JP2017529080A5 - - Google Patents

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[本発明1001]
抗原特異的T細胞集団を調製するための方法であって、
患者または適切なドナー由来のT細胞を含む試料を提供する段階と、
前記試料を、常磁性であり、かつ表面上にMHC−ペプチド抗原提示複合体を含む第1の粒子集団と接触させる段階であって、前記粒子が直径約10〜約500nmである、前記段階と、
前記常磁性粒子に近接して磁場を配置する段階と、
前記磁気粒子と会合した抗原特異的T細胞を回収する段階と
を含む、前記方法。
[本発明1002]
前記抗原特異的T細胞が、細胞傷害性Tリンパ球、ヘルパーT細胞、または制御性T細胞である、本発明1001の方法。
[本発明1003]
前記抗原特異的T細胞がCD8+細胞傷害性Tリンパ球である、本発明1001の方法。
[本発明1004]
前記T細胞が患者由来であり、前記患者が癌患者である、本発明1003の方法。
[本発明1005]
前記癌が固形腫瘍である、本発明1004の方法。
[本発明1006]
前記癌が、黒色腫、結腸癌、十二指腸癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、腺管癌、肝臓癌、膵臓癌、腎臓癌、子宮内膜癌、精巣癌、胃癌、異形成口腔粘膜、ポリープ症、頭頸部癌、侵襲性口腔癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、中皮腫、移行細胞及び扁平細胞泌尿器癌、脳癌、神経芽腫、及び神経膠腫である、本発明1004の方法。
[本発明1007]
前記癌が黒色腫である、本発明1004の方法。
[本発明1008]
前記癌が血液学的悪性腫瘍である、本発明1004の方法。
[本発明1009]
前記抗原特異的T細胞がCD8+細胞傷害性Tリンパ球及び/またはCD4+ヘルパーT細胞である、本発明1001の方法。
[本発明1010]
前記T細胞が患者由来であり、前記患者が感染性疾患を有する、本発明1009の方法。
[本発明1011]
前記T細胞が制御性T細胞であり、前記患者が自己免疫疾患を有する、本発明1001の方法。
[本発明1012]
T細胞を含む前記試料が、養子移入レシピエントとHLAが適合する適切なドナー由来のものであり、前記回収された抗原特異的T細胞が前記レシピエントに養子移入される、本発明1001〜1011のいずれかの方法。
[本発明1013]
T細胞を含む前記試料が、末梢血単核細胞(PBMC)試料、記憶T細胞、ナイーブT細胞、以前活性化されたT細胞、及び腫瘍浸潤性リンパ球からなる群より選択される、本発明1001の方法。
[本発明1014]
T細胞を含む前記試料が、骨髄、リンパ節組織、脾臓組織、または腫瘍由来である、本発明1001の方法。
[本発明1015]
T細胞を含む前記試料が、白血球取り出しによって単離される、本発明1001の方法。
[本発明1016]
前記試料が、CD8+細胞、CD4+細胞、または制御性T細胞に関して濃縮されている、本発明1001のいずれかの方法。
[本発明1017]
前記試料が、CD8+抗原特異的T細胞に関して、前記細胞を磁場に置くことによって濃縮される、本発明1016の方法。
[本発明1018]
少なくとも10 6 個のCD8濃縮細胞が、接触させる段階、配置する段階、及び回収する段階によって、抗原特異的T細胞濃縮のために単離される、本発明1016の方法。
[本発明1019]
表面上にMHC−ペプチド抗原提示複合体を含む前記常磁性粒子が、鉄デキストランビーズを含む、本発明1001〜1018のいずれかの方法。
[本発明1020]
表面上にMHC−ペプチド抗原提示複合体を含む前記常磁性粒子が、リンパ球共刺激リガンドをさらに含む、本発明1001〜1019のいずれかの方法。
[本発明1021]
前記抗原提示複合体がMHCクラスIまたはMHCクラスII複合体である、本発明1001〜1020のいずれかの方法。
[本発明1022]
前記抗原提示複合体が単量体または二量体である、本発明1021の方法。
[本発明1023]
前記抗原提示複合体が二量体であり、前記複合体が、ジスルフィド結合によって結合する免疫グロブリン重鎖配列とMHCの融合を含む、本発明1022の方法。
[本発明1024]
前記免疫グロブリン配列がIgG配列である、本発明1023の方法。
[本発明1025]
前記MHCが、HLA−A、HLA−B、HLA−C、またはHLA−Eを含むMHCクラスI複合体である、本発明1021〜1024のいずれかの方法。
[本発明1026]
前記MHCがHLA−A2である、本発明1025の方法。
[本発明1027]
前記免疫グロブリン配列が、ヒト化モノクローナル抗体配列である、本発明1023〜1026のいずれかの方法。
[本発明1028]
前記リンパ球共刺激リガンドが、CD28、CD80(B7−1)、CD86(B7−2)、B7−H3、4−1BBL、4−1BB、CD27、CD30、CD134(OX−40L)、B7h(B7RP−1)、CD40、LIGHTに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、HVEMに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、CD40Lに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、OX40に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、及び4−1BBに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片からなる群より選択される1つ以上である、本発明1020の方法。
[本発明1029]
前記共刺激リガンドが、モノクローナル抗体、F(ab’)2、Fab、scFv、及び一本鎖抗体からなる群より選択される、本発明1028の方法。
[本発明1030]
前記モノクローナル抗体または断片がヒト化されている、本発明1029の方法。
[本発明1031]
前記共刺激リガンドが、CD28に対するヒト化マウスモノクローナル抗体または完全ヒト抗体である、本発明1020〜1030のいずれかの方法。
[本発明1032]
前記共刺激リガンドがヒト化モノクローナル抗体9.3またはその抗原結合断片である、本発明1031の方法。
[本発明1033]
前記磁気粒子が、約20〜約200nm内のサイズを有する、本発明1001〜1032のいずれかの方法。
[本発明1034]
前記抗原提示複合体及び前記共刺激リガンドが、前記常磁性粒子の前記表面に共有結合している、本発明1020〜1033のいずれかの方法。
[本発明1035]
前記粒子が実質的に球状である、本発明1001〜1034のいずれかの方法。
[本発明1036]
前記粒子が非球状である、本発明1001〜1034のいずれかの方法。
[本発明1037]
約3〜約10の異なる抗原が、前記常磁性粒子集団において前記抗原提示複合体によって提示される、本発明1001〜1036のいずれかの方法。
[本発明1038]
前記抗原提示複合体が腫瘍関連抗原を提示する、本発明1004の方法。
[本発明1039]
前記回収された抗原特異的T細胞が、抗原特異的ナイーブT細胞に関して濃縮されている、本発明1001〜1038のいずれかの方法。
[本発明1040]
前記回収された抗原特異的T細胞を、約2日間〜約9週間培養下で増殖させる、本発明1020〜1039のいずれかの方法。
[本発明1041]
前記細胞を、磁場の存在下で培養下で増殖させる、本発明1040の方法。
[本発明1042]
前記抗原特異的T細胞を、約5日間〜約2週間、または約5日間〜約10日間、培養下で増殖させる、本発明1040の方法。
[本発明1043]
前記抗原特異的濃縮T細胞を、約1週間培養下で増殖させ、その後、任意で、第2のラウンドの濃縮及び増殖を行う、本発明1042の方法。
[本発明1044]
2、3、4、または5ラウンドの濃縮及び増殖を行う、本発明1040〜1043のいずれかの方法。
[本発明1045]
少なくとも約5%の抗原特異的T細胞を生じる、本発明1001または1044の方法。
[本発明1046]
少なくとも約10%の抗原特異的T細胞、または少なくとも約15%の抗原特異的T細胞、または少なくとも約20%の抗原特異的T細胞、または少なくとも約25%の抗原特異的T細胞を生じる、本発明1045の方法。
[本発明1047]
少なくとも約10 6 個、または少なくとも約10 7 個の抗原特異的T細胞が得られる、本発明1046の方法。
[本発明1048]
前記少なくとも約10 6 個、または少なくとも約10 7 個の抗原特異的T細胞が、養子免疫療法として、患者レシピエントに投与される、本発明1047の方法。
[本発明1049]
T細胞抗原またはT細胞レパートリーの成分を同定するための方法であって、
対象由来のT細胞を含む試料を提供する段階と、
各々、その表面上にMHC−ペプチド抗原提示複合体を含む常磁性粒子のライブラリーに対して、単離されたT細胞をスクリーニングする段階であって、前記粒子が直径約10〜約500nmであり、各粒子が候補ペプチド抗原を提示する、前記段階と、
前記対象のT細胞の活性化を引き起こす、1つ以上のペプチド抗原を同定する段階と
を含む、前記方法。
[本発明1050]
前記対象が癌患者である、本発明1049の方法。
[本発明1051]
前記候補ペプチドが、前記患者の癌の遺伝子分析から予測されるペプチド抗原を含む、本発明1050の方法。
[本発明1052]
前記スクリーニングする段階が、前記対象のT細胞及び前記常磁性粒子のライブラリーを、磁場の存在下でインキュベーションすることを含む、本発明1049〜1051のいずれかの方法。
[本発明1053]
前記対象のT細胞の活性化が、任意で免疫化学若しくはRT−PCRによって測定されるサイトカイン発現によって同定されるか、または前記対象のT細胞の活性化が、T細胞活性化を示す細胞内シグナル伝達を測定することによって同定される、本発明1049〜1052のいずれかの方法。
[本発明1054]
選択されたペプチド抗原が人工的抗原提示細胞上に負荷され、前記患者に投与される、本発明1052または1053の方法。
[本発明1055]
前記同定された抗原を認識するT細胞をエクスビボで濃縮しかつ増殖させて、前記対象に投与する、本発明1049〜1054のいずれかの方法。
[本発明1056]
前記対象が免疫疾患を有することが疑われ、前記常磁性粒子が、自己免疫疾患及び/または免疫疾患を示す候補ペプチドのライブラリーを提示する、本発明1049の方法。
[本発明1057]
前記対象が感染性疾患を有することが疑われ、前記常磁性粒子が、感染性疾患を示す候補ペプチドのライブラリーを提示する、本発明1049の方法。
[本発明1058]
前記同定された抗原を認識するT細胞が、
患者または適切なドナー由来のT細胞を含む試料を提供するプロセスと、
密度勾配遠心分離またはフローサイトメトリーによって、抗原特異的T細胞を回収するプロセスと、によって濃縮される、本発明1055の方法。
[本発明1059]
前記回収されたT細胞を表現型的に特徴付ける段階をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1060]
前記回収されたT細胞を培養下で増殖させる段階をさらに含む、本発明1020の方法。
[本発明1061]
前記回収されたT細胞を前記磁気粒子から単離する段階をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1062]
前記単離されたT細胞を、疾患の治療のために、前記疾患を有するレシピエントに注射する段階をさらに含む、本発明1001または1061の方法。
[本発明1063]
前記回収されたT細胞をエクスビボで培養する、本発明1001の方法。
[本発明1064]
前記回収されたT細胞が、前記試料中に10 −6 個未満のT細胞を含む、本発明1001の方法。
[本発明1065]
前記試料が、養子移入レシピエントに対してHLA不適合である適切なドナー由来のT細胞を含み、前記回収された抗原特異的T細胞が前記レシピエントに養子移入される、本発明1048の方法。
[本発明1066]
前記抗原提示複合体及び前記共刺激リガンドが、抗体によって前記常磁性粒子の表面に結合される、本発明1020〜1033のいずれかの方法。
[本発明1067]
前記抗原提示複合体が、前記患者の腫瘍の遺伝子分析から予測されるネオ抗原を提示し、前記ネオ抗原が、パッセンジャー突然変異、ドライバー突然変異、癌遺伝子形成突然変異、及び腫瘍抑制因子破壊突然変異からなる群より選択される突然変異によって形成される、本発明1004の方法。
[本発明1068]
前記抗原提示複合体が、前記患者の腫瘍の遺伝子分析から予測される抗原を提示する、本発明1004の方法。
[本発明1069]
前記抗原を前記患者にワクチン接種する段階をさらに含む、本発明1068の方法。
[本発明1070]
前記抗原で前記患者のT細胞を刺激する段階をさらに含む、本発明1068の方法。
[本発明1071]
前記抗原特異的T細胞が1つ以上の活性化マーカーを発現する、本発明1020の方法。
[本発明1072]
前記常磁性粒子が、その表面上に、少なくとも5つのMHC−ペプチド抗原提示複合体を含む、本発明1020の方法。
[本発明1073]
前記常磁性粒子が、その表面上に、少なくとも10のMHC−ペプチド抗原提示複合体を含む、本発明1020の方法。
[本発明1074]
前記常磁性粒子が、その表面上に、少なくとも5つのリンパ球共刺激リガンド分子を含む、本発明1020の方法。
[本発明1075]
前記常磁性粒子が、その表面上に、少なくとも10のリンパ球共刺激リガンド分子を含む、本発明1020の方法。
[本発明1076]
前記常磁性粒子が、その表面上に、MHC−ペプチド抗原提示複合体を含み、前記試料を、リンパ球共刺激リガンドを含む第2の粒子とさらに接触させる、本発明1001〜1048のいずれかの方法。
[本発明1077]
前記疾患が慢性感染性疾患である、本発明1062の方法。
[本発明1078]
前記接触させる段階が、前記集団の限界希釈を使用する、本発明1067の方法。
[本発明1079]
前記抗原特異的T細胞からmRNAを単離する段階と、前記mRNAまたは前記mRNA由来のcDNAに対して配列決定反応を実行する段階と、をさらに含む、本発明1001の方法。
[本発明1080]
前記常磁性粒子が検出可能に標識され、前記方法が、T細胞活性化マーカーの発現に関して、前記抗原特異的T細胞をアッセイすることをさらに含む、本発明1071の方法。
[本発明1081]
前記抗原提示複合体及び前記共刺激リガンドが、ビオチン−アビジンまたはビオチン−ストレプトアビジン結合対によって、前記常磁性粒子の表面に結合される、本発明1020〜1033のいずれかの方法。
[本発明1082]
前記表現型の特徴付けが、CD62L、CD45RA、PD−1、CTLA−4、Tim−3、Lag−3、及びICSからなる群より選択されるマーカーに関してアッセイすることを含む、本発明1059の方法。
[本発明1083]
前記スクリーニングする段階の前に、抗原に特異的である前記試料中のT細胞に関して濃縮する段階をさらに含む、本発明1049の方法。
本発明のさらなる態様及び実施形態は、以下の詳細な説明に基づいて、当業者に明らかであろう。

Claims (49)

  1. ナイーブT細胞から抗原特異的T細胞集団を調製するための方法であって、
    患者または適切なドナー由来のナイーブT細胞を含む試料を提供する段階と、
    前記試料を、常磁性であり、かつ表面上にMHC−ペプチド抗原提示複合体およびリンパ球共刺激リガンドを含む粒子集団と接触させる段階であって、前記粒子が直径約10〜約500nmである、前記段階と、
    前記常磁性粒子に近接して磁場を配置する段階と、
    前記常磁性粒子と会合した細胞を、前記常磁性粒子と会合しない細胞から分離する段階と、
    前記常磁性粒子と会合した胞を回収する段階と
    前記回収しされた細胞を1〜3週間培養下で増殖させて、抗原特異的T細胞が少なくとも1000倍増殖している抗原特異的T細胞集団を調製する段階と
    を含む、前記方法。
  2. 前記抗原特異的T細胞が、細胞傷害性Tリンパ球、ヘルパーT細胞、または制御性T細胞である、請求項1に記載の方法。
  3. 前記抗原特異的T細胞がCD8+細胞傷害性Tリンパ球である、請求項1に記載の方法。
  4. 前記T細胞が患者またはドナー由来であり、前記患者が癌患者である、請求項3に記載の方法。
  5. 前記癌が固形腫瘍である、請求項4に記載の方法。
  6. 前記癌が、黒色腫、結腸癌、十二指腸癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、腺管癌、肝臓癌、膵臓癌、腎臓癌、子宮内膜癌、精巣癌、胃癌、異形成口腔粘膜、ポリープ症、頭頸部癌、侵襲性口腔癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、中皮腫、移行細胞及び扁平細胞泌尿器癌、脳癌、神経芽腫、及び神経膠腫である、請求項4に記載の方法。
  7. 前記癌が黒色腫である、請求項4に記載の方法。
  8. 前記癌が血液学的悪性腫瘍である、請求項4に記載の方法。
  9. 前記抗原特異的T細胞がCD8+細胞傷害性Tリンパ球及び/またはCD4+ヘルパーT細胞である、請求項1に記載の方法。
  10. 前記T細胞が患者由来であり、前記患者が感染性疾患を有する、請求項9に記載の方法。
  11. 前記T細胞が制御性T細胞であり、前記患者が自己免疫疾患を有する、請求項1に記載の方法。
  12. T細胞を含む前記試料が、養子移入レシピエントとHLAが適合する適切なドナー由来のものであり、前記回収された抗原特異的T細胞集団前記レシピエントへの養子移入に使用するためのものである、請求項4〜8のいずれか一項に記載の方法。
  13. T細胞を含む前記試料が、末梢血単核細胞(PBMC)試料である、請求項1に記載の方法。
  14. T細胞を含む前記試料が、骨髄、リンパ節組織、脾臓組織、または腫瘍由来である、請求項1に記載の方法。
  15. T細胞を含む前記試料が、白血球取り出しによって単離される、請求項1に記載の方法。
  16. 前記試料が、CD8+細胞、CD4+細胞、または制御性T細胞に関して濃縮されている、請求項1記載の方法。
  17. 少なくとも10個のCD8濃縮細胞が、接触させる段階、配置する段階、及び回収する段階によって、抗原特異的T細胞濃縮のために単離される、請求項16に記載の方法。
  18. 記常磁性粒子が、鉄デキストランビーズを含む、請求項1〜17のいずれか一項に記載の方法。
  19. 前記抗原提示複合体がMHCクラスIまたはMHCクラスII複合体である、請求項1〜18
    のいずれか一項に記載の方法。
  20. 前記抗原提示複合体が単量体または二量体である、請求項19に記載の方法。
  21. 前記抗原提示複合体が二量体であり、前記複合体が、ジスルフィド結合によって結合する免疫グロブリン重鎖配列とMHCの融合を含む、請求項20に記載の方法。
  22. 前記免疫グロブリン重鎖配列がIgG配列である、請求項21に記載の方法。
  23. 前記MHCが、HLA−A、HLA−B、HLA−C、またはHLA−Eを含むMHCクラスI複合体である、請求項1922のいずれか一項に記載の方法。
  24. 前記MHCがHLA−A2である、請求項23に記載の方法。
  25. 前記免疫グロブリン配列が、ヒト化モノクローナル抗体配列である、請求項2124のいずれか一項に記載の方法。
  26. 前記リンパ球共刺激リガンドが、CD28、CD80(B7−1)、CD86(B7−2)、B7−H3、4−1BBL、4−1BB、CD27、CD30、CD134(OX−40L)、B7h(B7RP−1)、CD40、LIGHTに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、HVEMに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、CD40Lに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、OX40に特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片、及び4−1BBに特異的に結合する抗体またはその抗原結合断片から選択される1つ以上である、請求項1〜25のいずれか一項に記載の方法。
  27. 前記共刺激リガンドが、モノクローナル抗体、F(ab’)2、Fab、scFv、及び一本鎖抗体からなる群より選択される、請求項26に記載の方法。
  28. 前記モノクローナル抗体または断片がヒト化されている、請求項27に記載の方法。
  29. 前記共刺激リガンドが、CD28に対するヒト化マウスモノクローナル抗体または完全ヒト抗体である、請求項1〜28のいずれか一項に記載の方法。
  30. 前記共刺激リガンドがヒト化モノクローナル抗体9.3またはその抗原結合断片である、請求項29に記載の方法。
  31. 前記常磁性粒子が、約20〜約200nm内のサイズを有する、請求項1〜30のいずれか一項に記載の方法。
  32. 前記抗原提示複合体及び前記共刺激リガンドが、前記常磁性粒子の前記表面に共有結合している、請求項31に記載の方法。
  33. 約3〜約10の異なる抗原が、前記常磁性粒子集団において前記抗原提示複合体によって提示される、請求項1〜32のいずれか一項に記載の方法。
  34. 前記抗原提示複合体が腫瘍関連抗原を提示する、請求項4に記載の方法。
  35. 前記回収された細胞が、抗原特異的ナイーブT細胞に関して濃縮されている、請求項1〜34のいずれか一項に記載の方法。
  36. 前記抗原特異的濃縮T細胞を、約1週間培養下で増殖させ、その後、任意で、第2のラウンドの濃縮及び増殖を行う、請求項1〜35のいずれか一項に記載の方法。
  37. 少なくとも約5%の抗原特異的T細胞を生じる、請求項1〜36のいずれか一項に記載の方法。
  38. 少なくとも約10%の抗原特異的T細胞、または少なくとも約15%の抗原特異的T細胞、または少なくとも約20%の抗原特異的T細胞、または少なくとも約25%の抗原特異的T細胞を生じる、請求項37に記載の方法。
  39. 少なくとも約10個、または少なくとも約10個の抗原特異的T細胞が得られる、請求項38に記載の方法。
  40. 前記回収されたT細胞を表現型的に特徴付ける段階をさらに含む、請求項1〜39のいずれか一項に記載の方法。
  41. 前記抗原提示複合体が、前記患者の腫瘍の遺伝子分析から予測されるネオ抗原を提示し、前記ネオ抗原が、パッセンジャー突然変異、ドライバー突然変異、癌遺伝子形成突然変異、及び腫瘍抑制因子破壊突然変異からなる群より選択される突然変異によって形成される、請求項4に記載の方法。
  42. 前記抗原特異的T細胞からmRNAを単離する段階と、前記mRNAまたは前記mRNA由来のcDNAに対して配列決定反応を実行する段階と、をさらに含む、請求項1〜41のいずれか一項に記載の方法。
  43. 前記常磁性粒子が検出可能に標識され、前記方法が、T細胞活性化マーカーの発現に関して、前記抗原特異的T細胞をアッセイすることをさらに含む、請求項1〜42のいずれか一項に記載の方法。
  44. 前記表現型の特徴付けが、CD62L、CD45RA、PD−1、CTLA−4、Tim−3、Lag−3、及びICSから選択されるマーカーに関してアッセイすることを含む、請求項40に記載の方法。
  45. 請求項1〜44のいずれか一項に記載の方法によって調製された抗原特異的T細胞集団を含む、癌患者を治療するための医薬。
  46. T細胞を含む前記試料が、養子移入レシピエントとHLAが適合する適切なドナー由来のものである、請求項45に記載の医薬。
  47. 少なくとも約10 個、または少なくとも約10 個の抗原特異的T細胞が、養子免疫療法として、患者レシピエントに投与されるように用いられることを特徴とする、請求項45または46に記載の医薬。
  48. 前記MHC−ペプチド抗原提示複合体に、腫瘍関連抗原から選択される1種以上の抗原性ペプチドが負荷されている、請求項45〜47のいずれか一項に記載の医薬。
  49. 前記癌が、血液学的悪性腫瘍である、請求項45〜48のいずれか一項に記載の医薬。
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