JP2020524993A5 - - Google Patents
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Description
187.標的細胞、組織又は被験者に、核酸若しくはタンパク質ペイロードを送達する方法であって、本方法は、(a)ウイルス由来の第1DNA(第1DNAは、標的細胞、組織又は被験者に感染することができる粒子の産生を可能にするのに十分である)及び(a)核酸若しくはタンパク質ペイロードをコード化する第2DNA配列を含む核酸組成物と、標的細胞、組織又は被験者を接触させるステップを含み、改善が、以下:
第1DNA配列が、表1、3、5、7、9、11、若しくは13のいずれかに挙げる対応する配列に対して少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、97%、99%、100%)の配列同一性を有する少なくとも500(少なくとも600、700、800、900、1000、1200、1400、1500、1600、1800、2000)ヌクレオチドを含むか、又は
第1DNA配列が、表2、4、6、8、10、12、若しくは14に挙げるORFに対して少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、97%、99%、100%)の配列同一性を有する配列をコード化するか、或いは
第1DNA配列が、表14−1に挙げるコンセンサス配列に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも95%、97%、99%、100%)の配列同一性を有する配列を含む、方法。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
(項目1)
以下:
(i)プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む遺伝子エレメントであって、前記遺伝子エレメントが、以下:
(a)表11の核酸配列のヌクレオチド323〜393のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインヌクレオチド配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列、又は
(b)表11の核酸配列のヌクレオチド2868〜2929のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列
の一方又は両方を含む遺伝子エレメント;及び
(ii)タンパク質性外層
を含む合成クロンにおいて;前記遺伝子エレメントが前記タンパク質外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成クロンが、前記遺伝子エレメントを真核細胞内に送達することができる、合成クロン。
(項目2)
前記遺伝子エレメントが、一本鎖である、項目1に記載の合成クロン。
(項目3)
前記遺伝子エレメントが、DNAである、項目1〜2のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目4)
前記遺伝子エレメントが、マイナス鎖DNAである、項目3に記載の合成クロン。
(項目5)
前記遺伝子エレメントが、前記細胞に進入する前記クロンの10%、8%、6%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.2%、0.1%未満の頻度で組み込まれ、例えば、前記合成クロンは非統合性である、項目1〜4のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目6)
前記遺伝子エレメントが、表16−1に示すコンセンサス5’UTR核酸配列の配列を含む、項目1〜5のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目7)
前記遺伝子エレメントが、表16−2に示すコンセンサスGCリッチ領域の配列を含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目8)
前記遺伝子エレメントが、少なくとも100ヌクレオチド長の配列を含み、これは、少なくとも70%(例えば、約70〜100%、75〜95%、80〜95%、85〜95%、若しくは85〜90%)の位置のG又はCから構成される、項目1〜7のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目9)
前記遺伝子エレメントが、表11の核酸配列のヌクレオチド1〜393のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインヌクレオチド配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列と、表11の核酸配列のヌクレオチド2868〜2929のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列を含む、項目1〜8のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目10)
前記遺伝子エレメントが、表11のヌクレオチド配列に対して少なくとも75%の同一性を含む、項目1〜9のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目11)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して外性である、項目1〜10のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目12)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して内在性である、項目1〜10のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目13)
前記外性エフェクターが、治療薬、例えば、治療用ペプチド若しくはポリペプチド又は治療用核酸をコード化する、項目1〜12のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目14)
前記外性エフェクターが、調節核酸、例えば、miRNA、siRNA、mRNA、lncRNA、RNA、DNA、アンチセンスRNA、gRNA;蛍光タグ若しくはマーカ、抗原、ペプチド、天然の生物活性ペプチド由来の合成若しくはアナログペプチド、アゴニスト若しくはアンタゴニストペプチド、抗微生物ペプチド、孔形成ペプチド、二環式ペプチド、ターゲティング若しくは細胞傷害性ペプチド、分解若しくは自滅ペプチド、小分子、免疫エフェクター(例えば、免疫応答/シグナルに対する感受性に影響を与える)、細胞死誘導タンパク質(アポトーシス若しくは壊死の誘導物質)、腫瘍の非溶解性阻害剤(例えば、癌タンパク質の阻害剤)、後成的修飾剤、後成的酵素、転写因子、DNA若しくはタンパク質修飾酵素、DNA挿入剤、排出ポンプ阻害剤、核受容体アクチベータ若しくは阻害剤、プロテアソーム阻害剤、1酵素の競合阻害剤、タンパク質合成エフェクター若しくは阻害剤、ヌクレアーゼ、タンパク質断片若しくはドメイン、リガンド、抗体、受容体、又はCRISPR系若しくは成分を含む、項目1〜13のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目15)
前記外性エフェクターが、miRNAを含み、宿主遺伝子の発現を低減する、項目1〜14のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目16)
前記外性エフェクターが、約20〜200、30〜180、40〜160、50〜140、又は60〜120ヌクレオチド長の核酸配列を含む、項目1〜15のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目17)
前記外性エフェクターをコード化する前記核酸配列が、約20〜200、30〜180、40〜160、50〜140、又は60〜120ヌクレオチド長である、項目1〜16のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目18)
前記外性エフェクターをコード化する前記核酸配列が、以下:ORF1遺伝子座、例えば、前記ORF1遺伝子座のC末端、又はポリ−A領域下流の3’ノンコーディング領域の1つ若しくは複数に、その内部、又はそれに隣接して(例えば、5’若しくは3’側で)位置する、項目1〜17のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目19)
前記外性エフェクターをコード化する前記核酸配列が、前記遺伝子エレメントの前記ポリ−A領域と前記GCリッチ領域の間に位置する、項目1〜18のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目20)
表12のORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数を(例えば、前記タンパク質性外層内に)含む、項目1〜19のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目21)
前記エフェクターを除く前記遺伝子エレメントの部分が、約2.5〜5kb(例えば、約2.8〜4kb、約2.8〜3.2kb、約3.6〜3.9kb、又は約2.8〜2.9kb)、約5kb未満(例えば、約2.9kb、3.2kb、3.6kb、3.9kb、若しくは4kb)、又は少なくとも100ヌクレオチド(例えば、少なくとも1kb)の合計サイズを有する、項目1〜20のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目22)
前記合成クロンが、脂質二重層を含まない、項目1〜21のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目23)
前記合成クロンが、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞、例えば、免疫細胞、肝細胞、又は肺上皮細胞に感染することができる、項目1〜22のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目24)
前記遺伝子エレメントが、例えば、定量PCRアッセイにより測定される場合、細胞当たり少なくとも10 2 、2×10 2 、5×10 2 、10 3 、2×10 3 、5×10 3 、又は10 4 ゲノム当量の遺伝子エレメントを複製、例えば、産生することができる、項目1〜23のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目25)
実質的に非病原性であり、例えば、被験者の検出可能な有害な症状(例えば、クロンに曝露されていない被験者と比較して、例えば、細胞死又は毒性の増大)を誘導しない、項目1〜24のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目26)
実質的に非免疫原性であり、例えば、実施例4に記載の方法に従って検出される場合、例えば、検出可能な及び/又は不要な免疫応答を誘導しない、項目1〜25のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目27)
前記実質的に非免疫原性のクロンが、被験者において、免疫応答が欠損する対照被験者における効力の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%である効力を有する、項目26に記載の合成クロン。
(項目28)
前記免疫応答が、以下:前記クロンに対して特異的な抗体;前記クロン若しくは前記クロンを含む細胞に対する細胞応答(例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞若しくはNK細胞)応答);前記クロン若しくは前記クロンを含む細胞に対する細胞のマクロファージ貪食のうち1つ又は複数を含む、項目26又は27に記載の合成クロン。
(項目29)
少なくとも1000の前記合成クロンの集団が、少なくとも100コピーの前記遺伝子エレメントを1つ又は複数の真核細胞内に送達することができる、項目1〜28のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目30)
以下:
(i)プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む遺伝子エレメントであって、前記遺伝子エレメントが、以下:
(a)表1、3、5、7、9、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインに対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列;又は
(b)表1、3、5、7、9、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列
の一方又は両方を含む遺伝子エレメント;及び
(ii)タンパク質性外層
を含む合成クロンにおいて;前記遺伝子エレメントが、タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成クロンが、前記遺伝子エレメントを真核細胞内に送達することができる、合成クロン。
(項目31)
表2、4、6、8、10、若しくは14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数を(例えば、前記タンパク質性外層内に)含む、項目30に記載の合成クロン。
(項目32)
プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む核酸分子であって、遺伝子エレメントが、以下:
(a)表11の核酸配列のヌクレオチド323〜393のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインヌクレオチド配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列、又は
(b)表11の核酸配列のヌクレオチド2868〜2929のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列の一方又は両方を含む、核酸分子。
(項目33)
プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む核酸分子において、前記遺伝子エレメントが、以下:
(a)表1、3、5、7、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインに対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列、又は
(b)表1、3、5、7、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列
の一方又は両方を含む、核酸分子。
(項目34)
項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン及び薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む医薬組成物。
(項目35)
少なくとも10 3 、10 4 、10 5 、10 6 、10 7 、10 8 、又は10 9 個の合成クロンを含む、項目34に記載の医薬組成物。
(項目36)
項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロンと、表12のORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数をコード化する第2の核酸配列とを含む反応混合物。
(項目37)
項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロンと、表2、4、6、8、10、若しくは14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3ORF2t/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数をコード化する第2の核酸配列とを含む反応混合物。
(項目38)
前記第2の核酸配列が、遺伝子エレメントの一部である、項目36又は37に記載の反応混合物。
(項目39)
前記第2の核酸配列が、遺伝子エレメントの一部ではなく、例えば、第2の核酸配列は、ヘルパー又はヘルパーウイルスに含まれる、項目36又は37に記載の反応混合物。
(項目40)
前記遺伝子エレメントを宿主遺伝子に送達することを目的とする、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目41)
被験者の疾患又は障害を治療することを目的とする、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目42)
前記疾患又は障害が、免疫障害、インターフェロン症(例えば、I型インターフェロン症)、感染症、免疫障害、自己免疫疾患、癌(例えば、固形腫瘍、例えば肺癌)、及び胃腸障害から選択される、項目41に記載の使用。
(項目43)
被験者の疾患又は障害を治療することを目的とする、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物。
(項目44)
被験者の疾患又は障害を治療する方法であって、前記方法は、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物を前記被験者に投与するステップを含み、ここで、前記疾患又は障害が、免疫障害、インターフェロン症(例えば、I型インターフェロン症)、感染症、免疫障害、自己免疫疾患、癌(例えば、固形腫瘍、例えば肺癌)、及び胃腸障害から選択される、方法。
(項目45)
合成クロン組成物を製造する方法であって、以下:
a)項目1〜31のいずれか1項に記載の複数の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物を提供するステップ;
b)任意選択で、以下:本明細書に記載される混入物、光学密度測定(例えば、OD260)、粒子数(例えば、HPLCにより)、感染力(例えば、粒子:感染単位比)のうち1つ又は複数について複数の合成クロンを評価するステップ;並びに
c)例えば、(b)のパラメータの1つ又は複数が、指定される閾値を満たしていれば、複数の合成クロンを、例えば、被験者への投与に好適な医薬組成物として製剤化するステップ
を含む、方法。
第1DNA配列が、表1、3、5、7、9、11、若しくは13のいずれかに挙げる対応する配列に対して少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、97%、99%、100%)の配列同一性を有する少なくとも500(少なくとも600、700、800、900、1000、1200、1400、1500、1600、1800、2000)ヌクレオチドを含むか、又は
第1DNA配列が、表2、4、6、8、10、12、若しくは14に挙げるORFに対して少なくとも80%(例えば、少なくとも85%、90%、95%、97%、99%、100%)の配列同一性を有する配列をコード化するか、或いは
第1DNA配列が、表14−1に挙げるコンセンサス配列に対して少なくとも90%(例えば、少なくとも95%、97%、99%、100%)の配列同一性を有する配列を含む、方法。
本発明は、例えば、以下の項目も提供する。
(項目1)
以下:
(i)プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む遺伝子エレメントであって、前記遺伝子エレメントが、以下:
(a)表11の核酸配列のヌクレオチド323〜393のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインヌクレオチド配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列、又は
(b)表11の核酸配列のヌクレオチド2868〜2929のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列
の一方又は両方を含む遺伝子エレメント;及び
(ii)タンパク質性外層
を含む合成クロンにおいて;前記遺伝子エレメントが前記タンパク質外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成クロンが、前記遺伝子エレメントを真核細胞内に送達することができる、合成クロン。
(項目2)
前記遺伝子エレメントが、一本鎖である、項目1に記載の合成クロン。
(項目3)
前記遺伝子エレメントが、DNAである、項目1〜2のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目4)
前記遺伝子エレメントが、マイナス鎖DNAである、項目3に記載の合成クロン。
(項目5)
前記遺伝子エレメントが、前記細胞に進入する前記クロンの10%、8%、6%、4%、3%、2%、1%、0.5%、0.2%、0.1%未満の頻度で組み込まれ、例えば、前記合成クロンは非統合性である、項目1〜4のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目6)
前記遺伝子エレメントが、表16−1に示すコンセンサス5’UTR核酸配列の配列を含む、項目1〜5のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目7)
前記遺伝子エレメントが、表16−2に示すコンセンサスGCリッチ領域の配列を含む、項目1〜6のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目8)
前記遺伝子エレメントが、少なくとも100ヌクレオチド長の配列を含み、これは、少なくとも70%(例えば、約70〜100%、75〜95%、80〜95%、85〜95%、若しくは85〜90%)の位置のG又はCから構成される、項目1〜7のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目9)
前記遺伝子エレメントが、表11の核酸配列のヌクレオチド1〜393のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインヌクレオチド配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列と、表11の核酸配列のヌクレオチド2868〜2929のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列を含む、項目1〜8のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目10)
前記遺伝子エレメントが、表11のヌクレオチド配列に対して少なくとも75%の同一性を含む、項目1〜9のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目11)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して外性である、項目1〜10のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目12)
前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルス(Anellovirus)に対して内在性である、項目1〜10のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目13)
前記外性エフェクターが、治療薬、例えば、治療用ペプチド若しくはポリペプチド又は治療用核酸をコード化する、項目1〜12のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目14)
前記外性エフェクターが、調節核酸、例えば、miRNA、siRNA、mRNA、lncRNA、RNA、DNA、アンチセンスRNA、gRNA;蛍光タグ若しくはマーカ、抗原、ペプチド、天然の生物活性ペプチド由来の合成若しくはアナログペプチド、アゴニスト若しくはアンタゴニストペプチド、抗微生物ペプチド、孔形成ペプチド、二環式ペプチド、ターゲティング若しくは細胞傷害性ペプチド、分解若しくは自滅ペプチド、小分子、免疫エフェクター(例えば、免疫応答/シグナルに対する感受性に影響を与える)、細胞死誘導タンパク質(アポトーシス若しくは壊死の誘導物質)、腫瘍の非溶解性阻害剤(例えば、癌タンパク質の阻害剤)、後成的修飾剤、後成的酵素、転写因子、DNA若しくはタンパク質修飾酵素、DNA挿入剤、排出ポンプ阻害剤、核受容体アクチベータ若しくは阻害剤、プロテアソーム阻害剤、1酵素の競合阻害剤、タンパク質合成エフェクター若しくは阻害剤、ヌクレアーゼ、タンパク質断片若しくはドメイン、リガンド、抗体、受容体、又はCRISPR系若しくは成分を含む、項目1〜13のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目15)
前記外性エフェクターが、miRNAを含み、宿主遺伝子の発現を低減する、項目1〜14のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目16)
前記外性エフェクターが、約20〜200、30〜180、40〜160、50〜140、又は60〜120ヌクレオチド長の核酸配列を含む、項目1〜15のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目17)
前記外性エフェクターをコード化する前記核酸配列が、約20〜200、30〜180、40〜160、50〜140、又は60〜120ヌクレオチド長である、項目1〜16のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目18)
前記外性エフェクターをコード化する前記核酸配列が、以下:ORF1遺伝子座、例えば、前記ORF1遺伝子座のC末端、又はポリ−A領域下流の3’ノンコーディング領域の1つ若しくは複数に、その内部、又はそれに隣接して(例えば、5’若しくは3’側で)位置する、項目1〜17のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目19)
前記外性エフェクターをコード化する前記核酸配列が、前記遺伝子エレメントの前記ポリ−A領域と前記GCリッチ領域の間に位置する、項目1〜18のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目20)
表12のORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数を(例えば、前記タンパク質性外層内に)含む、項目1〜19のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目21)
前記エフェクターを除く前記遺伝子エレメントの部分が、約2.5〜5kb(例えば、約2.8〜4kb、約2.8〜3.2kb、約3.6〜3.9kb、又は約2.8〜2.9kb)、約5kb未満(例えば、約2.9kb、3.2kb、3.6kb、3.9kb、若しくは4kb)、又は少なくとも100ヌクレオチド(例えば、少なくとも1kb)の合計サイズを有する、項目1〜20のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目22)
前記合成クロンが、脂質二重層を含まない、項目1〜21のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目23)
前記合成クロンが、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞、例えば、免疫細胞、肝細胞、又は肺上皮細胞に感染することができる、項目1〜22のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目24)
前記遺伝子エレメントが、例えば、定量PCRアッセイにより測定される場合、細胞当たり少なくとも10 2 、2×10 2 、5×10 2 、10 3 、2×10 3 、5×10 3 、又は10 4 ゲノム当量の遺伝子エレメントを複製、例えば、産生することができる、項目1〜23のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目25)
実質的に非病原性であり、例えば、被験者の検出可能な有害な症状(例えば、クロンに曝露されていない被験者と比較して、例えば、細胞死又は毒性の増大)を誘導しない、項目1〜24のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目26)
実質的に非免疫原性であり、例えば、実施例4に記載の方法に従って検出される場合、例えば、検出可能な及び/又は不要な免疫応答を誘導しない、項目1〜25のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目27)
前記実質的に非免疫原性のクロンが、被験者において、免疫応答が欠損する対照被験者における効力の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%である効力を有する、項目26に記載の合成クロン。
(項目28)
前記免疫応答が、以下:前記クロンに対して特異的な抗体;前記クロン若しくは前記クロンを含む細胞に対する細胞応答(例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞若しくはNK細胞)応答);前記クロン若しくは前記クロンを含む細胞に対する細胞のマクロファージ貪食のうち1つ又は複数を含む、項目26又は27に記載の合成クロン。
(項目29)
少なくとも1000の前記合成クロンの集団が、少なくとも100コピーの前記遺伝子エレメントを1つ又は複数の真核細胞内に送達することができる、項目1〜28のいずれか1項に記載の合成クロン。
(項目30)
以下:
(i)プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む遺伝子エレメントであって、前記遺伝子エレメントが、以下:
(a)表1、3、5、7、9、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインに対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列;又は
(b)表1、3、5、7、9、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列
の一方又は両方を含む遺伝子エレメント;及び
(ii)タンパク質性外層
を含む合成クロンにおいて;前記遺伝子エレメントが、タンパク質性外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成クロンが、前記遺伝子エレメントを真核細胞内に送達することができる、合成クロン。
(項目31)
表2、4、6、8、10、若しくは14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数を(例えば、前記タンパク質性外層内に)含む、項目30に記載の合成クロン。
(項目32)
プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む核酸分子であって、遺伝子エレメントが、以下:
(a)表11の核酸配列のヌクレオチド323〜393のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインヌクレオチド配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列、又は
(b)表11の核酸配列のヌクレオチド2868〜2929のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列の一方又は両方を含む、核酸分子。
(項目33)
プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む核酸分子において、前記遺伝子エレメントが、以下:
(a)表1、3、5、7、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)5’UTR保存ドメインに対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列、又は
(b)表1、3、5、7、若しくは13の核酸配列のアネロウイルス(Anellovirus)GCリッチ領域に対して少なくとも85%の配列同一性を有する配列
の一方又は両方を含む、核酸分子。
(項目34)
項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン及び薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む医薬組成物。
(項目35)
少なくとも10 3 、10 4 、10 5 、10 6 、10 7 、10 8 、又は10 9 個の合成クロンを含む、項目34に記載の医薬組成物。
(項目36)
項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロンと、表12のORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数をコード化する第2の核酸配列とを含む反応混合物。
(項目37)
項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロンと、表2、4、6、8、10、若しくは14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3ORF2t/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数をコード化する第2の核酸配列とを含む反応混合物。
(項目38)
前記第2の核酸配列が、遺伝子エレメントの一部である、項目36又は37に記載の反応混合物。
(項目39)
前記第2の核酸配列が、遺伝子エレメントの一部ではなく、例えば、第2の核酸配列は、ヘルパー又はヘルパーウイルスに含まれる、項目36又は37に記載の反応混合物。
(項目40)
前記遺伝子エレメントを宿主遺伝子に送達することを目的とする、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目41)
被験者の疾患又は障害を治療することを目的とする、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物の使用。
(項目42)
前記疾患又は障害が、免疫障害、インターフェロン症(例えば、I型インターフェロン症)、感染症、免疫障害、自己免疫疾患、癌(例えば、固形腫瘍、例えば肺癌)、及び胃腸障害から選択される、項目41に記載の使用。
(項目43)
被験者の疾患又は障害を治療することを目的とする、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物。
(項目44)
被験者の疾患又は障害を治療する方法であって、前記方法は、項目1〜31のいずれか1項に記載の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物を前記被験者に投与するステップを含み、ここで、前記疾患又は障害が、免疫障害、インターフェロン症(例えば、I型インターフェロン症)、感染症、免疫障害、自己免疫疾患、癌(例えば、固形腫瘍、例えば肺癌)、及び胃腸障害から選択される、方法。
(項目45)
合成クロン組成物を製造する方法であって、以下:
a)項目1〜31のいずれか1項に記載の複数の合成クロン又は項目34〜35のいずれか1項に記載の医薬組成物を提供するステップ;
b)任意選択で、以下:本明細書に記載される混入物、光学密度測定(例えば、OD260)、粒子数(例えば、HPLCにより)、感染力(例えば、粒子:感染単位比)のうち1つ又は複数について複数の合成クロンを評価するステップ;並びに
c)例えば、(b)のパラメータの1つ又は複数が、指定される閾値を満たしていれば、複数の合成クロンを、例えば、被験者への投与に好適な医薬組成物として製剤化するステップ
を含む、方法。
Claims (22)
- 以下:
(i)プロモータエレメントと、外性エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列と、を含む遺伝子エレメントであって、前記遺伝子エレメントが、アネロウイルス(Anellovirus)の5’UTR保存ドメインを含み、一本鎖環状DNAである、遺伝子エレメント;及び
(ii)タンパク質性外層
を含む合成クロンにおいて;前記遺伝子エレメントが前記タンパク質外層内に閉じ込められており;且つ
前記合成クロンが、前記遺伝子エレメントを真核細胞内に送達することができる、合成クロン。 - 前記遺伝子エレメントが、野生型アネロウイルスの5’UTR保存ドメインと少なくとも85%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1に記載の合成クロン。
- 前記タンパク質結合配列が、表16−1に示されるコンセンサス5’UTR配列と少なくとも85%の配列同一性を有する、請求項1または2に記載の合成クロン。
- 前記遺伝子エレメントが、表1、3、5、7、9または13の核酸配列のアネロウイルス5’UTR保存ドメインと少なくとも85%の配列同一性を有する配列を含む、請求項1〜3のいずれか一項に記載の合成クロン。
- (i)前記タンパク質性外層が、
(a)配列番号41のヌクレオチド612〜2612によってコード化されるポリペプチドと少なくとも85%(例えば、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%)の配列同一性を有するポリペプチド、
(b)配列番号45と少なくとも85%(例えば、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%)の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチド、および/または
(c)アルギニンリッチ領域を含むポリペプチド
を含む;
(ii)前記遺伝子エレメントが、
(a)一本鎖、
(b)環状、および/または
(c)DNA、例えば、マイナス鎖DNA
である;
(iii)前記遺伝子エレメントが、以下の特徴:
(a)エンドヌクレアーゼ消化に対して抵抗性である、
(b)例えば定量PCRアッセイにより測定される場合、細胞当たり少なくとも10 2 、2×10 2 、5×10 2 、10 3 、2×10 3 、5×10 3 、または10 4 ゲノム当量の前記遺伝子エレメントを複製、例えば、産生することができる、および/または
(c)前記合成クロンが非統合性である、
のうちの1つまたは複数を有する;
(iv)前記遺伝子エレメントが、
(a)少なくとも70%(例えば、約70〜100%、75%〜95%、80〜95%、85%〜95%、または85%〜90%)の位置でGまたはCから構成される少なくとも100ヌクレオチド長である;
(b)表1、3、5、7、9または13の核酸配列のアネロウイルスGCリッチ領域と少なくとも85%の配列同一性を有する、
(c)以下:
CGGCGGX 1 GGX 2 GX 3 X 4 X 5 CGCGCTX 6 CGCGCGCX 7 X 8 X 9 X 10 CX 11 X 12 X 13 X 14 GGGGX 15 X 16 X 17 X 18 X 19 X 20 X 21 GCX 22 X 23 X 24 X 25 CCCCCCCX 26 CGCGCATX 27 X 28 GCX 29 CGGGX 30 CCCCCCCCCX 31 X 32 X 33 GGGGGGCTCCGX 34 CCCCCCGGCCCCCC
X 1 =GまたはC
X 2 =G、C、または非存在
X 3 =Cまたは非存在
X 4 =GまたはC
X 5 =GまたはC
X 6 =T、G、またはA
X 7 =GまたはC
X 8 =Gまたは非存在
X 9 =Cまたは非存在
X 10 =Cまたは非存在
X 11 =G、A、または非存在
X 12 =GまたはC
X 13 =CまたはT
X 14 =GまたはA
X 15 =GまたはA
X 16 =A、G、T、または非存在
X 17 =G、C、または非存在
X 18 =G、C、または非存在
X 19 =C、A、または非存在
X 20 =CまたはA
X 21 =TまたはA
X 22 =GまたはC
X 23 =G、T、または非存在
X 24 =Cまたは非存在
X 25 =G、C、または非存在
X 26 =GまたはC
X 27 =Gまたは非存在
X 28 =Cまたは非存在
X 29 =GまたはA
X 30 =GまたはT
X 31 =C、T、または非存在
X 32 =G、C、A、または非存在
X 33 =GまたはC
X 34 =Cまたは非存在(配列番号743)
のGCリッチ領域ヌクレオチド配列を有する、および/あるいは
(d)配列番号41のヌクレオチド2868〜2929と少なくとも85%(例えば、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%)の配列同一性を有する、
配列を含む;
(v)前記遺伝子エレメントが、配列番号41のヌクレオチド配列と少なくとも75%の同一性を有する;ならびに/あるいは
(vi)(a)前記プロモータエレメントが、野生型アネロウイルスに対して外性または内在性である、
(b)前記外性エフェクターが、治療薬、例えば、治療用ペプチドまたはポリペプチドあるいは治療用核酸をコード化する、
(c)前記外性エフェクターが、miRNA、siRNA、mRNA、lncRNA、RNA、DNA、アンチセンスRNA、gRNA、抗原、ペプチド、酵素、転写因子、ヌクレアーゼ、リガンド、抗体、受容体、またはCRISPR系若しくは成分を含む、
(d)前記外性エフェクターがmiRNAを含み、宿主遺伝子の発現を低減する、および/または
(e)前記外性エフェクターが、約20〜200、30〜180、40〜160、50〜140、又は60〜120ヌクレオチド長の核酸配列を含む;
(vii)前記外性エフェクターをコード化する前記核酸配列が、
(a)約20〜200、30〜180、40〜160、50〜140、又は60〜120ヌクレオチド長、および/または
(b)約100〜200、200〜300、300〜400、400〜500、500〜600、600〜700、700〜800、800〜900、900〜1000、1000〜1500、又は1500〜2000ヌクレオチド長
である;
(viii)前記外性エフェクターをコード化する配列が、
(a)ORF1遺伝子座(例えば、ORF1遺伝子座のC末端)、またはポリ−A領域下流の3’ノンコーディング領域の1つ若しくは複数に、その内部、又はそれに隣接して(例えば、5’若しくは3’側で)位置する;ならびに/あるいは
(ix)(a)前記エフェクターを除く前記遺伝子エレメントの部分が、約2.5〜5kb(例えば、約2.8〜4kb、約2.8〜3.2kb、約3.6〜3.9kb、又は約2.8〜2.9kb)、約5kb未満(例えば、約2.9kb、3.2kb、3.6kb、3.9kb、若しくは4kb)、又は少なくとも100ヌクレオチド(例えば、少なくとも1kb)の合計サイズを有する、
(b)前記遺伝子エレメントが、10kb、9kb、8kb、7kb、6kb、5kb、4kb、3kb、2kb、または1kb未満、例えば3〜4kbを有する、
(c)前記合成クロンが脂質二重層を含まない、および/または
(d)前記合成クロンが、哺乳動物細胞、例えば、免疫細胞、肝細胞、または肺上皮細胞に感染することができる、
請求項1〜4のいずれか一項に記載の合成クロン。 - (i)実質的に非病原性であり、例えば、被験者の検出可能な有害な症状(例えば、クロンに曝露されていない被験者と比較して、例えば、細胞死又は毒性の増大)を誘導しない;
(ii)実質的に非免疫原性であり、例えば、検出可能な及び/又は不要な免疫応答を誘導せず、必要に応じて、
前記実質的に非免疫原性のクロンが、被験者において、免疫応答が欠損する対照被験者における効力の少なくとも約10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又は100%である効力を有し、
前記免疫応答が、以下:前記クロンに対して特異的な抗体;前記クロン若しくは前記遺伝子エレメントを含む細胞に対する細胞応答(例えば、免疫エフェクター細胞(例えば、T細胞若しくはNK細胞)応答);前記クロン若しくは前記遺伝子エレメントを含む細胞に対する細胞のマクロファージ貪食のうち1つ又は複数を含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載の合成クロン。 - 少なくとも1000の前記合成クロンの集団が、
(i)少なくとも100コピーの前記遺伝子エレメントを1つ又は複数の真核細胞内に、
(ii)前記遺伝子エレメントを真核細胞の集団のうちの少なくとも10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%、若しくはそれ以上に、
(iii)細胞あたり少なくとも1、2、5、10、20、50、100、200、500、1000、2000、5000、8000、1×10 4 、1×10 5 、1×10 6 、1×10 7 、またはそれ以上のコピーの前記遺伝子エレメントを前記真核細胞の集団に、
(iv)細胞当たり1×10 4 〜1×10 5 、1×10 4 〜1×10 6 、1×10 4 〜1×10 7 、1×10 5 〜1×10 6 、1×10 5 〜1×10 7 、又は1×10 6 〜1×10 7 のコピーの前記遺伝子エレメントを前記真核細胞の集団に
送達することができる、請求項1〜6のいずれか1項に記載の合成クロン。 - 表2、4、6、8、10、若しくは14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載の合成クロン。
- 前記遺伝子エレメントが、表2、4、6、8、10、12、または14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF2t/3、ORF1、ORF1/1、またはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードする核酸配列を含む、請求項1〜8のいずれか1項に記載の合成クロン。
- 表2、4、6、8、10、12、または14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF2t/3、ORF1、ORF1/1、またはORF1/2から選択されるアミノ酸配列を含むポリペプチドを含まない、請求項1〜9のいずれか一項に記載の合成クロン。
- 前記合成クロンが、
(a)複製タンパク質およびキャプシドタンパク質の一方または両方をコードするポリヌクレオチドを含まない、
(b)複製欠損である、
(c)宿主細胞におけるタンパク質性外層内の前記遺伝子エレメントを閉じ込めるのに好適な条件下で、宿主細胞に前記遺伝子エレメントを導入することにより生成される、および/または
(d)哺乳動物被験体の細胞における治療用ポリペプチドまたは核酸の発現を指令する、
請求項1〜10のいずれか一項に記載の合成クロン。 - プロモータエレメントと、外性治療用エフェクターをコード化する核酸配列と、タンパク質結合配列とを含む核酸分子であって、前記核酸分子が、野生型アネロウイルスの保存ドメインと少なくとも85%の配列同一性を有する配列を含む、核酸分子。
- (a)表1、3、5、7、9または13の核酸配列のアネロウイルスGCリッチ領域と少なくとも85%の配列同一性を有する;および/または
(b)以下:
CGGCGGX 1 GGX 2 GX 3 X 4 X 5 CGCGCTX 6 CGCGCGCX 7 X 8 X 9 X 10 CX 11 X 12 X 13 X 14 GGGGX 15 X 16 X 17 X 18 X 19 X 20 X 21 GCX 22 X 23 X 24 X 25 CCCCCCCX 26 CGCGCATX 27 X 28 GCX 29 CGGGX 30 CCCCCCCCCX 31 X 32 X 33 GGGGGGCTCCGX 34 CCCCCCGGCCCCCC
X 1 =GまたはC
X 2 =G、C、または非存在
X 3 =Cまたは非存在
X 4 =GまたはC
X 5 =GまたはC
X 6 =T、G、またはA
X 7 =GまたはC
X 8 =Gまたは非存在
X 9 =Cまたは非存在
X 10 =Cまたは非存在
X 11 =G、A、または非存在
X 12 =GまたはC
X 13 =CまたはT
X 14 =GまたはA
X 15 =GまたはA
X 16 =A、G、T、または非存在
X 17 =G、C、または非存在
X 18 =G、C、または非存在
X 19 =C、A、または非存在
X 20 =CまたはA
X 21 =TまたはA
X 22 =GまたはC
X 23 =G、T、または非存在
X 24 =Cまたは非存在
X 25 =G、C、または非存在
X 26 =GまたはC
X 27 =Gまたは非存在
X 28 =Cまたは非存在
X 29 =GまたはA
X 30 =GまたはT
X 31 =C、T、または非存在
X 32 =G、C、A、または非存在
X 33 =GまたはC
X 34 =Cまたは非存在(配列番号743)
のGCリッチ領域ヌクレオチド配列
を有する配列をさらに含む、請求項12に記載の核酸分子。 - 表2、4、6、8、10、12、または14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF2t/3、ORF1、ORF1/1、またはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、またはそれに対して少なくとも85%の配列同一性有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード化する配列を含まない、請求項12または13に記載の核酸分子。
- 表2、4、6、8、10、12、または14のいずれかのORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF2t/3、ORF1、ORF1/1、またはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、またはそれに対して少なくとも85%の配列同一性有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード化する1または複数の配列を含む、請求項12または13に記載の核酸分子。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の合成クロン及び薬学的に許容される担体又は賦形剤を含む医薬組成物であって、必要に応じて、前記医薬組成物が、少なくとも10 3 、10 4 、10 5 、10 6 、10 7 、10 8 、又は10 9 個の合成クロンを含む、医薬組成物。
- 請求項1〜11のいずれか1項に記載の合成クロンと、表2、4、6、8、10、12、または14のORF2、ORF2/2、ORF2/3、ORF1、ORF1/1、若しくはORF1/2から選択されるアミノ酸配列、又はそれに対して少なくとも85%配列同一性を有するアミノ酸配列の1つ又は複数をコード化する第2の核酸配列とを含む細胞であって、前記第2の核酸配列が、前記遺伝子エレメントの一部ではない、細胞。
- 被験者の疾患又は障害の治療における使用のための、請求項1〜11のいずれか1項に記載の合成クロンを含む組成物又は請求項16に記載の医薬組成物であって、必要に応じて、前記疾患又は障害が、免疫障害、インターフェロン症(例えば、I型インターフェロン症)、感染症、免疫障害、自己免疫疾患、癌(例えば、固形腫瘍、例えば肺癌)、及び胃腸障害から選択される、組成物。
- 被験者の疾患又は障害を治療するための医薬の製造における、請求項1〜11のいずれか1項に記載の合成クロン、又は請求項16に記載の医薬組成物の使用であって、必要に応じて、前記疾患又は障害が、免疫障害、インターフェロン症(例えば、I型インターフェロン症)、感染症、免疫障害、自己免疫疾患、癌(例えば、固形腫瘍、例えば肺癌)、及び胃腸障害から選択される、使用。
- 真核細胞(例えば、哺乳類動物細胞、例えばヒト細胞)に外性エフェクターを送達するex vivo方法であって、前記方法が、
請求項1〜11のいずれか1項に記載の合成クロンまたは請求項16に記載の医薬組成物と、前記真核細胞(例えば、哺乳動物細胞、例えばヒト細胞)とを接触させるステップと、
それによって、前記真核脂肪に前記外性エフェクターを送達するステップと
を含む、方法。 - 合成クロン組成物を製造する方法であって、以下:
a)請求項1〜11のいずれか1項に記載の複数の合成クロン又は請求項16に記載の医薬組成物を提供するステップ;
b)任意選択で、以下:本明細書に記載される混入物、光学密度測定(例えば、OD260)、粒子数(例えば、HPLCにより)、感染力(例えば、粒子:感染単位比)のうち1つ又は複数について複数の合成クロンを評価するステップ;並びに
c)例えば、(b)のパラメータの1つ又は複数が、指定される閾値を満たしていれば、複数の合成クロンを、例えば、被験者への投与に好適な医薬組成物として製剤化するステップ
を含む、方法。 - 合成クロン組成物を製造する方法であって、前記方法が、請求項12〜15のいずれか1項に記載の核酸分子を、アネロウイルスORF1分子を含むタンパク質性外層内で前記核酸分子の前記遺伝子エレメントを閉じ込めるのに好適な条件下で、宿主細胞に導入するステップを含み、前記アネロウイルスORF1分子がシスまたはトランスで提供される、方法。
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