BR112018010056B1 - Composto de fórmula v ou vi, métodos de preparação dos compostos de fórmula vi, v e iv, usos dos compostos de fórmulas vi, viiia, ixa, viiib e ixb e compostos - Google Patents
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Abstract
COMPOSTO DE FÓRMULA V OU VI, MÉTODOS DE PREPRAÇÃO DOS COMPOSTOS DE FÓRUMLA VI, V E IV, USOS DOS COMPOSTOS DE FÓRMULAS VI, VIIIA, IXA, VIIIB E IXB E COMPOSTO. A invenção refere-se a novos compostos de fórmulas: Fórmula V, X = NOR3; Fórmula VI, X = O em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para-metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não. A invenção também se refere ao seu método de fabricação e seu uso para a síntese de Ara-N3, Kdo-N3 e 4eKdo-N3.
Description
[001] A invenção refere-se a um novo composto intermediário de síntese 5-azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno D-arabinose, que é um composto chave para a síntese de Kdo-N3 conhecido, ou 4eKdo-N3 conhecido ou mesmo Ara-N3 conhecido, por uma nova rota de síntese com excelente rendimento e excelente pureza e fáceis etapas de purificação, juntamente com seu método de preparação e seu uso para a síntese de Kdo-N3 conhecido, ou 4eKdo-N3 conhecido ou mesmo Ara-N3 conhecido. De acordo com um melhor modo particular, a síntese começa a partir da D-arabinose comercialmente disponível e fornece um rendimento global de 17 % em mol para Kdo-N3 com uma pureza de mais de 95 %, um rendimento global de 6 % em mol para 4eK N3 com uma pureza superior a 95 % e um rendimento global de 26 % em mol para Ara-N3 com uma pureza superior a 95 %.
[002] A invenção refere-se ainda a intermediários de síntese, que são reivindicados como novos compostos, selecionados a partir do grupo consistindo em compostos de fórmulas IV, V, VI, VIIIa, VIIIb, IXa e IXb. Mais precisamente, a invenção refere-se ainda a intermediários de síntese específicas selecionados a partir do grupo que consiste nos compostos (4), (5), (6), (8a), (9a), (8b) e (9b), aqui apresentados abaixo.
[003] Mais particularmente, todos estes compostos, incluindo um composto de fórmula V ou VI e em particular de fórmula (5) ou (6), ou um composto de fórmula VIIIa ou VIIIb, e em particular de fórmula (8a) ou (8b), ou um composto de fórmula IXa ou IXb, e em particular de fórmula (9a) ou (9b), poderia ser utilizado para marcação metabólica de bactérias gram negativas e gram positivas ou outros organismos.
[004] Em especial, estes compostos podem ser utilizados para detectar bactérias viáveis na marcação do envelopes bacteriano do mesmo, via modificação metabólica dos envelopes glicanos deles, especialmente a camada de lipopolissacarídeos ou LPS no caso de bactérias Gram negativas, através da incorporação nos seus envelopes glicanos, especialmente o seu LPS, um componente modificado portador de bio relator químico ortogonal, assim decorando a superfície celular e possibilitando a sua detecção com uma reação química, especialmente reação química em clique, permitindo a posterior detecção do relator químico, em um processo global rápido. Esta detecção com uma reação química, especialmente química de clique, é bem conhecida de um técnico no assunto como relatado abaixo. Estas bactérias podem ser, sem limitação, selecionadas do seguinte gênero de bactérias:
[005] Acinetobacter, Bacteroides, Bartonella, Bordetella, Brachyspira, Brucella, Burkholderia, Campylobacter, Cardiobacterium, Chlamydophila, Chryseobacterium, Clostridium, Coxiella, Cronobacter, Edwardsiella, Ehrlichia, Eikenella, Elizabethkingia, Enterobacter, Escherichia, Francisella, Fusobacterium, Haemophilus, Helicobacter, Klebsiella, Legionella, Leptospira, Morganella, Myxococcus, Neisseria, Neorickettsia, Pasteurella, Plesiomonas, Porphyromonas, Prevotella, Proteus, Providencia, Pseudoalteromonas, Pseudomonas, Rickettsia, Rhodocycclus, Salmonella, Serratia, Sinorhizobium, Shigella, Schewanella, Shewamma, Stenotrophomonas, Streptobacillus, Tenacibaculum, Treponema, Vibrio, Yersinia.
[006] Dumont et al. em WO 2013/107759 e Angew. Chem. Int. Ed., 2012, 51, Pg. 3143-3146 e Angew. Chem., 2012, 124, Pg. 3197-3200 mostraram anteriormente que a marcação metabólica de glicano, na qual um monossacarídeo modificado portador de uma função relator é metabolicamente incorporada em glicanos de superfície, poderia ser eficientemente usada para atingir LPS bacterianos (Lipopolissacarídeos) sem especificidade de espécie. Neste primeiro estudo, um derivado azida do ácido 3-deoxi -D- manno- octulosônico, ou ácido ceto deoxioctônico, também denominado Kdo, um monossacarídeo bacteriano, foi incorporado ao núcleo interno do LPS de várias bactérias gram negativas, permitindo detectar as bactérias por uma chamada química em clique. Este derivado de azida foi o 8-azido -8-deoxi -Kdo, composto 1 no Esquema 2 de Dumont et al., 2012, 51, P 3144.
[007] Com relação à síntese química deste 8-azido -8-deoxi -Kdo, Dumont et al. realiza uma condensação de 5-azido -5-deoxi -D- arabinofuranose ou Ara-N3 com oxaloacetato de sódio, sendo o produto isolado como seu sal de amônio em 57 % de rendimento (86 % baseado em Ara-N3 recuperado) após descarboxilação sob condições ligeiramente acídica, ver Dumont et al., 2012, 51 Esquema 3 e o segundo parágrafo completo, Pg. 3144.
[008] Além disso, o artigo de Dumont menciona que o Ara-N3 pode ser obtido por uma estratégia muito direta, simples e econômica da D-arabinose comercial. Mais informações estão disponíveis em uma informação de apoio disponível na Internet em http://dx.doi.org/10.1002/anie.201108127.
[009] Mas Dumont et al. em WO 2013/107759, divulga a partir da página 28, linha 16 a síntese completa. Ara-N3 é preparado a partir de D- arabinose comercial por um passo de tosilação do álcool primário de D- arabinofuranose que é então acetilado para proteger os álcoois remanescentes, e depois reagido com azida de sódio (NaN3), mais desacetilação com um rendimento global de 15 % em mol. Diz-se que o produto 6, Ara-N3, pode ser facilmente purificado por cromatografia flash. Consulte a página 29 e o esquema 1 do documento WO 2013/107759.
[010] A síntese de 5-azido -5-deoxi -D- arabinofuranose e de 8- azido -3,8-dideoxi -D- manno-octulosonato de amônio é então descrita nas páginas 29-31, Ex. 1c (ver esquema 2 na página 31).
[011] A desvantagem desta síntese reside em um fraco rendimento não superior a cerca de 15 % em mol para obter Ara-N3 e também para obter Kdo-N3 e uma maior dificuldade para purificar o Kdo-N3 obtido a partir do meio de reação. De fato, o Kdo-N3 é obtido com um baixo rendimento de purificação e uma baixa reprodutibilidade que proíbe pensar em uma implementação industrial.
[012] O artigo de GILLINGHAM et al. em Nature Chemistry, vol. 2, NR 2, 2010, P 102-105 e em suas informações complementares (2010) disponíveis na Internet em www.nature.com/naturechemistry, as páginas 1-34 descrevem a síntese de 2:3,4: 5- diisopropilideno -D -arabinose O-metiloxima (23) a partir de D-arabinose, por reação com metoxiamina HC1, na página 6, a seguir designada por composto (2) de Fórmula II; e a síntese de O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -D- arabinose (26) a partir de (23), em AcOH sob pressão reduzida, na página 7 depois do composto nomeado (3) de Fórmula III.
[013] Um objetivo principal da presente invenção consiste em resolver o problema técnico de encontrar uma nova rota de síntese com excelente rendimento, excelente pureza e fáceis passos de purificação para a síntese de Kdo-N3 conhecido, ou 4eKdo-N3 conhecido ou até Ara-N3 conhecido.
[014] Um outro objetivo principal da presente invenção consiste em resolver este problema técnico de acordo com uma solução técnica que se acredita ser extrapolável, fiável e reprodutível à escala industrial.
[015] Um outro objetivo da invenção é preparar o conhecido Kdo- N3, ou conhecido 4eKdo-N3 ou mesmo conhecido Ara-N3 através desta nova rota de síntese, a partir da D-arabinose comercialmente disponível.
[016] O método da invenção resolve este problema técnico proporcionando uma nova rota de síntese que atinge o conhecido Kdo-N3, ou conhecido 4eKdo-N3 ou até mesmo conhecido Ara-N3 com excelente rendimento, excelente pureza e fáceis etapas de purificação, notadamente com o uso de cromatografia flash.
[017] O método da invenção utilizado para a síntese de Kdo-N3 e 4eKdo-N3 depende ainda de um passo de acoplamento promovido por índio que mantém a integridade de um grupo azido. Este passo de alongamento central não era óbvio, uma vez que se sabe que o índio reduz eficientemente grupos azida em grupos amino.
[018] O método da invenção permite evitar o uso de cromatografias em coluna de resina de troca iônica para a separação de Kdo-N3 e 4eKdo-N3. Este método de purificação fornece rendimentos e pureza isolados baixos e pouco reprodutíveis para Kdo-N3 e algumas vezes leva à formação de impurezas não separáveis. Além disso, o 4eKdo-N3 era muito difícil de isolar na forma pura.
[019] O método da invenção permite evitar a última condensação com oxaloacetato de sódio cujas condições são difíceis de controlar com precisão e envolve um controle rigoroso do pH e por vezes conduz à formação de impurezas que são muito difíceis de eliminar, tornando o método da invenção mais facilmente reproduzível.
[020] Um outro objetivo da invenção é fornecer novos compostos intermediários de síntese.
[021] Outro objetivo adicional da invenção é utilizar pelo menos alguns destes novos compostos intermediários de síntese para a detecção de bactérias, em particular bactérias gram negativas ou gram positivas, incluindo sem limitação, o seguinte gênero de bactérias:
[022] Acinetobacter, Bacteroides, Bartonella, Bordetella, Brachyspira, Brucella, Burkholderia, Campylobacter, Cardiobacterium, Chlamydophila, Chryseobacterium, Clostridium, Coxiella, Cronobacter, Edwardsiella, Ehrlichia, Eikenella, Elizabethkingia, Enterobacter, Escherichia, Francisella, Fusobacterium, Haemophilus, Helicobacter, Klebsiella, Legionella, Leptospira, Morganella, Myxococcus, Neisseria, Neorickettsia, Pasteurella, Plesiomonas, Porphyromonas, Prevotella, Proteus, Providencia, Pseudoalteromonas, Pseudomonas, Rickettsia, Rhodocycclus, Salmonella, Serratia, Sinorhizobium, Shigella, Schewanella, Shewamma, Stenotrophomonas, Streptobacillus, Tenacibaculum, Treponema, Vibrio, Yersinia.
[023] Os problemas técnicos acima são resolvidos pela invenção como definida pelas reivindicações.
[024] Na descrição e reivindicações, as abreviaturas têm o seu significado usual conhecido por um técnico no assunto de química. Por exemplo:
[025] Me é para metila; Et é para etila; Ms é para metanossulfonila;
[026] Kdo é para o ácido 3-deoxi -D- manno-octulosônico, ou ácido ceto-deoxi -octanóico;
[027] Kdo-N3 é para 8-azido -3,8-dideoxi -D- manno-oct-2- ulosonato e 4eKdo-N3 para o seu diastereoisômero na posição 4, chamado 8- azido -3,8-dideoxi -D- gluco -oct-2- ulosonato;
[028] Ara-N3 é para 5-azido -5-deoxi -D- arabinofuranose.
[029] De acordo com um primeiro aspecto, a invenção refere-se a um novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como um novo composto, de fórmula V ou VI, selecionado a partir de:
Fórmula V, X = NOR3; Fórmula VI, X = O em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[030] De acordo com uma forma de realização particular, a invenção refere-se a um novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como um novo composto, de fórmula V:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[031] e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[032] Mais particularmente, a invenção refere-se ao composto intermediário de síntese específica (5), que é reivindicado como novo composto, denominado O-metiloxima de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (5):
[033] De acordo com outra forma de realização particular, a invenção refere-se a um novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como um novo composto, de fórmula VI:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[034] Mais particularmente, a invenção refere-se ao composto intermediário de síntese específica (6), que é reivindicado como novo composto, denominado 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (6):
Composto (6)
[035] De acordo com um segundo aspecto, a invenção proporciona um método de preparação do composto intermediário de síntese de fórmula VI, compreendendo a reação química do composto de fórmula V:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não; com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico na presença de um aldeído.
[036] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula VI pode ser obtido por reação do composto de fórmula V (10 mg a 100 g), com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico (0,01 a 0,50 M de composto de fórmula V), tais como ácido acético, ácido p-toluenossulfônico, ácido clorídrico, tipicamente uma solução aquosa de ácido acético (60 a 90 %, v/v) e a presença de um aldeído (0,5 a 50,0 equivalentes), tipicamente formaldeído, a uma temperatura entre 0 e 100 °C.
[037] Mais particularmente, a invenção proporciona um método de preparação do composto intermediário de síntese específica (6), compreendendo a reação química do composto (5), denominado O-metiloxima de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose:
sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto VI.
[038] De acordo com uma forma de realização particular, a invenção refere-se à preparação do composto intermediário de síntese de fórmula V, compreendendo a reação química de um composto de fórmula IV:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R4 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila; uma perfluoroalquila C1 a C6 incluindo trifluorometila, pentafluoroetila; ou arila incluindo para-metilfenila, para-nitrofenila; cada um desses grupos sendo substituído ou não;
[039] com um sal de azida orgânico ou inorgânico em um solvente não polar ou em um solvente polar aprótico.
[040] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula V pode ser obtido por reação do composto de fórmula IV (10 mg a 100 g), com um sal de azida orgânico ou inorgânico (0,8 a 15,0 equivalentes) tal como azida de sódio, azida de lítio, azida de tetrabutilamônio, de preferência azida de sódio, em um solvente não polar tal como pentano, hexano, ciclohexano, benzeno, tolueno, clorofórmio, éter dietílico, dioxano ou em um solvente polar aprótico (0,01 a 0,50 M), tal como clorofórmio, diclorometano, tetra-hidrofurano, acetato de etila, acetona, N, N-dimetilformamida, acetonitrila, dimetilsulfóxido, tipicamente N, N-dimetilformamida, a uma temperatura entre 0 e 150.
[041] Mais particularmente, a invenção refere-se à preparação do composto intermediário de síntese específica (5), compreendendo a reação química do composto (4), denominado O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -5-0- metanossulfonil-D- arabinose:
[042] sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto V.
[043] De acordo com outra forma de realização particular, a invenção refere-se à preparação do composto intermediário de síntese de fórmula IV, compreendendo a reação química do composto de fórmula III:
Fórmula (III) em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não; com um cloreto de sulfonila ou anidrido sulfônico na presença de uma base orgânica e na presença ou não de um solvente polar aprótico.
[044] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula IV pode ser obtido por reação do composto de fórmula III (10 mg a 100 g), com um cloreto de sulfonila ou anidrido sulfônico (0,8 a 4,0 equivalentes), tal como cloreto de metanossulfonila, cloreto de p- toluenossulfonila, cloreto de p-nitrobenzenossulfonila, anidrido metanossulfônico, anidrido trifluorometanossulfônico, preferivelmente cloreto de metanossulfonila, na presença de uma base orgânica (0,8 a 200 equivalentes), tal como piridina, trietilamina, diisopropiletilamina e na presença ou não de um solvente polar aprótico (0,05 a 0,50 M), tais como clorofórmio, diclorometano, tetra-hidrofurano, acetato de etila, acetona, N, N-dimetilformamida, acetonitrila, dimetilsulfóxido, a uma temperatura entre - 30 e 100.
[045] Mais particularmente, a invenção refere-se à preparação do composto intermediário de síntese específica (4), compreendendo a reação química do composto (3), denominado O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -D- arabinose, conhecida por GILLINGHAM citada acima:
sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto IV.
[046] De acordo com outra forma de realização particular, a invenção refere-se à preparação do composto intermediário de síntese de fórmula III, compreendendo a reação química de um composto de fórmula II:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não; por desproteção do diol terminal com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico.
[047] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula III pode ser obtido a partir do composto de fórmula II (10 mg a 100 g) por desproteção do diol terminal com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico (0,01 a 0,50 M de composto de fórmula II), tais como ácido fórmico, ácido acético, ácido trifluoroacético, ácido p-toluenossulfônico, ácido sulfúrico, ácido clorídrico, tipicamente uma solução aquosa de ácido acético (60 a 90 %, v/v), a pressão reduzida (150 a 400 mbar) e a uma temperatura entre 20 e 60 °C.
[048] Mais particularmente, a invenção refere-se à preparação do composto intermediário de síntese específica (3), compreendendo a reação química do composto (2), denominado O-metiloxima de 2:3,4: 5- diisopropilideno -D- arabinose conhecida per se de GILLINGHAM citado acima:
[049] sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto III.
[050] De acordo com outra forma de realização particular, a invenção refere-se à preparação do intermediário de síntese da fórmula II, compreendendo a reação química da D-arabinose com um cloridrato de O-alquil- hidroxilamina, um cloridrato de O-fenil-hidroxilamina, substituído ou não no seu anel aromático ou O-cloridrato de benzil-hidroxilamina substituído ou não no seu anel aromático na presença de uma base orgânica, com ou sem um solvente prótico; o resíduo em bruto sendo então reagido com uma cetona, um aldeído ou o cetal correspondente, na presença de um ácido de Bronsted ou Lewis.
[051] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula II pode ser obtido por reação de D-arabinose (10 mg a 100 g) e um cloridrato de O-alquil-hidroxilamina, um cloridrato de O-fenil-hidroxilamina, substituído ou não no seu anel aromático ou O-benzil-hidroxilamina cloridrato substituído ou não no seu anel aromático (0,5 a 15,0 equivalentes), como O- metil-hidroxilamina, O-etil-hidroxilamina, O-propil-hidroxilamina, O-isopropil- hidroxilamina, O-(1- metilpropil) hidroxilamina, O-butilhidroxilamina, O-isobutil- hidroxilamina, O-terc-butil-hidroxilamina, O-pentil-hidroxilamina, O-metilbutil- hidroxiamina, O-(1,2- dimetilpropil) hidroxilamina, O-(2,2-dimetilpropil) hidroxilamina; ou tal como O-fenil-hidroxilamina, O-(2-metilfenil) hidroxilamina, O-(3-metilfenil) hidroxilamina, O-(4- metilfenil) hidroxilamina, O-(4- etilfenil) hidroxilamina; tipicamente O-metil-hidroxilamina, na presença de uma base orgânica (0,8 a 100 equivalentes), tal como piridina, trietilamina, diisopropiletilamina, tipicamente piridina, com ou sem um solvente prótico (0,05 a 0,50 M), tal como terc-butanol, N-propanol, isopropanol, etanol, metanol, preferencialmente metanol ou etanol, a uma temperatura entre - 10 e 100 °C. Em seguida, o resíduo bruto pode reagir com uma cetona, um aldeído ou o cetal correspondente (1,5 a 50,0 equivalentes), tais como formaldeído, acetaldeído, paraldeído, 1,1-dietoxietano, acetona, 2,2-dimetoxipropano, 2-metoxipropeno, 2- butanona, ciclohexanona, 1,1-dimetoxiciclohexano, 1-etoxiciclohexeno, tipicamente 2,2-dimetoxipropano, na presença de um ácido de Bronsted ou Lewis (0,01 a 10,0 equivalentes), tais como ácido sulfônico, ácido p- toluenossulfônico, piridinio p-toluenossulfonato, ácido canforsulfônico, tipicamente ácido p-toluenossulfônico, a uma temperatura entre 0 e 100 °C.
[052] De acordo com um terceiro aspecto, a invenção refere-se ao uso do composto intermediário de síntese de fórmula VI para a síntese de 5- azido -5-deoxi -D- arabinofuranose ou Ara-N3 (7):
[053] Compreendendo reagir o intermediário de síntese de fórmula VI, sob condições de reação, proporcionando a remoção do grupo de proteção do composto de fórmula VI com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico em um solvente polar aprótico ou solvente não polar.
[054] De acordo com uma característica particular, o produto de interesse (7) pode ser preparado por remoção do grupo de proteção do composto de fórmula VI (10 mg a 100 g) com uma solução aquosa ou alcoólica (30 a 70 %, v/v) de um produto orgânico ou ácido inorgânico (10 a 200 equivalentes), tal como ácido fórmico, ácido acético, ácido trifluoroacético, ácido p-toluenossulfônico, ácido sulfônico, ácido clorídrico, ou uma resina acética (10 a 200 equivalentes), tal como Amberlyst 15, Dowex® 50W, Amberlite® IR, tipicamente ácido trifluoroacético; em um solvente polar aprótico (0,01 a 0,50 M), tal como clorofórmio, diclorometano, tetra- hidrofurano, acetato de etila, acetona, N, N-dimetilformamida, acetonitrila, dimetilsulfóxido ou solvente não polar tal como pentano, hexano, ciclohexano, benzeno, tolueno, clorofórmio, éter dietílico, dioxano, tipicamente diclorometano, ou um solvente prótico tal como um álcool, a uma temperatura entre 0 e 100 °C.
[055] Além disso, a invenção refere-se ao uso do composto intermediário de síntese de fórmula VI para a síntese do intermediário de fórmula VIIIa:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não;
[056] e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não;
[057] por reação do composto de fórmula VI com 2- (halometil) acrilato de alquila, na presença de um metal tal como índio, e a presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico, em um solvente prótico ou em uma mistura de água e um solvente polar aprótico.
[058] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula VIIIa pode ser obtido por reação do composto de fórmula VI (10 mg a 50 g) com 2- (halometil) acrilato de alquila (1,0 a 15,0 equivalentes), na presença de índio (0,8 a 3,0 equivalentes) e na presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico (0,5 a 10,0 equivalentes), tal como ácido fórmico, ácido clorídrico, de preferência ácido fórmico (5 a 20 %, v/v), em um solvente prótico tal como terc-butanol, N-propanol, isopropanol, etanol, metanol, preferivelmente etanol ou uma mistura de água e um solvente polar aprótico tal como clorofórmio, diclorometano, tetra-hidrofurano, acetato de etila, acetona, N, N-dimetilformamida, acetonitrila, dimetilsulfóxido (0,01 a 0,30 M), tipicamente acetonitrila, a uma temperatura entre - 20 e 60.
[059] Mais particularmente, a invenção refere-se ao uso de um composto intermediário de síntese específica (6) para a síntese do composto (8a), denominado (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil - 1,3-dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato de etila:
sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto VIIIa.
[060] A invenção refere-se ainda ao uso do composto de fórmula VIIIa para a preparação do intermediário de fórmula IXa:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não; compreendendo a realização de uma ozonólise do composto de fórmula VIIIa, com ozônio em um solvente prótico, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C, e depois o composto intermediário instável sendo reagido com um agente redutor, em um solvente prótico.
[061] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula IXa pode ser obtido por ozonólise do composto de fórmula VIIIa (10 mg a 50 g) com ozônio em um solvente prótico (0,01 a 0,10 M), tal como terc-butanol, N-propanol, isopropanol, etanol, metanol, tipicamente metanol, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C. Em seguida, o composto intermediário instável poderia reagir com um agente redutor (0,8 a 50,0 equivalentes), tais como trifenilfosfina, tioureia ou sulfureto de dimetila, tipicamente sulfureto de dimetila, em um solvente prótico (0,01 a 0,10 M), tal como terc-butanol, N- propanol, isopropanol, etanol, metanol, tipicamente metanol, a uma temperatura entre - 20 e 40 °C.
[062] Mais particularmente, a invenção refere-se ao uso do composto específico (8a) para a preparação do composto específico (9a), denominado (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida - 1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3- dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- oxobutanoato:
sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto IXa.
[063] A invenção refere-se ainda ao uso do composto de fórmula IXa para a preparação de 8-azido -3,8-dideoxi -D- manno-oct-2- ulosonato de amônio ou Kdo-N3 (10a):
compreendendo a desproteção do composto de fórmula IXa com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico.
[064] De acordo com uma característica particular, o produto de interesse (10a) pode ser obtido por desproteção do composto de fórmula IXa (10 mg a 50 g) com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico (20 a 200 equivalentes), tal como ácido acético, ácido trifluoroacético, ácido sulfúrico, ácido clorídrico, preferivelmente ácido trifluoroacético (5 a 30 %, v/v), a uma temperatura entre 0 e 80 °C.
[065] De acordo com outra forma de realização, a invenção refere- se ao uso do composto intermediário de síntese de fórmula VI para a síntese do intermediário de fórmula VIIIb:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para-metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não; por reação do composto de fórmula VI com 2- (halometil) acrilato de alquila, na presença de um metal tal como índio, e a presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico, em um solvente prótico ou em uma mistura de água e um solvente polar aprótico.
[066] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula VIIIb pode ser obtido por reação do composto de fórmula VI (10 mg a 50 g) com 2- (halometil) acrilato de alquila (1,0 a 15,0 equivalentes), na presença de índio (0,8 a 3,0 equivalentes) e na presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico (0,5 a 10,0 equivalentes), tal como ácido fórmico, ácido clorídrico, de preferência ácido fórmico (5 a 20 %, v/v), em um solvente prótico tal como terc-butanol, N-propanol, isopropanol, etanol, metanol, preferivelmente etanol ou uma mistura de água e um solvente polar aprótico tal como clorofórmio, diclorometano, tetra-hidrofurano, acetato de etila, acetona, N, N-dimetilformamida, acetonitrila, dimetilsulfóxido (0,01 a 0,30 M), tipicamente acetonitrila, a uma temperatura entre - 20 e 60.
[067] Mais particularmente, a invenção refere-se ao uso do composto intermediário de síntese específica (6) para a síntese do composto específico (8b), denominado (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2 -azido -1-hidroxietil] - 2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il) - 4- hidroxi -2- metilenobutanoato de etila:
sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto VIIIb.
[068] A invenção refere-se ainda ao uso do composto de fórmula VIIIb para a preparação do composto intermediário de fórmula IXb:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não; compreendendo a realização de uma ozonólise do composto de fórmula VIIIb, com ozônio em um solvente prótico, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C, e depois o composto intermediário instável sendo reagido com um agente redutor, em um solvente prótico.
[069] De acordo com uma característica particular, o composto de fórmula IXb pode ser obtido por ozonólise do composto de fórmula VIIIb (10 mg a 50 g) com ozônio em um solvente prótico (0,01 a 0,10 M), tal como terc-butanol, N-propanol, isopropanol, etanol, metanol, tipicamente metanol, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C. Em seguida, o composto intermediário instável poderia reagir com um agente redutor (0,8 a 50,0 equivalentes), tais como trifenilfosfina, tioureia ou sulfureto de dimetila, tipicamente sulfureto de dimetila, em um solvente prótico (0,01 a 0,10 M), tal como terc-butanol, N- propanol, isopropanol, etanol, metanol, tipicamente metanol, a uma temperatura entre - 20 e 40 °C.
[070] Mais particularmente, a invenção refere-se ao uso do composto específico (8b) para a preparação do composto específico (9b), denominado (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida - 1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3- dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- oxobutanoato:
sob as mesmas condições de reação anteriores que a preparação do composto IXb.
[071] A invenção refere-se ainda ao uso do composto de fórmula IXb para a preparação de 8-azido -3,8-dideoxi -D- gluco-oct-2- ulosonato de amônio ou 4eKdo-N3 (10b):
compreendendo a desproteção do composto de fórmula IXb, com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico.
[072] De acordo com uma característica particular, o produto de interesse (10b) pode ser obtido por desproteção do composto de fórmula IXb (10 mg a 50 g) com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico (20 a 200 equivalentes), tal como ácido acético, ácido trifluoroacético, ácido sulfúrico, ácido clorídrico, preferivelmente ácido trifluoroacético (5 a 30 %, v/v), a uma temperatura entre 0 e 80 °C.
[073] A invenção refere-se ainda ao seguinte novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como novo composto:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[074] Mais precisamente, a invenção refere-se ao composto intermediário de síntese específica (9a), que é reivindicado como novo composto, denominado (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1 -hidroxietil] -2,2- dimetil -1,3-dioxolan-4- il} -4- hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9a), conforme segue:
[075] A invenção refere-se ainda ao seguinte novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como novo composto:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[076] Mais precisamente, a invenção refere-se ao composto intermediário de síntese específica (8a), que é reivindicado como novo composto, denominado (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1 -hidroxietil] -2,2- dimetil -l, 3-dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato (8a), conforme segue:
[077] A invenção refere-se ainda ao seguinte novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como novo composto:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[078] Mais precisamente, a invenção refere-se ao composto intermediário de síntese (9b), que é reivindicado como novo composto, denominado (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1- hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3- dioxolan-4- il} -4- hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9b), conforme segue:
[079] A invenção refere-se ainda ao seguinte novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como novo composto:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[080] Mais precisamente, a invenção refere-se ao composto intermediário de síntese específica (8b), que é reivindicado como novo composto, denominado (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1 -hidroxietil] -2,2- dimetil -1,3-dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato de etila (8b), conforme segue:
[081] A invenção refere-se ainda ao seguinte novo composto intermediário de síntese, que é reivindicado como novo composto:
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R4 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila; uma perfluoroalquila C1 a C6 incluindo trifluorometila, pentafluoroetila; ou arila incluindo para-metilfenila, para-nitrofenila; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[082] Mais precisamente, a invenção refere-se ao composto intermediário de síntese específica (4), que é reivindicado como novo composto, chamado O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -5-0-metanossulfonil-D- arabinose (4), conforme segue:
[083] De acordo com um outro aspecto, a invenção refere-se ao uso de alguns intermediários de síntese, e em particular de um composto de fórmula V ou VI e em particular de fórmula (5) ou (6), ou de um composto de fórmula VIIIa ou VIIIb e, em particular, de fórmula (8a) ou (8b), ou de um composto de fórmula IXa ou IXb e, em particular, de fórmula (9a) ou (9b), para detectar bactérias, em particular bactérias gram negativas, incluindo, sem limitação, o seguinte gênero de bactérias:
[084] Acinetobacter, Bacteroides, Bartonella, Bordetella, Brachyspira, Brucella, Burkholderia, Campylobacter, Cardiobacterium, Chlamydophila, Chryseobacterium, Clostridium, Coxiella, Cronobacter, Edwardsiella, Ehrlichia, Eikenella, Elizabethkingia, Enterobacter, Escherichia, Francisella, Fusobacterium, Haemophilus, Helicobacter, Klebsiella, Legionella, Leptospira, Morganella, Myxococcus, Neisseria, Neorickettsia, Pasteurella, Plesiomonas, Porphyromonas, Prevotella, Proteus, Providencia, Pseudoalteromonas, Pseudomonas, Rickettsia, Rhodocycclus, Salmonella, Serratia, Sinorhizobium, Shigella, Schewanella, Shewamma, Stenotrophomonas, Streptobacillus, Tenacibaculum, Treponema, Vibrio, Yersinia.
[085] De acordo com a presente invenção, todas as percentagens são dadas por % de mol, a temperatura é em °C, a pressão é a pressão atmosférica, salvo indicação em contrário.
[086] De acordo com a invenção, e em referência ao Esquema 1 conforme segue, os compostos alvo (10a) (8-azido -8-deoxi -Kdo) e (10b) (8-azido -8-deoxi -4eKdo) foram sintetizados em 11 passos a partir da D- arabinose com um rendimento global de 17 % em mol e uma pureza superior a 95 % para o composto (10a) e rendimento global de 6 % em mol e uma pureza superior a 95 % para (10b). O passo chave em ambas as sínteses é uma alilação mediada por índio [1] de um intermediário de aldeído comum (6) que por sua vez é obtido a partir de um intermediário de éter de oxima [2]. E o composto alvo (7) (5-azido -Ara) foi sintetizado em 7 passos a partir da D-arabinose com um rendimento global de 26 % em mol e uma pureza superior a 95 %.
[087] De acordo com formas de realização específicas, a reação de D-arabinose com O-metil-hidroxilamina em piridina seca proporcionou a correspondente O-metiloxima. O intermediário resultante foi então protegido no seu composto bis- isopropilideno (2) por reação com 2,2-dimetoxipropano e uma quantidade catalítica de ácido p-toluenossulfônico. Este composto foi obtido como uma mistura de éteres E e Z-oxima, mas não foi tentada nenhuma purificação preparativa uma vez que estes éteres de oxima foram planejados para serem hidrolisados mais tarde.
[088] A desproteção seletiva do terminal acetonida em ácido acético aquoso a 80 % sob pressão reduzida (200 mbar) produziu o composto (3) com um rendimento de 58 % a partir da D-arabinose. O derivado azida (5) foi obtido por mesilação seletiva do álcool primário em piridina, seguida por uma substituição nucleofílica utilizando azida sódica em dimetilformamida (78 % em 2 etapas).
[089] Para obter o intermediário de aldeído comum (6), uma primeira tentativa de ozonólise de éteres de oxima (5) seguida por redução de intermediários instáveis com sulfeto de dimetila, produziu apenas 23 % do composto (6) após purificação cromatográfica. Métodos oxidativos para regenerar o aldeído a partir de oximas usando nitrato de amônio e cério [3] ou uma mistura de cloreto de trimetilsilila e nitrito de sódio [4] não tiveram sucesso.
[090] Finalmente, o aldeído alvo (6) foi obtido por hidrólise de éteres de oxima (5) em ácido acético aquoso pela adição de uma quantidade estequiométrica de formaldeído para reter a O-metil-hidroxilamina libertada. Este intermediário comum (6) foi primeiro transformado em 5-azido -5-deoxi -D- arabinose (7) por remoção do grupo isopropilideno com uma mistura de ácido trifluoroacético e água em diclorometano. Assim, obteve-se 5-azido -5-deoxi -D- arabinofuranose (7) em 58 % a partir do composto (5).
[091] A alilação mediada por índio do tipo Barbier do aldeído (6) com 2- (bromometil) acrilato de etila deu os dois diastereômeros eritro (8a) e treo (8b), sendo o isômero eritro o principal produto em uma proporção de 2: 1 como predito por Felkin-Anh modelo [5]. A confirmação destas configurações absolutas foi obtida por conversão de cada diastereômero em compostos (10a) e (10b), respectivamente, e comparando os seus espectros de RMN com os do 8-azido - 8-deoxi -Kdo [6] anteriormente sintetizado.
[092] Assim, os dois diastereômeros foram separados por cromatografia flash sobre sílica gel e cada produto foi submetido separadamente a ozonólise em metanol para proporcionar, após adição de dimetilsulfeto, os alfa-ceto éteres (9a) e (9b), respectivamente. A hidrólise final dos ésteres e acetonetos foi realizada com ácido trifluoroacético aquoso a 10 % a 40 °C. A instabilidade dos ácidos ulosônicos em condições ácidas [7] tornou essa etapa crítica e a evaporação de solventes teve que ser feita no evaporador rotativo sem aquecimento, seguida de co-evaporação com tolueno para permitir a completa eliminação do ácido. Finalmente, o resíduo foi neutralizado com amoníaco aquoso dando compostos (10a) e (10b) em 71 % (de (8a)) e 46 % (de (8b)), respectivamente. O composto (10a) provou ser idêntico ao 8-azido -3,8-dideoxi -D- manno-octulosonato descrito anteriormente. Esta abordagem também proporcionou o seu 4- epímero, 8- azido -3,8-dideoxi -D- gluco-octulosonato (10b).
[093] É aparente que o esquema de reação química I ou esquema 1, conforme segue, partindo da D-arabinose comercialmente disponível para atingir à vontade o Kdo-N3 conhecido, ou conhecido 4eKdo- N3 ou até mesmo conhecido Ara-N3, faz parte integrante da invenção e é reivindicada em todos os seus aspectos, em parte ou em combinação.
em que: R1 e R2 podem ser independentemente H; uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila; arila, incluindo fenila, para- metoxifenila; ou R1, R2 em conjunto com o carbono C-6 podem ser um ciclopentilideno ou ciclohexilideno; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R3 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, isopropila, butila, isobutila, terc-butila, pentila; ou arila, incluindo fenila, metilfenila, etilfenila, cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R4 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila; uma perfluoroalquila C1 a C6 incluindo trifluorometila, pentafluoroetila; ou arila incluindo para-metilfenila, para-nitrofenila; cada um desses grupos sendo substituído ou não; e R5 pode ser uma alquila C1 a C6 incluindo metila, etila, propila, butila, t-butila, pentila, hexila; ou benzila; cada um desses grupos sendo substituído ou não.
[094] A cromatografia em camada fina foi realizada sobre Merck 60 F254 com detecção por UV e / ou por carbonização com ácido sulfônico ou com soluções de KMnO4 ou ácido fosfomolibídico. A sílica gel 60 40-63 μm foi usada para cromatografia flash em coluna.
[095] Os espectros de RMN foram obtidos em espectrômetros Bruker Avance 300 ou 500 MHz, utilizando o solvente residual protonado como padrão interno. Os desvios químicos são dados em partes por milhão (ppm) e as constantes de acoplamento são reportadas como Hertz (Hz). Os padrões de divisão são designados por singuleto (s), dupleto (d), tripleto (t), dupleto de dupleto (dd), dupleto de dupleto de dupleto (ddd). Os padrões de divisão que não puderam ser interpretados ou facilmente visualizados são designados como multipleto (m).
[096] Os espectros de massa foram tomados em um Waters LCT Premier XE (ToF), com ionização por electrospray no modo de detecção positivo (ESI +) ou negativo (ESI-).
[097] Os espectros de IR-FT foram registados em um espectrômetro Perkin Elmer Spectrum 100. Absorções características são relatadas em cm-1.
[098] As rotações óticas específicas foram medidas a 20 °C com um polarímetro Anton Paar MCP 300 em uma célula de 10 cm a 20 °C e 589 nm.
[099] Todos os reagentes biológicos e químicos foram de grau analítico ou de cultura celular, obtidos a partir de fontes comerciais e utilizados sem mais purificações.
[0100] As estirpes de Escherichia coli e Legionella foram adquiridas da ATCC-LGC ou do Instituto Leibniz DSMZ (E. coli K12 ATCC 700926, E. coli O13 ATCC 15223, Legionella pneumophila Sg1 Philadelphia DSM 25020 e Legionella (Fluoribacter) gormanii ATCC 33342).
[0101] As experiências de microscopia de fluorescência foram realizadas em um Leica SP8 confocal direto (DM 6000), utilizando uma lente de imersão em óleo PLAN APO 63x (Leica), um laser de argônio (488 nm) e um detector híbrido GaAsP (Hamamatsu). O microscópio foi operado com o programa LAS-X. O programa ImageJ foi usado para tratamento de imagens.
[0102] Síntese de O-metiloxima de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (5):
[0103]A uma solução de (4E / 4Z) (810 mg, 2,72 mmol, 1,0 eq.) em N, N-dimetilformamida (30,0 mL, 0,10 M), adicionou-se azida de sódio (531 mg, 8,17 mmol, 3,0 eq.) e a mistura de reação foi aquecida a 80 °C durante 15 horas. O solvente foi então removido sob pressão reduzida e o resíduo foi purificado por cromatografia flash em coluna (ciclohexano / acetato de etila 9: 1) para dar uma mistura de O-metiloxima de 5-Azido -5- deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (5E / 5Z) (proporção de RMN 7:3, 637 mg, 96 %) como óleo amarelado. Uma fração de (5E) foi isolada por cromatografia flash em coluna (diclorometano / MTBE 97:3) para suas caracterizações. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0104]Rf (ciclohexano / acetato de etila 8: 2): 0,30.
[0105]I R (cm-1): 3458, 2989, 2939, 2823, 2100, 1630, 1443, 1373, 1213, 1164, 1066, 1036, 885, 865.
[0106]HRMS (ESI+): [M+H]+ (C9H17N4O4+) Calc. m/z: 245.1245, encontrado: 245.1250.
[0107]Rf (diclorometano / MTBE 97:3): 0,23.
[0108]1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 7.42 (d, 1H, J1,2 5.8 Hz, H- 1); 4.54 (dd, 1H, J2,3 7.2, J1,2 5.8 Hz, H-2); 3.98 (dd, 1H, J2,3 7.2, J3,4 6.4 Hz, H-3); 3.92 (dddd, 1H, J3,4 6.4, J4,5b 6.2, J4,OH 3.9, J4,5a 3.8 Hz, H-4); 3.85 (s, 3H, CH3-O); 3.46 (dd, 1H, J5a,5b 12.5, J4,5a 3.8 Hz, H-5a); 3.42 (dd, 1H, J5a,5b 12.5, J4,5b 6.2 Hz, H-5b); 2.61 (d, 1H, J4,OH 3.9 Hz, OH); 1.41 (s, 3H, CH3-C); 1.39 (s, 3H, CH3-C).
[0109]13C-NMR (125 MHz, CDCl3) δ: 148.4 (C-1); 110.6 (C-6); 78.8(C-3); 75.8 (C-2); 71.5 (C-4); 62.3 (CH3-O); 53.7 (C-5); 27.0, 26.8 (2 CH3-C).
[0110]1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 6.86 (d, 1H, J1,2 6.1 Hz, H- 1); 4.94 (dd, 1H, J2,3 7.2, J1,2 6.1 Hz, H-2); 3.93 (s, 3H, CH3-O); 3.87 (ddd, 1H, J3,4 7.5, J4,5b 6.4, J4,5a 2.8 Hz, H-4); 3.82 (dd, 1H, J3,4 7.5, J2,3 7.2 Hz, H- 3); 3.47 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5a 2.8 Hz, H-5a); 3.39 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5b 6.4 Hz, H-5b); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.38 (s, 3H, CH3-C).
[0111]13C-NMR (75 MHz, CDCl3) δ: 150.8 (C-1); 111.0 (C-6); 80.0 (C-3); 72.9 (C-2); 72.5 (C-4); 62.8 (CH3-O); 53.5 (C-5); 26.9, 26.5 (2 CH3-C).
[0112] Síntese de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (6):
[0113]A uma solução de (5E / 5Z) (820 mg, 3,36 mmol, 1,0 eq.), como preparada a partir do Exemplo 1, em ácido acético aquoso a 80 % (v/v) (120 mL) foi adicionado formaldeído (0,8 mL) e a mistura de reação foi agitada durante 1 hora à temperatura ambiente. Os solventes foram removidos sob pressão reduzida e a co-evaporação com tolueno foi feita para assegurar a completa eliminação do ácido acético. O composto bruto 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (6) (682 mg) foi utilizado diretamente no passo seguinte sem purificação adicional.
[0114] Rf (ciclohexano / acetato de etila 7:3): 0,56.
[0115] IR (cm-1): 3408, 2988, 2936, 2100, 1733, 1440, 1373, 1238, 1213, 1164, 1063, 863.
[0116] 1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 9.79 (d, 1H, J1,2 1.2 Hz, H-1); 4.41 (dd, 1H, J2,3 6.4, J1,2 1.2 Hz, H-2); 4.04 (dd, 1H, J2,3 6.4, J3,4 6.1 Hz, H-3); 3.90 (ddd, 1H, J4,5b 6.4, J3,4 6.1, J4,5a 3.4 Hz, H-4); 3.51 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5a 3.4 Hz, H-5a); 3.43 (dd, 1H, J5a,5b 12.8, J4,5b 6.4 Hz, H-5b); 1.47 (s, 3H, CH3-C); 1.37 (s, 3H, CH3-C).
[0117] HRMS (ESI+): [2M+Na]+ (C16H26N6NaO8+) Calc. m/z: 453.1704, encontrado: 453.1726.
[0118] Síntese da O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -5-O- metanossulfonil-D- arabinose (4)
[0119] A uma solução de O-metiloxima de 3:3- isopropilideno -D- arabinose (3) (3E / 3Z) (100 mg, 0,46 mmol, 1,0 eq.) em piridina seca (2,0 mL) a - 20 °C, adicionou-se cloreto de mesila 0,10 mL, 1,37 mmol, 3,0 eq. E agitou-se a mistura de reação durante 1,5 horas a -20 C. Após a reação com CH3OH (0,3 mL), os solventes foram removidos sob vácuo. O resíduo resultante foi purificado por cromatografia em coluna flash de sílica (ciclohexano / acetato de etila 6: 4) para dar uma mistura de O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -5-0- metanossulfonil-D- arabinose (4E / 4Z) (relação NMR 4: 1, 110 mg, 81 %) como um óleo incolor. Obteve-se uma alíquota de isômero puro (4E) por cromatografia flash em coluna (diclorometano / éter dietílico 9: 1) e caracterizou-se. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0120] Rf (ciclohexano / acetato de etila 6: 4): 0,24.
[0121] IR (cm-1): 3500, 2989, 2941, 2824, 1631, 1458, 1350, 1215, 1170, 1067, 1033, 959, 887, 863, 833.
[0122] HRMS (ESI+): [M+H]+ (C10H20NO7S+) Calc. m/z: 298.0955, encontrado: 298.0947.
[0123] Rf (ciclohexano / acetato de etila 6: 4): 0,20.
[0124] 1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 7.42 (d, 1H, J1,2 5.6 Hz, H-1); 4.56 (dd, 1H, J2,3 6.8, J1,2 5.6 Hz, H-2); 4.41 (dd, 1H, J5a,5b 11.0, J4,5a 2.7 Hz, H- 5a); 4.28 (dd, 1H, J5a,5b 11.0, J4,5b 5.7 Hz, H-5b); 4.03 (ddd, 1H, J3,4 7.0, J4,5b 5.7, J4,5a 2.7 Hz, H-4); 4.01 (dd, 1H, J2,3 6.8, J3,4 7.0 Hz, H-3); 3.85 (s, 3H, CH3-O); 3.06 (s, 3H, CH3-S); 1.41 (s, 3H, CH3-C); 1.39 (s, 3H, CH3-C).
[0125] 13C-NMR (125 MHz, CDCl3) δ: 148.2 (C-1); 110.9 (C-6); 77.9 (C-3); 76.2 (C-2); 70.9 (C-5); 70.8 (C-4); 62.3 (CH3-O); 37.8 (CH3-S); 27.0, 26.9 (2 CH3-C).
[0126] 1H-NMR (300 MHz, CDCl3) δ: 6.87 (d, 1H, J1,2 5.9 Hz, H-1); 4.96 (dd, 1H, J2,3 7.3, J1,2 5.9 Hz, H-2); 4.45 (dd, 1H, J5a,5b 11.4, J4,5a 2.4 Hz, H- 5a); 4.29 (dd, 1H, J5a,5b 11.4, J4,5b 7.9 Hz, H-5b); 3.98 (ddd, 1H, J4,5b 7.9, J4,3 7.5, J4,5a 2.4 Hz, H-4); 3.93 (s, 3H, CH3-O); 3.84 (dd, 1H, J3,4 7.5, J3,2 7.3 Hz, H-3); 3.06 (s, 3H, CH3-S); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.39 (s, 3H, CH3-C).
[0127] 13C-NMR (75 MHz, CDCl3) δ: 150.7 (C-1); 111.2 (C-6); 79.1 (C-3); 72.9 (C-2); 71.3 (C-5); 70.9 (C-4); 62.9 (CH3-O); 37.9 (CH3-S); 27.0, 26.6 (2 CH3-C).
[0128] Síntese da O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -D- arabinose (3)
[0129]Uma solução de O-metiloxima de 2:3,4: 5- diisopropilideno -D- arabinose (2) (2E / 2Z) e impureza (1,50 g) em ácido acético aquoso a 80 % (v/v) (30 mL) foi aquecida a 40 °C a 200 mbar de pressão em um rotavapor. Após 2,5 horas, os solventes foram removidos sob pressão reduzida e o resíduo foi co-evaporado com tolueno. Uma mistura de O-metiloxima de isômeros 2:3- isopropilideno -D- arabinose (3E / 3Z) (relação de RMN 4: 1, 876 mg, 58 % ao longo de 3 passos) foi obtida após cromatografia em coluna flash de sílica gel (ciclohexano / acetato de etila 1: 1) como óleo incolor. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0130]Rf (ciclohexano / acetato de etila 1: 1): 0,24.
[0131]I R (cm-1): 3409, 2939, 1373, 1216, 1040, 885.
[0132]HRMS (ESI+): [M+H]+ (C9H18NO5+) Calc. m/z: 220.1179, encontrado: 220.1184.
[0133]1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 7.44 (d, 1H, J1,2 5.5 Hz, H- 1); 4.56 (dd, 1H, J2,3 7.4, J1,2 5.5 Hz, H-2); 4.07 (dd, 1H, J2,3 7.4, J3,4 5.6 Hz, H-3); 4.13 (ddd, 1H, J3,4 5.6, J4,5 5.1, J4,5 4.7 Hz, H-4); 3.84 (s, 3H, CH3-O); 3.72-3.68 (m, 2H, 2 H-5); 1.42 (s, 3H, CH3-C); 1.38 (s, 3H, CH3-C).
[0134]13C-NMR (125 MHz, CDCl3) δ: 149.1 (C-1); 110.3 (C-6); 79.4 (C-3); 75.0 (C-2); 71.6 (C-4); 63.4 (C-5); 62.2 (CH3-O); 26.9, 26.7 (2 CH3-C).
[0135]1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 6.86 (d, 1H, J1,2 5.9 Hz, H- 1); 4.95 (dd, 1H, J2,3 7.7, J1,2 5.9 Hz, H-2); 3.92 (s, 3H, CH3-O); 3.87 (dd, 1H, J2,3 7.7, J3,4 6.9 Hz, H-3); 3.82-3.75 (m, 2H, H-4, H-5a); 3.72-3.68 (m, 1H, H- 5b); 1.40 (2s, 6H, 2 CH3-C).
[0136]13C-NMR (125 MHz, CDCl3) δ: 151.0 (C-1); 110.9 (C-6); 80.4(C-3); 72.9 (C-2); 72.7 (C-4); 63.5 (C-5); 62.8 (CH3-O); 27.0, 26.5 (2 CH3-C).
[0137] Síntese de O-metiloxima (2) de 2:3,4: 5- diisopropilideno -D- arabinose a partir de D-(-)- arabinose
[0138] A uma solução de D-(-)- arabinose (4,00 g, 26,6 mmol, 1,0 eq.) em piridina seca (90 mL) adicionou-se cloridrato de metoxiamina (2,72 g, 32,0 mmol, 1,2 eq.) e a mistura foi agitada a temperatura ambiente por 15 horas. Os solventes foram removidos sob pressão reduzida e o resíduo foi co- evaporado com tolueno três vezes. O resíduo foi ressuspenso em 2,2- dimetoxipropano (100 mL) e foi adicionado ácido p-toluenossulfônico (1,01 g, 5,33 mmol, 0,2 eq.) e a suspensão foi aquecida a refluxo durante 4 horas, seguido de mais 15 horas de agitação a temperatura ambiente. A mistura de reação foi filtrada sobre Celite e os solventes foram evaporados. O resíduo foi dissolvido em acetato de etila (200 mL) e foi lavado com solução saturada aq. de NaCl (2 x 150 mL). Purificação por cromatografia em coluna flash de sílica (ciclohexano / acetato de etila 9: 1) produz uma mistura de isômeros O- metiloxima de 2:3,4: 5- diisopropilideno -D- arabinose (2E / 2Z) e uma impureza desconhecida (relação NMR 6: 1: 0,4, 5,83 g) como óleo incolor. Esta mistura foi utilizada sem purificação adicional no passo seguinte. Uma alíquota de (2E) puro foi obtida por uma segunda cromatografia em coluna “flash” (diclorometano / MTBE 98: 2) e caracterizada.
[0139] Rf (CH2Cl2/MTBE 98:2): 0.35.
[0140] IR (cm-1): 2987, 2939, 2900, 2821, 1631, 1456, 1381, 1371, 1241, 1212, 1150, 1065, 1038, 887, 842.
[0141] 1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 7.35 (d, 1H, J1,2 6.3 Hz, H-1); 4.46 (dd, 1H, J2,3 7.1, J1,2 6.3 Hz, H-2); 4.13 (ddd, 1H, J3,4 6.9, J4,5a 6.1, J4,5b 4.8 Hz, H-4); 4.08 (dd, 1H, J5a,5b 8.5, J4,5a 6.1 Hz, H-5a); 3.97 (d, 1H, J2,3 7.1, J3,4 6.9 Hz, H-3); 3.94 (dd, 1H, J5a,5b 8.5, J4,5b 4.8 Hz, H-5b); 3.85 (s, 3H, CH3-O); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.38 (s, 6H, 2 CH3-C); 1.32 (s, 3H, CH3-C).
[0142] 13C-NMR (125 MHz, CDCl3) δ: 147.8 (C-1); 110.8 (C-6); 110.0 (C-7); 79.4(C-3); 76.7 (C-2); 76.6 (C-4); 67.1 (C-5); 62.1 (CH3-O); 27.1, 27.0, 26.9, 25.4 (4 CH3-C).
[0143] HRMS (ESI+): [M+H]+ (C12H22NO5+) Calc. m/z: 260.1492, encontrado: 260.1502.
[0144] Uso de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose para a síntese de 5-azido -5-deoxi -D- arabinofuranose ou Ara-N3 (7)
[0145] A uma solução de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (6) (100 mg), obtida no Exemplo 2 acima, em uma mistura de CH2Cl2 /H2O (20: 1, 21 mL), ácido trifluoroacético (1 mL) foi adicionado e a mistura foi agitada a temperatura ambiente durante 1 hora. Os solventes foram então evaporados, o resíduo em bruto foi ressuspenso em água e liofilizado. Após cromatografia em coluna flash de sílica (diclorometano / metanol 92: 8), o composto 5-azido -5-deoxi -D- arabinofuranose ou Ara-N3 (7) (50 mg, 58 % em 2 passos do composto (5)) foi obtido como uma mistura de anômeros / (proporção NMR 55:45) como um óleo incolor. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0146] Rf (diclorometano / metanol 92: 8): 0,28.
[0147] IR (cm-1): 3367, 2106, 1281, 1040.
[0148] HRMS (ESI+): [M+H-N2]+ (C5H10NO4+) Calc. m/z: 148.0604, encontrado: 148.0610.
[0149] 1H-NMR (500 MHz, D2O) δ: 5.24 (d, 1H, J1,2 2.9 Hz, H-1); 4.17 (ddd, 1H, J3,4 6.4, J4,5b 5.8, J4,5a 3.5 Hz, H-4); 4.01 (dd, 1H, J2,3 4.6, J1,2.2.9 Hz, H-2); 3.97 (dd, 1H, J3,4 6.4, J3,2 4.6 Hz, H-3); 3.64 (dd, 1H, J5a,5b 13.6, J4,5a 3.5 Hz, H-5a); 3.44 (dd, 1H, J5a,5b 13.6, J4,5b 5.8 Hz, H-5b).
[0150] 13C-NMR (125 MHz, D2O) δ: 101.0 (C-1); 81.3 (C-4); 81.2 (C-2); 76.3 (C-3); 51.5 (C-5).
[0151] 1H-NMR (500 MHz, D2O) δ: 5.28 (br d, 1H, J1,2 3.1 Hz, H-1); 4.10-4.05 (m, 2H, H-2, H-3); 3.89 (ddd, 1H, J3,47.1, J4,5b 6.5, J4,5a 3.5 Hz, H-4); 3.59 (dd, 1H, J5a,5b 13.3, J4,5a 3.5 Hz, H-5a); 3.42 (dd, 1H, J5a,5b 13.3, J4,5b 6.5 Hz, H-5b).
[0152] 13C-NMR (125 MHz, D2O) δ: 95.2 (C-1); 79.6 (C-4); 75.8 (C-2); 74.7 (C-3); 52.6 (C-5).
[0153] Uso de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose para a síntese de (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1- hidroxietil] -2,2-dimetil - 1,3-dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato (8a)
[0154]A uma solução de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno - D- arabinose (6) (40 mg), obtida no Exemplo 2 da invenção acima, em CH3CN/H2O (1: 1, 18,0 mL, 0,01 M) a 0 °C, adicionou-se 2- (bromometil) acrilato de etila (0,085 mL, 0,61 mmol, 3,3 eq.) e ácido fórmico aquoso (10 %, 0,19 mL) e deixou-se a mistura de reação agitar durante 10 min a 0 °C. Pó de índio (23 mg, 0,20 mmol, 1,1 eq.) foi então adicionado e a mistura de reação foi agitada durante 3 horas enquanto a temperatura era mantida entre 0 e 5 °C. Após filtração, os solventes foram evaporados sob pressão reduzida e a mistura resultante foi purificada por cromatografia em coluna flash (ciclohexano / acetato de etila 75:25) para proporcionar o composto (8a) (33 mg, 54 %) como um óleo incolor. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0155]Rf (ciclohexano / acetato de etila 7:3): 0,22.
[0156] IR (cm-1): 3397, 2986, 2935, 2101, 1710, 1629, 1444, 1371, 1211, 1162, 1068, 1026, 949, 872.
[0157]1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 6.29 (d, 1H, J10a,10b 1.1 Hz, H-10a); 5.79 (d, 1H, J10a,10b 1.1 Hz, H-10b); 4.92 (br s, 1H, OH); 3.38 (br s, 1H, OH); 4.24 (q, 2H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 3.83 (dd, 1H, J6,7 8.4, J5,6 7.4 Hz, H-6); 3.72 (ddd, 1H, J6,7 8.4, J7,8b 5.3, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.68 (ddd, 1H, J4,5 8.9, J4,3b 7.5, J4,3a 2.2 Hz, H-4); 3.60 (dd, 1H, J5,4 8.9, J5,6 7.4 Hz, H-5); 3.52 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.36 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 5.3 Hz, H-8b); 2.87 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3a 2.2 Hz, H-3a); 2.49 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3b 7.5 Hz, H-3b); 1.35 (s, 3H, CH3-C); 1.33 (s, 3H, CH3-C); 1.31 (t, 3H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3).
[0158]13C-NMR (75 MHz, CDCl3) δ: 170.0 (C-1); 136.8 (C-2); 129.6 (C-10); 109.4 (C-9); 82.3 (C-5); 80.7 (C-6); 73.1 (C-4); 72.7 (C-7); 62.1 (OCH2CH3); 54.3 (C-8); 37.4 (C-3); 27.0 (2 CH3); 14.3 (OCH2CH3).
[0159]HRMS (ESI+): [M+H]+ (C14H24N3O6+) Calc. m/z: 330.1660, encontrado: 330.1670.
[0160][α]D = +18.0 (c 1.0, CHCl3).
[0161] Uso de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose para a síntese de (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1- hidroxietil] -2,2-dimetil - 1,3-dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato (8b)
[0162] A uma solução de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (6) (40 mg) em CH3CN/H2O (1: 1, 18,0 mL, 0,01 M) a 0 °C, etila 2 - (bromometil) acrilato (0,085 mL, 0,61 mmol, 3,3 eq.) e ácido fórmico aquoso (10 %, 0,19 mL) foram adicionados e a mistura de reação foi deixada agitar durante 10 min a 0 °C. Pó de índio (23 mg, 0,20 mmol, 1,1 eq.) foi então adicionado e a mistura de reação foi agitada durante 3 horas enquanto a temperatura era mantida entre 0 e 5 °C. Após a filtração, os solventes foram evaporados sob pressão reduzida e a mistura resultante foi purificada por cromatografia em coluna flash (ciclohexano / acetato de etila 75:25) para proporcionar (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) de etila. 2-azido -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il) - 4- hidroxi -2- metilenobutanoato (8b) (17 mg, 28 %) como um óleo incolor. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0163] Rf (ciclohexano / acetato de etila 7:3): 0,19.
[0164] IR (cm-1): 3397, 2986, 2935, 2101, 1710, 1629, 1444, 1371, 1211, 1162, 1068, 1026, 949, 872.
[0165] 1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 6.24 (d, 1H, J10a,10b 0.9 Hz, H- 10a); 5.71 (d, 1H, J10a,10b 0.9 Hz, H-10b); 4.21 (q, 2H, 3J 7.1 Hz, OCH2CH3); 4.00 (dd, 1H, J5,6 7.8, J4,5 3.0 Hz, H-5); 3.93 (dddd, 1H, J3b,4 9.0, J4,OH 5.6, J4,5 3.0, J4,3a 3.0 Hz, H-4); 3.89 (dd, 1H, J6,7 7.9, J5,6 7.8 Hz, H-6); 3.75 (dddd, 1H, J6,7 7.9, J7,8b 6.1, J7,8a 2.8, J7,OH 2.5 Hz, H-7); 3.55 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 2.8 Hz, H-8a); 3.46 (br d, 1H, J4,OH 5.6 Hz, OH(4)); 3.40 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 6.1 Hz, H-8b); 3.38 (br d, 1H, J7,OH 2.5 Hz, OH(7)); 2.66 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3a 3.0 Hz, H-3a); 2.50 (dd, 1H, J3a,3b 14.4, J4,3b 9.0 Hz, H-3b); 1.40 (s, 3H, CH3-C); 1.35 (s, 3H, CH3-C); 1.29 (t, 3H, 3J 7.1 Hz, OCH2CH3).
[0166] 13C-NMR (75 MHz, CDCl3) δ: 168.4 (C-1); 137.7 (C-2); 128.3 (C-10); 109.7 (C-9); 81.8 (C-5); 76.8 (C-6); 72.6 (C-7); 69.9 (C-4); 61.5 (OCH2CH3); 54.4 (C-8); 37.0 (C-3); 27.2 (2 CH3); 14.3 (OCH2CH3).
[0167] HRMS (ESI+): [M+H]+ (C14H24N3O6+) Calc. m/z: 330.1660, encontrado: 330.1670.
[0168] [α]D = +7.7 (c 1.0, CHCl3).
[0169] Uso de (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] - 2,2- dimetil -1,3-dioxolan-4- il) -4 -hidroxi -2- metilenobutanoato de etila (8a) para a síntese de (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1 de etila, 3-dioxolan-4- il} -4- hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9a)
[0170] Uma solução de (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1- hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il) de etila 4- hidroxi -2- metilenobutanoato (8a) (120 mg, 0,36 mmol, 1,0 eq.) em CH3OH (18 mL, 0,02 M), conforme obtido a partir do Exemplo 7 da invenção acima, a -78 °C foi borbulhado com ozônio (O3) por 15 min. A solução foi purgada com oxigênio durante 2 min até a cor azul desaparecer e depois foi desgaseificada com árgon durante 5 min. Foi adicionado um excesso de sulfureto de dimetila (0,1 mL, 1,36 mmol, 3,8 eq.) e a mistura foi agitada à temperatura ambiente durante 2 horas. Após a evaporação dos solventes, o resíduo foi extraído com Et2O (3 x 10 mL) e as fases orgânicas foram lavadas com salmoura (2 x 10 mL), secas sobre MgSO4 anidro e concentradas sob pressão reduzida. Utilizou-se o 4R, 5- [(R) -2- azida -1- hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4 2- oxobutanoato (9a) (97 mg) no passo seguinte sem purificação adicional.
[0171] Rf (ciclohexano / acetato de etila 1: 1): 0,40
[0172] IR (cm-1): 3377, 2988, 2103, 1729, 1443, 1373, 1257, 1164, 871.
[0173] 1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 4.32 (q, 2H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 4.15 (ddd, 1H, J3b,4 8.8, J4,5 8.6, J4,3a 3.1 Hz, H-4); 3.84 (dd, 1H, J6,7 8.2, J5,6 7.3 Hz, H-6); 3.74 (dd, 1H, J4,5 8.6, J5,6 7.3 Hz, H-5); 3.74 (ddd, 1H, J6,7 8.2, J7,8b 5.7, J7,8a 2.8 Hz, H-7); 3.59 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 2.68 Hz, H-8a); 3.40 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 5.7 Hz, H-8b); 3.40 (dd, 1H, J3a,3b 18.2, J4,3a 3.1 Hz, H- 3a); 3.01 (dd, 1H, J3a,3b 18.2, J4,3b 8.8 Hz, H-3b); 1.36 (t, 3H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 1.34 (s, 3H, CH3); 1.33 (s, 3H, CH3).
[0174] 13C-NMR (125 MHz, CDCl3) δ: 194.0 (C-2); 160.7 (C-1); 110.1 (C-9); 82.1 (C-5); 80.6 (C-6); 72.6 (C-7); 69.6 (C-4); 63.1 (OCH2CH3); 54.3 (C-8); 44.2 (C-3); 27.0, 26.9 (2 CH3); 14.2 (OCH2CH3).
[0175] HRMS (ESI+): [2M+Na]+ (C26H42N6NaO14+) Calc. m/z: 685.2651, encontrado: 685.2656.
[0176] [α]D = +39.5 (c 1.0, CHCl3).
[0177] Uso de (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] - 2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato (8b) para a síntese de (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1 (II) de etila, 3-dioxolan-4- il} -4- hidroxi -2- oxobutanoato (9b)
[0178]Uma solução de (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1- hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il) 4- hidroxi -2- metilenobutanoato de etila (8b) (70 mg, 0,21 mmol, 1,0 eq.), conforme obtido do Exemplo 8 da invenção, em CH3OH (10,0 mL, 0,02 M) a -78 °C foi borbulhado com ozônio (O3) por 15 min. A solução foi purgada com oxigênio durante 2 min até a cor azul desaparecer e depois foi desgaseificada com árgon durante 5 min. Foi adicionado um excesso de sulfureto de dimetila (0,1 mL, 1,36 mmol, 6,5 eq.) e a mistura foi agitada à temperatura ambiente durante 2 horas. Após evaporação dos solventes, o resíduo foi extraído com Et2O (3 x 5 mL) e as fases orgânicas foram lavadas com salmoura (2 x 5 mL), secas sobre MgSO4 anidro e concentradas sob pressão reduzida. Utilizou-se o (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] - 2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il} -4- hidroxi 2- oxobutanoato de etila (9b) (45 mg) no passo seguinte sem purificação adicional.
[0179] Rf (ciclohexano / acetato de etila 1: 1): 0,41.
[0180] IR (cm-1): 3443, 2989, 2104, 1731, 1373, 1256, 1069, 870.
[0181] 1H-NMR (500 MHz, CDCl3) δ: 4.38 (ddd, 1H, J3a,4 8.2, J4,3b 4.2, J4,5 3.1 Hz, H-4); 4.32 (q, 2H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 4.01 (dd, 1H, J5,6 7.7, J4,5 3.1 Hz, H-5); 3.90 (dd, 1H, J6,7 8.0, J5,6 7.7 Hz, H-6); 3.76 (ddd, 1H, J6,7 8.0, J7,8b 6.3, J7,8a 3.0 Hz, H-7); 3.59 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8a 3.0 Hz, H-8a); 3.43 (dd, 1H, J8a,8b 12.6, J7,8b 6.3 Hz, H-8b); 3.20 (dd, 1H, J3a,3b 17.4, J4,3a 8.2 Hz, H-3a); 3.11 (dd, 1H, J3a,3b 17.4, J4,3b 4.2 Hz, H-3b); 1.39 (s, 3H, CH3-C); 1.36 (t, 3H, 3J 7.2 Hz, OCH2CH3); 1.35 (s, 3H, CH3-C).
[0182] 13C-NMR (125 MHz, CDCl3) δ: 193.4 (C-2); 160.8 (C-1); 110.0 (C-9); 81.6 (C-5); 76.6 (C-6); 72.6 (C-7); 66.6 (C-4); 63.0 (OCH2CH3); 54.5 (C-8); 43.2 (C-3); 27.2, 27.0 (2 CH3); 14.2 (OCH2CH3).
[0183] HRMS (ESI+): [2M+Na]+ (C26H42N6O14Na+) Calc. m/z: 685.2651, encontrado: 685.2672.
[0184] [α]D = -0.6 (c 1.0, CHCl3).
[0185] Uso de (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] - 2,2- dimetil -1,3-dioxolan-4- il} -4 -hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9a) para a síntese de 8-azido -3,8-dideoxi -D- manno-oct-2- ulosonato de amônio (Kdo-N3) (10a)
[0186] A uma solução do bruto de (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4 il} -4- hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9a) (90 mg) em água (22,5 mL) como obtido do exemplo 9 da invenção, ácido trifluoroacético (2,5 mL) foi adicionado e a mistura foi agitada a 40 °C, durante 2 horas. Os solventes foram removidos sob pressão reduzida sem aquecer o banho e depois co-evaporados duas vezes com tolueno para assegurar a remoção completa do ácido. O resíduo foi neutralizado com amoníaco (0,2 mol L-1) e depois concentrado. A purificação por cromatografia instantânea em coluna (acetato de etila / etanol / água 65:30: 5) originou 8-azido -3,8-dideoxi -D- manno-oct-2- ulosonato de amônio puro ou Kdo-N3 (10a) (67 mg 71 % a partir de (8a)) como espuma amarelada. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0187] Rf (acetato de etila / etanol / água 65:30: 5): 0,20.
[0188] IR (cm-1): 3297, 2934, 2107, 1610, 1417, 1284, 1076, 756.
[0189] HRMS (ESI-): [M- NH4]- (C8H12N3O7-) Calc. m/z: 262.0681, encontrado: 262.0685.
[0190] 1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.06 (ddd, 1H, J4,3a 12.2, J4,3b 5.2, J4,5 3.1 Hz, H-4); 4.03 (ddd, 1H, J6,7 9.3, J7,8b 6.1, J7,8a 2.8 Hz, H-7); 4.02 (dd, 1H, J4,5 3.1, J5,6 0.8 Hz, H-5); 3.82 (dd, 1H, J6,7 9.3, J5,6 0.8 Hz, H-6); 3.60 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8a 2.8 Hz, H-8a); 3.43 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8b 6.1 Hz, H-8b); 1.98 (dd, 1H, J3a,3b 12.9, J4,3a 12.2 Hz, H-3a); 1.88 (dd, 1H, J3a,3b 12.9, J4,3b 5.2 Hz, H-3b).
[0191] 13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 177.7 (C-1); 97.5 (C-2); 72.7 (C-6); 69.2 (C-7); 37.5 (C-5); 67.2 (C-4); 54.8 (C-8); 34.7 (C-3).
[0192] 1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.50 (ddd, 1H, J4,3a 7.1, J4,5 3.5, J4,3b 3.2 Hz, H-4); 4.46 (dd, 1H, J4,5 3.5, J5,6 1.2 Hz, H-5); 3.85 (ddd, 1H, J6,7 9.0, J7,8b 5.9, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.63 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.63 (dd, 1H, J6,7 9.0, J5,6 1.2 Hz, H-6); 3.51 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 5.9 Hz, H-8b); 2.59 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3a 7.1 Hz, H-3a); 2.08 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3b 3.2 Hz, H- 3b).
[0193] 13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 178.6 (C-1); 105.3 (C-2); 86.5 (C-5); 73.6 (C-4); 72.5 (C-6); 71.4 (C-7); 54.8 (C-8); 45.8 (C-3).
[0194] 1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.52 (ddd, 1H, J4,3b 7.5, J4,3a 7.0, J4,5 6.0 Hz, H-4); 4.18 (dd, 1H, J5,4 6.0, J5,6 2.2 Hz, H-5); 3.86 (ddd, 1H, J6,7 8.9, J7,8b 6.1, J7,8a 2.4 Hz, H-7); 3.66 (dd, 1H, J6,7 8.9, J5,6 2.2 Hz, H-6); 3.64 (dd, 1H, J8a,8b 13.3, J7,8a 2.4 Hz, H-8a); 3.52 (dd, 1H, J8a,8b 13.3, J7,8b 6.1 Hz, H-8b); 2.37 (dd, 1H, J3a,3b 13.4, J4,3a 7.0 Hz, H-3a); 2.30 (dd, 1H, J3a,3b 13.4, J4,3b 7.5 Hz, H- 3b).
[0195] 13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 177.9 (C-1); 104.1 (C-2); 86.5 (C-5); 71.8 (C-4); 71.4 (C-7); 71.2 (C-6); 54.6 (C-8); 44.7 (C-3).
[0196] 1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.06-4.01 (m, 1H, H-4); 3.97 (ddd, 1H, J6,7 9.2, J7,8b 6.7, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.96 (dd, 1H, J4,5 3.3, J5,6 1.1 Hz, H-5); 3.67 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.53 (dd, 1H, J6,7 9.2, J5,6 1.1 Hz, H-6); 3.45 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 6.7 Hz, H-8b); 2.33-2.27 (m, 1H, H-3a); 1.76 (dd, 1H, J3a,3b 12.6, J4,3b 12.1 Hz, H-3b).
[0197] 13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 176.1 (C-1); 98.2 (C-2); 75.3 (C-6); 69.5 (C-7); 68.6 (C-4); 66.5 (C-5); 55.0 (C-8); 36.2 (C-3).
[0198] Uso de (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] - 2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il} -4 -hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9b) para a síntese de 8-azido -3,8-dideoxi -D- gluco-oct-2- ulosonato de amônio (4eKdo-N3) (10b)
[0199]A uma solução de (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1- hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il em bruto} -4- hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9b) (40 mg), como obtido a partir do Exemplo 10 da invenção, em água (10 mL), foi adicionado ácido trifluoroacético (1 mL) e a mistura foi agitada a 40 °C, durante 2 horas. Os solventes foram removidos sob pressão reduzida sem aquecer o banho e depois co-evaporados duas vezes com tolueno para assegurar a remoção completa do ácido. O resíduo foi neutralizado com amoníaco (0,2 mol L-1) e depois concentrado. A purificação por cromatografia instantânea em coluna (acetato de etila / etanol / água 65:30: 5) originou 8-azido -3,8-dideoxi -D- gluco-oct-2- ulosonato de amônio puro ou 4eKdo-N3 (10b) (24 mg, 46 % a partir de (8b)) como espuma amarelada. Pureza de mais de 95 % por RMN.
[0200]Rf (acetato de etila / etanol / água 65:30: 5): 0,22.
[0201]I R (cm-1): 3296, 2931, 2104, 1612, 1384, 1283, 1072, 805.
[0202]HRMS (ESI-): [M-NH4]- (C8H12N3O7-) Calc. m/z: 262.0681, encontrado: 262.0669.
[0203] 1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.15 (dd, 1H, J6,7 9.1, J5,6 1.0 Hz, H-6); 4.10 (ddd, 1H, J4,5 4.1, J4,3a 3.7, J4,3b 2.6 Hz, H-4); 4.03 (ddd, 1H, J6,7 9.1, J7,8b 6.3, J7,8a 2.8 Hz, H-7); 3.82 (dd, 1H, J4,5 4.1, J5,6 1.0 Hz, H-5); 3.63 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8a 2.8 Hz, H-8a); 3.47 (dd, 1H, J8a,8b 13.1, J7,8b 6.3 Hz, H-8b); 2.23 (dd, 1H, J3a,3b 15.0, J4,3a 3.7 Hz, H-3a); 1.84 (dd, 1H, J3a,3b 15.0, J4,3b 2.6 Hz, H-3b).
[0204]13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 177.9 (C-1); 97.1 (C-2); 69.3 (C-7); 68.6 (C-6); 68.5 (C-4); 66.8 (C-5); 54.7 (C-8); 32.7 (C-3).
[0205]1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.61 (ddd, 1H, J4,3b 6.0, J4,3a 5.0, J4,5 4.8 Hz, H-4); 4.37 (dd, 1H, J4,5 4.8, J5,6 3.5 Hz, H-5); 3.91 (dd, 1H, J6,7 8.2, J5,6 3.5 Hz, H-6); 3.90 (ddd, 1H, J6,7 8.2, J7,8b 6.7, J7,8a 2.6 Hz, H-7); 3.59 (dd, 1H, J8a,8b 13.0, J7,8a 2.6 Hz, H-8a); 3.51 (dd, 1H, J8a,8b 13.0, J7,8b 6.7 Hz, H-8b); 2.40 (dd, 1H, J3a,3b 13.9, J4,3a 5.0 Hz, H-3a); 2.37 (dd, 1H, J3a,3b 13.9, J4,3b 6.0 Hz, H-3b).
[0206]13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 178.4 (C-1); 103.8 (C-2); 82.0 (C-5); 72.7 (C-4); 71.8, 71.6 (C-6, C-7); 54.1 (C-8); 45.6 (C-3).
[0207]1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.01 (ddd, 1H, J4,5 4.2, J4,3a 4.0, J4,3b 3.1 Hz, H-4); 3.96 (ddd, 1H, J6,7 8.9, J7,8b 6.2, J7,8a 2.7 Hz, H-7); 3.91 (dd, 1H, J6,7 8.9, J5,6 1.2 Hz, H-6); 3.76 (dd, 1H, J4,5 4.2, J5,6 1.2 Hz, H- 5); 3.62 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 2.7 Hz, H-8a); 3.45 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 6.2 Hz, H-8b); 2.16 (dd, 1H, J3a,3b 15.1, J4,3a 4.0 Hz, H-3a); 2.12 (dd, 1H, J3a,3b 15.1, J4,3b 3.1 Hz, H-3b).
[0208]13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 176.7 (C-1); 96.8 (C-2); 69.4 (C-7); 70.9 (C-6); 68.5 (C-4); 66.9 (C-5); 54.8 (C-8); 34.2 (C-3).
[0209]1H-NMR (600 MHz, D2O) δ: 4.58 (ddd, 1H, J4,3a 5.6, J4,5 4.1, J4,3b 1.7 Hz, H-4); 4.24 (dd, 1H, J5,6 4.5, J4,5 4.1 Hz, H-5); 3.97 (dd, 1H, J6,7 7.5, J5,6 4.5 Hz, H-6); 3.91 (ddd, 1H, J6,7 7.5, J7,8b 6.6, J7,8a 3.1 Hz, H-7); 3.60 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8a 3.1 Hz, H-8a); 3.51 (dd, 1H, J8a,8b 13.2, J7,8b 6.6 Hz, H-8b); 2.55 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3a 5.6 Hz, H-3a); 2.15 (dd, 1H, J3a,3b 14.3, J4,3b 1.7 Hz, H-3b).
[0210]13C-NMR (150 MHz, D2O) δ: 178.3 (C-1); 104.3 (C-2); 83.7 (C-5); 73.0 (C-4); 71.9 (C-6); 70.9 (C-7); 54.5 (C-8); 45.6 (C-3).
[0211]Cepas de bactérias Gram negativas compreendendo Legionella pneumophila sorogrupo I, Legionella gormanii (Fluoribacter gormanii), Escherichia coli K12 e Escherichia coli O13 foram cultivadas em seu meio de cultura específico. Legionella pneumophila sorogrupo 1 e Legionella gormanii (Fluoribacter gormanii) foram cultivadas em meio de extrato de levedura suplementado com L-cisteína, pirofosfato férrico e cet- cetoglutarato (YEC). Escherichia coli K12 e Escherichia coli O13 foram cultivadas em meio 2xYT (extrato de levedura, triptona e NaCl). Todas as estirpes foram cultivadas em um agitador rotativo (180 rpm) a 37 °C.
[0212]As culturas de um dia para o outro foram diluídas 100 vezes em meio líquido fresco com 1 % de DMSO (volume final de 300) contendo intermediários de síntese (8a) ou (8b) (10 mM). As bactérias foram incubadas a 37 °C por 18 horas para cepas de E. coli e 24 horas para cepas de Legionella, e então alíquotas de 200 μL foram lavadas 2 vezes com tampão PBS / DMSO (95: 5) (200 μL) e 1 vez com Tampão PBS (1X, 200 μl) por centrifugação a 12.000 x g por 1 min em temperatura ambiente.
[0213]O sedimento foi ressuspenso em 200 da solução de “clique” (CR110-CCH (0,10 mM), ascorbato de sódio (5,0 mM), TGTA (4,0 mM) e penta-hidrato de sulfato de cobre (2,0 mM) em uma mistura de tampão PBS e DMSO (99: 1)) e transferidos em um microtubo de 2,0 mL para uma melhor agitação. Esta suspensão foi agitada vigorosamente no escuro durante 30 min temperatura ambiente, depois a suspensão foi transferida de volta para um microtubo de 1,5 mL. As bactérias foram lavadas 2 vezes com tampão PBS / DMSO (95: 5) (200) e 1 vez com tampão PBS (200, 12 000 rpm, 1 min, r.t.). O sedimento foi ressuspenso em tampão PBS (200 μl) e mantido a 4 °C no escuro. As bactérias foram posteriormente analisadas por microscopia confocal.
[0214]Algumas das bactérias Gram negativas, incluindo E. coli (K12 e O13), Legionella (sorogrupo 1 de pneumophila e gormanii), foram detectadas com compostos intermediários de síntese (8a) e (8b).
[0215] Em conclusão, os compostos intermediários de síntese (8a) e (8b) resultam em um sinal de marcação claro nos 4 exemplos de bactérias estudadas Gram negativas.
[0216] A síntese inicia-se a partir da D-arabinose comercialmente disponível e fornece um rendimento global de 17 % em mol para Kdo-N3 com uma pureza superior a 95 %, um rendimento global de 6 % em mol para 4eKdo- N3 com uma pureza superior a 95 % e um rendimento global de 26 % em mol para Ara-N3 com uma pureza superior a 95 %.
[0217] Um técnico no assunto compreende que várias variações das condições de reação da invenção podem ser feitas sem afastamento do núcleo da invenção, incluindo variações das formas de realização, natureza dos solventes, temperatura, pressão, duração da reação e agitação. Portanto, a invenção abrange todos os equivalentes técnicos da invenção definidos pelas reivindicações.
[0218] [1] Gao, J., Harter, R., Gordon, D.M., Whitesides, G.M., J. Org. Chem. Chem. 1994, 59, 3714- 3715.
[0219] [2] Gillingham, D.G., Stallforth, P., Adibekian, A., Seeberger, P. H., Hilvert, D., Nat. Chem. 2010, 2, 102-105.
[0220] [3] Bird, J. W., Fralda, D.G. M., Can. J. Chem. 1969, 47, 145-150.
[0221] [4] Lee, J. G., Kwak, K. H., Hwang, J.P., Tetrahedron Lett. 1990, 31, 6677-6680.
[0222] [5] Chérest, M., Felkin, H., prudente, N., Tetrahedron Lett. 1968, 18, 2199-2204; Anh, N. T., Top. Curr. Chem. 1980, 88, 145-162.
[0223] [6] Dumont, A., Malleron, A., Awwad, M., Dukan, S., Vauzeilles, B., Angew. Chem. Int. Ed. 2012, 51, 3143-3146.
[0224] [7] McNicholas, P.A., Batley, M., Redmond, J.W., Carbohydrate Research, 1987, 165, 17-22.
Claims (22)
1. COMPOSTO DE FÓRMULA V OU VI, caracterizado por ser selecionado a partir de:
Fórmula V, X = NOR3; Fórmula VI, X = O em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R3 é uma alquila C1 a C6.
2. COMPOSTO, de acordo com a reivindicação 1, caracterizado por ser selecionado a partir de: O-Metiloxima de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (5):
ou 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose (6): 
3. MÉTODO DE PREPARAÇÃO DO COMPOSTO DE FÓRMULA VI, ou do composto específico (6), conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 2, caracterizado por compreender a reação química de: um composto de fórmula V:
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R3 é uma alquila C1 a C6; com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico na presença de um aldeído.
4. MÉTODO, de acordo com a reivindicação 3, caracterizado por compreender a reação química do composto específico (5), denominado O- metiloxima de 5-Azido -5-deoxi -2:3- isopropilideno -D- arabinose:
com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico na presença de um aldeído.
5. MÉTODO DE PREPARAÇÃO DO COMPOSTO DE FÓRMULA V, ou do composto específico (5), conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 2, caracterizado por compreender a reação química de: um composto de fórmula IV:
Fórmula (IV) em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R3 é uma alquila C1 a C6; e R4 é uma alquila C1 a C6; com um sal de azida orgânico ou inorgânico em um solvente não polar ou em um solvente polar aprótico.
6. MÉTODO, de acordo com a reivindicação 5, caracterizado por compreender a reação química do composto específico (4), denominado O- metiloxima de 2:3- isopropilideno -5-O-metanossulfonil-D- arabinose:
com um sal de azida orgânico ou inorgânico em um solvente não polar ou em um solvente polar aprótico.
7. MÉTODO DE PREPARAÇÃO DO COMPOSTO DE FÓRMULA IV, conforme definido na reivindicação 5, ou do composto específico (4), conforme definido na reivindicação 6, caracterizado por compreender a reação química de: um composto de fórmula III:
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R3 é uma alquila C1 a C6; com um cloreto de sulfonila ou anidrido sulfônico na presença de uma base orgânica e na presença ou não de um solvente polar aprótico.
8. MÉTODO, de acordo com a reivindicação 7, caracterizado por compreender a reação química do composto específico (3) denominado O- metiloxima de 2:3- isopropilideno -D- arabinose:
com um cloreto de sulfonila ou anidrido sulfônico na presença de uma base orgânica e na presença ou não de um solvente polar aprótico.
9. USO DO COMPOSTO DE FÓRMULA VI, ou do composto específico (6), conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 2, caracterizado por ser para a síntese de 5-azido -5-deoxi -D- arabinofuranose ou Ara-N3 (7):
compreendendo reagir o intermediário de síntese de fórmula VI, sob condições de reação, proporcionando a remoção do grupo de proteção do composto de fórmula VI com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico em um solvente polar aprótico ou solvente não polar.
10. USO DO COMPOSTO DE FÓRMULA VI, ou do composto específico (6), conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 2, caracterizado por ser para a síntese de: um composto de fórmula VIIIa:
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; por reação do composto de fórmula VI ou (6) com 2- (halometil) acrilato de alquila, na presença de um metal tal como índio, e a presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico, em um solvente prótico ou em uma mistura de água e um solvente polar aprótico.
11. USO, de acordo com a reivindicação 10, caracterizado por ser para a síntese do composto específico (8a), denominado (4R) -4- {(4R, 5R) - 5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan -4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato:
por reação do composto de fórmula VI ou (6) com 2- (halometil) acrilato de alquila, na presença de um metal tal como índio, e a presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico, em um solvente prótico ou em uma mistura de água e um solvente polar aprótico.
12. USO DO COMPOSTO DE FÓRMULA VIIIA, conforme definido na reivindicação 10, ou do composto específico (8a), conforme definido na reivindicação 11, caracterizado por ser para a preparação de: um composto de fórmula IXa:
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; compreendendo a realização de uma ozonólise do composto de fórmula VIIIa ou do composto específico (8a), com ozônio em um solvente prótico, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C, e depois o composto intermediário instável sendo reagido com um agente redutor, em um solvente prótico.
13. USO, de acordo com a reivindicação 12, caracterizado por ser para a preparação do composto específico (9a), denominado (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan- 4- il) -4- hidroxi -2- oxobutanoato:
compreendendo a realização de uma ozonólise do composto de fórmula VIIIa ou do composto específico (8a), com ozônio em um solvente prótico, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C, e depois o composto intermediário instável sendo reagido com um agente redutor, em um solvente prótico.
14. USO DO COMPOSTO DE FÓRMULA IXA, conforme definido na reivindicação 12, ou do composto específico (9a), conforme definido na reivindicação 13, caracterizado por ser para a preparação de 8-azido -3,8- dideoxi -D- manno -oct -2- ulosonato de amônio ou Kdo-N3 (10a):
compreendendo a desproteção do composto de fórmula IXa ou do composto específico (9a), com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico.
15. USO DO COMPOSTO DE FÓRMULA VI, ou do composto específico (6), conforme definido em qualquer uma das reivindicações 1 a 2, caracterizado por ser para a síntese de: um composto de fórmula VIIIb:
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; por reação do composto de fórmula VI ou do composto específico (6) com 2- (halometil) acrilato de alquila, na presença de um metal tal como índio, e a presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico, em um solvente prótico ou em uma mistura de água e um solvente polar aprótico.
16. USO, de acordo com a reivindicação 15, caracterizado por ser para a síntese do composto específico (8b), denominado (4S) -4- {(4R, 5R) - 5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan -4- il) -4- hidroxi -2- metilenobutanoato:
por reação do composto de fórmula VI ou do composto específico (6) com 2- (halometil) acrilato de alquila, na presença de um metal, e a presença ou não de uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico, em um solvente prótico ou em uma mistura de água e um solvente polar aprótico.
17. USO DO COMPOSTO DE FÓRMULA VIIIB, conforme definido na reivindicação 15, ou do composto específico (8b), conforme definido na reivindicação 16, caracterizado por ser para a preparação de: um composto de fórmula IXb:
em que: R1 e R2 são independentemente H; alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; compreendendo a realização de uma ozonólise do composto de fórmula VIIIb ou do composto específico (8b), com ozônio em um solvente prótico, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C, e depois o composto intermediário instável sendo reagido com um agente redutor, em um solvente prótico.
18. USO, de acordo com a reivindicação 17, caracterizado por ser para a preparação do composto específico (9b), denominado (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan- 4- il) -4- hidroxi -2- oxobutanoato:
compreendendo a realização de uma ozonólise do composto de fórmula VIIIb ou do composto específico (8b), com ozônio em um solvente prótico, a uma temperatura entre - 100 e 0 °C, e depois o composto intermediário instável sendo reagido com um agente redutor, em um solvente prótico.
19. USO DO COMPOSTO DE FÓRMULA IXB, conforme definido na reivindicação 17, ou do composto específico (9b), conforme definido na reivindicação 18, caracterizado por ser para a preparação de 8-azido -3,8- dideoxi -D- gluco- oct -2- ulosonato de amônio ou 4eKdo-N3 (10b):
compreendendo a desproteção do composto da fórmula IXb ou do composto específico (9b) com uma solução aquosa de um ácido orgânico ou inorgânico.
20. COMPOSTO, caracterizado por ser selecionado a partir do grupo que consiste em: a)
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; b) 
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; c) 
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; d) 
em que: R1 e R2 são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R5 é uma alquila C1 a C6; e e) 
em que: R1 e R são independentemente H; uma alquila C1 a C6; e R3 é uma alquila C1 a C6; e R4 é uma alquila C1 a C6.
21. COMPOSTO, de acordo com a reivindicação 20, caracterizado por ser selecionado a partir do grupo que consiste em: a) (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il} -4- -hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9a), abaixo:
b) (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il} -4- -hidroxi -2- oxobutanoato de etila (9b), abaixo: 
c) (4R) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il) -4- -hidroxi -2- metilenobutanoato de etila (8a), abaixo: 
Composto (8a); d) (4S) -4- {(4R, 5R) -5- [(R) -2- azida -1-hidroxietil] -2,2-dimetil -1,3-dioxolan-4- il) -4- -hidroxi -2- metilenobutanoato de etila (8b), abaixo: 
e) O-metiloxima de 2:3- isopropilideno -5-0-metanossulfonil-D- arabinose (4), abaixo: 
22. USO DE UM COMPOSTO DE FÓRMULA VIIIA OU VIIIB, e em particular de fórmula (8a) ou (8b), conforme definido em qualquer uma das reivindicações 20 a 21, caracterizado por ser para detectar bactérias in vitro, em particular bactérias gram negativas, incluindo os seguintes gêneros de bactérias: Acinetobacter, Bacteroides, Bartonella, Bordetella, Brachyspira, Brucella, Burkholderia, Campylobacter, Cardiobacterium, Chlamydophila, Chryseobacterium, Clostridium, Coxiella, Cronobacter, Edwardsiella, Ehrlichia, Eikenella, Elizabethkingia, Enterobacter, Escherichia, Francisella, Fusobacterium, Haemophilus, Helicobacter, Klebsiella, Legionella, Leptospira, Morganella, Myxococcus, Neisseria, Neorickettsia, Pasteurella, Plesiomonas, Porphyromonas, Prevotella, Proteus, Providencia, Pseudoalteromonas, Pseudomonas, Rickettsia, Rhodocycclus, Salmonella, Serratia, Sinorhizobium, Shigella, Schewanella, Shewamma, Stenotrophomonas, Streptobacillus, Tenacibaculum, Treponema, Vibrio, Yersinia.
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