JP2022088533A - 結節性硬化症の処置のためのアンチセンスオリゴマー - Google Patents

結節性硬化症の処置のためのアンチセンスオリゴマー Download PDF

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JP2022088533A JP2022053948A JP2022053948A JP2022088533A JP 2022088533 A JP2022088533 A JP 2022088533A JP 2022053948 A JP2022053948 A JP 2022053948A JP 2022053948 A JP2022053948 A JP 2022053948A JP 2022088533 A JP2022088533 A JP 2022088533A
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Aznarez Isabel
エム. ナッシュ,ヒュー
M Nash Huw
クライナー,エイドリアン
Krainer Adrian
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Cold Spring Harbor Laboratory
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Abstract

【課題】標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させることによって、結節性硬化症を処置する方法を提供する。【解決手段】保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有する患者の細胞を、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、患者の細胞内で、標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAのレベルを増加させ、標的タンパク質又は機能的RNAの発現を増加させる、方法である。【選択図】図1

Description

本出願は、2015年12月14日に出願された米国仮特許出願第62/267,21
2号の利益を主張し、該仮出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
<配列表>
本出願は配列表を包含しており、これは、EFS-Webを介してASCIIフォーマ
ットで提出され、その全体が引用により本明細書に組み込まれる。2016年12月12
日に作成されたASCIIのコピーは、47991-706_601_SL.txtのフ
ァイル名であり、1,663,708バイトのサイズである。前述のファイルは2016
年12月12日に作成され、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
結節性硬化症(TSC)は、複数の臓器系における良性腫瘍の成長を特徴とする障害で
ある(Au,K.,etal.,J.Child Neurol.,2004,19:6
99-709)。中枢神経系(CNS)の腫瘍は、罹患率と死亡率、続いて腎疾患の主因
である。患者は、皮膚、肺、腎臓、および心臓の異常と同様に、発作、知的障害、および
発育上の遅延を含み得る脳の異常に苦しむことがある。障害は米国で25,000人から
40,000人もの個体、および世界でも約100万人~200万人で発症しており、6
,000人の新生児に1人のの評価された罹患率と推定される。
TSCは、2つの遺伝子TSC1およびTSC2上で生じる遺伝性の欠損またはデノボ
の突然変異によって引き起こされる、常染色体優性遺伝パターンを備えた遺伝病である。
遺伝子の1つだけが罹患すればTSCが存在する。染色体9上のTSC1遺伝子は、ハマ
ルチンと呼ばれるタンパク質を産生する。1993年に発見されたTSC2遺伝子は、染
色体16上にあり、タンパク質ツベリンを産生する。科学者らは、これらのタンパク質が
mTORと呼ばれる支配的な進化上で保存されたキナーゼの活性化を阻害することにより
、成長抑制因子として複合体中で作用すると信じている。mTORの調節の喪失がハマル
チンまたはツベリンのいずれかを欠く細胞で生じ、これにより、TSC脳病変で見られる
ような異常な分化と発達、および拡大した細胞の生成が引き起こされる。
本発明は、結節性硬化症を処置するための組成物および方法を提供し、組成物は、TS
C2の保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)のイントロ
ンスプライス部位での構成的スプライシングを促進するアンチセンスオリゴマー(ASO
)を含む。本発明はさらに、必要としている被験体、例えば、TSC2タンパク質の産生
の増加から恩恵を得ることができる被験体の細胞において、成熟TSC2 mRNAおよ
び順にTSC2タンパク質の産生を増加させるための組成物および方法を提供する。上記
方法は、結果としてツベリンタンパク質産生の不足につながる、ミスセンス、スプライシ
ング、フレームシフトおよびナンセンスの変異を含む、TSC2遺伝子内の変異に加えて
、全遺伝子欠失によっても引き起こされる結節性硬化症を有する被験体を処置するために
使用されてもよい。
本明細書には、特定の実施形態において、被験体の細胞により標的タンパク質または機
能的RNAの発現を増加させることによって必要としている被験体の結節性硬化症を処置
する方法が開示され、ここで、該細胞は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(R
IC mRNA前駆体)を有し、該RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、
5’スプライス部位に隣接しているエクソン、3’スプライス部位に隣接しているエクソ
ンを含み、ここでRIC mRNA前駆体は、標的タンパク質または機能的RNAをコー
ドし、該方法は、被験体の細胞を、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRI
C mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させ
る工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的R
NAをコードするRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより
、被験体の細胞内で、標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAのレベル
を増加させ、標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させる。いくつかの実施形
態において、本明細書にはまた、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC m
RNA前駆体)を有している細胞によって、ツベリンである標的タンパク質の発現を増加
させる方法が開示され、該RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持され
たイントロンの5’スプライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの3
’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、ここで、RIC mRNA前駆体はツ
ベリンタンパク質をコードし、該方法は、細胞を、ツベリンタンパク質をコードするRI
C mRNA前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させ
る工程を含み、それによって、保持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードす
るRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、細胞内で、ツ
ベリンタンパク質をコードするmRNAのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現
を増加させる。いくつかの実施形態では、標的タンパク質はツベリンである。いくつかの
実施形態において、標的タンパク質または機能的RNAは、被験体において量あるいは活
性が不足している標的タンパク質あるいは機能的RNAを機能的に増大させるか、これに
取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的RNAである。いくつかの実施形態で
は、細胞は、ツベリンタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有
する被験体内にあるか又は被験体に由来する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質
の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで被験体は、機
能的な標的タンパク質をコードする第1の対立遺伝子、標的タンパク質が産生されない第
2の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有し
、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体
の標的部分に結合する。いくつかの実施形態において、被験体は、標的タンパク質の量ま
たは機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、ここで、被験体
は、(a)(i)標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレ
ベルで生成され、(ii)標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低
下した形態で生成され、あるいは、(iii)標的タンパク質が生成されない、第1の変
異対立遺伝子と、(b)(i)標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して
、減少したレベルで生成され、(ii)標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較
して機能が低下した形態で生成され、あるいは、(iii)標的タンパク質が生成されな
い、第2の変異対立遺伝子とを有し、ここで、被験体が第1の変異対立遺伝子a.iii
.を有するとき、第2の変異対立遺伝子はb.i.あるいはb.ii.であり、ここで、
被験体が第2の変異対立遺伝子b.iii.を有するとき、第1の変異対立遺伝子はa.
i.あるいはa.ii.であり、ここで、RIC mRNA前駆体は、a.i.あるいは
a.ii.である第1の変異対立遺伝子、および/または、b.i.あるいはb.ii.
である第2の変異対立遺伝子から転写される。いくつかの実施形態において、標的タンパ
ク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成される。いくつ
かの実施形態において、標的タンパク質は、同等な野性型タンパク質と比較して、十分に
機能的な形態で生成される。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標
的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から、保持されたイ
ントロンの3’スプライス部位に対して-16までの領域内の保持されたイントロンにあ
る。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイ
ントロンの5’スプライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプ
ライス部位に対して-500までの領域内の保持されたイントロンにある。いくつかの実
施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分は、以下の内部の保持されたイント
ロンにある:(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して、+6から+5
00、+6から+495、または+6から+100の領域;または、(b)保持されたイ
ントロンの3’スプライス部位に対して、-16から-500、-16から-400、ま
たは-16から-100の領域。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体
の標的部分は、以下の内部にある:(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に
隣接するエクソン中の+2e~-4eの領域;あるいは(b)保持されたイントロンの3
’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4eの領域。いくつかの実施形態で
は、RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、
85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性
を有する遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、RIC mR
NA前駆体は、SEQ ID NO:2-8のいずれか1つに対して少なくとも約80%
、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列
同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、
機能的RNAまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の
選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的RNAの量を
増加させない。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク
質または機能的RNAをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを
調節することにより、標的タンパク質または機能的RNAの量を増加させない。いくつか
の実施形態において、RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体の部分的なスプ
ライシング、または野生型のmRNA前駆体の部分的なスプライシングによって生成され
た。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的RNAをコードするmR
NAは、全長の成熟mRNA、あるいは野生型の成熟mRNAである。いくつかの実施形
態において、生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質
である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞におい
て生成された標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細
胞において生成された標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAの総量と
比較して、約1.1~約10倍、約1.5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10倍
、約4~約10倍、約1.1~約5倍、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.1
~約8倍、約1.1~約9倍、約2~約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約8
倍、約2~約9倍、約3~約6倍、約3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4~
約7倍、約4~約8倍、約4~約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、
少なくとも約2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、
少なくとも約4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する。いくつか
の実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的
タンパク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約
1.1~約10倍、約1.5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10倍、約4~約1
0倍、約1.1~約5倍、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.1~約8倍、約
1.1~約9倍、約2~約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約8倍、約2~約
9倍、約3~約6倍、約3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4~約7倍、約4
~約8倍、約4~約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約
2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約
4倍、少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する。いくつかの実施形態に
おいて、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデー
ト結合を含む骨格修飾を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは
ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2
’-フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態にお
いて、アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む。いくつかの実
施形態において、それぞれの糖部は修飾された糖部である。いくつかの実施形態において
、アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の核
酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の核
酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の核
酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50の
核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、10
~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸塩
基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~25
の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、1
2~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核酸
塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基からなる。いくつかの実施
形態において、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前
駆体の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも
95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である。いくつ
かの実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部分は、SEQ ID NO:509
7-5105から選択される配列内にある。いくつかの実施形態において、アンチセンス
オリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096のいずれか1つに対して少なくとも約
80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、
98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形
態では、アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096から選択された
ヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または
機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の集団を含み、
ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含み、およ
び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団で最も豊富な保
持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、最も豊富な保持されたイ
ントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的RNA
をコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mRNA前駆体の集団で2番目に豊富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、2番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形態では、疾病は疾患または障害である。いくつかの実施形態において、疾患または障害は結節性硬化症である。いくつかの実施形態において、標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる。いくつかの実施形態において、当該方法はTSC2タンパク質発現を評価する工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはツベリンRIC mRNA前駆体の標的部分へ結合し、ここで、標的部分はSEQ ID NOS:49、50、51、52、53、54、55、56、および57から選択された配列内にある。いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。いくつかの実施形態では、被験体はヒト以外の動物である。いくつかの実施形態において、被験体は胎児、胚、あるいは子供である。いくつかの実施形態では、細胞はエクスビボである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、被験体の皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される。いくつかの実施形態において、5’スプライス部位に隣接するエクソンの-3e~-1eと、保持されたイントロンの+1~+6にある9つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンの-15~-1と3’スプライス部位に隣接するエクソンの+1eにある16のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である。
本明細書には、特定の実施形態において、上記の方法に使用されるアンチセンスオリゴ
マーが開示される。
ある実施形態では、SEQ ID NO:9-5096のいずれか1つに対して少なく
とも約80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備え
た配列を含むアンチセンスオリゴマーが本明細書で開示される。
本明細書には、特定の実施形態において、上記のアンチセンスオリゴマーおよび賦形剤
を含む医薬組成物が開示される。いくつかの実施形態において、本明細書にはまた、皮膚
への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射
、皮下注射、または静脈内注射により医薬組成物を投与することによって、必要としてい
る被験体を処置する方法が記載される。
本明細書には、特定の実施形態において、不足しているタンパク質または不足している
機能的RNAに関係する被験体の結節性硬化症を処置するために細胞によって標的タンパ
ク質または機能的RNAの発現を増加させる方法に使用するためのアンチセンスオリゴマ
ーを含む組成物が開示され、ここで、不足しているタンパク質または機能的RNAは、被
験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的
タンパク質または機能的RNAをコードする、保持されたイントロン含有mRNA前駆体
(RIC mRNA前駆体)の構成的スプライシングを増強し、ここで、標的タンパク質
は:(a)不足しているタンパク質;あるいは(b)被験体において不足しているタンパ
ク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質であり、ここで、機
能的RNAは:(a)不足しているRNA;または(b)被験体において不足している機
能的RNAを機能的に増強または交換する、補償する機能的RNAであり、ここでRIC
mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接しているエクソ
ン、および3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持されたイントロンは
、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体からスプライ
シングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能的RNAの産生ま
たは活性を増加させる。いくつかの実施形態において、本明細書にはまた、被験体におい
てツベリンタンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのアンチセンスオリ
ゴマーを含む組成物が開示され、該方法は、被験体の細胞によってツベリンタンパク質の
発現を増加させる工程であって、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの
5’スプライス部位に隣接しているエクソン、および保持されたイントロンの3’スプラ
イス部位に隣接しているエクソンを含む、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(R
IC mRNA前駆体)を有し、RIC mRNA前駆体はツベリンタンパク質をコード
し、該方法は細胞をアンチセンスオリゴマーと接触させる工程を含み、それによって、保
持されたイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の転写
産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で、ツベリンタンパ
ク質をコードするmRNAのレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる
、工程を含む。いくつかの実施形態では、疾病は疾患または障害である。いくつかの実施
形態において、疾患または障害は結節性硬化症である。いくつかの実施形態において、標
的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる。いくつ
かの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプラ
イス部位に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-16
までの領域内の保持されたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする
。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはRIC mRNA前駆体の一
部を標的とし、これは、以下の内部の保持されたイントロンにある:(a)保持されたイ
ントロンの5’スプライス部位に対して+6から+100の領域;(b)保持されたイン
トロンの3’スプライス部位に対して-16から-100の領域。いくつかの実施形態に
おいて、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプ
ライス部位の約500、400、300、200、または100ヌクレオチド下流から、
少なくとも1つの保持されたイントロンの3’スプライス部位の約100、200、30
0、400、または500ヌクレオチド上流までの領域内にあるRIC mRNA前駆体
の一部を標的とする。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体の標的部分
は、以下の内部にある:(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエ
クソン中の+2e~-4eの領域;あるいは(b)保持されたイントロンの3’スプライ
ス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4eの領域。いくつかの実施形態では、RIC
mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、85%、9
0%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有する遺
伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、RIC mRNA前駆体
は、SEQ ID NO:2-8のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、
90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは100%の配列同一性を備
えた配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質
または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライ
シングを調節することにより標的タンパク質または機能的RNAの量を増加させない。い
くつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的R
NAをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することによ
り、機能的RNAまたは機能的タンパク質の量を増加させない。いくつかの実施形態にお
いて、RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体、または野生型のmRNA前駆
体からの部分的なスプライシングによって生成された。いくつかの実施形態において、標
的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あるい
は野生型の成熟mRNAである。いくつかの実施形態において、生成された標的タンパク
質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である。いくつかの実施形態において
、保持されたイントロンは律速イントロンである。いくつかの実施形態において、前記保
持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で最も豊富な保持されたイントロンで
ある。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆
体で2番目に豊富な保持されたイントロンである。いくつかの実施形態において、アンチ
センスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨
格修飾を含む。いくつかの実施形態では、前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオ
リゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホス
ホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-
フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において
、アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形
態において、それぞれの糖部は修飾された糖部である。いくつかの実施形態において、ア
ンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の核酸塩
基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の核酸塩
基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の核酸塩
基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50の核酸
塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、10~2
5の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸塩基、
11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~25の核
酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、12~
40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核酸塩基
、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態
において、アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体
の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95
%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である。いくつかの
実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ツベリン RIC mRNA前駆体の標的部
分に結合し、ここで標的部分は、SEQ ID NO:5097-5105から選択され
る配列内にある。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、SEQ I
D NO:9-5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、
91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の
配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリ
ゴマーは、SEQ ID NO:9-5096から選択されたヌクレオチド配列を含む。
本明細書には、特定の実施形態において、上記のアンチセンスオリゴマーおよび賦形剤
を含む医薬組成物が開示される。いくつかの実施形態において、本明細書にはまた、皮膚
への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射
、皮下注射、または静脈内注射により医薬組成物を投与することによって、必要としてい
る被験体を処置する方法が記載される。
ある実施形態において、医薬組成物が本明細書に開示され、該組成物は、不足している
TSC2 mRNAの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセンスオリゴマー
、および薬学的に許容可能な賦形剤を含み、ここで不足しているTSC2 mRNAの転
写産物は保持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーは、不足しているTSC
2 mRNAの転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する
。いくつかの実施形態では、不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2
RIC mRNA前駆体の転写産物である。いくつかの実施形態において、TSC2 R
IC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス
部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-50
0までの領域内の保持されたイントロンにある。いくつかの実施形態では、TSC2 R
IC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO:1に対して、少なくとも約8
0%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列
同一性を有する遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態において、TSC
2 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2-8のいずれか1つに対して少
なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるい
は100%の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、アンチセン
スオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修
飾を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌク
レオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジア
ミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ
、あるいは2’-O-メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチ
センスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む。いくつかの実施形態におい
て、アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の
核酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の
核酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の
核酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50
の核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、1
0~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸
塩基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~2
5の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、
12~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核
酸塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基を含む。いくつかの実施
形態において、アンチセンスオリゴマーは、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産
物の標的部分に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少な
くとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である。
いくつかの実施形態では、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、
SEQ ID NO:5097-5105から選択される配列内にある。いくつかの実施
形態において、アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096のいずれ
か1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%
、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配
列を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:
9-5096から選択されたヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、医
薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静
脈内注射のために製剤される。
ある実施形態では、ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理された
TSC2 mRNA転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために
不足しているTSC2 mRNA転写産物の処理を誘発する方法が本明細書で開示され、
該方法は:(a)被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、(b
)アンチセンスオリゴマーを不足しているTSC2 mRNAの転写産物にハイブリダイ
ズする工程であって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が、ツベリンタンパク
質の機能形態をコードすることができ、少なくとも1つの保持されたイントロンを含む、
工程と、(c)ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC
2 mRNA転写産物を生成するために不足しているTSC2 mRNA転写産物から少
なくとも1つの保持されたイントロンを除去する工程と、および(d)十分に処理された
TSC2 mRNAの転写産物からツベリンタンパク質の機能形態を翻訳する工程を含む
。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンは保持されたイントロン全体であ
る。いくつかの実施形態では、不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2
RIC mRNA前駆体の転写産物である。
本明細書には、特定の実施形態において、ツベリンタンパク質の量または活性の不足に
よって引き起こされた疾病を有する被験体を処置する方法が開示され、該方法は、SEQ
ID NO:9-5096のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、85%、9
0%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99
%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与
する工程を含む。
<引用による組み込み>
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、および特許出願は、あたかも個々の刊行物
、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程
度に、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は以下の発明を包含する。
[項目1] 被験体の細胞により標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させる
ことによって被験体の結節性硬化症を処置する方法であって、
ここで、前記細胞は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前
駆体)を有し、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位
に隣接しているエクソン、3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC
mRNA前駆体は、標的タンパク質または機能的RNAをコードし、
前記方法は、
被験体の細胞を、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆
体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、そ
れによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするR
IC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞内で
、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAのレベルを増加させ、標的タン
パク質又は機能的RNAの発現を増加させる、方法。
[項目2] 保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有
している細胞によって、ツベリンである標的タンパク質の発現を増加させる方法であって

RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプ
ライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接
しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体はツベリンタンパク質をコードし、
前記方法は、
細胞を、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的
なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持され
たイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体から構成的に
スプライシングされ、それにより、細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNA
のレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、方法。
[項目3] 標的タンパク質はツベリンである、項目1に記載の方法。
[項目4] 標的タンパク質又は機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足
している標的タンパク質あるいは機能的RNAを機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質あるいは補償機能的RNAである、項目1に記載の方法。
[項目5] 細胞は、ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾
病を有する被験体内にあるか又は被験体に由来する、項目2に記載の方法。
[項目6] 標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起
こされ、ここで、被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第1の対立遺伝子、標
的タンパク質が生成されない第2の対立遺伝子、又は非機能的な標的タンパク質をコード
する第2の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子から転写さ
れたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合する、項目1~5のいずれか1つに記載の
方法。
[項目7] 被験体は、標的タンパク質の量又は機能の不足に起因する障害により引き起
こされた疾病を抱えており、
ここで、被験体は、
a.
i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成
され、
ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成
され、あるいは、
iii.標的タンパク質が生成されない、
第1の変異対立遺伝子と、
b.
i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成
され、
ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成
され、あるいは、
iii.標的タンパク質が生成されない、
第2の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第1の変異対立遺伝子a.iii.を有するとき、第2の変異対立遺伝
子はb.i.あるいはb.ii.であり、ここで、被験体が第2の変異対立遺伝子b.i
ii.を有するとき、第1の変異対立遺伝子はa.i.あるいはa.ii.であり、ここ
で、RIC mRNA前駆体は、a.i.あるいはa.ii.である第1の変異対立遺伝
子、及び/又は、b.i.あるいはb.ii.である第2の変異対立遺伝子から転写され
る、項目1~5のいずれか1つに記載の方法。
[項目8] 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形
態で生成される、項目7に記載の方法。
[項目9] 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形
態で生成される、項目7に記載の方法。
[項目10] RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプ
ライス部位に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-1
6までの領域内の保持されたイントロンにある、項目1~9のいずれか1つに記載の方法

[項目11] RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプ
ライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して
-500までの領域内の保持されたイントロンにある、項目1~9のいずれか1つに記載
の方法。
[項目12] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して、+6から+500、+6か
ら+495、又は+6から+100の領域、又は、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して、-16から-500、-1
6から-400、又は-16から-100の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目1~9のいずれか1つに記載の方法。
[項目13] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
eの領域、あるいは、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
eの領域、
の内部にある、項目1~9のいずれか1つに記載の方法。
[項目14] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも
約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配
列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目1~13のいずれか1つに記載
の方法。
[項目15] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2~8のいずれか1つ
に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99
%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目1~14のいずれか1つに
記載の方法。
[項目16] アンチセンスオリゴマーは、機能的RNA又は標的タンパク質をコードす
る遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、
標的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目1~15のいずれか1つに記
載の方法。
[項目17] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードす
る遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目1~15のいずれか1つに記載の方法。
[項目18] RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体の部分的なスプライシ
ング、又は野生型のmRNA前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目
1~17のいずれか1つに記載の方法。
[項目19] 標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟m
RNA、あるいは野生型の成熟mRNAである、項目1~18のいずれか1つに記載の方
法。
[項目20] 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク
質である、請求項1~19のいずれか1つに記載の方法。
[項目21] アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパ
ク質又は機能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細胞において生成された標的
タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1~約10
倍、約1.5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10倍、約4~約10倍、約1.1
~約5倍、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.1~約8倍、約1.1~約9倍
、約2~約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約8倍、約2~約9倍、約3~約
6倍、約3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4~約7倍、約4~約8倍、約4
~約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくと
も約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくと
も約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する、項目1~20のいずれか1つに記載の
方法。
[項目22] アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパ
ク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約1.1
~約10倍、約1.5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10倍、約4~約10倍、
約1.1~約5倍、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.1~約8倍、約1.1
~約9倍、約2~約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約8倍、約2~約9倍、
約3~約6倍、約3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4~約7倍、約4~約8
倍、約4~約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、
少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、
少なくとも約5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する、項目1~21のいずれか1つ
に記載の方法。
[項目23] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミ
デート結合を含む骨格修飾を含む、項目1~22のいずれか1つに記載の方法。
[項目24] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核
酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエ
チル部分を含む、項目1~23のいずれか1つに記載の方法。
[項目25] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目
1~24のいずれか1つに記載の方法。
[項目26] それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目25に記載の方法。
[項目27] アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、
8~35の核酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、
8~15の核酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、
9~30の核酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、
10~50の核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核
酸塩基、10~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~
50の核酸塩基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基
、11~25の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の
核酸塩基、12~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12
~25の核酸塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基からなる、項
目1~26のいずれか1つに記載の方法。
[項目28] アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前
駆体の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも
95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目1
~27のいずれか1つに記載の方法。
[項目29] RIC mRNA前駆体の標的部分は、SEQ ID NO:5097~
5105から選択される配列内にある、項目1~28のいずれか1つに記載の方法。
[項目30] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9~5096のいずれ
か1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%
、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配
列を含む、請求項1~29のいずれか1つに記載の方法。
[項目31] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9~5096から選択
されたヌクレオチド配列を含む、項目1~29のいずれか1つに記載の方法。
[項目32] 細胞は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写さ
れたRIC mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2
つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RI
C mRNA前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、項目1~31
のいずれか1つに記載の方法。
[項目33] 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合
は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA
前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する
、項目32に記載の方法。
[項目34] 細胞は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードする遺伝子から転写さ
れたRIC mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2
つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RI
C mRNA前駆体の集団で2番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、項目1~
31のいずれか1つに記載の方法。
[項目35] 2番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの
結合は、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mR
NA前駆体の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発
する、請求項34に記載の方法。
[項目36] 疾病は疾患又は障害である、項目5~35のいずれか1つに記載の方法。
[項目37] 疾患又は障害は結節性硬化症である、項目36に記載の方法。
[項目38] 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコー
ドされる、請求項37に記載の方法。
[項目39] 前記方法はTSC2タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、項目1
~38のいずれか1つに記載の方法。
[項目40] アンチセンスオリゴマーはツベリンRIC mRNA前駆体の標的部分へ
結合し、ここで、標的部分はSEQ ID NO:49、50、51、52、53、54
、55、56、及び57から選択された配列内にある、項目1~39のいずれか1つに記
載の方法。
[項目41] 被験体はヒトである、項目1~40のいずれか1つに記載の方法。
[項目42] 被験体はヒト以外の動物である、項目1~40のいずれか1つに記載の方
法。
[項目43] 被験体は胎児、胚、あるいは子供である、項目1~41のいずれか1つに
記載の方法。
[項目44] 細胞はエクスビボである、項目1~42のいずれか1つに記載の方法。
[項目45] アンチセンスオリゴマーは、被験体の皮膚への局所投与、肺への肺送達、
くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注
射によって投与される、項目1~42のいずれか1つに記載の方法。
[項目46] 5’スプライス部位に隣接するエクソンの-3e~-1eと、保持された
イントロンの+1~+6にある9つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である
、項目1~45のいずれか1つに記載の方法。
[項目47] 保持されたイントロンの-15~-1と3’スプライス部位に隣接するエ
クソンの+1eにある16のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目1
~46のいずれか1つに記載の方法。
[項目48] 項目1~39のいずれか1つの方法に使用されるアンチセンスオリゴマー

[項目49] SEQ ID NO:9~5096のいずれか1つに対して少なくとも約
80%、85%、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列
を含むアンチセンスオリゴマー。
[項目50] 項目48又は49のアンチセンスオリゴマーと賦形剤を含む医薬組成物。
[項目51] 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔
内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目50に記載の医薬組成物を
投与することによって、被験体を処置する方法。
[項目52] 不足しているタンパク質又は不足している機能的RNAに関係する被験体
の結節性硬化症を処置するために細胞によって標的タンパク質又は機能的RNAの発現を
増加させる方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
ここで、不足しているタンパク質又は機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が
不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAを
コードする、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)の構
成的スプライシングを増強し、
ここで、標的タンパク質は、
(a)不足しているタンパク質、あるいは、
(b)被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質であり、
ここで、機能的RNAは、
(a)不足しているRNA、あるいは、
(b)被験体において不足している機能的RNAを機能的に増強又は交換する、補償する
機能的RNAであり、
ここで、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接
しているエクソン、及び3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持された
イントロンは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆体か
らスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質又は機能的RNA
の生成又は活性を増加させる、組成物。
[項目53] 被験体においてツベリンタンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用
するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
該方法は、被験体の細胞によってツベリンタンパク質の発現を増加させる工程であって
、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接して
いるエクソン、及び保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソン
を含む、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し、
RIC mRNA前駆体がツベリンタンパク質をコードする、工程と、細胞をアンチセン
スオリゴマーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンは、ツベ
リンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の転写産物から構成的にスプライシ
ングされ、それにより、被験体の細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNAの
レベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
[項目54] 疾病は疾患又は障害である、項目53に記載の組成物。
[項目55] 疾患又は障害は結節性硬化症である、項目54に記載の組成物。
[項目56] 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコー
ドされる、請求項55に記載の組成物。
[項目57] アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプライス部位
に対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-16までの領
域内の保持されたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、項目5
2~56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目58] アンチセンスオリゴマーはRIC mRNA前駆体の一部を標的とし、こ
れは、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から+100の領域、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-16から-100の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目52~57のいずれか1つに記載の組成物。
[項目59] アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5
’スプライス部位の約500、400、300、200、又は100ヌクレオチド下流か
ら、少なくとも1つの保持されたイントロンの3’スプライス部位の約100、200、
300、400、又は500ヌクレオチド上流までの領域内にあるRIC mRNA前駆
体の一部を標的とする、項目52~56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目60] RIC mRNA前駆体の標的部分は、
(a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
eの領域、あるいは、
(b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
eの領域、
の内部にある、項目52~56のいずれか1つに記載の組成物。
[項目61] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも
約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%又は100%の配
列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目52~60のいずれか1つに記
載の組成物。
[項目62] RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2~8のいずれか1つ
に対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99
%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目52~61のいずれか1つ
に記載の組成物。
[項目63] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードす
る遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標
的タンパク質又は機能的RNAの量を増加させない、項目52~62のいずれか1つに記
載の組成物。
[項目64] アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的RNAをコードす
る遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的RN
A又は機能的タンパク質の量を増加させない、項目52~62のいずれか1つに記載の組
成物。
[項目65] RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体、又は野生型のmRN
A前駆体からの部分的なスプライシングによって生成された、項目52~64のいずれか
1つに記載の組成物。
[項目66] 標的タンパク質又は機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟m
RNA、あるいは野生型の成熟mRNAである、項目52~65のいずれか1つに記載の
組成物。
[項目67] 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク
質である、項目52~66のいずれか1つに記載の組成物。
[項目68] 保持されたイントロンは律速イントロンである、項目52~67のいずれ
か1つに記載の組成物。
[項目69] 前記保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で最も豊富な保
持されたイントロンである、項目52~68のいずれか1つに記載の組成物。
[項目70] 保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で2番目に豊富な保
持されたイントロンである、項目52~68のいずれか1つに記載の組成物。
[項目71] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミ
デート結合を含む骨格修飾を含む、項目52~70のいずれか1つに記載の組成物。
[項目72] 前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、
項目52~71のいずれか1つに記載の組成物。
[項目73] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核
酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエ
チル部分を含む、項目52~72のいずれか1つに記載の組成物。
[項目74] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目
52~73のいずれか1つに記載の組成物。
[項目75] それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目74に記載の組成物。
[項目76] アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、
8~35の核酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、
8~15の核酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、
9~30の核酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、
10~50の核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核
酸塩基、10~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~
50の核酸塩基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基
、11~25の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の
核酸塩基、12~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12
~25の核酸塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基からなる、項
目52~75のいずれか1つに記載の組成物。
[項目77] アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前
駆体の標的部分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも
95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、項目5
2~76のいずれか1つに記載の組成物。
[項目78] アンチセンスオリゴマーは、ツベリン RIC mRNA前駆体の標的部
分に結合し、ここで標的部分は、SEQ ID NO:5097~5105から選択され
る配列内にある、項目52~77のいずれか1つに記載の組成物。
[項目79] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9~5096のいずれ
か1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%
、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配
列を含む、請求項52~78のいずれか1つに記載の組成物。
[項目80] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9~5096から選択
されたヌクレオチド配列を含む、項目52~78のいずれか1つに記載の組成物。
[項目81] 項目52~80の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマー及び賦形剤
を含む医薬組成物。
[項目82] 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔
内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射により、項目81に記載の医薬組成物を
投与することによって被験体を処置する方法。
[項目83] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物の標的配列にハイブリダイズ
するアンチセンスオリゴマーであって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が保
持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているTSC2 mRNA
の転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセン
スオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、
医薬組成物。
[項目84] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC mR
NA前駆体の転写産物である、項目83に記載の医薬組成物。
[項目85] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、保持された
イントロンの5’スプライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’ス
プライス部位に対して-500までの領域内の保持されたイントロンにある、項目83又
は84に記載の医薬組成物。
[項目86] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO:
1に対して、少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、
99%又は100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、項目83~
85のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目87] TSC2 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2~8のい
ずれか1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、9
8%、99%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、項目83~86のい
ずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目88] アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミ
デート結合を含む骨格修飾を含む、項目83~87のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目89] アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項目
83~88のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目90] アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核
酸、ペプチド核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエ
チル部分を含む、項目83~89のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目91] アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、項目
83~90のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目92] アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、
8~35の核酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、
8~15の核酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、
9~30の核酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、
10~50の核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核
酸塩基、10~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~
50の核酸塩基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基
、11~25の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の
核酸塩基、12~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12
~25の核酸塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基を含む、項目
83~91のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目93] アンチセンスオリゴマーは、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産
物の標的部分に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少な
くとも95%、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、
項目83~92のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目94] TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、SEQ I
D NO:5097~5105から選択される配列内にある、項目83~93のいずれか
1つに記載の医薬組成物。
[項目95] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9~5096のいずれ
か1つに対して少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%
、95%、96%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配
列を含む、請求項83~94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目96] アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9~5096から選択
されたヌクレオチド配列を含む、項目83~94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
[項目97] 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下
注射、あるいは静脈内注射のために製剤される、項目83~95のいずれか1つに記載の
医薬組成物。
[項目98] ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC
2 mRNA転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足し
ているTSC2 mRNA転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
(a)被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
(b)アンチセンスオリゴマーを不足しているTSC2 mRNAの転写産物にハイブリ
ダイズする工程であって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が、ツベリンタン
パク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも1つの保持されたイントロンを含
む、工程と、
(c)ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC2 mR
NA転写産物を生成するために不足しているTSC2 mRNA転写産物から少なくとも
1つの保持されたイントロンを除去する工程と、
(d)十分に処理されたTSC2 mRNAの転写産物からツベリンタンパク質の機能形
態を翻訳する工程を含む、方法。
[項目99] 保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、項目98に記
載の方法。
[項目100] 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC m
RNA前駆体の転写産物である、項目98又は99に記載の方法。
[項目101] ツベリンタンパク質の量又は活性の不足によって引き起こされた疾病を
有する被験体を処置する方法であって、
前記方法は、
SEQ ID NO:9~5096のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、8
5%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、又
は99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体
に投与する工程を含む、方法。
本発明の新規な特徴は、特に、添付の特許請求の範囲内に明記される。本発明の諸原則
が利用される例示的な実施形態について説明する以下の詳細な記載と、添付の図面を参照
することで、本発明の特徴および利点についてのよりよい理解が得られるであろう。
典型的な保持されたイントロン含有(RIC)mRNA前駆体の転写産物の概略図を示す。5’スプライス部位コンセンサス配列は、-3eから-1eおよび+1から+6(「e」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである)まで下線を引かれた文字(文字はヌクレオチドである;大文字:エクソン部分、および小文字:イントロン部分)で示されている。3’スプライス部位コンセンサス配列は、-15から-1および+1e(「e」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである)まで下線を引かれた文字(文字はヌクレオチドである;大文字:エクソン部分、および小文字:イントロン部分)で示されている。ASOスクリ-ニングのためのイントロン標的領域は、保持されたイントロンの5’スプライス部位(左の矢印)に対するヌクレオチド+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位(右の矢印)に対するヌクレオチド-16までを含む。実施形態では、ASOスクリ-ニングのためのイントロン標的領域は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対するヌクレオチド+6から+100、および保持されたイントロンの3’スプライス部位に対するヌクレオチド-16から-100を含む。エクソン標的部位は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4e、および保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4eのヌクレオチドを含む。「n」または「N」はヌクレオチドを表し、「y」はピリミジンを表す。図示された配列は、哺乳動物のスプライス部位に対するコンセンサス配列を表し、個々のイントロンおよびエクソンは、すべての位置でコンセンサス配列に一致する必要はなない。 核内遺伝子出力の標的とされた増強(TANGO)方法の概略図を例示する。図2Aは、核と細胞質区画に分割された細胞を示す。核では、エクソン(長方形)およびイントロン(接続線)からなる標的遺伝子のmRNA前駆体の転写産物は、mRNAを生成するためにスプライシングを受け、このmRNAは細胞質に輸送され、標的タンパク質へと翻訳される。この標的遺伝子については、イントロン1のスプライシングは非効率的であり、保持されたイントロン含有(RIC)mRNA前駆体は、主として核内に蓄積し、細胞質に輸送された場合は劣化し、標的タンパク質の産生にはつながらない。 核内遺伝子出力の標的とされた増強(TANGO)方法の概略図を例示する。図2Bは、核と細胞質区画に分割された同様の細胞の例を示す。アンチセンスオリゴマー(ASO)での処置は、イントロン1のスプライシングを促進し、かつmRNAの増加をもたらし、これは順に、高レベルの標的タンパク質に翻訳される。 イントロン4をもつTSC2遺伝子中のイントロン保持を詳細に示す。RNA配列決定(RNAseq)を用いた、TSC2遺伝子中のイントロン保持事象の特定は、UCSCゲノムブラウザで視覚化され示される。上のパネルは、HCN(ヒトの皮質ニューロン)において発現され、且つ細胞質(上)または核分画(下)のいずれかにおいて局在化されたTSC2転写産物に対応する読み取り密度を示す。このパネルの底部には、TSC2遺伝子のグラフ表現が、スケールに合わせて示される。読み取り密度は、ピークとして示される。最も高い読み取り密度は、エクソン(ブラックボックス)に相当し、一方、いずれの細胞分画においてもイントロンの大半(矢印頭部を有する線)について読取は観察されない。細胞質分画と比較してより高い読み取り密度は、核分画のイントロン4、25/26、および31/32(矢印により示される)で検出され、これはイントロン4、25/26、および31/32のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示している。保持されたイントロン含有mRNA前躯体の転写産物は、核に保持され、細胞質には輸送されない。HCN中のイントロン4の読み取り密度は、下のパネルで詳細に示される。 TSC2遺伝子IVS 4 ASOウォーク(walk)を示す。2’-OMe ASO、PS骨格を使用して、5’スプライス部位のすぐ下流、または3’スプライス部位の上流の配列を標的とするTSC2 IVS 4に対して行われたASOウォークが図示される。ASOは、一度に5つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。TSC2エクソン-イントロン構造はスケールに合わせて示される。 イントロン25と26をもつTSC2遺伝子中のイントロン保持を詳細に示す。TSC2遺伝子中のイントロン保持は、本明細書中の実施例において述べられているように、RNA配列決定(RNAseq)によって特定され、UCSCゲノムブラウザ中で視覚化された。HCN中のイントロン25と26の読み取り密度は、下のパネルで詳細に示される。イントロン25と26は、代替的にスプライシングされたエクソンであるエクソン26に隣接している。これは、TSC2転写産物及びRNAseqデータのグラフ表現において証明され、従ってエクソン26を表す長方形が幾つかの転写産物中に存在する一方で他の転写産物中には存在せず、細胞質分画中のエクソン26に対応する読み取り密度は、TSC2中の構成的にスプライシングされたエクソンよりも著しく低い。イントロン26についての読み取り密度は、生物情報学的な分析によって計算されるとおり51%のイントロン保持を示す下のパネルで詳細に示される。 TSC2遺伝子IVS 25及び26のASOウォークを示す。2’-OMe ASO、PS骨格を使用して、イントロン25の5’スプライス部位のすぐ下流、またはイントロン26の3’スプライス部位の上流の配列を標的とするTSC2 IVS 25と26に対して行われたASOウォークのグラフ表現が示される。代替的なエクソン26に隣接しているスプライス部位のイントロン領域は、エクソン26の包含レベルに影響を及ぼすのを回避するために標的とされない。ASOは、一度に5つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。TSC2エクソン-イントロン構造はスケールに合わせて示される。 イントロン31と32を持つTSC2遺伝子中のイントロン保持を詳細に示す。TSC2遺伝子中のイントロン保持は、本明細書中の実施例において述べられているように、RNA配列決定(RNAseq)によって特定され、UCSCゲノムブラウザ中で視覚化された。イントロン31と32の読み取り密度は、下のパネルで詳細に示される。イントロン31と32は、代替的にスプライシングされたエクソンであるエクソン32に隣接している。これは、TSC2転写産物及びRNAseqデータの図式表示において証明され、従ってエクソン32を表す長方形が幾つかの転写産物中に存在する一方で他の転写産物中には存在せず、細胞質分画中のエクソン32に対応する読み取り密度は、TSC2中の構成的にスプライシングされたエクソンよりも著しく低い。イントロン31についての読み取り密度は、生物情報学的な分析によって計算されるとおり43%のイントロン保持を示す下のパネルで詳細に示される。 TSC2遺伝子IVS 31及び32のASOウォークを示す。2’-OMe ASO、PS骨格を使用して、イントロン31の5’スプライス部位のすぐ下流、またはイントロン32の3’スプライス部位の上流の配列を標的とするTSC2 IVS 31と32に対して行われたASOウォークのグラフ表現が示される。代替的なエクソン32に隣接しているスプライス部位のイントロン領域は、エクソン32の包含レベルに影響を及ぼすのを回避するために標的とされない。ASOは、TSC2-IVS32-33およびTSC2-IVS32-51を例外として、一度に5つのヌクレオチドの位置を変えることにより、これらの領域をカバーするように設計された。TSC2エクソン-イントロン構造はスケールに合わせて示される。 NM_000548に対応するTSC2イントロン4のReSeq遺伝子の模式図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞上で80nMの示されたASOで24時間処置したARPE-19細胞にイントロン4が無いTSC2 mRNAの発現レベルにおける平均(n=3)の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_000548に対応するTSC2イントロン25のReSeq遺伝子の模式図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞上で80nMの示されたASOで24時間処置したARPE-19細胞にイントロン25が無いTSC2 mRNAの発現レベルにおける平均(n=3)の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_000548に対応するTSC2イントロン26のReSeq遺伝子の模式図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 NM_000548に対応するTSC2イントロン31のReSeq遺伝子の模式図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。 偽処理した細胞上で80nMの示されたASOで24時間処置したARPE-19細胞にイントロン31が無いTSC2 mRNAの発現レベルにおける平均(n=3)の倍率変化を示す、典型的なグラフを表す。データはRPL32発現に正規化される。 NM_000548に対応するTSC2イントロン32のReSeq遺伝子の模式図を表す。円で囲んだイントロンのイントロン保持率(PIR)が示される。
2つ以上のイントロンを有するタンパク質コード遺伝子の一次転写産物中の個々のイン
トロンは、異なる効率性をもつ一次転写産物からスプライシングされる。ほとんどの場合
、完全にスプライシングされたmRNAだけが、続く細胞質での翻訳のために核膜孔を通
じて輸送される。スプライシングされていない、または部分的にスプライシングされた転
写産物は、核内で検出可能である。完全にスプライシングされていない転写産物の核内蓄
積は、タンパク質に翻訳され得る細胞質中での潜在的に有害なmRNAの蓄積を防止する
メカニズムであると一般的に考えられる。いくつかの遺伝子については、最も効率性の低
いイントロンのスプライシングは、細胞質中での翻訳に先立つ、遺伝子発現における律速
的な転写後の工程である。
本発明は、完全にスプライシングされた成熟mRNAの安定した状態の産生を増加させ
る、およびそれ故、翻訳されたタンパク質レベルを増加させるために、遺伝子発現の核段
階に対して律速的である1つ以上の保持されたTSC2イントロンのスプライシングをア
ップレギュレートするための組成物および方法を提供する。これらの組成物および方法は
、核に蓄積する保持されたイントロン含有TSC2 mRNA前駆体のイントロンスプラ
イス部位において構成的スプライシングを促進するアンチセンスオリゴマー(ASO)を
活用する。したがって、実施形態では、TSC2不足に起因する疾病を処置するために、
本発明の方法を用いて、TSC2タンパク質を増加させる。
他の実施形態では、本発明の方法は、必要とする被験体の疾病を処置するために、TS
C2生成を増加させるために使用される。実施形態では、被験体は、TSC2が野性型に
対して必ずしも不足していないが、それにも関わらずTSC2の増加が疾患を緩和する疾
病を有している。実施形態では、疾病はTSC2ハプロ不全によって引き起こされる。実
施形態では、疾病は、常染色体優性障害である。実施形態では、疾病は、常染色体劣性障
害である。
<結節性硬化症>
結節性硬化症は、多臓器系における腫瘍増殖を特徴とする疾患である(Au et a
l.,J.Child Neurol.2004,19,699-709)。腫瘍は通常
良性であるが、時に悪性である。結節性硬化症の症例のおよそ90%は皮質結節を表し;
顔面線維性血管腫及び腎臓の血管筋脂肪腫が症例の80%より多くに生じる。加えて、症
例のおよそ80%は上衣下結節を表し、症例のおよそ50%は心臓の横紋筋腫を表し、症
例の51%~およそ88%は爪/爪下線維腫を表す。中枢神経系(CNS)の腫瘍は、腎
疾患が後続する罹患率と死亡率の主因である(Au et al.,J.Child N
eurol.2004,19,699-709)。
結節性硬化症は、常染色体優性遺伝パターン及び高い突然変異率を備えた遺伝病である
(Au et al.,J.Child Neurol.2004,19,699-70
9)。染色体領域9q34.3と16p13.3への結節性硬化症の結合は、TSC1及
びTSC2遺伝子それぞれの特定に繋がった。結節性硬化症の症例の69%より多くはT
SC2のハプロ不全から結果として生じ、患者のおよそ3分の2の疾患はデノボの突然変
異又は欠失から結果として生じる(Au et al.,J.Child Neurol
.2004,19,699-709)。重篤な疾患は他の対立遺伝子の「第2のヒット(
hit)」の減少を必要とすると考えられる。結節性硬化症の有病率は、アメリカ合衆国
において1年につき5,800の生児出生、或いはおよそ300の出生のうち1つほどで
あり、1年につき200の症例がTSC2の突然変異の結果から生じる。疾病は例えば、
参照により本明細書に組み込まれるOMIM #613254(Online Mend
elian Inheritance in Man,Johns Hopkins U
niversity,1966-2015)により説明されている。
TSC2遺伝子はツベリンと称されるタンパク質をコードする。TSC2遺伝子は、う
ち2つが代替的にスプライシングされる41のエクソンを含有し、染色体16上でおよそ
40kbに及ぶ(Au et al.,J.Child Neurol.2004,19
,699-709)。ツベリンは、TSC1遺伝子産物であるハマルチンとの複合体を形
成する200kDaのタンパク質である。ツベリン-ハマルチンの複合体は、様々なシグ
ナルカスケードを介した、細胞の増殖、輸送、細胞の大きさ、細胞接着、及び移動の調節
の役割を果たす。例えば、ツベリン-ハマルチンの複合体は、翻訳を調節するフォスファ
チジルイノシトール-3-キナーゼ及びタンパク質B経路(PI3K/PKB)において
機能する。具体的に、ツベリン-ハマルチンの複合値は、mTORキナーゼ活性を抑える
ことにより細胞増殖と翻訳を抑え、その結果、p70リボソームタンパク質S6キナーゼ
(S6K)1の抑制及び真核生物翻訳開始因子4E結合タンパク質1(4E-BP1)の
活性化をもたらす。更に、ツベリンのGAPドメインは、脳において豊富なRasホモロ
グである小さなGタンパク質Rhebに結合したグアノシン三リン酸(GTP)を加水分
解して、故にmTOR活性化を防ぐ。
加えて、ツベリンとハマルチンは、MAPキナーゼ(MAPK)及びE-カドヘリン-
ベータ-カテニン経路を介して細胞増殖と細胞接着をそれぞれ調節する。染色体16p1
3の部分のヘテロ接合性の損失の特定により最初に発見されると、多数の突然変異はTS
C2について説明された(Au et al.,J.Child Neurol.200
4,19,699-709)。突然変異は、フレームシフト及びタンパク質短縮化、ナン
センス変異、スプライシングに影響を及ぼす突然変異、インフレーム変異、欠失、挿入、
重複、及び大きな欠失と転位を含む。短縮化されたタンパク質生成物をもたらすTSC2
の突然変異は、ツベリン-ハマルチン複合体を形成することができず、故に細胞増殖の調
節の損失が結果として生じる。多数のシグナル伝達経路の主要調節因子としてのツベリン
-ハマルチンの複合体の役割は、発作、知的障害、及び発達遅延などの神経学的及び神経
反応性の異常を含む、多臓器系に関与する結節性硬化症を患う患者間での臨床所見の幅広
いスペクトルと一致している(Au et al.,J.Child Neurol.2
004,19,699-709)。
<保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)>
実施形態では、本明細書の方法は、細胞の核内で、TSC2遺伝子から転写され且つツ
ベリンタンパク質をコードする、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC m
RNA前駆体)の存在を活用する。成熟し、完全にスプライシングされたTSC2 mR
NAを産出するための、特定のTSC2 RIC mRNA前駆体の種のスプライシング
は、保持されたイントロンのスプライシングアウトを刺激するASOを用いて誘導される
。結果としてもたらされる成熟TSC2 mRNAは、細胞質に輸送されて翻訳され、そ
れによって患者の細胞中のツベリンタンパク質の量を増加させ、結節性硬化症の症状を緩
和する。この方法は以下で更に説明される、核内遺伝子出力の標的とされた増強(TAN
GO)として知られる。
<TSC2核の転写産物>
本明細書の実施例に記載されるように、TSC2遺伝子はイントロン保持事象について
分析され、イントロン4、25、26、31、および32の保持が観察された。UCSC
ゲノムブラウザによって視覚化されたRNA配列決定(RNAseq)は、HCN(ヒト
皮質ニューロン)細胞に発現したTSC2転写産物を示し、細胞質または核分画のいずれ
かに局在した。どちらの分画においても、読み取りは大多数のイントロンについて観察さ
れなかった。しかし、細胞質分画と比較してより高い読み取り密度が、核分画のイントロ
ン4、25、26、31、および32において検出され、これはイントロン4、25、2
6、31、および32のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたら
すことを示している。保持されたイントロン含有mRNA前駆体の転写産物は、主として
核に蓄積し、ツベリンタンパク質へと翻訳されない。ASTのイントロン26についての
読み取り密度は、生物情報学的な分析によって計算されるとおり51%のイントロン保持
を示す下のパネルで詳細に示される。イントロン26のイントロン保持率(PIR)の値
は、平均化した4つの値(87、83、20および12)により得られた。それぞれの値
は、4つの異なるアルゴリズムのうち1つを使用し、腎上皮細胞において判定された、A
STのイントロン31についての読み取り密度は、43%のイントロン保持を示す下のパ
ネルで詳細に示される。イントロン31のイントロン保持率(PIR)の値は、平均化し
た4つの値(78、71、16および8)により得られた。それぞれの値は、4つの異な
るアルゴリズムのうちの1つを使用し、腎上皮細胞において判定された。イントロン4お
よび32はマッピングされなかった。イントロン保持事象を特定するための、ENCOD
Eデータの分析(例えば、Tilgner,et al.,2012,「Deep se
quencing of subcellular RNA fractions sh
ows splicing to be predominantly co-tran
scriptional in the human genome but inef
ficient for lncRNAs」Genome Research 22(9
):1616-25に記載)は、イントロン25、26、又は31を保持されたものとし
て特定せず、イントロン4と32をマッピングしなかった。
表1は、TSC2 RIC mRNA前駆体の領域を標的化することによってツベリン
タンパク質の生成を増加させるのに有用な、配列IDごとのTSC2 RIC mRNA
前駆体の転写産物の標的配列、および、配列IDごとのASOの、非限定的なリストを提
供する。実施形態では、これらの目的に有用な他のASOは、例えば、本明細書に記載の
方法を用いて特定される。
Figure 2022088533000002
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、TSC2ゲノム配列から転
写されたRIC mRNA前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロンを含むTSC2ゲノム配列からのRIC mRNA前駆体の転写産物
を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:1のRIC
mRNA前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロンを含むSEQ ID NO:1のRIC mRNA前駆体の転写産物を標的
とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、TSC2 RIC
mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、3、24、2
9、またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むTSC2 RIC mRNA前
駆体の転写産物を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_00131882
9におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASOは、4、25、2
6、31、32、またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むTSC2 RIC
mRNA前駆体の転写産物を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_00
0548におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASOは、4、2
5、30、またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むTSC2 RIC mR
NA前駆体の転写産物を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_00107
7183におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASOは、4、2
5、26、31、またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むTSC2 RIC
mRNA前駆体の転写産物を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_00
1114382におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASOは、
22、27、28、またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むTSC2 RI
C mRNA前駆体の転写産物を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_0
01318831におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASOは
、4、25、30、またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むTSC2 RI
C mRNA前駆体の転写産物を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_0
01318832におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASOは
、3、24、29、またはその組み合わせで保持されたイントロンを含むTSC2 RI
C mRNA前駆体の転写産物を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_0
01318827におけるmRNA配列に対応する。
いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:2に係るTSC2 RIC
mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン24、保持されたイントロン3、保持されたイントロン29、またはそれらの
組み合わせを含む、SEQ ID NO:2に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の
配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:3に係る
TSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン25、保持されたイントロン26、保持されたイントロン4
、保持されたイントロン31、またはそれらの組み合わせを含む、SEQ ID NO:
3に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態で
は、ASOは、SEQ ID NO:4に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25、保持さ
れたイントロン4、保持されたイントロン30、またはそれらの組み合わせを含む、SE
Q ID NO:4に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:5に係るTSC2 RIC mR
NA前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイント
ロン25、保持されたイントロン26、保持されたイントロン4、保持されたイントロン
31、またはそれらの組み合わせを含む、SEQ ID NO:5に係るTSC2 RI
C mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ
ID NO:6に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつか
の実施形態では、ASOは、保持されたイントロン27、保持されたイントロン28、保
持されたイントロン22、またはそれらの組み合わせを含む、SEQ ID NO:6に
係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、SEQ ID NO:7に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標
的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25、保持された
イントロン4、保持されたイントロン30、またはそれらの組み合わせを含む、SEQ
ID NO:7に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標的とする。いくつか
の実施形態では、ASOは、SEQ ID NO:8に係るTSC2 RIC mRNA
前駆体の配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
24、保持されたイントロン3、保持されたイントロン29、またはそれらの組み合わせ
を含む、SEQ ID NO:8に係るTSC2 RIC mRNA前駆体の配列を標的
とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるASOは、SEQ ID NO
:5097-5105を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、SEQ ID
NO:9-5096のいずれか1つに係る配列を有する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のエクソン24またはエクソン25を標的とし、ここで、イントロン
の番号付けは、NM_001318829におけるmRNA配列に対応する。いくつかの
実施形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA
前駆体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン24配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体の5’スプライス部位から約2~約75或いは約4~約74のヌクレオ
チド上流(または5’)のエクソン24配列を標的とする。いくつかの実施形態では、A
SOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプ
ライス部位から下流(または3’)のエクソン25配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の3’スプライス部位から、約2~約150或いは約2~約147のヌクレオチド下流(
または3’)のエクソン25配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のイントロン24を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、N
M_001318829におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、A
SOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプ
ライス部位から下流(または3’)のイントロン24配列を標的とする。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から、約6~約497のヌクレオチド下流(または3’)のイン
トロン24配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロ
ン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または
5’)のイントロン24配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持さ
れたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から
、約16~約496のヌクレオチド上流(または5’)のイントロン24配列を標的とす
る。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体のエクソン3またはエクソン4を標的とし、ここで、イントロンの番号
付けは、NM_001318829におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の
5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン3配列を標的とする。いくつかの
実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前
駆体の5’スプライス部位から、約4~約94のヌクレオチド上流(または5’)のエク
ソン3配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3
を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または3’)
のエクソン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイント
ロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約2~約1
27のヌクレオチド下流(または3’)のエクソン4配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体のイントロン3を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、NM_
001318829におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス
部位から下流(または3’)のイントロン3配列を標的とする。いくつかの実施形態では
、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’ス
プライス部位から、約6~約435のヌクレオチド下流(または3’)のイントロン3配
列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むT
SC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイント
ロン3配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3
を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16~約432
のヌクレオチド上流(または5’)のイントロン3配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のエクソン29またはエクソン30を標的とし、ここで、イントロン
の番号付けは、NM_001318829におけるmRNA配列に対応する。いくつかの
実施形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA
前駆体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン29配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体の5’スプライス部位から、約4~約184のヌクレオチド上流(また
は5’)のエクソン29配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持さ
れたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から
下流(または3’)のエクソン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライ
ス部位から、約2~約102のヌクレオチド下流(または3’)のエクソン30配列を標
的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のイントロン29を標的とし、ここで、イントロンの番号付けは、N
M_001318829におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、A
SOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプ
ライス部位から下流(または3’)のイントロン29配列を標的とする。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から、約6~約492のヌクレオチド下流(または3’)のイン
トロン29配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロ
ン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または
5’)のイントロン29配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持さ
れたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から
、約16~約500或いは約36~約500のヌクレオチド上流(または5’)のイント
ロン29配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン32を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン32またはエクソン33を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_000548におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン32を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5
’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン32配列を標的とする。いくつかの
実施形態では、ASOは、保持されたイントロン32を含むTSC2 RIC mRNA
前駆体の5’スプライス部位から、約4から約49ヌクレオチド上流(または5’)のエ
クソン32配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロ
ン32を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または
3’)のエクソン33配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン32を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約2から約102ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン33配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン32を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン32を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
000548におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン32を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位
から下流(または3’)のイントロン32配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロン32を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’ス
プライス部位から、約6から約495ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン32
配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン32を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイ
ントロン32配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイント
ロン32を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16~
約500または約36~約500ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン32配列
を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン25またはエクソン26を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_000548におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5
’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン25配列を標的とする。いくつかの
実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA
前駆体の5’スプライス部位から、約4から約74ヌクレオチド上流(または5’)のエ
クソン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロ
ン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または
3’)のエクソン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約2から約112ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン26配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン25を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
000548におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位
から下流(または3’)のイントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’ス
プライス部位から、約6から約497ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン25
配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイ
ントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイント
ロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16か
ら約498ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン25配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン26またはエクソン27を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_000548におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5
’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン26配列を標的とする。いくつかの
実施形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA
前駆体の5’スプライス部位から、約4から約111ヌクレオチド上流(または5’)の
エクソン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイント
ロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(また
は3’)のエクソン27配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持さ
れたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から
、約2から約147ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン27配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン26を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
000548におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位
から下流(または3’)のイントロン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’ス
プライス部位から、約6から約500ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン26
配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイ
ントロン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイント
ロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16か
ら約496ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン26配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体のエクソン4またはエクソン5を標的とし、ここでイントロンの番号付け
は、NM_000548におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、A
SOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から上流(または5’)のエクソン4配列を標的とする。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’
スプライス部位から、約4から約94ヌクレオチド上流(または5’)のエクソン4配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTS
C2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または3’)のエクソン
5配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約2から約127ヌク
レオチド下流(または3’)のエクソン5配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体中のイントロン4を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_0
00548におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは、保持
されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位から
下流(または3’)のイントロン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス
部位から、約6から約435ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン4配列を標的
とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2
RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイントロン4配
列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むT
SC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16から約432ヌクレ
オチド上流(または5’)のイントロン4配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のエクソン31またはエクソン32を標的とし、ここでイントロンの
番号付けは、NM_000548におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態
では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の
5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン31配列を標的とする。いくつか
の実施形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRN
A前駆体の5’スプライス部位から、約4から約184ヌクレオチド上流(または5’)
のエクソン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイン
トロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(ま
たは3’)のエクソン32配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持
されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位か
ら、約2から約52ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン32配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン31を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
000548におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位
から下流(または3’)のイントロン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’ス
プライス部位から、約6から約331ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン31
配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイ
ントロン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイント
ロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16か
ら約333ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン31配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン25またはエクソン26を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_001077183におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン25配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約74ヌクレオチド上流(または5’
)のエクソン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイ
ントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(
または3’)のエクソン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位
から、約2から約142ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン26配列を標的とす
る。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体中のイントロン25を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM
_001077183におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から下流(または3’)のイントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約6から約497ヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約499ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン25配列を標的とする
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体のエクソン4またはエクソン5を標的とし、ここでイントロンの番号付け
は、NM_001077183におけるmRNA配列に一致する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’
スプライス部位から上流(または5’)のエクソン4配列を標的とする。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約4から約94ヌクレオチド上流(または5’)のエクソン
4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または3’)のエ
クソン5配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約2から約12
7ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン5配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体中のイントロン4を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_0
01077183におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは
、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部
位から下流(または3’)のイントロン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプ
ライス部位から、約6から約435ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン4配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTS
C2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイントロ
ン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を
含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16から約432
ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン4配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン30またはエクソン31を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_001077183におけるmRNA配列に一致する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン30配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約184ヌクレオチド上流(または5
’)のエクソン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流
(または3’)のエクソン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から、約2から約102ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン31配列を標的と
する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体中のイントロン30を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM
_001077183におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から下流(または3’)のイントロン30配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約6から約492ヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約500または約36から約500ヌクレオチド上流(または5’)のイント
ロン30配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン25またはエクソン26を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_001114382におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン25配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約74ヌクレオチド上流(または5’
)のエクソン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイ
ントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(
または3’)のエクソン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位
から、約2から約112ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン26配列を標的とす
る。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体中のイントロン25を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM
_001114382におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から下流(または3’)のイントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約6から約497ヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約498ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン25配列を標的とする
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン26またはエクソン27を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_001114382におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン26配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約111ヌクレオチド上流(または5
’)のエクソン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流
(または3’)のエクソン27配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から、約2から約147ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン27配列を標的と
する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン26を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
001114382におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライ
ス部位から下流(または3’)のイントロン26配列を標的とする。いくつかの実施形態
では、ASOは、保持されたイントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の
5’スプライス部位から、約6から約500ヌクレオチド下流(または3’)のイントロ
ン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン2
6を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’
)のイントロン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン26を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約
16から約496ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン26配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体のエクソン4またはエクソン5を標的とし、ここでイントロンの番号付
けは、NM_001114382におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態
では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5
’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン4配列を標的とする。いくつかの実
施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から、約4から約94ヌクレオチド上流(または5’)のエクソ
ン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を
含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または3’)の
エクソン5配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロ
ン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約2から約1
27ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン5配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体中のイントロン4を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_00
1114382におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位
から下流(または3’)のイントロン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、A
SOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から、約6から約435ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン4配列を
標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC
2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイントロン
4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16から約432ヌ
クレオチド上流(または5’)のイントロン4配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン31またはエクソン32を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_001114382におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン31配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約184ヌクレオチド上流(または5
’)のエクソン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流
(または3’)のエクソン32配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から、約2から約102ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン32配列を標的と
する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体中のイントロン31を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM
_001114382におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から下流(または3’)のイントロン31配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約6から約492ヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン31を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約500または約36から約500ヌクレオチド上流(または5’)のイント
ロン31配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン27を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のエクソン27またはエクソン28を標的とし、ここでイントロンの
番号付けは、NM_001318831におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実
施形態では、ASOは、保持されたイントロン27を含むTSC2 RIC mRNA前
駆体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン27配列を標的とする。い
くつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン27を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約184ヌクレオチド上流(または
5’)のエクソン27配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン27を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下
流(または3’)のエクソン28配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは
、保持されたイントロン27を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス
部位から、約2から約52ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン28配列を標的と
する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン27を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体中のイントロン27を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM
_001318831におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン27を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から下流(または3’)のイントロン27配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン27を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約6から約331ヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン27配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
27を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン27配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン27を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約333ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン27配列を標的とする
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン28を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のエクソン28またはエクソン29を標的とし、ここでイントロンの
番号付けは、NM_001318831におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実
施形態では、ASOは、保持されたイントロン28を含むTSC2 RIC mRNA前
駆体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン28配列を標的とする。い
くつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン28を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約49ヌクレオチド上流(または5
’)のエクソン28配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン28を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流
(または3’)のエクソン29配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン28を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から、約2から約102ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン29配列を標的と
する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン28を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体中のイントロン28を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM
_001318831におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン28を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から下流(または3’)のイントロン28配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン28を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約6から約495ヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン28配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
28を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン28配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン28を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約500または約36から約500ヌクレオチド上流(または5’)のイント
ロン28配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン22を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のエクソン22またはエクソン23を標的とし、ここでイントロンの
番号付けは、NM_001318831におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実
施形態では、ASOは、保持されたイントロン22を含むTSC2 RIC mRNA前
駆体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン22配列を標的とする。い
くつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン22を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約74ヌクレオチド上流(または5
’)のエクソン22配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン22を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流
(または3’)のエクソン23配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン22を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から、約2から約142ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン23配列を標的と
する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン22を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン22を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
001318831におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン22を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライ
ス部位から下流(または3’)のイントロン22配列を標的とする。いくつかの実施形態
では、ASOは、保持されたイントロン22を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の
5’スプライス部位から、約6から約497ヌクレオチド下流(または3’)のイントロ
ン22配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン2
2を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’
)のイントロン22配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン22を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約
16から約499ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン22配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体のエクソン25またはエクソン26を標的とし、ここでイントロンの
番号付けはNM_001318832におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン25配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約74ヌクレオチド上流(または5’
)のエクソン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイ
ントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(
または3’)のエクソン26配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保
持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位
から、約2から約142ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン26配列を標的とす
る。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RI
C mRNA前駆体中のイントロン25を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM
_001318832におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、AS
Oは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から下流(または3’)のイントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約6から約497ヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン25を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約499ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン25配列を標的とする
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体のエクソン4またはエクソン5を標的とし、ここでイントロンの番号付
けはNM_001318832におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’
スプライス部位から上流(または5’)のエクソン4配列を標的とする。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約4から約94ヌクレオチド上流(または5’)のエクソン
4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含
むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または3’)のエ
クソン5配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約2から約12
7ヌクレオチド下流(または3’)のエクソン5配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体中のイントロン4を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_0
01318832におけるmRNA配列に相当する。いくつかの実施形態では、ASOは
、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部
位から下流(または3’)のイントロン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、
ASOは、保持されたイントロン4を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプ
ライス部位から、約6から約435ヌクレオチド下流(または3’)のイントロン4配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を含むTS
C2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイントロ
ン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン4を
含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16から約432
ヌクレオチド上流(または5’)のイントロン4配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン30またはエクソン31を標的とし、ここでイントロンの番
号付けはNM_001318832におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形
態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン30配列を標的とする。いくつ
かの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mR
NA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約184のヌクレオチド上流(または5
’)のエクソン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流
(または3’)のエクソン31配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から、約2から約102のヌクレオチド下流(または3’)のエクソン31配列を標的
とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン30を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
001318832におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライ
ス部位から下流(または3’)のイントロン30配列を標的とする。いくつかの実施形態
では、ASOは、保持されたイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の
5’スプライス部位から、約6から約492のヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン30を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約500、あるいは約36から約500のヌクレオチド上流(または5’)の
、イントロン30配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン24またはエクソン25を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_001318827におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン24配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約74のヌクレオチド上流(または5
’)のエクソン24配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流
(または3’)のエクソン25配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部
位から、約2から約147のヌクレオチド下流(または3’)のエクソン25配列を標的
とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン24を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
001318827におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライ
ス部位から下流(または3’)のイントロン24配列を標的とする。いくつかの実施形態
では、ASOは、保持されたイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の
5’スプライス部位から、約6から約497のヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン24配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン24配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン24を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約496のヌクレオチド上流(または5’)のイントロン24配列を標的とす
る。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体のエクソン3またはエクソン4を標的とし、ここでイントロンの番号付け
は、NM_001318827におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態で
は、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’
スプライス部位から上流(または5’)のエクソン3配列を標的とする。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体
の5’スプライス部位から、約4から約69のヌクレオチド上流(または5’)のエクソ
ン3配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を
含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下流(または3’)の
エクソン4配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロ
ン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約2から約1
27のヌクレオチド下流(または3’)のエクソン4配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC
mRNA前駆体中のイントロン3を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_00
1318827におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASOは、
保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライス部位
から下流(または3’)のイントロン3配列を標的とする。いくつかの実施形態では、A
SOは、保持されたイントロン3を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプラ
イス部位から、約6から約499のヌクレオチド下流(または3’)のイントロン3配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を含むTS
C2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5’)のイントロ
ン3配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン3を
含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、約16から約497
のヌクレオチド上流(または5’)のイントロン3配列を標的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体のエクソン29またはエクソン30を標的とし、ここでイントロンの番
号付けは、NM_001318827におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施
形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆
体の5’スプライス部位から上流(または5’)のエクソン29配列を標的とする。いく
つかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC m
RNA前駆体の5’スプライス部位から、約4から約184のヌクレオチド上流(または
5’)のエクソン29配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から下
流(または3’)のエクソン30配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは
、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス
部位から、約2から約102のヌクレオチド下流(または3’)のエクソン30配列を標
的とする。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RI
CmRNA前駆体中のイントロン29を標的とし、ここでイントロンの番号付けはNM_
001318827におけるmRNA配列に対応する。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の5’スプライ
ス部位から下流(または3’)のイントロン29配列を標的とする。いくつかの実施形態
では、ASOは、保持されたイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の
5’スプライス部位から、約6から約492のヌクレオチド下流(または3’)のイント
ロン29配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロン
29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から上流(または5
’)のイントロン29配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ASOは、保持され
たイントロン29を含むTSC2 RIC mRNA前駆体の3’スプライス部位から、
約16から約500、あるいは約36から約500のヌクレオチド上流(または5’)の
、イントロン29配列を標的とする。
イントロン保持の程度は、パーセントイントロン保持(PIR)、すなわち所与のイン
トロンが保持される転写産物のパーセンテージとして表すことができる。手短に言えば、
エクソン-イントロン連結の読み取りとエクソン-エクソン連結の読み取りの平均の合計
に対して、エクソン-イントロン連結にマッピングする平均読み取り数のパーセンテージ
として、PIRを算出することができる。
<ツベリンタンパク質発現>
結節性硬化症の症例の69%以上はTSC2のハプロ不全に起因し、また、およそ3分
の2の患者の疾患は、デノボの突然変異または欠失に起因する(Au,K.et al.
,J.Child Neurol.,2004,19:699-709)。
実施形態では、本明細書に記載の方法が、機能的ツベリンタンパク質の産生を増加させ
るために使用される。本明細書において使用される用語「機能的」は、結節性硬化症の1
つ以上の症状を除去するのに必要なツベリンタンパク質の活性または機能の量を指す。実
施形態では、該方法は、部分的機能的ツベリンタンパク質の産生を増加させるために使用
される。本明細書において使用される用語「部分的機能的」は、疾患または疾病の1つ以
上の症状を除去または予防するのに必要な活性または機能の量未満の、ツベリンタンパク
質の活性または機能の量を指す。いくつかの実施形態では、部分的機能的タンパク質また
はRNAは、完全な機能的タンパク質またはRNAに比して、少なくとも10%、少なく
とも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60
%、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、85%、少なくとも90
%、または少なくとも95%少ない活性を持つだろう。
実施形態では、該方法は、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体を
有する被験体の細胞によって、ツベリンタンパク質の発現を増加させる方法であり、該被
験体は、ツベリンタンパク質活性の量の不足に起因する結節性硬化症を有し、および該ツ
ベリンタンパク質量の不足は、ツベリンタンパク質のハプロ不全に起因する。そのような
実施形態では、被験体は、機能的ツベリンタンパク質をコードする第1の対立遺伝子と、
ツベリンタンパク質が産生されない第2の対立遺伝子とを有する。別のそのような実施形
態では、被験体は、機能的ツベリンタンパク質をコードする第1の対立遺伝子と、非機能
的ツベリンタンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態
では、被験体は、機能的ツベリンタンパク質をコードする第1の対立遺伝子と、部分的機
能的ツベリンタンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のい
ずれの場合でも、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子(機能的ツベリンタンパ
ク質をコードする)から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合し、それに
よって、RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを
誘発し、機能的ツベリンタンパク質をコードする成熟mRNAレベルの増加と、被験体の
細胞中のツベリンタンパク質発現の増加をもたらす。
実施形態では、被験体は、機能的ツベリンタンパク質をコードする第1の対立遺伝子と
、部分的機能的ツベリンタンパク質をコードする第2の対立遺伝子を有し、アンチセンス
オリゴマーは、第1の対立遺伝子(機能的ツベリンタンパク質をコードする)から転写さ
れたRIC mRNA前駆体の標的部分、あるいは第2の対立遺伝子(部分的機能的ツベ
リンタンパク質をコードする)から転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合
し、それによって、RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプラ
イシングを誘発し、ツベリンタンパク質をコードする成熟mRNAレベルの増加と、被験
体の細胞中の機能的あるいは部分的機能的ツベリンタンパク質発現の増加をもたらす。
関連する実施形態では、該方法は、タンパク質あるいは機能的RNAの発現を増加させ
るためにASOを用いる方法である。実施形態では、ASOは、ツベリンタンパク質をコ
ードするRIC mRNA前駆体を有する被験体の細胞中のツベリンタンパク質発現を増
加させるために使用され、該被験体は、ツベリンタンパク質の量または機能の不足、例え
ば結節性硬化症を有する。
実施形態では、疾患または疾病の原因となる、タンパク質をコードするRIC mRN
A前駆体の転写産物は、本明細書に記載されるASOによって標的化される。いくつかの
実施形態では、疾患の原因ではない、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の
転写産物は、ASOによって標的化される。例えば、特定の経路における第1のタンパク
質の突然変異または欠失がもたらす疾患は、第2のタンパク質をコードするRIC mR
NA前駆体を標的とし、それによって第2のタンパク質産生が増加することで、改善しう
る。いくつかの実施形態では、第2のタンパク質の活性は、第1のタンパク質の突然変異
または不足(それは疾患または疾病の原因である)を補うことができる。
実施形態では、被験体は、
a.第1の変異対立遺伝子であって、
i)ツベリンタンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少したレベ
ルで産生され、
ii)ツベリンタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形
態で生成され、または
iii)ツベリンタンパク質あるいは機能的RNAが産生されない、第1の変異対立
遺伝子;
および
b.第2の変異対立遺伝子であって、
i)ツベリンタンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少したレベ
ルで産生され、
ii)ツベリンタンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して機能が低下した形
態で産生され、または
iii)ツベリンタンパク質が産生されない、第2の変異対立遺伝子を有し、ここで

RIC mRNA前駆体は、第1の対立遺伝子および/または第2の対立遺伝子から転写
される。これらの実施形態では、ASOは、第1の対立遺伝子または第2の対立遺伝子か
ら転写されたRIC mRNA前駆体の標的部分に結合することで、RIC mRNA前
駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、ツベリンタンパク質
をコードするmRNAレベルの増加を引き起こし、被験体の細胞中の標的タンパク質また
は機能的RNAの発現の増加をもたらす。これらの実施形態では、RIC mRNA前駆
体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングの結果として生じる、発現レベル
の増加を有する標的タンパク質あるいは機能的RNAは、同等の野性型タンパク質と比較
して機能性の低い形態(部分的機能的)、あるいは同等の野性型タンパク質と比較して完
全な機能性を有する(完全機能的)、のいずれかで有り得る。
実施形態では、ツベリンタンパク質をコードするmRNAのレベルは、例えば、アンチ
センスオリゴマーで処置されない、あるいはTSC2 RIC mRNA前駆体の標的部
分と結合しないアンチセンスオリゴマーで処置された、対照細胞内で産生されたTSC2
をコードするmRNAの量と比較した場合、1.1倍から10倍に増加する。
実施形態では、ツベリンタンパク質の量あるいは活性の不足に起因する疾病は、ASO
が標的とされる保持されたイントロンの選択的スプライシングあるいは異常スプライシン
グに起因する疾病ではない。実施形態では、ツベリンタンパク質の量あるいは活性の不足
に起因する疾病は、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体内の保持さ
れたイントロンの、選択的スプライシングあるいは異常スプライシングに起因する疾病で
はない。実施形態では、選択的スプライシングあるいは異常スプライシングが、遺伝子か
ら転写されたmRNA前駆体に生じうる。しかしながら、本発明の組成物および方法は、
この選択的スプライシングあるいは異常スプライシングを予防しないし、修正しない。
実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、1つの対立遺伝子から部
分的機能的ツベリンタンパク質を発現し、その部分的機能性ツベリンタンパク質は、フレ
ームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失に起因
する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、1つの対立遺伝子か
ら非機能的ツベリンタンパク質を発現し、その非機能的ツベリンタンパク質は、1つの対
立遺伝子中のフレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な
遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、1
つの対立遺伝子にTSC2全遺伝子欠失を有する。
実施形態では、被験体は、R611Q/WおよびR905Wから選択されたTSC2ミ
スセンス変異を有する。実施形態では、被験体は、エクソン38に少なくとも6つのアミ
ノ酸のTSC2欠失突然変異を有する。実施形態では、被験体は、トリプトファンまたは
グルタミンのためのアルギニン611のTSC2置換突然変異を有する。実施形態では、
当技術分野において既知の、および、例えば先に参照された(Au,K.et al.,
J.Child Neurol.,2004,19:699-709)等の文献に記載さ
れた、任意のTSC2突然変異を有する被験体が、本発明の方法および組成物を使用して
処置される。
<ツベリンタンパク質発現を増加させるためのTANGOの使用>
前述したように、実施形態では、核内遺伝子出力の標的とされた増強(TANGO)は
、ツベリンタンパク質の発現を増加させるために、本発明の方法において使用される。こ
れらの実施形態では、ツベリンタンパク質をコードする保持されたイントロン含有mRN
A前駆体(RIC mRNA前駆体)は、細胞の核内にある。ツベリンタンパク質をコー
ドする、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接するエクソン、および3’ス
プライス部位に隣接するエクソンを含むTSC2 RIC mRNA前駆体を有する細胞
を、RIC mRNA前駆体の標的部分に対して相補的なアンチセンスオリゴマー(AS
O)と接触させる。RIC mRNA前駆体の標的部分へのASOのハイブリダイゼーシ
ョンは、保持されたイントロンのスプライス部位(5’スプライス部位あるいは3’スプ
ライス部位)のスプライシングを増強し、その後の標的タンパク質産生を増加させる。
用語「mRNA前駆体」および「mRNA前駆体の転写産物」は、交換可能に使用され
、少なくとも1つのイントロンを含むmRNA前駆体種を指すこともある。実施形態では
、mRNA前駆体またはmRNA前駆体の転写産物は、5’-7-メチルグアノシンキャ
ップ、および/またはポリA末端を含む。実施形態では、mRNA前駆体またはmRNA
前駆体の転写産物は、5’-7-メチルグアノシンキャップおよびポリA末端の両方を含
む。いくつかの実施形態では、mRNA前駆体の転写産物は、5’-7-メチルグアノシ
ンキャップ、および/またはポリA末端を含まない。タンパク質に翻訳されない場合(あ
るいは核から細胞質へと輸送された場合)、mRNA前駆体の転写産物は非生産的メッセ
ンジャーRNA(mRNA)分子である。
本明細書において使用されるように、「保持されたイントロン含有mRNA前駆体」(
「RIC mRNA前駆体」)は、少なくとも1つの保持されたイントロンを含むmRN
A前駆体の転写産物である。RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持さ
れたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの3’
スプライス部位に隣接するエクソンを含み、標的タンパク質をコードする。「標的タンパ
ク質をコードするRIC mRNA前駆体」は、完全にスプライシングされた場合に、標
的タンパク質をコードすると解される。「保持されたイントロン」は、同じ遺伝子によっ
てコードされた、隣接するイントロン等の1つ以上の他のイントロンが、同じmRNA前
駆体の転写産物からスプライシングアウトされた場合に、mRNA前駆体の転写産物に存
在するイントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、標的タン
パク質をコードするRIC mRNA前駆体において最も豊富なイントロンである。実施
形態では、保持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転
写されたRIC mRNA前駆体の集団において最も豊富なイントロンであり、当該RI
C mRNA前駆体の集団は2つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標
的タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の集団において最も豊富なイントロン
に標的とされたアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とされた、ま
たは結合する保持されたイントロンを含む集団内の、2つ以上の保持されたイントロンの
スプライシングアウトを誘発する。実施形態では、標的タンパク質をコードする成熟mR
NAは、それによって産生される。「成熟mRNA」および「完全にスプライシングされ
たmRNA」の用語は、標的タンパク質をコードする完全に処理されたmRNA(例えば
、核から細胞質へと輸送され、標的タンパク質に翻訳されたmRNA)、あるいは完全に
処理された機能的RNAを記載するように、本明細書において交換可能に使用される。用
語「生産的mRNA」もまた、標的タンパク質をコードする完全に処理されたmRNAに
ついて記載するように使用することができる。実施形態では、標的領域は、ツベリンタン
パク質をコードするRIC mRNA前駆体集団に最も豊富な保持されたイントロンにあ
る。実施形態では、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体において最
も豊富な保持されたイントロンは、イントロン4、25、26、31、32、25および
26、または31および32である。実施形態では、ツベリンタンパク質をコードするR
IC mRNA前駆体に最も豊富な保持されたイントロンは、イントロン26である。実
施形態では、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体に最も豊富な保持
されたイントロンは、イントロン31である。いくつかの実施形態では、ツベリンタンパ
ク質をコードするRIC mRNA前駆体において最も豊富な保持されたイントロンは、
イントロン26であり、またツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体に
おいて2番目に豊富な保持されたイントロンは、イントロン31である。
実施形態では、保持されたイントロンは、少なくとも約5%、少なくとも約10%、少
なくとも約15%、少なくとも約20%、少なくとも約25%、少なくとも約30%、少
なくとも約35%、少なくとも約40%、少なくとも約45%、あるいは少なくとも約5
0%の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである
。実施形態では、保持されたイントロンはすなわち、約5%~約100%、約5%~約9
5%、約5%~約90%、約5%~約85%、約5%~約80%、約5%~約75%、約
5%~約70%、約5%~約65%、約5%~約60%、約5%~約65%、約5%~約
60%、約5%~約55%、約5%~約50%、約5%~約45%、約5%~約40%、
約5%~約35%、約5%~約30%、約5%~約25%、約5%~約20%、約5%~
約15%、約10%~約100%、約10%~約95%、約10%~約90%、約10%
~約85%、約10%~約80%、約10%~約75%、約10%~約70%、約10%
~約65%、約10%~約60%、約10%~約65%、約10%~約60%、約10%
~約55%、約10%~約50%、約10%~約45%、約10%~約40%、約10%
~約35%、約10%~約30%、約10%~約25%、約10%~約20%、約15%
~約100%、約15%~約95%、約15%~約90%、約15%~約85%、約15
%~約80%、約15%~約75%、約15%~約70%、約15%~約65%、約15
%~約60%、約15%~約65%、約15%~約60%、約15%~約55%、約15
%~約50%、約15%~約45%、約15%~約40%、約15%~約35%、約15
%~約30%、約15%~約25%、約20%~約100%、約20%~約95%、約2
0%~約90%、約20%~約85%、約20%~約80%、約20%~約75%、約2
0%~約70%、約20%~約65%、約20%~約60%、約20%~約65%、約2
0%~約60%、約20%~約55%、約20%~約50%、約20%~約45%、約2
0%~約40%、約20%~約35%、約20%~約30%、約25%~約100%、約
25%~約95%、約25%~約90%、約25%~約85%、約25%~約80%、約
25%~約75%、約25%~約70%、約25%~約65%、約25%~約60%、約
25%~約65%、約25%~約60%、約25%~約55%、約25%~約50%、約
25%~約45%、約25%~約40%、あるいは約25%~約35%の保定の保持率に
基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである。
本明細書において使用されるように、用語「含む(comprise)」、あるいは「
含む(comprises)」または「含む(comprising)」等の変化形は、
列挙された特徴(例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、定義された核酸塩基配列)を
含むが、他のいかなる特徴をも除外しないことを示すと解されるべきである。したがって
、本明細書において使用されるように、用語「含む(comprising)」は包含的
で、追加の列挙されていない特徴(例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、追加の列挙
されていない核酸塩基の存在)を除外しない。
本明細書において提供される組成物および方法のいずれかの実施形態において、「含む
(comprising)」は「から本質的に成る(consisting essen
tially)」または「から成る(consisting of)」と置換可能である
。「から本質的に成る(consisting essentially)」という句は
、特定された特徴(例えば核酸塩基配列)と共に、請求される本発明の性質または機能に
実質的に影響しない特徴も必要とするために本明細書で使用される。本明細書で使用され
る用語「成る(consisting)」は、列挙された特徴(例えば核酸塩基配列)単
独の存在を示すために使用される(その結果、特定された核酸塩基配列から成るアンチセ
ンスオリゴマーの場合には、追加の列挙されていない核酸塩基の存在は除外される)。
実施形態では、標的領域は、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体
に2番目に豊富なイントロンである保持されたイントロンにある。例えば、2番目に豊富
な保持されたイントロンは、最も豊富な保持されたイントロンよりもむしろ標的とされ得
る。その要因は、2番目に豊富な保持されたイントロンのヌクレオチド配列の独自性、特
定のヌクレオチド配列を標的とするASO設計の容易さ、および/またはASOによりイ
ントロンを標的とすることから生じるタンパク質産生量の増加である。実施形態では、保
持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたRI
C mRNA前駆体集団において2番目に豊富なイントロンであり、そのRIC mRN
A前駆体集団は、2つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標的タンパク
質をコードするRIC mRNA前駆体集団における2番目に豊富なイントロンを標的と
するアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とされた、または結合す
る保持されたイントロンを含む集団において、2つ以上の保持されたイントロンのスプラ
イシングアウトを誘発する。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする
完全にスプライシングされた(成熟)RNAが産生される。実施形態では、ツベリンタン
パク質をコードするRIC mRNA前駆体に2番目に多く保持されたイントロンは、イ
ントロン4、25、26、31、32、25および26、または31および32である。
いくつかの実施形態では、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体に2
番目に豊富に保持されたイントロンは、イントロン31である。
実施形態では、ASOは、RIC mRNA前駆体の保持されていないイントロン内に
ある標的領域に相補的である。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部分は:保
持されていないイントロンの5’スプライス部位に対する+6から+100の領域;また
は保持されていないイントロンの3’スプライス部位に対する-16から-100の領域
内にある。実施形態では、RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されていないイン
トロンの5’スプライス部位に対する+100から、保持されていないイントロンの3’
スプライス部位に対する-100の領域内にある。領域または配列の場所を特定するため
に使用されるように、「内(within)」は、列挙される位置で残基を含むように理
解される。例えば、+6から+100の領域は、+6および+100の位置に残基を含む
。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする完全にスプライシングされ
た(成熟)RNAが産生される。
実施形態では、RIC mRNA前駆体の保持されたイントロンは、非効率的にスプラ
イシングされたイントロンである。本明細書で使用されるように、「非効率的にスプライ
シングされた」は、RIC mRNA前駆体における別のスプライス部位でのスプライシ
ングの頻度と比較して、保持されたイントロンに隣接するスプライス部位(5’スプライ
ス部位または3’スプライス部位)でのスプライシングの頻度が比較的低いことを指し得
る。用語「非効率的にスプライシングされた」はまた、スプライス部位でのスプライシン
グの相対速度または動態(kinetics)を指し得る。この「非効率的にスプライシ
ングされた」イントロンは、RIC mRNA前駆体における別のイントロンと比較して
、より遅い速度でスプライシングあるいは除去され得る。
実施形態では、5’スプライス部位に隣接するエクソンの-3eから-1e、および保
持されたイントロンの+1から+6の9-ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列と同
一である。実施形態では、保持されたイントロンの-15から-1および3’スプライス
部位に隣接するエクソンの+1eの16ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列と同一
である。本明細書に使用されるように、「野生型配列」は、生体および科学の情報のNC
BIリポジトリに寄託された公開された参照ゲノムにおけるTSC2遺伝子に対するヌク
レオチド配列を指す。本明細書に使用されるように、「野生型配列」は、NCBI Ge
ne ID7249で見つけられるTSC2遺伝子に対する標準配列を指す。さらに本明
細書で使用されるように、「e」で示されたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエクソ
ン(例えば、5’スプライス部位に隣接するエクソン、または3’スプライス部位に隣接
するエクソン)の配列中に存在することを示す。
該方法では、細胞を、ツベリンタンパク質をコードするmRNA前駆体の一部に相補的
であるASOと接触させ、結果としてTSC2の発現が増加する。本明細書で使用される
ように、細胞に「接触させる」または投与することは、ASOと細胞が相互作用するよう
に、ASOを細胞に即座に近接させる方法を指す。ASOと接触させられる細胞は、AS
Oを細胞へと取り込む又は輸送する。該方法は、疾病または疾患に関係する又は疾病また
は疾患に関連する細胞を、本明細書に記載されるASOのいずれかと接触させる工程を含
む。いくつかの実施形態では、ASOは、ASOを細胞型に対して標的とする、ASOと
疾病または疾患に関係する又は疾病または疾患に関連する細胞との間の接触を増強する、
またはASOの取り込みを増強するために、さらに修飾され得るかまたは別の分子に結合
され得る(例えば、共有結合される)。
本明細書で使用されるように、用語「タンパク質産生を増加させる」または「標的タン
パク質の発現を増加させる」は、細胞中のmRNAから翻訳されるタンパク質の量を増加
させることを意味する。「標的タンパク質」は、発現/産生の増加が望まれるタンパク質
で有り得る。
実施形態では、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部位に相補的であ
るASOに、TSC2 RIC mRNA前駆体を発現する細胞を接触させることにより
、mRNA前駆体によってコードされたツベリンタンパク質(例えば標的タンパク質)の
量の測定可能な増加をもたらす。タンパク質の産生を測定または検出する方法は、当業者
に明白となり、あらゆる既知の方法、例えば、ウエスタンブロッティング、フローサイト
メトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびELISAを含む。
実施形態では、TSC2 RIC mRNAの転写産物の標的部位に相補的であるASO
に、細胞を接触させることにより、ASOの欠如/処置の欠如下における細胞によって産
生されたタンパク質の量と比較して、少なくとも10、20、30、40、50、60、
80、100、150、200、250、300、350、400、450、500、ま
たは1000%の産生されたツベリンタンパク質の量の増加をもたらす。実施形態では、
アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞によって産生されたツベリンタンパク質の
総量は、対照の化合物により生産された標的タンパク質の量と比較して、約1.1倍から
約10倍、約1.5倍から約10倍、約2倍から約10倍、約3倍から約10倍、約4倍
から約10倍、約1.1倍から約5倍、約1.1倍から約6倍、約1.1倍から約7倍、
約1.1倍から約8倍、約1.1倍から約9倍、約2倍から約5倍、約2倍から約6倍
、約2倍から約7倍、約2倍から約8倍、約2倍から約9倍、約3倍から約6倍、約3倍
から約7倍、約3倍から約8倍、約3倍から約9倍、約4倍から約7倍、 約4倍から約
8倍、約4倍から約9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約
2倍、少なくとも約2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも4
倍、 少なくとも約5倍、または少なくとも約10倍増加される。対照化合物は、例えば
、RIC mRNA前駆体の標的部位に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
いくつかの実施形態では、細胞を、TSC2 RIC mRNA前駆体の標的部位に相補
的であるASOと接触させることで、標的タンパク質をコードする成熟mRNAを含むT
SC2をコードするmRNA量の増加がもたらされる。いくつかの実施形態では、ツベリ
ンタンパク質をコードするmRNA、またはツベリンタンパク質をコードする成熟mRN
Aの量は、ASOの欠如/処置の欠如下における細胞によって産生されたタンパク質の量
と比較して、少なくとも10、20、30、40、50、60、80、100、150、
200、250、300、350、400、450、500、または1000%増加する
。実施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞内で産生される、ツベリ
ンタンパク質をコードするmRNA、またはツベリンタンパク質をコードする成熟mRN
Aの総量は、未処理の細胞、例えば未処理の細胞または対照の化合物により処理された細
胞内で産生された成熟RNAの量と比較して、約1.1倍から約10倍、約1.5倍から
約10倍、約2倍から約10倍、約3倍から約10倍、約4倍から約10倍、約1.1倍
から約5倍、約1.1倍から約6倍、約1.1倍から約7倍、 約1.1倍から約8倍、
約1.1倍から約9倍、約2倍から約5倍、約2倍から約6倍、約2倍から約7倍、約2
倍から約8倍、約2倍から約9倍、約3倍から約6倍、約3倍から約7倍、約3倍から約
8倍、約3倍から約9倍、約4倍から約7倍、 約4倍から約8倍、約4倍から約9倍、
少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.5
倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも4倍、少なくとも約5倍、ま
たは少なくとも約10倍増加する。対照化合物は、例えば、TSC2 RIC mRNA前
駆体の標的部位に相補的でないオリゴヌクレオチドでもよい。
<RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシング>
本明細書で提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、
ツベリンタンパク質の量または活性の不足がもたらす結節性硬化症を有する被験体におい
て、ツベリンタンパク質をコードするmRNA、またはツベリンタンパク質をコードする
成熟mRNAのレベルを増加させることによって、細胞内のツベリンタンパク質の発現を
増加させるのに有用である。特に、本明細書に記載されるような方法および組成物は、ツ
ベリンタンパク質をコードするTSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物からの保持さ
れたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、それによって、ツベリンタンパク質を
コードするmRNA、またはツベリンタンパク質をコードする成熟mRNAのレベルが増
加し、ツベリンタンパク質の発現が増加する。
RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、保持
されたイントロンをRIC mRNA前駆体から正しく除去する。この保持されたイント
ロンは、野生型スプライス配列を有する。構成的スプライシングは、本明細書で使用され
るように、遺伝子または対立遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシン
グまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有する遺伝子または対立遺伝子から
転写された、RIC mRNA前駆体からの保持されたイントロンのスプライシングを包
含しない。例えば、本明細書で提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを
使用して誘発された、保持されたイントロンの構成的スプライシングは、mRNA前駆体
における異常スプライシングを修正しない、あるいはmRNA前駆体の選択的スプライシ
ングに影響せず、結果的に標的タンパク質または機能的RNAの発現が増加する。
実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをTSC2 RIC m
RNA前駆体から正しく除去する。このTSC2 RIC mRNA前駆体は、野生型の遺
伝子または対立遺伝子、あるいは多形性の遺伝子または対立遺伝子から転写され、完全に
機能的な標的タンパク質または機能的RNAをコードする。前記遺伝子または対立遺伝子
は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こ
す突然変異を有さない。
いくつかの実施形態では、TSC2タンパク質をコードするTSC2 RIC mRNA
前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ツベリンタンパク質をコ
ードするTSC2 RIC mRNA前駆体から、保持されたイントロンを正しく除去する
。前記TSC2 RIC mRNA前駆体は、野生型対立遺伝子からの産生と比較して減少
したレベルで標的遺伝子あるいは機能的RNAを産生する遺伝子または対立遺伝子から転
写される。そして、前記遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプ
ライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形
態では、構成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正しい除去は、同等の野
生型タンパク質または機能的RNAと比較した場合に機能的である、標的タンパク質また
は機能的RNAの産生をもたらす。
他の実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをTSC2 RI
C mRNA前駆体から正しく除去する。このTSC2 RIC mRNA前駆体は、同等
の野生型タンパク質または機能的RNAと比較して、機能の低下した形態で産生された標
的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子または対立遺伝子から転写される。
そして、前記遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシング
または異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形態では、構
成的にスプライシングされた保持されたイントロンの正しい除去は、部分的に機能的な標
的タンパク質、または同等の野生型タンパク質または機能的RNAと比較した場合に、部
分的に機能的である機能的RNAの産生をもたらす。
構成的スプライシングによる保持されたイントロンの「正しい除去」は、エクソンのい
かなる部分も除去することなく、全イントロンを除去することを指す。
実施形態では、本明細書に記載されるような、あるいは本明細書に記載される方法に使
用されるアンチセンスオリゴマーは、TSC2遺伝子から転写されたmRNA前駆体の選
択的スプライシングまたは異常スプライシングを調節することによって、ツベリンタンパ
ク質をコードするmRNAの量、またはツベリンタンパク質量を増加させない。選択的ス
プライシングまたは異常スプライシングの調節は、RNA種の配列および長さを解析する
任意の既知の方法を使用して、例えば、RT-PCRによって、および本明細書および文
献中で別記される方法を使用して測定することができる。実施形態では、選択的スプライ
シングまたは異常スプライシングの調節は、少なくとも10%または1.1倍でスプライ
シングされた、対象となる種の量の増加または減少に基づいて判定される。実施形態では
、調節は、本発明の方法においてツベリンタンパク質をコードするmRNAの増加の判定
に関連して本明細書に記載されるように、少なくとも10%から100%または1.1倍
から10倍のレベルでの増加または減少に基づいて判定される。
実施形態では、該方法は、TSC2 RIC mRNA前駆体が、野生型TSC2 mR
NA前駆体の部分的スプライシングによって産生された方法である。実施形態では、該方
法は、TSC2 RIC mRNA前駆体が、全長の野生型TSC2 mRNA前駆体の部
分的スプライシングによって産生された方法である。実施形態では、TSC2 RIC m
RNA前駆体は、全長のTSC2 mRNA前駆体の部分的スプライシングによって産生
された。これらの実施形態では、全長のTSC2 mRNA前駆体は、野生型スプライス
部位配列を有する保持されたイントロンのスプライシングと比較して、保持されたイント
ロンの正しいスプライシングを損なわない保持されたイントロンのスプライス部位に多型
性を有し得る。
実施形態では、ツベリンタンパク質をコードするmRNAは、全長の成熟mRNAまた
は野生型成熟mRNAである。これらの実施形態では、全長の成熟mRNAは、野生型成
熟mRNAによってコードされたツベリンタンパク質の活性と比較して、成熟mRNAに
よってコードされた標的タンパク質または機能的RNAの活性に影響しない多型性を有し
得る。
<アンチセンスオリゴマー>
本開示の一態様は、TSC2 RIC mRNA前駆体の標的とされた部分に結合するこ
とによってスプライシングを増強するアンチセンスオリゴマーを含む組成物である。本明
細書で使用されるように、用語「ASO」および「アンチセンスオリゴマー」は、交換可
能に使用され、ワトソン・クリック塩基対またはゆらぎ塩基対(G-U)によって標的核
酸(例えば、TSC2 RIC mRNA前駆体)配列にハイブリダイズする、核酸塩基を
含む、ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ASOは、標的配列に相補的な又はほ
ぼ相補的(例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でスプライシングを増強させるの
に十分な相補性)である正確な配列を有し得る。ASOは、標的核酸(例えば、mRNA
前駆体の転写産物の標的とされた部分)に結合し(ハイブリダイズし)、生理学的条件下
でハイブリダイズされたままであるように設計されている。典型的に、ASOは、意図し
た(標的とされた)核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限ら
れた数の配列に(標的核酸以外の少数の部位に)ハイブリダイズする。ASOの設計は、
mRNA前駆体の転写産物の標的とされた部分の核酸配列、或いはゲノムまたは細胞のm
RNA前駆体またはトランスクリプトームにおける他の場所での十分に類似した核酸配列
の発生を考慮に入れることができ、その結果、ASOが他の部位に結合し「オフターゲッ
ト」効果を引き起こす可能性は限定される。例えば、発明の名称「Reducing N
onsense-Mediated mRNA Decay」のWO2015/03509
1として公開されたPCT国際出願番号PCT/US2014/054151におけるも
のなどの、当業者に既知のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施
するために使用され得る。
いくつかの実施形態では、ASOは、標的核酸またはRIC mRNA前駆体の標的と
された部分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的である」。典型的に、その
ようなハイブリダイゼーションは、37℃より実質的に高い融解温度(Tm)で、好まし
くは少なくとも50℃で、および典型的に60℃からおよそ90℃の間で生じる。そのよ
うなハイブリダイゼーションは、好ましくは、厳しいハイブリダイゼーション条件に対応
している。与えられたイオン強度およびpHで、Tmは、標的配列の50%が相補的オリ
ゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、ハイブリダイゼーションが2つの一本鎖ポリ
ヌクレオチド間の逆平行構成で生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌク
レオチドは、ハイブリダイゼーションが第1のポリヌクレオチドの鎖の1つと第2のポリ
ヌクレオチドの鎖の1つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であ
り得る。相補性(1つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度)
は、一般に容認された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予期される対向
する鎖における塩基の割合(例えばパーセンテージ)の点から数量化できる。アンチセン
スオリゴマー(ASO)の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に100%相
補的である必要はない。特定の実施形態では、ASOは、標的とされる標的核酸配列内の
標的部位に対する、少なくとも70%、少なくとも75%、少なくとも80%、少なくと
も85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%
、少なくとも98%、または少なくとも99%の配列相補性を含むことができる。例えば
、オリゴマー化合物の20の核酸塩基のうちの18が標的部位に相補的であり、それ故、
特異的にハイブリダイズするASOは90パーセントの相補性を表わす。この例において
、残りの相補的でない核酸塩基は、ともにクラスター化され得るか、または相補的な核酸
塩基と分散され(interspersed)、互いに又は相補的な核酸塩基に隣接して
いる必要はない。ASOの標的核酸の領域とのパーセント相補性は、BLASTプログラ
ム(基礎的なローカルアライメント検索ツール)および当該技術分野で既知のPower
BLASTプログラム(Altschul et al., J. Mol. Biol.,
1990, 215, 403-410; Zhang and Madden, Genom
e Res., 1997, 7, 649-656)を慣例的に使用して判定され得る。
ASOは、標的配列におけるすべての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、それ
がハイブリダイズする核酸塩基は、隣接しているか又は隣接していないかもしれない。A
SOは、mRNA前駆体の転写産物の1つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズし
得、その結果、介在する又は隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象に関係
しない(例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る)。特定の実施形態では
、ASOは、標的mRNA前駆体の転写産物において隣接していない核酸塩基にハイブリ
ダイズする。例えば、ASOは、ASOがハイブリダイズしない1つ以上の核酸塩基によ
って分離される、mRNA前駆体の転写産物における核酸塩基にハイブリダイズすること
ができる。
本明細書に記載されるASOは、RIC mRNA前駆体の標的部分に存在する核酸塩
基に相補的である核酸塩基を含む。用語「ASO」は、オリゴヌクレオチド、および標的
mRNA上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペ
プチド核酸(PNA)などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ASO
は、自然発生のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾されたヌクレオチド、または
それらの2つ又は3つの任意の組み合わせを含み得る。用語「自然発生のヌクレオチド」
は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「修飾されたヌクレ
オチド」は、修飾された又は置換された糖類及び/又は修飾された骨格を有するヌクレオ
チドを含む。いくつかの実施形態では、ASOのヌクレオチドのすべてが、修飾されたヌ
クレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性のあるASOの化学
修飾およびASOの成分は、当業者に明白であり、例えば、米国特許第8,258,10
9号 B2、米国特許第5,656,612号、米国特許公開番号2012/01907
28、およびDias and Stein,Mol. Cancer Ther.2002
,347-355で見られ得、それら全体が引用によって本明細書に組み込まれる。
ASOの核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミンおよびウラシルなどの自
然発生の未修飾の核酸塩基、または標的mRNA前駆体上に存在する核酸塩基との水素結
合が可能であるように未修飾の核酸塩基に十分に類似している合成または修飾された核酸
塩基であり得る。修飾された核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、
キサンチン、7-メチルグアニン、5,6-ジヒドロウラシル、5-メチルシトシン、お
よび5-ヒドロキシメチルシトシンが挙げられる。
本明細書に記載されるASOはまた、オリゴマーの成分に結合する骨格構造を含む。用
語「骨格構造」および「オリゴマー結合」は、交換可能に使用され、ASOの単量体間の
結合を指し得る。自然発生のオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部を結合
する3’-5’ホスホジエステル結合を含む。本明細書に記載されるASOの骨格構造ま
たはオリゴマー結合は、(限定されないが)ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート
、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホ
ラニラデート(phosphoraniladate)、ホスホラミデート(phosp
horamidate)などを含む。例えば、LaPlanche et al.,Nuc
leic Acids Res.14:9081(1986); Stec et al.,
J.Am.Chem.Soc.106:6077(1984),Stein et al.
,Nucleic Acids Res.16:3209(1988),Zon et al
., Anti Cancer Drug Design 6:539 1991;Zon e
t al.,Oligonucleotides and Analogues: A Pr
actical Approach, pp.87-108(F.Eckstein,Ed
.,Oxford University Press,Oxford England(
1991));Stec et al.,米国特許第5,151,510号;Uhlman
n and Peyman,Chemical Reviews 90:543(1990)
を参照。いくつかの実施形態では、ASOの骨格構造は、亜リン酸を含有していないが、
例えば、ペプチド核酸(PNA)、またはカルバミン酸塩、アミド、および直鎖および環
式の炭化水素基を含む連結基において、ペプチド結合を含有している。いくつかの実施形
態では、骨格修飾は、ホスホロチオエート結合である。いくつかの実施形態では、骨格修
飾は、ホスホラミデート結合である。
実施形態では、ASO骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は、ランダ
ムである。実施形態では、ASO骨格のリンヌクレオチド間の結合の各々での立体化学は
、制御され、ランダムではない。例えば、引用によって本明細書に組み込まれた米国特許
出願公報第2014/0194610号、「Methods for the Synth
esis of Functionalized Nucleic Acids」は、核酸オ
リゴマーにおいて各リン原子でキラリティーの掌性(handedness)を独立して
選択する方法について記載している。実施形態では、限定されないが、本明細書で表1に
明記されるASOのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるASOは、ランダムでな
いリンヌクレオチド間の結合を有するASOを含む。実施形態では、本発明の方法に使用
される組成物は、純粋なジアステレオマーASOを含む。実施形態では、本発明の方法に
使用される組成物は、少なくとも約90%、少なくとも約91%、少なくとも約92%、
少なくとも約93%、少なくとも約94%、少なくとも約95%、少なくとも約96%、
少なくとも約97%、少なくとも約98%、少なくとも約99%、約100%、約90%
から約100%、約91%から約100%、約92%から約100%、約93%から約1
00%、約94%から約100%、約95%から約100%、約96%から約100%、
約97%から約100%、約98%から約100%、または約99%から約100%のジ
アステレオマー純度を有するASOを含む。
実施形態では、ASOは、そのリンヌクレオチド間の結合でRpおよびSpの構成のラ
ンダムでない混合物を有している。例えば、良好な活性とヌクレアーゼの安定性のバラン
スを達成するために、RpとSpの混合がアンチセンスオリゴヌクレオチドに求められる
ことが示唆されてきた(Wan, et al.,2014「Synthesis,bio
physical properties and biological activit
y of second generation antisense oligonucl
eotides containing chiral phosphorothioat
e linkages」Nucleic Acids Research 42(22):1
3456-13468、これは引用によって本明細書に組み込まれる)。実施形態では、
限定されないが、本明細書で表1に明記されるASOのいずれかを含む、本発明の方法に
使用されるASOは、約5~100%のRp、少なくとも約5%のRp、少なくとも約1
0%のRp、少なくとも約15%のRp、少なくとも約20%のRp、少なくとも約25
%のRp、少なくとも約30%のRp、少なくとも約35%のRp、少なくとも約40%
のRp、少なくとも約45%のRp、少なくとも約50%のRp、少なくとも約55%の
Rp、少なくとも約60%のRp、少なくとも約65%のRp、少なくとも約70%のR
p、少なくとも約75%のRp、少なくとも約80%のRp、少なくとも約85%のRp
、少なくとも約90%のRp、または少なくとも約95%のRpと、残りのsp、或いは
、約100%のRpを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書で表1に明記され
るASOのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるASOは、約10%から約100
%のRp、約15%から約100%のRp、約20%から約100%のRp、約25%か
ら約100%のRp、約30%から約100%のRp、約35%から約100%のRp、
約40%から約100%のRp、約45%から約100%のRp、約50%から約100
%のRp、約55%から約100%のRp、約60%から約100%のRp、約65%か
ら約100%のRp、約70%から約100%のRp、約75%から約100%のRp、
約80%から約100%のRp、約85%から約100%のRp、約90%約100%の
Rp、または約95%から約100%のRp、約20%から約80%のRp、約25%か
ら約75%のRp、約30%から約70%のRp、約40%から約60%のRp、または
約45%から約55%のRpと、残りのSpを含む。
実施形態では、限定されないが、本明細書で表1に明記されるASOのいずれかを含む
、本発明の方法に使用されるASOは、約5~100%のSp、少なくとも約5%のSp
、少なくとも約10%のSp、少なくとも約15%のSp、少なくとも約20%のSp、
少なくとも約25%のSp、少なくとも約30%のSp、少なくとも約35%のSp、少
なくとも約40%のSp、少なくとも約45%のSp、少なくとも約50%のSp、少な
くとも約55%のSp、少なくとも約60%のSp、少なくとも約65%のSp、少なく
とも約70%のSp、少なくとも約75%のSp、少なくとも約80%のSp、少なくと
も約85%のSp、少なくとも約90%のSp、または少なくとも約95%のSpと、残
りのRp、あるいは約100%のSpを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書
で表1に明記されるASOのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるASOは、約1
0%から約100%のSp、約15%から約100%のSp、約20%から約100%の
Sp、約25%から約100%のSp、約30%から約100%のSp、約35%から約
100%のSp、約40%から約100%のSp、約45%から約100%のSp、約5
0%から約100%のSp、約55%から約100%のSp、約60%から約100%の
Sp、約65%から約100%のSp、約70%から約100%のSp、約75%から約
100%のSp、約80%から約100%のSp、約85%から約100%のSp、約9
0%から約100%のSp、または約95%から約100%のSp、約20%から約80
%のSp、約25%から約75%のSp、約30%から約70%のSp、約40%から約
60%のSp、または約45%から約55%のSpと、残りのRpを含む。
本明細書に記載されるASOのいずれかは、自然発生のヌクレオチド中に存在するよう
な、リボースまたはデオキシリボースを含む糖部、あるいはモルホリン環を含む、修飾さ
れた糖部または糖アナログを含有し得る。修飾された糖部の限定しない例は、2’-O-
メチル(2’-O-Me)、2’-O-メトキシエチル(2’MOE)、2’-O-アミ
ノエチル、2’F;N3’->P5’ホスホラミデート、2’ジメチルアミノオキシエト
キシ、2’ジメチルアミノエトキシエトキシ、2’-グアニジニウム(guanidin
idium)、2’-O-グアニジニウムエチル、カルバミン酸塩修飾した糖、および二
環式修飾した糖などの、2’置換基が挙げられる。いくつかの実施形態では、糖部修飾は
、2’-O-Me、2’F、および2’MOEから選択される。いくつかの実施形態では
、糖部修飾は、ロックド核酸(LNA)におけるような追加の架橋結合である。いくつか
の実施形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ(PMO)などのモル
ホリン環を含有している。いくつかの実施形態では、糖部は、リボフラノシルまたは2’
デオキシリボフラノシルの修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部は、2’4’-抑
制(constrained)2’O-メチルオキシエチル(cMOE)修飾を含む。い
くつかの実施形態では、糖部は、cEt 2’4’-抑制2’-OエチルBNA修飾を含
む。いくつかの実施形態では、糖部は、トリシクロDNA(tcDNA)修飾を含む。い
くつかの実施形態では、糖部は、エチレン核酸(ENA)修飾を含む。いくつかの実施形
態では、糖部は、MCE修飾を含む。修飾は当該技術分野で既知であり、文献、例えば、
Jarver,et al.,2014,「A Chemical View of Oli
gonucleotides for Exon Skipping and Relate
d Drug Applications」Nucleic Acid Therapeut
ics 24(1):37-47に記載され、これは、この目的のための引用によって本
明細書に組み込まれる。
いくつかの例では、ASOの各単量体は同じ方法で修飾され、例えば、ASOの骨格の
各結合はホスホロチオエート結合を含み、または各リボース糖部は2’O-メチル修飾を
含む。ASOの単量体成分の各々の上に存在する、そのような修飾は、「均一な修飾」と
呼ばれる。いくつかの例では、異なる修飾の組み合わせが望まれ得、例えば、ASOは、
ホスホロジアミデート結合とモルホリン環を含む糖部(モルホリノ)との組み合わせを含
み得る。ASOへの異なる修飾の組み合わせは、「混合修飾」または「混合化学作用」と
呼ばれる。
いくつかの実施形態では、ASOは、1つ以上の骨格修飾を含む。いくつかの実施形態
では、ASOは、1つ以上の糖部修飾を含む。いくつかの実施形態では、ASOは、1つ
以上の骨格修飾および1つ以上の糖部修飾を含む。いくつかの実施形態では、ASOは、
2’MOE修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。いくつかの実施形態では、ASO
は、ホスホロジアミデートモルホリノ(PMO)を含む。いくつかの実施形態では、AS
Oは、ペプチド核酸(PNA)を含む。本明細書に記載されるASOのいずれか又はAS
Oの成分(例えば、核酸塩基、糖部、骨格)は、ASOの望ましい特性または活性を達成
するために或いはASOの望ましくない特性または活性を減少させるために修飾されても
よい。例えば、ASOまたはASOの1つ以上の成分は、mRNA前駆体の転写産物上の
標的配列への結合親和性を増強する;非標的配列への結合を減少させる;細胞のヌクレア
ーゼ(つまり、RNase H)による分解を減少させる;細胞及び/又は細胞の核への
ASOの取り込みを改善する;ASOの薬物動態(pharmacokinetics)
または薬力(pharmacodynamics)を変更する;およびASOの半減期を
調節するために修飾され得る。
いくつかの実施形態では、ASOは、2’-O-(2-メトキシエチル)(MOE)ホ
スホロチオエート修飾されたヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構成
されたASOは、特に、本明細書で開示される方法によく適しており、そのような修飾を
有しているオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された耐性および増加し
たバイオアベイラビリティを有すると示されており、これによって、例えば、本明細書に
記載されるいくつかの実施形態における経口送達に適するようになる。例えば、Gear
y et al.,J Pharmacol Exp Ther.2001;296(3):
890-7;Geary et al.,J Pharmacol Exp Ther.20
01;296(3):898-904を参照。
ASOを合成する方法は当業者に既知である。代替的に又は加えて、ASOは商用源か
ら得てもよい。
他に明記されない限り、一本鎖核酸(例えば、mRNA前駆体の転写産物、オリゴヌク
レオチド、ASOなど)配列の左端は、5’末端であり、一本鎖または二本鎖の核酸配列
の左方向は5’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列(一本鎖または二本鎖)の右端または
右方向は、3’末端または3’方向である。一般に、核酸中の基準点に対する5’にある
領域または配列は「上流」として言及され、核酸中の基準点に対する3’にある領域また
は配列は「下流」として言及される。一般に、mRNAの5’方向または5’末端は、開
始コドン(initiation or start codon)が位置する場所であり
、一方で、3’末端または3’方向は、終止コドンが位置する場所である。いくつかの態
様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定され、基準点
の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定され得る。例えば、基準点(例えば、
mRNA中のエクソン-エクソン連結)は「ゼロ」部位として指定され得、基準点に直接
隣接し且つその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス1」、例えば「-1」と指定され
、一方で、基準点に直接隣接し且つその下流にあるヌクレオチドは、「プラス1」、例え
ば「+1」と指定される。
他の実施形態では、ASOは、TSC2 RIC mRNA前駆体において保持されたイ
ントロンの5’スプライス部位の下流(3’の方向)であるTSC2 RIC mRNA前
駆体の標的部分(例えば5’スプライス部位に対して、正の数で示された方向)に対して
相補的である(及び、標的部分に結合する)(図1)。いくつかの実施形態では、ASO
は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する+6から+500、+6から+
400、+6から+300、+6から+200、または+6から+100の領域内にある
TSC2 RIC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。いくつかの実施形態では、
ASOは、5’スプライス部位に対して、+1から+5までのヌクレオチド(5’スプラ
イス部位の下流に位置付けられた最初の5つのヌクレオチド)に対して相補的ではない。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対す
る+6から+50のヌクレオチドの領域内にあるTSC2 RIC mRNA前駆体の標的
部分に相補的であり得る。いくつかの態様では、ASOは、保持されたイントロンの5’
スプライス部位に対する+6から+90、+6から+80、+6から+70、+6から+
60、+6から+50、+6から+40、+6から+30、または+6から+20の領域
内にある標的部分に相補的である。
いくつかの実施形態では、ASOは、TSC2 RIC mRNA前駆体において保持さ
れたイントロンの3’スプライス部位の上流にある(5’の方向)TSC2 RIC mR
NA前駆体の標的領域(例えば、負の数で指定された方向)に対して相補的である(図1
)。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの3’スプライス部位に
対する-16から-500、-16から-400、-16から-300、-16から-2
00、-16から-100の領域内にあるTSC2 RIC mRNA前駆体の標的部分に
相補的である。いくつかの実施形態では、ASOは、3’スプライス部位に対して、-1
から-15までのヌクレオチド(3’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の15
のヌクレオチド)には相補的ではない。いくつかの実施形態では、ASOは、保持された
イントロンの3’スプライス部位に対する-16から-50の領域内にあるTSC2 R
IC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。いくつかの態様では、ASOは、保持
されたイントロンの3’スプライス部位に対する-16から-90、-16から-80、
-16から-70、-16から-60、-16から-50、-16から-40、または-
16から-30の領域内にある、標的部分に相補的である。
実施形態において、TSC2 RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイント
ロンの5’スプライス部位に対する+100から、保持されたイントロンの3’スプライ
ス部位に対する-100までの領域内に存在する。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣
接しているエクソン内(上流)にあるTSC2 RIC mRNA前駆体の標的部分に相補
的である(図1)。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの5’ス
プライス部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4eの領域内にあるTSC2
RIC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。いくつかの実施形態では、ASOは
、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対する-1eから-3eのヌクレオチド
に相補的ではない。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの5’ス
プライス部位に対する-4eから-100e、-4eから-90e、-4eから-80e
、-4eから-70e、-4eから-60e、-4eから-50e、-4eから-40e
、-4eから-30e、または-4eから-20eの領域内にある、TSC2 RIC m
RNA前駆体の標的部分に相補的である。
いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣
接しているエクソン内(下流)にあるTSC2 RIC mRNA前駆体の標的部分に相補
的である(図1)。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの3’ス
プライス部位に隣接しているエクソンにおける+2eから-4eの領域内にあるTSC2
RIC mRNA前駆体の標的部分に相補的である。いくつかの実施形態では、ASOは
、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対するヌクレオチド+1eに相補的では
ない。いくつかの実施形態では、ASOは、保持されたイントロンの3’スプライス部位
に対する+2eから+100e、+2eから+90e、+2eから+80e、+2eから
+70e、+2eから+60e、+2eから+50e、+2eから+40e、+2eから
+30e、または+2eから+20eの領域内にある、TSC2 RIC mRNA前駆体
の標的部分に相補的である。ASOは、スプライシングの特異的結合および効果的な増強
作用に適する任意の長さでもよい。いくつかの実施形態では、ASOは8から50の核酸
塩基から成る。例えば、ASOは、長さが8、9、10、11、12、13、14、15
、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、
29、30、31、32、33、34、35、45または50の核酸塩基であってもよい
。いくつかの実施形態では、ASOは50よりも多い核酸塩基から成る。いくつかの実施
形態において、ASOは、8から50の核酸塩基、8から40の核酸塩基、8から35の
核酸塩基、8から30の核酸塩基、8から25の核酸塩基、8から20の核酸塩基、8か
ら15の核酸塩基、9から50の核酸塩基、9から40の核酸塩基、9から35の核酸塩
基、9から30の核酸塩基、9から25の核酸塩基、9から20の核酸塩基、9から15
の核酸塩基、10から50の核酸塩基、10から40の核酸塩基、10から35の核酸塩
基、10から30の核酸塩基、10から25の核酸塩基、10から20の核酸塩基、10
から15の核酸塩基、11から50の核酸塩基、11から40の核酸塩基、11から35
の核酸塩基、11から30の核酸塩基、11から25の核酸塩基、11から20の核酸塩
基、11から15の核酸塩基、12から50の核酸塩基、12から40の核酸塩基、12
から35核酸塩基、12から30核酸塩基、12から25の核酸塩基、12から20の核
酸塩基、12から15の核酸塩基、13から50の核酸塩基、13から40の核酸塩基、
13から35の核酸塩基、13から30の核酸塩基、13から25の核酸塩基、13から
20の核酸塩基、14から50の核酸塩基、14から40の核酸塩基、14から35の核
酸塩基、14から30の核酸塩基、14から25の核酸塩基、14から20の核酸塩基、
15から50の核酸塩基、15から40の核酸塩基、15から35の核酸塩基、15から
30の核酸塩基、15から25の核酸塩基、15から20の核酸塩基、20から50の核
酸塩基、20から40の核酸塩基、20から35の核酸塩基、20から30の核酸塩基、
20から25の核酸塩基、25から50の核酸塩基、25から40の核酸塩基、25から
35の核酸塩基、または25から30の核酸塩基の長さである。いくつかの実施形態では
、ASOは長さが30のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが
29のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが28のヌクレオチ
ドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが27のヌクレオチドである。いくつ
かの実施形態では、ASOは長さが26のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では
、ASOは長さが25のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが
24のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが23のヌクレオチ
ドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが22のヌクレオチドである。いくつ
かの実施形態では、ASOは長さが21のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では
、ASOは長さが20のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが
19のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが18のヌクレオチ
ドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが17のヌクレオチドである。いくつ
かの実施形態では、ASOは長さが16のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では
、ASOは長さが15のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが
14のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが13のヌクレオチ
ドである。いくつかの実施形態では、ASOは長さが12のヌクレオチドである。いくつ
かの実施形態では、ASOは長さが11のヌクレオチドである。いくつかの実施形態では
、ASOは長さが10のヌクレオチドである。
幾つかの実施形態では、異なる化学作用を有するがRIC mRNA前駆体の同じ標的
部分に相補的である2つ以上のASOが使用される。幾つかの実施形態では、RIC m
RNA前駆体の異なる標的部分に対して相補的である2つ以上のASOが使用される。
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、1つ以上の部分または抱
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的とする部分
または他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分は、限定されないが、例えば、
コレステロール部分、コレステリル部分のような脂質部分、脂肪鎖、例えば、ドデカンジ
オールもしくはウンデシルの残留物、ポリアミン鎖もしくはポリエチレングリコール鎖、
あるいはアダマンタン酢酸を含む。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法
は、公開された文献に記載されている。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチド
は、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペ
プチド、炭水化物、例えば、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、N-Ac-
グルコサミン(GulNAc)、またはマンノース(例えば、マンノース-6-リン酸塩
)、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。抱合体は、例えばリンカ
ーを使用して、当技術分野において理解され、文献中に記載されるように、糖、塩基また
はリン酸基上の幾つかの位置のいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むヌクレ
オチドの1つ以上に連結され得る。リンカーは、二価または三価の分枝したリンカーを含
むことができる。実施形態では、抱合体は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの3’末端
に結合される。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第8,4
50,467号「Carbohydrate conjugates as delive
ry agents for oligonucleotides」に記載され、これは引
用によって本明細書に組み込まれる。
幾つかの実施形態では、ASOによって標的とされる核酸は、真核細胞などの細胞にお
いて発現されたTSC2 RIC mRNA前駆体である。幾つかの実施形態では、用語「
細胞」は、細胞の集団を指し得る。幾つかの実施形態では、細胞は被験体内に存在する。
幾つかの実施形態では、細胞は被験体から分離されている。幾つかの実施形態では、細胞
はエクスビボにある。幾つかの実施形態では、細胞は、疾病または疾患関連の細胞または
細胞株である。幾つかの実施形態では、細胞はインビトロに(例えば、細胞培養液中に)
ある。
<医薬組成物>
記載された組成物のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む及び記載された方法のいず
れかにおいて使用するための医薬組成物または製剤は、製薬産業において周知の及び公開
された文献に記載された従来の技術に従って調製され得る。実施形態では、被験体を処置
するための医薬組成物または製剤は、上記されるような有効量のアンチセンスオリゴマー
、あるいはその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、またはエステル、および薬学
的に許容可能な希釈剤を含む。医薬製剤のアンチセンスオリゴマーはさらに、薬学的に許
容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含み得る。
薬学的に許容可能な塩は、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などがない、ヒトおよび
下等動物の組織と接触させる使用に適しており、合理的なベネフィット・リスク比に相応
している(例えば、S. M. Berge,et al.,J.Pharmaceuti
cal Sciences,66:1-19(1977)を参照し、これは、この目的の
ための参照によって本明細書に組み込まれる)。その塩は、化合物の最終的な分離および
精製中に、または別に遊離塩基の官能基を適切な有機酸と反応させることによって、イン
サイチュで調製され得る。薬学的に許容可能で無毒な酸付加塩の例は、塩酸、臭化水素酸
、リン酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸か、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸
、クエン酸、コハク酸もしくはマロン酸などの有機酸か、またはイオン交換などの他の文
書で立証された方法を用いることによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に
許容可能な塩は、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、
ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スル
ホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸
塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩
、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒド
ロキシ-エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸
塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスル
ホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸
塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、
ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、チオシア
ン酸塩、p-トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などを含む。代表的なア
ルカリまたはアルカリ土類金属の塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、
マグネシウムなどを含む。さらに薬学的に許容可能な塩は、適切な場合、ハロゲン化物、
水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルスルホン酸塩、およ
びアリールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成された、無毒なアンモニウム、第
四級アンモニウム、およびアミンのカチオンを含む。
実施形態では、組成物は、限定されないが、錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロ
ップ、ソフトゲル、坐剤、および浣腸剤などの多くの考えられ得る剤形のいずれかへと製
剤される。実施形態では、組成物は、水性媒体、非水性媒体、または混合媒体状の懸濁液
として製剤される。水性懸濁液は、例えば、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ソ
ルビトール、及び/又はデキストランを含む懸濁液の粘度を増加させる特定の物質をさら
に含み得る。その懸濁液はまた、安定化剤も含み得る。実施形態では、本発明の医薬製剤
または組成物は、限定されないが、溶液、エマルジョン、マイクロエマルジョン、発泡体
またはリポソーム含有製剤(例えば、カチオンリポソームまたは非カチオンリポソーム)
を含む。
本発明の医薬組成物または製剤は、必要に応じた及び当業者に周知の又は公開された文
献に記載された、1つ以上の浸透促進剤、担体、賦形剤、または他の活性または不活性の
成分を含み得る。実施形態では、リポソームは、立体的に安定したリポソーム、例えば、
1つ以上の特定の脂質を含むリポソームも含む。これらの特定の脂質によって、結果とし
て、リポソームの循環寿命は高められる。実施形態では、立体的に安定したリポソームは
、1つ以上の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール(PEG)部分などの1つ
以上の親油性ポリマーを用いて誘導体化される。実施形態では、界面活性剤は、医薬製剤
または組成物中に含まれる。薬物製品、製剤およびエマルジョンにおける界面活性剤の使
用は、当技術分野においてよく知られている。実施形態では、本発明は、アンチセンスオ
リゴヌクレオチドの効率的な送達を達成する、例えば、細胞膜にわたる拡散を助ける及び
/又は脂溶性薬物の浸透性を増強するために、浸透促進剤を利用する。実施形態では、浸
透促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁酸塩、キレート剤、または非キレート性の非界面
活性剤である。
実施形態では、医薬製剤は、複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形態
では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、別の薬物または治療剤と組み合わせて投与さ
れる。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において知られて
いる方法によって、血液脳関門を介する主題のアンチセンスオリゴヌクレオチドの浸透を
促進することができる1つ以上の薬剤とともに投与される。例えば、筋組織における運動
ニューロンへのアデノウイルスベクターの投与による薬剤の送達は、米国特許第6,63
2,427号「Adenoviral-vector-mediated gene tr
ansfer into medullary motor neurons」に記載され、
これは引用によって本明細書に組み込まれる。脳、例えば、線条体、視床、海馬、または
黒質への直接のベクターの送達は、例えば、米国特許第6,756,523号「Aden
ovirus vectors for the transfer of foreign
genes into cells of the central nervous sys
tem particularly in brain」に記載され、これは引用によって
本明細書に組み込まれる。
実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい薬学的特性または薬力学
的特性を提供する薬剤と連結または抱合される。実施形態では、アンチセンスオリゴヌク
レオチドは、血液脳関門にわたる浸透または輸送を促進するために、当技術分野において
知られている物質、例えばトランスフェリン受容体に対する抗体に結合される。実施形態
では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス組成物をより効果的に
するために、または血液脳関門にわたる輸送を増加させるために、ウイルスベクターに連
結される。実施形態では、浸透性の血液脳関門の破壊は、糖、例えば、メソ-エリトリト
ール、キシリトール、D(+)ガラクトース、D(+)ラクトース、D(+)キシロース
、ズルシトール、ミオイノシトール、L(-)フルクトース、D(-)マンニトール、D
(+)グルコース、D(+)アラビノース、D(-)アラビノース、セロビオース、D(
+)マルトース、D(+)ラフィノース、L(+)ラムノース、D(+)メリビオース、
D(-)リボース、アドニトール、D(+)アラビトール、L(-)アラビトール、D(
+)フコース、L(-)フコース、D(-)リキソース、L(+)リキソース、およびL
(-)リキソース、あるいはアミノ酸、例えば、グルタミン、リジン、アルギニン、アス
パラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチジン、ロイシ
ン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロシン、バリン
、およびタウリンの注入によって助けられる。血液脳関門の浸透を増強するための方法お
よび物質は、例えば、米国特許第4,866,042号「Method for the
delivery of genetic material across the blo
od brain barrier」、米国特許第6,294,520号「Materia
l for passage through the blood-brain barri
er」、および米国特許第6,936,589号「Parenteral delive
ry systems」に記載され、これら各々は引用によって本明細書に組み込まれる
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、1つ以上の部分または抱
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的とする部分
または他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分は、限定されないが、例えば、
コレステロール部分、コレステリル部分のような脂質部分、脂肪鎖、例えば、ドデカンジ
オールもしくはウンデシルの残留物、ポリアミン鎖もしくはポリエチレングリコール鎖、
あるいはアダマンタン酢酸を含む。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法
は、公開された文献に記載されている。他の実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオ
チドは、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド
、ペプチド、炭水化物、例えば、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc)、N-A
c-グルコサミン(GulNAc)、またはマンノース(例えば、マンノース-6-リン
酸塩)、脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。抱合体は、例えばリ
ンカーを使用して、当技術分野において理解され、文献中に記載されるように、糖、塩基
またはリン酸基上の幾つかの位置のいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むヌ
クレオチドの1つ以上に連結され得る。リンカーは、二価または三価の分岐したリンカー
を含むことができる。実施形態では、抱合体は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの3’
末端に結合される。オリゴヌクレオチドを調製する方法は、例えば、米国特許第8,45
0,467号「Carbohydrate conjugates as deliver
y agents for oligonucleotides」に記載され、これは引用
によって本明細書に組み込まれる。
<被験体の処置>
本明細書で提供される組成物のいずれかが、個体に投与され得る。「個体」は、「被験
体」または「患者」と互換的に使用されてもよい。個体は哺乳動物でもよく、例えばヒト
、あるいはヒト以外の霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、ロバ、ヤギ、
ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、またはヒツジなどの動物であってもよい。実施形態では、個体
はヒトである。実施形態では、個体は、胎児、胚、または小児である。他の実施形態では
、個体は、植物などの別の真核生物であってもよい。幾つかの実施形態では、本明細書で
提供される化合物は、細胞にエクスビボで投与される。
幾つかの実施形態では、本明細書で提供される組成物は、疾患または障害を処置する方
法として個体に投与される。幾つかの実施形態では、個体は、本明細書に記載される疾患
のいずれかなどの遺伝子疾患を有している。幾つかの実施形態では、個体は、本明細書に
記載される疾患のいずれかなどの疾患を有しているリスクがある。幾つかの実施形態では
、個体は、タンパク質の量の不足またはタンパク質の活性の不足によって引き起こされた
疾患または障害を有するリスクが増加している。個体が、タンパク質の量の不足またはタ
ンパク質の活性の不足によって引き起こされる疾患または障害を有するリスクが増加して
いる場合、該方法は、防止的または予防的な処置を含む。例えば、個体は、疾患の家族歴
のために、そのような疾病または障害を有するリスクが増加している場合がある。典型的
には、そのような疾患または障害を有するリスクが増加している個体は、予防的処置から
(例えば、疾患または障害の発症または進行を予防するか又は遅らせることによる)恩恵
を受ける。
本発明のASOの投与に適切な経路は、ASOの送達が望まれる細胞型に応じて変わり
得る。複数の組織および臓器が、結節硬化症による影響を受け、脳、腎臓、皮膚、肺およ
び心臓は、最も著しく影響を受ける組織である。本発明のASOは、局所的に患者の皮膚
に投与されるか、または肺送達によって肺に投与され得る。本発明のASOは、例えば、
髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、または静脈内注射によっ
て、患者に非経口で投与されてもよい。実施形態では、脳、腎臓、皮膚、肺または心臓へ
の送達が行われる。実施形態では、胎児は、例えば、ASO組成物を胎児に対して直接的
または間接的に(例えば母親を介して)投与することによって子宮内で処置される。
<スプライシングを増強する追加のASOを特定する方法>
本発明の範囲内にはまた、特に標的イントロンにおけるTSC2 RIC mRNA前駆
体のスプライシングを増強する追加のASOを特定する(判定する)方法がある。mRN
A前駆体の標的領域内で様々なヌクレオチドを特異的にハイブリダイズするASOは、標
的イントロンのスプライシングの速度及び/又は程度を改善するASOを特定する(判定
する)ためにスクリーニングされてもよい。幾つかの実施形態では、ASOは、スプライ
シング抑制因子/サイレンサーの結合部位をブロックまたは妨害し得る。イントロンの標
的領域にハイブリダイズされたときに望ましい効果(例えば、スプライシング、タンパク
質または機能的なRNA産生の増強)を結果としてもたらすASOを特定する(判定する
)ために、当該技術分野における既知の方法が使用されてもよい。これらの方法はまた、
保持されたイントロンに隣接するエクソンにおいて、または保持されていないイントロン
において標的領域に結合することによって保持されたイントロンのスプライシングを増強
するASOの特定のためにも使用することができる。使用され得る方法の一例が以下に提
供される。
ASO「ウォーク(walk)」と呼ばれる、1ラウンドのスクリーニングは、mRN
A前駆体の標的部位にハイブリダイズするように設計されているASOを使用して実行さ
れ得る。例えば、ASOウォークに使用されるASOは、保持されたイントロンの5’ス
プライス部位のおよそ100のヌクレオチド上流(例えば、標的とされた/保持されたイ
ントロンの上流に位置するエクソンの配列の一部)から、標的とされた/保持されたイン
トロンの5’スプライス部位のおよそ100のヌクレオチド下流まで、及び/又は保持さ
れたイントロンの3’スプライス部位のおよそ100のヌクレオチド上流から、標的とさ
れた/保持されたイントロンの3’スプライス部位のおよそ100のヌクレオチド下流(
例えば、標的とされた/保持されたイントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部)
まで、5つのヌクレオチドごとに敷き詰められ(tiled)得る。例えば、15のヌク
レオチドの長さの第1のASOは、標的とされた/保持されたイントロンの5’スプライ
ス部位に対するヌクレオチド+6から+20まで特異的にハイブリダイズするように設計
され得る。第2のASOは、標的とされた/保持されたイントロンの5’スプライス部位
に対するヌクレオチド+11から+25まで特異的にハイブリダイズするように設計され
ている。ASOは、mRNA前駆体の標的領域に及ぶように設計されている。実施形態で
は、ASOは、より密に、例えば、1、2、3、または4つのヌクレオチドごとに敷き詰
められ得る。さらに、ASOは、5’スプライス部位の100のヌクレオチド下流から3
’スプライス部位の100のヌクレオチド上流まで敷き詰められ得る。
1つ以上のASO、または1つの対照ASO(標的部位にハイブリダイズするとは予期
されていない配列である、スクランブル配列を有するASO)は、例えばトランスフェク
ションによって、標的mRNA前駆体(例えば、本明細書で別記されるRIC mRNA
前駆体)を発現する疾患関連の細胞株へと送達される。ASOの各々のスプライシングを
誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、ス
プライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素(RT)-PCRによっ
て評価され得る(「イントロン保持事象の特定」を参照)。対照のASO処理された細胞
と比較して、ASO処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマー
を使用して生成されたRT-PCR産物が減少または欠如することは、標的イントロンの
スプライシングが増強されたことを示している。幾つかの実施形態では、スプライシング
効率、スプライシングされていないmRNA前駆体に対するスプライシングされたmRN
A前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書に記
載されるASOを使用して改善され得る。標的mRNA前駆体によってコードされるタン
パク質または機能的RNAの量も、各ASOが望ましい効果(例えば、タンパク質産生の
増強)を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウエスタンブロッティング、
フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびELISAなどの、タンパク質産
生を評価する及び/又は定量するための当該技術分野で既知の方法も使用することができ
る。
ASO「ミクロウォーク(micro-walk)」と呼ばれる第2ラウンドのスクリ
ーニングは、mRNA前駆体の標的部位にハイブリダイズするように設計されたASOを
使用して実行され得る。ASOミクロウォークに使用されるASOは、ASOでハイブリ
ダイズされたときに結果的にスプライシングを増強させるmRNA前駆体のヌクレオチド
酸配列をさらに改良する(refine)ために、1つのヌクレオチドごとに敷き詰めら
れる。
標的イントロンのスプライシングを促進するASOによって定義された領域は、1-n
tステップ(1-nt steps)で間隔を置かれたASOの他に、典型的に18-2
5ntである、より長いASOを含む、ASO「ミクロウォーク」によって、より詳細に
調査される。
上にASOウォークに関して記載されたように、ASOミクロウォークは、1つ以上の
ASO、または対照ASO(標的部位にハイブリダイズすると予期されていない配列であ
る、スクランブル配列を有するASO)を、例えば、トランスフェクションによって、標
的mRNA前駆体を発現する疾患関連の細胞株へと送達することにより実行される。AS
Oの各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分
野で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写
酵素(RT)-PCRによって評価され得る(「イントロン保持事象の特定」を参照)。
対照のASO処理された細胞と比較して、ASO処理された細胞におけるスプライスジャ
ンクションに及ぶプライマーを使用して生成されたRT-PCR産物が減少または欠如す
ることは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。幾つかの実
施形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないmRNA前駆体に対する
スプライシングされたmRNA前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシ
ングの程度は、本明細書に記載されるASOを使用して改善され得る。標的mRNA前駆
体によってコードされるタンパク質または機能RNAの量も、各ASOが望ましい効果(
例えば、タンパク質産生の増強)を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウ
エスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびELI
SAなどの、タンパク質産生を評価する及び/又は定量するための当該技術分野で既知の
方法も使用することができる。
mRNA前駆体の領域にハイブリダイズされたときに、結果的にスプライシングを増強
させ、タンパク質産生を増加させるASOは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノ
ックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用
して、インビボで試験され得る。ASOの投与に適した経路は、ASOの送達が望まれる
疾患及び/又は細胞型に応じて変化し得る。ASOは、例えば、皮膚に対する局所適用、
肺に対する肺送達、髄腔内注射、脳室内注射、腹膜腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、ま
たは静脈内注射によって投与され得る。投与後に、モデル動物の細胞、組織、及び/又は
臓器は、当該技術分野に既知の方法および本明細書に記載される方法によって、例えば、
スプライシング(効率、速度、程度)およびタンパク質産生を評価することによって、A
SO処置の効果を判定するために評価され得る。動物モデルはまた、疾患または疾患重症
度の表現型または行動的徴候であり得る。
本発明の好ましい実施形態が、本明細書に示され、記載されているが、このような実施
形態がほんの一例として提供されることは当業者に明白となる。多くの変更、変化および
置換が、本発明から逸脱することなく当業者に想到される。本明細書に記載される本発明
の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用され得ることを理解されたい。以
下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、これらの請求項の範囲内の方法および
構造並びにそれらの同等物がそれによって包含されるものであることが意図される。
本発明は、以下の実施例によってより具体的に例示される。しかしながら、本発明がい
かなる方法でもこれらの実施例によって限定されないことが理解されるべきである。
実施例1:次世代配列決定を用いたRNAseqによるTSC2転写産物のイントロン保
持事象の特定
イントロン保持事象を特定するべくTSC2遺伝子によって産生された転写産物のスナッ
プショットを明らかにするために、次世代配列決定を使用して、トランスクリプトーム全
体のショットガン配列決定を実行した。この目的のために、HCN(ヒト皮質ニューロン
)、腎上皮細胞、気管支上皮細胞、およびTHLE-3(ヒト肝上皮)細胞の核および細
胞質の分画からのpolyA+RNAを単離し、IlluminaのTruSeq St
randed mRNAライブラリー Prep Kitを使用して、cDNAライブラリ
ーを構築した。ライブラリーを、ペアエンド配列決定(pair-end sequen
ced)し、結果として、100のヌクレオチドの読み取り値をヒトゲノムにマッピング
した(2009年2月、GRCh37/hg19アセンブリ)。TSC2に関する配列決
定の結果を、図3に示す。簡潔に言うと、図3は、(UCSC Genome Infor
matics Group (Center for Biomolecular Scie
nce & Engineering, University of Californi
a, Santa Cruz, 1156 High Street, Santa Cruz
, CA 95064)によって操作され、例えばRosenbloom, et al.,
2015,「The UCSC Genome Browser database:201
5 update」Nucleic Acids Research 43, Databa
se Issue,doi: 10.1093/nar/gku1177に記載された)U
CSCのゲノムブラウザを使用して視覚化されたマッピングされた読み取り値を示し、読
み取り値の適用範囲および数はピーク信号によって推論され得る。ピークの高さは、特定
の領域における読み取り値の密度によって与えられた発現のレベルを示している。TSC
2の概略図(縮尺通りに描かれている)は、ピークがTSC2エクソン領域およびイント
ロン領域に適合されるように、(読み取り信号の下の)UCSCゲノムブラウザによって
提供される。この表示に基づいて、(図3の下の図におけるイントロン4に関して、図5
の下の図におけるイントロン25および26に関して、および図7の下の図におけるイン
トロン31および32に関して示されるように)HCNの核分画において高い読取密度を
有するが、これらの細胞の細胞質分画においては非常に低い読み取り値しか有さないか読
み取り値を有さない、5つのイントロン(矢印により示された4、25、26、31、お
よび32)を特定した。このことは、これらのイントロンが保持されること、およびイン
トロン-4、イントロン-25、イントロン-26、イントロン-31、およびイントロ
ン-32を含有する転写産物が、細胞核中に残存することを示しており、これらの保持さ
れたTSC2 RIC mRNA前駆体が、細胞質へと輸送されないため非生産的であるこ
とを示唆している。
実施例2:TSC2のイントロン4を標的とするASO-ウォークの設計
ASOウォークを、本明細書に記載される方法を使用して、イントロン4を標的とするよ
う設計した(図4;表2)。ヌクレオチド+6から+58に及ぶイントロン4の5’スプ
ライス部位のすぐ下流の領域およびヌクレオチド-16から-68に及ぶイントロン4の
3’スプライス部位のすぐ上流の領域を、2’-O-Me RNA、PS骨格を用いて標
的とし、18-mer ASOを、5-ヌクレオチド間隔でシフトした。
実施例3:TSC2のイントロン25および26を標的とするASO-ウォークの設計
ASOウォークを、本明細書に記載される方法を使用して、イントロン25および26を
標的とするよう設計した(図6;表2)。ヌクレオチド+6から+58に及ぶイントロン
25の5’スプライス部位のすぐ下流の領域およびヌクレオチド-16から-68に及ぶ
イントロン26の3’スプライス部位のすぐ上流の領域を、2’-O-Me RNA、P
S骨格を用いて標的とし、18-mer ASOを、5-ヌクレオチド間隔でシフトした
。代替的なエクソン26に隣接しているスプライス部位のイントロン領域は、エクソン2
6の包含レベルに影響を与えることを回避するために、標的とされない。
実施例4:TSC2のイントロン31および32を標的とするASO-ウォークの設計
ASOウォークを、本明細書に記載される方法を使用して、イントロン31および32を
標的とするよう設計した(図8;表2)。ヌクレオチド+6から+58に及ぶイントロン
31の5’スプライス部位のすぐ下流の領域およびヌクレオチド-18から-68に及ぶ
イントロン32の3’スプライス部位のすぐ上流の領域を、2’-O-Me RNA、P
S骨格を用いて標的とし、18-mer ASOを、5-ヌクレオチド間隔でシフトした
(2つのASO、TSC2-IVS32-33およびTSC2-IVS32-51を例外
とする)。代替的なエクソン32に隣接しているスプライス部位のイントロン領域は、エ
クソン32の包含レベルに影響を与えることを回避するために、標的とされない。
実施例5:TSC2イントロン4、25、26、31または32のASO標的を介するス
プライシング効率の改善は、転写産物レベルを増大させる
ASOを使用して、TSC2発現の増加が、TSC2イントロン4、25、26、31
または32のスプライシング効率を改善することによって達成され得るかどうかを判断す
るために、RT-PCR産物を、放射性のRT-PCRおよびRT-qPCRを使用して
評価した。ヒト網膜上皮細胞株である、ARPE-19細胞(American Typ
e Culture Collection (ATCC), USA)、またはヒト肝細胞
癌細胞株である、Huh-7(NIBIOHN、日本)、あるいはヒト神経芽腫細胞株で
ある、SK-N-AS(ATCC)を、疑似トランスフェクトしたか、または図10、図
12、図15および表1-2に記載される標的ASOでトランスフェクトした。細胞を、
供給業者の仕様書に従って、Lipofectamine RNAiMaxトランスフェ
クション試薬(Thermo Fisher)を用いてトランスフェクトした。簡潔に述
べると、ASOを、96ウェル組織培養プレートに蒔き、Opti-MEM中に希釈した
RNAiMaxと組み合わせた。細胞を、トリプシンを用いて剥離し、完全培地中で再懸
濁し、約25,000個の細胞をASOトランスフェクション混合物に加えた。トランス
フェクション実験を、三通りのプレート複製において実行した。最終的なASO濃度は8
0nMであった。供給業者の仕様書に従って、培地をトランスフェクションの6時間後に
交換し、細胞を、DNAse(Thermo Fisher)を補足したCells-t
o-Ct RT試薬を用いて24時間で採取した。供給業者の仕様書に従って、cDNA
を、Cells-to-Ct RT試薬(Thermo Fisher)で生成した。対象
のイントロンでスプライシングの量を定量化するために、表1-2に列挙される、対応す
るエクソン-エクソン連結(Thermo Fisher)に及ぶプローブとともにTa
qmanアッセイを使用して、定量的PCRを実行した。Taqmanアッセイを、Qu
antStudio 7Flex Real-Time PCRシステム(Thermo F
isher)上で、供給業者の仕様書に従って実行した。標的遺伝子アッセイ値を、RP
L32(deltaCt)およびプレート適合偽トランスフェクションサンプル(del
ta-delta Ct)に対して正規化し、擬似定量(2^-(delta-delt
a Ct)にわたる倍数変化をもたらす。3つのプレート複製のモック(mock)にわ
たる平均倍数変化をプロットした(図10、図12および図15)。図10、図12およ
び図15では、幾つかのASOは、標的遺伝子発現を増大させると特定され、これは、そ
れぞれの標的イントロンでのスプライシングの増加を示唆している。
Figure 2022088533000003
Figure 2022088533000004

Claims (101)

  1. 被験体の細胞により標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させることによっ
    て被験体の結節性硬化症を処置する方法であって、
    ここで、前記細胞は、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前
    駆体)を有し、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位
    に隣接しているエクソン、3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、RIC
    mRNA前駆体は、標的タンパク質または機能的RNAをコードし、
    前記方法は、
    被験体の細胞を、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前
    駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、
    それによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードす
    るRIC mRNA前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の細胞
    内で、標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAのレベルを増加させ、標
    的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させる、方法。
  2. 保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有している細
    胞によって、ツベリンである標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
    RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプ
    ライス部位に隣接しているエクソン、保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接
    しているエクソンを含み、RIC mRNA前駆体はツベリンタンパク質をコードし、
    前記方法は、
    細胞を、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部分に相補的
    なアンチセンスオリゴマー(ASO)と接触させる工程を含み、それによって、保持され
    たイントロンは、ツベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体から構成的に
    スプライシングされ、それにより、細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNA
    のレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、方法。
  3. 標的タンパク質はツベリンである、請求項1に記載の方法。
  4. 標的タンパク質または機能的RNAは、被験体において量あるいは活性が不足している
    標的タンパク質あるいは機能的RNAを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補
    償タンパク質あるいは補償機能的RNAである、請求項1に記載の方法。
  5. 細胞は、ツベリンタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有す
    る被験体内にあるか又は被験体に由来する、請求項2に記載の方法。
  6. 標的タンパク質の量の不足は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、こ
    こで、被験体は、機能的な標的タンパク質をコードする第1の対立遺伝子、標的タンパク
    質が生成されない第2の対立遺伝子、または非機能的な標的タンパク質をコードする第2
    の対立遺伝子を有し、アンチセンスオリゴマーは、第1の対立遺伝子から転写されたRI
    C mRNA前駆体の標的部分に結合する、請求項1-5のいずれか1つに記載の方法。
  7. 被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた
    疾病を抱えており、
    ここで、被験体は、
    a.
    i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成
    され、
    ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成
    され、あるいは、
    iii.標的タンパク質が生成されない、
    第1の変異対立遺伝子と、
    b.
    i.標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生成
    され、
    ii.標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成
    され、あるいは、
    iii.標的タンパク質が生成されない、
    第2の変異対立遺伝子とを有し、
    ここで、被験体が第1の変異対立遺伝子a.iii.を有するとき、第2の変異対立遺伝
    子はb.i.あるいはb.ii.であり、ここで、被験体が第2の変異対立遺伝子b.i
    ii.を有するとき、第1の変異対立遺伝子はa.i.あるいはa.ii.であり、ここ
    で、RIC mRNA前駆体は、a.i.あるいはa.ii.である第1の変異対立遺伝
    子、および/または、b.i.あるいはb.ii.である第2の変異対立遺伝子から転写
    される、請求項1-5のいずれか1つに記載の方法。
  8. 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成さ
    れる、請求項7に記載の方法。
  9. 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成さ
    れる、請求項7に記載の方法。
  10. RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
    対して+6から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-16までの領域
    内の保持されたイントロンにある、請求項1-9のいずれか1つに記載の方法。
  11. RIC mRNA前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの5’スプライス部位に
    対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-500まで
    の領域内の保持されたイントロンにある、請求項1-9のいずれか1つに記載の方法。
  12. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して、+6から+500、+6か
    ら+495、または+6から+100の領域、または、
    (b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して、-16から-500、-1
    6から-400、または-16から-100の領域、
    の内部の保持されたイントロンにある、請求項1-9のいずれか1つに記載の方法。
  13. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
    eの領域、あるいは、
    (b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
    eの領域、
    の内部にある、請求項1-9のいずれか1つに記載の方法。
  14. RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、8
    5%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を
    有する遺伝子配列によってコードされる、請求項1-13のいずれか1つに記載の方法。
  15. RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2-8のいずれか1つに対して少な
    くとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは
    100%の配列同一性を備えた配列を含む、請求項1-14のいずれか1つに記載の方法
  16. アンチセンスオリゴマーは、機能的RNAまたは標的タンパク質をコードする遺伝子か
    ら転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパ
    ク質または機能的RNAの量を増加させない、請求項1-15のいずれか1つに記載の方
    法。
  17. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子の
    突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質または
    機能的RNAの量を増加させない、請求項1-15のいずれか1つに記載の方法。
  18. RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体の部分的なスプライシング、または
    野生型のmRNA前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、請求項1-17
    のいずれか1つに記載の方法。
  19. 標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あ
    るいは野生型の成熟mRNAである、請求項1-18のいずれか1つに記載の方法。
  20. 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、請
    求項1-19のいずれか1つに記載の方法。
  21. アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞において生成された標的タンパク質または機
    能的RNAをコードするmRNAの総量は、対照細胞において生成された標的タンパク質
    または機能的RNAをコードするmRNAの総量と比較して、約1.1~約10倍、約1
    .5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10倍、約4~約10倍、約1.1~約5倍
    、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.1~約8倍、約1.1~約9倍、約2~
    約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約8倍、約2~約9倍、約3~約6倍、約
    3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4~約7倍、約4~約8倍、約4~約9倍
    、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約2.
    5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約5倍
    、あるいは少なくとも約10倍増加する、請求項1-20のいずれか1つに記載の方法。
  22. アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は
    、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約1.1~約10倍、
    約1.5~約10倍、約2~約10倍、約3~約10倍、約4~約10倍、約1.1~約
    5倍、約1.1~約6倍、約1.1~約7倍、約1.1~約8倍、約1.1~約9倍、約
    2~約5倍、約2~約6倍、約2~約7倍、約2~約8倍、約2~約9倍、約3~約6倍
    、約3~約7倍、約3~約8倍、約3~約9倍、約4~約7倍、約4~約8倍、約4~約
    9倍、少なくとも約1.1倍、少なくとも約1.5倍、少なくとも約2倍、少なくとも約
    2.5倍、少なくとも約3倍、少なくとも約3.5倍、少なくとも約4倍、少なくとも約
    5倍、あるいは少なくとも約10倍増加する、請求項1-21のいずれか1つに記載の方
    法。
  23. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
    を含む骨格修飾を含む、請求項1-22のいずれか1つに記載の方法。
  24. アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド
    核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエチル部分を含
    む、請求項1-23のいずれか1つに記載の方法。
  25. アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、請求項1-24の
    いずれか1つに記載の方法。
  26. それぞれの糖部は修飾された糖部である、請求項25に記載の方法。
  27. アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の核
    酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の核
    酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の核
    酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50の
    核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、10
    ~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸塩
    基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~25
    の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、1
    2~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核酸
    塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基からなる、請求項1-26
    のいずれか1つに記載の方法。
  28. アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部
    分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少な
    くとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、請求項1-27のい
    ずれか1つに記載の方法。
  29. RIC mRNA前駆体の標的部分は、SEQ ID NO:5097-5105から
    選択される配列内にある、請求項1-28のいずれか1つに記載の方法。
  30. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096のいずれか1つに対し
    て少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、9
    6%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請
    求項1-29のいずれか1つに記載の方法。
  31. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096から選択されたヌクレ
    オチド配列を含む、請求項1-29のいずれか1つに記載の方法。
  32. 細胞は、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC
    mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保
    持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mR
    NA前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項1-31のいず
    れか1つに記載の方法。
  33. 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タン
    パク質または機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体の集
    団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求項3
    2に記載の方法。
  34. 細胞は、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子から転写されたRIC
    mRNA前駆体の集団を含み、ここで、RIC mRNA前駆体の集団は2つ以上の保
    持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、RIC mR
    NA前駆体の集団で2番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項1-31の
    いずれか1つに記載の方法。
  35. 2番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的
    タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAを生成するRIC mRNA前駆体
    の集団からの2つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求
    項34に記載の方法。
  36. 疾病は疾患または障害である、請求項5-35のいずれか1つに記載の方法。
  37. 疾患または障害は結節性硬化症である、請求項36に記載の方法。
  38. 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる、請
    求項37に記載の方法。
  39. 前記方法はTSC2タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、請求項1-38のい
    ずれか1つに記載の方法。
  40. アンチセンスオリゴマーはツベリンRIC mRNA前駆体の標的部分へ結合し、ここ
    で、標的部分はSEQ ID NO:49、50、51、52、53、54、55、56
    、および57から選択された配列内にある、請求項1-39のいずれか1つに記載の方法
  41. 被験体はヒトである、請求項1-40のいずれか1つに記載の方法。
  42. 被験体はヒト以外の動物である、請求項1-40のいずれか1つに記載の方法。
  43. 被験体は胎児、胚、あるいは子供である、請求項1-41のいずれか1つに記載の方法
  44. 細胞はエクスビボである、請求項1-42のいずれか1つに記載の方法。
  45. アンチセンスオリゴマーは、被験体の皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内
    注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投
    与される、請求項1-42のいずれか1つに記載の方法。
  46. 5’スプライス部位に隣接するエクソンの-3e~-1eと、保持されたイントロンの
    +1~+6にある9つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項1-
    45のいずれか1つに記載の方法。
  47. 保持されたイントロンの-15~-1と3’スプライス部位に隣接するエクソンの+1
    eにある16のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項1-46のい
    ずれか1つに記載の方法。
  48. 請求項1-39のいずれか1つの方法に使用されるアンチセンスオリゴマー。
  49. SEQ ID NO:9-5096のいずれか1つに対して少なくとも約80%、85
    %、90%、95%、97%、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含むアンチ
    センスオリゴマー。
  50. 請求項48または49のアンチセンスオリゴマーと賦形剤を含む医薬組成物。
  51. 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉
    内注射、皮下注射、または静脈内注射により、請求項50に記載の医薬組成物を投与する
    ことによって、被験体を処置する方法。
  52. 不足しているタンパク質または不足している機能的RNAに関係する被験体の結節性硬
    化症を処置するために細胞によって標的タンパク質または機能的RNAの発現を増加させ
    る方法に使用するためのアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
    ここで、不足しているタンパク質または機能的RNAは、被験体において量あるいは活性
    が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RN
    Aをコードする、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)
    の構成的スプライシングを増強し、
    ここで、標的タンパク質は、
    (a)不足しているタンパク質、あるいは、
    (b)被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代
    わる、補償タンパク質であり、
    ここで、機能的RNAは、
    (a)不足しているRNA、あるいは、
    (b)被験体において不足している機能的RNAを機能的に増強または交換する、補償す
    る機能的RNAであり、
    ここで、RIC mRNA前駆体は、保持されたイントロン、5’スプライス部位に隣接
    しているエクソン、および3’スプライス部位に隣接しているエクソンを含み、保持され
    たイントロンは、標的タンパク質または機能的RNAをコードするRIC mRNA前駆
    体からスプライシングされ、それによって、被験体において標的タンパク質または機能的
    RNAの生成または活性を増加させる、組成物。
  53. 被験体においてツベリンタンパク質に関係する疾病を処置する方法に使用するためのア
    ンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
    該方法は、被験体の細胞によってツベリンタンパク質の発現を増加させる工程であって
    、細胞が保持されたイントロン、保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接して
    いるエクソン、および保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接しているエクソ
    ンを含む、保持されたイントロン含有mRNA前駆体(RIC mRNA前駆体)を有し
    、RIC mRNA前駆体がツベリンタンパク質をコードする、工程と、細胞をアンチセ
    ンスオリゴマーと接触させる工程であって、それによって、保持されたイントロンは、ツ
    ベリンタンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の転写産物から構成的にスプライ
    シングされ、それにより、被験体の細胞内で、ツベリンタンパク質をコードするmRNA
    のレベルを増加させ、ツベリンタンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
  54. 疾病は疾患または障害である、請求項53に記載の組成物。
  55. 疾患または障害は結節性硬化症である、請求項54に記載の組成物。
  56. 標的タンパク質とRIC mRNA前駆体はTSC2遺伝子によってコードされる、請
    求項55に記載の組成物。
  57. アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6
    から、保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-16までの領域内の保持さ
    れたイントロンにあるRIC mRNA前駆体の一部を標的とする、請求項52-56の
    いずれか1つに記載の組成物。
  58. アンチセンスオリゴマーはRIC mRNA前駆体の一部を標的とし、これは、
    (a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に対して+6から+100の領域、
    (b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に対して-16から-100の領域、
    の内部の保持されたイントロンにある、請求項52-57のいずれか1つに記載の組成物
  59. アンチセンスオリゴマーは、少なくとも1つの保持されたイントロンの5’スプライス
    部位の約500、400、300、200、または100ヌクレオチド下流から、少なく
    とも1つの保持されたイントロンの3’スプライス部位の約100、200、300、4
    00、または500ヌクレオチド上流までの領域内にあるRIC mRNA前駆体の一部
    を標的とする、請求項52-56のいずれか1つに記載の組成物。
  60. RIC mRNA前駆体の標的部分は、
    (a)保持されたイントロンの5’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
    eの領域、あるいは、
    (b)保持されたイントロンの3’スプライス部位に隣接するエクソン中の+2e~-4
    eの領域、
    の内部にある、請求項52-56のいずれか1つに記載の組成物。
  61. RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:1に対して少なくとも約80%、8
    5%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を
    有する遺伝子配列によってコードされる、請求項52-60のいずれか1つに記載の組成
    物。
  62. RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2-8のいずれか1つに対して少な
    くとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、あるいは
    100%の配列同一性を備えた配列を含む、請求項52-61のいずれか1つに記載の組
    成物。
  63. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子か
    ら転写されたmRNA前駆体の選択的スプライシングを調節することにより標的タンパク
    質または機能的RNAの量を増加させない、請求項52-62のいずれか1つに記載の組
    成物。
  64. アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的RNAをコードする遺伝子の
    突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的RNAまたは機
    能的タンパク質の量を増加させない、請求項52-62のいずれか1つに記載の組成物。
  65. RIC mRNA前駆体は、全長のmRNA前駆体、または野生型のmRNA前駆体か
    らの部分的なスプライシングによって生成された、請求項52-64のいずれか1つに記
    載の組成物。
  66. 標的タンパク質または機能的RNAをコードするmRNAは、全長の成熟mRNA、あ
    るいは野生型の成熟mRNAである、請求項52-65のいずれか1つに記載の組成物。
  67. 生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、請
    求項52-66のいずれか1つに記載の組成物。
  68. 保持されたイントロンは律速イントロンである、請求項52-67のいずれか1つに記
    載の組成物。
  69. 前記保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で最も豊富な保持されたイン
    トロンである、請求項52-68のいずれか1つに記載の組成物。
  70. 保持されたイントロンは前記RIC mRNA前駆体で2番目に豊富な保持されたイン
    トロンである、請求項52-68のいずれか1つに記載の組成物。
  71. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
    を含む骨格修飾を含む、請求項52-70のいずれか1つに記載の組成物。
  72. 前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項52-
    71のいずれか1つに記載の組成物。
  73. アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド
    核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエチル部分を含
    む、請求項52-72のいずれか1つに記載の組成物。
  74. アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、請求項52-73
    のいずれか1つに記載の組成物。
  75. それぞれの糖部は修飾された糖部である、請求項74に記載の組成物。
  76. アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の核
    酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の核
    酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の核
    酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50の
    核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、10
    ~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸塩
    基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~25
    の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、1
    2~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核酸
    塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基からなる、請求項52-7
    5のいずれか1つに記載の組成物。
  77. アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするRIC mRNA前駆体の標的部
    分に少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%、少な
    くとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、請求項52-76の
    いずれか1つに記載の組成物。
  78. アンチセンスオリゴマーは、ツベリン RIC mRNA前駆体の標的部分に結合し、
    ここで標的部分は、SEQ ID NO:5097-5105から選択される配列内にあ
    る、請求項52-77のいずれか1つに記載の組成物。
  79. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096のいずれか1つに対し
    て少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、9
    6%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請
    求項52-78のいずれか1つに記載の組成物。
  80. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096から選択されたヌクレ
    オチド配列を含む、請求項52-78のいずれか1つに記載の組成物。
  81. 請求項52-80の組成物のいずれかのアンチセンスオリゴマーおよび賦形剤を含む医
    薬組成物。
  82. 皮膚への局所投与、肺への肺送達、くも膜下腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉
    内注射、皮下注射、または静脈内注射により、請求項81に記載の医薬組成物を投与する
    ことによって被験体を処置する方法。
  83. 不足しているTSC2 mRNAの転写産物の標的配列にハイブリダイズするアンチセ
    ンスオリゴマーであって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が保持されたイン
    トロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているTSC2 mRNAの転写産物か
    らの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマー
    と、
    薬学的に許容可能な賦形剤とを含む、
    医薬組成物。
  84. 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC mRNA前駆体の
    転写産物である、請求項83に記載の医薬組成物。
  85. TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、保持されたイントロンの
    5’スプライス部位に対して+500から、保持されたイントロンの3’スプライス部位
    に対して-500までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項83または84に
    記載の医薬組成物。
  86. TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物は、SEQ ID NO:1に対して、
    少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%または
    100%の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされる、請求項83-85のい
    ずれか1つに記載の医薬組成物。
  87. TSC2 RIC mRNA前駆体は、SEQ ID NO:2-8のいずれか1つに
    対して少なくとも約80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%
    、あるいは100%の配列同一性を備えた配列を含む、請求項83-86のいずれか1つ
    に記載の医薬組成物。
  88. アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
    を含む骨格修飾を含む、請求項83-87のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  89. アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項83-88
    のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  90. アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド
    核酸、2’-O-メチル、2’-フルオロ、あるいは2’-O-メトキシエチル部分を含
    む、請求項83-89のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  91. アンチセンスオリゴマーは少なくとも1つの修飾された糖部を含む、請求項83-90
    のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  92. アンチセンスオリゴマーは、8~50の核酸塩基、8~40の核酸塩基、8~35の核
    酸塩基、8~30の核酸塩基、8~25の核酸塩基、8~20の核酸塩基、8~15の核
    酸塩基、9~50の核酸塩基、9~40の核酸塩基、9~35の核酸塩基、9~30の核
    酸塩基、9~25の核酸塩基、9~20の核酸塩基、9~15の核酸塩基、10~50の
    核酸塩基、10~40の核酸塩基、10~35の核酸塩基、10~30の核酸塩基、10
    ~25の核酸塩基、10~20の核酸塩基、10~15の核酸塩基、11~50の核酸塩
    基、11~40の核酸塩基、11~35の核酸塩基、11~30の核酸塩基、11~25
    の核酸塩基、11~20の核酸塩基、11~15の核酸塩基、12~50の核酸塩基、1
    2~40の核酸塩基、12~35の核酸塩基、12~30の核酸塩基、12~25の核酸
    塩基、12~20の核酸塩基、あるいは12~15の核酸塩基を含む、請求項83-91
    のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  93. アンチセンスオリゴマーは、TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分
    に対して、少なくとも80%、少なくとも85%、少なくとも90%、少なくとも95%
    、少なくとも98%、少なくとも99%、あるいは100%相補的である、請求項83-
    92のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  94. TSC2 RIC mRNA前駆体の転写産物の標的部分は、SEQ ID NO:5
    097-5105から選択される配列内にある、請求項83-93のいずれか1つに記載
    の医薬組成物。
  95. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096のいずれか1つに対し
    て少なくとも約80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、9
    6%、97%、98%、あるいは99%の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請
    求項83-94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  96. アンチセンスオリゴマーは、SEQ ID NO:9-5096から選択されたヌクレ
    オチド配列を含む、請求項83-94のいずれか1つに記載の医薬組成物。
  97. 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるい
    は静脈内注射のために製剤される、請求項83-95のいずれか1つに記載の医薬組成物
  98. ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC2 mRNA
    転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足しているTSC
    2 mRNA転写産物の処理を誘発する方法であって、
    前記方法は、
    (a)被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
    (b)アンチセンスオリゴマーを不足しているTSC2 mRNAの転写産物にハイブリ
    ダイズする工程であって、不足しているTSC2 mRNAの転写産物が、ツベリンタン
    パク質の機能形態をコードすることができ、少なくとも1つの保持されたイントロンを含
    む、工程と、
    (c)ツベリンタンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたTSC2 mR
    NA転写産物を生成するために不足しているTSC2 mRNA転写産物から少なくとも
    1つの保持されたイントロンを除去する工程と、
    (d)十分に処理されたTSC2 mRNAの転写産物からツベリンタンパク質の機能形
    態を翻訳する工程を含む、方法。
  99. 保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、請求項98に記載の方法。
  100. 不足しているTSC2 mRNAの転写産物は、TSC2 RIC mRNA前駆体の
    転写産物である、請求項98または99に記載の方法。
  101. ツベリンタンパク質の量または活性の不足によって引き起こされた疾病を有する被験体
    を処置する方法であって、
    前記方法は、
    SEQ ID NO:9-5096のいずれか1つに対して、少なくとも約80%、8
    5%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、ま
    たは99%の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験
    体に投与する工程を含む、方法。
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