JP2020509351A - 免疫療法に対する応答を予測する方法 - Google Patents

免疫療法に対する応答を予測する方法 Download PDF

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Abstract

本発明は、部分的に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法に関する。本方法は、がん患者由来の腫瘍組織を含有する試料をスコアリングすることであって、そのスコアが、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表し、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーが、第一のバイオマーカーを発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーが、第一のバイオマーカーとは異なる第二のバイオマーカーを発現すること、およびがん患者由来の組織試料の視野に存在するすべての細胞、または任意選択的にその一つまたは複数のサブセットについて、バイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出すること、を含む。【選択図】図１

Description

関連出願との相互参照
本出願は、２０１７年２月６日に出願された米国仮特許出願第６２／４５５，３３７号、および２０１７年１１月２７日に出願された米国仮特許出願第６２／５９１，０５７号の優先権の利益を主張するものであり、どちらも参照によりここにその全体を組み込まれる。
本発明は概して、がん治療の分野に関する。
本明細書に開示されるのは、一態様では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかの場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、各蛍光タグは、特定のバイオマーカーに対するものである。いくつかの実施形態では、複数の蛍光タグは、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１の第二の蛍光タグを含む。いくつかの実施形態では、マージンは、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１を発現する近位に位置する細胞は、ＰＤ−１を発現する細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある。いくつかの実施形態では、ステップ（Ａ）由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、正規化因子とは、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、所定の因子は１０４である。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、空間的近接スコア（ＳＰＳ）は、以下の式によって決定され、

式中、ＡＩは、総相互作用面積（ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−１を発現する能力を有する細胞の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間近接スコアを得ることであって、細胞が、ＰＤ−Ｌ１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、各蛍光タグは、特定のバイオマーカーに対するものである。いくつかの実施形態では、複数の蛍光タグは、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１の第二の蛍光タグを含む。いくつかの実施形態では、マージンは、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１を発現する近位に位置する細胞は、ＰＤ−１を発現する細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある。いくつかの実施形態では、ステップ（Ａ）由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、正規化因子とは、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、所定の因子は１０４である。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、空間的近接スコア（ＳＰＳ）は、以下の式によって決定され、

式中、ＡＩは、総相互作用領域（ＰＤ−Ｌ１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−Ｌ１を発現する能力を有する細胞の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかの場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者はアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、本方法は、
（Ａ）本明細書に開示される方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、を含む。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、本方法は、
（Ａ）本明細書に開示される方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、アジュバント化学療法を患者に投与すること、を含む。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値より以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、各蛍光タグは、特定のバイオマーカーに対するものである。いくつかの実施形態では、複数の蛍光タグは、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１の第二の蛍光タグを含む。いくつかの実施形態では、マージンは、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、ＰＤ−Ｌ１を発現する近位に位置する細胞は、ＰＤ−１を発現する細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある。いくつかの実施形態では、ステップ（Ａ）由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、正規化因子とは、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、所定の因子は１０４である。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、空間的近接スコア（ＳＰＳ）は、以下の式によって決定され、

式中、ＡＩは、総相互作用面積（ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣ は、ＰＤ−１を発現する能力を有する細胞の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、以下を含むこと：がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーはＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーはＰＤ−Ｌ１を発現すること、
（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、以下を含むこと：がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーはＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーはＰＤ−Ｌ１を発現すること、
（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、本方法は、
（Ａ）請求項１〜６７のいずれか一項に記載の方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、または
（Ｃ）患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合、（１）ＢＲＡＦ変異が存在する場合には標的療法を、または（２）ＢＲＡＦ変異が存在しない場合には姑息手術および／または放射線療法ならびに最も良い支持ケアを、患者に投与すること、を含む。
いくつかの実施形態では、ＢＲＡＦ変異が存在する場合に、標的療法は、ベムラフェニブ、ダブラフェニブ、またはそれらの組み合わせを含むか、それらからなるか、または本質的にそれらからなる。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、本方法は、
（Ａ）請求項６８〜８１のいずれか一項に記載の方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、患者にアジュバント化学療法を投与すること、または
（Ｃ）患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合に、変異試験を進めて、（１）変異試験が陽性であれば標的療法を患者に投与すること、または（２）変異試験が陰性であれば最も良い支持ケアを患者に投与すること、を含む。
いくつかの実施形態では、変異試験が陽性であり、かつ患者がＥＧＦＲ陽性である場合に、標的療法は、エルロチニブを含むか、それからなるか、または本質的にそれからなる。いくつかの実施形態では、突然変異試験が陽性であり、患者がＡＬＫ陽性である場合、標的療法は、クリゾチニブを含むか、それからなるか、または本質的にそれらからなる。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞に対するバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い非小細胞肺がん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値未満である場合、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い非小細胞肺がん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値未満である場合、非小細胞肺がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
本明細書に開示されるのは、別の態様では、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
本明細書で開示されるのは、別の態様では、アジュバント化学療法から恩恵を受ける可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、：
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
図１は、撮像および分析のための組織試料の調製に使用される抗体および検出試薬の概要の非限定的な例を示す。 図２ａは、画像内のＤＡＰＩで検出されたすべての核の非限定的な例を示す。図２ｂは、図２ａの画像内のすべての細胞の拡張されたバイナリーマスクの非限定的な例を示す。 図３ａは、４８８染料を用いて検出されたＳ１００の画像の非限定的な例を示す。図３ｂは、図３ａの画像内のすべての腫瘍範囲のバイナリーマスクの非限定的な例を示す。 図３ｃは、図３ａの画像内のすべての腫瘍細胞のマスクの非限定的な例を示す。図３ｄは、図３ａの画像内のすべての非腫瘍細胞のマスクの非限定的な例を示す。 図４ａは、Ｃｙ（登録商標）５を用いて検出されたＰＤ−Ｌ１の画像の非限定的な例を示す。図４ｂは、図４ａの画像内のすべてのＰＤ−Ｌ１陽性細胞のバイナリーマスクの非限定的な例を示す。 図５ａは、Ｃｙ（登録商標）３．５を用いて検出されたＰＤ−１の画像の非限定的な例を示す。図５ｂは、図５ａの画像内のすべてのＰＤ−１陽性非腫瘍細胞のバイナリーマスクの非限定的な例を示す。 図６ａは、すべてのＰＤ−Ｌ１陽性細胞と最も近い隣接細胞との相互作用マスクの非限定的な例を示す。図６ｂは、ＰＤ−Ｌ１陽性細胞に近接するＰＤ−１陽性細胞の相互作用区画の非限定的な例を示す。 図７ａは、黒色腫患者２４名由来の相互作用スコアの非限定的な例を示す。図７ｂは、黒色腫患者１４２名由来の相互作用スコアの非限定的な例を示す。 図７ｃは、抗ＰＤ−１療法に対する応答状態による黒色腫患者２４名におけるＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋の発現についてのバイオマーカー陽性パーセント（ＰＢＰ）の非限定的な例を示す。図７ｄは、抗ＰＤ−１療法に対する応答状態による黒色腫患者２４名におけるＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋ＣＤ１１ｂ−の発現についてのバイオマーカー陽性パーセント（ＰＢＰ）の非限定的な例を示す。 図８ａは、抗ＰＤ−１療法に対する応答状態による黒色腫患者２４名におけるＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、およびＩＤＯ−１の発現についてのバイオマーカー陽性パーセント（ＰＢＰ）の組合せの非限定的な例を示す。ＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰは、応答者と非応答者との間で発現に統計的な有意差を示した。 図８ｂは、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア、ＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋ＰＢＰ、またはそれらの組み合わせが、黒色腫患者２４名のうち抗ＰＤ−１治療に応答する患者を予測する能力を示す。この組み合わせは、最大数の応答者を正しく特定する。 図８ｃは、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア、ＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰ、またはその組み合わせが、黒色腫患者１４２名のうち抗ＰＤ−１治療に応答する患者を予測する能力を示す。この組み合わせは、最大の数の応答者を正しく特定する。 図８ｄは、黒色腫患者１６６名において、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアのみまたはＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰのみが陽性であるものと比較して、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアとＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰとの両方が陽性である患者について、抗ＰＤ−１療法に対する応答が最も高く予測されたことを示す（組み合わせたデータを図８ｂおよび図８ｃ）に示す）。 図９ａは、組合せ試験（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰ）が、統計的に有意に無増悪生存期間（ＰＦＳ）を改善された黒色腫患者を特定することができる、非限定的な例を示す。 図９ｂは、組合せ試験（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１の相互作用スコアおよびＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰ）が、統計的に有意に全生存期間（ＯＳ）を改善された黒色腫患者を特定することができる、非限定的な例を示す。 図１０は、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアとＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰとの両方が陰性である患者と比較して、組合せ試験（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰ）が、統計的に有意に全生存期間（ＯＳ）を改善された黒色腫患者（組合せコホート：患者合計１６６人より）を特定することができる、非限定的な例を示す。 図１１は、例示的な実施形態による、バイオマーカー陽性の値を導出するためのプロセスのフローチャートである。 図１２は、第二の例示的な実施形態による、バイオマーカー陽性の値を導出するためのプロセスのフローチャートである。 図１３は、例示的な実施形態による、バイオマーカー陽性の値を導出するように構成されたコントローラのブロック図である。 図１４ は、例示的な実施形態による、バイオマーカー陽性の値を導出するために使用される画像処理工程のフロー図である。 図１５は、例示的な実施形態による、腫瘍組織を含む試料をスコアリングするためのプロセスのフローチャートである。 図１６は、第二の例示的な実施形態による、腫瘍組織を含む試料をスコアリングするためのプロセスのフローチャートである。 図１７は、例示的な実施形態による、がん患者から採取した腫瘍組織を含む試料をスコアリングするように構成されたコントローラのブロック図である。 図１８は、例示的な実施形態による、腫瘍組織を含む試料をスコアリングするために使用される画像処理工程のフロー図である。 図１９は、２９種の黒色腫試料における代替の試料調製方法から算出された，ＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰの相関関係を示す。 図２０ａは、５％を超えるＰＤ−Ｌ１腫瘍発現によって、統計的に有意にＰＦＳを改善された黒色腫患者を特定できない、非限定的な例を示す。 図２０ｂは、５％を超えるＰＤ−Ｌ１腫瘍発現によって、統計的に有意にＯＳを改善された黒色腫患者を特定できない、非限定的な例を示す。 図２１ａは、アジュバント化学療法の治療後にＯＳを改善された非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者を予測するＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアが高い、非限定的な例を示す。図２１ｂは、どれほどの高さのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアが、アジュバント化学療法の治療を施されることなくＯＳを改善された非小細胞肺がん（ＳＮＰ）患者を識別できないかについて、非限定的な例を示す。 図２２は、アジュバント化学療法の治療によって非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者のＯＳが改善されない、非限定的な例を示す。 図２３ａは、アジュバント化学療法により治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意にＰＦＳを改善された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。図２３ｂは、アジュバント化学療法により治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意にＯＳを改善された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。 図２４ａは、アジュバント化学療法により治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名における組合せ試験［すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］が、統計的に有意にＰＦＳを改善された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。図２４ｂは、アジュバント化学療法により治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名における組合せ試験［すべてのＴ細胞の発現（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］が、統計的に有意にＯＳを改善された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。 図２５ａは、アジュバント化学療法を受けていなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意なＰＦＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。図２５ｂは、アジュバント化学療法を受けていなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意なＯＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。 図２６ａは、アジュバント化学療法を受けていなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名における組合せ試験［すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］が、統計的に有意なＰＦＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。図２６ｂは、アジュバント化学療法を受けていなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名における組合せ試験［すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］によって、統計的に有意なＯＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。 図２７ａは、アジュバント化学療法により治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意にＰＦＳを増加された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。図２７ｂは、アジュバント化学療法により治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意にＯＳを増加された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。 図２８ａは、アジュバント化学療法により治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名における組合せ試験［すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］が、統計的に有意にＰＦＳを改善された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。図２８ｂは、アジュバント化学療法で治療されたＮＳＣＬＣ患者１１４名における組合せ試験［すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］が、統計的に有意にＯＳを改善された患者を特定することができる、非限定的な例を示す。 図２９ａは、アジュバント化学療法を受けなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意なＰＦＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。図２９ｂは、アジュバント化学療法を受けなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名におけるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＢＰが、統計的に有意なＯＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。 図３０ａは、アジュバント化学療法を受けなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名における組合せ試験［すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］が、統計的に有意なＰＦＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。図３０ｂは、アジュバント化学療法を受けなかったＮＳＣＬＣ患者３２８名における組合せ試験［すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のＫｉ６７＋の発現についてのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアおよびＰＢＰ］が、統計的に有意なＯＳの改善を示さない、非限定的な例を示す。
様々な実施形態を以下に記載する。具体的な実施形態は、本明細書に議論される網羅的な説明としては、またはさらに広範な態様への限定としては、意図されていないことに留意するべきである。ある特定の実施形態と併せて説明された一態様は、必ずしもその実施形態に限定されず、他の任意の実施形態を用いて実施され得る。
本明細書で使用される際に、「約」は当業者によって理解されるものとなり、それが使用される状況に応じてある程度変化するものとなる。当業者にとって明らかではない用語の使用がある場合、それが使用される文脈を考慮すると、「約」とは、特定用語のプラスまたはマイナス１０％を意味するものとなる。
要素（特に以下の特許請求の範囲の文脈において）を説明する文脈の「ａ」および「ａｎ」および「ｔｈｅ」および類似の指示対象を使用することは、本明細書に別段の指示のない限り、または文脈によって明確に矛盾のない限り、単数と複数との両方をカバーするものと解釈される。本明細書での値の範囲の列挙は、本明細書に別段の指示のない限り、その範囲内にあるそれぞれの別個の値を個別に参照する略記法としての役割を果たすことを意図されているに過ぎず、別個の値のぞれぞれは、それらが本明細書に個別に列挙されたかのごとく、本明細書に組み込まれる。本明細書に別段の記載のない限り、または別途文脈によって明確な矛盾のない限り、本明細書に記載されるすべての方法は、任意の適切な順序で実施することができる。本明細書に示されるすべての例、または例示的な言葉（例えば、「など」）は、実施形態をより良く際立たせることが意図されているに過ぎず、別段に明記のない限り、特許請求の範囲に関する限定を及ぼさない。特許請求の範囲にない任意の要素を不可欠であるものとして示すと解されるべき言葉は本明細書にはない。
「治療する」または「治療すること」という用語は、障害に関連する状態、症状、もしくはパラメータを改善するかまたは障害の進行を予防するために有効な量、様式、またはモードで、統計的に有意な程度または当業者に検知可能な程度のどちらかで、療法を投与することを指す。有効量、様式、またはモードは、対象によって変えることができ、患者に合わせて調整されうる。
「最も良い支持ケア」という用語は、患者がより快適に感じる一助となるようにがんおよび／またはがん治療の症状を軽減することに焦点を当てるケアを指す。
腫瘍は、それらの免疫構成に基づいて、「ホット（ｈｏｔ）」（炎症型）または「コールド（ｃｏｌｄ）」（非炎症型）に分類されうる。ホットな腫瘍を有する患者は、特定の免疫療法に応答することが予期されることがあり、コールドな腫瘍を有する患者よりも長く生きる可能性があるが、これまで、バイオマーカーが応答および生存と相関するかについては、当業者には不明であった。
この問題に対処するために、本明細書に記載される方法の一部の実施形態は、免疫枯渇バイオマーカー（例えばＰＤ−１およびＰＤ−Ｌ１）の発現を介して、一種または複数種の免疫療法に応答するがん患者を特定する際に、ならびに免疫抑制を引き起こすことが知られている細胞タイプ（例えば、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＩＤＯ−１、ＡＲＧ１）またはＭＨＣクラスＩ発現を欠いた高増殖性腫瘍細胞（例えば、Ｋｉ６７＋、Ｂ２Ｍ−）の存在を介して、応答しないがん患者（すなわち非応答者）を特定する際に、一助となる。 いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、特異的な免疫抑制または活性化のシグネチャーに基づくマルチプレックス免疫組織化学アッセイ（例えば、マルチプレックスＦＩＨＣアッセイ）の使用を含む。
一態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
一態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性（ＨＬＡ−ＤＲ＋）細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性（ＨＬＡ−ＤＲ＋）細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性（ＨＬＡ−ＤＲ＋）細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、転移性黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、転移性黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、転移性黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取した腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組合せから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組合せから選択される。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組合せから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組合せから選択される。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、黒色腫がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、黒色腫がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、黒色腫がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またははＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約９００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、本方法は、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を代表するスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、免疫療法から利益を得る可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。
いくつかの態様では、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取した腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態では、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。
いくつかの実施形態では、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、Ｇｒａｎｚｙｍｅ Ｂ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、アジュバント化学療法から利益を得る可能性があるがん患者を選択する方法であって、本方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法にから利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性があるがん患者を選択する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。いくつかの実施形態では、ステップ（Ｂ）のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性があるがん患者を選択する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性があるがん患者を選択する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者または肺がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、黒色腫がん患者である。いくつかの実施形態では、がん患者は、非小細胞肺がん患者である。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性がある非小細胞肺がん患者を選択する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性がある非小細胞肺がん患者を選択する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）目的のバイオマーカーを発現する試料の視野にあるすべての細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、アジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高く、そして、目的のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、またはそれらのうちの二つ以上の組合せの発現および／または発現不足を含む。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする。いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害療法、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、空間的近接は、ピクセルスケールで評価される。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約５００から約５０００までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第一の閾値は、約７００プラスまたはマイナス１００である。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、第二の閾値は、約５％プラスまたはマイナス１％である。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性がある非小細胞肺がん患者を選択する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法から利益を得る可能性がある非小細胞肺がん患者を選択する方法は、（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することを含み、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現すること、（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者は、アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、本方法は、（Ａ）本明細書に開示される方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および（Ｂ）患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与することを含む。
別の態様では、本明細書に提供されるのは、それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、本方法は、（Ａ）本明細書に開示される方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および（Ｂ）患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、アジュバント化学療法を患者に投与することを含む。
バイオマーカー陽性率％
本明細書に開示される方法は、がん患者から採取された組織試料の視野に存在する、すべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することを含みうる。
いくつかの実施形態では、特異的バイオマーカーに対する親和性を有する複数の蛍光タグを用いて、試料を染色してもよい。染色された試料のデジタル画像を得てもよく、蛍光タグの場所に基づいて画像をさらに分析してもよい。全画像解析というより、目的の第一のバイオマーカーを発現する細胞の数に基づき視野を優先順位付けしてもよい。次いで、所定の数の視野を、蛍光シグナルについてさらに分析してもよい。いくつかの実施形態では、四つの異なるタイプの蛍光タグを使用することによって、目的の第一のバイオマーカーに対応する蛍光シグナルの画像と、目的の第二のバイオマーカーに対応する蛍光シグナルの画像、ならびにすべての細胞によって発現されるバイオマーカーに対応する蛍光シグナルの画像と、サブセットバイオマーカー（例えば、腫瘍細胞によって発現されるバイオマーカー）に対応する蛍光シグナルの画像が生成される。さらに別の実施形態では、蛍光シグナルの画像を操作して、画像内の細胞に対応する蛍光シグナルのマスクを一つまたは複数個生成する。いくつかの実施形態では、蛍光シグナルの一つまたは複数のマスクは、画像内のすべての細胞のマスク、サブセットバイオマーカーを発現する画像内のすべての細胞（例えばすべての腫瘍細胞）のマスク、サブセットマーカーを発現しない画像内のすべての細胞（例えばすべての非腫瘍細胞）のマスク、目的の第一のバイオマーカーを発現する画像内のすべての細胞のマスク、および目的の第二のバイオマーカーを発現する画像内のすべての細胞のマスクからなる群から選択される、一つまたは複数を含む。これらのマスクの範囲は、所望に応じてＰＢＰの値を導出するために使用されうる。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてのＰＢＰの値が導出される。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーと目的の第一のバイオマーカーとを発現するすべての細胞の第一のサブセットについてのＰＢＰの値が導出される。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーと目的の第二のバイオマーカーとを発現するすべての細胞の第二のサブセットについてのＰＢＰの値が導出される。いくつかの実施形態では、目的の第二のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞の第二のサブセットについて、ＰＢＰの値を誘導する。
したがって、いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することは、
（ｉ） 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
（ii） サブセットバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
（iii） 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
（iv） サブセットバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
（ｖ） 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
（vi） 第四のマスクの総面積を第一のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてＰＢＰの値を得ること、
（vii） 任意選択的に、視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせることであって、この視野は、
（ａ） （ａ）サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するか、または
（ｂ） （ｂ）目的の第一のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現すること、
ならびに
（viii） 任意選択的に、第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、（ａ）サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するかまたは（ｂ）目的の第一のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現するかのどちらかのすべての細胞の第一のサブセットについて、ＰＢＰの値を導出すること、を含む。
いくつかの実施形態では、任意選択的なステップは実施されない。いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第四のマスクの総面積および第一のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第六のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一のマスクの総面積、第四のマスクの総面積、および第六のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。
いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出する方法は、
（ｉ） 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
（ii） サブセットバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
（iii） 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
（iv） サブセットバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
（ｖ） 任意選択的に、目的の第一のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
（vi） 第四のマスクの総面積を第一のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてＰＢＰの値を得ること、
（vii） 任意選択的に、サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、ならびに
（viii） 任意選択的に、第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第一のサブセットについてＰＢＰの値を導出すること、を含む。
いくつかの実施形態では、任意選択的なステップは実施されない。いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第四のマスクの総面積および第一のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第六のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一のマスクの総面積、第四のマスクの総面積、および第六のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。
いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出する方法は、
（ｉ） 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
（ii） サブセットバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
（iii） 目的の第一のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
（iv） サブセットバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
（ｖ） 目的の第一のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞の第一のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
（vi） 第四のマスクの総面積を第一のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてＰＢＰの値を得ること、
（vii） サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現する視野にあるすべての細胞の第一のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、ならびに
（viii） 第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞の第一のサブセットについてＰＢＰの値を得ること、を含む。
いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第四のマスクの総面積および第一のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第六のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一のマスクの総面積、第四のマスクの総面積、および第六のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。
いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することは、
（ix） 目的の第二のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第四の蛍光シグナルの第七のマスクを構築すること、
（ｘ） 目的の第二のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての細胞の第二のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第八のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第七のマスクとを組み合わせること、
（xi） サブセットバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーを発現する視野にあるすべての細胞の第二のサブセットを表す蛍光シグナルを含む第九のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第八のマスクとを組み合わせること、ならびに
（xii） 第九のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、サブセットバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第二のサブセットについてＰＢＰの値を導出すること、をさらに含む。
いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第九のマスクの総面積および第四のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。
いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することは、
（ix） 目的の第二のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第四の蛍光シグナルの第七のマスクを構築すること、
（ｘ） 視野においてサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第八のマスクを提供する方法で、前述の第二のマスクを前述の第一のマスクから減算すること、
（xi） 視野において目的の第二のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第九のマスクを提供する方法で、前述の第七のマスクと第八のマスクとを組み合わせること、ならびに
（xii） 第九のマスクの総面積を第八のマスクの総面積で除算することによって、目的の第二のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞についてＰＢＰの値を得ること、をさらに含む。
いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することは、
（ｉｘ）目的の第二のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第四の蛍光シグナルの第七のマスクを構築すること、
（ｘ）
（ａ）視野において、サブセットバイオマーカー、目的の第一のバイオマーカー、および目的の第二のバイオマーカーを発現するか、
（ｂ）視野において、目的の第二のバイオマーカーの非存在下で、サブセットバイオマーカーおよび目的の第一のバイオマーカーを発現するか、または
（ｃ）視野において、目的の第一のバイオマーカーの非存在下で、サブセットバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーを発現する、
すべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第八のマスクを提供する方法で、前述の第六のマスクと第七のマスクとを組み合わせること、ならびに
（ｘｉｉ）第八のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、目的の第一のバイオマーカーもしくは目的の第二のバイオマーカー、またはそれらの組合せ、ならびにサブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、をさらに含む。
いくつかの実施形態では、視野に存在するすべての細胞または任意選択的には一つもしくは複数のそのサブセットについてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することは、一つまたは複数の追加的な目的のバイオマーカー（例えば、目的の第三のバイオマーカー）に関するステップ（ｉｘ）、（ｘ）、および（ｘｉｉ）に類似した追加的なステップのサイクルをさらに含む。
いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第九のマスクの総面積および第八のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。
いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーにより特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、それぞれ腫瘍細胞および非腫瘍細胞に対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーによって特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、生細胞および非生細胞にそれぞれ対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーによって特定される細胞のサブセットは、生細胞のサブセットであり、細胞の非サブセットは、生細胞のサブセットに含まれない生細胞からなる。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーにより特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、Ｔ細胞および非Ｔ細胞にそれぞれ対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーによって特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、骨髄細胞および非骨髄細胞にそれぞれ対応し、その逆もまた同様である。
いくつかの実施形態では、視野にあるすべての細胞の第一のサブセットは、腫瘍細胞を含む。いくつかの実施形態では、視野にあるすべての細胞の第一のサブセットは、非腫瘍細胞を含む。いくつかの実施形態では、視野にあるすべての細胞の第一のサブセットは、非腫瘍細胞および腫瘍細胞を含む。いくつかの実施形態では、視野にあるすべての細胞の第一のサブセットは、ＨＬＡ−ＤＲ＋細胞を含む。
いくつかの実施形態では、視野にあるすべての細胞の第一のサブセットは、Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ３を発現する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ８を発現する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞はＣＤ４を発現する。
いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ３３、ＨＬＡ−ＤＲ、ＩＤＯ−１、ＡＲＧ１、グランザイムＢ、Ｂ２Ｍ、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、およびＧＩＴＲＬからなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ガレクチン９、およびＭＨＣからなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＩＤＯ−１を含む。
いくつかの実施形態では、目的の第二のバイオマーカーは、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、およびＴＣＲから選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第二のバイオマーカーは、ＰＤ−１を含む。
いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーは、互いに異なり、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーおよび目的の第二のバイオマーカーは、互いに異なり、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ３３、ＨＬＡ−ＤＲ、ＩＤＯ−１、ＡＲＧ１、グランザイムＢ、Ｂ２Ｍ、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択されるバイオマーカーを含む。
いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ガレクチン９、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択されるバイオマーカーを含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＰＤ−１、ＴＩＭ−３、およびＴＣＲから選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＰＤ−１を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＣＤ８０を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＴＬＡ−４を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＣＤ８０を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ２を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＰＤ−１を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＴＬＡ−４を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＣＤ８６を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＬＡＧ−３を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＨＬＡ−ＤＲを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＴＩＭ−３を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ガレクチン９を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、４１ＢＢを含み、目的の第二のバイオマーカーは、４．１ＢＢＬを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＯＸ４０を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＯＸ４０Ｌを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＤ４０を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＣＤ４０Ｌを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＩＣＯＳを含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＩＣＯＳＬを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＧＩＴＲを含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＧＩＴＲＬを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＨＬＡ−ＤＲを含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＴＣＲを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＤ２５を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＦｏｘＰ３を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＤ４を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＣＤ８を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＤ３を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＰＤ−１を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＤ５６を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＣＤ１６を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＨＬＡ−ＤＲを含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＩＤＯ−１を含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、ＣＤ３３を含み、目的の第二のバイオマーカーは、ＡＲＧ１を含む。
いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、腫瘍細胞でのみ発現される。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、非腫瘍細胞でのみ発現される。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、Ｔ細胞で発現される。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、ＣＤ３を含む。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、ＣＤ１９を含む。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、ＣＤ４５を含む。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、骨髄細胞で発現される。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、ＣＤ１１ｂを含む。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、ＨＬＡ−ＤＲを含む。
いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、Ｋｉ６７を含み、視野にあるすべての細胞の第一のサブセットは、ＣＤ８陽性細胞を含む。
いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーは、ＨＬＡ−ＤＲを含み、目的の第一のバイオマーカーは、ＩＤＯ−１を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することを含み、この導出は、
（ｉ） 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成し、第一の蛍光シグナルを細胞全体の直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
（ｉｉ） ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
（ｉｉｉ） ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
（iv） ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
（ｖ） ＩＤＯ−１＋も発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
（vi） ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、ならびに
（vii） 第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、視野に存在するすべての腫瘍細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することを含み、この導出は、
（ｉ） 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
（ii） 腫瘍バイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
（iii） 視野にあるすべての腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第三のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
（iv） 目的のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第四のマスクを構築すること、
（ｖ） 目的のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第三のマスクと第四のマスクとを組み合わせること、ならびに
（vi） 第五のマスクの総面積を第三のマスクの総面積で除算することによって、目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞についてＰＢＰの値を得ること、を含む。
いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第五のマスクの総面積および第三のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ガレクチン９、およびＭＨＣからなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ガレクチン９を含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＭＨＣを含む。いくつかの実施形態では、視野は、非腫瘍細胞をさらに含む。いくつかの実施形態では、非腫瘍細胞は、免疫細胞および間質細胞を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、視野に存在するすべての非腫瘍細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することを含み、この導出は、
（ｉ） 視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体の直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
（ii） 腫瘍バイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
（iii） 視野にあるすべての非腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第三のマスクを提供する方法で、前述の第二のマスクを前述の第一のマスクから減算すること、
（iv） 目的のバイオマーカーを発現する視野に存在するすべての範囲を表す蛍光シグナルの第四のマスクを構築すること、
（ｖ） 目的のバイオマーカーも発現する視野にあるすべての非腫瘍細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第三のマスクと第四のマスクとを組み合わせること、ならびに
（ｖｉ） 第五のマスクの総面積を第三のマスクの総面積で除算することによって、目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞についてＰＢＰの値を導出すること、を含む。
いくつかの実施形態では、総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第五のマスクの総面積および第三のマスクの総面積は、それぞれピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択されるバイオマーカー、またはそれらのうちの二つ以上の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ４、ＣＤ８、ＦｏｘＰ３、ＣＤ２５、ＣＤ１６、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、ＣＤ８０、およびＣＤ８６からなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、４．１ＢＢＬ、ＩＣＯＳＬ、ＣＤ４０、ＯＸ４０Ｌ、ＩＤＯ−１、ＧＩＴＲＬ、ＰＤ−１、ＴＩＭ３、ＬＡＧ３、４１ＢＢ、ＯＸ４０、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４０Ｌ、ＣＤ２８、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、およびＣＤ２８からなる群から選択されるバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態では、目的のバイオマーカーは、ＰＤ−１を含む。いくつかの実施形態では、非腫瘍細胞は、免疫細胞および間質細胞を含む。
いくつかの実施形態では、ＰＢＰの値は、閾値ＰＢＰと比較される。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約２％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約２％から約９％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約２％から約８％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約２％から約７％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約２％から約６％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約３％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約３％から約９％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約３％から約８％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約３％から約７％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約３％から約６％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約４％から約１０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約４％から約９％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約４％から約８％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約４％から約７％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約４％から約６％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、約５％から約１０％まで、または約１０％から約１５％まで、または約１５％から約２０％まで、または約１０％から約２０％まで、または約２０％から約２５％まで、または約２０％から約３０％まで、または約２５％から約３０％まで、または約３０％から約３５％まで、または約３０％から約４０％まで、または約３５％から約４０％まで、または約４０％から約４５％まで、または約４０％から５０％までに及ぶ。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、増分を中に含む約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０％である。いくつかの実施形態では、閾値ＰＢＰは、プラスまたはマイナス１％の増分を中に含む約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０％である。
図１１は、バイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）またはＰＢＰスコアの値を導出する一実施形態のステップを図示する、フローチャートである。ステップ１１０１では、画像データを取得し、ステップ１１０２では、様々なタイプの蛍光シグナルに特有のデータが各種チャネルに分離されるように、画像データを非混合とする。ステップ１１０３では、第一のチャネルからのデータを使用して、すべての細胞のマスクを生成する。ステップ１１０４では、第二のチャネルからのデータを使用して、サブセットバイオマーカーを発現する視野にある範囲のマスクを生成するが、例えば、このサブセットマスクは、視野に存在する腫瘍範囲のマスクであることがある。ステップ１１０５では、すべての細胞マスクとサブセットマスク（例えば、腫瘍範囲マスク）とを組み合わせて、すべてのサブセット細胞のマスクを生成する。
いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーにより特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、それぞれ腫瘍細胞および非腫瘍細胞に対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーによって特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、生細胞および非生細胞にそれぞれ対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーによって特定される細胞のサブセットは、生細胞のサブセットであり、細胞の非サブセットは、生細胞のサブセットに含まれない生細胞からなる。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーにより特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、Ｔ細胞および非Ｔ細胞にそれぞれ対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーによって特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、それぞれ骨髄細胞および非骨髄細胞に対応し、逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、サブセットバイオマーカーによって特定される細胞のサブセット、および細胞の非サブセットは、それぞれＨＬＡ−ＤＲ＋細胞およびＨＬＡ−ＤＲ−細胞に対応し、その逆もまた同様である。
特定の実施形態では、すべての細胞マスクとサブセットマスクとを組み合わせることによって、すべての腫瘍細胞および／またはすべての非腫瘍細胞が特定されうる。プロセスは、選択されたタイプの目的の細胞のみに、例えば、腫瘍細胞のみまたは非腫瘍細胞のみに、実施されてもよい。プロセスはまた、両方の分析に向けられてもよい。ステップ１１０６では、第三のチャネルからのデータを使用して、（特定の目的のバイオマーカーへ結合するための親和性を有する蛍光タグの存在を表す蛍光シグナルに基づき）バイオマーカーについて陽性であるすべての細胞のマスクを生成する。ステップ１１０７および１１０８では、ステップ１１０６で生成されたバイオマーカーマスクを、ステップ１１０５で生成されたサブセット細胞マスクと組み合わせる。ステップ１１０７は、バイオマーカーマスクを第一の方法でサブセット細胞マスクと組み合わせて、バイオマーカーについて陽性であるすべてのサブセット細胞のマスクを生成する。ステップ１１０８は、バイオマーカーマスクを第二の方法でサブセット細胞マスクと組み合わせて、バイオマーカーについて陽性ではないサブセット細胞のマスクを生成する。ステップ１１０７および１１０８のうちの一方または両方が、本方法の様々な実施形態に従って実施されてもよい。ステップ１１０９／１１１０では、目的のサブセット細胞（例えば、ステップ１１０７でマスクによって特定されたバイオマーカーについて陽性であるサブセット細胞、またはステップ１１０８でマスクによって特定されたバイオマーカーについて陽性ではないサブセット細胞）の面積を、すべてのサブセット細胞の総面積で除算することによって、ＰＢＰスコアを計算する。ステップ１１０９および１１１０のうちの一方または両方は、本方法の様々な実施形態に従って実施されてもよい。
図１２は、バイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出するための方法の第二の実施形態のステップを図示するフローチャートである。ステップ１２０１では、画像データを取得し、ステップ１２０２では、様々なタイプの蛍光シグナルに特有のデータが各種チャネルに分離されるように、画像データを非混合とする。ステップ１２０３では、第一のチャネルからのデータを使用して、すべての細胞のマスクを生成する。ステップ１２０４では、第二のチャネルからのデータを使用して、（特定の目的のバイオマーカーへの結合の親和性を有する蛍光タグの存在を表す蛍光シグナルに基づき）バイオマーカーについて陽性であるすべての細胞のマスクを生成する。ステップ１２０５では、（ステップ１２０４で作製されたマスクによって特定される）バイオマーカーについて陽性である細胞の面積を、（ステップ１２０３から得た）目的の全ての細胞の総面積で除算することによって、ＰＢＰスコアを計算する。図１２のプロセスを、図１１に図示される方法と別々に実施しても同時に実施してもよい。言い換えれば、ＰＢＰスコアを、すべての細胞、すべての腫瘍細胞、およびすべての非腫瘍細胞について計算してもよいし、またはそれらの任意の組合せが、図１１および図１２の方法の組み合わせであってもよい。
本明細書に開示される方法では、デジタル画像の操作を、例示的な一実施形態による、図１３のブロック図に説明されているコントローラなどのコントローラを含むコンピューティングシステムによって実行してもよい。コントローラ２００は、通信インターフェース２０２およびプロセッシング回路２０４を含むように示されている。通信インターフェース２０２は、様々なシステム、デバイス、またはネットワークとのデータ通信を実行するための有線または無線のインターフェース（例えば、ジャック、アンテナ、トランスミッタ、レシーバ、トランシーバ、ワイヤ端子など）を含むことがある。例えば、通信インターフェース２０２は、イーサネット（登録商標）カード、およびデータをイーサネット（登録商標）ベースの通信ネットワークを介して送受信するためのポート、および／または無線通信ネットワークを介して通信するためのＷｉｆｉトランシーバを含むことがある。通信インターフェース２０２は、ローカルエリアネットワークまたはワイドエリアネットワーク（例えば、、インターネット、建物ＷＡＮなど）を介して通信するように構成されることがあり、種々の通信プロトコル（例えば、、ＢＡＣｎｅｔ、ＩＰ、ＬＯＮなど）を使用することがある。
通信インターフェース２０２は、コントローラ２００と様々な外部のシステムまたはデバイス（例えば、撮像デバイス１０２）との間の電子データ通信を容易にするように構成されるネットワークインターフェースであることがある。例えば、コントローラ２００は、撮像デバイス１０２から得た選択された視野についての撮像データを受信して、データを分析し、空間的近接スコア（ＳＰＳ）を計算することがある。
さらに図１３を参照すると、プロセッシング回路２０４が、プロセッサ２０６およびメモリ２０８を含むように示されている。プロセッサ２０６は、汎用または特定目的のプロセッサ、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）、一つまたは複数のフィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡＳ）、プロセッシングコンポーネント群、またはその他の適切なプロセッシングコンポーネントであることがある。プロセッサ５０６は、メモリ５０８に格納されたコンピュータコードまたは命令を実行するように構成されてもよいし、他のコンピュータ可読媒体（例えば、ＣＤＲＯＭ、ネットワークストレージ、リモートサーバなど）から受信されてもよい。
メモリ２０８は、本開示に記載される様々なプロセスを完了および／または推進するためのデータおよび／またはコンピュータコードを保存するための、一つまたは複数のデバイス（例えば、記憶ユニット、記憶デバイス、保存デバイスなど）を含むことがある。メモリ２０８は、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、リードオンリーメモリ（ＲＯＭ）、ハードドライブストレージ、一時ストレージ、不揮発性メモリ、フラッシュメモリ、光メモリ、光学メモリ、またはソフトウェアオブジェクトおよび／もしくはコンピュータ命令を保存するための任意の他の適切なメモリを含みうる。メモリ２０８は、データベースコンポーネント、オブジェクトコードコンポーネント、スクリプトコンポーネント、または本開示に記載される様々なアクティビティおよび情報構造をサポートするための任意の他のタイプの情報構造を含んでいてもよい。メモリ５０８は、プロセッシング回路２０４を介してプロセッサ２０６に通信可能に接続されてもよく、本明細書に記載される一つまたは複数のプロセスを（例えば、プロセッサ２０６によって）実行するためのコンピュータコードを含んでいることがある。
さらに 図１３を参照すると、コントローラ２００は、撮像デバイス１０２からの入力を受信することが示されている。撮像デバイスは、すべての撮像データおよび記録を、それを記述するすべてのメタデータと併せて取得する。次いで、撮像デバイスは、コントローラ２００による読み取りが可能なストリームの中にデータをシリアル化するものとなる。データストリームは、ファイルシステム、ＲＤＢＭ、または直接ＴＣＰ／ＩＰ通信など、任意のバイナリデータストリームのタイプを収容しうる。データストリームを使用するために、コントローラ２００は、スペクトルアンミキサー２１０を含むことが示されている。スペクトルアンミキサー２１０は、撮像デバイス１０２から画像データを受信しうるが、そこでは、スペクトルアンミキシングを実施し、様々な波長を呈示する画像を非混合として、各波長帯域に対する個別の分離したチャネルに分ける。例えば、画像データは「非混合」とされて、組織試料中の目的の細胞またはタンパク質を特定するために使用される様々なフルオロフォアのそれぞれに対する別々のチャネルに分けられることがある。フルオロフォアは、ほんの一例として、ＤＡＰＩ、Ｃｙ（登録商標）２、Ｃｙ（登録商標）３、Ｃｙ（登録商標）３，５、Ｃｙ（登録商標）５、ＦＩＴＣ、ＴＲＩＴＣ、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４、およびＴｅｘａｓ Ｒｅｄからなる群のうちの一つまたは複数であることがある。一例では、チャネルの一つは、画像内の核を特定するために、４６１ ｎｍの波長（ＤＡＰＩの最大発光波長）の周辺の所定の帯域内に収まる画像データを含むことがある。他のチャネルは、異なるフルオロフォアを用いて組織試料の異なる部分を特定するために、異なる波長の画像データを含むことがある。
コントローラ２００はまた、細胞マスカー２１２、サブセット範囲マスカー２１６、およびバイオマーカーマスカー２２２など、様々なマスカーを含むことが示されている。これら、または他の実施形態でコントローラ２００に含まれうるその他のマスカーを使用して、組織試料中のある目的の特長を特定するために使用されるフルオロフォアに応じて、スペクトルアンミキサー２１０から非混合のシグナルを受信し、目的の特定の細胞または範囲のマスクを作製する。マスクを作製するために、マスカー（細胞マスカー２１２、サブセット範囲マスカー２１６、およびバイオマーカーマスカー２２２など）は、視野内の各ピクセルの強度に関連する画像データを受信する。ピクセル強度は、試料の発光する蛍光の量に直接的に比例するが、（特定のバイオマーカーを特定するためにフルオロフォアを使用する際に）これは同様に、試料中のタンパク質バイオマーカーの量に直接的に比例する。絶対閾値は、画像ピクセルに存在する値に基づいて設定されてもよい。閾値以上のすべてのピクセルは、１．０または「オン」にマッピングされ、他のすべてのピクセルは、０．０または「オフ」にマッピングされるものとなる。このようにして、視野にある目的の細胞または組織部分を特定するために、バイナリーマスクを作製する。その他の実施形態では、下限を使用してマスクが作成されるが、その場合、下限以上の強度を有するすべてのピクセルが、マスクのピクセル値として受理され使用される。強度が下限を下回る場合は、ピクセル値は０．０または「オフ」に設定される。
図１４に示されるマスキングのためのフロー図の例では、マスクの出力を提供するために、ＤＡＰＩおよび４８８染料のチャネル（または核および腫瘍範囲をそれぞれ特定するための他のフルオロフォア）が、下限プロトコル（ステップ１４１０、１４１２、１４２０、１４２２）を使用するのに対して、Ｃｙ５チャネル（または目的のバイオマーカーを特定するための他のフルオロフォア）は、閾値プロトコル（ステップ１４３０）を使用する。下限プロトコルと関連して、下限を決定するためのヒストグラムステップもある。具体的には、ヒストグラム閾値（ステップ１４１２、１４２２）は、入力画像の閾値を生成するが、スライドスケールを使用して、閾値が発生する点を決定する。入力は、現在のイメージとユーザ定義の閾値パーセンテージである。後者は、閾値レベルを総強度のどのパーセントに設定すべきかを決定するために使用される。まず、各ピクセルの強度を総強度に合算する。閾値パーセンテージをこの総強度により乗算して、カットオフの合計を得る。最後に、すべてのピクセルを（ヒストグラム内で）強度によってグループ化し、カットオフの合計が達成されるまでそれらの強度を（ビン毎に）最も低いものから最も高いものまで計算する。プロセスで訪れた最新の最も高いピクセル強度が、現在の画像についての閾値である。その値より大きな強度を有するすべてのピクセルが、最大限に設定された強度を有する一方、その他はすべて、最小値に設定される。
図１４のステップ１４１４、１４１６、１４２４、１４２６、１４２８、１４３２、１４３４、１４３６として特定されるステップは、細胞マスカー２１２（ステップ１４１４、１４１６）、サブセット範囲マスカー２１６（ステップ１４２４、１４２６、１４２８）、およびバイオマーカーマスカー２２２（ステップ１４３２、１４３４、１４３６）などの初発のマスカーで発生する中間ステップを表す。これらのステップは、以下のように定義される。
拡張によって、画像内の最も明るい領域の面積が増加する。拡張には、二つの入力が必要である。第一に暗黙の現在の画像であり、第二に拡張の反復数である。バイナリイメージのみが第一の入力に使用されるものと仮定する。プロシージャは連続画像上で稼働するものとなるが、出力は有効な拡張とはならない。この拡張プロセスは、画像内の最大ピクセル強度を最初に見つけることによって始まる。続いて、画像の各ピクセルを一度調べる。検討下にあるピクセルが最大強度と等しい強度を有する場合、そのピクセルを、反復半径を有する円形として出力画像に描画し、元のピクセルの中心に配する。その円にあるすべてのピクセルは、最大強度に等しい強度を有するものとなる。その他のすべてのピクセルを、変更することなく出力画像にコピーする。
この穴埋めプロシージャは、画像の「空」領域を最大強度でピクセルにより埋めることになる。これらの空領域は、最小強度を有するものであり、そのピクセル範囲（サイズ）は、ユーザによって指定されるものである。現在の画像およびサイズとは、必要とされる二つの入力である。拡張のように、このプロシージャは、バイナリ画像にのみ適用されるべきである。
浸透は、拡張と同じ方式で画像を処理する。第一のステップが画像の最小強度を決定すること、最も低い強度に匹敵するピクセルのみを変えること、および見つかった最小強度のピクセルを曇らせるために使用する円を最も低い強度値で満たすことを除いて、すべての機能性は拡張と同じである。拡張のように、このプロシージャは、バイナリ画像にのみ適用されるべきである。
オブジェクトを削除する。二つの入力が求められる。すなわち、現在のイメージとオブジェクトサイズである。オブジェクトの削除は、穴埋めプロシージャの逆である。入力オブジェクトサイズよりも小さな範囲を満たす最大強度を有するピクセルのみを含有する任意の領域は、最小強度に設定され、それゆえ「除去」されることになる。このプロシージャは、バイナリ画像にのみ適用されるべきであり、連続画像への適用は、予期せぬ結果を生じる場合がある。
ステップ１４１８、１４２９、および１４３８における出力はそれぞれ、結果として得られる細胞マスク、サブセットマスク（またはこの具体的な例では、腫瘍範囲マスク）、およびバイオマーカー細胞マスクである。図１４は、これらの結果として得られるマスクの組み合わせを、ＰＢＰスコアの関連範囲の情報を得るためにさらに図示する。これらの組み合わせを、図１３に図示されるコントローラ２００の組合せマスカーを参照しながら、下記に説明する。
コントローラ２００は、サブセット細胞マスカー２１８、非サブセット細胞マスカー２２０、および組合せマスカー２３０など、組合せマスカーを含むことが示されている。いくつかの実施形態では、マスカー２１８によって特定されたサブセット細胞、およびマスカー２２０によって特定された非サブセット細胞は、それぞれ腫瘍細胞および非腫瘍細胞である。サブセット細胞マスカーは、図１４のステップ１４５２に示されるようにＡｎｄ演算を実施して、（画像内のすべての細胞を表す）細胞マスカー２１２の出力を、サブセット範囲マスカー２１６の出力と組み合わせる。したがって、サブセット細胞マスカーは、画像内のすべてのサブセット細胞のマスクを生成する。この同じ組合せは、図１４のステップ１４５４に示されるような非サブセット細胞マスカー２２０によって実施されるＯｕｔ演算を用いて、試料画像内のすべての非サブセット細胞のマスクを生成する。
組合せマスカー２３０は、二つの入力マスクを組み合わせるように構成される。図１４に図示されるように、組合せマスカー２３０は、バイオマーカーマスクを、（サブセット細胞マスカー２１８由来の）サブセット細胞マスクもしくは（非サブセット細胞マスカー２２０由来の）非サブセット細胞マスクのうちの一つ、またはバイオマーカーマスク＋サブセットマスクおよびバイオマーカーマスク＋非サブセットマスクの両方と組み合わせる。点線は、細胞マスクのうちのどちらか一方または両方が、組合せマスカー２３０でバイオマーカーマスクと組み合わされうることを表す。組合せマスカー２３０の結果は、バイオマーカーについて陽性であるすべてのサブセット細胞および／またはバイオマーカーについて陽性であるすべての非サブセット細胞を表すマスクである。組合せマスカー２３０は、組合せマスカー２３０の結果がバイオマーカーについて陽性ではない（バイオマーカー陰性である）サブセット細胞を表すマスクとなるように、代替的な方法でマスクを組み合わせることがある。目的の細胞がサブセットに、例えば腫瘍または非腫瘍などに、しかしむしろすべての細胞に、特に関連しない場合は、バイオマーカー陽性マスクは、任意の追加のマスクと組み合わされず、変更されることなく組合せマスカー２３０を通過する。
バイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）スコアを計算するために、（例えば、すべての、腫瘍の、または非腫瘍の）選択されたサブセット細胞のバイオマーカー陽性マスクまたはバイオマーカー陰性マスク（その場合、スコアはバイオマーカー陰性を表す）の範囲を、範囲エバリュエータ２３２にて、ピクセルで決定する。（バイオマーカーについて陽性および陰性の）選択されたすべての細胞の総面積を、範囲エバリュエータ２３２にて、ピクセルで決定する。範囲エバリュエータ２３２で終了する点線は、総面積の入力が、別々に計算される全細胞マスク、サブセット細胞マスク、および非サブセット細胞マスクのうち一つまたは複数でありうることを示す。バイオマーカー陽性スコアのパーセントを、陽性カルキュレータ２３６で決定する。一実施形態では、ＢＰＢスコアは、範囲エバリュエータ２３２由来の選択された細胞バイオマーカー陽性マスクの面積を、範囲エバリュエータ２３２由来のすべての選択された細胞マスクの面積によって除算し、１００を乗算することによって計算される。一実施形態では、相互作用カルキュレータ２３６によって実行される式は、

であって、式中、ＡＰは、（例えば、すべての、腫瘍の、または非腫瘍の）選択されたサブセット細胞のタイプについてのバイオマーカー陽性の面積であり、ＡＡは、（すべての、腫瘍の、非腫瘍の）選択された細胞タイプのすべての細胞の総面積である。同様に、ＡＮは、上記の式においてＡＰを置換することができ、その場合、ＡＮは、サブセット細胞のタイプについてバイオマーカー陰性のパーセントを表すスコアを決定するための、（例えば、すべての、腫瘍の、または非腫瘍の）選択された細胞のタイプのバイオマーカー陰性の面積である。
このＡｎｄプロシージャは、バイナリＡＮＤ演算の後にモデル化されるが、実に多くの点で異なる。Ａｎｄは、現在の画像とユーザが選択した結果とを受理する。出力とは、二つの入力画像由来のマッチングピクセルの正規化された強度の乗算を実施することによって作製される画像である。一部の場合では、画像強度データは、既に正規化されている。したがって、Ａｎｄプロシージャは、単なる二つの画像のピクセル毎の乗算である。Ｏｕｔに必要な二つの入力とは、現在の画像とユーザが選択した結果である。Ｏｕｔは、式Ａ＊（１−Ｂ／Ｂｍａｘ）に従って第二の画像形態をまず除去し、式中、Ａは現在の画像であり、Ｂは除去されるユーザ選択画像であり、ＢｍａｘはＢの最大強度である。ＢｍａｘによってＢを除算することにより、Ｂを正規化することに留意されたい。
ＰＢＰの値を導出することは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０５８２７７号にも開示されている。
相互作用スコアまたは空間的近接スコア
本明細書に開示される方法は、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることを含むことがある。
いくつかの実施形態では、特異的バイオマーカーに対する親和性を有する複数の蛍光タグを用いて、試料を染色してもよい。染色された試料のデジタル画像を得てもよく、蛍光タグの場所に基づいて画像をさらに分析してもよい。全画像解析というより、目的の第一のバイオマーカーを発現する細胞の数に基づき視野を優先順位付けしてもよい。次いで、所定の数の視野を、蛍光シグナルについてさらに分析してもよい。いくつかの実施形態では、四つの異なるタイプの蛍光タグの使用によって、目的の第一のバイオマーカーに対応する蛍光シグナルの画像、および目的の第二のバイオマーカーに対応する蛍光シグナルの画像、ならびにすべての細胞が発現するバイオマーカーに対応する蛍光シグナルの画像、および腫瘍細胞が発現するバイオマーカーに対応する蛍光シグナルの画像を生成する。さらなる実施形態では、蛍光シグナルの画像を操作して、画像内の細胞に対応する蛍光シグナルの一つまたは複数のマスクを生成する。いくつかの実施形態では、蛍光シグナルの一つまたは複数のマスクは、画像内のすべての細胞のマスク、画像内のすべての腫瘍細胞のマスク、画像内のすべての非腫瘍細胞のマスク、画像内の目的の第一ののバイオマーカーを発現するすべての細胞のマスク、画像内の第二のバイオマーカーを発現するすべての細胞のマスク、および画像内の目的の第一のバイオマーカーを発現するすべての細胞ならびに目的の第二のバイオマーカーを発現する近接して位置する細胞を表す相互作用マスク、を含む。さらなる実施形態では、相互作用マスクを使用して、目的の第一のバイオマーカーを発現する細胞に近接して位置する目的の第二のバイオマーカーを発現するすべての選択された視野から、細胞の相互作用区画を生成する。相互作用区画の総面積を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを生成してもよく、その際に、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーが、第一のバイオマーカーを発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーが、第一のバイオマーカーとは異なる第二のバイオマーカーを発現する。いくつかの実施形態では、スコアは、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を標示する。
したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることを含み、スコアリングのステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーが第一のバイオマーカーを発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーが第一のバイオマーカーとは異なる第二のバイオマーカーを発現すること、および（ｉｉ）スコアを記録することであって、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を示す閾値と比べてスコアリングすること、を含む。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーはＰＤ−Ｌ１であり、第二のバイオマーカーはＰＤ−１である。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーはＰＤ−１であり、第二のバイオマーカーはＰＤ−Ｌ１である。
いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、腫瘍細胞、骨髄細胞、または間質細胞を含み、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、免疫細胞を含む。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞、骨髄細胞、または間質細胞は、ＰＤ−Ｌ１を発現し、免疫細胞は、ＰＤ−１を発現する。
いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、腫瘍細胞を含み、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、免疫細胞を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、骨髄細胞を含み、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、免疫細胞を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、間質細胞を含み、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、免疫細胞を含む。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、ＰＤ−Ｌ１を発現し、免疫細胞は、ＰＤ−１を発現する。
いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、ＰＤ−Ｌ１を発現する。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、ＰＤ−１を発現する。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、ＰＤ−Ｌ１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、ＰＤ−１を発現する。
いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、ＰＤ−１を発現する。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、ＰＤ−Ｌ１を発現する。いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーは、ＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーは、ＰＤ−Ｌ１を発現する。
いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約４５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約４０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約３５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約３０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約２５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約２０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、２．５μｍから約１５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約５０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約４５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約４０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約３５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約３０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約２５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約２０μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、５μｍから約１５μｍまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０μｍである。
いくつかの実施形態では、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接は、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約９０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約８０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約７０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約６０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約５０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約４０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約５から約３０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約１００ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約９０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約８０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約７０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約６０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約５０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約４０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１０から約３０ピクセルまでに及ぶ。いくつかの実施形態では、空間的近接は、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００ピクセルである。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。
いくつかの実施形態では、決定するステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一のバイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された視野のそれぞれについて、第二のバイオマーカーを発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二のバイオマーカーを発現し、かつ第一のバイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、決定するステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一のバイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された視野のそれぞれについて、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約０．５μｍから約５０ μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する近位に位置する細胞を包囲するように、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二のバイオマーカーを発現し、かつ第一のバイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、決定するステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一のバイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された視野のそれぞれについて、第二のバイオマーカーを発現する近位に位置する細胞を包囲するように約１から約１００ピクセルに及ぶマージンをとって、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二のバイオマーカーを発現し、かつ第一のバイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、決定するステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一のバイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された各視野について、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約０．５μｍから約５０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する細胞を包囲するように、約１から約１００ピクセルに及ぶマージンをとって、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された視野のそれぞれに由来するすべての細胞について、ピクセルで測定した際の第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二のバイオマーカーを発現し、かつ第一のバイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、異なるバイオマーカーに特異的な四つの蛍光タグが、決定のステップで使用される。さらなる実施形態では、第一の蛍光タグは、第一のバイオマーカーと関連付けられ、第二の蛍光タグは、第二のバイオマーカーと関連付けられ、第三の蛍光タグは、第三のバイオマーカーと関連付けられ、第四の蛍光タグは、第四のバイオマーカーと関連付けられる。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーは、腫瘍および非腫瘍のマーカーを含む。いくつかの実施形態では、第二のバイオマーカーは、非腫瘍マーカーを含む。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーは、腫瘍および非腫瘍のマーカーを含み、第二のバイオマーカーは、非腫瘍マーカーを含む。いくつかの実施形態では、第三のバイオマーカーは、すべての細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、第四のバイオマーカーは、腫瘍細胞でのみ発現される。いくつかの実施形態では、第三のバイオマーカーは、すべての細胞によって発現され、第四のバイオマーカーは、腫瘍細胞でのみ発現される。いくつかの実施形態では、一つまたは複数の蛍光タグは、特異的バイオマーカーに対する結合親和性を有する抗体または別の抗体にコンジュゲーションされたフルオロフォアを含む。いくつかの実施形態では、一つまたは複数の蛍光タグは、特異的バイオマーカーに対する親和性を有するフルオロフォアである。
いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルは、約１から約１００ピクセルまでに及ぶマージンをとって拡張される。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約１００ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約９０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約８０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約７０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約６０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約５０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約４０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約５から約３０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約１００ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約９０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約８０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約７０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約６０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約５０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約４０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１０から約３０ピクセルまでである。いくつかの実施形態では、マージンは、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、または１００ピクセルである。いくつかの実施形態では、ピクセルは０．５μｍ幅である。
いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約０．５μｍから約５０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約５０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約４５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約４０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約３５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約３０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約２５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約２０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約２．５μｍから約１５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約５０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約４５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約４０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約３５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約３０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約２５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約２０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５μｍから約１５μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張することは、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する、近位に位置する細胞を包囲する。いくつかの実施形態では、近位に位置する細胞上の第二のバイオマーカーは、第一のバイオマーカーに直接接触している。
いくつかの実施形態では、第二のバイオマーカーを発現する選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積が、ピクセルで測定される。
いくつかの実施形態では、正規化因子は、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一の総面積と第二の総面積との両方が、ピクセルで測定される。
いくつかの実施形態では、正規化因子は、第二のバイオマーカーを発現する能力を有する選択された各視野に由来するすべての細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一の総面積と第二の総面積との両方が、ピクセルで測定される。
いくつかの実施形態では、正規化因子は、選択された各視野に由来するすべての細胞についての第二の総面積である。いくつかの実施形態では、第二の総面積は、ピクセルで測定される。いくつかの実施形態では、第一の総面積と第二の総面積との両方が、ピクセルで測定される。
いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約５０００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約４５００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約４０００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約３５００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約３０００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約２５００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約２０００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約１５００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、約５００から約１０００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、増分を中に含む約５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３１００、３２００、３３００、３４００、３５００、３６００、３７００、３８００、３９００、４０００、４１００、４２００、４３００、４４００、４５００、４６００、４７００、４８００、４９００、または５０００である。いくつかの実施形態では、閾値スコアは、プラスまたはマイナス１００の増分を中に含む約５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、１１００、１２００、１３００、１４００、１５００、１６００、１７００、１８００、１９００、２０００、２１００、２２００、２３００、２４００、２５００、２６００、２７００、２８００、２９００、３０００、３１００、３２００、３３００、３４００、３５００、３６００、３７００、３８００、３９００、４０００、４１００、４２００、４３００、４４００、４５００、４６００、４７００、４８００、４９００、または５０００である。
いくつかの実施形態では、所定の因子は、約１０から約１０５までである。いくつかの実施形態では、所定の因子は、約１０２から約１０５までである。いくつかの実施形態では、所定の因子は、約１０３から約１０５までである。いくつかの実施形態では、所定の因子は、約１０４から約１０５までである。いくつかの実施形態では、所定の因子は、増分を中に含む約１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、２０００、２５００、３０００、３５００、４０００、４５００、５０００、５５００、６０００、６５００、７０００、７５００、８０００、８５００、９０００、９５００、１００００、２００００、３００００、４００００、５００００、６００００、７００００、８００００、９００００、または１０５である。
いくつかの実施形態では、腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、この決定のステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された各視野について、第二の特異的バイオマーカーを発現する近位に位置する細胞を包囲するように、第一の特異的バイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二の特異的バイオマーカーを発現し、かつ第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、この決定のステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一のバイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された各視野について、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約０．５μｍから約５０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する細胞を包囲するように、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二のバイオマーカーを発現し、かつ第一のバイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、この決定のステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一のバイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された各視野について、第二のバイオマーカーを発現する近位に位置する細胞を包囲するように、約１から約１００ピクセルに及ぶマージンをとって、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された各視野に由来するすべての細胞について、ピクセルで測定した際の第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二のバイオマーカーを発現し、かつ第一のバイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、この決定のステップは、（ｉ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べて第一のバイオマーカーを発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、（ｉｉ）選択された各視野について、第一のバイオマーカーを発現する細胞の形質膜の約０．５μｍから約５０μｍ以内に第二のバイオマーカーを発現する細胞を包囲するように、約１から約１００ピクセルに及ぶマージンをとって、第一のバイオマーカーに起因する蛍光シグナルを拡張すること、ならびに（ｉｉｉ）選択された各視野に由来するすべての細胞について、ピクセルで測定した際の第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、第二のバイオマーカーを発現し、かつ第一のバイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナル内に包囲されること、を含む。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコア（ＳＰＳ）は、以下の式によって決定される。

式中、ＡＩは、総相互作用面積（第二の特異的バイオマーカーを発現し、かつ第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される細胞の総面積）であり、ＡＮＴは、非腫瘍細胞の総面積である。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアは、以下の式によって決定される。

式中、ＡＩは、総相互作用面積（第二の特異的バイオマーカーを発現し、かつ第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される細胞の総面積）であり、ＡＣは、第二の特異的バイオマーカーを発現する能力を有する細胞の総面積である。
いくつかの実施形態では、がん患者由来の腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることが、患者においてがんを治療する方法で使用される。いくつかの実施形態では、がん患者由来の腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることは、免疫療法の投与の前に実施される。
図１５は、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングする一実施形態のステップを図示するフローチャートである。ステップ１４０１では、画像データを取得し、ステップ１４０２では、様々なタイプの蛍光シグナルに特有のデータが各種チャネルに分離されるように、画像データを非混合とする。ステップ１４０３では、第一のチャネルからのデータを使用して、第一のバイオマーカーについて陽性であるすべての細胞のマスク（第一のバイオマーカーマスク）を生成する。次いで、すべての細胞のマスクを拡張して（ステップ１４０４）、相互作用する（第二のバイオマーカーについて陽性である）細胞が中に見つかりうる所定の近接を表す拡張マスクを生成する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーマスクは、１と１００ピクセルとの間で拡張される。ステップ１４０５では、第二のチャネルからのデータを使用して、第二のバイオマーカーについて陽性であるすべての細胞のマスク（第二のバイオマーカーマスク）を生成する。ステップ１４０６では、第一のバイオマーカーマスクと第二のバイオマーカーマスクとを組み合わせて、第一のバイオマーカーについて陽性である細胞の所定の近接内にある、第二のバイオマーカーについて陽性である細胞を特定する、相互作用マスクを生成する。ステップ１４０７では、空間的近接スコアは、相互作用マスクの面積に基づいて計算される。
図１６は、がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングする第二の実施形態のステップを図示するフローチャートである。ステップ１５０１では、画像データを取得し、ステップ１５０２では、様々なタイプの蛍光シグナルに特有のデータが各種チャネルに分離されるように、画像データを非混合とする。ステップ１５０３では、第一のチャネルからのデータを使用して、視野にあるすべての細胞のマスクを生成し、ステップ１５０４では、第二のチャネルからのデータを使用して、視野にある腫瘍範囲などのサブセット範囲のマスクを生成する。ステップ１５０５では、すべての細胞のマスクを、サブセット範囲マスクと組み合わせて、サブセット細胞のマスクおよび非サブセット細胞のマスクを生成する。いくつかの実施形態では、サブセット細胞は腫瘍細胞であり、非サブセット細胞は非腫瘍細胞である。ステップ１５０６では、第三のチャネルからのデータを使用して、第一のバイオマーカーについて陽性であるすべての細胞のマスク（第一のバイオマーカーマスク）を生成する。次いで、すべての陽性細胞のマスクを拡張して（ステップ１５０７）、相互作用する細胞（すなわち、第二のバイオマーカーについて陽性である細胞）が中に見つかりうる、所定の近接を表す拡張されたマスクを生成する。いくつかの実施形態では、第一のバイオマーカーマスクは、１と１００ピクセルとの間で拡張される。ステップ１５０８では、第四のチャネルからのデータを使用して、第二のバイオマーカーについて陽性であるすべての細胞のマスク（第二のバイオマーカーマスク）を生成する。ステップ１５０９では、拡張されたマスクと第二のバイオマーカーマスクとを組み合わせて、第二のバイオマーカーについて陽性であり、かつ第一のバイオマーカーについて陽性である細胞の所定の近接内にある細胞を特定する、相互作用マスクを生成する。ステップ１５１０では、空間的近接スコアは、（どちらかの入力の使用を表す図１６のフローチャートに点線で標示されているように、）第二のバイオマーカーについて陽性となり得るすべての細胞（サブセット細胞）の面積により、またはすべての細胞の面積により、相互作用マスクの面積を除算することによって計算される。いくつかの実施形態では、第二のバイオマーカーについて陽性となり得る細胞は、腫瘍細胞または非腫瘍細胞である。
いくつかの実施形態では、細胞のサブセットおよび細胞の非サブセットは、それぞれ腫瘍細胞および非腫瘍細胞に対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、細胞のサブセットおよび細胞の非サブセットは、それぞれ生細胞および非生細胞に対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、細胞のサブセットは、生細胞のサブセットであり、細胞の非サブセットは、生細胞のサブセットに含まれない生細胞からなる。いくつかの実施形態では、細胞のサブセットおよび細胞の非サブセットは、それぞれＴ細胞および非Ｔ細胞に対応し、その逆もまた同様である。いくつかの実施形態では、細胞のサブセットおよび細胞の非サブセットは、それぞれ骨髄細胞および非骨髄細胞に対応し、その逆もまた同様である。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアは、一対の細胞の近さを表す。いくつかの実施形態では、一対の細胞の近さは、その対の細胞の境界間の近接、その対の細胞の重心間の近接によって、その対の細胞のうち選択された第一の細胞の周囲に基づく境界論理を用いて、その対の細胞の境界における交差を決定することによって、および／またはその対の細胞の重なりの面積を決定することによって、決定されうる。
いくつかの実施形態では、空間的近接スコアは、試料の画像に関連付けられたメタデータと関連付けられ、生成されたデータに含められ、免疫療法のストラテジーを決定するためにオペレーターに提供され、データベースに記録され、患者の医療記録と関連付けられ、および／またはディスプレイデバイス上に表示される。
本明細書に開示される方法では、デジタル画像の操作を、例示的な一実施形態による、図１７のブロック図に説明されているコントローラなどのコントローラを含むコンピューティングシステムによって実行してもよい。コントローラ２００は、通信インターフェース２０２およびプロセッシング回路２０４を含むように示されている。通信インターフェース２０２は、様々なシステム、デバイス、またはネットワークとのデータ通信を実行するための、有線または無線のインターフェース（例えば、ジャック、アンテナ、トランスミッタ、レシーバ、トランシーバ、ワイヤ端子など）を含むことがある。例えば、通信インターフェース２０２は、イーサネット（登録商標）カード、およびデータをイーサネット（登録商標）ベースの通信ネットワークを介して送受信するためのポート、および／または無線通信ネットワークを介して通信するためのＷｉｆｉトランシーバを含むことがある。通信インターフェース２０２は、ローカルエリアネットワークまたはワイドエリアネットワーク（例えば、インターネット、建物ＷＡＮなど）を介して通信するように構成されることがあり、種々の通信プロトコル（例えば、ＢＡＣｎｅｔ、ＩＰ、ＬＯＮなど）を使用することがある。
通信インターフェース２０２は、コントローラ２００と様々な外部のシステムまたはデバイス（例えば、撮像デバイス１０２）との間の電子データ通信を容易にするよう構成されるネットワークインターフェースであることがある。例えば、コントローラ２００は、撮像デバイス１０２から得た選択された視野についての撮像データを受信して、データを分析し、空間的近接スコア（ＳＰＳ）を計算することがある。
さらに図１７を参照すると、プロセッシング回路２０４は、プロセッサ２０６およびメモリ２０８を含むことが示されている。プロセッサ２０６は、汎用または特定目的のプロセッサ、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）、一つまたは複数のフィールドプログラマブルゲートアレイ（ＦＰＧＡＳ）、プロセッシングコンポーネント群、またはその他の適切なプロセッシングコンポーネントであることがある。プロセッサ５０６は、メモリ５０８に格納されたコンピュータコードまたは命令を実行するように構成されてもよいし、他のコンピュータ可読媒体（例えば、ＣＤＲＯＭ、ネットワークストレージ、リモートサーバなど）から受信されてもよい。
メモリ２０８は、本開示に記載される様々なプロセスを完了および／または推進するためのデータおよび／またはコンピュータコードを保存するための、一つまたは複数のデバイス（例えば、記憶ユニット、記憶デバイス、保存デバイスなど）を含むことがある。メモリ２０８は、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、リードオンリーメモリ（ＲＯＭ）、ハードドライブストレージ、一時ストレージ、不揮発性メモリ、フラッシュメモリ、光メモリ、光学メモリ、またはソフトウェアオブジェクトおよび／もしくはコンピュータ命令を保存するための任意の他の適切なメモリを含みうる。メモリ２０８は、データベースコンポーネント、オブジェクトコードコンポーネント、スクリプトコンポーネント、または本開示に記載される様々なアクティビティおよび情報構造をサポートするための任意の他のタイプの情報構造を含んでいてもよい。メモリ５０８は、プロセッシング回路２０４を介してプロセッサ２０６に通信可能に接続されていることがあり、本明細書に記載される一つまたは複数のプロセスを（例えばプロセッサ２０６によって）実行するためのコンピュータコードを含んでいることがある。
さらに 図１７を参照すると、コントローラ２００は、撮像デバイス１０２からの入力を受信することが示されている。撮像デバイスは、すべての撮像データおよび記録を、それを記述するすべてのメタデータと併せて取得する。次いで、撮像デバイスは、コントローラ２００による読み取りが可能なストリームの中にデータをシリアル化するものとなる。データストリームは、ファイルシステム、ＲＤＢＭ、または直接ＴＣＰ／ＩＰ通信など、任意のバイナリデータストリームのタイプを収容しうる。データストリームを使用するために、コントローラ２００は、スペクトルアンミキサー２１０を含むことが示されている。スペクトルアンミキサー２１０は、撮像デバイス１０２から画像データを受信しうるが、そこでは、スペクトルアンミキシングを実施し、様々な波長を呈示する画像を非混合として、各波長帯域に対する個別の分離したチャネルに分ける。例えば、画像データは「非混合」とされて、組織試料中の目的の細胞またはタンパク質を特定するために使用される様々なフルオロフォアのそれぞれに対する別々のチャネルに分けられることがある。フルオロフォアは、ほんの一例として、ＤＡＰＩ、Ｃｙ（登録商標）２、Ｃｙ（登録商標）３、Ｃｙ（登録商標）３，５、Ｃｙ（登録商標）５、ＦＩＴＣ、ＴＲＩＴＣ、４８８染料、５５５染料、５９４染料、およびＴｅｘａｓ Ｒｅｄからなる群のうちの一つまたは複数であることがある。一例では、チャネルの一つは、画像内の核を特定するために、４６１ ｎｍの波長（ＤＡＰＩの最大発光波長）の周辺の所定の帯域内に収まる画像データを含むことがある。他のチャネルは、異なるフルオロフォアを用いて組織試料の異なる部分を特定するために、異なる波長の画像データを含むことがある。
コントローラ２００はまた、細胞マスカー２１２、サブセット範囲マスカー２１６、第一のバイオマーカーマスカー２２、および第二のバイオマーカーマスカー２２４などの様々なマスカーを含むことが示されている。これら、または他の実施形態でコントローラ２００に含まれうるその他のマスカーを使用して、組織試料中のある目的の特長を特定するために使用されるフルオロフォアに応じて、スペクトルアンミキサー２１０から非混合のシグナルを受信し、目的の特定の細胞または範囲のマスクを作製する。マスクを作り出すために、マスカー（細胞マスカー２１２、サブセット範囲マスカー２１６、第一のバイオマーカーマスカー２２、および第二のバイオマーカーマスカー２２４など）は、視野内の各ピクセルの強度に関連する画像データを受信する。ピクセル強度は、試料の発光する蛍光の量に直接的に比例するが、（特定のバイオマーカーを特定するためにフルオロフォアを使用する際に）これは同様に、試料中のタンパク質バイオマーカーの量に直接的に比例する。絶対閾値は、画像ピクセルに存在する値に基づいて設定されてもよい。閾値以上のすべてのピクセルは、１．０または「オン」にマッピングされ、他のすべてのピクセルは、０．０または「オフ」にマッピングされるものとなる。このようにして、視野にある目的の細胞または組織部分を特定するために、バイナリーマスクを作製する。その他の実施形態では、下限を使用してマスクが作成されるが、その場合、下限以上の強度を有するすべてのピクセルが、マスクのピクセル値として受理され使用される。強度が下限を下回る場合は、ピクセル値は０．０または「オフ」に設定される。
図１８に示されるマスキングのためのフロー図の例では、マスクの出力を提供するために、（核および腫瘍の範囲をそれぞれ特定するための）ＤＡＰＩおよび４８８のチャネルが、下限プロトコル（ステップ１７１０、１７１２、１７２０、１７２２）を使用するのに対して、（バイオマーカーを特定するため）Ｃｙ５およびＣｙ３．５のチャネルは、閾値プロトコル（ステップ１７３０、１７４０）を使用する。下限プロトコルと関連して、下限を決定するためのヒストグラムステップもある。具体的には、ヒストグラム閾値（ステップ１７１２、１７２２）は、入力画像の閾値を生じるが、スライドスケールを使用して、閾値が発生する点を決定する。入力は、現在のイメージとユーザ定義の閾値パーセンテージである。後者は、閾値レベルを総強度のどのパーセントに設定すべきかを決定するために使用される。まず、各ピクセルの強度を総強度に合算する。閾値パーセンテージをこの総強度により乗算して、カットオフの合計を得る。最後に、すべてのピクセルを（ヒストグラム内で）強度によってグループ化し、カットオフの合計が達成されるまでそれらの強度を（ビン毎に）最も低いものから最も高いものまで計算する。プロセスで訪れた最新の最も高いピクセル強度が、現在の画像についての閾値である。その値より大きな強度を有するすべてのピクセルが、最大限に設定された強度を有する一方、その他はすべて、最小値に設定される。
図１８でステップ１７１４、１７１６、１７２４、１７２６、１７２８、１７３２、１７３４、１７３６、１７４２、１７４４として特定されるステップは、細胞マスカー２１２、サブセット範囲マスカー２１６、第一のバイオマーカーマスカー２２２、および第二のバイオマーカーマスカー２２４などの初発のマスカーで発生する中間ステップを表す。これらのステップは、以下のように定義される。
拡張によって、画像内の最も明るい領域の面積が増加する。拡張には、二つの入力が必要である。第一に暗黙の現在の画像であり、第二に拡張の反復数である。バイナリイメージのみが第一の入力に使用されるものと仮定する。プロシージャは連続画像上で稼働するものとなるが、出力は有効な拡張とはならない。この拡張プロセスは、画像内の最大ピクセル強度を最初に見つけることによって始まる。続いて、画像の各ピクセルを一度調べる。検討下にあるピクセルが最大強度と等しい強度を有する場合、そのピクセルを、反復半径を有する円形として出力画像に描画し、元のピクセルの中心に配する。その円にあるすべてのピクセルは、最大強度に等しい強度を有するものとなる。その他のすべてのピクセルを、変更することなく出力画像内にコピーする。
この穴埋めプロシージャは、画像の「空」領域を最大強度でピクセルにより埋めることになる。これらの空領域は、最小強度を有するものであり、そのピクセル範囲（サイズ）は、ユーザによって指定されるものである。現在の画像およびサイズとは、必要とされる二つの入力である。拡張のように、このプロシージャは、バイナリ画像にのみ適用されるべきである。
浸透は、拡張と同じ方式で画像を処理する。第一のステップが画像の最小強度を決定すること、最も低い強度に匹敵するピクセルのみを変えること、および見つかった最小強度のピクセルを曇らせるために使用する円を最も低い強度値で満たすことを除いて、すべての機能性は拡張と同じである。拡張のように、このプロシージャは、バイナリ画像にのみ適用されるべきである。
オブジェクトを削除する。二つの入力が求められる。すなわち、現在のイメージとオブジェクトサイズである。オブジェクトの削除は、穴埋めプロシージャの逆である。入力オブジェクトサイズよりも小さな範囲を満たす最大強度を有するピクセルのみを含有する任意の領域は、最小強度に設定され、それゆえ「除去」されることになる。このプロシージャは、バイナリ画像にのみ適用されるべきであり、連続画像への適用は、予期せぬ結果を生じる場合がある。
最終ステップ１７１８、１７２９、１７３８、および１７４６の出力は、それぞれ、結果として得られる細胞マスク、サブセット範囲マスク（またはこの特定の例では、腫瘍範囲マスク）、バイオマーカー１細胞マスク、およびバイオマーカー２細胞マスクである。図１８は、空間的近接スコアを計算するための、結果として得られるこれらのマスクの組み合わせをさらに図示する。これらの組み合わせを、図１７に図示されるコントローラ２００の組合せマスカーを参照しながら、下記に説明する。
コントローラ２００は、サブセット細胞マスカー２１８、非サブセット細胞マスカー２２０、および相互作用マスカー２３０など、組み合わせマスカーを含むことが示されている。サブセット細胞マスカーは、図１８のステップ１７５２に示されるようにＡｎｄ演算を実施して、（画像内のすべての細胞を代表する）細胞マスカー２１２の出力を、サブセット範囲マスカー２１６の出力と組み合わせる。したがって、サブセット細胞マスカーは、画像内のすべてのサブセット細胞のマスクを生成する。いくつかの実施形態では、サブセット細胞は腫瘍細胞である。この同じ組合せは、図１８のステップ１７５４に示されるような非サブセット細胞マスカー２２０によって実施されるＯｕｔ演算を用いて、試料画像内のすべての非サブセット細胞のマスクを生成する。いくつかの実施形態では、非サブセット細胞は非腫瘍細胞である。
別のマスクと組み合わせる前に、（第一のバイオマーカーマスカー２２２からの）第一のバイオマーカーマスクをディレータ２２６によって拡張する。第二のバイオマーカーを発現する細胞が第一のバイオマーカーを発現する細胞と相互作用するのに適切な近接内にあるるものとなる空間を特定するために、拡張されたマスクは、第一のバイオマーカーを発現するそれらの細胞を取り巻く範囲を表す。これは、図１８のステップ１７５６および１７５８によって表される。図１８のフローチャートは、二つのステップ１７５６および１７５８で行われる拡張を示す。これは、各ステップで最大反復に制限がある場合に必要とされることがある。例えば、（１０ピクセルの増加に対応して）最大１０回の繰り返しがありうるため、２０ピクセルの増加が必要である場合には、拡張を後続の二つのステップに分けなければならない。
第二のバイオマーカーマスカー２２４内では、図１８のステップ１７６０に示されるようにＡｎｄ演算を用いて、バイオマーカーマスクを上述の非サブセット細胞マスクと組み合わせて、第一のバイオマーカーについて陽性であるすべての非サブセット細胞のマスクを生成することがある。次いで、このマスクは、相互作用マスカー２３０で、ディレータ２２６からの拡張されたマスクと組み合わされて（ステップ１７６２）、相互作用マスクを生成する。相互作用マスクは、第二のバイオマーカーについて陽性でありかつ相互作用範囲内にもあるか、または拡張されたマスクと重複する、非サブセット細胞を特定した。次いで、これらの特定された細胞は、第一のバイオマーカーについて陽性である細胞と相互作用することができる細胞を表し、それゆえ結果として、さらに大きな治療応答を生じる。
空間的近接スコア（ＳＰＳ）を計算するために、相互作用マスクの面積は、範囲エバリュエータ２３２にてピクセルで決定される。いくつかの実施形態では、第二のバイオマーカーを発現し得るすべての細胞の面積は、範囲エバリュエータ２３４にてピクセルで決定される。第二のバイオマーカーを発現し得る細胞は、腫瘍細胞であっても非腫瘍細胞であってもよい。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、すべての細胞の面積は、範囲エバリュエータ２３４にてピクセルで決定される。相互作用または空間的近接のスコアは、相互作用カルキュレータ２３６で、範囲エバリュエータ２３２から得られた面積を範囲エバリュエータ２３４から得られた面積により除算し、所定の因子を乗算することによって、決定される。上述のように、一実施形態では、相互作用カルキュレータ２３６によって実行される式は、

であって、式中、ＡＩは、総相互作用範囲（第二の特異的バイオマーカーを発現し、かつ第一の特異的バイオマーカーを発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される細胞の総面積）であり、ＡＣは、第二の特異的バイオマーカーを発現する能力を有する細胞の総面積または視野にある全ての細胞の総面積である。
このＡｎｄプロシージャは、バイナリＡＮＤ演算の後にモデル化されるが、実に多くの点で異なる。Ａｎｄは、現在の画像とユーザが選択した結果とを受理する。出力とは、二つの入力画像由来のマッチングピクセルの正規化された強度の乗算を実施することによって作製される画像である。一部の場合では、画像強度データは、既に正規化されている。したがって、Ａｎｄプロシージャは、単なる二つの画像のピクセル毎の乗算である。Ｏｕｔに必要な二つの入力とは、現在の画像とユーザが選択した結果である。Ｏｕｔは、式Ａ＊（１−Ｂ／Ｂｍａｘ）に従って第二の画像形態をまず除去し、式中、Ａは現在の画像であり、Ｂは除去されるユーザ選択画像であり、ＢｍａｘはＢの最大強度である。ＢｍａｘによってＢを除算することにより、Ｂを正規化することに留意されたい。
腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することは、国際特許出願ＰＣＴ／ＵＳ２０１６／０５８２８１に開示されており、この出願は参照により本明細書にその全体が組み込まれる。
蛍光タグ
いくつかの実施形態では、蛍光シグナルは、四つの蛍光タグに由来し、タグのそれぞれは異なるバイオマーカーに特異的である。さらなる実施形態では、第一の蛍光タグは、目的の第一のバイオマーカーと関連付けられ、第二の蛍光タグは、目的の第二のバイオマーカーと関連付けられ、第三の蛍光タグは、目的の第三のバイオマーカーと関連付けられ、第四の蛍光タグは、目的の第四のバイオマーカーと関連付けられる。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、腫瘍および非腫瘍のマーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第二のバイオマーカーは、非腫瘍マーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第一のバイオマーカーは、腫瘍および非腫瘍のマーカーを含み、目的の第二のバイオマーカーは、非腫瘍マーカーを含む。いくつかの実施形態では、目的の第三のバイオマーカーは、すべての細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、目的の第四のバイオマーカーは、腫瘍細胞でのみ発現される。いくつかの実施形態では、目的の第三のバイオマーカーは、すべての細胞によって発現され、目的の第四のバイオマーカーは、腫瘍細胞でのみ発現される。いくつかの実施形態では、目的の第四のバイオマーカーは、サブセットバイオマーカーである。いくつかの実施形態では、目的の第三のバイオマーカーは、すべての細胞によって発現され、目的の第四のバイオマーカーは、サブセットバイオマーカーである。いくつかの実施形態では、一つまたは複数の蛍光タグは、特異的バイオマーカーに対する結合親和性を有する抗体または別の抗体にコンジュゲーションされたフルオロフォアを含む。いくつかの実施形態では、一つまたは複数の蛍光タグは、特異的バイオマーカーに対する親和性を有するフルオロフォアである。
フルオロフォアの例としては、以下に限定されないが、フルオレセイン、６−ＦＡＭ、ローダミン、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ Ｒｅｄ、ｉＦｌｕｏｒ５９４、テトラメチルローダミン、カルボキシローダミン、カルボキシローダミン６Ｆ、カルボキシロドール、カルボキシローダミン１１０、Ｃａｓｃａｄｅ Ｂｌｕｅ、Ｃａｓｃａｄｅ Ｙｅｌｌｏｗ、クマリン、Ｃｙ２（登録商標）、Ｃｙ３（登録商標）、Ｃｙ３．５（登録商標）、Ｃｙ５（登録商標）、Ｃｙ５．５（登録商標）、Ｃｙ７（登録商標）、Ｃｙ−Ｃｈｒｏｍｅ、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）３５０、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）４０５、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）４８８、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）５４９、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）５９４、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）６３３、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）６４９、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）６８０、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）７５０、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）８００、フィコエリスリン、ＰｅｒＣＰ（ペリジニンクロロフィル−ａタンパク質）、ＰｅｒＣＰ−Ｃｙ５．５、ＪＯＥ（６−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン）、ＮＥＤ、ＲＯＸ（５−（アンド−６−）−カルボキシ−Ｘ−ローダミン）、ＨＥＸ、Ｌｕｃｉｆｅｒ Ｙｅｌｌｏｗ、Ｍａｒｉｎａ Ｂｌｕｅ、Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ ４８８、Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ ５００、Ｏｒｅｇｏｎ Ｇｒｅｅｎ ５１４、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）３５０、Ａｌｅｘ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４３０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５３２、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５４６、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５６８、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６３３、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６４７、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６６０、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）６８０、７−アミノ−４−メチルクマリン−３−酢酸、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＦＬ、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＦＬ−Ｂｒ２、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）５３０／５５０、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）５５８／５６８、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）６３０／６５０、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）６５０／６６５、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）Ｒ６Ｇ、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＴＭＲ、ＢＯＤＩＰＹ（登録商標）ＴＲ、ＯＰＡＬ（商標）５２０、ＯＰＡＬ（商標）５４０、ＯＰＡＬ（商標）５７０、ＯＰＡＬ（商標）６２０、ＯＰＡＬ（商標）６５０、ＯＰＡＬ（商標）６９０、およびそれらの組合せが挙げられる。いくつかの実施形態では、フルオロフォアは、ＤＡＰＩ、Ｃｙ（登録商標）２、Ｃｙ（登録商標）３、Ｃｙ（登録商標）３、５、Ｃｙ（登録商標）５、Ｃｙ（登録商標）７、ＦＩＴＣ、ＴＲＩＴＣ、４８８染料、５５５染料、５９４染料、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ、およびクマリンからなる群から選択される。４８８染料の例としては、以下に限定されないが、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）４８８、ＯＰＡＬ（商標）５２０、ＤｙＬｉｇｈｔ（登録商標）４８８、およびＣＦ（商標）４８８Ａが挙げられる。５５５染料の例としては、以下に限定されないが、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５５５が挙げられる。５９４染料の例としては、以下に限定されないが、Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）５９４が挙げられる。
本明細書で使用される際に、「視野」とは、組織試料のスライド全体のデジタル画像の区画を指す。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、２〜２００の所定の視野を有する。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、１０〜２００の所定の視野を有する。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、３０〜２００の所定の視野を有する。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、１０〜１５０の所定の視野を有する。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、１０〜１００の所定の視野を有する。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、１０〜５０の所定の視野を有する。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、１０〜４０の所定の視野を有する。いくつかの実施形態では、スライド全体の画像は、増分を中に含む１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、または１００の所定の視野を有する。
本明細書に開示される方法では、がん患者は哺乳動物である。いくつかの実施形態では、この哺乳動物はヒトである。いくつかの実施形態では、この哺乳動物はヒトではない。さらなる実施形態では、この哺乳動物は、マウス、ラット、モルモット、イヌ、ネコ、またはウマである。
本明細書に開示される方法では、腫瘍組織は、がん患者から採取される。がんのタイプとしては、以下に限定されないが、以下のがん：循環器系、例えば、心臓［肉腫（血管肉腫、繊維肉腫、横紋筋肉腫、脂肪肉腫）、粘液腫、横紋筋腫、線維腫、脂肪腫および奇形腫］、縦隔および胸膜、ならびに他の胸腔内の器官、血管腫瘍、ならびに腫瘍関連血管組織、気道、例えば、鼻腔および中耳、副鼻腔、喉頭、気管、気管支および肺、例えば小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、気管支原性癌（扁平細胞、未分化小細胞、未分化大細胞、腺癌）、肺胞（細気管支）癌、気管支腺腫、肉腫、リンパ腫、軟骨腫様過誤腫、中皮腫、胃腸管系、例えば、食道（扁平細胞癌、腺癌、平滑筋肉腫、リンパ腫）、胃（癌、リンパ腫、平滑筋肉腫）、胃（ｇａｓｔｒｉｃ）、膵臓（管状腺癌、インスリノーマ、グルカゴン産生腫瘍、ガストリン産生腫瘍、カルチノイド腫瘍、ＶＩＰ産生腫瘍）、小腸（腺癌、リンパ腫、カルチノイド腫瘍、カポジ（Ｋａｒｐｏｓｉ）肉腫、平滑筋腫、血管腫、脂肪腫、神経線維腫、線維腫）、大腸（腺癌、管状腺腫、繊毛腺腫、過誤腫、平滑筋腫）、泌尿生殖器、例えば、腎臓［腺癌、ウィルムス（Ｗｉｌｍ’ｓ）腫瘍（腎芽腫）、リンパ腫、白血病］、膀胱および／または尿道（扁平細胞癌、移行上皮癌、腺癌）、前立腺（腺癌、肉腫）、精巣（精上皮腫、奇形腫、胚性癌、奇形癌、絨毛癌、肉腫、間質細胞癌、線維腫、線維腺腫、腺腫様腫瘍、脂肪腫）、肝臓、例えば、肝細胞腫（肝細胞癌）、肝管癌、肝芽腫、血管肉腫、肝細胞腺腫、血管腫、膵内分泌腫瘍（褐色細胞腫、インスリノーマ、血管作用性小腸ペプチド腫瘍、膵島細胞腫瘍およびグルカゴン産生腫瘍など）、骨、例えば、骨原性肉腫（骨肉腫）、線維肉腫、悪性線維性組織球腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性リンパ腫（細網細胞肉腫）、多発性骨髄腫、悪性巨細胞腫瘍脊索腫、骨軟骨腫（ｏｓｔｅｏｃｈｒｏｎｆｒｏｍａ）（骨軟骨性外骨腫）、良性軟骨腫、軟骨芽細胞腫、軟骨粘液性線維腫、類骨腫および巨細胞腫瘍、神経系、例えば、中枢神経系（ＣＮＳ）の新生物、原発性ＣＮＳリンパ腫、頭蓋骨がん（骨腫、血管腫、肉芽腫、黄色腫、変形性骨炎）、髄膜（髄膜腫、髄膜肉腫、神経膠腫症）、脳がん［星状細胞腫、髄芽腫、神経膠腫、上衣腫、胚細胞腫（松果体腫）、多形性神経膠芽腫、乏突起神経膠腫、シュワン腫、網膜芽細胞腫、先天性腫瘍］、脊髄神経線維腫、髄膜腫、神経膠腫、肉腫］、生殖器系、例えば、婦人科、子宮（子宮内膜癌）、子宮頸部（子宮頚癌、前腫瘍子宮頚部異形成）、卵巣［卵巣癌（漿液性嚢胞腺癌、粘液性嚢胞腺癌、未分類癌）、顆粒膜卵胞膜細胞腫瘍、セルトリ・ライディッヒ細胞腫瘍、未分化胚細胞腫、悪性奇形腫］、外陰部（扁平細胞癌、上皮内癌、腺癌、線維肉腫、黒色腫）、膣［明細胞癌、扁平細胞癌、ブドウ状肉腫（胎児型横紋筋肉腫）］、ファロピウス管（癌）、および女性生殖器官に関連する他の部位、胎盤、陰茎、前立腺、精巣、および男性生殖器官に関連する他の部位、血液系、例えば、血液［骨髄性白血病（急性および慢性）、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病、骨髄増殖性疾患、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群］、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫（悪性リンパ腫）、口腔、例えば、唇、舌、歯肉、口腔底、口蓋、ならびに他の口の部分、耳下腺、ならびに他の唾液腺の部分、扁桃腺、中咽頭、上咽頭、梨状陥凹、下咽頭、ならびに他の唇の部位、口腔および咽頭、皮膚、例えば、悪性黒色腫、皮膚黒色腫、基底細胞癌、扁平細胞癌、カポジ肉腫、黒子異形成母斑、脂肪腫、血管腫、皮膚線維腫、およびケロイド、副腎：神経芽細胞腫、ならびに結合組織および柔組織を含めた他の組織、後腹膜および腹膜、眼、眼球内黒色腫、ならびに付属器、乳房、頭部および／または頸部、肛門領域、甲状腺、副甲状腺、副腎および他の内分泌腺および関連構造、リンパ節の続発性および不特定の悪性新生物、呼吸器系および消化系の続発性悪性新生物、ならびに他の部位の続発性悪性新生物、またはそれらのうち一つまたは複数の組合せが挙げられる。いくつかの実施形態では、腫瘍組織は、黒色腫がん患者から採取される。いくつかの実施形態では、腫瘍組織は、肺がん患者から採取される。いくつかの実施形態では、腫瘍組織は、非小細胞肺がん患者から採取される。
免疫療法の例としては、以下に限定されないが、モノクローナル抗体（例えば、アレムツズマブまたはトラスツズマブ）、コンジュゲートモノクローナル抗体（例えば、イブリツモマブ・チウキセタン、ブレンツキシマブ・ベルドチン、またはアドトラスツズマブ・エムタンシン）、二重特異性モノクローナル抗体（ブリナツモマブ）、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、イピリムマブ、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、アテゾリズマブ、またはデュルバルマブ）、サリドマイド、レナリドミド、ポマリドミド、およびイミキモド、ならびにその組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−１治療を含むか、それらから本質的になるかまたはなる。抗ＰＤ−１治療の非限定的な例としては、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、およびそれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫療法は、抗ＰＤ−Ｌ１治療を含むか、それらから本質的になるかまたははなる。抗ＰＤ−Ｌ１治療の非限定的な例としては、アテゾリズマブ、デュルバルマブ、およびそれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＩＤＯ−１阻害治療を含むか、それから本質的になるかまたははなる。ＩＤＯ−１阻害治療の非限定的な例としては、インドキシモド、ＩＮＣＢ０２４３６０、ＮＬＧ９１９、およびそれらの組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫療法は、免疫チェックポイント療法にインドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ−１）阻害剤（例えば、（インドキシモド、ＩＮＣＢ０２４３６０、ＮＬＧ９１９）、またはアルギナーゼ−１阻害剤（例えば、ｃｂ−１１５８）を足し合わせて含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、化学療法と併せて投与される。いくつかの実施形態では、化学療法は、アジュバント設定において行われる。化学療法またはアジュバント化学療法の例としては、以下に限定されないが、シスプラチン、エトポシド、アリムタ、カルボプラチン、パクリタキセル、ペメトレキセド、タキソテール、ドセタキセル、ゲムシタビン、ナベルビン、タキソール、アバスチン、ベバシズマブ、ビノレルビン、ビンブラスチン、およびこれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、抗血管新生剤から選択される薬剤（例えば、腫瘍が新しい血管を発達させるのを止める薬剤）を含む。抗血管新生剤の例としては、ＶＥＧＦ阻害剤、ＶＥＧＦＲ阻害剤、ＴＩＥ−２阻害剤、ＰＤＧＦＲ阻害剤、アンジオポエチン阻害剤、ＰＫＣベータ阻害剤、ＣＯＸ−２（シクロオキシゲナーゼＩＩ）阻害剤、インテグリン（アルファ−ｖ／ベータ−３）、ＭＭＰ−２（マトリックスメタロプロテアーゼ２）阻害剤、およびＭＭＰ−９（マトリックスメタロプロテアーゼ９）阻害剤が挙げられる。好適な抗血管新生剤としては、スニチニブ［スーテント（登録商標）］、ベバシズマブ［アバスチン（登録商標）］、アキシチニブ（ＡＧ １３７３６）、ＳＵ １４８１３（Ｐｆｉｚｅｒ）、およびＡＧ １３９５８（Ｐｆｉｚｅｒ）が挙げられる。
追加の抗血管新生剤としては、バタラニブ（ＣＧＰ ７９７８７）、ソラフェニブ（ネクサバール（登録商標））、ペガプタニブ８ナトリウム（マクジェン（登録商標））、バンデタニブ（ザクティマ（登録商標））、ＰＦ−０３３７２１０（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＳＵ １４８４３（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＡＺＤ ２１７１（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ラニビズマブ（ルセンティス（登録商標））、ネオバスタット（登録商標）（ＡＥ ９４１）、テトラチオモリブデン酸塩（コプレクサ（登録商標））、ＡＭＧ ７０６（Ａｍｇｅｎ）、ＶＥＧＦ Ｔｒａｐ （ＡＶＥ ０００５）、ＣＥＰ ７０５５（Ｓａｎｏｆｉ−Ａｖｅｎｔｉｓ）、ＸＬ ８８０（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）、テラチニブ（ＢＡＹ ５７−９３５２）、およびＣＰ−８６８，５９６（ファイザー）が挙げられる。
他の抗血管新生剤としては、エンザスタウリン（ＬＹ ３１７６１５）、ミドスタウリン（ＣＧＰ ４１２５１）、ペリホシン（ＫＲＸ ０４０１）、テプレノン（セルベックス（登録商標））、およびＵＣＮ ０１（協和発酵）が挙げられる。
本明細書に記載されるように使用できる抗血管新生剤の他の例としては、セレコキシブ（セレブレックス（登録商標））、パレコキシブ（ダイナスタット（登録商標））、デラコキシブ（ＳＣ ５９０４６）、ルミラコキシブ（Ｐｒｅｉｇｅ（登録商標））、バルデコキシブ（ベクストラ（登録商標））、ロフェコキシブ（バイオックス（登録商標））、イグラチモド（カレラム（登録商標））、ＩＰ ７５１（Ｉｎｖｅｄｕｓ）、ＳＣ−５８１２５（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、およびエトリコキシブ（アルコキシア（登録商標））が挙げられる。
他の抗血管新生剤としては、エクシスリンド（アプトシン（登録商標））、サルサレート（アミジェシック（登録商標））、ジフルニサル（ドロビッド（登録商標））、イブプロフェン（モートリン（登録商標））、ケトプロフェン（オルディス（登録商標））、ナブメトン（レラフェン（登録商標））、ピロキシカム（フェルデン（登録商標））、ナプロキセン（アリーブ（登録商標）、ナプロシン（登録商標））、ジクロフェナク（ボルタレン（登録商標））、インドメタシン（インドシン（登録商標））、スリンダク（クリノリル（登録商標））、トルメチン（トレクチン（登録商標））、エトドラク（ロジン（登録商標））、ケトロラク（トラドール（登録商標））、およびオキサプロジン（デイプロ（登録商標））が挙げられる。
他の抗血管新生剤としては、ＡＢＴ ５１０（Ａｂｂｏｔｔ）、アプラタスタット（ＴＭＩ ００５）、ＡＺＤ ８９５５（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、インシクリニド（メタスタット（登録商標））、およびＰＣＫ ３１４５（Ｐｒｏｃｙｏｎ）が挙げられる。
他の抗血管新生剤としては、アシトレチン（ネオチガソン（登録商標））、プリチデプシン（アプリジン（登録商標））、シレンジタイド（ＥＭＤ １２１９７４）、コンブレタスタチンＡ４（ＣＡ４Ｐ）、フェンレチニド（４ ＨＰＲ）、ハロフジノン（テンポスタチン（登録商標））、パンゼム（登録商標）（２−メトキシエストラジオール）、ＰＦ−０３４４６９６２（Ｐｆｉｚｅｒ）、レビマスタット（ＢＭＳ ２７５２９１）、カツマキソマブ（レモバブ（登録商標））、レナリドミド（レブリミド（登録商標））、スクアラミン（ＥＶＩＺＯＮ（登録商標））、サリドマイド（サロミド（登録商標））、ウクライン（登録商標）（ＮＳＣ ６３１５７０）、ビタキシン（登録商標）（ＭＥＤＩ ５２２）、およびゾレドロン酸（ゾメタ（登録商標））が挙げられる。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、いわゆるシグナル伝達阻害剤（例えば、、細胞内で伝達された細胞の増殖、分化、および生存の基本的なプロセスを制御する調節分子をそれによって阻害する手段）を含む。シグナル伝達阻害剤としては、低分子、抗体、およびアンチセンス分子が挙げられる。シグナル伝達阻害剤としては、例えば、キナーゼ阻害剤（例えば、チロシンキナーゼ阻害剤またはセリン／スレオニンキナーゼ阻害剤）および細胞周期阻害剤が挙げられる。さらに具体的にシグナル伝達阻害剤としては、例えば、ＡＬＫ阻害剤、ＲＯＳ１阻害剤、ＴｒＫＡ阻害剤、ＴｒＫＢ阻害剤、ＴｒＫＣ阻害剤、ファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ 阻害剤、ＥＧＦ阻害剤、ＥｒｂＢ−１（ＥＧＦＲ）、ＥｒｂＢ−２、ｐａｎ ｅｒｂ、ＩＧＦ１Ｒ阻害剤、ＭＥＫ、ｃ−Ｋｉｔ阻害剤、ＦＬＴ−３阻害剤、Ｋ−Ｒａｓ阻害剤、ＰＩ３キナーゼ阻害剤、ＪＡＫ阻害剤、ＳＴＡＴ阻害剤、Ｒａｆキナーゼ阻害剤、Ａｋｔ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤、Ｐ７０Ｓ６キナーゼ阻害剤、ＷＮＴ経路の阻害剤、およびいわゆる多標的型キナーゼ阻害剤が挙げられる。
好適なシグナル伝達阻害剤としては、ゲフィチニブ（イレッサ（登録商標））、セツキシマブ（アービタックス（登録商標））、エルロチニブ（タルセバ（登録商標））、トラスツズマブ（ハーセプチン（登録商標））、スニチニブ（スーテント（登録商標））イマチニブ（グリベック（登録商標））、およびＰＤ３２５９０１（Ｐｆｉｚｅｒ）が挙げられる。
本明細書に記載される方法に従って使用されうるシグナル伝達阻害剤の追加例としては、ＢＭＳ ２１４６６２（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ］、ロナファーニブ（Ｓａｒａｓａｒ（登録商標））、ペリトレキソール（ＡＧ ２０３７）、マツズマブ（ＥＭＤ ７２００）、ニモツズマブ（ＴｈｅｒａＣＩＭ ｈ−Ｒ３（登録商標））、パニツムマブ（ベクティビックス（登録商標））、バンデタニブ（ザクティマ（登録商標））、パゾパニブ（ＳＢ ７８６０３４）、ＡＬＴ １１０（Ａｌｔｅｒｉｓ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ＢＩＢＷ ２９９２（Ｂｏｅｈｒｉｎｇｅｒ Ｉｎｇｅｌｈｅｉｍ）、およびＣｅｒｖｅｎｅ（登録商標）（ＴＰ ３８）が挙げられる。
シグナル伝達阻害剤の他の例としては、ＰＦ−２３４１０６６（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＰＦ−２９９８０４（Ｐｆｉｚｅｒ）、カネルチニブ（ＣＩ １０３３）、ペルツズマブ（オムニターグ（登録商標））、ラパチニブ（タイケルブ（登録商標））、ペリチニブ（ＥＫＢ ５６９）、ミルテホシン（ミルテホシン（登録商標））、ＢＭＳ ５９９６２６（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ラプロイセル−Ｔ（Ｎｅｕｖｅｎｇｅ（登録商標））、ＮｅｕＶａｘ（登録商標）（Ｅ７５がんワクチン）、オシデム（登録商標）（ＩＤＭ １）、ムブリチニブ（ＴＡＫ−１６５）、ＣＰ−７２４、７１４（Ｐｆｉｚｅｒ）、パニツムマブ（ベクティビックス（登録商標））、ラパチニブ（タイケルブ（登録商標））、ＰＦ−２９９８０４（Ｐｆｉｚｅｒ）、ペリチニブ（ＥＫＢ ５６９）、およびペルツズマブ（オムニターグ（登録商標））が挙げられる。
シグナル伝達阻害剤の他の例としては、ＡＲＲＹ １４２８８６（Ａｒｒａｙ Ｂｉｏｐｈａｒｍ）、エベロリムス（サーティカン（登録商標））、ゾタロリムス（エンデバー（登録商標））、テムシロリムス（トーリセル（登録商標））、ＡＰ ２３５７３（ＡＲＩＡＤ）、およびＶＸ ６８０（Ｖｅｒｔｅｘ）が挙げられる。
さらに、他のシグナル伝達阻害剤としては、ＸＬ ６４７（Ｅｘｅｌｉｘｉｓ）、ソラフェニブ（ネクサバール（登録商標））、ＬＥ−ＡＯＮ（ジョージタウン大学）、およびＧＩ−４０００（ＧｌｏｂｅＩｍｍｕｎｅ）が挙げられる。
他のシグナル伝達阻害剤としては、ＡＢＴ ７５１（Ａｂｂｏｔｔ）、アルボシジブ（フラボピリドール）、ＢＭＳ ３８７０３２（Ｂｒｉｓｔｏｌ Ｍｙｅｒｓ）、ＥＭ １４２１（Ｅｒｉｍｏｓ）、インジスラム（ｉｎｄｉｓｕｌａｍ）（Ｅ ７０７０）、セリシクリブ（ＣＹＣ ２００）、ＢＩＯ １１２（Ｏｎｅ Ｂｉｏ）、ＢＭＳ ３８７０３２（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ＰＤ ０３３２９９１（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＡＧ ０２４３２２（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＬＯＸＯ−１０１（Ｌｏｘｏ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ）、クリゾチニブ、およびセリチニブが挙げられる。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法は、古典的な抗新生物剤を含む。古典的な抗新生物剤としては、以下に限定されないが、例えばホルモン性の、抗ホルモン性の、アンドロゲンアゴニスト、アンドロゲンアンタゴニスト、および抗エストロゲン治療剤などのホルモン調節剤、ヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）阻害剤、遺伝子サイレンシング剤または遺伝子活性化剤、リボヌクレアーゼ、プロテオソミクス、トポイソメラーゼＩ阻害剤、カンプトテシン誘導体、トポイソメラーゼＩＩ阻害剤、アルキル化剤、抗代謝剤、ポリ（ＡＤＰ−リボース）ポリメラーゼ−１（ＰＡＲＰ−１）阻害剤、微小管阻害剤、抗生剤、植物由来紡錘体阻害剤、白金配位化合物、遺伝子治療剤、アンチセンスオリゴヌクレオチド、血管標的剤（ＶＴＡ）、およびスタチンが挙げられる。
本明細書に開示される方法に従って使用されうる古典的な抗新生物剤の例としては、以下に限定されないが、デキサメタゾン、プレドニゾン、プレドニゾロン、メチルプレドニゾロン、ヒドロコルチゾンなどのグルココルチコイド、およびメドロキシプロゲステロン、メゲストロール酢酸（メゲース）などのプロゲスチン、ミフェプリストン（ＲＵ−４８６）、選択的エストロゲン受容体調節剤（ＳＥＲＭ、例えばタモキシフェン、ラロキシフェン、ラソフォキシフェン、アフィモキシフェン、アルゾキシフェン、バゼドキシフェン、フィスペミフェン、オルメロキシフェン、オスペミフェン、テスミリフェン、トレミフェン、トリロスタン、およびＣＨＦ ４２２７（Ｃｈｅｉｓｉ）など）、選択的エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＳＥＲＤ、例えばフルベストラントなど）、エキセメスタン（アロマシン）、アナストロゾール（アリミデックス）、アタメスタン、ファドロゾール、レトロゾール（フェマーラ）、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ、黄体形成ホルモン放出ホルモン（ＬＨＲＨ）とも通常よばれる）アゴニスト、例えばブセレリン（スプレファクト）、ゴセレリン（ゾラデックス）、リュープロレリン（リュープロン）、およびトリプトレリン（トレルスター）、アバレリクス（プレナクシス）、ビカルタミド（カソデックス）、シプロテロン、フルタミド（エウレキシン）、メゲストロール、ニルタミド（ニランドロン）、およびオサテロン、デュタステリド、エプリステリド、フィナステリド、ノコギリヤシ（Ｓｅｒｅｎｏａ ｒｅｐｅｎｓ）、ＰＨＬ ００８０１、アバレリクス、ゴセレリン、リュープロレリン、トリプトレリン、ビカルタミド、タモキシフェン、エキセメスタン、アナストロゾール、ファドロゾール、フォルメスタン、レトロゾール、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
本明細書に開示される方法に従って使用されうる古典的な抗新生物剤の他の例としては、以下に限定されないが、ヒドロキサミン酸サブエロイルアニリド（ＳＡＨＡ、Ｍｅｒｃｋ Ｉｎｃ．／Ａｔｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、デプシペプチド（ＦＲ９０１２２８またはＦＫ２２８）、Ｇ２Ｍ−７７７、ＭＳ−２７５、ピバロイルオキシメチル酪酸およびＰＸＤ−１０１、オンコナーゼ（ランピルナーゼ）、ＰＳ−３４１（ＭＬＮ−３４１）、ベルケイド（ボルテゾミブ）、９−アミノカンプトテシン、ベロテカン、ＢＮ−８０９１５（Ｒｏｃｈｅ）、カンプトテシン、ジフロモテカン、エドテカリン、エキサテカン（第一）、ジャイマテカン、１０−ヒドロキシカンプトテシン、イリノテカンＨＣｌ（カンプトサール）、ラルトテカン、オラテシン（ルビテカン、Ｓｕｐｅｒｇｅｎ）、ＳＮ−３８、トポテカン、カンプトテシン、１０−ヒドロキシカンプトテシン、９−アミノカンプトテシン、イリノテカン、ＳＮ−３８、エドテカリン、トポテカン、アクラルビシン、アドリアマイシン、アモナフィド、アムルビシン、アンナマイシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エルサミトルシン、エピルビシン、エトポシド、イダルビシン、ガラルビシン、ヒドロキシカルバミド、ネモルビシン、ノバントロン（ミトキサントロン）、ピラルビシン、ピクサントロン、プロカルバジン、レベッカマイシン、ソブゾキサン、タフルポシド、バルルビシン、ジネカルド（デクスラゾキサン）、ナイトロジェンマスタードＮ−オキシド、シクロホスファミド、ＡＭＤ−４７３、アルトレタミン、ＡＰ−５２８０、アパジコン、ブロスタリシン、ベンダムスチン、ブスルファン、カルボコン、カルムスチン、クロラムブシル、ダカルバジン、エストラムスチン、フォテムスチン、グルフォスファミド、イホスファミド、ＫＷ−２１７０、ロムスタチン、マホスファミド、メクロレタミン、メルファラン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ミトマイシンＣ、ミトキサトロン、ニムスチン、ラニムスチン、テモゾロミド、チオテパ、および白金配位アルキル化化合物、例えば、シスプラチン、パラプラチン（カルボプラチン）、エプタプラチン、ロバプラチン、ネダプラチン、エロキサチン（オキサリプラチン、Ｓａｎｏｆｉ）、ストレプトゾシン、サトルプラチン（ｓａｔｒｐｌａｔｉｎ）、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
いくつかの実施形態では、アジュバント化学療法としては、ジヒドロ葉酸還元酵素阻害剤（例えばメトトレキセートおよびニュートレキシン（グルクロン酸トリメトレセート））、プリンアンタゴニスト（例えば６−メルカプトプリンリボシド、メルカプトプリン、６−チオグアニン、クラドリビン、クロファラビン（クロラール）、フルダラビン、ネララビン、およびラルチトレキセド）、ピリミジンアンタゴニスト（例えば、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、アリムタ（プレメトレキセド二ナトリウム、ＬＹ２３１５１４、ＭＴＡ）、カペシタビン（ゼローダ（登録商標））、シトシンアラビノシド、ジェムザール（登録商標）（ゲムシタビン、Ｅｌｉ Ｌｉｌｌｙ）、テガフール（ＵＦＴオーゼルまたはＵｆｏｒａｌ、ならびにテガフール、ギメスタットおよびオトスタットのＴＳ−１組合せを含む）、ドキシフルリジン、カルモフール、シタラビン（オクホスファート、リン酸ステアリン酸、徐放形態およびリポソーム形態を含む）、エノシタビン、５−アザシチジン（ビダーザ）、デシタビン、およびエチニルシチジン）、ならびに他の抗代謝剤、例えばエフロルニチン、ヒドロキシウレア、ロイコボリン、ノラトレキシド（Ｔｈｙｍｉｔａｑ）、トリアピン、トリメトレキサート、Ｎ−（５−［Ｎ−（３，４−ジヒドロ−２−メチル−４−オキソキナゾリン−６−イルメチル）−Ｎ−メチルアミノ］−２−テノイル）−Ｌ−グルタミン酸、ＡＧ−０１４６９９（Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）、ＡＢＴ−４７２（Ａｂｂｏｔｔ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）、ＩＮＯ−１００１（Ｉｎｏｔｅｋ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、ＫＵ−０６８７（ＫｕＤＯＳ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、およびＧＰＩ １８１８０（Ｇｕｉｌｆｏｒｄ Ｐｈａｒｍ Ｉｎｃ）、ならびにそれらの組み合わせが挙げられる。
本明細書に開示される方法に従って使用される古典的な抗新生物剤の他の例としては、以下に限定されないが、アブラキサン（Ａｂｒａｘｉｓ ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ、Ｉｎｃ．）、バタブリン（Ａｍｇｅｎ）、ＥＰＯ ９０６（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ビンフルニン（Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ）、アクチノマイシンＤ、ブレオマイシン、ミトマイシンＣ、ネオカルジノスタチン（ジノスタチン）、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン（ナベルビン）、ドセタキセル（タキソテール）、オルタタキセル、パクリタキセル（タキソプレキシン、ＤＨＡ／パクリタキセル複合体を含む）、シスプラチン、カルボプラチン、ネダプラチン、オキサリプラチン（エロキサチン）、サトラプラチン、カンプトサール、カペシタビン（ゼローダ）、オキサリプラチン（エロキサチン）、タキソテレ アリトレチノイン、カンホスファミド（Ｔｅｌｃｙｔａ（登録商標））、ＤＭＸＡＡ（Ａｎｔｉｓｏｍａ）、イバンドロン酸、Ｌ−アスパラギナーゼ、ペグアスパラガーゼ（オンカスパール（登録商標））、エファプロキシラル（Ｅｆａｐｒｏｘｙｎ（登録商標）−−放射線療法））、ベキサロテン（タルグレチン（登録商標））、テスミリフェン（ＤＰＰＥ−−細胞毒性の効果を増強））、テラトープ（登録商標）（Ｂｉｏｍｉｒａ）、トレチノイン（ベサノイド（登録商標））、チラパザミン（トリザオン（登録商標））、モテキサフィンガドリニウム（Ｘｃｙｔｒｉｎ（登録商標））Ｃｏｔａｒａ（登録商標）（ｍＡｂ）、およびＮＢＩ−３００１（Ｐｒｏｔｏｘ Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、ポリグルタミン酸−パクリタキセル（Ｘｙｏｔａｘ（登録商標））、ならびにそれらの組み合わせが挙げられる。
本明細書に開示される方法に従って使用されうる古典的な抗新生物剤のさらに別の例としては、以下に限定されないが、アドベキシン（ＩＮＧ ２０１）、ＴＮＦｅｒａｄｅ（ＧｅｎｅＶｅｃ、放射線療法に応答してＴＮＦアルファを発現させる一種または複数の化合物）、ＲＢ９４（ベイラー医科大学）、ジェナセンス（オブリメルセン、Ｇｅｎｔａ）、コンブレタスタチンＡ４Ｐ（ＣＡ４Ｐ）、Ｏｘｉ−４５０３、ＡＶＥ−８０６２、ＺＤ−６１２６、ＴＺＴ−１０２７、アトルバスタチン（リピトール、Ｐｆｉｚｅｒ Ｉｎｃ．）、プロバスタチン（プラバコール、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ）、ロバスタチン（メバコール、Ｍｅｒｃｋ Ｉｎｃ．）、シンバスタチン（ゾコール、Ｍｅｒｃｋ Ｉｎｃ．）、フルバスタチン（レスコール、Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、セリバスタチン（ベイコール、Ｂａｙｅｒ）、ロスバスタチン（クレストール、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ）、ロボスタチン、ナイアシン（アドビコール、Ｋｏｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）、カデュエット、リピトール、トルセトラピブ、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
そのような治療を必要とする対象における乳がん治療のためのアジュバント化学療法とは、トラスツズマブ、タモキシフェン、ドセタキセル、パクリタキセル、カペシタビン、ゲムシタビン、ビノレルビン、エキセメスタン、レトロゾール、およびアナストロゾールからなる群から選択される一種または複数（好ましくは一種から三種）の抗がん剤を含みうる。
そのような治療を必要とする対象における大腸がんの治療のためのアジュバント化学療法は、一種または複数（好ましくは一種から三種）の抗がん剤を含みうる。特定の抗がん剤の例としては、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）またはカペシタビン（ゼローダ）、ロイコボリンおよびオキサリプラチン（エロキサチン）の組み合わせであるＦＯＬＦＯＸなど、アジュバント化学療法において典型的に用いられるものが挙げられる。具体的な抗がん剤のさらに別の例としては、ＦＯＬＦＯＸ、またはベバシズマブ（アバスチン）と組み合わされたＦＯＬＦＯＸ、および５−ＦＵまたはカペシタビン、ロイコボリンおよびイリノテカン（カンプトサール）の組み合わせであるＦＯＬＦＩＲＩなど、転移性疾患に対する化学療法において典型的に用いられるものが挙げられる。さらなる例としては、１７−ＤＭＡＧ、ＡＢＸ−ＥＦＲ、ＡＭＧ−７０６、ＡＭＴ−２００３、ＡＮＸ−５１０（ＣｏＦａｃｔｏｒ）、アプリジン（プリチデプシン、Ａｐｌｉｄｉｎ）、アロプラチン、アキシチニブ（ＡＧ−１３７３６）、ＡＺＤ−０５３０、ＡＺＤ−２１７１、カルメット・ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、ベバシズマブ（アバスチン）、ＢＩＯ−１１７、ＢＩＯ−１４５、ＢＭＳ−１８４４７６、ＢＭＳ−２７５１８３、ＢＭＳ−５２８６６４、ボルテゾミブ（ベルケイド）、Ｃ−１３１１（Ｓｙｍａｄｅｘ）、カンツズマブメルタンシン、カペシタビン（ゼローダ、セツキシマブ（アービタックス）、クロファラビン（クロファレックス）、ＣＭＤ−１９３、コンブレタスタチン、コタラ、ＣＴ−２１０６、ＣＶ−２４７、デシタビン（ダコジェン）、Ｅ−７０７０、Ｅ−７８２０、エドテカリン、ＥＭＤ−２７３０６６、エンザスタウリン（ＬＹ−３１７６１５）エポチロンＢ（ＥＰＯ−９０６）、エルロチニブ（タルセバ）、フラボピリドール、ＧＣＡＮ−１０１、ゲフィチニブ（イレッサ）、ｈｕＡ３３、ｈｕＣ２４２−ＤＭ４、イマチニブ（グリベック）、インジスラム、ＩＮＧ−１、イリノテカン（ＣＰＴ−１１、カンプトサール）ＩＳＩＳ ２５０３、イキサベピロン、ラパチニブ（タイケルブ）、マパツムマブ（ＨＧＳ−ＥＴＲ１）、ＭＢＴ−０２０６、ＭＥＤＩ−５２２（アブレグリン）、ミトマイシン、ＭＫ−０４５７（ＶＸ−６８０）、ＭＬＮ−８０５４、ＮＢ−１０１１、ＮＧＲ−ＴＮＦ、ＮＶ−１０２０、オブリメルセン（ジェナセンス、Ｇ３１３９）、オンコバックス、ＯＮＹＸ ０１５（ＣＩ−１０４２）、オキサリプラチン（エロキサチン）、パニツムマブ（ＡＢＸ−ＥＧＦ、ベクティビックス）、ペリチニブ（ＥＫＢ−５６９）、ペメトレキセド（アリムタ）、ＰＤ−３２５９０１、ＰＦ−０３３７２１０、ＰＦ−２３４１０６６、ＲＡＤ−００１（エベロリムス）、ＲＡＶ−１２、レスベラトロール、レキシン−Ｇ、Ｓ−１（ＴＳ−１）、セリシクリブ、ＳＮ−３８リポソーム、スチボグルコン酸ナトリウム（ＳＳＧ）、ソラフェニブ（ネクサバール）、ＳＵ−１４８１３、スニチニブ（スーテント）、テムシロリムス（ＣＣＩ ７７９）、テトラチオモリブデータ、サロミド、ＴＬＫ−２８６（テルサイタ）、トポテカン（ハイカムチン）、トラベクテジン（ヨンデリス）、バタラニブ（ＰＴＫ−７８７）、ボリノスタット（ＳＡＨＡ、Ｚｏｌｉｎｚａ）、ＷＸ−ＵＫ１、およびＺＹＣ３００が挙げられ、その場合、抗がん剤の量は、大腸がんの治療に有効である。
そのような治療を必要とする対象における腎細胞癌の治療のためのアジュバント化学療法は、カペシタビン（ゼローダ）、インターフェロンアルファ、インターロイキン−２、ベバシズマブ（アバスチン）、ゲムシタビン（ジェムザール）、サリドマイド、セツキシマブ（アービタックス）、バタラニブ（ＰＴＫ−７８７）、スーテント、ＡＧ−１３７３６、ＳＵ−１１２４８、タルセバ、イレッサ、ラパチニブ、およびグリベックからなる群から選択される一種または複数（好ましくは一種から三種）の抗がん剤を含みうるが、その場合、抗がん剤の量は、腎細胞癌の治療に有効である。
そのような治療を必要とする対象における黒色腫の治療のためのアジュバント化学療法は、インターフェロンアルファ、インターロイキン−２、テモゾロミド（テモダール）、ドセタキセル（タキソテール）、パクリタキセル、ダカルバジン（ＤＴＩＣ）、カルムスチン（ＢＣＮＵとしても知られる）、シスプラチン、ビンブラスチン、タモキシフェン、ＰＤ−３２５、９０１、アキシチニブ、ベバシズマブ（アバスチン）、サリドマイド、ソラファニブ、バタラニブ（ＰＴＫ−７８７）、スーテント、ＣｐＧ−７９０９、ＡＧ−１３７３６、イレッサ、ラパチニブ、およびグリベックからなる群から選択される一種または複数（好ましくは一種から三種）の抗がん剤を含みうるが、その場合、抗がん剤の量は、黒色腫の治療に有効である。
そのような治療を必要とする対象における肺がんの治療のためのアジュバント化学療法は、カペシタビン（ゼローダ）、ベバシズマブ（アバスチン）、ゲムシタビン（ジェムザール）、ドセタキセル（タキソテール）、パクリタキセル、プレメトレキセド二ナトリウム（アリムタ）、タルセバ、イレッサ、ビノレルビン、イリノテカン、エトポシド、ビンブラスチン、およびパラプラチン（カルボプラチン）からなる群から選択される一種または複数（好ましくは一種から三種）の抗がん剤を含みうるが、その場合、剤の量は、肺がんの治療に有効である。
そのような治療を必要とする対象における腎細胞癌の治療のためのアジュバント化学療法は、５−フルオロウラシル、ビスモデギブ、ソニデギブ、およびイミキモドから選択される一種または複数の追加的な医薬品または医薬剤を含みうる。いくつかの実施形態では、追加的な医薬または医薬剤は、５−フルオロウラシルである。いくつかの実施形態では、追加的な医薬または医薬剤の一つは、ビスモデギブである。いくつかの実施形態では、追加的な医薬または医薬剤の一つは、ソニデギブである。いくつかの実施形態では、追加的な医薬または医薬剤の一つは、イミキモドである。
実施例１．ヒト患者由来の黒色腫組織試料についての試料の調製、撮像、および撮像の解析
試料の調製。 ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織試料を脱脂した。次いで、スライドを、キシレンからアルコールまでの一連の洗浄により再水和した後、蒸留水中でインキュベーションした。次いで、昇圧及び昇温条件を用いて熱誘導による抗原回復を行い、放冷し、トリス緩衝生理食塩水に移した。次いで、染色を行い、その際に以下のステップを実施した。まず、非特異的抗体染色を減少させるために、内因性ペルオキシダーゼを遮断した後、タンパク質ブロッキング溶液とのインキュベーションを行った。次に、スライドをマウス抗ＰＤ−１一次抗体で染色した。次いで、スライドを洗浄した後、抗マウスＨＲＰ二次抗体と共にインキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、ＴＳＡ＋Ｃｙ（登録商標）３．５（パーキンエルマー）を用いてＰＤ−１染色を検出した。次いで、５０ｍＭの過酸化水素を含む新鮮な１００ｍＭのベンズヒドラジドで二回洗浄することによって、任意の残留ＨＲＰをクエンチした。スライドを再び洗浄した後、ウサギ抗ＰＤ−Ｌ１一次抗体で染色した。スライドを洗浄し、次いで、抗ウサギＨＲＰ二次抗体のカクテルに加えて、４８８染料により直接的に標識されたマウス抗Ｓ１００および４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）と共に、インキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、ＴＳＡ−Ｃｙ（登録商標）５（パーキンエルマー）を用いてＰＤ−Ｌ１染色を検出した。スライドを最後にもう一度洗浄した後、封入剤と共にカバースリップで覆い、室温で一晩乾燥させた。図１に抗体および検出試薬の概要を示す。
試料の撮像および分析。 次いで、Ｖｅｃｔｒａ ２インテリジェントスライド解析システムを使用し、Ｖｅｃｔｒａ ソフトウェアバージョン２．０．８（パーキンエルマー）を使用して、蛍光画像を取得した。まず、ＤＡＰＩを使用した倍率４ｘでのスライドのモノクロ撮像を実施した。組織を含有するスライドの範囲を特定するために、自動アルゴリズム（ｉｎＦｏｒｍを用いて開発）を使用した。
組織を含むスライドの範囲を、ＤＡＰＩ（青）、ＦＩＴＣ（緑）、およびＣｙ（登録商標）５（赤色）と関連付けられたチャネルについて倍率４ｘで撮像して、ＲＧＢ画像を作成した。視野セレクタ１０４の自動濃縮アルゴリズム（ｉｎＦｏｒｍを用いて開発）を用いて、これらの４ｘ画像を処理し、最も高いＣｙ（登録商標）５の発現に応じて、可能性のある倍率２０×の視野を特定してランク付けした。
最上位の４０個の視野を、ＤＡＰＩ、ＦＩＴＣ、Ｔｅｘａｓ Ｒｅｄ、およびＣｙ（登録商標）５の波長で、倍率２０ｘで撮像した。生の画像を許容性について再検討して、焦点が合っていなかったか、腫瘍細胞を含まなかったか、壊死性が高かったか、または予想される抗体の局在化に関連のない高レベルの蛍光シグナルを含んでいた（すなわち、バックグラウンド染色）画像を、分析の前に排除した。許容された画像を、ＡＱＵＡｄａｐｔｅｒｔ（パーキンエルマー）を使用して処理し、その際、各フルオロフォアを、スペクトルアンミキサー２１０により、スペクトル的に非混合として個別のチャネルに分け、別々のファイルとして保存した。
処理されたファイルを、ＡＱＵＡｎａｌｙｓｉｓ（商標）を用いるか、またはＡＱＵＡｓｅｒｖｅ（商標）を用いた完全自動化プロセスによって、さらに分析した。詳細を以下の通りとした。
各ＤＡＰＩ画像を、核マスカー２１２によって処理してその画像内のすべての細胞核を特定し（図２ａ）、次いで、３ピクセルで拡張して細胞全体の概算サイズを表した。この結果として得られたマスクは、その画像内のすべての細胞を表していた（図２ｂ）。
４８８染料で検出されたＳ１００（黒色腫の腫瘍細胞マーカー）（図３ａ）を、腫瘍マーカー２１６によって処理し、その画像内のすべての腫瘍範囲のバイナリーマスク（図３ｂ）を作製した。腫瘍細胞マスカー２１８を用いて、このマスクとすべての細胞のマスクとを重ね合わせることにより、腫瘍細胞の新しいマスクを作製した（図３ｃ）。
同様に、非腫瘍細胞マスカー２２０を使用して、腫瘍細胞マーカーの不在をすべての核のマスクと組み合わせることにより、すべての非腫瘍細胞についての新しいマスク（図３ｄ）の作製を実施した。
各Ｃｙ（登録商標）５画像（図４ａ）を、第一のバイオマーカーマスカー２２２によって処理し、すべての細胞のマスクと重ね合わせて、ＰＤ−Ｌ１陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した（図４ｂ）。バイオマーカーマスクをすべての細胞のマスクと重ね合わせることにより、バイオマーカー陽性細胞としてマスク内で偽性に特定されうるノイズピクセルを除去した。
各Ｃｙ（登録商標）３．５画像（図５ａ）を、第二のバイオマーカーマスカー２２４によって処理して、ＰＤ−１陽性細胞のバイナリーマスクを作製し、すべての非腫瘍細胞のマスクと重ね合わせて、ＰＤ−１陽性であるすべての非腫瘍細胞のバイナリーマスクを作製した（図５ｂ）。バイオマーカーマスクをすべての非腫瘍細胞のマスクと重ね合わせることにより、バイオマーカー陽性細胞としてマスク内で偽性に特定されうるノイズピクセルを除去した。
すべてのＰＤ−Ｌ１陽性細胞のバイナリーマスクを、第二のディレータ２２６を用いて拡張して、最も近い隣接細胞（例えば、ＰＤ−１を有する細胞）を包囲する相互作用マスクを作製した（図６ａ）。相互作用マスカー２３０を使用して、この相互作用マスクをすべてのＰＤ−１陽性非腫瘍細胞のバイナリーマスクと組み合わせて、ＰＤ−１がＰＤ−Ｌ１と相互作用する可能性が高いほどにＰＤ−Ｌ１陽性細胞に十分に近接している、ＰＤ−１陽性細胞の相互作用区画を作製した（図６ｂ）。
相互作用区画についての許容されたすべての視野（最大４０個の視野）の総面積と、非腫瘍細胞の総面積とを、それぞれ範囲エバリュエータ２３２、２３４で計算した。相互作用カルキュレータ２３６を使用して、相互作用区画についての許容されたすべての視野から得られた総面積を、非腫瘍細胞の総面積で除算し、係数１０，０００を乗算して、各被験物の相互作用スコアを表す整数を作製した。ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−１の測定は、再現性が高かった（それぞれＲ２＝０．９８および０．９７）。ニボルマブ（ｎ＝５）またはペンブロリズマブ（ｎ＝１９）で治療された進行性黒色腫患者２４名のコホートでは、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアが、高い信頼性で応答者を非応答者と区別することが見出された（ｐ＝０．０４）のに対し、ＰＤ−Ｌ１単独（ｐ＝０．２２）、ＰＤ−１単独（ｐ＝０．３）またはＣＤ８単独（ｐ＝０．２３）では見出されなかった。患者２４名由来の代表的なスコアを図７ａに示す。データに基づき、閾値９００を選択して、治療に応答する可能性を標示した。
このデータセットを、次いで、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアが得られた計１４２名の転移性黒色腫患者に拡大すると（図７ｂを参照）、応答者が、非応答者よりも統計的に有意に高いＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアを有していたことが示された（ｐ＝０．０２）。
抗ＰＤ−１系療法に応答する患者を正確に特定するためのＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア試験の能力を高めるために、骨髄細胞に特徴的な表現型マーカー（ＣＤ１１ｂおよびＨＬＡ−ＤＲ）とこれらの細胞へ抑制機能を及ぼす生化学酵素ＩＤＯ−１とを特定するための抗体を用いて、同じ黒色腫患者の被験物を染色した。試料の調製は、スライドをウサギ抗ＩＤＯ−１一次抗体で染色したＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア試験について実施されたことと類似したものとした。次いで、スライドを洗浄した後、ウサギＨＲＰ二次抗体と共にインキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、ＴＳＡ＋Ｃｙ（登録商標）５（パーキンエルマー）を用いて抗ＩＤＯ−１を検出した。次いで、５０ｍＭの過酸化水素を含む新鮮な１００ｍＭのベンズヒドラジドで二回洗浄することによって、任意の残留ＨＲＰをクエンチした。スライドを再び洗浄した後、マウス抗ＨＬＡ−ＤＲ一次抗体で染色した。スライドを洗浄し、次いで、抗マウスＨＲＰ二次抗体と共にインキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、ＴＳＡ−Ｃｙ（登録商標）３（パーキンエルマー）を用いて抗ＨＬＡ−ＤＲ染色を検出した。次いで、一次抗体試薬および二次抗体試薬を、マイクロ波によって除去した。スライドを再び洗浄した後、ウサギ抗ＣＤ１１ｂ抗体で染色した。スライドを洗浄し、次いで、抗ウサギＨＲＰ二次抗体のカクテルに加えて４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）と共に、インキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、ＴＳＡ−ＡｌｅｘＡｆｌｕｏｒ４８８（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて抗ＣＤ１１ｂ染色を検出した。スライドを最後にもう一度洗浄した後、封入剤と共にカバースリップで覆い、室温で一晩乾燥させた。
ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用試験に類似する手順を、ＤＡＰＩ、ＦＩＴＣ、Ｃｙ（登録商標）３、およびＣｙ（登録商標）５の波長にわたって試料の撮像および分析に使用した。視野セレクタ１０４の自動濃縮アルゴリズム（ｉｎＦｏｒｍを用いて開発）を用いて、倍率４ｘの画像を処理し、最も高いＣｙ（登録商標）３およびＣｙ（登録商標）５の発現に応じて、可能性のある倍率２０×の視野を特定してランク付けした。
各ＤＡＰＩ画像を、細胞マスカー２１２によって処理し、その画像内のすべての細胞核を特定し、次いで拡張して、細胞全体の概算サイズを表した。この結果として得られたマスクは、その画像内のすべての細胞を表していた。
各Ａｌｅｘａ Ａｆｌｕｏｒ４８８（登録商標）画像を、バイオマーカーマスカー２２２によって処理して、ＣＤ１１ｂ陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
各Ｃｙ（登録商標）３画像をバイオマーカーマスカー２２２によって処理して、ＨＬＡ−ＤＲ陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
各Ｃｙ（登録商標）５画像をバイオマーカーマスカー２２２によって処理し、ＩＤＯ−１陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
ＣＤ１１ｂ陽性およびＨＬＡ−ＤＲ陽性のすべての細胞のバイナリーマスクを組み合わせて、ＣＤ１１ｂおよびＨＬＡ−ＤＲについて二重陽性であるかまたはＣＤ１１ｂ陽性かつＨＬＡ−ＤＲ陰性であるかのどちらかであった、すべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
ＨＬＡ−ＤＲの発現のないすべてのＣＤ１１ｂ細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）は、陽性カルキュレータ２３６を用いて、ピクセルで測定され範囲エバリュエータ２３２によって決定されたＣＤ１１ｂ陽性かつＨＬＡ−ＤＲ陰性の細胞のマスクの総面積を、ピクセルで測定され範囲エバリュエータ２３２によって決定されたすべてのＣＤ１１ｂ陽性細胞のマスクの総面積により、除算することによって導出した。
ＣＤ１１ｂ陽性、ＩＤＯ−１陽性、およびＨＬＡ−ＤＲ陰性のすべての細胞のバイナリーマスクを組み合わせて、ＣＤ１１ｂ陽性、ＨＬＡ−ＤＲ陰性、およびＩＤＯ−１陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
ＩＤＯ−１を発現するがＨＬＡ−ＤＲの発現のないすべてのＣＤ１１ｂ細胞についてのＰＢＰは、ピクセルで測定されるＣＤ１１ｂ陽性かつＨＬＡ−ＤＲ陰性かつＩＤＯ−１陽性である細胞のマスクの総面積を、ピクセルで測定されるすべてのＣＤ１１ｂ陽性細胞のマスクの総面積により、除算することによって導出した。
ＨＬＡ−ＤＲ陽性およびＩＤＯ−１陽性のすべての細胞のバイナリーマスクを組み合わせて、ＨＬＡ−ＤＲおよびＩＤＯ−１について二重陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
ＩＤＯ−１を発現するすべてのＨＬＡ−ＤＲ細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）は、陽性カルキュレータ２３６を用いて、ピクセルで測定され範囲エバリュエータ２３２によって決定されたＩＤＯ−１陽性かつＨＬＡ−ＤＲ陽性の細胞のマスクの総面積を、ピクセルで測定され範囲エバリュエータ２３２によって決定されたすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のマスクの総面積により、除算することによって導出した。
ＣＤ１１ｂ陽性、ＩＤＯ−１陽性、およびＨＬＡ−ＤＲ陽性のすべての細胞のバイナリーマスクを組み合わせて、ＣＤ１１ｂ陽性、ＨＬＡ−ＤＲ陽性、およびＩＤＯ−１陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
ＩＤＯ−１およびＨＬＡ−ＤＲを発現するすべてのＣＤ１１ｂ細胞についてのＰＢＰは、ピクセルで測定されるＣＤ１１ｂ陽性かつＨＬＡ−ＤＲ陽性かつＩＤＯ−１陽性の細胞のマスクの総面積を、ピクセルで測定されるすべてのＣＤ１１ｂ陽性細胞のマスクの総面積により、除算することによって導出した。
上記に挙げられた表現型についてのＰＢＰの差次的発現変動を、ニボルマブまたはペンブロリズマブのいずれかで治療された転移性黒色腫患者の応答ステータスと比較して（ｎ＝２４）、抗ＰＤ−１系療法に対する予測される応答を決定した（図８ａ）。予想外にも、ＩＤＯ−１を発現するすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のＰＢＰは、応答者を非応答者と区別することができ（図７ｃ）、ＩＤＯ−１を発現するＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞は、大部分がＣＤ１１ｂ陰性であった（図７ｄ）。
さらに、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア（≧９００）またはＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋ＰＢＰ（≧５％）が高い患者を組み合わせることにより、どちらかの試験のみに比べて（それぞれ９／１３または１０／１３）、抗ＰＤ−１系療法に応答した最大数の患者（１２／１３）を正確に特定する能力を高めることができた（図８ｂ）。
この観察は、ニボルマブまたはペンブロリズマブ（ｎ＝１４２）のいずれかで治療された転移性黒色腫患者由来の追加の試料のセットで検証され、ここでもまた、ＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋のＰＢＰの値は、療法に応答した患者を区別することができ（ｐ＝０．０００２）、二つのシグネチャーを組み合わせることにより、どちらかのシグネチャーのみよりも（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１の相互作用スコア４０／７８またはＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋３８／７８、ｐ＝０．００９６）、抗ＰＤ−１療法に応答した最大数の患者（５５／７８）が特定された（図８ｃ）。さらに、コホートを組み合わせると、両方のバイオマーカーのシグネチャーがカットポイントを超えて発現していた患者では、最も高い応答の予測（８０％）が観察された（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア≧９００およびＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋ＰＢＰ（≧５％）を、シグネチャー一つのみが陽性であった患者について５４％、または両方のシグネチャーが陰性であった患者について３６％であったことに比較した）（ＦＩＧ．８ｄ）。
ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用試験またはＩＤＯ−１＋ＨＬＡ−ＤＲ＋ＰＢＰ試験のどちらかが陽性であった患者はまた、無増悪生存期間（ＰＦＳ、図９ａ．）、危険比＝０．３６、ｐ＝０．００３７、および全生存期間（ＯＳ、図９ｂ）、危険比＝０．３９、ｐ＝０．００１１が改善された。これに対して、ＰＤ−Ｌ１腫瘍発現は、ＰＦＳまたはＯＳを５％高めて、患者を特定できなかった（図２０ａ〜図２０ｂ）。さらに、組み合わされたコホートでは、両方のバイオマーカーのシグネチャーのカットポイントを超える患者は、最も高い全生存期間ｐ＝０．００１８を示した（図１０）。
実施例２．ＨＬＡ−ＤＲおよびＩＤＯ−１についてのヒト患者由来の黒色腫組織試料についての代替的な試料の調製、撮像および撮像の解析
マウス抗ＨＬＡ−ＤＲ一次抗体で染色することによって黒色腫試料を調製した、実施例１由来の類似の手順を実施した。スライドを洗浄し、次いで、抗マウスＨＲＰ二次抗体と共にインキュベーションした。スライドを洗浄し、ＨＬＡ−ＤＲの発現をＣｙ（登録商標）３で検出した。次いで、５０ｍＭの過酸化水素を含む新鮮な１００ｍＭのベンズヒドラジドで二回洗浄することによって、任意の残留ＨＲＰをクエンチした。次いで、スライドを、ウサギ抗ＩＤＯ−１一次抗体で染色した。スライドを洗浄し、次いで、抗ウサギＨＲＰ二次抗体のカクテルに加えて、４８８染料により直接的に標識されたマウス抗Ｓ１００および４’，６−ジアミジノ−２−フェニルインドール（ＤＡＰＩ）と共に、インキュベーションした。スライドを洗浄し、次いで、ＴＳＡ＋Ｃｙ（登録商標）５を用いて抗ＩＤＯ−１を検出した。
ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用試験に類似する手順を、ＤＡＰＩ、ＦＩＴＣ、Ｃｙ（登録商標）３、およびＣｙ（登録商標）５の波長にわたって試料の撮像および分析に使用した。視野セレクタ１０４の自動濃縮アルゴリズム（ｉｎＦｏｒｍを用いて開発）を用いて、倍率４ｘの画像を処理し、最も高いＣｙ（登録商標）３およびＣｙ（登録商標）５の発現に応じて、可能性のある倍率２０×の視野を特定してランク付けした。
各ＤＡＰＩ画像を、細胞マスカー２１２によって処理し、その画像内のすべての細胞核を特定し、次いで拡張して、細胞全体の概算サイズを表した。この結果として得られたマスクは、その画像内のすべての細胞を表していた。
各Ａｌｅｘａ Ａｆｌｕｏｒ４８８（登録商標）画像を、バイオマーカーマスカー２２２によって処理して、Ｓ１００陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
各Ｃｙ（登録商標）３画像をバイオマーカーマスカー２２２によって処理して、ＨＬＡ−ＤＲ陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
各Ｃｙ（登録商標）５画像をバイオマーカーマスカー２２２によって処理し、ＩＤＯ−１陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
ＨＬＡ−ＤＲ陽性およびＩＤＯ−１陽性のすべての細胞のバイナリーマスクを組み合わせて、ＨＬＡ−ＤＲおよびＩＤＯ−１について二重陽性であるすべての細胞のバイナリーマスクを作製した。
ＩＤＯ−１を発現するすべてのＨＬＡ−ＤＲ細胞についてのバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）は、陽性カルキュレータ２３６を用いて、ピクセルで測定され範囲エバリュエータ２３２によって決定されたＩＤＯ−１陽性かつＨＬＡ−ＤＲ陽性の細胞のマスクの総面積を、ピクセルで測定され範囲エバリュエータ２３２によって決定されたすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞のマスクの総面積により、除算することによって導出した。
実施例１由来のＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋のＰＢＰを特定する方法を、実施例２由来のものと比較すると、高い相関関係（Ｒ２＝０．８）を有することが見出され、そこでは、ＣＤ１１ｂ／ＨＬＡ−ＤＲ／ＩＤＯ−１アッセイ構成で５％以上の閾値を有するすべての試料が、Ｓ１００／ＨＬＡ−ＤＲ／ＩＤＯ−１アッセイ構成では５％以上の閾値のままであった（図１９）。
実施例３．ヒト患者由来の非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）組織試料についての試料の調製、撮像、および撮像の解析
アジュバント化学療法の治療を受けたかまたは受けなかった患者由来の４６３個の初期ステージのＮＳＣＬＣの試料に関して、実施例１に類似した方法を、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用アッセイについて実施した。但しその際に、マウス抗Ｓ１００試薬を、４８８染料で直接的に標識されたマウス抗Ｐａｎサイトケラチンに置き換えた。高いＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア（相互作用スコア７３４以上）は、アジュバント化学療法に応答した患者を予測することが見出された（図２１ａ）。高いＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコアは、アジュバント化学療法を受けていない患者の生存に差を示さなかった（図２１ｂ）。患者がアジュバント化学療法を受けたか否かによって、有意な生存上の利益もなかった図２２）。
さらに、実施例１に類似した方法を実施し、そこでは、ＤＡＰＩに加えて、Ｏｐａｌ５２０で検出されるマウス抗ＣＤ４抗体、Ｏｐａｌ６２０で検出されるマウス抗ＣＤ８抗体、Ｏｐａｌ５４０で検出されるウサギ抗ＦｏｘＰ３抗体、Ｏｐａｌ５７０で検出されるウサギ抗ＣＤ２５抗体、およびＯｐａｌ６５０で検出されるマウス抗Ｋｉ６７抗体を用いて、同じＮＳＣＬＣ試料を染色した。ＰＢＰを、すべての細胞のうちの％ＣＤ４＋、すべての細胞のうちの％ＣＤ８＋、すべての細胞のうちの％ＣＤ４＋またはＣＤ８＋、ＣＤ４＋のうちの％ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋、ＣＤ８細胞のうちの％ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋、すべてのＣＤ４＋またはＣＤ８＋のうちの％ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋、ＣＤ４＋のうちの％Ｋｉ６７＋、ＣＤ８＋のうちの％Ｋｉ６７＋、ＣＤ４＋またはＣＤ８＋のうちの％Ｋｉ６７＋について計算した。すべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）のうち発現中央値１％以上のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋の発現を腫瘍試料が呈したアジュバント化学療法を受けた患者は、統計的に有意に高いＰＦＳ、ｐ＝０．００２７（図２３ａ）およびＯＳ、ｐ＝０．００５６（図２３ｂ）を有することが見出された。さらに、両方のシグネチャーのカットポイントを最適化した後、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア≧６４３およびＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋≧１％を伴う二重陽性の患者は、ＰＦＳ、ｐ＝０．００３（図２４ａ）およびＯＳ、ｐ＝０．００４（図２４ｂ）が改善された。これに対して、化学療法を投与されていなかったＮＳＣＬＣ患者（ｎ＝３２８）は、すべてのＴ細胞のうち≧１％のＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋であって同じシグネチャー（Ｐ＞０．５）のＰＦＳ（図２５ａ）もしくはＯＳ（図２５ｂ）により分類された際に、またはＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア≧６４３およびＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋≧１％を伴う二重陽性のシグネチャーの組合せについてのＰＦＳ（図２６ａ）もしくはＯＳ（図２６ｂ）において、生存上の利益を受けなかった。すべてのＴ細胞のうち発現中央値６％以上のＫｉ６７＋の発現を腫瘍試料が呈したアジュバント化学療法を受けた患者は、統計的に有意に低いＰＦＳ、ｐ＝０．００４（図２７ａ）およびＯＳ、ｐ＝０．０００６（図２７ｂ）を有することが見出された。さらに、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア≧６４３およびＫｉ６７＋＜６％を伴う二重陽性の患者は、ＰＦＳ、ｐ＝０．０２２（図２８ａ）およびＯＳ、ｐ＝０．０２９（図２８ｂ）が改善された。対照的に、化学療法を投与されていなかったＮＳＣＬＣ患者（ｎ＝３２８）は、すべてのＴ細胞のうち≧６％のＫｉ６７＋であって同じサイン（Ｐ＞０．５）のＰＦＳ図２９ａ）またはＯＳ（図２９ｂ）によって分類された際に、またはＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１相互作用スコア≧６４３およびＫｉ６７＋＜１％を伴う二重陽性のシグネチャーの組合せについてのＰＦＳ（図３０ａ）またはＯＳ（図３０ｂ）において、生存上の利益を受けなかった。
段落Ａ． がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落Ｂ． がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落Ｃ． 免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落Ａまたは段落Ｂに記載の方法。
段落Ｄ． 免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落Ａまたは段落Ｂに記載の方法。
段落Ｅ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落Ａ〜Ｄのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｆ． 少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、段落Ａ〜Ｅのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｇ．少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、段落Ａ〜Ｆのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｈ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落Ａ〜Ｇのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｉ． 第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、段落Ａ〜Ｈのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｊ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落Ａ〜Ｉのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｋ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落Ａ〜Ｊのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｌ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落Ａ〜Ｋのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｍ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落Ａ〜Ｌのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｎ． がん患者が、非小細胞肺がん患者である、段落Ａ〜Ｌのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｏ． がん患者が免疫療法に対し陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落Ｐ．がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、（２）空間的近接スコアが第二の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落Ｑ． 免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落Ｏまたは段落Ｐに記載の方法。
段落Ｒ． 免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落Ｏまたは段落Ｐに記載の方法。
段落Ｓ． ステップ（Ｂ）由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積が、ピクセルで測定される、段落Ｏ〜Ｒのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｔ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落Ｏ〜Ｓのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｕ． 各蛍光タグが、特定のバイオマーカーに対するものである、段落Ｏ〜Ｔのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｖ． 複数の蛍光タグが、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１のための第二の蛍光タグを含む、段落Ｏ〜Ｕのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｗ． マージンが、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ、段落Ｏ〜Ｖのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｘ． ＰＤ−Ｌ１を発現する近位に位置する細胞は、ＰＤ−１を発現する細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある、段落Ｏ〜Ｗのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｙ． ステップ（Ａ）由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積が、ピクセルで測定される、段落Ｏ〜Ｘのいずれか一項に記載の方法。
段落Ｚ． 正規化因子が、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である、段落Ｏ〜Ｙのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＡ． 所定の因子が１０４である、段落Ｏ〜Ｚのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＢ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落Ｏ〜ＡＡのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＣ． 第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、段落Ｏ〜ＡＢのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＤ． 空間的近接スコア（ＳＰＳ）が、以下の式によって決定され、

式中、ＡＩは、総相互作用面積（ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−１を発現する能力を有する細胞の総面積である、段落Ｏ〜ＡＣのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＥ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落Ｏ〜ＡＤのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＦ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落Ｏ〜ＡＥのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＧ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落Ｏ〜ＡＦのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＨ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落Ｏ〜ＡＧのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＩ．がん患者が、非小細胞肺がん患者である、段落Ｏ〜ＡＧのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＪ． がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間近接スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＡＫ． がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包含するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞に対する第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、（２）空間的近接スコアが第二の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＡＬ． 免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落ＡＪまたは段落ＡＫに記載の方法。
段落ＡＭ． 免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落ＡＪまたは段落ＡＫに記載の方法。
段落ＡＮ． ステップ（Ｂ）由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積が、ピクセルで測定される、段落ＡＪ〜ＡＭのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＯ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落ＡＪ〜ＡＮのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＰ． 各蛍光タグが、特定のバイオマーカーに対するものである、段落ＡＪ〜ＡＯのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＱ． 複数の蛍光タグが、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１のための第二の蛍光タグを含む、段落ＡＪ〜ＡＰのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＲ． マージンが約１から約１００ピクセルまでに及ぶ、段落ＡＪ〜ＡＱのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＳ． ＰＤ−Ｌ１を発現する近位に位置する細胞が、ＰＤ−１を発現する細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある、段落ＡＪ〜ＡＲのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＴ． ステップ（Ａ）由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積が、ピクセルで測定される、パラメータＡＪ〜ＡＳのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＵ． 正規化因子が、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である、段落ＡＪ〜ＡＴのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＶ． 所定の因子が１０４である、段落ＡＪ〜ＡＵのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＷ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落ＡＪ〜ＡＶのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＸ． 第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、段落ＡＪ〜ＡＷのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＹ．空間的近接スコア（ＳＰＳ）が、以下の式によって決定され、

式中、ＡＩは、総相互作用領域（ＰＤ−Ｌ１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−Ｌ１を発現する能力を有する細胞の総面積である、段落ＡＪ〜ＡＸのいずれか一項に記載の方法。
段落ＡＺ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落ＡＪ〜ＡＹのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＡ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落ＡＪ〜ＡＺのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＢ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落ＡＪ〜ＢＡのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＣ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落ＡＪ〜ＢＢのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＤ． がん患者が、非小細胞肺がん患者である、段落ＡＪ〜ＢＢのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＥ． がん患者が免疫療法に対し陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＢＦ． がん患者が免疫療法に対し陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＢＧ． 免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落ＢＥまたは段落ＢＦに記載の方法。
段落ＢＨ． 免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落ＢＥまたは段落ＢＦに記載の方法。
段落ＢＩ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落ＢＥ〜ＢＨのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＪ． 少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、段落ＢＥ〜ＢＩのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＫ． 少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、段落ＢＥ〜ＢＪのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＬ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落ＢＥ〜ＢＫのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＭ． 第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、段落ＢＥ〜ＢＬのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＮ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落ＢＥ〜ＢＭのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＯ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落ＢＥ〜ＢＮのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＰ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落ＢＥ〜ＢＯのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＱ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落ＢＥ〜ＢＰのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＲ． がん患者が、非小細胞肺がん患者である、段落ＢＥ〜ＢＰのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＳ． ステップ（Ｂ）のバイオマーカーが、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される、段落ＢＥ〜ＢＲのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＴ． がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＢＵ． がん患者がアジュバント化学療法に陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＢＶ． アジュバント化学療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落ＢＴまたは段落ＢＵに記載の方法。
段落ＢＷ． アジュバント化学療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落ＢＴまたは段落ＢＵに記載の方法。
段落ＢＸ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落ＢＴ〜ＢＷのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＹ． 少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、段落ＢＴ〜ＢＸのいずれか一項に記載の方法。
段落ＢＺ． 少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、段落ＢＴ〜ＢＹのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＡ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落ＢＴ〜ＢＺのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＢ． 第一の閾値が、約７００プラスまたはマイナス１００である、段落ＢＴ〜ＣＡのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＣ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落ＢＴ〜ＣＢのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＤ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落ＢＴ〜ＣＣのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＥ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落ＢＴ〜ＣＤのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＦ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落ＢＴ〜ＣＥのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＧ． がん患者が、非小細胞肺がん患者である、段落ＢＴ〜ＣＥのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＨ． ステップ（Ｂ）のバイオマーカーが、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される、段落ＢＴ〜ＣＧのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＩ． それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
（Ａ）段落Ａ〜ＢＳのいずれか一項に記載の方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、を含む方法。
段落ＣＪ． それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
（Ａ）段落ＢＴ〜ＣＨのいずれか一項に記載の方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、アジュバント化学療法を患者に投与すること、を含む方法。
段落ＣＫ． 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者は、免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＣＬ． 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法から利益を得る可能性が高い、方法。
段落ＣＭ． 免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落ＣＫまたは段落ＣＬに記載の方法。
段落ＣＮ． 免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落ＣＫまたは段落ＣＬに記載の方法。
段落ＣＯ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落ＣＫ〜ＣＮのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＰ． 少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、段落ＣＫ〜ＣＯのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＱ． 少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、段落ＣＫ〜ＣＰのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＲ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落ＣＫ〜ＣＱのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＳ． 第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、段落ＣＫ〜ＣＲのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＴ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落ＣＫ〜ＣＳのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＵ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落ＣＫ〜ＣＴのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＶ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落ＣＫ〜ＣＵのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＷ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落ＣＫ〜ＣＶのいずれか一項に記載の方法。
段落ＣＸ． 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
空間的近接スコアが第一の値の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者が免疫療法から利益を得る可能性が高い、方法。
段落ＣＹ． 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料ががん患者から採取され、本方法は、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
（Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｃ）空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が前述の第二の閾値以上である場合に、がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＣＺ． 免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落ＣＸまたは段落ＣＹに記載の方法。
段落ＤＡ． 免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落ＣＸまたは段落ＣＹに記載の方法。
段落ＤＢ． ステップ（Ｂ）由来の第四のマスクの総面積および第六のマスクの総面積が、ピクセルで測定される、段落ＣＸ〜ＤＡのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＣ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落ＣＸ〜ＤＢのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＤ． 各蛍光タグが、特定のバイオマーカーに対するものである、段落ＣＸ〜ＤＣのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＥ． 複数の蛍光タグが、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１のための第二の蛍光タグを含む、段落ＣＸ〜ＤＤのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＦ． マージンが、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ、段落ＣＸ〜ＤＥのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＧ． ＰＤ−Ｌ１を発現する近位に位置する細胞は、ＰＤ−１を発現する細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある、段落ＣＸ〜ＤＦのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＨ． ステップ（Ａ）由来の選択された各視野由来のすべての細胞についての第一の総面積が、ピクセルで測定される、パラメータＣＸ〜ＤＧのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＩ． 正規化因子が、選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である、段落ＣＸ〜ＤＨのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＪ． 所定の因子が１０４である、段落ＣＸ〜ＤＩのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＫ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落ＣＸ〜ＤＪのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＬ． 第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、段落ＣＸ〜ＤＫのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＭ． 空間的近接スコア（ＳＰＳ）が、以下の式によって決定され、

式中、ＡＩは、総相互作用面積（ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−１を発現する能力を有する細胞の総面積である、段落ＣＸ〜ＤＬのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＮ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落ＣＸ〜ＤＭのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＯ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落ＣＸ〜ＤＮのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＰ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落ＣＸ〜ＤＯのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＱ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落ＣＸ〜ＤＰのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＲ． アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、またはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
段落ＤＳ． アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
段落ＤＴ． アジュバント化学療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、段落ＤＲまたは段落ＤＳに記載の方法。
段落ＤＵ． アジュバント化学療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、段落ＤＲまたは段落ＤＳに記載の方法。
段落ＤＶ． 空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、段落ＤＲ〜ＤＵのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＷ．少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、段落ＤＲ〜ＤＶのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＸ ．少なくとも一対の細胞の間の空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、段落ＤＲ〜ＤＷのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＹ． 第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、段落ＤＲ〜ＤＸのいずれか一項に記載の方法。
段落ＤＺ． 第一の閾値が、約７００プラスまたはマイナス１００である、段落ＤＲ〜ＤＹのいずれか一項に記載の方法。
段落ＥＡ． 第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、段落ＤＲ〜ＤＺのいずれか一項に記載の方法。
段落ＥＢ． 第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、段落ＤＲ〜ＥＡのいずれか一項に記載の方法。
段落ＥＣ． がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、段落ＤＲ〜ＥＢのいずれか一項に記載の方法。
段落ＥＤ． がん患者が、黒色腫がん患者である、段落ＤＲ〜ＥＣのいずれか一項に記載の方法。
段落ＥＥ． がん患者が、非小細胞肺がん患者である、段落ＤＲ〜ＥＣのいずれか一項に記載の方法。
段落ＥＦ． ステップ（Ｂ）のバイオマーカーが、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される、段落ＤＲ〜ＥＥのいずれか一項に記載の方法。
段落ＥＧ． がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）に対するバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＥＨ．アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野にあるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）に対するバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値以上である場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
段落ＥＩ． それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
（Ａ）段落のいずれか一項に記載の方法を使用して、患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を患者に投与すること、または
（Ｃ）患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合、（１）ＢＲＡＦ変異が存在する場合には標的療法を、または（２）ＢＲＡＦ変異が存在しない場合には姑息手術および／または放射線療法ならびに最も良い支持ケアを、患者に投与すること、を含む方法。
段落ＥＪ．それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
（Ａ）段落ＢＴ〜ＣＨのいずれか一項に記載の方法を使用して、患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
（Ｂ）患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、患者にアジュバント化学療法を投与すること、または
（Ｃ）患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合に、変異試験を進めて、（１）変異試験が陽性であれば標的療法を患者に投与すること、または（２）変異試験が陰性であれば最も良い支持ケアを患者に投与すること、を含む方法。
段落ＥＫ．がん患者が免疫療法に対し陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する試料の視野におけるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＥＬ．黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
ＩＤＯ−１＋も発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前述の第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する視野内のすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前述の第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
第六のマスクの総面積を第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＥＭ． 非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＥＮ． アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い非小細胞肺がん患者を選択する方法であって、
（Ａ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値以上である場合に、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
段落ＥＯ． 非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値未満である場合、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＥＰ．アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い非小細胞肺がん患者を選択する方法であって、
（Ａ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｂ）ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
ＰＢＰの値が閾値未満である場合に、非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
段落ＥＱ． がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
段落ＥＲ．アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
（Ａ）がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、相互作用スコアを記録することであって、少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
（Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、ＰＢＰの値を記録すること、および
（Ｃ）相互作用スコアを第一の閾値と比較し、ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
（１）相互作用スコアが第一の閾値以上であるか、もしくはＰＢＰの値が第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）相互作用スコアが第一の閾値以上であり、かつＰＢＰの値が第二の閾値未満である場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
ある特定の実施形態が説明および記載されているが、以下の特許請求の範囲に定義されるようなそのさらに広範な態様にある技術から逸脱することなく、当業者によって変更および改変がその中でなされうることが、理解されるべきである。
本明細書に例示的に記載される実施形態は、本明細書に具体的に開示されていない任意の一つまたは複数の要素、一つまたは複数の限定の不在下で、適切に実践されうる。ゆえに、例えば、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」などの用語は、拡張的に限定なく読み取られるものとする。さらに、本明細書で用いられる用語および表現は、限定ではなく記載の条件として使用されており、そのような用語および表現の使用に際して、示され記載された特長またはその一部のいかなる均等物も除外する意図はないが、特許請求の範囲に記載された技術の範囲内で様々な改変が可能であることを認識されたい。さらに、「から本質的になる」という語句は、具体的に列挙された要素と、特許請求の範囲に記載された技術の基本的および新規の特徴に実質的に影響を与えない追加的な要素とを含むことが理解されよう。「からなる」という語句は、指定されていない任意の要素を除外する。
本開示は、この出願に記載される特定の実施形態の観点から限定されないものとなる。当業者にとって明らかであるように、数多くの改変および変形は、その趣旨および範囲を逸脱することなく行うことができる。本明細書に列挙されるものに加えて、本開示の範囲内の機能的に等価な方法および組成物は、前述の記載から当業者には明らかとなろう。そのような改変および変形は、添付の特許請求の範囲の範囲内にあることが意図されている。本開示は、添付の特許請求の範囲の条件によってのみ限定され、そのような特許請求の範囲が適用される均等物の全範囲と併せて限定されるものとなる。この開示は、特定の方法、試薬、化合物組成物、または生物学的システムに限定されないが、当然のことながら変化する可能性があることを理解されたい。また、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を記載する目的のために過ぎず、限定を意図しないことも理解されたい。
さらに、本開示の特徴または態様がマーカッシュ群にて記載されている場合には、それによって本開示がまた、マーカッシュ群の任意の個別のメンバーまたはメンバーのサブグループに関して記載されていることを、当業者は認識するものとなる。
当業者によって理解されることになるように、任意のおよびすべての目的のために、特に、記載された説明を提供するという観点から、本明細書に開示されるすべての範囲はまた、可能性のある任意のおよびすべての部分範囲とその部分範囲の組み合わせとを包含する。列挙されたいかなる範囲も、十分に記載されて同じ範囲を少なくとも均等な半分、三分の一、四分の一、五分の一、十分の一などに分割できるものとして、容易に認識され得る。非限定的な例として、本明細書で議論された各範囲は、下位三分の一、中位三分の一、および上位三分の一などに容易に分けることができる。また当業者によって理解されることになるように、「最大」、「少なくとも」、「より大きい」、「より小さい」などのすべての言葉は、上記で議論されたような部分範囲にその後分割できる範囲を記載し指示する数を含む。最後に、当業者によって理解されることになるように、範囲は、それぞれの個別のメンバーを含む。
本明細書で言及されるすべての刊行物、特許出願、発行された特許、および他の文書は、あたかもそれぞれの個別の刊行物、特許出願、発行された特許、または他の文書が参照によりその全体を組み込まれることを示すかのように、参照により本明細書に組み込まれる。参照により組み込まれる文章に含まれる定義は、本開示の定義に矛盾する範囲で除外される。
他の実施形態は、以下の特許請求の範囲に記載されている。

Claims (148)

  1. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  2. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  3. 前記免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 前記免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１または請求項２に記載の方法。
  5. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項１または請求項２に記載の方法。
  6. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項１または請求項２に記載の方法。
  7. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、請求項１または請求項２に記載の方法。
  8. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項１または請求項２に記載の方法。
  9. 前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  10. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項１または請求項２に記載の方法。
  11. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  12. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  13. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  14. 前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項１または請求項２に記載の方法。
  15. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から採取され、前記方法は、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
    前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
    前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
    前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
    視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
    ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
    ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
    前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
    前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
    （Ｃ）前記空間近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記空間近接スコアが前記第一の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  16. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から採取され、前記方法は、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
    前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
    前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
    前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
    視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
    ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
    ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
    前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
    前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
    （Ｃ）前記空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記空間的近接スコアが前記第一の値の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、（２）前記空間的近接スコアが前記第二の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  17. 前記免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  18. 前記免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  19. ステップ（Ｂ）から得られる前記第四のマスクの総面積および前記第六のマスクの総面積が、ピクセルで測定される、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  20. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  21. 前記蛍光タグのそれぞれが、特定のバイオマーカーに対するものである、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  22. 前記複数の蛍光タグが、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１のための第二の蛍光タグを含む、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  23. 前記マージンが、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  24. ＰＤ−Ｌ１を発現する前記近位に位置する細胞が、前記ＰＤ−１を発現する細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  25. ステップ（Ａ）由来の前記選択された各視野のすべての細胞についての前記第一の総面積が、ピクセルで測定される、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  26. 前記正規化因子が、前記選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  27. 前記所定因子が１０４である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  28. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  29. 前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  30. 前記空間近接スコア（ＳＰＳ）が、以下の式によって決定され、

    式中、ＡＩは、総相互作用面積（ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−１を発現する能力を有する細胞の総面積である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  31. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  32. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  33. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  34. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  35. 前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項１５または請求項１６に記載の方法。
  36. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から採取され、前記方法は、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
    前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
    前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
    前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
    視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
    ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
    ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
    前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
    前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
    （Ｃ）前記空間近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記空間近接スコアが前記第一の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  37. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から採取され、前記方法は、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料は、複数の蛍光タグにより染色され、選択は、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
    前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
    前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
    前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
    視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
    ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
    ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
    前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
    前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
    （Ｃ）前記空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記空間的近接スコアが前記第一の値の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または、（２）前記空間的近接スコアが前記第二の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  38. 前記免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  39. 前記免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  40. ステップ（Ｂ）由来の前記第四のマスクの総面積および前記第六のマスクの総面積が、ピクセルで測定される、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  41. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  42. 前記蛍光タグのそれぞれが、特定のバイオマーカーに対するものである、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  43. 前記複数の蛍光タグが、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１のための第二の蛍光タグを含む、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  44. 前記マージンが、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  45. ＰＤ−Ｌ１を発現する前記近位に位置する細胞が、ＰＤ−１を発現する前記細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  46. ステップ（Ａ）由来の前記選択された各視野由来のすべての細胞についての前記第一の総面積が、ピクセルで測定される、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  47. 前記正規化因子が、前記選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  48. 前記所定の因子が１０４である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  49. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  50. 前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  51. 前記空間近接スコア（ＳＰＳ）が、以下の式によって決定され、

    式中、ＡＩは、総相互作用領域（ＰＤ−Ｌ１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−Ｌ１を発現する能力を有する細胞の総面積である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  52. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  53. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  54. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  55. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  56. 前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項３６または請求項３７に記載の方法。
  57. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）前記試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  58. がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）前記試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  59. 前記免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  60. 前記免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  61. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  62. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  63. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  64. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  65. 前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  66. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  67. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  68. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  69. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  70. 前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  71. ステップ（Ｂ）の前記バイオマーカーが、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される、請求項５７または請求項５８に記載の方法。
  72. がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  73. がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  74. 前記アジュバント化学療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  75. 前記アジュバント化学療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  76. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  77. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  78. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  79. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  80. 前記第一の閾値が、約７００プラスまたはマイナス１００である、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  81. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  82. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  83. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  84. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  85. 前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  86. ステップ（Ｂ）の前記バイオマーカーが、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏＸＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される、請求項７２または請求項７３に記載の方法。
  87. それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
    （Ａ）請求項１、２、１５、１６、３６、３７、５７、および５８のいずれか一項に記載の方法を使用して、前記患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
    （Ｂ）前記患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を前記患者に投与すること、を含む方法。
  88. それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
    （Ａ）請求項７２または請求項７３に記載の方法を使用して、前記患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
    （Ｂ）前記患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、アジュバント化学療法を前記患者に投与すること、を含む方法。
  89. 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  90. 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、ならびに
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法から利益を得る可能性が高い、方法。
  91. 前記免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  92. 前記免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  93. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  94. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  95. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約０．５μｍから約５０μｍまでに及ぶ、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  96. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  97. 前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  98. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  99. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  100. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  101. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項８９または請求項９０に記載の方法。
  102. 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から採取され、前記方法は、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
    前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
    前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
    前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
    視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
    ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
    ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
    前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
    前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
    （Ｃ）前記空間近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記空間近接スコアが前記第一の値の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、前記がん患者が免疫療法から利益を得る可能性が高い、方法。
  103. 免疫療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野に存在する複数の細胞の中から選択される、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表すスコアを決定することであって、試料が前記がん患者から採取され、前記方法は、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料から利用できる所定の数の視野を選択することであって、試料が、複数の蛍光タグにより染色され、選択が、他の視野に比べてＰＤ−Ｌ１を発現する細胞をさらに数多く含有する視野を選択するように付勢されること、
    前記選択された各視野について、ＰＤ−１を発現する近位に位置する細胞を包囲するのに十分なマージンをとって、ＰＤ−Ｌ１に起因する蛍光シグナルを拡張すること、
    前記選択された各視野に由来するすべての細胞についての第一の総面積を、正規化因子で除算すること、および結果として得られた商を所定の因子によって乗算して、空間的近接スコアを得ることであって、すべての細胞が、ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−１を発現する細胞に起因する前記拡張された蛍光シグナルの中に包囲されること、ならびに
    前記空間的近接スコアを記録すること、を含むこと、
    （Ｂ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
    視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
    ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
    ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
    前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
    前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
    （Ｃ）前記空間的近接スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記空間的近接スコアが第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記空間的近接スコアが第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  104. 前記免疫療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  105. 前記免疫療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、抗ＩＤＯ−１治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  106. ステップ（Ｂ）から得られる前記第四のマスクの総面積および前記第六のマスクの総面積が、ピクセルで測定される、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  107. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  108. 前記蛍光タグのそれぞれが、特定のバイオマーカーに対するものである、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  109. 前記複数の蛍光タグが、ＰＤ−１のための第一の蛍光タグおよびＰＤ−Ｌ１のための第二の蛍光タグを含む、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  110. 前記マージンが、約１から約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  111. ＰＤ−Ｌ１を発現する前記近位に位置する細胞が、ＰＤ−１を発現する前記細胞の形質膜の約０．５から約５０μｍ以内にある、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  112. ステップ（Ａ）由来の前記選択された各視野のすべての細胞についての前記第一の総面積が、ピクセルで測定される、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  113. 前記正規化因子が、前記選択された各視野由来のすべての非腫瘍細胞についての第二の総面積である、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  114. 前記所定因子が１０４である、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  115. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  116. 前記第一の閾値が、約９００プラスまたはマイナス１００である、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  117. 前記空間近接スコア（ＳＰＳ）が以下の式によって決定され、

    式中、ＡＩは、総相互作用面積（ＰＤ−１を発現し、かつＰＤ−Ｌ１を発現する細胞に起因する拡張された蛍光シグナルによって包囲される、細胞の総面積）であり、ＡＣは、ＰＤ−１を発現する能力を有する細胞の総面積である、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  118. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  119. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  120. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  121. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項１０２または請求項１０３に記載の方法。
  122. アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）前記試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、または前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかである場合に、がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
  123. アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）前記試料の視野にあるすべてのバイオマーカー陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
  124. 前記アジュバント化学療法が、ＰＤ−１および／またはＰＤ−Ｌ１系を標的とする、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  125. 前記アジュバント化学療法が、抗ＰＤ−１治療、抗ＰＤ−Ｌ１治療、ＩＤＯ−１阻害治療、またはそれらの組み合わせを含む、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  126. 前記空間的近接が、ピクセルスケールで評価される、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  127. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約１ピクセルから約１００ピクセルまでに及ぶ、請求項１２２または１２３に記載の方法。
  128. 前記少なくとも一対の細胞の間の前記空間的近接が、約０．５μｍ〜約５０μｍまでに及ぶ、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  129. 前記第一の閾値が、約５００から約５０００までに及ぶ、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  130. 前記第一の閾値が、約７００プラスまたはマイナス１００である、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  131. 前記第二の閾値が、約２％から約１０％までに及ぶ、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  132. 前記第二の閾値が、約５％プラスまたはマイナス１％である、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  133. 前記がん患者が、黒色腫がん患者または肺がん患者である、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  134. 前記がん患者が、黒色腫がん患者である、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  135. 前記がん患者が、非小細胞肺がん患者である、請求項１２２または請求項１２３に記載の方法。
  136. ステップ（Ｂ）の前記バイオマーカーが、ＣＤ１１ｂ、ＨＬＡ−ＤＲ、アルギナーゼ１、ＩＤＯ−１、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ１６３、Ｋｉ６７、Ｔｉｍ３、Ｌａｇ３、ＣＤ４、ＣＤ８、およびそれらのうちの二つ以上の組み合わせから選択される、請求項１２２又は請求項１２３に記載の方法。
  137. がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）に対するバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  138. アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）に対するバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値以上である場合に、前記がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
  139. それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
    （Ａ）請求項１、２、１５、１６、３６、３７、５７、および５８のいずれか一項に記載の方法を使用して、前記患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
    （Ｂ）前記患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、免疫療法を前記患者に投与すること、または
    （Ｃ）前記患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合に、（１）ＢＲＡＦ変異が存在する場合には標的療法を、または（２）ＢＲＡＦ変異が存在しない場合には姑息手術および／または放射線療法を、前記患者に投与すること、を含む方法。
  140. それを必要とする患者においてがんを治療する方法であって、
    （Ａ）請求項７２または請求項７３に記載の方法を使用して、前記患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測すること、および
    （Ｂ）前記患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い場合に、アジュバント化学療法を前記患者に投与すること、または
    （Ｃ）前記患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が低い場合に、変異試験を進めて、（１）前記変異試験が陽性であれば標的療法を前記患者に投与すること、または（２）前記変異試験が陰性であれば最も良い支持ケアを前記患者に投与すること、を含む方法。
  141. 黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記試料の視野におけるすべてのＨＬＡ−ＤＲ陽性細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出し、ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｂ）前記ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
    前記ＰＢＰの値が前記閾値以上である場合に、前記黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  142. 黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する視野に存在するすべてのＨＬＡ−ＤＲ＋細胞についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出することであって、
    視野に存在するすべての細胞の核を表す第一の蛍光シグナルの画像を生成すること、および前記第一の蛍光シグナルを細胞全体のシグナルの直径に拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第一のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第二の蛍光シグナルの第二のマスクを構築すること、
    ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての範囲を表す第三の蛍光シグナルの第三のマスクを構築すること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第四のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第二のマスクとを組み合わせること、
    ＩＤＯ−１＋も発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第五のマスクを提供する方法で、前記第一のマスクと第三のマスクとを組み合わせること、
    ＨＬＡ−ＤＲ＋およびＩＤＯ−１＋を発現する前記視野にあるすべての細胞を表す蛍光シグナルを含む第六のマスクを提供する方法で、前記第四のマスクと第五のマスクとを組み合わせること、
    前記第六のマスクの総面積を前記第四のマスクの総面積で除算することによって、ＨＬＡ−ＤＲ＋ＩＤＯ−１＋を発現する前記視野に存在するすべての細胞についてＰＢＰの値を導出すること、ならびに
    前記ＰＢＰの値を記録すること、を含むこと、ならびに、
    （Ｂ）前記ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
    前記ＰＢＰの値が前記閾値以上である場合に、前記黒色腫患者が免疫療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  143. 非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｂ）前記ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
    前記ＰＢＰの値が前記閾値以上である場合に、前記非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  144. アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い非小細胞肺がん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋を発現する前記試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｂ）前記ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
    前記ＰＢＰの値が前記閾値以上である場合に、前記非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
  145. 非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）Ｋｉ６７＋を発現する前記試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｂ）前記ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
    前記ＰＢＰの値が前記閾値未満である場合、前記非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  146. アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い非小細胞肺がん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）Ｋｉ６７＋を発現する前記試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｂ）前記ＰＢＰの値を閾値と比較すること、を含み、
    前記ＰＢＰの値が前記閾値未満である場合、前記非小細胞肺がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
  147. がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性を予測する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する前記試料の視野内のすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値未満である場合に、前記がん患者がアジュバント化学療法に対して陽性に応答する可能性が高い、方法。
  148. アジュバント化学療法から利益を得る可能性が高いがん患者を選択する方法であって、
    （Ａ）前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料をスコアリングすることであって、
    前記がん患者から採取された腫瘍組織を含む試料を使用して、少なくとも一対の細胞の間の空間的近接を表す相互作用スコアを決定し、前記相互作用スコアを記録することであって、前記少なくとも一対の細胞の第一のメンバーがＰＤ−１を発現し、前記少なくとも一対の細胞の第二のメンバーがＰＤ−Ｌ１を発現することを含むこと、
    （Ｂ）Ｋｉ６７＋を発現する前記試料の視野にあるすべてのＴ細胞（ＣＤ４＋またはＣＤ８＋）についてバイオマーカー陽性％（ＰＢＰ）の値を導出して、前記ＰＢＰの値を記録すること、および
    （Ｃ）前記相互作用スコアを第一の閾値と比較し、前記ＰＢＰの値を第二の閾値と比較すること、を含み、
    （１）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であるか、もしくは前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値未満であるかのどちらかであるか、または（２）前記相互作用スコアが前記第一の閾値以上であり、かつ前記ＰＢＰの値が前記第二の閾値未満である場合に、前記がん患者がアジュバント化学療法から利益を得る可能性が高い、方法。
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