JP2018534312A - 新規な5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース化合物、それらの製造方法、およびAra−N3、Kdo−N3および4eKdo−N3の合成のためのそれらの使用 - Google Patents

新規な5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース化合物、それらの製造方法、およびAra−N3、Kdo−N3および4eKdo−N3の合成のためのそれらの使用 Download PDF

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Abstract

本発明は、下記の式、
Figure 2018534312

式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、の新規な化合物に関する。また、本発明は、それらの製造方法およびAra−N、Kdo−Nおよび4eKdo−Nの合成のためのそれらの使用に関する。

Description

本発明は、新規な合成中間化合物5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデンD−アラビノース(これは、優れた収率および優れた純度および容易な精製工程を備えた新規な合成経路による、既知のKdo−N、または既知の4eKdo−N、または更には既知のAra−Nのいずれかの合成のための重要な化合物である)に関し、ならびにその調製方法ならびに既知のKdo−N、または既知の4eKdo−N、または更には既知のAra−Nのいずれかの合成のためのそれらの使用に関する。最良の特定の態様によれば、その合成は商業的に入手可能なD−アラビノースから出発し、そして95%超の純度でKdo−Nの17モル%の全体収率、95%超の純度で4eKdo−Nの6モル%の全体収率、および95%超の純度でAra−Nの26モル%の全体収率を与える。
本発明は、更に合成中間体に関し、それらは新規化合物として特許請求され、式IV、V、VI、VIIIa、VIIIb、IXaおよびIXbの化合物からなる群から選択される。より詳細には、本発明は、更に下記に説明される化合物(4)、(5)、(6)、(8a)、(9a)、(8b)および(9b)からなる群から選択される特定の合成中間体に関する。
より詳細には、全てのこれらの化合物、例えば式VもしくはVIの、そして特には式(5)もしくは(6)の化合物、または式VIIIaもしくはVIIIbの、そして特には式(8a)もしくは(8b)の化合物、または式IXaもしくはIXbの、そして特には式(9a)もしくは(9b)の化合物を、グラム陰性およびグラム陽性細菌あるいは他の有機体の代謝標識のために用いることができる。
特には、これらの化合物は、それらのエンベロープグリカン、特には、グラム陰性細菌の場合にはリポ多糖類またはLPS層、の代謝変性(metabolic modification)を介して、それらのエンベロープグリカン、特にはそれらのLPS中に、生体直交型の化学リポータ(chemical reporter)を有する改質された成分を組み込むことによって、従って細胞表面を修飾し、そして化学反応、特にはクリックケミストリー反応でのそれらの検出を可能にし、全体の迅速処理における化学リポータの更なる検知を可能にして、それらの細菌のエンベロープのラべリングにおける、生菌の検知のために用いることができる。化学反応、特にはクリックケミストリーでのこの検知は、下記に報告されているように当業者にはよく知られている。それらの細菌は、限定するものではないが、以下の細菌の属から選択される。
アシネトバクター属、バクテロイデス属、バルトネラ属、ボルデテラ属、Brachyspira属、ブルセラ属、バークホルデリア属、カンピロバクター属、カルジオバクテリウム属、クラミドフィラ属、クリセオバクテリウム属、クロストリジウム属、コキシエラ属、クロノバクター属、エドワードシエラ属、エーリキア属、エイケネラ属、エリザベトキンギア属、エンテロバクター属、エシェリキア属、フランキセラ属、フゾバクテリウム属、ヘモフィルス属、ヘリコバクター属、クレブシエラ属、レジオネラ属、レプトスピラ属、モーガネラ属、ミクソコッカス属、ナイセリア属、ネオリケッチア属、パスツレラ属、プレシオモナス属、ポルフィロモナス属、プレボテラ属、プロテウス属、プロビデンシア属、シュードアルテロモナス属、シュードモナス属、リケッチア属、ロドシクルス属、サルモネラ属、セラチア属、シノリゾビウム属、シゲラ属、シェワネラ属、Shewamma属、ステノトロホモナス属、ストレプトバチルス属、テナシバキュラム属、トレポネーマ属、ビブリオ属、エルシニア属。
Dumontらの国際公開第2013/107759号、およびAngew. Chem. Int. Ed.、2012、51、p.3143-3146、およびAngew. Chem.、2012、124、p.3197-3200には、かねて代謝グリカンラベリングを示しており、その中で、リポータ機能を有する改質された単糖は、代謝的に表面グリカン中に組み込まれ、種の特異性に関わらず、対照細菌のLPS(リポ多糖類)に効率的に用いることができる。この最初の研究では、3−デオキシ−D−マンノ−オクツロソン酸のアジド誘導体、またはケトデオキシオクトン酸(KetoDeoxyOctonic acid)、Kdoとも称される、細菌性の単糖、が種々のグラム陰性細菌のLPS内部コア中に組み込まれ、それによって、いわゆるクリックケミストリーによって細菌の検出を可能とした。このアジド誘導体は、Dumontら、2012、51、p.3144のスキーム2中の化合物1、8−アジド−8−デオキシ−Kdoであった。
この8−アジド−8−デオキシ−Kdoの化学的合成に関して、Dumontらは、5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノースまたはAra−Nのオキサロ酢酸ナトリウムとの縮合を行い、その生成物は、僅かに酸性の条件の下での脱カルボキシル化の後に、そのアンモニウム塩として57%の収率(回収されたAra−Nを基準として86%)で分離されている(Dumontら、2012、51、スキーム3および第2パラグラフ全体、p.3144)。
更に、Dumontの論文には、Ara−Nが、市販のD−アラビノースから、非常に直接的な、単純な、そして時間の掛からない方法によって得ることができることが述べられている。更なる情報が、インターネットhttp://dx.doi.org/10.1002/anie.201108127で入手可能な補足情報で入手可能である。
しかしながら、Dumontらは、国際公報第2013/107759号中、第28ページ第16行以降に、全合成を開示している。Ara−Nは、市販のD−アラビノフラノースから、D−アラビノフラノースの第1級アルコールのトシル化の工程によって調製され、これは次いで残ったアルコールを保護するようにアセチル化され、そして次いでアジ化ナトリウム(NaN)と反応して、更に脱アセチル化で、15モル%の全体収率を有する。生成物6、Ara−Nは、フラッシュクロマトグラフィーによって容易に精製することができると云われている。国際公開第2013/107759号の第29ページおよびスキーム1を参照。
5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノースおよび8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−マンノ−オクツロソン酸アンモニウムの合成が、次いで第29〜31ページ、例1cに記載されている(第31ページのスキーム2を参照)。
この合成の欠点は、Ara−Nを得る際と、およびまたKdo−Nを得る際の約15モル%以下の低い収率、ならびに反応媒体から、得られたKdo−Nを精製することの大変な困難性にある。実際に、Kdo−Nは、工業的な実施について考慮することを妨げる、低い精製収率および低い再現性で得られる。
GILLINGHAMらのNature Chemistry、vol. 2、NR 2、2010、p.102-105中の論文およびインターネットwww.nature.com/naturechemistry, p.1-34から入手可能な補足的な情報には、D−アラビノースからの、メトキシアミンHClと反応させることによる2:3,4:5−ジイソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(23)の合成が第6ページに(これ以降、式IIの化合物(2)と記す)、そして減圧下でのAcOH中での(23)からの2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(26)の合成が第7ページに開示されている(これ以降、式IIIの化合物(3)と記す)。
本発明の主たる目的は、既知のKdo−N、または既知の4eKdo−N、または更には既知のAra−Nの合成に対して、優れた収率、優れた純度、そして容易な精製工程を備えた新規な合成経路を見出すという技術的課題を解決することにある。
本発明の他の主たる目的は、この技術的課題を、工業的規模で外挿可能で、信頼でき、そして再現性のあると信じられる技術的解決法によって解決することにある。
本発明の更なる目的は、この新規な合成経路によって、商業的に入手可能なD−アラビノースから、既知のKdo−N、または既知の4eKdo−N、または更には既知のAra−Nを調製することである。
本発明の方法は、この技術的課題を、優れた収率、優れた純度および、特にはフラッシュクロマトグラフィーの使用による容易な精製工程を伴って、既知のKdo−N、または既知の4eKdo−N、または更には既知のAra−Nに到達する、新規な合成経路を提供することによって解決する。
Kdo−Nおよび4eKdo−Nの合成に用いられる本発明の方法は、更にインジウムによって促進されたカップリング工程に依存し、これはアジド基の完全性を維持する。この中心延長工程は、インジウムは、アジド基をアミノ基に効率的に還元することが知られているので、自明なものではない。
本発明の方法は、Kdo−Nおよび4eKdo−Nの分離のためのイオン交換樹脂カラムのグロマトグラフィーの使用を回避することを可能にする。この精製方法は、Kdo−Nの低い、そして不十分な再現性の分離収率および純度を与え、そしてしばしば分離不能な不純物の形成を招く。更には、4eKdo−Nは、純粋な形態では、分離するのが非常に困難であった。
本発明の方法は、オキサロ酢酸ナトリウムとの最後の縮合工程を回避することを可能にし、この工程の条件は、正確に制御することが難しく、そしてpHの厳格な制御を含み、そしてしばしば除去するのが非常に困難な不純物の形成を招くことから、本発明の方法をより容易に再現可能にする。
本発明の更なる目的は、新規な合成中間体化合物を提供することにある。
本発明の他の更なる目的は、それらの新規な合成中間体化合物の少なくとも幾つかを、細菌、特にはグラム陰性またはグラム陽性細菌、例えば、限定するものではないが、下記の細菌の属、の検知のために用いることである。
アシネトバクター属、バクテロイデス属、バルトネラ属、ボルデテラ属、Brachyspira属、ブルセラ属、バークホルデリア属、カンピロバクター属、カルジオバクテリウム属、クラミドフィラ属、クリセオバクテリウム属、クロストリジウム属、コキシエラ属、クロノバクター属、エドワードシエラ属、エーリキア属、エイケネラ属、エリザベトキンギア属、エンテロバクター属、エシェリキア属、フランキセラ属、フゾバクテリウム属、ヘモフィルス属、ヘリコバクター属、クレブシエラ属、レジオネラ属、レプトスピラ属、モーガネラ属、ミクソコッカス属、ナイセリア属、ネオリケッチア属、パスツレラ属、プレシオモナス属、ポルフィロモナス属、プレボテラ属、プロテウス属、プロビデンシア属、シュードアルテロモナス属、シュードモナス属、リケッチア属、ロドシクルス属、サルモネラ属、セラチア属、シノリゾビウム属、シゲラ属、シェワネラ属、Shewamma属、ステノトロホモナス属、ストレプトバチルス属、テナシバキュラム属、トレポネーマ属、ビブリオ属、エルシニア属。
上記の技術的課題は、特許請求の範囲に規定した発明によって解決される。
本明細書および特許請求の範囲において、省略形は、化学の技術分野における当業者に知られている通常の意味を有している。
例えば、Meは、メチルの省略形であり、Etは、エチル、Msは、メタンスルホニルの省略形である。
Kdoは、3−デオキシ−D−マンノ−オクツロソン酸、またはケトデオキシオクトン酸(KetoDeoxyOctonic acid)の省略形である。
Kdo−Nは、8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−マンノ−オクト−2−ウロソン酸塩の省略形、そして4eKdo−Nは、その4位におけるジアステレオ異性体であって、8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−グルコ−オクト−2−ウロソン酸塩と称される。
Ara−Nは、5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノースの省略形である。
第1の態様によれば、本発明は、以下の式から選択される、式VまたはVIの新規な合成中間体化合物に関し、これは新規化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の態様によれば、本発明は、式Vの新規な合成中間体化合物に関し、それは新規な化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいは、R、Rは炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
より具体的には、本発明は、5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(5)と称される特定の合成中間体化合物(5)に関し、これは新規な化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
他の特定の態様によれば、本発明は、式VIの新規な合成中間体化合物に関し、これは新規な化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェイル、あるいはR、Rは、炭素C−6と共にシクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは、置換されているか、または置換されていない。
より具体的には、本発明は、5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース(6)と称される、特定の合成中間体化合物(6)に関し、これは新規化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
第2の態様によれば、本発明は、式Vの化合物の、アルデヒドの存在での有機もしくは無機酸の水溶液との化学反応を含む、式VIの合成中間体化合物の調製方法を提供する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいは、R、Rは炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の特徴によれば、式VIの化合物は、式Vの化合物(10mg〜100g)の、有機もしくは無機酸(式Vの化合物の0.01M〜0.50M)、例えば酢酸、p−トルエンスルホン酸、塩酸、の水溶液、典型的には酢酸の水溶液(60〜90体積%)との、そしてアルデヒド(0.5〜50.0当量)、典型的にはホルムアルデヒドの存在での、0〜100℃の範囲の温度での反応によって得ることができる。
より具体的には、本発明は、5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシムと称される、化合物(5)の化学反応を含む、特定の合成中間体化合物(6)の、上記の化合物VIの調製と同じ反応条件下での、調製方法を提供する。
Figure 2018534312
特定の態様に依れば、本発明は、式IVの化合物の、非極性溶媒もしくは極性非プロトン性溶媒中での、有機もしくは無機アジド塩との化学反応を含む、式Vの合成中間体化合物の調製に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいは、R、Rは炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、C〜Cパーフルオロアルキル、例えばトリフルオロメチル、ペンタフルオロエチル、あるいはアリール、例えばパラ−メチルフェニル、パラ−ニトロフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているか、または置換されていない。
特定の特徴によれば、式Vの化合物は、式IVの化合物(10mg〜100g)の、有機もしくは無機アジド塩(0.8〜15.0当量)、例えばアジ化ナトリウム、アジ化リチウム、アジ化テトラブチルアンモニウム、好ましくはアジ化ナトリウムとの、非極性溶媒、例えばペンタン、ヘキサン、シクロヘキサン、ベンゼン、トルエン、クロロホルム、ジエチルエーテル、ジオキサンの中での、または極性非プロトン性溶媒(0.01〜0.50M)、例えばクロロホルム、ジクロロメタン、テトラヒドロフラン、酢酸エチル、アセトン、N,N−ジメチルホルムアミド、アセトニトリル、ジメチルスルホキシド、典型的にはN,N−ジメチルホルムアミド中での、0〜150℃の範囲の温度での反応によって得ることができる。
より具体的には、本発明は、2:3−イソプロピリデン−5−O−メタンスルホニル−D−アラビノース O−メチルオキシムと称される化合物(4)の、上記の化合物Vの調製と同じ反応条件下での、化学反応を含む、特定の合成中間体化合物(5)の調製に関する。
Figure 2018534312
他の特定の態様によれば、本発明は、式IIIの化合物の、塩化スルホニルまたは無水スルホン酸との、有機塩基の存在での、そして極性非プロトン性溶媒の存在もしくは不存在での、化学反応を含む、式IVの合成中間体化合物の調製に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の特徴によれば、式IVの化合物は、式IIIの化合物(10mg〜100g)の、塩化スルホニルまたは無水スルホン酸(0.8〜4.0当量)、例えば塩化メタンスルホニル、p−トルエンスルホニルクロリド、p−ニトロベンゼンスルホニルクロリド、無水メタンスルホン酸、無水トリフルオロメタンスルホン酸、好ましくは塩化メタンスルホニルとの、有機塩基(0.8〜200当量)、例えばピリジン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミンの存在での、そして極性非プロトン性溶媒(0.05〜0.50M)、例えばクロロホルム、ジクロロメタン、テトラヒドロフラン、酢酸エチル、アセトン、N,N−ジメチルホルムアミド、アセトニトリル、ジメチルスルホキシドの存在もしくは不存在での、30〜100℃の範囲の温度での反応によって得ることができる。
より具体的には、本発明は、2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシムと称される、それ自体は上記で引用したGILLINGHAMから知られている、化合物(3)の、上記の化合物IVの調製と同じ反応条件下での、化学反応を含む、特定の合成中間体化合物(4)の調製に関する。
Figure 2018534312
他の特定の態様によれば、本発明は、式IIの化合物の化学反応を含む、式IIIの合成中間体化合物の、末端のジオールの、有機もしくは無機酸の水溶液での脱保護による、調製に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の特徴によれば、式IIIの化合物は、式IIの化合物(10mg〜100g)から、有機もしくは無機酸(式IIの化合物の0.01〜0.50M)、例えばギ酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、p−トルエンスルホン酸、硫酸、塩酸の水溶液、典型的には酢酸の水溶液(60〜90体積%)での、減圧(150〜400ミリバール)での、そして20〜60℃の範囲の温度での、末端ジオールの脱保護によって得ることができる。
より具体的には、本発明は、2:3,4:5−ジイソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシムと称され、それ自体、上記で引用したGILLINGHAMから知られている化合物(2)の化学反応を含む、特定の合成中間体化合物(3)の、上記の化合物IIIの調製と同じ反応条件の下での、調製に関する。
Figure 2018534312
更なる特定の態様によれば、本発明は、D−アラビノースの、O−アルキルヒドロキシルアミンヒドロクロリド、O−フェニルヒドロキシルアミンヒドロクロリド(その芳香環は置換されているか、もしくは置換されていない)、またはO−ベンジルヒドロキシルアミンヒドロクロリド(その芳香環が置換されているか、もしくは置換されていない)との、有機塩基の存在での、プロトン性溶媒あり、またはなしでの、化学反応を含む、式IIの合成中間体の調製に関し、粗残留物は、次いでケトン、アルデヒド、または対応するケタールと、ブレンステッド酸もしくはルイス酸の存在で反応される。
特定の特徴によれば、式IIの化合物は、D−アラビノース(10mg〜100g)およびO−アルキルヒドロキシルアミンヒドロクロリド、O−フェニルヒドロキシルアミンヒドロクロリド(その芳香環が置換されているか、もしくは置換されていない)、またはO−ベンジルヒドロキシルアミンヒドロクロリド(その芳香環が置換されているか、もしくは置換されていない)(0.5〜15.0当量)、例えば、O−メチルヒドロキシルアミン、O−エチルヒドロキシルアミン、O−プロピルヒドロキシルアミン、O−イソプロピルヒドロキシルアミン、O−(1−メチルプロピル)ヒドロキシルアミン、O−ブチルヒドロキシルアミン、O−イソブチルヒドロキシルアミン、O−ターシャリ−ブチルヒドロキシルアミン、O−ペンチルヒドロキシルアミン、O−メチルブチルヒドロキシルアミン、O−(1,2−ジメチルプロピル)ヒドロキシルアミン、O−(2,2−ジメチルプロピル)ヒドロキシルアミン、または例えば、O−フェニルヒドロキシルアミン、O−(2−メチルフェニル)ヒドロキシルアミン、O−(3−メチルフェニル)ヒドロキシルアミン、O−(4−メチルフェニル)ヒドロキシルアミン、O−(4−エチルフェニル)ヒドロキシルアミン、典型的にはO−メチルヒドロキシルアミンの、有機塩基(0.8〜100当量)、例えば、ピリジン、トリエチルアミン、ジイソプロピルエチルアミン、典型的にはピリジンの存在での、プロトン性溶媒(0.05〜0.50M)、例えばターシャリ−ブタノール、n−プロパノール、イソプロパノール、エタノール、メタノール、好ましくはメタノールまたはエタノールのあり、もしくはなしでの、10〜100℃の範囲の温度での反応によって得ることができる。次いで、粗残留物は、ケトン、アルデヒド、または対応するケタール(1.5〜50.0当量)、例えばホルムアルデヒド、アセトアルデヒド、パラアルデヒド、1,1−ジエトキシエタン、アセトン、2,2−ジメトキシプロパン、2−メトキシプロパン、2−ブタノン、シクロヘキサノン、1,1−ジメトキシシクロヘキサン、1−エトキシシクロヘキセン、典型的には2,2−ジメトキシプロパンと、ブレンステッド酸もしくはルイス酸(0.01〜10.0当量)、例えば硫酸、p−トルエンスルホン酸、ピリジニウムp−トルエンスルホネート、カンファスルホン酸、典型的にはp−トルエンスルホン酸の存在で、0〜100℃の範囲の温度で、反応させることができる。
第3の態様によれば、本発明は、式VIの化合物の合成中間体の、5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノースまたはAra−N(7)の合成のための、式VIの化合物の保護基の除去を与える反応条件下で、式VIの合成中間体化合物を、有機もしくは無機酸の水溶液と、極性非プロトン性溶媒または非極性溶媒中で反応させることを含む、使用に関する。
Figure 2018534312
特定の特徴によれば、目的の生成物7は、式VIの化合物(10mg〜100g)の保護基の、有機もしくは無機酸(10〜200当量)、例えばギ酸、酢酸、トリフルオロ酢酸、p−トルエンスルホン酸、硫酸、塩酸、または酸性樹脂(10〜200当量)、例えばAmberlyst(商標)15、Dowex(商標)50W、Amberlite(商標)IR、典型的にはトリフルオロ酢酸の水溶液もしくはアルコール溶液(30〜70体積%)での、極性非プロトン性溶媒(0.01〜0.50M)、例えばクロロホルム、ジクロロメタン、テトラヒドロフラン、酢酸エチル、アセトン、N,N−ジメチルホルムアミド、アセトニトリル、ジメチルスルホキシド、または非極性溶媒、例えばペンタン、ヘキサン、シクロヘキサン、ベンゼン、トルエン、クロロホルム、ジエチルエーテル、ジオキサン、典型的にはジクロロメタン、またはプロトン性溶媒、例えばアルコール中での、0〜100℃の範囲の温度での、除去によって調製することができる。
更に、本発明は、式VIの化合物の、アルキル2−(ハロメチル)アクリレートとの、金属、例えばインジウムの存在での、そして有機もしくは無機酸の水溶液の存在のあり、またはなしでの、プロトン性溶媒中での、または水と極性非プロトン性溶媒の混合物中での反応による、式VIの合成中間体化合物の、式VIIIaの中間体の合成のための使用に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の特徴によれば、式VIIIaの化合物は、式VIの化合物(10mg〜50g)の、アルキル−2−(ハロメチル)アクリレート(1.0〜15.0当量)との、インジウム(0.8〜3.0当量)の存在での、そして有機もしくは無機酸(0.5〜10.0当量)の水溶液、例えばギ酸、塩酸、好ましくはギ酸(5〜20体積%)の存在または不存在での、プロトン性溶媒、例えばターシャリ−ブタノール、n−プロパノール、イソプロパノール、エタノール、メタノール、好ましくはエタノール、または水と極性非プロトン性溶媒、例えばクロロホルム、ジクロロメタン、テトラヒドロフラン、酢酸エチル、アセトン、N,N−ジメチルホルムアミド、アセトニトリル、ジメチルスルホキシド(0.01〜0.30M)、典型的にはアセトニトリルとの混合物中での、−20〜60℃の範囲の温度での反応によって得ることができる。
より具体的には、本発明は、特定の合成中間体化合物(6)の、エチル(4R)−4−{(4R,5R)}−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエートと称される化合物(8a)の、上記の化合物VIIIaの調製と同じ反応条件の下での、合成のための使用に関する。
Figure 2018534312
本発明は、更に、式VIIIaの化合物の、オゾンでの、プロトン性溶媒中での、−100〜0℃の範囲の温度での、オゾン分解を行い、そして次いで不安定な中間体化合物が還元剤と、プロトン性溶媒中で反応されることを含む、式VIIIaの化合物の式IXaの中間体の調製のための使用に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の特徴によれば、式IXaの化合物は、式VIIIa(10mg〜50g)の化合物の、オゾンでの、プロトン性溶媒(0.01〜0.1M)、例えばターシャリ−ブタノール、n−プロパノール、イソプロパノール、エタノール、メタノール、典型的にはメタノール中での、−100〜0℃の範囲の温度でのオゾン分解によって得ることができる。次いで、不安定な中間体化合物は、還元剤(0.8〜50.0当量)、例えばトリフェニルホスフィン、チオ尿素またはジメチルスルフィド、典型的にはジメチルスルフィドと、プロトン性溶媒(0.01〜0.10M)、例えばターシャリ−ブタノール、n−プロパノール、イソプロパノール、エタノール、メタノール、典型的にはメタノール中で、−20〜40℃の範囲の温度で、反応させることができる。
より具体的には、本発明は、特定の化合物(8a)の、(4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエートと称される、特定の化合物(9a)の調製のための、上記の化合物IXaの調製と同じ反応条件の下での、使用に関する。
Figure 2018534312
本発明は、更に、8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−マンノ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウムまたはKdo−N(10a)の、式IXaの化合物の調製のための、有機もしくは無機酸の水溶液での脱保護を含む、式IXaの化合物の使用に関する。
Figure 2018534312
具合的な特徴によれば、目的の生成品(10a)は、式IXaの化合物(10mg〜50g)の、有機もしくは無機酸(20〜200当量)の水溶液、例えば酢酸、トリフルオロ酢酸、硫酸、塩酸、好ましくはトリフルオロ酢酸(5〜30体積%)での、0〜80℃の範囲の温度での脱保護によって得ることができる。
他の態様によれば、本発明は、式VIの化合物の、アルキル2−(ハロメチル)アクリレートとの、金属、例えばインジウムの存在での、有機もしくは無機酸の水溶液の存在または不存在での、プロトン性溶媒中もしくは水と極性非プロトン性溶媒との混合物中での反応による、式VIの合成中間体化合物の、式VIIIbの中間体の合成のための使用に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の特徴によれば、式VIIIbの化合物は、式VIの化合物(10mg〜50g)の、アルキル2−(ハロメチル)アクリレート(1.0〜15.0当量)との、インジウム(0.8〜3.0当量)の存在での、そして有機もしくは無機酸(0.5〜10.0当量)の水溶液、例えばギ酸、塩酸、好ましくはギ酸(5〜20体積%)の存在での、プロトン性溶媒、例えばターシャリ−ブタノール、n−プロパノール、イソプロパノール、エタノール、メタノール、好ましくはエタノール、または水と極性非プロトン性溶媒、例えばクロロホルム、ジクロロメタン、テトラヒドロフラン、酢酸エチル、アセトン、N,N−ジメチルホルムアミド、アセトニトリル、ジメチルスルホキシド(0.01〜0.30M)、典型的にはアセトニトリルとの混合物中での、−20〜60℃の範囲の温度での反応によって得ることができる。
より具体的には、本発明は、特定の合成中間体化合物(6)の、エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエートと称される、特定の化合物(8b)の、上記の化合物VIIIbの調製と同じ反応条件の下での、合成のための使用に関する。
Figure 2018534312
本発明は、更に、式VIIIbの化合物の、オゾンでの、プロトン性溶媒中で、−100〜0℃の範囲の温度でオゾン分解を行うこと、および次いで不安定な中間体化合物を還元剤とプロトン性溶媒中で反応させることを含む、式VIIIbの化合物の、式IXbの中間体化合物の調製のための使用に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
特定の特徴によれば、式IXbの化合物は、VIIIb(10mg〜50g)の化合物の、オゾンでの、プロトン性溶媒(0.01〜0.10M)、例えばターシャリ−ブタノール、n−プロパノール、イソプロパノール、エタノール、メタノール、典型的にはメタノール中での、−100〜0℃の範囲の温度でのオゾン分解によって得ることができる。次いで、不安定な中間体化合物は、還元剤(0.8〜50.0当量)、例えばトリフェニルホスフィン、チオ尿素またはジメチルスルフィド、典型的にはジメチルスルフィドと、プロトン性溶媒(0.01〜0.10M)、例えばターシャリ−ブタノール、n−プロパノール、イソプロパノール、エタノール、メタノール、典型的にはメタノール中で、−20〜40℃の範囲の温度で、反応させることができる。
より具体的には、本発明は、特定の化合物(8b)の、(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエートと称される特定の化合物(9b)の、上記の化合物IXbの調製と同じ反応条件の下での、調製のための使用に関する。
Figure 2018534312
本発明は、更に、式IXbの化合物の、有機もしくは無機酸の水溶液での脱保護を含む、式IXbの化合物の、8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−グルコ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウムまたは4eKdo−N(10b)の調製のための使用に関する。
Figure 2018534312
特定の特徴によれば、目的の生成品(10b)は、式IXbの化合物(10mg〜50g)の、有機もしくは無機酸(20〜200当量)の水溶液、例えば酢酸、トリフルオロ酢酸、硫酸、塩酸、好ましくはトリフルオロ酢酸(5〜30体積%)での、0〜80℃の範囲の温度での脱保護によって得ることができる。
本発明は、更に、以下の新規な合成中間体化合物に関し、これは新規化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
より具体的には、本発明は、以下の、エチル(4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9a)と称される、特定の合成中間体化合物(9a)に関し、これは新規化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
本発明は、更に、新規化合物として特許請求される以下の新規合成中間体化合物に関する:
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
より具体的には、本発明は、以下の、エチル(4R)−4−{(4R,5R)}−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソランー4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8a)と称される特定の合成中間体化合物(8a)に関し、これは新規化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
本発明は、更に、新規化合物として特許請求される以下の新規な合成中間体化合物に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
より具体的には、本発明は、エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9b)と称される特定の合成中間体化合物(9b)に関し、これは新規な化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
本発明は、更に、新規化合物として特許請求される以下の新規な合成中間体化合物に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない。
より具体的には、本発明は、以下の、エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8b)と称される、特定の合成中間体化合物(8b)に関し、これは新規化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
本発明は、更に、新規化合物として特許請求される以下の新規な合成中間体化合物に関する。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいは、R、Rは炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、C〜Cパーフルオロアルキル、例えばトリフルオロメチル、ペンタフルオロエチル、あるいはアリール、例えばパラ−メチルフェニル、パラ−ニトロフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているか、または置換されていない。
より詳細には、本発明は、以下の、2:3−イソプロピリデン−5−O−メタンスルホニル−D−アラビノース O−メチルオキシム(4)と称される、特定の合成中間体化合物(4)に関し、これは新規な化合物として特許請求される。
Figure 2018534312
更なる態様によれば、本発明は、幾つかの合成中間体の、そして特には式VもしくはVIの化合物の、そして特には式(5)もしくは(6)の、または式VIIIaもしくはVIIIbの化合物の、そして特には式(8a)もしくは(8b)の、または式IXaもしくはIXbの化合物の、そして特には式(9a)もしくは(9b)の、細菌、特にはグラム陰性細菌、例えば、限定するものではないが以下の属の細菌、アシネトバクター属、バクテロイデス属、バルトネラ属、ボルデテラ属、Brachyspira属、ブルセラ属、バークホルデリア属、カンピロバクター属、カルジオバクテリウム属、クラミドフィラ属、クリセオバクテリウム属、クロストリジウム属、コキシエラ属、クロノバクター属、エドワードシエラ属、エーリキア属、エイケネラ属、エリザベトキンギア属、エンテロバクター属、エシェリキア属、フランキセラ属、フゾバクテリウム属、ヘモフィルス属、ヘリコバクター属、クレブシエラ属、レジオネラ属、レプトスピラ属、モーガネラ属、ミクソコッカス属、ナイセリア属、ネオリケッチア属、パスツレラ属、プレシオモナス属、ポルフィロモナス属、プレボテラ属、プロテウス属、プロビデンシア属、シュードアルテロモナス属、シュードモナス属、リケッチア属、ロドシクルス属、サルモネラ属、セラチア属、シノリゾビウム属、シゲラ属、シェワネラ属、Shewamma属、ステノトロホモナス属、ストレプトバチルス属、テナシバキュラム属、トレポネーマ属、ビブリオ属、エルシニア属、を検出するための使用に関する。
本発明によれば、特に断りのない限り、全てのパーセントは、モル%で与えられ、温度は℃であり、圧力は大気圧である。
ベストモードの詳細な説明
本発明によれば、そして以下のスキーム1を参照して、目的の化合物(10a)(8−アジド−8−デオキシ-Kdo)および(10b)(8−アジド−8−デオキシ−4eKdo)は、D−アラビノースから、11の工程で、化合物(10a)については17モル%の全体収率および95%超の純度で、そして(10b)については、6モル%の全体収率および95%超の純度で合成された。両者の合成の重要な工程は、共通のアルデヒド中間体(6)のインジウムで媒介されるアリル化[1]であり、このアルデヒド中間体の場合には、オキシムエーテル中間体[2]から得られる。そして、目標の化合物(7)(5−アジド−Ara)は、7つの工程で、D−アラビノースから、26モル%の全体収率および95%超の純度で合成された。
特定の態様によれば、D−アラビノースのO−メチルヒドロキシルアミンとの、乾燥ピリジン中での反応は、対応するO−メチルオキシムをもたらした。結果として得られた中間体は、次いで、2,2−ジメトキシプロパンおよび触媒量のp−トルエンスルホン酸との反応によって、そのビス−イソプロピリデン型の化合物(2)へと保護された。この化合物は、E−およびZ−オキシムエーテルの混合物として得られたが、しかしながらそれらのオキシムエーテルは後に加水分解されることが計画されていたので、予備的な精製は試みられなかった。
80%の酢酸水溶液中での、そして減圧下(200ミリバール)での末端アセトニドの選択的な脱保護は、化合物(3)を、58%の収率で、D−アラビノースから、生じさせた。アジド誘導体(5)が、ピリジン中での第一級アルコールの選択的メシル化、それに続くジメチルホルムアミド(2工程に亘り78%)中でのアジ化ナトリウムを用いた求核的な置換によって得られた。
共通のアルデヒド中間体(6)を得るために、オキシムエーテル(5)の最初に試みられたオゾン分解、それに続く不安定な中間体のジメチルスルフィドでの還元によって、クロマトグラフィーによる精製の後に、僅かに23%の化合物(6)が生じた。硝酸セリウムアンモニウム[3]あるいはトリメチルシリルクロリドおよび亜硝酸ナトリウム[4]の混合物を用いた、オキシムからアルデヒドを再生させる酸化的方法は、不成功であった。
最後に、目的のアルデヒド(6)が、開放されたO−メチルヒドロキシルアミンを捕捉するように化学両論量のホルムアルデヒドを加えることによって、酢酸水溶液中でのオキシムエーテル(5)の加水分解によって得られた。この共通の中間体(6)は、ジクロロメタン中での、トリフルオロ酢酸と水の混合物でのイソプロピリデン基の除去によって、5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノース(7)へと先ず変換された。この結果、5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノース(7)が、化合物(5)から58%で、得られた。
バルビエ型のインジウムに媒介されたアルデヒド(6)の、エチル2−(ブロモメチル)アクリレートでのアリル化によって、2つのエリスロ(8a)およびスレオ(8b)ジアステレオマーが得られ、フェルキン・アーン モデルによって予測されるように、エリスロ異性体が、2:1の比率で主要な生成物であった。それらの絶対配置の確認は、それぞれのジアステレオマーの化合物(10a)および(10b)それぞれへの変換、およびそれらのNMRスペクトルを前もって合成された8−アジド−8−デオキシ−Kdo[6]のそれと比較することによって、得られた。
そして、この2つのジアステレオマーは、シリカゲルを介したフラッシュクロマトグラフィーによって分離され、そしてそれぞれの生成物は、メタノール中でのオゾン分解に別々に付されて、ジメチルスルフィドの添加の後に、それぞれアルファ−ケトエステル(9a)および(9b)を与えた。これらのエステルおよびアセトニドの最終的な加水分解は、10%のトリフルオロ酢酸で、40℃で達成された。ウロソン酸の酸性条件[7]への不安定性は、この工程を重要なものとし、そしてロータリーエバポレータ上で、加熱することなしに溶媒の蒸発をなし、次いでトルエンとの共蒸発によって酸の完全な除去を可能にさせなければならなかった。最後に、残留物は、アンモニア水で中和されて、化合物(10a)および(10b)を、それぞれ71%((8a)から)および46%((8b)から)で与えた。化合物(10a)は、先に報告された8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−マンノ−オクツロソン酸塩と同じであることが立証された。また、この取り組みは、その4−エピ異性体、8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−グルコ−オクツロソン酸塩(10b)をもたらした。
商業的に入手可能なD−アラビノースから開始され、所望により既知のKdo−N、または既知の4eKdo−N、または更には既知のAra−Nのいずれかに到達する化学反応スキームIまたは以下のスキーム1が、本発明の重要な部分を形成し、そしてその態様の全てが、一部が、または組み合わせで、特許請求される。
Figure 2018534312
式中、
およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいは、R、Rは炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、C〜Cパーフルオロアルキル、例えばトリフルオロメチル、ペンタフルオロエチル、あるいはアリール、例えばパラ−メチルフェニル、パラ−ニトロフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているか、または置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、ペンチル、ヘキシルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているか、または置換されていない。
材料および方法
薄膜クロマトグラフィーが、UVによる検出を備えたMerck 60 F254で、および/または硫酸もしくはKMnOもしくはリンモリブデン酸溶液での炭化によって、実施された。シリカゲル60 40〜63μmを、フラッシュカラムクロマトグラフィーに用いた。
NMRスペクトルが、Bruker Avance300もしくは500MHz分光計で、残留プロトン化溶媒を内部標準として用いて、得られた。化学シフトδは、百万分率(ppm)で与えられ、そして結合定数は、ヘルツ(Hz)で報告される。分裂パターンは、単一線(s)、二重線(d)、三重線(t)、二重線の二重線(dd)、二重線の二重線の二重線(ddd)と表される。解釈することができない、または容易に視覚化できない分裂パターンは、多重線(m)と表される。
質量スペクトルが、検出の正の(ESI+)または負の(ESI−)モードでのエレクトロスプレーイオン化を備えた、Waters LCT Premier XE (ToF)で得られた。
IR−FTスペクトルが、Perkin Elmer Spectrum 100分光計で記録された。特徴的な吸収が、cm−1で報告された。
比旋光度が、20℃で、Anton Paar MCP 300偏光計で、20℃で10−cmセル中で、そして589nmで測定された。
全ての生物学的および化学的試薬は、分析用または細胞培養用品種であり、商業的供給源から得られ、そして更なる精製なしで用いた。
大腸菌(Escherichia coli)株およびレジオネラ属株は、ATCC-LGCまたはLeibniz Institute DSMZ(E. coli K12 ATCC 700926, E. coli O13 ATCC 15223, Legionella pneumophila Sg1 Philadelphia DSM 25020 and Legionella (Fluoribacter) gormanii ATCC 33342)から購入された。
蛍光顕微鏡の実験が、共焦点形直線Leica SP8(DM 6000)で、63x PLAN APO油浸レンズ(Leica)、アルゴンレーザー(488nm)およびGaAsPハイブリッド検出器(Hamamatsu)を用いて行われた。この顕微鏡は、LAS-Xプログラムで操作された。ImageJプログラムを画像処理に用いた。
実施例1
5−アジド-5−デオキシ-2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(5)の合成
Figure 2018534312
N,N−ジメチルホルムアミド(30.0mL、0.01M)中の(4E/4Z)(810mg、2.72ミリモル、1.0当量)の溶液に、アジ化ナトリウム(531mg、8.17ミリモル、3.0当量)を加え、そしてこの反応混合物を80℃に15時間加熱した。次いで、溶媒を減圧下で除去し、そして残留物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(シクロヘキサン/酢酸エチル9:1)によって精製して、5−アジド-5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(5E/5Z)(NMR比7:3、637mg、96%)の混合物を黄味がかったオイルとして得た。(5E)の一部が、その特性決定のためにフラシュカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/MTBE97:3)によって単離された。
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル8:2):0.30
IR(cm−1):3458、2989、2939、2823、2100、1630、1443、1373、1213、1164、1066、1036、885、865
HRMS(ESI):[M+H](C17 )計算値m/z:245.1245、実測値:245.1250
異性体(5E)
Rf(ジクロロメタン/MTBE97:3):0.23
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:7.42 (d, 1H, J1,2 5.8 Hz, H-1); 4.54 (dd, 1H, J2,3 7.2, J1,2 5.8 Hz, H-2); 3.98 (dd, 1H, J2,3 7.2, J3,4 6.4 Hz, H-3); 3.92 (dddd, 1H, J3,4 6.4, J4,5b 6.2, J4,OH 3.9, J4,5a 3.8 Hz, H-4); 3.85 (s, 3H, CH3-O); 3.46 (dd, 1H, J5a,5b 12.5, J4,5a 3.8 Hz, H-5a); 3.42 (dd, 1H, J5a,5b 12.5, J4,5b 6.2 Hz, H-5b); 2.61 (d, 1H, J4,OH 3.9 Hz, OH); 1.41 (s, 3H, CH3-C); 1.39 (s, 3H, CH3-C)
13C−NMR(125MHz、CDCl)δ:148.4 (C-1); 110.6 (C-6); 78.8(C-3); 75.8 (C-2); 71.5 (C-4); 62.3 (CH3-O); 53.7 (C-5); 27.0, 26.8 (2 CH3-C)
異性体(5Z)
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:6.86 (d, 1H, J1,2 6.1 Hz, H-1); 4.94 (dd, 1H, J2,3 7.2, J1,2 6.1 Hz, H-2); 3.93 (s, 3H, CH3-O); 3.87 (ddd, 1H, J3,4 7.5, J4,5b 6.4, J4,5a 2.8 Hz, H-4); 3.82 (dd, 1H, J3,4 7.5, J2,3 7.2 Hz, H-3); 3.47 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5a 2.8 Hz, H-5a); 3.39 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5b 6.4 Hz, H-5b); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.38 (s, 3H, CH3-C)
13C−NMR(75MHz、CDCl)δ:150.8 (C-1); 111.0 (C-6); 80.0 (C-3); 72.9 (C-2); 72.5 (C-4); 62.8 (CH3-O); 53.5 (C-5); 26.9, 26.5 (2 CH3-C)
実施例2
5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース(6)の合成
Figure 2018534312
80%(v/v)の酢酸水溶液(120mL)中の、例1で調製された、(5E/5Z)(820mg、3.36ミリモル、1.0当量)の溶液に、ホルムアルデヒド(0.8mL)が加えられ、そしてこの反応混合物を室温で1時間攪拌した。溶媒は、減圧下で除去され、そして酢酸の完全な除去を確実にするために、トルエンとの共蒸発が行われた。租化合物5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース(6)(682mg)が、更なる精製なしで、次の工程に直接用いられた。
無色のオイル
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル7:3):0.56
IR(cm−1):3408, 2988, 2936, 2100, 1733, 1440, 1373, 1238, 1213, 1164, 1063, 863
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:9.79 (d, 1H, J1,2 1.2 Hz, H-1); 4.41 (dd, 1H, J2,3 6.4, J1,2 1.2 Hz, H-2); 4.04 (dd, 1H, J2,3 6.4, J3,4 6.1 Hz, H-3); 3.90 (ddd, 1H, J4,5b 6.4, J3,4 6.1, J4,5a 3.4 Hz, H-4); 3.51 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5a 3.4 Hz, H-5a); 3.43 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5b 6.4 Hz, H-5b); 1.47 (s, 3H, CH3-C); 1.37 (s, 3H, CH3-C).
HRMS(ESI):[2M+Na](C1626NaO )計算値:m/z:453.1704、実測値:453.1726
実施例3
2:3−イソプロピリデン−5−O−メタンスルホニル−D−アラビノース O−メチルオキシム(4)の合成
Figure 2018534312
−20℃の乾燥ピリジン(2.0mL)中の2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(3)(3E/3Z)(100mg、1.37ミリモル、1.0当量)の溶液に、塩化メシル(0.10mL、1.37ミリモル、3.0当量)を加え、そしてこの反応混合物を−20℃で1.5時間攪拌した。反応をCHOH(0.3mL)で抑制した後に、溶媒を真空下で除去した。結果として得られた残留物を、シリカフラッシュカラムクロマトグラフィー(シクロヘキサン/酢酸エチル6:4)によって精製して、2:3−イソプロピリデン−5−O−メタンスルホニル−D−アラビノース O−メチルオキシム(4E/4Z)の混合物(NMR比4:1、110mg、81%)を無色のオイルとして得た。純粋な(4E)異性体のアリコットが、フラッシュカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/ジエチルエーテル9:1)によって得られ、そして特性決定された。NMRによる95%超の純度。
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル6:4):0.24
IR(cm−1):3500, 2989, 2941, 2824, 1631, 1458, 1350, 1215, 1170, 1067, 1033, 959, 887, 863, 833
HRMS(ESI):[M+H](C1020NO)計算値:m/z:298.0955、実測値:298.0947
異性体(4E):
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル6:4):0.20
H−NMR(500MHz,CDCl)δ:7.42 (d, 1H, J1,2 5.6 Hz, H-1); 4.56 (dd, 1H, J2,3 6.8, J1,2 5.6 Hz, H-2); 4.41 (dd, 1H, J5a,5b 11.0, J4,5a 2.7 Hz, H-5a); 4.28 (dd, 1H, J5a,5b 11.0, J4,5b 5.7 Hz, H-5b); 4.03 (ddd, 1H, J3,4 7.0, J4,5b 5.7, J4,5a 2.7 Hz, H-4); 4.01 (dd, 1H, J2,3 6.8, J3,4 7.0 Hz, H-3); 3.85 (s, 3H, CH3-O); 3.06 (s, 3H, CH3-S); 1.41 (s, 3H, CH3-C); 1.39 (s, 3H, CH3-C)
13C−NMR(125MHz、CDCl)δ:148.2 (C-1); 110.9 (C-6); 77.9 (C-3); 76.2 (C-2); 70.9 (C-5); 70.8 (C-4); 62.3 (CH3-O); 37.8 (CH3-S); 27.0, 26.9 (2 CH3-C)
異性体(4Z):
H−NMR(300MHz、CDCl)δ:6.87 (d, 1H, J1,2 5.9 Hz, H-1); 4.96 (dd, 1H, J2,3 7.3, J1,2 5.9 Hz, H-2); 4.45 (dd, 1H, J5a,5b 11.4, J4,5a 2.4 Hz, H-5a); 4.29 (dd, 1H, J5a,5b 11.4, J4,5b 7.9 Hz, H-5b); 3.98 (ddd, 1H, J4,5b 7.9, J4,3 7.5, J4,5a 2.4 Hz, H-4); 3.93 (s, 3H, CH3-O); 3.84 (dd, 1H, J3,4 7.5, J3,2 7.3 Hz, H-3); 3.06 (s, 3H, CH3-S); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.39 (s, 3H, CH3-C).
13C−NMR(75MHz、CDCl)δ:150.7 (C-1); 111.2 (C-6); 79.1 (C-3); 72.9 (C-2); 71.3 (C-5); 70.9 (C-4); 62.9 (CH3-O); 37.9 (CH3-S); 27.0, 26.6 (2 CH3-C).
実施例4
2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(3)の合成
Figure 2018534312
80%(v/v)の酢酸水溶液(30mL)中の、2:3,4:5−ジソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(2)(2E/2Z)および不純物(1.50g)の溶液を、ロータリーエバポレータ上で、200ミリバールの圧力で40℃に加熱した。2.5時間後に、溶媒は減圧下に除去され、そして残留物は、トルエンで共蒸発された。異性体2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(3E/3Z)の混合物(NMR比4:1、876mg、3工程を経て58%)が、シリカゲルフラッシュカラムクロマトグラフィー(シクロヘキサン/酢酸エチル1:1)の後に、無色のオイルとして得られた。NMRによる95%超の純度。
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル1:1):0.24
IR(cm−1):3409, 2939, 1373, 1216, 1040, 885
HRMS(ESI):[M+H](C18NO )計算値:m/z:220.1179、実測値:220.1184
異性体(3E):
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:7.44 (d, 1H, J1,2 5.5 Hz, H-1); 4.56 (dd, 1H, J2,3 7.4, J1,2 5.5 Hz, H-2); 4.07 (dd, 1H, J2,3 7.4, J3,4 5.6 Hz, H-3); 4.13 (ddd, 1H, J3,4 5.6, J4,5 5.1, J4,5 4.7 Hz, H-4); 3.84 (s, 3H, CH3-O); 3.72-3.68 (m, 2H, 2 H-5); 1.42 (s, 3H, CH3-C); 1.38 (s, 3H, CH3-C).
13C−NMR(125MHz、CDCl)δ:149.1 (C-1); 110.3 (C-6); 79.4 (C-3); 75.0 (C-2); 71.6 (C-4); 63.4 (C-5); 62.2 (CH3-O); 26.9, 26.7 (2 CH3-C)
異性体(3Z):
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:4.95 (dd, 1H, J2,3 7.7, J1,2 5.9 Hz, H-2); 3.92 (s, 3H, CH3-O); 3.87 (dd, 1H, J2,3 7.7, J3,4 6.9 Hz, H-3); 3.82-3.75 (m, 2H, H-4, H-5a); 3.72-3.68 (m, 1H, H-5b); 1.40 (2s, 6H, 2 CH3-C)
13C−NMR(125MHz、CDCl)δ:151.0 (C-1); 110.9 (C-6); 80.4(C-3); 72.9 (C-2); 72.7 (C-4); 63.5 (C-5); 62.8 (CH3-O); 27.0, 26.5 (2 CH3-C)
実施例5
D−(−)−アラビノースからの2:3,4:5−ジソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(2)の合成
Figure 2018534312
乾燥ピリジン(90mL)中のD−(−)−アラビノース(4.00g、26.6ミリモル、1.0当量)の溶液に、メトキシアミンヒドロクロリド(2.72g、32.0ミリモル、1.2当量)が加えられ、そしてこの混合物は、室温で15時間攪拌された。溶媒が、減圧下で除去され、そして残留物は、トルエンで3回共蒸発された。残留物は、2,2−ジメトキシプロパン(100mL)中に再懸濁され、そしてp−トルエンスルホン酸(1.01g、5.33ミリモル、0.2当量)が加えられ、そしてこの懸濁液は、還流するように4時間加熱され、次いで更に15時間室温で攪拌された。反応混合物は、Celite(商標)でろ過され、そして溶媒は蒸発された。残留物は、酢酸エチル(200mL)中に溶解され、そして飽和NaCl水溶液(2×150mL)で洗浄された。シリカフラッシュカラムクロマトグラフィー(シクロヘキサン/酢酸エチル9:1)による精製で、異性体2:3,4:5−ジソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(2E/2Z)および未知の不純物の混合物(NMR比、6:1:0.4、5.83g)が無色のオイルとして得られた。この混合物は、更なる精製なしに、次の工程に用いられた。純粋な(2E)のアリコットが、第2のフラッシュカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/MTBE98:2)によって得られ、そして特性決定された。
異性体(2E):
Rf(CHCl/MTBE98:2):0.35.
IR(cm−1):2987, 2939, 2900, 2821, 1631, 1456, 1381, 1371, 1241, 1212, 1150, 1065, 1038, 887, 842
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:7.35 (d, 1H, J1,2 6.3 Hz, H-1); 4.46 (dd, 1H, J2,3 7.1, J1,2 6.3 Hz, H-2); 4.13 (ddd, 1H, J3,4 6.9, J4,5a 6.1, J4,5b 4.8 Hz, H-4); 4.08 (dd, 1H, J5a,5b 8.5, J4,5a 6.1 Hz, H-5a); 3.97 (d, 1H, J2,3 7.1, J3,4 6.9 Hz, H-3); 3.94 (dd, 1H, J5a,5b 8.5, J4,5b 4.8 Hz, H-5b); 3.85 (s, 3H, CH3-O); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.38 (s, 6H, 2 CH3-C); 1.32 (s, 3H, CH3-C).
13C−NMR(125MHz、CDCl)δ:147.8 (C-1); 110.8 (C-6); 110.0 (C-7); 79.4(C-3); 76.7 (C-2); 76.6 (C-4); 67.1 (C-5); 62.1 (CH3-O); 27.1, 27.0, 26.9, 25.4 (4 CH3-C).
HRMS(ESI):[M+H](C1222NO )計算値:m/z:260.1492、実測値:260.1502
実施例6
5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノースまたはAra−N(7)の合成のための5−アジド−5−デオキシ2:3−イソプロピリデン−D−アラビノースの使用
Figure 2018534312
CHCl/HO(20:1、21mL)の混合物中の、上記の実施例2で得られた租5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース(6)の溶液(100mg)へ、トリフルオロ酢酸(1mL)を加え、そしてこの混合物を室温で1時間攪拌した。次いで溶媒を蒸発させ、粗残留物は水に再懸濁され、凍結乾燥された。シリカフラッシュカラムクロマトグラフィー(ジクロロメタン/メタノール92:8)の後に、化合物5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノースまたはAra−N(7)(50mg、化合物(5)から2工程で58%)が、α/βアノマー(NMR比55:45)の混合物として、無色のオイルとして得られた。NMRによる95%超の純度。
Rf(ジクロロメタン/メタノール92:8):0.28
IR(cm−1):3367, 2106, 1281, 1040
HRMS(ESI):[M+H−N(C10NO )計算値:m/z:148.0604、実測値:148.0610
アノマーアルファ(7α)
H−NMR(500MHz、DO)δ:5.24 (d, 1H, J1,2 2.9 Hz, H-1); 4.17 (ddd, 1H, J3,4 6.4, J4,5b 5.8, J4,5a 3.5 Hz, H-4); 4.01 (dd, 1H, J2,3 4.6, J1,2.2.9 Hz, H-2); 3.97 (dd, 1H, J3,4 6.4, J3,2 4.6 Hz, H-3); 3.64 (dd, 1H, J5a,5b 13.6, J4,5a 3.5 Hz, H-5a); 3.44 (dd, 1H, J5a,5b 13.6, J4,5b 5.8 Hz, H-5b)
13C−NMR(125MHz、DO)δ:101.0 (C-1); 81.3 (C-4); 81.2 (C-2); 76.3 (C-3); 51.5 (C-5).
アノマーベータ(7β)
H−NMR(500MHz、DO)δ:5.28 (br d, 1H, J1,2 3.1 Hz, H-1); 4.10-4.05 (m, 2H, H-2, H-3); 3.89 (ddd, 1H, J3,4 7.1, J4,5b 6.5, J4,5a 3.5 Hz, H-4); 3.59 (dd, 1H, J5a,5b 13.3, J4,5a 3.5 Hz, H-5a); 3.42 (dd, 1H, J5a,5b 13.3, J4,5b 6.5 Hz, H-5b)
13C−NMR(125MHz、DO)δ:95.2 (C-1); 79.6 (C-4); 75.8 (C-2); 74.7 (C-3); 52.6 (C-5)
実施例7
エチル(4R)−4−{(4R,5R)}−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8a)の合成のための5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノースの使用
Figure 2018534312
0℃のCHCN/HO(1:1、18.0mL、0.01M)中の、上記の実施例2で得られた、5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース(6)の溶液(40mg)に、エチル2−(ブロモメチル)アクリレート(0.085mL、0.61ミリモル、3.3当量)およびギ酸水溶液(10%、0.19mL)が加えられ、そしてこの反応混合物は、0℃で10分間攪拌された。次いで、インジウム粉末(23mg、0.20ミリモル、1.1当量)が加えられ、そしてこの反応混合物は、温度を0〜5℃の範囲に維持しながら、3時間攪拌された。ろ過の後に、溶媒が減圧下に除去され、そして結果として得られた混合物は、フラッシュカラムクロマトグラフィー(シクロヘキサン/酢酸エチル75:25)によって精製されて、化合物(8a)(33mg、54%)が、無色のオイルとして得られた。NMRによる95%超の純度。
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル7:3):0.22
IR(cm−1):3397, 2986, 2935, 2101, 1710, 1629, 1444, 1371, 1211, 1162, 1068, 1026, 949, 872
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:6.29 (d, 1H, J10a,10b 1.1 Hz, H-10a); 5.79 (d, 1H, J10a,10b 1.1 Hz, H-10b); 4.92 (br s, 1H, OH); 3.38 (br s, 1H, OH); 4.24 (q, 2H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 3.83 (dd, 1H, J6,7 8.4, J5,6 7.4 Hz, H-6); 3.72 (ddd, 1H, J6,7 8.4, J7,8b 5.3, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.68 (ddd, 1H, J4,5 8.9, J4,3b 7.5, J4,3a 2.2 Hz, H-4); 3.60 (dd, 1H, J5,4 8.9, J5,6 7.4 Hz, H-5); 3.52 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.36 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 5.3 Hz, H-8b); 2.87 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3a 2.2 Hz, H-3a); 2.49 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3b 7.5 Hz, H-3b); 1.35 (s, 3H, CH3-C); 1.33 (s, 3H, CH3-C); 1.31 (t, 3H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3)
13C−NMR(75MHz、CDCl)δ:170.0 (C-1); 136.8 (C-2); 129.6 (C-10); 109.4 (C-9); 82.3 (C-5); 80.7 (C-6); 73.1 (C-4); 72.7 (C-7); 62.1 (OCH2CH3); 54.3 (C-8); 37.4 (C-3); 27.0 (2 CH3); 14.3 (OCH2CH3).
HRMS(ESI):[M+H](C1424 )計算値:m/z:330.1660、実測値:330.1670
[α]=+18.0 (c 1.0, CHCl3)
実施例8
エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8b)の合成のための5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノースの使用
Figure 2018534312
0℃のCHCN/HO(1:1、18.0mL、0.01M)中の、5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース(6)の溶液(40mg)に、エチル2−(ブロモメチル)アクリレート(0.085mL、0.61ミリモル、3.3当量)およびギ酸水溶液(10%、0.19mL)が加えられ、そしてこの反応混合物は、0℃で10分間攪拌された。次いで、インジウム粉末(23mg、0.20ミリモル、1.1当量)が加えられ、そしてこの反応混合物は、温度を0〜5℃の範囲に維持しながら、3時間攪拌された。ろ過の後に、溶媒が減圧下に除去され、そして結果として得られた混合物は、フラッシュカラムクロマトグラフィー(シクロヘキサン/酢酸エチル75:25)によって精製されて、エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8b)(17mg、28%)が、無色のオイルとして得られた。NMRによる95%超の純度。
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル7:3):0.19
IR(cm−1):3397, 2986, 2935, 2101, 1710, 1629, 1444, 1371, 1211, 1162, 1068, 1026, 949, 872
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:6.24 (d, 1H, J10a,10b 0.9 Hz, H-10a); 5.71 (d, 1H, J10a,10b 0.9 Hz, H-10b); 4.21 (q, 2H, 3J 7.1 Hz, OCH2CH3); 4.00 (dd, 1H, J5,6 7.8, J4,5 3.0 Hz, H-5); 3.93 (dddd, 1H, J3b,4 9.0, J4,OH 5.6, J4,5 3.0, J4,3a 3.0 Hz, H-4); 3.89 (dd, 1H, J6,7 7.9, J5,6 7.8 Hz, H-6); 3.75 (dddd, 1H, J6,7 7.9, J7,8b 6.1, J7,8a 2.8, J7,OH 2.5 Hz, H-7); 3.55 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 2.8 Hz, H-8a); 3.46 (br d, 1H, J4,OH 5.6 Hz, OH(4)); 3.40 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 6.1 Hz, H-8b); 3.38 (br d, 1H, J7,OH 2.5 Hz, OH(7)); 2.66 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3a 3.0 Hz, H-3a); 2.50 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3b 9.0 Hz, H-3b); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.35 (s, 3H, CH3-C); 1.29 (t, 3H, 3J 7.1 Hz, OCH2CH3)
13C−NMR(75MHz、CDCl)δ:168.4 (C-1); 137.7 (C-2); 128.3 (C-10); 109.7 (C-9); 81.8 (C-5); 76.8 (C-6); 72.6 (C-7); 69.9 (C-4); 61.5 (OCH2CH3); 54.4 (C-8); 37.0 (C-3); 27.2 (2 CH3); 14.3 (OCH2CH3)
HRMS(ESI):[M+H](C1424 )計算値:m/z:330.1660、実測値:330.1670
[α]=+7.7 (c 1.0, CHCl3)
実施例9
エチル(4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9a)の合成のためのエチル(4R)−4−{(4R,5R)}−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソランー4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8a)の使用
Figure 2018534312
CHOH(18mL、0.02M)中の、上記の実施例7から得られた、エチル(4R)−4−{(4R,5R)}−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8a)(120mg、0,36ミリモル、1.0当量)の溶液が、−78℃で、オゾン(O)で15分間に亘ってバブリングされた。この溶液を、青色が消えるまで酸素で2分間パージし、そして次いでアルゴンで5分間脱気した。過剰のジメチルスルフィド(0.1mL、1.36ミリモル、3.8当量)を加え、そしてこの混合物を室温で2時間攪拌した。溶媒の蒸発の後に、残留物は、EtO(3×10mL)で抽出され、そして有機相は、塩水(2×10mL)で洗浄され、無水MgSO上で乾燥され、そして減圧下で濃縮された。エチル(4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9a)(97mg)を、更なる精製なしに、次の工程に用いた。
無色のオイル
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル1:1):0.40
IR(cm−1):3377, 2988, 2103, 1729, 1443, 1373, 1257, 1164, 871
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:4.32 (q, 2H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 4.15 (ddd, 1H, J3b,4 8.8, J4,5 8.6, J4,3a 3.1 Hz, H-4); 3.84 (dd, 1H, J6,7 8.2, J5,6 7.3 Hz, H-6); 3.74 (dd, 1H, J4,5 8.6, J5,6 7.3 Hz, H-5); 3.74 (ddd, 1H, J6,7 8.2, J7,8b 5.7, J7,8a 2.8 Hz, H-7); 3.59 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 2.68 Hz, H-8a); 3.40 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 5.7 Hz, H-8b); 3.40 (dd, 1H, J3a,3b 18.2, J4,3a 3.1 Hz, H-3a); 3.01 (dd, 1H, J3a,3b 18.2, J4,3b 8.8 Hz, H-3b); 1.36 (t, 3H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 1.34 (s, 3H, CH3); 1.33 (s, 3H, CH3)
13C−NMR(125MHz、CDCl)δ:194.0 (C-2); 160.7 (C-1); 110.1 (C-9); 82.1 (C-5); 80.6 (C-6); 72.6 (C-7); 69.6 (C-4); 63.1 (OCH2CH3); 54.3 (C-8); 44.2 (C-3); 27.0, 26.9 (2 CH3); 14.2 (OCH2CH3).
HRMS(ESI):[2M+Na](C2642NaO14 )計算値:m/z:685.2651、実測値:685.2656
[α]=+39.5 (c 1.0, CHCl3)
実施例10
エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9b)の合成のためのエチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8b)の使用
Figure 2018534312
−78℃で、CHOH(10.0mL、0.02M)中の、実施例8から得られた、エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8b)の溶液を、オゾン(O)で15分間バブリングした。この溶液を、青色が消えるまで、酸素で2分間パージし、そして次いでアルゴンで5分間脱気した。過剰のジメチルスルフィド(0.1mL、1.36ミリモル、6.5当量)を加え、そして次いでこの混合物を室温で2時間撹拌した。溶媒の蒸発の後に、残留物をEtO(3×5mL)で抽出し、そして有機相を塩水(2×5mL)で洗浄し、無水MgSO上で乾燥し、そして減圧下で濃縮した。エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9b)(45mg)を、更なる精製なしに、次の工程に用いた。
無色のオイル
Rf(シクロヘキサン/酢酸エチル):0.41
IR(cm−1):3443, 2989, 2104, 1731, 1373, 1256, 1069, 870
H−NMR(500MHz、CDCl)δ:4.38 (ddd, 1H, J3a,4 8.2, J4,3b 4.2, J4,5 3.1 Hz, H-4); 4.32 (q, 2H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 4.01 (dd, 1H, J5,6 7.7, J4,5 3.1 Hz, H-5); 3.90 (dd, 1H, J6,7 8.0, J5,6 7.7 Hz, H-6); 3.76 (ddd, 1H, J6,7 8.0, J7,8b 6.3, J7,8a 3.0 Hz, H-7); 3.59 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 3.0 Hz, H-8a); 3.43 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 6.3 Hz, H-8b); 3.20 (dd, 1H, J3a,3b 17.4, J4,3a 8.2 Hz, H-3a); 3.11 (dd, 1H, J3a,3b 17.4, J4,3b 4.2 Hz, H-3b); 1.39 (s, 3H, CH3-C); 1.36 (t, 3H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 1.35 (s, 3H, CH3-C)
13C−NMR(125MHz、CDCl)δ:193.4 (C-2); 160.8 (C-1); 110.0 (C-9); 81.6 (C-5); 76.6 (C-6); 72.6 (C-7); 66.6 (C-4); 63.0 (OCH2CH3); 54.5 (C-8); 43.2 (C-3); 27.2, 27.0 (2 CH3); 14.2 (OCH2CH3)
HRMS(ESI):[2M+Na](C264214Na)計算値:m/z:685.2651、実測値:685.2672
[α]=-0.6 (c 1.0, CHCl3)
実施例11
8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−マンノ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウム(Kdo−N)(10a)の合成のためのエチル(4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9a)の使用
Figure 2018534312
実施例9から得られた、水(22.5mL)中の粗エチル(4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9a)(90mg)の溶液に、トリフルオロ酢酸(2.5mL)を加え、そしてこの混合物を40℃で2時間撹拌した。溶媒は、浴を温めることなく減圧の下で除去し、そして次いで酸の完全な除去を確実にするためにトルエンで2回共蒸発させた。残留物は、アンモニア(0.2モル/L)で中和され、そして次いで濃縮された。フラッシュカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/エタノール/水65:30:5)による精製で、純粋な8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−マンノ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウムまたはKdo−N(10a)(67mg、(8a)から開始して71%)を黄味がかった泡として得た。NMRによる95%超の純度。
Rf(酢酸エチル/エタノール/水65:30:5):0.20
IR(cm−1):3297, 2934, 2107, 1610, 1417, 1284, 1076, 756
HRMS(ESI):[M−NH(C12 )計算値:m/z:262.0681、実測値:262.0685
メジャー配座異性体アルファピラノース型(NMR16)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.06 (ddd, 1H, J4,3a 12.2, J4,3b 5.2, J4,5 3.1 Hz, H-4); 4.03 (ddd, 1H, J6,7 9.3, J7,8b 6.1, J7,8a 2.8 Hz, H-7); 4.02 (dd, 1H, J4,5 3.1, J5,6 0.8 Hz, H-5); 3.82 (dd, 1H, J6,7 9.3, J5,6 0.8 Hz, H-6); 3.60 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8a 2.8 Hz, H-8a); 3.43 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8b 6.1 Hz, H-8b); 1.98 (dd, 1H, J3a,3b 12.9, J4,3a 12.2 Hz, H-3a); 1.88 (dd, 1H, J3a,3b 12.9, J4,3b 5.2 Hz, H-3b)
13C−NMR(150MHz、DO)δ:177.7 (C-1); 97.5 (C-2); 72.7 (C-6); 69.2 (C-7); 37.5 (C-5); 67.2 (C-4); 54.8 (C-8); 34.7 (C-3)
メジャー配座異性体アルファフラノース型(NMR5.5)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.50 (ddd, 1H, J4,3a 7.1, J4,5 3.5, J4,3b 3.2 Hz, H-4); 4.46 (dd, 1H, J4,5 3.5, J5,6 1.2 Hz, H-5); 3.85 (ddd, 1H, J6,7 9.0, J7,8b 5.9, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.63 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.63 (dd, 1H, J6,7 9.0, J5,6 1.2 Hz, H-6); 3.51 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 5.9 Hz, H-8b); 2.59 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3a 7.1 Hz, H-3a); 2.08 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3b 3.2 Hz, H-3b)
13C−NMR(150MHz、DO)δ:178.6 (C-1); 105.3 (C-2); 86.5 (C-5); 73.6 (C-4); 72.5 (C-6); 71.4 (C-7); 54.8 (C-8); 45.8 (C-3)
マイナー配座異性体ベータフラノース型(NMR2.5)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.52 (ddd, 1H, J4,3b 7.5, J4,3a 7.0, J4,5 6.0 Hz, H-4); 4.18 (dd, 1H, J5,4 6.0, J5,6 2.2 Hz, H-5); 3.86 (ddd, 1H, J6,7 8.9, J7,8b 6.1, J7,8a 2.4 Hz, H-7); 3.66 (dd, 1H, J6,7 8.9, J5,6 2.2 Hz, H-6); 3.64 (dd, 1H, J8a,8b 13.3, J7,8a 2.4 Hz, H-8a); 3.52 (dd, 1H, J8a,8b 13.3, J7,8b 6.1 Hz, H-8b); 2.37 (dd, 1H, J3a,3b 13.4, J4,3a 7.0 Hz, H-3a); 2.30 (dd, 1H, J3a,3b 13.4, J4,3b 7.5 Hz, H-3b)
13C−NMR(150MHz、DO)δ:177.9 (C-1); 104.1 (C-2); 86.5 (C-5); 71.8 (C-4); 71.4 (C-7); 71.2 (C-6); 54.6 (C-8); 44.7 (C-3)
マイナー配座異性体ベータピラノース型(NMR1.0)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.06-4.01 (m, 1H, H-4); 3.97 (ddd, 1H, J6,7 9.2, J7,8b 6.7, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.96 (dd, 1H, J4,5 3.3, J5,6 1.1 Hz, H-5); 3.67 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.53 (dd, 1H, J6,7 9.2, J5,6 1.1 Hz, H-6); 3.45 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 6.7 Hz, H-8b); 2.33-2.27 (m, 1H, H-3a); 1.76 (dd, 1H, J3a,3b 12.6, J4,3b 12.1 Hz, H-3b).
13C−NMR (150MHz、DO)δ:176.1 (C-1); 98.2 (C-2); 75.3 (C-6); 69.5 (C-7); 68.6 (C-4); 66.5 (C-5); 55.0 (C-8); 36.2 (C-3)
実施例12
8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−グルコ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウム(4eKdo−N)(10b)の合成のためのエチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9b)の使用
Figure 2018534312
水(10mL)中の、実施例10から得られた、租エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9b)(40mg)の溶液に、トリフルオロ酢酸(1mL)を加え、そしてこの混合物を40℃で2時間攪拌した。溶媒は、浴を温めることなく減圧の下で除去し、そして次いで酸の完全な除去を確実にするために、トルエンで2回共蒸発させた。残留物は、アンモニア(0.2モル/L)で中和され、そして次いで濃縮された。フラッシュカラムクロマトグラフィー(酢酸エチル/エタノール/水65:30:5)による精製で、純粋な8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−グルコ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウムまたは4eKdo−N(10b)(24mg、(8b)から開始して46%)を黄味がかった泡として得た。NMRによる95%超の純度。
Rf(酢酸エチル/エタノール/水65:30:5):0.22
IR(cm−1):3296, 2931, 2104, 1612, 1384, 1283, 1072, 805
HRMS(ESI):[M−NH(C12 )計算値:m/z:262.0681、実測値:262.0669
メジャー配座異性体ピラノース型(NMR7.5)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.15 (dd, 1H, J6,7 9.1, J5,6 1.0 Hz, H-6); 4.10 (ddd, 1H, J4,5 4.1, J4,3a 3.7, J4,3b 2.6 Hz, H-4); 4.03 (ddd, 1H, J6,7 9.1, J7,8b 6.3, J7,8a 2.8 Hz, H-7); 3.82 (dd, 1H, J4,5 4.1, J5,6 1.0 Hz, H-5); 3.63 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8a 2.8 Hz, H-8a); 3.47 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8b 6.3 Hz, H-8b); 2.23 (dd, 1H, J3a,3b 15.0, J4,3a 3.7 Hz, H-3a); 1.84 (dd, 1H, J3a,3b 15.0, J4,3b 2.6 Hz, H-3b).
13C−NMR(150MHz、DO)δ:177.9 (C-1); 97.1 (C-2); 69.3 (C-7); 68.6 (C-6); 68.5 (C-4); 66.8 (C-5); 54.7 (C-8); 32.7 (C-3)
メジャー配座異性体フラノース型(NMR3.0)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.61 (ddd, 1H, J4,3b 6.0, J4,3a 5.0, J4,5 4.8 Hz, H-4); 4.37 (dd, 1H, J4,5 4.8, J5,6 3.5 Hz, H-5); 3.91 (dd, 1H, J6,7 8.2, J5,6 3.5 Hz, H-6); 3.90 (ddd, 1H, J6,7 8.2, J7,8b 6.7, J7,8a 2.6 Hz, H-7); 3.59 (dd, 1H, J8a,8b 13.0, J7,8a 2.6 Hz, H-8a); 3.51 (dd, 1H, J8a,8b 13.0, J7,8b 6.7 Hz, H-8b); 2.40 (dd, 1H, J3a,3b 13.9, J4,3a 5.0 Hz, H-3a); 2.37 (dd, 1H, J3a,3b 13.9, J4,3b 6.0 Hz, H-3b)
13C−NMR(150MHz、DO)δ:178.4 (C-1); 103.8 (C-2); 82.0 (C-5); 72.7 (C-4); 71.8, 71.6 (C-6, C-7); 54.1 (C-8); 45.6 (C-3)
マイナー配座異性体ピラノース型(NMR1.5)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.01 (ddd, 1H, J4,5 4.2, J4,3a 4.0, J4,3b 3.1 Hz, H-4); 3.96 (ddd, 1H, J6,7 8.9, J7,8b 6.2, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.91 (dd, 1H, J6,7 8.9, J5,6 1.2 Hz, H-6); 3.76 (dd, 1H, J4,5 4.2, J5,6 1.2 Hz, H-5); 3.62 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.45 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 6.2 Hz, H-8b); 2.16 (dd, 1H, J3a,3b 15.1, J4,3a 4.0 Hz, H-3a); 2.12 (dd, 1H, J3a,3b 15.1, J4,3b 3.1 Hz, H-3b)
13C−NMR(150MHz、DO)δ:176.7 (C-1); 96.8 (C-2); 69.4 (C-7); 70.9 (C-6); 68.5 (C-4); 66.9 (C-5); 54.8 (C-8); 34.2 (C-3)
マイナー配座異性体フラノース型(NMR1.0)
H−NMR(600MHz、DO)δ:4.58 (ddd, 1H, J4,3a 5.6, J4,5 4.1, J4,3b 1.7 Hz, H-4); 4.24 (dd, 1H, J5,6 4.5, J4,5 4.1 Hz, H-5); 3.97 (dd, 1H, J6,7 7.5, J5,6 4.5 Hz, H-6); 3.91 (ddd, 1H, J6,7 7.5, J7,8b 6.6, J7,8a 3.1 Hz, H-7); 3.60 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 3.1 Hz, H-8a); 3.51 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 6.6 Hz, H-8b); 2.55 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3a 5.6 Hz, H-3a); 2.15 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3b 1.7 Hz, H-3b)
13C−NMR(150MHz、DO)δ:178.3 (C-1); 104.3 (C-2); 83.7 (C-5); 73.0 (C-4); 71.9 (C-6); 70.9 (C-7); 54.5 (C-8); 45.6 (C-3)
実施例13
グラム陰性細菌の検出のための合成中間体(8a)または(8b)の使用
材料および方法
1)細菌株および成長条件
Legionella pneumophila serogroup I、Legionella gormanii(Fluoribacter gormanii)、Escherichia coli K12およびEscherichia coli O13を含むグラム陰性細菌株は、それらの特有の培地中で成長された。Legionella pneumophila serogroup 1およびLegionella gormanii(Fluoribacter gormanii)は、L−システイン、ピロリン酸第二鉄およびα−ケトグルタラートを補足された酵母抽出物(YEC)培地中で成長された。Escherichia coli K12およびcherichia coli O13は、2xYT培地(酵母抽出物、トリプトンおよびNaCl)中で成長された。全ての株は、回転式しんとう機(180rpm)中で37℃で成長された。
2)銅で触媒されたクリックケミストリー手順
一晩培養物は、合成中間体(8a)または(8b)(10mM)を含む1%のDMSO(最終的な体積が300μL)を含む新しい液体媒体で100倍に希釈された。細菌は、37℃で、E. coli株では18時間、そしてLegionella株では24時間培養され、そして次いで200μLのアリコットが、室温で、12000xgで1分間の遠心分離によって、PBS/DMSO(95:5)緩衝液(200μL)で2回、そしてPBS緩衝液(1X、200μL)で1回洗浄された。
ペレットは、200μLの「クリック」溶液(PBS緩衝液およびDMSOの混合物(99:1)中に、CR110-CCH(0.10mM)、アスコルビン酸ナトリウム(5.0mM)、TGTA(4.0mM)および硫酸銅五水和物(2.0mM))中に再懸濁され、そしてよりよい攪拌のために2.0mLのマイクロチューブに移された。この懸濁液は、暗所で、30分間、室温で激しく攪拌され、次いでこの懸濁液は、1.5mLのマイクロチューブに戻された。細菌は、PBS/DMSO(95:5)緩衝液(200μL)で2回、そしてPBS緩衝液(200μL、12000rpm、1分間、室温)で1回洗浄された。ペレットは、PBS緩衝液(200μL)で再懸濁され、そして4℃で暗所に保持された。細菌は、更に共焦点顕微鏡によって分析された。
Figure 2018534312
結果
E. coli (K12およびO13)、Legionella (pneumophila serogroup 1およびgormanii)を含むグラム陰性細菌の幾らかは、合成中間体(8a)および(8b)で検出された。
結論として、合成中間体化合物(8a)および(8b)は、検討されたグラム陰性細菌の4つの例に明確な標識信号をもたらす。
Figure 2018534312
合成は、商業的に入手可能なD−アラビノースから開始され、そして、Kdo−Nでは17モル%の全体収率を95%超の純度で、、4eKdo−Nでは6モル%の全体収率を95%超の純度で、そしてAra−Nでは26モル%の全体収率を95%超の純度で提供している。当業者は、濃度、溶媒の性質、温度、圧力反応の継続時間、および攪拌の変更を含めた、本発明の反応の条件の種々の変更が、本発明の核心から逸脱することなく可能であることを理解するであろう。従って、本発明は、特許請求の範囲に規定された本発明の技術的な等価物を包含している。
参考文献
[1] Gao, J., Harter, R., Gordon, D. M., Whitesides, G. M., J. Org. Chem. 1994, 59, 3714-3715.
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[7] McNicholas, P. A., Batley, M., Redmond, J. W., Carbohydrate Research, 1987, 165, 17-22.

Claims (13)

  1. 以下の式、
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えば、フェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、
    特には、
    5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシム(5)、
    Figure 2018534312
    もしくは、
    5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース(6)
    Figure 2018534312
    から選択される、式VまたはVIの化合物。
  2. 請求項1記載の式VIの化合物または特定の化合物(6)の調製方法であって、
    式Vの化合物、
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、
    あるいは、5−アジド−5−デオキシ−2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシムと称される特定の化合物(5)
    Figure 2018534312
    のいずれかと、有機もしくは無機酸の水溶液との、アルデヒドの存在での化学反応を含む、方法。
  3. 請求項1または2記載の式Vの化合物または特定の化合物(5)の調製方法であって、
    式IVの化合物、
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいは、R、Rは炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、C〜Cパーフルオロアルキル、例えばトリフルオロメチル、ペンタフルオロエチル、あるいはアリール、例えばパラ−メチルフェニル、パラ−ニトロフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているか、または置換されていない、あるいは、2:3−イソプロピリデン−5−O−メタンスルホニル−D−アラビノース O−メチルオキシムと称される、特定の化合物(4)
    Figure 2018534312
    のいずれかの、有機もしくは無機アジド塩との、非極性溶媒または極性非プロトン性溶媒中での化学反応を含む、方法。
  4. 請求項3記載の式IVまたは特定の化合物(4)の調製方法であって、
    式IIIの化合物
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、あるいは、
    2:3−イソプロピリデン−D−アラビノース O−メチルオキシムと称される特定の化合物(3)
    Figure 2018534312
    のいずれかの、塩化スルホニルまたは無水スルホン酸との、有機塩基の存在での、そして極性非プロトン性溶媒の存在のあり、もしくは存在なしでの化学反応を含む、方法。
  5. 5−アジド−5−デオキシ−D−アラビノフラノースまたはAra−N(7)、
    Figure 2018534312
    の合成のための、式VIの合成中間体を、式VIの化合物の保護基の、有機もしくは無機酸の水溶液での、極性非プロトン性溶媒または非極性溶媒中での除去をもたらす反応条件下で反応させることを含む、請求項1記載の式VIの化合物または特定の化合物(6)の使用。
  6. 式VIIIaの化合物、
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、あるいは、
    エチル(4R)−4−{(4R,5R)}−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエートと称される特定の化合物(8a)、
    Figure 2018534312
    のいずれかの合成のための、式VIまたは(6)の化合物の、アルキル2−(ハロメチル)アクリレートとの、金属、例えばインジウムの存在での、そして有機もしくは無機酸の存在ありもしくは存在なしでの、プロトン性溶媒中または水と極性非プロトン性溶媒との混合物中での反応による、請求項1記載の式VIの化合物または特定の化合物(6)の使用。
  7. 式IXaの化合物、
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、あるいは、
    (4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−yl)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエートと称される特定の化合物(9a)、
    Figure 2018534312
    のいずれかの調製のための、式VIIIaの化合物または特定の化合物(8a)のオゾン分解を、オゾンで、プロトン性溶媒中で、−100〜0℃の範囲の温度で行い、そして次いで不安定な中間体化合物が還元剤とプロトン性溶媒中で反応されることを含む、請求項6記載の式VIIIaの化合物または特定の化合物(8a)の使用。
  8. 8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−マンノ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウムまたはKdo−N(10a)、
    Figure 2018534312
    の調製のための、式IXaの化合物または特定の化合物(9a)を、有機もしくは無機酸の水溶液で脱保護を行うことを含む、請求項7記載の式IXaの化合物または特定の化合物(9a)の使用。
  9. 式VIIIbの化合物、
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、あるいは、
    エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエートと称される特定の化合物(8b)、
    Figure 2018534312
    のいずれかの合成のための、式VIの化合物または特定の化合物(6)の、アルキル2−(ハロメチル)アクリレートとの、金属、例えばインジウムの存在での、そして有機もしくは無機酸の水溶液の存在または存在なしでの、極性溶媒中もしくは水と極性非プロトン性溶媒中での、反応による、請求項1記載の式VIの化合物または特定の化合物(6)の使用。
  10. 式IXbの化合物、
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、あるいは、
    (4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエートと称される特定の化合物(9b)、
    Figure 2018534312
    のいずれかの調製のための、式VIIIbの化合物または特定の化合物の、オゾンでの、プロトン性溶媒中での、−100〜0℃の範囲の温度でのオゾン分解を行い、そして次いで不安定な中間体化合物が還元剤と、プロトン性溶媒中で反応されることを含む、請求項9記載の式VIIIbの化合物または特定の化合物(8b)の使用。
  11. 8−アジド−3,8−ジデオキシ−D−グルコ−オクト−2−ウロソン酸アンモニウムまたは4eKdo−N(10b)、
    Figure 2018534312
    調製のための、式IXbの化合物または特定の化合物(9b)の、有機もしくは無機酸の水溶液での脱保護を含む、請求項10記載の式IXbの化合物または特定の化合物(9b)の使用。
  12. a)
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、そして、
    特には以下の、エチル(4R)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−yl)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9a)、
    Figure 2018534312
    b)
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、そして、
    特には以下の、エチル(4R)−4−{(4R,5R)}−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソランー4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8a)、
    Figure 2018534312
    c)
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、そして、
    特には以下の、(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−オキソブタノエート(9b)、
    Figure 2018534312
    d)
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立して、H、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えば、フェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいはR、Rは、炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えば、メチル、エチル、プロピル、ブチル、t−ブチル、ペンチル、ヘキシルまたはベンジルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されていない、そして、
    特には以下の、エチル(4S)−4−{(4R,5R)−5−[(R)−2−アジド−1−ヒドロキシエチル]−2,2−ジメチル−1,3−ジオキソラン−4−イル)−4−ヒドロキシ−2−メチレンブタノエート(8b)、
    Figure 2018534312
    e)
    Figure 2018534312
    式中、
    およびRは、独立してH、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、ブチル、アリール、例えばフェニル、パラ−メトキシフェニルであることができ、あるいは、R、Rは炭素C−6とともに、シクロペンチリデンまたはシクロヘキシリデンであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、ターシャリ−ブチル、ペンチル、またはアリール、例えばフェニル、メチルフェニル、エチルフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているかまたは置換されておらず、そしてRは、C〜Cアルキル、例えばメチル、エチル、プロピル、C〜Cパーフルオロアルキル、例えばトリフルオロメチル、ペンタフルオロエチル、あるいはアリール、例えばパラ−メチルフェニル、パラ−ニトロフェニルであることができ、それらの基のそれぞれは置換されているか、または置換されていない、
    特には以下の、2:3−イソプロピリデン−5−O−メタンスルホニル−D−アラビノース O−メチルオキシム(4)
    Figure 2018534312
    からなる群から選択される化合物。
  13. 請求項12記載の式VIIIaまたはVIIIbの、特には式(8a)または(8b)の化合物の、細菌、特には以下の細菌の属、アシネトバクター属、バクテロイデス属、バルトネラ属、ボルデテラ属、Brachyspira属、ブルセラ属、バークホルデリア属、カンピロバクター属、カルジオバクテリウム属、クラミドフィラ属、クリセオバクテリウム属、クロストリジウム属、コキシエラ属、クロノバクター属、エドワードシエラ属、エーリキア属、エイケネラ属、エリザベトキンギア属、エンテロバクター属、エシェリキア属、フランキセラ属、フゾバクテリウム属、ヘモフィルス属、ヘリコバクター属、クレブシエラ属、レジオネラ属、レプトスピラ属、モーガネラ属、ミクソコッカス属、ナイセリア属、ネオリケッチア属、パスツレラ属、プレシオモナス属、ポルフィロモナス属、プレボテラ属、プロテウス属、プロビデンシア属、シュードアルテロモナス属、シュードモナス属、リケッチア属、ロドシクルス属、サルモネラ属、セラチア属、シノリゾビウム属、シゲラ属、シェワネラ属、Shewamma属、ステノトロホモナス属、ストレプトバチルス属、テナシバキュラム属、トレポネーマ属、ビブリオ属、エルシニア属、を含むグラム陰性細菌の検出のための使用。
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