JP2019068853A - 有害な妊娠転帰を予測するための細菌分類群の検出 - Google Patents
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Abstract
【課題】異常な子宮頸管内の細菌分類群を体系的にプロファイリングするための手段の提供。【解決手段】1つ以上の選択された細菌分類群(例えば、属または種)の細菌のレベル上昇を検出することによって、妊娠対象についての有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰のリスクを検出する方法。そのような方法に有用なキット。加えて、進行した子宮頸管拡張および/または早期子宮頸管短縮を有するリスクを、差次的に大量に存在する細菌分類群に基づいて決定する方法を提供する。【選択図】なし
Description
関連出現の相互参照
本出願は、全ての目的のためにその開示全体が参照によりここに援用される2014年6月30日に提出された米国特許仮出願番号第62/018920号の優先権を主張する。
本出願は、全ての目的のためにその開示全体が参照によりここに援用される2014年6月30日に提出された米国特許仮出願番号第62/018920号の優先権を主張する。
合併症を伴わない正常な妊娠では、胎児が充分に発生し、生まれる準備が整う時期辺りで子宮頸管が最終的に短くなり拡張する妊娠第三期後期までは、子宮頸管は長く、閉じている。対照的に、子宮頸管の短縮または高度な子宮頸管拡張を併発した妊娠では、上記の正常なスケジュールのかなり前に子宮頸管が短縮または拡張する。その結果、これらの症状を有するいくらかの女性は、妊娠37週よりも早い胎児発生が不完全な時期に出産することになる。したがって、このことが新生児の死亡と罹病を招く場合があり得る。妊娠期間を長くするため、子宮頸管を支持するためのセルクラージュまたは子宮頸管ペッサリーが臨床医によって留置されることがある。主に共通見解と専門家の意見に基づいて、羊水内感染症が除外される場合はセルクラージュ留置が有益であろうと推奨されている。ペッサリー留置についても同様のガイドラインが示唆されている。感染症を効果的に除外するため、非常に高感度な検出方法が必要である。
現在、試料中の細菌の検出は培養、顕微鏡観察、および細菌種特異的ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アッセイに依存しており、それらは低程度から中程度の感度を提供するにすぎない。我々が「正常な」子宮頸管内に存在する「正常」細菌叢の一部でしかない細菌分類群を標的とするのではなく、異常な(すなわち、短い/拡張した)子宮頸管内において差次的に多く存在する細菌分類群を特異的に標的とすることができれば、その感度が改善される可能性がある。しかしながら、異常な子宮頸管内の細菌分類群は体系的にプロファイリングされておらず、且つ、適切にマッチングされた女性の「正常な」子宮頸管内の細菌分類群と比較されていないので、今日までそれらの分類群について存在するデータは限られている。早産の有病率と影響を考えると、早産または新生児合併症の可能性を低下または排除するために、時宜を得て予防手段を取ることができるように、女性における有害な妊娠転帰のリスク増加をより正確に検出する新規方法のニーズがある。本発明はこのニーズ及び他の関連するニーズを充足する。
本開示は、女性の子宮頸管内の細菌分類群の特定のグループ(例えば、細菌の種または属)に属する細菌のレベルが、34週または37週の妊娠期間未満での早産などの有害な妊娠転帰、または1分もしくは5分の時点での7未満のアプガースコア、絨毛羊膜炎、呼吸窮迫症候群、気管支肺異形成症、脳室内出血、新生児敗血症、および出生後7日以内の新生児死亡などの有害な新生児状態の可能性と相関して上昇するという発見に部分的に基づく。したがって、第1の態様では本発明は対象、例えば妊婦または非妊婦の有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰のリスクを決定するための方法を提供する。その方法は、(a)メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム、ウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定されている細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群の細菌のレベルを、対象から採取された生体試料において検出する工程、および(b)少なくとも1種類の細菌属に由来する細菌のレベルが標準対照の細菌レベルよりも高い場合に、対象が有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰の増加したリスクを有すると決定する工程、を含む。幾つかの実施形態では、その方法は、対象から採取された生体試料においてスネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、ペプトニフィラス・ラクリマリス、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)のレベルを検出すること、および前記細菌の総レベルが標準対照レベルと比較して上昇している場合に、対象が有害な妊娠転帰の増加したリスクを有すると決定すること、を含む。
幾つかの実施形態では、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰には、34週未満での早産、37週未満での早産、前記生体試料の採取後約1〜196日以内の分娩、臨床介入の実施後約1〜196日以内の分娩、1分の時点での7未満のアプガースコア、5分の時点での7未満のアプガースコア、絨毛羊膜炎、呼吸窮迫症候群、気管支肺異形成症、脳室内出血、出生後7日以内の新生児死亡、または新生児敗血症が含まれる。幾つかの事例では、方法は、少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルが標準対照レベルよりも高い場合に、対象が高度な子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮のリスクを有すると決定すること、を含む。
他の実施形態では、方法は、対象から採取された生体試料においてパルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、ペプトニフィラス・ラクリマリス、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)のレベルを検出すること、および前記細菌の総レベルが標準対照レベルと比較して上昇している場合に、対象が子宮頸管への介入(すなわちセルクラージュ/ペッサリー介入)から7日以内の分娩などの有害な妊娠転帰の増加したリスクを有すると決定すること、を含む。幾つかの事例では、前記方法は、対象が羊膜腔、子宮腔、子宮頸管または膣に感染症を有するリスクを有すると決定することも含む。
一分類のメガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_113307.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_113307.1の配列に対して少なくとも93%または94%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。幾つかの実施形態ではメガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)分類群の細菌は、配列番号5に示される16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_042583.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_042583.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAゲノム配列を持つものとして検出される。
ウレアプラズマ・ウレアリティカム細菌は、GenBankアクセッション番号NR_102836.1の16S rRNAゲノム配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ウレアプラズマ・ウレアリティカム分類群の細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_102836.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有するものとして検出される。ウレアプラズマ・パルバム細菌は、GenBankアクセッション番号NR_074176.1の16S rRNAゲノム配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ウレアプラズマ・パルバム分類群の細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_074176.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有するものとして検出される。幾つかの実施形態では、ウレアプラズマ・パルバム分類群の細菌は、配列番号7に示される16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
アトポビウム・バギナエ細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列GenBankアクセッション番号NR_117757.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、アトポビウム・バギナエ分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_117757.1のヌクレオチド配列に対して97%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。幾つかの実施形態では、アトポビウム・バギナエ分類群の細菌は、配列番号8に示される16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_117374.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)分類群の細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_117374.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有するものとして検出される。幾つかの実施形態では、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)分類群の細菌は、配列番号9に示される16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ラクトバチルス・カゼイ細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_075032.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ラクトバチルス・カゼイ分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_075032.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ベイロネラ・モンペリエレンシス細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列GenBankアクセッション番号NR_028839.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ベイロネラ・モンペリエレンシス分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_028839.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
アナエロコッカス・セネガレンシス細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列GenBankアクセッション番号NR_118220.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、アナエロコッカス・セネガレンシス分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_118220.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ブレイディア・エクストルクタ細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列GenBankアクセッション番号NR_028773.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ブレイディア・エクストルクタ分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_028773.1のヌクレオチド配列に対して97%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
マイコプラズマ・ホミニス細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_113679.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、マイコプラズマ・ホミニス分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_113679.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAゲノム配列を持つものとして検出される。
プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_114337.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_114337.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
本開示に適切な一分類の未培養細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、この分類群の細菌はGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して92%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ。
コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_116569.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_116569.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
別の分類のメガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_113307.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_113307.1の配列に対して少なくとも93%または94%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。幾つかの実施形態では、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)分類群の細菌は配列番号29に示される16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_113179.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_113179.1のヌクレオチド配列に対して97%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_116331.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_116331.1のヌクレオチド配列に対して99%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
本開示に関連する別の分類の未培養細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JF295520.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、この分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して90%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_044022.2の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_044022.2のヌクレオチド配列に対して93%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_116869.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_116869.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_116346.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_116346.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ファスティディオシピラ・サングイニス細菌は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_042186.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ファスティディオシピラ・サングイニス分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_042186.1のヌクレオチド配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
スネアチア・サングイネゲンスは、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号AJ344093.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、スネアチア・サングイネゲンス分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号AJ344093.1の配列に対して少なくとも93%または94%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)は、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号NR_114338.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号NR_114338.1の配列に対して少なくとも93%の配列同一性、例えば、93%、94%、95%、96%、975、またはそれより高い配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。幾つかの実施形態では、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)分類群の細菌は配列番号43に示される16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。
ペプトニフィラス・ラクリマリスは、16S rRNAヌクレオチド配列が、GenBankアクセッション番号AB971812.1およびNR_041938.1の16S rRNAヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性、例えば少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%または100%の配列同一性を有するものとして同定することができる。幾つかの実施形態では、ペプトニフィラス・ラクリマリス分類群の細菌は、GenBankアクセッション番号AB971812.1およびNR_041938.1の配列に対して100%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。幾つかの実施形態では、ペプトニフィラス・ラクリマリス分類群の細菌は配列番号44に示される16S rRNAヌクレオチド配列を持つものとして検出される。幾つかの実施形態では、前記方法は、少なくとも2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、または20種類の異なる細菌分類群を検出することを含む。
幾つかの実施形態では、対象は妊娠約13週から約37週の時点の妊婦である。他の実施形態では、妊婦は妊娠約13週から約25週の間である。幾つかの事例では、妊婦は早期に開いた子宮頸管を有する。その女性は羊膜腔、子宮腔、子宮頸管または膣に感染症を有するリスクを有するかもしれない。他の実施形態では、対象は非妊婦である。幾つかの実施形態では、非妊婦は将来の妊娠を計画している。幾つかの例では、対象は早産、死産、または流産の病歴を有する。幾つかの例では、対象は妊娠前または妊娠後にセルクラージュ介入またはプロゲステロン補充などの臨床介入を受けることを計画している。
幾つかの実施形態では、前記方法は工程(a)を実施する前に対象から採取された生体試料から核酸を抽出することも含む。幾つかの実施形態では、試料は子宮頸管スワブ(外子宮口のスワブ試料を含む)、膣スワブ(円蓋のスワブ試料を含む)、尿試料、羊水試料、母体血試料(母体全血試料)、母体血清試料、母体血漿試料、または子宮頸管粘液試料である。幾つかの実施形態では、試料は胎盤スワブ、臍帯スワブ、または生殖系から直接的もしくは間接的に採取された任意の試料である。これには擦過、切断、水洗、洗浄、ガス流の適用、液体の適用、真空の適用、吸引力の適用、ある形態のエネルギー(例えば、静電界、LASER)の適用、または化学物質(例えば、化学遊走を誘発するための化学誘引物質)の濃度勾配の適用による女性生殖管表面からのあらゆる試料採取が含まれる。幾つかの実施形態では、頬粘膜スワブ、咽頭スワブ、肛囲スワブ、直腸スワブまたは大便試料などの試料が、妊娠した対象の胃腸管系から直接的または間接的に採取される。
幾つかの実施形態では、検出工程にポリヌクレオチド増幅アッセイが含まれる。幾つかの例では、増幅アッセイはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アッセイである。所望により、そのPCRアッセイは定量的PCRアッセイであってもよい。幾つかの例では、検出工程には配列特異的プローブ/プライマーハイブリダイゼーションが含まれ、それはポリヌクレオチド増幅をしない場合にも存在し得る。他の実施形態では、前記検出工程には、限定されないが、大量並列シーケンシングなどのポリヌクレオチド配列決定が含まれる。
例えば、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAゲノム配列によって規定される細菌分類群、表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定されている細菌分類群、またはそれらの任意の組合せ、である細菌分類群に属する細菌のレベルが、標準対照と比較して上昇している場合に、妊娠した対象が有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクを有する。標準対照と比較した、それら選択された細菌分類群のうちの1つ以上の分類群の細菌のレベル上昇が判定される場合、その女性が早産の増加したリスク、または新生児合併症を有する子供を分娩する増加したリスクを有することを示している。例えば、妊婦の子宮頸管スワブ試料または膣スワブ試料におけるメガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAゲノム配列によって規定されている細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定されている細菌分類群などの1つ以上の分類群の細菌のレベルが、標準対照と比較して高いと検出されるとき、その女性は有害な妊娠転帰および/または有害な新生児転帰を有する増大した可能性を有している。可能性がある有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰には、34週未満での早産、37週未満での早産、1分の時点での7未満のアプガースコア、5分の時点での7未満のアプガースコア、絨毛羊膜炎、呼吸窮迫症候群、気管支肺異形成症、脳室内出血、出生後7日以内の新生児死亡、および/または新生児敗血症が含まれるがこれらに限定されない。さらに、対象が妊婦である場合、可能性がある有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰には、生体試料の採取後約1〜196日の期間内(例えば、1日、7日、14日、21日、28日、56日、84日、112日、140日、168日、または196日)の分娩、臨床介入の実施後約1〜196日の期間内(例えば、1日、7日、14日、21日、28日、56日、84日、112日、140日、168日、または196日)の分娩がさらに含まれる。
本明細書において提供される方法は、妊婦が進行した子宮頸管拡張または進行した子宮頸管短縮を有するリスクを有することを決定するために用いることができる。例えば、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有するものとしての未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定されている細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定されている細菌分類群、などの少なくとも1種類の細菌分類群の細菌のレベルが標準対照レベルのそれよりも高い場合に、その女性は進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有する増大した可能性を有する。そのような対象は妊娠13週から37週までの間に分娩活動期を有さずに、例えば2cm以上の子宮頸管拡張を示すか、または正期産前の子宮頸管短縮を示すと予測される。
幾つかの例では、前記方法に、ジョンケテラ・アントロピ(Jonquetella anthropi)、アエロコッカス・ウリナエ、表4Bおよび表4D中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、ならびに表4Fおよび表4H中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群、からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群の細菌のレベルを前記生体試料において検出すること、および前記少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルが標準対照レベルのそれよりも低い場合に有害な妊娠転帰の増加したリスクが前記対象にあると決定すること、がさらに含まれ得る。
有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有することが前記妊婦に予測される場合、前記方法はその対象のある試料タイプの生体試料を使用して後の時点で工程(a)と(b)を繰り返すことを含むことができ、その場合に後の時点での前記少なくとも1種類の細菌分類群の細菌の、最初の工程(a)において決定されたレベルと比較したレベル上昇によって、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有する増加したリスクが示される。さらに、一旦、妊婦が有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を経験する増加したリスクがあることが示されると、医師はそのような異常転帰のリスクを最小にするようにその女性に治療を行ってもよい。例えば、その女性は妊娠期を通して綿密にモニタリングされても、新生児集中治療付きの三次ユニットに時宜を得て移送されてもよい。
別の態様では、本発明は対象における有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクを決定するためのキットを提供する。そのキットは、(a)妊婦から採取され、且つ、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群;ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌を含み、妊婦から採取された生体試料を提供する標準対照、および(b)メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、ならびに表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群を特異的および定量的に同定する1種類以上の薬剤を含み得る。幾つかの実施形態では、1種類以上の薬剤には増幅アッセイにおいて前記少なくとも1種類の細菌属のポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズし、そのポリヌクレオチドを増幅する一対以上のオリゴヌクレオチドプライマーが含まれ得る。幾つかの実施形態では、1種類以上の薬剤には前記少なくとも1種類の細菌分類群のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブがさらに含まれ得る。幾つかの例では、キットは取扱い説明書を含む。
別の態様では、本発明は、進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有する増加したリスクが妊娠対象にあるか決定するための方法を提供する。その方法は、(a)対象から採取された生体試料から核酸を抽出する工程、(b)メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群か、らなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群のレベルを、核酸において検出する工程、および(c)前記少なくとも1種類の細菌分類群のレベルが標準対照レベルのそれよりも高い場合に対象が進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有する増加したリスクを有すると決定する工程を含む。例えば、妊婦が子宮頸管または膣内に選択された細菌分類群のうちの1つ以上の分類群に由来する細菌の上昇したレベルを有すると判定される場合、早期拡張子宮頸管および/または早期短縮子宮頸管を有するリスクがあると予測される。妊婦が、例えば妊娠約13〜約25週の時点で子宮頸管または膣内にメガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群、またはそれらのいずれかの組合せなどの群のより多くの細菌を有する場合、例えば、妊婦は妊娠約34〜約37週より前の妊娠約13〜約25週に拡張子宮頸管または短縮子宮頸管を有する可能性がある。少なくとも2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、または20種類の異なる細菌分類群がその試料の中に検出され得る。
幾つかの実施形態では、生体試料は子宮頸管スワブ、膣スワブ、尿試料、羊水試料、母体血試料、母体血清試料、母体血漿試料、子宮頸管粘液試料、胎盤スワブ、臍帯スワブ、または生殖系もしくは胃腸管系から直接的もしくは間接的に採取されたあらゆる試料である。前記検出工程はポリヌクレオチド増幅アッセイ、ポリヌクレオチド配列決定を伴うアッセイ、または配列特異的プローブ/プライマーハイブリダイゼーションを伴うアッセイであり得る。幾つかの事例では前記増幅アッセイはポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アッセイである。所望により、前記PCRアッセイは定量的PCRアッセイまたは逆転写酵素PCRアッセイでもよい。
定義
本開示では「または」という用語は、内容から別途明確に指示されない限り、「および/または」を含む意味で一般的に使用される。
本開示では「または」という用語は、内容から別途明確に指示されない限り、「および/または」を含む意味で一般的に使用される。
「有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰」という用語は健康な乳児を分娩/出産する機会を減少させる状態を指す。有害な妊娠転帰の非限定的な例には習慣性妊娠第一期流産、妊娠第二期妊娠損失、早産(例えば、自然早産または適応あり早産)、早期子癇前症、早期子癇発作、胎児発育遅延、胎盤早期剥離、胎児死亡/死産、出生異常、1分の時点での7未満のアプガースコア、5分の時点での7未満のアプガースコア、臨床的絨毛羊膜炎、病理的絨毛羊膜炎、新生児呼吸窮迫症候群、新生児気管支肺異形成症、新生児敗血症、新生児脳室内出血等が挙げられる。
「頸管不全症」という用語は、妊娠第二期での妊娠損失または出産を引き起こすことになり得る子宮頸管の無力化または子宮頸管の進行した拡張などの子宮頸管の状態を指す。子宮頸管無力症、早期子宮頸管短縮、早期子宮頸管拡張または進行した子宮頸管拡張、子宮頸管外傷、子宮頸管構造異常、またはそれらのあらゆる組合せが頸管不全に寄与し得る。頸管不全症を管理するための臨床介入にはプロゲステロン補充、子宮頸管セルクラージュ、および子宮頸管ペッサリーが含まれるがこれらに限定されない。
「細菌分類群」という用語は細菌の分類学、すなわち、細菌の階級ベースの分類を指す。階層的生物分類には生物、ドメイン、界、門、綱、目、科、属および種が含まれる。
「生体試料」または「試料」という用語には生検試料および剖検試料などの組織の切片、および組織学目的のために採取された凍結切片、またはそのような試料のいずれかを加工したものが含まれる。生体試料には子宮頸管スワブ、膣スワブ、子宮スワブ、血液および血液画分または血液産物(例えば、血清、血漿、血小板、赤血球等)、喀痰または唾液、リンパ系組織および舌組織、培養細胞、例えば初代培養細胞、外植片および形質転換細胞、大便、尿、生検組織等が含まれる。生体試料は典型的には真核生物から獲得され、その真核生物は哺乳類動物であり得、霊長類であり得、ヒト対象であり得る。
「生検」という用語は診断評価または予後評価のために組織試料を切除する過程、およびその組織標本自体を指す。当技術分野において知られているあらゆる生検技法が本発明の診断方法および予後予測方法に適用可能である。適用される生検技法は何よりも、評価される組織の種類(例えば、子宮頸管、膣、舌、結腸、前立腺、腎臓、膀胱、リンパ節、肝臓、骨髄、血液細胞、胃組織等)に依存する。代表的な生検技法にはスワブ生検、摘出生検、切開生検、針生検、外科的生検、および骨髄生検が含まれるがこれらに限定されず、結腸内視鏡検査が含まれてもよい。多種多様な生検技法の中から選択を行い、最小限の実験でそれらの生検技法を実行することになる当業者にそれらの生検技法がよく知られている。
本開示では「単離」核酸分子という用語は、通常はその単離核酸分子と会合している他の核酸分子から分離されている核酸分子を意味する。したがって、「単離」核酸分子には、限定されないが、天然状態ではその単離核酸が由来する生物のゲノム内でその核酸の一端または両端に隣接するヌクレオチド配列が存在しない核酸分子が含まれる(例えば、PCRまたは制限酵素消化によって作製されるcDNA断片またはゲノムDNA断片)。そのような単離核酸分子は操作を簡便にするためか、または融合核酸分子を生成するためのベクター(例えば、クローニングベクターまたは発現ベクター)に導入され得る。加えて、単離核酸分子には組換え核酸分子または合成核酸分子などの操作核酸分子が含まれ得る。例えば、制限消化ゲノムDNAを含む核酸ライブラリー(例えば、cDNAライブラリーまたはゲノムライブラリー)またはゲル(例えば、アガロースまたはポリアクリルアミン)内の数百から数百万もの核酸分子の中に存在する一核酸分子は「単離」核酸ではない。
「核酸」、「ヌクレオチド」、または「ポリヌクレオチド」という用語はデオキシリボ核酸(DNA)またはリボ核酸(RNA)および一本鎖型または二本鎖型のそれらの重合体を指す。具体的に限定されない限り、その用語は基準核酸と同等の結合特性を有し、且つ、天然ヌクレオチドと同様に代謝される公知の天然ヌクレオチド類似体を含有する核酸を包含する。別途指示されない限り、特定の核酸配列は明示的に示された配列と同様に、保存的に改変されたその変異体(例えば、縮重コドン置換体)、アレル、オルソログ、一ヌクレオチド多型(SNP)、および相補配列も暗黙のうちに包含する。具体的には、縮重コドン置換は1つ以上の選択された(または全ての)コドンの3番目の位置が混合塩基残基および/またはデオキシイノシン残基で置換されている配列を生成することによって達成され得る(Batzerら著、Nucleic Acid Res.誌、第19巻:5081頁(1991年)、Ohtsukaら著、J. Biol. Chem.誌、第260巻:2605〜2608頁(1985年)、およびRossoliniら著、Mol. Cell. Probes誌、第8巻:91〜98頁(1994年))。核酸という用語は遺伝子、cDNA、および遺伝子によってコードされるmRNAと互換的に使用される。
「ポリペプチド」、「ペプチド」、および「タンパク質」という用語はアミノ酸残基の重合体を指すために本明細書において互換的に使用される。それらの用語は天然アミノ酸重合体および非天然アミノ酸重合体と同様に、1つ以上のアミノ酸残基が対応する天然アミノ酸の人工的化学模倣物であるアミノ酸重合体にも当てはまる。本明細書において使用される場合、それらの用語は、アミノ酸残基が共有結合性ペプチド結合によって連結されている、完全長タンパク質(すなわち、抗原)をはじめとしたあらゆる長さのアミノ酸鎖を包含する。
「アミノ酸」という用語は天然アミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然アミノ酸と同様に機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣物を指す。天然アミノ酸は遺伝コードによってコードされるアミノ酸、ならびに後に修飾されるアミノ酸、例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、およびO−ホスホセリンである。本出願の目的のため、アミノ酸類似体は天然アミノ酸と同じ基本的化学構造を有する化合物、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびR基に結合している炭素を有する化合物、例えばホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルフオキシド、メチオニンメチルスルホニウムを指す。そのような類似体は修飾R基(例えば、ノルロイシン)または修飾ペプチド骨格を有するが、天然アミノ酸と同じ基本的化学構造を保持する。本出願の目的のため、アミノ酸模倣物はアミノ酸の一般的化学構造と異なる構造を有するが、天然アミノ酸と同様に機能する化学化合物を指す。
アミノ酸には国際公開第01/12654号パンフレットに記載されるような非天然D−キラリティーを有するアミノ酸が含まれてよく、それらのアミノ酸はそのようなD−アミノ酸のうちの1つ以上を含むポリペプチドの安定性(例えば、半減期)、生物学的利用率、および他の特徴を改善し得る。幾つかの事例では治療用ポリペプチドのアミノ酸のうちの1つ以上、場合によってはそれらのアミノ酸のうちの全てがD−キラリティーを有する。
アミノ酸は一般的に知られている3文字のシンボルか、またはIUPAC−IUB生化学命名法委員会によって推奨される1文字のシンボルのどちらかによって指示され得る。同様に、ヌクレオチドはそれらの一般的に受け入れられている1文字のコードによって指示され得る。
2つ以上のポリヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を説明する文脈の中の「同一である」またはパーセント「同一性」という用語は、以下の配列比較アルゴリズムのうちの1つを用いて、または手作業による整列と目視検査によって測定される場合に比較ウィンドウ上または指定領域上で最大の一致度を得るように比較され、整列させられると同一である2つ以上の配列または部分配列、または同一である特定のパーセンテージのアミノ酸残基またはヌクレオチドを有する2つ以上の配列または部分配列に関連する(例えば、本発明の方法において使用される細菌性のタンパク質または関心の物の変異体(例えば有害な妊娠転帰を予測するためのもの)は基準配列、例えば対応する野生型細菌性目的タンパク質に対して少なくとも80%の配列同一性、好ましくは85%、90%、91%、92%、93、94%、95%、96%、97%、98%、99%、または100%の同一性を有する)。そこで、そのような配列は「実質的に同一である」と言われる。ポリヌクレオチド配列に関して、この定義は検査配列の相補体にも関連する。少なくとも約50アミノ酸長またはヌクレオチド長である領域に同一性が存在することが好ましく、または75〜100アミノ酸長またはヌクレオチド長である領域に同一性が存在することがより好ましい。
配列比較のためには1つの配列が基準配列として働き、その配列に対して検査配列が比較されることが典型的である。配列比較アルゴリズムを使用するときは検査配列と基準配列をコンピューターに入力し、必要であれば部分配列座標を指定し、そして配列アルゴリズムプログラムパラメーターを指定する。初期プログラムパラメーターを使用することができ、または代替的パラメーターを指定することができる。その後、配列比較アルゴリズムがそれらのプログラムパラメーターに基づいて基準配列と比較した検査配列のパーセント配列同一性を計算する。核酸およびタンパク質の配列比較のため、下で考察するBLASTアルゴリズムとBLAST2.0アルゴリズム、および初期パラメーターが使用される。
本明細書において使用される場合の「比較ウィンドウ」は、20から600までの連続位置数、一般的には約50から約200までの連続位置数、より一般的には約100から約150までの連続位置数からなる群より選択される連続位置数のうちのいずれか1つの連続位置数の区域に対する参照であって、ある配列と基準配列の2つの配列を最適になるように整列させた後に同じ数の連続位置からなるその基準配列に対してその配列が比較され得るその参照に関連する。比較のための配列整列方法は当技術分野においてよく知られている。比較のための最適な配列整列は、例えばSmithおよびWaterman著、Adv. Appl. Math.誌、第2巻:482頁(1981年)の局所的相同性アルゴリズム、NeedlemanおよびWunsch著、J. Mol. Biol.誌、第48巻:443頁(1970年)の相同性アラインメントアルゴリズム、PearsonおよびLipman著、Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA誌、第85巻:2444頁(1988年)の類似性検索方法、これらのアルゴリズム(ウィスコンシン州、マジソン、575 サイエンス・ドライブのGenetics Computer GroupのWisconsin Genetics Software Package中のGAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA)のコンピューター実装、または手作業による整列と目視検査(例えば、Current Protocols in Molecular Biology(Ausubelら編、1995年、補遺)を参照されたい)によって実施され得る。
パーセント配列同一性および配列類似性の決定に適切であるアルゴリズムの例はBLASTアルゴリズムとBLAST2.0アルゴリズムであり、それらはそれぞれAltschulら著、(1990年)J. Mol. Biol.誌、第215巻:403〜410頁およびAltschulら著、(1977年)Nucleic Acids Res.誌、第25巻:3389〜3402頁に記載されている。BLAST分析を実施するためのソフトウェアは米国国立生物工学情報センターのウェッブサイトncbi.nlm.nih.govにおいて公開されている。そのアルゴリズムは、データベース配列中の同じ長さのワードと整列させるとある正の閾値スコアTと合致するか、またはそれを満たすクエリー配列中に長さWのショートワードを特定することによって高スコア配列対(HSP)を最初に特定することを含む。Tは隣接ワードスコア閾値と呼ばれる(Altschulら、上掲)。これらの最初の隣接ワードヒットはそれらを含むより長いHSPを見出すための検索を開始するためのシードとして機能する。次に累積アラインメントスコアが増加可能である限りそれらのワードヒットを各配列に沿って両方向に延長する。ヌクレオチド配列について、累積スコアはパラメーターM(一致残基対に対する報酬スコア;常に0より上)およびパラメーターN(不一致残基に対するペナルティースコア;常に0より下)を用いて計算される。アミノ酸配列について、累積スコアを計算するためにスコア行列が使用される。各方向でのワードヒットの延長は累積アラインメントスコアがその最大達成値から量Xだけ低下したとき、負のスコアを獲得する1つ以上の残基アラインメントの集積のために累積スコアがゼロ以下になるとき、またはどちらかの配列の末端に達したときに停止する。BLASTアルゴリズムパラメーターであるW、T、およびXはそのアラインメントの感度および速度を決定する。BLASTNプログラム(ヌクレオチド配列用)は28のワードサイズ(W)、10の期待値(E)、M=1、N=−2、および両鎖の比較を初期設定として使用する。アミノ酸配列について、BLASTPプログラムは3のワードサイズ(W)、10の期待値(E)、およびBLOSUM62スコア行列を初期設定として使用する(例えば、HenikoffおよびHenikoff著、Proc. Natl. Acad. Sci. USA誌、第89巻:10915頁(1989年)を参照されたい)。
BLASTアルゴリズムは2つの配列の間の類似性の統計分析も行う(例えば、KarlinおよびAltschul著、Proc. Nat’l. Acad. Sci. USA誌、第90巻:5873〜5787頁(1993年)を参照されたい)。BLASTアルゴリズムによって提供される類似性の1つの尺度は最小和確率(P(N))であり、それは2つのヌクレオチド配列またはアミノ酸配列の間の一致が偶然に起こることになる確率の目安を提供する。例えば、基準核酸に対する検査核酸の比較において最小和確率が約0.2未満、より好ましくは約0.01未満、および最も好ましくは約0.001未満である場合にその核酸はその基準配列と類似していると見なされる。
2つの核酸配列またはポリペプチドが実質的に同一であることの意味は、第1核酸によってコードされるポリペプチドが下で説明されるように第2核酸によってコードされるポリペプチドに対して生じた抗体と免疫学的に交差反応するということである。したがって、ポリペプチドは典型的には第2ポリペプチドと、例えばそれら2つのペプチドが保存的置換によって異なるだけである場合に実質的に同一である。2つの核酸配列が実質的に同一であることの別の意味は、それら2つの分子またはそれらの相補体が下で説明されるようにストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズすることを意味する。2つの核酸配列またはポリペプチドが実質的に同一であることのさらに別の意味は、同じプライマーを使用してその配列を増幅することができることである。
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」および「高ストリンジェンシー」という用語は、プローブが典型的には複雑な核酸混合物の中でその標的部分配列にハイブリダイズするが、他の配列にはハイブリダイズしない条件を指す。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、異なる状況においては異なってくる。より長い配列はより高い温度で特異的にハイブリダイズする。核酸のハイブリダイゼーションについての詳細な指針がTijssen著、Techniques in Biochemistry and Molecular Biology −Hybridization with Nucleic Probes、「Overview of principles of hybridization and the strategy of nucleic acid assays」(1993年)に見られ、当業者によって容易に理解される。一般的に、ストリンジェントな条件は規定のイオン強度pHにおいて特定の配列の融点(Tm)よりも約5〜10℃低くなるように選択される。そのTmは、標的に対して相補的であるプローブの50%が平衡状態で標的配列にハイブリダイズする(規定のイオン強度、pH、および核濃度での)温度である(Tmで標的配列が過剰に存在するとき、プローブの50%が平衡状態で占められる)。ストリンジェントな条件はホルムアミドなどの脱安定化剤の添加によって達成されてもよい。選択的または特異的なハイブリダイゼーションについて、陽性シグナルはバックグラウンドの少なくとも2倍、好ましくはバックグラウンドハイブリダイゼーションの10倍である。例となるストリンジェントなハイブリダイゼーション条件は次の通りであり得る:50%ホルムアミド、5×SSC、および1%SDS、42℃で保温、または、5×SSC、1%SDS、65℃で保温、65℃の0.2×SSC、および0.1%SDSの中で洗浄。
ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズしない核酸は、それでもそれらがコードするポリペプチドが実質的に同一であれば実質的に同一である。これは、例えば、遺伝コードによって許される最大のコドン縮重を用いて核酸が作製される場合に起こる。そのような事例ではそれらの核酸はややストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイズすることが典型的である。例となる「ややストリンジェントハイブリダイゼーション条件」には37℃の40%ホルムアミド、1M NaCl、1%SDSの緩衝液中でのハイブリダイゼーション、および45℃の1×SSCでの洗浄が含まれる。陽性のハイブリダイゼーションはバックグラウンドの少なくとも2倍である。当業者は、類似のストリンジェンシー条件を提供するために代替的なハイブリダイゼーション条件と洗浄条件が利用可能であることを容易に理解する。ハイブリダイゼーションパラメーターを決定するための追加のガイドラインは多数の参照文献、例えば、Current Protocols in Molecular Biology、Ausubelら編において提示されている。
ポリヌクレオチド配列が別のポリヌクレオチド配列と二本鎖複合体を形成することを言及する文脈で使用されるときに「特異的に結合する」という語句は、「ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション法」という用語の定義において提示されるワトソン・クリック塩基対合に基づいた「ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション」を説明する。
本出願において使用される場合、「増加」または「減少」は、比較対照、例えば確立された標準対照(妊娠している対照被検者の正常な子宮頸管組織または膣組織に見られる細菌のmRNAまたはタンパク質の平均発現レベル等)からの検出可能な量の正または負の変化を指す。増加は典型的には少なくとも10%、または少なくとも20%、または50%、または100%の正の変化であり、対照値の少なくとも2倍、または少なくとも5倍、または10倍も高い場合があり得る。同様に、減少は典型的には対照値の少なくとも10%、または少なくとも20%、30%、または50%の負の変化、または対照値の少なくとも80%または90%もの大きさの負の変化である。「より多くの」、「より少ない」、「より高い」、および「より低い」などの比較基準からの量的な変化または差異を表す他の用語は上で説明されたのと同じように本出願において使用される。対照的に、「実質的に同じ」または「実質的に変化が無い」という用語は標準対照値からの量の変化がほとんど無いか、全く無いことを表し、典型的には標準対照の±10%以内、または標準対照から±5%以内、標準対照から2%以内、または標準対照からずっと変化が少ないことを表す。
本明細書において使用される「ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション法」は、適切なハイブリダイゼーション条件下で公知の配列のポリヌクレオチドプローブとワトソン・クリック塩基対合を形成する能力に基づいて所定のポリヌクレオチド配列の存在および/または量を検出するための方法を指す。そのようなハイブリダイゼーション法の例にはサザンブロット、ノーザンブロット、およびインサイチュハイブリダイゼーションが挙げられる。
本明細書において使用される「プライマー」は、目的の遺伝子に対応するポリヌクレオチド配列、例えば特定の細菌遺伝子またはその一部のcDNA配列またはゲノム配列に基づいてヌクレオチド配列を増幅するための増幅方法、例えばポリメラーゼ連鎖反応(PCR)において使用することができるオリゴヌクレオチドを指す。典型的にはポリヌクレオチド配列の増幅用のPCRプライマーのうちの少なくとも1つはそのポリヌクレオチド配列に対して配列特異的である。そのプライマーの正確な長さは、温度、そのプライマーの起源、および使用される方法をはじめとする多数の因子に依存する。例えば、診断用途および予後予測用途については、標的配列の複雑さに応じてオリゴヌクレオチドプライマーが少なくとも10ヌクレオチド、または15ヌクレオチド、または20ヌクレオチド、または25ヌクレオチド、またはそれより多くのヌクレオチドを含むことが典型的であるが、オリゴヌクレオチドプライマーはそれより少ないヌクレオチドを含んでも、それより多いヌクレオチドを含んでもよい。当業者はプライマーの適切な長さの決定に関わる因子を容易に理解する。本開示では「プライマーペア」という用語は、標的DNA分子の両鎖に、または標的DNAの領域であって増幅されるヌクレオチド配列に隣接するそれらの領域にハイブリダイズする一対のプライマーを意味する。本開示では「プライマーサイト」という用語はプライマーがハイブリダイズする標的DNAまたは他の核酸の領域を意味する。
「標識」、「検出可能標識」、または「検出可能部分」は分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段、化学的手段、または他の物理学的手段によって検出可能な組成物である。例えば、有用な標識には32P、蛍光色素、高電子密度試薬、酵素(例えば、ELISAにおいて一般的に使用されるようなもの)、ビオチン、ジゴキシゲニン、またはハプテン、および例えばあるペプチドに放射性成分を組み込むことによって検出可能になり得るそのタンパク質、またはあるペプチドと特異的に反応する抗体を検出するために使用されるそのタンパク質が含まれる。プローブ(およびそれ故にその結合標的)の存在が容易に検出可能となるように規定の結合特性を有するプローブまたは分子(例えば、公知の結合特異性を有するポリペプチドまたはポリヌクレオチド)に検出可能標識を結合することが典型的である。
本明細書において使用される「標準対照」は確立された正常な組織試料、例えば正常な子宮頸管組織試料に存在する所定の量または濃度の特定の細菌属に属する細菌、細菌性ポリヌクレオチド、または細菌性ポリペプチドを指す。検査試料に存在する特定の細菌の属、mRNA、またはタンパク質の量を比較するための基盤として機能するような標準対照値が本発明の方法の活用にとって適切である。標準対照として機能する確立された試料は、従来規定されているように例えば閉じた子宮頸管または正常な長さの子宮頸管を有する平均的な健康で妊娠しているヒトの子宮頸管組織試料に典型的である細菌の属、mRNAまたはタンパク質の平均量を提供する。標準対照値は前記試料の性質、試料収集方法、ならびに性別、年齢、そのような対照値を確立する基になった対象の民族的帰属(および妊婦の場合は妊娠期間)などの他の因子に応じて変化し得る。
従来規定されているように、妊娠しており、且つ、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクが無いヒトを説明する文脈の中で使用される場合、「平均」という用語は、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するどのようなリスクも無い妊娠しているヒトからなる無作為選択群を表すその人物の子宮頸管のある特定の特徴、特に1種類以上の特定の細菌分類群の細菌量を指す。これらの個人の間での子宮頸管内の特定の分類群の細菌の平均量が健康で正常な妊娠しているヒトからなる母集団における前記分類群の細菌の対応量を妥当な精度で反映するようにこの選択群は充分な数のヒトを含むべきである。加えて、妊娠しているヒトからなる選択群は、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクの徴候に関して子宮頸管組織試料が検査される対象の妊娠期間と類似の妊娠期間を有することが一般的である。また、年齢、同じ種類または類似の種類の介入(例えば、ペッサリー/セルクラージュ介入)の受け入れ状態、民族的帰属、医療歴などの他の因子も考慮され、検査対象のプロファイルと「平均」値を構築する個人からなる選択群のプロファイルとの間で厳密に一致することが好ましい。
本出願において使用される「量」または「レベル」という用語は試料中に存在する目的の細菌分類群、目的の細菌性ポリヌクレオチド、または目的の細菌性ポリペプチドの量を指す。そのような量は絶対項、すなわち試料中の細菌分類群、ポリヌクレオチド、またはポリペプチドの総量で表現されても、相対項、すなわち試料中の細菌分類群、ポリヌクレオチド、またはポリペプチドの濃度で表現されてもよい。
「対象」という用語には有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有する潜在的リスクのために医学的配慮を求めている個人、例えば、あらゆる妊娠している個人が含まれる。対象には以前の妊娠時に有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有したことがある個人も含まれる。
本発明の詳細な説明
I. 序論
本発明は、適切にマッチングされた対応症状を有しない女性に由来する適切な対照試料における細菌分類群と比較して、進行した子宮頸管拡張/子宮頸管短縮を有する女性の子宮頸管スワブ試料中において、差次的に大量に存在する細菌分類群の発見に部分的に基づく。特定の細菌分類群(例えば、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群)に由来する細菌のレベル上昇は、34週未満での早産(例えば、自然早産)、37週未満での早産(例えば、自然早産)、生体試料が採取された後の期間内(例えば、1日後、7日後、14日後、21日後、28日後、56日後、84日後、112日後、140日後、168日後、196日後)での分娩、臨床介入が実施された後の期間内(例えば、1日後、7日後、14日後、21日後、28日後、56日後、84日後、112日後、140日後、168日後、196日後)での分娩、1分の時点で7未満のアプガースコア、5分の時点で7未満のアプガースコア、絨毛羊膜炎(例えば、臨床的絨毛羊膜炎または病理的絨毛羊膜炎)、呼吸窮迫症候群、気管支肺異形成症、脳室内出血、出生後7日以内の新生児死亡および新生児敗血症などの有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクも予測する。
I. 序論
本発明は、適切にマッチングされた対応症状を有しない女性に由来する適切な対照試料における細菌分類群と比較して、進行した子宮頸管拡張/子宮頸管短縮を有する女性の子宮頸管スワブ試料中において、差次的に大量に存在する細菌分類群の発見に部分的に基づく。特定の細菌分類群(例えば、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群)に由来する細菌のレベル上昇は、34週未満での早産(例えば、自然早産)、37週未満での早産(例えば、自然早産)、生体試料が採取された後の期間内(例えば、1日後、7日後、14日後、21日後、28日後、56日後、84日後、112日後、140日後、168日後、196日後)での分娩、臨床介入が実施された後の期間内(例えば、1日後、7日後、14日後、21日後、28日後、56日後、84日後、112日後、140日後、168日後、196日後)での分娩、1分の時点で7未満のアプガースコア、5分の時点で7未満のアプガースコア、絨毛羊膜炎(例えば、臨床的絨毛羊膜炎または病理的絨毛羊膜炎)、呼吸窮迫症候群、気管支肺異形成症、脳室内出血、出生後7日以内の新生児死亡および新生児敗血症などの有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクも予測する。
II. 一般的方法
本発明の実施は分子生物学分野におけるルーチン的技法を利用する。本発明において活用される一般的方法を開示する基本的な教科書にはSambrookおよびRussell著、Molecular Cloning, A Laboratory Manual(第3版、2001年)、Kriegler著、Gene Transfer and Expression: A Laboratory Manual (1990年)、およびCurrent Protocols in Molecular Biology(Ausubelら編、1994年))が含まれる。
本発明の実施は分子生物学分野におけるルーチン的技法を利用する。本発明において活用される一般的方法を開示する基本的な教科書にはSambrookおよびRussell著、Molecular Cloning, A Laboratory Manual(第3版、2001年)、Kriegler著、Gene Transfer and Expression: A Laboratory Manual (1990年)、およびCurrent Protocols in Molecular Biology(Ausubelら編、1994年))が含まれる。
核酸について、サイズはキロベース(kb)または塩基対(bp)のどちらかで示される。これらはアガロースゲル電気泳動またはアクリルアミドゲル電気泳動から得られる推定値、シーケンシングした核酸から得られる推定値、または公開されたDNA配列から得られる推定値である。タンパク質について、サイズはキロダルトン(kDa)またはアミノ酸残基数で示される。タンパク質サイズはゲル電気泳動からの推定値、シーケンシングしたタンパク質からの推定値、得られたアミノ酸配列からの推定値、または公開されたタンパク質配列からの推定値である。
市販されていないオリゴヌクレオチドは、例えば、Van Devanterら著、Nucleic Acids Res.誌、第12巻:6159〜6168頁(1984年)に記載されているように自動合成機を使用してBeaucageおよびCaruthers著、Tetrahedron Lett.誌、第22巻:1859〜1862頁(1981年)によって最初に記載された固相ホスホラミダイトトリエステル法に従って化学合成され得る。オリゴヌクレオチドの精製は、当技術分野において理解されているあらゆる戦略、例えばネイティブアクリルアミドゲル電気泳動またはPearsonおよびReanier著、J. Chrom.誌、第255巻:137〜149頁(1983年)に記載される陰イオン交換高速液体クロマトグラフィー(HPLC)を用いて実施される。
III. 組織試料の獲得および細菌分類群の分析
本発明は、早期陣痛および早期分娩などの有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクの評価手段として、妊婦の子宮頸管または膣に、特に子宮頸管スワブまたは膣スワブ試料にの特定の細菌分類群の細菌量を測定することに関する。したがって、本発明を実施する第1工程は検査対象に由来する子宮頸管組織試料または膣組織試料を、試料中に含まれる核酸、例えばRNAまたはDNAを分析することができるように得ることである。幾つかの実施形態では妊婦の子宮頸管または膣にの特定の細菌分類群の細菌量は、子宮頸管または膣に由来しない生体試料中の特定の細菌の量によって表され得る。
本発明は、早期陣痛および早期分娩などの有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクの評価手段として、妊婦の子宮頸管または膣に、特に子宮頸管スワブまたは膣スワブ試料にの特定の細菌分類群の細菌量を測定することに関する。したがって、本発明を実施する第1工程は検査対象に由来する子宮頸管組織試料または膣組織試料を、試料中に含まれる核酸、例えばRNAまたはDNAを分析することができるように得ることである。幾つかの実施形態では妊婦の子宮頸管または膣にの特定の細菌分類群の細菌量は、子宮頸管または膣に由来しない生体試料中の特定の細菌の量によって表され得る。
A. 生体試料の獲得および調製
子宮頸管組織または膣組織、子宮頸管粘液、羊水、または母体血などの生体試料は、本発明の方法を用いて検査またはモニターされる人物から入手される。個人からの子宮頸管上皮細胞または膣上皮細胞、子宮頸管粘液、羊水、または母体血(例えば、母体全血、母体血清および/または母体血漿)の収集は、子宮頸管スクリーニング時のプロトコルなど、病院または診療所が一般的に従う標準的プロトコルに準じて実施される。適切な量の子宮頸管上皮または膣上皮、こそぎ落とされた細胞、粘膜、および/または体液が収集され、それはその後の調製の前に標準的手順に従って貯蔵されてもよい。
子宮頸管組織または膣組織、子宮頸管粘液、羊水、または母体血などの生体試料は、本発明の方法を用いて検査またはモニターされる人物から入手される。個人からの子宮頸管上皮細胞または膣上皮細胞、子宮頸管粘液、羊水、または母体血(例えば、母体全血、母体血清および/または母体血漿)の収集は、子宮頸管スクリーニング時のプロトコルなど、病院または診療所が一般的に従う標準的プロトコルに準じて実施される。適切な量の子宮頸管上皮または膣上皮、こそぎ落とされた細胞、粘膜、および/または体液が収集され、それはその後の調製の前に標準的手順に従って貯蔵されてもよい。
妊娠している患者の試料にの細菌の本発明に従う分析は、例えば、その試料中に見出される細胞、組織、粘膜、または体液を使用して実施され得る。核酸抽出用の細胞試料、組織試料、または体液試料を調製するための方法は当業者によく知られている。例えば、対象の子宮頸管粘膜試料または膣粘膜試料は、その試料中の細菌性のDNAまたはRNAを分析することができるように処理され得る。
B. DNAの抽出および定量
生体試料から細菌のDNAを抽出するための多数の方法が存在する。生体試料からDNAを抽出するための方法は分子生物学の分野においてよく知られており、且つ、日常的に実施される。例えば、上掲のSambrookおよびRussellの著作を参照されたい。RNA混入はDNA分析への干渉を回避するために排除されるべきである。溶解緩衝液ならびにムタノリシンおよびプロテイナーゼKをはじめとする酵素を使用する前記生体試料の前処理を抽出の前に行ってもよい。標的DNAを検出するための方法にはPCR分析、蛍光標識を用いる定量的分析、またはサザンブロット分析のいずれも含まれる。標的DNAは特定の細菌分類群が有する16SリボソーマルRNAコード遺伝子(16S rRNA遺伝子)または他の目的遺伝子または他の目的ゲノム配列であり得る。
生体試料から細菌のDNAを抽出するための多数の方法が存在する。生体試料からDNAを抽出するための方法は分子生物学の分野においてよく知られており、且つ、日常的に実施される。例えば、上掲のSambrookおよびRussellの著作を参照されたい。RNA混入はDNA分析への干渉を回避するために排除されるべきである。溶解緩衝液ならびにムタノリシンおよびプロテイナーゼKをはじめとする酵素を使用する前記生体試料の前処理を抽出の前に行ってもよい。標的DNAを検出するための方法にはPCR分析、蛍光標識を用いる定量的分析、またはサザンブロット分析のいずれも含まれる。標的DNAは特定の細菌分類群が有する16SリボソーマルRNAコード遺伝子(16S rRNA遺伝子)または他の目的遺伝子または他の目的ゲノム配列であり得る。
様々なポリヌクレオチド増幅方法がよく確立されており、研究において頻繁に用いられている。例えば、ポリヌクレオチド配列増幅のためのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の一般的方法が当技術分野において周知であり、したがって本明細書では詳細には説明されない。PCR法、プロトコル、およびプライマーデザインの原理の概説については、例えば、Innisら著、PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications、Academic Press社、ニューヨーク、1990年を参照されたい。PCR試薬およびプロトコルはRoche Molecular Systemsのような商業的供給業者からも入手可能である。
PCR増幅が本発明の実施において使用されることが典型的であるが、当業者は各々が充分な増幅を行う、リガーゼ連鎖反応(LCR)、転写増幅法、および自家持続配列複製法または核酸配列ベース増幅法(NASBA)などのあらゆる公知の方法によって関係のあるゲノム配列の増幅が達成され得ることを理解する。つい最近開発された分岐DNAテクノロジーを特定の細菌性mRNAマーカーの量の定量的決定に用いてもよい。臨床試料中の核酸配列の直接的定量のための分岐DNAシグナル増幅の詳細な説明については、例えば、Nolte著、Adv. Clin. Chem.誌、第33巻:201〜235頁、1998年を参照されたい。
ポリヌクレオチド配列決定のための技法もよく確立されており、関係する研究分野において広く実施されている。例えば、ポリヌクレオチドシーケンシングの基本原理および一般的技法が、上掲のWallaceらの著作、上掲のSambrookおよびRussellの著作、および上掲のAusubelらの著作などの分子生物学と組換え遺伝学についての様々な研究報告書と学術論文に記載されている。研究室においてルーチン的に実施される手作業のDNAシーケンシング方法または自動化DNAシーケンシング方法が本発明の実施に用いられ得る。本発明の方法を実施するためのポリヌクレオチド配列検出に適切なその他の手段には、マススペクトロメトリー、プライマー伸長法、ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション、リアルタイムPCR、融解曲線分析、高解像度融解分析、ヘテロ二重鎖分析、大量並列シーケンシング(例えば、次世代シーケンシング)、および電気泳動が含まれるがこれらに限定されない。
C. RNAの抽出および定量
当業者は、生体試料から細菌性RNAを抽出するための多数の方法が存在することを理解している。RNA調製の(例えば、SambrookおよびRussell著、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第3版、2001年によって説明される)一般的方法に従うことができ、Trizol試薬(Invitrogen、カールスバッド、カリフォルニア州)、Oligotex Direct mRNAキット(Qiagen、バレンシア、カリフォルニア州)、RNeasyミニキット(Qiagen、ヒルデン、ドイツ)、およびPolyATtract(登録商標)シリーズ9600(商標)(Promega、マジソン、ウィスコンシン州)などの様々な市販の試薬またはキットを使用して検査対象由来の生体試料からmRNAを得てもよい。これらの方法のうちの複数の方法の組合せを用いてもよい。
当業者は、生体試料から細菌性RNAを抽出するための多数の方法が存在することを理解している。RNA調製の(例えば、SambrookおよびRussell著、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、第3版、2001年によって説明される)一般的方法に従うことができ、Trizol試薬(Invitrogen、カールスバッド、カリフォルニア州)、Oligotex Direct mRNAキット(Qiagen、バレンシア、カリフォルニア州)、RNeasyミニキット(Qiagen、ヒルデン、ドイツ)、およびPolyATtract(登録商標)シリーズ9600(商標)(Promega、マジソン、ウィスコンシン州)などの様々な市販の試薬またはキットを使用して検査対象由来の生体試料からmRNAを得てもよい。これらの方法のうちの複数の方法の組合せを用いてもよい。
全ての混入DNAがRNA調製物から排除されることは大変重要である。したがって、DNaseを用いる処理による注意深い試料の取扱い、および増幅工程と定量工程における適切な陰性対照が用いられるべきである。
D. RNAレベルのPCRベースの定量的測定
一旦、RNAが試料から抽出されると、特定の細菌分類群の細菌が発現するあらゆる目的RNA転写産物の量を定量することができる。例えば、限定されないが、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群などの特定の細菌分類群、の16SリボソーマルRNA(rRNA)の量を検出および測定することができる。RNA転写産物レベルを決定するための好ましい方法は増幅ベースの方法、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、特に逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)による方法である。
一旦、RNAが試料から抽出されると、特定の細菌分類群の細菌が発現するあらゆる目的RNA転写産物の量を定量することができる。例えば、限定されないが、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカムまたはウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8中の16S rRNAヌクレオチド配列によって規定される細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定される細菌分類群などの特定の細菌分類群、の16SリボソーマルRNA(rRNA)の量を検出および測定することができる。RNA転写産物レベルを決定するための好ましい方法は増幅ベースの方法、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)、特に逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)による方法である。
増幅工程の前に、目的の細菌のRNA転写産物のDNAコピー(cDNA)が合成されることが求められる。これは別の工程として実施され得る逆転写によって達成されるか、またはRNAを増幅するためのポリメラーゼ連鎖反応の変法である同次逆転写ポリメラーゼ連鎖反応(RT−PCR)において達成される。リボ核酸のPCR増幅に適切な方法は、Diagnostic Molecular Biology: Principles and Applications内のRomeroおよびRotbartの著作、401〜406頁、Persingら編、Mayo Foundation、ロチェスター、ミネソタ州、1993年、Eggerら著、J. Clin. Microbiol.誌、第33巻:1442〜1447頁、1995年、および米国特許第5075212号明細書によって説明される。
PCRの一般的方法は当技術分野において周知であり、したがって本明細書では詳細には説明されない。PCR法、プロトコル、およびプライマーデザインの原理の概説については、例えば、Innisら著、PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications、Academic Press社、ニューヨーク、1990年を参照されたい。PCR試薬およびプロトコルはRoche Molecular Systemsのような商業的供給業者からも入手可能である。
PCRは熱安定性酵素を使用する自動化処理として最も一般的に実施される。この処理では反応混合物の温度が自動的に変性領域、プライマーアニーリング領域、および伸長反応領域を周期的に繰り返す。この目的のために特別にに適合した機械が市販されている。
標的RNAのPCR増幅が、本発明の実施において使用されることが典型的である。しかしながら、当業者は、各々が充分な増幅を行う、リガーゼ連鎖反応(LCR)、転写増幅法、および自家持続配列複製法または核酸配列ベース増幅法(NASBA)などのあらゆる公知の方法によって試料中の細菌のRNA種の増幅が達成され得ることを理解する。つい最近開発された分岐DNAテクノロジーを特異的な細菌のRNAマーカーの量の定量的決定に用いてもよい。臨床試料中の核酸配列の直接的定量のための分岐DNAシグナル増幅の概説についてはNolte著、Adv. Clin. Chem.誌、第33巻:201〜235頁、1998年を参照されたい。
E. DNAおよびRNA用の他の定量的方法
目的の細菌のDNAまたはRNA転写産物は、当業者に周知な他の標準的技法を用いても検出することができる。検出工程は増幅工程の後に来ることが典型的であるが、本発明の方法では増幅は必要とされない。例えば、DNAまたはRNAは、増幅工程が先行するにしても先行しないにしてもサイズ分画(例えば、ゲル電気泳動)によって同定され得る。周知の技法(例えば、上掲のSambrookおよびRussellの著作を参照されたい)に従って、アガロースゲルまたはポリアクリルアミドゲル中で試料を泳動し、臭化エチジウムを用いて標識した後、標準的比較物と同じサイズのバンドの存在が標的DNAまたは標的RNAの存在を意味し、次にそのバンドの強度に基づいて標的DNAまたは標的RNAの量がその対照に対して比較され得る。あるいは、目的のDNAまたはRNAに特異的なオリゴヌクレオチドプローブをDNA種またはRNA種の存在の検出に使用することができ、そのプローブによって与えられたシグナルの強度に基づいてその標準的比較物に対して比較してDNAまたはRNAの量を示すことができる。
目的の細菌のDNAまたはRNA転写産物は、当業者に周知な他の標準的技法を用いても検出することができる。検出工程は増幅工程の後に来ることが典型的であるが、本発明の方法では増幅は必要とされない。例えば、DNAまたはRNAは、増幅工程が先行するにしても先行しないにしてもサイズ分画(例えば、ゲル電気泳動)によって同定され得る。周知の技法(例えば、上掲のSambrookおよびRussellの著作を参照されたい)に従って、アガロースゲルまたはポリアクリルアミドゲル中で試料を泳動し、臭化エチジウムを用いて標識した後、標準的比較物と同じサイズのバンドの存在が標的DNAまたは標的RNAの存在を意味し、次にそのバンドの強度に基づいて標的DNAまたは標的RNAの量がその対照に対して比較され得る。あるいは、目的のDNAまたはRNAに特異的なオリゴヌクレオチドプローブをDNA種またはRNA種の存在の検出に使用することができ、そのプローブによって与えられたシグナルの強度に基づいてその標準的比較物に対して比較してDNAまたはRNAの量を示すことができる。
配列特異的プローブハイブリダイゼーションは、他の種の核酸を含む特定の核酸を検出する周知の方法である。充分にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、プローブは実質的に相補的な配列だけに特異的にハイブリダイズする。様々な量の配列ミスマッチを許容するために、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーを緩めることができる。
溶液相ハイブリダイゼーションアッセイ、固相ハイブリダイゼーションアッセイ、または混合相ハイブリダイゼーションアッセイを含むがこれらに限定されない当技術分野においてよく知られている多数のハイブリダイゼーション形式。次の論文は様々なハイブリダイゼーションアッセイ形式を概説している:Singerら著、Biotechniques誌、第4巻:230頁、1986年、Haaseら著、Methods in Virology、189〜226頁、1984年、Wilkinson著、In situ Hybridization、Wilkinson編、IRL Press、オックスフォード大学出版局、オックスフォード、ならびにHamesおよびHiggins編、Nucleic Acid Hybridization: A Practical Approach、IRL Press、1987年。
周知の技法に従ってハイブリダイゼーション複合体が検出される。標的核酸、すなわちRNAまたは増幅されたDNAに特異的にハイブリダイズすることができる核酸プローブは、典型的にはハイブリダイズした核酸の存在を検出するために用いられる幾つかの方法のうちのいずれか1つによって標識することができる。1つの一般的な検出方法は、3H、125I、35S、14C、または32Pなどで標識されたプローブを使用するオートラジオグラフィーの利用である。放射性同位体の選択は、合成の容易さ、安定性、および選択した同位体の半減期に起因する研究上の好ましさによる。他の標識には、フルオロフォア、化学発光薬剤、および酵素で標識された抗リガンドまたは抗体に結合する化合物(例えば、ビオチンおよびジゴキシゲニン)が含まれる。あるいは、プローブは、フルオロフォア、化学発光薬剤、または酵素などの標識と直接的に結合することができる。標識の選択は必要とされる感度、プローブとの結合の容易さ、安定性条件、および利用可能な機器による。
本発明の実施にとって必要なプローブおよびプライマーは、周知の技法を用いて合成および標識することができる。プローブおよびプライマーとして使用されるオリゴヌクレオチドは、Needham−VanDevanterら著、Nucleic Acids Res.誌、第12巻:6159〜6168頁、1984年に記載されているように自動合成機を使用してBeaucageおよびCaruthers著、Tetrahedron Letts.誌、第22巻:1859〜1862頁、1981年によって最初に記載された固相ホスホラミダイトトリエステル法に従って化学的に合成することができる。オリゴヌクレオチドの精製はネイティブアクリルアミドゲル電気泳動またはPearsonおよびRegnier著、J. Chrom.誌、第255巻:137〜149頁(1983年)に記載される陰イオン交換HPLCのどちらかによる。
F. 増幅および配列分析
配列分析の前に増幅反応を実施してもよい。様々なポリヌクレオチド増幅方法がよく確立されており、研究に頻繁に用いられている。例えば、ポリヌクレオチド配列増幅のためのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の一般的方法が当技術分野においてよく知られており、したがって本明細書では詳細には説明されない。PCR法、プロトコル、およびプライマーデザインの原理の概説については、例えば、Innisら著、PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications、Academic Press社、ニューヨーク、1990年を参照されたい。PCR試薬およびプロトコルはRoche Molecular Systemsのような商業的供給業者からも入手可能である。
配列分析の前に増幅反応を実施してもよい。様々なポリヌクレオチド増幅方法がよく確立されており、研究に頻繁に用いられている。例えば、ポリヌクレオチド配列増幅のためのポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の一般的方法が当技術分野においてよく知られており、したがって本明細書では詳細には説明されない。PCR法、プロトコル、およびプライマーデザインの原理の概説については、例えば、Innisら著、PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications、Academic Press社、ニューヨーク、1990年を参照されたい。PCR試薬およびプロトコルはRoche Molecular Systemsのような商業的供給業者からも入手可能である。
ポリヌクレオチド配列決定のための技法もよく確立されており、関係する研究分野において広く実施されている。例えば、ポリヌクレオチドシーケンシングの基本原理および一般的技法が、上掲のWallaceらの著作、上掲のSambrookおよびRussellの著作、および上掲のAusubelらの著作などの分子生物学と組換え遺伝学についての様々な研究報告書と学術論文に記載されている。研究室において日常的に実施される手作業のDNAシーケンシング方法または自動化DNAシーケンシング方法を本発明の実施に用いることができる。本発明の方法を実施するためのポリヌクレオチド配列検出に適切なその他の手段には、マススペクトロメトリー、プライマー伸長法、ポリヌクレオチドハイブリダイゼーション、リアルタイムPCR、融解曲線分析、高解像度融解分析、ヘテロ二重鎖分析、大量並列シーケンシング、および電気泳動が含まれるがこれらに限定されない。
IV. 標準対照の確立
本発明の方法を実施するための特定の種類の試料(例えば、子宮頸管スワブまたは膣スワブ)の標準対照を確立するため、健康な妊婦からなる群、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクが無い妊婦からなる群、または妊娠の正常なタイムフレーム内で分娩することが後に確認された妊婦からなる群を従来規定されている通りにまず選択する。例えば、その群には正期の陣痛および分娩があった妊婦からなる群が含まれてもよい。幾つかの実施形態ではその群の妊婦はセルクラージュまたはペッサリーなどの臨床介入の後に正期の陣痛および分娩があったとしてもよい。これらの個人は、該当する場合は、本発明の方法を用いた有害な妊娠転帰のリスクのスクリーニングおよび/またはモニタリングの目的にとって適切なパラメーター内にある。例えば、それらの個人は類似の妊娠期間と同等の健康状態を有する個人であってよい。所望により、それらの個人は類似の年齢または類似の民族的バックグラウンドを有する個人であってもよい。
本発明の方法を実施するための特定の種類の試料(例えば、子宮頸管スワブまたは膣スワブ)の標準対照を確立するため、健康な妊婦からなる群、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクが無い妊婦からなる群、または妊娠の正常なタイムフレーム内で分娩することが後に確認された妊婦からなる群を従来規定されている通りにまず選択する。例えば、その群には正期の陣痛および分娩があった妊婦からなる群が含まれてもよい。幾つかの実施形態ではその群の妊婦はセルクラージュまたはペッサリーなどの臨床介入の後に正期の陣痛および分娩があったとしてもよい。これらの個人は、該当する場合は、本発明の方法を用いた有害な妊娠転帰のリスクのスクリーニングおよび/またはモニタリングの目的にとって適切なパラメーター内にある。例えば、それらの個人は類似の妊娠期間と同等の健康状態を有する個人であってよい。所望により、それらの個人は類似の年齢または類似の民族的バックグラウンドを有する個人であってもよい。
選択された個人の正常な分娩時期が後で確認される。「標準対照」としてのデータを提供するために、選択された個人の中で正常な分娩時期の領域よりも早く、または遅く出産を行ったことが分かった人は全てその群から除外されることになる。
選択された個人の健康状態は、個人の一般的健康診断および医療歴の総点検をはじめとするよく確立された日常的に用いられる方法によって確認されるが、限定はされない。
さらに、選択された健康な個人の群は、その群から得られた子宮頸管組織試料における1種類以上の細菌分類群の細菌の平均量/平均濃度が、健康な妊婦の一般的な集団における正常レベルまたは平均レベルを表すものとして合理的に見なされ得るように、合理的なサイズの群でなくてはならない。好ましくは、その選択群は少なくとも10人の妊娠しているヒト対象を含む。
一旦、複数の分類群の細菌の平均値が選択された健常対照群の各対象の個々の値に基づいて確定されると、平均値、または中央値、または代表的値またはプロファイルが標準対照と見なされる。同じ過程の間に標準偏差も決定される。幾つかの例では、年齢、妊娠期間、または民族的バックグラウンドなどの異なる特徴を有する別々に規定された群について別々の標準対照を確立してもよい。
V. 子宮頸管微生物スコアに基づく有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰のリスクの予測
本明細書に記載される方法を用いると、現在の妊娠において有害な妊娠転帰、例えば自然早産または34週より前の出産を有する可能性が妊娠対象にあるか予測することができる。同様に、将来の妊娠において有害な妊娠転帰を有する可能性が非妊娠対象にあるか予測することができる。幾つかの実施形態では、各対象について少なくとも1種類の細菌分類群、例えば1種類、2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、20種類、またはそれより多くの種類の細菌分類群に属する細菌の存在量レベルを使用して子宮頸管微生物スコアを計算することができる。その対象のスコアを標準対照群のスコアによって確定されたカットオフ値と比較し、有害な妊娠転帰を有する可能性が妊娠対象にあるか決定するために使用することができる。幾つかの実施形態ではそれらの細菌は少なくとも3種類の細菌分類群、例えば、1種類、2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、20種類、またはそれより多くの種類の細菌分類群に属する。幾つかの例では、細菌にはスネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム(またはウレアプラズマ・パルバム)、アトポビウム・バギナエ、ペプトニフィラス・ラクリマリス、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、およびパラビバクター・カエシコラ(Paravibacter caecicola)が含まれる。他の例では、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム(またはウレアプラズマ・パルバム)、アトポビウム・バギナエ、ペプトニフィラス・ラクリマリス、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、およびパラビバクター・カエシコラ(Paravibacter caecicola)の存在量レベルが、対象の子宮頸管微生物スコアを計算するために使用される。幾つかの実施形態では、選択された細菌分類群の各log10(存在量)値を線形スケールに変換した後で合算することができ、その後でその総合値を対数変換し、log10スケールの子宮頸管微生物スコアとして表す。幾つかの例では、1.15を超える子宮頸管微生物スコアは自然早産を有するリスクがその妊娠対象にあることを示すことができる。幾つかの例では、縫縮術またはペッサリーなどの介入後に自然早産を有するリスクが妊娠している対象にある。幾つかの実施形態では、1.15を超える子宮頸管スコアは、約37.0週未満で、例えば、約36.5週、約36.0週、約35.0週、約34.0週、約33.0週、約32.0週、約31.0週、約30.0週、約29.0週、約28.0週、約27.0週、約26.0週、約25.0週、約24.0週、約23.0週、約22.0週、約21.0週、またはそれより少ない週で分娩を行う増大した可能性がそ の妊した娠対象にあることを示すことができる。
本明細書に記載される方法を用いると、現在の妊娠において有害な妊娠転帰、例えば自然早産または34週より前の出産を有する可能性が妊娠対象にあるか予測することができる。同様に、将来の妊娠において有害な妊娠転帰を有する可能性が非妊娠対象にあるか予測することができる。幾つかの実施形態では、各対象について少なくとも1種類の細菌分類群、例えば1種類、2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、20種類、またはそれより多くの種類の細菌分類群に属する細菌の存在量レベルを使用して子宮頸管微生物スコアを計算することができる。その対象のスコアを標準対照群のスコアによって確定されたカットオフ値と比較し、有害な妊娠転帰を有する可能性が妊娠対象にあるか決定するために使用することができる。幾つかの実施形態ではそれらの細菌は少なくとも3種類の細菌分類群、例えば、1種類、2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、20種類、またはそれより多くの種類の細菌分類群に属する。幾つかの例では、細菌にはスネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム(またはウレアプラズマ・パルバム)、アトポビウム・バギナエ、ペプトニフィラス・ラクリマリス、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、およびパラビバクター・カエシコラ(Paravibacter caecicola)が含まれる。他の例では、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム(またはウレアプラズマ・パルバム)、アトポビウム・バギナエ、ペプトニフィラス・ラクリマリス、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、およびパラビバクター・カエシコラ(Paravibacter caecicola)の存在量レベルが、対象の子宮頸管微生物スコアを計算するために使用される。幾つかの実施形態では、選択された細菌分類群の各log10(存在量)値を線形スケールに変換した後で合算することができ、その後でその総合値を対数変換し、log10スケールの子宮頸管微生物スコアとして表す。幾つかの例では、1.15を超える子宮頸管微生物スコアは自然早産を有するリスクがその妊娠対象にあることを示すことができる。幾つかの例では、縫縮術またはペッサリーなどの介入後に自然早産を有するリスクが妊娠している対象にある。幾つかの実施形態では、1.15を超える子宮頸管スコアは、約37.0週未満で、例えば、約36.5週、約36.0週、約35.0週、約34.0週、約33.0週、約32.0週、約31.0週、約30.0週、約29.0週、約28.0週、約27.0週、約26.0週、約25.0週、約24.0週、約23.0週、約22.0週、約21.0週、またはそれより少ない週で分娩を行う増大した可能性がそ の妊した娠対象にあることを示すことができる。
幾つかの実施形態では、各生体試料の細菌分類群の存在量レベルは、その該当する分類群に特異的なポリヌクレオチド配列を標的とする定量的PCRアッセイまたは配列特異的ハイブリダイゼーションアッセイによって決定される。他の実施形態では、各生体試料の細菌分類群の存在量レベルは、それぞれの分類群の代用物として機能するマーカー遺伝子配列の大量並列シーケンシングによって決定される。幾つかの例では、試料中の細菌分類群の存在量レベルは、該当する分類群を示す16SリボソーマルRNA(rRNA)遺伝子配列の正規化されたリードカウントである。幾つかの例では、正規化リードカウントは、試料当たりの異なるシーケンシング深度または試料当たりの異なるライブラリーサイズのような試料間の技術的変動を最小限にするための確立された正規化方法を用いて生リードカウントから計算される。幾つかの例では、細菌分類群の存在量レベルはlog10スケールで示される。
幾つかの実施形態では、実施例2におけるLA6値に示されているように、選択された群の細菌分類群(例えば、閉じた子宮頸管よりも拡張した子宮頸管において有意に大量に存在する分類群)の存在量が、加算または乗算によってまとめられて子宮頸管微生物スコアを提供する。他の実施形態では、スコアは、3工程で計算され、すなわち、(a)1つのサブ選択群の細菌分類群(例えば、閉じた子宮頸管よりも拡張した子宮頸管において有意に多く存在する分類群)の存在量レベルが加算または乗算によってまとめられ、(b)別のサブ選択群の分類群(例えば、拡張した子宮頸管よりも閉じた子宮頸管において有意に多く存在する分類群)の存在量レベルも加算または乗算によってまとめられ、(c)1番目の選択された群の分類群の和または積と2番目のサブ選択群の分類群の和または積との間の減算または除算によって、子宮頸管微生物スコアが計算される。他の実施形態では、子宮頸管微生物スコアは、実施例1中のDIBT1検査、DIBT2検査、およびDIBT3検査に示されているように、試料中に存在する選択された細菌分類群の種類の数に基づいて計算される。そのDIBT1検査、DIBT2検査、およびDIBT3検査では、子宮頸管微生物スコアは選択された細菌分類群の数であり、1以上のスコアを有する対象は有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰のリスク増加を意味する。他の実施形態では、子宮頸管微生物叢スコアは、試料中に検出される全ての分類群の中の選択された細菌分類群のランク付けに基づいて計算される。
VI. キット
本発明は、本明細書に記載される、妊娠した対象において1種類以上の特定の分類群の細菌のレベルを評価する方法を実施するための組成物およびキットを提供し、それらは有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクの判定などの様々な目的のために使用され得る。
本発明は、本明細書に記載される、妊娠した対象において1種類以上の特定の分類群の細菌のレベルを評価する方法を実施するための組成物およびキットを提供し、それらは有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクの判定などの様々な目的のために使用され得る。
目的の細菌分類群の細菌のRNAレベルを決定するアッセイを実施するためのキットには、目的のコード配列の少なくとも1つのセグメントまたはその相補配列との特異的ハイブリダイゼーションに有用な、少なくとも1種類のオリゴヌクレオチドが含まれることが典型的である。所望により、オリゴヌクレオチドは検出可能部分で標識されてもよい。幾つかの例では、キットにはPCR、特にRT−PCRによって目的の細菌性のDNAまたはRNA転写産物の少なくとも1つのセグメントの増幅に使用され得る、少なくとも2種類のオリゴヌクレオチドプライマーが含まれてもよい。
目的の細菌分類群の細菌のタンパク質レベルを決定するアッセイを実施するためのキットには、標的タンパク質アミノ酸配列への特異的結合に有用な少なくとも1種類の抗体が含まれることが典型的である。所望により、抗体は検出可能部分で標識されてもよい。抗体は、モノクローナル抗体またはポリクローナル抗体のどちらかであり得る。幾つかの例では、キットには少なくとも2種類の異なる抗体、一方は標的タンパク質への特異結合のための抗体(すなわち、一次抗体)、他方は一次抗体の検出用の抗体(すなわち、二次抗体)が含まれてもよく、二次抗体には検出可能部分が結合していることが多い。
キットには適切な標準対照も含まれることが典型的である。標準対照は、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクが無い健康な妊娠した対象の子宮頸管上皮中の特定の細菌分類群の細菌が発現する標的タンパク質または標的mRNAの平均値を示す。幾つかの例では、そのような標準対照は設定値の形態で提供され得る。加えて、本発明のキットは、使用者に検査試料の分析および検査対象における早期分娩などの有害な妊娠転帰事象を有するリスクの評価を手引きするための取扱い説明書を提供してもよい。
以下の実施例は例示だけを目的として提供されており、限定を目的として提供されてはいない。当業者は、同じ結果または類似の結果を基本的に生じるように変更または改変することができる重要ではない様々なパラメーターを容易に認識する。
実施例1.妊娠関連合併症を有する女性の子宮頸管内において差次的に多く存在する細菌分類群
背景
進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有する女性の妊娠を延長する試みにおいて、子宮頸管を支持するために臨床医はセルクラージュ(Owen, Hankinsら著、2009年)または子宮頸管ペッサリーを留置するかもしれない。しかしながら、羊水内感染などの感染を有する女性にはセルクラージュの留置にもかかわらず妊娠損失、早産、破水をはじめとする有害な妊娠転帰が伴うことが示された(Romero, Gonzalezら著、1992年)。具体的には、2cm以上の子宮頸管拡張を有し、無傷の卵膜を有し、且つ、妊娠14週と24週の間に分娩活動期を有しない33人の女性のうち、17人(51.5%)が羊膜腔の微生物侵襲を有することが分かった。羊膜腔の微生物侵襲を有する全ての患者が合併症を有した。羊水培養の陽性が存在する状態で子宮頸管セルクラージュを受けた患者に破水、臨床的絨毛羊膜炎、または妊娠損失があった(Romero, Gonzalezら著、1992年)。したがって、進行した子宮頸管拡張を有するサブ集団の患者にはが有益ではない場合があり得る。主に共通見解と専門家の意見に基づいて、羊水内感染が除外される場合にのみセルクラージュ留置が有益であり得ると勧告されている(American College of Obstetricians and Gynecologists. 2014. Cerclage for the management of cervical insufficiency. Practice Bulletin 第142号、 Obstet Gynecol誌、2014年;第123巻:372〜9頁)。同様に、高度に感染または炎症性の環境の中に胎児を閉じ込めることが胎児の脳性麻痺または脳損傷をはじめとした有害新生児転帰を引き起こす場合があり得るので、ペッサリー留置の前に感染症を除外するように示唆されてもいる。
背景
進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有する女性の妊娠を延長する試みにおいて、子宮頸管を支持するために臨床医はセルクラージュ(Owen, Hankinsら著、2009年)または子宮頸管ペッサリーを留置するかもしれない。しかしながら、羊水内感染などの感染を有する女性にはセルクラージュの留置にもかかわらず妊娠損失、早産、破水をはじめとする有害な妊娠転帰が伴うことが示された(Romero, Gonzalezら著、1992年)。具体的には、2cm以上の子宮頸管拡張を有し、無傷の卵膜を有し、且つ、妊娠14週と24週の間に分娩活動期を有しない33人の女性のうち、17人(51.5%)が羊膜腔の微生物侵襲を有することが分かった。羊膜腔の微生物侵襲を有する全ての患者が合併症を有した。羊水培養の陽性が存在する状態で子宮頸管セルクラージュを受けた患者に破水、臨床的絨毛羊膜炎、または妊娠損失があった(Romero, Gonzalezら著、1992年)。したがって、進行した子宮頸管拡張を有するサブ集団の患者にはが有益ではない場合があり得る。主に共通見解と専門家の意見に基づいて、羊水内感染が除外される場合にのみセルクラージュ留置が有益であり得ると勧告されている(American College of Obstetricians and Gynecologists. 2014. Cerclage for the management of cervical insufficiency. Practice Bulletin 第142号、 Obstet Gynecol誌、2014年;第123巻:372〜9頁)。同様に、高度に感染または炎症性の環境の中に胎児を閉じ込めることが胎児の脳性麻痺または脳損傷をはじめとした有害新生児転帰を引き起こす場合があり得るので、ペッサリー留置の前に感染症を除外するように示唆されてもいる。
現在、試料中の細菌の検出は培養、顕微鏡観察、および細菌種特異的ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アッセイに依存しており、それらは低程度から中程度の感度を提供するだけであり、したがって感染症の除外には好適ではない。例えば、生殖器マイコプラズマ、好気性細菌および嫌気性細菌の羊水培養、およびウレアプラズマ・ウレアリティカムとウレアプラズマ・パルバムのPCRターゲティングを用いて、進行した子宮頸管拡張を有する全部で58人の患者のうちの44人の患者(76%)が培養とPCRの両方の検査で細菌陰性になった(Oh, Leeら著、2010年)。しかしながら、最終的には、検査で細菌陰性になった女性のうち63%(15/24人)が検査で絨毛膜脱落膜炎陽性になり、30%(7/23人)が羊膜炎陽性になり、25%(6/24人)が臍帯炎陽性になり、62%(24/39人)が1分の時点で4未満のアプガースコアを有する新生児を分娩し、41%(18/44人)が出生から1日以内に死亡した新生児を分娩した(Oh, Leeら著、2010年)。培養とPCRの陰性結果を有するこれら44人の患者における、炎症と新生児転帰不良の有病率から、細菌についてのこれらの陰性の検査結果の多くが偽陰性である可能性があることが示唆された。
さらに、合併症を伴わない正常な転帰を有する妊娠においてもウレアプラズマが検出された(Gray, Robinsonら著、1992年、Gerber, Vialら著、2003年、Perni, Vardhanaら著、2004年)。ウレアプラズマは単に、満期妊娠になり、正常な新生児を産むことになった女性の生殖管にも存在する片共生性細菌または正常細菌叢の一部である可能性がある。このことは、以前の研究の多くにおいて候補アプローチによって選択された非常に少数の細菌種を検出することの限界を強調している。
対照的に、我々は16SリボソーマルRNA(rRNA)ベースの大量並列ゲノムシーケンシングを用いて、進行した子宮頸管拡張/短縮を有する女性とそれらの条件を有しない女性から得られた子宮頸管スワブ試料の各々において、基本的に全て(公知のゲノム配列を有する9,500種類/分類群を超える細菌)の存在と相対存在量を体系的にプロファイリングした。我々のアプローチは、以前の研究の幾つかの限界を克服している。第一に、我々のアプローチは選択リスト内の候補を検出するだけではなく、基本的に全ての細菌分類群を例外なく検出することができる。第二に、我々のアプローチは培養に依存せず、したがって偏好性細菌も検出され得る。第三に、我々のアプローチは死んだ細菌からも生きた細菌からもゲノムDNA断片を増幅することができるPCRに基づいているので生きた細菌を必要としない。第四に、我々のアプローチは、合併症を有している、または有していないあらゆる妊婦から容易に入手可能な非侵襲性型の試料である子宮頸管スワブを調査する。このことにより、胎児損失のリスクがあり、徴候が無い限り正常な妊娠のために推奨されない侵襲性の手順を必要とする羊水とは異なり、正常対照群との適切なマッチングおよび疾患群と対照群との間のデータ比較が容易になる。第五に、我々のアプローチはあらゆる妊娠期間のあらゆる妊婦から容易に入手可能である子宮頸管スワブを調査する。このことにより、通常はそれぞれ妊娠14週または37週の後に獲得される羊水または胎盤と異なり、対照群とのマッチングにみならず、できれば早期の試料採取、およびそれにより早期の検出と治療も容易になる。
合併症を有しない「正常で健康な」ヒトの多数の解剖学的部位における細菌群をプロファイリングするために16SリボソーマルRNA(rRNA)ベースの大量並列ゲノムシーケンシングを活用した多数の刊行物が存在する。これらには非妊婦または「正常で健康な」妊婦の膣スワブ試料中の細菌群についての刊行物が含まれる(Ravel, Gajerら著、2011年、Aagaard, Riehleら著、2012年、Gajer, Brotmanら著、2012年)。しかしながら、妊娠合併症を有する女性の試料を分析したものはほとんどない(Hummelen, Fernandesら著、2010年)。
具体的には、一つの刊行物はHIV陽性女性の膣における細菌群についての研究であり、その研究はHIVを有しない大部分の産婦集団に適用可能なデータセットを提供することがなかった(Hummelen, Fernandesら著、2010年)。別の刊行物は37週よりも早く分娩された胎盤試料または37週の後に分娩された胎盤試料における細菌群についての研究であり、その研究は妊娠期間を適合させた比較を容易にすることはなく、したがって妊娠期間の差によって混乱したデータセットを含んだ(Aagaard, Maら著、2014年)。したがって、そのような有害な転帰を有する女性の子宮頸管内の細菌分類群の体系的なプロファイリングと、そのような合併症を有さず、妊娠期間がマッチした女性の子宮頸管内の細菌分類群との比較についての刊行物は今日まで無い。
我々の今回の研究は、合併症(進行した子宮頸管拡張または短縮)を有する妊婦の子宮頸管スワブ試料中の細菌群についての初めて体系的で比較的に包括的なプロファイルを提供する。また、我々が初めて、合併症を有する女性における細菌群のプロファイルを、そのような合併症を有さず、妊娠期間がマッチした女性と体系的に比較する。さらに、我々が初めて、合併症を有する女性の子宮頸管内において、そのような合併症を有しない女性の子宮頸管と比較して差次的に多く存在する細菌分類群のリストを提供する。このリストの提供は、妊娠期の子宮頸管内の「異常細菌叢」を特異的に標的とするが、「正常細菌叢」を標的とすることがないPCRアッセイの設計にとって、重要な基礎的作業である。したがって、我々は我々の研究は、進行した子宮頸管拡張に関連する細菌の検出を改善するためのデータを提供すると結論付けられる。
特に、妊娠13週から25週の間の細菌分類群のリストのうちの選択されたメンバーの存在が、34週未満での出生および脳室内出血などの異常転帰と関連し、またはそのような異常転帰を予測する。したがって、我々は、早期の綿密なモニタリング、または適切な新生児治療がある三次病院への移送を容易にするように、我々の細菌分類群リストがこれらの異常転帰の早期予後予測も提供すると結論付ける。
本明細書に記載される研究の目的は、全ての細菌を体系的にプロファイリングし、進行した子宮頸管拡張または子宮頸管短縮を有する女性の子宮頸管内において差次的に多く存在する細菌分類群のリストおよびそれらの部分的ゲノム配列を特定することである。具体的には、本研究は、(i)進行した子宮頸管拡張を有する女性の子宮頸管(「拡張子宮頸管」)内の細菌分類群を体系的にプロファイリングし、そして適切にマッチングされた前記条件を有しない女性の子宮頸管(「閉鎖子宮頸管」)内の細菌分類群と比較し、(ii)子宮頸管短縮を有する女性の子宮頸管(「短縮子宮頸管」)内の細菌分類群を体系的にプロファイリングし、そして適切にマッチングされた前記条件を有しない女性の子宮頸管(「正常長子宮頸管」)内の細菌分類群と比較し、(iii)(i)のデータを使用して閉鎖子宮頸管内の細菌分類群と比較して拡張子宮頸管内において差次的に多く存在する細菌分類群のリストを体系的に特定し、そして(iv)(ii)のデータを使用して正常長子宮頸管内の細菌分類群と比較して短縮子宮頸管内において差次的に大多く存在する細菌分類群のリストを体系的に特定するように設計された。
我々は拡張した子宮頸管に定着する細菌群は正常に閉じた子宮頸管に定着する細菌群と異なるという仮説を立てた。この仮説を試験するため、我々は16SリボソーマルRNA(rRNA)ベースの大量並列ゲノムシーケンシングを用いて進行した拡張子宮頸管(「拡張子宮頸管」、n=19)における細菌分類群と、正常に閉じた子宮頸管(「閉鎖子宮頸管」、n=13)における細菌分類群を体系的にプロファイリングした。二群の間で差次的に多く存在する分類群を体系的に検査するため、我々は適切な統計学的手法を用いて拡張子宮頸管群においてプロファイリングされた全ての分類群と閉鎖子宮頸管群においてプロファイリングされた全ての分類群の相対存在量を比較した。この細菌分類群リストのメンバーによってどんな有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰でも予測することができるか試験するため、我々はこの研究のためのリクルートから出産後28日まで妊娠を追跡調査し、転帰が入手可能であれば転帰の予測についての感度、特異度、陽性的中率、陰性的中率を算出した。
同様に、我々は短縮した子宮頸管(n=11)における細菌分類群も体系的にプロファイリングし、そして正常な長さの子宮頸管を有する妊娠期間をマッチさせた対照(n=11)の細菌分類群と比較した。我々は統計学的手法を用い、臨床転帰を追跡調査して短縮子宮頸管群と正常長群との間で差次的に多く存在する分類群のリストも特定した。我々は、転帰が入手可能であればそのリストのうちの選択されたメンバーによる予測についても評価した。
方法と結果
参加者のリクルート。本研究は各治験審査委員会から倫理審査による承認を得て実施され、試料はインフォームドコンセントを行って妊婦から収集された。試験群(拡張子宮頸管群、n=19)では0.8cmを超える無痛の進行した子宮頸管拡張を有する妊婦だけをリクルートした。
参加者のリクルート。本研究は各治験審査委員会から倫理審査による承認を得て実施され、試料はインフォームドコンセントを行って妊婦から収集された。試験群(拡張子宮頸管群、n=19)では0.8cmを超える無痛の進行した子宮頸管拡張を有する妊婦だけをリクルートした。
一方、参照群(閉鎖子宮頸管群、n=13)では、0.8cmを超える無痛の進行した子宮頸管拡張を有しない妊婦だけをリクルートした。さらに、試験群と参照群の両方における結果と臨床転帰の公正な比較を可能にするため、(i)妊娠34週より前に定期的で頻発するのではなく、(ii)子宮頸管セルクラージュ留置を受けるための徴候を有する女性だけがリクルートされた。これら32人の参加者(拡張子宮頸管群内の19人と閉鎖子宮頸管群内の13人)の重要な特徴が表1に挙げられている。
表現型(すなわち、進行した子宮頸管拡張)を複雑にしないようにするため、試験群と参照群の両方において、試料収集時に子癇前症、多胎妊娠、胎児ジストレス、成長遅延、染色体異常、または構造異常を伴う妊娠を除外した。子宮頸管内の細菌群に影響を与える幾つかの重要な交絡因子を最小限にするため、試料収集の48時間前に性行為があったか、またはあらゆる使用される他のあらゆる膣用外用薬(例えば、膣用の医薬または坐剤、膣洗浄液)を用いた参加者、または試料収集の30日前に抗生剤または抗真菌剤を投与された参加者、または卵巣腫瘍を有する参加者も除外した。以前に14週から36週の間に流産または出産があった参加者(n=3、全員が拡張子宮頸管群、フィッシャーの正確検定、p=0.253)、以前に流産または妊娠中絶のために外科的除去を受けた参加者(n=16、拡張子宮頸管群の9人と閉鎖子宮頸管群の7人、p=1.00)、子宮頸管外科手術を受けた参加者(n=6、拡張子宮頸管群の2人と閉鎖子宮頸管群の4人、p=0.194)、子宮異常を有する参加者(n=6、拡張子宮頸管群の3人と閉鎖子宮頸管群の3人、p=0.666)、異常な膣排泄物が最近あった参加者(n=5、拡張子宮頸管群の4人と閉鎖子宮頸管群の1人、p=0.625)を我々のデータベース中に明確に記録した。これらの因子は前記二群の間で統計学的に差がないが、データを説明するために含まれることになった。
子宮頸管スワブ試料の収集およびDNA抽出:環境、病院職員、または女性生殖管の他の部分による汚染混入の機会を最小限にするため、膣鏡によって女性生殖管を開口して直ぐに他のあらゆる手順よりも前にCalgiswabタイプIII(Puritan、ギルフォード、メイン州、米国)を使用して子宮頸管スワブ試料を収集した。確実に同じ解剖学的部位から試料採取し、比較するため、外子宮口の周縁側にある固定した位置(臨床医に対面して12時の位置)から各子宮頸管スワブ試料を収集した。全ての試料を通した公正な比較の一貫性を維持するため、一人の臨床医が拡張子宮頸管群と閉鎖子宮頸管群から全ての試料を収集した。収集の変動を最小限にするため、360°一周させることによって各スワブを収集した。参加者または子宮内の胎児への感染リスクのあらゆる増加を最小限にするため、それらのスワブは子宮頸管粘液栓に接触することなく回収され、滅菌であった。また、スワブ試料の収集時に陰唇、または外子宮口以外の女性生殖管のどの部分にも接触しないように充分に気をつけた。処置室、試薬、および収集手順における細菌の汚染混入をモニタリングするため、各子宮頸管スワブと並行して、しかし患者に接触させずに別の陰性対照のスワブを収集した。
子宮頸管スワブおよび陰性対照のスワブを無菌ヌクレアーゼフリー水に浸漬し、抽出まで−80℃で貯蔵した。確立された方法(Yuan, Cohenら著、2012年内の方法1)を用いてゲノムDNAの抽出作業をスワブに行い、それによって女性生殖管に一般的に見られる細菌群を偏りなく表すことを確実にすることになった。この方法はムタノリシン(Sigma−Aldrich)による試料の前処理とカラムベースのDNA抽出方法(QiaAmp DNAミニキット、Qiagen)を含んでいた。あらゆるバッチごとの変動を最小限にするため、同日に全ての試料を抽出した。
PCR増幅と大量並列シーケンシング:前記子宮頸管スワブ試料は、不可避的に細菌のゲノムDNAの中にヒトゲノムDNAを含むことになるので、我々は全ての細菌が共通して所有するが、ヒトは所有しない16S rRNA遺伝子を特異的に増幅した。ほぼ全ての細菌のゲノムDNA配列の増幅を容易にするため、我々は一対のPCRプライマー、すなわち、よく保存された領域16S rRNA遺伝子に対して相補的であるV4とV5(Claesson, Wangら著、2010年)を使用することを選択した。我々は16S rRNA配列を含む最大の公開データベースであるリボソーマルデータベースプロジェクト(RDP)(Wang, Garrityら著、2007年)を使用して、公知の16S rRNAゲノム配列の9,200種類を超える分類された(確定された)細菌分類群のうちの97%超が我々の選択したPCRプライマーペアによって理論的に増幅され得ることを確認した。したがって、このPCRプライマーペアは本研究における体系的で偏りのない細菌群のプロファイリングに適用可能である。
我々は、16S rRNA遺伝子の超可変領域V4およびV5に隣接するV4−V5 PCRプライマーペア(Claesson, Wangら著、2010年)を使用して各スワブ試料から抽出されたゲノムDNAを増幅した。フォワードプライマーとリバースプライマーの配列はそれぞれ5’−[プライマーAキー配列][MID配列]AYTGGGYDTAAAGNG−3’(配列番号1)と5’−[プライマーBキー]CCGTCAATTYYTTTRAGTTT−3’(配列番号2)であり、プライマーAキー配列、プライマーBキー配列およびMID配列は大量並列シーケンシングプラットフォームGX−FLX 454 Titanium(Roche)用の「アンプリコン実験デザインのための454シーケンシングシステムガイドライン、2011年7月」に記載されている。2.5ユニットのFastStart Taq DNAポリメラーゼ(FastStart HiFi PCRシステムdNTPack、Roche)、4mMのMgCl2、100nMの各プライマーおよび200mMのdNTPを含む50μLの反応として各PCRを実施した。次のサーマルサイクリング条件、すなわち95℃で2分間、続いて95℃で30秒間と40℃で30秒間と72℃で1分間を33サイクルと72℃で5分間と25℃で5分間の最後の伸長を使用してPTC−100サーマルサイクラー(Bio−Rad)で全てのPCRを行った。その後、我々はPCR産物を電気泳動にかけた。我々は32の子宮頸管スワブ試料全てについて期待されるサイズの単一のPCRアンプリコンを確認し、対応する32陰性試薬対照全てについてPCRアンプリコンが無いことを確認した。したがって、環境、試薬、および手順の中に、望まれない細菌の16S rRNAゲノム配列のどのような汚染混入も無かった。
その後、我々は、前記32子宮頸管スワブ試料から由来し、多重識別子(MID)配列とアダプター配列がRocheの推奨する指示に従ってPCRプライマーの5’末端を介して付加された32例のPCR産物の全てを精製した。精製産物は、製造業者の指示に従ってGX−FLX 454 Titanium(Roche)を使用する、試料当たり平均で約10,000生シーケンシングリードを目標とした大量並列ゲノムシーケンシングを行った。
各試料について、Pyronoise(Quince, Lanzenら著、2011年)をmothur(Schloss, Westcottら著、2009年)に実装してフローグラムレベルで生シーケンシングデータに対してノイズ除去を行った。リボソーマルデータベースプロジェクト(RDP)トレーニングセット(バージョン9、2012年)に基づいて生リードに対してフローグラムノイズ除去を行い、品質と長さに関してフィルタリングを行い、キメラ除去を行い、アラインメントを行い、操作的分類単位への予備クラスター化とクラスター化を行い、その後でそれらの操作的分類単位を分類学的に分類した。
拡張子宮頸管群(n=19)と閉鎖子宮頸管群(n=13)との間の差次的に多く存在する細菌分類群の体系的特定:上記分析工程の全ての工程の後に我々は32の子宮頸管スワブ試料中に342の細菌分類群を認めた。異なる試料間のリードカウントの変動を正規化するため、我々はmothur(Schloss, Westcottら著、2009年)を使用して無作為サブサンプリングを実施した結果、32試料の各々が後続の分析用に7,594種類の処理済みリードを含んだ。あるいは、我々は試料中の各分類群のリードカウントをその試料に由来する総リードカウントの比率として表すことによっても正規化を行った。
拡張子宮頸管群と閉鎖子宮頸管群の間で差次的に多く存在する分類群を同定するため、我々はこの種のシーケンシングデータのために特別にデザインされている統計学的検定、すなわちMetastats(White, Nagarajanら著、2009年)を実施した。基本的にMetastatsはノンパラメトリックt検定と、ある特定の分類群が平均して試料当たり1リード未満の割合で現れる(この種のデータの中の重大な変化の検出に難題をつきつけるいわゆる低カウント数問題)場合に、フィッシャーの正確検定を使用するためのヒューリスティックを特徴とする。
分類群の一回だけ現れる配列(シングルトン配列)の除去と偽発見率(FDR)法を5%未満のFDRで使用する多重検定のための調整(StoreyおよびTibshirani著、2003年)の後に、16分類が統計学的に有意に異なるまま残った(q<0.05)。それらのうち、閉鎖子宮頸管群と比べて拡張子宮頸管群において9分類群(表2A)が有意に増加し、7分類群(表2B)が有意に減少した。界レベルから属レベルでのこれらの16ゲノム配列の最近縁分類学的分類が表3Aおよび表3Bに記載されている。16S rRNAゲノム配列が表4Aおよび表4Bに記載されている。16SリボソーマルRNAデータベースに対するBLASTヌクレオチドアラインメント(2014年6月にNCBI BLASTウェッブサイトを使用して実施された)に基づくこれらの16ゲノム配列の最近縁種分類が表4Eおよび表4Fに記載されている。
試料収集時の最も近い在胎週数によって1:1でマッチングした拡張子宮頸管群(n=10)と閉鎖子宮頸管群(n=10)の間で差次的に多く存在する細菌分類群の体系的特定:二群の間の試料収集時の妊娠期間は統計学的に有意に異なってはいない。しかしながら、我々の分析に対する妊娠期間のどのような影響も最小限に抑えるため、我々は拡張子宮頸管群中の各女性を閉鎖子宮頸管群中の別の女性と試料収集時の最も近い在胎週数(2週間以内)によってマッチングした。また、二群の異なる試料サイズのどのような影響も最小限に抑えるため、我々は上記のマッチングを1:1の比率で実施した。最終的に我々は拡張子宮頸管群中の10人の女性を閉鎖子宮頸管群中の10人の女性と試料収集時の在胎週数に関してマッチさせることができた。
偽発見率(FDR)法を5%未満のFDRで使用する多重検定のための調整(StoreyおよびTibshirani著、2003年)の後に20分類が統計学的に有意に異なるまま残った(q<0.05)。それらのうち、閉鎖子宮頸管群と比べて拡張子宮頸管群において15分類群(表2C)が有意に増加し、5分類群(表2D)が有意に減少した。界レベルから属レベルでのこれらの20ゲノム配列の最近縁分類学的分類が表3Dおよび表3Cに記載されている。16S rRNAゲノム配列が表4Cおよび表4Dに記載されている。16SリボソーマルRNAデータベースに対するBLASTヌクレオチドアラインメント(2014年6月にNCBI BLASTウェブサイトを使用して実施された)に基づく16ゲノム配列の最近縁種分類が表4Gおよび表4Hに記載されている。
差次的に多く存在する細菌分類群のリストのうちの選択されたメンバーによる様々な転帰についての予測成績。我々は2種類の検査、すなわち差次的増加細菌検査(DIBT)1とDIBT2を構築するために、それぞれ表2Aの9分類群の全てと表2Cの15分類群の全てを選択した。
DIBT1およびDIBT2は大量並列ゲノムシーケンシングデータまたは、より好ましくは、所与の細菌分類群の存在を検出するための種特異的PCRのデータを使用してもよい。これら9種類または15種類の差次的に増加した分類群のうちのいずれかがその試料に存在する場合、我々はそれをそれぞれDIBT1陽性またはDIBT2陽性と定義した。他方、これらの9分類群または15分類群の全てが試料に存在しない場合、我々はそれをそれぞれDIBT1陰性またはDIBT2陰性と定義した。
DIBT1またはDIBT2と有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰との間の関連性を調査するため、我々はフィッシャーの正確検定を行った。重要な妊娠および新生児転帰の予測におけるDIBT1またはDIBT2の能力を調査するため、我々はこれらの転帰の予測におけるDIBT1またはDIBT2の真陽性、偽陽性、偽陰性および真陰性を算出した(それぞれ表5Aおよび表5B)。また、我々はこれらの転帰の予測におけるDIBT1およびDIBT2の感度、特異度、陽性的中率および陰性的中率を算出した(それぞれ表5Aおよび表5B)。
DIBT1と進行した子宮頸管拡張(フィッシャーの正確検定、p=0.028)、28週未満での自然早産(p=0.0023)、34週未満での自然早産(p=0.00065)、28週未満での早産(p=0.0057)、34週未満での早産(p=3.2×10−6)および脳室内出血(p=0.01)との間に有意な関連性が存在する。特筆すべきことに、自然早産の7事例の全てがDIBT1陽性として検出された(偽陰性無し)。これも特筆すべきことに、DIBT1陽性と分類された13事例の全てのうち、全ての事例が34週未満での早産を経験した(偽陰性無し)。これらの早産の全てが子癇前症、子宮内成長遅延、胎児染色体異常)によるものではなかった。したがって、我々は、我々によって本研究において特定され、DIBT1に含まれるように選択されたこれらの「異常細菌叢」のうちの1種類以上の感染によってこれら13例の早産が引き起こされたのではないかと考える。
DIBT2に関しては、DIBT2と28週未満での自然早産(p=0.0023)、自然34週未満での早産(p=0.00065)、28週未満での早産(p=0.0057)、34週未満での早産(p=0.0032)との間で有意な関連性が認められる。特筆すべきことに、34週未満での自然早産の7事例の全てがDIBT2によって陽性として検出された(偽陰性無し)。
別の研究(研究B)において、我々は、短い子宮頸管を有するか、または正常な長さの子宮頸管を有する女性からではあるが、マッチする妊娠期間で収集された子宮頸管スワブ試料について同様の分析を実施した(表6)。各試料について、DNAを抽出し、V4V5プライマーによってPCR増幅し、そしてGS−FLX 454分析にかけた。偽発見率(FDR)法を5%未満のFDRで使用する多重検定のための調整(StoreyおよびTibshirani著、2003年)の後に、24分類が統計学的に有意に異なるまま残った(q<0.05)。それらのうち、正常長子宮頸管群と比べて短縮子宮頸管群において17分類群(表7)が有意に増加し、7分類群(示されず)が有意に減少した。16S rRNAゲノム配列が表8に記載されている。16SリボソーマルRNAデータベースに対するBLASTヌクレオチドアラインメント(2014年6月にNCBI BLASTウェブサイトを使用して実施された)に基づくこれらの17ゲノム配列の最近縁種分類が表9に記載されている。
差次的に多く存在する細菌分類群のリストのうちの選択されたメンバーによる様々な転帰についての予測成績。我々は別の検査、すなわち差次的増加細菌検査(DIBT)3を構築するために表7の17分類群の全てを選択した。
DIBT3は大量並列ゲノムシーケンシングデータまたは、より好ましくは、所与の細菌分類群の存在を検出するための種特異的PCRのデータを使用してもよい。これら17種類の差次的に増加した分類群のうちのいずれかがその試料に存在する場合、我々はそれをDIBT3陽性と定義した。他方、これらの17分類群の全てが試料に存在しない場合、我々はそれをそれぞれDIBT3陰性と定義した。DIBT3陽性の結果と有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰の関連性が表10に示されている。
DIBT3と早期子宮頸管拡張(フィッシャーの正確検定、p=0.00022)、34週未満での自然早産(p=0.049)、34週未満での早産(p=0.049)との間に有意な関連性が存在する。特筆すべきことに、自然早産の3事例の全てがDIBT3陽性として検出された(偽陰性無し)。
本明細書において提供される細菌マーカーは、妊娠13週に早期に実施される分子検査に基づいて有害な妊娠転帰および有害な新生児転帰を正確に予測するために使用された(表5A、表5Bおよび表10)。本明細書に記載される方法により、綿密なモニタリングまたは新生児集中治療付きの三次治療ユニットへの時宜を得た移送などの早期介入が容易になる。
実施例2:臨床介入後に自然早産を起こす頸管不全症患者の特定用の子宮頸管微生物叢の識別特性
臨床介入(セルクラージュ/ペッサリー)に対して異なる反応を示す頸管不全症(CI)患者の子宮頸管に定着している細菌分類群は体系的に調査されていない。我々は、大量並列シーケンシングを用い、順次リクルートされた単胎妊娠CI患者とマッチングされたCIではない女性から介入前に得られた子宮頸管スワブ試料につき9,600種類を超える分類群の存在量を調査した。我々は、それらの子宮頸管微生物叢が非CI対照の子宮頸管微生物叢と比較してCI患者において変化していることを観察した。特筆すべきことに、我々は「介入後の正期産(37週以上)」を起こした患者と比較して「介入後の自然早産(34週未満、sPTB)」を起こした患者において差次的に多く存在する6種類の分類群を特定した。我々は、1.15を超えるlog10(これらの6分類群の総存在量)を陽性の結果と規定し、LA6を使用して「介入後のsPTB」を起こした1人の患者を除く全員(9/10=90%)を正確に分類した。偽陽性は無かった(0/15=0%)。LA6陽性患者ではLA6陰性患者と比較して介入後の無分娩の維持期間が短かった[介入と分娩の間の日数の中央値、10日に対して126日;ログランク検定、p<0.00001;ハザード比、6.34;95%信頼区間、1.51〜26.6]。また、LA6陽性患者はLA6陰性の対応者よりも早く分娩した[23.7週に対して38.4週の分娩時の妊娠期間の中央値;ログランク検定、p<0.0001;ハザード比、6.24;95%信頼区間、1.50〜25.9]。我々の研究は、セルクラージュ/ペッサリー介入後の妊娠の予後予測情報を提供するために介入前子宮頸管微生物叢を使用する可能性を強調する。
臨床介入(セルクラージュ/ペッサリー)に対して異なる反応を示す頸管不全症(CI)患者の子宮頸管に定着している細菌分類群は体系的に調査されていない。我々は、大量並列シーケンシングを用い、順次リクルートされた単胎妊娠CI患者とマッチングされたCIではない女性から介入前に得られた子宮頸管スワブ試料につき9,600種類を超える分類群の存在量を調査した。我々は、それらの子宮頸管微生物叢が非CI対照の子宮頸管微生物叢と比較してCI患者において変化していることを観察した。特筆すべきことに、我々は「介入後の正期産(37週以上)」を起こした患者と比較して「介入後の自然早産(34週未満、sPTB)」を起こした患者において差次的に多く存在する6種類の分類群を特定した。我々は、1.15を超えるlog10(これらの6分類群の総存在量)を陽性の結果と規定し、LA6を使用して「介入後のsPTB」を起こした1人の患者を除く全員(9/10=90%)を正確に分類した。偽陽性は無かった(0/15=0%)。LA6陽性患者ではLA6陰性患者と比較して介入後の無分娩の維持期間が短かった[介入と分娩の間の日数の中央値、10日に対して126日;ログランク検定、p<0.00001;ハザード比、6.34;95%信頼区間、1.51〜26.6]。また、LA6陽性患者はLA6陰性の対応者よりも早く分娩した[23.7週に対して38.4週の分娩時の妊娠期間の中央値;ログランク検定、p<0.0001;ハザード比、6.24;95%信頼区間、1.50〜25.9]。我々の研究は、セルクラージュ/ペッサリー介入後の妊娠の予後予測情報を提供するために介入前子宮頸管微生物叢を使用する可能性を強調する。
序論
頸管不全症(CI)は、新生児の罹病および周産期死亡と関連する早産(PTB)のリスク因子である。頸管不全症は妊娠第三期に代わり、妊娠第二期に早期拡張子宮頸管(子宮頸管拡張、1cm〜5cm)または早期短縮子宮頸管(25mm未満の子宮頸管長)として罹患女性に現れる。CI患者の無力化子宮頸管への外科的セルクラージュまたは子宮頸管ペッサリーの留置による臨床介入(Shirodkar著、Antiseptic誌、第52巻、299〜300頁(1955年)、Cross著、Lancet誌、第274巻、127頁(1959年))は、28週未満のPTBの比率(Pereiraら著、Am J Obstet Gynecol誌、第197巻、483 e481〜488頁(2007年))または34週未満のPTBの比率(Althuisiusら著、Am J Obstet Gynecol誌、第189巻、907〜910頁(2003年)、Goyaら著、Lancet誌、第379巻、1800〜1806 (2012年))を低下させ、新生児生存率を上昇させ(3)、入院と分娩の間の間隔を増加させる(Pereiraら著、Am J Obstet Gynecol誌、第197巻、483 e481〜488頁(2007年))ことが示されている。
頸管不全症(CI)は、新生児の罹病および周産期死亡と関連する早産(PTB)のリスク因子である。頸管不全症は妊娠第三期に代わり、妊娠第二期に早期拡張子宮頸管(子宮頸管拡張、1cm〜5cm)または早期短縮子宮頸管(25mm未満の子宮頸管長)として罹患女性に現れる。CI患者の無力化子宮頸管への外科的セルクラージュまたは子宮頸管ペッサリーの留置による臨床介入(Shirodkar著、Antiseptic誌、第52巻、299〜300頁(1955年)、Cross著、Lancet誌、第274巻、127頁(1959年))は、28週未満のPTBの比率(Pereiraら著、Am J Obstet Gynecol誌、第197巻、483 e481〜488頁(2007年))または34週未満のPTBの比率(Althuisiusら著、Am J Obstet Gynecol誌、第189巻、907〜910頁(2003年)、Goyaら著、Lancet誌、第379巻、1800〜1806 (2012年))を低下させ、新生児生存率を上昇させ(3)、入院と分娩の間の間隔を増加させる(Pereiraら著、Am J Obstet Gynecol誌、第197巻、483 e481〜488頁(2007年))ことが示されている。
それでもなお、子宮頸管介入は全てのCI患者に有益であるわけではない。特に、羊水内感染(IAI)を有するCI患者ではセルクラージュ介入の後に34週未満のPTBの比率が、同じ介入を受けたがIAIを有していない患者と比較して4倍高くなった(Romeroら著、Am J Obstet Gynecol誌、第167巻、1086〜1091頁(1992年))。IAIが除外される場合にのみセルクラージュ介入を受けた患者では、34週未満のPTBの比率がIAIについて検査することなくその介入を受けた患者と比較して低くなった(Maysら著、Obstet Gynecol誌、第95巻、652〜655頁(2000年))。IAIはCI患者で(38%〜51%)罹患率が高いので(Romeroら著、Am J Obstet Gynecol誌、第167巻、1086〜1091頁(1992年)、Maysら著、Obstet Gynecol誌、第95巻、652〜655頁(2000年))、専門家は微生物を検出するためのセルクラージュ前の羊水穿刺によってIAIを除外することを考慮するように臨床医に提言している(Berghellaら著、Am J Obstet Gynecol誌、第209巻、181〜192頁(2013年)、Airoldiら著、Am J Perinatol誌、第26巻、63〜68頁(2009年))。しかしながら、羊水穿刺は侵襲性であり、小さいながら有限の胎児損失の機会に関連する。したがって、我々はCI患者における子宮頸管細菌叢を調査し、微生物叢の発現を子宮頸管介入の転帰と相互に関連づけた。それらの結果は子宮頸管スワブ試料採取が、CI患者にとって相対的に非侵襲性な羊水穿刺の代替法であり得ることを示す。
大量並行シーケンシング(MPS)は、培養に依存しないことを容易にし、よって、異なる体の部位の微生物叢の感度が高く包括的な観察を提供してきた。従来、羊膜腔の内側に位置する胎盤は無菌であると考えられてきた。これとは反対に、この雑誌において公表されたMPSベースの微生物叢およびメタゲノム研究から、胎盤は、母体の出産前感染と早産の遠い経歴と関連して変化する少量の微生物叢を有することが明らかにされた(Aagaardら著、Sci Transl Med誌、第6巻、237ra265頁(2014年))。出産前子宮頸管微生物叢とCI患者の早産転帰との間の関連性を調査するために本研究を実施した。
MPSによって生成される高解像度データとそれらのデータから推論され得る量的情報も女性の健康における微生物についての我々の知識を拡大した。5つの主要なクラスの細菌群(コミュニティーグループ)が出産年齢の非妊婦の膣管において認められた。コミュニティーグループIVにおいて共通して見られるように、非ラクトバチルス種の膣内割合が増加した女性では彼女らのヌージェントスコア(Nugent score)、すなわち、細菌性膣症を有する女性を特定するために一般的に用いられる診断用係数も増加した(Ravelら著、Proc Natl Acad Sci USA誌、第108巻、4680〜4687頁(2011年))。特筆すべきことに、細菌性膣症を有する女性は拡張した子宮頸管(調整オッズ比、4.9;95%信頼区間2.2〜10.9)を有する可能性が高かった(Kilpatrickら著、Am J Obstet Gynecol誌、第194巻、1168〜1176頁(2006年))。非妊婦における膣微生物叢の長期にわたる研究から、幾つかの細菌群が短期間で著しく変化する一方で他の細菌群は比較的に安定であることが明らかにされた(Gajerら著、Sci Transl Med誌、第4巻、132ra152頁(2012年))。そのことは、安定性が低いコミュニティーほど病原性生物による侵入を受けやすいという生態学の理論から合理的に説明される(Dunstanら著、Ecology誌、第87巻、2842〜2850頁(2006年))。本研究ではCI患者における子宮頸管微生物叢が目的に適合したCIではない女性の子宮頸管微生物叢と比較された。
結果
我々は34人の頸管不全症(CI)患者をリクルートし、セルクラージュ/ペッサリー処置の前に各人から子宮頸管スワブ試料を得た。本研究に参加した妊娠第二期の単胎妊婦の全員が、子宮頸管スワブ試料採取の間に(i)無痛の進行した子宮頸管拡張(1.5cm〜5.0cm)および/または子宮頸管短縮(25mm未満の子宮頸管長)を有し、(ii)無傷の卵膜を有し、且つ、(iii)分娩収縮を有しなかった。
我々は34人の頸管不全症(CI)患者をリクルートし、セルクラージュ/ペッサリー処置の前に各人から子宮頸管スワブ試料を得た。本研究に参加した妊娠第二期の単胎妊婦の全員が、子宮頸管スワブ試料採取の間に(i)無痛の進行した子宮頸管拡張(1.5cm〜5.0cm)および/または子宮頸管短縮(25mm未満の子宮頸管長)を有し、(ii)無傷の卵膜を有し、且つ、(iii)分娩収縮を有しなかった。
これらのCI患者の全員が早期拡張子宮頸管/早期短縮子宮頸管のためにそれぞれセルクラージュ介入/ペッサリー介入を受けた。これらの患者を分娩から1か月後まで追跡調査した。子癇前症、胎児ジストレス、成長遅延、胎児染色体異常、または構造異常に起因する医原性PTBを合併した9例の妊娠を除外した。残りの25人のCI患者のうち、15人の女性が介入後に正期産(TB、妊娠37週またはその後に分娩した)を起こし、10人が介入後に自然早産(sPTB、34週未満の時点で分娩した)を起こした(図1A)。これらのうち、7人が呼吸窮迫症候群(RDS)、気管支肺異形成症(BPD)、脳室内出血(IVH)および未熟児網膜症(ROP)または周産期死亡などの新生児の罹病を伴った(図1A)。
大量並列による細菌分類群のプロファイリング
臨床介入前に収集された各子宮頸管スワブ試料について細菌のDNAの抽出、16SリボソーマルRNA(rRNA)遺伝子のPCR増幅、およびアンプリコンの大量並列シーケンシング(Titanium、GS−FLX 454、Roche)を行った。16S rRNA遺伝子のV4領域とV5領域を標的とするPCRプライマーにより、分析される16S rRNA配列が知られている9,600種類を超えるよく確定された細菌を増幅することができた(Claessonら著、Nucleic Acids Res誌、第38巻、e200頁(2010年))。この範囲は女性生殖管について公表された微生物叢研究の大半よりも広範囲であった。
臨床介入前に収集された各子宮頸管スワブ試料について細菌のDNAの抽出、16SリボソーマルRNA(rRNA)遺伝子のPCR増幅、およびアンプリコンの大量並列シーケンシング(Titanium、GS−FLX 454、Roche)を行った。16S rRNA遺伝子のV4領域とV5領域を標的とするPCRプライマーにより、分析される16S rRNA配列が知られている9,600種類を超えるよく確定された細菌を増幅することができた(Claessonら著、Nucleic Acids Res誌、第38巻、e200頁(2010年))。この範囲は女性生殖管について公表された微生物叢研究の大半よりも広範囲であった。
シーケンシングエラーから生じる「新規」分類群の偽検出を最小限にするため、よく確立された方法(Schlossら著、Appl Environ Microbiol誌、第75巻、7537〜7541頁(2009年)、Quinceら著、Nat Methods誌、第6巻、639〜641頁(2009年))を用いて生シーケンシングリード(68万リード)に対してノイズ除去を行い、品質に関してフィルタリングを行って処理済みリード(54万リード)にした。概して25試料の各々を22,000の処理済み高品質リードの深度でシーケンシングした。そのようなシーケンシング深度は女性生殖管について公表された微生物叢研究の大半よりも大きかった。
さらに、少なくとも97%の配列同一性を有する全ての試料の処理済みリードを1つの操作的分類単位(Operational taxonomic unit)(Otu、すなわち細菌分類群)としてクラスター化した。全体として、152細菌分類群が25例の子宮頸管の全てで検出された。異なるリードカウントでシーケンシングされた試料間のより公正な比較を可能にするため、我々は累積和スケーリング(CSS)正規化(Paulsonら著、Nat Methods誌、第10巻、1200〜1202頁(2013年))を行い、各分類群についての存在量値(単位:リードカウント)をlog10スケールのそのCSS正規化リードカウント(すなわち、log(存在量)値)として表した。
頸管不全症患者において非常に大量に存在する細菌分類群
図1Bは10例の「介入後のsPTB」子宮頸管において観察された10種類の最も大量に存在する細菌分類群を示している。主に乳酸桿菌が占める健康な女性生殖管とは対照的に、ガードネレラ属のメンバー(Otu4)が「処置後のsPTB」子宮頸管において最も大量に存在する細菌分類群として特定された[図1B、1行目、すなわち、10例の「介入後のsPTB」子宮頸管において最大の総log(存在量)値を有する分類群]。実際にはこの群の中の10種類の最も多く存在する細菌分類群のうちの7つの分類群が非ラクトバチルス属、すなわちガードネラ、2種類のスネアチア、アエロコッカス、メガスファエラ、シュードモナス、およびアナエロコッカス(図1B、1行目から10行目および「sPTB」の下の列)として分類された。
図1Bは10例の「介入後のsPTB」子宮頸管において観察された10種類の最も大量に存在する細菌分類群を示している。主に乳酸桿菌が占める健康な女性生殖管とは対照的に、ガードネレラ属のメンバー(Otu4)が「処置後のsPTB」子宮頸管において最も大量に存在する細菌分類群として特定された[図1B、1行目、すなわち、10例の「介入後のsPTB」子宮頸管において最大の総log(存在量)値を有する分類群]。実際にはこの群の中の10種類の最も多く存在する細菌分類群のうちの7つの分類群が非ラクトバチルス属、すなわちガードネラ、2種類のスネアチア、アエロコッカス、メガスファエラ、シュードモナス、およびアナエロコッカス(図1B、1行目から10行目および「sPTB」の下の列)として分類された。
比較すると、「処置後のTB」子宮頸管におけるそれら10種類の最も多く存在する細菌分類群のうちの5つの分類群だけが非ラクトバチルス属として分類されていた(図1C、1行目から10行目および「TB」の下の列)。特筆すべきことに、3種類の最も多く存在する細菌がラクトバチルス・クリスパータス、ラクトバチルス・イナース、およびラクトバチルス・ジェンセニイイとして特定され、それらは健康な女性生殖管において主に占められてることが知られている(Ravelら著、Proc Natl Acad Sci USA誌、第108巻、4680〜4687頁(2011年))。
介入に対して異なる反応を有する患者において差次的に多く存在する分類群
重要なことに、我々は「処置後のsPTB」群と「処置後のTB」群との間で差次的に多く存在する7種類の細菌分類群を特定した(図1D)。それら7種類の分類群、すなわちスネアチア(Otu11)、パルビモナス(Otu16)、ウレアプラズマ(Otu56)、アトポビウム(Otu42)、ペプトニフィラス(Otu28)、メガスファエラ(Otu47)およびパラエゲルセエラ(Paraeggerthella)(Otu40)のlog(存在量)値は前述の群におけるものよりも高かった(マン・ホイットニーの順位和検定、p<0.05;偽発見率(FDR)法を5%未満のFDRで使用して多重検定補正を行った)(図1D、1行目から7行目、最後の列)。顕著なことに、これらのうち、後の6種類の分類群は「処置後のTB」群ではなく「処置後のsPTB」群においてのみ独占的に認められた[図1D、2行目から7行目、「sPTB」列の下の多数のlog(存在量)値は0以上であるが、「TB」列の下の全てのlog(存在量)値は0である]。
重要なことに、我々は「処置後のsPTB」群と「処置後のTB」群との間で差次的に多く存在する7種類の細菌分類群を特定した(図1D)。それら7種類の分類群、すなわちスネアチア(Otu11)、パルビモナス(Otu16)、ウレアプラズマ(Otu56)、アトポビウム(Otu42)、ペプトニフィラス(Otu28)、メガスファエラ(Otu47)およびパラエゲルセエラ(Paraeggerthella)(Otu40)のlog(存在量)値は前述の群におけるものよりも高かった(マン・ホイットニーの順位和検定、p<0.05;偽発見率(FDR)法を5%未満のFDRで使用して多重検定補正を行った)(図1D、1行目から7行目、最後の列)。顕著なことに、これらのうち、後の6種類の分類群は「処置後のTB」群ではなく「処置後のsPTB」群においてのみ独占的に認められた[図1D、2行目から7行目、「sPTB」列の下の多数のlog(存在量)値は0以上であるが、「TB」列の下の全てのlog(存在量)値は0である]。
介入後の差次的に大量に存在する分類群と転帰
後方の6種類の差次的に多く存在する分類群(マン・ホイットニー、p<0.01;表11)の存在量を簡潔化するため、我々はlog10(それら6種類の差次的に多く存在する分類群の総存在量)を表すLA6値を各子宮頸管スワブ試料について算出した。簡単に説明すると、各試料について我々はパルビモナス(Otu16)、ウレアプラズマ(Otu56)、アトポビウム(Otu42)、ペプトニフィラス(Otu28)、メガスファエラ(Otu47)およびパラエゲルセエラ(Paraeggerthella)(Otu40)についてのその試料のlog(存在量)値の各々を一般的な線形スケールに変換し直した。一般的スケールの6つの存在量値を合算した後で我々はその総存在量を対数変換し、log10スケールのLA6値を表した。
後方の6種類の差次的に多く存在する分類群(マン・ホイットニー、p<0.01;表11)の存在量を簡潔化するため、我々はlog10(それら6種類の差次的に多く存在する分類群の総存在量)を表すLA6値を各子宮頸管スワブ試料について算出した。簡単に説明すると、各試料について我々はパルビモナス(Otu16)、ウレアプラズマ(Otu56)、アトポビウム(Otu42)、ペプトニフィラス(Otu28)、メガスファエラ(Otu47)およびパラエゲルセエラ(Paraeggerthella)(Otu40)についてのその試料のlog(存在量)値の各々を一般的な線形スケールに変換し直した。一般的スケールの6つの存在量値を合算した後で我々はその総存在量を対数変換し、log10スケールのLA6値を表した。
LA6の中央値は「処置後のsPTB」群と「処置後のTB」群でそれぞれ2.61と0.78であった(図2A)。LA6中央値は前述の群では3.36倍上昇することが示されている(マン・ホイットニー、p<0.0001)。処置を受けたCI患者の中からの「処置後のsPTB」群の特定における最適な閾値を見つけ出すため、我々は受信者操作特性(ROC)曲線をプロットした[ROC曲線下面積(95%信頼区間)、0.95(0.84〜1.06);p=0.0002]。我々は陽性の結果を規定する閾値として1.15を超えるLA6を使用し、1人の「介入後のsPTB」CI患者を除く全員(9/10=90%の感度)を同定することができた。偽陽性は無かった(1−0/15=100%の特異度)。
重要なことに、LA6陽性患者はLA6陽性患者よりも臨床介入後に早く分娩した(図2B、23.7週に対して38.4週の分娩時の妊娠期間の中央値;95%信頼区間、20.6週〜25.4週に対して38.0週〜38.7週;カイ二乗、32.352;df、1;ログランク検定、p<0.0001;ハザード比、6.24;95%信頼区間、1.50〜25.9;MedCalc、バージョン14.12)。これも重要なことに、LA6陽性患者は彼女らのLA6陰性の対応者よりも介入後から短い期間の間に分娩した(図2C、介入と分娩の間の日数の中央値、10日に対して126日;95%信頼区間、8日〜32日に対して112日〜134日;カイ二乗、32.520;df、1;ログランク検定、p<0.00001;ハザード比、6.34;95%信頼区間、1.51〜26.6)。
考察
本研究において同定された子宮頸管微生物叢
我々はCI患者における7種類の細菌分類群の存在量が「臨床介入後のTB」を起こした女性と比較して「臨床介入後のsPTB」を起こした女性において有意に増加することを示した。さらに、我々はそれら6種類の最も有意に増加した分類群の総存在量値を表すLA6値を各CI患者について算出した。セルクラージュ/ペッサリー介入の前に得られた25子宮頸管スワブ試料のLA6値に基づき、我々は15人の「介入後のTB」患者において、全く偽陽性を含むことなく(1−0/15=100%の特異度)、11人の「介入後のsPTB」CI患者の中から10人を正確に特定した(9/10=90%の感度)。
本研究において同定された子宮頸管微生物叢
我々はCI患者における7種類の細菌分類群の存在量が「臨床介入後のTB」を起こした女性と比較して「臨床介入後のsPTB」を起こした女性において有意に増加することを示した。さらに、我々はそれら6種類の最も有意に増加した分類群の総存在量値を表すLA6値を各CI患者について算出した。セルクラージュ/ペッサリー介入の前に得られた25子宮頸管スワブ試料のLA6値に基づき、我々は15人の「介入後のTB」患者において、全く偽陽性を含むことなく(1−0/15=100%の特異度)、11人の「介入後のsPTB」CI患者の中から10人を正確に特定した(9/10=90%の感度)。
本研究は、アジア人妊婦の試料サイズによって限りがあり、且つ、遡及的研究デザインを伴った。それでもなお、本研究は早産の重大なリスクであるCIと関連する、自明ではない焦点を合わせた細菌分類群パネルを提供した。本研究において特定された子宮頸管微生物叢の識別特性、すなわちLA6がセルクラージュ/ペッサリー介入の後に予後予測情報を提供することが示された。一見して、検査でLA6について陽性になったCI患者には検査で陰性になった患者よりも臨床介入後の有意に早い妊娠期間で分娩する増加したリスクがある(23.7週に対して38.4週;ハザード比、6.24;95%信頼区間、1.50〜25.9)。それだけではなく、LA6陽性患者には対応するLA6陰性者よりも、介入後に非常に早く分娩する増加したリスクもある(10日に対して126日;ハザード比、6.34;95%信頼区間、1.51〜26.6)。
材料と方法
参加者の動員
本研究の実施についての倫理承認を、それぞれの治験審査委員会から得た。香港中文大学プリンス・オブ・ウェールズ病院産婦人科または韓国ソウルの翰林大学産婦人科に通院し、且つ、次の試験対象患者基準、すなわち(i)妊娠第二期における無痛子宮頸管拡張(1.0cm〜5.0cm)、および(ii)無傷の卵膜、および(iii)分娩収縮無し(10分毎に一回)、を満たすアジア人妊婦からインフォームドコンセントを得た。女性が(a)多胎妊娠(2人以上の胎児)を有する場合、または(b)子宮頸管スワブ試料収集の48時間前に性交があったか、または膣用外用薬を塗布した場合、または(c)子宮頸管スワブ試料収集の30日前に抗生剤/抗真菌剤を使用した場合、それらの女性は本研究から除外された。
参加者の動員
本研究の実施についての倫理承認を、それぞれの治験審査委員会から得た。香港中文大学プリンス・オブ・ウェールズ病院産婦人科または韓国ソウルの翰林大学産婦人科に通院し、且つ、次の試験対象患者基準、すなわち(i)妊娠第二期における無痛子宮頸管拡張(1.0cm〜5.0cm)、および(ii)無傷の卵膜、および(iii)分娩収縮無し(10分毎に一回)、を満たすアジア人妊婦からインフォームドコンセントを得た。女性が(a)多胎妊娠(2人以上の胎児)を有する場合、または(b)子宮頸管スワブ試料収集の48時間前に性交があったか、または膣用外用薬を塗布した場合、または(c)子宮頸管スワブ試料収集の30日前に抗生剤/抗真菌剤を使用した場合、それらの女性は本研究から除外された。
子宮頸管スワブ収集
セルクラージュ処置の前に、外子宮口でDacronスワブを一回360°回転させることでCI患者から子宮頸管スワブ試料を収集した。拡張した子宮頸管について、臨床医に対面して12時の位置で外子宮口からスワブを得た。膣鏡によって生殖管を開口し、直ぐに他のあらゆる手順よりも前にそのスワブ試料を収集した。消毒技術を適用した。スワブが子宮頸管の指定部位以外の生殖管のどの部分(例えば、膣、陰唇)とも接触しないように充分に気をつけた。
セルクラージュ処置の前に、外子宮口でDacronスワブを一回360°回転させることでCI患者から子宮頸管スワブ試料を収集した。拡張した子宮頸管について、臨床医に対面して12時の位置で外子宮口からスワブを得た。膣鏡によって生殖管を開口し、直ぐに他のあらゆる手順よりも前にそのスワブ試料を収集した。消毒技術を適用した。スワブが子宮頸管の指定部位以外の生殖管のどの部分(例えば、膣、陰唇)とも接触しないように充分に気をつけた。
細菌のDNAの抽出
我々は、試料中の細菌分類群の好適な提示を維持するために最適化された、公表されているプロトコルに従って各試料の細菌のゲノムDNAを抽出した(Yuanら著、PLoS One誌、第7巻、e33865頁(2012年))。
我々は、試料中の細菌分類群の好適な提示を維持するために最適化された、公表されているプロトコルに従って各試料の細菌のゲノムDNAを抽出した(Yuanら著、PLoS One誌、第7巻、e33865頁(2012年))。
分類学的分類
各Otuはリボソーマルデータベースプロジェクト(RDP)ナイーブベイズrRNA分類(バージョン2.9、2014年9月、RDP 16S rRNAトレーニングセット10)を使用して属レベルで分類学的に分類されている。ラクトバチルスは、種についての情報を得るためにBLAST(最高スコア)およびMOLE−BLAST(BLASTマッチの最適多重アラインメント)を使用して16S rRNAデータベース(GenBank)に対してさらにマッチさせる。
各Otuはリボソーマルデータベースプロジェクト(RDP)ナイーブベイズrRNA分類(バージョン2.9、2014年9月、RDP 16S rRNAトレーニングセット10)を使用して属レベルで分類学的に分類されている。ラクトバチルスは、種についての情報を得るためにBLAST(最高スコア)およびMOLE−BLAST(BLASTマッチの最適多重アラインメント)を使用して16S rRNAデータベース(GenBank)に対してさらにマッチさせる。
参照文献
Aagaard, K., J. Ma, K. M. Antony, R. Ganu, J. Petrosino and J. Versalovic (2014). “The placenta harbors a unique microbiome.” Sci Transl Med, 6(237): 237−265.
Aagaard, K., J. Ma, K. M. Antony, R. Ganu, J. Petrosino and J. Versalovic (2014). “The placenta harbors a unique microbiome.” Sci Transl Med, 6(237): 237−265.
Aagaard, K., K. Riehle, J. Ma, N. Segata, T. A. Mistretta, C. Coarfa, S. Raza, S. Rosenbaum, I. Van den Veyver, A. Milosavljevic, D. Gevers, C. Huttenhower, J. Petrosino and J. Versalovic (2012). “A metagenomic approach to characterization ofthe vaginal microbiome signature in pregnancy.” PLoS One 7(6): e36466.
Claesson, M. J., Q. Wang, O. O’Sullivan, R. Greene−Diniz, J. R. Cole, R. P. Ross and P. W. O’Toole (2010). “Comparison of two next−generation sequencing technologies for resolving highly complex microbiota composition using tandem variable 16S rRNA gene regions.” Nucleic Acids Res 38(22): e200.
Gajer, P., R. M. Brotman, G. Bai, J. Sakamoto, U. M. Schutte, X. Zhong, S. S. Koenig, L. Fu, Z. S. Ma, X. Zhou, Z. Abdo, L. J. Forney and J. Ravel (2012). “Temporal dynamics of the human vaginal microbiota.” Sci Transl Med 4(132): 132−l52.
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Ravel, J., P. Gajer, Z. Abdo, G. M. Schneider, S. S. Koenig, S. L. McCulle, S. Karlebach, R. Gorle, J. Russell, C. O. Tacket, R. M. Brotman, C. C. Davis, K. Ault, L. Peralta and L. J. Forney (2011). “Vaginal microbiome of reproductive−age women.” Proc Natl Acad Sci USA 108 Suppl 1: 4680−4687.
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Schloss, P. D., S. L. Westcott, T. Ryabin, J. R. Hall, M. Hartmann, E. B. Hollister, R. A. Lesniewski, B. B. Oakley, D. H. Parks, C. J. Robinson, J. W. Sahl, B. Stres, G. G., Thallinger, D. J. Van Horn and C. F. Weber (2009). “Introducing mothur: open−source, platform−independent, community−supported software for describing and comparing microbial communities.” Appl Environ Microbiol 75(23): 753 7−7541.
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Yuan, S., D. B. Cohen, J. Ravel, Z. Abdo and L. J. Forney (2012). “Evaluation of methods for the extraction and purification of DNA from the human microbiome.” PLoS One 7(3): e33865.
本出願において引用されている全ての特許、特許出願、およびGenBankアクセッション番号によって言及される配列などの他の刊行物は全ての目的のために全体が参照により援用される。
前述の発明は明瞭な理解を目的として例示と実例によって幾らか詳細に説明されているが、当業者は添付されている特許請求の範囲の範囲内である特定の変更と改変を行ってよいことを理解する。加えて、本明細書において提示された各参照文献は、各参照文献が参照により個別に援用されたのと同じ程度に全体が参照により援用される。
略式の配列表
配列番号1
V4−V5 PCRフォワードプライマー(プライマー5’末端のプライマーAキー配列とMID配列を含まない)
AYT GGG YDT AAA GNG
配列番号2
V4−V5 PCRリバースプライマー(プライマーの5’末端のプライマーBキー配列を含まない)
CCG TCA ATT YYT TTR AGT TT
配列番号3
表4Aのd−c−019分類群の16S rRNA配列。
GGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTTAACCGAGGAAGCGCATCGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGTAACTGACGCT
配列番号4
表4Aのd−c−030分類群の16S rRNA配列。
CGCGCGCAGGCGGACTAGCCAGTCAGTCTTAAAAGTTCGGGGCTTAACCCCGTGATGGGATTGAAACTACTAGTCTAGAGTATCGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACGAACACTGACGCT
配列番号5
表4Aのd-c-037分類群 (OTU 47分類群) − 16S rRNA配列。
GGCGCGCAGGCGGTTCGGTAAGTCTGTCTTAAAGTGCGGGCTTAACCCCGTGAGGGACGGAAACTGTCGAACTTGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCT
配列番号6
表4Aのd−c−040分類群の16S rRNA配列。
AGATGAGATGGCGGTTTGTCGCGTCTGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATTGGCGCTGGGTACGGGCAGGCTAGAGTGTAGTAGGGGAGACTGGAATTCTCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCTATTACTGACGCT
配列番号7
表4Aのd−c−043分類群(OTU56分類群)−16S rRNA配列。
CGAGCGCAGGCGGGTTTGTAAGTTTGGTATTAAATCTAGATGCTTAACGTCTAGCTGTATCAAAAACTGTAAACCTAGAGTGTAGTAGGGAGTTGGGGAACTCCATGTGGAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGCCAACTTGGACTATCACTGACGCT
配列番号8
表4Aのd−c−045分類群(OTU42分類群)−16S rRNA配列。
CGCGCGTAGGCGGTCTGTTAGGTCAGGAGTCAAATCTGGGGGCTCAACCCCTATCCGCTCCTGATACCGGCAGGCTTGAGTCTGGTATGGGAAGGTGGAATTCCAAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTTGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTTCTGGGCCATGACTGACGCT
配列番号9
表4Aのd−c−038分類群(OTU40分類群)−16S rRNA配列。
CGCGCGCAGGCGGTTGCTCAAGCGGAACCTCTAATCTCGGGGCTTAACCTCGAGCCGGGTTCCGAACTGGACGACTCGAGTGCGGTAGAGGCAGATGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCGGGAAGAACACCAACGGCGAAGGCAGTCTGCTGGGCCGTCACTGACGCT
配列番号10
表4Aのd−c−047分類群の16S rRNA配列。
AGTACGTAGGCGGCCTAGTAAGTTAGAAGTGAAAGAATATAGCTCAACTATATAAAGCTTTTAAAACTGTTAGGCTTGAGAGATGAAAGGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTAGGAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCATCATCTGACGCT
配列番号11
表4Aのd−c−054分類群の16S rRNA配列。
GGTGCGTAGGCGGTCTGTTAAGTTCATGGTTAAATTTTGGGGCTCAACCCCATTGAGCCATGGATACTGGCAGACTAGAGTATTGGAGAGGCAAGCGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTTGCTAGCCAAAGACTGACGCT
配列番号12
表4Bのd−c−067分類群の16S rRNA配列。
GGTGCGCAGGCGGCTTTACAAGTTGGATGTGAAATATTGTGGCTCAACCACAAACGTGCATCCAAAACTGCAAAGCTTGAGTTAAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACTTAAACTGACGC
配列番号13
表4Bのd−c−039分類群の16S rRNA配列。
GGCGCGTAGGCGGAATGGCAAGTCAGCAAGTGAAAGCGTGGGGCTCAACCCCATGATGCGGCTGAAACTGTTATTCTAGAGGCATGGAGAGGCAAACGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTTGCTGGCCATGAACTGACGCT
配列番号14
表4Bのd−c−052分類群の16S rRNA配列。
TGGGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAAGTGCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTACAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTCACTGACGCT
配列番号15
表4Bのd−c−074分類群の16S rRNA配列。
CGTTCGCAGGCGGCAATGCAAGTCTCGTGTGAAAGGCAAGGGCTCAACCCTTGTAAGCACAAGAAACTGCATAGCTTGAGTAGTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTGCTGGACACAAACTGACGCT
配列番号16
表4Bのd−c−082分類群の16S rRNA配列。
GGCTCGTAGGTGGTTTGTCGCGTCGTCTGTGAAATTCCGGGGCTTAACTCCGGGCGTGCAGGCGATACGGGCATAACTTGAGTACTGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTCTCTGGGCAGTAACTGACGCT
配列番号17
表4Bのd−c−092分類群の16S rRNA配列。
CGCGTGTAGGCGGATTCTCAAGTTGGATGTGAAACCCCTTGGCTAAACTGAGGGCTTGCATTCAAAACTGAGGACCTTGAGTATCAGAGGGGAAAGTGGAATTCCTGGTGGAGCGGTAAAATGCGTAGAGATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGCTGACAACTGACGCT
配列番号18
表4Bのd−c−098分類群の16S rRNA配列。
TGTGTGTAGGTGGCGTGATTAGTCGTTTGTGAAAGATCCGAGCTTAACTTGGAAAACGCGAACGAAACGGTCATGCTTGAGTATGTGAGAGGTAAGCAGAACTCATGGTGTAGGGGTGAAATCCGTTGATATCATGGGGAATACCAAAAGCGAAGGCAGCTTACTGGCACATTACTGACACT
配列番号19
表4Cのd−c−012分類群の16S rRNA配列。
GGTTCGTAGGCTGTTTGTTAAGTCTGGAGTTAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGCTCGCTTTGGATACTAGCAAACTAGAGTTAGATAGAGGTAAGCGGAATTCCATGTGAAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAAAGGCGAAGGCAGCTTACTGGGTCTATACTGACGCT
配列番号20
表4Cのd−c−030分類群の16S rRNA配列。
CGCGCGCAGGCGGACTAGCCAGTCAGTCTTAAAAGTTCGGGGCTTAACCCCGTGATGGGATTGAAACTACTAGTCTAGAGTATCGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACGAACACTGACGCT
配列番号21
表4Cのd−c−040分類群の16S rRNA配列。
AGATGAGATGGCGGTTTGTCGCGTCTGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATTGGCGCTGGGTACGGGCAGGCTAGAGTGTAGTAGGGGAGACTGGAATTCTCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCTATTACTGACGCT
配列番号22
表4Cのd−c−047分類群の16S rRNA配列。
AGTACGTAGGCGGCCTAGTAAGTTAGAAGTGAAAGAATATAGCTCAACTATATAAAGCTTTTAAAACTGTTAGGCTTGAGAGATGAAAGGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTAGGAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCATCATCTGACGCT
配列番号23
表4Cのd−c−050分類群の16S rRNA配列。
GGCTTGTAGGCGGTTTGTCGCGTCGAAAGTGTAAACTCAGTGCTTAACGCTGAGCCTGCTTTCGATACGGGCTGACTAGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCCGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGACCTTTCCTGACGC
配列番号24
表4Cのd−c−053分類群の16S rRNA配列。
CGCTCGTAGGTGGTGTGTTGCGTCGTCTGTGTAATCCAGGGGCTTAACTTTTGGTTGGCAGGCGATACGGGCATTGCTTGAGTGCTGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCAGTTACTGACG
配列番号25
表4Cのd−c−068分類群の16S rRNA配列。
TGAGCGTAGGCGGCAGTACAAGTCGGGAGTGAAAACTCGGGGCTCAACCCCGAGACTGCTCTCGAAACTGTACAGCTAGAGTGCAGGATGGGCAGGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCT
配列番号26
表4Cのd−c−071分類群の16S rRNA配列。
GGCTTGTAGGCGGCTTGTTGCGCCTGCTGTGAAAACGCGGGGCTTAACTTCGCGCGTGCAGTGGGTACGGGCAGGCTTGAGTGTGGTAGGGGTGACTGGAATTCCAGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCTGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGGTCACTGGGCCATTACTGACGCT
配列番号27
表4Cのd−c−072分類群の16S rRNA配列。
GGTACGTAGGCGGTTTGTTAAGTTTGGCGTTAAATCACGGGGCTCAACCCCGTTCAGCGTTGAAAACTGGCAAACTTGAGTAGTAGAGGGGACAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATTAGGAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTGTCTGGATACATACTGACGCT
配列番号28
表4Cのd−c−081分類群の16S rRNA配列。
GGTGTGTAGGCGGTTATATTAGTCATTTGTTAAATCCTCGGGCTTAACCCGAGAATCGCGAGCGAAACGGTATAACTAGAAAGTGTGAGGGGTGTACAGAACTCATGGTGTAGGGGTGAAATCCGTTGATATCATGGGGAATACCAAAAGCGAAGGCAGTACACTGGCACATATTTGACGCT
配列番号29
表4Cのd−c−015分類群の16S rRNA配列。
TGCGCGCAGGCGGTTCGGTAAGTCTGTCTTAAAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACGGAAACTGTCGAACTTGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCT
配列番号30
表4Cのd−c−083分類群の16S rRNA配列。
GGTTCGCAGGCGGAATAACAAGTCAGATGTGAAAGGCATGGGCTCAACCCATGTAAGCATTTGAAACTGTAATTCTTGAGAAGTGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCTGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACACAAATCTGACGCT
配列番号31
表4Cのd-c-087分類群 − 16S rRNA配列。
CGCGTGTAGGCGGCACTGTAAGTCAGATGTGAAATCTCCCGGCTCAACCGGGAGCGTGCATCTGATACTGCAATGCTTGAGTGATAGAGGGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGCTATTAACTGACGCT
配列番号32
表4Cのd−c−088分類群の16S rRNA配列。
GGTGCGTAGGCGGTTCGGTAAGTCTTGTGTGAAATCTTCAGGCTCAACTTGAAGTCTGCACGAGAAACTGCCGGGCTTGAGTGTGGGAGAGGTGAGTGGAATTTCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGAAGGAACACCTGTGGCGAAAGCGGCTCACTGGACCACAACTGACGCT
配列番号33
表4Cのd−c−105分類群の16S rRNA配列。
GGTGTGTAGGTGGTTATGTTAGTCTCCTTTCAAAGCTCCCGGCCTAACCGGGAAAAGGGAGGGGAAACGGCACAACTAGAGGATGCGAGGGGTCTGTGGAACTCATGGAGTAGGGGTGAAATCCGTTGATATCATGGGGAACACCAAAAAGCGAAGGCAGCAGACTGGCGCATTCCTGACACT
配列番号34
表4Dのd−c−018分類群の16S rRNA配列。
CGAGTGCAGGCGGTTTTCTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAACCGGAGAAGTGCATCGGAAACTGGATAACTTGAGTGCAGAAGAGGGTAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTACCTGGTCTGCAACTGACGCT
配列番号35
表4Dのd−c−052分類群の16S rRNA配列。
TGGGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAAGTGCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTACAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTCACTGACGCT
配列番号36
表4Dのd−c−074分類群の16S rRNA配列。
CGTTCGCAGGCGGCAATGCAAGTCTCGTGTGAAAGGCAAGGGCTCAACCCTTGTAAGCACAAGAAACTGCATAGCTTGAGTAGTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTGCTGGACACAAACTGACGCT
配列番号37
表4Dのd−c−076分類群の16S rRNA配列。
TGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAACCGGAGAAGTGCATCGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTAGTCTGTAACTGACGCT
配列番号38
表4Dのd−c−082分類群の16S rRNA配列。
GGCTCGTAGGTGGTTTGTCGCGTCGTCTGTGAAATTCCGGGGCTTAACTCCGGGCGTGCAGGCGATACGGGCATAACTTGAGTACTGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTCTCTGGGCAGTAACTGACGCT
配列番号39
表8のs−n−006分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
AGGGCGCAGGCTGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAAGTGCATTGGAAACTGGGAAGCTTGAGTACAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAAGCGACTTTCTGGTCTGTCACTGACGCTGA
配列番号40
表8のs−n−007分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGCTCGTAGGCGGTTCGTCGCGTCCGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCCGCGCCGGGTACGGGCGGGCTTGAGTGCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCGTTACTGACGCTGA
配列番号41
表8のs−n−008分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGCGTGTAGGCGGCTAGATAAGTGTGATGTTTAAATCCAAGGCTTAACCTTGGGGTTCATTACAAACTGTTTAGCTTGAGTGCTGGAGAGGATAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTATCTGGACAGTAACTGACGCTGA
配列番号42
表8のsn−012分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGAGCGTAGGCTGTTTGTTAAGCGTGTTGTGAAATGTAGGAGCTCAACTTTTAGATTGCAGCGCGAACTGGCAGACTTGAGTGCGCACAACGTAGGCGGAATTCATGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCATGACGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACGGGAGCGCAACTGACGCTAA
配列番号43
表8のs−n−014分類群(OTU16分類群)−16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGTACGTAGGCGGTTTTTAAGTCAGGTGTCAAAGCGTGGAGCTTAACTCCATTAAGCACTTGAAACTGAAAGACTTGAGTGAAGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACTTTTACTGACGCTCA
配列番号44
表8のs−n−022分類群(OTU28分類群)−16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
TGTTCGCAGGCGGCAATGCAAGTCAGATGTAAAAGGCAAAGGCTCAACCTTTGTAAGCATCTGAAACTGTATAGCTTGAGAAGTGTAGAGGCAAGTGGAATTTTTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAAAAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTGCTGGGCACAATCTGACGCTGA
配列番号45
表8のs−n−024分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
AGTACGTAGGCGGATAAGCAAGTTAGAAGTGAAATCCTATAGCTCAACTATAGTAAGCTTTTAAAACTGCTCATCTTGAGGTATGGAAGGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGCCATAAACTGACGCTGA
配列番号46
表8のs−n−025分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCGGTCTTAAAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACCGAAACTGGAAGACTTGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCTGA
配列番号47
表8のs−n−027分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGCGCAGGCGGTCACTTAAGTCCATCTTAGAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGATGGGATGGAAACTGGGAGACTGGAGTATCGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACGAAAACTGACGCTGA
配列番号48
表8のs−n−028分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGTGCGTAGGTGGTCTTTCAAGTCGGTGGTTAAAGGCTACGGCTCAACCGTAGTTAGCCTCCGAAACTGGAAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGTGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTAGCGAAGGCGGCTTTCTGGACTGCAACTGACACTGA
配列番号49
表8のs−n−029分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGTGTAGGCGGCTAGATAAGTGTGATGTTTAAATCCAAGGCTTAAACCTTGGGGTTCATTACAAACTGTTTAGCTTGAGTGCTGGAGAGGATAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTATCTGGACAGTAACTGACGCTGA
配列番号50
表8のs−n−030分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGCGTAGGCGGTCTGTTAGGTCAGGAGTCAAATCTGGGGGCTCAACCCCTATCCGCTCCTGATACCGGCAGGCTTGAGTCTGGTATGGGAAGGTGGAATTCCAAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTTGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTTCTGGGCCATGACTGACGCTGA
配列番号51
表8のs−n−046分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GATGAGATGGCGGTTCGTCGCGTCCGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCCGCGCCGGGTACGGGCGGGCTTGAGTGCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCGTTACTGACGCTGA
配列番号52
表8のs−n−054分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCAGGTAGGTGGTCTGATTAGTCAATAGGTGAAATCCTCGGGCTTAACCCGAGAAGTGCCTTTGAAACGGTCAGACTGGAGTACTCTAGAGGGTCGTGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGAGGCGAAGGCGGCGACCTGGGGAGTGACTGACACTCA
配列番号53
表8のs−n−063分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGTGCGTAGGCGGTTCTTTAAGTCAGAGGTGAAAGACGGCAGCTTAACTGTCGCAGTGCCTTTGATACTGAAGAACTTGAATTGGGTTGAGGAATGCGGAATGAGACAAGTAGCGGTGAAATGCATAGATATGTCTCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATTCCAAGCCTATATTGACGCTGA
配列番号54
表8のs−n−068分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCAGGTAGGCTGTTTTGTAAGTCCGGCGTGAAATCCCAGAGCTCAACTCTGGAACTGCGTTGGAAACTACATGACTTGAGTATCGGAGAGGTTAGGGGAATTCTCGGTGTAAGGGTGAAATCTGTAGATATCGAGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTAACTGGCCGATTACTGACGCTGA
配列番号55
表8のs−n−071分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
AGAGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTCAACCGAGGAAGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAATGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAATTGACGCTGA
配列番号56
OTU#11分類群、すなわちスネアチア・サングイネゲンスの16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGCATCTAGGCGGTAAGACAAGTTGAAGGTGAAAACCTGTGGCTCAACCATAGGCTTGCCTACAAAACTGTTGAACTAGAGTACTGGAAAGGTGGGTGGAACTACACGAGTAGAGGTGAAATTCGTA
配列番号1
V4−V5 PCRフォワードプライマー(プライマー5’末端のプライマーAキー配列とMID配列を含まない)
AYT GGG YDT AAA GNG
配列番号2
V4−V5 PCRリバースプライマー(プライマーの5’末端のプライマーBキー配列を含まない)
CCG TCA ATT YYT TTR AGT TT
配列番号3
表4Aのd−c−019分類群の16S rRNA配列。
GGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTTAACCGAGGAAGCGCATCGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGTAACTGACGCT
配列番号4
表4Aのd−c−030分類群の16S rRNA配列。
CGCGCGCAGGCGGACTAGCCAGTCAGTCTTAAAAGTTCGGGGCTTAACCCCGTGATGGGATTGAAACTACTAGTCTAGAGTATCGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACGAACACTGACGCT
配列番号5
表4Aのd-c-037分類群 (OTU 47分類群) − 16S rRNA配列。
GGCGCGCAGGCGGTTCGGTAAGTCTGTCTTAAAGTGCGGGCTTAACCCCGTGAGGGACGGAAACTGTCGAACTTGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCT
配列番号6
表4Aのd−c−040分類群の16S rRNA配列。
AGATGAGATGGCGGTTTGTCGCGTCTGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATTGGCGCTGGGTACGGGCAGGCTAGAGTGTAGTAGGGGAGACTGGAATTCTCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCTATTACTGACGCT
配列番号7
表4Aのd−c−043分類群(OTU56分類群)−16S rRNA配列。
CGAGCGCAGGCGGGTTTGTAAGTTTGGTATTAAATCTAGATGCTTAACGTCTAGCTGTATCAAAAACTGTAAACCTAGAGTGTAGTAGGGAGTTGGGGAACTCCATGTGGAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGCCAACTTGGACTATCACTGACGCT
配列番号8
表4Aのd−c−045分類群(OTU42分類群)−16S rRNA配列。
CGCGCGTAGGCGGTCTGTTAGGTCAGGAGTCAAATCTGGGGGCTCAACCCCTATCCGCTCCTGATACCGGCAGGCTTGAGTCTGGTATGGGAAGGTGGAATTCCAAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTTGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTTCTGGGCCATGACTGACGCT
配列番号9
表4Aのd−c−038分類群(OTU40分類群)−16S rRNA配列。
CGCGCGCAGGCGGTTGCTCAAGCGGAACCTCTAATCTCGGGGCTTAACCTCGAGCCGGGTTCCGAACTGGACGACTCGAGTGCGGTAGAGGCAGATGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCGGGAAGAACACCAACGGCGAAGGCAGTCTGCTGGGCCGTCACTGACGCT
配列番号10
表4Aのd−c−047分類群の16S rRNA配列。
AGTACGTAGGCGGCCTAGTAAGTTAGAAGTGAAAGAATATAGCTCAACTATATAAAGCTTTTAAAACTGTTAGGCTTGAGAGATGAAAGGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTAGGAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCATCATCTGACGCT
配列番号11
表4Aのd−c−054分類群の16S rRNA配列。
GGTGCGTAGGCGGTCTGTTAAGTTCATGGTTAAATTTTGGGGCTCAACCCCATTGAGCCATGGATACTGGCAGACTAGAGTATTGGAGAGGCAAGCGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTTGCTAGCCAAAGACTGACGCT
配列番号12
表4Bのd−c−067分類群の16S rRNA配列。
GGTGCGCAGGCGGCTTTACAAGTTGGATGTGAAATATTGTGGCTCAACCACAAACGTGCATCCAAAACTGCAAAGCTTGAGTTAAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACTTAAACTGACGC
配列番号13
表4Bのd−c−039分類群の16S rRNA配列。
GGCGCGTAGGCGGAATGGCAAGTCAGCAAGTGAAAGCGTGGGGCTCAACCCCATGATGCGGCTGAAACTGTTATTCTAGAGGCATGGAGAGGCAAACGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTTGCTGGCCATGAACTGACGCT
配列番号14
表4Bのd−c−052分類群の16S rRNA配列。
TGGGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAAGTGCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTACAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTCACTGACGCT
配列番号15
表4Bのd−c−074分類群の16S rRNA配列。
CGTTCGCAGGCGGCAATGCAAGTCTCGTGTGAAAGGCAAGGGCTCAACCCTTGTAAGCACAAGAAACTGCATAGCTTGAGTAGTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTGCTGGACACAAACTGACGCT
配列番号16
表4Bのd−c−082分類群の16S rRNA配列。
GGCTCGTAGGTGGTTTGTCGCGTCGTCTGTGAAATTCCGGGGCTTAACTCCGGGCGTGCAGGCGATACGGGCATAACTTGAGTACTGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTCTCTGGGCAGTAACTGACGCT
配列番号17
表4Bのd−c−092分類群の16S rRNA配列。
CGCGTGTAGGCGGATTCTCAAGTTGGATGTGAAACCCCTTGGCTAAACTGAGGGCTTGCATTCAAAACTGAGGACCTTGAGTATCAGAGGGGAAAGTGGAATTCCTGGTGGAGCGGTAAAATGCGTAGAGATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGCTGACAACTGACGCT
配列番号18
表4Bのd−c−098分類群の16S rRNA配列。
TGTGTGTAGGTGGCGTGATTAGTCGTTTGTGAAAGATCCGAGCTTAACTTGGAAAACGCGAACGAAACGGTCATGCTTGAGTATGTGAGAGGTAAGCAGAACTCATGGTGTAGGGGTGAAATCCGTTGATATCATGGGGAATACCAAAAGCGAAGGCAGCTTACTGGCACATTACTGACACT
配列番号19
表4Cのd−c−012分類群の16S rRNA配列。
GGTTCGTAGGCTGTTTGTTAAGTCTGGAGTTAAATCCCGGGGCTCAACCCCGGCTCGCTTTGGATACTAGCAAACTAGAGTTAGATAGAGGTAAGCGGAATTCCATGTGAAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAAAGGCGAAGGCAGCTTACTGGGTCTATACTGACGCT
配列番号20
表4Cのd−c−030分類群の16S rRNA配列。
CGCGCGCAGGCGGACTAGCCAGTCAGTCTTAAAAGTTCGGGGCTTAACCCCGTGATGGGATTGAAACTACTAGTCTAGAGTATCGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACGAACACTGACGCT
配列番号21
表4Cのd−c−040分類群の16S rRNA配列。
AGATGAGATGGCGGTTTGTCGCGTCTGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATTGGCGCTGGGTACGGGCAGGCTAGAGTGTAGTAGGGGAGACTGGAATTCTCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCTATTACTGACGCT
配列番号22
表4Cのd−c−047分類群の16S rRNA配列。
AGTACGTAGGCGGCCTAGTAAGTTAGAAGTGAAAGAATATAGCTCAACTATATAAAGCTTTTAAAACTGTTAGGCTTGAGAGATGAAAGGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTAGGAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCATCATCTGACGCT
配列番号23
表4Cのd−c−050分類群の16S rRNA配列。
GGCTTGTAGGCGGTTTGTCGCGTCGAAAGTGTAAACTCAGTGCTTAACGCTGAGCCTGCTTTCGATACGGGCTGACTAGAGGAAGGTAGGGGAGAATGGAATTCCCGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGACCTTTCCTGACGC
配列番号24
表4Cのd−c−053分類群の16S rRNA配列。
CGCTCGTAGGTGGTGTGTTGCGTCGTCTGTGTAATCCAGGGGCTTAACTTTTGGTTGGCAGGCGATACGGGCATTGCTTGAGTGCTGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCAGTTACTGACG
配列番号25
表4Cのd−c−068分類群の16S rRNA配列。
TGAGCGTAGGCGGCAGTACAAGTCGGGAGTGAAAACTCGGGGCTCAACCCCGAGACTGCTCTCGAAACTGTACAGCTAGAGTGCAGGATGGGCAGGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCT
配列番号26
表4Cのd−c−071分類群の16S rRNA配列。
GGCTTGTAGGCGGCTTGTTGCGCCTGCTGTGAAAACGCGGGGCTTAACTTCGCGCGTGCAGTGGGTACGGGCAGGCTTGAGTGTGGTAGGGGTGACTGGAATTCCAGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCTGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGGTCACTGGGCCATTACTGACGCT
配列番号27
表4Cのd−c−072分類群の16S rRNA配列。
GGTACGTAGGCGGTTTGTTAAGTTTGGCGTTAAATCACGGGGCTCAACCCCGTTCAGCGTTGAAAACTGGCAAACTTGAGTAGTAGAGGGGACAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATTAGGAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTGTCTGGATACATACTGACGCT
配列番号28
表4Cのd−c−081分類群の16S rRNA配列。
GGTGTGTAGGCGGTTATATTAGTCATTTGTTAAATCCTCGGGCTTAACCCGAGAATCGCGAGCGAAACGGTATAACTAGAAAGTGTGAGGGGTGTACAGAACTCATGGTGTAGGGGTGAAATCCGTTGATATCATGGGGAATACCAAAAGCGAAGGCAGTACACTGGCACATATTTGACGCT
配列番号29
表4Cのd−c−015分類群の16S rRNA配列。
TGCGCGCAGGCGGTTCGGTAAGTCTGTCTTAAAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACGGAAACTGTCGAACTTGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCT
配列番号30
表4Cのd−c−083分類群の16S rRNA配列。
GGTTCGCAGGCGGAATAACAAGTCAGATGTGAAAGGCATGGGCTCAACCCATGTAAGCATTTGAAACTGTAATTCTTGAGAAGTGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCTGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACACAAATCTGACGCT
配列番号31
表4Cのd-c-087分類群 − 16S rRNA配列。
CGCGTGTAGGCGGCACTGTAAGTCAGATGTGAAATCTCCCGGCTCAACCGGGAGCGTGCATCTGATACTGCAATGCTTGAGTGATAGAGGGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGCTATTAACTGACGCT
配列番号32
表4Cのd−c−088分類群の16S rRNA配列。
GGTGCGTAGGCGGTTCGGTAAGTCTTGTGTGAAATCTTCAGGCTCAACTTGAAGTCTGCACGAGAAACTGCCGGGCTTGAGTGTGGGAGAGGTGAGTGGAATTTCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGAAGGAACACCTGTGGCGAAAGCGGCTCACTGGACCACAACTGACGCT
配列番号33
表4Cのd−c−105分類群の16S rRNA配列。
GGTGTGTAGGTGGTTATGTTAGTCTCCTTTCAAAGCTCCCGGCCTAACCGGGAAAAGGGAGGGGAAACGGCACAACTAGAGGATGCGAGGGGTCTGTGGAACTCATGGAGTAGGGGTGAAATCCGTTGATATCATGGGGAACACCAAAAAGCGAAGGCAGCAGACTGGCGCATTCCTGACACT
配列番号34
表4Dのd−c−018分類群の16S rRNA配列。
CGAGTGCAGGCGGTTTTCTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAACCGGAGAAGTGCATCGGAAACTGGATAACTTGAGTGCAGAAGAGGGTAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTACCTGGTCTGCAACTGACGCT
配列番号35
表4Dのd−c−052分類群の16S rRNA配列。
TGGGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAAGTGCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTACAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTCACTGACGCT
配列番号36
表4Dのd−c−074分類群の16S rRNA配列。
CGTTCGCAGGCGGCAATGCAAGTCTCGTGTGAAAGGCAAGGGCTCAACCCTTGTAAGCACAAGAAACTGCATAGCTTGAGTAGTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTGCTGGACACAAACTGACGCT
配列番号37
表4Dのd−c−076分類群の16S rRNA配列。
TGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGGCTTAACCGGAGAAGTGCATCGGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTAGTCTGTAACTGACGCT
配列番号38
表4Dのd−c−082分類群の16S rRNA配列。
GGCTCGTAGGTGGTTTGTCGCGTCGTCTGTGAAATTCCGGGGCTTAACTCCGGGCGTGCAGGCGATACGGGCATAACTTGAGTACTGTAGGGGAGACTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTCTCTGGGCAGTAACTGACGCT
配列番号39
表8のs−n−006分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
AGGGCGCAGGCTGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAAGTGCATTGGAAACTGGGAAGCTTGAGTACAGAAGAGGAAAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAAGCGACTTTCTGGTCTGTCACTGACGCTGA
配列番号40
表8のs−n−007分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGCTCGTAGGCGGTTCGTCGCGTCCGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCCGCGCCGGGTACGGGCGGGCTTGAGTGCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCGTTACTGACGCTGA
配列番号41
表8のs−n−008分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGCGTGTAGGCGGCTAGATAAGTGTGATGTTTAAATCCAAGGCTTAACCTTGGGGTTCATTACAAACTGTTTAGCTTGAGTGCTGGAGAGGATAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTATCTGGACAGTAACTGACGCTGA
配列番号42
表8のsn−012分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGAGCGTAGGCTGTTTGTTAAGCGTGTTGTGAAATGTAGGAGCTCAACTTTTAGATTGCAGCGCGAACTGGCAGACTTGAGTGCGCACAACGTAGGCGGAATTCATGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCATGACGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACGGGAGCGCAACTGACGCTAA
配列番号43
表8のs−n−014分類群(OTU16分類群)−16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGTACGTAGGCGGTTTTTAAGTCAGGTGTCAAAGCGTGGAGCTTAACTCCATTAAGCACTTGAAACTGAAAGACTTGAGTGAAGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACTTTTACTGACGCTCA
配列番号44
表8のs−n−022分類群(OTU28分類群)−16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
TGTTCGCAGGCGGCAATGCAAGTCAGATGTAAAAGGCAAAGGCTCAACCTTTGTAAGCATCTGAAACTGTATAGCTTGAGAAGTGTAGAGGCAAGTGGAATTTTTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAAAAAGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTGCTGGGCACAATCTGACGCTGA
配列番号45
表8のs−n−024分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
AGTACGTAGGCGGATAAGCAAGTTAGAAGTGAAATCCTATAGCTCAACTATAGTAAGCTTTTAAAACTGCTCATCTTGAGGTATGGAAGGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTAGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGCCATAAACTGACGCTGA
配列番号46
表8のs−n−025分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCGGTCTTAAAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACCGAAACTGGAAGACTTGAGTGTCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGACAACTGACGCTGA
配列番号47
表8のs−n−027分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGCGCAGGCGGTCACTTAAGTCCATCTTAGAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGATGGGATGGAAACTGGGAGACTGGAGTATCGGAGAGGAAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGACGAAAACTGACGCTGA
配列番号48
表8のs−n−028分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGTGCGTAGGTGGTCTTTCAAGTCGGTGGTTAAAGGCTACGGCTCAACCGTAGTTAGCCTCCGAAACTGGAAGACTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGTGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTAGCGAAGGCGGCTTTCTGGACTGCAACTGACACTGA
配列番号49
表8のs−n−029分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGTGTAGGCGGCTAGATAAGTGTGATGTTTAAATCCAAGGCTTAAACCTTGGGGTTCATTACAAACTGTTTAGCTTGAGTGCTGGAGAGGATAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTATCTGGACAGTAACTGACGCTGA
配列番号50
表8のs−n−030分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCGCGTAGGCGGTCTGTTAGGTCAGGAGTCAAATCTGGGGGCTCAACCCCTATCCGCTCCTGATACCGGCAGGCTTGAGTCTGGTATGGGAAGGTGGAATTCCAAGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATTTGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTTCTGGGCCATGACTGACGCTGA
配列番号51
表8のs−n−046分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GATGAGATGGCGGTTCGTCGCGTCCGGTGTGAAAGTCCATCGCTTAACGGTGGATCCGCGCCGGGTACGGGCGGGCTTGAGTGCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCGTTACTGACGCTGA
配列番号52
表8のs−n−054分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCAGGTAGGTGGTCTGATTAGTCAATAGGTGAAATCCTCGGGCTTAACCCGAGAAGTGCCTTTGAAACGGTCAGACTGGAGTACTCTAGAGGGTCGTGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGAGGCGAAGGCGGCGACCTGGGGAGTGACTGACACTCA
配列番号53
表8のs−n−063分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGTGCGTAGGCGGTTCTTTAAGTCAGAGGTGAAAGACGGCAGCTTAACTGTCGCAGTGCCTTTGATACTGAAGAACTTGAATTGGGTTGAGGAATGCGGAATGAGACAAGTAGCGGTGAAATGCATAGATATGTCTCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATTCCAAGCCTATATTGACGCTGA
配列番号54
表8のs−n−068分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
GGCAGGTAGGCTGTTTTGTAAGTCCGGCGTGAAATCCCAGAGCTCAACTCTGGAACTGCGTTGGAAACTACATGACTTGAGTATCGGAGAGGTTAGGGGAATTCTCGGTGTAAGGGTGAAATCTGTAGATATCGAGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTAACTGGCCGATTACTGACGCTGA
配列番号55
表8のs−n−071分類群の16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
AGAGCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCTCGGCTCAACCGAGGAAGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAATGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAATTGACGCTGA
配列番号56
OTU#11分類群、すなわちスネアチア・サングイネゲンスの16S rRNA遺伝子のヌクレオチド配列。
CGCATCTAGGCGGTAAGACAAGTTGAAGGTGAAAACCTGTGGCTCAACCATAGGCTTGCCTACAAAACTGTTGAACTAGAGTACTGGAAAGGTGGGTGGAACTACACGAGTAGAGGTGAAATTCGTA
Claims (24)
- (a)メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム、ウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JF295520.1に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8における16S rRNAヌクレオチド配列によって規定されている細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9におけるBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定されている細菌分類群、からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルを、対象から採取された生体試料において検出すること、および
(b)前記少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルが標準対照レベルよりも高い場合に、前記対象は有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰の増加したリスクを有すると決定すること、
を含む、対象について異常妊娠転帰または有害な新生児転帰のリスクを決定する方法。 - 少なくとも2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、または20種類の異なる細菌分類群が検出される、請求項1に記載の方法。
- 前記対象が妊婦または非妊婦である、請求項1に記載の方法。
- 前記生体試料が、子宮頸管スワブ、膣スワブ、尿試料、羊水試料、母体血試料、母体血清試料、母体血漿試料、子宮頸管粘液試料、胎盤スワブ、臍帯スワブ、または生殖系もしくは胃腸管系から直接的もしくは間接的に採取された任意の試料である、請求項1に記載の方法。
- 前記検出の工程が、ポリヌクレオチド増幅アッセイ、ポリヌクレオチド配列決定を伴うアッセイ、または配列特異的プローブ/プライマーハイブリダイゼーションを伴うアッセイを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチド増幅アッセイがポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アッセイである、請求項5に記載の方法。
- 前記PCRアッセイが定量的PCRアッセイまたは逆転写酵素PCRアッセイである、請求項6に記載の方法。
- 前記有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰が、34週未満での早産、37週未満での早産、前記生体試料の採取後約1〜196日以内の分娩、臨床介入の実施後約1〜196日以内の分娩、1分の時点での7未満のアプガースコア、5分の時点での7未満のアプガースコア、絨毛羊膜炎、呼吸窮迫症候群、気管支肺異形成症、脳室内出血、出生後7日以内の新生児死亡、または新生児敗血症を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルが標準対照レベルよりも高い場合に、対象が進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有するリスクを有すると決定することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 対象が、羊膜腔、子宮腔、子宮頸管または膣に感染症を有するリスクを有すると決定することをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 工程(a)の前に、生体試料から核酸を抽出することをさらに含む請求項1に記載の方法。
- 対象が有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有すると予測されたときに、前記生体試料の種類である前記対象の別の生体試料を使用して、後の時点で工程(a)と(b)を繰り返すことを含み、最初の工程(a)において決定されたレベルと比較した場合の、後の時点での前記少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルの上昇が、有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクの増加を示す、請求項1に記載の方法。
- ジョンケテラ・アントロピ(Jonquetella anthropi)、アエロコッカスリナエ(Aerococcusurinae)、表4Bおよび表4Dにおける16S rRNAヌクレオチド配列によって規定されている細菌分類群、および表4Fおよび表4H中のBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定されている細菌分類群からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルを前記生体試料において検出すること、および、
前記少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルが標準対照レベルよりも低い場合に、対象が有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰の増加したリスクを有すると決定すること、
をさらに含む請求項1に記載の方法。 - (a)メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8における16S rRNAヌクレオチド配列によって規定されている細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9におけるBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類による細菌分類群、からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌を含む、妊娠している対象から採取される生体試料を提供する標準対照、および
(b)メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、GenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8における16S rRNAヌクレオチド配列によって規定されている細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9におけるBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類によって規定されている細菌分類群、からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌を特異的および定量的に特定する1種類以上の薬剤、
を含む、対象が有害な妊娠転帰または有害な新生児転帰を有するリスクを決定するためのキット。 - 前記薬剤が、増幅アッセイにおいて前記少なくとも1種類の細菌分類群のポリヌクレオチドに特異的にハイブリダイズし、そのポリヌクレオチドを増幅する1種類以上のオリゴヌクレオチドプライマーである、請求項14に記載のキット。
- 前記薬剤が、前記少なくとも1種類の細菌分類群のポリヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズするポリヌクレオチドプローブである、請求項14に記載のキット。
- 取扱い説明書をさらに含む、請求項14に記載のキット。
- (a)メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アロスカルドビア・オムニコレンス(Alloscardovia omnicolens)、ウレアプラズマ・ウレアリティカム、ウレアプラズマ・パルバム、アトポビウム・バギナエ、パルビバクター・カエシコラ(Parvibacter caecicola)、ラクトバチルス・カゼイ、ベイロネラ・モンペリエレンシス、アナエロコッカス・セネガレンシス、ブレイディア・エクストルクタ、マイコプラズマ・ホミニス、プロピオニミクロビウム・リンフォフィラム、16S rRNAヌクレオチド配列がGenBankアクセッション番号JQ781443.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも92%の配列同一性を有する未培養細菌、コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス(Corynebacterium pyruviciproducens)、メガスファエラ・セレビシエ(Megasphaera cerevisiae)、アシディピラ・ロセア(Acidipila rosea)、ムルドシエラ・アサカロリティカ(Murdochiella asaccharolytica)、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、GenBankアクセッション番号JF295520.1のヌクレオチド配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有する16S rRNAヌクレオチド配列を持つ未培養細菌、ホワルデラ・ウレイリティカ(Howardella ureilytica)、アクチノバクラム・シャアリイ(Actinobaculum schaalii)、ペプトニフィラス・デュエルデニイ(Peptoniphilus duerdenii)、ファスティディオシピラ・サングイニス、スネアチア・サングイネゲンス、パルビモナス・ミクラ(Parvimonas micra)、ペプトニフィラス・ラクリマリス、表4A、表4C、および表8における16S rRNAヌクレオチド配列によって規定されている細菌分類群、ならびに表4E、表4G、および表9におけるBLASTヌクレオチドアラインメントに基づく最近縁種分類による細菌分類群、からなる群より選択される少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルを、対象から採取された生体試料において検出すること、および
(b)前記少なくとも1種類の細菌分類群に属する細菌のレベルが標準対照レベルのそれよりも高い場合に、前記対象が進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有する増加したリスクを有すると決定すること、
を含む、妊娠した対象が、進行した子宮頸管拡張または早期子宮頸管短縮を有する増加したリスクを有するか決定する方法。 - (a)の工程を実施する前に、生体試料から核酸を抽出することをさらに含む請求項18に記載の方法。
- 少なくとも2種類、3種類、4種類、5種類、6種類、7種類、8種類、9種類、10種類、11種類、12種類、13種類、14種類、15種類、16種類、17種類、18種類、19種類、または20種類の異なる細菌分類群が検出される、請求項18に記載の方法。
- 生体試料が子宮頸管スワブ、膣スワブ、尿試料、羊水試料、母体血試料、母体血清試料、母体血漿試料、子宮頸管粘液試料、胎盤スワブ、臍帯スワブ、または生殖系もしくは胃腸管系から直接的もしくは間接的に採取された任意の試料である、請求項18に記載の方法。
- 前記検出の工程が、ポリヌクレオチド増幅アッセイ、ポリヌクレオチド配列決定を伴うアッセイ、または配列特異的プローブ/プライマーハイブリダイゼーションを伴うアッセイを含む、請求項18に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチド増幅アッセイがポリメラーゼ連鎖反応(PCR)アッセイである、請求項22に記載の方法。
- 前記PCRアッセイが定量的PCRアッセイまたは逆転写酵素PCRアッセイである、請求項23に記載の方法。
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