JP2020505942A5 - - Google Patents

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JP2020505942A5
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米国における全ての目的のために、本開示に引用されたありとあらゆる刊行物および特許文献は、そのような刊行物または文献の各々が、参照により本明細書に組み込まれることが具体的および個別に示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。刊行物および特許文献の引用は、任意のそのような文献が関連する先行技術であることを示すものとして意図するものでも、またはその内容もしくは日付に関する承認となるものでもない。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
配列番号4、6、8、10、および/または12の少なくとも1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む操作されたポリペプチドであって、前記アミノ酸配列のアミノ酸位置が、配列番号2のアミノ酸配列を参照して番号付けされる、操作されたポリペプチド。
(項目2)
16、16/150、44/56、44/56/102/239/285/469/470/495、44/239、44/239/285/469/495、44/239/285/470、44/239/469/470、44/239/470/546、44/239/495、44/239/495/546、44/469/470、102、102/470、162、165、188、239/285、239/285/469、239/469/470/495、264、267、285/469/470/495、285/470、285/470/495、364、455、469/470、472、および482から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号6を参照して番号付けされる、項目1に記載の操作されたポリペプチド。
(項目3)
16、264、364、472、482、および/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換を含み、前記アミノ酸位置が配列番号6を参照して番号付けされる、項目1に記載の操作されたポリペプチド。
(項目4)
44/47/204/209/285、44/47/364/470/495、44/54/56/204/239/285/364/495、44/54/56/204/239/470/495、44/54/285/470、44/102/285/364、44/204/209/285、44/204/285/364/470/495、44/209/285/460/495、44/285/364、47/54/209、47/204/209/239/285/495、47/204/285/364/495、47/209/239/364、47/239/285/364、47/470、54、54/56、54/56/204/209/470、54/56/204/209/495、54/56/204/495、54/56/209/562、54/56/285/364/470、54/56/285/470、54/165/204/209/239/285/470/495、54/239/495、54/285/470、54/470、56、165、204、204/209/239/285/470/495、204/209/364、204/209/364/495、204/239、204/239/285、204/364、204/470、209/285/364/470、209/285/364/470/495、209/364、209/364/495、209/470、239/364、285/364、285/364/495、364、364/470、470、および495、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号8を参照して番号付けされる、項目1に記載の操作されたポリペプチド。
(項目5)
16、16/150、162、188、264、267、398、434、472、および482、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号6を参照して番号付けされる、項目1に記載の操作されたポリペプチド。
(項目6)
54/56/162/204/285、54/56/162/204/398、54/56/204/285、54/56/204/398、54/56/204/398/472、54/56/285、54/56/398、54/56/398/472、54/162/204/398、54/162/398、54/204/285/398/472、54/204/398、54/285/398、54/285/398/472、56/162/398、56/204/285、56/204/398、56/204/398/460、56/204/398/472、56/285、56/285/398/472、56/398、56/398/472、および201/204/398、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号12を参照して番号付けされる、項目1に記載の操作されたポリペプチド。
(項目7)
16、18、39、47、54、59、73、91、209、214、285、290、305、307、364、407、450、470、503、521、524、および565、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号12を参照して番号付けされる、項目1に記載の操作されたポリペプチド。
(項目8)
15/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/19/214/407、16/18/23/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/43/44/59/209/503/565、16/18/39/45/47/54/59/73/98/209/214/285/290/305/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/49/54/59/73/209/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/98/285/290/305/307/364/450/470/503/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/313/364/450/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/450/470/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/450/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/307/364/407/450/470/503/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/285/290/305/307/407/450/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/285/290/307/364/407/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/307/364/407/503、16/18/39/47/54/59/73/91/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521、16/18/39/47/54/59/73/91/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/285/290/305/364/407/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/91/98/209/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/91/209/214/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/91/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/91/214/285/290/305/307/364/450/503/521/524、16/18/39/47/54/59/91/285/290/305/307/364/407/450/503/521/524、16/18/39/47/54/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/470/503/521/565、16/18/39/47/54/73/91/209/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/47/54/73/209/214/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/91/214/285/290/364/407/450/470/503/521、16/18/39/47/54/209/214/407/503/524/565、16/18/39/47/59/73/91/214/290/305/307/364/407/450/470/503/521、16/18/39/47/59/214/503/565、16/18/39/47/91/290/407、16/18/39/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/54/59/73/209/214/285/290/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/54/59/73/214/285/290/305/364/407/450/521/524/565、16/18/39/54/73/91/209/210/285/290/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/54/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/54/73/98/214/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524/565、16/18/39/54/73/209/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524/565、16/18/39/54/91/214/285/290/364/450/470/503/521/524、16/18/39/91/503/521、16/18/47/54/59/73/91/98/285/290/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/47/54/59/73/98/209/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/47/54/59/73/209/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/47/54/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/47/59/285/407/450/565、16/18/47/73/91/209/285/290/450/470/503/521/524、16/18/47/73/214/307/503、16/18/47/73/290/407/450、16/18/47/209、16/18/47/285/364/503/521、16/18/47/364/407、16/18/54/59/73/91/209/285/290/305/307/364/407/450/503/521、16/18/54/59/290/407/450/503/524、16/18/54/73/91/214/285/290/407/561、16/18/54/91/209/214/285/290/307/364/407/450/503/521/524/565、16/18/54/407、16/18/55/209/285/305、16/18/59/209/450/503/524、16/18/73/209/214/450、16/18/91/209/407/503、16/18/91/214/407/521/524/565、16/18/209/450/503、16/18/214/407/450/503、16/18/285/290/470、16/18/503、16/22/214/503/524/565、16/39/47/54/59/73/91/98/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/98/209/214/285/290/307/364/407/450/470/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/450/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/450/503/521、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/307/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/290/305/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/307/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/364/407/450/503/524/565、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/307/364/407/450/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/214/290/364/407/450/470/524/565、16/39/47/54/59/73/98/209/285/305/307/407/450/470/503/524、16/39/47/54/59/73/285/290/305/307/364/40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(項目9)
配列番号2、4、6、8、10、および/もしくは12、またはその機能的断片に対して、少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目10)
項目1〜8のいずれかに記載された操作されたポリペプチドを含む、操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目11)
配列番号2、4、6、8、10、および/もしくは12、またはその機能的断片に対して、少なくとも約95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、項目9および/または10に記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目12)
表6.1、表7.1、表8.1、表9.1、表10.1、表14.1、および/または表15.1のいずれかに記載されたバリアントフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドである、項目9〜11のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目13)
Anabaena variabilisバリアント酵素である、項目9〜12のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目14)
野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより熱安定性である、項目9〜13のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目15)
野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼよりタンパク質分解に耐性を示す、項目9〜14のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目16)
野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより、少なくとも1つの消化管酵素によるタンパク質分解に耐性を示す、項目15に記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目17)
野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより、キモトリプシン、トリプシン、カルボキシペプチダーゼ、および/またはエラスターゼによるタンパク質分解に耐性を示す、項目15に記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目18)
野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより酸安定性である、項目9〜17のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目19)
精製されている、項目1〜8のいずれかに記載の操作されたポリペプチド、または項目9〜18のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
(項目20)
項目1〜8、もしくは19に記載の少なくとも1つの操作されたポリペプチド、および/または項目9〜19のいずれか一項に記載のフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドをコードする操作されたポリヌクレオチド配列。
(項目21)
制御配列に作動可能に連結されている、項目20に記載の操作されたポリヌクレオチド配列。
(項目22)
前記ポリヌクレオチドがコドン最適化されている、項目20および/または21に記載の操作されたポリヌクレオチド配列。
(項目23)
項目20〜22のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリヌクレオチド配列、および少なくとも1つの制御配を含む、発現ベクター。
(項目24)
前記制御配列がプロモーターを含む、項目23に記載の発現ベクター。
(項目25)
前記プロモーターが異種プロモーターである、項目24に記載の発現ベクター。
(項目26)
項目20〜22のいずれかに記載の少なくとも1つのポリヌクレオチド配列、および/または項目23〜25のいずれかに記載の発現ベクターで形質転換された宿主細胞。
(項目27)
前記宿主細胞がE.coliである、項目26に記載の宿主細胞。
(項目28)
宿主細胞において操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを生成する方法であって、項目1〜19のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリペプチドおよび/もしくはフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドをコードする少なくとも1つのポリヌクレオチド、ならびに/または項目20〜22に記載の少なくとも1つのポリヌクレオチド配列、ならびに/または項目23〜25のいずれかに記載の少なくとも1つの発現ベクターを含む宿主細胞を、少なくとも1つの操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドが生成されるように、適切な培養条件下で培養するステップを含む、方法。
(項目29)
培養物および/または宿主細胞から少なくとも1つの操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを回収するステップをさらに含む、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記少なくとも1つの操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを精製するステップをさらに含む、項目29に記載の方法。
(項目31)
項目1〜19のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリペプチドおよび/または操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを含む、組成物。
(項目32)
項目20〜22のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリヌクレオチドを含む、組成物。
(項目33)
医薬組成物である、項目31および/または32に記載の組成物。
(項目34)
少なくとも1つの薬学的に許容される賦形剤および/または担体をさらに含む、項目32および/または33に記載の組成物。
(項目35)
フェニルケトン尿症の処置に適している、項目31〜34のいずれかに記載の組成物。
(項目36)
上昇した血中フェニルアラニンの処置に適している、項目31〜35のいずれかに記載の組成物。
(項目37)
チロシン血症の処置に適している、項目31〜36のいずれかに記載の組成物。
(項目38)
上昇した血中チロシンの処置に適している、項目31〜37のいずれかに記載の組成物。
(項目39)
遺伝子治療における使用に適している、項目31に記載の組成物。
(項目40)
フェニルケトン尿症、上昇した血中フェニルアラニン、チロシン血症、および/または上昇した血中チロシン血症を処置するための遺伝子治療における使用に適している、項目39に記載の組成物。
(項目41)
mRNA治療における使用に適している、項目31に記載の組成物。
(項目42)
フェニルケトン尿症、上昇した血中フェニルアラニン、チロシン血症、および/または上昇した血中チロシン血症を処置するためのmRNA治療における使用に適している、項目41に記載の組成物。
(項目43)
ヒトへの経口投与に適している、項目31〜42のいずれかに記載の組成物。
(項目44)
丸剤、錠剤、カプセル剤、ゲルキャップ、液体、またはエマルジョンの形態である、項目31〜38、および/または43のいずれかに記載の組成物。
(項目45)
前記丸剤、錠剤、カプセル剤、またはゲルキャップが、腸溶コーティングをさらに含む、項目44に記載の組成物。
(項目46)
ヒトへの非経口注射に適している、項目31〜43のいずれかに記載の組成物。
(項目47)
少なくとも1つの追加の治療有効化合物と共に投与される、項目31〜46のいずれかに記載の組成物。
(項目48)
少なくとも1つの追加の治療有効化合物を含む、項目47に記載の組成物。
(項目49)
対象におけるフェニルケトン尿症の症状を処置および/または防止する方法であって、フェニルケトン尿症を有する対象を提供するステップと、項目31〜48のいずれかに記載の組成物を前記対象に提供するステップとを含む、方法。
(項目50)
前記対象の血液中のフェニルアラニン濃度が、前記組成物を前記対象に提供すると低減する、項目49に記載の方法。
(項目51)
前記対象の血液中のケイ皮酸濃度が、前記組成物を前記対象に提供すると増加する、項目49および/または50に記載の方法。
(項目52)
フェニルケトン尿症の前記症状が改善される、項目49〜51のいずれかに記載の方法。
(項目53)
前記対象が、項目1〜19に記載の少なくとも1つの操作されたポリペプチドおよび/またはフェニルアラニンアンモニアリアーゼを含む少なくとも1つの医薬組成物を提供されていない対象に必要とされる食事よりフェニルアラニン含量が少なく制限された食事を摂ることができる、項目49〜52のいずれかに記載の方法。
(項目54)
前記対象が、乳児、小児、若年成人、または成人である、項目49〜53のいずれかに記載の方法。
(項目55)
項目31〜48のいずれかに記載された組成物の使用。

Claims (55)

  1. 配列番号4、6、8、10、および/または12の少なくとも1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む操作されたポリペプチドであって、前記アミノ酸配列のアミノ酸位置が、配列番号2のアミノ酸配列を参照して番号付けされる、操作されたポリペプチド。
  2. 16、16/150、44/56、44/56/102/239/285/469/470/495、44/239、44/239/285/469/495、44/239/285/470、44/239/469/470、44/239/470/546、44/239/495、44/239/495/546、44/469/470、102、102/470、162、165、188、239/285、239/285/469、239/469/470/495、264、267、285/469/470/495、285/470、285/470/495、364、455、469/470、472、および482から選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号6を参照して番号付けされる、請求項1に記載の操作されたポリペプチド。
  3. 16、264、364、472、482、および/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換を含み、前記アミノ酸位置が配列番号6を参照して番号付けされる、請求項1に記載の操作されたポリペプチド。
  4. 44/47/204/209/285、44/47/364/470/495、44/54/56/204/239/285/364/495、44/54/56/204/239/470/495、44/54/285/470、44/102/285/364、44/204/209/285、44/204/285/364/470/495、44/209/285/460/495、44/285/364、47/54/209、47/204/209/239/285/495、47/204/285/364/495、47/209/239/364、47/239/285/364、47/470、54、54/56、54/56/204/209/470、54/56/204/209/495、54/56/204/495、54/56/209/562、54/56/285/364/470、54/56/285/470、54/165/204/209/239/285/470/495、54/239/495、54/285/470、54/470、56、165、204、204/209/239/285/470/495、204/209/364、204/209/364/495、204/239、204/239/285、204/364、204/470、209/285/364/470、209/285/364/470/495、209/364、209/364/495、209/470、239/364、285/364、285/364/495、364、364/470、470、および495、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号8を参照して番号付けされる、請求項1に記載の操作されたポリペプチド。
  5. 16、16/150、162、188、264、267、398、434、472、および482、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号6を参照して番号付けされる、請求項1に記載の操作されたポリペプチド。
  6. 54/56/162/204/285、54/56/162/204/398、54/56/204/285、54/56/204/398、54/56/204/398/472、54/56/285、54/56/398、54/56/398/472、54/162/204/398、54/162/398、54/204/285/398/472、54/204/398、54/285/398、54/285/398/472、56/162/398、56/204/285、56/204/398、56/204/398/460、56/204/398/472、56/285、56/285/398/472、56/398、56/398/472、および201/204/398、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号12を参照して番号付けされる、請求項1に記載の操作されたポリペプチド。
  7. 16、18、39、47、54、59、73、91、209、214、285、290、305、307、364、407、450、470、503、521、524、および565、ならびに/またはそれらの任意の組合せから選択される1つまたは複数のアミノ酸位置に、少なくとも1個の置換または置換のセットを含み、前記アミノ酸位置が配列番号12を参照して番号付けされる、請求項1に記載の操作されたポリペプチド。
  8. 15/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/19/214/407、16/18/23/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/43/44/59/209/503/565、16/18/39/45/47/54/59/73/98/209/214/285/290/305/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/49/54/59/73/209/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/98/285/290/305/307/364/450/470/503/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/313/364/450/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/450/470/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/450/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/307/364/407/450/470/503/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/285/290/305/307/407/450/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/209/285/290/307/364/407/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/307/364/407/503、16/18/39/47/54/59/73/91/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521、16/18/39/47/54/59/73/91/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/73/91/285/290/305/364/407/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/73/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/91/98/209/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/47/54/59/91/209/214/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/91/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/59/91/214/285/290/305/307/364/450/503/521/524、16/18/39/47/54/59/91/285/290/305/307/364/407/450/503/521/524、16/18/39/47/54/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/470/503/521/565、16/18/39/47/54/73/91/209/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/47/54/73/209/214/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/39/47/54/91/214/285/290/364/407/450/470/503/521、16/18/39/47/54/209/214/407/503/524/565、16/18/39/47/59/73/91/214/290/305/307/364/407/450/470/503/521、16/18/39/47/59/214/503/565、16/18/39/47/91/290/407、16/18/39/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/54/59/73/209/214/285/290/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/54/59/73/214/285/290/305/364/407/450/521/524/565、16/18/39/54/73/91/209/210/285/290/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/39/54/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/18/39/54/73/98/214/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524/565、16/18/39/54/73/209/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524/565、16/18/39/54/91/214/285/290/364/450/470/503/521/524、16/18/39/91/503/521、16/18/47/54/59/73/91/98/285/290/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/47/54/59/73/98/209/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/47/54/59/73/209/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524/565、16/18/47/54/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/18/47/59/285/407/450/565、16/18/47/73/91/209/285/290/450/470/503/521/524、16/18/47/73/214/307/503、16/18/47/73/290/407/450、16/18/47/209、16/18/47/285/364/503/521、16/18/47/364/407、16/18/54/59/73/91/209/285/290/305/307/364/407/450/503/521、16/18/54/59/290/407/450/503/524、16/18/54/73/91/214/285/290/407/561、16/18/54/91/209/214/285/290/307/364/407/450/503/521/524/565、16/18/54/407、16/18/55/209/285/305、16/18/59/209/450/503/524、16/18/73/209/214/450、16/18/91/209/407/503、16/18/91/214/407/521/524/565、16/18/209/450/503、16/18/214/407/450/503、16/18/285/290/470、16/18/503、16/22/214/503/524/565、16/39/47/54/59/73/91/98/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/98/209/214/285/290/307/364/407/450/470/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/450/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/450/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/450/503/521、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/305/364/407/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/285/290/307/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/290/305/307/364/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/214/290/305/407/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/209/285/290/305/307/364/407/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/307/364/450/470/503/521/524、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/307/450/470/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/305/364/407/450/503/524/565、16/39/47/54/59/73/91/214/285/290/307/364/407/450/503/521/524/565、16/39/47/54/59/73/91/214/290/364/407/450/470/524/565、16/39/47/54/59/73/98/209/285/305/307/407/450/470/503/524、16/39/47/54/59/73/285/290/305/307/364/40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  9. 配列番号2、4、6、8、10、および/もしくは12、またはその機能的断片に対して、少なくとも90%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  10. 請求項1〜8のいずれかに記載された操作されたポリペプチドを含む、操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  11. 配列番号2、4、6、8、10、および/もしくは12、またはその機能的断片に対して、少なくとも約95%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、請求項9および/または10に記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  12. 表6.1、表7.1、表8.1、表9.1、表10.1、表14.1、および/または表15.1のいずれかに記載されたバリアントフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドである、請求項9〜11のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  13. Anabaena variabilisバリアント酵素である、請求項9〜12のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  14. 野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより熱安定性である、請求項9〜13のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  15. 野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼよりタンパク質分解に耐性を示す、請求項9〜14のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  16. 野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより、少なくとも1つの消化管酵素によるタンパク質分解に耐性を示す、請求項15に記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  17. 野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより、キモトリプシン、トリプシン、カルボキシペプチダーゼ、および/またはエラスターゼによるタンパク質分解に耐性を示す、請求項15に記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  18. 野生型Anabaena variabilisフェニルアラニンアンモニアリアーゼより酸安定性である、請求項9〜17のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  19. 精製されている、請求項1〜8のいずれかに記載の操作されたポリペプチド、または請求項9〜18のいずれかに記載の操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチド。
  20. 請求項1〜8、もしくは19に記載の少なくとも1つの操作されたポリペプチド、および/または請求項9〜19のいずれか一項に記載のフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドをコードする操作されたポリヌクレオチド配列。
  21. 制御配列に作動可能に連結されている、請求項20に記載の操作されたポリヌクレオチド配列。
  22. 前記ポリヌクレオチドがコドン最適化されている、請求項20および/または21に記載の操作されたポリヌクレオチド配列。
  23. 請求項20〜22のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリヌクレオチド配列、および少なくとも1つの制御配を含む、発現ベクター。
  24. 前記制御配列がプロモーターを含む、請求項23に記載の発現ベクター。
  25. 前記プロモーターが異種プロモーターである、請求項24に記載の発現ベクター。
  26. 請求項20〜22のいずれかに記載の少なくとも1つのポリヌクレオチド配列、および/または請求項23〜25のいずれかに記載の発現ベクターで形質転換された宿主細胞。
  27. 前記宿主細胞がE.coliである、請求項26に記載の宿主細胞。
  28. 宿主細胞において操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを生成する方法であって、請求項1〜19のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリペプチドおよび/もしくはフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドをコードする少なくとも1つのポリヌクレオチド、ならびに/または請求項20〜22に記載の少なくとも1つのポリヌクレオチド配列、ならびに/または請求項23〜25のいずれかに記載の少なくとも1つの発現ベクターを含む宿主細胞を、少なくとも1つの操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドが生成されるように、適切な培養条件下で培養するステップを含む、方法。
  29. 培養物および/または宿主細胞から少なくとも1つの操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを回収するステップをさらに含む、請求項28に記載の方法。
  30. 前記少なくとも1つの操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを精製するステップをさらに含む、請求項29に記載の方法。
  31. 請求項1〜19のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリペプチドおよび/または操作されたフェニルアラニンアンモニアリアーゼポリペプチドを含む、組成物。
  32. 請求項20〜22のいずれかに記載の少なくとも1つの操作されたポリヌクレオチドを含む、組成物。
  33. 医薬組成物である、請求項31および/または32に記載の組成物。
  34. 少なくとも1つの薬学的に許容される賦形剤および/または担体をさらに含む、請求項32および/または33に記載の組成物。
  35. フェニルケトン尿症の処置に適している、請求項31〜34のいずれかに記載の組成物。
  36. 上昇した血中フェニルアラニンの処置に適している、請求項31〜35のいずれかに記載の組成物。
  37. チロシン血症の処置に適している、請求項31〜36のいずれかに記載の組成物。
  38. 上昇した血中チロシンの処置に適している、請求項31〜37のいずれかに記載の組成物。
  39. 遺伝子治療における使用に適している、請求項31に記載の組成物。
  40. フェニルケトン尿症、上昇した血中フェニルアラニン、チロシン血症、および/または上昇した血中チロシン血症を処置するための遺伝子治療における使用に適している、請求項39に記載の組成物。
  41. mRNA治療における使用に適している、請求項31に記載の組成物。
  42. フェニルケトン尿症、上昇した血中フェニルアラニン、チロシン血症、および/または上昇した血中チロシン血症を処置するためのmRNA治療における使用に適している、請求項41に記載の組成物。
  43. ヒトへの経口投与に適している、請求項31〜42のいずれかに記載の組成物。
  44. 丸剤、錠剤、カプセル剤、ゲルキャップ、液体、またはエマルジョンの形態である、請求項31〜38、および/または43のいずれかに記載の組成物。
  45. 前記丸剤、錠剤、カプセル剤、またはゲルキャップが、腸溶コーティングをさらに含む、請求項44に記載の組成物。
  46. ヒトへの非経口注射に適している、請求項31〜43のいずれかに記載の組成物。
  47. 少なくとも1つの追加の治療有効化合物と共に投与される、請求項31〜46のいずれかに記載の組成物。
  48. 少なくとも1つの追加の治療有効化合物を含む、請求項47に記載の組成物。
  49. 対象におけるフェニルケトン尿症の症状を処置および/または防止するための、請求項31〜48のいずれかに記載の組成物。
  50. 前記対象の血液中のフェニルアラニン濃度が、前記組成物を前記対象に提供すると低減する、請求項49に記載の組成物
  51. 前記対象の血液中のケイ皮酸濃度が、前記組成物を前記対象に提供すると増加する、請求項49および/または50に記載の組成物
  52. フェニルケトン尿症の前記症状が改善される、請求項49〜51のいずれかに記載の組成物
  53. 前記対象が、前記組成物を提供されていない対象に必要とされる食事よりフェニルアラニン含量が少なく制限された食事を摂ることができる、請求項49〜52のいずれかに記載の組成物
  54. 前記対象が、乳児、小児、若年成人、または成人である、請求項49〜53のいずれかに記載の組成物
  55. 請求項31〜48のいずれかに記載された組成物の使用。
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