JP2020174621A - 甲状腺機能低下症のリスクを判定する方法 - Google Patents
甲状腺機能低下症のリスクを判定する方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
rs5945326:2型糖尿病に関するSNP(非特許文献 1)
rs846111:心電図の特徴(QT間隔)に関するSNP(非特許文献 2)
rs1823125:睡眠時間に関するSNP(非特許文献 3)
rs12688220:膵炎に関するSNP(非特許文献 4)
rs5955543:腎芽細胞腫(ウィルムス腫瘍)に関するSNP(非特許文献 5)
rs1934179:尿道下裂に関するSNP(非特許文献 6)
染色体番号 X
染色体上の位置 152899922
塩基配列 ATTCCTTCCCTCCTGGGGTCTACAC[A/G]CATTGCTACGGCCCCATCCCAGAGC(配列番号1)
染色体番号 1
染色体上の位置 6279370
塩基配列 AAAGGAAACAGCTGGGCTCCGAACG[C/G]CCTCTCAGAAGAGCCTCTACTGAAA(配列番号2)
染色体番号 2
染色体上の位置 114090412
塩基配列 AATTGCAGTGATGAACTTTAGGAGA[T/C]AGATCCCAAGGGAAAGAAGCCACCA(配列番号3)
染色体番号 X
染色体上の位置 106244767
塩基配列 ATGTCCTTTGAGCATCATTTTTTAC[T/C]CCCATTGGGTGCTTTACATTTGTCT(配列番号4)
染色体番号 X
染色体上の位置 17698397
塩基配列 GGCTGATTATCCCCATGGGAGGAAG[A/G]GGCTGCTGAGGGAAGTGCATGGGCC(配列番号5)
染色体番号 X
染色体上の位置 50182184
塩基配列 TGTATTTCTTCCAATAGTGACTGGC[T/C]TTTAGGAGCCAATTGATAGAAAAAT(配列番号6)
本SNPセットを用いた判定方法の精度について説明する。上記データベースから、テスト用に、利用者の遺伝子型情報と罹患情報とを対応付けたデータセットを作成した。データセットにおける各利用者の本SNPセットの各SNPの遺伝子型を、ホモ接合型(AA,BB)と、ヘテロ接合型(AB)に分類し、分類した各遺伝子型が図2に示す網掛けをした遺伝子型と一致する場合には、xiの値を1と評価し、一致しない場合には0と評価して、x1〜xNを特徴量として算出した。
本SNPセットを用いる判定モデルが、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルよりも有意に優れたモデルであることを確かめるために、ノンパラメトリック検定の一種であるウィルコクソンの順位和検定を行った。具体的には、本SNPセットを用いる判定モデルのAUCと、各比較SNPセットを用いる比較判定モデルのAUCとに差が無いという帰無仮説を設定し、有意水準を0.01としてウィルコクソンの順位和検定を行った。
検証から外したSNP p値
rs5945326(AA) 4.08×10-18
rs5945326(AG) 3.96×10-18
rs5945326(GG) 4.46×10-18
rs846111 4.46×10-18
rs1823125(TC) 3.96×10-18
rs1823125(TT) 4.33×10-18
rs12688220 3.96×10-18
rs5955543(AA) 4.89×10-18
rs5955543(AG) 3.96×10-18
rs1934179 3.96×10-18
Claims (1)
- rs5945326、rs846111、rs1823125、rs12688220、rs5955543、及びrs1934179を少なくとも含む一塩基多型セットの遺伝子型情報に基づいて、甲状腺機能低下症のリスクを判定する、方法。
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