JP2019514413A - 特に免疫応答に関与する細胞への、rnaの転移のためのウイルス粒子 - Google Patents
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Abstract
Description
−受容者のゲノム中に組み込む、組み込みベクター、並びに
−通常染色体外遺伝エレメントを形成する、非組み込みベクター。
・多能性細胞に特殊化した細胞の再プログラミングの誘導、並びに特殊化細胞への幹細胞又は多能性細胞の分化の誘導,
・標的細胞における同時の、抗原又はタンパク質(毒性又は非毒性)の発現、
・ゲノム工学システムの発現、例えば、CRE若しくはTALENタンパク質又はCRISPRシステム、あるいはタンパク質又はRNA発現を必要とする任意の他のシステムの発現。
・1つのアプローチは、受動免疫療法として説明され、抗原の特異的T細胞をエクスビボで増幅し、それを患者に再移植することからなる(TCR&CAR T細胞)。癌の治療のための養子移入によって再移植する前に、これらT細胞に合成抗原のキメラ受容体(CAR)又は新しいT細胞受容体(TCR)を導入するために遺伝子導入が使用される。ここでは、レンチウイルスベクターが広く用いられ、非常に有望な結果が臨床段階で得られている。
・能動免疫療法として説明される他のアプローチは、ワクチン接種である。樹状細胞(DC)は天然の抗原提示物質である。樹状細胞は、ナイーブT細胞を刺激するそれらの能力のために、多くの抗腫瘍治療戦略の中心にある。実際に、樹状細胞は、環境の「検出器(detectors)」であり、集めた情報を免疫系のT細胞及びB細胞に伝える。従って、これら細胞は、抗腫瘍治療免疫を発生させるための必須の標的であり、従って専門的抗原提示細胞(APC)として説明される。樹状細胞に基づくワクチン接種の目的は、腫瘍塊を特的に減少させるためにエフェクターT細胞のインビボ応答を誘導すること、並びに記憶応答を導入することの両方である。
−逆転写酵素による二本鎖DNAへの一本鎖ウイルスRNAのコピー;
−インテグラーゼによるLTR末端の認識による二本鎖ウイルスDNAの成熟、及び、細胞質プレインテグレーション複合体(pre-integration complex)の核プレインテグレーション複合体への成熟、
に関与しない。
−gag遺伝子、これはウイルス性又はキメラであってもよい。より具体的には、結合ドメイン(複数)が後者に導入される場合、gag遺伝子はキメラである。
−任意により、pol遺伝子、これはウイルス性又はキメラであってもよい。pol遺伝子がいくつかの酵素をコードする場合、これら酵素に関連する配列は、完全に又は部分的に欠失しているか、存在しかつ非機能的であるか、あるいは存在しかつ機能的であり得る。より具体的には、結合ドメイン(複数)がインテグラーゼに導入される場合、pol遺伝子はキメラである。
−少なくとも2つの非ウイルスRNA、各非ウイルスRNAは、目的の配列及びカプシド形成配列を有する。より具体的には、「非ウイルスRNA」とは、レトロウイルス配列を欠いたRNAを意味する(「非レトロウイルスRNA」とも称される)。
・標的細胞からの目的の1つ又は複数の内因性又は外因性コーディング配列の転移、
・例えばshRNA、miRNA、sgRNA、LncRNA又はcircRNAによる、遺伝子発現に対する影響を誘導することができるRNAのような、1つ又は複数の非コーディングRNAの転移。
・細胞RNA、メッセンジャーRNAタイプ又はその他(miRNA等)、RNAウイルスのサブゲノムレプリコン(HCV等)あるいはRNAウイルスの完全なゲノムの転移
・標的細胞の内因性及び外因性コーディング又は非コーディング配列の同時発現。
−免疫応答に関与する細胞(樹状細胞又は他の抗原提示細胞)における、1つ又は複数のエピトープ(複数)の、特に1つ又は複数の抗原(複数)の発現;
−それらの成熟又はそれらの活性化を誘発するように形質導入された細胞の活性化、あるいは、それらが相互作用しかつ対抗することができるようになる、例えば多様で複雑なメカニズムによって誘導される免疫抑制のメカニズムによる細胞の活性化。そのような活性化は免疫調節剤によって行うことができる。このタイプのアプローチは、腫瘍細胞に対する免疫応答の誘発に好ましい微小環境を作り出すことができる。
−カプシド形成された非ウイルスRNAの少なくとも2つが、第1の結合ドメインに対応する同じカプシド形成配列を有し、かつそれらの目的のRNA配列によってのみ異なり、
−第3のカプシド形成された非ウイルスRNAは、同一又は異なるカプシド形成配列を有し得る。カプシド形成配列が異なっている場合、それはヌクレオカプシドタンパク質に導入された第2の結合ドメインに対応し得る。
−カプシド形成された非ウイルスRNAの少なくとも2つが、第1の結合ドメインに対応する同じカプシド形成配列を有し、かつそれらの目的のRNA配列によってのみ異なり
−第3のカプシド形成された非ウイルスRNAは、インテグラーゼに導入された第2の結合ドメインに対応する異なるカプシド形成配列を有する。
−結合ドメインは、MS2バクテリオファージの「コート」タンパク質であり、
−非ウイルスRNAのカプシド形成配列は、MS2のステム−ループ配列であり、
−ヌクレオカプシドタンパク質は、キメラのGagポリタンパク質に属するHIVのヌクレオカプシドタンパク質(NC)であり、NCの配列は、MS2バクテリオファージの「コート」タンパク質配列を挿入するために、第2のジンクフィンガーのレベルで突然変異している。
−エンベロープタンパク質は、水胞性口炎ウイルスのエンベロープタンパク質をコードするVSV−Gタンパク質である。
−カプシド形成配列は、MS2ステム−ループ配列の2〜25回の反復、好ましくはステム−ループ配列の6〜18回の反復、さらにより好ましくは10〜14回、例えば12回の反復を含む。好ましくは、ステム−ループ配列は、以下のものである:ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag(配列番号1)。
−結合ドメインは、PP7ファージの「コート」タンパク質であり、
−非ウイルスRNAのカプシド形成配列は、PP7のステム−ループ配列であり、
−ヌクレオカプシドタンパク質は、キメラのGagポリタンパク質に属するHIVのヌクレオカプシドタンパク質(NC)であり、NCの配列は、PP7ファージの「コート」タンパク質配列を挿入するために、第2のジンクフィンガーのレベルで突然変異している。
−エンベロープタンパク質は、水胞性口炎ウイルスのエンベロープタンパク質をコードするVSV−Gタンパク質である。
−カプシド形成配列は、PP7のステム−ループ配列の2〜25回の反復、好ましくはステム−ループ配列の2〜18回の反復、さらにより好ましくは2〜12回、例えば6回の反復を含む。好ましくは、ステム−ループ配列は以下のものである:ctagaaaggagcagacgatatggcgtcgctccctgcag(配列番号2)。
−カプシド形成された非ウイルスRNAの少なくとも2つが、第1の結合ドメインに対応する同じカプシド形成配列を有し、これら2つの非ウイルスRNAは、任意によりそれらの目的のRNA配列によって異なり得る、
−第3のカプシド形成された非ウイルスRNAは、同一又は異なるカプシド形成配列を有し得る。カプシド形成配列が異なっている場合、それは、インテグラーゼに導入された第2の結合ドメインに対応し得る。
−カプシド形成された非ウイルスRNAの少なくとも2つが、インテグラーゼに導入された第1の結合ドメインに対応する同じカプシド形成配列を有し、かつこれら非ウイルスRNAは、任意により、それらの目的のRNA配列で異なり得る、
−第3のカプシド形成された非ウイルスRNAは、異なるカプシド形成配列を有し、斯かるカプシド形成配列は、ヌクレオカプシドタンパク質に導入された第2の結合ドメインに対応する。
−結合ドメインは、MS2バクテリオファージの「コート」タンパク質であり、
−非ウイルスRNAのカプシド形成配列は、MS2のステム−ループ配列であり、
−インテグラーゼは、酵素のキメラタンパク質であり、その配列は、MS2バクテリオファージの「コート」タンパク質配列を挿入するために、C−末端ドメインのレベルで突然変異している。
−結合ドメインは、PP7ファージの「コート」タンパク質であり、
−非ウイルスRNAのカプシド形成配列は、PP7のステム−ループ配列であり、
−インテグラーゼは、酵素のキメラタンパク質であり、その配列は、PP7ファージの「コート」タンパク質配列を挿入するために、C−末端ドメインのレベルで突然変異している。
−エンベロープタンパク質は、水胞性口炎ウイルスのエンベロープタンパク質をコードするVSV−Gタンパク質である。
−カプシド形成配列は、導入される結合ドメインに応じて、MS2の及び/又はPP7のステム−ループ配列の2〜25回の反復を含み、好ましくはステム−ループ配列の2〜18回の反復、より好ましくは2〜18回の反復、例えば6〜18回の反復、さらにより好ましくはMS2のステム−ループ配列について、10〜14回、例えば12回の反復を含む。
−好ましくは、結合ドメインがMS2のコートタンパク質である場合、ステム−ループ配列は、以下:ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag(配列番号1)であり、及び/又は、結合ドメインがPP7のコートタンパク質である場合、ステム−ループ配列は、以下:ctagaaaggagcagacgatatggcgtcgctccctgcag(配列番号2)、及び/又はステム−ループ配列の配列番号3と交互のステム−ループ配列の配列番号2である。
−RLP又はMS2RLP又はMS2(NC)−RLP 12X粒子は、ヌクレオカプシドへのMS2バクテリオファージのコートタンパク質の挿入によって、12回反復した、MS2バクテリオファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−MS2(NC)−RLP 2X粒子は、ヌクレオカプシドへのMS2バクテリオファージのコートタンパク質の挿入によって、2回反復した、MS2バクテリオファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−MS2(NC)−RLP 6X粒子は、ヌクレオカプシドへのMS2バクテリオファージのコートタンパク質の挿入によって、6回反復した、MS2バクテリオファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−MS2(IN)−RLP 2X粒子は、インテグラーゼへのMS2バクテリオファージのコートタンパク質の挿入によって、2回反復した、MS2バクテリオファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−MS2(IN)−RLP 6X粒子は、インテグラーゼへのMS2バクテリオファージのコートタンパク質の挿入によって、6回反復した、MS2バクテリオファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−MS2(IN)−RLP 12X粒子は、インテグラーゼへのMS2バクテリオファージのコートタンパク質の挿入によって、12回反復した、MS2バクテリオファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−PP7RLP又はPP7(NC)−RLP 2X粒子は、ヌクレオカプシドへのPP7ファージのコートタンパク質の挿入によって、2回反復した、PP7ファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−PP7(NC)−RLP 6X粒子は、ヌクレオカプシドへのPP7ファージのコートタンパク質の挿入によって、6回反復した、PP7ファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−PP7(NC)−RLP 12X粒子は、ヌクレオカプシドへのPP7ファージのコートタンパク質の挿入によって、12回反復した、PP7ファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−PP7(IN)−RLP 2X又はPP7(IN)−RLP粒子は、インテグラーゼへのPP7ファージのコートタンパク質の挿入によって、2回反復した、PP7ファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−PP7(IN)−RLP 6X粒子は、インテグラーゼへのPP7ファージのコートタンパク質の挿入によって、6回反復した、PP7ファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−PP7(IN)−RLP 12X粒子は、インテグラーゼへのPP7ファージのコートタンパク質の挿入によって、12回反復した、PP7ファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子であり、
−MS2/PP7RLP又はMS2/PP7(NC)−RLP 12X 2X粒子は、ヌクレオカプシドへのMS2バクテリオファージのコートタンパク質の挿入によって、12回反復した、MS2バクテリオファージのステム−ループモチーフを有するRNA、あるいは、ヌクレオカプシドへのPP7ファージのコートタンパク質の挿入によって、2回反復した、PP7ファージのステム−ループモチーフを有するRNAのカプシド形成によって形成されたレンチウイルス粒子である。
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、前記配列の上流又は下流に、カプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むGagポリタンパク質に由来するタンパク質及び/又はキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
を含む、キットに関する。
(i)少なくとも2つの異なる非ウイルスRNA配列を含む発現プラスミドであって、各RNA配列が目的の配列を含み、前記目的の配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されているか、あるいは、第1及び第2の発現プラスミドがそれぞれ目的の配列を含み、その上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラヌクレオカプシドタンパク質をコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
を含む。
(i)少なくとも2つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、これら配列のそれぞれの上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、あるいは代替的に、第1及び第2の発現プラスミドであって、それぞれ目的の配列を含み、その上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されており、当該目的の配列が異なっており、かつ当該カプシド形成配列は同一である、発現プラスミド、
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラヌクレオカプシドタンパク質をコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
を含む。
−発現プラスミドにおいて、カプシド形成配列は、MS2のステム−ループ配列2〜25回の反復を含み、好ましくはステム−ループ配列の6〜18回の反復、さらにより好ましくは10〜14回、例えば12回の反復を含む。有利には、ステム−ループ配列は、以下:ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag(配列番号1)である。
−カプシド形成プラスミドにおいて、ヌクレオカプシドタンパク質は、Gagポリタンパク質に属するHIVのヌクレオカプシドタンパク質(NC)であり、当該NCは、MS2バクテリオファージの「コート」タンパク質の配列を挿入するために、第2のジンクフィンガーのレベルで突然変異している。
−エンベローププラスミドにおいて、エンベロープタンパク質は、水胞性口炎ウイルスのエンベロープタンパク質をコードするVSV−Gタンパク質である。
−発現プラスミドにおいて、カプシド形成配列は、PP7のステム−ループ配列の2〜25回の反復を含み、好ましくはステム−ループ配列の2〜18回の反復、さらにより好ましくは2〜12回、例えば6回の反復を含む。有利には、ステム−ループ配列は、以下:ctagaaaggagcagacgatatggcgtcgctccctgcag(配列番号2)であり、及び/又は、ステム−ループ配列の配列番号3と交互のステム−ループ配列の配列番号2である。
−カプシド形成プラスミドにおいて、ヌクレオカプシドタンパク質は、Gagポリタンパク質に属するHIVのヌクレオカプシドタンパク質(NC)であり、当該NCは、PP7ファージの「コート」タンパク質の配列を挿入するために、第2のジンクフィンガーのレベルで突然変異している。
−エンベローププラスミドにおいて、エンベロープタンパク質は、水胞性口炎ウイルスのエンベロープタンパク質をコードするVSV−Gタンパク質である。
−ヌクレオカプシドに導入された結合ドメインは、MS2のコートタンパク質であってもよく、かつインテグラーゼに導入された結合ドメインは、PP7のコートタンパク質であってもよい、あるいは
−ヌクレオカプシドに導入された結合ドメインは、PP7のコートタンパク質であってもよく、かつインテグラーゼに導入された結合ドメインは、MS2のコートタンパク質であってもよい。
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、この配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
を含む。
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラGagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードする場合には、野生型Gagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードし、及び/又は
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラインテグラーゼをコードする場合には、野生型インテグラーゼをコードする。
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、この配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミドを調製し、
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むGagポリタンパク質に由来するタンパク質及び/又はキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミドを調製し、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミドを調製すること、
を含む。
(i)少なくとも2つの異なる非ウイルスRNA配列を含む発現プラスミドであって、各RNA配列が目的の配列を含み、この目的の配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、あるいは代替的に、第1及び第2の発現プラスミドであって、それぞれ目的の配列を含み、その上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、を調製し、
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラヌクレオカプシドタンパク質をコードするカプシド形成プラスミドを調製し、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミドを調製すること、
を含む。
(i)少なくとも2つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、これら配列のそれぞれの上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、あるいは代替的に、第1及び第2の発現プラスミドであって、それぞれ目的の配列を含み、その上流又は下流にカプシド形成配列が挿入され、当該目的の配列が異なり、かつ当該カプシド形成配列が同一である、発現プラスミド、を調製し、
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラヌクレオカプシドタンパク質をコードするカプシド形成プラスミドを調製し、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミドを調製すること、
を含む。
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、この配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミドを調製し、
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミドを調製し、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミドを調製すること、
を含む。
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、この配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド,
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むGagポリタンパク質に由来するタンパク質及び/又はキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
による細胞のコトランスフェクションのステップ、並びに、
粒子を含むトランスフェクトされた細胞の上清の回収のステップ、
を含む。
(i)少なくとも2つの異なる非ウイルスRNA配列を含む発現プラスミドであって、各RNA配列が目的の配列を含み、この目的の配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されているか、あるいは、第1及び第2の発現プラスミドがそれぞれ目的の配列を含み、その上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラヌクレオカプシドタンパク質をコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
による細胞のコトランスフェクションのステップ、並びに、
粒子を含むトランスフェクトされた細胞の上清の回収のステップ、
を含む。
(i)少なくとも2つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、これら配列のそれぞれの上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、あるいは代替的に、第1及び第2の発現プラスミドであって、それぞれ目的の配列を含み、その上流又は下流にカプシド形成配列が挿入され、当該目的の配列が異なり、かつ当該カプシド形成配列が同一である、発現プラスミド
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラヌクレオカプシドタンパク質をコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
による細胞のコトランスフェクションのステップ、並びに、
粒子を含むトランスフェクトされた細胞の上清の回収のステップ、
を含む。
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、この配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
による細胞のコトランスフェクションのステップ、並びに、
粒子を含むトランスフェクトされた細胞の上清の回収のステップ、
を含む。
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラGagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードする場合には、野生型Gagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードし、及び/又は
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラインテグラーゼをコードする場合には、野生型インテグラーゼをコードする。
一度清澄化されると、高い純度を得るために、上清は、接線限外濾過によって濃縮及び精製される。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
1.1 本発明に係るMS2RLPレンチウイルス粒子を生産するためのプラスミド
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、イントロン配列又はRNA安定化配列を含むか又は含まない、プロモーター−目的の配列−polyA発現カセットを有する。レンチウイルス粒子にmRNAを輸送するために、MS2 RNAのステム−ループモチーフの12回の反復(ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag、配列番号1)を、レポーター遺伝子の下流の発現カセットに挿入した。使用されたプロモーターは、CMV又はEF1プロモーターであり得るが、他のプロモーターが使用されてもよい。目的の配列は、レポータータンパク質、例えば天然ホタルルシフェラーゼ、緑色(ZsGreen1)、赤色(mCherry)又は青色(mtBFP)蛍光タンパク質をコードするDNAであり得る(その発現カセットは図Iに記載されている)。目的の配列は、タンパク質、例えば免疫原性タンパク質又は免疫調節タンパク質をコードするcDNAであり得る。目的の配列はまた、cDNA、shRNA、miRNA、sgRNA、LncRNA又はcircRNAの配列であり得る。
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、プロモーター−目的の配列、の発現カセットを有する。目的の遺伝子の配列は、例えば、ルシフェラーゼ(図IVa)、蛍光レポーター(図IVb)又はCRE リコンビナーゼ(図IVc)の配列であり得る。このプラスミドは、他のエレメント、例えば天然配列WPRE(Woodchuck Hepatitis Virus Post-transcriptional Regulatory Element)又は配列cPPT/CTSを含んでもよい。ウイルスの病原性は、導入遺伝子によるレトロウイルス複製に必要とされるウイルスゲノムの領域の置換によって排除されている。
細胞に対するプラスミドのトランスフェクション後に、上清を採取し、粗生成物で使用するか、又は国際公開第2013/014537号の出願に記載の方法に従って濃縮/精製して使用した。
5%のCO2で湿潤雰囲気下、37℃で、1%のペニシリン/ストレプトマイシン及び1%のウルトラグルタミン(PAA)で補充したダルベッコ改変イーグル培地(DMEM、Gibco、Paisley、UK)で培養した、HEK293T細胞(ATCC、CRL−11268)を用いて10−スタックの細胞TACK(6360cm2、Corning)で、生産を行う。血清の影響を研究する実験のために、DMEMを10%のFCSで補充する。特に、酪酸ナトリウムによる誘導は行わない。各バッチ(MS2RLP及びILV)について、トランスフェクション混合物は以下の3つのプラスミドからなる:
−粒子(MS2RLP)又はベクターILVが形成されているかに応じて、上述の発現プラスミドの1つ、
−p8.74ΔZF Coat(MS2RLP)、p8.74(ILV)並びに
−エンベロープVSV−Gを有するpENV。
ベクター及び粒子を、以下の2つの方法の1つに従って濃縮及び精製する:
・方法P1は、中央遠心分離ユニットでの上清の正面限外濾過を行うことを意図する。
・方法P2は、上清の接線限外濾過、次いで透析濾過を行うことを意図する。粗上清を、ポリスルホン中空繊維カートリッジを用いた接線限外濾過によって濃縮及び精製する。上清を、DMEM又はTSSM緩衝液に対して連続モードで20ダイアボリューム(diavolumes)での透析濾過によって処理する。透析濾過後に、保持液を回収し、次に中央遠心分離ユニットでの正面限外濾過によって再度濃縮する。
3.1 qPCRによる機能的粒子の滴定
HCT116細胞(ATCC、CCL−247)を、10%のFCS、100μg/mLのストレプトマイシン、100U/mLのペニシリン及び2mMのL−Glnで補充した、100μLのDMEM中の96−ウェルプレートに播種し、次に、37℃/5%CO2で24時間インキュベートする。各ベクター並びに内部標準について六連希釈を行う。細胞を、Polybrene(登録商標) 8μg/mL(Sigma)の存在下でこれら連続希釈液により形質導入し、次に、37℃/5%CO2で3日間インキュベートする。一連の試料のそれぞれについて、非形質導入細胞の1つのウェルを対象として加える。次に、細胞をトリプシン処理し、Nucleospin tissue gDNA抽出キット(Macherey-Nagel)を用いてゲノムDNAを抽出した後に、力価(形質導入ユニット/mL)をqPCRによって決定する。qPCRによって得られた力価(TU/mL)を、その力価がFACSによって予め決定された内部標準によって正規化する。
p24カプシドタンパク質は、HIV-1 p24 ELISA kit(Perkin Elmer)を用いて、その推奨に従って、ウイルス上清で直接検出される。捕捉されたp24タンパク質は、ビオチン化ポリクローナル抗体と複合化され、次にストレプトアビジン−HRPペルオキシダーゼコンジュゲートにより検出される。得られた複合体は、捕捉されたp24タンパク質の量に正比例する黄色の着色を生じるオルトフェニレンジアミン−HCl(OPD)基質とのインキュベーション後に、分光光度法によって検出される。各ウェルの吸光度を、Synergy H1 Hybridプレートリーダー(Biotek)を用いて定量化し、標準範囲のp24タンパク質の吸光度に対して較正する。1pgのp24タンパク質が104個の物理的粒子に対応することを知ることによって、1mlあたりの物理的粒子として表されるウイルス力価を、得られたp24タンパク質の濃度から計算する。
1.リンパ球
1.1 ヒトリンパ球細胞の調製
全ヒトリンパ球を、Ficoll勾配で末梢単核細胞又はPBMC(末梢血単核細胞(Peripheral Blood Mononuclear Cell))を単離することによって、全ヒト血液から調製する。血液試料を室温で採取し、適切なチューブ(15又は50ml)中でPBS 1X pH 7.4で1/2に希釈する。
マウスリンパ球を脾臓から調製する。頸椎脱臼による動物の安楽死後に、脾臓をマウスから回収する。脾臓を、6−ウェル培養プレートのウェルに入れ、26G 1/2針を装着した注射器での2mg/mlのコラゲナーゼD(Roche diagnostics)の溶液の1mlの注入によって膨潤させる。脾臓を、2mg/mlのコラゲナーゼDの溶液の1ml中で滅菌メスを用いてウェル内で小片に切断する。脾臓の小片を含む2mlの溶液を、15−mlチューブに移し、+37℃の水浴中で30分間インキュベートする。15mlの最終容量に13mlの冷MACS緩衝液(PBS 1X pH 7.4、0.5%FCS、2mMのEDTA)を添加することによって、酵素消化を停止させる。細胞懸濁液を、50−mlチューブ上に置いた70−μm細胞篩で濾過する。容量を冷MACS緩衝液で30mlにする。細胞懸濁液を、10分間300gで、+4℃で遠心分離する。
形質導入の日に、リンパ球を、1ウェル当たり50μlの容量で細胞培養用に処理された平底96−ウェルプレート中に0.5×106細胞/mlの割合で再懸濁しする。4μg/mlの最終Polybrene(登録商標)と、選択されたMOIでの様々なベクター(すなわちRLPの場合には10、20又は30pg p24/細胞、及びヒトTリンパ球のためのILVの場合にはMOI 10、20、25又は50;RLPの場合には0.1、0.5、1、又は 5pg p24/細胞、並びに、マウスCD8+Tリンパ球のためのILVの場合にはMOI 5、10、25、50又は75)とを含有する形質導入培地を調製し、100μl/ウェルの最終容量のために、50μlの容量で細胞に添加する。次にプレートを75分間1000gで、30℃で遠心分離する。形質導入培地を、遠心分離ステップの後に、37℃、5%CO2で4時間細胞上に放置する。このインキュベーション後に、80%の形質導入培地(80μl)を抜き取り、180μlのRPMI培地、10%ウシ胎児血清、2mMのL−グルタミン、1%ペニシリン/ストレプトマイシンを、各ウェルに添加する。細胞を37℃、5%CO2で分析までインキュベートする。
2.1 ヒト樹状細胞の調製
2.1.1 ヒト全血からのヒト末梢単核細胞(peripheral mononuclear cell)(PBMC)の単離
ヒト樹状細胞を、Ficoll勾配でPBMCを単離することによって全ヒト血液から調製する。血液試料を室温で採取し、適切なチューブ(15又は50ml)内でPBS 1X pH 7.4で1/2に希釈する。
樹状細胞を、タイプTCT 48−ウェルプレート(Corning)内で、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミン、200nMのヒトIL4及び50mMのヒトGM−CSFで補充したSFM培地中に、1.106細胞/mlの割合で培養する。これら培養条件は、未熟表現型の樹状細胞(iDC)を得ることを可能にする。樹状細胞を、37℃/5%CO2で5日間培養し続け、3日目に培養培地を更新する。
マウス樹状細胞(DC)を、後肢から得られた骨髄から調製する(BMDC培養)。長骨、大腿骨及び脛骨を成体マウスから回収し、1%ペニシリン/ストレプトマイシンを補充したRPMI 1640培地を含有する50−mlチューブに移す。26G 1/2針を装着し、1%ペニシリン/ストレプトマイシンで補充したRPMI 1640培地を含有する注射器を用いて、骨から骨髄を取り除く。細胞懸濁液を、5分間300gで、+4℃で遠心分離する。上清を除去し、1%ペニシリン/ストレプトマイシンで補充したRPMI 1640培地の1ml+Gey溶液(155mMのNH4Cl、1mMのKHCO3)の3mlに、ペレットを取る。細胞懸濁液に含まれる赤血球を溶解するために、懸濁液を5分間室温でインキュベートする。インキュベーション後、10%のウシ胎児血清、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミンで補充したRPMI 1640培地で、容量を15mlに調整し、反応を止め、細胞懸濁液を5分間300gで、+4℃で遠心分離する。上清を除去し、10%のウシ胎児血清、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミンで補充したRPMI 1640培地の一定容量に、ペレットを取る。この細胞懸濁液を、50−ml チューブ上に置いた70−μm 細胞篩で濾過する。約30mlの最終容量が得られるまで、篩をすすぐ。細胞を計数し、細胞懸濁液を5分間300gで遠心分離する。上清を除去し、10%のウシ胎児血清、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミン、50μMの2−メルカプトエタノール、25ng/mlのマウスIL4及び25ng/mlのマウスGM−CSFで補充したRPMI 1640培地の一定容量に、ペレットを取り、1.106細胞/mlの細胞濃度を与える。樹状細胞を、タイプULA 6−ウェルプレート(Corning)内で1.106細胞/mlの割合で培養する。樹状細胞を37℃/5%CO2で5日間培養し続け、2〜3日毎に培養培地を交換する。3日目に、BMDCを、培養に使用したプレートに依然として接着しているマクロファージ型の細胞からそれらを分離するために、新しい6−ウェルULAプレートに戻す。
PBMCの単離に対応する日に、細胞を、選択されたMOI(RLPの場合には1、2又は4pg p24/細胞、及びILVの場合にはMOI 25、50又は75)でのILV.EF1.ZsGreen1ベクターによって、SFM培養培地、2mMのL−グルタミン、1%ペニシリン/ストレプトマイシン中で、以下のトランスフェクション剤:4μg/mLでのPolybrene(登録商標)(Sigma)及びBX795 6μM(Invivogen)と共に、形質導入し、そして+37℃/5%CO2でインキュベートする。形質導入から4時間後に、形質導入培地を、樹状細胞に特異的な分化培地(SFM、2mMのL−グルタミン、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、200 nM ヒトIL4及び50mMのヒトGM−CSF)で交換する。この培地は、未熟樹状細胞(iDC)の培養を可能にする。EF1.ZsGreen1カセットでの形質導入を十分に行うために、細胞を播種後4時間に、種々のベクター(RLP又はILV)によって形質導入する。
RLP.ZsGreen1ベクターによって形質導入された樹状細胞は、1pg p24〜4pg p24/細胞のRLP粒子の増加する範囲に従って、かつ異なる分析時点での(iDCについて形質導入後1、2、3及び4日、並びにmDCについて形質導入後4日)、フローサイトメトリーによって分析された蛍光の発現の特徴付けと関連した開発の主題であった。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)及びBX795 6μM(Invivogen)を含有する培地のみを用いて調製する。
ILV.EF1.ZsGreen1ベクターによって形質導入された樹状細胞は、感染多重度MOI 25〜75のILVレンチウイルス粒子の増加する範囲にわたって、かつ異なる分析時点での(iDCについて形質導入後1、2、3及び4日、並びにmDCについて形質導入後4日)、フローサイトメトリーによって分析された蛍光の発現の特徴付けと関連した開発の主題であった。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLでのPolybrene(登録商標)(Sigma)及びBX795 6μM(Invivogen)のみを含有する培地で調製する。
培養開始から6日後に、樹状細胞を回収し、5分間300gで遠心分離する。上清を除去し、細胞を、10%のウシ胎児血清、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミンで補充したRPMI 1640の1mlで洗浄し、5分間300gで遠心分離する。樹状細胞を、96−ウェル又は24−ウェルプレート内、10%のウシ胎児血清、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミン、50μM 2−メルカプトエタノール、25ng/mlのマウスIL4及び25ng/mlのマウスGM−CSFで補充したRPMI 1640中に、0.5×106細胞/mlで播種する。ZsGreen1蛍光の発現による形質導入を十分に行うために、細胞を播種後24時間に、種々のベクター(RLP又はILV)によって形質導入する。形質導入はPolybrene(登録商標) 4μg/mL(Sigma)の存在下で行い、1000gで75分間+30℃でのプレートの回転培養(spinoculation)に続く。次に、形質導入培地を4時間+37℃/5%CO2で放置する。
RLP.ZsGreen1ベクターによって形質導入された樹状細胞は、0.1pg p24〜5pg p24/細胞のRLP粒子の増加する範囲にわたって、かつ異なる分析時点での(形質導入後1、2、3及び4日)、フローサイトメトリーによって分析された蛍光の発現の特徴付けと関連した開発の主題であった。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)を含有する培地のみで調製する。
ILV.EF1.ZsGreen1ベクターによって形質導入された樹状細胞は、感染多重度MOI 5〜75のレンチウイルス粒子ILVの増加する範囲にわたって、かつ異なる分析時点での(形質導入後1、2、3及び4日)、フローサイトメトリーによって分析された蛍光の発現の特徴付けと関連した開発の主題であった。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)を含有する培地のみで調製する。
3.1 リンパ球の免疫標識
ソーティング後に、又は形質導入後の異なる分析時点で、リンパ球を、それらが懸濁している培養プレートから回収し、細胞を円錐底96−ウェル培養プレートのウェルに移す。細胞を、PBS 1X pH 7.4、5%FCSの溶液で洗浄し、300gで5分間遠心分離する。上清を反転によって除去する。
各分析時点に、ウェルを、培養プレートのフォーマットに応じてピペットコーン又はスクレーパーで掻き取り、細胞を円錐底96−ウェル培養プレートのウェルに移す。細胞をPBS 1X pH 7.4、5%FCSの溶液で洗浄し、、300gで5分間遠心分離する。上清を反転により除去する。
各分析時点に、細胞を、円錐底96−ウェル培養プレートのウェルに移す。細胞を、PBS 1X pH 7.4の溶液で洗浄し、300gで5分間遠心分離する。上清を反転により除去する。
免疫標識した樹状細胞をフローサイトメトリー(Miltenyi Biotec)によって分析し、解析する。試料を、それらのサイズ(SSC)及びそれらの粒度(FSC)に従って較正した。Viobility(商標)で標識された細胞は、死んでいるか死にかけている、従って生細胞は陰性細胞である(除外による標識)。細胞は、MacsQuantVYB(Miltenyi Biotec)で特徴づけられ、MacsQuantソフトウェア(Miltenyi Biotec)で分析される。
1.RLP及びILVによる免疫細胞の形質導入有効性の比較
1.1 Tリンパ球
RLP粒子又はILVベクターによるTリンパ球の形質導入は、ヒト(図VIa及びVIb)においてマウス(図VIIa及びVIIb)よりも優れた有効性を示している。実際に、ナイーブヒトTリンパ球は、RLPにより70%の有効性で形質導入され、これはILVベクターにより得られる有効性に匹敵する。同様に、陽性細胞の90%超が、ILVによるように、RLPによる活性化後に得られる。しかしながら、マウスTリンパ球は形質導入することがさらに困難であり、結果は、試験された感染多重度の条件下でRLPについての20%からILVによる70%までの範囲である。感染多重度(MOI)を高めることにより、マウスTリンパ球に対してより高い有効性を得ることが可能であるが、細胞毒性を誘発する危険性がある。
樹状細胞(DC)の第1の形質導入アッセイを、健康なヒトドナーからの末梢血から調製したヒト細胞に対して行った。
形質導入アッセイを、上述したマウス骨髄に由来する樹状細胞(BMDC)に対して行ったが、ILV又はRLPの増加用量での形質導入によって毒性が誘導されたかを評価するために、死細胞の特異的標識を含んだ形質導入されたBMDCを、全生細胞のパーセンテージ、並びに樹状細胞の特異的CD11cマーカーを発現する細胞のうちZsGreen1を発現する細胞のパーセンテージに基づいて、D2に分析した。得られた結果(図XXII)は、形質導入後48時間に、CD11cを発現するBMDCにおけるZsGreen1の発現の特異的分析が、0.5pg p24/細胞のMOIから始まるCD11c+BMDCの50%のRLP粒子により、及び75のMOIでのILVベクターによる75%の形質導入を示すことを示している。用量効果はまた、これら細胞によって発現された蛍光強度の分析において観察され、RLPについての同等のレベルは、ILVについてはMOI 1又はRLPについては5pg p24/細胞で使用される。最後に、BMDCに適用されたRLP粒子の用量に関わらず(0.1〜5pg p24/細胞)、有意な毒性は観察されない(生存率>80%)。いずれの場合にも、従って、RLP粒子による又はILVベクターによる形質導入は、初代細胞に対して、及び特にAPCに対してのレンチウイルス粒子の非毒性を実証する。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
1.1 本発明に係るMS2RLPレンチウイルス粒子を生産するためのプラスミド
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、イントロン配列又はRNA安定化配列を含むか又は含まない、プロモーター−目的の配列−polyA発現カセットを有する。レンチウイルス粒子にmRNAを輸送するために、MS2 RNAのステム−ループモチーフの12回の反復(ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag、配列番号1)を、レポーター遺伝子の下流の発現カセットに挿入した。使用されたプロモーターは、CMV又はEF1プロモーターであり得るが、他のプロモーターが使用されてもよい。目的の配列は、抗原又はエピトープをコードし得る。目的の配列は、タンパク質、例えば免疫原性タンパク質又は免疫調節タンパク質をコードするcDNAであり得る。多くのバイオマーカーが腫瘍細胞上で同定されており、それらの完全な配列及び/又は部分配列が免疫療法に使用される。例えば、MAGEA3抗原を発現するために使用される配列は、完全(図XIa)又は部分的(図XIb)であり得る。腫瘍バイオマーカーの他の部分配列が使用されてもよく、例えばgp100(図XIc)又はチロシナーゼ(図XId)の部分配列である。腫瘍バイオマーカーの完全又は部分配列の多くの他の例が使用されてもよい。
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、プロモーター−目的の配列、の発現カセットを有する(その発現カセットは図XIIに記載されている)。このプラスミドは、他のエレメント、例えば天然配列WPRE(Woodchuck Hepatitis Virus Post-transcriptional Regulatory Element)又は配列cPPT/CTSを含んでもよい。ウイルスの病原性は、導入遺伝子によるレトロウイルス複製に必要とされるウイルスゲノムの領域の置換によって排除されている。前述のように、目的の配列は、完全な抗原性タンパク質、抗原又はエピトープをコードし得る。多くのバイオマーカーが腫瘍細胞上で同定されており、それらの完全な配列及び/又は部分配列が免疫療法に使用される。例えば、MAGEA3を発現するために使用される配列は、完全(図XIIa)又は部分的(図XIIb)であり得る。腫瘍バイオマーカーの他の部分配列が使用されてもよく、例えばgp100(図XIIc)又はチロシナーゼ(図XIId)の部分配列である。腫瘍バイオマーカーの完全又は部分配列の多くの他の例が使用されてもよい。
バッチの生産及び滴定は、以下の発現プラスミドの1つを用いて、実施例1に記載したように方法P2に従って行われる:
−pcDNA−EF1.Fluorescent Gene.MS2 12X(その発現カセットは図Iに記載されている)。
−pILV−EF1.Fluorescent Gene.WPRE(その発現カセットは図IVbに記載されている)。
−pcDNA.EF1.PPRV.MAGEA3.IRES.GFP.WPRE.MS2 12X(その発現カセットは図XIaに記載されている)。
−pILV.EF1.MAGEA3.IRES.GFP.WPRE(その発現カセットは図XIIaに記載されている)。
マウス樹状細胞を、実施例1に記載されたものと同一の方法によって調製する。
RLP.MAGE A3−IRES−GFP粒子により形質導入された樹状細胞は、0.1pg p24〜5pg p24のRLP粒子の増加する範囲にわたって、かつ異なる分析時点での(形質導入後1、2、3及び4日)、フローサイトメトリーによって分析された蛍光の発現の特徴付けと関連した開発の主題であった。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)のみを含有する培地で調製する。
ILV−MAGE A3−IRES−GFPベクターによって形質導入された樹状細胞は、感染多重度MOI 5〜75のレンチウイルス粒子ILVの増加する範囲にわたって、かつ異なる分析時点での(形質導入後1、2、3及び4日)、フローサイトメトリーによって分析された蛍光の発現の特徴付けと関連した開発の主題であった。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)のみを含有する培地で調製する。
3.1 マウス樹状細胞の免疫標識
各分析時点に、細胞を、円錐底96−ウェル培養プレートのウェルに移す。細胞を、PBS 1X pH 7.4の溶液で洗浄し、5%FCS、300gで5分間遠心分離する。上清を反転により除去する。
免疫標識した樹状細胞をフローサイトメトリー(Miltenyi Biotec)によって分析し、解析する。試料を、それらのサイズ(SSC)及びそれらの粒度(FSC)に従って較正した。細胞は、MacsQuantVYB(Miltenyi Biotec)で特徴づけられ、MacsQuantソフトウェア(Miltenyi Biotec)で分析される。
1.Renca腫瘍モデル
このモデルは、Rencaタイプのマウス(Balb/c)腎臓癌の腫瘍細胞を使用する。これらマウス細胞は、ヒト起源のMAGE A3抗原を発現するようにILV.EF1.MAGE A3.IRES.GFPベクター(MOI 100)により予め形質導入される。次に、このモデルは、成体の同系のBalb/cマウスの脇腹に、所定数のこれらの細胞(1.106細胞)を皮下に再移植することからなる。予備研究は、非常に早く限界点に達することなく、全ての動物で発達する腫瘍を発生させるための再移植する細胞の数を決定することを可能にする(腫瘍>2mm3、動物の体重減少>腫瘍の移植の日の体重の20%)。動物は、登録されたブリーダー(Janvier Europe又はCharles River Labs)から入手し、これら実験の全てについて詳述したプロトコルは、地域の倫理委員会(CEEA−122倫理委員会)に提出され、承認された。
BMDCを、実施例1(2.4)に記載されたように、RLPタイプ(実施例1、段落2.4.1)又はILVタイプ(実施例1、段落2.4.2)の粒子により形質導入し、Balb/cマウスにおける形質導入翌日に、腫瘍再移植と同じ側に位置する鼠径リンパ節のレベルで皮内に再移植する。異なる量の細胞を、このモデルにおける治療力を評価するために再移植することができる。
全ての動物をその全身状態について毎日チェックする。1週間に3回、それらを秤量し、腫瘍の発生をキャリパーゲージを用いて手動で測定する。腫瘍体積は、以下の式に従ってmm3で与えられる:V=a*(b2/2)、ここで、a=最大直径、及びb=最小直径。倫理的な理由から、腫瘍の発生は2000mm3の体積に制限され、この限界に達するか、又はその初期体重(=腫瘍細胞の再移植の日における)の20%超を失った動物は屠殺される。
第1の実験は、マウス樹状細胞(BMDC)による腫瘍抗原(MAGE A3)の抗原提示の有効性を試験するために行った。BMDCを、ZsGreen1 蛍光を用いた試験で決定された最適条件下で、RLP.MAGE A3.IRES.GFP粒子又はILV.EF1.MAGE A3.IRES.GFPベクターによって形質導入した。いずれの場合においても一定範囲のMOIを行い、細胞を樹状細胞の特異的マーカーの発現について3日目に表現型決定した(図XIIIa及びXIIIb)。前述のように、これらの分析は、どのMOIが適用されたとしても、形質導入により表現型は変更されないことを示している。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、イントロン配列又はRNA安定化配列を含むか又は含まない、プロモーター−目的の配列−polyA発現カセットを有する(図XV又はXXIII)。レンチウイルス粒子にmRNAを輸送するために、PP7 RNAのステム−ループモチーフの2回の反復(ctagaaaggagcagacgatatggcgtcgctccctgcag 配列番号2及びctagaaaccagcagagcatatgggctcgctggctgcag 配列番号3)を、レポーター遺伝子の下流の発現カセット内に挿入した(図XV又はXXIII)。
レンチウイルス粒子を、実施例1に記載されたように生産し、方法P2に従って濃縮及び精製する。粒子を実施例1に記載されたように滴定する。
マウス樹状細胞を、実施例1に記載されたものと同一の方法によって調製する。
樹状細胞を、1pg p24/細胞のMOIで、実施例1(段落2.4)に記載したようにPP7(IN)−RLP.ZsGreen1ベクターにより形質導入し、異なる分析時点(形質導入後1、2及び3日)でのフローサイトメトリーによる生存率及びZsGreen1蛍光の発現について分析する。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)を含有する培地のみで調製する。
2.1 マウス樹状細胞の免疫標識
各分析時点に、細胞を、円錐底96−ウェル培養プレートのウェルに移す。細胞を、PBS 1X pH 7.4の溶液で洗浄し、300gで5分間遠心分離する。上清を反転により除去する。
免疫標識した樹状細胞をフローサイトメトリー(Miltenyi Biotec)によって分析し、解析する。試料を、それらのサイズ(SSC)及びそれらの粒度(FSC)に従って較正した。Viobility(商標)で標識された細胞は死んでおり、従って生細胞は陰性細胞である(除外による標識)。細胞は、MacsQuantVYB(Miltenyi Biotec)で特徴づけられ、MacsQuantソフトウェア(Miltenyi Biotec)で分析される。
図XXIVは、1pg p24/細胞の用量でのPP7(IN)−RLP.ZsGreen1粒子により形質導入されたBMDC(APC)の細胞生存率及びZsGreen1の発現動態の測定を示す。形質導入後24時間から始まって安定して3日まで、ZsGreen1を発現するPP7(IN)−RLP粒子により形質導入されたマウスBMDCの割合は70%である。細胞は、3日間の分析にわたって同じ生存率のレベルを維持し;発現の強度のみが経時的に減少する。従って、インテグラーゼにPP7−Coatを有するレンチウイルス粒子内にRNAを輸送することが可能である。好ましくは、PP7(IN)−RLP粒子は、APC、例えばBMDC内に抗原配列を有するRNAを輸送するために使用される。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、イントロン配列又はRNA安定化配列を含むか又は含まない、プロモーター−目的の配列−polyA発現カセットを有する。レンチウイルス粒子にmRNAを輸送するために、MS2 RNAのステム−ループモチーフの12回の反復(ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag、配列番号1)を、レポーター遺伝子の下流の発現カセットに挿入した。使用されたプロモーターは、CMV又はEF1プロモーターであり得るが、他のプロモーターが使用されてもよい。目的の配列は、抗原又はエピトープをコードし得る。多くのバイオマーカーが腫瘍細胞上で同定されており、それらの完全な配列及び/又は部分配列が免疫療法に使用される。例えば、MAGEA3抗原を発現するために使用される配列は、完全(図XIa)又は部分的(図XIb)であり得る。バイオマーカーの他の部分配列が使用されてもよく、例えばgp100(図XIc)又はチロシナーゼ(図XId)の部分配列である。腫瘍バイオマーカーの完全又は部分配列の多くの他の例が使用されてもよい。
バッチの生産及び滴定は、以下の発現プラスミドの1つ又は複数を用いて、実施例1に記載したように方法P2に従って行われる:
−バッチRLP MAGEA3:pcDNA.EF1.PPRV.MAGEA3.IRES.GFP.WPRE.MS2 12X(図XIa)。
−バッチRLP TAAs:pcDNA.EF1long.PPRV.PS−AgMageA3.WPRE.MS2 12X(図XIb)+pcDNA.EF1long.PPRV.PS−Aggp100.WPRE.MS2 12X(図XIc)+pcDNA.EF1long.PPRV.PS−AgTyrosinase.WPRE.MS2 12X(図XId)。
−バッチRLP.ZsGreen1:pcDNA.EF1.Fluorescent Gene.MS2 12X(図I)。
1.U937株(ATCC(登録商標) CRL−1593.2(商標))
U937細胞株は、単球の多数の特徴を有する37歳の男性の組織球性リンパ腫から出発して確立された細胞株である。このモデルは、単球及びマクロファージの分化のインビトロ研究によく使用される。U937細胞を、超低接着表面(Ultra Low Attachment)(ULA)培養フラスコで、10%のウシ胎児血清(FCS)、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミンの存在下でのRPMI 1640培地(RPMI完全培地)の100 000細胞/mlで培養する。
形質導入の日に、細胞を回収し計数する。それらを、500μlの培地中に500 000細胞/mlでの細胞懸濁液を得るために、再懸濁する。形質導入の準備ができた播種を、24−ウェルULAプレートに、ウェル当たり500μlの割合で、かつ三連で実施する。
形質導入後5時間及び20時間に、細胞を再懸濁し、試料を15−mlチューブに入れ、次に200gで5分間遠心分離して、ペレットを得る。上清を捨て、細胞を1mlのPBS 1Xで洗浄した後に、再度200gで5分間遠心分離する。上清を捨て、細胞ペレットを、1mlのトリプシン0.05%−0.53mMのEDTA(Corning)中に再懸濁する。細胞を5分間37℃でインキュベートする。インキュベーションの最後に、2mlのRPMI完全培養培地を細胞懸濁液に添加する。細胞を200gで5分間遠心分離し、次に上清を捨て、細胞を1mlのPBS 1Xで洗浄した後に、最後に一度200gで5分間遠心分離する。上清を捨て、細胞を乾燥ペレットの形態で−80℃ですぐに凍結する。
各乾燥ペレットを氷上に置き、ゆっくり解凍する。1mlのTRIzol溶液を、各乾燥ペレットに室温で添加し、細胞を5分間インキュベートした後に、200μlのクロロホルムを添加する。試料を10回反転することによってホモジナイズし、2〜3分間室温でインキュベートする。試料を12000gで15分間、+4℃で遠心分離する。遠心分離の最後に、試料を氷上に置く。上相を新しいチューブ(500〜600μl)に移す。等量の70°エタノールを添加し、次に試料をボルテックスを用いてホモジナイズする。
相補的DNAへのRNAの逆転写を、供給元の推奨に従って、「Maxima First Strand」酵素(ThermoFisher)を用いて各試料のRNAの500ngに対して行う。
増幅を、リアルタイムPCRミックス、SYBR(登録商標)Premix Ex Taq(Takara - cat RR420L)を用いて、20μlの最終容量でのセンス及びアンチセンスオリゴヌクレオチドの200nMの存在下で、超純粋で1/10希釈したcDNAの5μlに対して行う。
−Q−hGAPDH−S(GACAAGCTTCCCGTTCTCAG)(配列番号4)
−Q−MAGEA3−F(CTGCCGACCACCATGAACTA)(配列番号5)
−Q−PSMAGEDC−F(TCAGCACTCTTTGAGGATCTAATGA)(配列番号6)
−Q−PSTyrDC−F(ATGAGCCAGGTGCTTAACAACA)(配列番号7)
−Q−PSGP100DC−F(TGGCGCCTCAGCACTCTT)(配列番号8)
−Q−hGAPDH−AS(GAGTCAACGGATTTGGTCGT)(配列番号9)
−Q−MAGEA3−R(GGTTGCTGGAGTCCTCATAGGA)(配列番号10)
−Q− PSMAGETyrDC−R(GGTAGGCAATGAGGACGATGA)(配列番号11)
−Q−PSGP100DC−R(ACCTGGTCCATGATGGTGAAG)(配列番号12)
−Target hGAPDHと、Q−hGAPDH−S及びQ−hGAPDH−AS
−Target MAGEA3と、Q−MAGEA3−F及びQ−MAGEA3−R
−Target PS−MAGEDCと、Q−PSMAGEDC−F及びQ−PSMAGETyrDC−R
−Target PS−TyrDCと、Q−PSTyrDC−F及びQ−PSMAGETyrDC−R
−Target PS−Gp100DCと、Q−PSGP100DC−F及びQ−PSGP100DC−R
オリゴヌクレオチドの特異性の検証のための実験は、予め行われた。
未熟ヒト樹状細胞(hDC)を、実施例1に記載したものと同一の方法によって調製する(パートII、2.1)。
hDCの形質導入を、実施例1に記載したものと同一の方法によって行う(パートII、段落2.3)。細胞を4pgのp24/細胞で形質導入し、異なる時点で分析する(形質導入後5時間、20時間)。
形質導入後5時間及び20時間に、培養上清を、プラスチック培養プレートに接着したhDCを含むウェルから抜き取る。それらを、0.5mlのPBS 1Xで洗浄し、これを次に除去する。次に、細胞は、0.25mlのトリプシン0.05%−0.53mMのEDTA(Corning)を受け、2分間37℃でインキュベートする。インキュベーションの最後に、0.25mlのRPMI完全培養培地を添加し、ウェルをこすることによってhDCを回収する。細胞を200gで5分間遠心分離する。ウェルを0.5mlのPBS 1Xで洗浄し、これを遠心分離後のhDCのペレットを再懸濁するために使用する。このようにして回収したhDCの全てを、再度5分間200gで遠心分離する。上清を捨て、細胞を0.5mlのPBS 1Xで最後に一度洗浄した後に、200gで5分間遠心分離する。上清を捨て、細胞を、乾燥ペレットの形態で−80℃ですぐに凍結する。
RNAを、AmbionのRNA 精製ミニキットを用いて、この同実施例のII.1.3に記載されたものと同一の方法によって調製する。試料当たり30μlの純水溶液で溶出を行う。試料のRNAのアッセイを、Nanodropを用いて行い、次に試料を−80℃で保存する。
相補的DNAへのRNAの逆転写を、この同実施例のII.1.4に記載された方法によって、500ngのRNAに対して行う。
RT−qPCRによるcDNAの増幅を、この同実施例の段落II.1.5に記載された方法によって行う。
RT−qPCRによる特異的分析は、形質導入後5時間及び20時間での、APCへの、特にU937細胞への及びヒト樹状細胞へのRLP粒子による、3つの抗原をコードするRNA(PS−MAGEA3、PS−GP100及びPS−TYR)の転移を実証することを可能にする(それぞれ図XXVI及びXXVII、XXIX及びXXX)。得られた結果を分析し、リアルタイム定量的PCR(RT−qPCR)中の有意な特異的増幅の存在又は非存在に従って解釈する。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
1.1 本発明に係るMS2RLPレンチウイルス粒子を生産するためのプラスミド
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、図XIIb、XIIc及びXIIdに記載されたように、イントロン配列又はRNA安定化配列を含むか又は含まない、プロモーター−目的の配列−polyA発現カセットを有する。レンチウイルス粒子にmRNAを輸送するために、MS2 RNAのステム−ループモチーフの12回の反復(ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag、配列番号1)を、レポーター遺伝子の下流の発現カセットに挿入した。使用されたプロモーターは、CMV又はEF1プロモーターであり得るが、他のプロモーターが使用されてもよい。目的の配列は、抗原又はエピトープをコードし得る。多くのバイオマーカーが腫瘍細胞上で同定されており、それらの完全な配列及び/又は部分配列が免疫療法に使用される。腫瘍バイオマーカーの完全又は部分配列の多くの他の例が使用されてもよい。
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、プロモーター−目的の配列、の発現カセットを有する。目的の遺伝子の配列は、例えば蛍光レポーターの配列(図IVb)、あるいは抗原又はエピトープの配列であり得る。多くのバイオマーカーが腫瘍細胞上で同定されており、それらの完全な配列及び/又は部分配列が免疫療法に使用される。例えば、MAGEA3を発現するために使用される配列は完全(図XIIa)又は部分的(図XIIb)であり得る。腫瘍バイオマーカーの他の部分配列が使用されてもよく、例えばgp100(図XIIc)又はチロシナーゼ(図XIId)の部分配列である。腫瘍バイオマーカーの完全又は部分配列の多くの他の例が使用されてもよい。このプラスミドは、他のエレメント、例えば天然配列WPRE(Woodchuck Hepatitis Virus Post-transcriptional Regulatory Element)又はcPPT/CTS配列を含み得る。ウイルスの病原性は、導入遺伝子によるレトロウイルス複製に必要とされるウイルスゲノムの領域の置換によって排除されている。
バッチの生産を、以下の発現プラスミドの1つを用いて、実施例1に記載されたように、方法P2に従って行う:
−バッチRLP−PS−MAGEA3/Gp100/Tyr、これはRLP−TAAsとも呼ばれる:pcDNA.EF1long.PPRV.PS−AgMAGEA3.WPRE.MS2 12X(その発現カセットは図XIbに記載されている)+pcDNA.EF1long.PPRV.PS−Aggp100.WPRE.MS2 12X(その発現カセットは図XIcに記載されている)+pcDNA.EF1long.PPRV.PS−AgTyrosinase.WPRE.MS2 12X(その発現カセットは図XIdに記載されている)。
−バッチRLP.MAGEA3.IRES.GFP、これはRLP−MAGEA3とも呼ばれる:pcDNA.EF1.PPRV.MAGEA3.IRES.GFP.WPRE.MS2 12X(その発現カセットは図XIaに記載されている)。
−バッチILV.EF1.PS−MAGEA3/Gp100/Tyr、これはILV−TAAsとも呼ばれる:pILV.EF1.PS−AgMAGEA3.WPRE(図XIIb)+pILV.EF1.PS−Aggp100.WPRE(その発現カセットは図XIIcに記載されている)+pILV.EF1.PS−AgTyrosinase.WPRE(その発現カセットは図XIIdに記載されている)。
1.細胞モデル
1.1 Renca腫瘍モデル
このモデルは、Renca腫瘍細胞が使用される実施例2に記載されたモデルであり、これは、3つの発現プラスミドの混合物を含むILV.EF1.PS−MAGEA3/Gp100/TyrベクターによりMOI 100で予め形質導入されており、斯かる発現プラスミドは、その発現カセットが、3つ全てがヒト起源の抗原性ペプチドMAGE A3、gp100及びチロシナーゼを安定して発現するように、図XIIb、c及びdに記載された発現カセットである。次に、このモデルは、成体同系BALB/cマウスの脇腹の皮下に0.75.106個のこれら細胞を再移植することからなる。動物は、登録されたブリーダー(Janvier Europe)から入手し、これら実験の全てについて詳述したプロトコルは、地域の倫理委員会(CEEA−122倫理委員会)に提出され、承認された。
マウスリンパ球を、野生型BALB/cマウスの脾臓、あるいはRencaタイプの腫瘍>1mm3を発症したマウスの脾臓から調製する。脾臓は、頸椎脱臼による動物の安楽死後に回収する。それは、70μmの細胞篩で粉砕することにより機械的に解離される。細胞懸濁液を5分間300gで+4℃で遠心分離する。次に、細胞ペレットを10mlの冷MACS緩衝液に取り、懸濁液を50−mlチューブ上に置いた40−μm 細胞篩で濾過し、次に細胞計数を行う。細胞懸濁液を10分間300gで+4℃で遠心分離した後に、実施例1に記載されたものと同一の方法によるCD8マーカーの発現についてのポジティブソーティングに進む。ポジティブ画分を、磁石の使用ではなく、1mlのMACS緩衝液でソーティングカラムを洗浄することにより回収する。この画分を冷MACS緩衝液で5mlにし、次に細胞計数を行う。細胞懸濁液を、10分間300gで+4℃で遠心分離し、細胞をPBS 1X中に1.106細胞/mlの濃度で再懸濁する。
マウス脾細胞のソーティングから得られたCD8+Tリンパ球を、カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル(CellTrace(商標) CFSE dye、Invitrogen/thermoFisher Scientific)で、以下の方法によって標識する:1.106細胞/mlでの細胞懸濁液をPBS 1Xで調製する。CFSEのストック溶液は、DMSO中の1mMであり、細胞懸濁液の1ml当たりこの溶液の2μlを添加し、2μMで標識されたリンパ球を得る。次に、細胞を、20分間37℃で遮光してインキュベートする。1%のウシ胎児血清で補充したRPMIで細胞を5倍に希釈し、そして懸濁液を再度5分間インキュベートすることによって、反応を停止させる。次に、細胞懸濁液を5分間300gで室温で遠心分離し、細胞を、10%のウシ胎児血清、1%ペニシリン/ストレプトマイシン、2mMのL−グルタミンで補充したRPMI 1640培地中に1.6×106細胞/mlの濃度で再懸濁し、ULAタイプの平底96−ウェルプレート(Corning)内でマウスBMDCと異なる比で共培養する。標識後、このようにして得られたCD8+Tリンパ球を、選別された集団の純度及びCFSE標識をモニタリングするために抗CD8抗体の存在下でフローサイトメトリー(Miltenyi Biotec)により分析する(図XVIII)。
マウス樹状細胞を、実施例1に記載されたものと同一の方法によって調製する。
2.1 RLP.MAGE A3.IRES.GFP粒子、又は3つの腫瘍抗原混合物を含むRLP.TAAs粒子(RLP−PS−MAGEA3/Gp100/Tyr)でのマウス樹状細胞(BMDC)の形質導入
培養の7日目に、BMDC 樹状細胞を、3pg p24/細胞の比率で、RLP.MAGE A3.IRES.GFP粒子により、又はRLP−PS−MAGEA3/Gp100/Tyr粒子(その発現カセットが図XIb、c及びdに記載された発現カセットである、3つの発現プラスミドの混合物)により、形質導入する。形質導入の陰性対照を、形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)のみを含有する培地で調製する。
野生型又はRenca 腫瘍を発症したBALB/cマウス由来のCFSE−標識CD8+Tリンパ球を、RLP.MAGE A3.IRES.GFP粒子、又はRLP−PS−MAGEA3/Gp100/Tyr粒子のいずれかで形質導入した同系マウスBMDCの存在下で、あるいは非形質導入BMDCと共に培養する。RLP−PS−MAGEA3./Gp100/Tyr粒子により形質導入されたBMDCとの共培養の場合には、2つの比を試験した:1のBMDC、対、各2のCD8+Tリンパ球(1DC:2T)、又は1のBMDC、対、各4のCD8+Tリンパ球(1DC:4T)。
培養開始から5日後、細胞の混合物を培養プレートから回収し、フローサイトメトリーによる分析用に標識するために円錐底96−ウェル培養プレートのウェルに移す。細胞を、PBS 1X pH 7.4の溶液で洗浄し、5%FCS、300gで5分間遠心分離する。上清を反転により除去する。リンパ球を、実施例1に上記した方法による、蛍光色素コンジュゲート抗CD8 抗体(Miltenyi Biotec)での免疫標識によって分析する。細胞を、100μlのPBS 1X pH 7.4、5%FCSに取り、CD8マーカーについてのそれらの発現(懸濁液に依然として存在するBMDCからそれらを区別することを可能にする)及びCFSEの発現(その相対蛍光レベルは各細胞分裂で半分になり、従って細胞の増殖応答を定量化することを可能にする)の両方に従って、フローサイトメトリーによって分析する。
免疫標識されたリンパ球細胞をフローサイトメトリー(Miltenyi Biotec)により分析する。試料を、それらのサイズ(SSC)及びそれらの粒度(FSC)に従って較正した。細胞は、MacsQuantVYB(Miltenyi Biotec)で特徴づけられ、MacsQuantソフトウェア(Miltenyi Biotec)で分析される。
これら実験において、非形質導入のBMDC、RLP.MAGE A3.IRES.GFP粒子により形質導入された、又はRLP−PS−MAGEA3/Gp100/Tyr粒子により形質導入されたBMDCを、サプレッサーTリンパ球(腫瘍応答の発生に関与する)に特異的なCD8マーカーのそれらの発現の機能として選別されたTリンパ球と異なる比で共培養し、CFSEで予め標識した。図XVIIIは、野生型及び腫瘍マウス脾臓から得られた細胞の純度(全集団におけるCD8マーカーの発現)、並びにD0のCFSEによる標識を検証する。図XIXは、BMDCと5日間共培養されたCFSE−標識CD8+Tリンパ球(比率DC:2T)が増殖によって応答することを示す。これは、1つ又は複数のピークに、左に向かうCFSE標識の蛍光強度の減少によってサイトメトリーに反映されている。この分析は、これらピークにおける細胞のパーセンテージに関連する。示されたプロファイルは、3つの実験の代表である。野生型マウス由来のCD8+Tリンパ球の応答は、形質導入されたBMDC又は非形質導入BMDCと接触しているかどうかに関わらず、同様である。この現象は、樹状細胞と接触されたナイーブリンパ球が、抗原の非存在下であっても増殖することができるという事実によって説明される(Q.Geら、PNAS.2002 99(5):2983-2988)。対照的に、3つの腫瘍抗原(MAGE A3/gp100/Tyr)を発現するRenca腫瘍を発症したマウス由来のCD8+Tリンパ球は、非形質導入BMDCにほとんど応答を示さない。それらは、RLP−PS−MAGEA3/Gp100/Tyr粒子によって形質導入されたBMDCとの共培養中に、腫瘍により発現される抗原に対して曝露されている場合に特異的に応答する(この場合31.42%の細胞増殖に対して、非形質導入BMDCの存在下ではわずか14.94%)。腫瘍によって産生される特定の因子(IL−10、PGE2)が、インビボでのTリンパ球のアレルギー減少の発症をもたらし得ることが示された(M.Ahmadiら、Cancer Res.2008 September 15;68(18):7520-7529)。このことは、なぜこれらCD8+Tリンパ球が、非形質導入BMDCに曝露された場合に、ナイーブCD8+Tリンパ球よりもはるかに少なく増殖するかを説明する。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、イントロン配列又はRNA安定化配列を含むか又は含まない、プロモーター−目的の配列−polyA発現カセットを有する。レンチウイルス粒子にmRNAを輸送するために、MS2 RNAのステム−ループモチーフの12回の反復(ctagaaaacatgaggatcacccatgtctgcag、配列番号1)を、レポーター遺伝子の下流の発現カセットに挿入した。使用されたプロモーターは、CMV又はEF1プロモーターであり得るが、他のプロモーターが使用されてもよい。目的の配列は、抗原又はエピトープをコードし得る。多くのバイオマーカーが腫瘍細胞上で同定されており、それらの完全な配列及び/又は部分配列が免疫療法に使用される。例えば、MAGEA3抗原を発現するために使用される配列は、完全(図XIa)又は部分的(図XIb)であり得る。目的の配列はまた、免疫調節タンパク質、例えばサイトカイン又はインターロイキン、例えばIL−12をコードし得る。
バッチの生産及び滴定は、以下の発現プラスミドを用いて、実施例1に記載したように方法P2に従って行われる:
バッチRLP−PS−MAGEA3/IL−12:線状pcDNA.EF1long.PPRV.PS−AgMAGEA3.WPRE.MS2 12X(その発現カセットは図XIbに記載されている)及びpcDNA.EF1.IL12b−linker−DeltaIL12a.MS2 12X(その発現カセットは図XXXIに記載されている)。
1.U937株(ATCC(登録商標) CRL−1593.2(商標))
U937細胞株を、実施例4(II.段落1)に記載の条件下で培養した。
U937細胞の形質導入を、実施例4(II.段落1.1)に記載の方法によって行う。
形質導入後5時間及び20時間に、細胞を回収し、実施例4(II.段落1.2)に記載の方法によって処理する。
各乾燥ペレットを実施例4(II.段落1.3)に記載の方法によって処理して、全RNAを抽出及び精製する。
相補的DNAへのRNAの逆転写を、実施例4(II.段落1.4)に記載の方法によって行う。
20μlの最終容量でセンス及びアンチセンスオリゴヌクレオチドの200nMの存在下で、リアルタイムPCRミックス、SYBR(登録商標)Premix Ex Taq(Takara - cat RR420L)を用いて、超純水で1/10希釈したcDNAの5μlに対して、増幅を行う。1/10希釈したcDNAの5μlを各ウェルに添加する。
−Q−hGAPDH−S(GACAAGCTTCCCGTTCTCAG)(配列番号4)
−Q−PSMAGEDC−F(TCAGCACTCTTTGAGGATCTAATGA)(配列番号6)
−Q−IL12ap35−F(CGGATCTAGGGTCATTCCAGTCT)(配列番号13)
−Q−hGAPDH−AS(GAGTCAACGGATTTGGTCGT)(配列番号9)
−Q− PSMAGETyrDC−R(GGTAGGCAATGAGGACGATGA)(配列番号11)
−Q− IL12ap35−R(GTTTTTCTCTGGCCGTCTTCA)(配列番号14)
−Target hGAPDHと、Q−hGAPDH−S及びQ−hGAPDH−AS
−Target PS−MAGEDCと、Q−PSMageDC−F及びQ−PSMAGETyrDC−R
−Target IL12ap35と、Q− IL12ap35−F及びQ− IL12ap35−R
オリゴヌクレオチドの特異性の検証のための実験は予め行われていた。
未熟ヒト樹状細胞を、実施例1に記載したものと同一の方法によって調製する(パートII、段落2.1)。
ヒト樹状細胞の形質導入を、実施例1(パートII、段落2.3)に記載されたものと同一の方法によって行う。細胞を、4pgのp24/細胞で形質導入し、異なる時点で分析する(形質導入後5時間、20時間)。
RNA発現の分析のために、ヒト樹状細胞を、実施例4(II.段落2.2)に記載のプロトコルに従って、形質導入後の異なる時点で回収する。細胞を、乾燥ペレットの形態で−80℃で凍結する。IL12の分泌の分析のために、細胞培養上清の試料を、形質導入後20時間及び48時間の時点で採取する。上清を−20℃で保存する。
RNAを、実施例4(II.段落2.3)に記載のものと同一の方法によって調製する。
相補的DNAへのRNAの逆転写を、実施例4(II.段落2.4)に記載の方法によって、500ngのRNAに対して行う。
RT−qPCRによるcDNAの増幅を、実施例4(II.段落2.5)に記載の方法によって行う。
細胞培養上清におけるIL12の分泌を定量化するためのELISAアッセイを、「Human IL-12 Standard ABTS ELISA Development Kit」(Peprotech)を用いて供給されたプロトコルに従って行う。
RT−qPCRによる特異的分析は、形質導入後5時間及び20時間における、APCへの、特にU937細胞及び未熟ヒト樹状細胞(hDC)への、RLP粒子による抗原及び免疫調節タンパク質をコードするRNAの転移を実証することを可能にする(それぞれ図XXXII及びXXXIII、XXXIV及びXXXV)。得られた結果は、リアルタイム定量的PCR(RT−qPCR)中の有意な特異的増幅の存在又は非存在に従って分析及び解釈される。結果は、非形質導入対照細胞(U937 NT及びhDC NT)について得られた値に対して正規化される。これら対照は、IL12をコードする内因性RNAを発現する(結果は示さず)。樹状細胞はIL12を産生し、これはインビボでTリンパ球の応答における役割を果たすことが知られている。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
・目的の配列のための発現プラスミド:発現プラスミドは、イントロン配列又はRNA安定化配列を含むか又は含まない、図XXIIIに記載された発現カセットを有する。レンチウイルス粒子にmRNAを輸送するために、PP7 RNAのステム−ループモチーフの2回の反復:配列 ctagaaaggagcagacgatatggcgtcgctccctgcag(配列番号2)、次いで配列 ctagaaaccagcagagcatatgggctcgctggctgcag(配列番号3)を、レポーター遺伝子の下流の発現カセット内に挿入した(図XXIII)。
レンチウイルス粒子を、図XXIIIに記載のpcDNA−EF1.ReporterFluorescent.PP7 2X発現プラスミドを用いて、実施例1に記載されたように、方法P2に従って生産する。
マウス樹状細胞を、実施例1に記載されたものと同一の方法によって調製する。
樹状細胞を、1pg p24/細胞の用量で、実施例1(II、段落2.4)に記載のようにPP7(NC)−RLP.ZsGreen1ベクターによって形質導入し、異なる分析時点でフローサイトメトリーによりそれらの生存率及びZsGreen1 蛍光の発現について分析する(形質導入後1、2及び3日)。形質導入の陰性対照を、 形質導入剤である4μg/mLのPolybrene(登録商標)(Sigma)を含有する培地のみで調製する。
2.1 マウス樹状細胞の免疫標識
各分析時点に、細胞を、円錐底96−ウェル培養プレートのウェルに移す。細胞を、PBS 1X pH 7.4の溶液で洗浄し、300gで5分間遠心分離する。上清を反転により除去する。
免疫標識した樹状細胞をフローサイトメトリー(Miltenyi Biotec)によって分析し、解析する。試料を、それらのサイズ(SSC)及びそれらの粒度(FSC)に従って較正した。Viobility(商標)で標識された細胞は死んでおり、従って生細胞は陰性細胞である(除外による標識)。細胞は、MacsQuantVYB(Miltenyi Biotec)で特徴づけられ、MacsQuantソフトウェア(Miltenyi Biotec)で分析される。
図XXXVIIIは、PP7(NC)−RLP粒子の1pg p24/細胞により形質導入されたマウスBMDCが、形質導入後24時間から開始してその50%についてZsGreen1を発現することを示す。形質導入後3日で、BMDCは生存率が低下し、その20%のみがより低い蛍光強度でZsGreen1を発現する。これについての説明は、PP7(NC)−RLP粒子が、MS2RLP又はPP7(IN)−RLP粒子と比較して低い濃度で生産され、従って、等用量でのBMDCの形質導入はより大量のレンチウイルス懸濁液の使用を必要とし、これは細胞にとって不可欠な栄養素を含有する培養培地をさらに希釈することである。これは、マウスBMDCのような敏感な初代細胞を培養するためにさらに注目すべきことである。それにも関わらず、ヌクレオカプシド内にPP7−Coatで改変されたレンチウイルス粒子にRNAを輸送することが依然として可能である。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
1.1 本発明に係るMS2RLPレンチウイルス粒子を生産するためのプラスミド
・目的の配列のための発現プラスミド:このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットが図Iに記載されている)。
・カプシド形成プラスミド:これらプラスミドは実施例1に記載されたものと同一である:p8.74ΔZF−MS2−Coat(その発現カセットは、図IIに示されている)及びp8.74プラスミド(その発現カセットは、図Vに示されている)
・エンベローププラスミド(pENV):このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットは図IIIに記載されている)。
・目的の配列のための発現プラスミド:このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットは図IVbに記載されている)。
・カプシド形成プラスミド:このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットは図Vに記載されている)。
・エンベローププラスミド(pENV):このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットは図IIIに記載されている)。
2.1 レンチウイルス粒子の生産及びレンチウイルスベクター
5%のCO2で湿潤雰囲気下、37℃で、1%のペニシリン/ストレプトマイシン及び1%のウルトラグルタミン(PAA)で補充したダルベッコ改変イーグル培地(DMEM、Gibco、Paisley、UK)で培養した、HEK293Tプロデューサー細胞(ATCC、CRL−11268)を用いて、10−スタックの細胞TACK(6360cm2、Corning)内で、生産を行う。
−上述の発現プラスミド、その発現カセットは図Iに示されている;
−p8.74ΔZF−MS2−Coat(その発現カセットは、図IIに示されている)及びp8.74プラスミド(その発現カセットは、図Vに示されている)、2つのカプシド形成プラスミドの4つの異なる比を用いる、それぞれ[100%−0%];[90%−10%];[80%−20%]及び[50%−50%];
−エンベロープVSV−Gを有するpENV(その発現カセットは、図IIIに示されている)。
−比[90%−10%]:40%の発現プラスミド、27%のp8.74ΔZFプラスミド、3%のp8.74プラスミド、30%のpENVプラスミド;
−比[80%−20%]:40%の発現プラスミド、24%のp8.74ΔZFプラスミド、6%のp8.74プラスミド、30%のpENVプラスミド
−比[50%−50%]:40%の発現プラスミド、15%のp8.74ΔZFプラスミド、15%のp8.74プラスミド、30%のpENVプラスミド。
レンチウイルス粒子及びレンチウイルスベクターを、実施例1に記載の方法P1に従って濃縮及び精製する。
レンチウイルス粒子及びレンチウイルスベクターを、実施例1に記載のように滴定する。
1.Jurkat標的細胞の調製、及び本発明に係るS2RLP 12Xレンチウイルス粒子による形質導入
Jurkat標的細胞(ATCC TIB−152)を、96−ウェルプレートに200000細胞/mLで播種し、4μg/mLのPolybrene(登録商標)の存在下で、2つの用量(2及び10pg p24/細胞)でのMS2RLP粒子によって、又はMOI40でのILV−ZsGreen1対照レンチウイルスベクターによって形質導入し、次に、37℃/5%CO2でインキュベートする。細胞防御機構阻害剤BX795(Invivogen)を、MS2RLP粒子の場合には6μMの濃度で使用する。形質導入上清を5時間後に除去し、新鮮な補充培養培地と交換する。形質導入後24時間に、標的細胞を回収し、ZsGreen1を発現する細胞のパーセンテージをサイトメトリー(Macs Quant VYB、Miltenyi Biotec)によって定量する。
MS2RLP粒子を生産するためのプラスミドによるプロデューサー細胞(HEK293T)のトランスフェクションの48時間後に、培養上清を回収し、次に実施例1に記載したように方法P1に従って濃縮し、実施例1に記載のようにp24タンパク質の定量化によって滴定する。15ngのp24の当量を、変性ゲルSDS−PAGE 4/12%上にp8.74ΔZF−MS2−Coat/p8.74プラスミドの比の各条件について充填し、次に1時間200VでMOPS1X緩衝液中で移動させる。ナイロン膜上に移した後、タンパク質を抗p24抗体(clone 39/5.4A、Abcam)にハイブリダイズさせる。ウェスタンブロットをPierce(商標) Fast Western Blot Kit、ECL Substrate(Pierce)を用いて展開する。バンドをオートラジオグラフィーフィルム上での化学発光により可視化する。
この実施例は、異なる抗原をコードするRNAを転移させるため、あるいは抗原及び免疫調節タンパク質をコードするRNAを転移させるために、MS2RLP及びPP7RLP粒子の機能を改善することが可能であると示すことを目的とする。これは、粒子の生産中のGAG前駆体の成熟の改善を介して進行し、MS2RLP粒子の生産に関する概念の証明によって実証される。p8.74ΔZF−MS2プラスミドは、ヌクレオカプシドタンパク質の第2のジンクフィンガーの代わりに、バクテリオファージのコートタンパク質を含むGAG前駆体の発現を可能にする。このコートタンパク質は、3つのタンパク質:マトリックスタンパク質、カプシドタンパク質及びヌクレオカプシドタンパク質、に切断される際に、GAG前駆体の成熟を妨げるようである。これら3つのタンパク質は、ウイルス粒子の構造に不可欠である。
−p160タンパク質前駆体(GAG−POL)で
−p55タンパク質前駆体(GAG)で、
−成熟タンパク質の状態(p24)で、
−成熟の過程における他の中間タンパク質前駆体(p160とp55との間、及びp55とp24との間)で。
−p172タンパク質前駆体(GAGΔZF−MS2−Coat−POL)で
−p67タンパク質前駆体(GAGΔZF−MS2−Coat)で、
−成熟タンパク質の状態(p24)で、
−成熟の過程における他の中間タンパク質前駆体(p172とp67との間、及びp67とp24との間)で。
I.本発明に係るウイルス粒子及び比較システムの調製
1.プラスミド構築
1.1 本発明に係るMS2/PP7−(NC)RLP 12X 2Xレンチウイルス粒子を生産するためのプラスミド
・目的の配列のための発現プラスミド:これらプラスミドは、実施例1(その発現カセットが図Iに記載されている)及び実施例7(その発現カセットは図XXIIIに記載されている)に記載されたものと同一である。
・目的の配列のための発現プラスミド:このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットが図Iに記載されている)。
・カプシド形成プラスミド:このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットは図IIに記載されている)。
・エンベローププラスミド(pENV):このプラスミドは、実施例1に記載されたものと同一である(その発現カセットは図IIIに記載されている)。
・目的の配列のための発現プラスミド:このプラスミドは、実施例7に記載されたものと同一である(その発現カセットは図XXIIIに記載されている)。
・カプシド形成プラスミド:このプラスミドは、実施例7に記載されたものと同一である(その発現カセットは図XXXVIIに記載されている)。
・エンベローププラスミド(pENV):このプラスミドは、エンベロープタンパク質をコードする遺伝子を有し、これは、水胞性口炎ウイルスのエンベロープタンパク質をコードするVSV−Gであり得る(図III)。
プロデューサー細胞に対するプラスミドのトランスフェクション後、上清を採取し、粗生成物で使用するか、あるいは、国際出願第2013/014537号の出願に記載の前述の方法P1又はP2の1つに従って濃縮/精製する。
5%のCO2で湿潤雰囲気下、37℃で、1%のペニシリン/ストレプトマイシン及び1%のウルトラグルタミン(PAA)で補充したダルベッコ改変イーグル培地(DMEM、Gibco、Paisley、UK)で培養した、HEK293T プロデューサー細胞(ATCC、CRL−11268)を用いて、10−スタックの細胞TACK(6360cm2、Corning)内で、生産を行う。
−上述した2つの発現プラスミド、pcDNA.EF1.mCherry.MS2 12Xプラスミド(その発現カセットは、図Iに示されている)及びpcDNA.EF1.ZsGreen1.PP7 2Xプラスミド(その発現カセットは、図XXIIIに示されている)を単量又は倍量で使用する;
−p8.74ΔZF−PP7−Coat(50%)、その発現カセットは図XXXVIIに示されている、及びp8.74ΔZF−MS2−Coat(50%)、その発現カセットは図IIに示されている;
−エンベロープVSV−Gを有するpENV、その発現カセットは図IIIに示されている。
−上述したpcDNA.EF1.mCherry.MS2 12X発現プラスミド(その発現カセットは、図Iに示されている);
−p8.74ΔZF−MS2−Coat、その発現カセットは図IIに示されている;
−エンベロープVSV−Gを有するpENV、その発現カセットは図IIIに示されている。
−上述したpcDNA.EF1.ZsGreen1.PP7 2X 発現プラスミド(その発現カセットは、図XXIIIに示されている);
−p8.74ΔZF−PP7−Coat、その発現カセットは図XXXVIIに示されている;
−エンベロープVSV−Gを有するpENV、その発現カセットは図IIIに示されている。
レンチウイルス粒子を、実施例1に記載された方法P1に従って濃縮及び精製する。
レンチウイルス粒子を実施例1に記載のように滴定する。
この実施例は、いくつかのタイプのRNAの転移、従っていくつかの異なるタンパク質(ZsGreen1+mCherry)の発現を可能にするMS2/PP7−(NC)RLP 12X 2X粒子を用いて行う。
−それぞれ10pg p24/細胞の用量でのMS2RLP−mCherry 12X及びPP7RLP−ZsGreen1 2Xレンチウイルス粒子による形質導入;
−10pg p24/細胞の用量でのMS2RLP−mCherry 12Xレンチウイルス粒子単独による形質導入;
−10pg p24/細胞の用量でのPP7RLP−ZsGreen1 2Xレンチウイルス粒子単独による形質導入。
図XXXXIIは、HCT116標的細胞におけるMS2及びPP7バクテリオファージに由来するカプシド形成配列によってカプシド形成されたRNAを転移するためのMS2/PP7−(NC)RLP 12X 2X粒子の有効性を示す。この図は、二重蛍光細胞の割合が、MS2/PP7−(NC)RLP 12X 2X粒子の形質導入後に97%であり、20pg p24/細胞でのMS2RLP−mCherry 12X及びPP7RLP−ZsGreen1 2X粒子の形質導入後に98%であることを示す。従って、同程度の形質導入有効性が、MS2/PP7−(NC)RLP 12X 2Xの半分の用量について、MS2/PP7−(NC)RLP 12X 2X粒子で観察される。
Claims (22)
- Gagポリタンパク質に由来するタンパク質、エンベロープタンパク質、任意によりインテグラーゼ及び少なくとも2つのカプシド形成された非ウイルスRNAを含むレトロウイルス粒子であって、前記カプシド形成された非ウイルスRNAがそれぞれ、カプシド形成配列に連結された目的のRNA配列を含み、各カプシド形成配列が、Gagポリタンパク質に由来するタンパク質に及び/又はインテグラーゼに導入された結合ドメインによって認識され、かつ、カプシド形成された非ウイルスRNAの前記目的の配列の少なくとも1つが、少なくとも1つのエピトープ及び/又はエピトープを特異的に認識する少なくとも1つの分子構造をコードする部分を含む、レトロウイルス粒子。
- ヌクレオカプシドタンパク質、エンベロープタンパク質、任意によりインテグラーゼ及び少なくとも2つのカプシド形成された非ウイルスRNAを含むレトロウイルス粒子であって、前記カプシド形成された非ウイルスRNAがそれぞれ、カプシド形成配列に連結された目的のRNA配列を含み、各カプシド形成配列が、ヌクレオカプシドタンパク質に及び/又はインテグラーゼに導入された結合ドメインによって認識される、請求項1に記載のレトロウイルス粒子。
- 前記少なくとも2つのカプシド形成された非ウイルスRNAの目的の配列が同一である、請求項2に記載のレトロウイルス粒子。
- 前記少なくとも2つのカプシド形成された非ウイルスRNAが、そのRNA配列で異なっている、請求項2に記載のレトロウイルス粒子。
- 他のカプシド形成された非ウイルスRNAの目的の配列が、免疫調節タンパク質をコードする、請求項4に記載の粒子。
- 第3のカプシド形成された非ウイルスRNAをさらに含む、請求項3から5のいずれか一項に記載のレトロウイルス粒子。
- 前記少なくとも1つのエピトープ及び/又はエピトープを特異的に認識する少なくとも1つの分子構造が、免疫原性である、請求項1から6のいずれか一項に記載のレトロウイルス粒子。
- 前記結合ドメインが、ヌクレオカプシドタンパク質に導入され、かつ、第2の結合ドメインが、ヌクレオカプシドに及び/又はインテグラーゼに導入され得る、請求項2から7のいずれか一項に記載のレトロウイルス粒子。
- 前記結合ドメインが、インテグラーゼに導入され、かつ、第2の結合ドメインが、ヌクレオカプシドに及び/又はインテグラーゼに導入され得る、請求項1から7のいずれか一項に記載のレトロウイルス粒子。
- レンチウイルス粒子である、請求項2から9のいずれか一項に記載のレトロウイルス粒子。
- −前記結合ドメインが、MS2バクテリオファージの「コート」タンパク質配列であり、
−前記非ウイルスRNAのカプシド形成配列が、MS2のステム−ループ配列であり、
−前記ヌクレオカプシドタンパク質が、Gagポリタンパク質に属するHIVのヌクレオカプシドタンパク質(NC)であり、前記NCが、MS2バクテリオファージの「コート」タンパク質配列を挿入するために、第2のジンクフィンガーで突然変異している、
請求項10に記載のレンチウイルス粒子。 - −前記結合ドメインが、PP7ファージの「コート」タンパク質配列であり、
−前記非ウイルスRNAのカプシド形成配列が、PP7のステム−ループ配列であり、
−前記ヌクレオカプシドタンパク質が、Gagポリタンパク質に属するHIVのヌクレオカプシドタンパク質(NC)であり、前記NCが、PP7バクテリオファージの「コート」タンパク質配列を挿入するために、第2のジンクフィンガーで突然変異している、
請求項10に記載のレンチウイルス粒子。 - 請求項1から12のいずれか一項に記載の粒子を含有する組成物。
- 請求項1から12のいずれか一項に記載の粒子を生産するためのキットであって、以下:
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、前記配列の上流又は下流に、カプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド
(ii)カプシド形成配列が認識されることを可能にする結合ドメインを含む、Gagポリタンパク質に由来するタンパク質及び/又はキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
を含む、キット。 - 第2のカプシド形成プラスミドをさらに含む、請求項14に記載の生産キットであって、前記第2のカプシド形成プラスミドは:
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラGagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードする場合には、野生型Gagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードし、及び/又は
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラインテグラーゼをコードする場合には、野生型インテグラーゼをコードする、
生産キット。 - 請求項14に記載のキットの製造方法であって、以下:
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、前記配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミドを調製し、
(ii)カプシド形成配列が認識されることを可能にする結合ドメインを含む、Gagポリタンパク質に由来するタンパク質及び/又はキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミドを調製し、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミドを調製すること、
を含む、方法。 - 請求項1から12のいずれか一項に記載の粒子の製造方法であって、以下:
(i)少なくとも1つの目的の配列を含む発現プラスミドであって、この配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド、
(ii)カプシド形成配列が認識されることを可能にする結合ドメインを含む、Gagポリタンパク質に由来するタンパク質及び/又はキメラインテグラーゼをコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
により、細胞をコトランスフェクトする(co-transfecting)ステップ、並びに
粒子を含むトランスフェクトされた細胞の上清を回収するステップ、
を含む、方法。 - 請求項4から12のいずれか一項に記載の粒子の製造方法であって、以下:
(i)少なくとも2つの異なる非ウイルスRNA配列を含む発現プラスミドであって、各RNA配列が目的の配列を含み、前記目的の配列の上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されているか、あるいは、第1及び第2の発現プラスミドがそれぞれ目的の配列を含み、その上流又は下流にカプシド形成配列が挿入されている、発現プラスミド
(ii)カプシド形成配列の認識を可能にする結合ドメインを含むキメラヌクレオカプシドタンパク質をコードするカプシド形成プラスミド、並びに
(iii)エンベロープタンパク質をコードするエンベローププラスミド、
により、細胞をコトランスフェクトするステップ、並びに
粒子を含むトランスフェクトされた細胞の上清を回収するステップ、
を含む、方法。 - 前記上清が、清澄化され、次いで任意により濃縮及び/又は精製される、請求項17又は18に記載の製造方法。
- 前記コトランスフェクトするステップが、さらに、第2のカプシド形成プラスミドによって行われ、前記第2のカプシド形成プラスミドは:
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラGagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードする場合には、野生型Gagポリタンパク質に由来するタンパク質をコードし、及び/又は
−第1のカプシド形成プラスミドが、キメラインテグラーゼをコードする場合には、野生型インテグラーゼをコードする、
請求項17から19のいずれか一項に記載の製造方法。 - 請求項17から20のいずれか一項に記載の方法によって得られる組成物。
- 免疫系の細胞を形質導入するための、請求項1から12のいずれか一項に記載の粒子、あるいは請求項13又は21に記載の組成物の使用。
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