JP2019528705A5 - - Google Patents
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Description
後に反応性基に変換され得るオリゴヌクレオチドへの基の付着はまた、当該分野で公知の方法を使用して可能である。オリゴヌクレオチドのヌクレオチドへの任意の付着は、オリゴヌクレオチドの一部になり、これは次いで、マイクロアレイの固体表面に付着され得る。増幅された核酸は、使用される技術によって必要とされるおよび／または許容される場合に、例えば、断片への切断を通じて、または固体担体への付着の前もしくは後に、検出可能な標識の付着によって、さらに改変され得る。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
単離されたポリヌクレオチドであって、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択されるＳＮＰを含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、単離されたポリヌクレオチド。
(項目２)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、またはｒｓ３０９６０１である、項目１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目３)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、またはｒｓ３０９６０１である、項目２に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目４)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、またはｒｓ７８３６３０９である、項目３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目５)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５またはｒｓ３０９６０４である、項目４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目６)
単離されたポリヌクレオチドの一団であって、項目１〜５のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドのうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、または５種もしくはこれより多くを含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、一団。
(項目７)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、およびｒｓ３０９６０１のうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、５種もしくはこれより多く、または全てを含む、項目６に記載の一団。
(項目８)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１のうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、５種もしくはこれより多く、または全てを含む、項目７に記載の一団。
(項目９)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、およびｒｓ７８３６３０９のうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、または全てを含む、項目８に記載の一団。
(項目１０)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５および／またはｒｓ３０９６０４を含む、項目９に記載の一団。
(項目１１)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜２８に示される配列、これらの相補的な配列、もしくはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１〜５のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは項目６〜１０のいずれか１項に記載の一団。
(項目１２)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜１１、１５〜２１、および２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１１に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団。
(項目１３)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜５に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１２に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団。
(項目１４)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜２に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１３に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団。
(項目１５)
項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団を含むキットであって、前記キットは、必要に応じて、使用についての指示を含む、キット。
(項目１６)
担体、および前記担体上に直接的または間接的に固定化された項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団を含む、マイクロアレイ。
(項目１７)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを検出するための、試薬。
(項目１８)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを検出するためのものである、項目１７に記載の試薬。
(項目１９)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを検出するためのものである、項目１８に記載の試薬。
(項目２０)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、およびｒｓ７８３６３０９からなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを検出するためのものである、項目１９に記載の試薬。
(項目２１)
ｒｓ３０９６０５および／またはｒｓ３０９６０４を検出するためのものである、項目２０に記載の試薬。
(項目２２)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目１７〜２１のいずれか１項に記載の試薬。
(項目２３)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜１１、１５〜２１、および２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目２２に記載の試薬。
(項目２４)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜５に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目２３に記載の試薬。
(項目２５)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目２４に記載の試薬。
(項目２６)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰをアッセイするための１種またはこれより多くの分子を含む、項目１７〜２５のいずれか１項に記載の試薬。
(項目２７)
前記１種またはこれより多くの分子は、オリゴヌクレオチドおよび／またはポリペプチドを含む、項目２６に記載の試薬。
(項目２８)
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜２８に示される配列、またはこれらの相補的な配列を含む、項目２７に記載の試薬。
(項目２９)
前記オリゴヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰを遺伝子型決定するための１種またはこれより多くのプライマーを含む、項目２７または２８に記載の試薬。
(項目３０)
項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含むキットであって、前記キットは、必要に応じて、使用についての指示を含む、キット。
(項目３１)
項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団および項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含むキットであって、前記キットは、必要に応じて、使用についての指示を含む、キット。
(項目３２)
前記単離されたポリヌクレオチドまたは一団は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択されるＳＮＰを含み、前記試薬は、ＳＮＰ（複数可）を検出できる、項目３１に記載のキット。
(項目３３)
前記一団は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、および／またはｒｓ７８３６３０９を含み、前記試薬は、前記ＳＮＰを検出できる、項目３２に記載のキット。
(項目３４)
前記一団は、ｒｓ３０９６０５および／またはｒｓ３０９６０４を含み、前記試薬は、前記ＳＮＰを検出できる、項目３３に記載のキット。
(項目３５)
前記試薬は、前記ＳＮＰ（複数可）を検出でき、前記単離されたポリヌクレオチドまたは一団は、検出アッセイのコントロールとして働く、項目３１〜３４のいずれか１項に記載のキット。
(項目３６)
担体、および前記担体上に直接的または間接的に固定化された項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含む、マイクロアレイ。
(項目３７)
担体、および項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団、および前記担体上に直接的または間接的に固定化された項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含む、マイクロアレイ。
(項目３８)
前記試薬は、ＳＮＰ（複数可）を検出でき、前記単離されたポリヌクレオチドまたは一団は、検出アッセイのコントロールとして働く、項目３７に記載のマイクロアレイ。
(項目３９)
単離された生体マーカー、または単離された生体マーカーの一団の評価のために使用される、項目１５〜３８のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイであって、ここで前記生体マーカーまたは複数の生体マーカーは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択されるＳＮＰを含む、キット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４０)
前記単離された生体マーカーまたは一団は、シーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限断片長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長（ＳＢＥ）、アレル特異的プライマー伸長（ＡＳＰＥ）、制限酵素消化、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、ループ媒介性等温増幅（ＬＡＭＰ）、ハイブリダイゼーション、核酸シーケンシング、および／またはマイクロアレイによってアッセイされ、
必要に応じて、ここで前記核酸シーケンシングは、マクサム−ギルバートシーケンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシーケンシング、ブリッジＰＣＲ、一分子リアルタイムシーケンシング、イオン半導体（イオントレントシーケンシング）、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、チェーンターミネーション（サンガーシーケンシング）、大規模並行シグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、４５４パイロシーケンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、ヘリスコープ一分子シーケンシング、一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング、ナノポアＤＮＡシーケンシング、トンネル電流ＤＮＡシーケンシング、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、質量分析法を用いるシーケンシング、微量流体サンガーシーケンシング、顕微鏡法ベースの技術、ＲＮＡＰシーケンシング、およびインビトロウイルスハイスループットシーケンシングからなる群より選択される、
項目３９に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４１)
処置、例えば、がん処置に関するコンパニオン診断検査を行うために、前記単離された生体マーカーまたは一団を使用するための指示をさらに含む、項目３９または４０に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４２)
前記処置に関するコンパニオン診断検査は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを含む単離された生体マーカーの一団を使用して行われる、項目４１に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４３)
前記処置に関するコンパニオン診断検査は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを含む単離された生体マーカーの一団を使用して行われる、項目４２に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４４)
前記処置に関するコンパニオン診断検査は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを含む単離された生体マーカーの一団を使用して行われる、項目４３に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４５)
前記処置は、がん処置である、項目４１〜４４のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４６)
前記がんは、リンパ腫、白血病、脳のがん、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頚がん、皮膚がん、食道がん、または頭頚部がんである、項目４５に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４７)
前記がんは、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、神経膠腫／膠芽腫（ＧＢＭ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫、例えば、ワルデンストレームマクログロブリン血症である、項目４６に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４８)
前記処置は、その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のビスインドリルマレイミドまたはそのアナログもしくは誘導体を投与する工程を包含する、項目４１〜４７のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４９)
前記ビスインドリルマレイミドまたはアナログもしくは誘導体は、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目４８に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５０)
前記処置は、その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のプロテインキナーゼインヒビター、例えば、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）インヒビター、例えば、ＰＫＣβインヒビターを投与する工程を包含する、項目４１〜４９のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５１)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目５０に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５２)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、ＡＫＴ、ラパマイシンの哺乳動物標的（ｍＴＯＲ）、ｐ７０Ｓ６Ｋ、リボソームタンパク質Ｓ６、４ＥＢＰ１、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質、および／もしくはＧＳＫ３βのリン酸化を抑制し、そして／または
ここで前記プロテインキナーゼインヒビターは、血管形成刺激、例えば、ＶＥＧＦに対する内皮細胞の応答を阻害または低減する、
項目５０または５１に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５３)
ビスインドリルマレイミドまたはそのアナログもしくは誘導体、および／またはプロテインキナーゼインヒビター、例えば、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）インヒビター、例えば、ＰＫＣβインヒビターをさらに含む、項目１５〜５２のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５４)
前記ビスインドリルマレイミドまたはアナログもしくは誘導体、ならびに／あるいは前記プロテインキナーゼインヒビターは、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目５３に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５５)
コンパニオン診断方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中であるかまたは処置について検討されている被験体から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記処置に対する前記被験体のあり得る応答性を決定するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する、方法。
(項目５６)
処置の適格性に関して被験体を分類するための方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中であるかまたは処置について検討されている被験体から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記処置または継続処置に適格または不適格として前記被験体を分類するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する方法。
(項目５７)
処置に関して被験体または被験体の集団をスクリーニングするための方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中であるかまたは処置について検討されている被験体または被験体の集団から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記被験体もしくは前記集団が、前記処置もしくは継続処置から利益を得る可能性があるか否かを決定するために、および／または前記被験体もしくは前記集団が、前記処置もしくは継続処置から有害作用を経験する可能性があるか否かを決定するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する方法。
(項目５８)
処置の間に被験体をモニターするための方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中である被験体から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記被験体が継続処置を受けるべきか否かを決定するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する方法。
(項目５９)
前記処置の前、前記処置の間、および／または前記処置の後に前記被験体の着色尿状態の情報を得る工程をさらに包含する、項目５５〜５８のいずれか１項に記載の方法。
(項目６０)
前記被験体の着色尿状態の情報は、前記被験体の診療記録から得られる、ならびに／または前記処置の間の前記被験体の自己報告および／もしくは尿サンプルの分析によって得られる、項目５９に記載の方法。
(項目６１)
前記ＳＮＰ（複数可）のアッセイ出力および前記被験体の着色尿状態の情報はともに、処置の意思決定をガイドするにあたって使用され、ここで必要に応じて前記出力および前記情報は、相乗効果を奏する、項目５９または６０に記載の方法。
(項目６２)
前記被験体を前記処置に供する工程または前記処置を前記被験体に対して継続する工程をさらに包含する、項目５５〜６１のいずれか１項に記載の方法。
(項目６３)
前記処置を前記被験体に推奨しない工程または前記被験体に前記処置を止めさせる工程をさらに包含する、項目５５〜６１のいずれか１項に記載の方法。
(項目６４)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される、項目５５〜６３のいずれか１項に記載の方法。
(項目６５)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される、項目６４に記載の方法。
(項目６６)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、またはｒｓ７８３６３０９からなる群より選択される、項目６５に記載の方法。
(項目６７)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５およびｒｓ３０９６０４からなる群より選択される、項目６６に記載の方法。
(項目６８)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目５５〜６７のいずれか１項に記載の方法。
(項目６９)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜１１、１５〜２１、および２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目６８に記載の方法。
(項目７０)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜５に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目６９に記載の方法。
(項目７１)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目７０に記載の方法。
(項目７２)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、シーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限断片長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長（ＳＢＥ）、アレル特異的プライマー伸長（ＡＳＰＥ）、制限酵素消化、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、ループ媒介性等温増幅（ＬＡＭＰ）、ハイブリダイゼーション、核酸シーケンシング、および／またはマイクロアレイによってアッセイされ、
必要に応じてここで前記核酸シーケンシングは、マクサム−ギルバートシーケンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシーケンシング、ブリッジＰＣＲ、一分子リアルタイムシーケンシング、イオン半導体（イオントレントシーケンシング）、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、チェーンターミネーション（サンガーシーケンシング）、大規模並行シグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、４５４パイロシーケンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、ヘリスコープ一分子シーケンシング、一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング、ナノポアＤＮＡシーケンシング、トンネル電流ＤＮＡシーケンシング、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、質量分析法を用いるシーケンシング、微量流体サンガーシーケンシング、顕微鏡法ベースの技術、ＲＮＡＰシーケンシング、およびインビトロウイルスハイスループットシーケンシングからなる群より選択される、
項目５５〜７１のいずれか１項に記載の方法。
(項目７３)
前記処置は、がん処置である、項目５５〜７２のいずれか１項に記載の方法。
(項目７４)
前記がんは、リンパ腫、白血病、脳のがん、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頚がん、皮膚がん、食道がん、または頭頚部がんである、項目７３に記載の方法。
(項目７５)
前記がんは、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、神経膠腫／膠芽腫（ＧＢＭ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫、例えば、ワルデンストレームマクログロブリン血症である、項目７４に記載の方法。
(項目７６)
前記処置は、前記その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のビスインドリルマレイミドまたはそのアナログもしくは誘導体を投与する工程を包含し、
ここで前記処置は、必要に応じて、別の治療、例えば、疾患もしくは状態のための標準ケア、例えば、がん処置のためのリツキシマブ−シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、および／またはプレドニゾン（Ｒ−ＣＨＯＰ）をさらに含む、
項目５５〜７５のいずれか１項に記載の方法。
(項目７７)
前記ビスインドリルマレイミドまたはアナログもしくは誘導体は、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目７６に記載の方法。
(項目７８)
前記処置は、前記その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のプロテインキナーゼインヒビター、例えば、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）インヒビター、例えば、ＰＫＣβインヒビターを投与する工程を包含し、
ここで前記処置は、必要に応じて、別の治療、例えば、前記疾患もしくは状態のための標準ケアをさらに含む、
項目５５〜７７のいずれか１項に記載の方法。
(項目７９)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目７８に記載の方法。
(項目８０)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、ＡＫＴ、ラパマイシンの哺乳動物標的（ｍＴＯＲ）、ｐ７０Ｓ６Ｋ、リボソームタンパク質Ｓ６、４ＥＢＰ１、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質、および／もしくはＧＳＫ３βのリン酸化を抑制し、そして／または
ここで前記プロテインキナーゼインヒビターは、血管形成刺激、例えば、ＶＥＧＦに対する内皮細胞の応答を阻害または低減する、
項目７８または７９に記載の方法。
(項目８１)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを使用して新たな生体マーカーを同定するための方法。
(項目８２)
前記新たな生体マーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡまたは生体マーカーの別の形態である、項目８１に記載の方法。
(項目８３)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを使用して薬物標的を同定するための方法。
(項目８４)
前記薬物標的は、前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関する生物学的経路に基づいて同定される、項目８３に記載の方法。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目１)
単離されたポリヌクレオチドであって、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択されるＳＮＰを含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、単離されたポリヌクレオチド。
(項目２)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、またはｒｓ３０９６０１である、項目１に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目３)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、またはｒｓ３０９６０１である、項目２に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目４)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、またはｒｓ７８３６３０９である、項目３に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目５)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５またはｒｓ３０９６０４である、項目４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
(項目６)
単離されたポリヌクレオチドの一団であって、項目１〜５のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドのうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、または５種もしくはこれより多くを含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、一団。
(項目７)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、およびｒｓ３０９６０１のうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、５種もしくはこれより多く、または全てを含む、項目６に記載の一団。
(項目８)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１のうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、５種もしくはこれより多く、または全てを含む、項目７に記載の一団。
(項目９)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、およびｒｓ７８３６３０９のうちの２種もしくはこれより多く、３種もしくはこれより多く、４種もしくはこれより多く、または全てを含む、項目８に記載の一団。
(項目１０)
前記ＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５および／またはｒｓ３０９６０４を含む、項目９に記載の一団。
(項目１１)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜２８に示される配列、これらの相補的な配列、もしくはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１〜５のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは項目６〜１０のいずれか１項に記載の一団。
(項目１２)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜１１、１５〜２１、および２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１１に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団。
(項目１３)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜５に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１２に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団。
(項目１４)
前記単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１〜２に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、項目１３に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団。
(項目１５)
項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団を含むキットであって、前記キットは、必要に応じて、使用についての指示を含む、キット。
(項目１６)
担体、および前記担体上に直接的または間接的に固定化された項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団を含む、マイクロアレイ。
(項目１７)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを検出するための、試薬。
(項目１８)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを検出するためのものである、項目１７に記載の試薬。
(項目１９)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを検出するためのものである、項目１８に記載の試薬。
(項目２０)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、およびｒｓ７８３６３０９からなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを検出するためのものである、項目１９に記載の試薬。
(項目２１)
ｒｓ３０９６０５および／またはｒｓ３０９６０４を検出するためのものである、項目２０に記載の試薬。
(項目２２)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目１７〜２１のいずれか１項に記載の試薬。
(項目２３)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜１１、１５〜２１、および２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目２２に記載の試薬。
(項目２４)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜５に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目２３に記載の試薬。
(項目２５)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目２４に記載の試薬。
(項目２６)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰをアッセイするための１種またはこれより多くの分子を含む、項目１７〜２５のいずれか１項に記載の試薬。
(項目２７)
前記１種またはこれより多くの分子は、オリゴヌクレオチドおよび／またはポリペプチドを含む、項目２６に記載の試薬。
(項目２８)
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号１〜２８に示される配列、またはこれらの相補的な配列を含む、項目２７に記載の試薬。
(項目２９)
前記オリゴヌクレオチドは、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰを遺伝子型決定するための１種またはこれより多くのプライマーを含む、項目２７または２８に記載の試薬。
(項目３０)
項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含むキットであって、前記キットは、必要に応じて、使用についての指示を含む、キット。
(項目３１)
項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団および項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含むキットであって、前記キットは、必要に応じて、使用についての指示を含む、キット。
(項目３２)
前記単離されたポリヌクレオチドまたは一団は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択されるＳＮＰを含み、前記試薬は、ＳＮＰ（複数可）を検出できる、項目３１に記載のキット。
(項目３３)
前記一団は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、および／またはｒｓ７８３６３０９を含み、前記試薬は、前記ＳＮＰを検出できる、項目３２に記載のキット。
(項目３４)
前記一団は、ｒｓ３０９６０５および／またはｒｓ３０９６０４を含み、前記試薬は、前記ＳＮＰを検出できる、項目３３に記載のキット。
(項目３５)
前記試薬は、前記ＳＮＰ（複数可）を検出でき、前記単離されたポリヌクレオチドまたは一団は、検出アッセイのコントロールとして働く、項目３１〜３４のいずれか１項に記載のキット。
(項目３６)
担体、および前記担体上に直接的または間接的に固定化された項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含む、マイクロアレイ。
(項目３７)
担体、および項目１〜１４のいずれか１項に記載の単離されたポリヌクレオチドまたは一団、および前記担体上に直接的または間接的に固定化された項目１７〜２９のいずれか１項に記載の試薬を含む、マイクロアレイ。
(項目３８)
前記試薬は、ＳＮＰ（複数可）を検出でき、前記単離されたポリヌクレオチドまたは一団は、検出アッセイのコントロールとして働く、項目３７に記載のマイクロアレイ。
(項目３９)
単離された生体マーカー、または単離された生体マーカーの一団の評価のために使用される、項目１５〜３８のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイであって、ここで前記生体マーカーまたは複数の生体マーカーは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択されるＳＮＰを含む、キット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４０)
前記単離された生体マーカーまたは一団は、シーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限断片長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長（ＳＢＥ）、アレル特異的プライマー伸長（ＡＳＰＥ）、制限酵素消化、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、ループ媒介性等温増幅（ＬＡＭＰ）、ハイブリダイゼーション、核酸シーケンシング、および／またはマイクロアレイによってアッセイされ、
必要に応じて、ここで前記核酸シーケンシングは、マクサム−ギルバートシーケンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシーケンシング、ブリッジＰＣＲ、一分子リアルタイムシーケンシング、イオン半導体（イオントレントシーケンシング）、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、チェーンターミネーション（サンガーシーケンシング）、大規模並行シグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、４５４パイロシーケンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、ヘリスコープ一分子シーケンシング、一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング、ナノポアＤＮＡシーケンシング、トンネル電流ＤＮＡシーケンシング、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、質量分析法を用いるシーケンシング、微量流体サンガーシーケンシング、顕微鏡法ベースの技術、ＲＮＡＰシーケンシング、およびインビトロウイルスハイスループットシーケンシングからなる群より選択される、
項目３９に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４１)
処置、例えば、がん処置に関するコンパニオン診断検査を行うために、前記単離された生体マーカーまたは一団を使用するための指示をさらに含む、項目３９または４０に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４２)
前記処置に関するコンパニオン診断検査は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを含む単離された生体マーカーの一団を使用して行われる、項目４１に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４３)
前記処置に関するコンパニオン診断検査は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを含む単離された生体マーカーの一団を使用して行われる、項目４２に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４４)
前記処置に関するコンパニオン診断検査は、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、これらの相補的なＳＮＰ、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種またはこれより多くのＳＮＰを含む単離された生体マーカーの一団を使用して行われる、項目４３に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４５)
前記処置は、がん処置である、項目４１〜４４のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４６)
前記がんは、リンパ腫、白血病、脳のがん、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頚がん、皮膚がん、食道がん、または頭頚部がんである、項目４５に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４７)
前記がんは、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、神経膠腫／膠芽腫（ＧＢＭ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫、例えば、ワルデンストレームマクログロブリン血症である、項目４６に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４８)
前記処置は、その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のビスインドリルマレイミドまたはそのアナログもしくは誘導体を投与する工程を包含する、項目４１〜４７のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目４９)
前記ビスインドリルマレイミドまたはアナログもしくは誘導体は、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目４８に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５０)
前記処置は、その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のプロテインキナーゼインヒビター、例えば、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）インヒビター、例えば、ＰＫＣβインヒビターを投与する工程を包含する、項目４１〜４９のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５１)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目５０に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５２)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、ＡＫＴ、ラパマイシンの哺乳動物標的（ｍＴＯＲ）、ｐ７０Ｓ６Ｋ、リボソームタンパク質Ｓ６、４ＥＢＰ１、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質、および／もしくはＧＳＫ３βのリン酸化を抑制し、そして／または
ここで前記プロテインキナーゼインヒビターは、血管形成刺激、例えば、ＶＥＧＦに対する内皮細胞の応答を阻害または低減する、
項目５０または５１に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５３)
ビスインドリルマレイミドまたはそのアナログもしくは誘導体、および／またはプロテインキナーゼインヒビター、例えば、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）インヒビター、例えば、ＰＫＣβインヒビターをさらに含む、項目１５〜５２のいずれか１項に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５４)
前記ビスインドリルマレイミドまたはアナログもしくは誘導体、ならびに／あるいは前記プロテインキナーゼインヒビターは、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目５３に記載のキット、試薬、またはマイクロアレイ。
(項目５５)
コンパニオン診断方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中であるかまたは処置について検討されている被験体から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記処置に対する前記被験体のあり得る応答性を決定するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する、方法。
(項目５６)
処置の適格性に関して被験体を分類するための方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中であるかまたは処置について検討されている被験体から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記処置または継続処置に適格または不適格として前記被験体を分類するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する方法。
(項目５７)
処置に関して被験体または被験体の集団をスクリーニングするための方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中であるかまたは処置について検討されている被験体または被験体の集団から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記被験体もしくは前記集団が、前記処置もしくは継続処置から利益を得る可能性があるか否かを決定するために、および／または前記被験体もしくは前記集団が、前記処置もしくは継続処置から有害作用を経験する可能性があるか否かを決定するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する方法。
(項目５８)
処置の間に被験体をモニターするための方法であって、前記方法は、
ａ）生物学的サンプルを、処置を受けている最中である被験体から得、そして必要に応じて、ゲノムＤＮＡを前記生物学的サンプルから単離する工程；
ｂ）前記生物学的サンプルを、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関してアッセイする工程；ならびに／または
ｃ）前記被験体が継続処置を受けるべきか否かを決定するために、例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程、
を包含する方法。
(項目５９)
前記処置の前、前記処置の間、および／または前記処置の後に前記被験体の着色尿状態の情報を得る工程をさらに包含する、項目５５〜５８のいずれか１項に記載の方法。
(項目６０)
前記被験体の着色尿状態の情報は、前記被験体の診療記録から得られる、ならびに／または前記処置の間の前記被験体の自己報告および／もしくは尿サンプルの分析によって得られる、項目５９に記載の方法。
(項目６１)
前記ＳＮＰ（複数可）のアッセイ出力および前記被験体の着色尿状態の情報はともに、処置の意思決定をガイドするにあたって使用され、ここで必要に応じて前記出力および前記情報は、相乗効果を奏する、項目５９または６０に記載の方法。
(項目６２)
前記被験体を前記処置に供する工程または前記処置を前記被験体に対して継続する工程をさらに包含する、項目５５〜６１のいずれか１項に記載の方法。
(項目６３)
前記処置を前記被験体に推奨しない工程または前記被験体に前記処置を止めさせる工程をさらに包含する、項目５５〜６１のいずれか１項に記載の方法。
(項目６４)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される、項目５５〜６３のいずれか１項に記載の方法。
(項目６５)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、およびｒｓ３０９６０１からなる群より選択される、項目６４に記載の方法。
(項目６６)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、またはｒｓ７８３６３０９からなる群より選択される、項目６５に記載の方法。
(項目６７)
前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５およびｒｓ３０９６０４からなる群より選択される、項目６６に記載の方法。
(項目６８)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目５５〜６７のいずれか１項に記載の方法。
(項目６９)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜１１、１５〜２１、および２８に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目６８に記載の方法。
(項目７０)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜５に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目６９に記載の方法。
(項目７１)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、配列番号１〜２に示される配列、これらの相補的な配列、またはこれらと連鎖不平衡にある配列を含む、項目７０に記載の方法。
(項目７２)
前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、シーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限断片長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長（ＳＢＥ）、アレル特異的プライマー伸長（ＡＳＰＥ）、制限酵素消化、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、ループ媒介性等温増幅（ＬＡＭＰ）、ハイブリダイゼーション、核酸シーケンシング、および／またはマイクロアレイによってアッセイされ、
必要に応じてここで前記核酸シーケンシングは、マクサム−ギルバートシーケンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシーケンシング、ブリッジＰＣＲ、一分子リアルタイムシーケンシング、イオン半導体（イオントレントシーケンシング）、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、チェーンターミネーション（サンガーシーケンシング）、大規模並行シグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、４５４パイロシーケンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、ヘリスコープ一分子シーケンシング、一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング、ナノポアＤＮＡシーケンシング、トンネル電流ＤＮＡシーケンシング、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、質量分析法を用いるシーケンシング、微量流体サンガーシーケンシング、顕微鏡法ベースの技術、ＲＮＡＰシーケンシング、およびインビトロウイルスハイスループットシーケンシングからなる群より選択される、
項目５５〜７１のいずれか１項に記載の方法。
(項目７３)
前記処置は、がん処置である、項目５５〜７２のいずれか１項に記載の方法。
(項目７４)
前記がんは、リンパ腫、白血病、脳のがん、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頚がん、皮膚がん、食道がん、または頭頚部がんである、項目７３に記載の方法。
(項目７５)
前記がんは、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、神経膠腫／膠芽腫（ＧＢＭ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫、例えば、ワルデンストレームマクログロブリン血症である、項目７４に記載の方法。
(項目７６)
前記処置は、前記その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のビスインドリルマレイミドまたはそのアナログもしくは誘導体を投与する工程を包含し、
ここで前記処置は、必要に応じて、別の治療、例えば、疾患もしくは状態のための標準ケア、例えば、がん処置のためのリツキシマブ−シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、および／またはプレドニゾン（Ｒ−ＣＨＯＰ）をさらに含む、
項目５５〜７５のいずれか１項に記載の方法。
(項目７７)
前記ビスインドリルマレイミドまたはアナログもしくは誘導体は、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目７６に記載の方法。
(項目７８)
前記処置は、前記その必要性のある被験体に、薬学的に有効な量のプロテインキナーゼインヒビター、例えば、プロテインキナーゼＣ（ＰＫＣ）インヒビター、例えば、ＰＫＣβインヒビターを投与する工程を包含し、
ここで前記処置は、必要に応じて、別の治療、例えば、前記疾患もしくは状態のための標準ケアをさらに含む、
項目５５〜７７のいずれか１項に記載の方法。
(項目７９)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、エンザスタウリンまたはそのアナログもしくは誘導体である、項目７８に記載の方法。
(項目８０)
前記プロテインキナーゼインヒビターは、ＡＫＴ、ラパマイシンの哺乳動物標的（ｍＴＯＲ）、ｐ７０Ｓ６Ｋ、リボソームタンパク質Ｓ６、４ＥＢＰ１、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質、および／もしくはＧＳＫ３βのリン酸化を抑制し、そして／または
ここで前記プロテインキナーゼインヒビターは、血管形成刺激、例えば、ＶＥＧＦに対する内皮細胞の応答を阻害または低減する、
項目７８または７９に記載の方法。
(項目８１)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを使用して新たな生体マーカーを同定するための方法。
(項目８２)
前記新たな生体マーカーは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ポリペプチド、ｓｉＲＮＡまたは生体マーカーの別の形態である、項目８１に記載の方法。
(項目８３)
ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを使用して薬物標的を同定するための方法。
(項目８４)
前記薬物標的は、前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関する生物学的経路に基づいて同定される、項目８３に記載の方法。
Claims (17)
- 担体および前記担体上に直接的または間接的に固定化されている少なくとも２つの単離されたポリヌクレオチドを含むマイクロアレイであって、前記少なくとも２つの単離されたポリヌクレオチドは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、
約０．９００に等しいかもしくはこれより一塩基多型（ＳＮＰ）の連鎖不平衡のＤ’値で、または約０．８００に等しいかもしくはこれより大きい前記ＳＮＰとｒｓ３０９６０５との間のｒ ２ 値でｒｓ３０９６０５と連鎖不平衡にあるＳＮＰおよびこれらの相補的なＳＮＰからなる群より選択される少なくとも２つのＳＮＰを含むか、これらからなるか、またはこれらから本質的になる、マイクロアレイ。 - ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、約０．９００に等しいかもしくはこれより一塩基多型（ＳＮＰ）の連鎖不平衡のＤ’値で、または約０．８００に等しいかもしくはこれより大きい前記ＳＮＰとｒｓ３０９６０５との間のｒ ２ 値でｒｓ３０９６０５と連鎖不平衡にあるＳＮＰおよびこれらの相補的なＳＮＰからなる群より選択される少なくとも２つのＳＮＰを検出するための、試薬であって、
前記試薬が前記少なくとも２つの一塩基多型（ＳＮＰ）を検出するための少なくとも２つの単離されたオリゴヌクレオチドを含む、
試薬。 - 前記担体上に直接的または間接的に固定化された請求項２に記載の試薬をさらに含む、請求項１に記載のマイクロアレイ。
- 前記試薬は、ＳＮＰを検出でき、前記単離されたポリヌクレオチドは、検出アッセイのコントロールとして働く、請求項３に記載のマイクロアレイ。
- 請求項１、３および４のいずれかに記載のマイクロアレイまたは請求項２に記載の試薬を含み、必要に応じて、使用についての指示を含む、キット。
- ビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでのがん処置を受けている最中であるかまたはビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでの処置について検討されている被験体から得た生物学的サンプルからの１種もしくはこれより多くの一塩基多型（ＳＮＰ）のアッセイ結果に基づく出力を、前記処置に対する前記被験体のあり得る応答性についてのコンパニオン診断の指標とする方法であって、必要に応じて前記生物学的サンプルは、前記生物学的サンプルからの単離されたゲノムＤＮＡであり、前記方法は、
ａ）前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関して、前記生物学的サンプルをアッセイする工程であって、前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、約０．９００に等しいかもしくはこれより一塩基多型（ＳＮＰ）の連鎖不平衡のＤ’値で、または約０．８００に等しいかもしくはこれより大きい前記ＳＮＰとｒｓ３０９６０５との間のｒ ２ 値でｒｓ３０９６０５と連鎖不平衡にあるＳＮＰおよびこれらの相補的なＳＮＰからなる群より選択される、工程；ならびに／または
ｂ）例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで出力、例えば、スコアを生成する工程であって、前記アッセイ結果に基づく前記出力は、前記処置に対する前記被験体のあり得る応答性を示す、工程、
を包含する、方法。 - ビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでのがん処置を受けている最中であるかまたはビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでの処置について検討されている被験体から得た生物学的サンプルからの１種もしくはこれより多くの一塩基多型（ＳＮＰ）のアッセイ結果に基づく出力を、前記処置の適格性に関して前記被験体を分類するための指標とする方法であって、必要に応じて前記生物学的サンプルは、前記生物学的サンプルからの単離されたゲノムＤＮＡであり、前記方法は、
ａ）前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関して、前記生物学的サンプルをアッセイする工程であって、前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰはｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、約０．９００に等しいかもしくはこれより一塩基多型（ＳＮＰ）の連鎖不平衡のＤ’値で、または約０．８００に等しいかもしくはこれより大きい前記ＳＮＰとｒｓ３０９６０５との間のｒ ２ 値でｒｓ３０９６０５と連鎖不平衡にあるＳＮＰおよびこれらの相補的なＳＮＰからなる群より選択される、工程；ならびに／または
ｂ）例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで前記出力、例えば、スコアを生成する工程であって、前記アッセイ結果に基づく前記出力が、前記被験体が前記処置または継続処置に適格か不適格かを示す、工程
を包含する方法。 - ビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでのがん処置を受けている最中であるかまたはビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでの処置について検討されている被験体または被験体の集団から得た生物学的サンプルからの１種もしくはこれより多くの一塩基多型（ＳＮＰ）のアッセイ結果に基づく出力を、前記処置に関して前記被験体または前記被験体の集団をスクリーニングするための指標とする方法であって、必要に応じて前記生物学的サンプルは、前記生物学的サンプルからの単離されたゲノムＤＮＡであり、前記方法は、
ａ）前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関して、前記生物学的サンプルをアッセイする工程であって、前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰはｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、約０．９００に等しいかもしくはこれより一塩基多型（ＳＮＰ）の連鎖不平衡のＤ’値で、または約０．８００に等しいかもしくはこれより大きい前記ＳＮＰとｒｓ３０９６０５との間のｒ ２ 値でｒｓ３０９６０５と連鎖不平衡にあるＳＮＰおよびこれらの相補的なＳＮＰからなる群より選択される、工程；ならびに／または
ｂ）例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで前記出力、例えば、スコアを生成する工程であって、前記アッセイ結果に基づく前記出力が、前記被験体もしくは前記集団が、前記処置もしくは継続処置から利益を得る可能性があるか否かを示すか、および／または前記アッセイ結果に基づく前記出力が、前記被験体もしくは前記集団が、前記処置もしくは継続処置から有害作用を経験する可能性があるか否かを示す、工程、
を包含する方法。 - ビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでのがん処置を受けている最中であるかまたはビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターでの処置について検討されている被験体から得た生物学的サンプルからの１種もしくはこれより多くの一塩基多型（ＳＮＰ）のアッセイ結果に基づく出力を、前記処置の間に前記被験体をモニターするための指標とする方法であって、必要に応じて前記生物学的サンプルは、前記生物学的サンプルからの単離されたゲノムＤＮＡであり、前記方法は、
ａ）前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰに関して、前記生物学的サンプルをアッセイする工程であって、前記１種もしくはこれより多くのＳＮＰは、ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、約０．９００に等しいかもしくはこれより一塩基多型（ＳＮＰ）の連鎖不平衡のＤ’値で、または約０．８００に等しいかもしくはこれより大きい前記ＳＮＰとｒｓ３０９６０５との間のｒ ２ 値でｒｓ３０９６０５と連鎖不平衡にあるＳＮＰおよびこれらの相補的なＳＮＰからなる群より選択される、工程；ならびに／または
ｂ）例えば、前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰのアッセイ結果に基づいてコンピューターアルゴリズムで前記出力、例えば、スコアを生成する工程であって、前記アッセイ結果に基づく前記出力が前記被験体が継続処置を受けるべきか否かを示す、工程、
を包含する方法。 - 前記アッセイ結果に基づく前記出力が、前記被験体を前記処置に供されるべきか否か、または前記処置を前記被験体に対して継続するか否かを示す、請求項６〜９のいずれか１項に記載の方法。
- 前記アッセイ結果に基づく前記出力が、前記処置を前記被験体に推奨しないか否かまたは前記被験体に前記処置を止めさせるか否かを示す、請求項６〜９のいずれか１項に記載の方法。
- 工程（ａ）は、ｒｓ３０９６０５およびｒｓ３０９６０４について、前記生物学的サンプルをアッセイすることを含む、請求項６〜１１のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ＳＮＰまたは複数のＳＮＰは、シーケンシング、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、キャピラリー電気泳動、質量分析法、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）、電気化学分析、変性ＨＰＬＣおよびゲル電気泳動、制限断片長多型、ハイブリダイゼーション分析、一塩基伸長（ＳＢＥ）、アレル特異的プライマー伸長（ＡＳＰＥ）、制限酵素消化、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、転写媒介性増幅（ＴＭＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、核酸配列ベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）、プライマー伸長、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、自家持続配列複製（３ＳＲ）、ループ媒介性等温増幅（ＬＡＭＰ）、ハイブリダイゼーション、核酸シーケンシング、および／またはマイクロアレイによってアッセイされ、
必要に応じてここで前記核酸シーケンシングは、マクサム−ギルバートシーケンシング、チェーンターミネーション法、ショットガンシーケンシング、ブリッジＰＣＲ、一分子リアルタイムシーケンシング、イオン半導体（イオントレントシーケンシング）、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、チェーンターミネーション（サンガーシーケンシング）、大規模並行シグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）、ポロニーシーケンシング、４５４パイロシーケンシング、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓｏｌｅｘａ）シーケンシング、ＤＮＡナノボールシーケンシング、ヘリスコープ一分子シーケンシング、一分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シーケンシング、ナノポアＤＮＡシーケンシング、トンネル電流ＤＮＡシーケンシング、ハイブリダイゼーションによるシーケンシング、質量分析法を用いるシーケンシング、微量流体サンガーシーケンシング、顕微鏡法ベースの技術、ＲＮＡＰシーケンシング、およびインビトロウイルスハイスループットシーケンシングからなる群より選択される、
請求項６〜１２のいずれか１項に記載の方法。 - 前記がんは、リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫、例えば、ワルデンストレームマクログロブリン血症、白血病、脳のがん、神経膠腫／膠芽腫（ＧＢＭ）、多発性骨髄腫、膵臓がん、肝臓がん、胃がん、乳がん、腎臓がん、肺がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、結腸直腸がん、結腸がん、前立腺がん、卵巣がん、子宮頚がん、皮膚がん、食道がん、または頭頚部がんである、請求項６〜１３のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ビスインドリルマレイミドまたはＰＫＣβインヒビターがエンザスタウリンである、請求項６〜１４のいずれか一項に記載の方法。
- ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを使用して新たな生体マーカーを同定するための方法。
- ｒｓ３０９６０５、ｒｓ３０９６０４、ｒｓ５８９４２４０、ｒｓ１４９４７４８、ｒｓ７８３６３０９、ｒｓ３０９６０７、ｒｓ２１３２０２５、ｒｓ１１９９０１５８、ｒｓ６４６９５７０、ｒｓ３０９６０３、ｒｓ９２３９６７、ｒｓ１４９４７５１、ｒｓ２５７５９４３、ｒｓ１６７４４６、ｒｓ３０９６０６、ｒｓ７２６７５９６５、ｒｓ３０９６０２、ｒｓ３０９６０８、ｒｓ３０９６１０、ｒｓ２５７５９１１、ｒｓ３０９６０９、ｒｓ１７０１３２、ｒｓ３８６４１３７３５、ｒｓ２６４２７８９、ｒｓ２６４２７８８、ｒｓ２５７５９４４、ｒｓ３０９６１４、ｒｓ３０９６０１、これらの相補的な一塩基多型（ＳＮＰ）、およびこれらと連鎖不平衡にあるＳＮＰからなる群より選択される１種もしくはこれより多くのＳＮＰを使用して薬物標的を同定するための方法。
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