JP2018535648A - ポリオーマウイルス中和抗体 - Google Patents

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Abstract

本発明は、抗ＶＰ１抗体、抗体断片、ならびにポリオーマウイルス感染および関連疾患の防止および処置のためのそれらの使用に関する。

Description

発明の分野
本開示は、抗ＶＰ１抗体、抗体断片、ならびにポリオーマウイルス感染の可能性の低減または処置のためのそれらの使用に関する。
発明の背景
ヒトポリオーマウイルスのうち、ＢＫウイルス（ＢＫＶ）およびＪＣウイルス（ＪＣＶ）が同定された最初の２つであった。これらの２つのポリオーマウイルスは、免疫抑制患者から単離され、１９７１年にＬａｎｃｅｔの同じ号で公開された（Gardner et al., Lancet 1971 1:1253-1527、およびPadgett et al., Lancet 1971 1:1257-1260）。ポリオーマウイルスは、２０面体の非エンベロープ型二本鎖ＤＮＡウイルスである。それらは直径４０〜４５ｎｍの寸法であり、８８％のタンパク質および１２％ＤＮＡを含む。
ＢＫＶゲノムは、長さ約５Ｋｂの環状二本鎖ＤＮＡであり、３つの主要な区分：初期コード領域、後期コード領域、および非コード制御領域を含有する。初期コード領域は、３つの調節タンパク質（ラージ腫瘍抗原［ＴＡｇ］、スモール腫瘍抗原［ｔＡｇ］、およびトランケート型腫瘍抗原［ｔｒｕｎｃＴＡｇ］）をコードし、新しく感染した細胞中で発現される最初のウイルスタンパク質であり、ウイルスＤＮＡの複製を容易にし、好ましい細胞環境を確立するのを担う。後期コード領域は、ウイルスキャプシドを作り上げる３つの構造タンパク質（ＶＰ１、ＶＰ２、およびＶＰ３）、ならびにアグノタンパク質をコードし、ウイルス複製中のその役割はあまり明確ではない。非コード制御領域は、複製起点ならびにウイルス遺伝子生成物の発現を誘導する初期および後期プロモーターを含有する。
ＢＫＶは、腎臓、膀胱、および尿管の上皮細胞（典型的な持続部位）、へんとう組織、ならびにリンパ球（一次感染および播種の提唱部位）を含む多くの異なる細胞型において検出されている（Chatterjee et al., J. Med. Virol. 2000; 60:353-362、Goudsmit et al., J. Med. Virol. 1982; 10:91-99、Heritage et al., J. Med. Virol. 1981; 8:143-150、Shinohara et al., J. Med. Virol. 1993; 41(4):301-305）。ＢＫＶの主要な細胞表面受容体は、ガングリオシドＧＴ１ｂ、ＧＤ１ｂ、およびＧＤ３であり、それらは全て末端α２，８−結合シアル酸を有し、かなり遍在性であり、様々な細胞型の感染を可能にする（Neu et al., PLos Patholog. 2013; 9(10):e1003714およびe1003688、O’Hara et al., Virus Res. 2014; 189:208-285も参照されたい）。ＢＫＶの非エンベロープ型２０面体ビリオンは、３つの異なるウイルスタンパク質：７２個の五量体に整列された３６０コピーの主要ウイルスキャプシドタンパク質ＶＰ１ならびに各ＶＰ１五量体と結合した１個のＶＰ２またはＶＰ３分子と組み合わせた７２コピーのマイナーウイルスキャプシドタンパク質ＶＰ２およびＶＰ３から構成される。ＶＰ１のみが進入時にビリオン表面上に露出し、各五量体はガングリオシド受容体のための５つの低親和性結合部位を有する。細胞表面上のガングリオシド受容体へのＶＰ１五量体の結合は、カベオラ媒介性エンドサイトーシス経路を介する内在化、次いで、小胞体、最終的には核へのウイルスの輸送を開始させる（Tsai and Qian, J. Virol 2010;84(19):9840-9852）。
ヒトポリオーマウイルスＢＫ（ＢＫＶ）による感染は、本質的には遍在性であり、全集団の８０〜９０％が感染していると推定される（Knowles W.A., Adv. Exp. Med. Biol. 2006;577:19-45）。一次感染は、ほとんどの場合、小児期（すなわち、１０歳前）に起こり、軽度な、非特異的な、自己限定的な疾病をもたらすか、または症状を全くもたらさない。持続感染は、尿細管、尿管、および膀胱の上皮細胞で確立され、免疫系によって有効に制御される。免疫応答性の成人の尿中への一過的な無症状性のウイルス出芽が散発的に起こるが、疾患または後遺症をもたらさない。しかしながら、免疫機能障害、特に、腎移植または造血幹細胞移植後の免疫抑制は、制御されないＢＫＶ複製、究極的には、痛みのある膀胱疾患である、ＢＫＶ関連ネフロパシー（ＢＫＶＡＮ）または出血性膀胱炎（ＨＣ）をもたらし得る。ＢＫＶに対する有効な抗ウイルス療法はなく、現在の標準治療は、免疫抑制の低減であり、急性拒絶のリスクを増大させる。現在のより積極的なモニタリングおよび防止のための手法を用いても、最大で１０％の腎移植レシピエントがＢＫＶＡＮを発症し、これらの患者の１５〜３０％がＢＫＶＡＮに起因して移植片喪失に罹患する。ＢＫＶウイルス血症の検出時の免疫抑制レジメンにおけるこれらの経験している低減のうち、最大で３０％が結果として急性拒絶エピソードを経験する。
ＢＫＶは１９７１年に初めて記載されたが（上掲）、１９９０年代まで、ＢＫ関連ネフロパシー（ＢＫＶＡＮ）は腎臓移植傷害の原因として文献中に報告されなかった（Purighalla et al., Am. J. Kidney Dis. 1995; 26:671-673およびRandhawa et al., Transplantation 1999; 67:103-109）。ＢＫＶＡＮの初期管理において、ＢＫ検査陽性は重大な結果を有し、５０％を超える患者が移植片機能障害および移植片喪失を有していた（Hirsch et al., New Engl. J. Med. 2002; 347:488-496）。ＢＫウイルスの再活性化は、移植後に開始することがあり、移植後３カ月までに約３０％〜５０％の患者において見られる（Bressollette-Bodin et al., Am J. Transplant. 2005; 5(8):1926-1933およびBrennan et al., Am. J. Transplant. 2004;4(12):2132-2134）。ＢＫウイルスの再活性化は、最初は尿中、次いで血漿中、最後に腎臓中のウイルスおよびウイルスＤＮＡによって認められ得る（Brennan et al., Am. J. Transplant. 2005;5(3):582-594およびHirsch et al., N Eng. J. Med. 2002;347(7):488-496）。腎臓移植患者の約８０％が尿中にＢＫウイルスを有し（ＢＫウイルス尿症）、これらの患者の５〜１０％がＢＫＶＡＮに進行する（Binet et al., Transplantation 1999; 67(6):918-922およびBressollette-Bodin et al., Am J. Transplant. 2005; 5(8):1926-1933）。ＢＫＶは基底膜の露出と共に、尿細管上皮細胞の壊死および溶解的破壊を引き起こし、間質に管腔液を蓄積させ、間質性線維症および尿細管萎縮をもたらし（Nickeleit et al., J. Am. Soc. Neprol. 1999; 10(5):1080-1089）、これらは全て移植片の状態に影響し得る。患者は、腎機能の低下、尿細管−間質性腎炎および尿管狭窄を呈し得る（Garner et al., Lancet 1971; 1(7712):1253-1257およびHirsch Am. J. Transplant 2002; 2(1)25-30）。
ＢＫＶは、免疫不全宿主において肺炎、網膜炎および髄膜脳炎も引き起こし得る（Reploeg et al., Clin. Infect. Dis. 2001;33(2):191-202）。造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントにおけるＢＫＶ疾患は、典型的には、出血性膀胱炎（ＨＣ）として現れ、重症度において変化してもよい。ウイルス尿症（ウイルス血症ではない）および痛みのある血尿は、ＨＣの臨床所見と関連する。現在の標準治療は、主として、強制補液／利尿および疼痛管理手段を含む、事実上支持的なものである。最も重篤な事例では、輸血、血餅排出を要し、一部の例では死亡をもたらし得る。任意の原因（例えば、薬物、放射線、ウイルス）のＨＣは、ＨＳＣＴレシピエント間では比較的一般的であるが、ＢＫＶと関連するＨＣは、通常、移植後６カ月以内に約１０〜１２％の患者において生じる。ＨＣの他のウイルス病因があり、アデノウイルスは、成人ＨＳＣＴレシピエントと比較して、小児ＨＳＣＴレシピエント間でＨＣのより一般的な原因である。ＢＫウイルスはまた、全身性エリテマトーデス、他の固形臓器移植などの他の免疫不全状態およびＨＩＶ／ＡＩＤＳ患者においても観察されている（Jiang et al., Virol. 2009; 384:266-273）。
この点で、臓器移植と関連するＢＫネフロパシーの処置は、移植片機能障害および移植片喪失を防止する試みにおける免疫抑制の低減である（Wiseman et al., Am. J. Kidney Dis. 2009; 54(1): 131-142およびHirsch et al., Transplantation 2005; 79(1): 1277-1286）。免疫抑制の低減はウイルス血症から臨床ネフロパシーと関連する広範な損傷への進行を防止するのに役立ち得るため、低減のための固定された臨床レジメンは存在しないが、これは急性臓器拒絶のリスクも増大させる（Brennan et al., Am. J. Transplant 2005; 5(3):582-594）。医師は、免疫抑制剤の低減と組み合わせた、シドフォビル、レフルノミドまたはキノロンなどの治療剤の使用を報告したが、この報告により、この手法が無効であり、追加の副作用を管理する負担が増すことがわかる（Randhawa and Brennan Am. J. Transplant 2006; 6(9):2000-2005）。そのようなものとして、ＢＫなどのポリオーマウイルスを中和し、免疫不全宿主において使用することができる療法に関する分野における満たされない有用な必要性がある。
ＪＣウイルスもまた、集団において高度に普及している（８０％）ポリオーマウイルスであるが、ＪＣウイルスは一般的には、ＢＫウイルスよりも後に獲得される（Padgett et al., J. Infect. Dis. 1973;127(4):467-470およびSabath et al., J. Infect. Dis. 2002; 186 Suppl. 2:5180-5186）。初期感染後、ＪＣウイルスはリンパ器官および腎臓において潜伏を確立し、再活性化された場合、感染したＢリンパ球を介して中枢神経系に侵入する。一度、ＣＮＳに入れば、ＪＣウイルスは、進行性脱髄性中枢神経系障害である進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）を引き起こす。ＰＭＬは、ＨＩＶ／ＡＩＤＳ患者における日和見感染として見つかることが最も多く、免疫抑制患者においても報告されている（Angstrom et al., Brain 1958; 81(1):93-111およびGarcia-Suarez et al., Am. J. Hematol. 2005; 80(4):271-281）。ＰＭＬ患者は、混乱、精神状態の変化、歩行運動失調、片側不全麻痺、四肢不全麻痺などの局所神経学的異常および視覚変化を呈する（Richardson E.P., N. Eng. J. Med. 1961; 265:815-823）。ＰＭＬを有する患者の予後は不良であり、ＨＩＶ／ＡＩＤＳを有する患者においては特に不良である（Antinori et al., J. Neurovirol. 2003;9 suppl.1:47-53）。これは、ＪＣなどのポリオーマウイルスを中和する療法に関する分野における満たされない有用な必要性をさらに強調するものである。
発明の概要
本開示は、ヒトポリオーマウイルスおよび／またはその断片に対する中和抗体、ＢＫウイルスおよび／またはＪＣウイルスを認識する抗体ならびにその対応するＶＰ１五量体およびその断片に関する。
抗体であって、前記抗体またはその抗原結合性断片がＶＰ１に特異的に結合する、抗体。
前記抗体またはその抗原結合性断片がＢＫウイルス血清型Ｉ〜血清型ＩＶのＶＰ１に特異的に結合する、抗体。一実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、５．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型ＩのＶＰ１に結合し、２９．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型ＩＩのＶＰ１に結合し、６．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型ＩＩＩのＶＰ１に結合し、および／または１８５．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型ＩＶのＶＰ１に結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片はさらに、高ナノモル濃度範囲の結合親和性でＪＣＶ ＶＰ１および特異的ＪＣＶ ＶＰ１突然変異体に結合する。
前記抗体または抗原結合性断片が表１のＶＰ１に特異的に結合する、抗体。一実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、表１の２つ以上のＶＰ１に結合する。一実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩに結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩＩに結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＶに結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩＩに結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＶに結合する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＪＣＶ ＶＰ１に結合する。好ましい実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶに結合する。さらに、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ ＶＰ１血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶならびにＪＣＶ ＶＰ１に結合する。
前記抗体または抗原結合性断片がＶＰ１エピトープ（配列番号５００または配列番号５０１）の１つまたは複数のアミノ酸残基に特異的に結合する、抗体。一実施形態では、抗体または抗原結合性断片は、アミノ酸Ｙ１６９、Ｒ１７０およびＫ１７２のうちの１つまたは複数に特異的に結合する、例えば、本明細書に記載される走査アラニン突然変異誘発による決定された場合、例えば、Ｙ１６９およびＲ１７０に結合する。
前記抗体または抗原結合性断片が、配列ＧＦＴＦＸＮＹＷＭＴ（配列番号５０７）（式中、Ｘは任意のアミノ酸（Ｘａａ）であってもよい）を含む、抗体。別の実施形態では、Ｘは、Ｎ（Ａｓｎ）、Ｓ（Ｓｅｒ）、Ｋ（Ｌｙｓ）またはＱ（Ｇｌｎ）であってもよい。
抗体であって、前記抗体またはその抗原結合性断片が、
（ｉ）（ａ）配列番号６のＨＣＤＲ１（ＣＤＲ−相補性決定領域）、（ｂ）配列番号７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｉ）（ａ）配列番号２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｉｉ）（ａ）配列番号４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｖ）（ａ）配列番号６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖ）（ａ）配列番号８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖｉ）（ａ）配列番号１０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖｉｉ）（ａ）配列番号１２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号１４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｘ）（ａ）配列番号１６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘ）（ａ）配列番号１８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉ）（ａ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｉ）（ａ）配列番号２２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｉｉ）（ａ）配列番号２４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｖ）（ａ）配列番号２６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖ）（ａ）配列番号２８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖｉ）（ａ）配列番号３０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３１４のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３１５のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３１６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖｉｉ）（ａ）配列番号３２２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３２３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３２４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３３２のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３３３のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３３４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号３４２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３４３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３４９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３５０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３５１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｘ）（ａ）配列番号３５６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３５７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３５８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３６３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３６５のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘ）（ａ）配列番号３７０のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３７１のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３７２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３７７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３７８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３７９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉ）（ａ）配列番号３８４のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３８５のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３８６のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３９１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３９２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３９３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉｉ）（ａ）配列番号３９８のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３９９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４００のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４０５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４０６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４０７のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉｉｉ）（ａ）配列番号４１２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４１３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４１４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４１９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４２０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４２１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉｖ）（ａ）配列番号４２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４３３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４３４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４３５のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖ）（ａ）配列番号４４０のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４４１のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４４７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４４８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４４９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖｉ）（ａ）配列番号４５４のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４５５のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４５６のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４６１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４６３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖｉｉ）（ａ）配列番号４６８のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４６９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４７０のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４７５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４７６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４７７のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号４８２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４８３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４８４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４８９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４９０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４９１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
を含む、抗体。
抗体であって、前記抗体またはその抗原結合性断片が、
（ｉ）（ａ）配列番号５０８のＨＣＤＲ１（ＣＤＲ−相補性決定領域）、（ｂ）配列番号５０９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５１０のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５１１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５１２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５１３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｉ）（ａ）配列番号５１４のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５１５のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５１６のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５１７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５１８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５１９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｉｉ）（ａ）配列番号５２０のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５２１のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５２２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５２３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５２４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５２５のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｖ）（ａ）配列番号５２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５２９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５３０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５３１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖ）（ａ）配列番号５３２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５３４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５３５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５３６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５３７のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖｉ）（ａ）配列番号５３８のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号５３９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号５４０のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５４１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５４２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５４３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
を含む、抗体。
ＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、表２の別の抗ＶＰ１抗体の対応するＣＤＲの対応する残基により置換される、抗体。
ＣＤＲ内の１または２つのアミノ酸が改変、欠失または置換されている、抗体。
可変重鎖領域または可変軽鎖領域のいずれかにわたって少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８または９９％の同一性を保持する、抗体。
表３中の改変を含む抗体。
モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト操作抗体、ヒト抗体、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）または抗体断片である、抗体。
前記抗体またはその抗原結合性断片が、
（ｉ）配列番号１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｉｉ）配列番号３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｉｉｉ）配列番号５２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｉｖ）配列番号７２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号８２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｖ）配列番号９２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１０２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｖｉ）配列番号１１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１２２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｖｉｉ）配列番号１３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１４２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｖｉｉｉ）配列番号１５２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｉｘ）配列番号１７２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１８２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘ）配列番号１９２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２０２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｉ）配列番号２１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２２２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｉｉ）配列番号２３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２４２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｉｉｉ）配列番号２５２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｉｖ）配列番号２７２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２８２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｖ）配列番号２９２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３０２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｖｉ）配列番号３１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３２０を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｖｉｉ）配列番号３２８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３３８を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｖｉｉｉ）配列番号３４８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３５５を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｉｘ）配列番号３６２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３６９を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘ）配列番号３７６を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３８３を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘｉ）配列番号３９０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３９７を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘｉｉ）配列番号４０４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４１１を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘｉｉｉ）配列番号４１８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４２５を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘｉｖ）配列番号４３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４３９を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘｖ）配列番号４４６を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４５３を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘｖｉ）配列番号４６０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４６７を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
（ｘｘｖｉｉ）配列番号４７４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４８１を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；または、
（ｘｘｖｉｉｉ）配列番号４８８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４９５を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）
を含む、抗体。
可変軽鎖領域または可変重鎖領域のいずれかにわたって少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８または９９％の同一性を保持する、抗体。
可変軽鎖領域または可変重鎖領域内の１、２、３、４または５個であるが、１０個未満のアミノ酸が改変、欠失または置換されている、抗体。
モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト操作抗体、ヒト抗体、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）または抗体断片である、抗体。
抗体またはその断片が減少したグリコシル化を有するか、もしくはグリコシル化を有さないか、または低フコシル化されている、前記実施形態のいずれかに記載の抗体。
前記実施形態のいずれかに記載の抗体またはその抗原結合性断片を複数含む組成物であって、組成物中の抗体の少なくとも０．０５％、０．１％、０．５％、１％、２％、３％、５％以上がα２，３−結合したシアル酸残基を有し、前記抗体またはその抗原結合性断片が、（ｉ）（ａ）配列番号６のＨＣＤＲ１（ＣＤＲ−相補性決定領域）、（ｂ）配列番号７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｉ）（ａ）配列番号２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｉｉ）（ａ）配列番号４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｖ）（ａ）配列番号６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖ）（ａ）配列番号８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖｉ）（ａ）配列番号１０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖｉｉ）（ａ）配列番号１２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号１４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｉｘ）（ａ）配列番号１６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘ）（ａ）配列番号１８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉ）（ａ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｉ）（ａ）配列番号２２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｉｉ）（ａ）配列番号２４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｖ）（ａ）配列番号２６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖ）（ａ）配列番号２８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖｉ）（ａ）配列番号３０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３１４のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３１５のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３１６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖｉｉ）（ａ）配列番号３２２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３２３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３２４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３３２のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３３３のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３３４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号３４２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３４３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３４９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３５０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３５１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｉｘ）（ａ）配列番号３５６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３５７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３５８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３６３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３６５のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘ）（ａ）配列番号３７０のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３７１のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３７２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３７７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３７８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３７９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉ）（ａ）配列番号３８４のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３８５のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３８６のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３９１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３９２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３９３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉｉ）（ａ）配列番号３９８のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３９９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４００のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４０５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４０６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４０７のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉｉｉ）（ａ）配列番号４１２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４１３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４１４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４１９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４２０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４２１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｉｖ）（ａ）配列番号４２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４３３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４３４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４３５のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖ）（ａ）配列番号４４０のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４４１のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４４７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４４８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４４９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖｉ）（ａ）配列番号４５４のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４５５のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４５６のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４６１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４６３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖｉｉ）（ａ）配列番号４６８のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４６９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４７０のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４７５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４７６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４７７のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
（ｘｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号４８２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４８３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４８４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４８９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４９０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４９１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
を含む、組成物。
前記実施形態のいずれかに記載の抗体または抗原結合性断片を複数含む組成物であって、抗体がいずれもバイセクティングＧｌｃＮＡｃを含まない、組成物。
組成物が凍結乾燥物として調製される、前記実施形態のいずれかに記載の抗体またはその断片を含む医薬組成物。
前記実施形態のいずれかに記載の抗体またはその断片と、薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。一実施形態では、担体は、ヒスチジンバッファーである。一実施形態では、医薬組成物は、糖（例えば、スクロース）を含む。
有効量の抗体または医薬組成物を、必要とする患者に注射または輸注により投与することを含む、ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染を中和する方法。抗体またはその抗原結合性断片がＢＫＶ血清型ＩおよびＢＫＶ血清型ＩＩを中和する、方法。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ血清型ＩおよびＢＫＶ血清型ＩＩＩを中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ血清型ＩおよびＢＫＶ血清型ＩＶを中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ血清型ＩＩおよびＢＫＶ血清型ＩＩＩを中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ血清型ＩＩおよびＢＫＶ血清型ＩＶを中和する。別の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ血清型ＩおよびＪＣＶを中和する。特定の実施形態では、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶを中和する。さらに、抗体またはその抗原結合性断片は、ＢＫＶ血清型Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶならびにＪＣＶを中和する。好ましい実施形態では、抗ＶＰ１抗体は、ＢＫＶの４種全部の血清型（Ｉ〜ＩＶ）による感染を中和したが、これらの抗ＶＰ１抗体は、特に、Ｐ８Ｄ１１、Ｐ８Ｄ１１の改変、およびＥＢＢ−Ｃ１９７５−Ｂ５を含む。
抗体または医薬組成物の有効量を、必要とする患者に注射または輸注により投与することを含む、ＢＫウイルスまたはＪＣウイルスと関連する障害を処置する、またはその可能性を低減させる方法であって、障害がネフロパシー、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロパシー（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築症候群（ＩＲＩＳ）である、方法。
抗体または組成物が注射または輸注の前に再構成される、方法。
抗体または医薬組成物が、別の治療剤と組み合わせて投与される、方法。
前記治療剤が免疫抑制剤である、方法。
前記免疫抑制剤が、モノホスフェートデヒドロゲナーゼ阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である、方法。
免疫抑制剤がミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、方法。
治療剤がさらなる抗ＶＰ１抗体である、方法。
医薬としての使用のための、前記実施形態のいずれかに記載の抗体またはその断片。
ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染の中和における使用のための、抗体もしくはその断片または医薬組成物。
ネフロパシー、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロパシー（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築症候群（ＩＲＩＳ）の処置またはその可能性の低減における使用のための、抗体もしくはその断片または医薬組成物。
別の治療剤と組み合わせて投与される、抗体またはその断片の使用。
前記治療剤が免疫抑制剤である、抗体またはその断片の使用。
前記免疫抑制剤がモノホスフェートデヒドロゲナーゼ阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である、抗体またはその断片の使用。
前記免疫抑制剤がミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、抗体またはその断片の使用。
前記実施形態のいずれかに記載の抗体または抗原結合性断片をコードする核酸。
核酸を含むベクター。
ベクターを含む宿主細胞。
宿主細胞を培養し、培養物から抗体を回収することを含む、抗体または抗原結合性断片を生成するための方法。
標識された抗体またはその抗原結合性断片を含む診断剤。
標識が、放射性標識、フルオロフォア、発色団、画像化剤、および金属イオンからなる群から選択される、診断剤。
定義
別途記述しない限り、本明細書で使用される以下の用語および語句は、以下の意味を有することが意図される。
本明細書で使用される用語「抗体」とは、非共有的に、可逆的に、および特異的様式で対応する抗原に結合することができる免疫グロブリンファミリーのポリペプチドを指す。例えば、天然のＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合により相互接続された少なくとも２つの重鎖（Ｈ）と２つの軽鎖（Ｌ）とを含む四量体である。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書でＶＨと省略される）と、重鎖定常領域とから構成される。重鎖定常領域は、３つのドメイン、ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３から構成される。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書でＶＬと省略される）と、軽鎖定常領域とから構成される。軽鎖定常領域は、１つのドメイン、ＣＬから構成される。ＶＨおよびＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる、より保存された領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変領域にさらに細分することができる。各ＶＨおよびＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の順序：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、およびＦＲ４に配置される３つのＣＤＲと、４つのＦＲから構成される。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。抗体の定常領域は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）および古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）などの、宿主組織または因子への免疫グロブリンの結合を媒介することができる。
用語「抗体」は、限定されるものではないが、モノクローナル抗体、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ科抗体、キメラ抗体、および抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例えば、本開示の抗体に対する抗Ｉｄ抗体など）を含む。抗体は、任意のアイソタイプ／クラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡおよびＩｇＹ）、またはサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２）のものであってもよい。
「相補性決定ドメイン」または「相補性決定領域（「ＣＤＲ」）」は、ＶＬおよびＶＨの超可変領域を互換的に指す。ＣＤＲは、そのような標的タンパク質に対する特異性を担持する抗体鎖の標的タンパク質結合部位である。各ヒトＶＬまたはＶＨ中には３つのＣＤＲ（ＣＤＲ１〜３、Ｎ末端から連続的に番号付けられる）が存在し、可変ドメインの約１５〜２０％を占める。ＣＤＲを、その領域および順序により記載することができる。例えば、「ＶＨＣＤＲ１」または「ＨＣＤＲ１」は両方とも、重鎖可変領域の第１のＣＤＲを指す。ＣＤＲは標的タンパク質のエピトープと構造的に相補的であり、かくして、結合特異性を直接担う。ＶＬまたはＶＨの残りのストレッチ、いわゆるフレームワーク領域は、アミノ酸配列の変化をあまり示さない（Kuby, Immunology, 4th ed., Chapter 4. W.H. Freeman & Co., New York, 2000）。
ＣＤＲとフレームワーク領域の位置を、当業界における様々な周知の定義、例えば、Ｋａｂａｔ、Ｃｈｏｔｈｉａ、およびＡｂＭ（例えば、Johnson et al., Nucleic Acids Res., 29:205-206 (2001); Chothia and Lesk, J. Mol. Biol., 196:901-917 (1987); Chothia et al., Nature, 342:877-883 (1989); Chothia et al., J. Mol. Biol., 227:799-817 (1992); Al-Lazikani et al., J.Mol.Biol., 273:927-748 (1997)を参照されたい）を使用して決定することができる。抗原結合部位の定義は、以下にも記載されている：Ruiz et al., Nucleic Acids Res., 28:219-221 (2000); およびLefranc, M.P., Nucleic Acids Res., 29:207-209 (2001); MacCallum et al., J. Mol. Biol., 262:732-745 (1996); およびMartin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86:9268-9272 (1989); Martin et al., Methods Enzymol., 203:121-153 (1991); およびRees et al., In Sternberg M.J.E. (ed.), Protein Structure Prediction, Oxford University Press, Oxford, 141-172 (1996)。一部の実施形態では、ＫａｂａｔとＣｈｏｔｈｉａの組合せナンバリングスキームにおいて、ＣＤＲは、ＫａｂａｔのＣＤＲ、ＣｈｏｔｈｉａのＣＤＲ、またはその両方の一部であるアミノ酸残基に対応する。例えば、一部の実施形態では、ＣＤＲは、ＶＨ、例えば、哺乳動物ＶＨ、例えば、ヒトＶＨ中のアミノ酸残基２６〜３５（ＨＣ ＣＤＲ１）、５０〜６５（ＨＣ ＣＤＲ２）、および９５〜１０２（ＨＣ ＣＤＲ３）；ならびにＶＬ、例えば、哺乳動物ＶＬ、例えば、ヒトＶＬ中のアミノ酸残基２４〜３４（ＬＣ ＣＤＲ１）、５０〜５６（ＬＣ ＣＤＲ２）、および８９〜９７（ＬＣ ＣＤＲ３）に対応する。
軽鎖と重鎖は両方とも、構造的および機能的相同性の領域に分割される。用語「定常」および「可変」は機能的に使用される。これに関して、軽鎖（ＶＬ）と重鎖（ＶＨ）部分の両方の可変ドメインポーションが抗原認識および特異性を決定付けることが理解される。逆に、軽鎖（ＣＬ）および重鎖（ＣＨ１、ＣＨ２またはＣＨ３）の定常ドメインは、分泌、経胎盤移動、Ｆｃ受容体結合、補体結合などの重要な生物学的特性を付与する。慣例により、定常領域ドメインの番号付けは、それらが抗体の抗原結合部位またはアミノ末端からより遠くなるにつれて増大する。Ｎ末端は可変領域であり、Ｃ末端は定常領域である；ＣＨ３およびＣＬドメインは、それぞれ、重鎖および軽鎖のカルボキシ末端ドメインを実際に含む。
本明細書で使用される用語「抗原結合性断片」とは、抗原のエピトープと特異的に相互作用する（例えば、結合、立体障害、安定化／脱安定化、空間分布により）能力を保持する抗体の１または複数のポーションを指す。結合断片の例としては、限定されるものではないが、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価断片；Ｆ（ａｂ）２断片、ヒンジ領域でジスルフィド架橋により連結された２つのＦａｂ断片を含む二価断片；ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片；ＶＨドメインからなるｄＡｂ断片（Ward et al., Nature 341:544-546, 1989）；ならびに単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、または抗体の他のエピトープ結合断片が挙げられる。
さらに、Ｆｖ断片の２つのドメイン、ＶＬおよびＶＨは別々の遺伝子によりコードされるが、それらを、組換え方法を使用して、ＶＬおよびＶＨ領域が対形成して一価分子（一本鎖Ｆｖ（「ｓｃＦｖ」）を形成する単一タンパク質鎖として作製することができる合成リンカーにより連結することができる；例えば、Bird et al., Science 242:423-426, 1988;およびHuston et al., Proc. Natl. Acad. Sci. 85:5879-5883, 1988を参照されたい。そのような一本鎖抗体も、用語「抗原結合性断片」内に包含されることが意図される。これらの抗原結合性断片は、当業者には公知の従来の技術を使用して得られ、その断片は無傷抗体と同じ様式で有用性についてスクリーニングされる。
抗原結合性断片を、単一ドメイン抗体、マキシボディ、ミニボディ、ナノボディ、イントラボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ｖ−ＮＡＲおよびビス−ｓｃＦｖ（例えば、Hollinger and Hudson, Nature Biotechnology 23:1126-1136, 2005を参照されたい）中に組み込むこともできる。抗原結合性断片を、ＩＩＩ型フィブロネクチン（Ｆｎ３）などのポリペプチドに基づく足場中に移植することができる（フィブロネクチンポリペプチドモノボディを記載する米国特許第６，７０３，１９９号明細書を参照されたい）。
抗原結合性断片を、相補的軽鎖ポリペプチドと一緒に、抗原結合領域の対を形成する並列Ｆｖセグメント対（ＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１）を含む一本鎖分子に組み込むことができる（Zapata et al., Protein Eng. 8:1057-1062, 1995; および米国特許第５，６４１，８７０号明細書）。
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」は、実質的に同一のアミノ酸配列を有するか、または同じ遺伝的起源から誘導される抗体および抗原結合性断片などのポリペプチドを指す。この用語はまた、単一分子組成の抗体分子の調製物も含む。モノクローナル抗体組成物は、特定のエピトープに対する単一の結合特異性および親和性を示す。
本明細書で使用される用語「ヒト抗体」は、フレームワーク領域とＣＤＲ領域の両方がヒト起源の配列から誘導される可変領域を有する抗体を含む。さらに、抗体が定常領域を含有する場合、定常領域はまた、そのようなヒト配列、例えば、ヒト生殖系列配列、またはヒト生殖系列配列の変異型または例えば、Knappik et al., J. Mol. Biol. 296:57-86, 2000に記載のような、ヒトフレームワーク配列分析から誘導されるコンセンサスフレームワーク配列を含有する抗体から誘導される。
本開示のヒト抗体は、ヒト配列によりコードされないアミノ酸残基を含んでもよい（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの無作為もしくは部位特異的突然変異誘発により、またはｉｎ ｖｉｖｏでの体細胞変異により、または安定性もしくは製造を促進するための保存的置換により導入される突然変異）。
本明細書で使用される用語「認識する」とは、エピトープが線状または立体状であっても、そのエピトープを発見し、それと相互作用する（例えば、結合する）抗体またはその抗原結合性断片を指す。用語「エピトープ」とは、本開示の抗体または抗原結合性断片が特異的に結合する抗原上の部位を指す。エピトープは、タンパク質の三次元折畳みにより並置される連続的アミノ酸または非連続的アミノ酸の両方から形成させることができる。連続的アミノ酸から形成されるエピトープは、典型的には、変性溶媒への曝露の際に保持されるが、三次元折畳みにより形成されるエピトープは典型的には、変性溶媒による処理の際に失われる。エピトープは、典型的には、ユニークな空間的コンフォメーション中に少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個のアミノ酸を含む。エピトープの空間的コンフォメーションを決定する方法は、当業界における技術、例えば、ｘ線結晶学および２次元核磁気共鳴を含む（例えば、Epitope Mapping Protocols in Methods in Molecular Biology, Vol. 66, G. E. Morris, Ed. (1996)を参照されたい）。「パラトープ」は、抗原のエピトープを認識する抗体の部分である。
抗原（例えば、タンパク質）と抗体、抗体断片、または抗体由来結合剤との間の相互作用を記述する文脈で使用される場合の語句「特異的に結合する」または「選択的に結合する」は、タンパク質および他の生物製剤の異種集団中の、例えば、生物試料、例えば、血液、血清、血漿または組織試料中の、抗原の存在を決定する結合反応を指す。かくして、ある特定の指定されたイムノアッセイ条件下では、特定の結合特異性を有する抗体または結合剤は、バックグラウンドの少なくとも２倍、特定の抗原に結合し、試料中に存在する他の抗原に有意な量で実質的に結合しない。一態様では、指定のイムノアッセイ条件下で、特定の結合特異性を有する抗体または結合剤は、バックグラウンドの少なくとも１０倍、特定の抗原に結合し、試料中に存在する他の抗原に有意な量で実質的に結合しない。そのような条件下での抗体または結合剤への特異的結合は、特定のタンパク質に対するその特異性について抗体または薬剤を選択する必要があってもよい。望ましい場合または適切な場合、この選択を、他の種（例えば、マウスもしくはラット）または他のサブタイプに由来する分子と交差反応する抗体を除去することにより達成することができる。あるいは、いくつかの態様では、ある特定の所望の分子と交差反応する抗体または抗体断片を選択する。
本明細書で使用される用語「親和性」とは、単一の抗原部位での抗体と抗原との相互作用の強度を指す。それぞれの抗原部位内で、抗体「アーム」の可変領域は、弱い非共有力を介して、いくつかの部位で抗原と相互作用する；相互作用が大きくなるほど、親和性が強くなる。
用語「単離された抗体」とは、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体を指す。しかしながら、１つの抗原に特異的に結合する単離された抗体は、他の抗原との交差反応性を有してもよい。さらに、単離された抗体は、他の細胞材料および／または化学物質を実質的に含まなくてもよい。
用語「対応するヒト生殖系列配列」とは、ヒト生殖系列免疫グロブリン可変領域配列によりコードされる他の全ての既知の可変領域アミノ酸配列と比較して、参照可変領域アミノ酸配列またはサブ配列と最も高い決定されたアミノ酸配列同一性を有するヒト可変領域アミノ酸配列またはサブ配列をコードする核酸配列を指す。対応するヒト生殖系列配列はまた、他の全ての評価された可変領域アミノ酸配列と比較して、参照可変領域アミノ酸配列またはサブ配列と最も高いアミノ酸配列同一性を有するヒト可変領域アミノ酸配列またはサブ配列を指してもよい。対応するヒト生殖系列配列は、フレームワーク領域のみ、相補性決定領域のみ、フレームワーク領域と相補性決定領域、可変セグメント（上記で定義されたもの）、または可変領域を含む配列もしくはサブ配列の他の組合せであってもよい。例えば、ＢＬＡＳＴ、ＡＬＩＧＮ、または当業界で公知の別のアラインメントアルゴリズムを使用して２つの配列を整列させる、本明細書に記載の方法を使用して、配列同一性を決定することができる。対応するヒト生殖系列核酸またはアミノ酸配列は、参照可変領域核酸またはアミノ酸配列との少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を有してもよい。
様々なイムノアッセイ形式を使用して、特定のタンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択することができる。例えば、タンパク質と特異的に免疫反応する抗体を選択するためには、固相ＥＬＩＳＡイムノアッセイが日常的に使用される（例えば、特異的免疫反応性を決定するのに使用することができるイムノアッセイ形式および条件の説明については、Harlow & Lane, Using Antibodies, A Laboratory Manual (1998)を参照されたい）。典型的には、特異的または選択的結合反応は、バックグラウンドシグナルの少なくとも２倍、より典型的には、バックグラウンドの少なくとも１０〜１００倍のシグナルをもたらす。
用語「平衡解離定数（ＫＤ、Ｍ）」とは、解離速度定数（ｋｄ、時間−１）を結合速度定数（ｋａ、時間−１、Ｍ−１）で除算したものを指す。当業界における任意の公知の方法を使用して、平衡解離定数を測定することができる。本開示の抗体は一般に、約１０−７または１０−８Ｍ未満、例えば、約１０−９Ｍまたは１０−１０Ｍ未満、いくつかの態様では、約１０−１１Ｍ、１０−１２Ｍまたは１０−１３Ｍ未満の平衡解離定数を有する。
用語「バイオアベイラビリティ」とは、患者に投与される所与の量の薬物の全身利用能（すなわち、血液／血漿レベル）を指す。バイオアベイラビリティは、投与される剤形から全身循環に達する薬物の時間（速度）と総量（程度）の両方の尺度を示す絶対項である。
本明細書で使用される語句「から本質的になる」とは、方法または組成物中に含まれる活性薬剤の属または種、ならびに方法または組成物の意図される目的にとって不活性な任意の賦形剤を指す。いくつかの態様では、語句「から本質的になる」は、本開示の抗ＶＰ１抗体以外の１または複数のさらなる活性剤の含有を明確に排除する。いくつかの態様では、語句「から本質的になる」は、本開示の抗ＶＰ１抗体以外の１または複数のさらなる活性剤と、第２の同時投与される薬剤との含有を明確に排除する。
用語「アミノ酸」とは、天然の、合成の、および非天然のアミノ酸、ならびに天然のアミノ酸と類似する様式で機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣体を指す。天然アミノ酸は、遺伝子コードによりコードされるもの、ならびに後に改変されるアミノ酸、例えば、ヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタミン酸、およびＯ−ホスホセリンである。アミノ酸類似体とは、天然アミノ酸と同じ基本化学構造を有する化合物、すなわち、水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基、例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、メチオニンメチルスルホニウムに結合したα−炭素を指す。そのような類似体は改変されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または改変ペプチド骨格を有するが、天然アミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸模倣体とは、アミノ酸の一般的化学構造とは異なる構造を有するが、天然アミノ酸と類似する様式で機能する化合物を指す。
用語「保存的に改変されたバリアント」は、アミノ酸配列と核酸配列の両方に適用される。特定の核酸配列に関して、保存的に改変されたバリアントとは、同一の、もしくは本質的に同一のアミノ酸配列をコードする核酸、または核酸がアミノ酸配列をコードしない場合、本質的に同一の配列を指す。遺伝子コードの縮重性のため、多数の機能的に同一の核酸が、任意の所与のタンパク質をコードする。例えば、コドンＧＣＡ、ＧＣＣ、ＧＣＧおよびＧＣＵは全て、アミノ酸アラニンをコードする。かくして、アラニンがあるコドンによって特定される全ての位置で、そのコドンを、コードされるポリペプチドを変化させることなく記載される対応するコドンのいずれかに変化させてもよい。そのような核酸変化は「サイレント変異」であり、保存的に改変されたバリアントの１種である。ポリペプチドをコードする全ての核酸配列はまた、核酸の全ての可能なサイレント変異を記述する。当業者であれば、核酸中のそれぞれのコドン（通常はメチオニンのための唯一のコドンであるＡＵＧと、通常はトリプトファンのための唯一のコドンであるＴＧＧを除く）を改変して、機能的に同一の分子を得ることができることを認識できる。したがって、ポリペプチドをコードする核酸のそれぞれのサイレント変異は、それぞれ記載される配列中で暗黙的である。
ポリペプチド配列について、「保存的に改変されたバリアント」は、あるアミノ酸の、化学的に類似するアミノ酸との置換をもたらすポリペプチド配列に対する個々の置換、欠失または付加を含む。機能的に類似するアミノ酸を提供する保存的置換表は、当業界で周知である。そのような保存的に改変されたバリアントは、多型バリアント、種間相同体、および対立遺伝子だけでなく、それを排除しない。以下の８群は、互いに保存的置換であるアミノ酸を含有する：１）アラニン（Ａ）、グリシン（Ｇ）；２）アスパラギン酸（Ｄ）、グルタミン酸（Ｅ）；３）アスパラギン（Ｎ）、グルタミン（Ｑ）；４）アルギニン（Ｒ）、リシン（Ｋ）；５）イソロイシン（Ｉ）、ロイシン（Ｌ）、メチオニン（Ｍ）、バリン（Ｖ）；６）フェニルアラニン（Ｆ）、チロシン（Ｙ）、トリプトファン（Ｗ）；７）セリン（Ｓ）、トレオニン（Ｔ）；および８）システイン（Ｃ）、メチオニン（Ｍ）（例えば、Creighton, Proteins (1984)を参照されたい）。いくつかの態様では、用語「保存的配列改変」は、アミノ酸配列を含有する抗体の結合特性に有意に影響しないか、またはそれを変化させないアミノ酸改変を指すように使用される。
本明細書で使用される用語「最適化された」とは、生成細胞または生物、一般には、真核細胞、例えば、酵母細胞、ピチア（Pichia）細胞、真菌細胞、トリコデルマ（Trichoderma）細胞、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ）またはヒト細胞において好ましいコドンを使用してアミノ酸配列をコードするように変化させたヌクレオチド配列を指す。最適化されたヌクレオチド配列は、「親」配列としても知られる、出発ヌクレオチド配列により元々コードされるアミノ酸配列を完全に、またはできるだけ多く保持するように操作される。
２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈における用語「同一であるパーセント」または「同一性パーセント」とは、２つ以上の配列またはサブ配列が同じである程度を指す。２つの配列は、それらが比較される領域にわたってアミノ酸またはヌクレオチドの同じ配列を有する場合、「同一」である。２つの配列が、以下の配列比較アルゴリズムの１つを使用して、もしくは手動によるアラインメントおよび視覚的検査により測定される比較ウィンドウ、または指定の領域にわたって最大の一致のために比較および整列された場合、同じであるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定のパーセンテージ（すなわち、特定の領域にわたって、または特定されない場合、配列全体にわたって６０％の同一性、任意選択で、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の同一性）を有する場合、２つの配列は「実質的に同一」である。任意選択で、同一性は、長さ少なくとも約３０ヌクレオチド（または１０アミノ酸）である領域にわたって、またはより好ましくは、長さ１００〜５００もしくは１０００以上のヌクレオチド（または２０、５０、２００以上のアミノ酸）である領域にわたって存在する。
配列比較のために、典型的には、１つの配列は、試験配列が比較される参照配列として作用する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列と参照配列とをコンピュータに入力し、サブ配列座標を指定し、必要に応じて、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。デフォルトプログラムパラメータを使用するか、または代替パラメータを指定することができる。次いで、配列比較アルゴリズムは、プログラムパラメータに基づいて、参照配列と比較した試験配列に関する配列同一性パーセントを算出する。
本明細書で使用される場合、「比較ウィンドウ」は、２つの配列を最適に整列させた後に、配列を同じ数の連続する位置の参照配列と比較することができる、２０〜６００、通常は約５０〜約２００、より通常は約１００〜約１５０からなる群から選択される連続する位置数の任意の１つのセグメントに対する参照を含む。比較のための配列のアラインメントの方法は、当業界で周知である。比較のための配列の最適なアラインメントを、例えば、Smith and Waterman, Adv. Appl. Math. 2:482c (1970)の部分相同性アルゴリズムにより、Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443 (1970)の相同性アラインメントアルゴリズムにより、Pearson and Lipman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444 (1988)の類似性検索法により、これらのアルゴリズムのコンピュータ化された実装（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ、５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩにおけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）により、または手動によるアラインメントおよび視覚的検査（例えば、Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, 2003を参照されたい）により行うことができる。
配列同一性および配列類似性のパーセントを決定するのに好適であるアルゴリズムの２つの例は、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズムであり、これらは、それぞれ、Altschul et al., Nuc. Acids Res. 25:3389-3402, 1977；およびAltschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410, 1990に記載されている。ＢＬＡＳＴ分析を実施するためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎにより公共的に利用可能である。このアルゴリズムは、データベース配列中の同じ長さのワードと整列させた場合に、いくつかの正の値の閾値スコアＴと一致するか、またはそれを満足する、クエリー配列中の短いワード長Ｗを同定することにより高スコアリング配列対（ＨＳＰ）を最初に同定することを含む。Ｔは、近隣ワードスコア閾値と呼ばれる（Altschul et al.、supra）。これらの初期近隣ワードヒットは、それらを含有するより長いＨＳＰを発見するための検索を開始するための種子として作用する。ワードヒットは、累積アラインメントスコアを増大させることができる限りそれぞれの配列に沿った両方の方向に伸長される。累積スコアを、ヌクレオチド配列については、パラメータＭ（一致する残基の対に関するリワードスコア；常に＞０）およびＮ（不一致の残基のためのペナルティスコア；常に＜０）を使用して算出する。アミノ酸配列については、スコアリングマトリックスを使用して、累積スコアを算出する。それぞれの方向におけるワードヒットの伸長は、累積アラインメントスコアがその最大達成値から量Ｘ減少する場合、停止される；１または複数の負のスコアの残基アラインメントの累積のため、累積スコアはゼロ以下になる；またはいずれかの配列の末端に到達する。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメータＷ、Ｔ、およびＸは、アラインメントの感度および速度を決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列に関する）は、デフォルトとして、１１のワード長（Ｗ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４および両方の鎖の比較を使用する。アミノ酸配列については、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして、３のワード長、および１０の期待値（Ｅ）、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（Henikoff and Henikoff, (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915を参照されたい）、５０のアラインメント（Ｂ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両方の鎖の比較を使用する。
ＢＬＡＳＴアルゴリズムはまた、２つの配列間の類似性の統計分析を実施する（例えば、Karlin and Altschul, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5787, 1993を参照されたい）。ＢＬＡＳＴアルゴリズムにより提供される類似性の１つの尺度は、２つのヌクレオチドまたはアミノ酸配列間の一致が偶然生じる確率の指示を提供する、最小合計確率（Ｐ（Ｎ））である。例えば、試験核酸と参照核酸との比較における最小合計確率が約０．２未満、より好ましくは、約０．０１未満、および最も好ましくは、約０．００１未満である場合、核酸は参照配列と類似すると考えられる。
２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントを、ＰＡＭ１２０ウェイト残テーブル（weight residue table）、１２のギャップ長ペナルティおよび４のギャップペナルティを使用して、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれたE. Meyers and W. Miller, Comput. Appl. Biosci. 4:11-17, 1988のアルゴリズムを使用して決定することもできる。さらに、２つのアミノ酸配列間の同一性パーセントを、ＢＬＯＳＵＭ ６２マトリックスまたはＰＡＭ２５０マトリックス、ならびに１６、１４、１２、１０、８、６、または４のギャップ重量および１、２、３、４、５または６の長さ重量を使用して、ＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラム（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｓｏｕｔｈ Ｆｌｏｒｉｄａから利用可能）に組み込まれたNeedleman and Wunsch, (J. Mol. Biol. 48:444-453, 1970)のアルゴリズムを使用して決定することができる。
上記の配列同一性のパーセンテージ以外に、２つの核酸配列またはポリペプチドが実質的に同一であることの別の指示は、以下に記載のように、第１の核酸によりコードされるポリペプチドが、第２の核酸によりコードされるポリペプチドに対して生じた抗体と免疫学的に交差反応することである。かくして、例えば、２つのペプチドが保存的置換によってのみ異なる場合、ポリペプチドは典型的には第２のポリペプチドと実質的に同一である。２つの核酸配列が実質的に同一であることの別の指示は、以下に記載のように、２つの分子またはその相補体が、ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズすることである。２つの核酸配列が実質的に同一であることのさらに別の指示は、同じプライマーを使用してその配列を増幅することができることである。
用語「核酸」は、本明細書では、用語「ポリヌクレオチド」と互換的に使用され、一本鎖または二本鎖形態のデオキシリボヌクレオチドまたはリボヌクレオチドおよびそのポリマーを指す。この用語は、合成である、天然である、および非天然である、参照核酸と類似する結合特性を有する、ならびに参照ヌクレオチドと類似する様式で代謝される、公知のヌクレオチド類似体または改変された骨格残基もしくは結合を含有する核酸を包含する。そのような類似体の例としては、限定されるものではないが、ホスホロチオエート（phosphorothioate）、ホスホルアミデート（phosphoroamidate）、メチルホスホン酸、キラル−メチルホスホン酸、２−Ｏ−メチルリボヌクレオチド、ペプチド核酸（ＰＮＡ）が挙げられる。
別途指摘しない限り、特定の核酸配列は、保存的に改変されたそのバリアント（例えば、縮重コドン置換）および相補配列、ならびに明示的に示される配列も暗示的に包含する。特に、以下に詳述されるように、１または複数の選択された（または全ての）コドンの第３の位置が混合塩基および／またはデオキシイノシン残基で置換された配列を作成することにより、縮重コドン置換を達成することができる（Batzer et al., (1991) Nucleic Acid Res. 19:5081; Ohtsuka et al., (1985) J. Biol. Chem. 260:2605-2608; およびRossolini et al., (1994) Mol. Cell. Probes 8:91-98）。
核酸の文脈における用語「作動可能に連結された」とは、２つ以上のポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ）セグメント間の機能的関係を指す。典型的には、それは、転写される配列に対する転写調節配列の機能的関係を指す。例えば、プロモーターまたはエンハンサー配列が適切な宿主細胞または他の発現系においてコード配列の転写を刺激またはモジュレートする場合、それはコード配列に作動可能に連結されている。一般に、転写される配列に作動可能に連結されたプロモーター転写調節配列は、転写される配列に対して物理的に連続している、すなわち、それらはｃｉｓ作用性である。しかしながら、エンハンサーなどのいくつかの転写調節配列は、それらが転写を増強するコード配列に対して物理的に連続しているか、またはそれに近接して位置する必要はない。
用語「ポリペプチド」と「タンパク質」とは、アミノ酸残基のポリマーを指すように本明細書では互換的に使用される。この用語は、１または複数のアミノ酸残基が対応する天然アミノ酸の人工化学模倣体であるアミノ酸ポリマー、ならびに天然アミノ酸ポリマーおよび非天然アミノ酸ポリマーに適用される。別途指摘しない限り、特定のポリペプチド配列は、保存的に改変されたそのバリアントも暗示的に包含する。
用語「対象」は、ヒトおよび非ヒト動物を含む。非ヒト動物は、全ての脊椎動物、例えば、哺乳動物および非哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ニワトリ、両生類、および爬虫類を含む。注記しない限り、用語「患者」または「対象」は、互換的に本明細書に使用される。
用語「ＢＫＶ」または「ＢＫウイルス」とは、ポリオーマウイルス（Polyomaviridae）科、オルトポリオーマウイルス（Orthopolyomavirus）属の一員を指す。ポリオーマウイルスは、約５，０００塩基対のゲノムを有する２０面体の非エンベロープ型二本鎖ＤＮＡウイルスである。それらは直径約４０〜４５ｎＭの寸法である（Bennett et al., Microbes and Infection. 2012:14(9):672-683）。
「ＪＣＶ」または「ＪＣウイルス」とは、ポリオーマウイルス（Polyomaviridae）科、オルトポリオーマウイルス（Orthopolyomavirus）属の一員を指す。ＪＣＶは、ＢＫＶと関連し、これも約５，０００塩基対のゲノムを有する２０面体の非エンベロープ型二本鎖ＤＮＡウイルスである。それらは、直径約４０〜４５ｎＭの寸法である（Johne et al., Arch. Virol. 2011;156(9):1627-1634）。
用語「ＢＫＶネフロパシー」または「ＢＫＶ関連ネフロパシー」または「ＢＫＶＡＮ」とは、主に、尿細管上皮における、ウイルス細胞病理学的変化およびウイルス遺伝子発現を特徴とする、ＢＫＶによる溶解感染の結果生じる炎症性間質性ネフロパシーを指す。
用語「ＶＰ１」とは、主要ポリオーマウイルスキャプシドサブユニットタンパク質を指す。「ＶＰ１五量体」は、ＶＰ１の５つの単量体から構成される。
「ウイルス様粒子」または「ＶＬＰ」は、ウイルスキャプシド中のＶＰ１五量体の集合体である。ＶＬＰは、７２個のＶＰ１五量体から構成される。ＶＬＰは、実際のウイルスと構造的に非常に類似するが、マイナーキャプシドタンパク質（ＶＰ２およびＶＰ３）ならびにウイルスＤＮＡゲノムを欠き、したがって、非感染性である。ＶＬＰは、ウイルスエピトープが実際のウイルスと類似するコンフォメーションで提示されるため、有用である。
「ＩＣ５０」（半数阻害濃度）とは、ベースライン対照と最大可能シグナルとの間の中間（５０％）のシグナルを誘導する特定の抗体の濃度を指す。例えば、ＩＣ５０は、ＶＰ１抗原上の利用可能な結合部位の５０％が占有される抗体の濃度である。
「ＥＣ５０」（半数効果濃度）とは、特定の曝露または処置時間後に、ベースライン対照と最大可能効果との間の中間（５０％）の応答を誘導する特定の抗体の濃度を指す。例えば、ＥＣ５０は、ウイルス感染が５０％中和される抗体の濃度である。
「ＥＣ９０」とは、特定の曝露または処置時間後に最大可能効果の９０％に対応する応答を誘導する特定の抗体の濃度を指す。例えば、ＥＣ９０は、ウイルス感染が９０％中和される抗体の濃度である。
「中和」とは、ウイルス遺伝子発現の非存在によって示される、宿主細胞のウイルス感染の阻害を指す。いかなる理論にも束縛されるものではないが、特定の抗体による中和の機構は、ウイルスキャプシドタンパク質と、細胞表面受容体との相互作用の遮断または宿主細胞の核へのウイルスゲノムの送達前の任意の段階の進入および輸送プロセスの破壊を誘導することができる。
本明細書で使用される場合、任意の疾患または障害の用語「処置する」、「処置すること」または「処置」とは、一態様では、疾患または障害を改善すること（すなわち、疾患または少なくとも１つのその臨床症状の発生を減速させるか、または停止させるか、または軽減すること）を指す。別の態様では、「処置する」、「処置すること」または「処置」とは、患者によって認識できないものを含む少なくとも１つの物理的パラメータを軽減または改善することを指す。さらに別の態様では、「処置する」、「処置すること」または「処置」とは、疾患または障害を、物理的に（例えば、認識できる症状の安定化）、生理的に（例えば、物理的パラメータの安定化）、またはその両方で調節することを指す。
語句「可能性を低減させること」とは、疾患、感染または障害の開始または発生または進行を遅延させることを指す。
用語「治療的に許容される量」または「治療有効用量」は、所望の結果（すなわち、腫瘍サイズの低下、腫瘍成長の阻害、転移の防止、ウイルス、細菌、真菌または寄生虫感染の阻害または防止）を得るのに十分な量を互換的に指す。いくつかの態様では、治療的に許容される量は、望ましくない副作用を誘導しない、または引き起こさない。治療的に許容される量を、最初は低用量を投与し、次いで、所望の効果が達成されるまでその用量を徐々に増加させることにより決定することができる。「予防有効用量」および「治療有効用量」の本開示の分子は、ポリオーマウイルス感染と関連する症状などの疾患症状の、それぞれ、開始を防止するか、またはその重症度の低下をもたらし得る。
用語「同時投与する」とは、個体の血液中の２つの活性薬剤の同時的存在を指す。同時投与される活性薬剤を、同時に、または連続的に送達することができる。
図１Ａ〜１Ｄは、ＳＥＴアッセイによるＢＫＶ血清型Ｉ〜ＩＶに関するＶＰ１五量体上での抗ＶＰ１抗体の親和性測定値を図示する。 上記の通り。 上記の通り。 上記の通り。 図２は、ＢＫＶ血清型Ｉ〜ＩＶに関するＶＰ１五量体上での抗ＶＰ１抗体のＳＥＴ親和性値（ＫＤ）の表である。 図３Ａ〜３Ｅは、ＢｉａｃｏｒｅによるＢＫＶ血清型Ｉ〜ＩＶに関するＶＰ１五量体またはＶＬＰ上での抗ＶＰ１抗体の親和性測定値を図示する。 上記の通り。 上記の通り。 上記の通り。 上記の通り。 図４は、ＥＬＩＳＡにより測定された、ＢＫＶ血清型ＩのＶＬＰへ抗ＶＰ１抗体結合のグラフである。 図５は、ＥＬＩＳＡにより測定された、ＢＫＶ血清型ＩＶのＶＬＰへ抗ＶＰ１抗体結合のグラフである。 図６は、ＥＬＩＳＡにより測定された、ＢＫＶ血清型ＩＶのＶＰ１五量体へ抗ＶＰ１抗体結合のグラフである。 図７は、ＢＫＶ血清型ＩおよびＩＶのＶＬＰまたはＶＰ１五量体への抗ＶＰ１抗体結合に関するＥＬＩＳＡにより生成されたＩＣ５０値の表である。 図８は、ＥＬＩＳＡにより測定された、ＢＫＶ血清型ＩのＶＬＰへ抗ＶＰ１抗体結合のグラフである。 図９は、ＢＫＶ血清型ＩのＶＬＰへの抗ＶＰ１抗体結合に関するＥＬＩＳＡにより生成されたＩＣ５０値の表である。 図１０は、ＥＬＩＳＡにより測定された、ＪＣウイルスのＶＬＰへ抗ＶＰ１抗体結合のグラフである。 図１１は、ＪＣＶのＶＬＰへの抗ＶＰ１抗体結合に関するＥＬＩＳＡにより生成されたＩＣ５０値の表である。 図１２Ａ〜Ｂは、２つのブロットを示す。上パネル（図１２Ａ）は、変性ＢＫＶ ＶＰ１への抗ＶＰ１抗体の結合がないことを示すウェスタンブロットである。下パネル（図１２Ｂ）は、非変性ＶＰ１五量体への抗ＶＰ１抗体の結合を示す、非変性ＢＫＶ ＶＰ１五量体のドットブロットである。 図１３Ａ〜１３Ｆは、Ｂｉａｃｏｒｅによる野生型ＢＫＶ血清型ＩのＶＰ１五量体への抗ＶＰ１抗体の結合を図示するが、ＶＰ１中のその点突然変異は結合を破壊し得る。 上記の通り。 上記の通り。 上記の通り。 上記の通り。 上記の通り。 図１４は、抗ＶＰ１抗体のエピトープ中で同定された結合のための重要残基をまとめる表である。 図１５は、ＢＫＶ血清型Ｉの感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図１６は、ＢＫＶ血清型ＩＩの感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図１７は、ＢＫＶ血清型ＩＩＩの感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図１８は、ＢＫＶ血清型ＩＶの感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図１９は、ＢＫＶ血清型Ｉ〜ＩＶおよびＪＣウイルスに対する抗ＶＰ１抗体の中和活性（ＥＣ５０およびＥＣ９０）をまとめる表である。 図２０は、ＢＫＶ血清型Ｉ、ＩＩ、およびＩＶによる感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図２１は、ＢＫＶ血清型Ｉ〜ＩＶに対する抗ＶＰ１抗体の中和活性（ＥＣ５０およびＥＣ９０）をまとめる表である。 図２２は、ＢＫＶ血清型Ｉによる感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図２３は、ＢＫＶ血清型Ｉに対する抗ＶＰ１抗体の中和活性（ＥＣ５０およびＥＣ９０）をまとめる表である。 図２４は、ＪＣＶによる感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図２５は、ＪＣＶによる感染を中和する抗ＶＰ１抗体のグラフである。 図２６は、ＪＣＶ感染に対する抗ＶＰ１抗体の中和活性（ＥＣ５０およびＥＣ９０）をまとめる表である。 図２７は、ＪＣウイルスのＶＬＰおよび点突然変異を含有するＶＬＰに対する抗体Ｐ８Ｄ１１の親和性の表である。 図２８は、ＢＫＶ ＶＰ１五量体に結合したＰ８Ｄ１１ Ｆａｂの重水素交換エピトープマッピングである。 図２９Ａは、ある特定の突然変異がアラニン走査によって導入された場合のＥＦループ中の抗ＢＫＶ抗体接触残基を示す表である。図２９Ｂ〜２９Ｃは、ＶＰ１中の野生型残基および突然変異残基への抗ＢＫＶ抗体結合のＳＰＲグラフを示す。 上記の通り。 上記の通り。 図３０は、ＢＫＶ ＶＰ１五量体との複合体にあるＰ８Ｄ１１のＸ線結晶構造である。 図３１Ａ〜Ｂは、Ｐ８Ｄ１１がどのようにＶＰ１五量体の残基と接触するかを図示する。
詳細な記載
本開示は、ＢＫＶに結合し、これを中和する抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を提供する。特に、本開示は、ＶＰ１タンパク質に結合し、そのような結合の際にウイルス感染を中和する抗体および抗体断片（例えば、抗原結合性断片）に関する。さらに、本開示は、望ましい薬物動態特性および他の望ましい属性を有し、かくして、ＢＫウイルス関連ネフロパシー（例えば、ＢＫＶＡＮ）の可能性を低減させる、またはそれを処置するために使用することができる抗体を提供する。本開示はさらに、抗体を含む医薬組成物、ならびにポリオーマウイルス感染および関連障害の防止および処置のためにそのような医薬組成物を作製し、使用する方法を提供する。
抗ＶＰ１抗体
本開示は、ＶＰ１に特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を提供する。本開示の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）としては、限定されるものではないが、以下の実施例に記載のように単離された、ヒトモノクローナル抗体またはその断片が挙げられる。
ある特定の態様では、本開示は、ＶＰ１に特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）であって、配列番号１２、３２、５２、７２、９２、１１２、１３２、１５２、１７２、１９２、２１２、２３２、２５２、２７２、２９２、３１２、３２８、３４８、３６２、３７６、３９０、４０４、４１８、４３２、４４６、４６０、４７４、および４８８に記載のアミノ酸配列を有するＶＨドメインを含む、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）（表２）を提供する。本開示はまた、ＶＰ１に特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）であって、表２に列挙されるＶＨ ＣＤＲのいずれか１つのアミノ酸配列を有するＶＨ ＣＤＲを含む、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）も提供する。特定の態様では、本開示は、ＶＰ１に特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）であって、以下の表２に列挙されるＶＨ ＣＤＲのいずれかのアミノ酸配列を有する１、２、３以上のＶＨ ＣＤＲを含む（またはあるいは、からなる）前記抗体を提供する。
本開示は、ＶＰ１に特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）であって、配列番号２２、４２、６２、８２、１０２、１２２、１４２、１６２、１８２、２０２、２２２、２４２、２６２、２８２、３０２、３２０、３３８、３５５、３６９、３８３、３９７、４１１、４２５、４３９、４５３、４６７、４８１、および４９５のアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）（表２）を提供する。本開示はまた、ＶＰ１に特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）であって、以下の表２に列挙されるＶＬ ＣＤＲのいずれか１つのアミノ酸配列を有するＶＬ ＣＤＲを含む、前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）も提供する。特に、ＶＰ１に特異的に結合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）であって、表２に列挙されるＶＬ ＣＤＲのいずれかのアミノ酸配列を有する１、２、３以上のＶＬ ＣＤＲを含む（またはあるいは、からなる）前記抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を提供する。
本開示の他の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）は、変異しているが、表２に記載の配列に記載のＣＤＲ領域と、ＣＤＲ領域において少なくとも６０、７０、８０、９０または９５パーセントの同一性を有するアミノ酸を含む。いくつかの態様では、それは、表２に記載の配列に記載のＣＤＲ領域と比較した場合、１、２、３、４または５個以下のアミノ酸がＣＤＲ領域中で変異しているアミノ酸配列変異体を含む。
本開示はまた、ＶＰ１に特異的に結合する抗体のＶＨ、ＶＬ、完全長重鎖、および完全長軽鎖をコードする核酸配列も提供する。そのような核酸配列を、哺乳動物細胞中での発現のために最適化することができる。
本開示の他の抗体としては、アミノ酸またはアミノ酸をコードする核酸が変異しているが、表２に記載の配列に対する少なくとも６０、７０、８０、９０または９５パーセントの同一性を有するものが挙げられる。いくつかの態様では、それは、表２に記載の配列に記載の可変領域と比較した場合、１、２、３、４または５個以下のアミノ酸が可変領域中で変異しているが、実質的に同じ治療活性を保持するアミノ酸配列変異体を含む。
これらの抗体はそれぞれＶＰ１に結合することができるため、ＶＨ、ＶＬ、完全長軽鎖、および完全長重鎖配列（アミノ酸配列およびアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列）を「混合および一致」させて、他のＶＰ１結合抗体を作出することができる。そのような「混合および一致」したＶＰ１結合抗体を、当業界で公知の結合アッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ、および実施例のセクションに記載の他のアッセイ）を使用して試験することができる。これらの鎖を混合および一致させる場合、特定のＶＨ／ＶＬ対に由来するＶＨ配列を、構造的に類似するＶＨ配列と置き換えるべきである。同様に、特定の完全長重鎖／完全長軽鎖対に由来する完全長重鎖配列を、構造的に類似する完全長重鎖配列と置き換えるべきである。同様に、特定のＶＨ／ＶＬ対に由来するＶＬ配列を、構造的に類似するＶＬ配列と置き換えるべきである。同様に、特定の完全長重鎖／完全長軽鎖対に由来する完全長軽鎖配列を、構造的に類似する完全長軽鎖配列と置き換えるべきである。したがって、一態様では、本開示は、抗体がＶＰ１に特異的に結合する、配列番号１２、３２、５２、７２、９２、１１２、１３２、１５２、１７２、１９２、２１２、２３２、２５２、２７２、２９２、３１２、３２８、３４８、３６２、３７６、３９０、４０４、４１８、４３２、４４６、４６０、４７４、および４８８（表２）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；および配列番号２２、４２、６２、８２、１０２、１２２、１４２、１６２、１８２、２０２、２２２、２４２、２６２、２８２、３０２、３２０、３３８、３５５、３６９、３８３、３９７、４１１、４２５、４３９、４５３、４６７、４８１および４９５（表２）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を有する単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合領域を提供する。
別の態様では、本開示は、（ｉ）配列番号１４、３４、５４、７４、９４、１１４、１３４、１５４、１７４、１９４、２１４、２３４、２５４、２７４、２９４、３１３および３３０；からなる群から選択される哺乳動物細胞中での発現のために最適化されたアミノ酸配列を含む完全長重鎖；および配列番号２４、４４、６４、８４、１０４、１２４、１４４、１６４、１８４、２０４、２２４、２４４、２６４、２８４、３０４、３２１、３４０からなる群から選択される哺乳動物細胞中での発現のために最適化されたアミノ酸配列を含む完全長軽鎖を有する単離されたモノクローナル抗体；または（ｉｉ）その抗原結合ポーションを含む機能的タンパク質を提供する。
別の態様では、本開示は、表２に記載の重鎖および軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、またはその組合せを含むＶＰ１結合抗体を提供する。抗体のＶＨ ＣＤＲ１のアミノ酸配列を、配列番号６、２６、４６、６６、８６、１０６、１２６、１４６、１６６、１８６、２０６、２２６、２４６、２６６、２８６、３０６、３２２、３４２、３５６、３７０、３８４、３９８、４１２、４２６、４４０、４５４、４６８、および４８２に示す。抗体のＶＨ ＣＤＲ２のアミノ酸配列を、配列番号７、２７、４７、６７、８７、１０７、１２７、１４７、１６７、１８７、２０７、２２７、２４７、２６７、２８７、３０７、３２３、３４３、３５７、３７１、３８５、３９９、４１３、４２７、４４１、４５５、４６９、および４８３に示す。抗体のＶＨ ＣＤＲ３のアミノ酸配列を、配列番号８、２８、４８、６８、８８、１０８、１２８、１４８、１６８、１８８、２０８、２２８、２４８、２６８、２８８、３０８、３２４、３４４、３５８、３７２、３８６、４００、４１４、４２８、４４２、４５６、４７０、および４８４に示す。抗体のＶＬ ＣＤＲ１のアミノ酸配列を、配列番号１６、３６、５６、７６、９６、１１６、１３６、１５６、１７６、１９６、２１６、２３６、２５６、２７６、２９６、３１４、３３２、３４９、３６３、３７７、３９１、４０５、４１９、４３３、４４７、４６１、４７５および４８９に示す。抗体のＶＬ ＣＤＲ２のアミノ酸配列を、配列番号１７、３７、５７、７７、９７、１１７、１３７、１５７、１７７、１９７、２１７、２３７、２５７、２７７、２９７、３１５、３３３、３５０、３６４、３７８、３９２、４０６、４２０、４３４、４４８、４６２、４７６および４９０に示す。抗体のＶＬ ＣＤＲ３のアミノ酸配列を、配列番号１８、３８、５８、７８、９８、１１８、１３８、１５８、１７８、１９８、２１８、２３８、２５８、２７８、２９８、３１６、３３４、３５１、３６５、３７９、３９３、４０７、４２１、４３５、４４９、４６３、４７７および４９１に示す。
これらの抗体がそれぞれＶＰ１に結合することができ、抗原結合特異性が主にＣＤＲ１、２および３領域によって提供されることを考慮して、ＶＨ ＣＤＲ１、２および３配列と、ＶＬ ＣＤＲ１、２および３配列とを、「混合および一致」させることができる（すなわち、異なる抗体に由来するＣＤＲを混合および一致させることができるが、それぞれの抗体はＶＨ ＣＤＲ１、２および３と、ＶＬ ＣＤＲ１、２および３とを含有し、他のＶＰ１結合結合分子を作出しなければならない）。そのような「混合および一致」したＶＰ１結合抗体を、当業界で公知の結合アッセイおよび実施例に記載のアッセイ（例えば、ＥＬＩＳＡ）を使用して試験することができる。ＶＨ ＣＤＲ配列を混合および一致させる場合、特定のＶＨ配列に由来するＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３配列を、構造的に類似するＣＤＲ配列（複数可）と置き換えるべきである。同様に、ＶＬ ＣＤＲ配列を混合および一致させる場合、特定のＶＬ配列に由来するＣＤＲ１、ＣＤＲ２および／またはＣＤＲ３配列を、構造的に類似するＣＤＲ配列（複数可）と置き換えるべきである。新規ＶＨおよびＶＬ配列を、１または複数のＶＨおよび／またはＶＬ ＣＤＲ領域配列を、本開示のモノクローナル抗体について本明細書に示されるＣＤＲ配列に由来する構造的に類似する配列と置換することにより、新しいＶＨおよびＶＬ配列を作出することができることが当業者には容易に明らかである。
したがって、本開示は、抗体がＶＰ１に特異的に結合する、配列番号６、２６、４６、６６、８６、１０６、１２６、１４６、１６６、１８６、２０６、２２６、２４６、２６６、２８６、３０６、３２２、３４２、３５６、３７０、３８４、３９８、４１２、４２６、４４０、４５４、４６８、および４８２；からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ１；配列番号７、２７、４７、６７、８７、１０７、１２７、１４７、１６７、１８７、２０７、２２７、２４７、２６７、２８７、３０７、３２３、３４３、３５７、３７１、３８５、３９９、４１３、４２７、４４１、４５５、４６９、および４８３；からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ２；配列番号８、２８、４８、６８、８８、１０８、１２８、１４８、１６８、１８８、２０８、２２８、２４８、２６８、２８８、３０８、３２４、３４４、３５８、３７２、３８６、４００、４１４、４２８、４４２、４５６、４７０、および４８４；からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖ＣＤＲ３；配列番号１６、３６、５６、７６、９６、１１６、１３６、１５６、１７６、１９６、２１６、２３６、２５６、２７６、２９６、３１４、３３２、３４９、３６３、３７７、３９１、４０５、４１９、４３３、４４７、４６１、４７５および４８９；からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ１；配列番号１７、３７、５７、７７、９７、１１７、１３７、１５７、１７７、１９７、２１７、２３７、２５７、２７７、２９７、３１５、３３３、３５０、３６４、３７８、３９２、４０６、４２０、４３４、４４８、４６２、４７６および４９０；からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ２；ならびに配列番号１８、３８、５８、７８、９８、１１８、１３８、１５８、１７８、１９８、２１８、２３８、２５８、２７８、２９８、３１６、３３４、３５１、３６５、３７９、３９３、４０７、４２１、４３５、４４９、４６３、４７７および４９１；からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖ＣＤＲ３を含む、単離されたモノクローナル抗体またはその抗原結合領域を提供する。
ある特定の態様では、ＶＰ１に特異的に結合する抗体は、表２に記載される抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）である。
１．エピトープおよび同エピトープに結合する抗体の同定
本開示は、ＶＰ１のエピトープに結合する抗体および抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を提供する。ある特定の態様では、抗体および抗体断片は、４種全てのＢＫＶ血清型および／またはＪＣＶ内の同じエピトープに結合することができる。
本開示はまた、表２に記載の抗ＶＰ１抗体と同じエピトープに結合する抗体および抗体断片（例えば、抗原結合性断片）も提供する。したがって、さらなる抗体および抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を、結合アッセイにおいて他の抗体と交差競合する（例えば、統計的に有意な様式で、その結合を競合的に阻害する）その能力に基づいて同定することができる。ＶＰ１（例えば、ヒトＢＫＶまたはＪＣＶ ＶＰ１）への本開示の抗体および抗体断片（例えば、抗原結合性断片）の結合を阻害する試験抗体の能力は、試験抗体がＶＰ１への結合について抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）と競合することができることを示す；そのような抗体は、非限定的理論によれば、それが競合する抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）と、ＶＰ１上の同じか、または関連する（例えば、構造的に類似するか、または空間的に近い）エピトープに結合することができる。ある特定の態様では、本開示の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）と同じＶＰ１上のエピトープに結合する抗体は、ヒトまたはヒト化モノクローナル抗体である。そのようなヒトまたはヒト化モノクローナル抗体を、本明細書に記載のように調製および単離することができる。
２．Ｆｃ領域のフレームワークのさらなる変化
本開示は、特異的抗ＶＰ１抗体を開示した。これらの抗体は、例えば、抗体の特性を改善するための、ＶＨおよび／またはＶＬ内のフレームワーク残基に対する改変をさらに含む改変された抗体またはその抗原結合性断片を含んでもよい。典型的には、そのようなフレームワーク改変を行って、抗体の免疫原性を低下させる。例えば、１つの手法は、１または複数のフレームワーク残基を、対応する生殖系列配列に「復帰変異」させることである。より特には、体細胞変異を受けた抗体は、抗体が誘導される生殖系列配列とは異なるフレームワーク残基を含有してもよい。抗体フレームワーク配列を、抗体が誘導される生殖系列配列と比較することにより、そのような残基を同定することができる。フレームワーク領域配列をその生殖系列構成に戻すために、例えば、部位特異的突然変異誘発により、体細胞変異を生殖系列配列に「復帰変異」させることができる。そのような「復帰変異」した抗体もまた、包含されることが意図される。
別の型のフレームワーク改変は、フレームワーク領域内、またはさらには、１もしくは複数のＣＤＲ領域内の１または複数の残基を変異させて、Ｔ細胞エピトープを除去することによって、抗体の潜在的な免疫原性を低下させることを含む。この手法はまた、「脱免疫化」とも呼ばれ、Carr et al.による米国特許出願公開第２００３／０１５３０４３号明細書にさらに詳細に記載されている。
フレームワークまたはＣＤＲ領域内で作製される改変に加えて、またはその代わりに、Ｆｃ領域内に改変を含む、典型的には、血清半減期、補体固定化、Ｆｃ受容体結合、および／または抗原依存的細胞性細胞毒性などの、抗体の１または複数の機能的特性を変化させるように、抗体を操作することができる。さらに、抗体を化学的に改変する（例えば、１もしくは複数の化学的部分を抗体に結合することができる）か、または改変してそのグリコシル化を変化させ、再度、抗体の１または複数の機能的特性を変化させることができる。これらの態様はそれぞれ、以下にさらに詳細に記載される。
一態様では、ヒンジ領域中のシステイン残基の数が変化する、例えば、増加するか、または減少するように、ＣＨ１のヒンジ領域を改変する。この手法は、Bodmer et al.による米国特許第５，６７７，４２５号明細書にさらに記載されている。ＣＨ１のヒンジ領域中のシステイン残基の数を変化させて、例えば、軽鎖および重鎖の集合を容易にするか、または抗体の安定性を増加もしくは減少させる。
別の態様では、抗体のＦｃヒンジ領域を変異させて、抗体の生物学的半減期を減少させる。より特には、抗体が天然のＦｃ−ヒンジドメインＳｐＡ結合と比較して弱いスタフィロコッカス（Staphylococcyl）タンパク質Ａ（ＳｐＡ）結合を有するように、１または複数のアミノ酸変異をＦｃ−ヒンジ断片のＣＨ２−ＣＨ３ドメイン境界領域中に導入する。この手法は、Ward et al.による米国特許第６，１６５，７４５号明細書にさらに詳細に記載されている。
さらに他の態様では、少なくとも１つのアミノ酸残基を、異なるアミノ酸残基と置き換えて、抗体のエフェクター機能を変化させることにより、Ｆｃ領域を変化させる。例えば、抗体がエフェクターリガンドに対する変化した親和性を有するが、親抗体の抗原結合能力を保持するように、１または複数のアミノ酸を、異なるアミノ酸残基と置き換えることができる。親和性を変化させるエフェクターリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体または補体のＣ１成分であってもよい。この手法は、例えば、両方ともWinter et al.による米国特許第５，６２４，８２１号明細書および第５，６４８，２６０号明細書に記載されている。
別の態様では、抗体が変化したＣ１ｑ結合および／または低下した、もしくは無効化される補体依存的細胞毒性（ＣＤＣ）を有するように、アミノ酸残基から選択される１または複数のアミノ酸を、異なるアミノ酸残基と置き換えることができる。
別の態様では、１または複数のアミノ酸残基を変化させることによって、補体を固定する抗体の能力を変化させる。この手法は、例えば、Bodmer et al.によるＰＣＴ国際公開第９４／２９３５１号パンフレットに記載されている。特定の態様では、本開示の抗体またはその抗原結合性断片の１または複数のアミノ酸を、１または複数のアロタイプアミノ酸残基により、ＩｇＧ１サブクラスおよびカッパアイソタイプに置き換える。アロタイプアミノ酸残基としては、限定されるものではないが、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２およびＩｇＧ３サブクラスの重鎖の定常領域、ならびにJefferis et al., MAbs. 1:332-338 (2009)により記載されたようなカッパアイソタイプの軽鎖の定常領域も挙げられる。
さらに別の態様では、Ｆｃ領域を改変して、抗体依存的細胞性細胞毒性（ＡＤＣＣ）を媒介する抗体の能力を増加させる、および／または１もしくは複数のアミノ酸を改変することによりＦｃγ受容体に対する抗体の親和性を増加させる。この手法は、例えば、PrestaによるＰＣＴ国際公開第００／４２０７２号パンフレットに記載されている。さらに、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、ＦｃγＲＩＩＩおよびＦｃＲｎに対するヒトＩｇＧ１上の結合部位がマッピングされており、結合が改善されたバリアントが記載されている（Shields et al., J. Biol. Chem. 276:6591-6604, 2001を参照されたい）。
さらに別の態様では、抗体のグリコシル化を改変する。例えば、無グリコシル化抗体を作製することができる（すなわち、抗体はグリコシル化を欠く）。グリコシル化を変化させて、例えば、「抗原」に対する抗体の親和性を増加させることができる。そのような炭水化物改変を、例えば、抗体配列内の１または複数のグリコシル化部位を変化させることにより達成することができる。例えば、１または複数の可変領域フレームワークグリコシル化部位の除去をもたらす１または複数のアミノ酸置換を作製することによって、その部位でのグリコシル化を除去することができる。そのような無グリコシル化は、抗原に対する抗体の親和性を増加させることができる。そのような手法は、例えば、Co et al.による米国特許第５，７１４，３５０号明細書および第６，３５０，８６１号明細書に記載されている。
さらに、またはあるいは、フコシル残基の量が減少した低フコシル化抗体またはバイセクティングＧｌｃＮａｃ構造が増加した抗体などの、変化した型のグリコシル化を有する抗体を作製することができる。そのような変化したグリコシル化パターンは、抗体のＡＤＣＣ能力を増加させることが証明されている。そのような炭水化物改変を、例えば、グリコシル化機構が変化した宿主細胞中で抗体を発現させることにより達成することができる。グリコシル化機構が変化した細胞は当業界で記載されており、組換え抗体を発現させることによって、グリコシル化が変化した抗体を生成する宿主細胞として使用することができる。例えば、Hang et al.による欧州特許第１，１７６，１９５号明細書は、フコシルトランスフェラーゼをコードするＦＵＴ８遺伝子が機能的に破壊された細胞系を記載し、そのような細胞系中で発現された抗体は低グリコシル化を示す。PrestaによるＰＣＴ国際公開第０３／０３５８３５号パンフレットは、フコースをＡｓｎ（２９７）に連結された炭水化物に結合させる能力が低下し、その宿主細胞中で発現される抗体の低フコシル化をももたらす、バリアントＣＨＯ細胞系、Ｌｅｃｌ３細胞を記載している（Shields et al., (2002) J. Biol. Chem. 277:26733-26740も参照されたい）。Umama et al.によるＰＣＴ国際公開第９９／５４３４２号パンフレットは、操作された細胞系中で発現される抗体が、抗体のＡＤＣＣ活性の増加をもたらすバイセクティングＧｌｃＮａｃ構造の増加を示すように、糖タンパク質改変グリコシルトランスフェラーゼ（例えば、ベータ（１，４）−ＮアセチルグルコサミニルトランスフェラーゼＩＩＩ（ＧｎＴＩＩＩ））を発現するように操作された細胞系を記載している（Umana et al., Nat. Biotech. 17:176-180, 1999も参照されたい）。
別の態様では、抗体をその生物学的半減期を増加させるように改変する。様々な手法が可能である。例えば、Wardの米国特許第６，２７７，３７５号明細書に記載のような、１または複数の以下の変異を導入することができる：Ｔ２５２Ｌ、Ｔ２５４Ｓ、Ｔ２５６Ｆ。あるいは、生物学的半減期を増加させるために、Presta et al.による米国特許第５，８６９，０４６号明細書および第６，１２１，０２２号明細書に記載のように、ＩｇＧのＦｃ領域のＣＨ２ドメインの２つのループから取られたサルベージ受容体結合エピトープを含有するように、抗体をＣＨ１またはＣＬ領域内で変化させることができる。
抗体のＡＤＣＣ活性を最小化するために、Ｆｃ領域中の特異的変異は、エフェクター細胞との最小の相互作用を有する「Ｆｃサイレント」抗体をもたらす。一般に、「ＩｇＧ Ｆｃ領域」を使用して、天然配列Ｆｃ領域およびバリアントＦｃ領域などの、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義する。ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域は一般に、ＩｇＧ抗体の位置Ｃ２２６から、または位置Ｐ２３０からカルボキシル末端までのアミノ酸残基を含むと定義される。Ｆｃ領域中の残基の番号は、ＫａｂａｔのＥＵインデックスのものである。Ｆｃ領域のＣ末端リシン（残基Ｋ４４７）を、例えば、抗体の生成または精製の間に除去することができる。
サイレント化されたエフェクター機能は、抗体のＦｃ領域中の変異により取得することができ、当業界で記載されている：ＬＡＬＡおよびＮ２９７Ａ（Strohl, W., 2009, Curr. Opin. Biotechnol. vol. 20(6):685-691）；ならびにＤ２６５Ａ（Baudino et al., 2008, J. Immunol. 181 : 6664-69）、Heusser et al.,国際公開第２０１２０６５９５０号パンフレットも参照されたい。サイレントＦｃ ＩｇＧ１抗体の例は、ＩｇＧ１ Ｆｃアミノ酸配列中にＬ２３４ＡおよびＬ２３５Ａ変異を含むＬＡＬＡ変異体である。サイレントＩｇＧ１抗体の別の例は、ＤＡＰＡ（Ｄ２６５Ａ、Ｐ３２９Ａ）変異（米国特許第６，７３７，０５６号明細書）である。別のサイレントＩｇＧ１抗体は、Ｎ２９７Ａ変異を含み、無グリコシル化／非グリコシル化抗体をもたらす。
Ｆｃサイレント抗体は、ＡＤＣＣ活性がないか、または低く、これは、Ｆｃサイレント抗体が特異的細胞溶解が５０％未満（ＡＤＣＣ活性が低い）であるか、または特異的細胞溶解が１％未満（ＡＤＣＣ活性がない）であることを意味する。
３．抗ＶＰ１抗体の生成
限定されるものではないが、組換え発現、化学的合成、および抗体四量体の酵素的消化などの、当業界で公知の任意の手段によって抗ＶＰ１抗体およびその抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を生成することができるが、完全長モノクローナル抗体を、例えば、ハイブリドーマまたは組換え生成によって取得することができる。組換え発現は、当業界で公知の任意の適切な宿主細胞、例えば、哺乳動物宿主細胞、細菌宿主細胞、酵母宿主細胞、昆虫宿主細胞などに由来するものであってよい。
本開示は、本明細書に記載の抗体をコードするポリヌクレオチド、例えば、本明細書に記載のような重鎖もしくは軽鎖可変領域または相補性決定領域を含むセグメントをコードするポリヌクレオチドをさらに提供する。いくつかの態様では、重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１３、３３、５３、７３、９３、１１３、１３３、１５３、１７３、１９３、２１３、２３３、２５３、２７３および２９３からなる群から選択されるポリヌクレオチドとの少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。いくつかの態様では、軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２３、４３、６３、８３、１０３、１２３、１４３、１６３、１８３、２０３、２２３、２４３、２６３、２８３および３０３からなる群から選択されるポリヌクレオチドとの少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。
いくつかの態様では、重鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号１５、３５、５５、７５、９５、１１５、１３５、１５５、１７５、１９５、２１５、２３５、２５５、２７５および２９５のポリヌクレオチドとの少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。いくつかの態様では、軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、配列番号２５、４５、６５、８５、１０５、１２５、１４５、１６５、１８５、２０５、２２５、２４５、２６５、２８５および３０５のポリヌクレオチドとの少なくとも８５％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の核酸配列同一性を有する。
本開示のポリヌクレオチドは、抗ＶＰ１抗体の可変領域配列のみをコードしてもよい。それらはまた、抗体の可変領域と定常領域との両方をコードしてもよい。いくつかのポリヌクレオチド配列は、例示的抗ＶＰ１抗体の１つの重鎖と軽鎖の両方の可変領域を含むポリペプチドをコードする。いくつかの他のポリヌクレオチドは、マウス抗体の１つの重鎖と軽鎖の可変領域とそれぞれ実質的に同一である２つのポリペプチドセグメントをコードする。
ポリヌクレオチド配列を、抗ＶＰ１抗体またはその結合断片をコードする存在する配列（例えば、以下の実施例に記載の配列）のｄｅ ｎｏｖｏ固相ＤＮＡ合成によるか、またはＰＣＲ突然変異誘発により生成することができる。Narang et al., Meth. Enzymol. 68:90, 1979のホスホトリエステル法；Brown et al., Meth. Enzymol. 68:109, 1979のホスホジエステル法；Beaucage et al., Tetra. Lett., 22:1859, 1981のジエチルホスホロアミダイト法；および米国特許第４，４５８，０６６号明細書の固相支持体法などの、当業界で公知の方法により、核酸の直接化学合成を達成することができる。ＰＣＲによるポリヌクレオチド配列への変異の導入を、例えば、PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification, H.A. Erlich (Ed.), Freeman Press, NY, NY, 1992; PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications, Innis et al. (Ed.), Academic Press, San Diego, CA, 1990; Mattila et al., Nucleic Acids Res. 19:967, 1991; およびEckert et al., PCR Methods and Applications 1:17, 1991に記載のように実施することができる。
また、上記の抗ＶＰ１抗体を生成するための発現ベクターおよび宿主細胞も、本開示において提供される。様々な発現ベクターを使用して、抗ＶＰ１抗体鎖または結合断片をコードするポリヌクレオチドを発現させることができる。ウイルスに基づく発現ベクターと非ウイルス発現ベクターの両方を使用して、哺乳動物宿主細胞中で抗体を生成することができる。非ウイルスベクターおよび系としては、典型的には、タンパク質またはＲＮＡを発現させるための発現カセットを含む、プラスミド、エピソームベクター、およびヒト人工染色体（例えば、Harrington et al., Nat Genet 15:345, 1997を参照されたい）が挙げられる。例えば、哺乳動物（例えば、ヒト）細胞中での抗ＶＰ１ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの発現にとって有用な非ウイルスベクターとしては、ｐＴｈｉｏＨｉｓ Ａ、ＢおよびＣ、ｐｃＤＮＡ３．１／Ｈｉｓ、ｐＥＢＶＨｉｓＡ、ＢおよびＣ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）、ＭＰＳＶベクター、ならびに他のタンパク質を発現させるための当業界で公知のいくつかの他のベクターが挙げられる。有用なウイルスベクターとしては、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルスに基づくベクター、ＳＶ４０に基づくベクター、パピローマウイルス、ＨＢＰエプスタイン・バーウイルス、ワクシニアウイルスベクターおよびセムリキ森林熱ウイルス（ＳＦＶ）が挙げられる。Brent et al., supra; Smith, Annu. Rev. Microbiol. 49:807, 1995; およびRosenfeld et al., Cell 68:143, 1992を参照されたい。
発現ベクターの選択は、ベクターを発現させる意図される宿主細胞に依存する。典型的には、発現ベクターは、抗ＶＰ１抗体鎖または断片をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されるプロモーターおよび他の調節配列（例えば、エンハンサー）を含有する。いくつかの態様では、誘導性プロモーターを使用して、誘導条件下以外では挿入された配列の発現を防止する。誘導性プロモーターとしては、例えば、アラビノース、ｌａｃＺ、メタロチオネインプロモーターまたは熱ショックプロモーターが挙げられる。形質転換された生物の培養物を、発現生成物が宿主細胞によってより良好に許容されるコード配列について集団を偏らせることなく、非誘導条件下で拡張することができる。プロモーターに加えて、他の調節エレメントも、抗ＶＰ１抗体鎖または断片の効率的発現にとって必要とされるか、または望まれる。これらのエレメントは、典型的には、ＡＴＧ開始コドンおよび隣接するリボソーム結合部位または他の配列を含む。さらに、発現の効率を、使用において細胞系にとって適切なエンハンサーの含有により増強することができる（例えば、Scharf et al., Results Probl. Cell Differ. 20:125, 1994；およびBittner et al., Meth. Enzymol., 153:516, 1987を参照されたい）。例えば、ＳＶ４０エンハンサーまたはＣＭＶエンハンサーを使用して、哺乳動物宿主細胞中での発現を増加させることができる。
発現ベクターはまた、挿入される抗ＶＰ１抗体配列によりコードされるポリペプチドとの融合タンパク質を形成するための分泌シグナル配列位置も提供することができる。より頻繁には、挿入される抗ＶＰ１抗体配列を、ベクター中に含有させる前にシグナル配列に連結する。抗ＶＰ１抗体軽鎖および重鎖可変ドメインをコードする配列を受容するために使用されるベクターは、その定常領域または部分もコードすることがある。そのようなベクターにより、定常領域との融合タンパク質としての可変領域の発現が可能になり、それにより、無傷抗体またはその断片の生成がもたらされる。典型的には、そのような定常領域はヒトである。
抗ＶＰ１抗体鎖を担持および発現させるための宿主細胞は、原核または真核であってもよい。大腸菌（E.coli）は、本開示のポリヌクレオチドをクローニングし、発現させるのに有用な１つの原核宿主である。使用にとって好適な他の微生物宿主としては、バチルス・サブチリス（Bacillus subtilis）などの桿菌、ならびにサルモネラ（Salmonella）、セラチア（Serratia）、および様々なシュードモナス（Pseudomonas）種などの他の腸内細菌科が挙げられる。これらの原核宿主においては、当業者であれば、典型的には宿主細胞と適合する発現制御配列（例えば、複製起点）を含有する発現ベクターを作製することもできる。さらに、ラクトースプロモーター系、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター系、ベータ−ラクタマーゼプロモーター系、またはラムダファージに由来するプロモーター系などの、任意数の様々な周知のプロモーターが存在する。プロモーターは、典型的には、任意選択でオペレーター配列と共に発現を制御し、転写および翻訳を開始および完了させるためのリボソーム結合部位配列などを有する。酵母などの他の微生物を使用して、抗ＶＰ１ポリペプチドを発現させることもできる。バキュロウイルスベクターと組み合わせた昆虫細胞を使用することもできる。
他の態様では、哺乳動物宿主細胞を使用して、本開示の抗ＶＰ１ポリペプチドを発現および生成させる。例えば、それらは、内因性免疫グロブリン遺伝子を発現するハイブリドーマ細胞系（例えば、実施例に記載のミエローマハイブリドーマクローン）または外因性発現ベクターを担持する哺乳動物細胞系であってもよい。これらのものは、任意の正常な死滅する、または正常もしくは異常な不死の動物もしくはヒト細胞を含む。例えば、ＣＨＯ細胞系、様々なＣＯＳ細胞系、ＨｅＬａ細胞、ミエローマ細胞系、形質転換されたＢ細胞およびハイブリドーマなどの、無傷の免疫グロブリンを分泌することができるいくつかの好適な宿主細胞系が開発されている。ポリペプチドを発現させるための哺乳動物組織細胞培養の使用は、例えば、Winnacker, From Genes to Clones, VCH Publishers, N.Y., N.Y., 1987で一般的に考察されている。哺乳動物宿主細胞のための発現ベクターは、複製起点、プロモーター、およびエンハンサーなどの発現制御配列（例えば、Queen et al., Immunol. Rev. 89:49-68, 1986を参照されたい）、ならびにリボソーム結合部位、ＲＮＡスプライス部位、ポリアデニル化部位、および転写ターミネーター配列などの必要なプロセッシング情報部位を含んでもよい。これらの発現ベクターは通常、哺乳動物遺伝子または哺乳動物ウイルスから誘導されるプロモーターを含有する。好適なプロモーターは、構成的である、細胞型特異的である、段階特異的である、および／またはモジュレート可能もしくは調節可能であってもよい。有用なプロモーターとしては、限定されるものではないが、メタロチオネインプロモーター、構成的アデノウイルス主要後期プロモーター、デキサメタゾン誘導性ＭＭＴＶプロモーター、ＳＶ４０プロモーター、ＭＲＰ ｐｏｌＩＩＩプロモーター、構成的ＭＰＳＶプロモーター、テトラサイクリン誘導性ＣＭＶプロモーター（ヒト極初期ＣＭＶプロモーターなど）、構成的ＣＭＶプロモーター、および当業界で公知のプロモーター−エンハンサーの組合せが挙げられる。
対象のポリヌクレオチド配列を含有する発現ベクターを導入するための方法は、細胞宿主の型に応じて変化する。例えば、原核細胞のためには塩化カルシウムトランスフェクションが一般的に使用されるが、他の細胞宿主のためにはリン酸カルシウム処理またはエレクトロポレーションを使用してもよい（一般的には、Sambrook et al., supraを参照されたい）。他の方法としては、例えば、エレクトロポレーション、リン酸カルシウム処理、リポソーム媒介性形質転換、インジェクションおよびマイクロインジェクション、弾道法、ビロソーム、イムノリポソーム、ポリカチオン：核酸コンジュゲート、ネイキッドＤＮＡ、人工ビリオン、ヘルペスウイルス構造タンパク質ＶＰ２２との融合（Elliot and O'Hare, Cell 88:223, 1997）、ＤＮＡの薬剤増強性取込み、およびｅｘ ｖｉｖｏでの形質導入が挙げられる。組換えタンパク質の長期的な、高収率の生成のためには、安定な発現が望ましいことが多い。例えば、抗ＶＰ１抗体鎖または結合断片を安定に発現する細胞系を、ウイルスの複製起点または内因性発現エレメントと、選択マーカー遺伝子とを含有する発現ベクターを使用して調製することができる。ベクターの導入後、細胞を富化培地中で１〜２日間成長させた後、選択培地に切替えることができる。選択マーカーの目的は、選択に対する耐性を付与することであり、その存在により、選択培地中で導入された配列を上手く発現する細胞の成長が可能となる。耐性の安定にトランスフェクトされた細胞を、細胞型にとって適切な組織培養技術を使用して増殖させることができる。
治療的および診断的使用
本開示の抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）は、限定されるものではないが、ポリオーマウイルス感染および疾患などの様々な適用において有用である。ある特定の態様では、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）は、ＢＫＶまたはＪＣＶ感染の中和およびＢＫウイルスネフロパシー、例えば、ＢＫＶＡＮの防止または処置にとって有用である。使用方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ、ｅｘ ｖｉｖｏ、またはｉｎ ｖｉｖｏでの方法であってもよい。
一態様では、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）は、生物試料中のＢＫＶの存在を検出するのに有用である。本明細書で使用される用語「検出すること」は、定量的または定性的検出を包含する。ある特定の態様では、生物試料は細胞または組織を含む。ある特定の態様では、そのような組織は、他の組織と比較してより高いレベルでＢＫＶを発現する正常および／またはがん性組織を含む。
一態様では、本開示は、生物試料中のＢＫＶの存在を検出する方法を提供する。ある特定の態様では、この方法は、抗体の抗原への結合を可能にする条件下で、生物試料を抗ＶＰ１抗体と接触させること、および抗体と抗原との間で複合体が形成されるかどうかを検出することを含む。生物試料は、限定されるものではないが、尿または血液試料を含んでもよい。
また、ＢＫＶまたはＪＣＶウイルスの発現と関連する障害を診断する方法も含まれる。ある特定の態様では、この方法は、試験細胞を抗ＶＰ１抗体と接触させること；抗ＶＰ１抗体のＢＫウイルスへの結合を検出することにより試験細胞中でのＢＫウイルスの発現レベルを決定すること（定量的または定性的に）；および試験細胞中での感染のレベルを、対照細胞（例えば、試験細胞と同じ組織起源の正常細胞または非ＢＫウイルス感染細胞）中でのＢＫウイルスの感染のレベルと比較することを含み、対照細胞と比較して、試験細胞中でのＢＫウイルスの存在のレベルが高い場合、ＢＫウイルスによる感染と関連する障害の存在を示す。ある特定の態様では、試験細胞は、ＢＫウイルス感染を有することが疑われる個体から得られる。
ある特定の態様では、上記のものなどの診断または検出の方法は、ＢＫＶ感染細胞への抗ＶＰ１抗体の結合を検出することを含む。ＢＫＶ感染細胞への抗ＶＰ１抗体の結合を検出するための例示的アッセイは、「ＦＡＣＳ」アッセイである。
ある特定の他の方法を使用して、抗ＶＰ１抗体の結合を検出することができる。そのような方法としては、限定されるものではないが、ウェスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、蛍光イムノアッセイ、プロテインＡイムノアッセイ、および免疫組織化学（ＩＨＣ）などの、当業界で周知である抗原結合アッセイが挙げられる。
ある特定の態様では、抗ＶＰ１抗体を標識する。標識としては、限定されるものではないが、直接検出される標識または部分（蛍光、発色、高電子密度、化学発光、および放射性標識など）、ならびに例えば、酵素反応または分子相互作用を介して間接的に検出される、酵素またはリガンドなどの部分が挙げられる。
ある特定の態様では、抗ＶＰ１抗体を、不溶性マトリックス上に固定する。固定は、溶液中で遊離したままである任意のＢＫＶまたはＪＣＶタンパク質から抗ＶＰ１抗体を分離することを必要とする。これは、水に不溶性のマトリックスもしくは表面への吸着（Bennich et al, 米国特許第３，７２０，７６０号明細書）により、もしくは共有カップリング（例えば、グルタルアルデヒド架橋を使用する）により、アッセイ手順の前に抗ＶＰ１抗体を不溶化することによって、または例えば、免疫沈降により、抗ＶＰ１抗体とＢＫＶまたはＪＣＶタンパク質との複合体の形成後に抗ＶＰ１抗体を不溶化することによって、都合良く達成される。
診断または検出の上記態様のいずれかを、別の抗ＶＰ１抗体の代わりに、またはそれに加えて、本開示の抗ＶＰ１抗体を使用して実行することができる。
一態様では、本開示は、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を患者に投与することによって、疾患を処置することを含む、疾患を処置する、その可能性を低減する、またはそれを改善する方法を提供する。ある特定の態様では、抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を使用して処置される疾患は、ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染である。処置および／または防止することができるＢＫＶおよびＪＣＶ疾患の例としては、限定されるものではないが、ネフロパシー、出血性膀胱炎、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、間質性腎疾患、尿管狭窄、顆粒細胞ニューロパシー（ＧＣＮ）、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築症候群（ＩＲＩＳ）が挙げられる。ある特定の態様では、感染は、抗ＶＰ１抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）が特異的に結合することができるＢＫＶまたはＪＣＶ発現細胞を特徴とする。
本開示は、治療有効量の抗体、抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を投与することを含む、ＢＫウイルス感染およびＢＫＶＡＮを処置する方法を提供する。ある特定の態様では、対象はヒトである。
ある特定の態様では、ＢＫウイルス感染を低減させる方法は、対象に、治療有効量の抗体または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を投与することを含む。ある特定の態様では、対象はヒトである。ある特定の態様では、対象は免疫抑制されている。免疫抑制された対象について、免疫抑制の量は、抗ＶＰ１抗体の治療効果に起因して増加または減少してもよい。
ある特定の態様では、移植された組織は、抗ＶＰ１抗体が結合するＢＫウイルスに感染している。一般的な集団におけるＢＫ感染の発生率は高いため、腎臓移植の場合、腎臓を受け入れる患者がＢＫウイルス陽性であるか、または腎臓を提供するドナーがＢＫウイルス陽性であるか、または両者がＢＫウイルス陽性である確率は高い。ＢＫＶＡＮを防止するために、腎臓のドナーまたは移植レシピエントの血清反応陽性に応じて、腎臓移植手順の前および／または後に、抗ＶＰ１抗体を腎臓移植レシピエントに投与することができる。別の態様では、ウイルスが尿中で検出される場合（ウイルス尿症）、またはウイルスが血液中で検出される場合（ウイルス血症）、抗ＶＰ１抗体を患者に投与することができる。
ＢＫまたはＪＣＶウイルス感染の処置のために、抗体、または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）の適切な用量は、処置しようとする感染の種類、感染の重症度および経過、感染の応答性、療法に対するウイルス耐性の生成、以前の療法、患者の病歴などの様々な因子に依存する。抗体を１回で、または数日から数カ月継続する一連の処置にわたって、または治癒が行われるか、もしくは感染の縮小（例えば、ウイルス尿症または腎臓に対するウイルスによる損傷の減少）が達成されるまで投与することができる。最適な投薬スケジュールは、患者の体内での薬物蓄積の測定値から算出することができ、個々の抗体、または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）の相対的効力に応じて変化する。ある特定の態様では、用量は０．０１ｍｇ〜１０ｍｇ（例えば、０．０１ｍｇ、０．０５ｍｇ、０．１ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、または１０ｍｇ）／ｋｇ体重であり、１日、１週間、１カ月または１年に１回またはそれ以上投与することができる。ある特定の態様では、本開示の抗体、または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）は、２週間毎に１回または３週間毎に１回投与される。処置する医師であれば、体液または組織中での測定された半減期および抗体濃度に基づいて、投与のための反復速度を見積もることができる。
組合せ療法
ある特定の例では、本開示の抗体、または抗体断片（例えば、抗原結合性断片）を、他の抗ウイルス剤、抗アレルギー剤、抗嘔吐剤（または制吐剤）、疼痛緩和剤、細胞保護剤、免疫抑制剤、およびその組合せなどの他の治療剤と組み合わせる。
本明細書で使用される用語「組合せ医薬」とは、１つの単位剤形中の固定的組合せ、または２つ以上の治療剤を同時に独立に、もしくは特に、組合せパートナーが協調的な、例えば、相乗効果を示すことができる時間間隔内で別々に投与することができる非固定的組合せもしくは組み合わせ投与のための部分のキットを指す。
用語「組合せ療法」とは、本開示に記載の治療状態または感染を処置するための２つ以上の治療剤の投与を指す。そのような投与は、固定比の活性成分を有する単一のカプセルなどの、実質的に同時的な様式でのこれらの治療剤の同時投与を包含する。あるいは、そのような投与は、それぞれの活性成分について、複数の、または別々の容器（例えば、カプセル、粉末、および液体）中での同時投与を包含する。粉末および／または液体を、投与前に所望の用量に再構成または希釈することができる。さらに、そのような投与はまた、ほぼ同時に、または異なる時間に、連続的様式でのそれぞれの種類の治療剤の使用も包含する。いずれかの場合、処置レジメンは、本明細書に記載の状態または障害の処置において組合せ薬物の有益な効果を提供する。
組合せ療法は、「相乗作用」を提供し、「相乗的」であることがわかってもよい、すなわち、活性成分を一緒に使用した場合に達成される効果は、化合物を別々に使用することから得られる効果の合計よりも大きい。活性成分が（１）組み合わせた単位用量製剤中で同時製剤化および投与されるか、もしくは同時に送達される；（２）別々の製剤として交互に、もしくは同時に送達される；または（３）いくつかの他のレジメンによるものである場合、相乗効果を達成することができる。交互療法において送達される場合、化合物が例えば、別々の注射筒中の異なる注射液により連続的に投与または送達される場合、相乗効果を達成することができる。一般に、交互療法中では、有効用量の各活性成分は連続的に、すなわち、順次投与されるが、組合せ療法においては、有効用量の２つ以上の活性成分は一緒に投与される。
一態様では、本開示は、それを必要とする対象に、免疫抑制療法と一緒に抗体を投与することによってＢＫＶまたはＪＣＶ感染を処置する方法を提供する。抗ＶＰ１抗体は、予防的に作用して、移植前または移植後の免疫抑制療法の結果生じる、ＢＫＶもしくはＪＣＶ一次感染またはウイルス再活性化を中和する。免疫抑制療法の例としては、限定されるものではないが、モノホスフェートデヒドロゲナーゼ阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤が挙げられる。免疫抑制療法剤の特定例としては、限定されるものではないが、ミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスおよびシクロスポリンが挙げられる。
医薬組成物
抗ＶＰ１抗体を含む医薬組成物または滅菌組成物を調製するために、本開示の抗体を、薬学的に許容される担体または賦形剤と混合する。組成物は、ＢＫＶまたはＪＣＶ感染を中和するのに好適である１または複数の他の治療剤をさらに含有してもよい。
治療剤および診断剤の製剤を、例えば、凍結乾燥粉末、スラリー、水性溶液、ローション、または懸濁液の形態で生理的に許容される担体、賦形剤、または安定化剤と混合することにより調製することができる（例えば、Hardman et al., Goodman and Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics, McGraw-Hill, New York, N.Y., 2001; Gennaro, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Lippincott, Williams, and Wilkins, New York, N.Y., 2000; Avis, et al. (eds.), Pharmaceutical Dosage Forms: Parenteral Medications, Marcel Dekker, NY, 1993; Lieberman, et al. (eds.), Pharmaceutical Dosage Forms: Tablets, Marcel Dekker, NY, 1990; Lieberman, et al. (eds.) Pharmaceutical Dosage Forms: Disperse Systems, Marcel Dekker, NY, 1990; Weiner and Kotkoskie, Excipient Toxicity and Safety, Marcel Dekker, Inc., New York, N.Y., 2000を参照されたい）。
特定の態様では、抗ＶＰ１抗体は、抗体を含有するバイアル中の凍結乾燥物である。凍結乾燥物を水または注射にとって好適な薬学的担体で再構成させることができる。その後の静脈内投与のために、得られる溶液は通常、担体溶液中にさらに希釈される。
本明細書に開示される抗体は、免疫抑制されていてもよい組織移植患者におけるＢＫＶまたはＪＣＶの中和において有用であり、したがって、ＣｙｔｏＧａｍ（登録商標）を受けている骨髄移植患者において以前に使用されたスクロースおよびヒトアルブミンの薬学的担体を使用することができる（DeRienzo et al. Pharmacotherapy 2000; 20:1175-8）。あるいは、抗ＶＰ１抗体を、ＷＯ２００３／１０５８９４に記載された別の抗ウイルス抗体であるＳｙｎａｇｉｓ（登録商標）について記載された薬学的担体を介して移植患者に導入することができる。この刊行物では、薬学的担体は、ヒスチジンおよび／またはグリシン、サッカリド（例えば、スクロース）およびポリオール（例えば、ポリソルベート）を含んでいた。
治療剤のための投与レジメンの選択は、感染の重症度、症状のレベル、および生物学的マトリックス中の標的細胞の接近可能性などのいくつかの因子に依存する。ある特定の態様において、投与レジメンは、許容される副作用レベルと一致する患者に送達される治療剤の量を最大化する。したがって、送達される生物製剤の量は、特定の実体および処置される状態の重症度に一部依存する。適切な用量の抗体、サイトカイン、および小分子を選択する際の指針が利用可能である（例えば、Wawrzynczak, Antibody Therapy, Bios Scientific Pub. Ltd, Oxfordshire, UK, 1996; Kresina (ed.), Monoclonal Antibodies, Cytokines and Arthritis, Marcel Dekker, New York, N.Y., 1991; Bach (ed.), Monoclonal Antibodies and Peptide Therapy in Autoimmune Diseases, Marcel Dekker, New York, N.Y., 1993; Baert et al., New Engl. J. Med. 348:601-608, 2003; Milgrom et al., New Engl. J. Med. 341:1966-1973, 1999; Slamon et al., New Engl. J. Med. 344:783-792, 2001; Beniaminovitz et al., New Engl. J. Med. 342:613-619, 2000; Ghosh et al., New Engl. J. Med. 348:24-32, 2003; Lipsky et al., New Engl. J. Med. 343:1594-1602, 2000を参照されたい）。
適切な用量の決定は、例えば、処置に影響するか、または処置に影響すると予測されることが当業界で公知の、または疑われるパラメータまたは因子を使用して、医師によって行われる。一般に、用量は最適用量よりもいくらか低い量から開始し、その後、任意の負の副作用と比較して所望の、または最適な効果が達成されるまで少しずつ増加させる。重要な診断尺度は、例えば、輸注反応を含む。
抗ＶＰ１抗体を含む医薬組成物中の活性成分の急性用量レベルを、患者にとって毒性とならないように、特定の患者、組成物、および投与様式に対する所望の治療応答を達成するのに有効である活性成分の量を得るために変化させることができる。選択される用量レベルは、抗体の中和活性、投与経路、投与の時間、患者における抗体の半減期、処置の持続期間、使用される特定の組成物と共に使用される他の薬物、化合物および／または材料、処置される患者の年齢、性別、体重、状態、一般的健康および以前の病歴、ならびに医学界で公知の同様の因子を含む様々な薬物動態因子に依存する。
抗体またはその断片を含む組成物を、連続輸注により、または例えば、１日、１週間、もしくは週に１〜７回の間隔での用量により提供することができる。用量を、静脈内、皮下、局所、経口、経鼻、直腸、筋肉内、大脳内で、または吸入により提供することができる。特定の用量プロトコールは、有意な望ましくない副作用を回避する最大用量または用量頻度を含むものである。
本明細書に記載の抗体に関して、患者に投与される用量は、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ患者体重であってもよい。用量は、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜２０ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１〜２ｍｇ／ｋｇ、０．０００１〜１ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜０．７５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜０．５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１ｍｇ／ｋｇ〜０．２５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１〜０．１５ｍｇ／ｋｇ、０．０００１〜０．１０ｍｇ／ｋｇ、０．００１〜０．５ｍｇ／ｋｇ、０．０１〜０．２５ｍｇ／ｋｇまたは０．０１〜０．１０ｍｇ／ｋｇ患者体重であってもよい。抗体またはその断片の用量を、キログラム患者体重（ｋｇ）に、ｍｇ／ｋｇで投与される用量を掛けたものを使用して算出することができる。
次いで、抗体の用量を反復し、投与を少なくとも１日、２日、３日、５日、１０日、１５日、３０日、４５日、２カ月、７５日、３カ月、または少なくとも６カ月空けてもよい。
特定の患者のための有効量は、処置される状態、患者の全体的な健康、投与の方法、経路および用量ならびに副作用の重症度などの因子に応じて変化してもよい（例えば、Maynard et al., A Handbook of SOPs for Good Clinical Practice, Interpharm Press, Boca Raton, Fla., 1996; Dent, Good Laboratory and Good Clinical Practice, Urch Publ., London, UK, 2001を参照されたい）。
投与経路は、例えば、局所もしくは皮膚適用、静脈内、腹腔内、大脳内、筋肉内、眼内、動脈内、脳脊髄内、病変内による注射もしくは輸注、または持続放出系もしくは埋込み体によるものであってもよい（例えば、Sidman et al., Biopolymers 22:547-556, 1983; Langer et al., J. Biomed. Mater. Res. 15:167-277, 1981; Langer, Chem. Tech. 12:98-105, 1982; Epstein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:3688-3692, 1985; Hwang et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4030-4034, 1980; 米国特許第６，３５０，４６６号明細書および第６，３１６，０２４号明細書を参照されたい）。必要に応じて、組成物はまた、可溶化剤または注射部位での疼痛を軽減するためのリドカインなどの局所麻酔剤、またはその両方を含んでもよい。さらに、例えば、吸入器または噴霧器、およびエアゾール化剤を含む製剤の使用により、肺投与を使用することもできる。例えば、米国特許第６，０１９，９６８号明細書、第５，９８５，３２０号明細書、第５，９８５，３０９号明細書、第５，９３４，２７２号明細書、第５，８７４，０６４号明細書、第５，８５５，９１３号明細書、第５，２９０，５４０号明細書、および第４，８８０，０７８号明細書；ならびにＰＣＴ国際公開第９２／１９２４４号パンフレット、第９７／３２５７２号パンフレット、第９７／４４０１３号パンフレット、第９８／３１３４６号パンフレット、および第９９／６６９０３号パンフレット（それぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。
本開示の組成物を、１または複数の当業界で公知の様々な方法を使用して、１または複数の投与経路により投与することもできる。当業者であれば理解できるように、投与の経路および／または様式は、所望の結果に応じて変化する。抗体のために選択される投与経路としては、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊髄または例えば、注射もしくは輸注による他の非経口投与経路が挙げられる。非経口投与は、通常は注射による、腸内投与および局所投与以外の投与様式であってよく、限定されるものではないが、静脈内、筋肉内、動脈内、鞘内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内、硬膜外および胸骨内注射および輸注が挙げられる。あるいは、本開示の組成物を、局所、表皮または粘膜投与経路などの非経口経路により、例えば、鼻内的、経口的、経膣的、直腸的、舌下的または局所的に投与することができる。一態様において、本開示の抗体は、輸注により投与される。別の態様において、抗体は皮下投与される。
本開示の抗体を制御放出系または持続放出系において投与する場合、ポンプを使用して制御放出または持続放出を達成することができる（Langer, supra; Sefton, CRC Crit. Ref Biomed. Eng. 14:20, 1987; Buchwald et al., Surgery 88:507, 1980; Saudek et al., N. Engl. J. Med. 321:574, 1989を参照されたい）。ポリマー材料を使用して、抗体の療法の制御放出または持続放出を達成することができる（例えば、Medical Applications of Controlled Release, Langer and Wise (eds.), CRC Pres., Boca Raton, Fla., 1974; Controlled Drug Bioavailability, Drug Product Design and Performance, Smolen and Ball (eds.), Wiley, New York, 1984; Ranger and Peppas, J. Macromol. Sci. Rev. Macromol. Chem. 23:61, 1983を参照されたい；また、Levy et al., Science 228:190, 1985; During et al., Ann. Neurol. 25:351, 1989; Howard et al., J. Neurosurg. 7 1:105, 1989; 米国特許第５，６７９，３７７号明細書；米国特許第５，９１６，５９７号明細書；米国特許第５，９１２，０１５号明細書；米国特許第５，９８９，４６３号明細書；米国特許第５，１２８，３２６号明細書；ＰＣＴ公開第９９／１５１５４号パンフレット；およびＰＣＴ国際公開第９９／２０２５３号パンフレットも参照されたい）。持続放出製剤において使用されるポリマーの例としては、限定されるものではないが、ポリ（２−ヒドロキシエチルメタクリレート）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（アクリル酸）、ポリ（エチレン−コ−ビニルアセテート）、ポリ（メタクリル酸）、ポリグリコリド（ＰＬＧ）、ポリ無水物、ポリ（Ｎ−ビニルピロリドン）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリアクリルアミド、ポリ（エチレングリコール）、ポリラクチド（ＰＬＡ）、ポリ（ラクチド−コ−グリコリド）（ＰＬＧＡ）、およびポリオルトエステルが挙げられる。一態様において、持続放出製剤において使用されるポリマーは、不活性であり、浸出性不純物を含まず、保存時に安定であり、無菌であり、および生分解性である。制御放出系または持続放出系を、予防または治療標的の近くに置き、かくして、全身用量のほんの一部のみを要するようにすることができる（例えば、Goodson, in Medical Applications of Controlled Release, supra, vol. 2, pp. 115-138, 1984を参照されたい）。
制御放出系は、Langer, Science 249:1527-1533, 1990による概説で考察されている。当業者には公知の任意の技術を使用して、本開示の１または複数の抗体を含む持続放出製剤を生成することができる。例えば、米国特許第４，５２６，９３８号明細書、ＰＣＴ国際公開第９１／０５５４８号パンフレット、ＰＣＴ国際公開第９６／２０６９８号パンフレット、Ning et al., Radiotherapy & Oncology 39:179-189, 1996；Song et al., PDA Journal of Pharmaceutical Science & Technology 50:372-397, 1995；Cleek et al., Pro. Int'l. Symp. Control. Rel. Bioact. Mater. 24:853-854, 1997；およびLam et al., Proc. Int'l. Symp. Control Rel. Bioact. Mater. 24:759-760, 1997（それぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照されたい。
本開示の抗体を局所投与する場合、それらを軟膏、クリーム、経皮パッチ、ローション、ゲル、スプレー、エアゾール、溶液、乳濁液の形態、または当業者には周知の他の形態で製剤化することができる。例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences and Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, 19th ed., Mack Pub. Co., Easton, Pa. (1995)を参照されたい。非スプレー可能局所剤形については、局所適用と適合する担体または１もしくは複数の賦形剤を含み、いくつかの場合、水よりも高い動的粘度を有する粘性から半固体または固体の形態が典型的に使用される。好適な製剤としては、限定されるものではないが、必要に応じて、滅菌されるか、または例えば、浸透圧などの様々な特性に影響を及ぼすための補助剤（例えば、保存剤、安定化剤、湿潤剤、バッファー、もしくは塩）と混合される、溶液剤、懸濁液剤、乳濁液剤、クリーム剤、軟膏剤、散剤、リミネント剤、蝋膏剤などが挙げられる。他の好適な局所剤形としては、いくつかの場合、固体または液体の不活性担体と組み合わせた活性成分が、加圧された揮発性物質（例えば、フレオンなどの気体噴射剤）との混合物中、またはスクイーズボトル中に充填される、スプレー可能なエアゾール調製物が挙げられる。必要に応じて、モイスチャライザーまたは保湿剤を医薬組成物および剤形に添加することもできる。そのような追加の成分の例は、当業界で周知である。
抗体を含む組成物を鼻内投与する場合、それをエアゾール形態、スプレー、ミストまたは液滴の形態で製剤化することができる。特に、本開示による使用のための予防剤または治療剤を、好適な噴射剤（例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素または他の好適な気体）の使用と共に、加圧パックまたは噴霧器からのエアゾールスプレー提示物の形態で都合良く送達することができる。加圧エアゾールの場合、一定量を送達するためのバルブを提供することにより、用量単位を決定することができる。化合物と、ラクトースまたはデンプンなどの好適な粉末基剤との粉末混合物を含有する、吸入器または散布器における使用のためのカプセルおよびカートリッジ（例えば、ゼラチンから構成される）を製剤化することができる。
第２の治療剤、例えば、免疫抑制剤、サイトカイン、ステロイド、化学療法剤、抗生物質、または放射線療法との同時投与または処置のための方法は、当業界で公知である（例えば、Hardman et al., (eds.) (2001) Goodman and Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics, 10th ed., McGraw-Hill, New York, N.Y.; Poole and Peterson (eds.) (2001) Pharmacotherapeutics for Advanced Practice:A Practical Approach, Lippincott, Williams & Wilkins, Phila., Pa.; Chabner and Longo (eds.) (2001) Cancer Chemotherapy and Biotherapy, Lippincott, Williams & Wilkins, Phila., Pa.を参照されたい）。治療剤の有効量は、症状を少なくとも１０％；少なくとも２０％；少なくとも約３０％；少なくとも４０％、または少なくとも５０％減少させることができる。
抗ＶＰ１抗体と共に投与することができるさらなる療法（例えば、予防剤または治療剤）を、本開示の抗ＶＰ１抗体から５分未満空けて、３０分未満空けて、１時間空けて、約１時間空けて、約１〜約２時間空けて、約２時間〜約３時間空けて、約３時間〜約４時間空けて、約４時間〜約５時間空けて、約５時間〜約６時間空けて、約６時間〜約７時間空けて、約７時間〜約８時間空けて、約８時間〜約９時間空けて、約９時間〜約１０時間空けて、約１０時間〜約１１時間空けて、約１１時間〜約１２時間空けて、約１２時間〜約１８時間空けて、１８時間〜２４時間空けて、２４時間〜３６時間空けて、３６時間〜４８時間空けて、４８時間〜５２時間空けて、５２時間〜６０時間空けて、６０時間〜７２時間空けて、７２時間〜８４時間空けて、８４時間〜９６時間空けて、または９６時間〜１２０時間空けて投与することができる。２つ以上の療法を、１回の同じ患者訪問のうちに投与してもよい。
ある特定の態様では、抗ＶＰ１抗体を、ｉｎ ｖｉｖｏでの適切な分布を確保するように製剤化することができる。例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）は多くの高親水性化合物を排除する。抗ＶＰ１抗体がＢＢＢを通過することを確保するために（必要に応じて）、それらを、例えば、リポソーム中で製剤化することができる。リポソームを製造する方法については、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号明細書；第５，３７４，５４８号明細書；および第５，３９９，３３１号明細書を参照されたい。リポソームは、特定の細胞または臓器中に選択的に輸送される１または複数の部分を含み、かくして、標的化薬物送達を増強してもよい（例えば、Ranade, (1989) J. Clin. Pharmacol. 29:685を参照されたい）。標的化部分の例としては、葉酸またはビオチン（例えば、Low et al.の米国特許第５，４１６，０１６号明細書を参照されたい）；マンノシド（Umezawa et al., (1988) Biochem. Biophys. Res. Commun. 153:1038）；抗体（Bloeman et al., (1995) FEBS Lett. 357:140; Owais et al., (1995) Antimicrob. Agents Chemother. 39:180）；界面活性プロテインＡ受容体（Briscoe et al., (1995) Am. J. Physiol. 1233:134）；ｐ１２０（Schreier et al, (1994) J. Biol. Chem. 269:9090）が挙げられ、K. Keinanen; M. L. Laukkanen (1994) FEBS Lett. 346:123; J. J. Killion; I. J. Fidler (1994) Immunomethods 4:273も参照されたい。
本開示は、単独で、または他の療法と組み合わせた抗体を含む医薬組成物を、それを必要とする対象に投与するためのプロトコールを提供する。組合せ療法（例えば、予防剤または治療剤）を、同時的または連続的に対象に投与することができる。組合せ療法の療法（例えば、予防剤または治療剤）を、周期的に投与することもできる。周期的療法は、療法（例えば、薬剤）の１つに対する耐性の発生を軽減するため、療法（例えば、薬剤）の１つの副作用を回避もしくは軽減する、および／または療法の効能を改善するための、一定期間、第１の療法（例えば、第１の予防剤または治療剤）の投与、次いで、一定期間、第２の療法（例えば、第２の予防剤または治療剤）の投与、およびこの連続的投与の反復、すなわち、周期を含む。
本開示の組合せ療法の療法（例えば、予防剤または治療剤）を、対象に同時に投与することができる。用語「同時に」は、正確に同時の療法（例えば、予防剤または治療剤）の投与に限定されないが、むしろ、抗体またはその断片を含む医薬組成物が対象に連続して、および抗体が他の療法（複数可）と一緒に作用して、それらを別途投与した場合よりも増大した利益を提供し得るような時間間隔で投与されることを意味する。例えば、それぞれの療法を同時に、または異なる時点で任意の順序で連続的に投与することができる；しかしながら、同時に投与しない場合、それらを十分に近い時間で投与して、所望の治療または予防効果を提供するべきである。それぞれの療法を、任意の適切な形態で、および任意の好適な経路により、別々に対象に投与することができる。様々な態様において、療法（例えば、予防剤または治療剤）を、１５分未満空けて、３０分未満空けて、１時間未満空けて、約１時間空けて、約１〜約２時間空けて、約２時間〜約３時間空けて、約３時間〜約４時間空けて、約４時間〜約５時間空けて、約５時間〜約６時間空けて、約６時間〜約７時間空けて、約７時間〜約８時間空けて、約８時間〜約９時間空けて、約９時間〜約１０時間空けて、約１０時間〜約１１時間空けて、約１１時間〜約１２時間空けて、２４時間空けて、４８時間空けて、７２時間空けて、または１週間空けて対象に投与する。他の態様において、２以上の療法（例えば、予防剤または治療剤）を、同じ患者訪問のうちに投与する。
組合せ療法の予防剤または治療剤を、同じ医薬組成物中で対象に投与することができる。あるいは、組合せ療法の予防剤または治療剤を、別々の医薬組成物中、対象に同時に投与することができる。予防剤または治療剤を、同じか、または異なる投与経路により対象に投与してもよい。
実施例１：抗ＶＰ１抗体の生成
抗ＶＰ１抗体を発現するＢ細胞を溶解し、ＶＨ（重）およびＶＬ（軽）鎖をＲＴ−ＰＣＲによって配列決定し、分析して、重要な翻訳後改変（ＰＴＭ）部位を同定した。次いで、ＶＨおよびＶＬ鎖のプラスミドを、完全なＩｇＧ１抗体の発現のためのＩｇＧ１骨格ベクター中、ＣＨＯ哺乳動物細胞株中にトランスフェクトした。
ハイブリドーマ技術を使用するモノクローナル抗体の生成のための方法は、当業界で公知である（Antibody Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology vol. 901, 2012, Chapter 7: 117）。簡単に述べると、様々な初回−追加戦略、免疫原の用量、およびアジュバント（限定されるものではないが、ＦｒｅｕｎｄのアジュバントおよびＭＦ５９アジュバントを含む）を使用して、メスのＢａｌｂ／ｃマウスを、ＢＫＶ血清型Ｉ、血清型ＩＶ、およびＪＣＶに由来するＶＬＰで免疫した（個別に、または組み合わせて）。上手く融合した（増殖している）ハイブリドーマの上清を、ＥＬＩＳＡによって抗ＶＰ１抗体の存在についてスクリーニングした後、中和アッセイにおいて機能的活性についてスクリーニングした。選択されたマウスＩｇＧに由来するＣＤＲを、ヒトフレームワークアクセプター鋳型上に移植することによってヒト化し、哺乳動物ＩｇＧ１骨格発現ベクター中にクローニングし、完全なＩｇＧ１抗体の発現のためにＣＨＯ哺乳動物細胞株中にトランスフェクトした。
ファージディスプレイ技術を使用するモノクローナル抗体の生成のための方法は、当業界で公知である（Antibody Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology vol. 901, 2012, Chapter 3: 33）。簡単に述べると、Ｖκを有するｓｃＦｖ形式のヒトＢ細胞抗体ライブラリーを、増大するストリンジェンシーで３ラウンドの選択にわたって、ビオチン化されたＢＫＶ血清型ＩＶのＶＬＰと複合体化したストレプトアビジン結合磁気ビーズを用いる溶液パンニングによって抗ＶＰ１抗体についてスクリーニングした。単離物をｓｃＦｖとして最初に発現させ、ＥＬＩＳＡによってＢＫＶ血清型ＩＶのＶＬＰと五量体の両方への結合についてスクリーニングした。次いで、選択された単離物をクローニングし、ＩｇＧ１として発現させ、ＥＬＩＳＡによってＶＰ１（血清型ＩおよびＩＶ）への結合について、および中和アッセイにおいて機能的活性について再分析し、完全なＩｇＧ１抗体の発現のためにＣＨＯ哺乳動物細胞株中にトランスフェクトした。
抗ＶＰ１抗体の概要を表３に提供する。
実施例２：抗ＶＰ１抗体の親和性成熟
抗ＶＰ１抗体を、変異性ＰＣＲまたはＣＤＲ特異的突然変異誘発によって酵母中で親和性成熟させた。ＢＫＶの４種の血清型のそれぞれに由来するＶＰ１タンパク質（表４に示される）を、ＦＡＣＳ分析によって最大３ラウンドの選択における抗原として使用した。次いで、ＦＡＣＳ分析によってＶＰ１への結合親和性が増強されたＶＨ（重）鎖および／またはＶＬ（軽）鎖を、哺乳動物ＩｇＧ１骨格発現ベクター中にクローニングし、完全なＩｇＧ１抗体の発現のためにＣＨＯ哺乳動物細胞株中にトランスフェクトした。
実施例３：ＢＫウイルスおよびウイルス様粒子（ＶＬＰ）の生成
ＢＫＶ血清型Ｉのゲノムクローンを、ＡＴＣＣ（ｐＢＲ３２２−ＢＫＶ ＭＭ、カタログ番号４５０２６；ｐＢＲ３２２−ＢＫＶ Ｄｕｎｌｏｐ、カタログ番号４５０２５）から取得した。血清型ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶのキメラウイルスの感染性ゲノムクローンを、以前に記載されたクローニング戦略（Broekema et al, Virology 2010 407:368-373）を使用して生成した。簡単に述べると、ユニークな制限部位（ＳａｃＩＩ、ＰｍｌＩ）を、部位特異的突然変異誘発を使用して、ＶＰ１−ＶＰ２−ＶＰ３コード領域にフランキングするＢＫＶ血清型Ｉゲノム中に導入した。血清型ＩＩの単離物ＳＢ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＣＡＡ７９５９６．１）、血清型ＩＩＩの単離物ＡＳ（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＡＡ４６８８２．１）および血清型ＩＶの株ＩＴＡ−４（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＡＦ７５１３２）に由来するＶＰ１のコード領域を、合成される断片がBroekema et al.,上掲に記載されたスワップ組合せのために使用されるＳａｃＩＩ−ＰｍｌＩ領域を包含するように、血清型Ｉの単離物（Ｇｅｎｅｗｉｚ、Ｌａ Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）からＶＰ２／ＶＰ３コード領域の文脈で合成した。次いで、得られるキメラゲノムクローンを使用して、以前に記載されたように（Abend et al, J. Virology 2007 81:272-279）、一次腎臓近位尿細管上皮（ＲＰＴＥ）細胞（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＰＣＳ−４００−０１０）中で高力価感染性ウイルスストックを生成した。
４種のＢＫＶ血清型のそれぞれを代表するＶＬＰを、Ｓf９昆虫細胞中でのＶＰ１の発現によって生成し、マイクロチップ超音波処理（３ｘ４５秒パルス、パルス間、氷上で５ｍｉｎ休止）、２０％スクロースクッションを介してＶＬＰをペレット化させることによる単離（１１６，０００ｇで２．５時間）、および５ｍｌのＧＥ ＨｉＴｒａｐ Ｑ ＨＰカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ、ＰＡ）を用いる陰イオン交換による精製によって１Ｌ培養物に由来する凍結細胞ペレットから抽出した後、１０ｍｌのＣａｐｔｏ（商標）Ｃｏｒｅ７００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ、ＰＡ）樹脂に基づくサイズ排除カラムを使用して精製し、最後にＧＥ Ｓｅｐｈａｃｒｙｌ Ｓ５００ ２６／６０（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ、ＰＡ）サイズ排除カラム上で精製した。調製されたＶＬＰを、実施例６および７でＥＬＩＳＡおよびＳＰＲに基づく結合アッセイにおいて使用した。
実施例４：ＢＫＶ ＶＰ１五量体の精製
ＢＫＶの４種の血清型のそれぞれに由来するＶＰ１タンパク質（以下の表５に示される配列）を、Ｎ末端ＧＳＴ−６ｘＨｉｓ−ＴＥＶ配列を用いてクローニングし、ｐＧＥＸ目的ベクター（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ、ＰＡ）中にサブクローニングした。ＧＳＴ融合タンパク質を大腸菌（E.coli）中で発現させ、マイクロフルイダイザー（１５，０００ＰＳＩ）を使用して細胞ペレットから抽出し、２０ｍｌのニッケルセファロース６ Ｆａｓｔ Ｆｌｏｗカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ、ＰＡ）を使用して固定化金属イオンアフィニティクロマトグラフィー（ＩＭＡＣ）により精製した。ＧＳＴ−６ｘＨｉｓ−ＴＥＶタグを、ＴＥＶプロテアーゼと一晩インキュベートすることによって切断し、５ｍｌのＨｉｓ−Ｔｒａｐ Ｆａｓｔ Ｆｌｏｗカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ、ＰＡ）、次いで、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ２００ ２６／６０サイズ排除カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ、ＰＡ）を使用して最後の精製を実施した。
実施例５：抗ＶＰ１抗体の親和性測定（ＳＥＴアッセイ）
溶液平衡滴定（ＳＥＴ）アッセイを使用して、抗体と４種全部の血清型に由来するＢＫＶ ＶＰ１五量体との相互作用親和性（ＫＤ）を決定した。抗体を、１ｐＭ濃度（一定）でアッセイし、ＶＰ１五量体を１０ｎＭの出発濃度から連続希釈した。抗体：ＶＰ１五量体溶液を一晩インキュベートした後、ＶＰ１五量体で被覆されたＭＳＤアレイプレート（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ、カタログ番号Ｌ２１ＸＡ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ ＭＤ）を使用して未結合の抗体についてアッセイした。プロットを１：１の適合モデルと適合させることによって、ＫＤを決定した（Piehler et al. J. Immunol. Methods. 1997; 201(2):189-206による）。
ＳＥＴアッセイでは、ＫＤ値は、０．９〜５．０ｐＭの範囲であり、ＢＫＶ血清型Ｉ五量体への抗ＶＰ１抗体の結合と類似していた。Ｐ８Ｄ１１およびＰ８Ｄ１１の誘導体は、ＢＫＶ血清型ＩＩ、ＩＩＩ、およびＩＶの五量体への結合について同等のＫＤ値を有し、他の抗体と比較した場合、血清型ＩＩの五量体に対しては少なくとも３．５倍高い親和性を有し、血清型ＩＶの五量体に対しては４７倍高い親和性を有していた。これを、図１Ａ〜１Ｄに示す。さらに、Ｐ８Ｄ１１およびＰ８Ｄ１１の誘導体は、血清型ＩＩＩの五量体に対する２．５〜６．０ｐＭの範囲の結合親和性を示したが、他の抗体は、試験した条件内で血清型ＩＩＩの五量体に検出可能に結合しなかった。これらの抗ＶＰ１抗体に関するＳＥＴ親和性データの概要は、図２に見出される。
実施例６：ＶＰ１五量体およびＶＬＰへの抗ＶＰ１抗体の結合（ＥＬＩＳＡ）
ＶＰ１五量体およびＶＬＰへの抗ＶＰ１抗体の結合を、ＥＬＩＳＡによって分析した。簡単に述べると、Ｉｍｍｕｌｏｎ ２ＨＢプレート（ＶＷＲ、６２４０２−９７２）を、１００ｎｇ／ウェルのＢＫＶ ＶＬＰまたはＶＰ１五量体で一晩被覆した。抗体を、０．５％ＢＳＡを含むＰＢＳ中で連続希釈し、抗原で被覆されたプレートに２ｈ結合させた。プレートをＰＢＳで洗浄した後、ＰＢＳ中の０．５％ＢＳＡ中に１：６０００に希釈された二次抗体（ＨＲＰコンジュゲート化ウサギ抗体ヒトＩｇＧ、Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｂｉｏｔｅｃｈカタログ番号６１４０−０５）と共にインキュベートした。プレートをＰＢＳで洗浄し、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）マイクロウェルペルオキシダーゼ基質（ＫＰＬ、５２−００−０３ １Ｌ）を使用して、反応を起こさせた。
抗ＶＰ１抗体ＥＢＢ−Ｃ１９７５−Ａ３、Ａ７、Ｅ７およびＢ５は、ＢＫＶ血清型ＩＶに由来するＶＬＰ（０．０４４〜０．１ｎＭの範囲のＩＣ５０）またはＶＰ１五量体（０．０２６〜０．０７８ｎＭの範囲のＩＣ５０）への類似する結合を示したが、血清型ＩのＶＬＰへの低下した、より変動する結合活性を示した（４．３２〜８５．７ｎＭの範囲のＩＣ５０）。このデータを、図４〜６に図示し、図７にまとめる。対照的に、２０８１および２０７５シリーズに由来する抗ＶＰ１抗体は、血清型ＩのＶＬＰに対する増強された結合活性を示し、そのＩＣ５０は０．０４６〜０．２６７ｎＭの範囲であり、このデータを、図８および９に示す。２０７７シリーズのＪＣＶ特異的抗ＶＰ１抗体は、０．０３４〜０．６５１ｎＭの範囲のＪＣＶ ＶＬＰに対する結合活性を示し、このデータを図１０および１１に提供する。
実施例７：ＳＰＲによるＶＰ１五量体およびＶＬＰへの抗ＶＰ１抗体の結合
ＶＰ１五量体およびＶＬＰへの抗ＶＰ１抗体の結合を、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって分析した。簡単に述べると、ビオチン化されたプロテインＡを、ストレプトアビジン被覆ＳＰＲチップ表面上に固定し、プロテインＡへの結合により、得られる表面上に抗ＶＰ１抗体を捕捉する。次いで、ＢＫＶ ＶＰ１五量体またはＶＬＰを表面上に流し、結合段階中に抗ＶＰ１抗体に結合させた後、解離段階中にバッファー洗浄する。
ＳＰＲを使用して、陽性対照（Ｐ１６５Ｅ２）と比較した、ＢＫＶの４種の血清型への抗ＶＰ１抗体ＥＢＢ−Ｃ１９７５−Ａ３、Ａ７、Ｅ７、およびＢ５の結合を評価した。４種の抗体は全て、ＶＰ１五量体に対する非常に類似する結合プロファイルを有していた：血清型ＩおよびＩＩＩの五量体には結合しない、血清型ＩＩの五量体に対する非定型的結合（大きいバルクシフトおよびベースラインへの復帰なし）、およびＰ１６５Ｅ２と類似するが、より低い親和性で血清型ＩＶの五量体に結合する（図３Ａ、３Ｃおよび３Ｅ）。ＶＬＰについては、ＥＢＢ−Ｃ１９７５−Ａ３、Ａ７、およびＥ７は、類似する結合プロファイルを共有していた：血清型ＩのＶＬＰへの非定型的結合および血清型ＩＩＩのＶＬＰに結合しない。しかしながら、ＥＢＢ−Ｃ１９７５−Ｂ５の結合プロファイルは、血清型ＩおよびＩＩＩのＶＬＰへの有意な結合と異なっていたが、ＶＰ１上の異なるエピトープへの結合を示している（図３Ｂおよび３Ｄ）。
また、ＳＰＲを使用して、走査アラニン突然変異誘発により、ＶＰ１五量体への抗ＶＰ１抗体Ｐ１６５Ｅ２、ＮＥＧ４４７、Ｐ７Ｇ１１Ａ、およびＰ８Ｄ１１の結合を特徴付けた（図１３Ａ〜Ｆおよび図１４）。全ての抗ＶＰ１抗体が、ＶＰ１五量体構造に対する突然変異の全体的影響のため、Ｆ６６ＡおよびＩ１４５Ａ ＶＰ１突然変異体への結合の低下を示した（図１３Ｂおよび１３Ｆ）。さらに、Ｋ６９ＡおよびＥ８２Ａは、Ｐ１６５Ｅ２、ＮＥＧ４４７、およびＰ７Ｇ１１Ａの結合に影響した（図１３Ｄおよび１３Ｅ）。
実施例８：抗ＶＰ１抗体は立体状エピトープに結合する
抗ＶＰ１抗体が立体状エピトープに結合するかどうかを決定するために、ＳＤＳ−ＰＡＧＥによる変性タンパク質のウェスタンブロットおよび天然コンフォメーションにあるタンパク質のドットブロットを使用した。簡単に述べると、ＢＫＶ血清型ＩまたはＩＶのＶＰ１五量体をＳＤＳ−ＰＡＧＥ上で泳動し、ニトロセルロース膜に転写する（ウェスタンブロット）か、またはニトロセルロース膜上に直接スポットした（ドットブロット）。両方の膜を、抗ＶＰ１抗体、次いで、Ｌｉｃｏｒ Ｏｄｙｓｓｅｙシステムを使用する検出のための赤外蛍光染料にコンジュゲートされた抗ヒトＩｇＧ二次抗体と共にインキュベートした。
線状エピトープを認識することが知られる商業的に入手可能な陽性対照抗体（Ａｂｃａｍ ５３９７７）は、変性および非変性ＶＰ１の両方を検出した。しかしながら、Ｐ１６５Ｅ２、Ｐ７Ｇ１１およびＰ８Ｄ１１は、ウェスタンブロット上では変性ＶＰ１を検出することができず、ドットブロット上では天然のＶＰ１のみを認識したが、これは、これらの抗体がＶＰ１の立体状（非線状）エピトープに結合することを示している（図１２Ａおよび１２Ｂ）。
抗ＶＰ１抗体のエピトープをさらに特徴付けるために、主にビリオン表面上に曝露されることが知られるＶＰ１ ＢＣループ中の、細胞表面受容体のための主要な相互作用部位内にある残基について、走査アラニン突然変異誘発を実施した。これらの突然変異体ＶＰ１五量体を、実施例７に上記された表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）試験においてＰ８Ｄ１１およびＰ７Ｇ１１Ａへの結合についてアッセイした。いくつかの位置での突然変異は、Ｐ７Ｇ１１Ａの結合に影響した（Ｆ６６Ａ、Ｋ６９Ａ、Ｅ８２Ａ、Ｉ１４５Ａ）（図１３Ａ〜Ｆおよび図１４）。しかしながら、ただ２つだけの部位での突然変異が、Ｐ８Ｄ１１結合の低下をもたらした（Ｆ６６Ａ、Ｉ１４５Ａ）（図１４）。Ｆ６６およびＩ１４５での突然変異は試験した全ての抗体の結合の喪失をもたらしたため、いずれか１つの理論によって束縛されるものではないが、これらの突然変異はＶＰ１五量体構造の全体的な破壊をもたらすと考えられる。試験したＢＣループ突然変異を有する他の全てのＶＰ１五量体は、Ｐ８Ｄ１１結合を保持した。対照的に、水素−重水素交換試験により、Ｐ８Ｄ１１ Ｆａｂ断片の結合の際のＶＰ１のＥＦループ内の保護された領域が同定された。フォローアップ走査アラニン突然変異誘発試験により、この領域内のＰ８Ｄ１１結合のための重要な接触残基がＹ１６９、Ｒ１７０およびＫ１７２を含み、Ｄ／Ｅ１７５、Ｋ１８１、Ｎ１８２、Ｔ１８４およびＱ１８６からＭ１９０までが、重水素交換によって決定される重要な残基であることが確認される（（ＹＲＸＫＸＸ（Ｄ／Ｅ）ＸＸＸＸＸＫＮＸＴＸＱ）（配列番号５００））。これは、実施例１４〜実施例１７にさらに記載される。
実施例９：抗ＶＰ１抗体によるＢＫウイルスの中和
感染性ＢＫＶ血清型Ｉならびに血清型ＩＩ、ＩＩＩおよびＩＶを代表するキメラウイルスを、精製抗体と共に１時間予備インキュベートして、結合および中和を可能にした。次いで、一次腎臓近位尿細管上皮（ＲＰＴＥ）細胞（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＰＣＳ−４００−０１０）をウイルス−抗体混合物に４時間曝露し、新鮮な培地と交換し、４８時間インキュベートして、ウイルス進入および遺伝子発現を可能にした。細胞を４％パラホルムアルデヒドで固定し、免疫蛍光によって分析して、ＴＡｇ発現を検出した（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ ＤＰ０２、ｐＡｂ４１６マウス抗ＳＶ４０ ＴＡｇ抗体）。Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ ＡｒｒａｙＳｃａｎ（登録商標）ＶＴＩ ＨＣＳ Ｒｅａｄｅｒを使用する高含量画像分析によって免疫蛍光を分析して、ＢＫＶ感染細胞（ＴＡｇ陽性、ＤＡＰ１陽性）のパーセントを定量し、そのデータを、未処置対照ウェルと比較した感染の阻害パーセントとして提示した。
図１５〜２３に示されるように、ＢＫＶの４種全部の血清型（Ｉ〜ＩＶ）による感染を中和する抗体のサブセットを含む、抗ＶＰ１抗体は、ＢＫＶによる感染を中和した。これらの抗ＶＰ１抗体は、Ｐ８Ｄ１１、Ｐ８Ｄ１１の改変、およびＥＢＢ−Ｃ１９７５−Ｂ５を特に含む。
実施例１０：抗ＶＰ１ウイルス抗体によるＪＣウイルスの中和
感染性ＪＣＶ単離物Ｍａｄ−１およびＭａｄ−４は、同一のＶＰ１配列を有する（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿０４３５１１）。これらのＪＣＶ単離物を、精製抗体と共に１時間予備インキュベートして、結合および中和を可能にした。次いで、ＣＯＳ７細胞（ＳＶ４０ ＴＡｇを発現するアフリカミドリザル腎臓線維芽細胞様細胞株、ＡＴＣＣカタログ番号ＣＲＬ−１６５１）を、ウイルス−抗体混合物に４時間曝露し、新鮮な培地と交換し、７２時間インキュベートして、ウイルス進入および遺伝子発現を可能にした。細胞を４％パラホルムアルデヒドで固定し、免疫蛍光によって分析して、ＪＣＶ ＶＰ１発現を検出した（Ａｂｃａｍ ５３９７７、ウサギポリクローナル抗ＳＶ４０ ＶＰ１抗体）。Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ ＡｒｒａｙＳｃａｎ（登録商標）ＶＴＩ ＨＣＳ Ｒｅａｄｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ、Ｗａｌｔｈａｍ ＭＡ）を使用する高含量画像分析によってアッセイを分析して、ＪＣＶ感染細胞（ＶＰ１陽性、ＤＡＰ１陽性）のパーセントを定量し、そのデータを、未処置対照ウェルと比較した感染の阻害パーセントとして提示した。図２４〜２６に示されるように、Ｐ８Ｄ１１および２０７７シリーズの抗体を含む、抗ＶＰ１抗体のサブセットは、ＪＣＶによる感染を中和する。
実施例１１：ウイルス耐性
Ｐ８Ｄ１１抗体を用いる耐性選択実験を、ＢＫＶ血清型Ｉまたは血清型ＩＶを感染させた腎臓近位尿細管上皮（ＲＰＴＥ）細胞培養物中で実行した。血清型Ｉの試験では、６回の継代（８４日）でＰ８Ｄ１１を含む培養物中でウイルスの急上昇は観察されず、かくして、耐性関連バリアント（ＲＡＶ）は同定されなかった。ウイルスを検出することができなかったため、この時点を超えてさらなる継代は行わなかった。対照的に、別の抗体に関しては、継代３（４２日目）でウイルスの急上昇が検出された。これらの培養物からのＢＫＶ ＶＰ１の配列決定により、ＶＰ１を通して２０個のアミノ酸変化を有する耐性関連バリアント（ＲＡＶ）が同定されたが、ＶＰ１配列中の特定のアミノ酸の周囲のクラスターに変化はなかった。このプールされたＲＡＶウイルスのその後の表現型特性評価により、野生型ウイルスと比較した場合、中和活性の完全な喪失（ＥＣ５０の７，６９２倍を超えるシフト）が示されたが、Ｐ８Ｄ１１のＥＣ５０の変化はわずかであった（３．９倍）。さらに、ＶＰ１突然変異体Ｅ８２Ｋが、別の抗ＶＰ１抗体を用いる選択中にＲＡＶとして同定され（実施例８を参照）、クローニングされたＥ８２Ｋ突然変異体ウイルスの特性評価により、このバリアントが野生型ウイルスと比較した場合、ＥＣ５０の１５，８８０倍のシフトを提供することが示されたが、Ｐ８Ｄ１１に対する交差耐性は示されなかった。
同様に、ＢＫＶ血清型ＩＶの培養物中では、６回の継代（８４日）後にＰ８Ｄ１１に関して耐性は検出されなかった。再度、ウイルスを検出することができなかったため、この時点を超えてさらなる継代は行わなかった。しかしながら、異なる抗ＢＫ抗体に対する耐性は、早くも継代１（１４日）に選択された。参照からの変化の突然変異としてアミノ酸Ｌ６８ＲおよびＥ７３Ｋの変化が同定され、それぞれ、ＥＣ５０値の６００倍および２２７倍のシフトを提供したが、Ｐ８Ｄ１１に対する交差耐性を示さなかった。まとめると、Ｐ８Ｄ１１は、高い耐性に対する障壁を有し、血清型ＩとＩＶの両方の耐性バリアントに対する中和活性を維持する。
実施例１２：毒性
ＶＰ１は、細胞表面上に発現されない外因性の非ヒト標的であるため、本明細書に開示される抗ＶＰ１抗体は、ヒトにおける毒性のリスクが低い。ＴＣＲ試験により、Ｐ８Ｄ１１による４２のヒト組織および血液スメアの染色がないことが示されたが、ヒトタンパク質との抗ＶＰ１抗体の交差反応性がないことを支持している。抗ＶＰ１抗体は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで抗体依存的細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を示さなかったが、これは、ＶＰ１タンパク質が宿主細胞表面上で発現されないという事実と一致している。
実施例１３：ＪＣＶ ＶＬＰに関するＰ８Ｄ１１のＳＥＴ親和性アッセイ
進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）は、ＪＣウイルスによる免疫不全患者の脳の稀だが致死性であることが多い感染である。ＪＣウイルスの主要キャプシドタンパク質（ＶＰ１）は、宿主細胞の表面上のシアル酸受容体への結合に関与する。アミノ酸Ｌ５５およびＳ２６９などの、ＶＰ１のある特定の突然変異は、シアル酸認識を無効化し、ＰＭＬの発病において役割を果たす（Chen et al., mAbs 2015; 7(4), 681-692）。これらの２つの突然変異は、ＰＭＬ患者において頻繁に生じる（Gorelik et al., J.Infect. Dis. 2011 204:103-114およびReid et al., J. Infect. Dis. 2011; 204:237-244）。本開示の抗体を試験して、それらが、これらの位置に突然変異を有する突然変異したＪＣＶ ＶＬＰに結合するかどうかを見た。これらのＶＬＰへの抗ＶＰ１抗体の結合は、これらの共通のＶＰ１突然変異を担持するＪＣウイルスが療法に対して耐性ではないことを示している。
ＶＬＰの２つの系列の２２倍連続希釈液を、試料バッファー中で調製した。２つの一定濃度のＰ８Ｄ１１抗体を添加した。使用したＰ８Ｄ１１抗体の濃度は、９ｎＭまたは１ｐＭのいずれかであった。ＪＣＶコンセンサスの濃度範囲は、１０５μｇ／ｍｌ〜７２ｐｇ／ｍｌであった。ＪＣＶ Ｌ５５Ｆ突然変異体の濃度範囲は、３００μｇ／ｍｌ〜１４３ｐｇ／ｍｌであった。ＪＣＶ Ｓ２６９Ｆ突然変異体の濃度範囲は、３００μｇ／ｍｌ〜１４３ｐｇ／ｍｌであった。６０μｌの容量のそれぞれのＶＬＰ：抗体混合物を、３８４ウェルのポリプロピレンマイクロタイタープレート（ＰＰ ＭＴＰ）に２回分配した。試料バッファーは陰性対照として作用し、抗原を含有しない試料は陽性対照として作用した（Ｂｍａｘ）。プレートを密封し、室温（ＲＴ）で一晩（ｏ／ｎ）インキュベートした。３８４ウェルの標準ＭＳＤアレイプレートを、２および０．００２μｇ／ｍｌのＢＫＶ−ＶＰ１血清型Ｉ五量体タンパク質でｏ／ｎ被覆した。５０μｌ／ウェルの洗浄バッファーで３回洗浄した後、プレートを、ＲＴで１時間、５０μｌ／ウェルのブロッキングバッファーでブロッキングした。洗浄した後、３０μｌ／ウェル容量のそれぞれのＶＬＰ：抗体混合物を、ＰＰ ＭＴＰから被覆されたＭＳＤプレートに移し、ＲＴで２０ｍｉｎインキュベートした。さらなる洗浄ステップの後、試料バッファー中の３０μｌの検出抗体（１：２０００希釈）を各ウェルに添加し、ＲＴで３０ｍｉｎインキュベートした。ＭＳＤプレートを洗浄し、３５μｌ／ウェルの読取りバッファーを添加し、５ｍｉｎインキュベートした。ＭＳＤ ＳＥＣＴＯＲ Ｉｍａｇｅｒ ６０００を用いて、ＥＣＬシグナルを測定した。
使用した試薬は、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）（ＶＷＲカタログ番号４２２３５１Ｓ）、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）１０ｘ（Ｔｅｋｎｏｖａカタログ番号Ｐ０１９５）、ＭＳＤ Ｒｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒ Ｔ ４ｘ（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙカタログ番号Ｒ９２ＴＣ−１）、Ｔｒｉｓ緩衝生理食塩水（ＴＢＳ）２０ｘ（Ｔｅｋｎｏｖａカタログ番号Ｔ１６８０）、Ｔｗｅｅｎ−２０（ＶＷＲカタログ番号４３７０８２Ｑ）であった。使用したバッファーは、ブロッキングバッファー：１ｘＰＢＳ＋５％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ、被覆バッファー：１ｘＰＢＳ、試料バッファー：１ｘＰＢＳ＋０．５％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ＋０．０２％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０、洗浄バッファー：１ｘＴＢＳ＋０．０５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ−２０および読取りバッファー：１ｘＭＳＤ Ｒｅａｄ Ｂｕｆｆｅｒであった。
溶液平衡滴定（ＳＥＴ）アッセイを使用して、実施例５に記載のようにＰ８Ｄ１１とＪＣＶ ＶＬＰとの相互作用親和性（ＫＤ）を決定した。Ｐ８Ｄ１１抗体を、９ｎＭまたは１ｐＭの濃度（一定）でアッセイし、ＪＣＶ ＶＬＰを以下のように連続希釈した：コンセンサスＶＬＰは１０５μｇ／ｍｌ〜７２ｐｇ／ｍｌの範囲であり、Ｌ５５ＦおよびＳ２６９Ｆ突然変異体ＶＬＰは両方とも３００μｇ／ｍｌ〜１４３ｐｇ／ｍｌの範囲であった。抗体：ＶＰ１五量体溶液を一晩インキュベートした後、ＶＰ１五量体で被覆したＭＳＤアレイプレート（Ｍｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ、カタログ番号Ｌ２１ＸＡ、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ ＭＤ）を使用して未結合の抗体についてアッセイした。プロットを１：１の適合モデルと適合させることによって、ＫＤを決定した（Piehler et al. J. Immunol. Methods. 1997; 201(2):189-206による）。Ｓａｐｉｄｙｎｅ（Ｂｏｉｓｅ ＩＤ）からのＫｉｎＥｘＡ（登録商標）Ｐｒｏおよびｎ−Ｃｕｒｖｅ Ａｎａｌｙｓｉｓソフトウェアを使用することにより、分析を実施した。
図２７は、表形式のＳＥＴアッセイの結果を記載する。このデータは、コンセンサスＪＣＶ ＶＬＰおよびＰＭＬと一般的に関連するＶＰ１突然変異を含有するＶＬＰに対するＰ８Ｄ１１抗体の親和性の決定（ＫＤ）を提供する。Ｐ８Ｄ１１は、低ナノモル濃度範囲で全てのＪＣＶ ＶＬＰに対する結合親和性を示した。しかしながら、Ｌ５５Ｆ突然変異体に対する結合親和性は、野生型（コンセンサス）およびＳ２６９Ｆ突然変異体ＶＬＰに対する親和性の約１／２であった。したがって、これは、Ｐ８Ｄ１１抗体が野生型ＪＣウイルスまたはＰＭＬと一般的に関連する突然変異を有するＪＣウイルスのいずれかに対して依然として有効な療法であることを示している。
実施例１４：エピトープマッピングのための重水素交換試験（ＢＫＶ ＶＰ１五量体との複合体にあるＰ８Ｄ１１ Ｆａｂ）
重水素交換質量分析（ＨＤｘ−ＭＳ）は、タンパク質のアミド骨格への重水素取込みを測定するものである。これらの測定値は、アミドの溶媒接近性および骨格アミドの水素結合ネットワークの変化に対して高感度である。ＨＤｘ−ＭＳは、アポおよびリガンド結合などの２つの異なる状態のタンパク質を比較するために使用されることが多く、ペプシンによる迅速な消化とカップリングする。そのような実験において、当業者であれば、２つの異なる状態間で異なる重水素取込みを示す領域、典型的には、１０〜１５アミノ酸を見つけることができる。保護される領域は、リガンド結合に直接関与するか、またはリガンドへの抗体の結合によりアロステリックに影響される。
これらの実験では、ＢＫＶ ＶＰ１タンパク質（配列番号５０２）の重水素取込みを、Ｐ８Ｄ１１ Ｆａｂ断片の非存在下および存在下で測定した。Ｆａｂ断片の結合時に重水素取込みの低下を示すＶＰ１中の領域はエピトープ中に含まれる可能性が高いが、測定の性質のため、直接的な結合部位から遠い変化を検出することも可能である（アロステリック効果）。一般に、最も多い量の保護を有する領域は、直接結合に関与する。
エピトープマッピング実験を、ＬＥＡＰ（登録商標）ロボットシステム、ｎａｎｏＡＣＱＵＩＴＹ（登録商標）ＵＰＬＣ Ｓｙｓｔｅｍ、およびＳｙｎａｐｔ（登録商標）Ｇ２質量分析計を含む、Ｗａｔｅｒｓ Ｓｙｎａｐｔ（登録商標）Ｇ２ ＨＤｘ−ＭＳプラットフォーム上で行う。この方法においては、３組の対照実験を以下のように実行する。ＢＫＶ血清型ＩのＶＰ１五量体を、１１０μｌの９５％重水素化ＰＢＳバッファー（ｐＨ７．４）中に希釈し、ベンチローテータ上、室温で２５分間インキュベートする（％Ｄ＝８５．５％）。重水素交換を、氷上で５ｍｉｎ、冷クエンチバッファー（６Ｍ尿素および１Ｍ ＴＣＥＰ ｐＨ＝２．５）で１：１希釈することによりクエンチする。クエンチした後、チューブをＬＥＡＰシステム（サーモボックスは２℃に設定する）上に移し、クエンチした試料を、分析のためにＬＥＡＰシステムによりＵＰＬＣシステム上に注入する。ＵＰＬＣシステムは、１２℃に維持された固定化ペプシンカラム２．１ｍｍ ｘ ３０ｍｍ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ ２−３１３１−００）を組み込む。８分で２〜３５％のアセトニトリル勾配およびＷａｔｅｒｓ ＵＰＬＣ ＣＳＨ Ｃ１８ １．０ｘ１００ｍｍカラムを分離のために使用する。次に、３組の実験を、抗体を使用して実行する。Ｐ８Ｄ１１ Ｆａｂ断片を、標準的な技術を使用してプロテインＧアガロースビーズ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃａｔ＃２２８５１）上に固定する。簡単に述べると、抗体を遠心分離して、保存バッファーを除去する。次いで、２００μｌのＰＢＳバッファー（ｐＨ７．４）およびある濃度のＶＰ１五量体を、固定されたＰ８Ｄ１１ Ｆａｂ断片に添加し、室温で３０ｍｉｎインキュベートする。インキュベーション後、複合体を遠心分離し、２００μｌのＰＢＳバッファーで洗浄し、再度遠心分離する。重水素交換のために、２００μｌの重水素化ＰＢＳを、室温で２５分間のインキュベーションのために抗原−抗体複合体に添加する（％Ｄ＝８５．５％）。次いで、重水素バッファーを除去し、すぐに、１２５μｌの氷冷クエンチバッファーを添加する。５分間クエンチした後、カラムを遠心分離し、流出液を、予め冷却したＨＰＬＣバイアルに移す。対照実験として同じオンラインペプシン消化／ＬＣ−ＭＳ設定を使用して、試料を分析する。
これらの測定の結果を、図２８にまとめる。図２８は、対照とＰ８Ｄ１１抗体に結合した試料との間のベースライン補正された差異を、測定の標準誤差で除算したものを示す。このプロットにおいて、負の値が大きいほど、ＢＫＶ血清型ＩのＶＰ１五量体へのＰ８Ｄ１１ Ｆａｂ断片の結合時に所与の領域における保護の量が大きいことを示す。Ｐ８Ｄ１１ Ｆａｂ断片の結合時に、本発明者らは、ＶＰ１タンパク質のアミノ酸１６８〜１９０において最も有意な量の保護を観察する。表１中で太字および下線付きの配列（（ＮＹＲＴＫＹＰＸＧＴＸＸＰＫＮＸＴＸＱＳＱＶＭ）（配列番号５０１））について見ることができるように、ＥＦループのこの領域は、ＢＫウイルスの４種全部の血清型およびＪＣウイルスの間で高度に保存されている。
結論として、重水素マッピングデータは、Ｐ８Ｄ１１抗体がＢＫＶ ＶＰ１のＥＦループ内のエピトープに結合することを示している。この領域は、４種全部のＢＫＶ血清型およびＪＣウイルスの間で高度に保存されており、かくして、Ｐ８Ｄ１１が４種全部のＢＫＶ血清型およびＪＣウイルスにわたって中和活性を有するという結果を支持する。
実施例１５：Ｐ８Ｄ１１のエピトープマッピングのための標的化アラニン走査およびＳＰＲ
Ｂｉａｃｏｒｅ表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を使用して、走査アラニン突然変異誘発によりエピトープマッピングのために生成されたＶＰ１五量体への抗ＶＰ１抗体の結合を特徴付けた。実験を、０．００５％Ｔｗｅｅｎ ２０界面活性剤（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ、カタログ番号６５５２０６）を添加したリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中、２５℃で実施し、Ｂｉａｃｏｒｅ Ｔ−２００機器（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）上で泳動した。ビオチン化されたプロテインＡ（Ｓｉｇｍａ、カタログ番号Ｐ２１６５）を、約１２００応答単位（ＲＵ）でシリーズＳのストレプトアビジンセンサーチップ上に固定し、残存する遊離ストレプトアビジン部位を、ビオチン−ＰＥＧ（Ｐｉｅｒｃｅ ＥＺ−Ｌｉｎｋ、カタログ番号ＰＩ２１３４６）でブロッキングした。３０μｌ／分の流量で４秒間の注入により、調製されたプロテインＡセンサーチップ上で抗体を捕捉した。抗体をフローセル２、３および４上に２０〜４０ＲＵで固定したが、フローセル１は抗体を含まない参照セルとして残した。次いで、ＶＰ１五量体を、１００μｌ／ｍｉｎで２００秒間、チップ上に注入した後、解離をモニタリングするためにバッファーを注入した。それぞれの五量体と五量体濃度との間で、センサーチップ表面を、３０μｌ／分で６０秒間、２５ｍＭ ＮａＯＨの注入により再生して、次のサイクルのためにプロテインＡ表面上での抗体の再捕捉の前に抗体を除去した。二重参照減算を適用するＧＥ ＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア中でデータ分析を行った。ＶＰ１五量体結合に対するアラニン突然変異誘発の効果の評価を、結合ＲＵレベルの比較により達成し、結合曲線の形状を、野生型五量体のものと比較した。
以前に考察されたように、抗体Ｐ８Ｄ１１およびＰ７Ｇ１１Ａのためのエピトープは、立体状であり、非連続的である（図１２Ａ〜Ｂ）。ここで、ＢＫＶ ＶＰ１のＥＦループ中のＹ１６９、Ｒ１７０およびＫ１７２でのアラニンへの単一突然変異は、Ｐ８Ｄ１１の結合を無効化する（図２９Ａおよび２９Ｂ）。Ｙ１６９およびＲ１７０での突然変異はまた、Ｐ７Ｇ１１Ａ抗体の結合も無効化するが、この抗体の結合は、ＢＫＶ ＶＰ１のＥＦループのＫ１７２位での変化によって影響されない（図２９Ａおよび２９Ｃ）。
実施例１６：ｘ線結晶解析によるエピトープマッピング
五量体形式のＢＫＶ主要キャプシドタンパク質ＶＰ１に結合した抗体Ｐ８Ｄ１１のｓｃＦｖ鎖の結晶構造を決定した。以下に詳述されるように、ｓｃＦｖ：ＢＫＶ−ＶＰ１五量体の５．５：１の溶液を使用して、それぞれの五量体に結合した５つのｓｃＦｖ鎖から構成される結晶学的に好適な複合体を生成した。次いで、タンパク質結晶学を使用して、原子分解構造を生成し、エピトープを定義した。
結晶化および構造決定
Ｐ８Ｄ１１ ｓｃＦｖ／ＢＫＶ−ＶＰ１複合体を５．２ｍｇ／ｍｌに濃縮し、結晶化についてスクリーニングした。データ収集のための結晶を、１８℃での懸滴蒸気拡散によって成長させた。１．０μｌの複合体と、２５％（ｗ／ｖ）ＰＥＧ３３５０、０．２Ｍ塩化マグネシウムおよび０．１Ｍ Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ ｐＨ７．０を含有する１．０μｌのリザーバ溶液とを混合し、３５０μｌの同じリザーバ溶液に対して液滴を平衡化させることによって、結晶を成長させた。結晶は一晩成長し、数日間、成長し続けた。データ収集の前に、結晶を７５％のリザーバ溶液＋２５％のグリセロールに移し、液体窒素中で簡易冷却した。
回折データを、Ｒｉｇａｋｕ ＦＲＥ＋銅源およびＲ軸Ｘ線回折装置上、社内で収集した。データを、Ａｕｔｏｐｒｏｃ（Ｇｌｏｂａｌ Ｐｈａｓｉｎｇ，ＬＴＤ）を使用してプロセッシングおよびスケーリングした。ＢＫＶ−ＶＰ１のデータを、セル寸法ａ＝２２４．４Å、ｂ＝２２４．４Å、ｃ＝１４４．０４Å、アルファ＝９０°、ベータ＝９０°、ガンマ＝９０°を有する空間群Ｐ４２２１２中、２．６６Åにプロセッシングした。複合体の構造を、検索モデルとしてＢＫＶ−ＶＰ１五量体とのＰｈａｓｅｒ（McCoy et al., (2007) J. Appl. Cryst. 40:658-674）を使用する分子置き換えにより分解した。最終モデルを、ＣＯＯＴ（Emsley & Cowtan (2004) Acta Cryst. D60:2126-2132）中で構築し、Ｂｕｓｔｅｒ（Ｇｌｏｂａｌ Ｐｈａｓｉｎｇ，ＬＴＤ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＵＫ）を用いて改良した。ＲｗｏｒｋおよびＲｆｒｅｅ値は、それぞれ、１７．１％および２１．４％である；結合長さおよび結合角の二乗平均平方根（ｒ．ｍ．ｓ）偏差値は、それぞれ、０．０１０Åおよび１．１８°である。
Ｐ８Ｄ１１ ｓｃＦｖと接触するＢＫＶ−ＶＰ１五量体の残基、相互作用の種類、および埋没表面積は、全てＰＩＳＡ（Krissinel et al., (2007) J Mol Biol. 372:774-97）により同定され、以下の表６に列挙される。ＶＰ１五量体のそれぞれの単量体は、Ｐ８Ｄ１１抗体のための単一の単離されたエピトープを含有することが見出された。かくして、５つのｓｃＦｖドメインは、５つの化学的および立体的に等価な位置でそれぞれの五量体に結合する。それぞれのエピトープでの相互作用に関する詳細は本質的に同一であり、ただ１つのｓｃＦｖ／ＶＰ１−エピトープ境界面がここで分析される。
ＢＫＶ−ＶＰ１上のＰ８Ｄ１１−ｓｃＦｖのエピトープ
全体的構造
それぞれのポリオーマウイルスＶＰ１五量体構造の全体的な折畳みは、三次構造のレベルで高度に相同性である。一次配列は、６９〜８５％で同一性に関してよく保存されている。それぞれの五量体は、別の５つの鎖のβシートに対してスタッキングする３鎖βシート、次いで、４鎖βシートによりそれぞれ構成される、５つの単量体から構成される。Ｐ８Ｄ１１ ｓｃＦｖは、ＶＨとＶＬドメインとの間に２０アミノ酸のリンカーを有するＶＨ−ＶＬ融合タンパク質である。図３０に示されるように、ＶＨ−ＶＬ融合タンパク質は、ＢＫＶ−ＶＰ１五量体の側部外表面上に位置するエピトープに結合する。
Ｐ８Ｄ１１のエピトープ
ＢＫＶ−ＶＰ１／Ｐ８Ｄ１１複合体の結晶構造を使用して、ＢＫＶ−ＶＰ１上のＰ８Ｄ１１エピトープを同定する。Ｐ８Ｄ１１−ｓｃＦｖによるＶＰ１上の相互作用表面は、いくつかの連続的および不連続的（すなわち、非連続的）配列：すなわち、表６に詳述される残基７７〜８０、１６９〜１８６、および１９１〜１９２によって形成される。これらの残基は、Ｐ８Ｄ１１−ｓｃＦｖによって認識される三次元立体状エピトープを形成する（図３１Ａ〜Ｂ）。結晶学により定義されるこのエピトープは、水素重水素交換質量分析（ＨＤｘ−ＭＳ）により定義されるものと良好に一致し、残基１６８〜１９０はＰ８Ｄ１１−Ｆａｂによって実質的に保護される（図２８）。また、エピトープの重要アミノ酸に対して行われたアラニン走査とも良好に一致し（図２９Ａ〜Ｃ）、ＴＹＲ１６９、ＡＲＧ１７０およびＬＹＳ１７２は、Ｐ８Ｄ１１抗体のエピトープの一部である接触残基であることが示された。
ＢＫＶ−ＶＰ１上のＰ８Ｄ１１−ｓｃＦｖエピトープ。結晶構造中でＰ８Ｄ１１−ｓｃＦｖと接触するＢＫＶ−ＶＰ１の全ての残基を、ＰＩＳＡによって同定し、Ｐ８Ｄ１１−ｓｃＦｖによるその埋没表面積によって列挙および選別する。適用可能な場合、相互作用の種類も列挙する。
実施例１８：製剤
本明細書に記載の抗ＶＰ１抗体は、ラムダ軽鎖を有するモノクローナル抗体、ＩｇＧ１アイソタイプであり、凍結乾燥することができる。これらの抗体は、ヒスチジン−スクロース製剤バッファー中に可溶性であり、４週間安定である。さらに、抗ＶＰ１抗体は、最小限に製剤化される薬物物質（例えば、安定剤の非存在下でヒスチジンバッファー中の）として２００ｍｇ／ｍｌ超で可溶性であった。
その後の静脈内投与のために、得られた溶液を、通常、担体溶液中にさらに希釈して、輸注用のすぐに使える抗体溶液にする。
最も安定な製剤を選択するための重要な安定性指示分析方法は、特に、凝集レベルを決定するためのサイズ排除クロマトグラフィー、肉眼では見ることができない粒子状物質の試験、および効力試験を包含していた。
本明細書に記載の実施例および態様は例示目的に過ぎず、それに照らして様々な改変または変更が当業者に対して示唆され、本出願および添付の特許請求の範囲の精神および範囲の中に含まれることが理解される。

Claims (47)

  1. 抗体であって、前記抗体またはその抗原結合性断片がＶＰ１に特異的に結合する、抗体。
  2. 前記抗体またはその抗原結合性断片が、ＢＫウイルス血清型Ｉ〜血清型ＩＶのＶＰ１に特異的に結合する、請求項１に記載の抗体。
  3. 前記抗体または抗原結合性断片が、表１の少なくとも１つのＶＰ１に特異的に結合する、請求項１に記載の抗体。
  4. 前記抗体またはその抗原結合性断片が、表１の２つ以上のＶＰ１血清型に結合する、請求項１に記載の抗体。
  5. 前記抗体またはその抗原結合性断片が、
    ａ）ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩ；
    ｂ）ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩＩ；
    ｃ）ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＶ；
    ｄ）ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩおよびＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩＩＩ；ならびに
    ｅ）ＢＫＶ ＶＰ１血清型ＩおよびＪＣＶ ＶＰ１
    に結合する、請求項４に記載の抗体。
  6. 前記抗体またはその抗原結合性断片が、５．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型Ｉに結合し、または２９．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型ＩＩに結合し、または６．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型ＩＩＩに結合し、または１８５．０ｐＭ以下の結合親和性でＢＫＶ血清型ＩＶに結合し、または４３６ｐＭ以下の結合親和性でＪＣＶに結合する、請求項１に記載の抗体。
  7. 前記抗体または抗原結合性断片が、ＶＰ１エピトープ（配列番号５００または配列番号５０１）に特異的に結合する、請求項１に記載の抗体。
  8. 抗体であって、前記抗体またはその抗原結合性断片が、
    （ｉ）（ａ）配列番号６のＨＣＤＲ１（ＣＤＲ−相補性決定領域）、（ｂ）配列番号７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｉｉ）（ａ）配列番号２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｉｉｉ）（ａ）配列番号４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｉｖ）（ａ）配列番号６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｖ）（ａ）配列番号８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｖｉ）（ａ）配列番号１０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｖｉｉ）（ａ）配列番号１２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｖｉｉｉ）（ａ）配列番号１４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｉｘ）（ａ）配列番号１６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘ）（ａ）配列番号１８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号１８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号１８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号１９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号１９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号１９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｉ）（ａ）配列番号２０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２１６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２１７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２１８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｉｉ）（ａ）配列番号２２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２３６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２３７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２３８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｉｉｉ）（ａ）配列番号２４６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２４７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２４８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２５６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２５７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２５８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｉｖ）（ａ）配列番号２６６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２６７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２６８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２７６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２７７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２７８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｖ）（ａ）配列番号２８６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号２８７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号２８８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号２９６のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号２９７のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号２９８のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｖｉ）（ａ）配列番号３０６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３０７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３０８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３１４のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３１５のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３１６のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｖｉｉ）（ａ）配列番号３２２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３２３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３２４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３３２のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３３３のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３３４のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号３４２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３４３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３４４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３４９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３５０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３５１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｉｘ）（ａ）配列番号３５６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３５７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３５８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３６３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３６４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３６５のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘ）（ａ）配列番号３７０のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３７１のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３７２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３７７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３７８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３７９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｉ）（ａ）配列番号３８４のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３８５のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号３８６のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号３９１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号３９２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号３９３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｉｉ）（ａ）配列番号３９８のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号３９９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４００のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４０５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４０６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４０７のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｉｉｉ）（ａ）配列番号４１２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４１３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４１４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４１９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４２０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４２１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｉｖ）（ａ）配列番号４２６のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４２７のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４２８のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４３３のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４３４のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４３５のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｖ）（ａ）配列番号４４０のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４４１のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４４２のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４４７のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４４８のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４４９のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｖｉ）（ａ）配列番号４５４のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４５５のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４５６のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４６１のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４６２のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４６３のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｖｉｉ）（ａ）配列番号４６８のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４６９のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４７０のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４７５のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４７６のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４７７のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域；
    （ｘｘｖｉｉｉ）（ａ）配列番号４８２のＨＣＤＲ１、（ｂ）配列番号４８３のＨＣＤＲ２、（ｃ）配列番号４８４のＨＣＤＲ３を含む重鎖可変領域と、（ｄ）配列番号４８９のＬＣＤＲ１、（ｅ）配列番号４９０のＬＣＤＲ２、および（ｆ）配列番号４９１のＬＣＤＲ３を含む軽鎖可変領域
    を含む、抗体。
  9. ＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、表２の別の抗ＶＰ１抗体の対応するＣＤＲの対応する残基により置換される、請求項８に記載の抗体。
  10. ＣＤＲ内の１または２つのアミノ酸が改変、欠失または置換されている、請求項８に記載の抗体。
  11. 表３中の改変を含有する、請求項８に記載の抗体。
  12. 前記可変重鎖領域または前記可変軽鎖領域のいずれかにわたって少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８または９９％の同一性を保持する、請求項８に記載の抗体。
  13. モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト操作抗体、ヒト抗体、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）または抗体断片である、請求項８に記載の抗体。
  14. 前記抗体またはその抗原結合性断片が、
    （ｉ）配列番号１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｉｉ）配列番号３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｉｉｉ）配列番号５２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｉｖ）配列番号７２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号８２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｖ）配列番号９２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１０２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｖｉ）配列番号１１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１２２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｖｉｉ）配列番号１３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１４２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｖｉｉｉ）配列番号１５２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｉｘ）配列番号１７２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号１８２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘ）配列番号１９２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２０２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｉ）配列番号２１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２２２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｉｉ）配列番号２３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２４２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｉｉｉ）配列番号２５２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２６２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｉｖ）配列番号２７２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号２８２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｖ）配列番号２９２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３０２を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｖｉ）配列番号３１２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３２０を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｖｉｉ）配列番号３２８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３３８を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｖｉｉｉ）配列番号３４８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３５５を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｉｘ）配列番号３６２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３６９を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘ）配列番号３７６を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３８３を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘｉ）配列番号３９０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号３９７を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘｉｉ）配列番号４０４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４１１を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘｉｉｉ）配列番号４１８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４２５を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘｉｖ）配列番号４３２を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４３９を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘｖ）配列番号４４６を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４５３を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘｖｉ）配列番号４６０を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４６７を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；
    （ｘｘｖｉｉ）配列番号４７４を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４８１を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）；または、
    （ｘｘｖｉｉｉ）配列番号４８８を含む重鎖可変領域（ｖＨ）と、配列番号４９５を含む軽鎖可変領域（ｖＬ）
    を含む、請求項１に記載の抗体。
  15. 前記可変軽鎖領域または可変重鎖領域のいずれかにわたって少なくとも９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８または９９％の同一性を保持する、請求項１４に記載の抗体またはその断片。
  16. 前記可変軽鎖領域または可変重鎖領域内の１、２、３、４または５個であるが、１０個未満のアミノ酸が改変、欠失または置換されている、請求項１４に記載の抗体。
  17. モノクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト操作抗体、ヒト抗体、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）または抗体断片である、請求項１４に記載の抗体。
  18. 前記抗体またはその断片が減少したグリコシル化を有するか、もしくはグリコシル化を有さないか、または低フコシル化されている、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の抗体。
  19. 薬学的に許容される担体をさらに含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の抗体またはその断片を含む医薬組成物。
  20. 前記薬学的に許容される担体がヒスチジンまたは糖を含有する、請求項１９に記載の医薬組成物。
  21. 前記糖がスクロースである、請求項２０に記載の医薬組成物。
  22. 前記請求項のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合性断片を複数含む医薬組成物であって、前記組成物中の抗体の少なくとも０．０５％、０．１％、０．５％、１％、２％、３％、５％以上が、α２，３−結合シアル酸残基を有する、医薬組成物。
  23. 前記請求項のいずれか１項に記載の抗体または抗原結合性断片を複数含む医薬組成物であって、前記抗体がいずれもバイセクティングＧｌｃＮＡｃを含まない、医薬組成物。
  24. 凍結乾燥物として調製される、前記請求項のいずれか１項に記載の抗体またはその断片を含む医薬組成物。
  25. 請求項１または請求項１９に記載の抗体または医薬組成物の有効量を、必要とする患者に注射または輸注により投与することを含む、ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染を中和する方法。
  26. 必要とする患者がＢＫウイルス尿症またはＢＫウイルス血症と診断される、請求項２５に記載の方法。
  27. 請求項１または請求項１９に記載の抗体または医薬組成物の有効量を、必要とする患者に注射または輸注により投与することを含む、ＢＫウイルスまたはＪＣウイルスと関連する障害を処置する、またはその可能性を低減させる方法であって、前記障害がネフロパシー、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロパシー（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築症候群（ＩＲＩＳ）である、方法。
  28. 前記抗体または組成物が注射または輸注の前に再構成される、請求項２５または２７に記載の方法。
  29. 前記抗体または医薬組成物が、別の治療剤と組み合わせて投与される、請求項２５または２７に記載の方法。
  30. 前記治療剤が免疫抑制剤である、請求項２９に記載の方法。
  31. 前記免疫抑制剤が、モノホスフェートデヒドロゲナーゼ阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である、請求項３０に記載の方法。
  32. 免疫抑制剤がミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、請求項３１に記載の方法。
  33. 前記治療剤がさらなる抗ＶＰ１抗体である、請求項２９に記載の方法。
  34. 医薬としての使用のための、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の抗体またはその断片。
  35. ＢＫウイルスまたはＪＣウイルス感染の中和における使用のための、請求項１に記載の抗体もしくはその断片、または請求項１９〜２４に記載の医薬組成物。
  36. ネフロパシー、ＢＫＶＡＮ、出血性膀胱炎（ＨＣ）、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）、顆粒細胞ニューロパシー（ＧＣＮ）、間質性腎疾患、尿管狭窄、血管炎、大腸炎、網膜炎、髄膜炎、および免疫再構築症候群（ＩＲＩＳ）の処置またはその可能性の低減における使用のための、請求項１に記載の抗体もしくはその断片、または請求項１９〜２４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
  37. 別の治療剤と組み合わせて投与される、請求項３５に記載の抗体またはその断片の使用。
  38. 前記治療剤が免疫抑制剤である、請求項３７に記載の抗体またはその断片の使用。
  39. 前記免疫抑制剤がモノホスフェートデヒドロゲナーゼ阻害剤、プリン合成阻害剤、カルシニューリン阻害剤またはｍＴＯＲ阻害剤である、請求項３８に記載の抗体またはその断片の使用。
  40. 前記免疫抑制剤がミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）、ミコフェノール酸ナトリウム、アザチオプリン、タクロリムス、シロリムスまたはシクロスポリンである、請求項３９に記載の抗体またはその断片の使用。
  41. 前記治療剤がさらなる抗ＶＰ１抗体である、請求項３７に記載の抗体またはその断片の使用。
  42. 請求項１に記載の抗体または抗原結合性断片をコードする核酸。
  43. 請求項４２に記載の核酸を含むベクター。
  44. 請求項４３に記載のベクターを含む宿主細胞。
  45. 宿主細胞を培養すること、および培養物から抗体を回収することを含む、抗体または抗原結合性断片を生成するための方法。
  46. 標識された請求項１に記載の抗体またはその抗原結合性断片を含む診断剤。
  47. 標識が、放射性標識、フルオロフォア、発色団、画像化剤、および金属イオンからなる群から選択される、請求項４６に記載の診断剤。
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