
Lee | Investigating the potential of bacteriophage induction and phage-derived enzymes as alternative antibacterial approaches | |
Vidya et al. | CRISPR Technology for Probiotics and Nutraceuticals Production | |
Ranjan et al. | Role of Bacteriophages as Non-traditional Approaches to Combat Multidrug Resistance | |
Ajuebor | Phage Therapy and Development of Delivery Systems for Gram-Positive Phage Endolysins | |
Gigante | Mycobacteriophage-mediated lysis: the role of LysB proteins | |
Gebru et al. | THE POTENTIAL APPLICATION OF BACTERIOPHAGES’PRODUCT THERAPY AS AN ALTERNATIVE TREATMENT FOR ANTIBIOTIC RESISTANCE PATHOGENIC BACTERIA |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20210804 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20210806 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20210806 |
|
RD04 | Notification of resignation of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7424 Effective date: 20210910 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20221004 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20221226 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230404 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20230630 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20230718 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20230817 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7335227 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |