JP2019537585A - Ezh2媒介性がんを治療するための組成物および方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本開示は、zesteホモログ2のエンハンサー(EZH2)を選択的に分解する/崩壊させる1つまたは複数の二価化合物を、EZH2媒介性がんの治療のために対象に投与するための組成物および方法、ならびにそのような分解物質/崩壊物質を設計するための方法に関する。
EZH2(zesteホモログ2のエンハンサー)は、ヒストンH3リジン27(H3K27)のメチル化を触媒するポリコーム抑制複合体2(PRC2)の主要な触媒サブユニットである(Cao et al., 2002、Czermin et al., 2002、Kuzmichev et al., 2002、Muller et al., 2002)。H3K27のトリメチル化(H3K27me3)は、遺伝子発現、分化および発生を調節する転写抑制的なエピジェネティックマークである。EZH2、他のPRC2成分(例えば、EEDおよびSUZ12)および/またはH3K27トリメチル化の異常調節は、若干数のがんに関連するとされてきた。例えば、EZH2は、前立腺がん、乳がん、骨髄腫およびリンパ腫を含む広範囲のがんにおいて過剰発現される。高いEZH2発現は、予後不良と相関する(Bachmann et al., 2006、Bodor et al., 2011、Bracken et al., 2003、Kim and Roberts, 2016、Kleer et al., 2003、Morin et al., 2010、Sauvageau and Sauvageau, 2010、Varambally et al., 2002)。PRC2によって触媒されるH3K27の過剰トリメチル化は、びまん性(diffused)大細胞型B細胞性リンパ腫(DLBCL)および悪性ラブドイド腫瘍(MRT)を含むがんの腫瘍形成および進行を推進する(Majer et al., 2012、McCabe et al., 2012a、Sneeringer et al., 2010)。故に、EZH2の薬理学的阻害は、これらのがんを治療するための標的療法として追求されてきた。実際に、EZH2のメチルトランスフェラーゼ活性を有効に阻害するEZH2阻害剤は、DLBCLおよびMRT細胞ならびに動物モデルにおいて強固な抗増殖活性を表示する(Kaniskan et al., 2017、Wang et al., 2015、Xu et al., 2015)。本出願の発明者らによって開発された経口バイオアベイラブルな阻害剤であるUNC1999を含む若干数のEZH2阻害剤が報告されている(Bradley et al., 2014、Brooun et al., 2016、Campbell et al., 2015、Gao et al., 2016、Garapaty-Rao et al., 2013、Gehling et al., 2015、Kaniskan et al., 2017、Knutson et al., 2013、Knutson et al., 2012、Konze et al., 2013、Kung et al., 2016、McCabe et al., 2012b、Qi et al., 2012、Song et al., 2016、Verma et al., 2012、Yang et al., 2016)。それらの中でも、EPZ−6438、GSK126、CPI−1205およびPF−06821497は、リンパ腫およびMRTのいくつかのサブタイプの治療のための第I/II相臨床試験に入っている。
本開示は、概して、EZH2を選択的に分解する/崩壊させる二価化合物(「EZH2分解物質/崩壊物質」)、ならびに、EZH2分解物質/崩壊物質による、同じ種および組織型の野生型組織と比べてEZH2を過剰発現するがんを含むがこれらに限定されないEZH2媒介性がんの治療のための方法に関する。理論に縛られることを望むものではないが、本明細書において開示されているEZH2分解物質/崩壊物質は、二重機能(酵素阻害プラスタンパク質分解/崩壊)を有することから、ここで開示/特許請求されている二価化合物は、EZH2の酵素活性を阻害するがEZH2タンパク質レベルに影響を及ぼさない、現在のEZH2阻害剤よりも有意により有効な治療剤である可能性がある。本開示は、本明細書において記述されている通りのEZH2分解物質/崩壊物質を同定するための方法をさらに提供する。
ヘテロ原子(−NH−、−N(C1〜3アルキル)−、O)を持つまたは持たない3〜13員環、縮合環、架橋環またはスピロ環である。
分解/崩壊タグとコンジュゲートしているEZH2リガンドを含む二価試験化合物を提供するステップと、
二価試験化合物を、ユビキチンリガーゼおよびEZH2を含む細胞と接触させるステップと、
細胞中でEZH2レベルが減少するか否かを決定するステップと、
細胞中でEZH2レベルが減少する場合、二価試験化合物を、EZH2の低減を媒介する二価化合物として同定するステップと
を含む。細胞は、がん細胞(例えば、EZH2媒介性がん細胞)であってもよい。
本開示は、EZH2を選択的に分解する/崩壊させる新規二価化合物(「EZH2分解物質/崩壊物質」)が、TNBCを含むがこれに限定されないEZH2媒介性がんの治療において有用であるという発見に、一部分において、基づく。下記の例において論じられる通り、本開示は、新規EZH2分解物質/崩壊物質の具体例を提供する。異なる腫瘍細胞株の増殖に対する例示的な分解物質/崩壊物質の効果を検査した。EZH2およびH3K27me3タンパク質レベルならびにPRC2−EZH2複合体の酵素活性に対する例示的な分解物質/崩壊物質の効果も審査した。この新規治療的アプローチは、特にTNBCのための標準ケアが主として化学療法および放射線であることから、有益となり得る。加えて、理論に縛られることを望むものではないが、本明細書において開示されているEZH2分解物質/崩壊物質は、二重機能(酵素阻害プラスタンパク分解/崩壊)を有することから、EZH2の酵素活性を阻害するがEZH2タンパク質レベルに影響を及ぼさない、他のEZH2媒介性がんを治療するための現在のEZH2阻害剤よりも有意により有効となり得る。
ヘテロ原子(−NH−、−N(C1〜3アルキル)−、O)を持つまたは持たない3〜13員環、縮合環、架橋環またはスピロ環である。
を有する。例示的な分解/崩壊タグ(X)および例示的なEZH2リガンド(Y)は、上述されており、また以下に例証する:
基=図「追加の例示的な化合物(I)」において出現する基A、B、C、DまたはF
以下の各構造は、阻害剤のバリアントおよび各基のバリアントの組合せを表す(図「追加の例示的な化合物(I)」においておよび現在の図「追加の例示的な化合物(II)」において例証されている通り)
HPLC:すべての化合物についてのHPLCスペクトルは、DAD検出器付きのAgilent(商標)1200シリーズシステムを使用して獲得した。クロマトグラフィーは、0.1%ギ酸を含有する水を溶媒Aとしておよび0.1%ギ酸を含有するアセトニトリルを溶媒Bとして用いる、2.1×150mm Zorbax(商標)300SB−C18 5μmカラムで、0.4ml/分の流速にて実施した。勾配プログラムは、次の通りであった:1%B(0〜1分)、1〜99%B(1〜4分)および99%B(4〜8分)。高分解能質量スペクトル(HRMS)データは、エレクトロスプレーイオン化(ESI)源付きのAgilent(商標)G1969A API−TOFを使用して、正イオンモードで獲得した。核磁気共鳴(NMR)スペクトルは、プロトンについては600MHz(1H NMR)および炭素については150MHz(13C NMR)を用い、Bruker(登録商標)DRX−600分析計で獲得した;化学シフトは(δ)で報告される。分取HPLCは、254nmに設定したUV検出器付きのAgilent(商標)Prep 1200シリーズで実施した。試料を、Phenomenex(商標)LUNA(登録商標)75×30mm、5μm、C18カラムに室温で注射した。流速は、40ml/分であった。線形勾配は、H2O(0.1%TFAを加えたもの)(B)中10%(または50%)のMeOH(A)から100%のMeOH(A)で使用した。HPLCを使用して、標的化合物の純度を確立した。上述したHPLC方法を使用すると、すべての最終化合物が95%超の純度を有していた。
AM16−10Aの合成
AM16−11Aの合成
AM16−11Aは、中間体2(92mg、0.13mmol)、HOAt(27mg、0.20mmol)、3−(1−アダマンチル)プロパン酸(33mg、0.16mmol、Matrix Scientific(商標)、038155番)、NMM(57μL、0.52mmol)、EDCI(39mg、0.20mmol)およびDMSO(2.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−11Aは、TFA塩形態の白色固体(58mg、51%)として取得された。
AM16−37Aの合成
AM16−37Aは、中間体1(100mg、0.16mmol)、HOAt(33mg、0.24mmol)、1−アダマンタン酢酸(38mg、0.19mmol)、NMM(71μL、0.64mmol)、EDCI(46mg、0.24mmol)およびDMSO(2.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−37Aは、黄色固体(73mg、65%)として取得された。
AM16−38Aの合成
AM16−38Aは、中間体1(100mg、0.16mmol)、HOAt(33mg、0.24mmol)、1−アダマンタン酢酸(38mg、0.19mmol)、NMM(71μL、0.64mmol)、EDCI(46mg、0.24mmol)およびDMSO(2.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−38Aは、褐色固体(69mg、60%)として取得された。
XY019−43の合成
XY019−44の合成
XY019−44(12mg、21%)は、XY019−43を調製するための手順に従って合成した。
XY019−079の合成
XY019−080の合成
AM16−91Aの合成
AM16−92Aの合成
AM16−92Aは、中間体3(100mg、0.16mmol)、HOAt(33mg、0.24mmol)、1−アダマンタン酢酸(38mg、0.20mmol)、NMM(71μL、0.64mmol)、EDCI(46mg、0.24mmol)およびDMSO(2.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−92Aは、TFA塩形態の白色固体(77mg、61%)として取得された。
AM16−93Aの合成
AM16−93Aは、中間体3(100mg、0.16mmol)、HOAt(33mg、0.24mmol)、3−(1−アダマンチル)プロパン酸(42mg、0.20mmol)、NMM(71μL、0.64mmol)、EDCI(46mg、0.24mmol)およびDMSO(2.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−93Aは、TFA塩形態の緑色固体(85mg、66%)として取得された。
AM16−97Aの合成
AM16−97Aは、中間体3(67mg、0.11mmol)、HOAt(23mg、0.17mmol)、(2R)−4−((1r,3S)−アダマンタン−1−イル)−2−メチルブタン酸(25mg、0.11mmol)、NMM(49μL、0.44mmol)、EDCI(33mg、0.17mmol)およびDMSO(2.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。(2R)−4−((1r,3S)−アダマンタン−1−イル)−2−メチルブタン酸は、これまでに報告された手順(Neklesa et al., 2011)に従って合成した。AM16−97Aは、TFA塩形態の褐色固体(58mg、63%)として取得された。
AM16−100Aの合成
AM16−100Aは、中間体3(75mg、0.12mmol)、HOAt(25mg、0.18mmol)、1−アダマンタンカルボン酸(27mg、0.15mmol、Sigma(登録商標)、106399番)、NMM(53μL、0.48mmol)、EDCI(35mg、0.18mmol)およびDMSO(1.5mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−100Aは、TFA塩形態の褐色固体(92mg、99%)として取得された。
AM16−101Aの合成
AM16−102Aの合成
AM16−105Aの合成
AM16−105Aは、中間体7(100mg、0.15mmol)、HOAt(31mg、0.23mmol)、(2R)−4−((1r,3S)−アダマンタン−1−イル)−2−メチルブタン酸(36mg、0.15mmol)、NMM(66μL、0.60mmol)、EDCI(44mg、0.23mmol)およびDMSO(1.5mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−105Aは、TFA塩形態の白色固体(102mg、77%)として取得された。
AM16−106Aの合成
AM16−106Aは、中間体8(100mg、0.15mmol)、HOAt(31mg、0.23mmol)、(2R)−4−((1r,3S)−アダマンタン−1−イル)−2−メチルブタン酸(36mg、0.15mmol)、NMM(66μL、0.60mmol)、EDCI(44mg、0.23mmol)およびDMSO(1.5mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM16−106Aは、TFA塩形態の固体(101mg、76%)として取得された。
XY012−120の合成
AM29−21Aの合成
AM29−21Aは、中間体5(80mg、0.09mmol)、HOAt(19mg、0.14mmol)、3,5−ジメチルアダマンタン−1−酢酸(25mg、0.11mmol、Sigma(登録商標)、679976番)、NMM(40μL、0.36mmol)、EDCI(27mg、0.14mmol)およびDMSO(1.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−21Aは、TFA塩形態のオフホワイトの固体(58mg、74%)として取得された。
AM29−22Aの合成
AM29−22Aは、中間体5(80mg、0.09mmol)、HOAt(19mg、0.14mmol)、3,5−ジメチルアダマンタン−1−カルボン酸(23mg、0.11mmol、Sigma(登録商標)、679984番)、NMM(40μL、0.36mmol)、EDCI(27mg、0.14mmol)およびDMSO(1.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−22Aは、TFA塩形態のオフホワイトの固体(67mg、87%)として取得された。
AM29−32Aの合成
AM29−33Aの合成
AM29−33Aは、中間体12(55mg、0.08mmol)、HOAt(17mg、0.12mmol)、1−アダマンタンメチルアミン(16mg、0.10mmol、Acros Organics、177420010番)、NMM(35μL、0.32mmol)、EDCI(23mg、0.12mmol)およびDMSO(1.0mL)から、AM16−10Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−33Aは、TFA塩形態のオフホワイトの固体(60mg、90%)として取得された。
AM16−103Aの合成
中間体7(60mg、0.09mmol)および中間体6(48mg、0.27mmol)を、DCM(1.5mL)およびメタノール(1.5mL)に溶解した。溶液に、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウム(77mg、0.36mmol)を0℃で添加した。室温で終夜撹拌した後、混合物を分取HPLCによって精製して、AM16−103AをTFA塩形態の黄色固体(59mg、80%)として生じさせた。
AM29−182Aの合成
AM29−182Aは、中間体7(30mg、0.05mmol)、HOAt(9mg、0.07mmol)、2−(アダマンタン−2−イル)酢酸(11mg、0.06mmol)、NMM(20μL、0.18mmol)、EDCI(14mg、0.07mmol)およびDMSO(1.0mL)から、XY019−43を調製するための手順に従って合成した。AM29−182は、TFA塩形態の白色固体(27mg、72%)として取得された。
AM29−55Aの合成
AM29−151Aの合成
AM29−152Aの合成
AM29−152Aは、中間体7(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、3−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)プロパン酸(6mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−152Aは、TFA塩形態の黄色固体(9.6mg、65%)として取得された。
AM29−137Aの合成
AM29−137Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((2−アミノエチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(8mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−137Aは、TFA塩形態の黄色固体(11mg、75%)として取得された。
AM29−153Aの合成
AM29−153Aは、中間体7(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)ブタン酸(6mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−153Aは、TFA塩形態の黄色固体(11mg、78%)として取得された。
AM29−138Aの合成
AM29−138Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((3−アミノプロピル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(8mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−138Aは、TFA塩形態の黄色固体(14mg、96%)として取得された。
AM29−154Aの合成
AM29−154Aは、中間体7(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、5−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)ペンタン酸(7mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−154Aは、TFA塩形態の黄色固体(12mg、82%)として取得された。
AM29−139Aの合成
AM29−139Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((4−アミノブチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(8mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−139Aは、TFA塩形態の黄色固体(9.8mg、66%)として取得された。
AM29−155Aの合成
AM29−155Aは、中間体7(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、6−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)ヘキサン酸(7mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−155Aは、TFA塩形態の黄色固体(12mg、76%)として取得された。
AM29−170Aの合成
AM29−170Aは、中間体12(20mg、0.02mmol)、HATU(22mg、0.06mmol)、4−((5−アミノペンチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(17mg、0.04mmol)、DIPEA(20μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−170Aは、TFA塩形態の黄色固体(20mg、64%)として取得された。
AM29−156Aの合成
AM29−156Aは、中間体7(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、7−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)ヘプタン酸(7mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−156Aは、TFA塩形態の黄色固体(13mg、83%)として取得された。
AM29−171Aの合成
AM29−171Aは、中間体12(20mg、0.02mmol)、HATU(22mg、0.06mmol)、4−((6−アミノヘキシル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(17mg、0.04mmol)、DIPEA(20μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−171Aは、TFA塩形態の黄色固体(20mg、66%)として取得された。
AM29−157Aの合成
AM29−157Aは、中間体7(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、8−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)オクタン酸(8mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−157Aは、TFA塩形態の黄色固体(11mg、67%)として取得された。
AM29−172Aの合成
AM29−172Aは、中間体12(20mg、0.02mmol)、HATU(22mg、0.06mmol)、4−((7−アミノヘプチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(18mg、0.04mmol)、DIPEA(20μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−172Aは、TFA塩形態の黄色固体(23mg、73%)として取得された。
AM29−173Aの合成
AM29−173Aは、中間体12(20mg、0.02mmol)、HATU(22mg、0.06mmol)、4−((8−アミノオクチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(18mg、0.04mmol)、DIPEA(20μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−173Aは、TFA塩形態の黄色固体(26mg、82%)として取得された。
AM16−79Aの合成
AM29−177Aの合成
AM29−177Aは、中間体7(20mg、0.03mmol)、HATU(23mg、0.06mmol)、3−(2−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)エトキシ)プロパン酸(14mg、0.04mmol)、DIPEA(21μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−177Aは、TFA塩形態の黄色固体(30mg、95%)として取得された。
AM29−141Aの合成
AM29−141Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((2−(2−アミノエトキシ)エチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(8mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−141Aは、TFA塩形態の黄色液体(4.8mg、32%)として取得された。
AM29−178Aの合成
AM29−178Aは、中間体7(20mg、0.03mmol)、HATU(23mg、0.06mmol)、3−(2−(2−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)エトキシ)エトキシ)プロパン酸(16mg、0.04mmol)、DIPEA(21μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−178Aは、TFA塩形態の黄色固体(27mg、85%)として取得された。
AM29−142Aの合成
AM29−142Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((2−(2−(2−アミノエトキシ)エトキシ)エチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(8mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−142Aは、TFA塩形態の褐色液体(4mg、25%)として取得された。
AM29−179Aの合成
AM29−179Aは、中間体7(20mg、0.03mmol)、HATU(23mg、0.06mmol)、3−(2−(2−(2−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)エトキシ)エトキシ)エトキシ)プロパン酸(18mg、0.04mmol)、DIPEA(21μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−179Aは、TFA塩形態の黄色固体(26mg、78%)として取得された。
AM29−143Aの合成
AM29−143Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((2−(2−(2−(2−アミノエトキシ)エトキシ)エトキシ)エチル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(9mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−143Aは、TFA塩形態の褐色液体(11mg、67%)として取得された。
AM29−180Aの合成
AM29−180Aは、中間体7(20mg、0.03mmol)、HATU(23mg、0.06mmol)、1−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)−3,6,9,12−テトラオキサペンタデカン−15−オイック酸(20mg、0.04mmol)、DIPEA(21μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−180Aは、TFA塩形態の黄色固体(31mg、90%)として取得された。
AM29−144Aの合成
AM29−144Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((14−アミノ−3,6,9,12−テトラオキサテトラデシル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(10mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−144Aは、TFA塩形態の黄色固体(9mg、53%)として取得された。
AM29−145Aの合成
AM29−145Aは、中間体12(10mg、0.02mmol)、HATU(11mg、0.03mmol)、4−((17−アミノ−3,6,9,12,15−ペンタオキサヘプタデシル)アミノ)−2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)イソインドリン−1,3−ジオン(11mg、0.02mmol)、DIPEA(11μL、0.06mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−145Aは、TFA塩形態の黄色液体(12mg、70%)として取得された。
AM29−181Aの合成
AM29−181Aは、中間体7(20mg、0.03mmol)、HATU(23mg、0.06mmol)、1−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)−3,6,9,12,15−ペンタオキサオクタデカン−18−オイック酸(21mg、0.04mmol)、DIPEA(21μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM29−181Aは、TFA塩形態の黄色固体(9mg、25%)として取得された。
AM41−16Aの合成
AM41−16Aは、中間体7(18mg、0.03mmol)、HATU(21mg、0.05mmol)、1−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)−3,6,9,12,15,18,21,24−オクタオキサヘプタコサン−27−オイック酸(19mg、0.03mmol)、DIPEA(19μL、0.11mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM41−16Aは、TFA塩形態の黄色液体(31mg、86%)として取得された。
AM41−17Aの合成
AM41−17Aは、中間体7(18mg、0.03mmol)、HATU(18mg、0.05mmol)、1−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)−3,6,9,12,15,18,21,24,27,30−デカオキサトリトリアコンタン−33−オイック酸(19mg、0.02mmol)、DIPEA(17μL、0.10mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM41−17Aは、TFA塩形態の黄色液体(27mg、79%)として取得された。
AM41−18Aの合成
AM41−18Aは、中間体7(18mg、0.03mmol)、HATU(14mg、0.04mmol)、1−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)−3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36−ドデカオキサノナトリアコンタン−39−オイック酸(16mg、0.02mmol)、DIPEA(13μL、0.07mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM41−18Aは、TFA塩形態の黄色液体(18mg、66%)として取得された。
XY012−157の合成
XF034−164Aの合成
XF034−165Aの合成
XF034−166Aの合成
XF034−167Aの合成
XF034−168Aの合成
XY019−041の合成
XF034−169Aの合成
XF034−170Aの合成
XF034−171Aの合成
CZ40−10の合成
CZ40−10は、NH2−PEG8−CH2CH2COOtBuとの反応により、CZ40−09を調製するための手順に従って合成した。
CZ40−09の合成
CZ40−11の合成
CZ40−11は、NH2−PEG12−CH2CH2COOtBuとの反応により、CZ40−09を調製するための手順に従って合成した。
XY019−077の合成
XY019−083の合成
XY019−084の合成
XY019−084(20mg、49%)は、中間体16から、XY019−083を調製するための手順に従って合成した。
XF034−172Aの合成
XF034−173Aの合成
XF034−174Aの合成
XF034−175Aの合成
XF034−176Aの合成
XF034−177Aの合成
YS36−48の合成
YS36−49の合成
YS36−50の合成
YS36−51の合成
YS36−52の合成
YS36−53の合成
YS36−54の合成
YS36−55の合成
YS36−56の合成
YS36−57の合成
YS36−58の合成
YS36−59の合成
XY028−086の合成
CZ40−72の合成
CZ40−73の合成
CZ40−75の合成
CZ40−149の合成
CZ40−74の合成
CZ40−131の合成
AM41−36Aの合成
AM41−37Aの合成
AM41−37Aは、AM41−35A(20mg、0.03mmol)、HOAt(6mg、0.05mmol)、2−(アダマンタン−2−イル)酢酸(7mg、0.04mmol)、EDCI(9mg、0.05mmol)、NMM(14μL、0.12mmol)およびDMSO(1.0mL)から、AM41−36Aを調製するための手順に従って合成した。AM41−37Aは、TFA塩形態のオフホワイトの固体(21mg、83%)として取得された。
AM41−39Aの合成
AM41−39Aは、AM41−35A(20mg、0.03mmol)、中間体6(16mg、0.09mmol)、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウム(26mg、0.12mmol)、DCM(0.5mL)およびメタノール(0.5mL)から、AM16−103Aを調製するための手順に従って合成した。AM41−39Aは、白色固体(6mg、24%)として取得された。
AM41−41Aの合成
AM41−41Aは、AM41−35A(20mg、0.03mmol)、中間体6(5mg、0.03mmol)、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウム(26mg、0.12mmol)、DCM(0.5mL)およびメタノール(0.5mL)から、AM16−103Aを調製するための手順に従って合成した。AM41−41Aは、白色固体(10mg、46%)として取得された。
AM41−38Aの合成
AM41−38Aは、AM41−35A(20mg、0.03mmol)、HATU(23mg、0.06mmol)、3−(2−((2−(2,6−ジオキソピペリジン−3−イル)−1,3−ジオキソイソインドリン−4−イル)アミノ)エトキシ)プロパン酸(14mg、0.04mmol)、DIPEA(21μL、0.12mmol)およびDMF(1.0mL)から、AM29−151Aを調製するための手順に従って合成した。AM41−38Aは、TFA塩形態の黄色固体(16mg、51%)として取得された。
AM41−40Aの合成
AM41−40Aは、XY028−086を調製するための手順に従って合成した。AM41−40Aは、TFA塩形態のオフホワイトの固体(15mg、44%)として取得された。
XF042−84の合成
XF042−85の合成
XF042−95の合成
XF042−132の合成
XF042−86の合成
XF042−94の合成
XF042−89の合成
XF042−90の合成
XF042−93の合成
XF042−133の合成
XF042−91の合成
XF042−92の合成
増殖アッセイ
1〜3×103個の細胞を、96ウェルプレートに2連で播種し、示されている化合物濃度で処理した。37℃および5%CO2で動作される細胞培養インキュベーターに入れたIncuCyte(登録商標)ライブセルイメージングシステム(Essen BioScience(商標)、Ann Arbor、MI)を使用して、細胞をモニターした。位相差画像に由来する計算を使用して、細胞集密を決定した。細胞増殖の最大阻害の50%を表す濃度(GI50)値は、GraphPad Prism(登録商標)v5を使用して標準的な4パラメーターロジスティックに当てはめることによって決定した。結果を表2および3に提供する。種々のがん細胞株についてここで記述される選択EZH2分解物質/崩壊物質のGI50を描写するグラフを、図4〜49に示す。
ウエスタンブロットアッセイ
およそ1×104個の細胞を、6ウェルプレート中に平板培養し、示されている濃度の化合物で、示されている時間にわたって処理した。Laemmli緩衝液を使用してタンパク質溶解物を調製し、ブラッドフォードアッセイを使用してタンパク質溶解物の濃度を決定した。試料1つ当たり平均10〜20μgのタンパク質を、4〜20%トリス−グリシンポリアクリルアミドゲルまたはNuPAGE(商標)4〜12%ビス−トリスタンパク質ゲル上で分析した。EZH2(Cell Signaling(登録商標)5246番)、H3K27me3(Millipore(商標)07−449番)、ビンキュリン(Sigma(登録商標)V9131番)、H3(Cell Signaling(登録商標)4499S番)またはβ−アクチン(Sigma(登録商標)A4700番)一次抗体を、製造業者の説明書に従って使用した。
生化学的アッセイ
メチルトランスフェラーゼ活性アッセイは、EZH2/PRC2 5成分複合体について、シンチレーション近接アッセイ(SPA)を使用して、S−アデノシルメチオニン(3H−SAM)からビオチン化ペプチド基質へのトリチウム標識されたメチル基の組み込みをモニターすることによって実施した。化合物をDMSOに、10mMのストック濃度まで溶解した。化合物を、10用量IC50モードで、3倍連続希釈を用い、2連で、10μMにて試験した。反応は、1μM SAMおよび5μMヒストンH3で行った。AM16−10A、XY019−43およびAM16−101Aについての結果を、図55〜57に示す。
本発明をその詳細な記述と併せて記述してきたが、前述の記述は、本発明の範囲を限定するのではなく例証するように意図されており、これは、添付の請求項の範囲によって定義されることを理解されたい。他の態様、利点および修正は、下記の請求項の範囲内である。
Claims (29)
- 分解/崩壊タグとコンジュゲートしているzesteホモログ2のエンハンサー(EZH2)リガンドを含む二価化合物。
- 前記EZH2リガンドが、EZH2阻害剤である、請求項1に記載の二価化合物。
- 前記EZH2リガンドが、UNC1999、EPZ005687、EPZ−6438、GSK126、EI1、CPI−1205、GSK343、CPI−360、EPZ011989、化合物24、化合物3、化合物31、ZLD1039、PF−06821497、JQEZ5、およびそれらの類似体からなる群から選択される、請求項2に記載の二価化合物。
- 前記分解/崩壊タグが、アダマンタン、1−((4,4,5,5,5−ペンタフルオロペンチル)スルフィニル)ノナン、ポマリドマイド、サリドマイド、レナリドマイド、VHL−1、およびそれらの類似体からなる群から選択される、請求項1から3のいずれか一項に記載の二価化合物。
- 前記分解/崩壊タグが、ユビキチンリガーゼと結合する、またはEZH2タンパク質ミスフォールディングを模倣する、請求項1から4のいずれか一項に記載の二価化合物。
- 前記ユビキチンリガーゼが、E3リガーゼである、請求項5に記載の二価化合物。
- 前記E3リガーゼが、セレブロンE3リガーゼおよびVHLE3リガーゼからなる群から選択される、請求項6に記載の二価化合物。
- EZH2タンパク質ミスフォールディングを模倣する前記分解/崩壊タグが、疎水性基を含む、請求項5に記載の二価化合物。
- 前記EZH2リガンドが、リンカーを介して前記分解/崩壊タグとコンジュゲートしている、請求項1から8のいずれか一項に記載の二価化合物。
- 前記リンカーが、非環式または環式の飽和または不飽和炭素、エチレングリコール、アミド、アミノ、エーテルまたはカルボニル含有基を含む、請求項9に記載の二価化合物。
- 前記リンカーが、
- 前記リンカーが、
−CH=CH−;−C(C1〜3アルキル)=C(C1〜3アルキル)−;−C≡C−;−O−;−NH−;−N(C1〜3アルキル)−;−C(O)NH−;−C(O)N(C1〜3アルキル)−;または、−NH−、−N(C1〜3アルキル)−および−O−からなる群から選択される1つもしくは複数のヘテロ原子を持つまたは持たない3〜13員環、縮合環、架橋環もしくはスピロ環であり、
XおよびYは、独立して、OまたはH2であり、
mおよびnは、独立して、0〜15である]
である、請求項9または10に記載の二価化合物。 - Rが、
からなる群、または
および
からなる群から選択される、請求項12に記載の二価化合物。 - 前記二価化合物が、AM16−10A、AM16−11A、AM16−37A、AM16−38A、XY019−43、XY019−44、XY019−079、XY019−080、AM16−91A、AM16−92A、AM16−93A、AM16−97A、AM16−100A、AM16−101A、AM16−102A、AM16−105A、AM16−106A、XY012−120、AM29−21A、AM29−22A、AM29−32A、AM29−33A、AM16−103A、AM29−182A、AM29−55A、AM29−151A、AM29−152A、AM29−137A、AM29−153A、AM29−138A、AM29−154A、AM29−139A、AM29−155A、AM29−170A、AM29−156A、AM29−171A、AM29−157A、AM29−172A、AM29−173A、AM16−79A、AM29−177A、AM29−141A、AM29−178A、AM29−142A、AM29−179A、AM29−143A、AM29−180A、AM29−144A、AM29−145A、AM29−181A、AM41−16A、AM41−17A、AM41−18A、XY012−157、XF034−164A、XF034−165A、XF034−166A、XF034−167A、XF034−168A、XY019−041、XF034−169A、XF034−170A、XF034−171A、CZ40−10、CZ40−09、CZ40−11、XY019−077、XY019−083、XY019−084、XF034−172A、XF034−173A、XF034−174A、XF034−175A、XF034−176A、XF034−177A、YS36−48、YS36−49、YS36−50、YS36−51、YS36−52、YS36−53、YS36−54、YS36−55、YS36−56、YS36−57、YS36−58、YS36−59、XY028−086、CZ40−72、CZ40−73、CZ40−75、CZ40−149、CZ40−74、CZ40−131、AM41−36A、AM41−37A、AM41−39A、AM41−41A、AM41−38A、AM41−40A、XF042−84、XF042−85、XF042−95、XF042−132、XF042−86、XF042−94、XF042−89、XF042−90、XF042−93、XF042−133、XF042−91、およびXF042−92からなる群から選択される、請求項1から13のいずれかに記載の二価化合物。
- AM16−10A、AM16−11A、AM16−37A、AM16−38A、XY019−43、XY019−44、XY019−079、XY019−080、AM16−91A、AM16−92A、AM16−93A、AM16−97A、AM16−100A、AM16−101A、AM16−102A、AM16−105A、AM16−106A、XY012−120、AM29−21A、AM29−22A、AM29−32A、AM29−33A、AM16−103A、AM29−182A、AM29−55A、AM29−151A、AM29−152A、AM29−137A、AM29−153A、AM29−138A、AM29−154A、AM29−139A、AM29−155A、AM29−170A、AM29−156A、AM29−171A、AM29−157A、AM29−172A、AM29−173A、AM16−79A、AM29−177A、AM29−141A、AM29−178A、AM29−142A、AM29−179A、AM29−143A、AM29−180A、AM29−144A、AM29−145A、AM29−181A、AM41−16A、AM41−17A、AM41−18A、XY012−157、XF034−164A、XF034−165A、XF034−166A、XF034−167A、XF034−168A、XY019−041、XF034−169A、XF034−170A、XF034−171A、CZ40−10、CZ40−09、CZ40−11、XY019−077、XY019−083、XY019−084、XF034−172A、XF034−173A、XF034−174A、XF034−175A、XF034−176A、XF034−177A、YS36−48、YS36−49、YS36−50、YS36−51、YS36−52、YS36−53、YS36−54、YS36−55、YS36−56、YS36−57、YS36−58、YS36−59、XY028−086、CZ40−72、CZ40−73、CZ40−75、CZ40−149、CZ40−74、CZ40−131、AM41−36A、AM41−37A、AM41−39A、AM41−41A、AM41−38A、AM41−40A、XF042−84、XF042−85、XF042−95、XF042−132、XF042−86、XF042−94、XF042−89、XF042−90、XF042−93、XF042−133、XF042−91、およびXF042−92からなる群から選択される二価化合物。
- zesteホモログ2のエンハンサー(EZH2)媒介性がんを治療する方法であって、EZH2媒介性がんを持つ、それを必要とする対象において、分解/崩壊タグとコンジュゲートしているzesteホモログ2のエンハンサー(EZH2)リガンドを含む二価化合物を対象に投与するステップを含む、方法。
- 前記EZH2媒介性がんが、同じ種および組織型の野生型組織と比べてEZH2を過剰発現する、請求項16に記載の方法。
- 前記EZH2媒介性がんが、過剰トリメチル化H3K27を含む、請求項16または17に記載の方法。
- 前記少なくとも1つの二価化合物が、AM16−10A、AM16−11A、AM16−37A、AM16−38A、XY019−43、XY019−44、XY019−079、XY019−080、AM16−91A、AM16−92A、AM16−93A、AM16−97A、AM16−100A、AM16−101A、AM16−102A、AM16−105A、AM16−106A、XY012−120、AM29−21A、AM29−22A、AM29−32A、AM29−33A、AM16−103A、AM29−182A、AM29−55A、AM29−151A、AM29−152A、AM29−137A、AM29−153A、AM29−138A、AM29−154A、AM29−139A、AM29−155A、AM29−170A、AM29−156A、AM29−171A、AM29−157A、AM29−172A、AM29−173A、AM16−79A、AM29−177A、AM29−141A、AM29−178A、AM29−142A、AM29−179A、AM29−143A、AM29−180A、AM29−144A、AM29−145A、AM29−181A、AM41−16A、AM41−17A、AM41−18A、XY012−157、XF034−164A、XF034−165A、XF034−166A、XF034−167A、XF034−168A、XY019−041、XF034−169A、XF034−170A、XF034−171A、CZ40−10、CZ40−09、CZ40−11、XY019−077、XY019−083、XY019−084、XF034−172A、XF034−173A、XF034−174A、XF034−175A、XF034−176A、XF034−177A、YS36−48、YS36−49、YS36−50、YS36−51、YS36−52、YS36−53、YS36−54、YS36−55、YS36−56、YS36−57、YS36−58、YS36−59、XY028−086、CZ40−72、CZ40−73、CZ40−75、CZ40−149、CZ40−74、CZ40−131、AM41−36A、AM41−37A、AM41−39A、AM41−41A、AM41−38A、AM41−40A、XF042−84、XF042−85、XF042−95、XF042−132、XF042−86、XF042−94、XF042−89、XF042−90、XF042−93、XF042−133、XF042−91、およびXF042−92からなる群から選択される、請求項16から18のいずれかに記載の方法。
- 前記少なくとも1つの二価化合物が、経口的に、非経口的に、皮内に、皮下に、局所的にまたは経直腸的に投与される、請求項16から19のいずれかに記載の方法。
- がんを治療するための1つまたは複数の追加の治療レジメンで前記対象を治療するステップをさらに含む、請求項16から20のいずれかに記載の方法。
- 前記1つまたは複数の追加の治療レジメンが、手術、化学療法、放射線療法、ホルモン療法および免疫療法からなる群から選択される、請求項21に記載の方法。
- 前記EZH2媒介性がんが、乳がん、膠芽細胞腫、前立腺がん、子宮がん、卵巣がん、膵臓がん、黒色腫、腎細胞癌、膀胱がん、結腸直腸がん、リンパ腫、白血病、悪性ラブドイド腫瘍および口腔咽頭がんからなる群から選択される、請求項16から22のいずれかに記載の方法
- 前記乳がんが、トリプルネガティブ乳がん(TNBC)である、請求項23に記載の方法。
- 前記EZH2媒介性がんが、再発がんである、請求項16から24のいずれかに記載の方法。
- 前記EZH2媒介性がんが、1つまたは複数の過去の治療に対して不応性である、請求項16から25のいずれかに記載の方法。
- EZH2の分解/崩壊を媒介する二価化合物を同定するための方法であって、
分解/崩壊タグとコンジュゲートしているEZH2リガンドを含む二価試験化合物を提供するステップと、
前記二価試験化合物を、ユビキチンリガーゼおよびEZH2を含む細胞と接触させるステップと、
前記細胞中でEZH2レベルが減少するか否かを決定するステップと、
前記細胞中でEZH2レベルが減少する場合、前記二価試験化合物を、EZH2の低減を媒介する二価化合物として同定するステップと
を含む、方法。 - 前記細胞が、がん細胞である、請求項27に記載の方法。
- 前記がん細胞が、EZH2媒介性がん細胞である、請求項28に記載の方法。
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