JP2018019640A - ハイブリダイゼーション用バッファー組成物及びハイブリダイゼーション方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】ターゲット核酸と核酸プローブとのハイブリダイゼーションに使用するバッファー組成物であって、上記ターゲット核酸と非ターゲット核酸とからなる核酸混合物の核酸濃度に対して、非ターゲット核酸における少なくとも非検出対象塩基を含む領域に対して相補的な塩基配列を含むブロッキング用核酸を1倍以上の量として含有する。
【選択図】図1−1
Description
(2)上記ブロッキング用核酸は、上記核酸混合物の核酸濃度に対して1〜5倍の濃度であることを特徴とする(1)記載のハイブリダイゼーション用バッファー組成物。
(3)検出対象塩基を含むターゲット核酸と、当該ターゲット核酸における少なくとも検出対象塩基を含む領域に対して相補的な塩基配列を含む核酸プローブとのハイブリダイゼーション方法であって、上記ターゲット核酸と上記検出対象塩基に対応する非検出対象塩基を含む非ターゲット核酸とからなる核酸混合物を含む溶液と、非ターゲット核酸における少なくとも非検出対象塩基を含む領域に対して相補的な塩基配列を含むブロッキング用核酸を核酸混合物の核酸濃度に対して1倍以上の濃度として含有するハイブリダイゼーション用バッファー組成物とを混合し、その後、上記核酸プローブと上記ターゲット核酸とのハイブリダイズを行う、ハイブリダイゼーション方法。
(4)上記ハイブリダイゼーション用バッファー組成物は、上記核酸混合物の核酸濃度に対して1〜5倍の濃度のブロッキング用核酸を含むことを特徴とする(3)記載のハイブリダイゼーション方法。
(5)上記核酸混合物を含む溶液は、ターゲット核酸を0.66nM以上の濃度で含有することを特徴とする(3)記載のハイブリダイゼーション方法。
(6)上記核酸混合物を含む溶液は、ターゲット核酸及び非ターゲット核酸の合計を100%としたときにターゲット核酸を0.5〜10%で含有することを特徴とする(3)記載のハイブリダイゼーション方法。
(7)上記核酸混合物を含む溶液は、ターゲット核酸及び非ターゲット核酸の合計を100%としたときにターゲット核酸を0.5〜10%で含有し、且つ、ターゲット核酸を0.66nM以上の濃度で含有することを特徴とする(3)記載のハイブリダイゼーション方法。
(8)上記核酸プローブが基板上に固定されてなるマイクロアレイに、上記ハイブリダイゼーション用バッファー組成物と、上記核酸混合物を含有する溶液とを混合した混合液を接触させることを特徴とする(3)記載のハイブリダイゼーション方法。
(9)上記核酸混合物を含有する溶液は、上記ターゲット核酸を増幅する核酸増幅反応の後の反応液であり、当該反応液と上記ハイブリダイゼーション用バッファー組成物とを混合することを特徴とする(3)記載のハイブリダイゼーション方法。
プライマー1:5'- gtgtgacatgttctaatatagtcac -3'(配列番号17)及び
プライマー2:5'- gaatggtcctgcaccagtaa -3'(配列番号18)
また、コドン117に対しては、
プライマー3:5’- ctctgaagatgtacctatggtc -3’(配列番号19)及び
プライマー4:5’- gtctactgttctagaaggcaaat -3’(配列番号20)
からなるプライマーのセットが挙げられる。
本実施例では、K-rasにおけるコドン117の野生型の塩基配列(AAA)を非検出対象塩基とし、変異型の塩基配列(AAC, AAT)を検出対象塩基とした。野生型の検体として、コドン117の野生型の塩基配列(AAA)を中心に36塩基からなるオリゴDNA(野生型オリゴDNA1)を使用し、変異型の検体としてコドン117の変異型の塩基配列(AAC, AAT)を中心に36塩基からなるオリゴDNA(変異型オリゴDNA1及び2)を使用した。野生型オリゴDNA1及び変異型オリゴDNA1並びに2は、それぞれ5’末端にCyanine5(Cy5)を標識している。変異型オリゴDNAを3.3nMとして変異割合が0.5%、10%又は50%になるように野生型オリゴDNA及び変異型オリゴDNAを混合し、核酸混合物とした。
本実施例では実施例1と同様に、K-rasにおけるコドン117の野生型の塩基配列(AAA)を非検出対象塩基とし、変異型の塩基配列(AAC, AAT)を検出対象塩基とし、これらの塩基配列が変異型の検体を0.66nMとした以外は実施例1と同様に実験を行った。
本実施例では、K-rasにおけるコドン12の野生型の塩基配列(GGT)を非検出対象塩基とし、変異型の塩基配列(GAT, GTT, GCT)を検出対象塩基とした。野生型の検体として、コドン12の野生型の塩基配列(GGT)を中心に26塩基からなるオリゴDNA(野生型オリゴDNA2)を使用し、変異型の検体としてコドン12の変異型の塩基配列(GAT, GTT, GCT)を中心に24塩基からなるオリゴDNA(変異型オリゴDNA3〜5)を使用した。野生型オリゴDNA2及び変異型オリゴDNA3〜5は、それぞれ5’末端にCyanine5(Cy5)を標識している。変異型オリゴDNAを0.66nMとして変異割合が0.5%, 1%又は5%になるように野生型オリゴDNA及び変異型オリゴDNAを混合し、核酸混合物とした。
Claims (9)
- 検出対象塩基を含むターゲット核酸と、当該ターゲット核酸における少なくとも検出対象塩基を含む領域に対して相補的な塩基配列を含む核酸プローブとのハイブリダイゼーションに使用するバッファー組成物であって、
上記ターゲット核酸と、上記検出対象塩基に対応する非検出対象塩基を含む非ターゲット核酸とからなる核酸混合物の核酸濃度に対して、非ターゲット核酸における少なくとも非検出対象塩基を含む領域に対して相補的な塩基配列を含むブロッキング用核酸を1倍以上の濃度として含有する、ハイブリダイゼーション用バッファー組成物。 - 上記ブロッキング用核酸は、上記核酸混合物の核酸濃度に対して1〜5倍の濃度であることを特徴とする請求項1記載のハイブリダイゼーション用バッファー組成物。
- 検出対象塩基を含むターゲット核酸と、当該ターゲット核酸における少なくとも検出対象塩基を含む領域に対して相補的な塩基配列を含む核酸プローブとのハイブリダイゼーション方法であって、
上記ターゲット核酸と上記検出対象塩基に対応する非検出対象塩基を含む非ターゲット核酸とからなる核酸混合物を含む溶液と、非ターゲット核酸における少なくとも非検出対象塩基を含む領域に対して相補的な塩基配列を含むブロッキング用核酸を核酸混合物の核酸濃度に対して1倍以上の濃度として含有するハイブリダイゼーション用バッファー組成物とを混合し、その後、上記核酸プローブと上記ターゲット核酸とのハイブリダイズを行う、ハイブリダイゼーション方法。 - 上記ハイブリダイゼーション用バッファー組成物は、上記核酸混合物の核酸濃度に対して1〜5倍の濃度のブロッキング用核酸を含むことを特徴とする請求項3記載のハイブリダイゼーション方法。
- 上記核酸混合物を含む溶液は、ターゲット核酸を0.66nM以上の濃度で含有することを特徴とする請求項3記載のハイブリダイゼーション方法。
- 上記核酸混合物を含む溶液は、ターゲット核酸及び非ターゲット核酸の合計を100%としたときにターゲット核酸を0.5〜10%で含有することを特徴とする請求項3記載のハイブリダイゼーション方法。
- 上記核酸混合物を含む溶液は、ターゲット核酸及び非ターゲット核酸の合計を100%としたときにターゲット核酸を0.5〜10%で含有し、且つ、ターゲット核酸を0.66nM以上の濃度で含有することを特徴とする請求項3記載のハイブリダイゼーション方法。
- 上記核酸プローブが基板上に固定されてなるマイクロアレイに、上記ハイブリダイゼーション用バッファー組成物と、上記核酸混合物を含有する溶液とを混合した混合液を接触させることを特徴とする請求項3記載のハイブリダイゼーション方法。
- 上記核酸混合物を含有する溶液は、上記ターゲット核酸を増幅する核酸増幅反応の後の反応液であり、当該反応液と上記ハイブリダイゼーション用バッファー組成物とを混合することを特徴とする請求項3記載のハイブリダイゼーション方法。
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