JP2019509738A5 - - Google Patents
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Description
全般に、以下の特許請求の範囲において、使用された用語は、本明細書及び特許請求の範囲に開示されている特定の実施形態への特許請求の範囲に限定するものと解釈されるべきではないが、そのような特許請求の範囲が権利を与える等価物の完全な範囲と共に全ての可能な実施形態を含むものと解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は、本開示によって限定されない。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
(項目1)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、免疫力エンハンサーをコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目2)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、免疫抑制シグナルダンパーをコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目3)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目4)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、及び遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目5)
前記修飾TCRαは、機能不全であるか、または実質的に低減された機能を有する、項目1〜4のいずれか1項に記載の細胞。
(項目6)
前記核酸は、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIプロモーターをさらに含む、項目1〜5のいずれか1項に記載の細胞。
(項目7)
前記RNAポリメラーゼIIプロモーターは、短EF1αプロモーター、長EF1αプロモーター、ヒトROSA 26遺伝子座、ユビキチンC(UBC)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1(PGK)プロモーター、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリβ−アクチン(CAG)プロモーター、β−アクチンプロモーター、及び負の制御領域が欠失した骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーのdl587revプライマー結合部位置換(MND)プロモーターからなる群から選択される、項目6に記載の細胞。
(項目8)
前記核酸は、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結された自己切断型ウイルスペプチドをコードする1つ以上のポリヌクレオチドをさらに含む、項目1〜7のいずれか1項に記載の細胞。
(項目9)
前記自己切断型ウイルスペプチドは2Aペプチドである、項目8に記載の細胞。
(項目10)
前記自己切断型ペプチドは、口蹄疫ウイルス(FMDV)2Aペプチド、ウマ鼻炎Aウイルス(ERAV)2Aペプチド、トセア・アシグナ(Thosea asigna)ウイルス(TaV)2Aペプチド、ブタテッショウウイルス−1(PTV−1)2Aペプチド、タイロウイルス2Aペプチド、及び脳心筋炎ウイルス2Aペプチドからなる群から選択される、項目8または項目9に記載の細胞。
(項目11)
前記核酸は異種ポリアデニル化シグナルをさらに含む、項目1〜10のいずれか1項に記載の細胞。
(項目12)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に対抗する酵素機能を含む、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目13)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、キヌレニナーゼ活性を含む、項目12に記載の細胞。
(項目14)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインを含み、任意選択で、前記細胞外ドメインは、その抗体または抗原結合断片である、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目15)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインと、膜貫通ドメインとを含む、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目16)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、免疫抑制シグナルを前記細胞に伝達不可能である修飾された細胞内ドメインとを含む、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目17)
前記細胞外ドメインは、免疫受容体抑制性チロシンモチーフ(ITIM)及び/または免疫受容体チロシンスイッチモチーフ(ITSM)を含む受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜16のいずれか1項に記載の細胞。
(項目18)
前記細胞外ドメインは、プログラム死リガンド1(PD−L1)、プログラム死リガンド2(PD−L2)、形質転換成長因子β(TGFβ)、マクロファージコロニー刺激因子1(M−CSF1)、腫瘍壊死因子関連アポトーシス誘導リガンド(TRAIL)、SiSo細胞リガンド上で発現される受容体結合がん抗原(RCAS1)、Fasリガンド(FasL)、CD47、インターロイキン−4(IL−4)、インターロイキン−6(IL−6)、インターロイキン−8(IL−8)、インターロイキン−10(IL−10)、及びインターロイキン−13(IL−13)からなる群から選択される免疫抑制因子に結合する、項目14〜17のいずれか1項に記載の細胞。
(項目19)
前記細胞外ドメインは、プログラム細胞死タンパク質1(PD−1)、リンパ球活性化遺伝子3タンパク質(LAG−3)、T細胞免疫グロブリンドメイン及びムチンドメインタンパク質3(TIM−3)、細胞傷害性Tリンパ球抗原−4(CTLA−4)、バンドTリンパ球減弱因子(BTLA)、T細胞免疫グロブリン及び免疫受容体抑制性チロシン依存性モチーフドメイン(TIGIT)、形質転換成長因子β受容体II(TGFβRII)、哺乳類コロニー刺激因子1受容体(M−CSF1)、インターロイキン4受容体(IL4R)、インターロイキン6受容体(IL6R)、ケモカイン(C−X−Cモチーフ)受容体1(CXCR1)、ケモカイン(C−X−Cモチーフ)受容体2(CXCR2)、インターロイキン10受容体サブユニットアルファ(IL10R)、インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL13Rα2)、腫瘍壊死因子関連アポトーシス誘導受容体(TRAILR1)、SiSo細胞上で発現される受容体結合がん抗原(RCAS1R)、及びFas細胞表面死受容体(FAS)からなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜18のいずれか1項に記載の細胞。
(項目20)
前記細胞外ドメインは、PD−1、LAG−3、TIM−3、CTLA−4、BTLA、TIGIT、及びTGFβRIIからなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜19のいずれか1項に記載の細胞。
(項目21)
前記細胞外ドメインは、TGFβRIIの細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜20のいずれか1項に記載の細胞。
(項目22)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、優性ネガティブTGFβRII受容体である、項目14〜21のいずれか1項に記載の細胞。
(項目23)
前記膜貫通ドメインは、前記T細胞受容体、CDδ、CD3ε、CDγ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目15〜22のいずれか1項に記載の細胞。
(項目24)
前記免疫抑制因子は、PD−L1、PD−L2、TGFβ、M−CSF、TRAIL、RCAS1、FasL、IL−4、IL−6、IL−8、IL−10、及びIL−13からなる群から選択される、項目14〜23の項目のいずれか1項に記載の細胞。
(項目25)
前記免疫力エンハンサーは、二重特異性T細胞エンゲイジャー分子(BiTE)、免疫賦活因子、及びフリップ受容体からなる群から選択される、項目1及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目26)
前記BiTEは、
a)アルファ葉酸受容体、5T4、αvβ6インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD16、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1 + MAGE1、HLA−A2 + MAGE1、HLA−A3 + MAGE1、HLA−A1 + NY−ESO−1、HLA−A2 + NY−ESO−1、HLA−A3 + NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合する第1の結合ドメインと、
b)リンカーと、
c)CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択される免疫エフェクター細胞上の抗原に結合する第2の結合ドメインと、を含む、項目25に記載の細胞。
(項目27)
前記BiTEは、
a)クラスI MHC−ペプチド複合体及びクラスII MHC−ペプチド複合体からなる群から選択される抗原に結合する第1の結合ドメインと、
b)リンカーと、
c)CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択される免疫エフェクター細胞上の抗原に結合する第2の結合ドメインと、を含む、項目25に記載の細胞。
(項目28)
前記免疫賦活因子は、サイトカイン、ケモカイン、細胞毒素、サイトカイン受容体、及びそれらのバリアントからなる群から選択される、項目25に記載の細胞。
(項目29)
前記サイトカインは、IL−2、インスリン、IFN−γ、IL−7、IL−21、IL−10、IL−12、IL−15、及びTNF−αからなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目30)
前記ケモカインは、MIP−1α、MIP−1β、MCP−1、MCP−3、及びRANTESからなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目31)
前記細胞毒素は、パーフォリン、グランザイムA、及びグランザイムBからなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目32)
前記サイトカイン受容体は、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、及びIL−21受容体からなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目33)
前記免疫賦活因子は、タンパク質不安定化ドメインを含む、項目25〜32のいずれかに記載の細胞。
(項目34)
前記フリップ受容体は、免疫抑制サイトカインに結合する細胞外ドメインと、膜貫通と、細胞内ドメインとを含む、項目25に記載の細胞。
(項目35)
前記フリップ受容体は、
a)IL−4受容体、IL−6受容体、IL−8受容体、IL−10受容体、IL−13受容体、またはTGFβRIIからなる群から選択されるサイトカイン受容体の細胞外サイトカイン結合ドメインを含む細胞外ドメインと、
b)CD4、CD8α、CD27、CD28、CD134、CD137、CD3ポリペプチド、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された膜貫通ドメインと、
c)IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された細胞内ドメインと、を含む、項目26に記載の細胞。
(項目36)
前記フリップ受容体は、
a)IL−4、IL−6、IL−8、IL−10、IL−13、またはTGFβに結合する抗体またはその抗原結合断片を含む細胞外ドメインと、
b)CD4、CD8α、CD27、CD28、CD134、CD137、CD3ポリペプチド、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された膜貫通ドメインと、
c)IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された細胞内ドメインと、を含む、項目26に記載の細胞。
(項目37)
前記フリップ受容体は、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン及び/または主要シグナル伝達ドメインとを含む、項目25に記載の細胞。
(項目38)
前記細胞外ドメインは、ITIM及び/またはITSMを含む受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目37に記載の細胞。
(項目39)
前記細胞外ドメインは、PD−1、LAG−3、TIM−3、CTLA−4、BTLA、TIGIT、TGFβRII、IL4R、IL6R、CXCR1、CXCR2、IL10R、IL13Rα2、TRAILR1、RCAS1R、及びFASからなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目37または項目38に記載の細胞。
(項目40)
前記細胞外ドメインは、PD−1、LAG−3、TIM−3、CTLA−4、BTLA、TIGIT、及びTGFβRIIからなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目37〜39のいずれか1項に記載の細胞。
(項目41)
前記細胞外ドメインは、TGFβRIIまたはPD−1の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目40に記載の細胞。
(項目42)
前記膜貫通ドメインは、前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目37〜41のいずれか1項に記載の細胞。
(項目43)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメイン及び/または主要シグナル伝達ドメインは、免疫受容体活性化チロシンモチーフ(ITAM)を含む、項目37〜42のいずれか1項に記載の細胞。
(項目44)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目37〜43のいずれか1項に記載の細胞。
(項目45)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目37〜44のいずれか1項に記載の細胞。
(項目46)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目47)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD134から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目48)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD137から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目49)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD278から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目50)
前記1つ以上の主要シグナル伝達ドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目40〜49のいずれか1項に記載の細胞。
(項目51)
前記1つ以上の主要シグナル伝達ドメインは、CD3ζから単離される、項目37〜50のいずれか1項に記載の細胞。
(項目52)
前記フリップ受容体は、TGFβRII受容体の細胞外リガンド結合ドメイン、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、またはIL−15受容体膜貫通ドメインと、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、またはIL−15受容体から単離される細胞内ドメインとを含む、項目37〜41のいずれか1項に記載の細胞。
(項目53)
前記フリップ受容体は、PD−1受容体の細胞外リガンド結合ドメイン、PD−1またはCD28膜貫通ドメイン膜貫通ドメインと、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択される1つ以上の細胞内共刺激及び/または主要シグナル伝達ドメインとを含む、項目37〜41のいずれか1項に記載の細胞。
(項目54)
前記遺伝子操作された抗原受容体は、遺伝子操作されたTCR、CAR、Daric、またはキメラサイトカイン受容体からなる群から選択される、項目3〜53のいずれか1項に記載の細胞。
(項目55)
前記核酸は、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、一方の修飾TCRα対立遺伝子に統合された前記遺伝子操作されたTCRの前記アルファ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目54に記載の細胞。
(項目56)
前記核酸は、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、一方の修飾TCRα対立遺伝子に統合された前記遺伝子操作されたTCRの前記ベータ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目54または55に記載の細胞。
(項目57)
前記核酸は、5’から3’へと、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、前記遺伝子操作されたTCRの前記アルファ鎖をコードするポリヌクレオチドと、第2の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、一方の修飾TCRα対立遺伝子に統合された前記遺伝子操作されたTCRの前記ベータ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目54〜56のいずれか1項に記載の細胞。
(項目58)
両方の修飾TCRα対立遺伝子が機能不全である、項目54〜57のいずれか1項に記載の細胞。
(項目59)
前記第1の修飾TCRα対立遺伝子は、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、前記遺伝子操作されたTCRの前記アルファ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む核酸を含み、前記第2の修飾TCRα対立遺伝子は、第2の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、前記遺伝子操作されたTCRの前記ベータ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目58に記載の細胞。
(項目60)
前記遺伝子操作されたTCRは、アルファ葉酸受容体、5T4、α v β 6 インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD16、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1+MAGE1、HLA−A2+MAGE1、HLA−A3+MAGE1、HLA−A1+NY−ESO−1、HLA−A2+NY−ESO−1、HLA−A3+NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合する、項目54〜59のいずれか1項に記載の細胞。
(項目61)
前記CARは、
a)アルファ葉酸受容体、5T4、α v β 6 インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD16、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1+MAGE1、HLA−A2+MAGE1、HLA−A3+MAGE1、HLA−A1+NY−ESO−1、HLA−A2+NY−ESO−1、HLA−A3+NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合する細胞外ドメインと、
b)前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、
c)TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離された1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、
d)FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離されたシグナル伝達ドメインと、を含む、項目3〜60のいずれか1項に記載の細胞。
(項目62)
前記CARは、
a)MHC−ペプチド複合体、クラスI MHC−ペプチド複合体、またはクラスII
MHC−ペプチド複合体に結合する細胞外ドメインと、
b)前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、
c)TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離された1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、
d)FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離されたシグナル伝達ドメインと、を含む、項目3〜60のいずれか1項に記載の細胞。
(項目63)
前記CARは、
a)BCMA、CD19、CSPG4、PSCA、ROR1、及びTAG72からなる群から選択される抗原に結合する細胞外ドメインと、
b)CD4、CD8α、CD154、及びPD−1からなる群から選択されるポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、
c)CD28、CD134、及びCD137からなる群から選択されるポリペプチドから単離された1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、
d)FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離されたシグナル伝達ドメインと、を含む、項目3〜60のいずれか1項に記載の細胞。
(項目64)
前記Daric受容体は、
(a)第1の多量体化ドメイン、第1の膜貫通ドメイン、ならびに1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン及び/または主要シグナル伝達ドメインを含むシグナル伝達ポリペプチドと、
(b)結合ドメイン、第2の多量体化ドメイン、及び任意選択で第2の膜貫通ドメインを含む結合ポリペプチドと、を含み、
架橋因子が、前記細胞表面上でのDaric受容体複合体の形成を促進し、前記架橋因子は、前記シグナル伝達ポリペプチドの前記多量体化ドメインと前記結合ポリペプチドの前記多量体化ドメインとに会合し、それらの間に配置される、項目3〜63のいずれか1項に記載の細胞。
(項目65)
前記第1の及び第2の多量体化ドメインは、ラパマイシンまたはそのラパログ、クーママイシンまたはその誘導体、ジベレリンまたはその誘導体、アブシジン酸(ABA)またはその誘導体、メトトレキサートまたはその誘導体、シクロスポリンAまたはその誘導体、FKCsAまたはその誘導体、FKBPに対するトリメトプリム(Tmp)−合成リガンド(SLF)またはその誘導体、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される架橋因子に会合する、項目64に記載の細胞。
(項目66)
前記第1の及び第2の多量体化ドメインは、FKBP及びFRB、FKBP及びカルシニューリン、FKBP及びシクロフィリン、FKBP及び細菌DHFR、カルシニューリン及びシクロフィリン、PYL1及びABI1、もしくはGIB1及びGAI、またはそれらのバリアントから選択される対である、項目64または項目65に記載の細胞。
(項目67)
前記第1の多量体化ドメインはFRB T2098Lを含み、前記第2の多量体化ドメインはFKBP12を含み、前記架橋因子はラパログAP21967である、項目64〜66のいずれか1項に記載の細胞。
(項目68)
前記第1の多量体化ドメインはFRBを含み、前記第2の多量体化ドメインはFKBP12を含み、前記架橋因子は、ラパマイシン、テムシロリムス、またはエベロリムスである、項目64〜66のいずれか1項に記載の細胞。
(項目69)
前記結合ドメインはscFvを含む、項目64〜68のいずれか1項に記載の細胞。
(項目70)
前記結合ドメインは、アルファ葉酸受容体、5T4、α v β 6 インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1+MAGE1、HLA−A2+MAGE1、HLA−A3+MAGE1、HLA−A1+NY−ESO−1、HLA−A2+NY−ESO−1、HLA−A3+NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合するscFvを含む、項目64〜69のいずれか1項に記載の細胞。
(項目71)
前記結合ドメインは、MHC−ペプチド複合体、クラスI MHC−ペプチド複合体、またはクラスII MHC−ペプチド複合体に結合するscFvを含む、項目64〜69のいずれか1項に記載の細胞;
(項目72)
前記第1の及び第2の膜貫通ドメインは、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1からなる群から独立して選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜71のいずれか1項に記載の細胞。
(項目73)
前記第1の及び第2の膜貫通ドメインは、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、及びCD8αからなる群から独立して選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜72のいずれか1項に記載の細胞。
(項目74)
前記1つ以上の共刺激ドメインは、CD28、CD134、及びCD137からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜73のいずれか1項に記載の細胞。
(項目75)
前記1つ以上の主要シグナルドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜74のいずれか1項に記載の細胞。
(項目76)
前記シグナル伝達ポリペプチドは、FRB T2098Lの第1の多量体化ドメイン、CD8膜貫通ドメイン、4−1BB共刺激ドメイン、及びCD3ζ主要シグナル伝達ドメインを含み、前記結合ポリペプチドは、CD19に結合するscFv、FKBP12の第2の多量体化ドメイン、及びCD4膜貫通ドメインを含み、前記架橋因子はラパログAP21967である、項目64〜75のいずれか1項に記載の細胞。
(項目77)
前記シグナル伝達ポリペプチドは、FRBの第1の多量体化ドメイン、CD8膜貫通ドメイン、4−1BB共刺激ドメイン、及びCD3ζ主要シグナル伝達ドメインを含み、前記結合ポリペプチドは、CD19に結合するscFv、FKBP12の第2の多量体化ドメイン、及びCD4膜貫通ドメインを含み、前記架橋因子は、ラパマイシン、テムシロリムス、またはエベロリムスである、項目64〜75のいずれか1項に記載の細胞。
(項目78)
一方の修飾TCRα対立遺伝子が、前記シグナル伝達ポリペプチド、ウイルス自己切断型2Aペプチド、及び前記結合ポリペプチドをコードする核酸を含む、項目64〜77のいずれか1項に記載の細胞。
(項目79)
前記キメラサイトカイン受容体は、免疫抑制サイトカインまたはそのサイトカイン受容体結合バリアント、リンカー、膜貫通ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項目3〜63のいずれか1項に記載の細胞。
(項目80)
前記サイトカインまたはそのサイトカイン受容体結合バリアントは、インターロイキン−4(IL−4)、インターロイキン−6(IL−6)、インターロイキン−8(IL−8)、インターロイキン−10(IL−10)、及びインターロイキン−13(IL−13)からなる群から選択される、項目79に記載の細胞。
(項目81)
前記リンカーは、CH2CH3ドメインまたはヒンジドメインを含む、項目79または項目80に記載の細胞。
(項目82)
前記リンカーは、IgG1、IgG4、またはIgDの前記CH2及びCH3ドメインを含む、項目79〜81のいずれか1項に記載の細胞。
(項目83)
前記リンカーは、CD8αまたはCD4ヒンジドメインを含む、項目79〜81のいずれか1項に記載の細胞。
(項目84)
前記膜貫通ドメインは、前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜83のいずれか1項に記載の細胞。
(項目85)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、ITAM含有主要シグナル伝達ドメイン及び/または共刺激ドメインからなる群から選択される、項目79〜84のいずれか1項に記載の細胞。
(項目86)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜85のいずれか1項に記載の細胞。
(項目87)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜85のいずれか1項に記載の細胞。
(項目88)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、CD28、CD137、CD134、及びCD3ζからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜85のいずれか1項に記載の細胞。
(項目89)
両方のTCRα対立遺伝子が修飾され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む第1の核酸が、一方の修飾TCRα対立遺伝子に挿入される、項目54〜88のいずれか1項に記載の細胞。
(項目90)
両方のTCRα対立遺伝子が機能不全であり、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1の核酸が、第1の機能不全TCRα対立遺伝子に挿入され、前記細胞は、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第2のポリヌクレオチドをさらに含み、第2の機能不全TCRα対立遺伝子に挿入される、項目54〜88のいずれか1項に記載の細胞。
(項目91)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは異なる、項目90に記載の細胞。
(項目92)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする、項目90または項目91に記載の細胞。
(項目93)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、フリップ受容体をコードする、項目90または項目91に記載の細胞。
(項目94)
両方のTCRα対立遺伝子が修飾され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードするポリヌクレオチドを含む第1の核酸が、一方の機能不全TCRα対立遺伝子に挿入され、前記細胞は、遺伝子操作された抗原受容体をさらに含む、項目54〜88のいずれか1項に記載の細胞。
(項目95)
前記核酸は、阻害性RNAをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、項目1〜94のいずれか1項に記載の細胞。
(項目96)
前記阻害性RNAは、shRNA、miRNA、piRNA、またはリボザイムである、項目95に記載の細胞。
(項目97)
前記核酸は、前記阻害性RNAをコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIIプロモーターをさらに含む、項目95または96に記載の細胞。
(項目98)
前記RNAポリメラーゼIIIプロモーターは、ヒトまたはマウスU6 snRNAプロモーター、ヒト及びマウスH1 RNAプロモーター、またはヒトtRNA−valプロモーターからなる群から選択される、項目96に記載の細胞。
(項目99)
前記細胞は造血細胞である、項目1〜98のいずれか1項に記載の細胞。
(項目100)
前記細胞は免疫エフェクター細胞である、項目1〜99のいずれか1項に記載の細胞。
(項目101)
前記細胞は、CD3 + 、CD4 + 、CD8 + 、またはそれらの組み合わせである、項目1〜100のいずれか1項に記載の細胞。
(項目102)
前記細胞はT細胞である、項目1〜101のいずれか1項に記載の細胞。
(項目103)
前記細胞は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目1〜102のいずれか1項に記載の細胞。
(項目104)
前記細胞の源は、末梢血単核球、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺問題(issue)、感染部位由来組織、復水、胸水、脾臓組織、または腫瘍である、項目1〜103のいずれか1項に記載の細胞。
(項目105)
前記細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される、項目1〜104のいずれか1項に記載の細胞。
(項目106)
前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激される細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD197、及びCD38からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD197、及びCD38の全ての増加した発現を有する、項目105に記載の細胞。
(項目107)
前記PI3Kの阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激される細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD27、及びCD8からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD27、及びCD8の全ての増加した発現を有する、項目105に記載の細胞。
(項目108)
前記PI3K阻害剤はZSTK474である、項目105〜107のいずれか1項に記載の細胞。
(項目109)
項目1〜108のいずれか1項に記載の細胞を含む組成物。
(項目110)
項目1〜108のいずれか1項に記載の細胞と、生理学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、組成物。
(項目111)
T細胞の集団においてTCRα対立遺伝子を編集する方法であって、
a)T細胞の集団を活性化し、前記T細胞の集団を刺激して、増殖させること、
b)遺伝子操作されたヌクレアーゼをコードするmRNAを前記T細胞の集団に導入すること、
c)前記T細胞の集団に、ドナー修復テンプレートを含む1つ以上のウイルスベクターを形質導入すること、を含み、
前記遺伝子操作されたヌクレアーゼの発現が、前記TCRα対立遺伝子内の標的部位で2本鎖切断を作り出し、前記ドナー修復テンプレートは、前記2本鎖切断(DSB)の前記部位での相同組換え修復(HDR)によって前記TCRα対立遺伝子に組み込まれる、方法。
(項目112)
前記ドナー修復テンプレートは、前記DSBの前記TCRα配列5’に相同な5’相同アームと、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドと、前記DSBの前記TCRα配列3’に相同な3’相同アームと、を含む、項目111に記載の方法。
(項目113)
前記5’及び3’相同アームの長さは、約100bp〜約2500bpから独立して選択される、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記5’及び3’相同アームの前記長さは、約600bp〜約1500bpから独立して選択される、項目112または項目113に記載の方法。
(項目115)
前記5’相同アームは約1500bpであり、前記3’相同アームは約1000bpである、項目112〜114のいずれか1項に記載の方法。
(項目116)
前記5’相同アームは約600bpであり、前記3’相同アームは約600bpである、項目112〜114のいずれか1項に記載の方法。
(項目117)
前記ウイルスベクターは、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)またはレトロウイルスである、項目112〜116のいずれか1項に記載の方法。
(項目118)
前記rAAVは、AAV2由来の1つ以上のITRを有する、項目117に記載の方法。
(項目119)
前記rAAVは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、及びAAV10からなる群から選択される血清型を有する、項目117または項目118に記載の方法。
(項目120)
前記rAAVは、AAV6血清型を有する、項目119に記載の方法。
(項目121)
前記レトロウイルスはレンチウイルスである、項目117に記載の方法。
(項目122)
前記レンチウイルスはインテグラーゼ欠損レンチウイルスである、項目121に記載の方法。
(項目123)
前記遺伝子操作されたヌクレアーゼは、メガヌクレアーゼ、megaTAL、TALEN、ZFN、またはCRISPR/Casヌクレアーゼからなる群から選択される、項目111〜122のいずれか1項に記載の方法。
(項目124)
前記メガヌクレアーゼは、I−AabMI、I−AaeMI、I−AniI、I−ApaMI、I−CapIII、I−CapIV、I−CkaMI、I−CpaMI、I−CpaMII、I−CpaMIII、I−CpaMIV、I−CpaMV、I−CpaV、I−CraMI、I−EjeMI、I−GpeMI、I−GpiI、I−GzeMI、I−GzeMII、I−GzeMIII、I−HjeMI、I−LtrII、I−LtrI、I−LtrWI、I−MpeMI、I−MveMI、I−NcrII、I−Ncrl、I−NcrMI、I−OheMI、I−OnuI、I−OsoMI、I−OsoMII、I−OsoMIII、I−OsoMIV、I−PanMI、I−PanMII、I−PanMIII、I−PnoMI、I−ScuMI、I−SmaMI、I−SscMI、及びI−Vdi141Iからなる群から選択されるLAGLIDADGホーミングエンドヌクレアーゼ(LHE)から遺伝子操作される、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目125)
前記メガヌクレアーゼは、I−CpaMI、I−HjeMI、I−OnuI、I−PanMI、及びSmaMIからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作される、項目111〜124のいずれか1項に記載の方法。
(項目126)
前記メガヌクレアーゼは、I−OnuI LHEから遺伝子操作される、項目111〜125のいずれか1項に記載の方法。
(項目127)
前記megaTALは、TALE DNA結合ドメインと、遺伝子操作されたメガヌクレアーゼとを含む、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目128)
前記TALE結合ドメインは、約9.5のTALE反復単位〜約11.5のTALE反復単位を含む、項目127に記載の方法。
(項目129)
前記メガヌクレアーゼは、I−AabMI、I−AaeMI、I−AniI、I−ApaMI、I−CapIII、I−CapIV、I−CkaMI、I−CpaMI、I−CpaMII、I−CpaMIII、I−CpaMIV、I−CpaMV、I−CpaV、I−CraMI、I−EjeMI、I−GpeMI、I−GpiI、I−GzeMI、I−GzeMII、I−GzeMIII、I−HjeMI、I−LtrII、I−LtrI、I−LtrWI、I−MpeMI、I−MveMI、I−NcrII、I−Ncrl、I−NcrMI、I−OheMI、I−OnuI、I−OsoMI、I−OsoMII、I−OsoMIII、I−OsoMIV、I−PanMI、I−PanMII、I−PanMIII、I−PnoMI、I−ScuMI、I−SmaMI、I−SscMI、及びI−Vdi141Iからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作される、項目127または項目128に記載の方法。
(項目130)
前記メガヌクレアーゼは、I−CpaMI、I−HjeMI、I−OnuI、I−PanMI、及びSmaMIからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作される、項目127〜129のいずれか1項に記載の方法。
(項目131)
前記メガヌクレアーゼは、I−OnuI LHEから遺伝子操作される、項目127〜130のいずれか1項に記載の方法。
(項目132)
前記TALENは、TALE DNA結合ドメインと、エンドヌクレアーゼドメインまたはハーフドメインとを含む、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目133)
前記TALE結合ドメインは、約9.5のTALE反復単位〜約11.5のTALE反復単位を含む、項目132に記載の方法。
(項目134)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、II型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目132または項目133に記載の方法。
(項目135)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、Aar I、Ace III、Aci I、Alo I、Alw26 I、Bae I、Bbr7 I、Bbv I、Bbv II、BbvC I、Bcc I、Bce83 I、BceA I、Bcef I、Bcg I、BciV I、Bfi I、Bin I、Bmg I、Bpu10 I、BsaX I、Bsb I、BscA I、BscG I、BseR I、BseY I、Bsi I、Bsm I、BsmA I、BsmF I、Bsp24 I、BspG I、BspM I、BspNC I、Bsr I、BsrB I、BsrD I、BstF5 I、Btr I、Bts I、Cdi I、CjeP I、Drd II、EarI、Eci I、Eco31 I、Eco57 I、Eco57M I、Esp3 I、Fau I、Fin I、Fok I、Gdi II、Gsu I、Hga I、Hin4 II、Hph I、Ksp632 I、Mbo II、Mly I、Mme I、Mnl I、Pfl1108、I Ple I、Ppi I Psr I、RleA I、Sap I、SfaN I、Sim I、SspD5 I、Sth132 I、Sts I、TspDT I、TspGW I、Tth111 II、UbaP I、Bsa I、及びBsmB Iからなる群から選択されるII型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目132〜134のいずれか1項に記載の方法。
(項目136)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、FokIから単離される、項目132〜135のいずれか1項に記載の方法。
(項目137)
前記ZFNは、亜鉛フィンガーDNA結合ドメインと、エンドヌクレアーゼドメインまたはハーフドメインとを含む、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目138)
前記亜鉛フィンガーDNA結合ドメインは、2、3、4、5、6、7、または8つの亜鉛フィンガーモチーフを含む、項目137に記載の方法。
(項目139)
前記ZFNはTALE結合ドメインを含む、項目137または項目138に記載の方法。
(項目140)
前記TALE DNA結合ドメインは、約9.5のTALE反復単位〜約11.5のTALE反復単位を含む、項目139に記載の方法。
(項目141)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、II型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目137〜140のいずれか1項に記載の方法。
(項目142)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、Aar I、Ace III、Aci I、Alo I、Alw26 I、Bae I、Bbr7 I、Bbv I、Bbv II、BbvC I、Bcc I、Bce83 I、BceA I、Bcef I、Bcg I、BciV I、Bfi I、Bin I、Bmg I、Bpu10 I、BsaX I、Bsb I、BscA I、BscG I、BseR I、BseY I、Bsi I、Bsm I、BsmA I、BsmF I、Bsp24 I、BspG I、BspM I、BspNC I、Bsr I、BsrB I、BsrD I、BstF5 I、Btr I、Bts I、Cdi I、CjeP I、Drd II、EarI、Eci I、Eco31 I、Eco57 I、Eco57M I、Esp3 I、Fau I、Fin I、Fok I、Gdi II、Gsu I、Hga I、Hin4 II、Hph I、Ksp632 I、Mbo II、Mly I、Mme I、Mnl I、Pfl1108、I Ple I、Ppi I Psr I、RleA I、Sap I、SfaN I、Sim I、SspD5 I、Sth132 I、Sts I、TspDT I、TspGW I、Tth111 II、UbaP I、Bsa I、及びBsmB Iからなる群から選択されるII型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目137〜141のいずれか1項に記載の方法。
(項目143)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、FokIから単離される、項目137〜142のいずれか1項に記載の方法。
(項目144)
CasエンドヌクレアーゼをコードするmRNA、tracrRNA、及び前記TCRα遺伝子内のプロトスペーサーを標的とする1つ以上のcrRNAが、前記T細胞の集団に導入される、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目145)
CasエンドヌクレアーゼをコードするmRNA及び前記TCRα遺伝子内のプロトスペーサー配列を標的とする1つ以上のsgRNAが、前記T細胞の集団に導入される、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目146)
前記CasヌクレアーゼはCas9またはCpf1である、項目144または項目145に記載の方法。
(項目147)
前記Casヌクレアーゼは1つ以上のTALE DNA結合ドメインをさらに含む、項目144〜146のいずれか1項に記載の方法。
(項目148)
DSBが両方のTCRα対立遺伝子内に生成され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1のドナーテンプレートが、一方の修飾TCRα対立遺伝子に挿入される、項目111〜147のいずれか1項に記載の方法。
(項目149)
DSBが両方のTCRα対立遺伝子内に生成され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1のドナーテンプレートが、第1の修飾TCRα対立遺伝子に挿入され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第2のポリヌクレオチドを含む第2のドナーテンプレートが、第2の修飾TCRα対立遺伝子に挿入される、項目111〜117のいずれか1項に記載の方法。
(項目150)
前記第1のドナーテンプレート及び前記第2のテンプレートは、異なるポリヌクレオチドを含む、項目149に記載の方法。
(項目151)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする、項目149または項目150に記載の方法。
(項目152)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、フリップ受容体をコードする、項目149または項目150に記載の方法。
(項目153)
DSBが両方のTCRα対立遺伝子内に生成され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1のドナーテンプレートが、一方の修飾TCRα対立遺伝子に挿入され、前記細胞には、遺伝子操作された抗原受容体を含むレンチウイルスベクターがさらに形質導入される、項目111〜147のいずれか1項に記載の方法。
(項目154)
前記T細胞は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目111〜153のいずれか1項に記載の方法。
(項目155)
前記遺伝子操作されたヌクレアーゼをコードする前記mRNAは、ウイルス自己切断型2Aペプチド及びエンドプロセシング酵素をさらにコードする、項目111〜154のいずれか1項に記載の方法。
(項目156)
前記方法は、エンドプロセシング酵素をコードするmRNAを前記T細胞に導入することをさらに含む、項目111〜154のいずれか1項に記載の方法。
(項目157)
前記エンドプロセシング酵素は、5−3’エキソヌクレアーゼ、5−3’アルカリエキソヌクレアーゼ、3−5’エキソヌクレアーゼ、5’フラップエンドヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、またはテンプレート非依存性DNAポリメラーゼ活性を呈する、項目155または項目156に記載の方法。
(項目158)
前記エンドプロセシング酵素は、Trex2またはその生物学的に活性な断片を含む、項目149〜151のいずれか1項に記載の方法。
(項目159)
前記T細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される、項目111〜158のいずれか1項に記載の方法。
(項目160)
前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記T細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激されるT細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD197、及びCD38からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD197、及びCD38の全ての増加した発現を有する、項目159に記載の方法。
(項目161)
前記PI3Kの阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記T細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激されるT細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD27、及びCD8からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD27、及びCD8の全ての増加した発現を有する、項目159に記載の方法。
(項目162)
前記PI3K阻害剤はZSTK474である、項目159〜161のいずれか1項に記載の方法。
本発明の実施形態の例として、以下の項目が挙げられる。
(項目1)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、免疫力エンハンサーをコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目2)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、免疫抑制シグナルダンパーをコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目3)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目4)
a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、及び遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
(項目5)
前記修飾TCRαは、機能不全であるか、または実質的に低減された機能を有する、項目1〜4のいずれか1項に記載の細胞。
(項目6)
前記核酸は、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIプロモーターをさらに含む、項目1〜5のいずれか1項に記載の細胞。
(項目7)
前記RNAポリメラーゼIIプロモーターは、短EF1αプロモーター、長EF1αプロモーター、ヒトROSA 26遺伝子座、ユビキチンC(UBC)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ−1(PGK)プロモーター、サイトメガロウイルスエンハンサー/ニワトリβ−アクチン(CAG)プロモーター、β−アクチンプロモーター、及び負の制御領域が欠失した骨髄増殖性肉腫ウイルスエンハンサーのdl587revプライマー結合部位置換(MND)プロモーターからなる群から選択される、項目6に記載の細胞。
(項目8)
前記核酸は、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結された自己切断型ウイルスペプチドをコードする1つ以上のポリヌクレオチドをさらに含む、項目1〜7のいずれか1項に記載の細胞。
(項目9)
前記自己切断型ウイルスペプチドは2Aペプチドである、項目8に記載の細胞。
(項目10)
前記自己切断型ペプチドは、口蹄疫ウイルス(FMDV)2Aペプチド、ウマ鼻炎Aウイルス(ERAV)2Aペプチド、トセア・アシグナ(Thosea asigna)ウイルス(TaV)2Aペプチド、ブタテッショウウイルス−1(PTV−1)2Aペプチド、タイロウイルス2Aペプチド、及び脳心筋炎ウイルス2Aペプチドからなる群から選択される、項目8または項目9に記載の細胞。
(項目11)
前記核酸は異種ポリアデニル化シグナルをさらに含む、項目1〜10のいずれか1項に記載の細胞。
(項目12)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に対抗する酵素機能を含む、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目13)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、キヌレニナーゼ活性を含む、項目12に記載の細胞。
(項目14)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインを含み、任意選択で、前記細胞外ドメインは、その抗体または抗原結合断片である、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目15)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインと、膜貫通ドメインとを含む、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目16)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、免疫抑制シグナルを前記細胞に伝達不可能である修飾された細胞内ドメインとを含む、項目2、及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目17)
前記細胞外ドメインは、免疫受容体抑制性チロシンモチーフ(ITIM)及び/または免疫受容体チロシンスイッチモチーフ(ITSM)を含む受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜16のいずれか1項に記載の細胞。
(項目18)
前記細胞外ドメインは、プログラム死リガンド1(PD−L1)、プログラム死リガンド2(PD−L2)、形質転換成長因子β(TGFβ)、マクロファージコロニー刺激因子1(M−CSF1)、腫瘍壊死因子関連アポトーシス誘導リガンド(TRAIL)、SiSo細胞リガンド上で発現される受容体結合がん抗原(RCAS1)、Fasリガンド(FasL)、CD47、インターロイキン−4(IL−4)、インターロイキン−6(IL−6)、インターロイキン−8(IL−8)、インターロイキン−10(IL−10)、及びインターロイキン−13(IL−13)からなる群から選択される免疫抑制因子に結合する、項目14〜17のいずれか1項に記載の細胞。
(項目19)
前記細胞外ドメインは、プログラム細胞死タンパク質1(PD−1)、リンパ球活性化遺伝子3タンパク質(LAG−3)、T細胞免疫グロブリンドメイン及びムチンドメインタンパク質3(TIM−3)、細胞傷害性Tリンパ球抗原−4(CTLA−4)、バンドTリンパ球減弱因子(BTLA)、T細胞免疫グロブリン及び免疫受容体抑制性チロシン依存性モチーフドメイン(TIGIT)、形質転換成長因子β受容体II(TGFβRII)、哺乳類コロニー刺激因子1受容体(M−CSF1)、インターロイキン4受容体(IL4R)、インターロイキン6受容体(IL6R)、ケモカイン(C−X−Cモチーフ)受容体1(CXCR1)、ケモカイン(C−X−Cモチーフ)受容体2(CXCR2)、インターロイキン10受容体サブユニットアルファ(IL10R)、インターロイキン13受容体サブユニットアルファ2(IL13Rα2)、腫瘍壊死因子関連アポトーシス誘導受容体(TRAILR1)、SiSo細胞上で発現される受容体結合がん抗原(RCAS1R)、及びFas細胞表面死受容体(FAS)からなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜18のいずれか1項に記載の細胞。
(項目20)
前記細胞外ドメインは、PD−1、LAG−3、TIM−3、CTLA−4、BTLA、TIGIT、及びTGFβRIIからなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜19のいずれか1項に記載の細胞。
(項目21)
前記細胞外ドメインは、TGFβRIIの細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目14〜20のいずれか1項に記載の細胞。
(項目22)
前記免疫抑制シグナルダンパーは、優性ネガティブTGFβRII受容体である、項目14〜21のいずれか1項に記載の細胞。
(項目23)
前記膜貫通ドメインは、前記T細胞受容体、CDδ、CD3ε、CDγ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目15〜22のいずれか1項に記載の細胞。
(項目24)
前記免疫抑制因子は、PD−L1、PD−L2、TGFβ、M−CSF、TRAIL、RCAS1、FasL、IL−4、IL−6、IL−8、IL−10、及びIL−13からなる群から選択される、項目14〜23の項目のいずれか1項に記載の細胞。
(項目25)
前記免疫力エンハンサーは、二重特異性T細胞エンゲイジャー分子(BiTE)、免疫賦活因子、及びフリップ受容体からなる群から選択される、項目1及び4〜11のいずれか1項に記載の細胞。
(項目26)
前記BiTEは、
a)アルファ葉酸受容体、5T4、αvβ6インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD16、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1 + MAGE1、HLA−A2 + MAGE1、HLA−A3 + MAGE1、HLA−A1 + NY−ESO−1、HLA−A2 + NY−ESO−1、HLA−A3 + NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合する第1の結合ドメインと、
b)リンカーと、
c)CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択される免疫エフェクター細胞上の抗原に結合する第2の結合ドメインと、を含む、項目25に記載の細胞。
(項目27)
前記BiTEは、
a)クラスI MHC−ペプチド複合体及びクラスII MHC−ペプチド複合体からなる群から選択される抗原に結合する第1の結合ドメインと、
b)リンカーと、
c)CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択される免疫エフェクター細胞上の抗原に結合する第2の結合ドメインと、を含む、項目25に記載の細胞。
(項目28)
前記免疫賦活因子は、サイトカイン、ケモカイン、細胞毒素、サイトカイン受容体、及びそれらのバリアントからなる群から選択される、項目25に記載の細胞。
(項目29)
前記サイトカインは、IL−2、インスリン、IFN−γ、IL−7、IL−21、IL−10、IL−12、IL−15、及びTNF−αからなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目30)
前記ケモカインは、MIP−1α、MIP−1β、MCP−1、MCP−3、及びRANTESからなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目31)
前記細胞毒素は、パーフォリン、グランザイムA、及びグランザイムBからなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目32)
前記サイトカイン受容体は、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、及びIL−21受容体からなる群から選択される、項目28に記載の細胞。
(項目33)
前記免疫賦活因子は、タンパク質不安定化ドメインを含む、項目25〜32のいずれかに記載の細胞。
(項目34)
前記フリップ受容体は、免疫抑制サイトカインに結合する細胞外ドメインと、膜貫通と、細胞内ドメインとを含む、項目25に記載の細胞。
(項目35)
前記フリップ受容体は、
a)IL−4受容体、IL−6受容体、IL−8受容体、IL−10受容体、IL−13受容体、またはTGFβRIIからなる群から選択されるサイトカイン受容体の細胞外サイトカイン結合ドメインを含む細胞外ドメインと、
b)CD4、CD8α、CD27、CD28、CD134、CD137、CD3ポリペプチド、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された膜貫通ドメインと、
c)IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された細胞内ドメインと、を含む、項目26に記載の細胞。
(項目36)
前記フリップ受容体は、
a)IL−4、IL−6、IL−8、IL−10、IL−13、またはTGFβに結合する抗体またはその抗原結合断片を含む細胞外ドメインと、
b)CD4、CD8α、CD27、CD28、CD134、CD137、CD3ポリペプチド、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された膜貫通ドメインと、
c)IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、IL−15受容体、またはIL−21受容体から単離された細胞内ドメインと、を含む、項目26に記載の細胞。
(項目37)
前記フリップ受容体は、免疫抑制因子に結合する細胞外ドメインと、膜貫通ドメインと、1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン及び/または主要シグナル伝達ドメインとを含む、項目25に記載の細胞。
(項目38)
前記細胞外ドメインは、ITIM及び/またはITSMを含む受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目37に記載の細胞。
(項目39)
前記細胞外ドメインは、PD−1、LAG−3、TIM−3、CTLA−4、BTLA、TIGIT、TGFβRII、IL4R、IL6R、CXCR1、CXCR2、IL10R、IL13Rα2、TRAILR1、RCAS1R、及びFASからなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目37または項目38に記載の細胞。
(項目40)
前記細胞外ドメインは、PD−1、LAG−3、TIM−3、CTLA−4、BTLA、TIGIT、及びTGFβRIIからなる群から選択される受容体の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目37〜39のいずれか1項に記載の細胞。
(項目41)
前記細胞外ドメインは、TGFβRIIまたはPD−1の細胞外リガンド結合ドメインを含む、項目40に記載の細胞。
(項目42)
前記膜貫通ドメインは、前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目37〜41のいずれか1項に記載の細胞。
(項目43)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメイン及び/または主要シグナル伝達ドメインは、免疫受容体活性化チロシンモチーフ(ITAM)を含む、項目37〜42のいずれか1項に記載の細胞。
(項目44)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目37〜43のいずれか1項に記載の細胞。
(項目45)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目37〜44のいずれか1項に記載の細胞。
(項目46)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD28から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目47)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD134から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目48)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD137から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目49)
前記1つ以上の共刺激シグナル伝達ドメインは、CD278から単離される、項目37〜45のいずれか1項に記載の細胞。
(項目50)
前記1つ以上の主要シグナル伝達ドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目40〜49のいずれか1項に記載の細胞。
(項目51)
前記1つ以上の主要シグナル伝達ドメインは、CD3ζから単離される、項目37〜50のいずれか1項に記載の細胞。
(項目52)
前記フリップ受容体は、TGFβRII受容体の細胞外リガンド結合ドメイン、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、またはIL−15受容体膜貫通ドメインと、IL−2受容体、IL−7受容体、IL−12受容体、またはIL−15受容体から単離される細胞内ドメインとを含む、項目37〜41のいずれか1項に記載の細胞。
(項目53)
前記フリップ受容体は、PD−1受容体の細胞外リガンド結合ドメイン、PD−1またはCD28膜貫通ドメイン膜貫通ドメインと、CD28、CD134、CD137、及びCD278からなる群から選択される1つ以上の細胞内共刺激及び/または主要シグナル伝達ドメインとを含む、項目37〜41のいずれか1項に記載の細胞。
(項目54)
前記遺伝子操作された抗原受容体は、遺伝子操作されたTCR、CAR、Daric、またはキメラサイトカイン受容体からなる群から選択される、項目3〜53のいずれか1項に記載の細胞。
(項目55)
前記核酸は、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、一方の修飾TCRα対立遺伝子に統合された前記遺伝子操作されたTCRの前記アルファ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目54に記載の細胞。
(項目56)
前記核酸は、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、一方の修飾TCRα対立遺伝子に統合された前記遺伝子操作されたTCRの前記ベータ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目54または55に記載の細胞。
(項目57)
前記核酸は、5’から3’へと、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、前記遺伝子操作されたTCRの前記アルファ鎖をコードするポリヌクレオチドと、第2の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、一方の修飾TCRα対立遺伝子に統合された前記遺伝子操作されたTCRの前記ベータ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目54〜56のいずれか1項に記載の細胞。
(項目58)
両方の修飾TCRα対立遺伝子が機能不全である、項目54〜57のいずれか1項に記載の細胞。
(項目59)
前記第1の修飾TCRα対立遺伝子は、第1の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、前記遺伝子操作されたTCRの前記アルファ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む核酸を含み、前記第2の修飾TCRα対立遺伝子は、第2の自己切断型ウイルスペプチドをコードするポリヌクレオチドと、前記遺伝子操作されたTCRの前記ベータ鎖をコードするポリヌクレオチドとを含む、項目58に記載の細胞。
(項目60)
前記遺伝子操作されたTCRは、アルファ葉酸受容体、5T4、α v β 6 インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD16、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1+MAGE1、HLA−A2+MAGE1、HLA−A3+MAGE1、HLA−A1+NY−ESO−1、HLA−A2+NY−ESO−1、HLA−A3+NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合する、項目54〜59のいずれか1項に記載の細胞。
(項目61)
前記CARは、
a)アルファ葉酸受容体、5T4、α v β 6 インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD16、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1+MAGE1、HLA−A2+MAGE1、HLA−A3+MAGE1、HLA−A1+NY−ESO−1、HLA−A2+NY−ESO−1、HLA−A3+NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合する細胞外ドメインと、
b)前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、
c)TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離された1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、
d)FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離されたシグナル伝達ドメインと、を含む、項目3〜60のいずれか1項に記載の細胞。
(項目62)
前記CARは、
a)MHC−ペプチド複合体、クラスI MHC−ペプチド複合体、またはクラスII
MHC−ペプチド複合体に結合する細胞外ドメインと、
b)前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、
c)TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離された1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、
d)FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離されたシグナル伝達ドメインと、を含む、項目3〜60のいずれか1項に記載の細胞。
(項目63)
前記CARは、
a)BCMA、CD19、CSPG4、PSCA、ROR1、及びTAG72からなる群から選択される抗原に結合する細胞外ドメインと、
b)CD4、CD8α、CD154、及びPD−1からなる群から選択されるポリペプチドから単離された膜貫通ドメインと、
c)CD28、CD134、及びCD137からなる群から選択されるポリペプチドから単離された1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメインと、
d)FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離されたシグナル伝達ドメインと、を含む、項目3〜60のいずれか1項に記載の細胞。
(項目64)
前記Daric受容体は、
(a)第1の多量体化ドメイン、第1の膜貫通ドメイン、ならびに1つ以上の細胞内共刺激シグナル伝達ドメイン及び/または主要シグナル伝達ドメインを含むシグナル伝達ポリペプチドと、
(b)結合ドメイン、第2の多量体化ドメイン、及び任意選択で第2の膜貫通ドメインを含む結合ポリペプチドと、を含み、
架橋因子が、前記細胞表面上でのDaric受容体複合体の形成を促進し、前記架橋因子は、前記シグナル伝達ポリペプチドの前記多量体化ドメインと前記結合ポリペプチドの前記多量体化ドメインとに会合し、それらの間に配置される、項目3〜63のいずれか1項に記載の細胞。
(項目65)
前記第1の及び第2の多量体化ドメインは、ラパマイシンまたはそのラパログ、クーママイシンまたはその誘導体、ジベレリンまたはその誘導体、アブシジン酸(ABA)またはその誘導体、メトトレキサートまたはその誘導体、シクロスポリンAまたはその誘導体、FKCsAまたはその誘導体、FKBPに対するトリメトプリム(Tmp)−合成リガンド(SLF)またはその誘導体、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される架橋因子に会合する、項目64に記載の細胞。
(項目66)
前記第1の及び第2の多量体化ドメインは、FKBP及びFRB、FKBP及びカルシニューリン、FKBP及びシクロフィリン、FKBP及び細菌DHFR、カルシニューリン及びシクロフィリン、PYL1及びABI1、もしくはGIB1及びGAI、またはそれらのバリアントから選択される対である、項目64または項目65に記載の細胞。
(項目67)
前記第1の多量体化ドメインはFRB T2098Lを含み、前記第2の多量体化ドメインはFKBP12を含み、前記架橋因子はラパログAP21967である、項目64〜66のいずれか1項に記載の細胞。
(項目68)
前記第1の多量体化ドメインはFRBを含み、前記第2の多量体化ドメインはFKBP12を含み、前記架橋因子は、ラパマイシン、テムシロリムス、またはエベロリムスである、項目64〜66のいずれか1項に記載の細胞。
(項目69)
前記結合ドメインはscFvを含む、項目64〜68のいずれか1項に記載の細胞。
(項目70)
前記結合ドメインは、アルファ葉酸受容体、5T4、α v β 6 インテグリン、BCMA、B7−H3、B7−H6、CAIX、CD19、CD20、CD22、CD30、CD33、CD44、CD44v6、CD44v7/8、CD70、CD79a、CD79b、CD123、CD138、CD171、CEA、CSPG4、EGFR、ErbB2(HER2)、EGFRvIIIを含むEGFRファミリー、EGP2、EGP40、EPCAM、EphA2、EpCAM、FAP、胎児AchR、FRα、GD2、GD3、グリピカン−3(GPC3)、HLA−A1+MAGE1、HLA−A2+MAGE1、HLA−A3+MAGE1、HLA−A1+NY−ESO−1、HLA−A2+NY−ESO−1、HLA−A3+NY−ESO−1、IL−11Rα、IL−13Rα2、ラムダ、ルイス−Y、カッパ、メソテリン、Muc1、Muc16、NCAM、NKG2Dリガンド、NY−ESO−1、PRAME、PSCA、PSMA、ROR1、SSX、サバイビン、TAG72、TEM、VEGFR2、及びWT−1からなる群から選択される抗原に結合するscFvを含む、項目64〜69のいずれか1項に記載の細胞。
(項目71)
前記結合ドメインは、MHC−ペプチド複合体、クラスI MHC−ペプチド複合体、またはクラスII MHC−ペプチド複合体に結合するscFvを含む、項目64〜69のいずれか1項に記載の細胞;
(項目72)
前記第1の及び第2の膜貫通ドメインは、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1からなる群から独立して選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜71のいずれか1項に記載の細胞。
(項目73)
前記第1の及び第2の膜貫通ドメインは、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、及びCD8αからなる群から独立して選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜72のいずれか1項に記載の細胞。
(項目74)
前記1つ以上の共刺激ドメインは、CD28、CD134、及びCD137からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜73のいずれか1項に記載の細胞。
(項目75)
前記1つ以上の主要シグナルドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目64〜74のいずれか1項に記載の細胞。
(項目76)
前記シグナル伝達ポリペプチドは、FRB T2098Lの第1の多量体化ドメイン、CD8膜貫通ドメイン、4−1BB共刺激ドメイン、及びCD3ζ主要シグナル伝達ドメインを含み、前記結合ポリペプチドは、CD19に結合するscFv、FKBP12の第2の多量体化ドメイン、及びCD4膜貫通ドメインを含み、前記架橋因子はラパログAP21967である、項目64〜75のいずれか1項に記載の細胞。
(項目77)
前記シグナル伝達ポリペプチドは、FRBの第1の多量体化ドメイン、CD8膜貫通ドメイン、4−1BB共刺激ドメイン、及びCD3ζ主要シグナル伝達ドメインを含み、前記結合ポリペプチドは、CD19に結合するscFv、FKBP12の第2の多量体化ドメイン、及びCD4膜貫通ドメインを含み、前記架橋因子は、ラパマイシン、テムシロリムス、またはエベロリムスである、項目64〜75のいずれか1項に記載の細胞。
(項目78)
一方の修飾TCRα対立遺伝子が、前記シグナル伝達ポリペプチド、ウイルス自己切断型2Aペプチド、及び前記結合ポリペプチドをコードする核酸を含む、項目64〜77のいずれか1項に記載の細胞。
(項目79)
前記キメラサイトカイン受容体は、免疫抑制サイトカインまたはそのサイトカイン受容体結合バリアント、リンカー、膜貫通ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む、項目3〜63のいずれか1項に記載の細胞。
(項目80)
前記サイトカインまたはそのサイトカイン受容体結合バリアントは、インターロイキン−4(IL−4)、インターロイキン−6(IL−6)、インターロイキン−8(IL−8)、インターロイキン−10(IL−10)、及びインターロイキン−13(IL−13)からなる群から選択される、項目79に記載の細胞。
(項目81)
前記リンカーは、CH2CH3ドメインまたはヒンジドメインを含む、項目79または項目80に記載の細胞。
(項目82)
前記リンカーは、IgG1、IgG4、またはIgDの前記CH2及びCH3ドメインを含む、項目79〜81のいずれか1項に記載の細胞。
(項目83)
前記リンカーは、CD8αまたはCD4ヒンジドメインを含む、項目79〜81のいずれか1項に記載の細胞。
(項目84)
前記膜貫通ドメインは、前記T細胞受容体、CD3δ、CD3ε、CD3γ、CD3ζ、CD4、CD5、CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154、及びPD−1のアルファまたはベータ鎖からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜83のいずれか1項に記載の細胞。
(項目85)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、ITAM含有主要シグナル伝達ドメイン及び/または共刺激ドメインからなる群から選択される、項目79〜84のいずれか1項に記載の細胞。
(項目86)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD3ζ、CD22、CD79a、CD79b、及びCD66dからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜85のいずれか1項に記載の細胞。
(項目87)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR6、TLR7、TLR8、TLR9、TLR10、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54(ICAM)、CD83、CD134(OX40)、CD137(4−1BB)、CD278(ICOS)、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、及びZAP70からなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜85のいずれか1項に記載の細胞。
(項目88)
前記細胞内シグナル伝達ドメインは、CD28、CD137、CD134、及びCD3ζからなる群から選択されるポリペプチドから単離される、項目79〜85のいずれか1項に記載の細胞。
(項目89)
両方のTCRα対立遺伝子が修飾され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む第1の核酸が、一方の修飾TCRα対立遺伝子に挿入される、項目54〜88のいずれか1項に記載の細胞。
(項目90)
両方のTCRα対立遺伝子が機能不全であり、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1の核酸が、第1の機能不全TCRα対立遺伝子に挿入され、前記細胞は、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第2のポリヌクレオチドをさらに含み、第2の機能不全TCRα対立遺伝子に挿入される、項目54〜88のいずれか1項に記載の細胞。
(項目91)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは異なる、項目90に記載の細胞。
(項目92)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする、項目90または項目91に記載の細胞。
(項目93)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、フリップ受容体をコードする、項目90または項目91に記載の細胞。
(項目94)
両方のTCRα対立遺伝子が修飾され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードするポリヌクレオチドを含む第1の核酸が、一方の機能不全TCRα対立遺伝子に挿入され、前記細胞は、遺伝子操作された抗原受容体をさらに含む、項目54〜88のいずれか1項に記載の細胞。
(項目95)
前記核酸は、阻害性RNAをコードするポリヌクレオチドをさらに含む、項目1〜94のいずれか1項に記載の細胞。
(項目96)
前記阻害性RNAは、shRNA、miRNA、piRNA、またはリボザイムである、項目95に記載の細胞。
(項目97)
前記核酸は、前記阻害性RNAをコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIIプロモーターをさらに含む、項目95または96に記載の細胞。
(項目98)
前記RNAポリメラーゼIIIプロモーターは、ヒトまたはマウスU6 snRNAプロモーター、ヒト及びマウスH1 RNAプロモーター、またはヒトtRNA−valプロモーターからなる群から選択される、項目96に記載の細胞。
(項目99)
前記細胞は造血細胞である、項目1〜98のいずれか1項に記載の細胞。
(項目100)
前記細胞は免疫エフェクター細胞である、項目1〜99のいずれか1項に記載の細胞。
(項目101)
前記細胞は、CD3 + 、CD4 + 、CD8 + 、またはそれらの組み合わせである、項目1〜100のいずれか1項に記載の細胞。
(項目102)
前記細胞はT細胞である、項目1〜101のいずれか1項に記載の細胞。
(項目103)
前記細胞は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目1〜102のいずれか1項に記載の細胞。
(項目104)
前記細胞の源は、末梢血単核球、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺問題(issue)、感染部位由来組織、復水、胸水、脾臓組織、または腫瘍である、項目1〜103のいずれか1項に記載の細胞。
(項目105)
前記細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される、項目1〜104のいずれか1項に記載の細胞。
(項目106)
前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激される細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD197、及びCD38からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD197、及びCD38の全ての増加した発現を有する、項目105に記載の細胞。
(項目107)
前記PI3Kの阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激される細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD27、及びCD8からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD27、及びCD8の全ての増加した発現を有する、項目105に記載の細胞。
(項目108)
前記PI3K阻害剤はZSTK474である、項目105〜107のいずれか1項に記載の細胞。
(項目109)
項目1〜108のいずれか1項に記載の細胞を含む組成物。
(項目110)
項目1〜108のいずれか1項に記載の細胞と、生理学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、組成物。
(項目111)
T細胞の集団においてTCRα対立遺伝子を編集する方法であって、
a)T細胞の集団を活性化し、前記T細胞の集団を刺激して、増殖させること、
b)遺伝子操作されたヌクレアーゼをコードするmRNAを前記T細胞の集団に導入すること、
c)前記T細胞の集団に、ドナー修復テンプレートを含む1つ以上のウイルスベクターを形質導入すること、を含み、
前記遺伝子操作されたヌクレアーゼの発現が、前記TCRα対立遺伝子内の標的部位で2本鎖切断を作り出し、前記ドナー修復テンプレートは、前記2本鎖切断(DSB)の前記部位での相同組換え修復(HDR)によって前記TCRα対立遺伝子に組み込まれる、方法。
(項目112)
前記ドナー修復テンプレートは、前記DSBの前記TCRα配列5’に相同な5’相同アームと、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドと、前記DSBの前記TCRα配列3’に相同な3’相同アームと、を含む、項目111に記載の方法。
(項目113)
前記5’及び3’相同アームの長さは、約100bp〜約2500bpから独立して選択される、項目112に記載の方法。
(項目114)
前記5’及び3’相同アームの前記長さは、約600bp〜約1500bpから独立して選択される、項目112または項目113に記載の方法。
(項目115)
前記5’相同アームは約1500bpであり、前記3’相同アームは約1000bpである、項目112〜114のいずれか1項に記載の方法。
(項目116)
前記5’相同アームは約600bpであり、前記3’相同アームは約600bpである、項目112〜114のいずれか1項に記載の方法。
(項目117)
前記ウイルスベクターは、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)またはレトロウイルスである、項目112〜116のいずれか1項に記載の方法。
(項目118)
前記rAAVは、AAV2由来の1つ以上のITRを有する、項目117に記載の方法。
(項目119)
前記rAAVは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、及びAAV10からなる群から選択される血清型を有する、項目117または項目118に記載の方法。
(項目120)
前記rAAVは、AAV6血清型を有する、項目119に記載の方法。
(項目121)
前記レトロウイルスはレンチウイルスである、項目117に記載の方法。
(項目122)
前記レンチウイルスはインテグラーゼ欠損レンチウイルスである、項目121に記載の方法。
(項目123)
前記遺伝子操作されたヌクレアーゼは、メガヌクレアーゼ、megaTAL、TALEN、ZFN、またはCRISPR/Casヌクレアーゼからなる群から選択される、項目111〜122のいずれか1項に記載の方法。
(項目124)
前記メガヌクレアーゼは、I−AabMI、I−AaeMI、I−AniI、I−ApaMI、I−CapIII、I−CapIV、I−CkaMI、I−CpaMI、I−CpaMII、I−CpaMIII、I−CpaMIV、I−CpaMV、I−CpaV、I−CraMI、I−EjeMI、I−GpeMI、I−GpiI、I−GzeMI、I−GzeMII、I−GzeMIII、I−HjeMI、I−LtrII、I−LtrI、I−LtrWI、I−MpeMI、I−MveMI、I−NcrII、I−Ncrl、I−NcrMI、I−OheMI、I−OnuI、I−OsoMI、I−OsoMII、I−OsoMIII、I−OsoMIV、I−PanMI、I−PanMII、I−PanMIII、I−PnoMI、I−ScuMI、I−SmaMI、I−SscMI、及びI−Vdi141Iからなる群から選択されるLAGLIDADGホーミングエンドヌクレアーゼ(LHE)から遺伝子操作される、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目125)
前記メガヌクレアーゼは、I−CpaMI、I−HjeMI、I−OnuI、I−PanMI、及びSmaMIからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作される、項目111〜124のいずれか1項に記載の方法。
(項目126)
前記メガヌクレアーゼは、I−OnuI LHEから遺伝子操作される、項目111〜125のいずれか1項に記載の方法。
(項目127)
前記megaTALは、TALE DNA結合ドメインと、遺伝子操作されたメガヌクレアーゼとを含む、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目128)
前記TALE結合ドメインは、約9.5のTALE反復単位〜約11.5のTALE反復単位を含む、項目127に記載の方法。
(項目129)
前記メガヌクレアーゼは、I−AabMI、I−AaeMI、I−AniI、I−ApaMI、I−CapIII、I−CapIV、I−CkaMI、I−CpaMI、I−CpaMII、I−CpaMIII、I−CpaMIV、I−CpaMV、I−CpaV、I−CraMI、I−EjeMI、I−GpeMI、I−GpiI、I−GzeMI、I−GzeMII、I−GzeMIII、I−HjeMI、I−LtrII、I−LtrI、I−LtrWI、I−MpeMI、I−MveMI、I−NcrII、I−Ncrl、I−NcrMI、I−OheMI、I−OnuI、I−OsoMI、I−OsoMII、I−OsoMIII、I−OsoMIV、I−PanMI、I−PanMII、I−PanMIII、I−PnoMI、I−ScuMI、I−SmaMI、I−SscMI、及びI−Vdi141Iからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作される、項目127または項目128に記載の方法。
(項目130)
前記メガヌクレアーゼは、I−CpaMI、I−HjeMI、I−OnuI、I−PanMI、及びSmaMIからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作される、項目127〜129のいずれか1項に記載の方法。
(項目131)
前記メガヌクレアーゼは、I−OnuI LHEから遺伝子操作される、項目127〜130のいずれか1項に記載の方法。
(項目132)
前記TALENは、TALE DNA結合ドメインと、エンドヌクレアーゼドメインまたはハーフドメインとを含む、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目133)
前記TALE結合ドメインは、約9.5のTALE反復単位〜約11.5のTALE反復単位を含む、項目132に記載の方法。
(項目134)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、II型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目132または項目133に記載の方法。
(項目135)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、Aar I、Ace III、Aci I、Alo I、Alw26 I、Bae I、Bbr7 I、Bbv I、Bbv II、BbvC I、Bcc I、Bce83 I、BceA I、Bcef I、Bcg I、BciV I、Bfi I、Bin I、Bmg I、Bpu10 I、BsaX I、Bsb I、BscA I、BscG I、BseR I、BseY I、Bsi I、Bsm I、BsmA I、BsmF I、Bsp24 I、BspG I、BspM I、BspNC I、Bsr I、BsrB I、BsrD I、BstF5 I、Btr I、Bts I、Cdi I、CjeP I、Drd II、EarI、Eci I、Eco31 I、Eco57 I、Eco57M I、Esp3 I、Fau I、Fin I、Fok I、Gdi II、Gsu I、Hga I、Hin4 II、Hph I、Ksp632 I、Mbo II、Mly I、Mme I、Mnl I、Pfl1108、I Ple I、Ppi I Psr I、RleA I、Sap I、SfaN I、Sim I、SspD5 I、Sth132 I、Sts I、TspDT I、TspGW I、Tth111 II、UbaP I、Bsa I、及びBsmB Iからなる群から選択されるII型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目132〜134のいずれか1項に記載の方法。
(項目136)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、FokIから単離される、項目132〜135のいずれか1項に記載の方法。
(項目137)
前記ZFNは、亜鉛フィンガーDNA結合ドメインと、エンドヌクレアーゼドメインまたはハーフドメインとを含む、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目138)
前記亜鉛フィンガーDNA結合ドメインは、2、3、4、5、6、7、または8つの亜鉛フィンガーモチーフを含む、項目137に記載の方法。
(項目139)
前記ZFNはTALE結合ドメインを含む、項目137または項目138に記載の方法。
(項目140)
前記TALE DNA結合ドメインは、約9.5のTALE反復単位〜約11.5のTALE反復単位を含む、項目139に記載の方法。
(項目141)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、II型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目137〜140のいずれか1項に記載の方法。
(項目142)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、Aar I、Ace III、Aci I、Alo I、Alw26 I、Bae I、Bbr7 I、Bbv I、Bbv II、BbvC I、Bcc I、Bce83 I、BceA I、Bcef I、Bcg I、BciV I、Bfi I、Bin I、Bmg I、Bpu10 I、BsaX I、Bsb I、BscA I、BscG I、BseR I、BseY I、Bsi I、Bsm I、BsmA I、BsmF I、Bsp24 I、BspG I、BspM I、BspNC I、Bsr I、BsrB I、BsrD I、BstF5 I、Btr I、Bts I、Cdi I、CjeP I、Drd II、EarI、Eci I、Eco31 I、Eco57 I、Eco57M I、Esp3 I、Fau I、Fin I、Fok I、Gdi II、Gsu I、Hga I、Hin4 II、Hph I、Ksp632 I、Mbo II、Mly I、Mme I、Mnl I、Pfl1108、I Ple I、Ppi I Psr I、RleA I、Sap I、SfaN I、Sim I、SspD5 I、Sth132 I、Sts I、TspDT I、TspGW I、Tth111 II、UbaP I、Bsa I、及びBsmB Iからなる群から選択されるII型制限エンドヌクレアーゼから単離される、項目137〜141のいずれか1項に記載の方法。
(項目143)
前記エンドヌクレアーゼドメインは、FokIから単離される、項目137〜142のいずれか1項に記載の方法。
(項目144)
CasエンドヌクレアーゼをコードするmRNA、tracrRNA、及び前記TCRα遺伝子内のプロトスペーサーを標的とする1つ以上のcrRNAが、前記T細胞の集団に導入される、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目145)
CasエンドヌクレアーゼをコードするmRNA及び前記TCRα遺伝子内のプロトスペーサー配列を標的とする1つ以上のsgRNAが、前記T細胞の集団に導入される、項目111〜123のいずれか1項に記載の方法。
(項目146)
前記CasヌクレアーゼはCas9またはCpf1である、項目144または項目145に記載の方法。
(項目147)
前記Casヌクレアーゼは1つ以上のTALE DNA結合ドメインをさらに含む、項目144〜146のいずれか1項に記載の方法。
(項目148)
DSBが両方のTCRα対立遺伝子内に生成され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1のドナーテンプレートが、一方の修飾TCRα対立遺伝子に挿入される、項目111〜147のいずれか1項に記載の方法。
(項目149)
DSBが両方のTCRα対立遺伝子内に生成され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1のドナーテンプレートが、第1の修飾TCRα対立遺伝子に挿入され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする第2のポリヌクレオチドを含む第2のドナーテンプレートが、第2の修飾TCRα対立遺伝子に挿入される、項目111〜117のいずれか1項に記載の方法。
(項目150)
前記第1のドナーテンプレート及び前記第2のテンプレートは、異なるポリヌクレオチドを含む、項目149に記載の方法。
(項目151)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする、項目149または項目150に記載の方法。
(項目152)
前記第1のポリヌクレオチド及び前記第2のポリヌクレオチドは各々独立して、フリップ受容体をコードする、項目149または項目150に記載の方法。
(項目153)
DSBが両方のTCRα対立遺伝子内に生成され、項目1〜88のいずれか1項に記載の免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1のドナーテンプレートが、一方の修飾TCRα対立遺伝子に挿入され、前記細胞には、遺伝子操作された抗原受容体を含むレンチウイルスベクターがさらに形質導入される、項目111〜147のいずれか1項に記載の方法。
(項目154)
前記T細胞は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、項目111〜153のいずれか1項に記載の方法。
(項目155)
前記遺伝子操作されたヌクレアーゼをコードする前記mRNAは、ウイルス自己切断型2Aペプチド及びエンドプロセシング酵素をさらにコードする、項目111〜154のいずれか1項に記載の方法。
(項目156)
前記方法は、エンドプロセシング酵素をコードするmRNAを前記T細胞に導入することをさらに含む、項目111〜154のいずれか1項に記載の方法。
(項目157)
前記エンドプロセシング酵素は、5−3’エキソヌクレアーゼ、5−3’アルカリエキソヌクレアーゼ、3−5’エキソヌクレアーゼ、5’フラップエンドヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、またはテンプレート非依存性DNAポリメラーゼ活性を呈する、項目155または項目156に記載の方法。
(項目158)
前記エンドプロセシング酵素は、Trex2またはその生物学的に活性な断片を含む、項目149〜151のいずれか1項に記載の方法。
(項目159)
前記T細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される、項目111〜158のいずれか1項に記載の方法。
(項目160)
前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記T細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激されるT細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD197、及びCD38からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD197、及びCD38の全ての増加した発現を有する、項目159に記載の方法。
(項目161)
前記PI3Kの阻害剤の存在下で活性化され、刺激される前記T細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の不在下で活性化され、刺激されるT細胞と比較して、i)CD62L、CD127、CD27、及びCD8からなる群から選択される1つ以上のマーカー、またはii)前記マーカーCD62L、CD127、CD27、及びCD8の全ての増加した発現を有する、項目159に記載の方法。
(項目162)
前記PI3K阻害剤はZSTK474である、項目159〜161のいずれか1項に記載の方法。
Claims (20)
- T細胞の集団においてTCRα対立遺伝子を編集する方法であって、
(a)T細胞の集団を活性化し、前記T細胞の集団を刺激して、増殖させること、
(b)megaTALをコードするmRNAを前記T細胞の集団に導入すること、および
(c)前記T細胞の集団に、ドナー修復テンプレートを含む1つ以上のウイルスベクターを形質導入すること、を含み、
前記遺伝子操作されたヌクレアーゼの発現が、前記TCRα対立遺伝子内の標的部位で2本鎖切断を作り出し、前記ドナー修復テンプレートは、前記2本鎖切断(DSB)の前記部位での相同組換え修復(HDR)によって前記TCRα対立遺伝子に組み込まれる、方法。 - 前記ドナー修復テンプレートは、前記DSBの前記TCRα配列5’に相同な5’相同アームと、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドと、前記DSBの前記TCRα配列3’に相同な3’相同アームと、を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドは、前記免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパー、または遺伝子操作された抗原受容体をコードする前記ポリヌクレオチドに作動可能に連結されたRNAポリメラーゼIIプロモーターをさらに含む、請求項2に記載の方法。
- (a)前記5’及び3’相同アームの長さは、約100bp〜約2500bpから独立して選択されるか;
(b)前記5’及び3’相同アームの長さは、約600bp〜約1500bpから独立して選択されるか;
(c)前記5’相同アームは約1500bpであり、前記3’相同アームは約1000bpであるか;または
(d)前記5’相同アームは約600bpであり、前記3’相同アームは約600bpである、請求項2または3に記載の方法。 - 前記ウイルスベクターは、組換えアデノ随伴ウイルスベクター(rAAV)またはレトロウイルスである、請求項1〜4のいずれか1項に記載の方法。
- (a)前記rAAVは、AAV2由来の1つ以上のITRを有するか;
(b)前記rAAVは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、及びAAV10からなる群から選択される血清型を有するか;
(c)前記rAAVは、AAV6血清型を有するか;
(d)前記レトロウイルスはレンチウイルスであるか;または
(e)前記レンチウイルスはインテグラーゼ欠損レンチウイルスである、請求項5に記載の方法。 - 前記megaTALは、TALE DNA結合ドメインと、遺伝子操作されたメガヌクレアーゼとを含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の方法。
- 前記TALE結合ドメインは、約9.5のTALE反復単位〜約11.5のTALE反復単位を含む、請求項7に記載の方法。
- (a)前記メガヌクレアーゼは、I−AabMI、I−AaeMI、I−AniI、I−ApaMI、I−CapIII、I−CapIV、I−CkaMI、I−CpaMI、I−CpaMII、I−CpaMIII、I−CpaMIV、I−CpaMV、I−CpaV、I−CraMI、I−EjeMI、I−GpeMI、I−GpiI、I−GzeMI、I−GzeMII、I−GzeMIII、I−HjeMI、I−LtrII、I−LtrI、I−LtrWI、I−MpeMI、I−MveMI、I−NcrII、I−Ncrl、I−NcrMI、I−OheMI、I−OnuI、I−OsoMI、I−OsoMII、I−OsoMIII、I−OsoMIV、I−PanMI、I−PanMII、I−PanMIII、I−PnoMI、I−ScuMI、I−SmaMI、I−SscMI、及びI−Vdi141Iからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作されるか;
(b)前記メガヌクレアーゼは、I−CpaMI、I−HjeMI、I−OnuI、I−PanMI、及びSmaMIからなる群から選択されるLHEから遺伝子操作されるか;または
(c)前記メガヌクレアーゼは、I−OnuI LHEから遺伝子操作される、請求項7または請求項8に記載の方法。 - DSBが両方のTCRα対立遺伝子内に生成され、免疫力エンハンサーまたは免疫抑制シグナルダンパーをコードする第1のポリヌクレオチドを含む第1のドナーテンプレートが、一方の修飾TCRα対立遺伝子に挿入され、前記細胞には、遺伝子操作された抗原受容体を含むレンチウイルスベクターがさらに形質導入される、請求項1〜9のいずれか1項に記載の方法。
- 前記T細胞は、細胞傷害性Tリンパ球(CTL)、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)、またはヘルパーT細胞である、請求項1〜10のいずれか1項に記載の方法。
- 前記遺伝子操作されたヌクレアーゼをコードする前記mRNAは、ウイルス自己切断型2Aペプチド及びエンドプロセシング酵素をさらにコードする、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 前記方法は、エンドプロセシング酵素をコードするmRNAを前記T細胞に導入することをさらに含む、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 前記エンドプロセシング酵素は、5−3’エキソヌクレアーゼ、5−3’アルカリエキソヌクレアーゼ、3−5’エキソヌクレアーゼ、5’フラップエンドヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、またはテンプレート非依存性DNAポリメラーゼ活性を呈する、請求項12または請求項13に記載の方法。
- 前記エンドプロセシング酵素は、Trex2またはその生物学的に活性な断片を含む、請求項12〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 前記T細胞は、前記PI3K経路の阻害剤の存在下で活性化され、刺激される、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。
- 前記ドナー修復テンプレートは、
キメラ抗原受容体(CAR)、遺伝子操作されたTCR、DARIC、またはゼータカインからなる群から選択される遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。 - 請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法により改変されたT細胞の集団を含む組成物。
- 請求項18に記載のT細胞の集団と、生理学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、組成物。
- (a)1つ以上の修飾T細胞受容体アルファ(TCRα)対立遺伝子と、
(b)前記1つ以上の修飾TCRα対立遺伝子に挿入された、免疫力エンハンサー、免疫抑制シグナルダンパーおよび/または遺伝子操作された抗原受容体をコードするポリヌクレオチドを含む核酸と、を含む、細胞。
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