JP2018532764A - GalNAcクラスターホスホロアミダイト - Google Patents

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Abstract

本発明は、式中のR1がヒドロキシ保護基であり、nが0〜10の整数であり、mが0〜20の整数である、式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体、対応するエナンチオマーおよび/またはそれらの光学異性体を含む。本発明は、式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の調製方法、および治療的に有用なGalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の調製におけるその使用をさらに含む。

Description

本発明は、式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体、対応するエナンチオマー、および/またはそれらの光学異性体に関する。
Figure 2018532764
式中、R1はヒドロキシ保護基であり、nは0〜10の整数であり、mは0〜20の整数である。
式IのGalNAcホスホロアミダイトは、GalNAc部分を含む結合体の標的指向部分であるGalNAc部分を有する。GalNAc部分は、肝細胞上に位置するアシアロ糖タンパク質受容体へのその親和性により、オリゴヌクレオチド結合体の肝細胞への機能的送達を可能にする。そのようなGalNAcクラスター結合体は、薬物動態調節剤として作用する可能性を有するため、例えば、PCT公報WO 2012/083046または米国特許出願公開US 2011/0207799号に記載されているとおり、治療的に有用な化合物である。
GalNAc部分とホスホロアミダイトとの独特な組み合わせのために、式IのGalNAcホスホロアミダイトは、固相オリゴヌクレオチド合成において、ヌクレオシド構築ブロックと一緒に構築ブロックとして直接導入することができる。したがって、GalNAc部分を導入する別個の結合工程を回避することができる。
したがって、本発明の目的は、このような構築ブロックを提供することであった。また本発明のさらなる目的は、GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の調製のための式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の使用であった。
本目的は、上記の式Iの新規GalNAcホスホロアミダイト誘導体で達成することができた。
以下の定義は、本明細書において本発明を記載するために用いられる様々な用語の意味および範囲を例示し、定義するために示す。
化学構造中にキラル炭素が存在する場合はいつも、そのキラル炭素に関連するすべての立体異性体は、純粋な立体異性体ならびにその混合物として構造に包含されることが意図される。
「C1〜12-アルキル」なる用語は、1〜12個の炭素原子、特定の態様においては1〜6個の炭素原子の一価の直鎖または分枝飽和炭化水素基を意味する。アルキルの例には、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、n-ブチル、イソブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、ならびにペンチルおよびヘキシルと、その異性体が含まれる。
「アシル」なる用語は、アルキル基に結合しているカルボニル基を意味する。本用語は特にC1〜12-アルキルカルボニル基、より詳細にはC1〜6-アルキルで置換されていてもよいか、またはフェニルで置換されていてもよいC1〜6-アルキルカルボニル基を表す。アシル基の例は、アセチル、ピバロイルまたはベンゾイルである。フェニルの任意の置換基は、塩素、臭素もしくはヨウ素などのハロゲンまたは上記に定義されるC1〜6-アルキル基である。
「ヒドロキシ保護基」なる用語は、ヒドロキシ基を保護することが意図される基を意味し、エステルおよびエーテル形成基、特にテトラヒドロピラニル、アシル(例えば、ベンゾイル、アセチル、カルバモイル)、ベンジルおよびシリルエーテル(例えば、TBS、TBDPS)基が含まれる。これらの基のさらなる例は、T. W. Greene and P. G. M. Wuts, ''Protective Groups in Organic Synthesis'', 2nd ed., John Wiley & Sons, Inc., New York, NY, 1991, chapters 2-3;E. Haslam, ''Protective Groups in Organic Chemistry'', J. G. W. McOmie, Ed., Plenum Press, New York, NY, 1973, Chapter 5、およびT.W. Greene, ''Protective Groups in Organic Synthesis'', John Wiley and Sons, New York, NY, 1981において見出される。
「ハロゲン」なる用語は、フッ素、塩素、臭素、またはヨウ素を表す。
好ましい態様において、GalNAcホスホロアミダイト誘導体は、ヒドロキシ保護基R1がアシル基、特にC1〜12-アルキルカルボニル基、より詳細にはC1〜6-アルキルまたはフェニルによって置換されていてもよいC1〜6-アルキルカルボニル基である、式Iを有する。好ましいヒドロキシ保護基R1は、アセチル、ピバロイルまたはベンゾイルから選択することができ、アセチルが最も好ましい。
nは、好ましくは0〜5の整数であり、より好ましくは1〜3の整数であるが、最も好ましくは2である。
mは好ましくは0〜10の整数であり、より好ましくは3〜7の整数であるが、最も好ましくは5である。
好ましい態様において、GalNAcホスホロアミダイト誘導体は、R1、nおよびmが前述のとおりである、式Iaを有する。
Figure 2018532764
好ましくは、R1はアシルであり; nは0、1、2、3、4または5であり、かつmは0、1、2、3、4、5、6、7、8、8または10であり、より好ましくは、R1はアセチル、ピバロイルまたはベンゾイルであり; nは1、2または3であり、かつmは3、4、5、6または7である。
さらにより好ましい態様において、GalNAcホスホロアミダイト誘導体は、式Ibを有し、これはR1=アセチル、n=2およびm=5を伴う式Iaに対応する。
Figure 2018532764
式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の調製方法は、以下を含む。
a)式Vのアミドを形成するための、式IIIのGalNAc酸誘導体と
Figure 2018532764
(式中、R1およびnは前述のとおりである)
式IVのアミンとの反応
Figure 2018532764
(式中、R3はヒドロキシ保護基であり、mは前述のとおりである)
Figure 2018532764
(式中、R1、R3、nおよびmは前述のとおりである)
b)式VIのGalNAc酸アミドを形成するためのヒドロキシ保護基R3の除去
Figure 2018532764
(式中、R1、nおよびmは前述のとおりである)
c)式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体を形成するための、式VIのGalNAc酸アミドとホスホロアミド化剤との反応。
工程a)
工程a)は、式IIIのGalNAc酸誘導体と式Vのアミンとの反応を含む。
式IIIのGalNAc誘導体のベンジルエステル前駆体は、以下のスキーム1に従って調製することができる。例えばパラジウム炭素などの水素化触媒の存在下での、水素との接触水素化による、後続のベンジルエステルの水素化分解が、式IIIのGalNAc誘導体をもたらす。
スキーム1:
Figure 2018532764
式Vのアミンは、以下のスキーム2の6-ベンジルオキシヘキサン-1-アミンについて例示されるとおりに調製することができる。この反応は、例えば、Saneyoshi, Hisao et al, Organic Letters, 16(1), 30-33; 2014またはAlvarez, M. et al, Anales de Quimica, Serie C: Quimica Organica y Bioquimica, 83(2), 155-61; 1987またはAlvarez, M. et al, Journal of Medicinal Chemistry, 30(7), 1186-93; 1987に記載されている。市販のハロゲンヘキサノキシメチルベンゼンから出発して、各イソインドリン-1,3-ジオンを1,3-ジオキソイソインドリン塩を用いて形成する。適切な1,3-ジオキソイソインドリン塩は、ナトリウム塩またはカリウム塩のようなアルカリ塩またはテトラブチルアンモニウム塩などのテトラアルキルアンモニウム塩である。後続の工程において、イソインドリン-1,3-ジオン基を、ヒドラジンまたは第1級アミン、好ましくはメチルアミンを用いて切断して遊離アミンを形成することができる。
スキーム2:
Figure 2018532764
工程a)のアミド形成は、ペプチドカップリング剤、アミン塩基および有機溶媒の存在下で行われる。
カップリングは、DCC(N,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミド)のようなカルボジイミドカップリング剤ならびにHOBt(1-ヒドロキシベンズトリアゾール)、HOSu(N-ヒドロキシスクシンイミド)、TBTU(N,N,N',N'-テトラメチル-O-(ベンゾトリアゾール-1-イル)ウロニウムテトラフルオロボラート、HBTU(2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1,1,3,3-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスファート)またはHOAt(1-ヒドロキシ-7-アザベンゾトリアゾールおよびTBTU/HOBtまたはHBTU/HOAtなどのその一般的な組み合わせなどの添加剤を用いて、当業者に公知の古典的方法に従うことができる。
好ましい態様において、n-プロピルホスホン酸無水物(T3P)を、トリエチルアミンまたはN-エチルジイソプロピルアミンのような第三級アミン塩基と共に、好ましくはN-エチルジイソプロピルアミンと共に、カップリング剤として選択する。
カップリング反応は、通常、アセトニトリルもしくはテトラヒドロフランまたはその混合物のような極性非プロトン性溶媒中、20℃〜70℃の範囲、好ましくは20℃〜40℃の範囲の反応温度で行われる。
式V生成物の粗製アミドは、溶媒の蒸発によって単離することができる。生成物のさらなる精製は、無極性固定相およびアセトニトリル/水などの極性移動相を用いる分取逆相クロマトグラフィーまたはCO2/メタノール/エタノール/2-プロパノールを用いるSFC(超臨界流体クロマトグラフィー)によって達成することができる。
工程b)
工程b)は、ヒドロキシ保護基R3を除去して、式VIのGalNAc酸アミドを形成することを必要とする。
ヒドロキシ保護基R1が影響を受けずに残存しつつ、ヒドロキシ保護基R3が切断される方法で除去条件を選択できるように、ヒドロキシ保護基R3がヒドロキシ保護基R1と化学的に異なることが重要である。
適切なヒドロキシ保護基R3は、ハロゲンまたはC1〜6-アルキルで置換されていてもよいベンジルであるか、またはベンズヒドリルもしくはトリチル、すなわち水素化分解によって切断され得る基である。あるいは、R3はtert-ブチルジメチルシリルのようなシリルである。シリル基は、フッ化物イオンの存在下で切断することができる。
好ましい態様において、R3はベンジルであり、水素化分解は、適切な水素化触媒の存在下での水素との接触水素化である。
ベンジル基の除去に適した水素化触媒は、パラジウム炭素(Pd/C)である。
反応は、通常、アセトニトリルもしくはテトラヒドロフランまたはそれらの混合物のような極性非プロトン性溶媒の存在下、0℃〜40℃、好ましくは10℃〜30℃の反応温度、1バール〜5バールの水素圧力で行われる。
式VIのGalNAc酸アミドは、触媒をろ過除去し、蒸発により溶媒を除去することによって分離することができる。
工程c)
工程c)は、式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体を形成するために、式VIのGalNAc酸アミドとホスホロアミド化剤との反応を必要とする。
ホスホロアミド化剤は、2-シアノエチル-N,N-ジ-(2-プロピル)クロロホスホロアミダイトまたは2-シアノメチル-N,N,N’,N’-テトラ(2-プロピル)ホスホロジアミダイトより選択することができる。
2-シアノメチル-N,N,N’,N’-テトラ(2-プロピル)ホスホロジアミダイトが用いられる場合には、テトラゾール、5-(エチルチオ)-1H-テトラゾール、5-(ベンジルチオ)-1H-テトラゾール、または4,5-ジシアノイミダゾールのような活性化化合物の存在下で反応が行われる。
好ましい態様において、2-シアノエチル-N,N-ジ-(2-プロピル)クロロホスホロアミダイトが選択される。次いで、トリエチルアミンなどの第三級アミン、およびアセトニトリルもしくはテトラヒドロフランまたはそれらの混合物などの極性非プロトン性溶媒の存在下、-20℃〜50℃の反応温度で、好ましくはアセトニトリル中、0℃〜20℃の反応温度で反応が行われる。
式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体は、概して、ろ過によってトリエチルアミン塩酸塩から分離することができる。粗生成物を伴うろ液は、さらに精製することなく固相ヌクレオチド合成に直接用いることができる。
GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の調製のための式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の使用
本発明のさらなる態様において、式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体は、治療的に有用なGalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の調製に用いることができる。
GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の調製は、
a2)上記の式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の調製、
b2)固体支持体に結合した所望のGalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体を形成するための、所望の配列の所望のヌクレオシド構築ブロックと共に、オリゴヌクレオチド固相合成におけるその使用、および最終的に
c2)固相支持体からのGalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の切断および完全な脱保護
を含む。
好ましい態様において、式Ia、好ましくは式IbのGalNAcホスホロアミダイト誘導体が用いられる。
本明細書において用いられるオリゴヌクレオチドなる用語は、複数の共有結合されたヌクレオシドを含む分子として、それが当業者によって一般的に理解されるとおりに定義される。治療的に有用なオリゴヌクレオチドとしての使用のためには、オリゴヌクレオチドは典型的には7〜30ヌクレオチドの長さで合成される。オリゴヌクレオチドは、一般に、固相化学合成とそれに続く精製によって実験室で作られる。オリゴヌクレオチドの配列に言及する場合、共有結合したヌクレオチドまたはヌクレオシドの核酸塩基部分、またはその修飾物の配列または順序が参照される。本発明のオリゴヌクレオチドは人工的に造られるものであり、化学的に合成され、典型的には精製または単離される。本発明のオリゴヌクレオチドは、1つまたは複数の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含み得る。いくつかの態様において、オリゴヌクレオチドはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
オリゴヌクレオチドは、DNA、RNA、修飾RNAもしくはLNAヌクレオシドモノマー、またはその組み合わせからなってもよい。LNAヌクレオシドモノマーは、ヌクレオチドのリボース糖環のC2'とC4'との間に(ビラジカル(biradicle)または架橋といわれる)リンカー基を含む、修飾ヌクレオシドである。これらのヌクレオシドは、文献中で架橋核酸または二環式核酸(BNA)とも呼ばれる。
非限定的な態様において、オリゴヌクレオチドは、以下からなる群より選択することができる:
Figure 2018532764
式中、大文字はβ-D-オキシ-LNA単位を意味し;小文字はDNA単位を意味し;下付き文字「s」はホスホロチオアート結合を意味し;上付き文字mは、5-メチルシトシン塩基を含むDNAまたはβ-D-オキシ-LNA単位を意味し、上付き文字5-Brは、5-ブロモシトシン塩基を含むDNA単位を意味する。
オリゴヌクレオチド固相合成における構築ブロックとしての式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の使用は、オリゴヌクレオチドの5’末端に適切なアミノリンカーと共にGalNAc部分を導入し、所望のGalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体を形成することを可能にする。非限定的な態様において、GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体は、以下からなる群より選択することができる:
Figure 2018532764
式中、AM-C6は、6-アミノヘキシル-1-ホスフェートまたは以下の式の1-チオホスフェート結合を意味する。
Figure 2018532764
固相合成後、GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体は、依然として固体支持体上に結合しており、ヒドロキシ保護基R1のような保護基を依然として有している。
支持体からの切断および脱保護は、当業者に公知であり、Wincott et al.; Nucl. Acids Res. (1995) 23 (14): 2677-2684などの文献に記載される方法を用いて行うことができる。通常、GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体は、アンモニウム塩、またはナトリウム塩もしくはカリウム塩のようなアルカリ金属塩などの適切な塩の形態で得られる。
本明細書中に開示される化合物は、配列番号1、2、3、4および5からなる群より選択される核酸塩基配列を有する。
Figure 2018532764
略語:
AcOH 酢酸
DMAP 4-(ジメチルアミノ)-ピリジン
DMF N,N'-ジメチルホルムアミド
EtOH エタノール
MeOH メタノール
rt 室温(20〜25℃)
THF テトラヒドロフラン
MTBE メチルtert-ブチルエーテル
GalNAc酸前駆体の合成
構築ブロックA:
実施例1
(2S)-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-2-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジル
Figure 2018532764
234.0g(500.0mmol)の(2S)-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-2-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸を500mlのジクロロメタンに懸濁し、62.0ml(600mmol、1.2当量)のベンジルアルコールおよび3.05gのDMAP(25.0mmol、0.05当量)を加えた。溶液を40分間のうちに0〜5℃に冷却し、500mlのジクロロメタン中の108.0g(525.0mmol、1.05当量)のN,N'-ジシクロヘキシルカルボジイミドの溶液を滴加した。白色懸濁液を0〜5℃で1時間と、次いで室温で15時間撹拌した。懸濁液をG3ガラスフィルターでろ過し、白色ろ過ケークを合計250mlのジクロロメタンで少しずつ洗浄した。ろ液を650〜10mbar/1時間で蒸発させて、黄色油状物を得、これを2.0Lの酢酸エチルに溶解し、2.0Lの0.5M塩酸、2.0Lの1M NaHCO3および1.0Lの食塩水で抽出し、有機層を40℃/150〜10mbar/5時間で蒸発乾固させて、291.1gの粗製(2S)-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-2-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジルを白色固体として、収率104%および純度96.4%(HPLC面積%;約5%のベンジルアルコールを含む)で得た。この物質をそれ以上精製せずに次の工程で用いた。MS: m/z = 459.22735 (M-boc+H)+
実施例2
(2S)-2-アミノ-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジルメタンスルホン酸塩
Figure 2018532764
291.1g(500.0mmol)の(2S)-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)-2-(9H-フルオレン-9-イルメトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジル(HPLC純度;95.8%;約5%のベンジルアルコールを含む)を1.4LのTHFに室温で溶解した。10分以内に、1.04Lのジエチルアミン(10.0mol、20当量)を加え、淡黄色溶液を室温で2時間撹拌し、次いで40℃/200〜10mbarで蒸発させ、200mlのアセトニトリルを加え、ジエチルアミンを効率的に除去するために40℃/100〜10mbar/1時間で再度蒸発させた。最後に、268.1gの黄色油状物を得、これを2.5Lのアセトニトリルに溶解し、室温で10分間撹拌した。不溶性粒子をガラスファイバーフィルターでろ過し、500mlのアセトニトリルで洗浄した。ろ液を10分間のうちに20℃〜25℃で34.0mlのメタンスルホン酸を滴加して処理した。生成した白色懸濁液を室温で17時間撹拌し、G3ガラスフィルターでろ過した。ろ過ケークを500mlのアセトニトリルで少しずつ洗浄した。白色結晶を40℃/15mbar/4時間で乾燥し、195.8gの(2S)-2-アミノ-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジルメタンスルホン酸塩を白色結晶として、収率91%(2工程)および純度99.3%(HPLC面積%)で得た。MS: m/z = 337.2149 (M+H)+
実施例3
(2S)-2-[[(2S)-2,6-ビス(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサノイル]アミノ]-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジル
Figure 2018532764
190.0g(439.0mmol)の(2S)-2-アミノ-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジルメタンスルホン酸塩を1.9LのTHFに室温で懸濁した。335ml(1.98mol、4.5当量)のN-エチルジイソプロピルアミンを加え、それにより温度は15℃までわずかに低下した。次に、213g(615mmol、1.4当量)の(S)-2,6-ビス((tert-ブトキシカルボニル)アミノ)ヘキサン酸を加え、白色懸濁液を室温で20分間撹拌した。390mlのn-プロピルホスホン酸無水物(環式三量体としてのT3P、酢酸エチル中50%、659mmol、1.5当量)を20分のうちに20〜25℃(冷水浴中で冷却)で滴加した。得られた淡黄色混濁溶液を室温で1.5時間撹拌し、分液漏斗に移し、1.9L MTBEで希釈し、1.9Lの水、1.9Lの0.5M塩酸、1.9Lの0.5M NaOH、1.9Lの水および1.9Lの食塩水で抽出した。分離した、依然混濁した有機層をガラスファイバーフィルターでろ過し、フィルターを100mlのMTBEで洗浄し、合わせたろ液を40℃/100mbar/1時間で蒸発させ、1.0LのMTBE(水を共沸除去するため)を再度加え、40℃/250〜10mbar/1時間で蒸発させて、粗生成物296.4gを白色固体残渣として得た。
粗製固体を500mlのアセトニトリルで処理し、混濁溶液を60〜65℃で10分間加熱した。混合物を20〜25℃に冷却し、10分間撹拌し、ガラスファイバーフィルターでろ過し、50mlのアセトニトリルで洗浄した。淡黄色溶液を40℃/100〜10mbar/4時間で蒸発させて、295gの(2S)-2-[[(2S)-2,6-ビス(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサノイル]アミノ]-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジルをオフホワイト固体として、収率101%(HPLC純度:100%、ジアステレオマー純度(SS)98.6%)で得、これをそれ以上精製せずに次の工程で用いた。MS: m/z = 565.3741 (M-boc+H)+
実施例4
(2S)-6-アミノ-2-[[(2S)-2,6-ジアミノヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸ベンジル三メタンスルホン酸塩
Figure 2018532764
124.0g(187mmol)の(2S)-2-[[(2S)-2,6-ビス(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサノイル]アミノ]-6-(tert-ブトキシカルボニルアミノ)ヘキサン酸ベンジルを1.25Lのアセトニトリルに懸濁した。61.0ml(935.0mmol、5.0当量)のメタンスルホン酸を20〜25℃で、10分のうちに加えた(ガス放出)。得られた橙色懸濁液を40分で55〜60℃まで加熱し、55〜60℃でさらに1時間撹拌した。橙赤色乳濁液を室温まで冷却し(脱boc化を1H-NMRにより制御した)、それ以上精製せずにA+B構築工程、実施例8で用いた。MS: m/z = 365.2558 (M+H)+
構築ブロックB:
実施例5a
2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジル
Figure 2018532764
30.0g(200.0mmol)の2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エタノールを50mlのDMFに20〜25℃で溶解し、次いで、46.0mlのメタノール中25%ナトリウムメトキシド(200.0mmol、1.0当量)を加えた。生成した溶液を40℃/50mbar/0.5時間で蒸発させ(40mlの溶媒の除去)、50mlのDMFを再度加え、40℃/20mbar/0.5時間で蒸発させた(15mlの溶媒の除去)、わずかにゼリー様の懸濁液に、50ml DMF中の13.9gのブロモ酢酸(100mmol、0.5当量)の溶液を20〜25℃で加え、混合物を6時間撹拌した。11.9mlの臭化ベンジル(100mmol、0.5当量)を加え、混合物を20〜25℃でさらに16時間撹拌した。次いで、反応混合物を200mlの食塩水で処理し、200mlのMTBEで抽出した。分離したMTBE層を200mlの食塩水で抽出し、次いで、分離したMTBE層を無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、40℃/300〜10mbar/1時間で蒸発させて、23.9gの粗製2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジルを得た。
クロマトグラフィ(600gのシリカ60(0.063〜0.2mm)、移動相:酢酸エチル)後、合計7.85gの2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジルを無色油状物として、収率13%および純度99.0%(HPLC面積%)で単離した。MS: m/z = 299.1517 (M+H)+
実施例5b
2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジル
Figure 2018532764
11.2gのtert-酪酸カリウム(100.0mmol、0.5当量)を70mlの2-メチル-2-ブタノールに懸濁し(軽度の発熱35℃)、次いで30.0g(200.0mmol)の2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エタノールを5分のうちに滴加した。滴下漏斗を10mlの2-メチル-2-ブタノールで洗浄し(温度は45℃に上昇)、溶液を60〜65℃まで加熱し、11.6g(100mmol、0.5当量)のクロロ酢酸ナトリウムを加え、60〜65℃で16時間撹拌し、次いで11.9mlの臭化ベンジル(100mmol、0.5当量)を加え、混合物を60〜65℃でさらに16時間撹拌した。反応混合物を室温まで冷却し、次いで50mlの水で処理し、80mlのMTBEおよび40mlのMTBEで抽出した。合わせたTBME層を50mlの半飽和食塩水で洗浄し、有機層を40℃/300〜10mbar/1時間で蒸発させて、27.0gの粗製2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジルを得た。
クロマトグラフィ(270gのシリカ60(0.063〜0.2mm)、移動相:酢酸エチル/n-ヘプタン1/1で開始し、純粋な生成物が見えれば、移動相を100%酢酸エチルに変更)後、合計11.4gの2-[2-[2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジルを無色に近い油状物として、収率19%(クロロ酢酸ナトリウムから38%)および純度99.0%(HPLC面積%)で単離した。
実施例6
2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジル
Figure 2018532764
268.0gの2-(2-(2-(2-ヒドロキシエトキシ)エトキシ)エトキシ)酢酸ベンジル(900mol)を2.4Lのジクロロメタンに溶解した。385.0gの(2S,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-2H-ピラン-2,4,5-トリイルトリアセテート(990mmol、1.1当量)および12.0mlのトリフルオロメタンスルホン酸(135mmol、0.15当量)を加えた。懸濁液をディーンスターク分離器(50ml、AcOHを除去するため)を用いて加熱還流した。1時間後、4.50mlのトリフルオロメタンスルホン酸(50.7mmol、0.05当量)および50mlのジクロロメタンを橙色懸濁液に加え、ディーンスターク分離器からの溶媒(50ml)を排出した。半時間ごとにこの手順を合計6回(3時間)繰り返した。合計4.5時間後、赤色溶液を10〜15℃まで冷却し、30分以内に20〜25℃で1.8Lの1M炭酸水素ナトリウム(1.8mol、2.0当量)の溶液に加えた(CO2放出、pH7〜8)。黄色有機層を分離し、40℃/600〜10mbar/3時間で蒸発させて、585.4gの粗製2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジルを黄色油状物として得た(HPLC純度:87%)。粗生成物を700mlのアセトンに溶解し、あらかじめ充填されたシリカカラム(3.0kgのシリカ60;0.063〜0.2mm)にチャージした。n-ヘプタン/アセトンを移動相(5:1〜1:2の勾配)として用いたクロマトグラフィを行った。合わせた回収分画を40℃/600〜10mbarで蒸発させ、20〜25℃/0.3mbar/3時間で乾燥して、465.0gの2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジルを黄色油状物として、収率83%および純度100%(HPLC面積%)で得た。MS: m/z = 628.2627 (M+H)+
実施例7
2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸
Figure 2018532764
アルゴン雰囲気下、456.0gの2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロ-ピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸ベンジル(727mmol)を1.4LのTHFに溶解した。4.56gのPd/C 10%を加え、アルゴン雰囲気を水素(1bar)で置換した。黒色懸濁液を20〜25℃で2時間水素化した。水素雰囲気をアルゴンで置換し、黒色懸濁液をろ過し、ろ過ケークを合計400mlのTHFで少しずつ洗浄した。無色ろ液(HPLC純度:71%および27%トルエン)をいかなる精製もせずにA+B構築工程、実施例8で用いた。MS: m/z = 538.2191 (M+H)+
構築ブロックAおよびBの構築
実施例8
(2S)-6-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[[(2S)-2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸ベンジル
Figure 2018532764
実施例4からの(2S)-6-アミノ-2-[[(2S)-2,6-ジアミノヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸ベンジル三メタンスルホン酸塩(180.0mmol)の赤橙色溶液(約1.4L)を3.60Lのアセトニトリルで希釈した。20〜25℃で、365.0mlのN-エチルジイソプロピルアミン(2.16mol、12.0当量)を5分以内に加えた。生成した粘稠スラリーに、実施例7からの2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]酢酸(720mmol、4.0当量)の溶液(約2.25L)を20〜25℃で10分以内に加え、それにより温度が40℃までわずかに上昇した。45〜50℃で、425mlのn-プロピルホスホン酸無水物(T3P、三量体、酢酸エチル中50%、720mmol、4.0当量)の溶液を10分以内に加えた。反応溶液を45〜50℃で1時間撹拌した。淡黄色溶液を20〜25℃まで冷却し、40℃/10mbar/6時間で蒸発させて、1.06kgの粗製(2S)-6-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[[(2S)-2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸ベンジル(HPLC純度:24.1%)を得た。粗生成物を3回に分けて沈澱させ、メタンスルホン酸N-エチルジイソプロピルアミンおよび残存T3Pを除去した。353gの粗生成物を7.0Lの2-プロパノールに溶解し、1時間で-25℃まで冷却し、-25℃で1時間撹拌し、あらかじめ冷却した(-25℃)G3ガラスフィルターでろ過し(洗浄なし)、沈澱生成物からの一部が反応器からガラス壁上に沈着した。すべての沈澱をフィルターおよびガラス壁から合計1.0LのTHFで少しずつ溶解した。合わせた溶液を40℃/20mbar/6時間で蒸発させて、390.0gの(2S)-6-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[[(2S)-2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸ベンジル(HPLC純度:71.9%)を得、これをそれ以上精製せずに次の工程で用いた。MS: m/z = 1923.8438 (M+H)+
GalNAcホスホロアミダイトの合成
実施例9
(2S)-6-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[[(2S)-2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸
Figure 2018532764
5.0g(2.6mmol)の(2S)-6-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[[(2S)-2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸ベンジルを25.0mlのTHFに溶解し、100mgのPd/C 10%を加え、混合物をアルゴンで3回、次いで水素ガスで3回フラッシュした。黒色懸濁液を水素雰囲気下、20〜25℃で3.0時間水素化した。懸濁液をガラスファイバーフィルターでろ過し、ろ液を20℃/100〜10mbar/1時間で蒸発させて、4.5gの(2S)-6-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[[(2S)-2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸を淡黄色油状物として得た。LC-MS, (ESI) MH+1832.7941
実施例10a
2-(6-ベンジルオキシヘキシル)イソインドリン-1,3-ジオン
Figure 2018532764
10.8g(40mmol)の6-ブロモヘキソキシメチルベンゼンを55.0mlのTHFに溶解し、17.1g(44.0mmol、1.1当量)のテトラブチルアンモニウム 1,3-ジオキソイソインドリン-2-イド(フタルイミド/水酸化テトラブチルアンモニウム メタノール中25% 1/1/トルエンと蒸発/共沸させ、40℃で乾燥)を無色溶液(光発熱)に加えた。反応混合物を20〜25℃で2時間撹拌し、生成した懸濁液をろ過し、ろ過ケーキを20.0mlのTHFで洗浄し、合わせたろ液を50mlのMTBEで希釈し、50mlの水で抽出し、有機層を分離し、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、30mlのMTBEで洗浄し、40℃/400〜15mbar/3時間で蒸発させて、12.9gの粗製2-(6-ベンジルオキシヘキシル)イソインドリン-1,3-ジオンを明黄色固体として得、それをさらに精製することなく工程10cで用いた。MS: m/z = (M+H)+ 338.1752
実施例10b
2-(6-ベンジルオキシヘキシル)イソインドリン-1,3-ジオン
Figure 2018532764
12.7g(47mmol)の6-ブロモヘキソキシメチルベンゼンを64.0mlのTHFに溶解し、9.6g(51.7mmol、1.1当量)のカリウム-イソインドリン-2-イド-1,3-ジオン、および0.32g(0.94mmol、0.02当量)の硫酸水素テトラブチルアンモニウムを無色溶液に加えた。反応混合物を18時間還流し、64mlのMTBEで希釈し64mlの水で2回抽出し、有機層を分離し、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、30mlのMTBEで洗浄し、40℃/400〜15mbar/3時間で蒸発させ、14.7gの粗製2-(6-ベンジルオキシヘキシル)イソインドリン-1,3-ジオンをオフホワイト固体として得た。10.6gの粗生成物を37mlのメタノールと5.5mlの水との混合物で処理し、加熱還流し、5分後に混濁溶液を20〜25℃に冷却し、20〜25℃で1時間撹拌し、白色懸濁液をろ過し、ろ過ケーキを7.0mlのメタノールと1.0mlの水の混合物で洗浄した。白色結晶を40℃/15mbar/1時間で乾燥して9.6gの2-(6-(ベンジルオキシ)ヘキシル)イソインドリン-1,3-ジオンを白色結晶として得た。MS: m/z = (M+H)+ 338.1752
実施例10c
6-ベンジルオキシヘキサン-1-アミン
Figure 2018532764
12.8g(37.9mmol)の2-(6-(ベンジルオキシ)ヘキシル)イソインドリン-1,3-ジオンを40.0mlのTHFに溶解し、室温で5.5mlのヒドラジン一水和物 水中64%(113mmol、3.0当量)を加えた。無色溶液を50〜55℃で2時間加熱し、形成した白色懸濁液を室温に冷却し、ろ過し、白色ろ過ケーキを合計30.0mlのTHFで洗浄した。ろ液を60.0mlのMTBEで希釈し、50mlの水で抽出した。有機層を分離し、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、40℃/350〜15mbar/2時間で蒸発させて、6.44gの粗製6-ベンジルオキシヘキサン-1-アミンを無色油状物として得た。
塩酸塩の形成:6.44g(31.1mmol)を32.0mlのメタノールに溶解し、室温で7.80mlのメタノール中の4M HClを加え、淡黄色溶液を40℃/150〜15mbar/15分で蒸発させて、8.1gの粗生成物を黄色油状物として得た。この油状物に65.0mlの酢酸エチルを加え、白色懸濁液を形成し、これを室温で16時間撹拌した。白色懸濁液をろ過し、ろ過ケーキを合計40.0mlの酢酸エチルで洗浄し、40℃/15mbar/3時間で乾燥して、4.95gの6-ベンジルオキシヘキサン-1-アミン塩酸塩を白色結晶として得た。
遊離塩基の形成:2.0gの6-ベンジルオキシヘキサン-1-アミン塩酸塩を15.0mlの1M NaOH/13%NaClで処理し、15.0mlのMTBEで抽出し、有機層を分離し、無水硫酸ナトリウムで乾燥し、ろ過し、5mlのMTBEで洗浄し、40℃/350〜15mbar/2時間で蒸発させて、1.67gの6-ベンジルオキシヘキサン-1-アミンを無色油状物として得た。
MS: m/z = (M+H)+ 208.17006
実施例10d
[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-(6-ベンジルオキシヘキシルカルバモイル)ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
Figure 2018532764
4.4gの(2S)-6-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[[(2S)-2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキサン酸を45.0mlのTHFに溶解し、20〜25℃で0.55g(2.64mmol、1.1当量)の6-ベンジルオキシヘキサン-1-アミンおよび1.22ml(7.2mmol、3.0当量)のN-エチルジイソプロピルアミンを加え、溶液を35〜40℃に加温し、1.84mlのn-プロピルホスホン酸無水物(環式三量体としてのT3P、酢酸エチル中50%、3.12mmol、1.3当量)を淡黄色溶液に加えた。混合物を35〜40℃で4.0時間撹拌し、20〜25℃に冷却し、20〜25℃/100〜10mbar/2時間で蒸発させて、6.5gの粗生成物を得た。生成物をSFC/RP-C18/2-プロパノールで精製して、2.91gの[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-(6-ベンジルオキシヘキシルカルバモイル)ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテートを白色泡状物として得た。LC-MS、(ESI) MH+2021.945
実施例11
[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-(6-ヒドロキシヘキシルカルバモイル)ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
Figure 2018532764
1.62g(0.80mmol)の[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-(6-ベンジルオキシヘキシルカルバモイル)ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテートを8.0mlのメタノールに溶解し、162mgのPd/C 10%を加え、混合物を最初にアルゴンで3回、次いで水素ガスで3回フラッシュした。黒色懸濁液を20〜25℃で1.5時間水素化した。黒色懸濁液をガラスファイバーフィルターでろ過し、無色ろ液を20℃/100〜10mbar/1時間で蒸発させた。無色の油状物を10mlのアセトニトリルに溶解し、100〜10mbar/1時間で蒸発させ、10mlのアセトニトリルで再度処理し、100〜10mbar/1時間で蒸発させた後、無色油状物を20〜25℃、1mbarで2時間乾燥して、1.50gの[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-(6-ヒドロキシヘキシルカルバモイル)ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテートを無色油状物として得た。LC-MS MH+1931.90142
実施例12
[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-[6-[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシヘキシルカルバモイル]ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテート
Figure 2018532764
1.50g(0.77mmol)の[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-(6-ヒドロキシヘキシルカルバモイル)ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテートを5.0mlのアセトニトリルに溶解し、淡黄色溶液を0〜5℃に冷却し、0.184mlのトリエチルアミンおよび2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルクロロホスホロアミダイトを0〜5℃で加えた。15分後、1.50gのモレキュラーシーブ3Aビーズ4〜8メッシュを加え、0〜5℃で10分間撹拌し、懸濁液をガラスファイバーフィルターでろ過し、淡黄色溶液を20〜25℃/100〜10mbar/0.5時間で蒸発させて、1.50gの[(2R,3R,4R,5R,6R)-5-アセトアミド-6-[2-[2-[2-[2-[[(5S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-6-[[(1S)-5-[[2-[2-[2-[2-[(2R,3R,4R,5R,6R)-3-アセトアミド-4,5-ジアセトキシ-6-(アセトキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-1-[6-[2-シアノエトキシ-(ジイソプロピルアミノ)ホスファニル]オキシヘキシルカルバモイル]ペンチル]アミノ]-6-オキソ-ヘキシル]アミノ]-2-オキソ-エトキシ]エトキシ]エトキシ]エトキシ]-3,4-ジアセトキシ-テトラヒドロピラン-2-イル]メチルアセテートを黄色油状物として得、これをさらに精製することなく次の工程で使用した。
31P-NMR DMSO-d6 146.33ppm (s 1P). LC-MS, M(NH4)+ 2149.0
実施例13
ヘキサデカアンモニウム;[(3S)-2-[[6-[[6-[[2-[2-[2-[2-[(2R)-3-アセトアミド-4,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]-2-[2,6-ビス[[2-[2-[2-[2-[(2R)-3-アセトアミド-4,5-ジヒドロキシ-6-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロピラン-2-イル]オキシエトキシ]エトキシ]エトキシ]アセチル]アミノ]ヘキサノイルアミノ]ヘキサノイル]アミノ]ヘキソキシ-オキシド-ホスホリル]オキシメチル]-5-(4-アミノ-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)テトラヒドロフラン-3-イル] [(2R,3S,5R)-3-[[(1R,4R,6R,7S)-7-[[(1R,4R,6R,7S)-6-(4-アミノ-5-メチル-2-オキソ-ピリミジン-1-イル)-7-[[(1R,4R,6R,7S)-6-(2-アミノ-6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-7-[[(2R,3S,5R)-3-[[(2R,3S,5R)-3-[[(2R,3S,5R)-3-[[(2R,3S,5R)-3-[[(2R,3S,5R)-5-(2-アミノ-6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-3-[[(2R,3S,5R)-3-[[(2R,3S,5R)-5-(2-アミノ-6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-3-[[(2R,3S,5R)-3-[[(4R)-6-(2-アミノ-6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-7-[[6-(2-アミノ-6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-7-[[7-ヒドロキシ-6-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)-2,5-ジオキサビシクロ[2.2.1]ヘプタン-4-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-2,5-ジオキサビシクロ[2.2.1]ヘプタン-4-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-2,5-ジオキサビシクロ[2.2.1]ヘプタン-4-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-5-(6-アミノプリン-9-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-5-(6-アミノプリン-9-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-5-(6-アミノプリン-9-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-5-(6-アミノプリン-9-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-5-(6-アミノプリン-9-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-ピリミジン-1-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-2,5-ジオキサビシクロ[2.2.1]ヘプタン-4-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-2,5-ジオキサビシクロ[2.2.1]ヘプタン-4-イル]メトキシ-オキシド-ホスフィノチオイル]オキシ-6-(2-アミノ-6-オキソ-1H-プリン-9-イル)-2,5-ジオキサビシクロ[2.2.1]ヘプタン-4-イル]メトキシ-オキシド-ホスホリル]オキシ-5-(6-アミノプリン-9-イル)テトラヒドロフラン-2-イル]メチルホスフェート
Figure 2018532764
AKTA Oligopilot 100(GE Healthcare、Freiburg、GermanyおよびPrimer Support 5G Unylinker 350(GE Healthcare、Freiburg、Germany)を使用して、GalNAcクラスター修飾LNA/DNAを、標準的なホスホロアミダイト化学によって固相上で0.200mmolのスケールで製造した。対応するホスホロアミダイトおよびGalNAcクラスターホスホロアミダイトを用いて、LNA含有、2’-OCH2-4’架橋ヌクレオチド(Sigma-Aldrich、SAFC、Hamburg、Germany)およびDNA(Sigma-Aldrich、SAFC、Hamburg、Germany)を生成した。本分野で公知の方法によって切断および脱保護を達成した(Wincott F. et al. Nucleic Acid Research, 1995, 23, 14, 2677-84)。アンモニウム塩(1.6g)としての脱保護および乾燥した粗製GalNAcクラスター修飾LNAを特徴付けし、イオン対HPLC-MSを用いて
Figure 2018532764
であることを確認した。
C231H316N78O118P16S13, LC-MS, M (ESI) 6981.3
(大文字はβ-D-オキシ-LNA単位を意味し;小文字はDNA単位を意味し;下付き文字「s」はホスホロチオアート結合を意味し;上付き文字mは、5-メチルシトシン塩基を含むDNAまたはβ-D-オキシ-LNA単位を意味し、AM-C6は、6-アミノヘキシル-1-ホスフェート結合を意味する。)

Claims (18)

  1. 式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体であって、
    Figure 2018532764
    式中、R1はヒドロキシ保護基であり、nは0〜10の整数であり、mは0〜20の整数である、
    前記GalNAcホスホロアミダイト誘導体、対応するエナンチオマー、および/またはそれらの光学異性体。
  2. R1がアシル基である、請求項1に記載のGalNAcホスホロアミダイト誘導体。
  3. R1が、C1〜6-アルキルまたはフェニルで置換されていてもよいC1〜6-アルキルカルボニル基である、請求項1または2に記載のGalNAcホスホロアミダイト誘導体。
  4. nが0〜5の整数であり、mが0〜10の整数である、請求項1〜3のいずれか一項に記載のGalNAcホスホロアミダイト誘導体。
  5. 式IaのGalNAcホスホロアミダイト誘導体であり、
    Figure 2018532764
    式中、R1、m、およびnは前述のとおりである、
    請求項1〜4のいずれか一項に記載のGalNAcホスホロアミダイト誘導体。
  6. R1がアセチルであり、nが2であり、mが5である、請求項1〜5のいずれか一項に記載のGalNAcホスホロアミダイト誘導体。
  7. 式Ib
    Figure 2018532764
    の、請求項1〜6のいずれか一項に記載のGalNAcホスホロアミダイト誘導体。
  8. (a)式中、R1およびnが前述のとおりである、式IIIのGalNAc酸誘導体
    Figure 2018532764
    を、式中、R3がヒドロキシ保護基であり、mが前述のとおりである、式IVのアミン
    Figure 2018532764
    と反応させて、式中、R1、R3、nおよびmが前述のとおりである、式Vのアミド
    Figure 2018532764
    を形成する工程、
    (b)ヒドロキシ保護基R3を除去して、式中、R1、nおよびmが前述のとおりである、式VIのGalNAc酸アミド
    Figure 2018532764
    を形成する工程、
    ならびに
    (c)式VIのGalNAc酸アミドをホスホロアミド化剤と反応させて、式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体を形成する工程
    を含む、式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の調製方法。
  9. 工程(a)におけるアミド形成が、ペプチドカップリング剤、アミン塩基および有機溶媒の存在下で行われる、請求項8に記載の方法。
  10. ペプチドカップリング剤がn-プロピルホスホン酸無水物であり、アミン塩基が第三級アミンであり、有機溶媒が極性非プロトン性溶媒であり、かつ反応温度が20℃〜70℃より選択される、請求項8または9に記載の方法。
  11. 工程(b)における除去が、水素化分解であり、水素化触媒の存在下で水素との接触水素化によって行われる、請求項8に記載の方法。
  12. ヒドロキシ保護基R3がベンジルである、請求項8〜11のいずれか一項に記載の方法。
  13. 工程(c)におけるホスホロアミド化剤が、2-シアノエチル-N,N-ジ-(2-プロピル)クロロホスホロアミダイトまたは2-シアノエチル-N,N,N’,N’-テトラ(2-プロピル)ホスホロジアミダイトより選択される、請求項8に記載の方法。
  14. 工程(c)における反応が、第三級アミンおよび極性非プロトン性溶媒の存在下、-20℃〜50℃の反応温度で、2-シアノエチル-N,N-ジイソプロピルクロロホスホロアミダイトを用いて行われる、請求項8または13に記載の方法。
  15. GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の調製のための式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の使用。
  16. GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の調製が、
    (a2)請求項8〜14に記載の式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の調製、
    (b2)固体支持体に結合した所望のGalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体を形成するための、所望の配列の所望のヌクレオシド構築ブロックと共に、オリゴヌクレオチド固相合成における式IのGalNAcホスホロアミダイト誘導体の使用、および最終的に
    (c2)固相支持体からのGalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体の切断および完全な脱保護
    を含む、請求項15に記載の使用。
  17. 式Ia、好ましくは式IbのGalNAcホスホロアミダイト誘導体が用いられる、請求項15または16に記載の使用。
  18. GalNAcクラスターオリゴヌクレオチド結合体が、以下より選択され、
    Figure 2018532764
    式中、AM-C6は、6-アミノヘキシル-1-ホスフェートまたは1-チオホスフェート結合を意味し、大文字はβ-D-オキシ-LNA単位を意味し、小文字はDNA単位を意味し、下付き文字「s」はホスホロチオアート結合を意味し、上付き文字mは、5-メチルシトシン塩基を含むDNAまたはβ-D-オキシ-LNA単位を意味し、上付き文字5-Brは、5-ブロモシトシン塩基を含むDNA単位を意味する、
    請求項15〜17のいずれか一項に記載の使用。
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