CN110536969A - 跨膜或近膜域中的erbb2/her2突变 - Google Patents

跨膜或近膜域中的erbb2/her2突变 Download PDF

Info

Publication number
CN110536969A
CN110536969A CN201880025203.2A CN201880025203A CN110536969A CN 110536969 A CN110536969 A CN 110536969A CN 201880025203 A CN201880025203 A CN 201880025203A CN 110536969 A CN110536969 A CN 110536969A
Authority
CN
China
Prior art keywords
erbb2
mutation
cancer
herceptin
antibody
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201880025203.2A
Other languages
English (en)
Inventor
S·塞沙基里
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
F Hoffmann La Roche AG
Genentech Inc
Original Assignee
F Hoffmann La Roche AG
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by F Hoffmann La Roche AG filed Critical F Hoffmann La Roche AG
Publication of CN110536969A publication Critical patent/CN110536969A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/435—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with one nitrogen as the only ring hetero atom
    • A61K31/47—Quinolines; Isoquinolines
    • A61K31/4709—Non-condensed quinolines and containing further heterocyclic rings
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K31/00—Medicinal preparations containing organic active ingredients
    • A61K31/33—Heterocyclic compounds
    • A61K31/395—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins
    • A61K31/495—Heterocyclic compounds having nitrogen as a ring hetero atom, e.g. guanethidine or rifamycins having six-membered rings with two or more nitrogen atoms as the only ring heteroatoms, e.g. piperazine or tetrazines
    • A61K31/505—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim
    • A61K31/517—Pyrimidines; Hydrogenated pyrimidines, e.g. trimethoprim ortho- or peri-condensed with carbocyclic ring systems, e.g. quinazoline, perimidine
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K47/00—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient
    • A61K47/50—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates
    • A61K47/51—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent
    • A61K47/68—Medicinal preparations characterised by the non-active ingredients used, e.g. carriers or inert additives; Targeting or modifying agents chemically bound to the active ingredient the non-active ingredient being chemically bound to the active ingredient, e.g. polymer-drug conjugates the non-active ingredient being a modifying agent the modifying agent being an antibody, an immunoglobulin or a fragment thereof, e.g. an Fc-fragment
    • A61K47/6801—Drug-antibody or immunoglobulin conjugates defined by the pharmacologically or therapeutically active agent
    • A61K47/6803—Drugs conjugated to an antibody or immunoglobulin, e.g. cisplatin-antibody conjugates
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/32—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against translation products of oncogenes
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K2039/55—Medicinal preparations containing antigens or antibodies characterised by the host/recipient, e.g. newborn with maternal antibodies
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K38/00—Medicinal preparations containing peptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K45/00—Medicinal preparations containing active ingredients not provided for in groups A61K31/00 - A61K41/00
    • A61K45/06—Mixtures of active ingredients without chemical characterisation, e.g. antiphlogistics and cardiaca
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
    • C07K2317/24—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin containing regions, domains or residues from different species, e.g. chimeric, humanized or veneered
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/73—Inducing cell death, e.g. apoptosis, necrosis or inhibition of cell proliferation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/70—Immunoglobulins specific features characterized by effect upon binding to a cell or to an antigen
    • C07K2317/76—Antagonist effect on antigen, e.g. neutralization or inhibition of binding
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Abstract

本公开涉及癌症中的体细胞ErbB2突变并提供ErbB2阳性癌症的鉴定,诊断,和预后方法。本公开进一步提供治疗癌症的方法,包括某些亚群的患者。该突变在ErbB2的跨膜域或近膜域中。

Description

跨膜或近膜域中的ERBB2/HER2突变
相关申请
本申请要求2017年4月24日提交的美国临时申请流水号62/489,382和2017年9月19日提交的美国临时申请流水号62/560,564的优先权,将其二者通过援引完整收入本文。
发明领域
本公开涉及癌症中的体细胞ErbB2(Her2)突变且包括用于ErbB2突变型癌症的鉴定,诊断,治疗结局预后,和治疗的方法。
发明背景
受体赖氨酸激酶(RTK)的人表皮生长因子受体(Her)家族,也称作ErbB受体,由四个成员组成:EGFR/ErbB1/Her1,ErbB2/Her2,ErbB3/Her3和ErbB4/Her4(Hynes et al.,Nature Reviews Cancer 5,341-354(2005)；Baselga et al.,Nature Reviews Cancer 9,463-475(2009))。ErbB家族成员含有胞外域(ECD),单次跨膜区,胞内酪氨酸激酶域,和C端信号传导尾(Burgess et al.,Mol Cell 12,541-552(2003)；Ferguson,Annual Review ofBiophysics 37,353-373(2008))。ECD是一种四域结构,由两个L域(I和III)和两个富半胱氨酸域(II和IV)组成(Burgess et al.,Mol Cell 12,541-552(2003)；Ferguson,AnnualReview of Biophysics 37,353-373(2008))。ErbB受体受到多种配体活化,包括表皮生长因子(EGF),转化生长因子-α(TGF-α)和神经调节素(Yarden et al.,Nat Rev Mol CellBiol 2,127-137(2001))。受体的活化牵涉一个配体分子同时结合域I和III,导致经由域II中的二聚化臂的异二聚化或同二聚化(Burgess et al.,Mol Cell 12,541-552(2003)；Ogiso et al.,Cell 110,775-787(2002)；Cho,Science 297,1330-1333(2002)；Dawson etal.,Molecular and Cellular Biology 25,7734-7742(2005)；Alvarado et al.,Cell142,568-579(2010)；Lemmon et al.,Cell 141,1117-1134(2010))。在配体缺失下,域II二聚化臂经由与域IV的分子内相互作用被隐藏起来,导致“栓系”,自我抑制的构造(Burgesset al.,Mol Cell 12,541-552(2003)；Cho,Science 297,1330-1333(2002)；Lemmon etal.,Cell 141,1117-1134(2010)；Ferguson et al.,Mol Cell 11,507-517(2003))。
虽然四种ErbB受体分享相似的域组织,但是功能和结构研究显示ErbB2不结合任何已知的ErbB家族配体且组成性处于适合于二聚化的“未栓系”(开放)构象(Garrett etal.,Mol Cell 11,495-505(2003))。与之对比,尽管能够配体结合,异二聚化和信号传导,但是ErbB3具有受损的激酶域(Baselga et al.,Nature Reviews Cancer 9,463-475(2009)；Jura et al.,Proceedings of the National Academy of Sciences 106,21608-21613(2009)；Shi et al.,Proceedings of the National Academy of Sciences 107,7692-7697(2010))。虽然ErbB2和ErbB3自身在功能上不完整,但是它们的异二聚体是细胞信号传导的有力激活剂(Pinkas-Kramarski et al.,The EMBO Journal 15,2452-2467(1996)；Tzahar et al.,Molecular and Cellular Biology 16,5276-5287(1996)；Holbroet al.,Proceedings of the National Academy of Sciences 100,8933-8938(2003))。
虽然ErbB受体是正常生长和发育的关键调节剂,但是它们的失调也与癌症的发生和进展有关(Baselga et al.,Nature Reviews Cancer 9,463-475(2009)；Sithanandamet al.,Cancer Gene Ther 15,413-448(2008)；Hynes et al.,Current Opinion in CellBiology 21,177-184(2009))。特别地,已知在多种癌症中在ErbB2和EGFR中发生导致受体过表达的基因扩增和激活性体细胞突变(Sithanandam et al.,Cancer Gene Ther 15,413-448(2008)；Hynes et al.,Current Opinion in Cell Biology 21,177-184(2009)；Wang et al.,Cancer Cell 10,25-38(2006)；Yamauchi et al.,Biomark Med 3,139-151(2009))。这导致靶向EGFR和ErbB2的多种基于小分子和抗体的治疗剂的开发(Baselga etal.,Nature Reviews Cancer 9,463-475(2009)；Alvarez et al.,Journal of ClinicalOncology 28,3366-3379(2010))。虽然尚未很好建立ErbB4在癌发生中的精确作用(Koutras et al.,Critical Reviews in Oncology/Hematology 74,73-78(2010)),但是已经在黑素瘤中报告ErbB4中的转化性体细胞突变(Prickett et al.,Nature Genetics41,1127-1132(2009))。
最近,已经显示ErbB2(Her2)突变有助于肿瘤发生(Bose et al.,2013)。已经在ErbB2的ECD和激酶域中描述此类突变(Bose et al.,2013；Chmielecki et al.,2015；Greulich et al.,2012；Wang et al.,2006)。最近,已经在癌症中报告Her2的跨膜(TM)和近膜(JM)域中的突变(Ou et al.,2017；Yamamoto et al.,2014)。存在鉴定预测对Her2靶向疗法的响应的ErbB2突变的需要。
发明概述
本公开涉及在癌症中存在的ErbB2(Her2)突变。本公开进一步提供用于ErbB2阳性癌症的鉴定,诊断和预后的方法,并提供治疗具有ErbB2中的一处或多处突变的癌症的方法。
在一个方面,本公开提供一种在有需要的受试者中治疗癌症的方法。在某些实施方案中,该方法包含a)在自该受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的ErbB2体细胞突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的癌症。在某些实施方案中,该方法进一步包含b)对所述受试者施用抗癌症治疗剂。在某些实施方案中,该突变是活化性ErbB2体细胞突变。在某些实施方案中,该ErbB2突变选自表1中列出的突变的组。在某些实施方案中,该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。
在另一个方面,本公开提供一种在受试者中治疗ErbB2阳性癌症的方法,其包含a)在自该受试者获得的生物学样品中检测天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域中的氨基酸突变的存在或缺失,其中该ErbB2突变选自表1中列出的突变的组,且其中该突变的存在指示该受试者中的癌症。在某些实施方案中,该方法进一步包含b)对所述受试者施用抗癌症治疗剂。在某些实施方案中,该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。在某些实施方案中,该突变是Her2活化性突变。在某些实施方案中,该癌症是Her2突变性的。在某些实施方案中,该癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。在某一个非限制性实施方案中,该癌症是乳腺癌。在某些实施方案中,该癌症是Her2/ErbB2阳性癌症。在某些实施方案中,该癌症认为是Her2/ErbB2突变型癌症。
在某些实施方案中,该治疗方法牵涉施用ErbB2拮抗剂。在某些实施方案中,该拮抗剂是小分子抑制剂。该小分子抑制剂可以是ErbB2激酶抑制性小分子药物。在某些非限制性实施方案中,该ErbB2激酶抑制性小分子药物是拉帕替尼,阿法替尼或奈拉替尼。在某些实施方案中,该ErbB2拮抗剂是拮抗性抗体。在某些实施方案中,该抗体选自由单克隆抗体,双特异性抗体,嵌合抗体,人抗体,人源化抗体和抗体片段组成的组。在某些实施方案中,该ErbB2拮抗剂是拮抗性抗ErbB2抗体或抗ErbB2抗体-药物缀合物。在某些实施方案中,该抗体是曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1,trastuzumab emtansine),或帕妥珠单抗。
本公开进一步提供一种测定ErbB2阻断性抗体或抗体-药物缀合物的功效的方法。在某些实施方案中,该方法包含a)在自用ErbB2阻断性抗体治疗的受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异,且其中该突变指示该受试者中的ErbB2突变型癌症。在某些实施方案中,该方法进一步包含b)基于检测到的ErbB2突变预测所述受试者中的治疗响应。在某些实施方案中,该ErB2突变选自表1中列出的突变的组。在某些实施方案中,该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。在某些实施方案中,该突变是Her2活化性突变。在某些实施方案中,该ErbB2突变型癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
在某些实施方案中,该测定ErbB2阻断性抗体的功效的方法牵涉ErbB2拮抗剂。在某些实施方案中,该抗体选自由单克隆抗体,双特异性抗体,嵌合抗体,人抗体,人源化抗体和抗体片段组成的组。在某些实施方案中,该抗体是曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1),或帕妥珠单抗。在某些实施方案中,该方法包含a)在自用ErbB2阻断性抗体治疗的受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的ErbB2突变型癌症。在某些实施方案中,该方法进一步包含基于检测到的ErbB2突变预测所述受试者中的治疗响应。在某些实施方案中,该ErB2突变选自表1中列出的突变的组。在某些实施方案中,该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。在某些实施方案中,该突变是Her2活化性突变。
在另一个方面,本公开提供一种治疗具有包含ErbB2受体的TM区中的突变的ErbB2阳性癌症的患者的方法。在某些实施方案中,该方法包含对该患者施用有效量的曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)。在某些实施方案中,该TM区中的突变选自表1中提供的TM突变的组。在某些实施方案中,该TM区中的突变在位置V659或G660处。在某些实施方案中,该TM区中的突变是V659E,G660D或G660R。
在另一个方面,本公开提供一种治疗具有包含ErbB2受体的JM区中的突变的ErbB2阳性癌症的患者的方法。在某些实施方案中,该方法包含对该患者施用有效量的曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗。在某些实施方案中,该JM区中的突变选自表1中提供的JM突变的组。在某些实施方案中,该JM区中的突变在位置R667,R678或Q709处。在某些实施方案中,该JM区中的突变是R667Q,R678Q或Q709L。在某些实施方案中,该ErbB2阳性癌症选自由胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
在另一个方面,本公开提供一种用于在受试者中诊断癌症的方法。在某些实施方案中,该方法包含在自该受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的ErbB2突变型癌症,且其中该氨基酸变异选自表1中列出的突变的组并指示癌症的存在。在某些实施方案中,该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。在某些实施方案中,该癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
在另一个方面,本公开提供一种用于确定患者是否预期对抗ErbB2疗法有响应的方法。在某些实施方案中,该方法包含下述步骤:获得来自人受试者的细胞材料的样品；检查来自所述细胞材料中的一种或多种ErbB2基因的至少部分的核酸材料；和测定此类核酸材料是否包含编码天然人ErbB2多肽的跨膜(TM)或近膜(JM)域的序列中的一处或多处突变。在某些实施方案中,该ErbB2突变选自表1中列出的突变的组。
在另一个方面,本公开提供一种用于测定患者是否对曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)的疗法易感的方法。在某些实施方案中,该方法包含下述步骤:测定该患者是否罹患特征在于ErbB2的跨膜(TM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症；和对具有所述ErbB2突变型癌症的患者施用曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)。在某些实施方案中,该TM区中的突变选自表1中提供的TM突变。在某些实施方案中,该TM区中的突变在位置V659或G660处。在某些实施方案中,该TM区中的突变是V659E,G660D或G660R。
在另一个方面,本公开提供一种用于测定患者是否对曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗的疗法易感的方法。在某些实施方案中,该方法包含下述步骤:测定该患者是否罹患特征在于ErbB2的近膜(JM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症；和对具有所述ErbB2突变型癌症的患者施用曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗。在某些实施方案中,该JM区中的突变选自表1中提供的JM突变。在某些实施方案中,该JM区中的突变在位置R667,R678或Q709处。在某些实施方案中,该JM区中的突变是R667Q,R678Q,Q709L或其组合。在某些实施方案中,该ErbB2阳性癌症选自由胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
在还有另一个方面,本公开提供一种在具有HER2突变型癌症的人患者中改善响应治疗的可能性的方法。在某些实施方案中,该方法包含a)在自该受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的癌症。在某些实施方案中,该方法进一步包含b)对所述受试者施用曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗。在某些实施方案中,该ErB2突变选自表1中列出的突变的组。
在某些实施方案中,本公开描述ErbB2拮抗剂用于治疗特征在于ErbB2的跨膜(TM)域或近膜(JM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症的用途。在某些实施方案中,本公开描述ErbB2拮抗剂制备用于治疗特征在于ErbB2的跨膜(TM)域或近膜(JM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症的药物的用途。在某些实施方案中,该突变可以选自表1中列出的突变。在某些实施方案中,该突变可以选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q和Q709L组成的组。在某些实施方案中,该癌症可以选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。在某些实施方案中,该ErbB2拮抗剂可以是小分子抑制剂。在某些实施方案中,该小分子抑制剂可以是ErbB2激酶抑制剂。在某些实施方案中,该ErbB2激酶抑制剂可以选自由拉帕替尼,阿法替尼和奈拉替尼组成的组。在某些实施方案中,该ErbB2拮抗剂可以是拮抗性抗ErbB2抗体或抗ErbB2抗体-药物缀合物。在某些实施方案中,该抗ErbB2抗体可以是曲妥珠单抗或帕妥珠单抗。在某些实施方案中,该ErbB2拮抗剂可以是曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1,trastuzumab emtansine)。
附图简述
图1图示用于测定通过癌基因的存活信号传导的BaF3系统。
图2显示在野生型Her2存在和缺失下通过BaF3中表达的Her2突变体的细胞存活信号传导的水平。
图3A-3C显示HER2 TM域的饱和诱变筛选工作流示意图(A),代表在筛选中鉴定的HER2突变的等位基因频率的条形图(B),和HER2 G660D突变体的变构活化模式(C)。
图4A-C展示V659E(A),G660D(B)和G660R(C)Her2 TM域突变体介导的细胞存活信号传导受到曲妥珠单抗阻断。
图5A和5B展示R667Q(A)和R678Q(B)Her2 JM域突变体介导的细胞存活信号传导受到曲妥珠单抗和帕妥珠单抗阻断。
图6展示Q709L JM域突变体介导的存活信号传导受到曲妥珠单抗和帕妥珠单抗阻断。
图7展示Her2 TM/JM突变体响应所示ERBB2激酶抑制性小分子药物。
图8显示指示ErbB2受体的各个域的示意图。
图9显示天然人Her2/ErbB2的核酸序列(登录号X03363)(SEQ ID NO:1)。
图10显示天然人Her2/ErbB2的蛋白质序列(登录号P04626)(SEQ ID NO:2)。
发明详述
除非另外指明,本公开的实践会采用分子生物学(包括重组技术),微生物学,细胞生物学,和生物化学的常规技术,其在本领域的技术范围内。此类技术在文献中有充分解释,诸如“Molecular Cloning:A Laboratory Manual”,2nd edition(Sambrook et al.,1989)；“Oligonucleotide Synthesis”(M.J.Gait,ed.,1984)；“Animal Cell Culture”(R.I.Freshney,ed.,1987)；“Methods in Enzymology”(Academic Press,Inc.)；“Handbook of Experimental Immunology”,4th edition(D.M.Weir&C.C.Blackwell,eds.,Blackwell Science Inc.,1987)；“Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells”(J.M.Miller&M.P.Calos,eds.,1987)；“Current Protocols in Molecular Biology”(F.M.Ausubel et al.,eds.,1987)；和“PCR:The Polymerase Chain Reaction”(Mulliset al.,eds.,1994)。
定义
除非另有定义,本文中使用的所有技术术语,符号和其它科学术语学意图具有本公开所属领域技术人员通常理解的含意。在一些情况中,为了清楚和/或容易提及,在本文中定义具有通常理解的含意的术语,而且本文中包括这些定义不应必然解读为代表与本领域一般理解含意的实质性差异。本文中描述或提及的技术和规程一般得到本领域技术人员的充分理解且通常使用常规方法学得以采用,诸如例如Sambrook et al.,MolecularCloning:A Laboratory Manual,2nd edition(1989)Cold Spring Harbor LaboratoryPress,Cold Spring Harbor,N.Y.中描述的广泛利用的分子克隆方法学。在适宜时,牵涉使用可商购试剂盒和试剂的规程一般依照制造商定义的方案和/或参数进行,除非另外注明。在描述本方法,试剂盒及其用途前,要理解的是本发明不限于所描述的特定的方法学,方案,细胞系,动物种或属,构建体,和试剂,其当然可以变化。还要理解的是本文中使用的术语学仅仅用于描述特定实施方案的目的,并非意图限制本公开的范围,这会仅仅由所附权利要求书限制。
必须注意的是如本文中和所附权利要求书中使用的,单数形式“一个/一种”和“该”包括复数指代物,除非上下文另外清楚指明。
贯穿本说明书和权利要求书,词语“包含”或其变化诸如“包括”或“含有”会理解为暗示包含所述整数或整数组,但不排除任何其它整数或整数组。
如本文中可互换使用的,术语“多核苷酸”或“核酸”指任何长度的核苷酸聚合物,而且包括DNA和RNA。核苷酸可以是脱氧核糖核苷酸,核糖核苷酸,经过修饰的核苷酸或碱基,和/或它们的类似物,或者可以由DNA或RNA聚合酶掺入聚合物的任何底物。多核苷酸可以包含经过修饰的核苷酸,诸如甲基化核苷酸和它们的类似物。如果存在的话,对核苷酸结构的修饰可以在装配聚合物之前或之后进行。核苷酸序列可以由非核苷酸成分中断。多核苷酸可以在聚合后进一步修饰,诸如通过与标记成分缀合。其它类型的修饰包括例如“帽”,用类似物替代天然存在核苷酸中一种或多种,核苷酸间修饰,诸如例如那些具有不带电荷连接(例如膦酸甲酯,磷酸三酯,磷酰胺酯(phosphoamidate),氨基甲酸酯,等)和具有带电荷连接(例如硫代磷酸酯,二硫代磷酸酯,等)的,那些含有悬垂模块诸如例如蛋白质(例如核酸酶,毒素,抗体,信号肽,聚L-赖氨酸,等)的,那些具有嵌入剂(例如吖啶,补骨脂素,等)的,那些含有螯合剂(例如金属,放射性金属,硼,氧化性金属,等)的,那些含有烷化剂的,那些具有经修饰连接(例如α端基异构核酸(anomeric nucleic acid),等)的,以及未修饰形式的多核苷酸。进一步地,正常情况下在糖中存在的任何羟基基团可以用例如膦酸(phosphonate)基团,磷酸(phosphate)基团替换,用标准保护基团保护,或活化以制备与另外的核苷酸的另外的连接,或者可以缀合至固体支持物。5’和3’末端OH可以磷酸化或用胺或1-20个碳原子的有机加帽基团模块替代。其它羟基也可以衍生成标准保护基团。多核苷酸也可以含有本领域普遍知道的核糖或脱氧核糖糖的类似物形式,包括例如2’-氧-甲基,2’-氧-烯丙基,2’-氟-或2’-叠氮基-核糖,碳环糖类似物,α-端基异构糖,差向异构糖,诸如阿拉伯糖,木糖或来苏糖,吡喃糖,呋喃糖,景天庚酮糖,无环类似物和无碱基核苷类似物,诸如甲基核糖核苷。可以用备选连接基团替换一个或多个磷酸二酯连接。这些备选连接基团包括但不限于如下实施方案,其中磷酸酯用P(O)S(“硫代酸酯”(thioate)),P(S)S(“二硫代酸酯”(dithioate)),(O)NR2(“酰胺酯”(amidate)),P(O)R,P(O)OR’,CO或CH2(“甲缩醛”(formacetal))替代,其中R或R’各自独立为H或取代或未取代的烃基/烷基(1-20个C),任选含有醚(-O-)连接,芳基,烯基,环烃基/烷基,环烯基或芳烃基(araldyl)。并非多核苷酸中的所有连接都必需是相同的。前述描述适用于本文中提到的所有多核苷酸,包括RNA和DNA。
如本文中使用的,“寡核苷酸”指短的单链多核苷酸,长度为至少约7个核苷酸且长度小于约250个核苷酸。寡核苷酸可以是合成的。术语“寡核苷酸”和“多核苷酸”并不互相排斥。上文关于多核苷酸的描述同等且完全适用于寡核苷酸。
术语“引物”指能够与核酸杂交并容许互补核酸聚合(一般通过提供游离的3’-OH基团)的单链多核苷酸。
如本文中使用的,术语“基因”指经由它的模板或信使RNA编码特定肽,多肽,或蛋白质特征性的氨基酸序列的DNA序列。术语“基因”还指编码RNA产物的DNA序列。如本文中提到基因组DNA使用的,术语基因包括居间的非编码区以及调节区且可以包括5'和3'末端。
术语“体细胞突变”或“体细胞变异”指核苷酸序列中的变化(例如一个或多个核苷酸的插入,删除,倒位,或替代),其要求在身体的细胞中,与种系细胞相对。该术语还涵盖核苷酸序列的互补物中的相应变化,除非另外指明。
术语“活化性突变”或“活化性体细胞突变”在本文中用于指牵涉驱动肿瘤发生的突变。
术语“氨基酸变异”指氨基酸序列中相对于参照序列的变化(例如一个或多个氨基酸的插入,替代,或删除,诸如内部删除或N或C端截短)。
术语“变异”指核苷酸变异或氨基酸变异。
术语“在与体细胞突变对应的核苷酸位置处的遗传变异”,“在与体细胞突变对应的核苷酸位置处的核苷酸变异”,及其语法变体指多核苷酸序列中在由所述体细胞突变占据的相对对应DNA位置处的核苷酸变异。该术语还涵盖核苷酸序列的互补物中的相应变异,除非另外指明。
术语“阵列”或“微阵列”指可杂交阵列元件,优选多核苷酸探针(例如寡核苷酸)在基片上的有序排列。基片可以是固体基片,诸如玻璃载片,或半固体基片,诸如硝酸纤维素膜。
术语“扩增”指生成参照核酸序列或它的互补物的一个或多个拷贝的过程。扩增可以是线性的或指数的(例如聚合酶链式反应(PCR))。“拷贝”并不必然意味着相对于模板序列的完全序列互补性或同一性。例如,拷贝可以包括核苷酸类似物(诸如脱氧肌苷),有意的序列改变(诸如经由包含与模板可杂交但并不完全互补的序列的引物引入的序列改变),和/或扩增期间发生的序列错误。
术语“突变特异性寡核苷酸”指与靶核酸中包含核苷酸变异(常常是替代)的区域杂交的寡核苷酸。“体细胞突变特异性杂交”意味着在突变特异性寡核苷酸与它的靶核酸杂交时突变特异性寡核苷酸中的核苷酸与核苷酸变异特异性碱基配对。就特定核苷酸变异而言能够突变特异性杂交的体细胞突变特异性寡核苷酸被说成是对该变异“特异性”的。
术语“靶序列”,“靶核酸”或“靶核酸序列”一般指其中怀疑或已知存在核苷酸变异的感兴趣多核苷酸序列,包括通过扩增生成的此类靶核酸的拷贝。
术语“检测”包括检测的任何手段,包括直接和间接检测。
术语“癌症”和“癌性”指或描述哺乳动物中典型地以不受调节的细胞生长为特征的生理学状况。依照本公开诊断和/或治疗的癌症是以ErbB2突变的存在为特征的任何类型的癌症,具体包括转移性或局部晚期不可切除癌症,包括但不限于乳腺癌,鳞状细胞癌,小细胞肺癌,非小细胞肺癌,胃肠癌,胰腺癌,成胶质细胞瘤,宫颈癌,卵巢癌,肝癌(livercancer),膀胱癌,肝瘤,结肠癌,结直肠癌,子宫内膜癌,唾液腺癌,肾癌,肝癌(livercancer),前列腺癌,外阴癌,甲状腺癌,肝癌(hepatic carcinoma)和各种类型的头和颈癌。
在本文中,“抗癌症治疗剂”指用于治疗癌症的药物。本文中的抗癌症治疗剂的非限制性例子包括化疗剂,HER二聚化抑制剂,HER抗体,HER抗体-药物缀合物,针对肿瘤相关抗原的抗体,抗激素化合物,细胞因子,EGFR靶向性药物,抗血管生成剂,酪氨酸激酶抑制剂,生长抑制剂和抗体,细胞毒剂,诱导凋亡的抗体,COX抑制剂,法呢基转移酶抑制剂,结合癌胚蛋白CA125的抗体,HER2疫苗,Raf或ras抑制剂,脂质体多柔比星,托泊替康(topotecan),紫杉烷(taxane),双重酪氨酸激酶抑制剂,TLK286,EMD-7200,帕妥珠单抗(pertuzumab),曲妥珠单抗(trastuzumab),曲妥珠单抗-MCC-DM1,厄洛替尼(erlotinib),和贝伐单抗(bevacizumab)。
术语“ErbB2阳性癌症”或“Her2阳性癌症”指包含如下细胞的癌症,该细胞具有在细胞中存在的Her2蛋白质,例如在它们的细胞表面处。Her2蛋白质可以是过表达的,例如通过基因扩增。过表达Her2的肿瘤可以通过依照每个细胞表达的Her2分子的拷贝数的免疫组织化学得分进行定级,而且可以生化测定:0＝0-10,000个拷贝/细胞,1+＝至少约200,000个拷贝/细胞,2+＝至少约500,000个拷贝/细胞,3+＝至少约2,000,000个拷贝/细胞。导致酪氨酸激酶的配体不依赖性活化的3+水平的Her2过表达(Hudziak et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:7159-7163[1987])在大约30％的乳腺癌中发生,而且在这些患者中,无复发存活和总体存活缩短(Slamon et al.,Science 244:707-712[1989]；Slamon et al.,Science 235:177-182[1987])。
术语“ErbB2突变型癌症”在本文中用于指通过ErbB2氨基酸序列,尤其是SEQ IDNO:2的天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)域或近膜(JM)域内的氨基酸变异定义的癌症。
如本文中使用的,“早期乳腺癌”或“早期阶段乳腺癌”或“eBC”指尚未扩散超出乳腺或腋淋巴结的乳腺癌。一般用新辅助或辅助疗法治疗此类癌症。
“晚期”癌症是通过局部侵入或转移扩散到起源部位或器官之外的癌症。因而,术语“晚期”癌症包括局部晚期和转移性疾病二者,诸如“晚期乳腺癌”。
“顽固性/不应性(refractory)”癌症是尽管对癌症患者施用抗肿瘤剂,诸如化疗,仍然进展的癌症。顽固性癌症的一个例子是铂不应性癌症。
“复发性”癌症是在对初始疗法,诸如手术的响应后在初始部位处或在远端部位处再次生长的癌症。
“局部复发性”癌症是在治疗后在与先前治疗的癌症相同的位置中返回的癌症。
“不可切除的”癌症是不能通过手术去除(切除)的。
“辅助疗法”或“辅助治疗”或“辅助施用”指在手术后给予的系统性疗法。
“新辅助疗法”或“新辅助治疗”或“新辅助施用”指在手术前给予的系统性疗法。
“转移性”癌症指自身体的一个部分(例如乳腺)扩散至身体的另一个部分的癌症。
如本文中使用的,“有风险”发生癌症的受试者可以具有或不具有可检测的疾病或疾病症状,而且在本文中描述的诊断方法前可以展示或不展示可检测的疾病或疾病症状。“有风险”表示受试者具有如本文中描述的和本领域已知的一种或多种风险因子,其是与癌症发生相关的可测量参数。具有这些风险因子中一种或多种的受试者具有比没有这些风险因子中一种或多种的受试者要高的概率发生癌症。
术语“诊断”在本文中用于指分子或病理状态,疾病或状况,例如癌症的鉴定或分类。“诊断”也可以指癌症的特定亚型的分类,例如通过分子特征(例如以特定基因或核酸区域中的核苷酸变异为特征的患者亚群)。
术语“帮助诊断”在本文中用于指帮助做出关于特定类型的癌症症状或状况的存在或性质的临床确定的方法。例如,一种帮助癌症诊断的方法可以包含在来自个体的生物学样品中测量指示癌症或具有癌症的风险升高的一种或多种遗传标志物的存在或缺失。
术语“预后”在本文中用于指预测发生癌症的可能性。术语“预测”在本文中用于指患者会有利地或不利地响应一种药物或一组药物的可能性。在某些实施方案中,预测涉及那些响应的程度。在某些实施方案中,预测涉及患者是否会在治疗(例如用特定治疗剂的治疗)后存活或改善,且对于某个时间段没有疾病复发和/或其概率。可以在临床上使用本公开的预测方法,通过为任何特定患者选择最适宜的治疗形态来做出治疗决策。本公开的预测方法在预测患者是否很可能有利地响应治疗方案(诸如给定的治疗方案,包括例如施用给定的治疗剂或组合,手术干预,类固醇治疗,等)或患者很可能在治疗方案后长期存活中是有价值的工具。
如本文中使用的,“治疗/处理”指试图改变所治疗/处理的个体或细胞的天然过程的临床干预,而且可以在临床病理学过程之前或期间实施。治疗/处理的期望效果包括预防疾病或其状况或症状的发生或复发,减轻疾病的状况或症状,减少疾病的任何直接或间接病理学后果,降低疾病进展速率,改善或减轻疾病状态,和实现消退或改善的预后。在某些实施方案中,本公开的方法和组合物在试图延迟疾病或病症的发生/发展中是有用的。
术语“药学配制剂”指如下制备物,其处于使得允许其中含有的活性组分的生物学活性有效的形式,而且不含对会接受配制剂施用的受试者有不可接受的毒性的另外的成分。
“药学可接受载剂”指药学配制剂中除了活性组分以外的,对受试者无毒的组分。药学可接受载剂包括但不限于缓冲剂,赋形剂,稳定剂,或防腐剂。
“有效量”指在必需的剂量和时间段上有效实现期望的治疗或预防结果的量。治疗剂的“治疗有效量”可以根据诸如个体的疾病状态,年龄,性别,和重量,和抗体在个体中引发期望应答的能力等因素而变化。治疗有效量还是治疗剂的治疗有益效果胜过任何有毒或有害效果的量。在癌症的情况中,治疗有效量的药物可以减少癌细胞的数目；缩小肿瘤尺寸；抑制(即一定程度减缓且优选停止)癌细胞浸润入周围器官；抑制(即一定程度减缓且优选停止)肿瘤转移；一定程度抑制肿瘤生长；和/或一定程度减轻一种或多种与癌症有关的症状。在药物可以阻止癌细胞生长和/或杀死现有癌细胞的程度上,它可以是细胞抑制性的和/或细胞毒性的。例如,有效量可以延长无进展存活(例如如通过实体瘤响应评估标准(RECIST)或CA-125变化测量的),导致客观响应(包括部分响应(PR),或完全响应(CR)),延长总体存活时间,和/或改善一种或多种癌症症状(例如如通过FOSI评估的)。
“预防有效量”指在必需的剂量和时间段上有效实现期望的预防结果的量。典型而非必然,由于预防剂量是在疾病前或在疾病的早期阶段用于受试者的,因此预防有效量会少于治疗有效量。“个体”,“受试者”或“患者”是脊椎动物。在某些实施方案中,脊椎动物是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于灵长动物(包括人和非人灵长动物)和啮齿动物(例如小鼠和大鼠)。在某些实施方案中,哺乳动物是人。
如本文中使用的,“患者亚群”及其语法变异指以具有一项或多项独特的可测量的和/或可鉴定的如下特征为特征的患者子集,该特征区分该患者子集与其所属更宽疾病范畴中的其它患者子集。此类特征包括疾病亚范畴(disease subcategory),性别,生活方式,健康史,所牵涉的器官/组织,治疗史,等。在某些实施方案中,患者亚群以核酸签名表征,包括特定核苷酸位置和/或区域中的核苷酸变异(诸如体细胞突变)。
“对照受试者”指尚未诊断为具有癌症且并未罹患任何与癌症有关的体征或症状的健康受试者。
如本文中使用的,术语“样品”指自感兴趣受试者获得或衍生的组合物,其含有要例如基于物理,生化,化学和/或生理特征来表征和/或鉴定的细胞和/或其它分子实体。例如,短语“疾病样品”及其变异指自感兴趣受试者获得的任何样品,其预期或已知含有要表征的细胞和/或分子实体。
“组织或细胞样品”意味着自受试者或患者的组织获得的相似细胞的集合。组织或细胞样品的来源可以是实体组织,如来自新鲜的,冷冻的和/或保存的器官或组织样品或活检或抽吸物；血液或任何血液组分；体液,诸如血清,尿液,痰,或唾液。组织样品也可以是原代的或培养的细胞或细胞系。任选地,组织或细胞样品是自疾病组织/器官获得的。组织样品可以含有在自然界中天然不与组织混杂的化合物,诸如防腐剂,抗凝剂,缓冲剂,固定剂,营养物,抗生素,等等。如本文中使用的,“参照样品”,“参照细胞”,“参照组织”,“对照样品”,“对照细胞”,或“对照组织”指自已知或认为没有罹患本公开的方法或组合物用于鉴定的疾病或状况的来源获得的的样品,细胞或组织。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自其中使用本公开的组合物或方法鉴定疾病或状况的同一受试者或患者的身体的健康部分获得的。在某些实施方案中,参照样品,参照细胞,参照组织,对照样品,对照细胞,或对照组织是自不是其中使用本公开的组合物或方法鉴定疾病或状况的受试者或患者的个体的身体的健康部分获得的。
为了本文中的目的,组织样品的“切片”是一块或一片组织样品,例如自组织样品切下来的一薄片组织或细胞。理解的是,可以取得多片组织样品切片并提交依照本公开的分析,前提是理解的是本公开包含其中在形态和分子水平二者或者就蛋白质和核酸二者分析组织样品的同一切片的方法。
术语“关联”或“联系”指以任何方式比较第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果。例如,可以将第一分析或方案的结果用于进行第二分析或方案,和/或,可以使用第一分析或方案的结果来决定是否应当实施第二分析或方案。就基因表达分析或方案的实施方案而言,可以使用基因表达分析或方案的结果来决定是否应当实施特定治疗方案。
“小分子”或“有机小分子”在本文中定义为具有低于约500道尔顿的分子量的有机分子。
在本文中使用的词语“标记物”指可检测化合物或组合物。标记物可以是自身可检测的(例如放射性同位素标记物或荧光标记物)或在酶标记物的情况中可以催化底物化合物或组合物的化学改变,其产生可检测产物。能充当可检测标记物的放射性核素包括例如I-131,I-123,I-125,Y-90,Re-188,Re-186,At-211,Cu-67,Bi-212,和Pd-109。
在本文中提及“约”数值或参数包括(和描述)涉及该数值或参数本身的实施方案。例如,提及“约X”的描述包括“X”的描述。
术语“包装插页”在本文中用于指治疗性产品的商业包装中通常包括的用法说明书,其含有关于适应症,用法,剂量,施用,组合疗法,禁忌症和/或关于使用此类治疗性产品的警告的信息。
术语“抗体”和“免疫球蛋白”以最广义可互换使用且包括单克隆抗体(例如全长或完整单克隆抗体),多克隆抗体,单价抗体,多价抗体,多特异性抗体(例如双特异性抗体),只要它们展现期望的生物学活性,而且还可以包括某些抗体片段(如本文中更为详细描述的)。抗体可以是嵌合的,人的,人源化的和/或亲和力成熟的。“抗体片段”包含完整抗体的一部分,优选包含其抗原结合区。抗体片段的例子包括Fab,Fab',F(ab')2,和Fv片段；双抗体；线性抗体；单链抗体分子；和自抗体片段形成的多特异性抗体。
本公开的“结合”感兴趣抗原的抗体是如下的,其以足够亲和力结合抗原,使得抗体在靶向蛋白质或表达抗原的细胞或组织中作为诊断和/或治疗剂是有用的。关于抗体对靶分子的结合,术语“特异性结合”特定多肽或特定多肽靶上的表位或“对其特异性的”意味着可测量地不同于非特异性相互作用的结合。例如,可以通过与对照分子的结合相比测定分子的结合来测量特异性结合。例如,可以通过与同靶物相似的对照分子(例如过量的未标记的靶物)的竞争来测定特异性结合。
“Her受体”或“ErbB受体”是一种受体蛋白质酪氨酸激酶,其属于Her受体家族且包括EGFR(ErbB1,Her1),Her2(ErbB2),Her3(ErbB3)和Her4(ErbB4)受体。
术语“ErbB1”,“Her1”,“表皮生长因子受体”和“EGFR”在本文中可互换使用且指如例如Carpenter et al.,Ann.Rev.Biochem.56:881-914(1987)中公开的EGFR,包括其天然发生突变体形式(例如如Ullrich et al.,Nature(1984)309:418-425和Humphrey et al.,PNAS(USA)87:4207-4211(1990)中的删除突变体EGFR),以及其变体,诸如EGFRvIII。EGFR的变体还包括删除,替代和插入变体,例如Lynch et al.(New England Journal ofMedicine 2004,350:2129),Paez et al.(Science 2004,304:1497),和Pao et al.(PNAS2004,101:13306)中描述的那些。
表述“ErbB2”和“Her2”在本文中可互换使用且指例如Semba et al.,PNAS(USA)82:6497-6501(1985)和Yamamoto et al.,Nature 319:230-234(1986)中描述的人Her2蛋白质(GenBank登录号X03363)。在某些实施方案中,ErbB2受体包含SEQ ID NO:2中显示的氨基酸序列。
如本文中使用的,“Her2胞外域”或“Her2 ECD”指Her2中在细胞外部的域,或是锚定于细胞膜或是在循环中,包括其片段。在某些实施方案中,Her2的胞外域可以包含四种域:“域I”(氨基酸残基约22-195),“域II”(氨基酸残基约196-321),“域III”(氨基酸残基约322-498),和“域IV”(氨基酸残基约499-648)(残基编号没有信号肽)。参见Garrett etal.,Mol.Cell.11:495-505(2003)；Cho et al.,Nature 421:756-760(2003)；Franklin etal.,Cancer Cell 5:317-328(2004)；和Plowman et al.,Proc.Natl.Acad.Sci 90:1746-1750(1993)。
Her2“跨膜域”或“TM域”指蛋白质中跨越细胞膜的整个磷脂双层且具有在膜中热力学稳定的三维结构的区段。这可以是例如单一α螺旋,跨膜β筒,或典型地由更多疏水性残基构成的β螺旋结构。在某些实施方案中,Her2的跨膜域包含氨基酸残基约649-675(见图8)。
Her2“近膜域”或“JM域”指连接跨膜域与催化域,而且很可能在信号转导中与TM域协同工作的域。近膜域通常长40-80个残基,而且含有定位接近膜表面的数个碱性残基(Lys和Arg)。这个区中的氨基酸已经显示充当信号传导分子的结合和磷酸化位点。在某些实施方案中,Her2的跨膜域包含氨基酸残基约676-714(见图8)。
“ErbB3”和“Her3”指如例如美国专利No.5,183,884和5,480,968以及Kraus etal.,PNAS(USA)86:9193-9197(1989)中公开的受体多肽。
在本文中,“Her3胞外域”或“Her3 ECD”或“ErbB3胞外域”指Her3中在细胞外部的域,或是锚定于细胞膜或是在循环中,包括其片段。
术语“ErbB4”和“Her4”在本文中指如例如欧洲专利申请No.599,274；Plowman etal.,Proc.Natl.Acad.Sci USA,90:1746-1750(1993)；和Plowman et al.,Nature,366:473-475(1993)中公开的受体多肽,包括其同等型,例如如1999年4月22日公开的WO99/19488中公开的。
术语“表位”指抗原分子上抗体结合的特定位点。
“表位4D5”或“4D5表位”或“4D5”是Her2胞外域中抗体4D5(ATCC CRL 10463)和曲妥珠单抗结合的区域。此表位接近Her2的跨膜域,而且在Her2的域IV内。为了筛选结合4D5表位的抗体,可以实施例行交叉阻断测定法,诸如Antibodies,ALaboratory Manual,ColdSpring Harbor Laboratory,Ed Harlow and David Lane(1988)中描述的。或者,可以实施表位作图以评估抗体是否结合Her2的4D5表位(例如Her2(SEQ ID NO:2的约残基550至约残基610的区域中的任何一个或多个残基,含)。
“表位2C4”或“2C4表位”是Her2的胞外域中抗体2C4结合的区域。为了筛选结合2C4表位的抗体,可以实施例行交叉阻断测定法,诸如Antibodies,A Laboratory Manual,ColdSpring Harbor Laboratory,Ed Harlow and David Lane(1988)中描述的。或者,可以实施表位作图以评估抗体是否结合Her2的2C4表位。表位2C4包含来自Her2胞外域中的域II的残基。2C4抗体和帕妥珠单抗在域I,II和III的连接处结合Her2的胞外域(Franklin et al.,Cancer Cell 5:317-328(2004))。
“Her异二聚体”在本文中是包含至少两个不同Her受体的非共价联合异二聚体,诸如EGFR-Her2,EGFR-Her3,EGFR-Her4,Her2-Her3或Her2-Her4异二聚体。
“Her抑制剂”或“ErbB抑制剂”或“ErbB拮抗剂”是干扰Her活化或功能的药剂。Her抑制剂的例子包括Her抗体(例如EGFR,Her2,Her3,或Her4抗体)；EGFR靶向性药物；小分子Her拮抗剂；Her酪氨酸激酶抑制剂；Her2和EGFR双重酪氨酸激酶抑制剂,诸如拉帕替尼(lapatinib)/GW572016；反义分子(参见例如WO2004/87207)；和/或结合下游信号传导分子(诸如MAPK或Akt)或干扰其功能的药剂。优选地,Her抑制剂是结合Her受体的抗体。一般而言,Her抑制剂指特异性结合特定Her受体且阻止或降低它的信号传导活性,但是并不特异性结合其它Her受体的那些化合物。例如,Her3拮抗剂特异性结合以降低它的活性,但是并不特异性结合EGFR,Her2,或Her4。
“Her二聚化抑制剂”或“HDI”是抑制Her同二聚体或Her异二聚体形成的药剂。优选地,Her二聚化抑制剂是抗体。然而,Her二聚化抑制剂还包括抑制Her同或异二聚体形成的肽和非肽小分子,和其它化学实体。
“抑制Her二聚化”的抗体是抑制或干扰Her二聚体形成的抗体,不管根本的机制。在某些实施方案中,此类抗体在其异二聚体结合位点处结合Her2。二聚化抑制性抗体的一个具体例子是帕妥珠单抗(Pmab)或MAb 2C4。Her二聚化抑制剂的其它非限制性例子包括结合EGFR并抑制其与一种或多种其它Her受体二聚化的抗体(例如结合活化的或“未栓系”的EGFR的EGFR单克隆抗体806,MAb 806；参见Johns et al.,J.Biol.Chem.279(29):30375-30384(2004))；结合Her3并抑制其与一种或多种其它Her受体二聚化的抗体；结合Her4并抑制其与一种或多种其它Her受体二聚化的抗体；肽二聚化抑制剂(美国专利No.6,417,168)；反义二聚化抑制剂；等。
“Her抗体”是结合Her受体的抗体。任选地,Her抗体进一步干扰Her活化或功能。具体的Her2抗体包括帕妥珠单抗和曲妥珠单抗。具体的EGFR抗体的例子包括西妥昔单抗(cetuximab)和帕尼单抗(panitumumab)。涉及Her2抗体的专利出版物包括:美国专利No.5,677,171；5,720,937；5,720,954；5,725,856；5,770,195；5,772,997；6,165,464；6,387,371；6,399,063；6,015,567；6,333,169；4,968,603；5,821,337；6,054,297；6,407,213；6,639,055；6,719,971；6,800,738；5,648,237；7,018,809；6,267,958；6,695,940；6,821,515；7,060,268；7,682,609；7,371,376；6,127,526；6,333,398；6,797,814；6,339,142；6,417,335；6,489,447；7,074,404；7,531,645；7,846,441；7,892,549；6,573,043；6,905,830；7,129,840；7,344,840；7,468,252；7,674,589；6,949,245；7,485,302；7,498,030；7,501,122；7,537,931；7,618,631；7,862,817；7,041,292；6,627,196；7,371,379；6,632,979；7,097,840；7,575,748；6,984,494；7,279,287；7,811,773；7,993,834；7,435,797；7,850,966；7,485,704；7,807,799；7,560,111；7,879,325；7,449,184；7,700,299；8,591,897；和US 2010/0016556；US 2005/0244929；US 2001/0014326；US 2003/0202972；US2006/0099201；US 2010/0158899；US 2011/0236383；US 2011/0033460；US 2005/0063972；US 2006/018739；US 2009/0220492；US 2003/0147884；US 2004/0037823；US 2005/0002928；US 2007/0292419；US 2008/0187533；US 2003/0152987；US 2005/0100944；US2006/0183150；US2008/0050748；US 2010/0120053；US 2005/0244417；US 2007/0026001；US 2008/0160026；US 2008/0241146；US 2005/0208043；US 2005/0238640；US 2006/0034842；US 2006/0073143；US 2006/0193854；US 2006/0198843；US 2011/0129464；US2007/0184055；US 2007/0269429；US 2008/0050373；US 2006/0083739；US 2009/0087432；US 2006/0210561；US 2002/0035736；US 2002/0001587；US 2008/0226659；US 2002/0090662；US 2006/0046270；US 2008/0108096；US 007/0166753；US 2008/0112958；US2009/0239236；US 2004/008204；US 2009/0187007；US 2004/0106161；US 2011/0117096；US 2004/048525；US 2004/0258685；US 2009/0148401；US 2011/0117097；US 2006/0034840；US 2011/0064737；US 2005/0276812；US 2008/0171040；US 2009/0202536；US2006/0013819；US 2006/0018899；US 2009/0285837；US 2011/0117097；US 2006/0088523；US 2010/0015157；US 2006/0121044；US 2008/0317753；US2006/0165702；US 2009/0081223；US 2006/0188509；US 2009/0155259；US 2011/0165157；US 2006/0204505；US2006/0212956；US 2006/0275305；US 2007/0009976；US 2007/0020261；US 2007/0037228；US 2010/0112603；US 2006/0067930；US 2007/0224203；US 2008/0038271；US 2008/0050385；2010/0285010；US 2008/0102069；US 2010/0008975；US 2011/0027190；US 2010/0298156；US 2009/0098135；US 2009/0148435；US 2009/0202546；US 2009/0226455；US2009/0317387；和US 2011/0044977。据此通过援引完整收录其内容。
“Her活化”指任何一种或多种Her受体的活化或磷酸化。一般地,Her活化导致信号转导(例如由Her受体的胞内激酶域引起的,磷酸化Her受体或底物多肽中的酪氨酸残基的)。Her活化可以由结合包含感兴趣Her受体的Her二聚体的Her配体介导。结合Her二聚体的Her配体可以活化二聚体中的Her受体中一种或多种的激酶域并由此导致Her受体中一种或多种中的酪氨酸残基的磷酸化和/或另外的底物多肽,诸如Akt或MAPK胞内激酶中的酪氨酸残基的磷酸化。
“磷酸化”指对蛋白质,诸如Her受体或其底物添加一个或多个磷酸基团。
Her2上的“异二聚体结合位点”指Her2胞外域中在与EGFR,Her3或Her4胞外域形成二聚体时,与它的一个区域接触或形成介面的区域。发现该区域在HER2的域II中(Franklinet al.,Cancer Cell 5:317-328(2004))。
“结合Her2的异二聚体结合位点的”Her2抗体结合域II中的残基(且任选还结合Her2胞外域的其它域,诸如域I和III中的残基),而且至少在一定程度上能在空间上阻碍Her2-EGFR,Her2-Her3,或Her2-Her4异二聚体的形成。Franklin et al.,Cancer Cell 5:317-328(2004)表征了存放在RC SB蛋白质数据库(ID代码IS78)的Her2-帕妥珠单抗晶体结构,图示了结合Her2的异二聚体结合位点的一种例示性抗体。“结合Her2的域II”的抗体结合域II中的残基和任选地Her2的其它域,诸如域I和III中的残基。
当用于描述本文中公开的各种抗体时,“分离的”意味着已经鉴定并自表达它的细胞或细胞培养物分出和/或回收的抗体。它的天然环境的污染性成分是典型地会干扰多肽的诊断或治疗用途的物质,而且可以包括酶,激素,和其它蛋白质性质或非蛋白质性质的溶质。在优选的实施方案中,抗体会纯化至(1)足以通过使用转杯式测序仪获得至少15个残基的N端或内部氨基酸序列的程度,或(2)根据使用考马斯蓝或优选银染剂的非还原性或还原性条件下的SDS-PAGE,达到同质。因为多肽天然环境的至少一种成分不会存在,所以分离的抗体包括重组细胞内的原位抗体。然而,分离的多肽通常会通过至少一个纯化步骤来制备。
“ErbB2阳性癌症检测剂”指能够检测ErbB2核酸序列或氨基酸序列内与ErbB2阳性癌症有关的突变的药剂。典型地,检测剂包含能够特异性结合ErbB2序列的试剂。在一个优选的实施方案中,试剂能够特异性结合ErbB2核酸序列中的ErbB2突变。在某些实施方案中,多核苷酸是包含与包含突变的ErbB2序列特异性杂交的核酸序列的探针。在某些实施方案中,检测剂包含能够特异性结合ErbB2氨基酸序列的试剂。在某些实施方案中,氨基酸序列包含如本文中描述的突变。检测剂可以进一步包含标记物。
ErbB2体细胞突变
本公开提供检测来自受试者的样品中与癌症有关的ErbB2体细胞突变的存在或缺失的方法。本公开进一步提供通过检测来自受试者的样品中这些体细胞突变中一种或多种的存在或缺失,癌症诊断和预后的方法,其中体细胞突变的存在指示受试者具有癌症。与癌症风险有关的ErbB2体细胞突变是使用包括全基因组关联研究,修饰基因筛选,和基于家族的筛选的策略鉴定的。
供本公开的方法中使用的体细胞突变或变异包括ErbB2或编码这种蛋白质的基因中的变异。在某些实施方案中,体细胞突变在编码基因(或它的调节区)的基因组DNA中。在某些实施方案中,体细胞突变是编码ErbB2的核酸中的替代,插入,或删除(见SEQ ID NO:1的核酸序列；图9(登录号X03363)；和SEQ ID NO:2的蛋白质序列,图10(登录号P04626))。在某些实施方案中,变异是导致Her2的跨膜(TM),近膜(JM)域和/或邻近区域中的氨基酸替代的突变。在某些实施方案中,变异是ErbB2中的氨基酸替代,插入,截短,或删除。在某些实施方案中,变异是氨基酸替代。
体细胞突变的检测
如本文中描述的任何检测方法中使用的核酸可以是基因组DNA；自基因组DNA转录的RNA；或自RNA生成的cDNA。核酸可以是自脊椎动物,例如哺乳动物衍生。若核酸是自特定来源直接获得的或者若它是在特定来源中找到的核酸的拷贝,则它被说成是自该来源“衍生”的。
在某些实施方案中,核酸包括核酸的拷贝,例如源自扩增的拷贝。扩增在某些情况中可能是想要的,例如为了获得想要量的材料用于检测变异。然后可以将扩增子提交变异检测方法(诸如那些下文所描述的)以测定扩增子中是否存在变异。
可以通过对于本领域技术人员已知的某些方法检测体细胞突变或变异。此类方法包括但不限于DNA测序；引物延伸测定法,包括体细胞突变特异性核苷酸掺入测定法和体细胞突变特异性引物延伸测定法(例如体细胞突变特异性PCR,体细胞突变特异性连接链式反应(LCR),和缺口-LCR)；突变特异性寡核苷酸杂交测定法(例如寡核苷酸连接测定法)；切割保护测定法,其中使用针对切割剂的保护检测核酸双链体中的错配碱基；MutS蛋白结合的分析；比较变体和野生型核酸分子的迁移率的电泳分析；变性梯度凝胶电泳(DGGE,如在例如Myers et al.(1985)Nature 313:495中的)；错配碱基对处的RNA酶切割分析；对异源双链体DNA的化学或酶促切割的分析；质谱术(例如MALDI-TOF)；遗传位分析(genetic bitanalysis,GBA)；5’核酸酶测定法(例如TaqManTM)；和采用分子灯塔(beacon)的测定法。下文更为详细地讨论了这些中的某些方法。
可以使用本领域中公知的技术通过对靶核酸的分子克隆和测序来实现靶核酸中的变异的检测。或者,可以使用扩增技术(诸如聚合酶链式反应(PCR))从来自肿瘤组织的基因组DNA制备物直接扩增靶核酸序列。然后,可以测定扩增序列的核酸序列并自其鉴定变异。扩增技术是本领域公知的,例如,聚合酶链式反应描述于Saiki et al.,Science 239:487,1988；美国专利No.4,683,203和4,683,195。
也可以使用本领域已知的连接酶链式反应扩增靶核酸序列。参见例如Wu et al.,Genomics 4:560-569(1989)。另外,也可以使用称为等位基因特异性PCR的技术检测体细胞突变(例如替代)。参见例如Ruano and Kidd(1989)Nucleic Acids Research 17:8392；McClay et al.(2002)Analytical Biochem.301:200-206。在此技术的某些实施方案中,使用突变特异性引物,其中引物的3’端核苷酸与靶核酸中的特定变异互补(即能够与其特异性碱基配对)。若特定变异不存在,则观察不到扩增产物。也可以使用扩增耐受突变系统(ARMS)检测变异(例如替代)。ARMS描述于例如欧洲专利申请公开文本No.0332435和Newtonet al.,Nucleic Acids Research,17:7,1989。
对于检测变异(例如替代)有用的其它方法包括但不限于(1)突变特异性核苷酸掺入测定法,诸如单碱基延伸测定法(参见例如Chen et al.(2000)Genome Res.10:549-557；Fan et al.(2000)Genome Res.10:853-860；Pastinen et al.(1997)Genome Res.7:606-614；和Ye et al.(2001)Hum.Mut.17:305-316)；(2)突变特异性引物延伸测定法(参见例如Ye et al.(2001)Hum.Mut.17:305-316；和Shen et al.,Genetic Engineering News,vol.23,Mar.15,2003),包括等位基因特异性PCR；(3)5’核酸酶测定法(参见例如De LaVega et al.(2002)BioTechniques 32:S48-S54(描述测定法)；Ranade et al.(2001)Genome Res.11:1262-1268；和Shi(2001)Clin.Chem.47:164-172)；(4)采用分子灯塔的测定法(参见例如Tyagi et al.(1998)Nature Biotech.16:49-53；和Mhlanga et al.(2001)Methods 25:463-71)；和(5)寡核苷酸连接测定法(参见例如Grossman et al.(1994)Nuc.Acids Res.22:4527-4534；专利申请公开文本No.US 2003/0119004A1；PCT国际公开文本No.WO 01/92579A2；和美国专利No.6,027,889)。
也可以通过错配检测方法检测变异。错配是并非100％互补的杂交核酸双链体。完全互补性的缺乏可以是由于删除,插入,倒位,或替代。错配检测方法的一个例子是错配修复检测(MRD)测定法,其描述于例如Faham et al.,Proc.Natl Acad.Sci.USA 102:14717-14722(2005)和Faham et al.,Hum.Mol.Genet.10:1657-1664(2001)。错配切割技术的另一个例子是RNA酶保护方法,其详细描述于Winter et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 82:7575,1985,和Myers et al.,Science 230:1242,1985。例如,本公开的方法可以牵涉使用与人野生型靶核酸互补的经标记核糖核酸探针。将核糖核酸探针和自组织样品衍生的靶核酸退火(杂交)在一起,随后用能够检测双链体RNA结构中的一些错配的酶RNA酶A消化。若RNA酶A检测到错配,则它在错配位点处切割。如此,当退火的RNA制备物在电泳凝胶基质上分开时,若错配已经受到RNA酶A检测和切割,则会看到比核糖核酸探针和mRNA或DNA的全长双链体RNA要小的RNA产物。核糖核酸探针不需要是靶核酸的全长,而是可以是靶核酸的一部分,前提是它涵盖怀疑具有变异的位置。
以类似的方式,可以使用DNA探针检测错配,例如经由酶促或化学切割。参见例如Cotton et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:4397,1988；和Shenk et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 72:989,1975。或者,可以通过错配双链体相对于匹配双链体的电泳迁移率变动检测错配。参见例如Cariello,Human Genetics 42:726,1988。凭借核糖核酸探针或DNA探针,可以在杂交前扩增怀疑包含变异的靶核酸。也可以使用Southern杂交检测靶核酸中的变化,尤其是在变化是大体(gross)重排时,诸如删除和插入。
可以使用针对靶核酸或周围标志物基因的限制片段长度多态性(RFLP)探针检测变异,例如插入或删除。也可以通过克隆,测序和扩增靶核酸检测插入和删除。也可以使用单链构象多态性(SSCP)分析检测等位基因的碱基变化变体。参见例如Orita et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:2766-2770,1989,和Genomics,5:874-879,1989。可以修改SSCP用于检测ErbB2体细胞突变。SSCP通过单链PCR产物的电泳迁移的改变鉴定碱基差异。可以通过加热或以其它方式使双链PCR产物变性来生成单链PCR产物。单链核酸可以重折叠或形成部分取决于碱基序列的二级结构。单链扩增产物的不同电泳迁移率与SNP位置处的碱基序列差异有关。变性梯度凝胶电泳(DGGE)基于多态性DNA固有的不同序列依赖性稳定性和解链特性和变性梯度凝胶中的电泳迁移样式的相应差异区分SNP等位基因。
也可以使用微阵列检测体细胞突变或变异。微阵列是一种多路技术,其典型地使用排列的一系列数以千计核酸探针与例如cDNA或cRNA样品在高严格性条件下杂交。典型地通过检测荧光团,银,或化学发光标记的靶物以测定靶物中的核酸序列的相对丰度来检测和量化探针-靶物杂交。在典型的微阵列中,通过与化学基质(经由环氧-硅烷,氨基-硅烷,赖氨酸,聚丙烯酰胺等)的共价键将探针附着于固体表面。固体表面是例如玻璃,硅芯片,或显微珠。多种微阵列是可商购的,包括例如由Affymetrix,Inc.和Illumina,Inc.制造的那些。
用于检测体细胞突变的另一种方法基于质谱术。质谱术利用DNA的四种核苷酸每种的独特质量。通过测量具有体细胞突变的核酸的质量的差异,可以通过质谱术明确分析含有潜在突变的ErbB2核酸。MALDI-TOF(基质辅助激光解吸电离-飞行时间)质谱术技术对于极其精确地测定分子量,诸如含有体细胞突变的核酸是有用的。已经基于质谱术开发了众多核酸分析办法。例示性的基于质谱术的方法包括引物延伸测定法,其还可以与其它办法组合利用,诸如传统的基于凝胶的格式和微阵列。
也可以使用序列特异性核酶(美国专利No.5,498,531)基于核酶切割位点的得失检测体细胞突变。可以通过核酸酶切割消化测定法或通过解链温度的差异区分完美匹配序列与错配序列。若突变影响限制酶切割位点,则可以通过限制酶消化样式的改变和通过凝胶电泳测定的核酸片段长度的相应变化鉴定突变。
在本公开的某些实施方案中,使用基于蛋白质的检测技术检测由具有如本文中公开的遗传变异的基因编码的变异蛋白质。可以使用本领域已知的任何合适技术进行变异形式的蛋白质的存在的测定,例如电泳(例如变性或非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,二维凝胶电泳,毛细电泳,和等电聚焦),层析(例如大小层析,高效液体层析(HPLC),和阳离子交换HPLC),和质谱术(例如MALDI-TOF质谱术,电喷射离子化(ESI)质谱术,和串联质谱术)。参见例如Ahrer and Jungabauer(2006)J.Chromatog.B.Analyt.Technol.Biomed.LifeSci.841:110-122；和Wada(2002)J.Chromatog.B.781:291-301。可以部分基于要检测的变异的性质选择合适的技术。例如,可以通过等电聚焦检测导致其中替代氨基酸与原始氨基酸具有不同电荷的氨基酸替代的变异。多肽经由在高电压下的具有pH梯度的凝胶的等电聚焦通过它们的pI分开蛋白质。可以比较pH梯度凝胶与同时运行的含有野生型蛋白质的凝胶。在变异导致生成新的蛋白水解切割位点或消除现有的位点的情况中,可以将样品提交蛋白水解消化,继以使用适宜电泳,层析,或质谱术技术的肽作图。也可以使用蛋白质测序技术检测变异的存在,诸如Edman降解或某些形式的质谱术。
也可以使用本领域已知的使用这些技术的组合的方法。例如,在HPLC-显微术串联质谱术技术中,对蛋白质实施蛋白水解消化,并通过反相层析分开将所得肽混合物分开。然后实施串联质谱术并分析自其收集的数据(Gatlin et al.(2000)Anal.Chem.,72:757-763)。在另一个例子中,组合非变性凝胶电泳与MALDI质谱术(Mathew et al.(2011)Anal.Biochem.416:135-137)。
在某些实施方案中,可以使用试剂,诸如特异性结合蛋白质的抗体或肽自样品分离蛋白质,然后使用上文公开的任何技术进一步分析以测定遗传变异的存在或缺失。
或者,可以通过基于对具有依照本公开的遗传变异的蛋白质特异性的抗体(即特异性结合具有变异的蛋白质但不结合缺乏变异的形式的蛋白质的抗体)的免疫亲和测定法检测样品中变异蛋白质的存在。可以通过本领域已知的任何合适技术生成此类抗体。可以使用抗体自溶液样品免疫沉淀特定蛋白质或免疫印迹通过例如聚丙烯酰胺凝胶分开的蛋白质。也可以在检测组织或细胞中的特定蛋白质变体中使用免疫细胞化学方法。也可以使用其它公知的基于抗体的技术,包括例如酶联免疫吸附测定法(ELISA),放射免疫测定法(RIA),免疫放射计量测定法(IRMA)和免疫酶测定法(IEMA),包括使用单克隆或多克隆抗体的夹心式测定法。参见例如美国专利No.4,376,110和4,486,530。
癌症的诊断和预后
本公开提供用于受试者中癌症的诊断或预后的方法,其通过检测来自受试者的样品中一种或多种如本文中公开的与癌症有关的体细胞突变或变异的存在。供本公开的方法中使用的体细胞突变或变异包括ErbB2或编码这种蛋白质的基因中的变异。在某些实施方案中,体细胞突变在编码基因(或它的调节区)的基因组DNA中。在某些实施方案中,体细胞突变是编码ErbB2的基因中的替代,插入,或删除。在一个实施方案中,变异是导致ErbB2的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中一个或多个表1中鉴定的位置处的氨基酸替代的突变。在某些实施方案中,变异是导致ErbB2的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中V659,R667,R678,G660和Q709中一个或多个处的氨基酸替代的突变。在某些实施方案中,替代是ErbB2的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中V659E,R667Q,R678Q,G660D,G660R和Q709L中至少一个。在某些实施方案中,突变指示选自由胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺癌,和胰腺癌组成的组的ErbB2阳性癌症的存在。
在某些实施方案中,变异是导致ErbB2的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中V659E,R667Q,R678Q,G660D,G660R中一个或多个处的氨基酸替代的突变。例如,而非限制,替代是ErbB2的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中V659E,R667Q,R678Q,G660D,G660R和Q709L中至少一个。在某些实施方案中,ErbB2突变指示胃肠癌,例如胃,结肠,食道,直肠,盲肠,和结直肠癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在V659处。例如,而非限制,替代是V659E。在某些实施方案中,突变指示结肠癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在V659处。在某些实施方案中,替代是V659E。例如,而非限制,突变指示乳腺癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在R667处。在某些实施方案中,替代是R667Q。例如,而非限制,突变指示胃癌或结肠癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在R667处。在某些实施方案中,替代是R667Q。例如,而非限制,突变指示乳腺癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在R678处。在某些实施方案中,替代是R678Q。例如,而非限制,突变指示胃癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在R678处。在某些实施方案中,替代是R678Q。例如,而非限制,突变指示乳腺癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在G660处。在某些实施方案中,替代是G660D或G660R。例如,而非限制,突变指示胃癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在G660处。例如,而非限制,替代是G660D或G660R。例如,而非限制,突变指示乳腺癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在Q709处。例如,而非限制,替代是Q709L。在某些实施方案中,突变指示结肠癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在Q709处。例如,而非限制,替代是Q709L。在某些实施方案中,突变指示乳腺癌的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在V659处。例如,而非限制,替代是V659E。在某些实施方案中,突变指示肺癌(非小细胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小细胞肺(NSCLC)鳞癌)的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在R667处。例如,而非限制,替代是R667Q。在某些实施方案中,突变指示肺癌(非小细胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小细胞肺(NSCLC)鳞癌)的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在R678处。例如,而非限制,替代是R678Q。在某些实施方案中,突变指示肺癌(非小细胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小细胞肺(NSCLC)鳞癌)的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在G660处。例如,而非限制,替代是G660D或G660R。在某些实施方案中,突变指示肺癌(非小细胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小细胞肺(NSCLC)鳞癌)的存在。
在某些实施方案中,ErbB2替代在Q709处。例如,而非限制,替代是Q709L。在某些实施方案中,突变指示肺癌(非小细胞肺(NSCLC)腺癌)或肺癌(非小细胞肺(NSCLC)鳞癌)的存在。
在某些实施方案中,至少一个变异是ErbB2中的氨基酸替代,插入,截短,或删除。在某些实施方案中,变异是氨基酸替代。可以在下文描述的任何检测,诊断和预后方法中使用这些变异中任一种或多种。
在某些实施方案中,本公开提供一种用于在受试者中检测指示癌症的体细胞突变的存在或缺失的方法,其包含:(a)使来自受试者的样品接触能够检测ErbB2基因中的体细胞突变的存在或缺失的试剂；和(b)测定突变的存在或缺失,其中突变的存在指示受试者罹患或有风险发生癌症。
供方法中使用的试剂可以是寡核苷酸,DNA探针,RNA探针,和核酶。在某些实施方案中,试剂是经过标记的。标记物可以包括例如放射性同位素标记物,荧光标记物,生物发光标记物或酶标记物。能充当可检测标记物的放射性核素包括例如I-131,I-123,I-125,Y-90,Re-188,Re-186,At-211,Cu-67,Bi-212,和Pd-109。
本公开提供一种用于在受试者中检测指示癌症体细胞突变的方法。在某些实施方案中,用于在受试者中检测指示癌症的体细胞突变的方法包含测定来自受试者的生物学样品中ErbB2基因中的体细胞突变的存在或缺失,其中突变的存在指示受试者罹患或有风险发生癌症。在方法的某些实施方案中,检测一种或多种体细胞突变的存在是通过选自由直接测序,突变特异性探针杂交,突变特异性引物延伸,突变特异性扩增,突变特异性核苷酸掺入,5'核酸酶消化,分子灯塔测定法,寡核苷酸连接测定法,大小分析,和单链构象多态性组成的组的过程进行的。在某些实施方案中,在测定一处或多处突变的存在前扩增来自样品的核酸。
本公开进一步提供一种用于在受试者中诊断或预后癌症的方法。在某些实施方案中,方法包含(a)使来自受试者的样品接触能够检测ErbB2基因中的体细胞突变的存在或缺失的试剂；和(b)测定突变的存在或缺失,其中突变的存在指示受试者罹患或有风险发生癌症。在某些实施方案中,方法包括测定来自受试者的生物学样品中ErbB2基因中的体细胞突变的存在或缺失,其中遗传变异的存在指示受试者罹患或有风险发生癌症。
在某些实施方案中,在受试者中诊断或预后癌症的方法可包括(a)获得来自受试者的含有核酸的样品,和(b)分析样品以检测ErbB2基因中至少一种体细胞突变的存在,其中遗传变异的存在指示受试者罹患或有风险发生癌症。
在某些实施方案中,诊断或预后的方法进一步包含将受试者提交一种或多种针对癌症的另外的诊断测试,例如筛选一种或多种另外的标志物,或将受试者提交成像规程。
在某些实施方案中,上述方法进一步包含在样品中检测至少一种体细胞突变的存在。在某些实施方案中,第一体细胞突变的存在与至少一个另外的体细胞突变的存在一起指示与具有第一体细胞突变且缺乏至少一个另外的体细胞突变的存在的受试者相比升高的癌症的风险。
本公开进一步提供用于鉴定具有升高风险的癌症诊断的受试者的方法。在某些实施方案中,方法包括(a)测定来自受试者的生物学样品中ErbB2基因中的第一体细胞突变的存在或缺失；和(b)测定至少一个另外的体细胞突变的存在或缺失,其中第一和至少一个另外的体细胞突变的存在指示受试者具有与缺乏第一和至少一个另外的体细胞突变的存在的受试者相比升高的癌症诊断的风险。
还提供的是一种在受试者中帮助癌症亚表型的诊断和/或预后的方法,方法包含在自受试者衍生的生物学样品中检测编码ErbB2的基因中体细胞突变的存在。
本公开进一步提供一种预测受试者对靶向ErbB受体的癌症治疗剂的响应的方法,其包含在自受试者获得的生物学样品中检测导致ErbB2的氨基酸序列(SEQ ID NO:2)中的氨基酸变异的体细胞突变,其中体细胞突变的存在指示对靶向ErbB受体的治疗剂的响应。在某些实施方案中,治疗剂是ErbB拮抗剂或结合剂,例如抗ErbB抗体。
可以使用本领域技术人员已知的某些方法获得供上文描述的任何方法中使用的生物学样品。可以自脊椎动物(特别是哺乳动物)获得生物学样品。在某些实施方案中,生物学样品包含细胞或组织。可以自组织样品或自其它身体样品(诸如血液,血清,尿液,痰,唾液,粘液,和组织)检测靶核酸(或所编码的多肽)中的变异。通过筛选此类身体样品,可以对疾病(诸如癌症)实现简单早期诊断。另外,可以通过对此类身体样品测试靶核酸(或所编码的多肽)中的变异更加容易地监测疗法的进展。在某些实施方案中,自怀疑具有癌症的个体获得生物学样品。
在确定受试者或自受试者获得的生物学样品包含本文中公开的体细胞突变后,涵盖的是可以对受试者施用有效量的适宜癌症治疗剂以治疗受试者中的癌症。
还提供的是用于在哺乳动物中帮助癌症诊断的方法,其通过依照上文描述的方法检测包含ErbB2中的体细胞突变的核酸中一种或多种变异的存在。
在某些实施方案中,提供了一种用于预测具有癌症的受试者是否会响应治疗剂的方法,其通过依照上文描述的方法测定受试者是否包含ErbB2中的体细胞突变。
还提供的是用于评估受试者发生癌症的倾向性的方法,其通过在受试者中检测ErbB2中的体细胞突变的存在或缺失。
还提供的是在哺乳动物中癌症亚分类的方法,方法包含检测ErbB2中的体细胞突变的存在。
还提供的是鉴定在患者亚群中有效治疗癌症的治疗剂的方法,方法包含关联药剂的功效与ErbB2中的体细胞突变的存在。
另外的方法提供对于确定适宜的临床干预步骤(如果适宜和在适宜时)有用的信息。因此,在本公开的方法的某些实施方案中,方法进一步包含临床干预步骤,其基于如本文中公开的与癌症有关的ErbB2体细胞突变的存在或缺失的评估的结果。例如,适宜的干预可以牵涉预防和治疗步骤,或对任何当时流行的(then-current)预防或治疗步骤的调整,其基于通过本公开的方法获得的遗传信息。
如对本领域技术人员会显而易见的是,在本文中描述的任何方法中,虽然检测到体细胞突变的存在会正面地指示疾病的特征(例如疾病的存在或亚型),但是未检测到体细胞突变通过提供疾病的相反表征也会是有教益的。
癌症的治疗
本公开提供治疗具有ErbB2阳性癌症的患者的方法,其中癌症包含ErbB2受体的JM或TM域中的突变。在某些实施方案中,ErbB2阳性癌症包含至少一处表1中显示的突变。在某些实施方案中,在患者中治疗癌症的方法包括下述步骤:自患者获得生物学样品,对生物学样品检查如本文中公开的ErbB2体细胞突变的存在或缺失,和在确定所述组织或细胞样品中突变的存在或缺失后对所述患者施用有效量的适宜治疗剂。任选地,方法包含对所述哺乳动物施用有效量的靶向癌症治疗剂。例如,而非限制,若在生物学样品中检测到ErbB2体细胞突变,则方法可以包括施用有效量的Her抑制剂。
在某些实施方案中,用于治疗具有癌症的受试者的方法可以包括自受试者获得癌症的样品和检测样品中ErbB2体细胞突变的存在,其中如果检测到ErbB2体细胞突变,那么对受试者施用Her抑制剂。在某些实施方案中,ErbB2突变包括ErbB2受体的TM区和/或JM区中的突变。在某些实施方案中,ErbB2突变是氨基酸V659,G660 R667,R678,Q709中至少一个或其组合的突变。例如,而非限制,ErbB2突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。
还提供的是在已知其中存在ErbB2体细胞突变的受试者中治疗癌症的方法,方法包含对受试者施用有效治疗癌症的治疗剂。在某些实施方案中,ErbB2突变是表1中提供的突变。在某些实施方案中,ErbB2突变是氨基酸V659,G660 R667,R678,Q709中至少一个或其组合的突变。例如,而非限制,ErbB2突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。还提供的是治疗特定癌症患者亚群中的癌症受试者的方法,其包含对受试者施用有效量的治疗剂,治疗剂批准为用于所述亚群的治疗剂,其中亚群至少部分特征在于与ErbB2体细胞突变的关联。在某些实施方案中,ErbB2突变是表1中提供的突变。在某些实施方案中,ErbB2突变是氨基酸V659,G660 R667,R678,Q709中至少一个或其组合的突变。例如,而非限制,ErbB2突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q,Q709L和其组合组成的组。
还提供的是用于为癌症治疗剂的治疗选择罹患癌症的患者的方法,其包含检测ErbB2体细胞突变的存在。在某些实施方案中,基于表1中公开的突变中一种或多种的存在为Herceptin或帕妥珠单抗的治疗选择患者。
在某些实施方案中,为曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)的治疗选择罹患包含ErbB2受体的TM区中的突变的癌症的患者。在某些实施方案中,为曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)的治疗选择罹患包含ErbB2受体的TM域的氨基酸V659或G660中至少一个处的突变的癌症的患者。在某些实施方案中,癌症包含突变V659E。在某些实施方案中,癌症包含突变G660D。在某些实施方案中,癌症包含突变G660R。在某些实施方案中,对罹患包含ErbB2受体的TM区中的突变的癌症的患者施用有效量的曲妥珠单抗。在某些实施方案中,对罹患包含ErbB2受体的TM区中的突变的癌症的患者施用有效量的曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)。
在某些实施方案中,为曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1),或帕妥珠单抗的治疗选择罹患包含ErbB2受体的JM区中的突变的癌症的患者。在某些实施方案中,为曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1),或帕妥珠单抗的治疗选择罹患包含ErbB2受体的JM域的氨基酸R667,R678或Q709中至少一个处的突变的癌症的患者。在某些实施方案中,癌症包含突变R667Q。在某些实施方案中,癌症包含突变R678Q。在还有某些实施方案中,癌症包含突变Q709L。在某些实施方案中,对罹患包含ErbB2受体的JM区中的突变的癌症的患者施用有效量的曲妥珠单抗。在某些实施方案中,对罹患包含ErbB2受体的JM区中的突变的癌症的患者施用有效量的曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)。在某些实施方案中,对罹患包含ErbB2受体的JM区中的突变癌症的患者施用有效量的帕妥珠单抗。
本公开提供治疗具有通过本文中描述的体细胞突变中一种或多种鉴定的Her2/ErbB2癌症的个体的方法。在某些实施方案中,方法包含对个体施用有效量的Her抑制剂的步骤。在某些实施方案中,Her抑制剂是结合Her受体的抗体。在某些实施方案中,抗体结合ErbB2受体。在某些实施方案中,通过Her抑制剂治疗的癌症是胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺癌,和胰腺癌。
在另一个方面,本公开提供供一种在受试者中治疗ErbB2阳性癌症的方法中使用的抗癌症治疗剂,所述方法包含(i)在自受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中氨基酸突变的存在或缺失,其中突变导致ErbB2氨基酸序列的至少一个位置处的氨基酸变化(如本文中描述的),其中突变的存在指示自其获得样品的受试者中癌症的存在；和(ii)若在核酸序列中检测到突变,则对受试者施用有效量的抗癌症治疗剂。
本公开的另一个方面提供一种在个体中抑制Her受体的生物学活性的方法,其包含对个体施用有效量的Her抑制剂。在某些实施方案中,Her受体是由个体中的癌细胞表达的Her2受体。在某些实施方案中,Her抑制剂是包含特异性结合至少Her2的抗原结合域的Her抗体。
在某些实施方案中,本公开提供一种用于延长具有包括ErbB2体细胞突变的癌症的受试者的存活期的方法。在某些实施方案中,方法包括对受试者施用治疗有效量的本文中公开的HER抑制剂。在某些实施方案中,使用所公开的方法可以将具有癌症的受试者的存活期延长约1周,约2周,约3周,约1个月,约2个月,约4个月,约6个月,约8个月,约10个月,约12个月,约14个月,约18个月,约20个月,约2年,约3年,约5年或更久。
在另一个方面,本公开提供数种不同类型的合适Her抑制剂供治疗方法中使用。在某些实施方案中,Her抑制剂选自由曲妥珠单抗(结合ErbB2域IV的抗ErbB2抗体),曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1),帕妥珠单抗(结合ErbB2域II且阻止二聚化的抗ErbB2抗体)和其组合组成的组。Her抑制剂的另外的非限制性例子包括拉帕替尼,阿法替尼和奈拉替尼。
本公开进一步提供供作为药物使用的Her抗体。本公开的另一个方面提供供制造药物中使用的Her抗体。在某些实施方案中,可以使用药物治疗通过本文中描述的体细胞突变中一种或多种鉴定的ErbB2/Her2癌症。在某些实施方案中,Her抗体包含特异性结合Her2或特异性结合Her2和至少一种另外的Her受体的抗原结合域。
曲妥珠单抗(CAS 180288-69-1,huMAb4 D5-8,rhuMAb Her2,Genentech)是一种重组DNA衍生的IgG1卡帕单克隆抗体,它是在基于细胞的测定法中以高亲和力(Kd＝5nM)选择性结合Her2的胞外域的鼠抗Her2抗体(4D5)的一种人源化型式(美国专利No.5,677,171；美国专利No.5,821,337；美国专利No.6,054,297；美国专利No.6,165,464；美国专利No.6,339,142；美国专利No.6,407,213；美国专利No.6,639,055；美国专利No.6,719,971；美国专利No.6,800,738；美国专利No.7,074,404；Coussens et al.(1985)Science 230:1132-9；Slamon et al.(1989)Science 244:707-12；Slamon et al.(2001)New Engl.J.Med.344:783-792)。曲妥珠单抗已经在体外测定法和动物二者中显示抑制过表达Her2的人肿瘤细胞的增殖(Hudziak et al.(1989)Mol Cell Biol 9:1165-72；Lewiset al.(1993)Cancer Immunol Immunother；37:255-63；Baselga et al.(1998)CancerRes.58:2825-2831)。曲妥珠单抗是抗体依赖性细胞细胞毒性(ADCC)的介导物(Lewis etal.(1993)Cancer Immunol Immunother 37(4):255-263；Hotaling et al.(1996)[abstract].Proc.Annual Meeting Am Assoc Cancer Res 37:471；Pegram M D et al.(1997)[abstract].Proc Am Assoc Cancer Res 38:602；Sliwkowski et al.(1999)Seminars in Oncology 26(4),Suppl 12:60-70；Yarden Y.and Sliwkowski M.(2001)Nature Reviews:Molecular Cell Biology,Macmillan Magazines,Ltd.,Vol.2:127-137)。
在1998年批准用于治疗已经接受广泛的在先抗癌症疗法的具有Her2过表达性转移性乳腺癌的患者(Baselga et al.(1996)J.Clin.Oncol.14:737-744),而且至今已经在超过300,000名患者中使用(Slamon D J et al.,N Engl J Med 2001,344:783-92；Vogel C L et al.,J Clin Oncol 2002,20:719-26；Marty M et al.,J ClinOncol 2005,23:4265-74；Romond E H et al.,T N Engl J Med 2005,353:1673-84；Piccart-Gebhart M J et al.,N Engl J Med 2005,353:1659-72；Slamon D et al.[abstract]Breast Cancer Res Treat 2006,100(Suppl 1):52)。在2006年,FDA批准(曲妥珠单抗,Genentech Inc.)作为用于具有Her2阳性,结阳性乳腺癌的患者的辅助治疗的含有多柔比星,环磷酰胺和帕利他赛的治疗方案的部分。
曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1,trastuzumab emtansine,ado-trastuzumabemtansine,),一种新颖的用于治疗Her2阳性乳腺癌的抗体-药物缀合物(ADC),由经由MCC接头与曲妥珠单抗在赖氨酸侧链处缀合的细胞毒剂DM1(一种含有硫醇的美登木生物碱抗微管剂)构成,平均药物载荷(药物对抗体比)为约3.5。在结合肿瘤细胞上表达的Her2后,T-DM1经历受体介导的内在化,导致胞内释放含有DM1的细胞毒性分解代谢物和随后细胞死亡。
美国食品和药品管理局在2013年2月22日批准以商品名上市的ado-trastuzumab emtansine用于治疗先前接受曲妥珠单抗和紫杉烷的治疗的具有Her2阳性转移性乳腺癌的患者。
帕妥珠单抗(也称作重组人源化单克隆抗体2C4,rhuMAb 2C4,Genentech,Inc,South San Francisco)代表称作Her二聚化抑制剂(HDI)的一类新药剂中的第一种且发挥抑制Her2与其它Her受体(诸如EGFR/Her1,Her2,Her3和Her4)形成活性异二聚体或同二聚体的能力的功能。参见例如Harari and Yarden,Oncogene 19:6102-14(2000)；Yarden and Sliwkowski,Nat Rev Mol Cell Biol 2:127-37(2001)；Sliwkowski,Nat Struct Biol 10:158-9(2003)；Cho et al.,Nature 421:756-60(2003)；和Malik etal.,Pro Am Soc Cancer Res 44:176-7(2003)。
已经证明帕妥珠单抗对肿瘤细胞中Her2-Her3异二聚体形成的阻断抑制至关紧要的细胞信号传导,其导致降低的肿瘤增殖和存活(Agus et al.,Cancer Cell 2:127-37(2002))。
已经在II期研究中在先前接受用于转移性疾病的曲妥珠单抗的具有Her2阳性转移性乳腺癌的患者中与曲妥珠单抗组合评估帕妥珠单抗。一项由(美国)国家癌症研究院(NCO)进行的研究招募了11名具有先前治疗过的Her2阳性转移性乳腺癌的患者。11名患者中2人展现部分响应(PR)(Baselga et al.,J Clin Oncol 2007 ASCO Annual MeetingProceedings；25:18 S(June 20 Supplement):1004)。在具有早期Her2阳性乳腺癌的女性中评估帕妥珠单抗和曲妥珠单抗加化疗(多西他赛)的新颖组合方案的效果的II期新辅助研究的结果(于2010年12月8-12日在CTRC-AACR圣安东尼奥乳腺癌学术会议(SABCS)上呈现)显示在手术前的新辅助设置中给予的两种Her2抗体加多西他赛将乳腺中完全肿瘤消失的比率(病理学完全响应率,pCR,45.8％)与曲妥珠单抗加多西他赛(pCR,29.0％)相比显著改进了超过一半,p＝0.014。
以商品名上市的帕妥珠单抗在2012年批准用于治疗具有高级或晚期(转移性)Her2阳性乳腺癌的患者。Her2阳性乳腺癌具有升高量的Her2蛋白质,其有助于癌细胞生长和存活。
可以将用于治疗癌症的治疗剂掺入组合物,其在某些实施方案中适合于药学用途。此类组合物典型地包含肽或多肽,和可接受载剂,例如药学可接受的载剂。“药学可接受载剂”包括与药学施用相容的任何和所有溶剂,分散介质,涂料,抗细菌和抗真菌剂,等渗和吸收延迟剂,等等(Gennaro,Remington:The science and practice ofpharmacy.Lippincott,Williams&Wilkins,Philadelphia,Pa.(2000))。此类载剂或稀释剂的例子包括但不限于水,盐水,Finger氏溶液,右旋糖溶液,和5％人血清清蛋白。也可以使用脂质体和非水性媒介,诸如非挥发性油。除了当常规媒介或药剂与活性化合物不相容时,涵盖使用这些组合物。也可以将补充性活性化合物掺入组合物。
可以通过任何合适手段施用本公开的治疗剂(和用于治疗癌症的任何另外的治疗剂),包括胃肠外,肺内,鞘内和鼻内,和损害内施用(如果想要局部治疗的话)。胃肠外输注包括例如肌肉内,静脉内,动脉内,腹膜内,或皮下施用。剂量给药可以是通过任何合适路径,例如通过注射,诸如静脉内或皮下注射,部分取决于施用是短暂的还是长期的。本文中涵盖各种剂量给药进度表,包括但不限于单次施用或多个时间点上的多次施用,推注施用,和脉冲输注。
可以凭经验确定用于施用癌症治疗剂的有效剂量和进度表,而且做出此类决定在本领域技术范围内。可以采用单个或多个剂量。在采用癌症治疗剂的体内施用时,正常的剂量量可以自每天约10ng/kg变化至多至100mg/kg哺乳动物体重或更多,优选约1μg/kg/天至10mg/kg/天,取决于施用路径。文献中提供了关于特定投递剂量和方法的指导；参见例如美国专利No.4,657,760；5,206,344；或5,225,212。
组合疗法
涵盖的是在方法中可采用组合疗法。组合疗法可包括但不限于施用两种或更多种癌症治疗剂。组合施用治疗剂典型地在限定时间段上进行(通常数分钟,小时,天或周,取决于所选择的组合)。组合疗法意图涵盖以顺序方式施用这些治疗剂,即其中在不同时间施用每种治疗剂,以及以实质性同时方式施用这些治疗剂,或治疗剂中的至少两种。
可以通过相同路径或通过不同路径施用治疗剂。例如,可以通过静脉内注射施用组合中的ErbB拮抗剂而可以口服施用组合中化疗剂。或者,例如,可以口服施用这两种治疗剂,或可以通过静脉内注射施用这两种治疗剂,取决于具体的治疗剂。施用治疗剂的顺序也取决于具体的药剂而变化。
在某些实施方案中,本公开提供一种治疗具有通过一种或多种本文中描述的体细胞突变鉴定的ErbB2/Her2癌症的个体的方法,其中治疗方法包含施用多于一种ErbB抑制剂。在某些实施方案中,方法包含施用多于一种ErbB2抑制剂。例如,但非限制,本文中公开的治疗方法可包括施用曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1),帕妥珠单抗,拉帕替尼,阿法替尼,奈拉替尼的组合。在某些实施方案中,治疗方法可包括施用曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)和帕妥珠单抗。在某些实施方案中,本文中公开的治疗方法可包括施用曲妥珠单抗和帕妥珠单抗。或者,本文中公开的治疗方法可包括施用曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)和帕妥珠单抗。在某些实施方案中,治疗方法可包括施用曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)和拉帕替尼,阿法替尼或奈拉替尼。
试剂盒
为了在本文中描述或提议的应用中使用,还提供了试剂盒或制品。此类试剂盒可以包含载体手段,其被隔室化以紧密约束方式容纳一个或多个容器手段,诸如管形瓶,管,等等,每个容器手段装有要在方法中使用的分开的要素之一。例如,容器手段之一可以装有是或可以是可检测标记的探针。此类探针可以是对包含如本文中公开的与癌症有关的ErbB2体细胞突变的多核苷酸特异性的多核苷酸。在试剂盒利用核酸杂交来检测靶核酸的情况中,试剂盒还可以具有装有用于扩增靶核酸序列的核苷酸的容器和/或装有结合报告分子(诸如酶,荧光,或放射性同位素标记物)的报告手段(诸如生物素结合蛋白,诸如亲合素或链霉亲合素)的容器。在某些实施方案中,本公开的试剂盒包含一种或多种如本文中描述的ErbB2阳性癌症检测剂。在某些实施方案中,试剂盒进一步包含如本文中描述的治疗剂(例如ErbB2抑制剂)。
在某些实施方案中,试剂盒可以包含经过标记的能够检测包含如本文中公开的与癌症有关的ErbB2体细胞突变的多肽的药剂。此类药剂可以是结合多肽的抗体。此类药剂可以是结合多肽的肽。例如,试剂盒可以包含结合包含如本文中公开的遗传变体的多肽的第一抗体(例如附着于固体支持物)；和任选地结合多肽或第一抗体且与可检测标记物缀合的第二不同抗体。
在某些实施方案中,本公开的试剂盒可包括上文所描述的容器和一个或多个其它容器,其装有从商业和使用者立场看想要的材料,包括缓冲剂,稀释剂,滤器,针头,注射器,和印有使用说明书的包装插页。容器上可以存在标签以指出组合物用于特定疗法或非治疗性应用,而且还可以指出体内或体外使用的说明,诸如上文描述的那些。试剂盒中的其它任选成分包括一种或多种缓冲液(例如封闭缓冲液,清洗缓冲液,底物缓冲液,等),其它试剂诸如被酶标记物化学改变的底物(例如色原体),表位修复液,对照样品(阳性和/或阴性对照),对照载玻片等。
在另一个方面,本公开提供ErbB2阳性癌症检测剂在制造用于在受试者中检测癌症的试剂盒中的用途。在某些实施方案中,ErbB2阳性癌症的检测包含在自受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的氨基酸突变的存在或缺失,其中突变导致ErbB2氨基酸序列的至少一个位置处的氨基酸变化(如本文中描述的),其中突变的存在指示自其获得样品的受试者中癌症的存在。在某些实施方案中,ErbB2阳性癌症检测剂特异性检测编码或包括一处或多处表1呈现的突变的ErbB2核酸转录物或蛋白质且不检测野生型ErbB2核酸转录物或蛋白质。
销售的方法
本文中的公开还涵盖一种用于销售所公开的癌症诊断或预后方法的方法,其包含向目标受众宣传,讲授,和/或说明所公开的方法的用途。
销售是经由非个人媒体的一般付费的通讯,其中发起人受到鉴别且信息受到控制。为本文中的目的的销售包括宣传(publicity),公共关系(public relations),产品布置(product placement),赞助(sponsorship),保险(underwriting),等等。此术语还包括在任何印刷传播媒体中出现的赞助的信息公告。
可以通过任何手段来实现本文中的诊断方法的销售。用于传递这些信息的销售媒体的例子包括电视,电台,电影,杂志,报纸,因特网,和告示板,包括广告,即在广播媒体中出现的信息。
所使用的销售的类型会取决于许多因素,例如待传达的目标受众的性质,例如医院,保险公司,诊所,医生,护士,和患者,以及成本考虑和管理药物和诊断学的销售的有关管辖权法律和条例。可以基于由服务相互作用和/或其它数据(诸如用户人口统计学和地理位置)定义的用户表征将销售个性化或用户化。
下面的实施例仅仅出于例示目的而提供,并非意图以任何方式限制本公开的范围。
据此通过援引完整收录本说明书中引用的所有专利和参考文献。
实施例
实施例-肿瘤发生中的致癌性ErbB2突变
鉴于ErbB2在人癌症中的重要性,我们系统性地调查了人癌症并鉴定了ErbB2的跨膜(TM)和近膜(JM)域,以及邻近JM/TM域的区域中的经常性体细胞突变,而且还显示了这些突变是转化性的。而且,我们在ErbB2突变体驱动的基于细胞的和动物癌症模型中评估了靶向治疗并显示它们有效阻断ErbB2突变体驱动的癌发生。
材料和方法
肿瘤DNA,突变鉴定
基于来自患者中的肿瘤中的ErbB2突变和/或TM/JM域区域和连接区段中接近观察到的突变的那些的观察到的突变频率鉴定肿瘤DNA突变,如所示的(表1)。
细胞系
IL-3依赖性小鼠原B细胞系BaF3购自ATCC(美国典型培养物保藏中心,Manassas,VA)。在补充有10％(v/v)胎牛血清(Thermo Fisher Scientific,IL),2mM L-谷氨酰胺,100U/ml青霉素,100mg/ml链霉素(完全RPMI)和2ng/mL小鼠IL-3的RPMI 1640中维持BaF3细胞。
逆转录病毒制备和稳定细胞系生成
使用表达带有N端单纯疱疹糖蛋白D(gD)标签的全长Her2野生型(WT)的pLPCX逆转录病毒载体(Clontech,CA)进行定点诱变。使用Quikchange定点诱变试剂盒(Agilent,CA；表1)生成Her2突变体。使用如先前所述(Jaiswal et al.,2009)使用野生型(WT)或突变型Her2质粒生成的逆转录病毒生成稳定BaF3细胞系。使用Phoenix选择稳定细胞在感染前一天在6孔板中分配细胞。在补充有重组鼠IL-3(mIL-3)和嘌呤霉素(1μg/m1)的完全RPMI培养基中培养BaF3细胞。
细胞存活测定法和Western印迹
如先前所述(Jaiswal et al.,2011)实施BaF3细胞存活测定法。简言之,将表达Her2野生型或突变型的稳定细胞用1x PBS清洗两次并在没有IL-3的完全RPMI培养基中在96孔板中(10,000个细胞/孔)一式12份分配。使用Cell Titer Glo发光细胞存活力试剂盒(Promega,CA)测量细胞存活力,并在Synergy 2(Biotek Instruments)发光读板仪上对板读数。所报告的相对存活是作为第4天时的相对萤光素酶活性(RLU)较之第0天时测量的RLU的比计算的。或是单独地或是在带Flag标签的WT Her2存在下在BaF3中测试突变型Her2构建物,如所示的。
如先前所述(Jaiswal et al.,2011)使用Western印迹测试带标签的Her2的表达。
ErbB2抑制剂测试
将稳定表达ErbB2 G660D,G660R,V659E,R678Q,或Q709L突变体的BaF3细胞用PBS清洗两次并在缺乏IL-3的RPMI中悬浮。在100μ1无IL-3的RPMI培养基中在96孔板的每个孔中分配约10000个细胞并用Her2抗体(曲妥珠单抗或帕妥珠单抗)或ErbB2激酶抑制性小分子药物(拉帕替尼,阿法替尼或奈拉替尼)处理,如所示的。在处理后4天使用Cell Titer-Glo发光细胞存活力测定法试剂盒(Promega,WI)评估可存活细胞数。使用GraphPad Prism5.00(GraphPad Software,CA)生成抗体和它们的级分或抑制剂的非线性回归图并实施IC50的计算。以重复至少三次的代表性实验的至少3-4份副本的均值±SEM呈现数据。
动物研究
还可以通过尾静脉注射将表达ErbB2野生型或突变型的BaF3细胞(2x106个)植入8-12周龄Balb/C裸小鼠。对于体内抗体功效研究,可以在细胞植入后第4天开始用40mg/kgQW抗豚草(对照),10mg/kg QW曲妥珠单抗,或10mg/kg QW帕妥珠单抗处理小鼠。可以对大多数小鼠跟踪存活且一些可以在第20天用于尸检以通过骨髓,脾和肝的组织学分析评估疾病进展。还可以通过FACS分析对自这些动物获得的骨髓和脾单细胞悬浮液分析GFP阳性BaF3细胞的存在和比例。在可能时,解剖存活研究中的死的或垂死的动物以确认死亡的起因。还可以对这些动物进行脾,肝和骨髓的形态学和组织学分析。在10％中性缓冲福尔马林中固定骨髓,脾和肝,然后在自动化组织加工仪(TissueTek,CA)中加工并在石蜡中包埋。将四微米厚的切片用H&E(Sigma,MO)染色,并在组织学上分析浸润性肿瘤细胞的存在。在带有Nikon DS-R相机的Nikon 80i复式显微镜上拍摄组织学照片。在Genentech的机构动物护理和使用委员会(IACUC)批准的方案下实施所有动物研究。
统计分析
在呈现的情况下误差条代表均值±SEM。使用GraphPad Prism 5.00(GraphPadSoftware,San Diego,CA)使用Student氏t检验(双尾)进行统计分析以比较处理组。P值<0.05认为是在统计学上显著的(*p<0.05,**p<0.01,***p<0.001和****p<0.0001)。对于存活分析的Kaplan-Meier方法,使用对数秩统计来检验存活中的差异。
结果
ErbB2突变的鉴定
表1中鉴定的Her2突变体是在来自患者的肿瘤中观察到的那些和/或TM/JM域区和连接区段中接近观察到的突变的那些,如所示的。
表1:JM/TM中的Her2突变体和连接Her2 JM/TM的区域中的突变
ErbB2突变体促进IL3不依赖性细胞存活和转化
为了进一步确认ErbB2突变的致癌相关性,我们测试在野生型Her2存在和缺失下通过在BaF3系统中表达的Her2突变体的细胞存活信号传导(图1)。BaF3是一种白介素(IL)-3依赖性原B细胞系,已经广泛用于研究基因的致癌活性和开发靶向致癌性驱动物的药物(Lee et al.(2006)PLoS medicine 3,e485；Warmuth et al.(2007)Current opinion inoncology 19,55-60)。当在BaF3中表达时,致癌性突变体显示出替代IL-3(Lee et al.,2006；Warmuth et al.,2007),如此通过癌基因的表达使得BaF3细胞变成IL-3不依赖性的。
基于在患者中的肿瘤中观察到的突变和/或TM/JM域区和连接区段中接近观察到的突变的那些生成Her2突变体,如所示的(表1)。所测试的突变覆盖Her2的Pro 593至Glu719(图2)。它包括TM域(Ser 649至Ile 675)和JM域(Val 676至Ile 714)。如其中描绘的,测试突变体克隆的位置以氨基酸序列号上方的*标示。鉴定出TM,JM和连接区中的活化性突变且条的高度显示所测试的突变体的活性(即条越高,突变体越有活性)。在条形图下方显示ErbB2残基和残基号。残基的背景色对应于在独立肿瘤中观察到的突变体的数目,如图例中所示的。在图的底部显示带有域边界(编号的)的ErbB2的域图。我们发现TM,JM域和接近JM/TM域的区域中的多处突变是活化性的。
图3A中描绘显示诱变筛选的工作流的示意图,而图3B中显示呈现在去除IL-3后第4天的筛选中鉴定的HER2突变的等位基因频率的条形图。在野生型HER2缺失(图3B；上部小图)和存在(图3B；下部小图)下进行筛选,并在图3B的底部以颜色编码的盒呈现在癌症患者中观察到的HER2突变的计数。在等位基因中富集的是编码G660D和V659E的突变体。另外,G641S,A644F,E645K,A648L,S649T,L663H,V655D,F671N,L674H,I675M,R677T,Q680F和1602G均显示等位基因频率升高。在野生型HER2存在下,我们发现R678Q高度富集,接着是R647T。另外,我们发现E645F,V659E,G660D和K675T富集。
我们还试图了解HER2突变体信号传导是否为它的激酶域采用变构活化模式。HER2G660D活化牵涉不对称激酶域二聚化且它的组成性存活信号传导需要功能性激酶域。为了测试变构活化,我们在BaF3细胞中稳定表达激酶受损的K753M/G660D双重突变体HER2并在IL-3缺失下对它评估存活信号传导(图3C)。HER2 G660D活化牵涉不对称激酶域二聚化且它的组成性存活信号传导需要功能性激酶域。与G660D HER2相比,K753M/G660D双重突变体不支持BaF3细胞的IL-3不依赖性存活,指示G660D的激酶活性对于它的致癌活性是至关紧要的。已经使用激酶域的接受者或活化者界面中的结构指导点突变来确认不对称二聚体在ERBB激酶的变构活化中的作用。我们在BaF3细胞中单独或一起或与野生型HER2组合稳定表达还携带接受者I714Q(RM)或活化者损害性V956R(AM)突变的HER2 G660D,并测定存活活性。接受者受损的HER2 G660D-1714Q(RM)或活化者受损HER2 G660D-V956R(AM)的表达本身不促进IL-3撤除后的BaF3细胞存活。然而,BaF3细胞中HER2 G660D-I714Q(RM)和HER2G660D-V956R(AM)的组合表达恢复HER2 G660D的细胞存活信号传导活性,确认HER2 G660D二聚化后激酶域的变构活化促进细胞存活信号传导。由于HER2 G660D突变体能在野生型HER2存在下在BaF3细胞中促进存活信号传导,我们测试它是否在野生型HER2存在下优先作为接受者或活化者发挥功能。虽然在野生型HER2存在下BaF3细胞中HER2 G660D-I714Q(RM)的表达不促进细胞存活,揭示它不能作为野生型HER2的活化者发挥功能,但是HER2 G660D-V956R(AM)在野生型HER2存在下促进细胞存活,指示HER2 G660D倾向于采取接受构象(confirmation)。
靶向治疗针对ErbB2突变体是有效的
直接靶向ErbB受体的多种药剂批准用于治疗多种癌症(Baselga and Swain,Nature Reviews Cancer 9,463-475(2009)；Alvarez et al.,Journal of ClinicalOncology 28,3366-3379(2010))。靶向ErbB家族成员,包括ErbB2,和它们的下游成分的数种另外的候选药物处于临床测试和开发的各个阶段(Alvarez et al.,Journal ofClinical Oncology 28,3366-3379(2010))。我们使用BaF3系统对曲妥珠单抗-结合ErbB2域IV的抗ErbB2抗体(Junttila et al.,Cancer Cell 15,429-440(2009))和帕妥珠单抗-结合ErbB2域II并阻止二聚化的抗ErbB2抗体(Junttila et al.,Cancer Cell 15,429-440(2009))测试它们对细胞存活的影响(图4,图5,和图6)。
我们发现抗Her2抗体曲妥珠单抗和帕妥珠单抗有效阻断TM/JM Her2突变体的活性。在BaF3细胞存活力测定法中,曲妥珠单抗针对测试的所有突变体是有效的。具体地,V659E,G660D和G660R Her2 TM域突变体介导的细胞存活信号传导受到曲妥珠单抗阻断(图4)。然而,曲妥珠单抗和帕妥珠单抗均有效阻断测试的三种JM域突变体。具体地,R667Q,R678Q和Q709L Her2 JM域突变体介导细胞存活信号传导(图5和图6)。
我们还使用BaF3系统对多种ErbB2激酶抑制性小分子药物(例如拉帕替尼,阿法替尼和奈拉替尼)测试它们对细胞存活的影响(图7)。我们发现测试的所有Her2 TM/JM突变体响应所示ERBB2激酶抑制性小分子药物。
这些数据指示多种治疗,或是在开发中或是批准用于人,可能针对ErbB2突变体驱动的肿瘤是有效的。
这些功能研究证明TM和JM域ErbB2突变二者的致癌性质。已经对不同治疗剂测试它们在靶向ErbB2突变体驱动的致癌性信号传导中的效用,我们发现抗ErbB2抗体在阻断TM和JM域ErbB2突变体二者中的致癌性信号传导中相当有效。有趣的是,帕妥珠单抗在阻断TM域突变体中不那么有效,指示这些突变体的一种可能独特的作用模式。先前的研究显示虽然帕妥珠单抗在阻断配体介导的ErbB3/ErbB2二聚化中相当有效,但是曲妥珠单抗在阻断配体不依赖性ErbB2/ErbB3二聚体形成中更加有效(Junttila,T.T.et al.,Cancer Cell15,429-440(2009))。
在体内在促进癌发生上评估ErbB2突变体
我们和其他人显示通过癌基因的异位表达变成IL-3不依赖性的BaF3细胞在植入小鼠时促进白血病样疾病并导致总体存活缩短(Horn et al.,Oncogene 27,4096-4106(2008)；Jaiswal et al.,Cancer Cell 16,463-474(2009))。可以对表达ErbB2野生型,TM突变体(V659E,G660D或G660R)或JM域ErbB2突变体(R667Q和R678Q)的BaF3细胞测试它们促进白血病样疾病的能力。可使用用单独的ErbB3野生型或ErbB2与空载体一起转导的BaF3细胞作为对照。然后对移植表达ErbB2突变体的BaF3细胞的小鼠评估中值存活和白血病样疾病的发生。为了跟踪疾病进展,对每种处理三只小鼠的另一个队列在20天进行尸检。对来自这些动物的骨髓,脾,和肝样品审查病理学异常。由于用eGFP标记BaF3细胞,我们可以通过荧光激活细胞分选(FACS)对分离的骨髓和脾检查浸润性细胞。与存活缩短一致,来自移植表达ErbB2突变体的细胞的小鼠的骨髓和脾会显示与来自接受ErbB2野生型或空载体对照细胞的小鼠的骨髓和脾相比显著比例的浸润性eGFP阳性细胞。而且,与在ErbB2野生型细胞中观察到的更长潜伏期一致,很可能会在来自这些动物的肝和脾中检测到很低水平的浸润性eGFP阳性细胞。还有,来自ErbB2突变体分支的动物预期会显示在20天时脾和肝尺寸和重量与空载体对照或ErbB2野生型相比增大,进一步确认浸润细胞的存在。另外,苏木精和伊红(H&E)染色的骨髓,脾和肝切片的组织学评估可显示在20天时具有表达ErbB2突变体的细胞的动物中与对照相比显著的胚细胞(blast)浸润。这些结果会证明ErbB2突变体的体内致癌潜力。
参考文献
Bose,R.,Kavuri,S.M.,Searleman,A.C.,Shen,W.,Shen,D.,Koboldt,D.C.,Monsey,J.,Goel,N.,Aronson,A.B.,Li,S.,et al.(2013).Activating Her2 mutationsin Her2 gene amplification negative breast cancer.Cancer Discov 3,224-237.
Chmielecki,J.,Ross,J.S.,Wang,K.,Frampton,G.M.,Palmer,G.A.,Ali,S.M.,Palma,N.,Morosini,D.,Miller,V.A.,Yelensky,R.,et al.(2015).Oncogenicalterations in ErbB2/Her2 represent potential therapeutic targets acrosstumors from diverse anatomic sites of origin.Oncologist 20,7-12.
Greulich,H.,Kaplan,B.,Mertins,P.,Chen,T.H.,Tanaka,K.E.,Yun,C.H.,Zhang,X.,Lee,S.H.,Cho,J.,Ambrogio,L.,et al.(2012).Functional analysis ofreceptor tyrosine kinase mutations in lung cancer identifies oncogenicextracellular domain mutations of ErbB2.Proc Natl Acad Sci U S A 109,14476-14481.
Jaiswal,B.S.,Janakiraman,V.,Kljavin,N.M.,Chaudhuri,S.,Stern,H.M.,Wang,W.,Kan,Z.,Dbouk,H.A.,Peters,B.A.,Waring,P.,et al.(2009).SomaticMutations in p85a Promote Tumorigenesis through Class IAPI3KActivation.Cancer Cell 16,463-474.
Jaiswal,B.S.,Kljavin,N.M.,Stawiski,E.,Chan,E.,Parikh,C.,Durinck,S.,Chaudhuri,S.,Pujara,K.,Guilory,J.,Edgar,K.,A.,et al.(2011).Oncogenic ErbB3mutations in human cancers.Submitted.
Ou,S.I.,Schrock,A.B.,Bocharov,E.V.,Klempner,S.J.,Haddad,C.K.,Steinecker,G.,Johnson,M.,Gitlitz,B.J.,Chung,J.,Campregher,P.V.,et al.(2017).Her2 Transmembrane Domain(TMD)Mutations(V659/G660)That Stabilize Homo-andHeterodimerization Are Rare Oncogenic Drivers in Lung Adenocarcinoma ThatRespond to Afatinib.J Thorac Oncol 12,446-457.
Wang,S.E.,Narasanna,A.,Perez-Tones,M.,Xiang,B.,Wu,F.Y.,Yang,S.,Carpenter,G.,Gazdar,A.F.,Muthuswamy,S.K.,and Arteaga,C.L.(2006).Her2 kinasedomain mutation results in constitutive phosphorylation and activation ofHer2 and EGFR and resistance to EGFR tyrosine kinase inhibitors.Cancer Cell10,25-38.
Yamamoto,H.,Higasa,K.,Sakaguchi,M.,Shien,K.,Soh,J.,Ichimura,K.,Furukawa,M.,Hashida,S.,Tsukuda,K.,Takigawa,N.,et al.(2014).Novel germlinemutation in the transmembrane domain of Her2 in familial lungadenocarcinomas.J Natl Cancer Inst 106,djt338.

Claims (69)

1.一种在有需要的人受试者中治疗癌症的方法,其包含
a)在自该受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的ErbB2体细胞突变,其中该突变导致天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的癌症；和
b)对所述受试者施用抗癌症治疗剂。
2.权利要求1的方法,其中该突变是活化性ErbB2体细胞突变。
3.权利要求1的方法,其中该导致氨基酸变化的突变在ErbB2中选自表1中列出的突变的组的位置处。
4.权利要求1的方法,其中该治疗剂是ErbB2拮抗剂。
5.权利要求4的方法,其中该ErbB2拮抗剂是小分子抑制剂。
6.权利要求5的方法,其中该小分子抑制剂是ErbB2激酶抑制剂。
7.权利要求6的方法,其中该ErbB2激酶抑制剂选自由拉帕替尼(lapatinib),阿法替尼(afatinib)和奈拉替尼(neratinib)组成的组。
8.权利要求4的方法,其中该ErbB2拮抗剂是拮抗性抗ErbB2抗体或抗ErbB2抗体-药物缀合物。
9.权利要求8的方法,其中该抗ErbB2抗体是曲妥珠单抗(trastuzumab)或帕妥珠单抗(pertuzumab)。
10.权利要求8的方法,其中该ErbB2拮抗剂是曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1,trastuzumab emtansine)。
11.权利要求1至10任一项的方法,其中该癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺癌组成的组。
12.权利要求11的方法,其中该癌症是乳腺癌。
13.一种在人受试者中治疗癌症的方法,其包含:
a)在自该受试者获得的生物学样品中检测天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域中的氨基酸突变的存在或缺失,其中该突变导致在ErbB2中选自表1中列出的突变的组的至少一个位置处的氨基酸变异,且其中该突变的存在指示该受试者中的癌症；和
b)对所述受试者施用抗癌症治疗剂。
14.权利要求13的方法,其中该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q和Q709L组成的组。
15.权利要求13或14的方法,其中该突变是Her2活化性突变。
16.权利要求13-15任一项的方法,其中该癌症是Her2阳性癌症。
17.权利要求13-16任一项的方法,其中该癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
18.权利要求17的方法,其中该癌症是乳腺癌。
19.权利要求13-18任一项的方法,其中该治疗剂是ErbB2拮抗剂。
20.权利要求19的方法,其中该拮抗剂是小分子抑制剂。
21.权利要求20的方法,其中该小分子抑制剂是ErbB2激酶抑制剂。
22.权利要求21的方法,其中该ErbB2激酶抑制剂选自由拉帕替尼,阿法替尼和奈拉替尼组成的组。
23.权利要求19的方法,其中该拮抗剂是拮抗性抗ErbB2抗体或抗ErbB2抗体-药物缀合物。
24.权利要求23的方法,其中该抗体选自由单克隆抗体,双特异性抗体,嵌合抗体,人抗体,人源化抗体和抗体片段组成的组。
25.权利要求24的方法,其中该抗体是曲妥珠单抗或帕妥珠单抗。
26.权利要求24的方法,其中该抗ErbB2抗体-药物缀合物是曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1,trastuzumab emtansine)。
27.一种测定ErbB2阻断性抗体或抗体-药物缀合物的功效的方法,其包含
a)在自用ErbB2阻断性抗体治疗的受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的ErbB2突变型癌症；和
b)基于检测到的ErbB2突变预测所述受试者中的治疗响应。
28.权利要求27的方法,其中该导致氨基酸变化的突变在ErbB2中选自表1中列出的突变的组的位置处。
29.权利要求28的方法,其中该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q和Q709L组成的组。
30.权利要求27或28的方法,其中该突变是Her2活化性突变。
31.权利要求27的方法,其中该抗体选自由单克隆抗体,双特异性抗体,嵌合抗体,人抗体,人源化抗体和抗体片段组成的组。
32.权利要求27的方法,其中该抗体或抗体-药物缀合物是曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗。
33.权利要求27的方法,其中该ErbB2突变型癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
34.一种治疗具有包含ErbB2受体的TM区中的突变的ErbB2阳性癌症的患者的方法,其包含对该患者施用有效量的曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)。
35.权利要求34的方法,其中该TM区中的突变选自由表1的TM突变组成的组。
36.权利要求35的方法,其中该TM区中的突变在位置V659或G660处。
37.权利要求36的方法,其中该TM区中的突变是V659E,G660D或G660R。
38.一种治疗具有包含ErbB2受体的JM区中的突变的ErbB2阳性癌症的患者的方法,其包含对该患者施用有效量的曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗。
39.权利要求38的方法,其中该JM区中的突变选自由表1的JM突变组成的组。
40.权利要求39的方法,其中该JM区中的突变在位置R667,R678或Q709处。
41.权利要求40的方法,其中该JM区中的突变是R667Q,R678Q或Q709L。
42.权利要求34-41任一项的方法,其中该ErbB2阳性癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
43.一种用于在受试者中诊断癌症的方法,其包含在自该受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的ErbB2突变型癌症,且其中在ErbB2中选自表1中列出的突变的组的位置处的氨基酸变异指示癌症的存在。
44.权利要求43的方法,其中该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q和Q709L组成的组。
45.权利要求42-44任一项的方法,其中该癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
46.一种用于确定患者是否预期对抗ErbB2疗法有响应的方法,其包含下述步骤:
a)获得来自人受试者的细胞材料的样品；
b)检查来自所述细胞材料中一种或多种ErbB2基因的至少部分的核酸材料；和
c)测定此类核酸材料是否包含编码天然人ErbB2多肽的跨膜(TM)或近膜(JM)域的序列中的一处或多处突变,
其中一处或多处突变的存在指示该患者预期对抗ErbB2疗法有响应。
47.权利要求46的方法,其中该突变选自表1中列出的突变的组。
48.一种用于确定患者是否对曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)的疗法易感的方法,其包含下述步骤:
a)测定该患者是否罹患特征在于ErbB2的跨膜(TM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症；和
b)对具有所述ErbB2突变型癌症的患者施用曲妥珠单抗或曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)。
49.权利要求48的方法,其中该TM区中的突变选自由表1的TM突变组成的组。
50.权利要求49的方法,其中该TM区中的突变在位置V659或G660处。
51.权利要求50的方法,其中该TM区中的突变是V659E,G660D或G660R。
52.一种用于确定患者是否对曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗的疗法易感的方法,其包含下述步骤:
a)测定该患者是否罹患特征在于ErbB2的近膜(JM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症；和
b)对具有所述ErbB2突变型癌症的患者施用曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗。
53.权利要求52的方法,其中该JM区中的突变选自由表1的JM突变组成的组。
54.权利要求53的方法,其中该JM区中的突变在位置R667,R678或Q709处。
55.权利要求54的方法,其中该JM区中的突变是R667Q,R678Q或Q709L。
56.权利要求46-55任一项的方法,其中该ErbB2阳性癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
57.一种在具有HER2突变型癌症的人患者中改善响应治疗的可能性的方法,其包含
a)在自该受试者获得的生物学样品中检测编码ErbB2的核酸序列中的突变,其中该突变导致在天然人ErbB2氨基酸序列的跨膜(TM)或近膜(JM)域内的至少一个位置处的氨基酸变异且其中该突变指示该受试者中的癌症；和
b)对所述受试者施用曲妥珠单抗,曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1)或帕妥珠单抗。
58.权利要求57的方法,其中该导致氨基酸变化的突变在ErbB2中选自表1中列出的突变的组的位置处。
59.ErbB2拮抗剂用于治疗特征在于ErbB2的跨膜(TM)域或近膜(JM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症的用途。
60.ErbB2拮抗剂制备用于治疗特征在于ErbB2的跨膜(TM)域或近膜(JM)域中的氨基酸突变的ErbB2突变型癌症的药物的用途。
61.权利要求59或60的用途,其中该突变选自表1中列出的突变。
62.权利要求59或60的用途,其中该突变选自由V659E,G660D,G660R,R667Q,R678Q和Q709L组成的组。
63.权利要求59-62任一项的用途,其中该癌症选自由乳腺,胃,结肠,食道,直肠,盲肠,结直肠,胆囊,尿路上皮,膀胱,唾液腺,非小细胞肺(NSCLC)腺癌,NSCLC(鳞癌),肾癌,黑素瘤,卵巢,肺大细胞,小细胞肺癌(SCLC),肝细胞(HCC),肺,和胰腺组成的组。
64.权利要求59-63任一项的用途,其中该ErbB2拮抗剂是小分子抑制剂。
65.权利要求64的用途,其中该小分子抑制剂是ErbB2激酶抑制剂。
66.权利要求65的用途,其中该ErbB2激酶抑制剂选自由拉帕替尼,阿法替尼和奈拉替尼组成的组。
67.权利要求59-63任一项的用途,其中该ErbB2拮抗剂是拮抗性抗ErbB2抗体或抗ErbB2抗体-药物缀合物。
68.权利要求67的用途,其中该抗ErbB2抗体是曲妥珠单抗或帕妥珠单抗。
69.权利要求67的用途,其中该ErbB2拮抗剂是曲妥珠单抗-MCC-DM1(T-DM1,trastuzumab emtansine)。
CN201880025203.2A 2017-04-24 2018-04-24 跨膜或近膜域中的erbb2/her2突变 Pending CN110536969A (zh)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201762489382P 2017-04-24 2017-04-24
US62/489,382 2017-04-24
US201762560564P 2017-09-19 2017-09-19
US62/560,564 2017-09-19
PCT/US2018/029116 WO2018200505A1 (en) 2017-04-24 2018-04-24 Erbb2/her2 mutations in the transmbrane or juxtamembrane domain

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110536969A true CN110536969A (zh) 2019-12-03

Family

ID=62196708

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201880025203.2A Pending CN110536969A (zh) 2017-04-24 2018-04-24 跨膜或近膜域中的erbb2/her2突变

Country Status (9)

Country Link
US (1) US20200172631A1 (zh)
EP (1) EP3615695A1 (zh)
JP (1) JP2020517273A (zh)
KR (1) KR20190140952A (zh)
CN (1) CN110536969A (zh)
AU (1) AU2018258263A1 (zh)
CA (1) CA3059241A1 (zh)
TW (1) TW201902509A (zh)
WO (1) WO2018200505A1 (zh)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111088353A (zh) * 2019-12-27 2020-05-01 浙江大学 帕妥珠单抗耐药性突变的应用、检测试剂盒及检测方法

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
TWI472339B (zh) 2008-01-30 2015-02-11 Genentech Inc 包含結合至ｈｅｒ２結構域ii之抗體及其酸性變異體的組合物
UA123292C2 (uk) 2017-01-17 2021-03-10 Дженентек, Інк. Рідка фармацевтична композиція, яка містить пертузумаб та трастузумаб
US20220056535A1 (en) * 2018-12-11 2022-02-24 The Translational Genomics Research Institute Identification of her2 mutations in lung cancer and methods of treatment
US20230136203A1 (en) 2020-03-11 2023-05-04 Seagen Inc. Methods of treating her2 mutant cancers with tucatinib
AU2021349384A1 (en) 2020-09-28 2023-05-25 Seagen Inc. Methods of treating solid tumors driven by her2 alterations with tucatinib in combination with an anti-her2 antibody
JP2023549581A (ja) 2020-11-17 2023-11-27 シージェン インコーポレイテッド ツカチニブ及び抗ｐｄ－１／抗ｐｄ－ｌ１抗体の組み合わせによりがんを治療する方法
WO2023230429A1 (en) 2022-05-22 2023-11-30 Seagen Inc. Methods of treating colorectal cancer with tucatinib in combination with an anti-her2 antibody

Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011031982A1 (en) * 2009-09-10 2011-03-17 Myriad Genetics, Inc. Methods and compositions for predicting cancer therapy response
CN105121471A (zh) * 2013-04-16 2015-12-02 豪夫迈·罗氏有限公司 帕妥珠单抗变体及其评估
CN105246511A (zh) * 2013-03-06 2016-01-13 豪夫迈·罗氏有限公司 治疗和预防癌症药物抗性的方法
WO2018062862A1 (ko) * 2016-09-28 2018-04-05 가톨릭대학교 산학협력단 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 성별 특이적 마커

Family Cites Families (84)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4657760A (en) 1979-03-20 1987-04-14 Ortho Pharmaceutical Corporation Methods and compositions using monoclonal antibody to human T cells
US4486530A (en) 1980-08-04 1984-12-04 Hybritech Incorporated Immunometric assays using monoclonal antibodies
US4376110A (en) 1980-08-04 1983-03-08 Hybritech, Incorporated Immunometric assays using monoclonal antibodies
US4683203A (en) 1984-04-14 1987-07-28 Redco N.V. Immobilized enzymes, processes for preparing same, and use thereof
US4683195A (en) 1986-01-30 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying, detecting, and/or-cloning nucleic acid sequences
US5206344A (en) 1985-06-26 1993-04-27 Cetus Oncology Corporation Interleukin-2 muteins and polymer conjugation thereof
US4968603A (en) 1986-12-31 1990-11-06 The Regents Of The University Of California Determination of status in neoplastic disease
US5720937A (en) 1988-01-12 1998-02-24 Genentech, Inc. In vivo tumor detection assay
WO1989006692A1 (en) 1988-01-12 1989-07-27 Genentech, Inc. Method of treating tumor cells by inhibiting growth factor receptor function
IE61148B1 (en) 1988-03-10 1994-10-05 Ici Plc Method of detecting nucleotide sequences
DK0474727T3 (da) 1989-05-19 1998-01-12 Genentech Inc HER2 ekstracellulært domæne
US5225212A (en) 1989-10-20 1993-07-06 Liposome Technology, Inc. Microreservoir liposome composition and method
US5183884A (en) 1989-12-01 1993-02-02 United States Of America Dna segment encoding a gene for a receptor related to the epidermal growth factor receptor
US6800738B1 (en) 1991-06-14 2004-10-05 Genentech, Inc. Method for making humanized antibodies
DE122004000008I1 (de) 1991-06-14 2005-06-09 Genentech Inc Humanisierter Heregulin Antikörper.
WO1994004679A1 (en) 1991-06-14 1994-03-03 Genentech, Inc. Method for making humanized antibodies
JP3951062B2 (ja) 1991-09-19 2007-08-01 ジェネンテック・インコーポレーテッド 少なくとも遊離のチオールとして存在するシステインを有する抗体フラグメントの大腸菌での発現、２官能性Ｆ（ａｂ’）２抗体の産生のための使用
CA2103323A1 (en) 1992-11-24 1994-05-25 Gregory D. Plowman Her4 human receptor tyrosine kinase
US5498531A (en) 1993-09-10 1996-03-12 President And Fellows Of Harvard College Intron-mediated recombinant techniques and reagents
US6267958B1 (en) 1995-07-27 2001-07-31 Genentech, Inc. Protein formulation
US6685940B2 (en) 1995-07-27 2004-02-03 Genentech, Inc. Protein formulation
WO1997045559A1 (en) 1996-05-29 1997-12-04 Cornell Research Foundation, Inc. Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions
US7371376B1 (en) 1996-10-18 2008-05-13 Genentech, Inc. Anti-ErbB2 antibodies
DE69739673D1 (de) 1996-11-27 2009-12-31 Genentech Inc Affinitätsreinigung von Polypeptid-Proteinen auf einer Protein A Matrix
AU9805398A (en) 1997-10-15 1999-05-03 Children's Medical Center Corporation Novel human egf receptors and use thereof
ZA9811162B (en) 1997-12-12 2000-06-07 Genentech Inc Treatment with anti-ERBB2 antibodies.
US6417168B1 (en) 1998-03-04 2002-07-09 The Trustees Of The University Of Pennsylvania Compositions and methods of treating tumors
DE69938923D1 (de) 1998-03-27 2008-07-31 Genentech Inc Synergie zwischen apo-2 ligand und antikörper gegen her-2
IL139035A0 (en) 1998-05-06 2001-11-25 Genentech Inc Protein purification by ion exchange chromatography
US6573043B1 (en) 1998-10-07 2003-06-03 Genentech, Inc. Tissue analysis and kits therefor
JP5623681B2 (ja) 1999-05-14 2014-11-12 ジェネンテック， インコーポレイテッド 抗−ＥｒｂＢ２抗体による治療
EP1189634B1 (en) 1999-06-25 2007-02-28 Genentech, Inc. Treating prostate cancer with anti-erbb2 antibodies
US20040013667A1 (en) 1999-06-25 2004-01-22 Genentech, Inc. Treatment with anti-ErbB2 antibodies
US6949245B1 (en) 1999-06-25 2005-09-27 Genentech, Inc. Humanized anti-ErbB2 antibodies and treatment with anti-ErbB2 antibodies
US20030086924A1 (en) 1999-06-25 2003-05-08 Genentech, Inc. Treatment with anti-ErbB2 antibodies
US7041292B1 (en) 1999-06-25 2006-05-09 Genentech, Inc. Treating prostate cancer with anti-ErbB2 antibodies
DE60042693D1 (de) 1999-08-27 2009-09-17 Genentech Inc Dosierung für die behandlung mit anti erbb2-antikörpern
US6632979B2 (en) 2000-03-16 2003-10-14 Genentech, Inc. Rodent HER2 tumor model
US7097840B2 (en) 2000-03-16 2006-08-29 Genentech, Inc. Methods of treatment using anti-ErbB antibody-maytansinoid conjugates
ES2331646T3 (es) 2000-05-19 2010-01-12 Genentech, Inc. Ensayo para la deteccion de genes para mejorar la probabilidad de una respuesta eficaz a una terapia contra el cancer basada en antagonistas de erbb.
CA2410950A1 (en) 2000-05-30 2001-12-06 Hans-Michael Wenz Methods for detecting target nucleic acids using coupled ligation and amplification
US6984494B2 (en) 2000-08-15 2006-01-10 Genentech, Inc. Analytical method
US6695940B2 (en) 2001-04-05 2004-02-24 Alan D. Devoe Laminate thin-wall ceramic tubes, including with integral stress wrappings, thickened ends and/or internal baffles, particularly for solid oxide fuel cells
US7016753B2 (en) 2001-10-30 2006-03-21 Semiconductor Energy Laboratory Co., Ltd. Management system for production line and management method for production line
US20030119004A1 (en) 2001-12-05 2003-06-26 Wenz H. Michael Methods for quantitating nucleic acids using coupled ligation and amplification
US20040048525A1 (en) 2002-01-28 2004-03-11 Sagucio Esteban N. Watercycle for wet rider
ES2401428T3 (es) 2002-04-10 2013-04-19 Genentech, Inc. Variantes de anticuerpos anti-HER2
US6982719B2 (en) 2002-07-15 2006-01-03 Sun Microsystems, Inc. Switching sample buffer context in response to sample requests for real-time sample filtering and video generation
RU2338751C2 (ru) 2002-07-15 2008-11-20 Дженентек, Инк. СПОСОБЫ ИДЕНТИФИКАЦИИ ОПУХОЛЕЙ, ВОСПРИИМЧИВЫХ К ЛЕЧЕНИЮ АНТИТЕЛАМИ ПРОТИВ ErbB2
US7129840B2 (en) 2002-09-03 2006-10-31 Ricoh Company, Ltd. Document security system
EP1572972A4 (en) 2002-11-21 2007-11-21 Genentech Inc THERAPY OF NON-MALIGNER DISEASES OR DISORDER WITH ANTI-ERBB2 ANTIBODIES
WO2004087207A2 (en) 2003-03-27 2004-10-14 Georgetown University Method for inducing apoptosis and aneuploidy regression in cancer cells
EP3722309A1 (en) 2003-07-28 2020-10-14 Genentech, Inc. Reducing protein a leaching during protein a affinity chromatography
WO2005099756A2 (en) 2004-04-08 2005-10-27 Agus David B ErbB ANTAGONISTS FOR PAIN THERAPY
US7195440B2 (en) 2004-05-27 2007-03-27 Lambert Charles F Agricultural silo auger system apparatus and method
MXPA06014065A (es) 2004-06-01 2007-01-31 Genentech Inc Conjugados de droga-anticuerpo y metodos.
SV2006002143A (es) 2004-06-16 2006-01-26 Genentech Inc Uso de un anticuerpo para el tratamiento del cancer resistente al platino
ES2521140T3 (es) 2004-07-22 2014-11-12 Genentech, Inc. Composición de anticuerpos de HER2
US20060067930A1 (en) 2004-08-19 2006-03-30 Genentech, Inc. Polypeptide variants with altered effector function
JO3000B1 (ar) 2004-10-20 2016-09-05 Genentech Inc مركبات أجسام مضادة .
KR20070085855A (ko) 2004-12-07 2007-08-27 제넨테크, 인크. Ｈｅｒ 억제제를 이용한 치료를 위한 환자 선택 방법
CN101141981A (zh) 2005-01-21 2008-03-12 健泰科生物技术公司 Her抗体的固定剂量给药
DK1850874T3 (da) 2005-02-23 2013-11-11 Genentech Inc Forlængelse af tid til sygdomsprogression eller overlevelse for ovariecancer ved anvendelse af pertuzumab
WO2006096861A2 (en) 2005-03-08 2006-09-14 Genentech, Inc. METHODS FOR IDENTIFYING TUMORS RESPONSIVE TO TREATMENT WITH HER DIMERIZATION INHIBITORS (HDIs)
US20060212956A1 (en) 2005-03-14 2006-09-21 Genentech, Inc. Animal model of ligand activated HER2 expressing tumors
JP2006316040A (ja) 2005-05-13 2006-11-24 Genentech Inc Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）補助療法
MY157955A (en) 2005-07-06 2016-08-30 Hoffmann La Roche Detection of a target antigen irrespective of the presence or absence of a corresponding therapeutic antibody
PE20070207A1 (es) 2005-07-22 2007-03-09 Genentech Inc Tratamiento combinado de los tumores que expresan el her
US7700299B2 (en) 2005-08-12 2010-04-20 Hoffmann-La Roche Inc. Method for predicting the response to a treatment
EP1971367A4 (en) 2005-12-05 2010-04-07 Trinity Biosystems Inc METHOD AND COMPOSITIONS FOR THE NEEDLESS DELIVERY OF BINDING PARTNERS
TW200812615A (en) 2006-03-22 2008-03-16 Hoffmann La Roche Tumor therapy with an antibody for vascular endothelial growth factor and an antibody for human epithelial growth factor receptor type 2
WO2007145862A2 (en) 2006-06-05 2007-12-21 Genentech, Inc. Extending survival of cancer patients with elevated levels of egf or tgf-alpha
EP2056874B1 (en) 2006-08-21 2012-09-19 F. Hoffmann-La Roche AG Tumor therapy with an anti-vegf antibody
WO2008031531A1 (en) 2006-09-15 2008-03-20 F. Hoffmann-La Roche Ag Tumor therapy with a combination of anti-her2 antibodies
EP2132573B1 (en) 2007-03-02 2014-04-23 Genentech, Inc. Predicting response to a her dimerisation inhbitor based on low her3 expression
CA2687819A1 (en) 2007-06-06 2008-12-11 F.Hoffmann-La Roche Ag Composition of a first non-labeled monoclonal antibody binding to a tumor antigen and a non-cross reactive second monoclonal antibody labeled with a nir fluorescence label
PL2171090T3 (pl) 2007-06-08 2013-09-30 Genentech Inc Markery ekspresji genów odporności guza na leczenie hamujące HER2
EP2205242B1 (en) 2007-09-12 2015-04-15 Genentech, Inc. Combinations of phosphoinositide 3-kinase inhibitor compounds and chemotherapeutic agents, and methods of use
PL2565206T3 (pl) 2007-10-30 2017-08-31 Genentech, Inc. Oczyszczanie przeciwciał za pomocą chromatografii kationowymiennej
TWI472339B (zh) 2008-01-30 2015-02-11 Genentech Inc 包含結合至ｈｅｒ２結構域ii之抗體及其酸性變異體的組合物
TW200942552A (en) 2008-03-06 2009-10-16 Genentech Inc Combination therapy with c-Met and HER antagonists
BRPI0812682A2 (pt) 2008-06-16 2010-06-22 Genentech Inc tratamento de cáncer de mama metastático
US9345661B2 (en) 2009-07-31 2016-05-24 Genentech, Inc. Subcutaneous anti-HER2 antibody formulations and uses thereof
WO2016071770A2 (en) * 2014-11-05 2016-05-12 Janssen Pharmaceutica Nv Biological markers for identifying ibrutinib resistance in patients having mantle cell lymphoma and methods of using the same

Patent Citations (4)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2011031982A1 (en) * 2009-09-10 2011-03-17 Myriad Genetics, Inc. Methods and compositions for predicting cancer therapy response
CN105246511A (zh) * 2013-03-06 2016-01-13 豪夫迈·罗氏有限公司 治疗和预防癌症药物抗性的方法
CN105121471A (zh) * 2013-04-16 2015-12-02 豪夫迈·罗氏有限公司 帕妥珠单抗变体及其评估
WO2018062862A1 (ko) * 2016-09-28 2018-04-05 가톨릭대학교 산학협력단 신장암 환자의 예후 진단 및 치료 전략 결정용 성별 특이적 마커

Non-Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
CLAIRE M CONNELL等: "Activating HER2 mutations as emerging targets in multiple solid cancers" *
SAI-HONG IGNATIUS OU等: "HER2 Transmembrane Domain (TMD) Mutations (V659/G660) That Stabilize Homo- and Heterodimerization Are Rare Oncogenic Drivers in Lung Adenocarcinoma That Respond to Afatinib" *
THAER KHOURY等: "ERBB2 juxtamembrane domain (trastuzumab binding site) gene mutation is a rare event in invasive breast cancers overexpressing the ERBB2 gene" *

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111088353A (zh) * 2019-12-27 2020-05-01 浙江大学 帕妥珠单抗耐药性突变的应用、检测试剂盒及检测方法

Also Published As

Publication number Publication date
AU2018258263A1 (en) 2019-10-24
WO2018200505A1 (en) 2018-11-01
CA3059241A1 (en) 2018-11-01
KR20190140952A (ko) 2019-12-20
EP3615695A1 (en) 2020-03-04
US20200172631A1 (en) 2020-06-04
JP2020517273A (ja) 2020-06-18
AU2018258263A8 (en) 2019-12-05
WO2018200505A9 (en) 2019-11-07
TW201902509A (zh) 2019-01-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110536969A (zh) 跨膜或近膜域中的erbb2/her2突变
Baselga Herceptin® alone or in combination with chemotherapy in the treatment of HER2-positive metastatic breast cancer: pivotal trials
Antonescu Round cell sarcomas beyond E wing: emerging entities
Nahta et al. Herceptin: mechanisms of action and resistance
ES2426814T3 (es) Mutaciones de K-ras y B-raf y terapia con anticuerpos anti-EGFr
Hirota et al. Gain‐of‐function mutation at the extracellular domain of KIT in gastrointestinal stromal tumours
JP5705836B2 (ja) Ｈｅｒ２を発現する胃癌患者のｈｅｒ２シグナル伝達のためのモジュレーター
TW200902553A (en) K-ras mutations and anti-EGFr antibody therapy
BRPI0610440A2 (pt) terapia com anticorpo anti-egfr baseada em um maior número de cópias do gene egfr em tecidos de tumores
JP2018085998A (ja) 癌におけるｅｒｂｂ３変異
Gill et al. HER-2 involvement in osteosarcoma
KR20150085459A (ko) 대장암 마커로서의 신규 ntrk1 융합유전자 및 이의 용도
US20140314747A1 (en) Predicting response to egfr inhibitors
Kemp et al. A shift in the treatment of hormone receptor and human epidermal growth factor receptor 2-positive metastatic breast cancer
EP2508619A1 (en) Method and kits for the prediction of response/nonresponse to the treatment with an anti-EGFR antibody in patients with colorectal cancer of all UICC stages
Ghazizadeh et al. GENOMIC ANALYSIS OF ONE ALLELE OF A GENE HER2/NEU, ERBB1, BRCA1, BRCA2 IN THE INCIDENCE OF BREAST CANCER IN WOMEN WITH A FAMILY HISTORY HETROZYGOUSTY WITH MENSTRUAL CYCLE DISORDERS
Onody ERBB family in breast cancer: Detection methods, clinical and prognostic significance, under-recognized mechanisms in their function
Zona Quantum dot-labelled antibody to quantify expression of the EGF family of receptors and ligands in breast cancer specimens
NZ625380B2 (en) Erbb3 mutations in cancer

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
REG Reference to a national code

Ref country code: HK

Ref legal event code: DE

Ref document number: 40018080

Country of ref document: HK

WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication
WD01 Invention patent application deemed withdrawn after publication

Application publication date: 20191203