JP2019500350A5 - - Google Patents
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Description
<引用による組み込み>
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は以下の発明を包含する。
[項目1] 被験体の細胞により標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させることによって被験体の結節性硬化症を処置する方法であって、
ここで、前記細胞は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソン、3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体は、標的タンパク質または機能的RNAをコードし、
前記方法は、
被験体の細胞を、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAのレベルを増加させ、標的タンパク質又は機能的RNAの発現を増加させる、方法。
[項目2] 保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有している細胞によって、ツベリンである標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体はツベリンタンパク質をコードし、
前記方法は、
細胞を、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNAのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、方法。
[項目3] 標的タンパク質はツベリンである、項目1に記載の方法。
[項目4] 標的タンパク質又は機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的RNAを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的RNAである、項目1に記載の方法。
[項目5] 細胞は、ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか又は被験体に由来する、項目2に記載の方法。
[項目6] 標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第1の対立遺伝子、標的タンパク質が生成されない第2の対立遺伝子、又は非機能的な標的タンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合する、項目1〜5のいずれか1つに記載の方法。
[項目7] 被験体は、標的タンパク質の量又は機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、
ここで、被験体は、
a.
i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
iii.標的タンパク質が生成されない、
第1の変異対立遺伝子と、
b.
i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
iii.標的タンパク質が生成されない、
第2の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第1の変異対立遺伝子a.iii.を有するとき、第2の変異対立遺伝子はb.i.あるいはb.ii.であり、ここで、被験体が第2の変異対立遺伝子b.iii.を有するとき、第1の変異対立遺伝子はa.i.あるいはa.ii.であり、ここで、RIC mRNA前駆体は、a.i.あるいはa.ii.である第1の変異対立遺伝子、及び/又は、b.i.あるいはb.ii.である第2の変異対立遺伝子から転写される、項目1〜5のいずれか1つに記載の方法。
[項目8] 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される、項目7に記載の方法。
[項目9] 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される、項目7に記載の方法。
[項目10] RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−16までの領域内の保持されたイントロンにある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目11] RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−500までの領域内の保持されたイントロンにある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目12] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して、+6から+500、+6から+495、又は+6から+100の領域、又は、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して、−16から−500、−16から−400、又は−16から−100の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目13] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、あるいは、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、
の内部にある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目14] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目1〜13のいずれか1つに記載の方法。
[項目15] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2〜8のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目1〜14のいずれか1つに記載の方法。
[項目16] アンチセンスオリゴマーは、機能的RNA又は標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目1〜15のいずれか1つに記載の方法。
[項目17] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目1〜15のいずれか1つに記載の方法。
[項目18] RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体の部分的なスプライシング、又は野生型のmRNA前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目1〜17のいずれか1つに記載の方法。
[項目19] 標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あるいは野生型の成熟mRNAである、項目1〜18のいずれか1つに記載の方法。
[項目20] 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、請求項1〜19のいずれか1つに記載の方法。
[項目21] アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1〜約10倍、約1.5〜約10倍、約2〜約10倍、約3〜約10倍、約4〜約10倍、約1.1〜約5倍、約1.1〜約6倍、約1.1〜約7倍、約1.1〜約8倍、約1.1〜約9倍、約2〜約5倍、約2〜約6倍、約2〜約7倍、約2〜約8倍、約2〜約9倍、約3〜約6倍、約3〜約7倍、約3〜約8倍、約3〜約9倍、約4〜約7倍、約4〜約8倍、約4〜約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する、項目1〜20のいずれか1つに記載の方法。
[項目22] アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約1.1〜約10倍、約1.5〜約10倍、約2〜約10倍、約3〜約10倍、約4〜約10倍、約1.1〜約5倍、約1.1〜約6倍、約1.1〜約7倍、約1.1〜約8倍、約1.1〜約9倍、約2〜約5倍、約2〜約6倍、約2〜約7倍、約2〜約8倍、約2〜約9倍、約3〜約6倍、約3〜約7倍、約3〜約8倍、約3〜約9倍、約4〜約7倍、約4〜約8倍、約4〜約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する、項目1〜21のいずれか1つに記載の方法。
[項目23] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目1〜22のいずれか1つに記載の方法。
[項目24] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、あるいは2’−O−メトキシエチル部分を含む、項目1〜23のいずれか1つに記載の方法。
[項目25] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目1〜24のいずれか1つに記載の方法。
[項目26] それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目25に記載の方法。
[項目27] アンチセンスオリゴマーは、8〜50の核酸塩基、8〜40の核酸塩基、8〜35の核酸塩基、8〜30の核酸塩基、8〜25の核酸塩基、8〜20の核酸塩基、8〜15の核酸塩基、9〜50の核酸塩基、9〜40の核酸塩基、9〜35の核酸塩基、9〜30の核酸塩基、9〜25の核酸塩基、9〜20の核酸塩基、9〜15の核酸塩基、10〜50の核酸塩基、10〜40の核酸塩基、10〜35の核酸塩基、10〜30の核酸塩基、10〜25の核酸塩基、10〜20の核酸塩基、10〜15の核酸塩基、11〜50の核酸塩基、11〜40の核酸塩基、11〜35の核酸塩基、11〜30の核酸塩基、11〜25の核酸塩基、11〜20の核酸塩基、11〜15の核酸塩基、12〜50の核酸塩基、12〜40の核酸塩基、12〜35の核酸塩基、12〜30の核酸塩基、12〜25の核酸塩基、12〜20の核酸塩基、あるいは12〜15の核酸塩基からなる、項目1〜26のいずれか1つに記載の方法。
[項目28] アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目1〜27のいずれか1つに記載の方法。
[項目29] RIC mRNA前駆体の標的部分は、SEQ ID NO:5097〜5105から選択される配列内にある、項目1〜28のいずれか1つに記載の方法。
[項目30] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項1〜29のいずれか1つに記載の方法。
[項目31] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目1〜29のいずれか1つに記載の方法。
[項目32] 細胞は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、項目1〜31のいずれか1つに記載の方法。
[項目33] 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、項目32に記載の方法。
[項目34] 細胞は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団で2番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、項目1〜31のいずれか1つに記載の方法。
[項目35] 2番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項34に記載の方法。
[項目36] 疾病は疾患又は障害である、項目5〜35のいずれか1つに記載の方法。
[項目37] 疾患又は障害は結節性硬化症である、項目36に記載の方法。
[項目38] 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる、請求項37に記載の方法。
[項目39] 前記方法はTSC2タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、項目1〜38のいずれか1つに記載の方法。
[項目40] アンチセンスオリゴマーはツベリンRIC mRNA前駆体の標的部分へ結合し、ここで、標的部分はSEQ ID NO:49、50、51、52、53、54、55、56、及び57から選択された配列内にある、項目1〜39のいずれか1つに記載の方法。
[項目41] 被験体はヒトである、項目1〜40のいずれか1つに記載の方法。
[項目42] 被験体はヒト以外の動物である、項目1〜40のいずれか1つに記載の方法。
[項目43] 被験体は胎児、胚、あるいは子供である、項目1〜41のいずれか1つに記載の方法。
[項目44] 細胞はエクスビボである、項目1〜42のいずれか1つに記載の方法。
[項目45] アンチセンスオリゴマーは、被験体の皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される、項目1〜42のいずれか1つに記載の方法。
[項目46] 5’スプライス部位に隣接するエクソンの−3e〜−1eと、保持されたイントロンの+1〜+6にある9つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目1〜45のいずれか1つに記載の方法。
[項目47] 保持されたイントロンの−15〜−1と3’スプライス部位に隣接するエクソンの+1eにある16のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目1〜46のいずれか1つに記載の方法。
[項目48] 項目1〜39のいずれか1つの方法に使用されるアンチセンスオリゴマー。
[項目49] SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含むアンチセンスオリゴマー。
[項目50] 項目48又は49のアンチセンスオリゴマーと賦形剤を含む医薬組成物。
[項目51] 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目50に記載の医薬組成物を投与することによって、被験体を処置する方法。
[項目52] 不足しているタンパク質又は不足している機能的RNAに関係する被験体の結節性硬化症を処置するために細胞によって標的タンパク質又は機能的RNAの発現を増加させる方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
ここで、不足しているタンパク質又は機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の構成的スプライシングを増強し、
ここで、標的タンパク質は、
(a)不足しているタンパク質、あるいは、
(b)被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、
ここで、機能的RNAは、
(a)不足しているRNA、あるいは、
(b)被験体において不足している機能的RNAを機能的に増強又は交換する、補償する機能的RNAであり、
ここで、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソン、及び3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質又は機能的RNAの生成又は活性を増加させる、組成物。
[項目53] 被験体においてツベリンタンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
該方法は、被験体の細胞によってツベリンタンパク質の発現を増加させる工程であって、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接しているエクソン、及び保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、RIC mRNA前駆体がツベリンタンパク質をコードする、工程と、細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNAのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
[項目54] 疾病は疾患又は障害である、項目53に記載の組成物。
[項目55] 疾患又は障害は結節性硬化症である、項目54に記載の組成物。
[項目56] 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる、請求項55に記載の組成物。
[項目57] アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−16までの領域内の保持されたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、項目52〜56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目58] アンチセンスオリゴマーはRIC mRNA前駆体の一部を標的とし、これは、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から+100の領域、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−16から−100の領域、の内部の保持されたイントロンにある、項目52〜57のいずれか1つに記載の組成物。
[項目59] アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス部位の約500、400、300、200、又は100ヌクレオチド下流から、少なくとも1つの保持されたイントロンの3’スプライス部位の約100、200、300、400、又は500ヌクレオチド上流までの領域内にあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、項目52〜56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目60] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、あるいは、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、
の内部にある、項目52〜56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目61] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目52〜60のいずれか1つに記載の組成物。
[項目62] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2〜8のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目52〜61のいずれか1つに記載の組成物。
[項目63] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目52〜62のいずれか1つに記載の組成物。
[項目64] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的RNA又は機能的タンパク質の量を増加させない、項目52〜62のいずれか1つに記載の組成物。
[項目65] RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体、又は野生型のmRNA前駆体からの部分的なスプライシングによって生成された、項目52〜64のいずれか1つに記載の組成物。
[項目66] 標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あるいは野生型の成熟mRNAである、項目52〜65のいずれか1つに記載の組成物。
[項目67] 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、項目52〜66のいずれか1つに記載の組成物。
[項目68] 保持されたイントロンは律速イントロンである、項目52〜67のいずれか1つに記載の組成物。
[項目69] 前記保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で最も豊富な保持されたイントロンである、項目52〜68のいずれか1つに記載の組成物。
[項目70] 保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で2番目に豊富な保持されたイントロンである、項目52〜68のいずれか1つに記載の組成物。
[項目71] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目52〜70のいずれか1つに記載の組成物。
[項目72] 前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目52〜71のいずれか1つに記載の組成物。
[項目73] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、あるいは2’−O−メトキシエチル部分を含む、項目52〜72のいずれか1つに記載の組成物。
[項目74] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目52〜73のいずれか1つに記載の組成物。
[項目75] それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目74に記載の組成物。
[項目76] アンチセンスオリゴマーは、8〜50の核酸塩基、8〜40の核酸塩基、8〜35の核酸塩基、8〜30の核酸塩基、8〜25の核酸塩基、8〜20の核酸塩基、8〜15の核酸塩基、9〜50の核酸塩基、9〜40の核酸塩基、9〜35の核酸塩基、9〜30の核酸塩基、9〜25の核酸塩基、9〜20の核酸塩基、9〜15の核酸塩基、10〜50の核酸塩基、10〜40の核酸塩基、10〜35の核酸塩基、10〜30の核酸塩基、10〜25の核酸塩基、10〜20の核酸塩基、10〜15の核酸塩基、11〜50の核酸塩基、11〜40の核酸塩基、11〜35の核酸塩基、11〜30の核酸塩基、11〜25の核酸塩基、11〜20の核酸塩基、11〜15の核酸塩基、12〜50の核酸塩基、12〜40の核酸塩基、12〜35の核酸塩基、12〜30の核酸塩基、12〜25の核酸塩基、12〜20の核酸塩基、あるいは12〜15の核酸塩基からなる、項目52〜75のいずれか1つに記載の組成物。
[項目77] アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目52〜76のいずれか1つに記載の組成物。
[項目78] アンチセンスオリゴマーは、ツベリン RIC mRNA前駆体の標的部分に結合し、ここで標的部分は、SEQ ID NO:5097〜5105から選択される配列内にある、項目52〜77のいずれか1つに記載の組成物。
[項目79] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項52〜78のいずれか1つに記載の組成物。
[項目80] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目52〜78のいずれか1つに記載の組成物。
[項目81] 項目52〜80の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー及び賦形剤を含む医薬組成物。
[項目82] 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目81に記載の医薬組成物を投与することによって被験体を処置する方法。
[項目83] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているTSC2 mRNAの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、
医薬組成物。
[項目84] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物である、項目83に記載の医薬組成物。
[項目85] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−500までの領域内の保持されたイントロンにある、項目83又は84に記載の医薬組成物。
[項目86] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO:1に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目83〜85のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目87] TSC2 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2〜8のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目83〜86のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目88] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目83〜87のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目89] アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目83〜88のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目90] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、あるいは2’−O−メトキシエチル部分を含む、項目83〜89のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目91] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目83〜90のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目92] アンチセンスオリゴマーは、8〜50の核酸塩基、8〜40の核酸塩基、8〜35の核酸塩基、8〜30の核酸塩基、8〜25の核酸塩基、8〜20の核酸塩基、8〜15の核酸塩基、9〜50の核酸塩基、9〜40の核酸塩基、9〜35の核酸塩基、9〜30の核酸塩基、9〜25の核酸塩基、9〜20の核酸塩基、9〜15の核酸塩基、10〜50の核酸塩基、10〜40の核酸塩基、10〜35の核酸塩基、10〜30の核酸塩基、10〜25の核酸塩基、10〜20の核酸塩基、10〜15の核酸塩基、11〜50の核酸塩基、11〜40の核酸塩基、11〜35の核酸塩基、11〜30の核酸塩基、11〜25の核酸塩基、11〜20の核酸塩基、11〜15の核酸塩基、12〜50の核酸塩基、12〜40の核酸塩基、12〜35の核酸塩基、12〜30の核酸塩基、12〜25の核酸塩基、12〜20の核酸塩基、あるいは12〜15の核酸塩基を含む、項目83〜91のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目93] アンチセンスオリゴマーは、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目83〜92のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目94] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、SEQ ID NO:5097〜5105から選択される配列内にある、項目83〜93のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目95] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項83〜94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目96] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目83〜94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目97] 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射のために製剤される、項目83〜95のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目98] ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC2 mRNA転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足しているTSC2 mRNA転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
(a)被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
(b)アンチセンスオリゴマーを不足しているTSC2 mRNAの転写産物にハイブリダイズする工程であって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が、ツベリンタンパク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも1つの保持されたイントロンを含む、工程と、
(c)ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC2 mRNA転写産物を生成するために不足しているTSC2 mRNA転写産物から少なくとも1つの保持されたイントロンを除去する工程と、
(d)十分に処理されたTSC2 mRNAの転写産物からツベリンタンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む、方法。
[項目99] 保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、項目98に記載の方法。
[項目100] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物である、項目98又は99に記載の方法。
[項目101] ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法であって、
前記方法は、
SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、方法。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、あたかも個々の刊行物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は以下の発明を包含する。
[項目1] 被験体の細胞により標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させることによって被験体の結節性硬化症を処置する方法であって、
ここで、前記細胞は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソン、3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体は、標的タンパク質または機能的RNAをコードし、
前記方法は、
被験体の細胞を、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAのレベルを増加させ、標的タンパク質又は機能的RNAの発現を増加させる、方法。
[項目2] 保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有している細胞によって、ツベリンである標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体はツベリンタンパク質をコードし、
前記方法は、
細胞を、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNAのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、方法。
[項目3] 標的タンパク質はツベリンである、項目1に記載の方法。
[項目4] 標的タンパク質又は機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的RNAを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的RNAである、項目1に記載の方法。
[項目5] 細胞は、ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体内にあるか又は被験体に由来する、項目2に記載の方法。
[項目6] 標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第1の対立遺伝子、標的タンパク質が生成されない第2の対立遺伝子、又は非機能的な標的タンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合する、項目1〜5のいずれか1つに記載の方法。
[項目7] 被験体は、標的タンパク質の量又は機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、
ここで、被験体は、
a.
i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
iii.標的タンパク質が生成されない、
第1の変異対立遺伝子と、
b.
i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成され、
ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、
iii.標的タンパク質が生成されない、
第2の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第1の変異対立遺伝子a.iii.を有するとき、第2の変異対立遺伝子はb.i.あるいはb.ii.であり、ここで、被験体が第2の変異対立遺伝子b.iii.を有するとき、第1の変異対立遺伝子はa.i.あるいはa.ii.であり、ここで、RIC mRNA前駆体は、a.i.あるいはa.ii.である第1の変異対立遺伝子、及び/又は、b.i.あるいはb.ii.である第2の変異対立遺伝子から転写される、項目1〜5のいずれか1つに記載の方法。
[項目8] 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される、項目7に記載の方法。
[項目9] 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される、項目7に記載の方法。
[項目10] RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−16までの領域内の保持されたイントロンにある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目11] RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−500までの領域内の保持されたイントロンにある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目12] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して、+6から+500、+6から+495、又は+6から+100の領域、又は、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して、−16から−500、−16から−400、又は−16から−100の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目13] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、あるいは、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、
の内部にある、項目1〜9のいずれか1つに記載の方法。
[項目14] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目1〜13のいずれか1つに記載の方法。
[項目15] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2〜8のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目1〜14のいずれか1つに記載の方法。
[項目16] アンチセンスオリゴマーは、機能的RNA又は標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目1〜15のいずれか1つに記載の方法。
[項目17] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目1〜15のいずれか1つに記載の方法。
[項目18] RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体の部分的なスプライシング、又は野生型のmRNA前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目1〜17のいずれか1つに記載の方法。
[項目19] 標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あるいは野生型の成熟mRNAである、項目1〜18のいずれか1つに記載の方法。
[項目20] 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、請求項1〜19のいずれか1つに記載の方法。
[項目21] アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1〜約10倍、約1.5〜約10倍、約2〜約10倍、約3〜約10倍、約4〜約10倍、約1.1〜約5倍、約1.1〜約6倍、約1.1〜約7倍、約1.1〜約8倍、約1.1〜約9倍、約2〜約5倍、約2〜約6倍、約2〜約7倍、約2〜約8倍、約2〜約9倍、約3〜約6倍、約3〜約7倍、約3〜約8倍、約3〜約9倍、約4〜約7倍、約4〜約8倍、約4〜約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する、項目1〜20のいずれか1つに記載の方法。
[項目22] アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約1.1〜約10倍、約1.5〜約10倍、約2〜約10倍、約3〜約10倍、約4〜約10倍、約1.1〜約5倍、約1.1〜約6倍、約1.1〜約7倍、約1.1〜約8倍、約1.1〜約9倍、約2〜約5倍、約2〜約6倍、約2〜約7倍、約2〜約8倍、約2〜約9倍、約3〜約6倍、約3〜約7倍、約3〜約8倍、約3〜約9倍、約4〜約7倍、約4〜約8倍、約4〜約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する、項目1〜21のいずれか1つに記載の方法。
[項目23] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目1〜22のいずれか1つに記載の方法。
[項目24] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、あるいは2’−O−メトキシエチル部分を含む、項目1〜23のいずれか1つに記載の方法。
[項目25] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目1〜24のいずれか1つに記載の方法。
[項目26] それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目25に記載の方法。
[項目27] アンチセンスオリゴマーは、8〜50の核酸塩基、8〜40の核酸塩基、8〜35の核酸塩基、8〜30の核酸塩基、8〜25の核酸塩基、8〜20の核酸塩基、8〜15の核酸塩基、9〜50の核酸塩基、9〜40の核酸塩基、9〜35の核酸塩基、9〜30の核酸塩基、9〜25の核酸塩基、9〜20の核酸塩基、9〜15の核酸塩基、10〜50の核酸塩基、10〜40の核酸塩基、10〜35の核酸塩基、10〜30の核酸塩基、10〜25の核酸塩基、10〜20の核酸塩基、10〜15の核酸塩基、11〜50の核酸塩基、11〜40の核酸塩基、11〜35の核酸塩基、11〜30の核酸塩基、11〜25の核酸塩基、11〜20の核酸塩基、11〜15の核酸塩基、12〜50の核酸塩基、12〜40の核酸塩基、12〜35の核酸塩基、12〜30の核酸塩基、12〜25の核酸塩基、12〜20の核酸塩基、あるいは12〜15の核酸塩基からなる、項目1〜26のいずれか1つに記載の方法。
[項目28] アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目1〜27のいずれか1つに記載の方法。
[項目29] RIC mRNA前駆体の標的部分は、SEQ ID NO:5097〜5105から選択される配列内にある、項目1〜28のいずれか1つに記載の方法。
[項目30] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項1〜29のいずれか1つに記載の方法。
[項目31] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目1〜29のいずれか1つに記載の方法。
[項目32] 細胞は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、項目1〜31のいずれか1つに記載の方法。
[項目33] 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、項目32に記載の方法。
[項目34] 細胞は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団で2番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、項目1〜31のいずれか1つに記載の方法。
[項目35] 2番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項34に記載の方法。
[項目36] 疾病は疾患又は障害である、項目5〜35のいずれか1つに記載の方法。
[項目37] 疾患又は障害は結節性硬化症である、項目36に記載の方法。
[項目38] 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる、請求項37に記載の方法。
[項目39] 前記方法はTSC2タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、項目1〜38のいずれか1つに記載の方法。
[項目40] アンチセンスオリゴマーはツベリンRIC mRNA前駆体の標的部分へ結合し、ここで、標的部分はSEQ ID NO:49、50、51、52、53、54、55、56、及び57から選択された配列内にある、項目1〜39のいずれか1つに記載の方法。
[項目41] 被験体はヒトである、項目1〜40のいずれか1つに記載の方法。
[項目42] 被験体はヒト以外の動物である、項目1〜40のいずれか1つに記載の方法。
[項目43] 被験体は胎児、胚、あるいは子供である、項目1〜41のいずれか1つに記載の方法。
[項目44] 細胞はエクスビボである、項目1〜42のいずれか1つに記載の方法。
[項目45] アンチセンスオリゴマーは、被験体の皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される、項目1〜42のいずれか1つに記載の方法。
[項目46] 5’スプライス部位に隣接するエクソンの−3e〜−1eと、保持されたイントロンの+1〜+6にある9つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目1〜45のいずれか1つに記載の方法。
[項目47] 保持されたイントロンの−15〜−1と3’スプライス部位に隣接するエクソンの+1eにある16のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目1〜46のいずれか1つに記載の方法。
[項目48] 項目1〜39のいずれか1つの方法に使用されるアンチセンスオリゴマー。
[項目49] SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含むアンチセンスオリゴマー。
[項目50] 項目48又は49のアンチセンスオリゴマーと賦形剤を含む医薬組成物。
[項目51] 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目50に記載の医薬組成物を投与することによって、被験体を処置する方法。
[項目52] 不足しているタンパク質又は不足している機能的RNAに関係する被験体の結節性硬化症を処置するために細胞によって標的タンパク質又は機能的RNAの発現を増加させる方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
ここで、不足しているタンパク質又は機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の構成的スプライシングを増強し、
ここで、標的タンパク質は、
(a)不足しているタンパク質、あるいは、
(b)被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、
ここで、機能的RNAは、
(a)不足しているRNA、あるいは、
(b)被験体において不足している機能的RNAを機能的に増強又は交換する、補償する機能的RNAであり、
ここで、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソン、及び3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質又は機能的RNAの生成又は活性を増加させる、組成物。
[項目53] 被験体においてツベリンタンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
該方法は、被験体の細胞によってツベリンタンパク質の発現を増加させる工程であって、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接しているエクソン、及び保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、RIC mRNA前駆体がツベリンタンパク質をコードする、工程と、細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNAのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
[項目54] 疾病は疾患又は障害である、項目53に記載の組成物。
[項目55] 疾患又は障害は結節性硬化症である、項目54に記載の組成物。
[項目56] 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる、請求項55に記載の組成物。
[項目57] アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−16までの領域内の保持されたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、項目52〜56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目58] アンチセンスオリゴマーはRIC mRNA前駆体の一部を標的とし、これは、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から+100の領域、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−16から−100の領域、の内部の保持されたイントロンにある、項目52〜57のいずれか1つに記載の組成物。
[項目59] アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス部位の約500、400、300、200、又は100ヌクレオチド下流から、少なくとも1つの保持されたイントロンの3’スプライス部位の約100、200、300、400、又は500ヌクレオチド上流までの領域内にあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、項目52〜56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目60] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、あるいは、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e〜−4eの領域、
の内部にある、項目52〜56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目61] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目52〜60のいずれか1つに記載の組成物。
[項目62] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2〜8のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目52〜61のいずれか1つに記載の組成物。
[項目63] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目52〜62のいずれか1つに記載の組成物。
[項目64] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的RNA又は機能的タンパク質の量を増加させない、項目52〜62のいずれか1つに記載の組成物。
[項目65] RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体、又は野生型のmRNA前駆体からの部分的なスプライシングによって生成された、項目52〜64のいずれか1つに記載の組成物。
[項目66] 標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あるいは野生型の成熟mRNAである、項目52〜65のいずれか1つに記載の組成物。
[項目67] 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、項目52〜66のいずれか1つに記載の組成物。
[項目68] 保持されたイントロンは律速イントロンである、項目52〜67のいずれか1つに記載の組成物。
[項目69] 前記保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で最も豊富な保持されたイントロンである、項目52〜68のいずれか1つに記載の組成物。
[項目70] 保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で2番目に豊富な保持されたイントロンである、項目52〜68のいずれか1つに記載の組成物。
[項目71] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目52〜70のいずれか1つに記載の組成物。
[項目72] 前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目52〜71のいずれか1つに記載の組成物。
[項目73] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、あるいは2’−O−メトキシエチル部分を含む、項目52〜72のいずれか1つに記載の組成物。
[項目74] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目52〜73のいずれか1つに記載の組成物。
[項目75] それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目74に記載の組成物。
[項目76] アンチセンスオリゴマーは、8〜50の核酸塩基、8〜40の核酸塩基、8〜35の核酸塩基、8〜30の核酸塩基、8〜25の核酸塩基、8〜20の核酸塩基、8〜15の核酸塩基、9〜50の核酸塩基、9〜40の核酸塩基、9〜35の核酸塩基、9〜30の核酸塩基、9〜25の核酸塩基、9〜20の核酸塩基、9〜15の核酸塩基、10〜50の核酸塩基、10〜40の核酸塩基、10〜35の核酸塩基、10〜30の核酸塩基、10〜25の核酸塩基、10〜20の核酸塩基、10〜15の核酸塩基、11〜50の核酸塩基、11〜40の核酸塩基、11〜35の核酸塩基、11〜30の核酸塩基、11〜25の核酸塩基、11〜20の核酸塩基、11〜15の核酸塩基、12〜50の核酸塩基、12〜40の核酸塩基、12〜35の核酸塩基、12〜30の核酸塩基、12〜25の核酸塩基、12〜20の核酸塩基、あるいは12〜15の核酸塩基からなる、項目52〜75のいずれか1つに記載の組成物。
[項目77] アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目52〜76のいずれか1つに記載の組成物。
[項目78] アンチセンスオリゴマーは、ツベリン RIC mRNA前駆体の標的部分に結合し、ここで標的部分は、SEQ ID NO:5097〜5105から選択される配列内にある、項目52〜77のいずれか1つに記載の組成物。
[項目79] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項52〜78のいずれか1つに記載の組成物。
[項目80] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目52〜78のいずれか1つに記載の組成物。
[項目81] 項目52〜80の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー及び賦形剤を含む医薬組成物。
[項目82] 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目81に記載の医薬組成物を投与することによって被験体を処置する方法。
[項目83] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマーであって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているTSC2 mRNAの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、
医薬組成物。
[項目84] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物である、項目83に記載の医薬組成物。
[項目85] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−500までの領域内の保持されたイントロンにある、項目83又は84に記載の医薬組成物。
[項目86] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO:1に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目83〜85のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目87] TSC2 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2〜8のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目83〜86のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目88] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目83〜87のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目89] アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目83〜88のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目90] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル、2’−フルオロ、あるいは2’−O−メトキシエチル部分を含む、項目83〜89のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目91] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目83〜90のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目92] アンチセンスオリゴマーは、8〜50の核酸塩基、8〜40の核酸塩基、8〜35の核酸塩基、8〜30の核酸塩基、8〜25の核酸塩基、8〜20の核酸塩基、8〜15の核酸塩基、9〜50の核酸塩基、9〜40の核酸塩基、9〜35の核酸塩基、9〜30の核酸塩基、9〜25の核酸塩基、9〜20の核酸塩基、9〜15の核酸塩基、10〜50の核酸塩基、10〜40の核酸塩基、10〜35の核酸塩基、10〜30の核酸塩基、10〜25の核酸塩基、10〜20の核酸塩基、10〜15の核酸塩基、11〜50の核酸塩基、11〜40の核酸塩基、11〜35の核酸塩基、11〜30の核酸塩基、11〜25の核酸塩基、11〜20の核酸塩基、11〜15の核酸塩基、12〜50の核酸塩基、12〜40の核酸塩基、12〜35の核酸塩基、12〜30の核酸塩基、12〜25の核酸塩基、12〜20の核酸塩基、あるいは12〜15の核酸塩基を含む、項目83〜91のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目93] アンチセンスオリゴマーは、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目83〜92のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目94] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、SEQ ID NO:5097〜5105から選択される配列内にある、項目83〜93のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目95] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求項83〜94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目96] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9〜5096から選択されたヌクレオチド配列を含む、項目83〜94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目97] 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射のために製剤される、項目83〜95のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目98] ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC2 mRNA転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足しているTSC2 mRNA転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
(a)被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
(b)アンチセンスオリゴマーを不足しているTSC2 mRNAの転写産物にハイブリダイズする工程であって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が、ツベリンタンパク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも1つの保持されたイントロンを含む、工程と、
(c)ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC2 mRNA転写産物を生成するために不足しているTSC2 mRNA転写産物から少なくとも1つの保持されたイントロンを除去する工程と、
(d)十分に処理されたTSC2 mRNAの転写産物からツベリンタンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む、方法。
[項目99] 保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、項目98に記載の方法。
[項目100] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物である、項目98又は99に記載の方法。
[項目101] ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法であって、
前記方法は、
SEQ ID NO:9〜5096のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又は99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含む、方法。
Claims (15)
- ツベリンをコードする保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)を含む医薬組成物であって、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体を発現する細胞においてASOがRIC mRNA前駆体に結合することにより、保持されたイントロンは、RIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ツベリンをコードするmRNAのレベルを増加させる、前記医薬組成物。
- 医薬として使用するための、請求項1に記載の医薬組成物。
- 被検体において結節性硬化症の処置に使用するための、請求項1又は2に記載の医薬組成物。
- RIC mRNA前駆体の標的部分が、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して−16の領域内にある、請求項1〜3のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- RIC mRNA前駆体が、SEQ ID NO:2〜8から選択される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、又は100%の配列同一性を備えた配列を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- RIC mRNA前駆体の標的部分が、SEQ ID NO:5097〜5105から選択される配列内にある、請求項1〜5のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- ASOが、SEQ ID NO:401、9〜400、又は402〜5096から選択される配列に対して少なくとも80%、85%、90%、95%、97%、又は100%の配列同一性である配列を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- ツベリンが、同等の野生型タンパク質と比較して:
i) 機能が低下した形態;又は
ii) 十分に機能的な形態、
で生成される、請求項1〜7のいずれか1項に記載の医薬組成物。 - ASOが、ホスホロチオエート結合若しくはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾;又は修飾された糖部若しくは糖アナログを含み、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’−O−メチル部分、2’−フルオロ部分、又は2’−O−メトキシエチル部分を含んでいてもよい、請求項1〜8のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- ASOが、8〜50の核酸塩基から成る、請求項1〜9のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- ツベリンが、処置すべき被検体において量又は活性が不足している、請求項1〜10のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- ツベリンが、処置すべき被検体において量又は活性が不足しており、ツベリンの量の不足は、ツベリンのハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被検体は、機能的なツベリンをコードする第1の対立遺伝子、及びツベリンが生成されない第2の対立遺伝子又は非機能的なツベリンをコードする第2の対立遺伝子を有し、ASOは、第1の対立遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合する、請求項1〜11のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- ツベリンが、処置すべき被検体において量又は活性が不足しており、被検体は、第1の変異対立遺伝子及び第2の変異対立遺伝子を有し、ツベリンは、
a. 第1の変異対立遺伝子から:
i. 野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される;
ii. 同等の野生型ツベリンと比較して機能が低下した形態で生成される;又は
iii. 生成されない、及び
b. 第2の変異対立遺伝子から:
i. 野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベル生成される;
ii. 同等の野生型ツベリンと比較して機能が低下した形態で生成される;又は
iii. 生成されない、
ここで、被検体が第1の変異対立遺伝子a.iii.を有する場合、第2の変異対立遺伝子はb.i.又はb.ii.であり、被検体が第2の変異対立遺伝子b.iii.を有する場合、第1の変異対立遺伝子はa.i.又はa.ii.であり、RIC mRNA前駆体は、a.i.若しくはa.ii.である第1の変異対立遺伝子又はb.i.若しくはb.ii.である第2の変異対立遺伝子から転写される、請求項1〜11のいずれか1項に記載の医薬組成物。 - ASOが、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射によって投与される、請求項1〜13のいずれか1項に記載の医薬組成物。
- ASOが、ツベリンをコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することによって細胞内のツベリン又はツベリンをコードするmRNAの量を増加させない、請求項1〜14のいずれか1項に記載の医薬組成物。
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