JP2020523705A - 正規化バイオマーカースコアからがん治療を特定するためのシステム及び方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、2017年6月13日に出願された「Systems and Methods for Identifying Cancer Treatments from Sequence Data」という名称の米国仮特許出願第62/518,787号及び2017年12月13日に出願された「Systems and Methods Identifying Cancer Treatments from Sequence Data」という名称の米国仮特許出願第62/598,440号の出願日の米国特許法第119条(e)に基づく利益を主張するものであり、これらの各々の全内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
る、第2の部分を含む、工程;並びに生成されたGUIを表示する工程を実施させる、システムが提供される。
提供される。
本記載の方法は、部分的には、付随する疾患情報と共に、対象(例えば、患者)の人体計測パラメーター、臨床パラメーター、腫瘍パラメーター、及び/又はがん性細胞微小環境パラメーター、並びに腫瘍及び/又はがん性細胞パラメーターに基づく。そのような分析には、患者の腫瘍生検の又は患者の他の組織に由来するトランスクリプトーム配列決定、エクソーム配列決定、及び/又はゲノム配列決定に由来するもの等の配列データが好適であるが、任意のタイプの配列データを使用することができる。これらに限定されないが、腫瘍及び/又はがん性細胞プロテオミクス分析;免疫組織化学染色;フローサイトメトリー;血液、尿、及び他の生体液の標準的臨床測定;1つ又は複数の腫瘍及び臓器の生検;X線、超音波、音波、又は磁気共鳴画像シンチレーション研究(magnetic resonance imaging scintillation studies)等を含む任意の方法により得られる画像等、他の患者パラメーター、がん性細胞パラメーター、又は腫瘍パラメーター、又は微小環境パラメーターに関する追加データも考慮することができる。こうした用語では、これらに限定されないが、病期、性別、年齢、腫瘍突然変異、がん性細胞突然変異、血液分析、生検のIHC等を含む、一患者を別の患者と区別する特徴は全て、患者パラメーターと呼ばれ、アルゴリズムに含まれていてもよい。対象(例えば、患者)、腫瘍のタイプ、又はがん性細胞のタイプのパラメーターは、学術雑誌に発表された群臨床治験で特定されている場合もあり、又は臨床的に認可されている分析、治療選択肢の指針(FDA、NIH、NCCN、CPIC等)、若しくは他所で積極的に使用されている場合もある。こうしたパラメーターは、バイオマーカーであり、それらの有無及び/又はレベルは、治療応答又は患者生存と統計的に有意に関連する場合がある(例えば、相関性は、ゼロから遠ざかる少なくとも閾値量であってもよい)。
本開示の態様は、複数のバイオマーカーから、がん治療の有効性を予測するためのシステム及び方法に関する。本明細書で使用される場合、用語「バイオマーカー」は、対象における療法の効果又はその欠如を予測するために使用することができる生体分子(例えば、遺伝子又はタンパク質)、がん(例えば、腫瘍タイプ)又は対象(例えば、対象の年齢)の任意の情報(又は任意のパラメーター)を指す。したがって、「バイオマーカー情報」又は「バイオマーカー値」は、本明細書で使用される場合、バイオマーカーに関する任意の情報を指す。非限定的な例として、バイオマーカーが年齢である場合、バイオマーカー値(例えば、バイオマーカーに関する情報)は、32歳の患者の場合、32であってもよい。
本開示の態様は、バイオマーカースコアを共通の尺度に正規化し、それにより異なる細胞集団にわたって及び/又は異なる対象中でバイオマーカースコアの比較を可能にするシステム及び方法を提供する。
本明細書に記載のようなバイオマーカー情報は、様々な供給源から得ることができる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、患者に由来する生物学的試料を分析することにより得ることができる。生物学的試料は、患者の1つ又は複数の治療の有効性を予測するための本明細書に記載の方法を実施する前に分析されていてもよい。一部のそのような実施形態では、生物学的試料から得られるデータは、患者の1つ又は複数の治療の有効性を予測するための本明細書に記載の技法の実施中に保存(例えば、データベースに)及びアクセスすることができる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、少なくとも1人の患者のバイオマーカー情報を含むデータベースから得られる。
対象(つまり、患者又は個体)に由来する任意の生物学的試料を、本明細書に記載のように分析して、バイオマーカー情報を得ることができる。一部の実施形態では、生物学的試料は、がん性細胞又は前がん性細胞を有することが知られているか又は有することが疑われる対象に由来する任意の試料であってもよい。
本明細書に記載のシステム及び方法は、少なくとも部分には、患者及び/又は患者のがんのあるバイオマーカーの特定及び特徴付けに基づく。そのような情報は、対象(例えば、患者)の生物学的試料から本明細書に記載のように得ることができる。
バイオマーカーと関連する情報を含む任意のデータセットを使用して、本明細書に記載のようにバイオマーカー情報を得ることができる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、1つ又は複数のデータベース及び/又は任意の他の好適な電子データレポジトリから得ることができる。データベースの例としては、これらに限定されないが、CGP(Cancer Genome Project)、CPTAC(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium)、ICGC(International Cancer Genome Consortium)、及びTCGA(The Cancer Genome Atlas)が挙げられる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、臨床治験に関連するデータから得ることができる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、1つ又は複数の類似薬物(例えば、PD-1阻害剤等の類似クラスの薬物)に基づく臨床治験との関連で予測することができる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、病院データベースから得ることができる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、商業的配列決定供給業者から得ることができる。一部の実施形態では、バイオマーカー情報は、対象(例えば、患者)及び/又は対象(例えば、患者)の親族、保護者、若しくは代理人から得ることができる。
本明細書に記載の生物学的試料はいずれも、従来のアッセイ又は本明細書に記載のものを使用して発現データを得るために使用することができる。発現データは、一部の実施形態では、遺伝子発現レベルを含む。遺伝子発現レベルは、mRNA及び/又はタンパク質等の、遺伝子発現の産物を検出することにより検出することができる。
本明細書で挙げられている種々の遺伝子は、一般的に、ヒト遺伝子命名法を使用して命名される。種々の遺伝子は、一部の実施形態では、発表された学術雑誌論文等の公的に入手可能な資源に記載されている。遺伝子名は、例えば、www.ncbi.nlm.nih.govにて利用可能なNCBI GenBank(登録商標)データベース;www.genenames.orgにて利用可能なHUGO(Human Genome Organization) Gene Nomination Committee (HGNC)データベース;www.david.ncifcrf.govにて利用可能なDAVID Bioinformatics Resourceを使用することにより追加情報(配列情報を含む)と関連付けることができる。遺伝子は、その遺伝子のバリアントを全て包含することができることが認識されるべきである。ヒト対象以外の生物又は対象の場合、対応する特異的な特定の遺伝子(specific-specific gene)を使用してもよい。別名、等価物、及び密接に関連する遺伝子(他の生物に由来する遺伝子を含む)は、上記に記載のNCBI GenBank(登録商標)データベースを含む、類似のデータベースを使用して特定することができる。
本明細書に記載のような患者及び/又は患者の生物学的試料に由来する正規化バイオマーカースコアを、例えば、特定の治療(例えば、免疫療法)に好適な対象を特定すること、及び/又は特定の治療に対する患者の応答又はその欠如の可能性を予測することを含む、種々の臨床目的に使用することができる。したがって、本明細書には、患者のバイオマーカー値に基づいて、療法有効性、例えば免疫療法、を予測するための予後法が記載されている。加えて、本明細書に記載のシステム及び方法を使用して、患者のバイオマーカー値に基づいて、患者(対象)が特定の療法に対して1つ又は複数の有害反応を示す可能性があるか又は示す可能性がないか(例えば、対象が、チェックポイント遮断療法に対して免疫媒介性有害反応を示す可能性が高いか、及び/又はチェックポイント遮断療法に対して免疫媒介性有害反応を示さない可能性が高いかどうか)を予測することができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載のシステム及び方法を使用して、療法の効力を経時的に評価することができる。一部の実施形態では、本開示の態様は、候補療法の投与前又は投与後の試料から得られる正規化バイオマーカースコアを使用して、その療法の有効性を決定するための方法及びシステムを提供する。また、一部の実施形態では、そのような方法を使用して、患者又は対象に使用される候補療法を選択することができる。ある特定の実施形態では、そのような方法を使用して、候補療法の効果を評価することができ、効果は、本明細書に記載の一部の実施形態に従って効果スコアを決定することにより定量化することができる。
本開示の態様は、一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、特定の療法に対する患者の応答又はその欠如を示す対象のバイオマーカースコアを決定するためのコンピュータ実装法を提供する。
一部の実施形態では、ソフトウェアプログラムは、グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を使用して、患者のバイオマーカー値(例えば、バイオマーカースコア及び/又は療法スコア及び/又は効果スコア)及び1つ又は複数の療法の予測される有効性又は決定された有効性に関する情報を提示する視覚的表示を使用者に提供することができる。
本明細書に記載のある特定の方法又はシステムでは、対象(例えば、ヒト)に対して、療法の投与に関する推奨はなされない。本明細書で記載される、ある特定の方法では、有効量の、本明細書で記載される抗がん治療を、適切な経路(例えば、静脈内投与)を介して、処置を必要とする対象(例えば、ヒト)へと投与するか、又はこれへの投与のために推奨することができる。
ビシン薬剤、ダウノルビシン、エピルビシン、及びこれらの類縁体又は誘導体);アントラセンジオン(例えば、ミトキサントロン及びこれらの類縁体又は誘導体);ストレプトマイセス属(Streptomyces)ファミリーの抗生剤(例えば、ブレオマイシン、マイトマイシンC、アクチノマイシン、及びプリカマイシン)等の抗生剤;並びに紫外光を含むがこれらに限定されない。
単剤療法と比較して、処置法の組合せは、多くの研究において、高度な有効性を示したが、組み合わされる治療法の選出し、及び組合せ療法レジメンのデザインについては、依然として手探りのままである。今や、可能な組合せの数は、著しく大きいので、特定の患者についての客観的な情報に基づき、薬物及び治療法の組合せを選択する一助となるツールが、強く必要とされている。特異的組合せ療法をデザインするか、又は選択するための、本明細書で記載されるバイオマーカーの使用は、調製物の最適な組合せを選び出すための、科学的な基礎を確立する。
正規化バイオマーカー値の算出
バイオマーカーセットの取得
任意の数のバイオマーカーを使用し、本明細書で提供される技法を使用して、療法有効性を予測することができる。本明細書で使用されるバイオマーカーを、Table 1(表1)に示されている発表済みの臨床研究から得た。
様々なパラメーター(例えば、T細胞数、MHCタンパク質発現、BRAF突然変異等)又はバイオマーカー「閾値」の値が明確に解釈できなかったパラメーターを分析するため、バイオマーカー値を正規化するための方法を開発した。正規化バイオマーカー値は、本明細書では「高」、「中」、及び「低」と記載し、数学的に高い値は1に対応し、数学的に低い値は-1に対応する。
ユニットステップ関数(unit step function)a):
又は
平坦化ユニットステップ関数(Flattened unit step function)b):
バイオマーカーには、バイオマーカーが大規模患者コホートから得られたか又は小規模患者コホートから得られたかに基づき、それらの予測有意性を示す加重を割り当てた。大規模患者コホートを使用した研究から得られたバイオマーカーは、より高い予測有意性を有する可能性があり、したがって、そうしたバイオマーカーの初期数値加重には、3を割り当てた。小規模患者コホートを使用した研究から得られたバイオマーカーは、より低い予測有意性を有する可能性があり、したがって、そうしたバイオマーカーの初期数値加重には、1を割り当てた。
バイオマーカーから算出された療法スコア
療法スコアを、それらの「加重」を掛けた正規化バイオマーカー値の合計を使用して、5人の患者について算出した。患者1及び患者2は、より多くの正のバイオマーカーを有し、したがってより高い療法スコアを有した(図4)。患者4は、同様の数の正及び負のバイオマーカーを有し、患者5は、中間値のバイオマーカーを有した。したがって、こうした患者の療法スコアはゼロであった(図4)。患者3は、より多数の負のバイオマーカーを有し、したがって負の療法スコアを有した(図4)。
療法スコアは治療応答を予測した
様々な療法の療法スコアを、抗PD1療法ペムブロリズマブに対するそれらの応答に関して、不応答性患者(患者1)及び応答性患者(患者2)について算出した。算出された療法スコアに基づくと、患者1は、抗CTLA4療法、IL-2療法、ワクチン療法、及びベバシズマブを含む他の治療に対して不応答性である可能性が高かった(図5)。しかしながら、患者1の療法スコアは、IFN-α療法に対して応答性である可能性が高いことを予測した(図5)。患者2の療法スコアは、各治療に対して応答性である可能性が高いことを予測した。こうした結果は、療法スコアが、療法に対する応答性及び不応答性を両方とも予測したことを実証する。
バイオマーカー加重最適化は療法スコア予測精度を向上させた
Hugoらから得られた抗PD1療法データセットを使用して、バイオマーカー加重最適化を用いて算出された療法スコアの予測精度を、バイオマーカー加重最適化を用いずに算出されたものと比較した。バイオマーカー加重最適化を用いずに算出された療法スコアは、本研究では患者の73%で療法スコアを正確に算出した(図8A)。バイオマーカー加重最適化を用いた療法スコアの計算は、予測率を85%に向上させた。バイオマーカー加重最適化は、豊富に存在するバイオマーカーには、療法応答を予測するためにより高い重要性を割り当てたランダムフォレスト回帰を使用して特徴重要性を計算することを含んでいた(図8C)。バイオマーカー加重をロジスティク回帰モデルで再計算して、療法応答の最良の予測を得た(図8D)。
様々な療法について算出された療法スコア
様々な組合せのバイオマーカーを、様々な療法の療法スコアを算出するために使用した。抗PD1療法(Tables 4 to 5(表4〜表5))、aCTLA4療法(Tables 6 to 7(表6〜表7))、IFNα療法(Tables 9 to 10(表9〜表10))、抗血管新生療法(Table 11(表11))で治療された各患者の正規化バイオマーカー値を算出した。
Hugoら、Genomic and Transcriptomic Features of Response to Anti-PD-1 Therapy in Metastatic Melanoma、Cell、165巻、35〜44頁(2016年)
Van Allenら、Genomic Correlates of Response to CTLA-4 Blockade in Metastatic Melanoma、Science、350巻(6257号):302〜22頁(2015年)
一態様では、本明細書には、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーと、バイオマーカー情報を格納する少なくとも1つのデータベースと、プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体とを含むシステムであって、プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;配列決定データ及びバイオマーカー情報を使用して、複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアを決定して、対象の一組の正規化バイオマーカースコアを得る工程であって、複数のバイオマーカーの対象サブセットは、複数のバイオマーカーの参照サブセットのサブセットである、工程;及び対象の一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、複数の療法の療法スコアを決定する工程であって、療法スコアの各々は、複数の療法の対応する療法の投与に対する対象の予測応答を示す、工程を実施させる、システムが提供される。
、第2の部分を含む、工程;並びに生成されたGUIを表示する工程を実施させる、システムが提供される。
提供される。
本明細書では、「プログラム」又は「ソフトウェア」という用語は、上記で論じた実施形態の多様な態様を実施する、コンピュータ又は他のプロセッサー(物理的なコンピュータ若しくは他のプロセッサー又はバーチャルのコンピュータ若しくは他のプロセッサー)をプログラムするのに援用され得る、任意のタイプのコンピュータコード又はプロセッサー実行可能な命令の組を指すように、一般的な意味で使用される。加えて、一態様に従い、実行されると、本明細書で記載される技術の方法を実施する、1つ又は複数のコンピュータプログラムは、単一のコンピュータ又はプロセッサーに常駐される必要がなく、異なるコンピュータ又はプロセッサーの間で、モジュール的に分配して、本明細書で記載される技術の多様な態様を実施することができる。
102 患者
104 実験室
106 データベース
108 ネットワーク
110 サーバー
112 コンピューティングデバイス
114 医師
116 外部データベース
150 グラフィカルユーザインターフェース/GUI
152 患者情報部分
154 免疫療法部分
156 有効性予測因子部分
158 標的療法選択部分
160 分子機能(MF)ポートレイト部分
162 臨床試験情報部分
170 グラフィカルユーザインターフェース
172 患者情報部分
174 免疫療法部分
176a 有効性予測因子部分
176b 有効性予測因子部分
178 標的療法選択部分
182a 臨床試験情報部分
182b 臨床試験情報部分
1500 コンピュータシステム
1510 コンピュータハードウェアプロセッサー
1520 メモリ
1530 非揮発性記憶デバイス
200 方法
220 方法
240 方法
260 方法
280 方法
202 工程
204 工程
206 工程
208 工程
222 工程
224 工程
226 工程
228 工程
230 工程
242 工程
244 工程
246 工程
248 工程
262 工程
264 工程
266 工程
268 工程
282 工程
284 工程
286 工程
288 工程
Claims (194)
- 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーと、
バイオマーカー情報を格納する少なくとも1つのデータベースと、
プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体とを含むシステムであって、前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
前記少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアを決定し、前記対象の一組の正規化バイオマーカースコアを得る工程であって、前記複数のバイオマーカーの前記対象サブセットは、前記複数のバイオマーカーの前記参照サブセットのサブセットである、工程;及び
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記複数の療法の療法スコアを決定する工程であって、前記療法スコアの各々は、前記複数の療法の対応する療法の投与に対する前記対象の予測応答を示す、工程
を実施させる、システム。 - 前記複数のバイオマーカーは、第1のバイオマーカーを含み、前記複数のバイオマーカーの少なくとも前記対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアの決定は、
前記第1のバイオマーカーの値の分布を使用して、前記第1のバイオマーカーの第1の正規化スコアを決定する工程
を含む、請求項1に記載のシステム。 - 前記第1の正規化スコアの決定は、
前記配列決定データを使用して、前記第1のバイオマーカーの第1の未正規化スコアを決定する工程、
前記第1のバイオマーカーの値の第1の分布に基づいて、第1のZ-スコアを決定する工程、及び
前記第1の未正規化スコア及び前記、第1のZ-スコアに基づいて、前記第1のバイオマーカーの前記第1の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項2に記載のシステム。 - 前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの合計として決定する工程を含む、請求項1又は請求項1から3のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、少なくとも部分的には、
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの加重を決定する工程、及び
前記第1の療法スコアを、2つ又はそれよりも多くのスコアの加重和として決定し、前記和の被加数は、前記決定された加重により加重されている、請求項1又は請求項1から4のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記加重の決定は、統計モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項5又は請求項1から5のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記加重の決定は、一般線形モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項6又は請求項1から6のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記加重の決定は、ロジスティック回帰モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項6又は請求項1から6のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数の療法は、第1の療法及び前記第1の療法とは異なる第2の療法を含み、前記複数の療法の療法スコアの決定は、
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの第1のサブセットを使用して、前記第1の療法の第1の療法スコアを決定する工程、及び
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの第2のサブセットを使用して、前記第2の療法の第2の療法スコアを決定する工程を含み、
前記第2のサブセットは、前記第1のサブセットとは異なる、請求項1又は請求項1から8のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記決定された療法スコアを使用者に提供する工程を更に実施させる、請求項1又は請求項1から9のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記決定された療法スコアに基づいて前記複数の療法を順位付けする工程を更に実施させる、請求項1又は請求項1から10のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記決定された療法スコアに基づいて、前記対象のために前記複数の療法の少なくとも1つを推奨する工程を更に実施させる、請求項1又は請求項1から11のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記複数の療法の前記少なくとも1つの推奨は、
前記決定された療法スコアに基づいて前記複数の療法を順位付けする工程、及び
前記対象のために、少なくとも閾値数の上位療法を推奨する工程を含む、請求項12に記載のシステム。 - 前記複数の療法は、抗PD1療法、抗CTLA4療法、IL-2療法、IFNアルファ療法、抗がんワクチン療法、抗血管新生療法、及び抗CD20療法からなる群から選択される少なくとも2つの療法を含む、請求項1又は請求項1から13のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗PD1療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項14又は請求項1から14のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項15又は請求項1から15のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CTLA4療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項14又は請求項1から16のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項17又は請求項1から17のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記IL-2療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項14又は請求項1から18のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項19又は請求項1から19のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記IFNアルファ療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項14又は請求項1から20のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項21又は請求項1から21のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗がんワクチン療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項14又は請求項1から22のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項23又は請求項1から23のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗血管新生療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項14又は請求項1から24のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項25又は請求項1から24のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CD20療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗CD20療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項14又は請求項1から26のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗CD20療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項27又は請求項1から27のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CD20療法は、リツキシマブである、請求項27又は請求項1から28のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記グラフィカルユーザインターフェース(GUI)は、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、第1の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の部分であって、前記第2の部分は、前記第1の複数のGUI要素とは異なる第2の複数のGUI要素を含み、前記第2の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、第2の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第2の部分を含む、工程;並びに
前記生成されたGUIを表示する工程を更に実施させる、請求項1又は請求項1から29のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記少なくとも1つの視覚的特徴は、GUI要素の色及び/又は前記GUI要素のサイズを含む、請求項30又は請求項1から30のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記GUIを介した前記第1の療法の使用者選択の受領に応答して、前記第1の複数のGUI要素の少なくとも1つが関連する少なくとも1つのバイオマーカーに関する情報を、前記GUIを介して提示する工程を更に実施させる、請求項30又は請求項1から31のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記第1の療法は、第1の療法スコアと関連し、前記第2の療法は、第2の療法スコアと関連し、前記第1の部分及び前記第2の部分は、前記第1の療法スコア及び前記第2の療法スコアの相対的な大きさに基づき、互いに対して前記GUIに配置される、請求項30又は請求項1から32のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数のバイオマーカーの各々は、遺伝子バイオマーカー、細胞バイオマーカー、サッカライドバイオマーカー、脂質バイオマーカー、ヘテロ環バイオマーカー、元素化合物バイオマーカー、画像バイオマーカー、人類学的バイオマーカー、個人的習慣バイオマーカー、疾患状態バイオマーカー、及び発現バイオマーカーからなる群から選択される、請求項1又は請求項1から33のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、本明細書及び/又は図面に記載の遺伝子又はマーカーを含む、請求項34又は請求項1から34のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、インターフェロン、細胞傷害性タンパク質、酵素、細胞接着タンパク質、細胞外マトリックスタンパク質及びポリサッカライド、細胞成長因子、細胞分化因子、転写因子、並びに細胞内シグナル伝達タンパク質からなる群から選択される、請求項33又は請求項1から35のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、サイトカイン、ケモカイン、ケモカイン受容体、及びインターロイキンからなる群から選択される、請求項34又は請求項1から36のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の細胞バイオマーカーの値は、前記生物学的試料内の1つ若しくは複数のタイプの細胞の数又は1つ若しくは複数のタイプの細胞のパーセンテージの分析により決定される、請求項34又は請求項1から37のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数のタイプの細胞は、悪性がん性細胞、白血球、リンパ球、間質細胞、血管内皮細胞、血管周皮細胞、及び骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)からなる群から選択される、請求項38に記載のシステム。
- 1つ又は複数の発現バイオマーカーの値は、前記発現バイオマーカーの核酸又はタンパク質の発現レベル又は酵素活性の分析により決定される、請求項34又は請求項1から39のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、DNA配列決定データ、RNA配列決定データ、又はプロテオーム配列決定データの1つ又は複数である、請求項1又は請求項1から40のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、以下の技法:全ゲノム配列決定(WGS)、全エクソーム配列決定(WES)、全トランスクリプトーム配列決定、mRNA配列決定、DNA/RNAハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、DNA/RNAチップ、PCR、及び一塩基多型(SNP)遺伝子型決定の1つ又は複数を使用して得られる、請求項1又は請求項1から41のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの生物学的試料の各々は、体液、細胞試料、液体生検、又は組織生検である、請求項1又は請求項1から42のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記組織生検は、がん性細胞を有することが判明しているか又は有することが疑われる1つ又は複数の腫瘍又は組織に由来する1つ又は複数の試料を含む、請求項43又は請求項1から43のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記バイオマーカー情報は、以下のタイプの分析:血液分析、血球算出分析、組織学的分析、免疫組織学的分析、及び患者履歴分析の1つ又は複数の結果も含む、請求項1又は請求項1から44のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法の各々は、手術、放射線治療、化学療法、免疫療法、ウイルス療法、標的療法、ホルモン療法、移植、光線療法、凍結療法、及び温熱療法からなる群から選択される、請求項1又は請求項1から45のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法の各々は、免疫療法及び標的療法から選択される、請求項1又は請求項1から46のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法スコアは、前記複数の療法の1つの療法の投与に対する前記対象の応答を示す、請求項1又は請求項1から47のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法スコアは、前記複数の療法中の複数の療法の投与に対する前記対象の予測応答を示す、請求項1又は請求項1から48のいずれか一項に記載のシステム。
- プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体であって、前記プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアを決定して、前記対象の一組の正規化バイオマーカースコアを得る工程であって、前記複数のバイオマーカーの前記対象サブセットは、前記複数のバイオマーカーの前記参照サブセットのサブセットである、工程;及び
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記複数の療法の療法スコアを決定する工程であって、前記療法スコアの各々は、前記複数の療法の対応する療法の投与に対する前記対象の予測応答を示す、工程
を実施させる、少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーを使用して、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアを決定して、前記対象の一組の正規化バイオマーカースコアを得る工程であって、前記複数のバイオマーカーの前記対象サブセットは、前記複数のバイオマーカーの前記参照サブセットのサブセットである、工程;及び
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記複数の療法の療法スコアを決定する工程であって、前記療法スコアの各々は、前記複数の療法の対応する療法の投与に対する前記対象の予測応答を示す、工程
を実施する工程を含む方法。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーと、
バイオマーカー情報を格納する少なくとも1つのデータベースと、
プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体とを含むシステムであって、前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
候補療法を投与する前に、対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する第1の配列決定データを得る工程;
前記候補療法を投与した後に、前記対象の少なくとも1つの他の生物学的試料に関する第2の配列決定データを得る工程;
前記少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程;
前記第1及び第2の配列決定データ並びに前記バイオマーカー情報を使用して、前記対象の第1の一組の正規化バイオマーカースコア及び前記対象の第2の一組の正規化バイオマーカースコアを決定する工程;及び
前記対象の前記第1の一組の及び第2の一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記候補療法の効果スコアを決定する工程であって、前記効果スコアは、前記候補療法の投与に対する前記対象の応答を示す、工程
を実施させる、システム。 - 前記候補療法の効果スコアの決定は、
前記第1の一組の及び第2の一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの差異スコアを決定して、前記対象の一組のバイオマーカー差異スコアを得る工程、及び
前記一組のバイオマーカー差異スコアを使用して、前記候補療法の効果スコアを決定する工程
を更に含む、請求項52又は請求項1から52のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記候補療法の効果スコアの決定は、
前記第1の一組の及び第2の一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記複数のバイオマーカーの前記対象サブセットの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程、
対象サブセット差異スコアを決定する工程であって、前記対象サブセット差異スコアは、前記第1及び第2の対象サブセットスコアを使用して決定される、工程、及び
前記対象サブセット差異スコアを使用して、前記候補療法の効果スコアを決定する工程
を更に含む、請求項52又は請求項1から53のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記候補療法は、抗PD1療法、抗CTLA4療法、IL-2療法、IFNアルファ療法、抗がんワクチン療法、抗血管新生療法、及び抗CD20療法からなる群から選択される、請求項52又は請求項1から54のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗PD1療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項55又は請求項1から55のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象のバイオマーカー差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の差異スコアを決定する工程を含む、請求項56又は請求項1から56のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の対象サブセット差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程を含む、請求項56又は請求項1から57のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CTLA4療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項55又は請求項1から58のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象のバイオマーカー差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の差異スコアを決定する工程を含む、請求項59又は請求項1から59のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の対象サブセット差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程を含む、請求項59又は請求項1から60のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記IL-2療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項55又は請求項1から61のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象のバイオマーカー差異スコアの決定は、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の差異スコアを決定する工程を含む、請求項62又は請求項1から62のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の対象サブセット差異スコアの決定は、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程を含む、請求項62又は請求項1から63のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記IFNアルファ療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項55又は請求項1から64のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象のバイオマーカー差異スコアの決定は、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の差異スコアを決定する工程を含む、請求項65又は請求項1から65のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の対象サブセット差異スコアの決定は、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程を含む、請求項65又は請求項1から66のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗がんワクチン療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項55又は請求項1から67のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象のバイオマーカー差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の差異スコアを決定する工程を含む、請求項68又は請求項1から68のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の対象サブセット差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程を含む、請求項68又は請求項1から69のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗血管新生療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項55又は請求項1から70のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象のバイオマーカー差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の差異スコアを決定する工程を含む、請求項71又は請求項1から71のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の対象サブセット差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程を含む、請求項71又は請求項1から72のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CD2療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗CD2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項55又は請求項1から73のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象のバイオマーカー差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗CD2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの差異スコアを決定する工程を含む、請求項74又は請求項1から74のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の対象サブセット差異スコアの決定は、Table 2(表2)の抗CD2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの第1及び第2の対象サブセットスコアを決定する工程を含む、請求項74又は請求項1から75のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CD20療法は、リツキシマブである、請求項74又は請求項1から76のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記グラフィカルユーザインターフェース(GUI)は、
前記候補療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記対応するバイオマーカーの差異スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分を含む、工程、及び
前記生成されたGUIを表示する工程を更に実施させる、請求項52又は請求項1から77のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記グラフィカルユーザインターフェース(GUI)は、
前記候補療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記対象サブセット差異スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分を含む、工程、及び
前記生成されたGUIを表示する工程を更に実施させる、請求項52又は請求項1から78のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記少なくとも1つの視覚的特徴は、GUI要素の色及び/又は前記GUI要素のサイズを含む、請求項78又は請求項1から79のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記GUIを介した前記候補療法の使用者選択の受領に応答して、前記第1の複数のGUI要素の少なくとも1つが関連する少なくとも1つのバイオマーカーに関する情報を、前記GUIを介して提示する工程を更に実施させる、請求項76又は請求項1から80のいずれか一項に記載のシステム。 - 少なくとも前記対象サブセットの各バイオマーカーの差異スコアの決定は、
前記第1の配列決定データを使用して、第1のバイオマーカーの第1の正規化スコアを決定する工程、
前記第2の配列決定データを使用して、前記第1のバイオマーカーの第2の正規化スコアを決定する工程、及び
前記第1及び第2の正規化スコア間の差異に基づいて第1の差異スコアを決定する工程
を含む、請求項52又は請求項1から81のいずれか一項に記載のシステム。 - 少なくとも前記対象サブセットの各バイオマーカーの差異スコアの決定は、
前記第1の配列決定データを使用して、少なくとも3つのバイオマーカーの第1の対象サブセットスコアを決定する工程、
前記第2の配列決定データを使用して、少なくとも3つのバイオマーカーの第2の対象サブセットスコアを決定する工程、及び
前記第1及び第2の対象サブセットスコア間の差異に基づいて第1の対象サブセット差異スコアを決定する工程
を含む、請求項52又は請求項1から82のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記バイオマーカー情報は、前記第1のバイオマーカーの値の、第1の群の人々にわたる第1の分布を含み、前記第1の正規化スコアの決定は、
前記第1の配列決定データを使用して、前記第1のバイオマーカーの第1の未正規化スコアを決定する工程、
前記第1のバイオマーカーの値の前記第1の分布に基づいて第1のZ-スコアを決定する工程、及び
前記第1の未正規化スコア及び前記第1のZ-スコアに基づいて、前記第1のバイオマーカーの第1の正規化スコアを決定する工程
を含む、請求項82又は請求項1から83のいずれか一項に記載のシステム。 - プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体であって、前記プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに
候補療法を投与する前に、対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する第1の配列決定データを得る工程、
前記候補療法を投与した後に、前記対象の少なくとも1つの他の生物学的試料に関する第2の配列決定データを得る工程、
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程、
前記第1及び第2の配列決定データ並びに前記バイオマーカー情報を使用して、前記対象の第1の一組の正規化バイオマーカースコア及び前記対象の第2の一組の正規化バイオマーカースコアを決定する工程、及び
前記対象の前記第1の一組の及び第2の一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記候補療法の効果スコアを決定する工程であって、前記効果スコアは、前記候補療法の投与に対する前記対象の応答を示す、工程
を実施させる、少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーを使用して、
候補療法を投与する前に、対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する第1の配列決定データを得る工程、
前記候補療法を投与した後に、前記対象の少なくとも1つの他の生物学的試料に関する第2の配列決定データを得る工程、
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくともつの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程、
前記第1及び第2の配列決定データ並びに前記バイオマーカー情報を使用して、前記対象の第1の一組の正規化バイオマーカースコア及び前記対象の第2の一組の正規化バイオマーカースコアを決定する工程、及び
前記対象の前記第1の一組の及び第2の一組の正規化バイオマーカースコアを使用して、前記候補療法の効果スコアを決定する工程であって、前記効果スコアは、前記候補療法の投与に対する前記対象の応答を示す、工程
を実施する工程を含む方法。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーと、
バイオマーカー情報を格納する少なくとも1つのデータベースと、
プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体とを含むシステムであって、前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
前記少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の一組のバイオマーカーの第1の一組の正規化スコア、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の一組のバイオマーカーの第2の一組の正規化スコアを決定する工程であって、前記第1の一組のバイオマーカーは、前記第2の一組のバイオマーカーとは異なる、工程;
前記第1の一組の正規化スコアを入力として統計モデルに提供して、前記第1の療法の第1の療法スコアを得る工程;
前記第2の一組の正規化スコアを入力として前記統計モデルに提供して、前記第2の療法の第2の療法スコアを得る工程;
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記GUIは、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第1の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の部分であって、前記第2の部分は、前記第1の複数のGUI要素とは異なる第2の複数のGUI要素を含み、前記第2の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第2の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第2の部分を含む、工程;並びに
前記生成されたGUIを表示する工程
を実施させる、システム。 - 前記複数のバイオマーカーは、第1のバイオマーカーを含み、前記複数のバイオマーカーの少なくとも前記対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアの決定は、
前記第1のバイオマーカーの値の分布を使用して、前記第1のバイオマーカーの第1の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項87に記載のシステム。 - 前記第1の正規化スコアの決定は、
前記配列決定データを使用して、前記第1のバイオマーカーの未正規化スコアを決定する工程、
前記第1のバイオマーカーの値の第1の分布に基づいてZ-スコアを決定する工程、及び
前記未正規化スコア及び前記Z-スコアに基づいて、前記第1のバイオマーカーの正規化スコアを決定する工程
を含む、請求項88に記載のシステム。 - 前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの合計として決定する工程を含む、請求項87又は請求項1から89のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、少なくとも部分的には、
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの加重を決定すること、及び
前記第1の療法スコアを、前記2つ又はそれよりも多くのスコアの合計として決定し、前記合計の被加数は、前記決定された加重により加重されていること
により決定される、請求項87又は請求項1から90のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記加重の決定は、機械学習技法を使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項91又は請求項1から91のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記加重の決定は、一般線形モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項91又は請求項1から92のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記加重の決定は、ロジスティック回帰モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項91又は請求項1から93のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数の療法は、第1の療法及び前記第1の療法とは異なる第2の療法を含み、前記複数の療法の療法スコアの決定は、
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの第1のサブセットを使用して、前記第1の療法の第1の療法スコアを決定する工程、及び
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの第2のサブセットを使用して、前記第2の療法の第2の療法スコアを決定する工程を含み、
前記第2のサブセットは、前記第1のサブセットとは異なる、請求項86又は請求項1から94のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記決定された療法スコアに基づいて、前記対象のために、前記複数の療法の少なくとも1つを推奨する工程を更に実施させる、請求項87又は請求項1から95のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記決定された療法スコアに基づいて、前記複数の療法を順位付けする工程を更に実施させる、請求項87又は請求項1から96のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記複数の療法の少なくとも1つの推奨は、
前記決定された療法スコアに基づいて、前記複数の療法を順位付けする工程、及び
前記対象のために少なくとも閾値数の上位療法を推奨する工程を更に実施させる、請求項96又は請求項1から97のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記複数の療法は、抗PD1療法、抗CTLA4療法、IL-2療法、IFNアルファ療法、抗がんワクチン療法、抗血管新生療法、及び抗CD20療法からなる群から選択される少なくとも2つの療法を含む、請求項87又は請求項1から98のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗PD1療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項99又は請求項1から99のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項100又は請求項1から100のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CTLA4療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項99又は請求項1から101のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項102又は請求項1から102のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記IL-2療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項99又は請求項1から103のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項104又は請求項1から104のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記IFNアルファ療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項99又は請求項1から105のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項106又は請求項1から106のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗がんワクチン療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項99又は請求項1から107のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項108又は請求項1から108のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗血管新生療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項99又は請求項1から109のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項110又は請求項1から110のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CD2療法と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の抗CD2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、請求項99又は請求項1から111のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗CD2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項112又は請求項1から112のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CD20療法は、リツキシマブである、請求項112又は請求項1から113のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの視覚的特徴は、GUI要素の色及び/又は前記GUI要素のサイズを含む、請求項87又は請求項1から114のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記GUIを介した前記第1の療法の使用者選択の受領に応答して、前記第1の複数のGUI要素の少なくとも1つが関連する少なくとも1つのバイオマーカーに関する情報を、前記GUIを介して提示する工程を更に実施させる、請求項87又は請求項1から115のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記第1の療法は、第1の療法スコアに関連し、前記第2の療法は、第2の療法スコアに関連し、前記第1の部分及び前記第2の部分は、前記第1の療法スコア及び前記第2の療法スコアの相対的な大きさに基づき、互いに対して前記GUIに配置される、請求項87又は請求項1から116のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数のバイオマーカーの各々は、遺伝子バイオマーカー、細胞バイオマーカー、サッカライドバイオマーカー、脂質バイオマーカー、ヘテロ環バイオマーカー、元素化合物バイオマーカー、画像バイオマーカー、人類学的バイオマーカー、個人的習慣バイオマーカー、疾患状態バイオマーカー、及び発現バイオマーカーからなる群から選択される、請求項87又は請求項1から117のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーの値は、前記遺伝子バイオマーカーの核酸又はタンパク質の1つ又は複数の突然変異、挿入、欠失、再編成、融合、コピー数多型(CNV)、又は単一ヌクレオチドバリアント(SNV)の特定により決定される、請求項118に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、本明細書及び/又は図面に記載の遺伝子又はマーカーを含む、請求項118又は請求項1から119のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、インターフェロン、細胞傷害性タンパク質、酵素、細胞接着タンパク質、細胞外マトリックスタンパク質及びポリサッカライド、細胞成長因子、細胞分化因子、転写因子、並びに細胞内シグナル伝達タンパク質からなる群から選択される、請求項118又は請求項1から120のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、サイトカイン、ケモカイン、ケモカイン受容体、及びインターロイキンからなる群から選択される、請求項118又は請求項1から121のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の細胞バイオマーカーの値は、前記生物学的試料内の1つ若しくは複数のタイプの細胞の数又は1つ若しくは複数のタイプの細胞のパーセンテージの分析により決定される、請求項118又は請求項1から122のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数のタイプの細胞は、悪性がん性細胞、白血球、リンパ球、間質細胞、血管内皮細胞、血管周皮細胞、及び骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)からなる群から選択される、請求項123又は請求項1から123のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の発現バイオマーカーの値は、前記発現バイオマーカーの核酸又はタンパク質の発現レベル又は酵素活性の分析により決定される、請求項118又は請求項1から124のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、DNA配列決定データ、RNA配列決定データ、又はプロテオーム配列決定データの1つ又は複数である、請求項87又は請求項1から125のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、以下の技法:全ゲノム配列決定(WGS)、全エクソーム配列決定(WES)、全トランスクリプトーム配列決定、mRNA配列決定、DNA/RNAハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、DNA/RNAチップ、PCR、及び一塩基多型(SNP)遺伝子型決定の1つ又は複数を使用して得られる、請求項87又は請求項1から126のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの生物学的試料の各々は、体液、細胞試料、液体生検、又は組織生検である、請求項87又は請求項1から127のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記組織生検は、がん性細胞を有することが判明しているか又は有することが疑われる1つ又は複数の腫瘍又は組織に由来する1つ又は複数の試料を含む、請求項128又は請求項1から128のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記バイオマーカー情報は、以下のタイプの分析:血液分析、血球算出分析、組織学的分析、免疫組織学的分析、及び患者履歴分析の1つ又は複数の結果も含む、請求項87又は請求項1から129のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法の各々は、手術、放射線治療、化学療法、免疫療法、ウイルス療法、標的療法、ホルモン療法、移植、光線療法、凍結療法、及び温熱療法からなる群から選択される、請求項87又は請求項1から130のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法の各々は、免疫療法及び標的療法から選択される、請求項87又は請求項1から131のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法スコアは、前記複数の療法の1つの療法の投与に対する前記対象の応答を示す、請求項87又は請求項1から132のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法スコアは、前記複数の療法中の複数の療法の投与に対する前記対象の応答を示す、請求項87又は請求項1から133のいずれか一項に記載のシステム。
- プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体であって、前記プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の一組のバイオマーカーの第1の一組の正規化スコア、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の一組のバイオマーカーの第2の一組の正規化スコアを決定する工程であって、前記第1の一組のバイオマーカーは、前記第2の一組のバイオマーカーとは異なる、工程;
前記第1の一組の正規化スコアを入力として統計モデルに提供して、前記第1の療法の第1の療法スコアを得る工程;
前記第2の一組の正規化スコアを入力として前記統計モデルに提供して、前記第2の療法の第2の療法スコアを得る工程;
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記GUIは、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第1の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の部分であって、前記第2の部分は、前記第1の複数のGUI要素とは異なる第2の複数のGUI要素を含み、前記第2の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第2の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する第2の部分を含む、工程;並びに
前記生成されたGUIを表示する工程
を実施させる、少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーを使用して、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の一組のバイオマーカーの第1の一組の正規化スコア、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の一組のバイオマーカーの第2の一組の正規化スコアを決定する工程であって、前記第1の一組のバイオマーカーは、前記第2の一組のバイオマーカーとは異なる、工程;
前記第1の一組の正規化スコアを入力として統計モデルに提供して、前記第1の療法の第1の療法スコアを得る工程;
前記第2の一組の正規化スコアを入力として前記統計モデルに提供して、前記第2の療法の第2の療法スコアを得る工程;
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記GUIは、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第1の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の部分であって、前記第2の部分は、前記第1の複数のGUI要素とは異なる第2の複数のGUI要素を含み、前記第2の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第2の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第2の部分を含む、工程;並びに
前記生成されたGUIを表示する工程
を実施する工程を含む方法。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーと、
バイオマーカー情報を格納する少なくとも1つのデータベースと、
プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体とを含むシステムであって、前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
前記少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の一組のバイオマーカーの第1の一組の正規化スコア、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の一組のバイオマーカーの第2の一組の正規化バイオマーカースコアを決定する工程であって、前記第1の一組のバイオマーカーは、前記第2の一組のバイオマーカーとは異なる、工程;
前記第1の一組の正規化バイオマーカースコアを入力として統計モデルに提供して、前記第1の療法の第1の療法スコアを得る工程;
前記第2の一組の正規化バイオマーカースコアを入力として前記統計モデルに提供して、前記第2の療法の第2の療法スコアを得る工程を実施させ、
前記複数の療法は、抗PD1療法、抗CTLA4療法、IL-2療法、IFNアルファ療法、抗がんワクチン療法、抗血管新生療法、及び抗CD20療法からなる群から選択される少なくとも2つの療法を含み、
前記複数の療法の各々と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の対応する療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、システム。 - 前記複数のバイオマーカーは、第1のバイオマーカーを含み、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアの決定は、
前記第1のバイオマーカーの値の分布を使用して、前記第1のバイオマーカーの第1の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137に記載のシステム。 - 前記第1の正規化スコアの決定は、
前記配列決定データを使用して、前記第1のバイオマーカーの未正規化スコアを決定する工程、
前記第1のバイオマーカーの値の第1の分布に基づいてZ-スコアを決定する工程、及び
前記未正規化スコア及び前記Z-スコアに基づいて、前記第1のバイオマーカーの正規化スコアを決定する工程
を含む、請求項138に記載のシステム。 - 前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの合計として決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から139のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数の療法の療法スコアの決定は、前記複数の療法の第1の療法の第1の療法スコアを、少なくとも部分的には、
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの2つ又はそれよりも多くのスコアの加重を決定すること、及び
前記第1の療法スコアを、前記2つ又はそれよりも多くのスコアの合計として決定し、前記合計の被加数は、前記決定された加重により加重されていること
により決定される、請求項137又は請求項1から140のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記加重の決定は、機械学習技法を使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項141又は請求項1から141のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記加重の決定は、一般線形モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項141又は請求項1から142のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記加重の決定は、ロジスティック回帰モデルを使用して前記加重を決定する工程を含む、請求項141又は請求項1から143のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数の療法は、第1の療法及び前記第1の療法とは異なる第2の療法を含み、前記複数の療法の療法スコアの決定は、
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの第1のサブセットを使用して、前記第1の療法の第1の療法スコアを決定する工程、及び
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアの第2のサブセットを使用して、前記第2の療法の第2の療法スコアを決定する工程を含み、
前記第2のサブセットは、前記第1のサブセットとは異なる、請求項137又は請求項1から144のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記決定された療法スコアに基づいて、前記対象のために、前記複数の療法の少なくとも1つを推奨する工程を更に実施させる、請求項137又は請求項1から145のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記複数の療法の少なくとも1つの推奨は、
前記決定された療法スコアに基づいて、前記複数の療法を順位付けする工程、及び
前記対象のために、少なくとも閾値数の上位療法を推奨する工程を含む、請求項146に記載のシステム。 - 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗PD1療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から147のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗CTLA4療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から148のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIL-2療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から149のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)のIFNアルファ療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から150のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗がんワクチン療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から151のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗血管新生療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から152のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記対象の正規化バイオマーカースコアの決定は、Table 2(表2)の抗CD20療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーの各々の正規化スコアを決定する工程を含む、請求項137又は請求項1から153のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記抗CD20療法は、リツキシマブである、請求項137又は請求項1から154のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記グラフィカルユーザインターフェース(GUI)は、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第1の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の部分であって、前記第2の部分は、前記第1の複数のGUI要素とは異なる第2の複数のGUI要素を含み、前記第2の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記第2の一組の正規化スコアの対応するバイオマーカーの正規化スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第2の部分を含む、工程;並びに
前記生成されたGUIを表示する工程
を更に実施させる、請求項137又は請求項1から155のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記少なくとも1つの視覚的特徴は、GUI要素の色及び/又は前記GUI要素のサイズを含む、請求項156又は請求項1から156のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記GUIを介した前記第1の療法の使用者選択の受領に応答して、前記第1の複数のGUI要素の少なくとも1つが関連する少なくとも1つのバイオマーカーに関する情報を、前記GUIを介して提示する工程を更に実施させる、請求項156又は請求項1から157のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記第1の療法は、第1の療法スコアと関連し、前記第2の療法は、第2の療法スコアと関連し、前記第1の部分及び前記第2の部分は、前記第1の療法スコア及び前記第2の療法スコアの相対的な大きさに基づき、互いに対して前記GUIに配置される、請求項156又は請求項1から158のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記複数のバイオマーカーの各々は、遺伝子バイオマーカー、細胞バイオマーカー、サッカライドバイオマーカー、脂質バイオマーカー、ヘテロ環バイオマーカー、元素化合物バイオマーカー、画像バイオマーカー、人類学的バイオマーカー、個人的習慣バイオマーカー、疾患状態バイオマーカー、及び発現バイオマーカーからなる群から選択される、請求項137又は請求項1から159のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーの値は、前記遺伝子バイオマーカーの核酸又はタンパク質の1つ又は複数の突然変異、挿入、欠失、再編成、融合、コピー数多型(CNV)、又は単一ヌクレオチドバリアント(SNV)の特定により決定される、請求項160に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、本明細書及び/又は図面に記載の遺伝子又はマーカーを含む、請求項160又は請求項1から161のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、インターフェロン、細胞傷害性タンパク質、酵素、細胞接着タンパク質、細胞外マトリックスタンパク質及びポリサッカライド、細胞成長因子、細胞分化因子、転写因子、並びに細胞内シグナル伝達タンパク質からなる群から選択される、請求項160又は請求項1から162のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数の遺伝子バイオマーカーは、サイトカイン、ケモカイン、ケモカイン受容体、及びインターロイキンからなる群から選択される、請求項160又は請求項1から163のいずれか一項に記載のシステム。
- 1つ又は複数の細胞バイオマーカーの値は、前記生物学的試料内の1つ若しくは複数のタイプの細胞の数又は1つ若しくは複数のタイプの細胞のパーセンテージの分析により決定される、請求項160又は請求項1から164のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記1つ又は複数のタイプの細胞は、悪性がん性細胞、白血球、リンパ球、間質細胞、血管内皮細胞、血管周皮細胞、及び骨髄由来サプレッサー細胞(MDSC)からなる群から選択される、請求項165に記載のシステム。
- 1つ又は複数の発現バイオマーカーの値は、前記発現バイオマーカーの核酸又はタンパク質の発現レベル又は酵素活性の分析により決定される、請求項165又は請求項1から166のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、DNA配列決定データ、RNA配列決定データ、又はプロテオーム配列決定データの1つ又は複数である、請求項165又は請求項1から167のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、以下の技法:全ゲノム配列決定(WGS)、全エクソーム配列決定(WES)、全トランスクリプトーム配列決定、mRNA配列決定、DNA/RNAハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、DNA/RNAチップ、PCR、及び一塩基多型(SNP)遺伝子型決定の1つ又は複数を使用して得られる、請求項165又は請求項1から168のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの生物学的試料の各々は、体液、細胞試料、液体生検、又は組織生検である、請求項137又は請求項1から169のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記組織生検は、がん性細胞を有することが判明しているか又は有することが疑われる1つ又は複数の腫瘍又は組織に由来する1つ又は複数の試料を含む、請求項170又は請求項1から170のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記バイオマーカー情報は、以下のタイプの分析:血液分析、血球算出分析、組織学的分析、免疫組織学的分析、及び患者履歴分析の1つ又は複数の結果も含む、請求項137又は請求項1から171のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法の各々は、手術、放射線治療、化学療法、免疫療法、ウイルス療法、標的療法、ホルモン療法、移植、光線療法、凍結療法、及び温熱療法からなる群から選択される、請求項137又は請求項1から172のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法の各々は、免疫療法及び標的療法から選択される、請求項137又は請求項1から173のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記療法スコアは、前記複数の療法の1つの療法の投与に対する前記対象の応答を示す、請求項137又は請求項1から174のいずれか一項に記載のシステム。
- プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体であって、前記プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の一組のバイオマーカーの第1の一組の正規化スコア、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の一組のバイオマーカーの第2の一組の正規化バイオマーカースコアを決定する工程であって、前記第1の一組のバイオマーカーは、前記第2の一組のバイオマーカーとは異なる、工程;
前記第1の一組の正規化バイオマーカースコアを入力として統計モデルに提供して、前記第1の療法の第1の療法スコアを得る工程;
前記第2の一組の正規化バイオマーカースコアを入力として前記統計モデルに提供して、前記第2の療法の第2の療法スコアを得る工程を実施させ、
前記複数の療法は、抗PD1療法、抗CTLA4療法、IL-2療法、IFNアルファ療法、抗がんワクチン療法、抗血管新生療法、及び抗CD20療法からなる群から選択される少なくとも2つの療法を含み、前記複数の療法の各々と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の対応する療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む、少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーを使用して、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、複数の療法の少なくとも1つの療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、
前記複数の療法の第1の療法と関連する第1の一組のバイオマーカーの第1の一組の正規化スコア、及び
前記複数の療法の第2の療法と関連する第2の一組のバイオマーカーの第2の一組の正規化バイオマーカースコアを決定する工程であって、前記第1の一組のバイオマーカーは、前記第2の一組のバイオマーカーとは異なる、工程;
前記第1の一組の正規化バイオマーカースコアを入力として統計モデルに提供して、前記第1の療法の第1の療法スコアを得る工程;
前記第2の一組の正規化バイオマーカースコアを入力として前記統計モデルに提供して、前記第2の療法の第2の療法スコアを得る工程を実施する工程を含み、
前記複数の療法は、抗PD1療法、抗CTLA4療法、IL-2療法、IFNアルファ療法、抗がんワクチン療法、抗血管新生療法、及び抗CD20療法からなる群から選択される少なくとも2つの療法を含み、前記複数の療法の各々と関連する複数のバイオマーカーは、Table 2(表2)の対応する療法と関連するバイオマーカーの群から選択される少なくとも3つのバイオマーカーを含む方法。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーと、
バイオマーカー情報を格納する少なくとも1つのデータベースと、
プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体とを含むシステムであって、前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
前記少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、少なくとも1つの候補療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアを決定して、前記対象の一組の正規化バイオマーカーを得る工程;
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアに基づいて、前記対象を、1つ又は複数のコホートのメンバーとして特定する工程であって、前記1つ又は複数のコホートの各々は、前記少なくとも1つの候補療法の肯定的な転帰又は否定的な転帰と関連する、工程;並びに
前記対象がメンバーである1つ又は複数のコホートの表示を出力する工程
を実施させる、システム。 - 前記少なくとも1つの候補療法は、臨床治験に関連し、任意選択で前記臨床治験は進行中であるか、又は前記臨床治験は募集中である、請求項178に記載のシステム。
- 前記肯定的な転帰は、がんの1つ若しくは複数の側面又は1つ若しくは複数のがん症状の改善である、請求項178又は請求項1から179のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記がんの1つ若しくは複数の側面又はがんの1つ若しくは複数の症状の改善は、前記対象の体内における腫瘍サイズの減少、腫瘍数の減少、がん性細胞の数又はパーセンテージの減少、及びがん増殖の遅延からなる群から選択される、請求項180又は請求項1から180のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記否定的な転帰は、がん療法関連有害効果、がんの1つ若しくは複数の側面の悪化、又は1つ若しくは複数のがん症状の悪化である、請求項178又は請求項1から181のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記がん療法関連有害効果は、皮膚毒性、血小板減少、肝毒性、神経毒性、腎毒性、心毒性、出血性膀胱炎、免疫関連毒性、及び死亡からなる群から選択される、請求項182又は請求項1から182のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記がんの1つ若しくは複数の側面又はがんの1つ若しくは複数の症状の悪化は、前記対象の体内における腫瘍サイズの増加、腫瘍数の増加、がん性細胞の数又はパーセンテージの増加、がん増殖の遅延がないこと、及び死亡からなる群から選択される、請求項182又は請求項1から183のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、DNA配列決定データ、RNA配列決定データ、又はプロテオーム配列決定データの1つ又は複数である、請求項178又は請求項1から184のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記配列決定データは、以下の技法:全ゲノム配列決定(WGS)、全エクソーム配列決定(WES)、全トランスクリプトーム配列決定、mRNA配列決定、DNA/RNAハイブリダイゼーション、マイクロアレイ、DNA/RNAチップ、PCR、及び一塩基多型(SNP)遺伝子型決定の1つ又は複数を使用して得られる、請求項178又は請求項1から185のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記生物学的試料は、がん性細胞を有することが判明しているか又は有することが疑われる腫瘍又は組織に由来する、請求項178又は請求項1から186のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記少なくとも1つの生物学的試料の各々は、体液、細胞試料、液体生検、又は組織生検である、請求項178又は請求項1から187のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記生物学的試料は、血液である、請求項178又は請求項1から188のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
グラフィカルユーザインターフェース(GUI)を生成する工程であって、前記グラフィカルユーザインターフェース(GUI)は、
前記少なくとも1つ候補療法と関連する第1の部分であって、前記第1の部分は、第1の複数のGUI要素を含み、前記第1の複数のGUI要素の各々は、前記複数のバイオマーカーの対応するバイオマーカーと関連し、前記対応するバイオマーカーの差異スコアに基づいて決定される少なくとも1つの視覚的特徴を有する、第1の部分を含む、工程、及び
前記生成されたGUIを表示する工程
を更に実施させる、請求項178又は請求項1から189のいずれか一項に記載のシステム。 - 前記少なくとも1つの視覚的特徴は、GUI要素の色及び/又は前記GUI要素のサイズを含む、請求項190又は請求項1から190のいずれか一項に記載のシステム。
- 前記プロセッサー実行可能な命令は、前記少なくとも1つのプロセッサーに、
前記GUIを介した前記少なくとも1つの候補療法の使用者選択の受領に応答して、前記第1の複数のGUI要素の少なくとも1つが関連する少なくとも1つのバイオマーカーに関する情報を、前記GUIを介して提示する工程を更に実施させる、請求項191に記載のシステム。 - プロセッサー実行可能な命令を格納する少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体であって、前記プロセッサー実行可能な命令は、少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーにより実行されると、前記少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーに、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、少なくとも1つの候補療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアを決定して、前記対象の一組の正規化バイオマーカーを得る工程;
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアに基づいて、前記対象を、1つ又は複数のコホートのメンバーとして特定する工程であって、前記1つ又は複数のコホートの各々は、前記少なくとも1つの候補療法の肯定的な転帰又は否定的な転帰と関連する、工程;並びに
前記対象がメンバーである1つ又は複数のコホートの表示を出力する工程
を実施させる、少なくとも1つの非一過性コンピュータ読取り可能な記憶媒体。 - 少なくとも1つのコンピュータハードウェアプロセッサーを使用して、
対象の少なくとも1つの生物学的試料に関する配列決定データを得る工程;
少なくとも1つのデータベースにて、複数のバイオマーカーの少なくとも1つの参照サブセットの各バイオマーカーの値の、対応するヒトの群にわたる分布を示すバイオマーカー情報にアクセスする工程であって、前記複数のバイオマーカーの各々は、少なくとも1つの候補療法と関連する、工程;
前記配列決定データ及び前記バイオマーカー情報を使用して、前記複数のバイオマーカーの少なくとも対象サブセットの各バイオマーカーの正規化スコアを決定して、前記対象の一組の正規化バイオマーカーを得る工程;
前記対象の前記一組の正規化バイオマーカースコアに基づいて、前記対象を、1つ又は複数のコホートのメンバーとして特定する工程であって、前記1つ又は複数のコホートの各々は、前記少なくとも1つの候補療法の肯定的な転帰又は否定的な転帰と関連する、工程;並びに
前記対象がメンバーである1つ又は複数のコホートの表示を出力する工程
を実施する工程を含む方法。
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