JP2020517273A - 膜貫通ドメインまたは膜近傍ドメインにおけるＥｒｂＢ２／Ｈｅｒ２突然変異 - Google Patents

膜貫通ドメインまたは膜近傍ドメインにおけるＥｒｂＢ２／Ｈｅｒ２突然変異 Download PDF

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Abstract

本開示は、がんにおける体細胞性ＥｒｂＢ２突然変異に関するものであり、ＥｒｂＢ２陽性がんを同定、診断、及び予知するための方法を提供する。本開示は更に、或る特定の患者亜集団を含むがんの治療方法を提供する。該突然変異は、ＥｒｂＢ２の膜貫通ドメインまたは膜近傍ドメインにおけるものである。【選択図】図１

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年４月２４日に出願された米国仮特許出願第６２／４８９，３８２号、及び２０１７年９月１９日に提出された米国仮特許出願第６２／５６０，５６４号の優先権を主張するものであり、両文献は、その全体が本明細書において参照により援用されている。
本開示は、がんにおける体細胞性ＥｒｂＢ２（Ｈｅｒ２）突然変異に関するものであり、ＥｒｂＢ２変異がんの同定、診断、治療転帰予知、及び治療の方法を含む。
受容体型チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）のヒト上皮成長因子受容体（Ｈｅｒ）ファミリーは、ＥｒｂＢ受容体としても公知であり、ＥＧＦＲ／ＥｒｂＢ１／Ｈｅｒ１、ＥｒｂＢ２／Ｈｅｒ２、ＥｒｂＢ３／Ｈｅｒ３、ＥｒｂＢ４／Ｈｅｒ４の、４つのメンバーからなる（Ｈｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ５，３４１−３５４（２００５）；Ｂａｓｅｌｇａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ９，４６３−４７５（２００９））。ＥｒｂＢファミリーのメンバーには、細胞外ドメイン（ＥＣＤ）、単一スパン膜貫通領域、細胞内チロシンキナーゼドメイン、及びＣ末端シグナリングテールが含まれる（Ｂｕｒｇｅｓｓ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ １２，５４１−５５２（２００３）；Ｆｅｒｇｕｓｏｎ．Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃｓ ３７，３５３−３７３（２００８））。ＥＣＤは、２つのＬドメイン（Ｉ及びＩＩＩ）と２つのシステインに富むドメイン（ＩＩ及びＩＶ）とからなる、４ドメイン構造である（Ｂｕｒｇｅｓｓ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ １２，５４１−５５２（２００３）；Ｆｅｒｇｕｓｏｎ．Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃｓ ３７，３５３−３７３（２００８））。ＥｒｂＢ受容体は、上皮成長因子（ＥＧＦ）、形質転換成長因子α（ＴＧＦ−α）及びニューレグリンをはじめとする、複数のリガンドによって活性化される（Ｙａｒｄｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ２，１２７−１３７（２００１））。受容体は、ドメインＩ及びＩＩＩに対し同時に結合する単一リガンド分子が関与することで活性化され、これにより、ドメインＩＩ内の二量体化アームを介してヘテロ二量体化またはホモ二量体化されるに至る（Ｂｕｒｇｅｓｓ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ １２，５４１−５５２（２００３）；Ｏｇｉｓｏ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １１０，７７５−７８７（２００２）；Ｃｈｏ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９７，１３３０−１３３３（２００２）；Ｄａｗｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２５，７７３４−７７４２（２００５）；Ａｌｖａｒａｄｏ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １４２，５６８−５７９（２０１０）；Ｌｅｍｍｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １４１，１１１７−１１３４（２０１０））。リガンドの不在下では、ドメインＩＩの二量体化アームが、ドメインＩＶとの分子内相互作用を介して押し込まれ、自動的に阻害される「繋留」立体配座になる（Ｂｕｒｇｅｓｓ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ １２，５４１−５５２（２００３）；Ｃｈｏ．Ｓｃｉｅｎｃｅ ２９７，１３３０−１３３３（２００２）；Ｌｅｍｍｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｃｅｌｌ １４１，１１１７−１１３４（２０１０）；Ｆｅｒｇｕｓｏｎ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ １１，５０７−５１７（２００３））。
４つのＥｒｂＢ受容体は、同様なドメイン構成を共有しているが、機能的及び構造的研究により明らかにされるように、ＥｒｂＢ２は公知のＥｒｂＢファミリーリガンドのいずれにも結合せず、構成的には二量化に好適な「非繋留」（開放）立体配座になる（Ｇａｒｒｅｔｔ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ １１，４９５−５０５（２００３）。対照的に、ＥｒｂＢ３は、リガンド結合、ヘテロ二量体化及びシグナル伝達を可能としている反面、そのキナーゼドメインは十分な機能を果たさない（Ｂａｓｅｌｇａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ９，４６３−４７５（２００９）；Ｊｕｒａ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １０６，２１６０８−２１６１３（２００９）；Ｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １０７，７６９２−７６９７（２０１０）。ＥｒｂＢ２及びＥｒｂＢ３は、それ自体では機能的に不完全であるが、それらのヘテロダイマーは細胞内シグナル伝達の活性化因子として効力がある（Ｐｉｎｋａｓ−Ｋｒａｍａｒｓｋｉ ｅｔ ａｌ．Ｔｈｅ ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ １５，２４５２−２４６７（１９９６）；Ｔｚａｈａｒ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ １６，５２７６−５２８７（１９９６）；Ｈｏｌｂｒｏ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １００，８９３３−８９３８（２００３））。
ＥｒｂＢ受容体は正常な成長及び発達に関して決定的に重要な意味を持つ調節因子であるばかりでなく、その調節制御はがんの発達及び進行にも関与している（Ｂａｓｅｌｇａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ９，４６３−４７５（２００９）；Ｓｉｔｈａｎａｎｄａｍ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ １５，４１３−４４８（２００８）；Ｈｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２１，１７７−１８４（２００９））。とりわけ、遺伝子増幅は、受容体の過剰発現と体細胞性突然変異を活性化させ、多様ながんにおいてＥｒｂＢ２及びＥＧＦＲで生ずることが公知となっている（Ｓｉｔｈａｎａｎｄａｍ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ １５，４１３−４４８（２００８）；Ｈｙｎｅｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２１，１７７−１８４（２００９）；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １０，２５−３８（２００６）；Ｙａｍａｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｂｉｏｍａｒｋ Ｍｅｄ ３，１３９−１５１（２００９））。この結果、ＥＧＦＲ及びＥｒｂＢ２を標的とする複数の小分子及び抗体ベースの治療薬が開発されるに至った（Ｂａｓｅｌｇａ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ９，４６３−４７５（２００９）；Ａｌｖａｒｅｚ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２８，３３６６−３３７９（２０１０））。発がんにおいてＥｒｂＢ４の明確な役割は十分には確立されていない（Ｋｏｕｔｒａｓ ｅｔ ａｌ．Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｏｎｃｏｌ ｏｇｙ／Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ ７４，７３−７８（２０１０））が、黒色腫に関してはＥｒｂＢ４における体細胞性突然変異の形質転換についての報告が為されてきた（Ｐｒｉｃｋｅｔｔ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ ４１，１１２７−１１３２（２００９））。
最近になってから、ＥｒｂＢ２（Ｈｅｒ２）突然変異が腫瘍形成に寄与することが明らかにされてきた（Ｂｏｓｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３）。そのような突然変異が報じられているのは、ＥＣＤ及びＥｒｂＢ２のキナーゼドメインに関してである（Ｂｏｓｅ ｅｔ ａｌ．，２０１３；Ｃｈｍｉｅｌｅｃｋｉ ｅｔ ａｌ．，２０１５；Ｇｒｅｕｌｉｃｈ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，２００６）。より最近では、がんにおけるＨｅｒ２の膜貫通（ＴＭ）及び膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の突然変異について報告されてきた（Ｏｕ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｙａｍａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．，２０１４）。Ｈｅｒ２標的療法に対する反応を予測するＥｒｂＢ２突然変異を同定することに対する必要性が存在している。
本開示は、がんにおいて存在するＥｒｂＢ２（Ｈｅｒ２）突然変異に関する。本開示は更に、ＥｒｂＢ２陽性がんを同定、診断及び予知する方法を提供すると共に、ＥｒｂＢ２における１つ以上の突然変異を有するがんを治療する方法を提供するものである。
一態様において、本開示は、必要としている対象におけるがんを治療する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、ａ）対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内のＥｒｂＢ２体細胞性突然変異を検出するうえで、突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ突然変異が対象におけるがんを示唆するものである、検出することを含む。或る特定の実施形態において、本方法は更に、ｂ）前記対象に抗がん治療剤を投与することを含む。或る特定の実施形態において、突然変異は、活性化ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異である。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、表１にリストされている突然変異から選択される。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
別の態様において、本開示は、対象におけるＥｒｂＢ２陽性がんの治療方法を提供するものであり、本方法は、ａ）対象から採取された生体試料中の、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異の存在もしくは非存在を検出することにおいて、ＥｒｂＢ２突然変異が、表１にリストされている突然変異から選択され、且つ突然変異の存在が対象におけるがんを示唆するものである、検出することを含む。或る特定の実施形態において、本方法は更に、ｂ）前記対象に抗がん治療剤を投与することを含む。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｈｅｒ２活性化突然変異である。或る特定の実施形態において、がんは、Ｈｅｒ２変異である。或る特定の実施形態において、がんは、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される。或る特定の非限定的な実施形態において、がんは、乳癌である。或る特定の実施形態において、がんは、Ｈｅｒ２／ＥｒｂＢ２陽性がんである。或る特定の実施形態において、がんは、Ｈｅｒ２／ＥｒｂＢ２変異がんと見なされる。
或る特定の実施形態において、治療方法は、ＥｒｂＢ２アンタゴニストの投与を含む。或る特定の実施形態において、アンタゴニストは、小分子阻害剤である。小分子阻害剤は、ＥｒｂＢ２キナーゼ阻害性小分子薬としてもよい。或る特定の非限定的な実施形態において、ＥｒｂＢ２キナーゼ阻害性小分子薬は、ラパチニブ、アファチニブまたはネラチニブである。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２アンタゴニストはアンタゴニスト抗体である。或る特定の実施形態において、抗体は、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体及び抗体断片からなる群から選択される。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２アンタゴニストは、アンタゴニスト抗ＥｒｂＢ２抗体または抗ＥｒｂＢ２抗体−薬物コンジュゲートである。或る特定の実施形態において、抗体はトラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１、トラスツズマブエムタンシン）、またはペルツズマブである。
本開示は更に、ＥｒｂＢ２遮断抗体または抗体−薬物コンジュゲートの効力を判別する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、ａ）ＥｒｂＢ２遮断抗体で治療された対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内の突然変異を検出することにおいて、突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ突然変異が対象におけるＥｒｂＢ２変異がんを示唆するものである、検出することを含む。或る特定の実施形態において、本方法は更に、ｂ）検出されたＥｒｂＢ２突然変異に基づいて前記対象における治療反応を予測することを含む。或る特定の実施形態において、ＥｒＢ２突然変異は、表１にリストされている突然変異から選択される。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｈｅｒ２活性化突然変異である。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２変異がんは、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２遮断抗体の効力を判別する方法は、ＥｒｂＢ２アンタゴニストを含む。或る特定の実施形態において、抗体は、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体及び抗体断片からなる群から選択される。或る特定の実施形態において、抗体は、トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）、またはペルツズマブである。或る特定の実施形態において、本方法は、ａ）ＥｒｂＢ２遮断抗体で治療された対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内の突然変異を検出することにおいて、突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ突然変異が対象におけるＥｒｂＢ２変異がんを示唆するものである、検出することを含む。或る特定の実施形態において、本方法は更に、検出されたＥｒｂＢ２突然変異に基づいて前記対象における治療反応を予測することを含む。或る特定の実施形態において、ＥｒＢ２突然変異は、表１にリストされている突然変異から選択される。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｈｅｒ２活性化突然変異である。
別の態様において、本開示は、ＥｒｂＢ２受容体のＴＭ領域内に突然変異を含む、ＥｒｂＢ２陽性がんの患者を治療する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、患者に対し有効量のトラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）を投与することを含む。或る特定の実施形態において、ＴＭ領域内の突然変異は、表１にリストされているＴＭ突然変異からなる群から選択される。或る特定の実施形態において、ＴＭ領域内の突然変異は、Ｖ６５９またはＧ６６０の位置におけるものである。或る特定の実施形態において、ＴＭ領域内の突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０ＤまたはＧ６６０Ｒである。
別の態様において、本開示は、ＥｒｂＢ２受容体のＪＭ領域内での突然変異を含む、ＥｒｂＢ２陽性がんの患者を治療する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、患者に対し有効量のトラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブを投与すること含む。或る特定の実施形態において、ＪＭ領域内での突然変異は、表１にリストされているＪＭ突然変異からなる群から選択される。或る特定の実施形態において、ＪＭ領域内での突然変異は、Ｒ６６７、Ｒ６７８またはＱ７０９の位置におけるものである。或る特定の実施形態において、ＪＭ領域内の突然変異は、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８ＱまたはＱ７０９Ｌである。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２陽性がんは、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される。
別の態様において、本開示は、対象におけるがんを診断する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内の突然変異を検出することにおいて、突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、突然変異が対象におけるがんを示唆するものであり、アミノ酸突然変異は、表１にリストされている突然変異の群から選択され、且つがんの存在を示唆するものである、検出することを含む。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。或る特定の実施形態において、がんは、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される。
別の態様において、本開示は、患者が抗ＥｒｂＢ２療法に反応することが予期されるかどうかを判別する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、ヒト対象から細胞材料の試料を採取するステップと、前記細胞材料中の１つ以上のＥｒｂＢ２遺伝子の少なくとも一部からの核酸材料を検査するステップと、そのような核酸材料に、天然ヒトＥｒｂＢ２ポリペプチドの膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメインをコードする配列内の１つ以上の突然変異が含まれるかどうかを判別するステップと、を含む。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、表１にリストされている突然変異から選択される。
別の態様において、本開示は、トラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）での治療に対し患者が感受性があるかどうかを判別する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、ＥｒｂＢ２の膜貫通（ＴＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がんに患者が罹患しているかどうかを判別するステップと、前記ＥｒｂＢ２変異がんを有する患者に対しトラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）を投与するステップと、を含む。或る特定の実施形態において、ＴＭ領域内での突然変異は、表１にリストされているＴＭ突然変異から選択される。或る特定の実施形態において、ＴＭ領域内の突然変異は、Ｖ６５９またはＧ６６０の位置におけるものである。或る特定の実施形態において、ＴＭ領域内の突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０ＤまたはＧ６６０Ｒである。
別の態様において、本開示は、トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブでの治療に対し患者が感受性があるかどうかを判別する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、ＥｒｂＢ２の膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がんに患者が罹患しているかどうかを判別するステップと、前記ＥｒｂＢ２変異がんを有する患者に対しトラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブを投与するステップと、を含む。或る特定の実施形態において、ＪＭ領域内の突然変異は、表１にリストされているＪＭ突然変異からなる群から選択される。或る特定の実施形態において、ＪＭ領域内での突然変異は、Ｒ６６７、Ｒ６７８またはＱ７０９の位置におけるものである。或る特定の実施形態において、ＪＭ領域内の突然変異は、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌまたはそれらの組み合わせである。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２陽性がんは、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される。
更に別の態様において、本開示は、ＨＥＲ２変異がんを有するヒト患者における治療に対し奏功する確率を改善する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、ａ）対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内の突然変異を検出することにおいて、突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ突然変異が対象におけるがんを示唆するものである、検出することを含む。或る特定の実施形態において、本方法は更に、ｂ）前記対象に対しトラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブを投与することを含む。或る特定の実施形態において、ＥｒＢ２突然変異は、表１にリストされている突然変異から選択される。
或る特定の実施形態において、本開示は、ＥｒｂＢ２の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がんの治療用のＥｒｂＢ２アンタゴニストの使用について記述している。或る特定の実施形態において、本開示は、ＥｒｂＢ２の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がん治療用医薬品を調製するための、ＥｒｂＢ２アンタゴニストの使用について記述している。或る特定の実施形態において、突然変異は、表１にリストされている突然変異から選択することが可能である。或る特定の実施形態において、突然変異は、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ及びＱ７０９Ｌからなる群から選択することが可能である。或る特定の実施形態において、がんは、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択することが可能である。或る特定の実施形において、ＥｒｂＢ２アンタゴニストは、小分子阻害剤であり得る。或る特定の実施形態において、小分子阻害剤アゴニストは、ＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤であり得る。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤は、ラパチニブ、アファチニブ及びネラチニブからなる群から選択することが可能である。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２アンタゴニストは、アンタゴニスト抗ＥｒｂＢ２抗体または抗ＥｒｂＢ２抗体−薬物コンジュゲートであり得る。或る特定の実施形態において、抗ＥｒｂＢ２抗体は、トラスツズマブまたはペルツズマブであり得る。或る特定の実施形において、ＥｒｂＢ２アンタゴニストは、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１、トラスツズマブエムタンシン）であり得る。
ＢａＦ３系を用いた、がん遺伝子による生存シグナル伝達のアッセイを例証する。 野生型Ｈｅｒ２の存在下及び非存在下にてＢａＦ３内で発現したＨｅｒ２変異体による細胞生存シグナル伝達のレベルを示す。 図３Ａ〜図３Ｃは、ＨＥＲ２ ＴＭドメインの飽和突然変異誘発スクリーンのワークフロー概略図（Ａ）、そのスクリーン内で同定されたＨＥＲ２突然変異の対立遺伝子頻度を表す棒グラフ（Ｂ）、及びＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ変異体活性化のアロステリックモード（Ｃ）を示す。 図３Ａ〜図３Ｃは、ＨＥＲ２ ＴＭドメインの飽和突然変異誘発スクリーンのワークフロー概略図（Ａ）、そのスクリーン内で同定されたＨＥＲ２突然変異の対立遺伝子頻度を表す棒グラフ（Ｂ）、及びＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ変異体活性化のアロステリックモード（Ｃ）を示す。 図３Ａ〜図３Ｃは、ＨＥＲ２ ＴＭドメインの飽和突然変異誘発スクリーンのワークフロー概略図（Ａ）、そのスクリーン内で同定されたＨＥＲ２突然変異の対立遺伝子頻度を表す棒グラフ（Ｂ）、及びＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ変異体活性化のアロステリックモード（Ｃ）を示す。 図４Ａ〜図４Ｃは、Ｖ６５９Ｅ（Ａ）、Ｇ６６０Ｄ（Ｂ）及びＧ６６０Ｒ（Ｃ）Ｈｅｒ２ ＴＭドメイン変異体を媒介した細胞生存シグナル伝達がトラスツズマブによって遮断されることを、実証している。 図５Ａ及び図５Ｂは、Ｒ６６７Ｑ（Ａ）及びＲ６７８Ｑ（Ｂ）Ｈｅｒ２ ＪＭドメイン変異体を媒介した細胞生存シグナル伝達がトラスツズマブ及びペルツズマブによって遮断されることを、実証している。 Ｑ７０９Ｌ ＪＭドメイン変異体を媒介した生存シグナル伝達は、トランスツズマブ及びペルツズマブによって遮断されることを、実証している。 Ｈｅｒ２ ＴＭ／ＪＭ変異体が、指示されたＥＲＢＢ２キナーゼ阻害小分子薬に反応することを、実証している。 ＥｒｂＢ２受容体の多様なドメインを指示する概略図を示す。 天然ヒトＨｅｒ２／ＥｒｂＢ２の核酸配列（受託番号Ｘ０３３６３）（配列番号：１）を示す。 天然ヒトＨｅｒ２／ＥｒｂＢ２の核酸配列（受託番号Ｘ０３３６３）（配列番号：１）を示す。 天然ヒトＨｅｒ２／ＥｒｂＢ２の核酸配列（受託番号Ｘ０３３６３）（配列番号：１）を示す。 天然ヒトＨｅｒ２／ＥｒｂＢ２のタンパク質配列（受託番号Ｐ０４６２６）（配列番号：２）を示す。
本開示の慣行は、別途指示されていない限り、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学及び生化学等、当該技術分野における技術の範囲内に含まれる従来技術を用いる。そのような技術は、”Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎのような文献中で完全に説明されている（Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９）；”Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；”Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）；”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）；”Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”，４ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ＆ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｉｎｃ．，１９８７）；”Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ”（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ＆ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）；”Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）、及び”ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，（Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）。
定義
別途定義されていない限り、本明細書中に用いられている全ての技術用語、表記法及び他の科学用語は、本開示に関係する当業者に一般的に理解される意味を有することを意図したものである。いくつかの事例では、明確に及び／または容易に参照されることを期して、一般的に理解されている意味を持つ用語を本明細書中に定義し、そのような定義を本明細書中に含めることは、必ずしも、当該技術分野において一般的に理解されている内容とは実質的な相違のあることを表すものと解釈すべきでない。本明細書に記載または参照される技術及び手順は、一般的によく理解されており、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ ２ｎｄ．ｅｄｉｔｉｏｎ（１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．に記載されているような繁用されている分子クローニング方法論等、当業者による従来の方法論を用いて一般的に採用されている。適宜に、市販のキット及び試薬の使用を伴う手順は、別途特記されていない限り、製造業者が定義したプロトコル及び／またはパラメーターに従って遂行されるのが通例である。それゆえ、本方法、キット、及び使用について説明する前に、本発明は特定の方法論に限定されるものではなく、そのように記述されたプロトコル、細胞株、動物の種または属、構築物、及び試薬は、当然、可変であり得ることを理解されたい。また、本明細書において用いられている用語が特定の実施形態のみを記述するために使用されるものであり、添付の特許請求の範囲によってのみ限定される本開示の範囲を限定することを意図するものではないことも理解すべきである。
本明細書及び添付の特許請求の範囲において用いられている単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、文脈上別段の意味に解釈されることが明白でない限り、複数の指示対象を含むことに留意すべきである。
本明細書及び特許請求の範囲全体を通じて、単語「ｃｏｍｐｒｉｓｅ（含む）」、または「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ（含む）」もしくは「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」等の変形は、既定された整数または整数群を包含するが、いかなる他の整数または整数群をも排除することを意味するものではないことが理解されるであろう。
本明細書において同義的に用いられる、「ポリヌクレオチド」または「核酸」という用語は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを指し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基、及び／またはそれらの類似体、あるいはＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼによりポリマーに組み込むことができる任意の基質であり得る。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びそれらの類似体等の修飾されたヌクレオチドを含んでもよい。存在する場合には、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーの組立ての前または後に付与することが可能である。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって遮られ得る。ポリヌクレオチドは、例えば標識成分とのコンジュゲーションにより、重合化後に更に修飾することが可能である。他のタイプの修飾には、例えば、天然に存在するヌクレオチドのうちの１つ以上を類似体と置換する「キャップ」、ヌクレオチド間修飾、例えば、非電荷性結合（例えば、メチルホスホン酸塩、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメート等）によるもの、及び電荷性結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等）によるもの、例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リシン等）の懸垂部分を含むもの、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラーレン等）によるもの、キレート剤（例えば、金属、放射活性金属、ホウ素、酸化金属等）を含むもの、アルキル化剤を含むもの、修飾結合（例えば、αアノマー核酸等）によるもの、ならびにポリヌクレオチド（複数可）の未修飾形態が含まれる。更に、糖内に通常存在するヒドロキシル基のうちのいずれかは、例えば、ホスホン酸基、リン酸基により置換される場合もあれば、標準保護基を介して保護もしくは活性化されて追加的ヌクレオチドへの追加的結合を準備する場合もあれば、または固体支持体にコンジュゲートする場合もある。５’及び３’末端ＯＨをリン酸化するか、またはアミンもしくは１〜２０個の炭素原子の有機キャッピング基部分と置換することができる。他のヒドロキシルもまた、標準的な保護基に誘導体化することが可能である。また、ポリヌクレオチドには、例えば、２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−または２’−アジド−リボースを含む一般に当該技術分野において公知のリボースまたはデオキシリボース糖の類似形態、炭素環式糖類似体、αアノマー糖、エピマー糖（例えば、アラビノース、キシロースまたはリキソース）、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び脱塩基ヌクレオシド類似体（例えば、メチルリボシド）が含まれ得る。１つ以上のホスホジエステル結合は、他の連結基によって置換することが可能である。これらの他の連結基としては、限定されるものではないが、リン酸塩がＰ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、″（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯまたはＣＨ２（「ホルムアセタール」）に置換される実施形態が挙げられ、各ＲまたはＲ’は、各々独立してＨまたはエーテル（−−Ｏ−−）結合、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル、またはアラルジルを含んでいてもよい置換もしくは非置換アルキル（１−２０Ｃ）である。ポリヌクレオチド内の全ての結合が同一である必要はない。前述の説明は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む本明細書で言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
本明細書中に用いられている「オリゴヌクレオチド」は、少なくとも約７ヌクレオチド長、約２５０ヌクレオチド長未満の短い一本鎖ポリヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチドは合成であってもよい。用語「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」は、相互排他的ではない。ポリヌクレオチドに関する上記の説明は、等しく完全にオリゴヌクレオチドに適用可能である。
用語「プライマー」は、核酸にハイブリダイズすることができ、一般に遊離３’−ＯＨ基を提供することにより相補的核酸の重合を可能にする、一本鎖ポリヌクレオチドを指す。
本明細書において、「遺伝子」という用語は、ＤＮＡ配列であって、その鋳型またはメッセンジャーＲＮＡを通じて、特定のペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質の特徴であるアミノ酸の配列をコードする、ＤＮＡ配列を指す。「遺伝子」という用語は、ＲＮＡ産物をコードするＤＮＡ配列も指す。ゲノムＤＮＡを参照して本明細書において、「遺伝子」という用語は、介在する非コード領域ならびに調節領域を含み、５’及び３’末端を含む場合がある。
「体細胞性突然変異」または「体細胞性変異」という用語は、生殖系列細胞とは対照的に体細胞内で獲得される、ヌクレオチド配列における変化（例えば、１つ以上のヌクレオチドの挿入、欠失、逆位、または置換）を指す。本用語は、別段の指示がない限り、ヌクレオチド配列の相補体の対応する変化も包含する。
「活性化突然変異」または「活性化体細胞性突然変異」という用語は、本明細書において、腫瘍形成の促進に関与する突然変異を指すために、用いられている。
「アミノ酸変異」という用語は、参照配列に対するアミノ酸配列の変化（例えば、１つ以上のアミノ酸の挿入、置換、または欠失、例えば、内部欠失またはＮ末端もしくはＣ末端切断）を指す。
「変異」という用語は、ヌクレオチド変異またはアミノ酸変異のいずれかを指す。
用語「体細胞性突然変異に対応するヌクレオチド位置における遺伝的変異」、「体細胞性突然変異に対応するヌクレオチド位置におけるヌクレオチド変異」、及びそれらの文法的変型は、前記体細胞性突然変異により占拠される相対的な対応するＤＮＡ位置におけるポリヌクレオチド配列内のヌクレオチド変異を指す。本用語は、別段の指示がない限り、ヌクレオチド配列の相補体の対応する変化も包含する。
「アレイ」または「マイクロアレイ」という用語は、基質上のハイブリダイズ可能なアレイ要素、好ましくはポリヌクレオチドプローブ（例えば、オリゴヌクレオチド）の規則配置を指す。基質を、ガラススライド等の固体基質、またはニトロセルロース膜等の半固体基質としてもよい。
用語「増幅」は、参照核酸配列またはその相補体の１つ以上の複製を生成するプロセスを指す。増幅は、線形または指数関数的であってよい（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））。「複製」は、必ずしも鋳型配列に対して完全な配列相補性または同一性を意味するとは限らない。例えば、複製は、デオキシイノシン等のヌクレオチド類似体、意図的な配列変異（鋳型にハイブリダイズ可能であるが、完全に相補的ではない配列を含むプライマーを通じて導入される配列変異等）、及び／または増幅中に発生する配列エラーを伴う可能性がある。
用語「突然変異特異的オリゴヌクレオチド」は、ヌクレオチド変異（多くの場合、置換）を含む標的核酸の領域にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを指す。「体細胞性突然変異特異的ハイブリダイゼーション」とは、突然変異特異的オリゴヌクレオチドがその標的核酸にハイブリダイズすると、突然変異特異的オリゴヌクレオチド内のヌクレオチドがヌクレオチド変異に対し特異的に塩基対合することを意味する。特定のヌクレオチド変異に関して突然変異特異的ハイブリダイゼーション可能な体細胞性突然変異特異的オリゴヌクレオチドは、その変異「に対して特異的」であると言われる。
用語「標的配列」、「標的核酸」、または「標的核酸配列」は、一般に、ヌクレオチド変異の存在が疑われるか、または知られている目的のポリヌクレオチド配列を指し、増幅により生成されたそのような標的核酸の複製を含む。
「検出」という用語は、直接的及び間接的検出を含む、任意の検出手段を含む。
「がん」及び「がん性」という用語は、一般的に無秩序な細胞増殖を特徴とする哺乳動物の生理的病態を指す、または記述する。本開示に従って診断及び／または治療されるがんは、ＥｒｂＢ２突然変異の存在を特徴とする、任意の種類のがんである。具体的には、転移性または局所進行性の切除不能ながんを含み、限定されるものではないが、乳癌、扁平上皮癌、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、胃腸癌、膵臓癌、膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝臓癌、膀胱癌、肝癌、結腸癌、大腸癌、子宮内膜癌、唾液腺癌、腎臓癌、肝臓癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、及び様々な種類の頭頸部癌が挙げられる。
本明細書において、「抗がん治療剤」は、がんを治療するために使用される薬物を指す。本明細書において、抗がん治療剤の例としては限定されるものではないが、化学療法剤、ＨＥＲ二量体化阻害剤、ＨＥＲ抗体、ＨＥＲ抗体―薬物コンジュゲート、腫瘍関連抗原に対して作られる抗体、抗ホルモン化合物、サイトカイン類、ＥＧＦＲ標的薬、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤、増殖抑制剤及び抗体、細胞毒剤、アポトーシスを誘導する抗体、ＣＯＸ阻害剤、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、がん胎児性タンパク質ＣＡ１２５を結合する抗体、ＨＥＲ２ワクチン、Ｒａｆまたはｒａｓ阻害剤、リポソームドキソルビシン、トポテカン、タキサン、デュアルチロシンキナーゼ阻害剤、ＴＬＫ２８６、ＥＭＤ−７２００、ペルツズマブ、トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１、エルロチニブ、及びベバシズマブが挙げられる。
「ＥｒｂＢ２陽性がん」または「Ｈｅｒ２陽性がん」という用語は、細胞内、例えば細胞表面にＨｅｒ２タンパク質が存在する細胞を含むがんを指す。Ｈｅｒ２タンパク質は、例えば遺伝子増幅によって過剰発現する可能性もある。Ｈｅｒ２を過剰発現する腫瘍の免疫組織化学スコアによる評価及び生化学的判別は、以下のような、１細胞につき発現するＨｅｒ２分子のコピー数に従って行うことができる。０＝０−１０，０００コピー／細胞、１＋＝少なくとも約２００，０００コピー／細胞、２＋＝少なくとも約５００，０００コピー／細胞、３＋＝少なくとも約２，０００，０００コピー／細胞。３＋レベルでのＨｅｒ２の過剰発現は、チロシンキナーゼをリガンド非依存的に活性化するものであり（Ｈｕｄｚｉａｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８４：７１５９−７１６３［１９８７］）、乳癌の約３０％において発生し、その結果、これらの患者における無再発生存率及び全生存率が低下するに至る（Ｓｌａｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：７０７−７１２［１９８９］；Ｓｌａｍｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３５：１７７−１８２［１９８７］）。
「ＥｒｂＢ２変異がん」という用語は、ＥｒｂＢ２アミノ酸配列、とりわけ配列番号２の天然のヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の、膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異によって定義されるがんを指すことを目的に、本明細書中に用いられる。
本明細書中に用いられている「初期段階の乳癌」または「早期乳癌」または「ｅＢＣ」は、乳房または腋窩リンパ節を越えて広がっていない乳癌を指す。このようながんは、ネオアジュバントまたはアジュバント療法によって一般的に処置される。
「進行」がんとは、起始部位または器官の外に、局所浸潤または転移のいずれかによって広がったがんである。したがって、「進行」がんという用語は、「進行乳癌」のような、局所的に進行した疾患及び転移性疾患の両方を含む。
「難治性」がんとは、化学療法剤等の抗腫瘍剤ががん患者に投与されているにもかかわらず進行するがんである。抵抗性がんの例は、白金耐性であるがんである。
「再発」がんは、手術等の初期療法への反応後に、初期部位または遠位部位のいずれかにおいて再成長したものである。
「局所的再発」がんは、治療後に以前に治療されたがんと同じ場所で再発するがんである。
「切除不能な（ｎｏｎ−ｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ）」または「切除不能な（ｕｎｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ）」がんは、手術によって除去（切除）されることができない。
「アジュバント療法」または「アジュバント処置」または「アジュバント投与」は、手術後に施される全身療法を指す。
「ネオアジュバント療法」または「ネオアジュバント処置」または「ネオアジュバント投与」は、手術前に施される全身療法を指す。
「転移性」がんは、身体の１つの部分（例えば、乳房）から身体の別の部分へ広がっているがんを指す。
本明細書において、がんを発症する「リスクに曝されている」対象は、検出可能な疾患または疾患の症状を有していてもいなくてもよいし、本明細書に記載される診断方法の前に、検出可能な疾患または疾患の症状を呈していてもいなくてもよい。「リスクに曝されている」とは、本明細書に記載され且つ当該技術分野において公知であるように、がんの発症と相関する測定可能パラメーターである１つ以上のリスク因子を、対象が有することを意味する。これらのリスク因子を１つ以上有する対象は、これらのリスク因子（複数可）を１つ以上有さない対象よりもがんを発症する確率が高い。
「診断」という用語は、本明細書において、分子または病理病態、疾患もしくは病態、例えばがんの同定または分類を指すために用いられる。「診断」とは、例えば、分子構造によるがんの特定の亜型（例えば、特定の遺伝子または核酸領域内のヌクレオチド変異（複数可）により特徴付けられる患者亜集団）の分類も指す場合がある。
「診断を補助する」という用語は、本明細書において、がんの特定の種類の症状または病態の存在または性質に関する臨床的意思決定を下す一助となる方法を指すために用いられる。例えば、がんの診断を補助する方法は、個人由来の生体試料中のがんを示唆する１つ以上の遺伝子マーカーの存在もしくは非存在、またはがんを有するリスクの増大を測定することを含み得る。
「予後」という用語は、本明細書中に用いられている場合、がんを発症する確率を予測することを指す。用語「予測」は、患者が或る薬物もしくは一連の薬物に有利または不利に反応する確率を指すために用いられる。或る特定の実施形態において、予測は、そのような反応の程度に関する。或る特定の実施形態において、予測は、患者が、例えば、特定の治療剤を用いた治療等の治療後にならびに疾患の再発なしに一定期間にわたって生存もしくは寛解するか否か、及び／またはその確率に関する。本開示の予測方法を臨床的に用い、任意の特定の患者に合わせて最適な治療様式を選択することにより、治療上の決定を下すことができる。本開示の予測方法は、患者が、例えば、所定の治療剤もしくは併用薬の投与、外科的介入、ステロイド治療等をはじめとする所定の治療レジメン等の治療レジメンに対して良好に反応する可能性が高いかどうか、または治療レジメン後に患者が長期生存する可能性が高いかどうかを予測するうえで有益なツールである。
本明細書において、「治療」は、治療の対象となる個人または細胞の自然経過を変更する試みにおける臨床的介入を指し、臨床病理学の経過前または経過中に行うことができる。治療の望ましい効果は、疾患もしくは病態もしくはその症状の発生または再発を予防することと、疾患の病態または症状を軽減することと、疾患の任意の直接または間接的病理的帰結を低下させることと、疾患の進行速度を減少させることと、疾患状態を軽減または緩和することと、寛解または予後改善を達成することと、を含む。或る特定の実施形態において、本開示の方法及び組成物は、疾患または障害の発症を遅らせる試みにおいて有用である。
「医薬製剤」という用語は、その中に含有されている活性成分の生物学的活性を有効にするような形態の製剤であって、その製剤の投与対象となる対象に許容できないほど有毒な追加成分を含有しない製剤を指す。
「医薬的に許容される担体」は、対象にとって無毒である、活性成分以外の医薬的製剤中の成分を指す。医薬的に許容される担体としては、限定されるものではないが、緩衝液、賦形剤、安定剤、または保存剤が挙げられる。
「有効な量」は、所望の治療結果または予防結果を達成するために必要な薬用量及び期間に有効な量を指す。治療剤の「治療上有効な量」は、個人の疾患状態、年齢、性別、及び体重等の要因、ならびに個人における所望の反応を抗体が誘発する能力に応じて変動し得る。治療上有効な量はまた、治療上有益な効果が、治療剤の任意の毒性または有害効果を上回る量でもある。がんの場合、治療有効量の薬物は、がん細胞の数を減少させ、腫瘍サイズを縮小し、末梢器官へのがん細胞浸潤を阻害（すなわち、或る程度まで減速及び好ましくは停止）し、腫瘍転移を阻害（すなわち、或る程度まで減速及び好ましくは停止）し、腫瘍成長を或る程度まで阻害し、及び／またはがんに付随する症状のうちの１つ以上を或る程度軽減し得る。薬物が既存のがん細胞の増殖の阻止及び／またはそれらの殺滅を行うことができる限り、この薬物は細胞増殖抑制性であっても、及び／または細胞毒性である場合もある。有効量によって、例えば、無増悪生存率が上昇し（例えば、固体腫瘍の奏功評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）もしくはＣＡ−１２５変化によって測定される）、客観的奏功がもたらされ（部分奏功（ＰＲ）もしくは完全奏功（ＣＲ））、全生存期間が延長し、及び／またはがんの１つ以上の症状が改善される（例えば、ＦＯＳＩによって評価される）。
「予防上有効な量」は、所望の予防結果を達成するために必要な薬用量及び期間に有効な量を指す。典型的であって必ずしもそうではないが、疾患の早期段階前または早期段階で予防用量が対象において用いられるため、予防上有効な量は、治療上有効な量よりも少ない。「個人」、「対象」または「患者」は脊椎動物である。或る特定の実施形態において、脊椎動物は哺乳類である。哺乳類としては、限定されるものではないが、霊長類（ヒト及び非ヒト霊長類を含む）ならびに齧歯類（例えば、マウス及びラット）が挙げられる。或る特定の実施形態において、哺乳類はヒトである。
本明細書中に用いられている「患者亜集団」及びその文法的変化形は、患者サブセットを、その帰属先となるより広範な疾患カテゴリーの他の患者サブセットと区別する１つ以上の特徴的な測定可能及び／または同定可能な特徴を有するものとして特徴付けられる、患者サブセットを指す。このような特徴は、疾患のサブカテゴリー、性別、生活様式、既往歴、関与する器官／組織、治療歴等を含む。或る特定の実施形態において、患者亜集団は、特定のヌクレオチド位置及び／または領域（例えば、体細胞性突然変異）内のヌクレオチド変異を含む、核酸シグニチャにより特徴付けられる。
「対照対象」とは、がんと診断されていない、がんに付随する任意の兆候または症状を患っていない、健常な対象を指す。
用語「試料」は、本明細書において、例えば、物理的、生化学的、化学的、及び／または生理学的特徴に基づいて特徴付けられる、及び／または同定される細胞及び／または他の分子的実体を含む、目的の対象から採取されたかもしくはその対象由来の組成物を指す。例えば、「疾患試料」という用語、ならびにその変化形は、特性化される細胞実体及び／または分子実体を含有することが予想されるか、または含有することが知られている、目的の対象から採取される任意の試料を指す。
「前記組織または細胞試料」は、対象または患者の組織から採取される同様の細胞の集合を意味する。前記組織または細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結した、及び／または保存された器官もしくは組織試料、あるいは生検または吸引液から等の固形組織；血液または任意の血液構成物；血清、尿、喀痰または唾液等の体液であり得る。組織試料はまた、初代または培養細胞または細胞株であってもよい。任意で、組織または細胞試料は、疾患組織／器官から採取される。組織試料は、保存剤、抗凝固剤、緩衝液、固定剤、栄養剤、または抗生物質等の天然の組織と天然では混合しない化合物を含有し得る。「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「対照試料」、「対照細胞」、または「対照組織」は、本明細書において、本開示の方法または組成物が同定に用いられる疾患もしくは病態に罹患していないことが知られる、または罹患していないと考えられる供給源から採取される試料、細胞、または組織を指す。或る特定の実施形態において、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞もしくは対照組織は、疾患または病態が、本開示の組成物もしくは方法を用いて同定される同一対象または患者の身体の健常な部分から採取される。或る特定の実施形態では、本開示の組成物または方法を用いて疾患もしくは病態が同定される対象でも患者でもない個人の身体の健常な部分から、参照試料、参照細胞、参照組織、対照試料、対照細胞もしくは対照組織が採取される。
本明細書における目的に合わせて、組織試料の「切片」とは、組織試料の単一部分または単一片、例えば、組織試料から切断された組織または細胞の薄片である。組織試料の複数の切片を、本開示に従って採取し、分析に供し得ることが理解されるが、但し、本開示は、組織試料の同じ切片を、形態学的レベル及び分子レベルの両方で分析するか、またはタンパク質及び核酸の両方に関して分析する方法を含むことが理解されることを条件とする。
「相関する」または「相関」という用語は、任意の方法で、第１の分析もしくはプロトコルの性能及び／または結果を、第２の分析もしくはプロトコルの性能及び／または結果と比較することを指す。例えば、第２のプロトコルを遂行する際に第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用してもよいし、及び／または第１の分析もしくはプロトコルの結果を使用して、第２の分析もしくはプロトコルを実施すべきかどうかを決定しても差し支えない。遺伝子発現分析またはプロトコルの実施形態に関して、この遺伝子発現分析またはプロトコルの結果を用いて、特定の治療レジメンを行うべきか否かを決定してもよい。
「小分子」または「有機小分子」は、本明細書において、約５００ダルトン以下の分子量を有する有機分子として定義される。
本明細書中に用いられている「標識」という語は、検出可能な化合物または組成物を指す。標識は、それ自体が検出可能であり得るか（例えば、放射性同位標識または蛍光標識）、または酵素標識の場合、検出可能な産物を生ずる基質化合物または組成物の化学的変質を触媒し得る。検出可能な標識として機能し得る放射性核種としては、例えば、１−１３１、１−１２３、１−１２５、Ｙ−９０、Ｒｅ−１８８、Ｒｅ−１８６、Ａｔ−２１１、Ｃｕ−６７、Ｂｉ−２１２、及びＰｄ−１０９が挙げられる。
本明細書における「約」の値またはパラメーターに対する言及は、その値またはパラメーター自体に向けられる実施形態を含む（且つ説明する）。例えば、「約Ｘ」について言及した説明は、「Ｘ」の説明を含む。
本明細書において「添付文書」という用語は、治療用製品の市販のパッケージに通例含まれ、かかる治療用製品の使用に関する指示、用法、薬用量、投与、併用療法、禁忌、及び／または警告についての情報を含む説明書を指すために使用される。
用語「抗体」及び「免疫グロブリン」は、最も広い意味で同義的に用いられ、モノクローナル抗体（例えば、完全長または正常なモノクローナル抗体）、ポリクローナル抗体、一価抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、所望の生物活性を呈する限り二重特異性抗体）を含み、（本明細書においてより詳細に説明されるように）或る特定の抗体断片を含んでもよい。抗体は、キメラ、ヒト、ヒト化、及び／または親和性成熟であり得る。「抗体フラグメント」は、無傷抗体の一部分を含み、好ましくはその抗原結合領域を含む。抗体断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片、ダイアボディ、直鎖状抗体、一本鎖抗体分子、ならびに抗体断片から形成される多重特異性抗体が含まれる。
本開示の抗体は、関心対象の抗原に「結合する」ものであり、本抗体が、抗原を発現するタンパク質もしくは細胞もしくは組織を標的とする診断薬及び／または治療剤として有用とされるように、十分な親和性をもって抗原に結合する。抗体の標的分子への結合に関して、特定のポリペプチドまたは特定のポリペプチド標的上のエピトープへの「特異的結合」またはそれ「に対し特異的に結合する」またはそれ「に特異的」という用語は、非特異的相互作用とは測定可能に異なる結合を意味する。特異的結合は、例えば、分子の結合を対照分子の結合と比較して判別することによって測定することが可能である。例えば、特異的結合は、標的に類似した対照分子、例えば、過剰な標識されていない標的との競合によって判別し得る。
「Ｈｅｒ受容体」または「ＥｒｂＢ受容体」は、Ｈｅｒ受容体ファミリーに属する受容体タンパク質チロシンキナーゼであり、ＥＧＦＲ（ＥｒｂＢ１、Ｈｅｒ１）、Ｈｅｒ２（ＥｒｂＢ２）、Ｈｅｒ３（ＥｒｂＢ３）及びＨｅｒ４（ＥｒｂＢ４）受容体が包含される。
「ＥｒｂＢ１」、「Ｈｅｒ１」、「上皮成長因子受容体」及び「ＥＧＦＲ」という用語は、本明細書中で同義に用いられ、例えば、Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５６：８８１−９１４（１９８７）中に開示されているようなＥＧＦＲを指す。このＥＧＦＲには、その天然に存在する突然変異体形態（例えば、Ｕｌｌｒｉｃｈ ｅｔ ａｌ、Ｎａｔｕｒｅ（１９８４）３０９：４１８４２５及びＨｕｍｐｈｒｅｙ ｅｔ ａｌ．ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８７：４２０７−４２１１（１９９０）のような欠失変異体ＥＧＦＲ）、ならびにその変異体、例えばＥＧＦＲｖＩＩＩが包含される。また、ＥＧＦＲの変異型には、欠失変異型、置換変異型及び挿入変異型、例えば、Ｌｙｎｃｈ ｅｔ ａｌ．に記載されているものも包含される（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ ２００４，３５０：２１２９）、Ｐａｅｚ ｅｔ ａｌ（Ｓｃｉｅｎｃｅ ２００４，３０４：１４９７）、及びＰａｏ ｅｔ ａｌ（ＰＮＡＳ ２００４，１０１：１３３０６）。
発現「ＥｒｂＢ２」及び「Ｈｅｒ２」は、本明細書中で同義に用いられ、例えば、Ｓｅｍｂａ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ（ＵＳＡ）８２：６４９７−６５０１（１９８５）、及びＹａｍａｍｏｔｏ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ３１９：２３０−２３４（１９８６）（Ｇｅｎｅｂａｎｋ ａｃｃｅｓｓｉｏｎ ｎｕｍｂｅｒ Ｘ０３３６３）中に記載されているヒトＨｅｒ２タンパク質を指す。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２受容体は、配列番号：２に示されるアミノ酸配列を含む。
本明細書において用いられている「Ｈｅｒ２細胞外ドメイン」または「Ｈｅｒ２ ＥＣＤ」は、細胞膜に結合されるか、循環中にそのフラグメントを含むかのいずれか一方である、細胞の外側にあるＨｅｒ２のドメインを指す。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ２の細胞外ドメインは、４つのドメイン：「ドメインＩ」（約２２〜１９５のアミノ酸残基、「ドメインＩＩ」（約１９６〜３２１のアミノ酸残基）、「ドメインＩＩＩ」（約３２２〜４９８のアミノ酸残基）、及び「ドメインＩＶ」（約４９９〜６４８のアミノ酸残基）（シグナルペプチド含まない残基の番号付け）を含み得る。Ｇａｒｒｅｔｔ ｅｔ ａｌ．Ｍｏｌ．Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．１１：４９５−５０５（２００３），Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ４２１：７５６−７６０（２００３），Ｆｒａｎｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７−３２８（２００４）、及びＰｌｏｗｍａｎ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ９０：１７４６−１７５０（１９９３）を参照のこと。
Ｈｅｒ２の「膜貫通ドメイン」または「ＴＭドメイン」とは、細胞膜のリン脂質二重層全体に広がり、且つ膜内に熱力学的に安定な三次元構造を有する、タンパク質のセグメントを指す。これは、例えば、単一のαヘリックスである場合もあれば、膜貫通βバレルである場合もあれば、または典型的にはより疎水性の残基で構成されるβヘリックス構造である場合もある。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ２の膜貫通ドメインは約６４９〜６７５のアミノ酸残基を含む（図８を参照）。
Ｈｅｒ２の「膜近傍ドメイン」または「ＪＭドメイン」とは、膜貫通ドメインを触媒ドメインに接続し、且つシグナル変換においてＴＭドメインと相乗的に作用する可能性が高いドメインを指す。膜近傍ドメインは通常、長さが４０〜８０残基で、膜表面近くに位置するいくつかの基本残基（Ｌｙｓ及びＡｒｇ）が含有されている。この領域内のアミノ酸は、シグナル伝達分子の結合部位及びリン酸化部位として機能することが、明らかにされてきた。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ２の膜貫通ドメインは約６７６〜７１４のアミノ酸残基を含む（図８を参照）。
「ＥｒｂＢ３」及び「Ｈｅｒ３」とは、例えば、米国特許第５，１８３，８８４号及び同第５，４８０，９６８号、ならびにＫｒａｕｓ ｅｔ ａｌ．ＰＮＡＳ（ＵＮＡ）８６：９１９３−９１９７（１９８９）に開示されている受容体ポリペプチドを指す。
本明細書において、「Ｈｅｒ３細胞外ドメイン」または「Ｈｅｒ３ ＥＣＤ」または「ＥｒｂＢ３細胞外ドメイン」は、細胞膜に結合されるか、循環中にそのフラグメントを含むかのいずれか一方である、細胞の外側にあるＨｅｒ３のドメインを指す。
本明細書における用語「ＥｒｂＢ４」及び「Ｈｅｒ４」は、例えば、欧州特許出願公開第５９９，２７４号、Ｐｌｏｗｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ ＵＳＡ，９０：１７４６−１７５０（１９９３）、及びＰｌｏｗｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３６６：４７３−４７５（１９９３）に開示されている受容体ポリペプチド（例えば、１９９９年４月２２日に発行されたＷＯ９９／１９４８８号に開示されているような、そのアイソフォームを含む）を指す。
「エピトープ」という用語は、抗体が結合する抗原分子上の特定の部位を指す。
「エピトープ４ Ｄ５」または「４ Ｄ５エピトープ」または「４ Ｄ５」は、抗体４ Ｄ５（ＡＴＣＣ ＣＲＬ １０４６３）及びトラスツズマブが結合するＨｅｒ２の細胞外ドメイン内の領域である。このエピトープは、Ｈｅｒ２の膜貫通ドメインに近くにあり、Ｈｅｒ２のドメインＩＶ内にある。４ Ｄ５エピトープに結合する抗体をスクリーニングする場合、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ（１９８８）に記載されるもの等のルーチンクロスブロッキングアッセイを行ってもよい。代替的に、エピトープマッピングを行い、抗体がＨｅｒ２の４ Ｄ５エピトープ（例えば、Ｈｅｒ２を含む約残基５５０〜約残基６１０に由来する領域内の任意の１つ以上の残基（配列番号２））に結合するかどうかを評価することができる。
「エピトープ２Ｃ４」または「２Ｃ４エピトープ」は、抗体２Ｃ４が結合するＨｅｒ２の細胞外ドメイン内の領域である。２Ｃ４エピトープに結合する抗体をスクリーニングする目的で、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ（１９８８）に記載されるもの等のルーチンクロスブロッキングアッセイを行ってもよい。代替的に、エピトープマッピングを行い、抗体がＨｅｒ２の２Ｃ４エピトープに結合するかどうかを評価してもよい。エピトープ２Ｃ４は、Ｈｅｒ２の細胞外ドメイン内のドメインＩＩからの残基を含む。２Ｃ４抗体及びペルツズマブは、ドメインＩ、ＩＩ、及びＩＩＩの接合部でＨｅｒ２の細胞外ドメインに結合する（Ｆｒａｎｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７−３２８（２００４）。
本明細書において「Ｈｅｒヘテロ二量体」は、ＥＧＦＲ−Ｈｅｒ２、ＥＧＦＲ−Ｈｅｒ３、ＥＧＦＲ−Ｈｅｒ４、Ｈｅｒ２−Ｈｅｒ３またはＨｅｒ２−Ｈｅｒ４ヘテロ二量体等の、少なくとも２個の異なるＨｅｒ受容体を含む非共有結合的に会合したヘテロ二量体である。
「Ｈｅｒ阻害剤」または「ＥｒｂＢ阻害剤」または「ＥｒｂＢアンタゴニスト」は、Ｈｅｒの活性化または機能を妨げる薬剤である。Ｈｅｒ阻害剤の例としては、Ｈｅｒ抗体（例：ＥＧＦＲ、Ｈｅｒ２、Ｈｅｒ３、またはＨｅｒ４抗体）；ＥＧＦＲを標的とした薬物；小分子Ｈｅｒアンタゴニスト；Ｈｅｒチロシンキナーゼ阻害剤；ラパチニブ／ＧＷ５７２０１６のような、Ｈｅｒ２及びＥＧＦＲデュアルチロシンキナーゼ阻害剤；アンチセンス分子（例えば、ＷＯ２００４／８７２０７号を参照）、及び／またはＭＡＰＫやＡｋｔ等の下流シグナル分子に結合するか、その機能を妨害する薬剤が挙げられる。Ｈｅｒ阻害剤は、Ｈｅｒ受容体に結合する抗体であることが好ましい。Ｈｅｒ阻害剤とは、特定のＨｅｒ受容体に対して特異的に結合し、そのシグナル伝達活性を防止または低減する一方、他のＨｅｒ受容体に対しては特異的に結合しない、化合物を指すのが一般的である。例えば、Ｈｅｒ３アンタゴニストは、特異的に結合してその活性を低下させる反面で、ＥＧＦＲ、Ｈｅｒ２またはＨｅｒ４には特異的に結合しない。
「Ｈｅｒ二量体化阻害剤」または「ＨＤＩ」とは、Ｈｅｒホモ二量体またはＨｅｒヘテロ二量体が形成されるのを阻害する、薬剤である。Ｈｅｒ二量体化阻害剤は、抗体であることが好ましい。一方、Ｈｅｒ二量体化阻害剤には、ペプチド及び非ペプチド小分子、ならびにＨｅｒホモまたはヘテロ二量体の形成を阻害する他の化学物質も含まれる。
「Ｈｅｒ二量体化を阻害する」抗体は、基礎となるメカニズムには関係なく、Ｈｅｒ二量体の形成を阻害するか、またはＨｅｒ二量体の形成に干渉する抗体である。或る特定の実施形態において、このような抗体は、Ｈｅｒ２にそのヘテロ二量体結合部位で結合するのが、好ましい。二量体化阻害抗体の特定例を１つ挙げるとすると、ペルツズマブ（Ｐｍａｂ）またはＭＡｂ ２Ｃ４である。Ｈｅｒ二量体化阻害剤の他の例としては限定されるものではないが、ＥＧＦＲに結合し、その１つ以上の他のＨｅｒ受容体との二量体化を阻害する抗体（例えば、活性化または「非繋留」ＥＧＦＲに結合するＥＧＦＲモノクローナル抗体８０６、ＭＡｂ ８０６（Ｊｏｈｎｓ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７９（２９）：３０３７５−３０３８４（２００４）を参照）とのその二量体化を阻害する抗体；Ｈｅｒ３に結合して１つ以上の他のＨｅｒ受容体とのその二量体化を阻害する抗体、及びＨｅｒ４に結合して１つ以上の他のＨｅｒ受容体とのその二量体化を阻害する抗体（米国特許第６，４１７，１６８号）；アンチセンス二量体化阻害剤等が挙げられる。
「Ｈｅｒ抗体」とは、Ｈｅｒ受容体に結合する抗体である。任意選択で、Ｈｅｒ抗体は、Ｈｅｒ活性化または機能に更に干渉する。特定のＨｅｒ２抗体には、ペルツズマブ及びトラスツズマブが含まれる。特定のＥＧＦＲ抗体の例としては、セツキシマブ及びパニツムマブが挙げられる。Ｈｅｒ２抗体に関連する特許公報として挙げられるのは、以下の通り：米国特許第５，６７７，１７１号、同第５，７２０，９３７号、同第５，７２０，９５４号、同第５，７２５，８５６号、同第５，７７０，１９５号、同第５，７７２，９９７号、同第５，７２５，８５６号、同第５，７７２，９９７号、同第６，１６５，４６４，６，３８７，３７１号、同第６，３９９，０６３号、同第６，０１５，５６７号、同第６，３３３，１６９号、同第４，９６８，６０３号、同第５，８２１，３３７号、同第６，０５４，２９７号、同第６，４０７，２１３号、同第６，６３９，０５５号、同第７，１２９，８４０号、同第７，０１８，８０９号、同第６，６９５，９４０号、同第６，８２１，５１５号、同第７，０６０，２６８号、同第７，６８２，６０９号、同第７，３７１，３７６号、同第６，３３３，３９８，６，７９７，８１４号、同第７，５３１，６４５号、同第７，８４６，４４１号、同第７，８９２，５４９号、同第６，９０５，８３０号、同第７，３４４，８４０，７，４６８，２５２号、同第７，６７４，５８９号、同第６，９４９，２４５号、同第７，４８５，３０２号、同第７，４９８，０３０号、同第７，５０１，１２２号、同第７，５３７，９３１号、同第７，６１８，６３１号、同第７，８６２，８１７号、同第７，０４１，２９２号、同第７，３７１，３７９号、同第６，６３２，９７９号、同第７，０９７，８４０号、同第６，９８４，４９４，７，２７９，２８７号、同第７，８１１，７７３号、同第７，４３５，７９７，７，８５０，９６６号、同第７，７００，２９９号、同第８，５９１，８９７号、及び米国特許出願公開第２０１０／００１６５５６号、米国特許出願公開第２００５／０２４４９２９号、米国特許出願公開第２００１／００１４３２６号、米国特許出願公開第２００３／０２０２９７２号、米国特許出願公開第２００６／００９９２０１号、米国特許出願公開第２０１０／０１５８８９９号、米国特許出願公開第２０１１／０２３６３８３号、米国特許出願公開第２０１１／００３３４６０号、米国特許出願公開第２００５／００６３９７２号、米国特許出願公開第２００６／０１８７３９号、米国特許出願公開第２００９／０２２０４９２号、米国特許出願公開第２００３／０１４７８８４号、米国特許出願公開第２００４／００３７８２３号、米国特許出願公開第２００５／０００２９２８号、米国特許出願公開第２００７／０２９２４１９号、米国特許出願公開第２００８／０１８７５３３号、米国特許出願公開第２００３／０１５２９８７号、米国特許出願公開第２００５／０１００９４４号、米国特許出願公開第２００６／０１８３１５０号、米国特許出願公開第２００８／００５０７４８号、米国特許出願公開第２０１０／０１２００５３号、米国特許出願公開第２００５／０２４４４１７号、米国特許出願公開第２００７／００２６００１号、米国特許出願公開第２００８／０１６００２６号、米国特許出願公開第２００８／０２４１１４６号、米国特許出願公開第２００５／０２０８０４３号、米国特許出願公開第２００５／０２３８６４０号、米国特許出願公開第２００６／００３４８４２号、米国特許出願公開第２００６／００７３１４３号、米国特許出願公開第２００６／０１９３８５４号、米国特許出願公開第２００６／０１９８８４３号、米国特許出願公開第２０１１／０１２９４６４号、米国特許出願公開第２００７／０１８４０５５号、米国特許出願公開第２００７／０２６９４２９号、米国特許出願公開第２００８／００５０３７３号、米国特許出願公開第２００６／００８３７３９号、米国特許出願公開第２００９／００８７４３２号、米国特許出願公開第２００６／０２１０５６１号、米国特許出願公開第２００２／００３５７３６号、米国特許出願公開第２００２／０００１５８７号、米国特許出願公開第２００８／０２２６６５９号、米国特許出願公開第２００２／００９０６６２号、米国特許出願公開第２００６／００４６２７０号、米国特許出願公開第２００８／０１０８０９６号、米国特許出願公開第００７／０１６６７５３号、米国特許出願公開第２００８／０１１２９５８号、米国特許出願公開第２００９／０２３９２３６号、米国特許出願公開第２００４／００８２０４号、米国特許出願公開第２００９／０１８７００７号、米国特許出願公開第２００４／０１０６１６１号、米国特許出願公開第２０１１／０１１７０９６号、米国特許出願公開第２００４／０４８５２５号、米国特許出願公開第２００４／０２５８６８５号、米国特許出願公開第２００９／０１４８４０１号、米国特許出願公開第２０１１／０１１７０９７号、米国特許出願公開第２００６／００３４８４０号、米国特許出願公開第２０１１／００６４７３７号、米国特許出願公開第２００５／０２７６８１２号、米国特許出願公開第２００８／０１７１０４０号、米国特許出願公開第２００９／０２０２５３６号、米国特許出願公開第２００６／００１３８１９号、米国特許出願公開第２００６／００１８８９９号、米国特許出願公開第２００９／０２８５８３７号、米国特許出願公開第２０１１／０１１７０９７号、米国特許出願公開第２００６／００８８５２３号、米国特許出願公開第２０１０／００１５１５７号、米国特許出願公開第２００６／０１２１０４４号、米国特許出願公開第２００８／０３１７７５３号、米国特許出願公開第２００６／０１６５７０２号、米国特許出願公開第２００９／００８１２２３号、米国特許出願公開第２００６／０１８８５０９号、米国特許出願公開第２００９／０１５５２５９号、米国特許出願公開第２０１１／０１６５１５７号、米国特許出願公開第２００６／０２０４５０５号、米国特許出願公開第２００６／０２１２９５６号、米国特許出願公開第２００６／０２７５３０５号、米国特許出願公開第２００７／０００９９７６号、米国特許出願公開第２００７／００２０２６１号、米国特許出願公開第２００７／００３７２２８号、米国特許出願公開第２０１０／０１１２６０３号、米国特許出願公開第２００６／００６７９３０号、米国特許出願公開第２００７／０２２４２０３号、米国特許出願公開第２００８／００３８２７１号、米国特許出願公開第２００８／００５０３８５；２０１０／０２８５０１０号、米国特許出願公開第２００８／０１０２０６９号、米国特許出願公開第２０１０／０００８９７５号、米国特許出願公開第２０１１／００２７１９０号、米国特許出願公開第２０１０／０２９８１５６号、米国特許出願公開第２００９／００９８１３５号、米国特許出願公開第２００９／０１４８４３５号、米国特許出願公開第２００９／０２０２５４６号、米国特許出願公開第２００９／０２２６４５５号、米国特許出願公開第２００９／０３１７３８７号、及び米国特許出願公開第２０１１／００４４９７７号。これらの文献は、その内容全体が本明細書において参照により援用されている。
「Ｈｅｒの活性化」とは、いずれか１つ以上のＨｅｒ受容体が活性化またはリン酸化されることを指す。一般的に、Ｈｅｒ活性化は、シグナル伝達（例えば、Ｈｅｒ受容体中のチロシン残基をリン酸化するＨｅｒ受容体の細胞内キナーゼドメイン、または基質ポリペプチドによって生じた）をもたらす。Ｈｅｒ活性化は、対象となるＨｅｒ受容体を含むＨｅｒ二量体に結合するＨｅｒリガンドによって媒介されることができる。Ｈｅｒ二量体に結合するＨｅｒリガンドは、二量体中のＨｅｒ受容体のうちの１つ以上のキナーゼドメインを活性化することにより、Ｈｅｒ受容体のうちの１つ以上中のチロシン残基のリン酸化、及び／またはＡｋｔまたはＭＡＰＫ細胞内キナーゼ等の追加の基質ポリペプチド（複数可）中のチロシン残基のリン酸化に帰結し得る。
「リン酸化」は、Ｈｅｒ受容体等のタンパク質、またはその基質への１つ以上のリン酸基（複数可）の追加を指す。
Ｈｅｒ２上の「ヘテロ二量体結合部位」は、それらによる二量体の形成時にＥＧＦＲ、Ｈｅｒ３またはＨｅｒ４の細胞外ドメイン中の領域に接触する、またはその領域と境界で接する、Ｈｅｒ２の細胞外ドメイン中の領域を指す。この領域は、Ｈｅｒ２のドメインＩＩ内に見つかる。Ｆｒａｎｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７−３２８（２００４）。
Ｈｅｒ２の「ヘテロ二量体結合部位に結合する」Ｈｅｒ２抗体は、ドメインＩＩ内の残基に結合し（また、ドメインＩ及びＩＩＩ等、Ｈｅｒ２細胞外ドメインの他のドメイン内の残基にも結合して）、Ｈｅｒ２−ＥＧＦＲ、Ｈｅｒ２−Ｈｅｒ３、またはＨｅｒ２−Ｈｅｒ４ヘテロ二量体の形成を、少なくとも或る程度まで、立体的に妨げる可能性がある。Ｆｒａｎｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ５：３１７−３２８（２００４）は、ＲＣＳＢタンパク質構造データバンク（ＩＤコードＩＳ７８）に寄託されたＨｅｒ２ペルツズマブ結晶構造を特徴付け、Ｈｅｒ２のヘテロ二量体結合部位に結合する例示的な抗体を例証している。Ｈｅｒ２の「ドメインＩＩに結合する」抗体は、ドメインＩＩの残基、ならびに任意でドメインＩ及びＩＩＩのような、Ｈｅｒ２の他のドメイン（複数可）の残基に結合する。
本明細書中に開示されている様々な抗体について記載するために用いられる場合、「単離」は、抗体が発現された細胞または細胞培養物から同定され、分離及び／または回収されている、抗体を意味する。その天然環境の混入成分は、典型的にはポリペプチドの診断的または治療的使用を妨害する材料であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性または非タンパク質性溶質を含み得る。好ましい実施形態において、抗体は、（１）スピニングカップシークエネーター（ｓｐｉｎｎｉｎｇ ｃｕｐ ｓｅｑｕｅｎａｔｏｒ）を使用してＮ末端もしくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５個の残基を得るのに十分な程度まで、または（２）クマシーブルーもしくは好ましくは銀染色を使用して非還元条件または還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥを介して均質になるまで精製される。単離された抗体としては、組換え細胞内のインサイツ抗体が挙げられるが、これは、ポリペプチド天然環境の少なくとも１つの成分が存在しないためである。しかしながら、通常、単離されたポリペプチドは、少なくとも１つの精製ステップにより調製される。
「ＥｒｂＢ２陽性がん検出剤」とは、ＥｒｂＢ２核酸配列またはアミノ酸配列内のＥｒｂＢ２陽性がんに付随する突然変異を検出できる薬剤を指す。検出剤は、ＥｒｂＢ２配列に対し特異的に結合できる試薬を含むのが、通例である。好ましい実施形態において、試薬は、ＥｒｂＢ２核酸配列内のＥｒｂＢ２突然変異に対し特異的に結合し得る。或る特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、突然変異を含むＥｒｂＢ２配列に対し特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む、プローブである。或る特定の実施形態において、検出剤は、ＥｒｂＢ２アミノ酸配列に対し特異的に結合できる試薬を含む。或る特定の実施形態において、アミノ酸配列は、本明細書に記載の突然変異を含む。検出剤は更に、標識を含み得る。
ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異
本開示は、対象由来の試料中のがんに付随するＥｒｂＢ２体細胞性突然変異の存在または非存在を検出する方法を提供する。本開示は、対象由来の試料中のこれらの体細胞性突然変異の１つ以上の存在または非存在を検出することによる、がんの診断及び予知方法であって、体細胞性突然変異の存在は対象ががんを有することを示唆するものである、方法を更に提供する。がんのリスクと関連付けられたＥｒｂＢ２体細胞性突然変異は、ゲノム全領域関連研究、修飾因子スクリーニング、及び家族ベースのスクリーニングを含む戦略を用いて同定された。
本開示の方法に用いるための体細胞性突然変異もしくは変異としては、ＥｒｂＢ２（またはこのタンパク質をコードする遺伝子）における変異が挙げられる。或る特定の実施形態において、体細胞性突然変異は、遺伝子をコードするゲノムＤＮＡ（またはその調節領域）におけるものである。或る特定の実施形態において、体細胞性突然変異は、ＥｒｂＢ２をコードする核酸の置換、挿入、または欠失である（配列番号１の核酸配列、図９（受託番号Ｘ０３３６３）、及び配列番号２のタンパク質配列、図１０（受託番号Ｐ０４６２６）を参照）。
或る特定の実施形態において、変異は、Ｈｅｒ２の膜貫通（ＴＭ）ドメイン、膜近傍（ＪＭ）ドメイン、及び／または隣接領域におけるアミノ酸置換に帰結する、突然変異である。或る特定の実施形態において、変異は、ＥｒｂＢ２のアミノ酸置換、挿入、切断、または欠失である。或る特定の実施形態において、変異は、アミノ酸置換である。
体細胞性突然変異の検出
本明細書に記載される検出方法のいずれかにおいて用いられる核酸は、ゲノムＤＮＡ、ゲノムＤＮＡから転写されるＲＮＡ、またはＲＮＡから生成されるｃＤＮＡであってよい。核酸は、脊椎動物、例えば、哺乳類に由来し得る。核酸は、その供給源から直接得られる場合、またはその供給源において見出される核酸の複製である場合、特定の供給源「に由来する」と言われる。
或る特定の実施形態において、核酸は、核酸の複製、例えば、増幅から生じる核酸の複製を含む。増幅は、場合によっては、例えば、変異を検出するための所望の量の材料を得るために望ましいことがある。次に、単位複製配列を、以下に記載されるもの等の変異検出法に供して、変異が単位複製配列内に存在するか否かを判別し得る。
体細胞性突然変異または変異は、当業者に公知の或る特定の方法により検出することが可能である。そのような方法としては、限定されるものではないが、ＤＮＡシーケンス；プライマー伸長アッセイ、例えば、体細胞性突然変異特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ及び体細胞性突然変異特異的プライマー伸長アッセイ（体細胞性突然変異特異的ＰＣＲ、体細胞性突然変異特異的なライゲーション連鎖反応（ＬＣＲ）、及びギャップＬＣＲ等）；突然変異特異的オリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイ（オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ等）；開裂剤に対する防護を用いて核酸二本鎖内のミスマッチ塩基を検出する、開裂保護アッセイ；ＭｕｔＳタンパク質結合の分析；変異型及び野生型核酸分子の移動度を比較する、電気泳動分析；変性勾配ゲル電気泳動（例えば、Ｍｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ ３１３：４９５）に記載のＤＧＧＥ；ミスマッチ塩基対でのＲＮａｓｅ開裂の分析；ヘテロ二重鎖ＤＮＡの化学的または酵素的開裂の分析；質量アッセイ（ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ等）；遺伝的ビット分析（ＧＢＡ）；５’ヌクレアーゼアッセイ（ＴａｑＭａｎＴｍ等）、及び分子ビーコンを使用するアッセイが挙げられる。これらの方法のうちの一部については、以下に更に詳述する。
標的核酸における変異の検出は、当該技術分野において周知の技術を用いて標的核酸の分子クローニング及び配列決定により達成することが可能である。代替的に、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような増幅技術を用いて、腫瘍組織由来のゲノムＤＮＡ調製物から直接的に標的核酸配列を増幅してもよい。次に、増幅された配列の核酸配列を判別し、それにより変異を同定することができる。増幅技術は、当該技術分野においてよく知られており、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応は、Ｓａｉｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：４８７，１９８８、米国特許第４，６８３，２０３号及び同第４，６８３，１９５号に記載されている。
当該技術分野において既知のリガーゼ連鎖反応を用いて、標的核酸配列を増幅させることができる。例えば、Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４：５６０−５６９（１９８９）を参照されたい。更に、対立遺伝子特異的ＰＣＲとして知られる技術を用いて、体細胞性突然（例えば、置換）を検出することもできる。例えば、Ｒｕａｎｏ ａｎｄ Ｋｉｄｄ（１９８９）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ １７：８３９２；ＭｃＣｌａｙ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍ．（３０１：２００−２０６を参照のこと。この技術の或る特定の実施形態では、突然変異特異的プライマーが用いられ、このプライマーの３’末端ヌクレオチドは、標的核酸内の特定の変異に対して相補的（すなわち、それと特異的に塩基対合することができる）。特定の変異が存在しない場合、増幅産物は観察されない。増幅抵抗突然変異系（ＡＲＭＳ）を用いて、変異（例えば、置換）を検出することもできる。ＡＲＭＳは、例えば、欧州特許出願公開第０３３２４３５号、及びＮｅｗｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１７：７，１９８９において説明されている。
変異（例えば、置換）を検出するために有用な他の方法としては、限定されるものではないが、（１）突然変異特異的ヌクレオチド取り込みアッセイ、例えば、一塩基伸長アッセイ（例えば、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０：５４９−５５７；Ｆａｎ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１０：８５３−８６０；Ｐａｓｔｉｎｅｎ ｅｔ ａｌ．（１９９７）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．７：６０６−６１４、及びＹｅ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｈｕｍ．Ｍｕｔ．１７：３０５−３１６を参照）；（２）対立遺伝子特異的プライマー伸長アッセイ（例えば、Ｙｅ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｈｕｍ．Ｍｕｔ．１７：３０５−３１６、及びＳｈｅｎ ｅｔ ａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ Ｎｅｗｓ，ｖｏｌ．２３，Ｍａｒ．１５，２００３を参照）、対立遺伝子特異的ＰＣＲを含む；（３）５’ヌクレアーゼアッセイ（例えば、Ｄｅ Ｌａ Ｖｅｇａ ｅｔ ａｌ（２００２）ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ３２：Ｓ４８−Ｓ５４（ＴａｑＭａｎ（登録商標）アッセイに関する記述）、Ｒａｎａｄｅ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．１１：１２６２−１２６８、及びＳｈｉ（２００１）Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．４７：１６４−１７２を参照）；（４）分子指標を用いたアッセイ（例えば、Ｔｙａｇｉ ｅｔ ａｌ．（１９９８）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．１６：４９−５３、及びＭｈｌａｎｇａ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｍｅｔｈｏｄｓ ２５：４６３−７１を参照）、及び（５）オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ（例えば、Ｇｒｏｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２：４５２７−４５３４、特許出願公開第ＵＳ２００３／０１１９００４Ａ１号、ＰＣＴ国際公開第ＷＯ０１／９２５７９Ａ２号、及び米国特許第６，０２７，８８９号を参照）が挙げられる。
変異は、ミスマッチ検出法により検出することが可能である。ミスマッチは、１００％相補性ではないハイブリダイズされた核酸二本鎖である。全相補性の欠如は、欠失、挿入、逆位、または置換に起因し得る。ミスマッチ修復検出（ＭＲＤ）アッセイは、ミスマッチ検出方法の一例であり、例えば、Ｆａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：１４７１７−１４７２２（２００５）及びＦａｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１０：１６５７−１６６４（２００１）に記載されている。ミスマッチ開裂技術の例としては、それ以外にも、ＲＮａｓｅプロテクション法が挙げられ、この方法は、Ｗｉｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８２：７５７５，１９８５、及びＭｙｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１２４２，１９８５に詳述されている。例えば、本開示の方法は、ヒト野生型標的核酸に相補的な標識リボプローブの使用を含み得る。組織試料に由来するリボプローブ及び標的核酸は一体的にアニール（ハイブリダイズ）された後、酵素ＲＮａｓｅ Ａで分解され、それにより、二本鎖ＲＮＡ構造内でいくつかのミスマッチを検出することが可能になる。ミスマッチがＲＮａｓｅ Ａにより検出される場合、それはミスマッチの部位において開裂する。したがって、アニールされたＲＮＡ調製物が電気泳動ゲルマトリックス上で分離されるとき、ミスマッチが検出され、ＲＮａｓｅ Ａにより開裂される場合、リボプローブ及びｍＲＮＡまたはＤＮＡの完全長二本鎖ＲＮＡより小さいＲＮＡ産物が見られる。リボプローブは、完全長の標的核酸である必要はなく、標的核酸の一部分であり得るが、但し、変異を有することが疑われる位置を包含する。
同様の方法で、ＤＮＡプローブを用いて、例えば、酵素または化学的開裂を通じてミスマッチを検出することができる。例えば、Ｃｏｔｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，８５：４３９７，１９８８、及びＳｈｅｎｋ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，７２：９８９，１９７５を参照のこと。あるいは、ミスマッチは、マッチ二本鎖に対してミスマッチ二本鎖の電気泳動移動度のシフトにより検出することが可能である。例えば、Ｃａｒｉｅｌｌｏ，Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，４２：７２６，１９８８を参照されたい。リボプローブまたはＤＮＡプローブのいずれかを用いて、変異を含むことが疑われる標的核酸は、ハイブリダイゼーション前に増幅されてよい。標的核酸の変化は、特にその変化が欠失及び挿入等のグロス転位である場合、サザンハイブリダイゼーションを用いて検出することもできる。
標的核酸または周囲のマーカー遺伝子の制限断片長多型（ＲＦＬＰ）プローブを用いて、例えば、挿入または欠失等の変異を検出することができる。挿入及び欠失は、標的核酸のクローニング、配列決定、及び増幅により検出することもできる。一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析を用いて、対立遺伝子の塩基変化変異型を検出することもできる。例えば、Ｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６：２７６６−２７７０，１９８９、及びＧｅｎｏｍｉｃｓ，５：８７４−８７９，１９８９を参照のこと。ＳＳＣＰを、ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異を検出のために修正してもよい。ＳＳＣＰは、一本鎖ＰＣＲ産物の電気泳動易動度の変化による塩基差を同定する。一本鎖ＰＣＲ産物は、二本鎖ＰＣＲ産物を加熱するか、または他の方法で変性させることにより生成することができる。一本鎖核酸は、折り直すか、または塩基配列に部分的に依存する二次構造を形成してもよい。一本鎖増幅産物の異なる電気泳動移動度は、ＳＮＰ位置における塩基配列差に関係する。変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）は、多型ＤＮＡに固有の様々な配列依存的安定性及び溶解特性、ならびに変性剤濃度勾配ゲル中の電気泳動易動度パターンの対応する差に基づいて、ＳＮＰ対立遺伝子を分化する。
体細胞性突然変異または変異は、マイクロアレイの使用により検出可能である。マイクロアレイは、典型的に、配列された一連の数千個の核酸プローブを用いて、例えば、ｃＤＮＡまたはｃＲＮＡ試料と高逼迫条件下でハイブリダイズする多重技術である。プローブ標的ハイブリダイゼーションは、典型的に、蛍光色素分子標識、銀標識、または化学発光標識された標的の検出により検出及び定量され、標的中の核酸配列の相対存在度を判別する。典型的なマイクロアレイでは、プローブは、化学的マトリックスへの共有結合により（エポキシ−シラン、アミノ−シラン、リシン、ポリアクリルアミド、またはその他を介して）固体表面に付着する。個体表面は、例えば、ガラス、シリコンチップ、または微小ビーズである。様々なマイクロアレイは、市販されており、例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ，Ｉｎｃ．及びＩｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．により製造されるものを含む。
体細胞性突然変異を検出するための別の方法は、質量分析に基づく。質量分析は、ＤＮＡの４つのヌクレオチドのそれぞれの固有の質量を利用する。突然変異を含む可能性のあるＥｒｂＢ２核酸は、体細胞性突然変異を有する核酸の質量における差異を測定することによって、質量分析により明確に分析できる。ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型）質量分析技術は、体細胞性突然変異を含むそのような核酸等の分子質量を極めて高精度に測定するうえで有用である。核酸分析に対する多数の手法は、質量分析に基づいて開発された。例示的な質量分析に基づく方法としては、従来型ゲルベースフォーマット及びマイクロアレイ等の他の手法との併用も可能な、プライマー伸長アッセイが挙げられる。
また、配列特異的リボザイム（米国特許第５，４９８，５３１号）を用いて、リボザイム開裂部位の発達または喪失に基づいて体細胞性突然変異を検出することもできる。完全マッチ配列とミスマッチ配列との区別は、ヌクレアーゼ開裂分解アッセイまたは溶解温度差に基づいて行うことができる。突然変異が制限酵素開裂部位に影響する場合、突然変異は、制限酵素分解パターンの変化により同定することができ、核酸断片長の対応する変化は、ゲル電気泳動により判別される。
本開示の或る特定の実施形態では、タンパク質に基づく検出技術を用いて、本明細書中に開示されている遺伝的変異を有する遺伝子によりコードされる変異型タンパク質を検出する。タンパク質の変異型形態の存在の判別は、当該技術分野において既知の任意の適した技術、例えば、電気泳動（例えば、変性または非変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動、２−次元ゲル電気泳動、キャピラリー電気泳動、及び等電点分画電気泳動）、クロマトグラフィー（例えば、サイズクロマトグラフィー、高性能液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、及び陽イオン交換ＨＰＬＣ）、及び質量分析（例えば、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析、エレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）質量分析、及びタンデム質量分析）を用いて行うことができる。例えば、Ａｈｒｅｒ ａｎｄ Ｊｕｎｇａｂａｕｅｒ（２００６）Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇ．Ｂ．Ａｎａｌｙｔ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．８４１：１１０−１２２、及びＷａｄａ（２００２）Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇ．Ｂ．７８１：２９１−３０１）を参照のこと。適した技術は、検出される変異の性質に部分的に基づいて選択することが可能である。例えば、置換されたアミノ酸が、元のアミノ酸とは異なる電荷を有するアミノ酸置換に帰結する変異は、等電点電気泳動法により検出することができる。高電圧でのｐＨ勾配を有するゲルを通じたポリペプチドの等電点電気泳動法は、タンパク質をそれらのｐＩにより分離する。ｐＨ勾配ゲルを、野生型タンパク質を含む、同時に泳動するゲルと比較することができる。変異が新しいタンパク質分解開裂部位の生成、または既存の開裂部位の廃止に帰結する場合、試料を、適切な電気泳動、クロマトグラフィーまたは質量分析技術を用いてタンパク質分解、続いて、ペプチドマッピングに供する。変異の存在を検出する目的で、エドマン分解または或る特定な形式の質量分析のような、タンパク質シーケンス技術が用いられる場合もある。
これらの技術の組み合わせを用いた当該技術分野において公知の方法もまた、使用可能である。例えば、ＨＰＬＣ顕微鏡タンデム質量分析法において、タンパク分解をタンパク質に対して行い、得られるペプチド混合物を、逆相クロマトグラフィー分離により分離する。次いで、タンデム質量分析が実行し、その分析から収集されたデータを分析する（Ｇａｔｌｉｎ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．，７２：７５７−７６３）。別の実施例では、非変性ゲル電気泳動とＭＡＬＤＩ質量分析とを併用する（Ｍａｔｈｅｗ ｅｔ ａｌ．（２０１１）Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．４１６：１３５−１３７）。
或る特定の実施形態では、タンパク質に対し特異的に結合する抗体またはペプチド等の試薬を用いてタンパク質を試料から単離し、更に分析して、上記に開示されている技術のいずれかを用いて遺伝的変異の存在もしくは非存在を判別する。
代替的に、本開示による遺伝的変異を有するタンパク質に特異的な抗体（すなわち、変異を有するタンパク質に対し特異的に結合する一方、変異を欠く形態のタンパク質には結合しない抗体）に基づいて、免疫親和性アッセイにより、試料中の変異型タンパク質の存在を検出する場合もある。そのような抗体の製造に、当該技術分野において公知の任意の好適な技術が用いられる場合もある。溶液試料から特定のタンパク質を免疫沈降させることを目的に、またはポリアクリルアミドゲル等で分離されたタンパク質を免疫ブロットすることを目的に、抗体を用いる場合もある。また、組織または細胞内の特定のタンパク質変異体を検出する際に、免疫細胞化学的方法を用いる場合もある。また、周知の抗体ベースの技術として、それ以外にも、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、免疫放射測定アッセイ（ＩＲＭＡ）、及びモノクローナル抗体またはポリクローナル抗体を用いたサンドイッチアッセイをはじめとする免疫酵素アッセイ（ＩＥＭＡ）等が用いられる場合もある。例えば、米国特許第４，３７６，１１０号及び同第４，４８６，５３０号を参照のこと。
がんの診断及び予後
本開示は、対象から採取された試料中に、本明細書中に開示されているがんに付随する１つ以上の体細胞性突然変異または変異が存在するのを検出することを手段とした、対象におけるがんの診断または予後のための方法を提供する。本開示の方法に用いるための体細胞性突然変異もしくは変異としては、ＥｒｂＢ２（またはこのタンパク質をコードする遺伝子）における変異が挙げられる。或る特定の実施形態において、体細胞性突然変異は、遺伝子をコードするゲノムＤＮＡ（またはその調節領域）におけるものである。或る特定の実施形態において、体細胞性突然変異は、ＥｒｂＢ２をコードする遺伝子の置換、挿入、または欠失である。或る実施形態において、変異は、ＥｒｂＢ２のアミノ酸配列（配列番号：２）の表１で同定された位置のうちの１つ以上におけるアミノ酸置換に帰結する、突然変異である。或る特定の実施形態において、変異は、ＥｒｂＢ２のアミノ酸配列（配列番号：２）中のＶ６５９、Ｒ６６７、Ｒ６７８、Ｇ６６０及びＱ７０９のうちの１つ以上におけるアミノ酸置換に帰結する、突然変異である。或る特定の実施形態において、置換は、ＥｒｂＢ２アミノ酸配列（配列番号：２）内のＶ６５９Ｅ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ及びＱ７０９Ｌの少なくとも１つである。或る特定の実施形態において、突然変異は、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌及び膵臓癌からなる群から選択される、ＥｒｂＢ２陽性がんの存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、変異は、ＥｒｂＢ２アミノ酸配列（配列番号：２）内のＶ６５９Ｅ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒのうちの１つ以上におけるアミノ酸置換に帰結する、突然変異である。例えば、限定されるものではないが、置換は、ＥｒｂＢ２アミノ酸配列（配列番号：２）内のＶ６５９Ｅ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ及びＱ７０９Ｌの少なくとも１つである。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、胃腸癌、例えば、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、及び結腸直腸癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｖ６５９におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｖ６５９Ｅである。或る特定の実施形態において、突然変異は、大腸癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｖ６５９におけるものである。或る特定の実施形態において、置換は、Ｖ６５９Ｅである。例えば、限定されるものではないが、突然変異は、乳癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｒ６６７におけるものである。或る特定の実施形態において、置換は、Ｒ６６７Ｑである。例えば、限定されるものではないが、突然変異は、胃癌または大腸癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｒ６６７におけるものである。或る特定の実施形態において、置換は、Ｒ６６７Ｑである。例えば、限定されるものではないが、突然変異は、乳癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｒ６７８におけるものである。或る特定の実施形態において、置換は、Ｒ６７８Ｑである。例えば、限定されるものではないが、突然変異は、胃癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｒ６７８におけるものである。或る特定の実施形態において、置換は、Ｒ６７８Ｑである。例えば、限定されるものではないが、突然変異は、乳癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｇ６６０におけるものである。或る特定の実施形態において、置換は、Ｇ６６０ＤまたはＧ６６０Ｒである。例えば、限定されるものではないが、突然変異は、胃癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｇ６６０におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｇ６６０ＤまたはＧ６６０Ｒである。例えば、限定されるものではないが、突然変異は、乳癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｑ７０９におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｑ７０９Ｌである。或る特定の実施形態において、突然変異は、大腸癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｑ７０９におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｑ７０９Ｌである。或る特定の実施形態において、突然変異は、乳癌の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｖ６５９におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｖ６５９Ｅである。或る特定の実施形態において、突然変異は、肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌）または肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）扁平上皮癌）の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｒ６６７におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｒ６６７Ｑである。或る特定の実施形態において、突然変異は、肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌）または肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）扁平上皮癌）の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｒ６７８におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｒ６７８Ｑである。或る特定の実施形態において、突然変異は、肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌）または肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）扁平上皮癌）の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｇ６６０におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｇ６６０ＤまたはＧ６６０Ｒである。或る特定の実施形態において、突然変異は、肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌）または肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）扁平上皮癌）の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２置換は、Ｑ７０９におけるものである。例えば、限定されるものではないが、置換は、Ｑ７０９Ｌである。或る特定の実施形態において、突然変異は、肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌）または肺癌（非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）扁平上皮癌）の存在を示唆するものである。
或る特定の実施形態において、少なくとも１つの変異は、ＥｒｂＢ２におけるアミノ酸置換、挿入、切断、または欠失である。或る特定の実施形態において、変異は、アミノ酸置換である。これらの変異のうちの任意の１つ以上は、以下に記載される検出、診断、及び予後の方法のうちのいずれかにおいて用いられる場合がある。
或る特定の実施形態において、本開示は、対象におけるがんを示唆する体細胞性突然変異の存在または非存在を検出する方法であって、（ａ）対象由来の試料を、ＥｒｂＢ２遺伝子の体細胞性突然変異の存在もしくは非存在を検出できる試薬と接触させることと、（ｂ）突然変異の存在もしくは非存在を判別することであって、突然変異の存在は、対象ががんに罹患しているかまたはがんを発症するリスクに曝されていることを示唆するものである、判別することと、含む方法を提供する。
この方法において用いるための試薬は、オリゴヌクレオチド、ＤＮＡプローブ、ＲＮＡプローブ、及びリボザイムから選択することが可能である。或る特定の実施形態において、試薬は標識されている。標識としては、例えば、放射性同位元素標識、蛍光標識、生物発光標識、または酵素標識を挙げることができる。検出可能な標識として機能し得る放射性核種としては、例えば、１−１３１、１−１２３、１−１２５、Ｙ−９０、Ｒｅ−１８８、Ｒｅ−１８６、Ａｔ−２１１、Ｃｕ−６７、Ｂｉ−２１２、及びＰｄ−１０９が挙げられる。
本開示は、本開示は、対象におけるがんを示唆する体細胞性突然変異を検出する方法を提供する。或る特定の実施形態において、対象におけるがんを示唆する体細胞性突然変異を検出する方法は、対象由来の生体試料のＥｒｂＢ２遺伝子における体細胞性突然変異の存在もしくは非存在を判別することを含み、突然変異の存在は、対象ががんに罹患しているかまたはがんを発症するリスクに曝されていることを示唆するものである、判別することと、含む。本方法の或る特定の実施形態において、１つ以上の体細胞性突然変異の存在の検出は、直接配列決定、突然変異特異的プローブハイブリダイゼーション、突然変異特異的プライマー伸長、突然変異特異的増幅、突然変異特異的ヌクレオチドの取り込み、５’ヌクレアーゼ分解、分子指標アッセイ、オリゴヌクレオチドライゲーションアッセイ、サイズ分析、及び一本鎖高次構造多型からなる群から選択されるプロセスにより実行される。或る特定の実施形態では、試料からの核酸を増幅した後で、１つ以上の突然変異の存在が判別される。
本開示は更に、対象におけるがんの診断及び予知のための方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、（ａ）対象由来の試料を、ＥｒｂＢ２遺伝子の体細胞性突然変異の存在もしくは非存在を検出できる試薬に接触させることと、（ｂ）突然変異の存在もしくは非存在を判別することであって、突然変異の存在は、対象ががんに罹患しているかまたはがんを発症するリスクに曝されていることを示唆するものである、判別することと、含む。或る特定の実施形態において、本方法は、対象の生体試料中のＥｒｂＢ２遺伝子の体細胞性突然変異の存在もしくは非存在を判別することであって、遺伝的変異の存在は、対象ががんに罹患しているかまたはがんを発症するリスクに曝されていることを示唆するものである、判別することを含む。
或る特定の実施形態において、対象におけるがんを診断または予知するための方法は、（ａ）対象から核酸含有試料を採取することと、（ｂ）試料を分析して、ＥｒｂＢ２遺伝子内の少なくとも１つの体細胞性突然変異の存在または非存在を検出することにおいて、遺伝的変異の存在は対象ががんに罹患しているかまたはがんを発症するリスクに曝されていることを示唆するものである、検出することと、を含む。
或る特定の実施形態において、診断または予後の方法は、対象をがんに関する１つ以上の追加の診断試験、例えば、１つ以上の追加のマーカーをスクリーニングに供すること、または対象を撮像手順に供することを更に含む。
或る特定の実施形態において、上記方法は、試料中で少なくとも１つの体細胞性突然変異の存在を検出することを更に含む。或る特定の実施形態において、少なくとも１つの追加の体細胞性突然変異が存在すると共に第１の体細胞性突然変異が存在する場合、対象が第１の体細胞性突然変異を有し且つ少なくとも１つの追加の体細胞性突然変異の存在を欠く場合と比較して、がんのリスクが高まっていることを示唆する。
本開示は更に、がんと診断されるリスクが高まっている対象を同定する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、（ａ）対象由来の生物学的試料中のＥｒｂＢ２遺伝子における第１の体細胞性突然変異の存在もしくは非存在を判別することと、（ｂ）少なくとも１つの追加の体細胞性突然変異の存在もしくは非存在を判別することであって、第１及び少なくとも１つの追加の体細胞性突然変異の存在が、第１及び少なくとも１つの追加の体細胞性突然変異の存在を欠く対象と比較して、対象ががんと診断されるリスクが高まっていることを示唆するものである、判別することと、を含む。
また、対象におけるがんの亜表現型の診断及び／または予後を補助する方法であって、対象に由来する生体試料中に、ＥｒｂＢ２をコードする遺伝子内の体細胞性突然変異の存在を検出することを含む方法も提供されている。
本開示は更に、ＥｒｂＢ受容体を標的とするがん治療剤に対する対象の反応を予測する方法であって、対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２のアミノ酸配列（配列番号：２）におけるアミノ酸変異に帰結する体細胞性突然変異を検出することであって、体細胞性突然変異の存在が、ＥｒｂＢ受容体を標的とする治療剤に対する反応を示す、検出することを含む方法を提供する。或る特定の実施形態において、治療剤は、ＥｒｂＢアンタゴニストまたは結合剤、例えば、抗ＥｒｂＢ抗体である。
上記の方法のうちのいずれかに用いるための生体試料は、当業者に公知の或る特定の方法を用いて採取できる。生体試料は、脊椎動物、及び特に哺乳類から採取してもよい。或る特定の実施形態において、生物学的試料は、細胞または組織を含む。標的核酸（またはコードされたポリペプチド）内の変異は、組織試料から検出される場合もあれば、または血液、血清、尿、痰、唾液、粘膜及び組織等、他の体液試料から検出される場合もある。このような体試料をスクリーニングすることにより、がん等の疾患について簡単な早期診断を行ってもよい。更に、治療の進行は、標的核酸（またはコードされたポリペプチド）内の変異について、このような体試料を試験することにより更に容易に監視してもよい。或る特定の実施形態において、生体試料は、がんを有することが疑われる個人から採取される。
対象または対象から採取された生体試料が、本明細書中に開示されている体細胞性突然変異を含むものであると判別された後、対象におけるがんを治療する目的に、有効な量の適切ながん治療剤を対象に投与し得ることが企図される。
また、上記の方法により、ＥｒｂＢ２内の体細胞性突然変異を含む、核酸内の１つ以上の変異の存在を検出することにより、哺乳類におけるがんの診断を補助するための方法も提供される。
或る特定の実施形態では、上記の方法に従って、対象がＥｒｂＢ２内に体細胞性突然変異を含むかどうかを判別することにより、がんの対象が治療剤に反応するかどうかを予測する方法が提供されている。
また、対象におけるＥｒｂＢ２内の体細胞性突然変異の存在または非存在を検出することにより、対象ががんを発症する素因を評価する方法も、提供されている。
また、ＥｒｂＢ２内の体細胞性突然変異の存在を検出することを含む、哺乳動物におけるがんを細分類する方法も、提供されている。
また、薬剤の効力をＥｒｂＢ２内の体細胞性突然変異の存在と相関させることを含む、患者亜集団におけるがんの治療に有効な治療剤を同定する方法も、提供されている。
追加の方法は、必要に応じて、適切な臨床介入ステップを決定するために有用な情報を提供する。したがって、本開示の方法の或る特定の実施形態において、この方法は、本明細書中に開示されているがんに付随するＥｒｂＢ２体細胞性突然変異の存在または非存在の評価の結果に基づいて、臨床介入ステップを更に含む。例えば、適切な介入は、予防及び治療ステップ、または任意の当時最新の予防もしくは治療ステップの調整（複数可）で、本開示の方法により得られる遺伝子情報に基づくステップを伴い得る。
当業者に明らかとなるように、本明細書に記載される任意の方法で、体細胞性突然変異の存在の検出は、疾患の特徴（例えば、疾患の存在または亜型）を陽性に示すが、体細胞性突然変異の非検出もまた、疾患の相互特性評価を提供することにより情報量の多いものとなる。
がんの治療
本開示は、ＥｒｂＢ２陽性がんを有する患者を治療する方法であって、がんがＥｒｂＢ２受容体のＪＭまたはＴＭドメインに突然変異を含む、方法を提供する。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２陽性がんは、表１に示す少なくとも１つの突然変異を含む。或る特定の実施形態において、患者におけるがんを治療する方法は、患者から生体試料を採取するステップと、その生体試料を本明細書中に開示されているＥｒｂＢ２体細胞性突然変異の存在または非存在に関して検査するステップと、前記組織または細胞試料中の突然変異の存在または非存在が判別された際に、有効な量の適切な治療剤を前記患者に投与するステップと、を含む。任意に、この方法は、有効な量の標的がん治療剤を前記哺乳類に投与することを含む。例えば、限定されるものではないが、ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異が生体試料中に検出された場合、この方法に対し、有効量のＨｅｒ阻害剤を投与することを含めてもよい。
或る特定の実施形態において、がんを有する対象の治療方法は、対象からがんの試料を採取することと、試料中のＥｒｂＢ２体細胞性突然変異の存在を検出することとを含み、ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異が検出された場合、対象に対しＨｅｒ阻害剤を投与することも含む。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異には、ＥｒｂＢ２受容体のＴＭ領域及び／またはＪＭ領域内の突然変異が包含される。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、アミノ酸Ｖ６５９、Ｇ６６０、Ｒ６６７、Ｒ６７８、Ｑ７０９またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つの突然変異である。例えば、限定されるものではないが、ＥｒｂＢ２ 突然変異が、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
また、がん治療に有効な治療剤を対象に投与することを含む、ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異が存在することが知られている対象におけるがんを治療する方法も、提供されている。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、表１に提供されているものである。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、アミノ酸Ｖ６５９、Ｇ６６０、Ｒ６６７、Ｒ６７８、Ｑ７０９またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つの突然変異である。例えば、限定されるものではないが、ＥｒｂＢ２ 突然変異が、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。特異的がん患者亜集団である、がん対象を治療する方法であって、前記亜集団に対する治療剤として承認される有効な量の治療剤を対象に投与することを含み、亜集団が、ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異との関連により少なくとも幾分かは特徴付けられる、方法も提供されている。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、表１に提供されているものである。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２突然変異は、それは、アミノ酸Ｖ６５９、Ｇ６６０、Ｒ６６７、Ｒ６７８、Ｑ７０９、またはそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つの突然変異である。例えば、限定されるものではないが、ＥｒｂＢ２ 突然変異が、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、Ｑ７０９Ｌ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
また、がん治療剤での治療対象となる、がんを患っている患者を選択する方法であって、ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異の存在を検出することを含む方法も、提供されている。或る特定の実施形態では、表１に開示されている１つ以上の突然変異の存在に基づいて、ハーセプチンまたはペルツザマブでの治療対象として患者を選択する。
或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＴＭ領域内に突然変異を含むがんに患っている患者を、トラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）での治療対象として選択する。或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＴＭドメインのアミノ酸Ｖ６５９またはＧ６６０の少なくとも１つにおける突然変異を含むがんを患っている患者を、トラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）での治療対象として選択する。或る特定の実施形態において、がんは、突然変異Ｖ６５９Ｅを含む。或る特定の実施形態において、がんは、突然変異Ｇ６６０Ｄを含む。或る特定の実施形態において、がんは、突然変異Ｇ６６０Ｒを含む。或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＴＭ領域内に突然変異を含むがんに患っている患者に対し、有効量のトラスツズマブを投与する。或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＴＭ領域内に突然変異を含むがんを患っている患者に対し、有効量のトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）を投与する。
或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＪＭ領域内に突然変異を含むがんを患っている患者に、トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブを投与する。或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＪＭドメインのアミノ酸Ｒ６６７、Ｒ６７８またはＱ７０９の少なくとも１つにおける突然変異を含むがんを患っている患者を、トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）、またはペルツズマブでの治療対象として選択する。或る特定の実施形態において、がんは、突然変異Ｒ６６７Ｑを含む。或る特定の実施形態において、がんは、突然変異Ｒ６７８Ｑを含む。更に或る特定の実施形態において、がんは突然変異Ｑ７０９Ｌを含む。或る特定の実施形態では、患者に投与されているＥｒｂＢ２受容体のＪＭ領域内に突然変異を含むがんに患っている患者に対し、有効量のトラスツズマブを投与する。或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＪＭ領域内に突然変異を含むがんを患っている患者に対し、有効量のトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）を投与する。或る特定の実施形態では、ＥｒｂＢ２受容体のＪＭ領域内に突然変異を含むがんを患っている患者に対し、有効量のペルツズマブを投与する。
本開示は、本明細書に記載の体細胞性突然変異の１つ以上によって同定されたＨｅｒ２／ＥｒｂＢ２がんを有する個体を治療する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、有効量のＨｅｒ阻害剤を個人に投与するステップを含む。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ阻害剤は、Ｈｅｒに結合する抗体である。或る特定の実施形態において、抗体はＥｒｂＢ２受容体に結合する。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ阻害剤で治療されるがんは、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌及び膵臓癌である。
別の態様において、本開示は、対象におけるＥｒｂＢ２陽性がんを治療する方法に用いるための抗がん治療剤を提供するものであり、前記方法が、（ｉ）対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内でのアミノ酸変異の存在もしくは非存在を検出することにおいて、突然変異が、ＥｒｂＢ２アミノ酸配列の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変化（本明細書に記載）に帰結し、突然変異の存在は試料が採取された対象にがんが存在することを示唆するものである、検出することと、（ｉｉ）核酸配列において突然変異が検出された場合、有効量の抗がん治療剤を対象に投与することと、を含む。
本開示の別の態様は、有効量のＨｅｒ阻害剤を個体に投与することを含む、個体におけるＨｅｒ受容体の生物学的活性を阻害する方法を提供する。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ受容体は、個体におけるがん細胞により発現される、Ｈｅｒ２受容体である。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ阻害剤は、少なくともＨｅｒ２に対し特異的に結合する抗原結合ドメインを含む、Ｈｅｒ抗体である。
或る特定の実施形態において、本開示は、ＥｒｂＢ２体細胞性突然変異を含むがんを有する対象の生存期間を延長する方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、本明細書中に開示されている治療有効量のＨｅｒ阻害剤を対象に投与することを含む。或る特定の実施形態では、開示されている方法を用いることにより、がんを有する対象の生存期間を、約１週間、約２週間、約３週間、約１か月、約２か月、約４か月、約６か月、約８か月、約１０か月、約１２か月、約１４か月、約１８か月、約２０か月、約２年、約３年、約５年またはそれを超えて延長することが可能である。
別の態様において、本開示は、治療方法に用いるための数種類の好適なＨｅｒ阻害剤を提供する。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ阻害剤は、トラスツズマブ（ＥｒｂＢ２ドメインＩＶに結合する抗ＥｒｂＢ２抗体）、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）、ペルツズマブ（ＥｒｂＢ２ドメインＩＩに結合して二量体化を防ぐ抗ＥｒｂＢ２抗体）及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。追加のＨｅｒ阻害剤としては、限定されるものではないが、ラパチニブ、アファチニブ及びネラチニブが挙げられる。
本開示では、医薬品として用いるためのＨｅｒ抗体が更に提供されている。本開示の別の態様は、医薬品の製造に用いるためのＨｅｒ抗体を提供する。或る特定の実施形態では、本明細書に記載の体細胞性突然変異の１つ以上によって同定されるＥｒｂＢ２／Ｈｅｒ２がんを治療するために、薬剤を用いる場合がある。或る特定の実施形態において、Ｈｅｒ抗体は、Ｈｅｒ２またはＨｅｒ２及び少なくとも１つの追加のＨｅｒ受容体に対し特異的に結合する、抗原結合ドメインを含む。
トラスツズマブ（ＣＡＳ １８０２８８−６９−１、ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）、ｈｕＭＡｂ４ Ｄ５−８、ｒｈｕＭＡｂ Ｈｅｒ２、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ）は、組換えＤＮＡ由来のＩｇＧ１κマウス抗Ｈｅｒ２抗体（４ Ｄ５）のヒト化バージョンであるモノクローナル抗体であり、Ｈｅｒ２の細胞外ドメインに細胞ベースのアッセイ（Ｋｄ＝５ｎＭ）で高親和性をもって選択的に結合する（米国特許第５，６７７，１７１号、米国特許第５，８２１，３３７号、米国特許第６，０５４，２９７号、米国特許第６，１６５，４６４号、米国特許第６，３３９，１４２号、米国特許第６，４０７，２１３号、米国特許第６，６３９，０５５号、米国特許第６，７１９，９７１号、米国特許第６，８００，７３８号、米国特許第７，０７４，４０４号、Ｃｏｕｓｓｅｎｓ ｅｔ ａｌ（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３０：１１３２−９；Ｓｌａｍｏｎ ｅｔ ａｌ（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４４：７０７−１２；Ｓｌａｍｏｎ ｅｔ ａｌ（２００１）Ｎｅｗ Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４４：７８３−７９２）。トラスツズマブは、インビトロアッセイ及び動物の両方において、Ｈｅｒ２を過剰発現するヒト腫瘍細胞の増殖を阻害することが示された（Ｈｕｄｚｉａｋ ｅｔ ａｌ（１９８９）Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ９：１１６５−７２、Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ；３７：２５５−６３、Ｂａｓｅｌｇａ ｅｔ ａｌ（１９９８）Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５８：２８２５−２８３１）。
トラスツズマブは、抗体依存的細胞性細胞傷害性、ＡＤＣＣの媒介因子である（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ（１９９３）Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ ３７（４）：２５５−２６３、Ｈｏｔａｌｉｎｇ ｅｔ ａｌ（１９９６）［ａｂｓｔｒａｃｔ］．Ｐｒｏｃ．Ａｎｎｕａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ Ａｍ Ａｓｓｏｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ；３７：４７１；Ｐｅｇｒａｍ Ｍ Ｄ，ｅｔ ａｌ（１９９７）［ａｂｓｔｒａｃｔ］．Ｐｒｏｃ Ａｍ Ａｓｓｏｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ；３８：６０２、Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ（１９９９）Ｓｅｍｉｎａｒｓ ｉｎ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２６（４），Ｓｕｐｐｌ １２：６０−７０、Ｙａｒｄｅｎ Ｙ．ａｎｄ Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ，Ｍ．（２００１）Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｍａｃｍｉｌｌａｎ Ｍａｇａｚｉｎｅｓ，Ｌｔｄ．，Ｖｏｌ．２：１２７−１３７）。
ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）は、Ｈｅｒ２を過剰発現する転移性乳癌を有する、広範な前抗がん療法を受けた患者の治療用に１９９８年に承認され（Ｂａｓｅｌｇａ ｅｔ ａｌ，（１９９６）Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１４：７３７−７４４）、以来、この治療薬を利用する患者数は３０万人を突破している（Ｓｌａｍｏｎ Ｄ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００１；３４４：７８３−９２；Ｖｏｇｅｌ Ｃ Ｌ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００２；２０：７１９−２６；Ｍａｒｔｙ Ｍ，ｅｔ ａｌ．Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００５；２３：４２６５−７４；Ｒｏｍｏｎｄ Ｅ Ｈ，ｅｔ ａｌ．Ｔ Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００５；３５３：１６７３−８４；Ｐｉｃｃａｒｔ−Ｇｅｂｈａｒｔ Ｍ Ｊ，ｅｔ ａｌ．Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ２００５；３５３：１６５９−７２；Ｓｌａｍｏｎ Ｄ，ｅｔ ａｌ．［ａｂｓｔｒａｃｔ］．Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ Ｔｒｅａｔ ２００６，１００（Ｓｕｐｐｌ １）：５２）。２００６年にＦＤＡは、ＨＥＲＣＥＰＴＩＮ（登録商標）（トラスツズマブ、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ Ｉｎｃ．）を、Ｈｅｒ２陽性、リンパ節転移陽性乳癌を有する患者のアジュバント療法用にドキソルビシン、シクロホスファミド、及びパクリタキセルを含む治療レジメンの一部として承認した。
Ｈｅｒ２陽性乳癌の治療のための新規の抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）である、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１、トラスツズマブエムタンシン、アド−トラスツズマブエムタンシン、ＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標））は、ＭＣＣリンカーを介してリシン側鎖においてトラスツズマブにコンジュゲートされた細胞傷害性薬剤ＤＭ１（チオール含有マイタンシノイド抗微小管剤）で構成され、その平均薬物負荷（薬物対抗体比）は約３．５である。Ｔ−ＤＭ１は、腫瘍細胞上で発現したＨｅｒ２に結合した後、受容体媒介性内部移行を経て、ＤＭ１を含有する細胞傷害性カタボライトの細胞内放出、及び以後の細胞死に帰結する。
Ｕ．Ｓ．Ｆｏｏｄ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎは、２０１３年２月２２日、トラスツズマブ及びタキサンによる治療を以前に施されたＨｅｒ２陽性転移性乳癌を有する患者向け治療薬として、商品名ＫＡＤＣＹＬＡ（登録商標）で市販されるアドトラスツズマブエムタンシンを承認した。
Ｈｅｒ二量体化阻害剤（ＨＤＩ）という呼称で知られている新規な薬剤クラスとして真っ先に挙げられるのが、ペルツズマブ（別称：組換えヒト化モノクローナル抗体２Ｃ４、ｒｈｕＭＡｂ ２Ｃ４、ＰＥＲＪＥＴＡ（登録商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｉｎｃ，Ｓｏｕｔｈ Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ））である。このペルツズマブは、Ｈｅｒ２が他のＨｅｒ受容体（例えば、ＥＧＦＲ／Ｈｅｒｌ、Ｈｅｒ２、Ｈｅｒ３、及びＨｅｒ４）との活性ヘテロ二量体またはホモ二量体を形成する能力を阻害するように機能する。例えば、Ｈａｒａｒｉ ａｎｄ Ｙａｒｄｅｎ Ｏｎｃｏｇｅｎｅ １９：６１０２−１４（２０００）、Ｙａｒｄｅｎ ａｎｄ Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ．Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｏｌ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ ２：１２７−３７（２００１）；Ｓｌｉｗｋｏｗｓｋｉ Ｎａｔ Ｓｔｒｕｃｔ Ｂｉｏｌ １０：１５８−９（２００３）；Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ ４２１：７５６−６０（２００３）、及びＭａｌｉｋ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏ Ａｍ Ｓｏｃ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ４４：１７６−７（２００３）を参照のこと。
腫瘍細胞内のＨｅｒ２−Ｈｅｒ３ヘテロ二量体の形成がペルツズマブにより遮断されることで、危急的な細胞シグナル伝達が阻害され、腫瘍増殖及び生存率が低下することが実証された（Ａｇｕｓ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ ２：１２７−３７（２００２））。
第ＩＩ相試験では、転移性疾患のためトラスツズマブを以前に投与されたＨｅｒ２陽性転移性乳癌を有する患者において、トラスツズマブと併せてペルツズマブを評価した。国立がん研究所（ＮＣＯ）によって行われた、１つの試験に、以前に治療された、Ｈｅｒ２陽性転移性乳癌を有する１１名の患者を登録した。１１名の患者のうちの２名は、部分奏功（ＰＲ）を示した（Ｂａｓｅｌｇａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２００７ ＡＳＣＯ Ａｎｎｕａｌ Ｍｅｅｔｉｎｇ Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ；２５：１８ Ｓ（Ｊｕｎｅ ２０ Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ）：１００４。２０１０年１２月８〜１２日のＣＴＲＣ−ＡＡＣＲ Ｓａｎ Ａｎｔｏｎｉｏ Ｂｒｅａｓｔ Ｃａｎｃｅｒ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ（ＳＡＢＣＳ）において提示された、早期Ｈｅｒ２陽性乳癌を有する女性におけるペルツズマブ及びトラスツズマブ＋化学療法（ドセタキセル）の新規併用レジメンの効果を評価する第ＩＩ相ネオアジュバント試験の結果は、外科手術前にネオアジュバント状況に与えられる２つのＨｅｒ２抗体＋ドセタキセルがトラスツズマブ＋ドセタキセル（２９．０パーセントの病理学的完全奏効率、ｐＣＲ）、ｐ＝０．０１４と比較して、半分を上回るまで乳房における完全な腫瘍消失率（４５．８パーセントのｐＣＲ）を有意に改善したことを示した。
商品名ＰＥＲＪＥＴＡ（登録商標）で市販されるペルツズマブは、２０１２年、進行性または後期（転移性）Ｈｅｒ２陽性乳癌を有する患者向け治療薬として承認された。Ｈｅｒ２陽性乳癌では、がん細胞の成長及び生存に寄与するＨｅｒ２タンパク質の量が増加している。
がんの治療のための治療剤は、或る特定の実施形態において、医薬的用途に適した組成物に組み込まれる場合がある。このような組成物は、典型的に、ペプチドまたはポリペプチド、及び許容される担体、例えば、医薬的に許容されるものを含む。「医薬的に許容される担体」としては、医薬的投与に適合する任意及び全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤、抗真菌剤、等張剤、及び吸収遅延剤等が挙げられる（Ｇｅｎｎａｒｏ，Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ ｐｈａｒｍａｃｙ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ，Ｗｉｌｌｉａｍｓ ＆ Ｗｉｌｋｉｎｓ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．（２０００））。このような担体または希釈剤の例としては、限定されるものではないが、水、生理食塩水、フィンガー溶液、デキストロース溶液、及び５％ヒト血清アルブミンが挙げられる。リポソーム及び不揮発性油等の非水性媒体が用いられてもよい。従来の媒体または薬剤が活性成分と適合しない場合を除いて、これらの組成物の使用が企図される。補足的活性成分を組成物に組み込むこともできる。
本開示の治療剤（及びがんの治療のための任意の追加の治療剤）は、非経口、肺内、髄腔内、及び鼻腔内を含み、局所治療の必要に応じて、病巣内投与を含む任意の適した手段により投与してもよい。非経口注入としては、例えば、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、または皮下投与が挙げられる。投与が短期的であるかそれとも慢性的であるかに幾分応じて、投薬は、任意の好適な経路によるもの、例えば、静脈注射または皮下注射等の注射によるものであり得る。単回または様々な時点にわたる複数回投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含むがこれらに限定されない、様々な投薬スケジュールが本明細書で企図される。
がん治療剤を投与するための有効な薬用量及びスケジュールは、経験的に決定される場合があり、このような決定を下すことは、当該技術分野における技術の範囲内である。単回投与または反復投与を採用できる。がん治療剤のインビボ投与が用いられるとき、投与の経路に応じて、正常な薬用量は、哺乳類の体重１ｋｇ当たり約１０ｎｇ〜最大１００ｍｇ以上、好ましくは、１日当たり約１μｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇで異なり得る。特定の薬用量及び送達方法に関するガイダンスは、文献に記載されている。例えば、米国特許第４，６５７，７６０号、同第５，２０６，３４４号、または同第５，２２５，２１２号を参照のこと。
併用療法
本方法では併用療法を採用できることが想到される。併用療法には、限定されるものではないが、２つ以上のがん治療剤を投与することが含まれる。療法剤の併用投与は通例、定義された期間（選択される組み合わせに応じて通常は数分、数時間、数日、または数週間）にわたって遂行される。併用療法は、これらの療法剤の逐次的投与（つまり、各療法剤を別の時間に投与すること）、ならびにこれらの療法剤または療法剤のうちの少なくとも２つを実質的に同時投与することを、包含するように意図されている。
療法剤は、同じ経路または異なる経路によって投与することが可能である。例えば、ＥｒｂＢアンタゴニストの組み合わせを静脈内注射によって投与する場合もあれば、化学療法剤の組み合わせを経口投与する場合もある。代替的に、例えば、特定の療法剤に応じて、療法剤の両方が経口投与することが可能であるか、または両方の療法剤が静脈内注射によって投与することが可能である。療法剤が投与される順序もまた、特定の薬剤に応じて異なる。
或る特定の実施形態において、本開示は、本明細書に記載の体細胞性突然変異の１つ以上によって同定されるＥｒｂＢ２／Ｈｅｒ２がんを有する個体を治療する方法であって、２つ以上のＥｒｂＢ阻害剤を投与することを含む治療方法を提供する。或る特定の実施形態において、本方法は、２つ以上のＥｒｂＢ２阻害剤を投与することを含む。例えば、限定されるものではないが、本明細書中に開示されている治療方法は、トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）、ペルツズマブ、ラパチニブ、アファチニブ、ネラチニブの組み合わせを投与することを含み得る。或る特定の実施形態では、治療方法に、トラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）及びペルツズマブを投与することを含める場合もある。或る特定の実施形態では、本明細書中に開示されている治療方法に、トラスツズマブ及びペルツズマブを投与することを含める場合もある。代替的に、本明細書中に開示されている治療方法に、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）及びペルツズマブを投与することを含める場合もある。或る特定の実施形態では、治療方法に、トラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）及びラパチニブ、アファチニブまたはネラチニブを投与することを含める場合もある。
キット
本明細書において説明または示唆される用途で用いるために、製造者のキットまたは物品も提供される。このようなキットは、厳重な管理の下、バイアル、管等の１つ以上の容器手段を受容するように区分化された担体手段を備える場合があり、容器手段のそれぞれは、この方法において用いられる別個の要素のうちの１つを含む。例えば、検出自在に標識されるまたは標識可能なプローブを、容器手段のうちの１つに具備させてもよい。このようなプローブは、本明細書において開示されているようながんに付随するＥｒｂＢ２体細胞性突然変異を含むポリヌクレオチドに特異的なポリヌクレオチドであり得る。キットが核酸ハイブリダイゼーションを用いて標的核酸を検出する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチド（複数可）を含む容器、及び／または酵素、蛍光、もしくは放射性同位元素標識等のレポーター分子に結合されるアビジンもしくはストレプトアビジン等のビオチン結合タンパク質のような、レポーター手段を含む容器も有し得る。或る特定の実施形態において、本開示のキットは、本明細書に記載の１つ以上のＥｒｂＢ２陽性がん検出剤を含む。或る特定の実施形態において、本キットには更に、本明細書に記載の治療剤（例えば、ＥｒｂＢ２阻害剤）が含まれている。
或る特定の実施形態において、このキットは、本明細書において開示されるがんに付随するＥｒｂＢ２体細胞性突然変異を含むポリヌクレオチドを検出できる標識薬剤を含み得る。このような薬剤は、ポリペプチドを結合する抗体であり得る。このような薬剤は、ポリペプチドを結合するペプチドであり得る。このキットは、例えば、本明細書において開示される遺伝的変異型を含むポリペプチドに結合する第１の抗体（例えば、固体支持体に付着される）、及びポリペプチドまたは第１の抗体のいずれかに結合し、検出可能な標識にコンジュゲートされる、任意に第２の異なる抗体を含み得る。
或る特定の実施形態において、本開示のキットは、典型的に、上記の容器と、緩衝剤、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用指示書を含む添付文書が付属している、商業的及びユーザーの視点から望ましい材料を含む１つ以上の他の容器と、を備える。標識は、組成物が特定の治療または非治療的用途に使用されることを示すために容器上に提示され得、上記のもの等のインビボ使用またはインビトロ使用のいずれかに関する指示も示し得る。キットの他の任意の構成要素としては、１つ以上の緩衝剤（例えば、ブロック緩衝剤、洗浄緩衝剤、基質緩衝剤等）、酵素標識により化学的に変化する基質（例えば、クロモゲン）等の他の試薬、エピトープ抽出溶液、対照試料（正及び／または負の対照）、対照スライド（複数可）等が挙げられる。
別の態様において、本開示は、対象のがん検出用キットの製造におけるＥｒｂＢ２陽性がん検出剤の使用を提供する。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２陽性がんの検出は、対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内でのアミノ酸変異の存在もしくは非存在を検出することにおいて、突然変異が、ＥｒｂＢ２アミノ酸配列の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変化（本明細書に記載）に帰結し、突然変異の存在は試料が採取された対象にがんが存在することを示唆するものである、検出することを含む。或る特定の実施形態において、ＥｒｂＢ２陽性がん検出剤は、表１に示す１つ以上の突然変異をコードするかもしくは含むＥｒｂＢ２核酸転写物またはタンパク質を特異的に検出する一方、野生型ＥｒｂＢ２核酸転写物またはタンパク質は検出しない。
マーケティングの方法
本明細書における開示は、がんの診断または予後について開示された方法をマーケティングするための方法も包含し、対象とする顧客層に対して、開示された方法の使用を宣伝すること、指導すること、及び／または指定することを含む。
マーケティングは、一般に、スポンサーが同定され、メッセージが制御される、非個人的媒体を通じた有料の通信である。本明細書における目的で、マーケティングは、広告、広報、プロダクトプレースメント、スポンサーシップ、引受業務等を含む。この用語はまた、印刷通信媒体のいずれかにおいて現れる、スポンサー提供の情報公告も含む。
本明細書における診断方法のマーケティングは、任意の手段により達成することが可能である。これらのメッセージを配信するために利用されるマーケティング媒体の例としては、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット、及び広告板が挙げられ、これらには放送媒体内に現れるメッセージである宣伝が含まれる。
利用されるマーケティングの種類は、リーチ対象として的を絞り込まれた標的視聴者の性質、例えば、病院、保険会社、クリニック、医師、看護師及び患者のほか、医薬品及び診断薬マーケティング管理コスト上の考慮事項、ならびに関連する管轄法及び規制等、多くの要因に依存する。マーケティングは、サービス相互作用により定義されるユーザーの特徴、及び／またはユーザーの人口学的及び地理的位置等の他のデータに基づいて個別化またはカスタマイズすることが可能である。
下記の実施例は、あくまで例証を目的に提供されたものであって、いかなる方法においても本開示の範囲を限定することを意図したものではない。
本明細書中に引用されている全ての特許及び文献のリファレンスは、その全体が本明細書において参照により援用されている。
実施例１：腫瘍形成における発がん性ＥｒｂＢ２突然変異
ヒトがんにおけるＥｒｂＢ２の重要性を考慮して、ヒトがんを体系的に調査し、ＥｒｂＢ２の膜貫通（ＴＭ）及び膜近傍（ＪＭ）ドメイン、ならびにＪＭ／ＴＭドメインに隣接する領域内で再発する体細胞性突然変異を同定したうえで、これらの突然変異が形質転換であることもまた明らかにしている。更に、発明者らは、がんのＥｒｂＢ２変異駆動細胞ベース及び動物モデルにおける標的治療薬を評価したうえで、ＥｒｂＢ２変異型腫瘍形成の阻止に効果的であることを証明した。
材料及び方法
腫瘍ＤＮＡの突然変異の同定
患者の腫瘍におけるＥｒｂＢ２突然変異から観察される突然変異頻度及び／またはＴＭ／ＪＭドメイン領域内と隣接セグメント内に観察された突然変異の近似物に基づいて、腫瘍ＤＮＡの突然変異が同定された（表１に示す通りである）。
細胞株
ＩＬ−３依存性マウスのプロＢ細胞株ＢａＦ３は、ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ）から購入されたものである。ＢａＦ３細胞を、１０％（ｖ／ｖ）ウシ胎児血清（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，ＩＬ）、２ｍＭ Ｌ−グルタミン、１００Ｕ／ｍｌペニシリン、１００ｍｇ／ｍｌストレプトマイシン（完全ＲＰＭＩ）及び２ｎｇ／ｍＬマウスＩＬ−３が添加されたＲＰＭＩ １６４０中で維持した。
レトロウイルスの調製、及び安定な細胞株の生成
Ｎ末端単純ヘルペス糖タンパク質Ｄ（ｇＤ）タグを持つ全長Ｈｅｒ２野生型（ＷＴ）を発現するｐＬＰＣＸレトロウイルスベクター（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，ＣＡ）を、部位特異的突然変異誘発に使用した。Ｈｅｒ２変異体は、Ｑｕｉｋｃｈａｎｇｅ部位特異的突然変異誘発キット（Ａｇｉｌｅｎｔ，ＣＡ；表１）を使用して生成した。前述の野生型（ＷＴ）または変異体Ｈｅｒ２プラスミドを用いて生成されたレトロウイルス（Ｊａｉｓｗａｌ ｅｔ ａｌ．，２００９）を使用して、安定なＢａＦ３細胞株を生成した。感染の前日に、フェニックス細胞を用いて安定な細胞を選択し、６ウェルプレート内に播種した。組換えマウスＩＬ−３（ｍＩＬ−３）及びピューロマイシン（１μｇ／ｍｌ）が添加された完全ＲＰＭＩ培地中で、ＢａＦ３細胞を培養した。
細胞生存アッセイ及びウェスタンブロット
前述のようにして、ＢａＦ３細胞生存アッセイを実施した（Ｊａｉｓｗａｌ ｅｔ ａｌ．，２０１１）。概略説明すると、Ｈｅｒ２ ＷＴまたは変異体を発現する安定な細胞を、１×ＰＢＳで２回洗浄し、ＩＬ−３不含の完全ＲＰＭＩ培地中、９６ウェルプレート（１０，０００細胞／ウェル）に１２複製にて播種した。細胞生存率はＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ Ｇｌｏ Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｃｅ Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ｋｉｔ（Ｐｒｏｍｅｇａ，ＣＡ）を使用して測定し、プレートの読み取りはＳｙｎｅｒｇｙ ２（Ｂｉｏｔｅｋ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）発光プレートリーダーで行った。報告された相対生存率を、０日目に測定されたＲＬＵに対する４日目の相対ルシフェラーゼ活性（ＲＬＵ）の比率として計算した。ＢａＦ３内で変異体Ｈｅｒ２構築物を、単独で、または示されているようなＨｅｒ２タグ付きＷＴ Ｆｌａｇの存在下にて、試験した。
タグ付きＨｅｒ２の発現を、前述のようにウェスタンブロットを使用して試験した（Ｊａｉｓｗａｌ ｅｔ ａｌ．，２０１１）
ＥｒｂＢ２阻害剤の試験
ＥｒｂＢ２ Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｖ６５９Ｅ、Ｒ６７８ＱまたはＱ７０９Ｌ変異体を安定して発現するＢａＦ３細胞を、ＰＢＳで２回洗浄してから、ＩＬ−３を欠くＲＰＭＩ中に懸濁させた。示されているように、約１００００個の細胞を、ＩＬ−３不含ＲＰＭＩ培地１００ｕｌ中の９６ウェルプレートの各ウェル内に播種し、Ｈｅｒ２抗体（トラスツズマブもしくはペルツズマブ）またはＥｒｂＢ２キナーゼ阻害性小分子薬（ラパチニブ、アファチニブもしくはネラチニブ）のいずれかで処理した。処理４日後にＣｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ−Ｇｌｏ Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ細胞生存率アッセイキット（Ｐｒｏｍｅｇａ、ＷＩ）を使用して、生細胞数を評価した。抗体及びその画分または阻害剤の非線形回帰プロットを生成し、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５．００（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，ＣＡ）を使用してＩＣ５０の計算を実行した。少なくとも３回繰り返された代表的実験を少なくとも３〜４回複製したものの平均±ＳＥＭとして、データが提示される。
動物試験
また、ＥｒｂＢ２野生型または変異体を発現するＢａＦ３細胞（２×１０６）も、尾静脈注射により８〜１２週齢のＢａｌｂ／Ｃヌードマウス内に移植できる。インビボ抗体有効性試験では、細胞移植後４日目から、４０ｍｇ／ｋｇ ＱＷ抗ブタクサ（対照）、１０ｍｇ／ｋｇ ＱＷトラスツズマブ、または１０ｍｇ／ｋｇ ＱＷペルツズマブでマウスを治療してもよい。マウスの大半を生存に関して追跡してもよいし、一部を２０日目の剖検に用い、骨髄、脾臓、肝臓を組織学的分析して疾患の進行を評価することもできる。また、これらの動物から採取された骨髄及び脾臓の単一細胞懸濁液も、ＦＡＣＳ分析により、ＧＦＰ陽性ＢａＦ３細胞の存在及び割合について分析してもよい。可能性がある場合、生存研究で死亡または瀕死の動物を解剖して、死因を確証する。また、これらの動物に対し、脾臓、肝臓、骨髄の形態学的及び組織学的分析を実施してもよい。骨髄、脾臓、及び肝臓を１０％中性緩衝ホルマリンで固定してから、自動組織プロセッサー（ＴｉｓｓｕｅＴｅｋ，ＣＡ）で処理し、パラフィンに包埋する。厚さ４ミクロンの切片をＨ＆Ｅ（Ｓｉｇｍａ，ＭＯ）で染色し、浸潤腫瘍細胞の存在について組織学的に分析する。組織学的写真は、Ｎｉｋｏｎ ＤＳ−Ｒカメラ装備のＮｉｋｏｎ ８０ｉ複合顕微鏡で撮影する。全ての動物試験を、ＧｅｎｅｎｔｅｃｈのＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ（ＩＡＣＵＣ）に承認されたプロトコル下にて実施する。
統計解析
現在の平均±ＳＥＭが表示されるエラーバー。統計分析にスチューデントのｔ検定（両側）を用い、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ５．００（ＧｒａｐｈＰａｄ Ｓｏｆｔｗａｒｅ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ）を用いて治療群を比較した。Ｐ値＜０．０５（＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１、及び＊＊＊＊ｐ＜０．０．０００１）は統計的に有意と見なされた。カプラン・マイヤー生存法分析で、ログランク統計を用いて生存率の差異を試験した。
結果
ＥｒｂＢ２突然変異の同定
表１において同定されているＨｅｒ２変異体は、この表中に示す通り、患者由来の腫瘍内に観察されたもの及び／またはＴＭ／ＪＭドメイン領域内と隣接セグメント内に観察された突然変異の近似物であった。
表１：ＪＭ／ＴＭ内のＨｅｒ２変異体、及びＨｅｒ２ ＪＭ／ＴＭに隣接する領域内での突然変異
Figure 2020517273
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ＥｒｂＢ２変異体による、ＩＬ３非依存性細胞の生存及び形質転換の促進
ＥｒｂＢ２突然変異の発がんとの関連性を更に確証する目的で、野生型Ｈｅｒ２の存在下及び非存在下にてＢａＦ３系で発現したＨｅｒ２変異体による細胞生存シグナル伝達の試験を行った（図１）。
ＢａＦ３は、遺伝子の発がん性活性及び発がん性ドライバーを標的とする薬物の開発を研究する目的に繁用されている、インターロイキン（ＩＬ）−３依存性プロＢ細胞株である（Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．（２００６））。ＰＬｏＳ ｍｅｄｉｃｉｎｅ ３，ｅ４８５；Ｗａｒｍｕｔｈ ｅｔ ａｌ．（２００７）Ｃｕｒｒｅｎｔ ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ ｏｎｃｏｌｏｇｙ １９，５５−６０）。ＢａＦ３内で発現した発がん性変異体は、ＩＬ−３に取って代わり（Ｌｅｅ ｅｔ ａｌ．，２００６；Ｗａｒｍｕｔｈ ｅｔ ａｌ．，２００７）、がん遺伝子の発現によってＢａＦ３細胞をＩＬ−３から非依存にしていることが明らかにされてきた。
患者の腫瘍において観察された突然変異及び／またはＴＭ／ＪＭドメイン領域内と隣接セグメント内に観察された突然変異の近似物に基づいて、Ｈｅｒ２変異体が生成された（表１に示す通りである）。試験対象とされた突然変異は、Ｈｅｒ２のＰｒｏ ５９３からＧｌｕ ７１９にまで及んだ（図２）。これにはＴＭドメイン（Ｓｅｒ ６４９〜Ｉｌｅ ６７５）及びＪＭドメイン（Ｖａｌ ６７６〜Ｉｌｅ ７１４）が包含される。同図に描かれているように、変異体クローンが試験された位置は、アミノ酸配列番号の上部に＊で指示されている。ＴＭ、ＪＭ及び隣接する領域内の活性化突然変異を同定した。試験対象とされた変異体の活性は、棒グラフの高さで示されている（すなわち、棒グラフが高いほど、変異体の活性が高い）。棒グラフの下部に、ＥｒｂＢ２残基及び残基番号を示す。残基の背景色は、凡例に示されているように、独立した腫瘍で観察される変異体の数に対応している。同図の下部には、ドメインの境界（番号付き）を含むＥｒｂＢ２のドメイン図が示されている。ＴＭ、ＪＭドメイン、及びＪＭ／ＴＭドメインに隣接する領域内で複数の突然変異が活性化していることを、発明者らは見出した。
突然変異誘発スクリーンのワークフローを示す概略図を図３Ａに示し、ＩＬ−３除去後４日目にスクリーンで同定されたＨＥＲ２突然変異の対立遺伝子頻度を表す棒グラフを、図３Ｂに示す。
ＷＴ ＨＥＲ２の非存在下（図３Ｂ；上パネル）及び存在（図３Ｂ；下パネル）でスクリーニングを実施した。がん患者において観察されたＨＥＲ２変異の数は、色分けされたボックスとして図３Ｂの下部に表示されている。
富化された対立遺伝子の中には、Ｇ６６０Ｄ及びＶ６５９Ｅをコードする変異体が含まれていた。加えて、Ｇ６４１Ｓ、Ａ６４４Ｆ、Ｅ６４５Ｋ、Ａ６４８Ｌ、Ｓ６４９Ｔ、Ｌ６６３Ｈ、Ｖ６５５Ｄ、Ｆ６７１Ｎ、Ｌ６７４Ｈ、Ｉ６７５Ｍ、Ｒ６７７Ｔ、Ｑ６８０Ｆ、及び１６０２Ｇはいずれも、対立遺伝子頻度の増加を示した。ＷＴ ＨＥＲ２の存在下にて、Ｒ６７８Ｑに続いてＲ６４７Ｔが高度に富化されていることを、我々は見出した。加えて、Ｅ６４５Ｆ、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、及びＫ６７５Ｔが富化されていることを、発明者らは見出し、また、ＨＥＲ２変異シグナル伝達がそのキナーゼドメインに対しアロステリックモードの活性化を採用しているかどうかを理解しようとした。ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄの活性化には非対称キナーゼドメインの二量体化が関与し、構成的生存シグナル伝達には機能的キナーゼドメインが必要とされる。発明者らはアロステリック活性化の試験を行うため、ＢａＦ３細胞でキナーゼ障害Ｋ７５３Ｍ／Ｇ６６０Ｄ二重変異体ＨＥＲ２を安定的に発現させ、ＩＬ−３の非存在下での生存シグナル伝達を評価した（図３Ｃ）。
ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄの活性化には非対称キナーゼドメインの二量体化が関与し、構成的生存シグナル伝達には機能的キナーゼドメインが必要とされる。Ｋ７５３Ｍ／Ｇ６６０Ｄ二重変異体は、Ｇ６６０Ｄ ＨＥＲ２とは対照的に、ＢａＦ３細胞のＩＬ−３非依存性の生存をサポートしていない。このことは、その発がん活性にＧ６６０Ｄのキナーゼ活性が不可欠であることを示唆している。キナーゼドメインのレシーバーまたはアクチベーターインターフェイス内では、構造ガイドポイント変異を用いて、ＥＲＢＢキナーゼのアロステリック活性化における非対称ダイマーの役割が確証されてきた。ＢａＦ３細胞内で単独でまたはＷＴ ＨＥＲ２と一体化させるかまたは併用して、レシーバーＩ７１４Ｑ（ＲＭ）、またはＶ９５６Ｒ（ＡＭ）突然変異を損なうアクチベーターを運ぶＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄを安定的に発現させ、生存活性をアッセイした。レシーバー障害ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ−１７１４Ｑ（ＲＭ）またはアクチベーター障害ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ−Ｖ９５６Ｒ（ＡＭ）が単独で発現した場合には、ＩＬ−３離脱後、ＢａＦ３細胞の生存が促進されなかった。一方、ＢａＦ３細胞内でのＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ−Ｉ７１４Ｑ（ＲＭ）とＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ−Ｖ９５６Ｒ（ＡＭ）との組み合わせ発現によって、ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄの細胞生存シグナル伝達活性が回復すると共に、ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ二量体化後のキナーゼドメインのアロステリック活性化によって、細胞生存シグナル伝達が促進されることが確証された。以降、ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ変異体は、ＷＴ ＨＥＲ２の存在下にてレシーバーまたはアクチベーターとして優先的に機能した場合、試験が実施されたＢａＦ３細胞内で、ＷＴ ＨＥＲ２の存在下にて生存シグナルを促進できる。ＷＴ ＨＥＲ２の存在下にてＢａＦ３細胞内でＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ−Ｉ７１４Ｑ（ＲＭ）が発現したが細胞生存を促進しなかったことから、ＷＴ ＨＥＲ２の活性化因子として機能できなかったことが明らかにされた。一方、ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄ−Ｖ９５６Ｒ（ＡＭ）は、ＷＴ ＨＥＲ２の存在下にて細胞の生存を促進した。このことは、ＨＥＲ２ Ｇ６６０Ｄが受容の確証を採用する素因があることを示唆している。
ＥｒｂＢ２変異体に対する標的治療薬の効果
ＥｒｂＢ受容体を直接標的とする複数の薬剤が、多様ながんの治療用に承認されている（Ｂａｓｅｌｇａ ａｎｄ Ｓｗａｉｎ Ｎａｔｕｒｅ Ｒｅｖｉｅｗｓ Ｃａｎｃｅｒ ９，４６３−４７５（２００９）；Ａｌｖａｒｅｚ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２８，３３６６−３３７９（２０１０））。ＥｒｂＢ２を含むＥｒｂＢファミリーのメンバーを標的とするいくつかの追加の候補薬及びそれらの下流成分は、臨床試験及び開発の様々な段階にある（Ａｌｖａｒｅｚ ｅｔ ａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ ２８，３３６６−３３７９（２０１０））。発明者らはトラスツズマブ−ＥｒｂＢ２ドメインＩＶに結合する抗ＥｒｂＢ２抗体（Ｊｕｎｔｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １５，４２９−４４０（２００９））及びペルツズマブ−ＥｒｂＢ２ドメインＩＩに結合して二量体化を防ぐ抗ＥｒｂＢ２抗体（Ｊｕｎｔｔｉｌａ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １５，４２９−４４０（２００９））の、ＢａＦ３系を用いた細胞生存への影響を試験した（図４、図５及び図６）。
抗Ｈｅｒ２抗体のトラスツズマブ及びペルツズマブが、ＴＭ／ＪＭ Ｈｅｒ２変異体の活性を遮断するうえで有効であることを、発明者らは見出した。ＢａＦ３細胞生存率アッセイで、トラスツズマブは試験の対象となった全ての変異体に対して効果的であった。具体的には、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、及びＧ６６０Ｒ Ｈｅｒ２ ＴＭドメイン変異体を介した細胞生存シグナル伝達は、トラスツズマブによって遮断された（図４）。
一方、トラスツズマブ及びペルツズマブは両方とも、試験対象となった３つのＪＭドメイン変異体の遮断に効果を発揮した。具体的には、細胞生存シグナル伝達が、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ、及びＱ７０９Ｌ Ｈｅｒ２ ＪＭドメイン変異体によって媒介された（図５及び図６）。
また、発明者らは、ＢａＦ３系を使用して、複数のＥｒｂＢ２キナーゼ阻害性低分子薬（ラパチニブ、アファチニブ、ネラチニブ等）が細胞生存に対して及ぼす影響を試験した（図７）。
試験の対象となったＨｅｒ２ ＴＭ／ＪＭ変異体はいずれも、示されたＥＲＢＢ２キナーゼ阻害性小分子薬に反応することが、見出された。
これらのデータは、開発中であるかまたはヒトにおける使用が承認済みであるかのいずれかの複数の治療薬が、ＥｒｂＢ２変異型の腫瘍に対し効果的であり得ることを示唆している。
これらの機能研究は、ＴＭ及びＪＭドメインＥｒｂＢ２突然変異の両方の発がん性を実証している。ＥｒｂＢ２変異体駆動の発がん性シグナル伝達の標的化における多様な治療剤の有用性を試験した結果、抗ＥｒｂＢ２抗体がＴＭ及びＪＭドメインＥｒｂＢ２変異体の両方で発がん性シグナル伝達を遮断するうえで極めて効果的であることが、見出された。興味深いことに、ペルツズマブが、ＴＭドメイン変異体を遮断する効果はあまりなかった。このことは、これらの変異体による作用機序は独自的である可能性のあることを示唆している。以前の研究で明らかにされてきたように、リガンド媒介性ＥｒｂＢ３／ＥｒｂＢ２の二量体形成を遮断するうえで極めて効果的なのはペルツズマブの方であるが、リガンド非依存性ＥｒｂＢ２／ＥｒｂＢ３の二量体形成を遮断するにはトラスツズマブの方が効果的である（Ｊｕｎｔｔｉｌａ，Ｔ．Ｔ．ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １５：４２９−４４０（２００９）。
インビボでの発がん促進に関するＥｒｂＢ２変異体の評価
発明者ら及び他の研究者らが明らかにしてきたところによれば、ＢａＦ３細胞は、がん遺伝子の異所性発現によってＩＬ−３非依存性にされた場合、マウスに移植された際に白血病様疾患を促進し、その結果、全生存率が低下するに至る（Ｈｏｒｎ ｅｔ ａｌ．Ｏｎｃｏｇｅｎｅ ２７，４０９６−４１０６（２００８）；Ｊａｉｓｗａｌ ｅｔ ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １６，４６３−４７４（２００９））。ＢａＦ３細胞がＥｒｂＢ２−ＷＴ、ＴＭ変異体（Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０ＤもしくはＧ６６０Ｒ）またはＪＭドメインＥｒｂＢ２変異体（Ｒ６６７Ｑ及びＲ６７８Ｑ）を発現する能力を、白血病様疾患を促進する能力に関して試験することもできる。ＥｒｂＢ３−ＷＴ単独で形質導入されたＢａＦ３細胞、またはＥＲＢＢ２を空ベクターと一緒に対照としてもよい。
次いで、ＥｒｂＢ２変異体を発現するＢａＦ３細胞が移植されたマウスを、生存期間の中央値と白血病様疾患の発症について評価する。疾患進行の追跡を目的に、２０日目に、１治療毎にマウス３匹の追加コホートに対して剖検を実施する。これらの動物由来の骨髄、脾臓、及び肝臓の試料を、病理学的異常について再考察する。ＢａＦ３細胞はｅＧＦＰで標識されているため、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）により、単離された骨髄及び脾臓の浸潤細胞を調査できる。生存率の低下と終始一貫して、ＥｒｂＢ２変異体を発現する細胞を移植されたマウスの骨髄及び脾臓は、ＥｒｂＢ２−ＷＴまたは空ベクター対照細胞を投与されたマウスの骨髄及び脾臓と比較して、浸潤ｅＧＦＰ陽性細胞がかなりの割合を占めることが明らかである。更に、ＥｒｂＢ２−ＷＴ細胞において観察されるより長い潜伏期と一致して、これらの動物由来の肝臓及び脾臓内に、極めて低いレベルの浸潤ｅＧＦＰ陽性細胞が検出される可能性が高い。また、２０日目に、ＥｒｂＢ２変異群からの動物は、空のベクター対照またはＥｒｂＢ２−ＷＴと比較して脾臓及び肝臓のサイズならびに重量の増大が見られ、浸潤細胞の存在が更に確証されるものと予期される。
加えて、ヘマトキシリン及びエオシン（Ｈ＆Ｅ）で染色された骨髄、脾臓、及び肝臓の組織学的評価によれば、２０日目の対照と比較した場合、ＥｒｂＢ２変異体を発現する細胞を含む動物において芽球の著しい浸潤が見られる場合がある。これらの結果は、ＥｒｂＢ２変異体のインビボでの発がん性の可能性を実証する。
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Ｊａｉｓｗａｌ，Ｂ．Ｓ．，Ｊａｎａｋｉｒａｍａｎ，Ｖ．，Ｋｌｊａｖｉｎ，Ｎ．Ｍ．，Ｃｈａｕｄｈｕｒｉ，Ｓ．，Ｓｔｅｒｎ，Ｈ．Ｍ．，Ｗａｎｇ，Ｗ．，Ｋａｎ，Ｚ．，Ｄｂｏｕｋ，Ｈ．Ａ．，Ｐｅｔｅｒｓ，Ｂ．Ａ．，Ｗａｒｉｎｇ，Ｐ．，ｅｔ ａｌ．（２００９）．Ｓｏｍａｔｉｃ Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｐ８５ａ Ｐｒｏｍｏｔｅ Ｔｕｍｏｒｉｇｅｎｅｓｉｓ ｔｈｒｏｕｇｈ Ｃｌａｓｓ ＩＡ ＰＩ３Ｋ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １６，４６３−４７４．
Ｊａｉｓｗａｌ，Ｂ．Ｓ．，Ｋｌｊａｖｉｎ，Ｎ．Ｍ．，Ｓｔａｗｉｓｋｉ，Ｅ．，Ｃｈａｎ，Ｅ．，Ｐａｒｉｋｈ，Ｃ．，Ｄｕｒｉｎｃｋ，Ｓ．，Ｃｈａｕｄｈｕｒｉ，Ｓ．，Ｐｕｊａｒａ，Ｋ．，Ｇｕｉｌｏｒｙ，Ｊ．，Ｅｄｇａｒ，Ｋ．，Ａ．，ｅｔ ａｌ．（２０１１）．Ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ ＥｒｂＢ３ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｈｕｍａｎ ｃａｎｃｅｒｓ．Ｓｕｂｍｉｔｔｅｄ．
Ｏｕ，Ｓ．Ｉ．，Ｓｃｈｒｏｃｋ，Ａ．Ｂ．，Ｂｏｃｈａｒｏｖ，Ｅ．Ｖ．，Ｋｌｅｍｐｎｅｒ，Ｓ．Ｊ．，Ｈａｄｄａｄ，Ｃ．Ｋ．，Ｓｔｅｉｎｅｃｋｅｒ，Ｇ．，Ｊｏｈｎｓｏｎ，Ｍ．，Ｇｉｔｌｉｔｚ，Ｂ．Ｊ．，Ｃｈｕｎｇ，Ｊ．，Ｃａｍｐｒｅｇｈｅｒ，Ｐ．Ｖ．，ｅｔ ａｌ．（２０１７）．Ｈｅｒ２ Ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ Ｄｏｍａｉｎ （ＴＭＤ） Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ （Ｖ６５９／Ｇ６６０） Ｔｈａｔ Ｓｔａｂｉｌｉｚｅ Ｈｏｍｏ− ａｎｄ Ｈｅｔｅｒｏｄｉｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ Ａｒｅ Ｒａｒｅ Ｏｎｃｏｇｅｎｉｃ Ｄｒｉｖｅｒｓ ｉｎ Ｌｕｎｇ Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ Ｔｈａｔ Ｒｅｓｐｏｎｄ ｔｏ Ａｆａｔｉｎｉｂ．Ｊ Ｔｈｏｒａｃ Ｏｎｃｏｌ １２，４４６−４５７．
Ｗａｎｇ，Ｓ．Ｅ．，Ｎａｒａｓａｎｎａ，Ａ．，Ｐｅｒｅｚ−Ｔｏｎｅｓ，Ｍ．，Ｘｉａｎｇ，Ｂ．，Ｗｕ，Ｆ．Ｙ．，Ｙａｎｇ，Ｓ．，Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ，Ｇ．，Ｇａｚｄａｒ，Ａ．Ｆ．，Ｍｕｔｈｕｓｗａｍｙ，Ｓ．Ｋ．，ａｎｄ Ａｒｔｅａｇａ，Ｃ．Ｌ．（２００６）．Ｈｅｒ２ ｋｉｎａｓｅ ｄｏｍａｉｎ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｒｅｓｕｌｔｓ ｉｎ ｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｖｅ ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｅｒ２ ａｎｄ ＥＧＦＲ ａｎｄ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ ＥＧＦＲ ｔｙｒｏｓｉｎｅ ｋｉｎａｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ．Ｃａｎｃｅｒ Ｃｅｌｌ １０，２５−３８．
Ｙａｍａｍｏｔｏ，Ｈ．，Ｈｉｇａｓａ，Ｋ．，Ｓａｋａｇｕｃｈｉ，Ｍ．，Ｓｈｉｅｎ，Ｋ．，Ｓｏｈ，Ｊ．，Ｉｃｈｉｍｕｒａ，Ｋ．，Ｆｕｒｕｋａｗａ，Ｍ．，Ｈａｓｈｉｄａ，Ｓ．，Ｔｓｕｋｕｄａ，Ｋ．，Ｔａｋｉｇａｗａ，Ｎ．，ｅｔ ａｌ．（２０１４）．Ｎｏｖｅｌ ｇｅｒｍｌｉｎｅ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｄｏｍａｉｎ ｏｆ Ｈｅｒ２ ｉｎ ｆａｍｉｌｉａｌ ｌｕｎｇ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｊ Ｎａｔｌ Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ １０６，ｄｊｔ３３８．

Claims (69)

  1. 必要としているヒト対象におけるがんを治療する方法であって、
    ａ）前記対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内のＥｒｂＢ２体細胞性突然変異を検出することであって、前記突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ前記突然変異が前記対象におけるがんを示唆するものである、前記検出することと、
    ｂ）前記対象に抗がん治療剤を投与することと、を含む前記方法。
  2. 前記突然変異が、活性化ＥｒｂＢ２の体細胞性突然変異である、請求項１に記載の方法。
  3. 前記アミノ酸変化に帰結する突然変異が、表１にリストされている突然変異の群から選択されるＥｒｂＢ２の位置におけるものである、請求項１に記載の方法。
  4. 前記治療剤がＥｒｂＢ２アンタゴニストである、請求項１に記載の方法。
  5. 前記ＥｒｂＢ２アンタゴニストが小分子阻害剤である、請求項４に記載の方法。
  6. 前記小分子阻害剤がＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤である、請求項５に記載の方法。
  7. 前記ＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤が、ラパチニブ、アファチニブ及びネラチニブからなる群から選択される、請求項６に記載の方法。
  8. 前記ＥｒｂＢ２アンタゴニストが、アンタゴニスト抗ＥｒｂＢ２抗体または抗ＥｒｂＢ２抗体−薬物コンジュゲートである、請求項４に記載の方法。
  9. 前記抗ＥｒｂＢ２抗体がトラスツズマブまたはペルツズマブである、請求項８に記載の方法。
  10. 前記ＥｒｂＢ２アンタゴニストがトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１、トラスツズマブエムタンシン）である、請求項８に記載の方法。
  11. 前記がんが、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 前記がんが乳癌である、請求項１１に記載の方法。
  13. ヒト対象におけるがんを治療する方法であって、
    ａ）前記対象から採取された生体試料中の、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異の存在もしくは非存在を検出することであって、前記突然変異が、表１にリストされた突然変異の群から選択されるＥｒｂＢ２の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ前記突然変異の存在が前記対象におけるがんを示唆するものである、前記検出することと、
    ｂ）前記対象に抗がん治療剤を投与することと、を含む前記方法。
  14. 前記変異がＶ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ及びＱ７０９Ｌからなる群から選択される、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記突然変異がＨｅｒ２活性化突然変異である、請求項１３または１４に記載の方法。
  16. 前記がんがＨｅｒ２陽性がんである、請求項１３〜１５のいずれか一項に記載の方法。
  17. 前記がんが、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される、請求項１３〜１６のいずれか一項に記載の方法。
  18. 前記がんが乳癌である、請求項１７に記載の方法。
  19. 前記治療剤がＥｒｂＢ２アンタゴニストである、請求項１３〜１８のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記アンタゴニストが小分子阻害剤である、請求項１９に記載の方法。
  21. 前記小分子阻害剤がＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤である、請求項２０に記載の方法。
  22. 前記ＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤が、ラパチニブ、アファチニブ及びネラチニブからなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記アンタゴニストが、アンタゴニスト抗ＥｒｂＢ２抗体または抗ＥｒｂＢ２抗体−薬物コンジュゲートである、請求項１９に記載の方法。
  24. 前記抗体が、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体及び抗体断片からなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。
  25. 前記抗体がトラスツズマブまたはペルツズマブである、請求項２４に記載の方法。
  26. 前記抗ＥｒｂＢ２抗体−薬物コンジュゲートがトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１、トラスツズマブエムタンシン）である、請求項２４に記載の方法。
  27. ＥｒｂＢ２遮断抗体または抗体−薬物コンジュゲートの効力を判別する方法であって、
    ａ）ＥｒｂＢ２遮断抗体で治療された対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内の突然変異を検出することであって、前記突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ前記突然変異が対象におけるＥｒｂＢ２変異がんを示唆するものである、前記検出することと、
    ｂ）前記検出されたＥｒｂＢ２突然変異に基づいて前記対象における治療反応を予測することと、を含む前記方法。
  28. 前記アミノ酸変化に帰結する突然変異が、表１にリストされている突然変異の群から選択されるＥｒｂＢ２の位置におけるものである、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記突然変異がＶ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ及びＱ７０９Ｌからなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
  30. 前記突然変異がＨｅｒ２活性化突然変異である、請求項２７または２８に記載の方法。
  31. 前記抗体が、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、キメラ抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体及び抗体断片からなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
  32. 前記抗体または抗体−薬物コンジュゲートが、トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）、またはペルツズマブである、請求項２７に記載の方法。
  33. 前記ＥｒｂＢ２変異がんが、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される、請求項２７に記載の方法。
  34. ＥｒｂＢ２受容体のＴＭ領域内に突然変異を含むＥｒｂＢ２陽性がんの患者を治療する方法であって、前記患者に対し有効量のトラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）を投与することを含む、前記方法。
  35. 前記ＴＭ領域内の突然変異が、表１のＴＭ突然変異からなる群から選択される、請求項３４に記載の方法。
  36. 前記ＴＭ領域内の突然変異が、Ｖ６５９またはＧ６６０の位置におけるものである、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記ＴＭ領域内の突然変異が、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０ＤまたはＧ６６０Ｒである、請求項３６に記載の方法。
  38. ＥｒｂＢ２受容体のＪＭ領域内に突然変異を含むＥｒｂＢ２陽性がんの患者を治療する方法であって、前記患者に対し有効量のトラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブを投与することを含む、前記方法。
  39. 前記ＪＭ領域内の突然変異が、表１のＪＭ突然変異からなる群から選択される、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記ＪＭ領域内の突然変異が、Ｒ６６７、Ｒ６７８またはＱ７０９の位置におけるものである、請求項３９に記載の方法。
  41. 前記ＪＭ領域内の突然変異が、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８ＱまたはＱ７０９Ｌである、請求項４０に記載の方法。
  42. 前記ＥｒｂＢ２陽性がんが、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される、請求項３４〜４１のいずれか一項に記載の方法。
  43. 対象におけるがんを診断する方法であって、前記対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内の突然変異を検出することであって、前記突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ前記突然変異が対象におけるＥｒｂＢ２変異がんを示唆するものであり、表１にリストされている突然変異の群から選択されるＥｒｂＢ２の位置における、前記アミノ酸変異は、がんの存在を示唆するものである、前記検出することを含む、前記方法。
  44. 前記突然変異がＶ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ及びＱ７０９Ｌからなる群から選択される、請求項４３に記載の方法。
  45. 前記がんが、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される、請求項４２〜４４のいずれか一項に記載の方法。
  46. 患者が抗ＥｒｂＢ２療法に反応することが予期されるかどうかを判別する方法であって、
    ａ）ヒト対象から細胞材料の試料を採取するステップと、
    ｂ）前記細胞材料中の１つ以上のＥｒｂＢ２遺伝子の少なくとも一部からの核酸材料を検査するステップと、
    ｃ）そのような核酸材料に、天然ヒトＥｒｂＢ２ポリペプチドの膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメインをコードする配列内の１つ以上の突然変異が含まれるかどうかを判別するステップであって、
    １つ以上の突然変異の存在は、前記対象が抗ＥｒｂＢ２療法に反応することが予期されることを示唆するものである、前記判別するステップと、を含む前記方法。
  47. 前記突然変異が、表１にリストされている突然変異から選択される、請求項４６に記載の方法。
  48. トラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）での治療に対し患者が感受性があるかどうかを判別する方法であって、
    ａ）ＥｒｂＢ２の膜貫通（ＴＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がんに前記患者が罹患しているかどうかを判別するステップと、
    ｂ）前記ＥｒｂＢ２変異がんを有する患者に対しトラスツズマブまたはトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）を投与するステップと、を含む前記方法。
  49. 前記ＴＭ領域内の突然変異が、表１のＴＭ突然変異からなる群から選択される、請求項４８に記載の方法。
  50. 前記ＴＭ領域内の突然変異が、Ｖ６５９またはＧ６６０の位置におけるものである、請求項４９に記載の方法。
  51. 前記ＴＭ領域内の突然変異が、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０ＤまたはＧ６６０Ｒである、請求項５０に記載の方法。
  52. トラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブでの治療に対し患者が感受性があるかどうかを判別する方法であって、
    ａ）ＥｒｂＢ２の膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がんに前記患者が罹患しているかどうかを判別するステップと、
    ｂ）前記ＥｒｂＢ２変異がんを有する患者に対しトラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブを投与するステップと、を含む前記方法。
  53. 前記ＪＭ領域内の突然変異が、表１のＪＭ突然変異からなる群から選択される、請求項５２に記載の方法。
  54. 前記ＪＭ領域内の突然変異が、Ｒ６６７、Ｒ６７８またはＱ７０９の位置におけるものである、請求項５３に記載の方法。
  55. 前記ＪＭ領域内の突然変異が、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８ＱまたはＱ７０９Ｌである、請求項５４に記載の方法。
  56. 前記ＥｒｂＢ２陽性がんが、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される、請求項４６〜５５のいずれか一項に記載の方法。
  57. ＨＥＲ２変異がんを有するヒト患者における治療に対し奏功する確率を改善する方法であって、
    ａ）前記対象から採取された生体試料中の、ＥｒｂＢ２をコードする核酸配列内の突然変異を検出することであって、前記突然変異が、天然ヒトＥｒｂＢ２アミノ酸配列の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内の少なくとも１つの位置にてアミノ酸変異に帰結し、且つ前記突然変異が前記対象におけるがんを示唆するものである、前記検出することと、
    ｂ）前記対象にトラスツズマブ、トラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１）またはペルツズマブを投与することと、を含む前記方法。
  58. 前記アミノ酸変化に帰結する突然変異が、表１にリストされている突然変異の群から選択されるＥｒｂＢ２の位置におけるものである、請求項５７に記載の方法。
  59. 前記ＥｒｂＢ２の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がんの治療用のＥｒｂＢ２アンタゴニストの使用。
  60. 前記ＥｒｂＢ２の膜貫通（ＴＭ）ドメインまたは膜近傍（ＪＭ）ドメイン内のアミノ酸変異を特徴とするＥｒｂＢ２変異がん治療用医薬品を調製するための、ＥｒｂＢ２アンタゴニストの使用。
  61. 前記突然変異が、表１にリストされている突然変異から選択される、請求項５９または６０に記載の使用。
  62. 前記突然変異が、Ｖ６５９Ｅ、Ｇ６６０Ｄ、Ｇ６６０Ｒ、Ｒ６６７Ｑ、Ｒ６７８Ｑ及びＱ７０９Ｌからなる群から選択される、請求項５９または６０に記載の使用。
  63. 前記がんが、乳癌、胃癌、結腸癌、食道癌、直腸癌、盲腸癌、結腸直腸癌、胆道癌、尿路上皮癌、膀胱癌、唾液癌、非小細胞肺（ＮＳＣＬＣ）腺癌、ＮＳＣＬＣ（扁平上皮癌）、腎癌、黒色腫癌、卵巣癌、肺大細胞癌、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、肺癌、及び膵臓癌からなる群から選択される、請求項５９〜６２のいずれか一項に記載の使用。
  64. 前記ＥｒｂＢ２アンタゴニストが小分子阻害剤である、請求項５９〜６３のいずれか一項に記載の使用。
  65. 前記小分子阻害剤がＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤である、請求項６４に記載の使用。
  66. 前記ＥｒｂＢ２キナーゼ阻害剤が、ラパチニブ、アファチニブ及びネラチニブからなる群から選択される、請求項６５に記載の使用。
  67. 前記ＥｒｂＢ２アンタゴニストが、アンタゴニスト抗ＥｒｂＢ２抗体または抗ＥｒｂＢ２抗体―薬物コンジュゲートである、請求項５９〜６３のいずれか一項に記載の使用。
  68. 前記抗ＥｒｂＢ２抗体がトラスツズマブまたはペルツズマブである、請求項６７に記載の使用。
  69. 前記ＥｒｂＢ２アンタゴニストがトラスツズマブ−ＭＣＣ−ＤＭ１（Ｔ−ＤＭ１、トラスツズマブエムタンシン）である、請求項６７に記載の使用。
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