JP7174496B2 - 非腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率を導き出す方法 - Google Patents
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Description
本出願は、2015年10月23日出願の米国仮特許出願第62/245,853号、および2016年2月29日出願の米国仮特許出願第62/301,035号の優先日の利益を主張し、これらの仮特許出願のいずれも、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
本発明は、概して、癌治療の分野に関する。
一態様では、視野に存在するすべての細胞、またはオプションとして、その1つ以上のサブセットのバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出す方法が本明細書で開示され、この方法は、
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはりサブセットバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第4のマスクの総面積を第1のマスクの総面積で割ることによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、
(a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(b)目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現する、
視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、第6のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることによって、(a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または(b)目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現する、すべての細胞の第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、を含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)やはり目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第1および第7のマスクを組み合わせる工程と、
(xi)サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第4および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第2のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)視野内でサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(xi)視野内で目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第7および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第8のマスクの総面積で割ることにより、目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)第6および第7のマスクを、
(a)視野内でサブセットバイオマーカー、目的の第1のバイオマーカー、および目的の第2のバイオマーカーを発現するか、
(b)視野内で目的の第2のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(c)視野内で目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、
すべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、組み合わせる工程と、
(xii)第8のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、目的の第1のバイオマーカーもしくは目的の第2のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせ、ならびにサブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を、完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはりサブセットバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第4のマスクの総面積を第1のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、第6のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、を含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)やはり目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第1および第7のマスクを組み合わせる工程と、
(xi)サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第4および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第2のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)視野内でサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(xi)視野内で目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第7および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第8のマスクの総面積で割ることにより、目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、少なくとも2つのサンプルそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、少なくとも2つのサンプルのそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり目的のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第5のマスクの総面積を第3のマスクの総面積で割ることにより、目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり目的のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第5のマスクの総面積を第3のマスクの総面積で割ることにより、目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む。
さまざまな実施形態を以下で説明する。特定の実施形態は、網羅的な説明、または、本明細書で論じられるさらに広い態様への制限のつもりではないことに注意されたい。特定の実施形態と共に論じられた1つの態様は、必ずしもその実施形態に制限されず、任意の他の実施形態で実行され得る。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を、完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはりサブセットバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第4のマスクの総面積を第1のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、
(a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(b)目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現する、
視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、第6のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることによって、(a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または(b)目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現する、すべての細胞の第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、
を含む。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を、完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはりサブセットバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第4のマスクの総面積を第1のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、第6のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、を含む。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を、完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはりサブセットバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)やはり目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第4のマスクの総面積を第1のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)第6のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、を含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)やはり目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第1および第7のマスクを組み合わせる工程と、
(xi)サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第4および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第2のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)視野内でサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(xi)視野内で目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第7および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第8のマスクの総面積で割ることにより、目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)第6および第7のマスクを、
(a)視野内でサブセットバイオマーカー、目的の第1のバイオマーカー、および目的の第2のバイオマーカーを発現するか、
(b)視野内で目的の第2のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(c)視野内で目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、
すべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、組み合わせる工程と、
(xii)第8のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、目的の第1のバイオマーカーもしくは目的の第2のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせ、ならびにサブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり目的のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第5のマスクの総面積を第3のマスクの総面積で割ることにより、目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり目的のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第5のマスクの総面積を第3のマスクの総面積で割ることにより、目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、少なくとも2つのサンプルそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、少なくとも2つのサンプルのそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、少なくとも2つのサンプルのそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む。
実施例1.ヒト患者からの黒色腫組織サンプルのサンプル調製、撮像、および撮像の分析
サンプル調製。ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織サンプルから、ろうを取り除いた。次にスライドは、蒸留水中でインキュベートする前に、一連のキシレンからアルコールまでの洗浄を通じて再水和された。次に、熱によって誘導された抗原回復が、高温高圧条件を用いて実行され、冷却され、トリス緩衝食塩水へと移された。次に染色が行われ、以下の工程が実行された。まず、内在性ペルオキシダーゼが遮断され、続いて、タンパク質遮断溶液でインキュベートして、非特異的抗体染色を低減した。次に、スライドを、マウス抗PD1一次抗体で染色した。その後、スライドは、抗マウスHRP二次抗体でインキュベートする前に洗浄した。スライドを洗浄し、その後、PD-1染色が、TSA+Cy(登録商標)3.5(Perkin Elmer)を用いて検出された。次に、残留HRPが、新鮮な100mMのベンズヒドラジドと50mMの過酸化水素の2回の洗浄を用いて、冷却された。スライドは、ウサギ抗PD-L1一次抗体での染色前に再び洗浄された。スライドを洗浄し、次に、488色素で直接標識されたマウス抗S100を加えた抗ウサギHRP二次抗体と4’,6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPI)との混合物でインキュベートした。スライドを洗浄し、次に、TSA-Cy(登録商標)5(Perkin Elmer)を用いてPD-L1染色を検出した。スライドは、封入剤と共にカバーガラスをかける(cover-slipped)前に最後に洗浄し、室温で一晩乾燥させた。抗体および検出試薬の概要を図1に示す。
488色素で直接標識されたマウス抗S100を、上皮腫瘍サンプルのために488色素で直接標識されたマウス抗パンサイトケラチンと置き換えて、実施例1と同じような処置を行った。PD-1およびPD-L1のPBP値を図9に示す。これらの患者のサブセットは、免疫抑制に似た、高いレベルの受容体リガンド相互作用を示した。
対照標本を生成するため、PD-L1の先に開発された発現を備える(Karpas 299)か、または発現のない(Ramos RA#1)リンパ腫細胞株を、製造業者の説明書に従って培養した。次に細胞を計数し、2つの細胞株をさまざまなパーセンテージで混合し、PD-L1発現が0~100%の範囲である一連のFFPE細胞株ペレットブロックを生成した。次に、これらの細胞株混合物から、また、正常な扁桃腺組織切除部からのコア(600μm)を使用して、組織マイクロアレイ(TMA)を作成した。次に、このTMAの一部を染色し、撮像し、各コアに、AQUAnalysis(商標)を用いてPD-L1陽性率のスコアを付け(すべての工程は、実施例1で説明したとおりである)、結果を、図10のY軸に示す。ここで、各点は、単一のコア(単一の視野)を表す。
PD-1の染色および分析を、CD80の染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
サンプル調製。ホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織サンプルから、ろうを取り除き、これを再水和し、抗原回復を、高温条件で行った。次に、染色を行い、以下の工程を実施した。まず、組織をRNAScope(登録商標)(Advanced Cell Diagnostics)を用いて、約1kbのCTLA-4 mRNAにわたる20対のハイブリダイゼーションプローブを使用するCTLA-4発現検出にかけた。in situハイブリダイゼーションを、TSA-Cy(登録商標)3で可視化した。スライドを洗浄し、次に残留HRPを、新鮮な100mMのベンズヒドラジドと50mMの過酸化水素での2回洗浄を用いて冷却した。スライドは、マウス抗CD80一次抗体で染色する前に再び洗浄した。スライドを洗浄し、次に、抗マウスHRP二次抗体でインキュベートした。スライドを洗浄し、次にCD80染色を、TSA-Cy(登録商標)5(Perkin Elmer)を用いて検出した。その後、残留HRPを、新鮮な100mMのベンズヒドラジドと50mMの過酸化水素での2回洗浄を用いて冷却した。スライドは、ウサギ抗CD3一次抗体で染色する前に再び洗浄した。スライドを洗浄し、次に、抗ウサギHRP二次抗体と4’,6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPI)の混合物でインキュベートした。スライドを洗浄し、次に、CD3染色を、TSA-AlexaFluor488(登録商標)(Life Technologies)を用いて検出した。スライドを、封入剤と共にカバーガラスをかける前に最後に洗浄し、室温で一晩乾燥させた。
PD-L1の染色および分析を、PD-L2の染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、CTLA-4およびCD86の染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、LAG-3およびHLA-DRの染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、TIM-3およびガレクチン9の染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、41BBおよび4.1BBLの染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、OX40およびOX40Lの染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、CD40およびCD40Lの染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、ICOSおよびICOSLの染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、GITRおよびGITRLの染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
PD-L1およびPD-1の染色および分析を、HLA-DRおよびTCRの染色および分析に置き換えて、実施例1と同様の処置を行う。
サンプル調製。DLBCL患者からのホルマリン固定パラフィン包埋(FFPE)組織サンプル(n=43)から、ろうを取り除いた。次にスライドは、蒸留水中でインキュベートする前に、一連のキシレンからアルコールまでの洗浄を通じて再水和した。次に、熱によって誘導された抗原回復が、高温高圧条件を用いて実行され、冷却され、トリス緩衝食塩水へと移された。次に染色が行われ、以下の工程が実行された。まず、内在性ペルオキシダーゼが遮断され、続いて、タンパク質遮断溶液でインキュベートして、非特異的抗体染色を低減した。次に、スライドが、マウス抗PD1一次抗体で染色された。その後、スライドは、抗マウスHRP二次抗体でインキュベートする前に洗浄された。スライドを洗浄し、その後、PD-1染色が、TSA+Cy(登録商標)3(Perkin Elmer)を用いて検出された。次に、一次および二次抗体試薬を、マイクロ波によって除去した。スライドは、ウサギ抗CD-3一次抗体での染色前に再び洗浄された。スライドを洗浄し、次に、抗ウサギHRP二次抗体と4’,6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPI)との混合物でインキュベートした。スライドを洗浄し、次に、TSA-Cy(登録商標)5(Perkin Elmer)を用いてCD3染色を検出した。スライドは、封入剤と共にカバーガラスをかける前に最後に洗浄し、室温で一晩乾燥させた。抗体および検出試薬の概要を図15に示す。
実施例1および16と類似した処置の精度を、フローサイトメトリーで比較して確認した。(FoxP3およびCD25の発現に基づく)調節性T細胞の出現率(frequencies)を、IL-2、TGF β、およびCD28で刺激された全血において、5日間、CD3でコーティングしたプレート上で確認した。
実施例16と同様の処置を、NSCLC、胃、および黒色腫組織上でのCD25およびFoxP3の定量的評価のため、AlexaFluor488二次抗体で検出され、DAPI、FITC、Cy(登録商標)3、およびCy(登録商標)5の波長にわたって撮像される、抗S100または抗サイトケラチン抗体のいずれかを有する腫瘍細胞の追加的特定と共に、行った。組織を、CD25およびFoxP3を認識する抗体で染色し、非腫瘍部位におけるそれらの発現を、発現率として計算した。CD25/FoxP3+T細胞の広まりは、アーカイブの肺、胃、および黒色腫組織標本では、1%~10%の範囲であった。結果を図21および図22に示す。
実施例16と同様の処置を、NSCLC、胃、および黒色腫組織に対するCD4およびCD8の定量的評価のため、AlexaFluor488二次抗体で検出され、DAPI、FITC、Cy(登録商標)3、およびCy(登録商標)5の波長にわたって撮像される、抗S100または抗サイトケラチン抗体のいずれかを有する腫瘍細胞の追加的特定と共に、行った。組織を、CD4およびCD8を認識する抗体で染色し、非腫瘍部位におけるそれらの発現を、発現率として計算した。広範な発現(10%~50%)が、腫瘍標本の一連の切片中でCD4+およびCD8+T細胞について観察された。結果を図23aおよび図23bに示す。
骨髄系細胞に特徴的な表現型マーカー(例えば、CD11b、CD33、およびHLA-DR)およびこれらの細胞に抑制機能を与える生化学マーカー(例えば、ARG1およびIDO-1)を発現するMDSC様細胞を特定するため、サンプルを、CD11b、HLA-DR、およびIDO、またはCD11b、CD33、およびARG1のいずれかで染色した。
DAPI、CD3、CD8、およびKi67の組み合わせで各サンプルを染色し、活性化T細胞の部分母集団を特定するために、実施例20と同様の処置を行った。CD8+Ki67+の広まりを、転移性黒色腫と診断された患者から入手した腫瘍生検において調べた(図28)。
実施例16と同様の処置を、黒色腫組織上でのCD163およびCD68の定量的評価のため、AlexaFluor488二次抗体で検出され、DAPI、FITC、Cy(登録商標)3、およびCy(登録商標)5の波長にわたって撮像される、抗S100抗体を有する腫瘍細胞の追加的特定と共に、行った。組織を、CD163およびCD68を認識する抗体で染色し、非腫瘍部位におけるそれらの発現を、単一のPBP発現または二重のPBP発現として計算した。結果を図29a、図29b、および図29cに示す。
実施例1と同様の処置を行って、DLBCLおよびNET腫瘍標本を、TSA+Cy(登録商標)3.5で検出される、マウス抗LAG-3一次抗体、抗マウスHRP二次で染色し、残りのHRPを100mMのベンズヒドラジドと50mMの過酸化水素で冷却した。これに続いて、スライドを、TSA-Cy(登録商標)5で検出される、ウサギ抗TIM-3一次抗体、抗ウサギHRP二次で染色した。次に、一次および二次抗体を、マイクロ波により除去した。次に、組織を、Opal(商標)520で検出される、ウサギ抗CD3一次抗体、抗ウサギHRP二次と4’,6-ジアミジノ-2-フェニルインドール(DAPI)で染色した。撮像は、DAPI、FITC、Texas Red、およびCy(登録商標)5の波長にわたって、実施例1と同じように行った。分析を、実施例1と同じように行い、それぞれLAG-3およびTIM-3陽性であったT細胞のPBPの広まりを決定した。結果を図30aおよび図30bに示す。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはりサブセットバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第4のマスクの総面積を第1のマスクの総面積で割ることによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、第6のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることによって、サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、
を含む、方法。
列挙されたすべてのオプション工程が実施される、方法。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)やはり目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野にあるすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第1および第7のマスクを組み合わせる工程と、
(xi)サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第4および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第2のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)視野内でサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(xi)視野内で目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第7および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第8のマスクの総面積で割ることにより、目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
目的の第1のバイオマーカーは、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
目的の第1のバイオマーカーは、PD-L1、ガレクチン9、およびMHCから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
目的の第2のバイオマーカーは、PD-1、TIM-3、およびTCRから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
目的の第2のバイオマーカーは、目的の第1のバイオマーカーとは異なり、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、腫瘍細胞を含む、方法。
視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、非腫瘍細胞を含む、方法。
視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、T細胞を含む、方法。
T細胞は、CD3を発現する、方法。
T細胞は、CD8を発現する、方法。
T細胞は、CD4を発現する、方法。
サブセットバイオマーカーは、腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、非腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、T細胞において発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、CD3を含む、方法。
サブセットバイオマーカーは、CD19を含む、方法。
目的の第1のバイオマーカーは、Ki67を含み、視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、CD8陽性細胞を含む、方法。
総面積は、ピクセルで測定される、方法。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、少なくとも2つのサンプルそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む、方法。
変化は、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での減少であり、減少は、免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
変化は、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での増大であり、増大は、免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
免疫療法は、免疫チェックポイント療法を含む、方法。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、少なくとも2つのサンプルのそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む、方法。
変化は、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での減少であり、減少は、免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
変化は、少なくとも第1のPBPの値と少なくとも第2のPBPの値との間での増大であり、増大は、免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
免疫療法は、免疫チェックポイント療法を含む、方法。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり目的のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第5のマスクの総面積を第3のマスクの総面積で割ることにより、目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む、方法。
目的のバイオマーカーは、PD-L1、ガレクチン9、およびMHCからなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
視野は、非腫瘍細胞をさらに含む、方法。
非腫瘍細胞は、免疫細胞および間質細胞を含む、方法。
総面積は、ピクセルで測定される、方法。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり目的のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第5のマスクの総面積を第3のマスクの総面積で割ることにより、目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む、方法。
目的のバイオマーカーは、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86からなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
目的のバイオマーカーは、CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、グランザイムB、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86からなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
非腫瘍細胞は、免疫細胞および間質細胞を含む、方法。
非腫瘍細胞は、骨髄系細胞を含む、方法。
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはりサブセットバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり目的の第1のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)第4のマスクの総面積を第1のマスクの総面積で割ることによって、サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、
(a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(b)目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現する、
視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、第6のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることによって、(a)サブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または(b)目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーを発現する、すべての細胞の第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、を含む、方法。
列挙されたすべてのオプション工程が実施される、方法。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)やはり目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野にあるすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第1および第7のマスクを組み合わせる工程と、
(xi)サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野内のすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第4および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、サブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現するすべての細胞の第2のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)視野内でサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、第2のマスクを第1のマスクから減じる工程と、
(xi)視野内で目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、第7および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)第9のマスクの総面積を第8のマスクの総面積で割ることにより、目的の第2のバイオマーカーを発現するがサブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)第6および第7のマスクを、
(a)視野内でサブセットバイオマーカー、目的の第1のバイオマーカー、および目的の第2のバイオマーカーを発現するか、
(b)視野内で目的の第2のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーおよび目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(c)視野内で目的の第1のバイオマーカーの非存在下でサブセットバイオマーカーおよび目的の第2のバイオマーカーを発現する、
すべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、組み合わせる工程と、
(xii)第8のマスクの総面積を第4のマスクの総面積で割ることにより、目的の第1のバイオマーカーもしくは目的の第2のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせ、ならびにサブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
目的の第1のバイオマーカーは、CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、グランザイムB、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
目的の第1のバイオマーカーは、PD-L1、ガレクチン9、およびMHCから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
目的の第2のバイオマーカーは、PD-1、TIM-3、およびTCRから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
目的の第2のバイオマーカーは、目的の第1のバイオマーカーとは異なり、CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、グランザイムB、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、腫瘍細胞を含む、方法。
視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、非腫瘍細胞を含む、方法。
視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、T細胞を含む、方法。
T細胞は、CD3を発現する、方法。
T細胞は、CD8を発現する、方法。
T細胞は、CD4を発現する、方法。
視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、骨髄系細胞を含む、方法。
骨髄系細胞は、骨髄由来のサプレッサー細胞である、方法。
骨髄系細胞は、腫瘍関連マクロファージである、方法。
サブセットバイオマーカーは、腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、非腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、T細胞において発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、CD3を含む、方法。
サブセットバイオマーカーは、CD19を含む、方法。
サブセットバイオマーカーは、骨髄系細胞において発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、骨髄由来のサプレッサー細胞において発現される、方法。
サブセットバイオマーカーは、腫瘍関連マクロファージにおいて発現される、方法。
目的の第1のバイオマーカーは、Ki67を含み、視野内のすべての細胞の第1のサブセットは、CD8陽性細胞を含む、方法。
総面積は、ピクセルで測定される、方法。
(1) 視野に存在する、すべての細胞、またはオプションとして、その1つ以上のサブセットのバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出す方法において、
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、前記第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはり前記サブセットバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、前記第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり前記目的の第1のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞の第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、前記第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)前記第4のマスクの総面積を前記第1のマスクの総面積で割ることによって、前記サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第1のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞の前記第1のサブセットを表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、前記第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、前記第6のマスクの総面積を前記第4のマスクの総面積で割ることによって、前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第1のバイオマーカーを発現するすべての細胞の前記第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、
を含む、方法。
(2) 実施態様1に記載の方法において、
列挙されたすべてのオプション工程が実施される、方法。
(3) 実施態様1に記載の方法において、
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)やはり前記目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野にあるすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、前記第1および第7のマスクを組み合わせる工程と、
(xi)前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞の前記第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、前記第4および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)前記第9のマスクの総面積を前記第4のマスクの総面積で割ることにより、前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第2のバイオマーカーを発現するすべての細胞の前記第2のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(4) 実施態様1に記載の方法において、
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)前記視野内で前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、前記第2のマスクを前記第1のマスクから減じる工程と、
(xi)前記視野内で前記目的の第2のバイオマーカーを発現するが前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、前記第7および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)前記第9のマスクの総面積を前記第8のマスクの総面積で割ることにより、前記目的の第2のバイオマーカーを発現するが前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(5) 実施態様1に記載の方法において、
前記目的の第1のバイオマーカーは、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
前記目的の第1のバイオマーカーは、PD-L1、ガレクチン9、およびMHCから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(7) 実施態様4に記載の方法において、
前記目的の第2のバイオマーカーは、PD-1、TIM-3、およびTCRから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(8) 実施態様4に記載の方法において、
前記目的の第2のバイオマーカーは、前記目的の第1のバイオマーカーとは異なり、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(9) 実施態様1に記載の方法において、
前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、腫瘍細胞を含む、方法。
(10) 実施態様1に記載の方法において、
前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、非腫瘍細胞を含む、方法。
前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、T細胞を含む、方法。
(12) 実施態様11に記載の方法において、
前記T細胞は、CD3を発現する、方法。
(13) 実施態様11に記載の方法において、
前記T細胞は、CD8を発現する、方法。
(14) 実施態様11に記載の方法において、
前記T細胞は、CD4を発現する、方法。
(15) 実施態様1に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
前記サブセットバイオマーカーは、非腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
(17) 実施態様1に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、T細胞において発現される、方法。
(18) 実施態様1に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、CD3を含む、方法。
(19) 実施態様1に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、CD19を含む、方法。
(20) 実施態様2に記載の方法において、
前記目的の第1のバイオマーカーは、Ki67を含み、前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、CD8陽性細胞を含む、方法。
前記総面積は、ピクセルで測定される、方法。
(22) 癌と診断され、免疫療法を受けている患者の進行を監視する方法において、
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、前記少なくとも2つのサンプルそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)前記少なくとも第1のPBPの値および前記少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、前記少なくとも第1のPBPの値と前記少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、前記免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む、方法。
(23) 実施態様22に記載の方法において、
前記変化は、前記少なくとも第1のPBPの値と前記少なくとも第2のPBPの値との間での減少であり、前記減少は、前記免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
(24) 実施態様22に記載の方法において、
前記変化は、前記少なくとも第1のPBPの値と前記少なくとも第2のPBPの値との間での増大であり、前記増大は、前記免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
(25) 実施態様22に記載の方法において、
前記免疫療法は、免疫チェックポイント療法を含む、方法。
(i)1回は免疫療法の開始前、1回は免疫療法の開始後の、少なくとも2つの時点にわたって癌患者から採取された腫瘍組織を含む少なくとも2つのサンプルを用いて、前記少なくとも2つのサンプルのそれぞれについて目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出して、少なくとも第1のPBPの値および少なくとも第2のPBPの値を得る工程と、
(ii)前記少なくとも第1のPBPの値および前記少なくとも第2のPBPの値を記録する工程であって、前記少なくとも第1のPBPの値と前記少なくとも第2のPBPの値との間での変化は、前記免疫療法の有効性を示す、工程と、を含む、方法。
(27) 実施態様26に記載の方法において、
前記変化は、前記少なくとも第1のPBPの値と前記少なくとも第2のPBPの値との間での減少であり、前記減少は、前記免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
(28) 実施態様26に記載の方法において、
前記変化は、前記少なくとも第1のPBPの値と前記少なくとも第2のPBPの値との間での増大であり、前記増大は、前記免疫療法の有益な有効性を示す、方法。
(29) 実施態様26に記載の方法において、
前記免疫療法は、免疫チェックポイント療法を含む、方法。
(30) 視野に存在するすべての腫瘍細胞のバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出す方法において、
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、前記第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)前記視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、前記第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり前記目的のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、前記第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)前記第5のマスクの総面積を前記第3のマスクの総面積で割ることにより、前記目的のバイオマーカーを発現するすべての腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む、方法。
前記目的のバイオマーカーは、PD-L1、ガレクチン9、およびMHCからなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(32) 実施態様30に記載の方法において、
前記視野は、非腫瘍細胞をさらに含む、方法。
(33) 実施態様32に記載の方法において、
前記非腫瘍細胞は、免疫細胞および間質細胞を含む、方法。
(34) 実施態様30に記載の方法において、
前記総面積は、ピクセルで測定される、方法。
(35) 視野に存在するすべての非腫瘍細胞についてバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出す方法において、
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、前記第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)腫瘍バイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)前記視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、前記第2のマスクを前記第1のマスクから減じる工程と、
(iv)目的のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり前記目的のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、前記第3および第4のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)前記第5のマスクの総面積を前記第3のマスクの総面積で割ることにより、前記目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む、方法。
前記目的のバイオマーカーは、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86からなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(37) 実施態様35に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、グランザイムB、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86からなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(38) 実施態様35に記載の方法において、
前記非腫瘍細胞は、免疫細胞および間質細胞を含む、方法。
(39) 実施態様35に記載の方法において、
前記非腫瘍細胞は、骨髄系細胞を含む、方法。
(40) 視野に存在するすべての細胞、またはオプションとして、その1つ以上のサブセットのバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出す方法において、
(i)視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、前記第1の蛍光信号を完全な細胞の核の直径まで拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)サブセットバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)オプションとして、目的の第1のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第3の蛍光信号の第3のマスクを構築する工程と、
(iv)やはり前記サブセットバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第4のマスクを提供するように、前記第1および第2のマスクを組み合わせる工程と、
(v)オプションとして、やはり前記目的の第1のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、前記第1および第3のマスクを組み合わせる工程と、
(vi)前記第4のマスクの総面積を前記第1のマスクの総面積で割ることによって、前記サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、
(vii)オプションとして、
(a)前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(b)前記目的の第1のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーを発現する、
前記視野内のすべての細胞を表す蛍光信号を含む第6のマスクを提供するように、前記第4および第5のマスクを組み合わせる工程と、
(viii)オプションとして、前記第6のマスクの総面積を前記第4のマスクの総面積で割ることによって、(a)前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または(b)前記目的の第1のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーを発現する、すべての細胞の前記第1のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、を含む、方法。
列挙されたすべてのオプション工程が実施される、方法。
(42) 実施態様40に記載の方法において、
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)やはり前記目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野にあるすべての細胞の第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、前記第1および第7のマスクを組み合わせる工程と、
(xi)前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての細胞の前記第2のサブセットを表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、前記第4および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)前記第9のマスクの総面積を前記第4のマスクの総面積で割ることにより、前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第2のバイオマーカーを発現するすべての細胞の前記第2のサブセットのPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(43) 実施態様40に記載の方法において、
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)前記視野内で前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、前記第2のマスクを前記第1のマスクから減じる工程と、
(xi)前記視野内で前記目的の第2のバイオマーカーを発現するが前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞を表す蛍光信号を含む第9のマスクを提供するように、前記第7および第8のマスクを組み合わせる工程と、
(xii)前記第9のマスクの総面積を前記第8のマスクの総面積で割ることにより、前記目的の第2のバイオマーカーを発現するが前記サブセットバイオマーカーを発現しないすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(44) 実施態様40に記載の方法において、
(ix)目的の第2のバイオマーカーを発現する、前記視野に存在するすべての領域を表す第4の蛍光信号の第7のマスクを構築する工程と、
(x)前記第6および第7のマスクを、
(a)前記視野内で前記サブセットバイオマーカー、前記目的の第1のバイオマーカー、および前記目的の第2のバイオマーカーを発現するか、
(b)前記視野内で前記目的の第2のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第1のバイオマーカーを発現するか、または、
(c)前記視野内で前記目的の第1のバイオマーカーの非存在下で前記サブセットバイオマーカーおよび前記目的の第2のバイオマーカーを発現する、
すべての細胞を表す蛍光信号を含む第8のマスクを提供するように、組み合わせる工程と、
(xii)前記第8のマスクの総面積を前記第4のマスクの総面積で割ることにより、前記目的の第1のバイオマーカーもしくは前記目的の第2のバイオマーカー、またはそれらの組み合わせ、ならびに前記サブセットバイオマーカーを発現するすべての細胞のPBPの値を導き出す工程と、をさらに含む、方法。
(45) 実施態様40に記載の方法において、
前記目的の第1のバイオマーカーは、CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、グランザイムB、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
前記目的の第1のバイオマーカーは、PD-L1、ガレクチン9、およびMHCから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(47) 実施態様43に記載の方法において、
前記目的の第2のバイオマーカーは、PD-1、TIM-3、およびTCRから選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(48) 実施態様43に記載の方法において、
前記目的の第2のバイオマーカーは、前記目的の第1のバイオマーカーとは異なり、CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、グランザイムB、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、ガレクチン9、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86から選択されたバイオマーカーを含む、方法。
(49) 実施態様40に記載の方法において、
前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、腫瘍細胞を含む、方法。
(50) 実施態様40に記載の方法において、
前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、非腫瘍細胞を含む、方法。
前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、T細胞を含む、方法。
(52) 実施態様51に記載の方法において、
前記T細胞は、CD3を発現する、方法。
(53) 実施態様51に記載の方法において、
前記T細胞は、CD8を発現する、方法。
(54) 実施態様51に記載の方法において、
前記T細胞は、CD4を発現する、方法。
(55) 実施態様50に記載の方法において、
前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、骨髄系細胞を含む、方法。
前記骨髄系細胞は、骨髄由来のサプレッサー細胞である、方法。
(57) 実施態様55に記載の方法において、
前記骨髄系細胞は、腫瘍関連マクロファージである、方法。
(58) 実施態様40に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
(59) 実施態様40に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、非腫瘍細胞においてのみ発現される、方法。
(60) 実施態様40に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、T細胞において発現される、方法。
前記サブセットバイオマーカーは、CD3を含む、方法。
(62) 実施態様40に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、CD19を含む、方法。
(63) 実施態様40に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、骨髄系細胞において発現される、方法。
(64) 実施態様40に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、骨髄由来のサプレッサー細胞において発現される、方法。
(65) 実施態様40に記載の方法において、
前記サブセットバイオマーカーは、腫瘍関連マクロファージにおいて発現される、方法。
前記目的の第1のバイオマーカーは、Ki67を含み、前記視野内のすべての前記細胞の前記第1のサブセットは、CD8陽性細胞を含む、方法。
(67) 実施態様40に記載の方法において、
前記総面積は、ピクセルで測定される、方法。
Claims (12)
- 視野に存在するすべての非腫瘍細胞についてバイオマーカー陽性率(PBP)の値を導き出す方法において、
(i)前記視野に存在するすべての細胞の核を表す第1の蛍光信号の画像を生成し、細胞マスカを用いて前記第1の蛍光信号を細胞の大きさに対応するピクセル数ずつ拡張して、前記視野に存在するすべての細胞の第1のマスクを構築する工程と、
(ii)検出された腫瘍バイオマーカーを、腫瘍マスカを用いて処理して、前記視野に存在するすべての腫瘍領域を表す第2の蛍光信号の第2のマスクを構築する工程と、
(iii)前記視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第3のマスクを提供するように、前記第2のマスクを前記第1のマスクから減じる工程と、
(iv)検出された目的のバイオマーカーを、バイオマーカーマスカを用いて処理して、前記視野に存在するすべてのバイオマーカー陽性細胞の領域を表す蛍光信号の第4のマスクを構築する工程と、
(v)やはり前記目的のバイオマーカーを発現する、前記視野内のすべての非腫瘍細胞を表す蛍光信号を含む第5のマスクを提供するように、前記第3および第4のマスクを重ね合わせる工程と、
(vi)前記第5のマスクの総面積を前記第3のマスクの総面積で割ることにより、前記目的のバイオマーカーを発現するすべての非腫瘍細胞のPBPの値を導き出す工程と、を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86からなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、CD11b、CD33、HLA-DR、IDO-1、ARG1、グランザイムB、B2M、PD-L1、PD-L2、B7-H3、B7-H4、HLA-DR、CD80、CD86、4.1BBL、ICOSL、CD40、OX40L、IDO-1、GITRL、PD-1、TIM3、LAG3、41BB、OX40、CTLA-4、CD40L、CD28、GITR、ICOS、CD28、CD3、CD4、CD8、FoxP3、CD25、CD16、CD56、CD68、CD163、CD80、およびCD86からなる群から選択されたバイオマーカーを含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、PD-L1を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、PD-L2を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、PD-1を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、HLA-DRを含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記目的のバイオマーカーは、CD8を含むである、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記非腫瘍細胞は、免疫細胞および間質細胞を含む、方法。 - 請求項1に記載の方法において、
前記非腫瘍細胞は、骨髄系細胞を含む、方法。 - 請求項1~10のいずれか一項に記載の方法において、
前記総面積はピクセルで測定される、方法。 - 請求項11に記載の方法において、
前記ピクセルは0.5μm幅である、方法。
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