JP2019530456A5

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Publication number: JP2019530456A5
Application number: JP2019517933A
Authority: JP
Filing date: 2017-09-28
Publication date: 2020-11-12

Claims

エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱させることができる阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）により哺乳類腫瘍細胞には存在しないが、少なくとも関連哺乳類正常組織の全ての細胞に存在する多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体へ特異的に結合する細胞外ドメインと、エフェクター免疫細胞を阻害する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインとを含む、核酸分子。
前記多形細胞表面エピトープが、ＨＬＡＩ型、Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）、イオンチャネルまたは受容体チロシンキナーゼなどのハウスキーピング遺伝子産物、好ましくは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、またはＨＬＡ−Ｃのものである、請求項１に記載の核酸分子。
前記細胞外ドメインが、（ｉ）ヒト化抗体、ヒト抗体、抗体の機能的フラグメント、ナノボディなどの単一ドメイン抗体、組換え抗体、および一本鎖可変フラグメント（ＳｃＦｖ）などの抗体、その誘導体またはフラグメント、（ｉｉ）アフィボディ分子などの抗体模倣物、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アビマー、ＤＡＲＰｉｎ、フィノマー、クニッツドメインペプチド、およびモノボディ、または（ｉｉｉ）アプタマーを含む、請求項１に記載の核酸分子。
前記哺乳類組織がヒト組織であり、前記関連哺乳類正常組織が腫瘍の発生した正常組織である、請求項１に記載の核酸分子。
前記エフェクター免疫細胞がＴ細胞、ナチュラルキラー細胞またはサイトカイン誘導性キラー細胞である、請求項１に記載の核酸分子。
エフェクター免疫細胞を阻害することができる前記少なくとも１つのシグナル伝達要素が、免疫チェックポイントタンパク質のシグナル伝達要素と相同である、請求項１に記載の核酸分子。
前記免疫チェックポイントタンパク質が、ＰＤ１；ＣＴＬＡ４；ＢＴＬＡ；２Ｂ４；ＣＤ１６０；ＣＥＡＣＡＭ１などのＣＥＡＣＡＭ；ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３などのＫＩＲ、ＬＩＲ１、ＬＩＲ２、ＬＩＲ３、ＬＩＲ５、ＬＩＲ８、およびＣＤ９４−ＮＫＧ２ＡなどのＫＩＲ；ＬＡＧ３；ＴＩＭ３；Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制因子（ＶＩＳＴＡ）；インターフェロン遺伝子の刺激因子（ＳＴＩＮＧ）；免疫受容体チロシン系阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）含有タンパク質、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）、ならびにアデノシン受容体（例えば、Ａ２ａＲ）からなる群より選択される、請求項６に記載の核酸分子。
前記細胞外ドメインが、可撓性のあるヒンジおよび膜貫通正準モチーフを介して前記細胞内ドメインへ融合している、請求項１に記載の核酸分子。
請求項１〜８のいずれか１項に記載の核酸分子と、前記核酸分子へ作動可能に連結された、プロモーターなどの少なくとも１つの制御要素と、を含むベクター。
抗原の非多形細胞表面エピトープまたは多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体に特異的に結合する細胞外ドメインを含む、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を有する核酸分子をさらに含み、前記エピトープが、腫瘍関連抗原であるかまたは少なくとも関連腫瘍の細胞および正常組織によって共有されており、細胞内ドメインが、エフェクター免疫細胞を活性化させおよび／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む、請求項９に記載のベクター。
前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが、抗原の非多形細胞表面エピトープへ特異的に結合し、前記ｉＣＡＲの前記細胞外ドメインが、前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが結合する抗原とは異なる抗原の多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体へ特異的に結合する、請求項１０に記載のベクター。
前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが、ＣＤ１９などの表１に列挙された抗原から選択される非多形細胞表面エピトープへ特異的に結合する、請求項１０または１１に記載のベクター。
エフェクター免疫細胞を活性化させまたは共刺激する前記少なくとも１つのシグナル伝達要素が、例えばＣＤ３ζ鎖もしくはＦｃＲγ鎖の免疫受容体チロシン系活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、ＫＩＲ２ＤＳおよびＫＩＲ３ＤＳなどの活性化キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、またはＤＡＰ１２などのアダプター分子、または例えばＣＤ２７、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）もしくはＣＤ１３４（ＯＸ４０）の共刺激シグナル伝達要素と相同である、請求項１０に記載のベクター。
前記ヌクレオチド配列が、前記ａＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列と前記ｉＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列との間に内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含む、請求項１０に記載のベクター。
前記ａＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列が、前記ｉＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列の下流にある、請求項１４に記載のベクター。
前記ヌクレオチド配列が、前記ａＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列と前記ｉＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列との間にウイルス自己切断性２Ａペプチドを含む、請求項１０に記載のベクター。
前記ウイルス自己切断性２Ａペプチドが、ゾセア・アシグナ（Ｔｈｏｓｅａａｓｉｇｎａ）ウイルス（ＴａＶ）由来のＴ２Ａ、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）由来のＦ２Ａ、ウマ鼻炎Ａ型ウイルス（ＥＲＡＶ）由来のＥ２Ａおよびブタテッショウウイルス１型（ＰＴＶ１）由来のＰ２Ａからなる群より選択される、請求項１６に記載のベクター。
可撓性のあるリンカーを介して前記ｉＣＡＲへ連結された前記構成的ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１０に記載のベクター。
請求項１〜８に定義する、エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱させることができる阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）を調製する方法であって、
（ｉ）既知の変異体の少なくとも１つのデータベースからタンパク質をコードする遺伝子のヒトゲノム変異体のリストを検索することと、
（ｉｉ）（ｉ）で検索した変異体の前記リストを
（ａ）対応する参照対立遺伝子と比較して、前記それぞれの遺伝子によってコードされる前記タンパク質においてアミノ酸配列変異を結果的に生じる変異体を選択すること、
（ｂ）前記アミノ酸配列変異が前記コードされたタンパク質の細胞外ドメインにある遺伝子の変異体を選択すること、
（ｃ）少なくとも１つの腫瘍においてヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受けている遺伝子の変異体を選択すること、および
（ｄ）（ｃ）によりＬＯＨを受けている前記少なくとも１つの腫瘍の起源の組織において少なくとも発現する前記遺伝子の変異体を選択すること、によってフィルター処理し、
それにより、ＬＯＨにより前記少なくとも１つの腫瘍において喪失し、前記少なくとも１つの腫瘍の起源の組織において少なくとも発現する、前記それぞれの遺伝子によってコードされるタンパク質中の細胞外ドメインにおいてアミノ酸配列変異を有する変異体のリストを得ることと、
（ｉｉｉ）（ｉｉ）において得られた前記リストから少なくとも１つの単一の変異体を含む配列領域を定義し、前記少なくとも１つの単一の変異体を含む前記配列領域および前記対応する参照対立遺伝子を含む配列領域をサブクローニングして発現させ、それにより、前記それぞれのエピトープペプチドを得ることと、
（ｉｖ）（ｉｉｉ）において得られた、前記クローニングされた配列領域によってコードされるエピトープペプチドへ、または前記対応する参照対立遺伝子によってコードされるエピトープペプチドへのいずれかへ特異的に結合するｉＣＡＲ結合ドメインを選択することと、
（ｖｉｉ）（ｉｖ）において定義されたｉＣＡＲ結合ドメインをそれぞれ含む、請求項１〜８のいずれか１項に定義されたｉＣＡＲを調製することと、を含む、方法。
各変異体についてのマイナー対立遺伝子頻度が１、２、３、４または５％以上である、請求項１９に記載の方法。
安全なエフェクター免疫細胞を調製するための方法であって、（ｉ）腫瘍関連抗原に指向されるＴＣＲ操作されたエフェクター免疫細胞に、請求項１〜８のいずれか１項に記載のｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子をトランスフェクトすること、もしくは前記細胞に請求項９に記載のベクターを形質導入すること、または（ｉｉ）請求項１〜８のいずれか１項に記載のｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子および請求項１０〜１３のいずれか１項に定義されるａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子を、未処置のエフェクター免疫細胞にトランスフェクトすること、または請求項１０〜１８のいずれか１項に記載のベクターをエフェクター免疫細胞に形質導入すること、を含む、方法。
請求項２１に記載の方法によって得られる安全なエフェクター免疫細胞。
抗原の非多形細胞表面エピトープへ特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡと、前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが結合する異なる抗原の多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲと、をその表面上に発現する、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが、ＣＤ１９などの、表１に列挙された抗原から選択される非多形細胞表面エピトープへ特異的に結合する、請求項２２または２３に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
前記ａＣＡＲおよび前記ｉＣＡＲが別個のタンパク質として前記細胞表面上に存在する、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
前記ｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の発現レベルが、前記ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の発現レベル以上である、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
ＬＯＨを特徴とする腫瘍に罹患している対象の個別化されたバイオマーカーを選択する方法であって、
（ｉ）前記対象から得られた腫瘍生検を提供することと、
（ｉｉ）前記対象から得られた正常組織の試料、例えばＰＢＭＣを提供することと、
（ｉｉｉ）ＬＯＨのため前記腫瘍の細胞によって発現されないが前記正常組織の細胞によって発現される多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体を同定することと、を含み、
それにより、前記対象について個別化されたバイオマーカーを同定する、方法。
請求項２２に記載のエフェクター免疫細胞を含む、ＬＯＨを特徴とする腫瘍に罹患している患者における癌を治療するための医薬組成物であって、前記ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）のため、前記腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも前記患者の関連哺乳類組織の全ての細胞に存在する多形細胞表面エピトープをコードする単一の対立遺伝子変異体に指向される、医薬組成物。
前記ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）のため、前記腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも前記患者の関連哺乳類正常組織の全ての細胞に存在する多形細胞表面エピトープをコードする単一の対立遺伝子変異体に指向される、ＬＯＨを特徴とする腫瘍に罹患している患者を治療することにおける使用のための、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
前記治療が、前記癌患者へ（ｉｉｉ）のａＣＡＲを発現するが（ｉｉｉ）のｉＣＡＲが欠失している免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団を投与することを含む治療と比較して、標的上の腫瘍外の反応性の低減を結果的に生じる、請求項２９に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
腫瘍関連抗原または抗原の非多形細胞表面エピトープへ特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが結合する抗原とは異なる抗原である、前記腫瘍の起源の組織において少なくとも発現する抗原の、またはＨＬＡ−Ａなどのハウスキーピングタンパク質の、単一の対立遺伝子変異体へ特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲとをその表面上に発現する、請求項２９に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
自家またはユニバーサル（同種異系の）エフェクター細胞である、請求項２８に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞またはサイトカイン誘導性キラー細胞より選択される、請求項２８〜３２のいずれか１項に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
２つ以上の核酸分子の組み合わせであって、それぞれが、制御されたエフェクター免疫細胞活性化システムの異なるメンバーをコードするヌクレオチド配列を含み、前記核酸分子が、単一の連続核酸分子を形成するか、または２つ以上の別々の核酸分子を含み、前記制御されたエフェクター免疫活性化システムが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）により１つ以上の染色体またはその画分を喪失した腫瘍細胞を殺滅するようにエフェクター免疫細胞に指示し、関連正常組織の細胞を温存する、組み合わせであって、
（ａ）第１のメンバーが、抗原の非多形細胞表面エピトープへまたは異なる多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体へ特異的に結合する第１の細胞外ドメインを含む活性化キメラ抗原受容体（ａＣＡＲ）ポリペプチドを含み、前記非多形性または多形性の細胞表面エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または関連する異常なおよび正常な哺乳類組織の細胞によって共有されており、
（ｂ）第２のメンバーが、ＬＯＨにより、異常な哺乳類組織によって発現しないが関連する哺乳類正常組織の全ての細胞の上に存在する多形細胞表面エピトープの単一対立遺伝子変異体へ特異的に結合する第２の細胞外ドメインを含む調節ポリペプチドを含む、組み合わせ。
前記第１のメンバーが、
（ａ）エフェクター免疫細胞を活性化させおよび／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインをさらに含む構成ａＣＡＲ、および
（ｂ）ヘテロ二量体化小分子のための結合部位の第１のメンバーを含む細胞内ドメインと、場合により少なくとも１つの共刺激シグナル伝達要素とをさらに含むが、活性化シグナル伝達要素を欠く条件付きａＣＡＲより選択され、前記第２のメンバーが、
（ｃ）エフェクター免疫細胞を抑制する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインをさらに含む抑制性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）、または
（ｄ）シェダーゼのための基質を含む細胞外調節領域と、膜内切断プロテアーゼのための基質を含む膜貫通正準モチーフと、細胞内ドメインと、をさらに含む保護的キメラ抗原受容体（ｐＣＡＲ）であって、前記細胞内ドメインが、エフェクター免疫細胞およびヘテロ二量体化小分子のための結合部位の第２のメンバーを活性化させおよび／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む、ｐＣＡＲより選択される、請求項３４に記載の組み合わせ。
（ｉ）前記ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲの前記細胞外ドメインが、前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが結合する抗原とは異なる抗原である、前記抗原の多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体に特異的に結合する、（ｉｉ）前記ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲの前記細胞外ドメインが、前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが結合するのと同じ抗原の異なる多形細胞表面エピトープの単一の対立遺伝子変異体に特異的に結合する、あるいは
（ｉｉｉ）前記ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲの前記細胞外ドメインが、前記ａＣＡＲの前記細胞外ドメインが結合するのと同じ多形細胞表面エピトープの異なる単一の対立遺伝子変異体に特異的に結合する、請求項３４または３５に記載の組み合わせ。
前記シェダーゼのための基質が、ディスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼ（ＡＤＡＭ）またはベータ−セクレターゼ１（ＢＡＣＥ１）のための基質である、請求項３４に記載の組み合わせ。
前記基質が前記細胞外ドメインの一部を形成し、Ｌｉｎ１２／Ｎｏｔｃｈ反復とＡＤＡＭプロテアーゼ切断部位とを含む、請求項３７に記載の組み合わせ。
前記膜内切断プロテアーゼの基質が、ＳＰ２、γセクレターゼ、シグナルペプチドペプチダーゼ（ｓｐｐ）、ｓｐｐ様プロテアーゼまたはロンボイドプロテアーゼのための基質である、請求項３４に記載の組み合わせ。
前記基質が、前記膜貫通正準モチーフの一部を形成し、ノッチ、ＥｒｂＢ４、Ｅ−カドヘリン、Ｎ−カドヘリン、エフリン−Ｂ２、アミロイド前駆体タンパク質またはＣＤ４４の膜貫通ドメインと相同である／に由来する、請求項３９に記載の組み合わせ。
前記条件付きａＣＡＲの細胞外ドメインおよび細胞内ドメインを別々のタンパク質としてコードするヌクレオチド配列を含み、各ドメインが独立して膜貫通正準モチーフに融合し、ヘテロ二量体化小分子に対する結合部位の異なるメンバーを含む、請求項３４に記載の組み合わせ。
ヘテロ二量体化小分子のための前記結合部位の前記第１および第２のメンバーのそれぞれが、
（ｉ）タクロリムス（ＦＫ５０６）結合タンパク質（ＦＫＢＰ）およびＦＫＢＰ、
（ｉｉ）ＦＫＢＰおよびカルシニューリン触媒サブユニットＡ（ＣｎＡ）、
（ｉｉｉ）ＦＫＢＰおよびシクロフィリン、
（ｉｖ）ＦＫＢＰおよびＦＫＢＰ−ラパマイシン関連タンパク質（ＦＲＢ）、
（ｖ）ジャイレースＢ（ＧｙｒＢ）およびＧｙｒＢ、
（ｖｉ）ジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）およびＤＨＦＲ、
（ｖｉｉ）ＤｍｒＢホモ二量体化ドメイン（ＤｍｒＢ）およびＤｍｒＢ、
（ｖｉｉｉ）ＰＹＬタンパク質（別名アブシジン酸受容体およびＲＣＡＲとして）およびＡＢＩ、
（ｉｘ）ＧＡＩシロイヌナズナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ）タンパク質（別名ジベレリン酸非感受性およびＤＥＬＬＡタンパク質ＧＡＩ（ＧＡＩ））およびＧＩＤ１シロイヌナズナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｌｉａｎａ）タンパク質（ジベレリン受容体ＧＩＤ１としても既知）（ＧＩＤ１）より選択されるタンパク質に由来する、請求項３４に記載の組み合わせ。