JP2017523406A - 化学療法標的に対するsrmアッセイ - Google Patents
化学療法標的に対するsrmアッセイ Download PDFInfo
- Publication number
- JP2017523406A JP2017523406A JP2017500071A JP2017500071A JP2017523406A JP 2017523406 A JP2017523406 A JP 2017523406A JP 2017500071 A JP2017500071 A JP 2017500071A JP 2017500071 A JP2017500071 A JP 2017500071A JP 2017523406 A JP2017523406 A JP 2017523406A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- sequence number
- rrm1
- folr1
- ercc1
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000002512 chemotherapy Methods 0.000 title abstract description 4
- 238000003556 assay Methods 0.000 title description 64
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 297
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 247
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 247
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 174
- 102100035186 DNA excision repair protein ERCC-1 Human genes 0.000 claims abstract description 172
- 102100035139 Folate receptor alpha Human genes 0.000 claims abstract description 172
- 101001023230 Homo sapiens Folate receptor alpha Proteins 0.000 claims abstract description 172
- 101001074727 Homo sapiens Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit Proteins 0.000 claims abstract description 172
- 102100036320 Ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit Human genes 0.000 claims abstract description 172
- 101000876529 Homo sapiens DNA excision repair protein ERCC-1 Proteins 0.000 claims abstract description 171
- 102100036790 Tubulin beta-3 chain Human genes 0.000 claims abstract description 171
- 102100021469 Equilibrative nucleoside transporter 1 Human genes 0.000 claims abstract description 170
- 101000822020 Homo sapiens Equilibrative nucleoside transporter 1 Proteins 0.000 claims abstract description 170
- 101000713575 Homo sapiens Tubulin beta-3 chain Proteins 0.000 claims abstract description 170
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 claims abstract description 62
- 238000004949 mass spectrometry Methods 0.000 claims abstract description 33
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 claims abstract description 9
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 108
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 82
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 76
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 claims description 57
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 claims description 48
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims description 43
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 39
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 19
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 19
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims description 19
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 claims description 17
- 239000004365 Protease Substances 0.000 claims description 17
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims description 14
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 14
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims description 11
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims description 10
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims description 6
- 238000001514 detection method Methods 0.000 claims description 5
- 238000000816 matrix-assisted laser desorption--ionisation Methods 0.000 claims description 4
- 238000000534 ion trap mass spectrometry Methods 0.000 claims description 3
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 claims description 2
- 206010036790 Productive cough Diseases 0.000 claims description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 claims description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002751 lymph Anatomy 0.000 claims description 2
- 238000001840 matrix-assisted laser desorption--ionisation time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 claims description 2
- 238000005173 quadrupole mass spectroscopy Methods 0.000 claims description 2
- 210000003296 saliva Anatomy 0.000 claims description 2
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 claims description 2
- 210000003802 sputum Anatomy 0.000 claims description 2
- 208000024794 sputum Diseases 0.000 claims description 2
- 238000004885 tandem mass spectrometry Methods 0.000 claims description 2
- 238000001269 time-of-flight mass spectrometry Methods 0.000 claims description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 claims description 2
- 206010058467 Lung neoplasm malignant Diseases 0.000 claims 3
- 201000005202 lung cancer Diseases 0.000 claims 3
- 208000020816 lung neoplasm Diseases 0.000 claims 3
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 claims 1
- 238000002552 multiple reaction monitoring Methods 0.000 abstract description 80
- WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N Formaldehyde Chemical compound O=C WSFSSNUMVMOOMR-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract description 41
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 abstract description 30
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 abstract description 4
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 abstract description 4
- 150000001413 amino acids Chemical group 0.000 abstract description 2
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 abstract description 2
- MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N (2S)-2-Amino-3-hydroxypropansäure Chemical compound OC[C@H](N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-REOHCLBHSA-N 0.000 abstract 1
- AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N L-threonine Chemical compound C[C@@H](O)[C@H](N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-GBXIJSLDSA-N 0.000 abstract 1
- OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N L-tyrosine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-QMMMGPOBSA-N 0.000 abstract 1
- MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N Serine Natural products OCC(N)C(O)=O MTCFGRXMJLQNBG-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract 1
- AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N Threonine Natural products CC(O)C(N)C(O)=O AYFVYJQAPQTCCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract 1
- 239000004473 Threonine Substances 0.000 abstract 1
- OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N tyrosine Natural products OC(=O)C(N)CC1=CC=C(O)C=C1 OUYCCCASQSFEME-UHFFFAOYSA-N 0.000 abstract 1
- 239000006166 lysate Substances 0.000 description 31
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 21
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 21
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 19
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 16
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 15
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 13
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 13
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 12
- 239000003531 protein hydrolysate Substances 0.000 description 11
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 8
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 8
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 8
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 8
- 108090000317 Chymotrypsin Proteins 0.000 description 7
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 7
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 7
- 229960002376 chymotrypsin Drugs 0.000 description 7
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 7
- 238000003364 immunohistochemistry Methods 0.000 description 6
- 238000005040 ion trap Methods 0.000 description 6
- 238000004811 liquid chromatography Methods 0.000 description 6
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 6
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 6
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 5
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 5
- 230000029087 digestion Effects 0.000 description 5
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 5
- 108091005601 modified peptides Proteins 0.000 description 5
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 5
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 5
- 108090001090 Lectins Proteins 0.000 description 4
- 102000004856 Lectins Human genes 0.000 description 4
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 4
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 4
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 4
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 4
- 239000002523 lectin Substances 0.000 description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 4
- 230000026731 phosphorylation Effects 0.000 description 4
- 238000006366 phosphorylation reaction Methods 0.000 description 4
- 238000004007 reversed phase HPLC Methods 0.000 description 4
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N Methanol Chemical compound OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010030544 Peptidyl-Lys metalloendopeptidase Proteins 0.000 description 3
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 3
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 3
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 3
- 230000017854 proteolysis Effects 0.000 description 3
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 2
- 108090000284 Pepsin A Proteins 0.000 description 2
- 102000057297 Pepsin A Human genes 0.000 description 2
- 102000016549 Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 Human genes 0.000 description 2
- 108010053099 Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 Proteins 0.000 description 2
- 230000009471 action Effects 0.000 description 2
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 2
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 2
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 2
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 2
- 238000005251 capillar electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 2
- 229940044683 chemotherapy drug Drugs 0.000 description 2
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 2
- 108091007999 druggable proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000038037 druggable proteins Human genes 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 102000052116 epidermal growth factor receptor activity proteins Human genes 0.000 description 2
- 108700015053 epidermal growth factor receptor activity proteins Proteins 0.000 description 2
- 238000005194 fractionation Methods 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 238000011275 oncology therapy Methods 0.000 description 2
- 238000011369 optimal treatment Methods 0.000 description 2
- 239000012188 paraffin wax Substances 0.000 description 2
- 229940111202 pepsin Drugs 0.000 description 2
- BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N platinum Chemical compound [Pt] BASFCYQUMIYNBI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000008569 process Effects 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 2
- 238000004366 reverse phase liquid chromatography Methods 0.000 description 2
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 2
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 2
- 238000011269 treatment regimen Methods 0.000 description 2
- 229960001322 trypsin Drugs 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- BJHCYTJNPVGSBZ-YXSASFKJSA-N 1-[4-[6-amino-5-[(Z)-methoxyiminomethyl]pyrimidin-4-yl]oxy-2-chlorophenyl]-3-ethylurea Chemical compound CCNC(=O)Nc1ccc(Oc2ncnc(N)c2\C=N/OC)cc1Cl BJHCYTJNPVGSBZ-YXSASFKJSA-N 0.000 description 1
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101710117545 C protein Proteins 0.000 description 1
- 108010075254 C-Peptide Proteins 0.000 description 1
- 230000000970 DNA cross-linking effect Effects 0.000 description 1
- 101710162625 DNA excision repair protein ERCC-1 Proteins 0.000 description 1
- 230000033616 DNA repair Effects 0.000 description 1
- 102100024607 DNA topoisomerase 1 Human genes 0.000 description 1
- 101710119265 DNA topoisomerase 1 Proteins 0.000 description 1
- 102100033587 DNA topoisomerase 2-alpha Human genes 0.000 description 1
- 101710204372 DNA topoisomerase 2-alpha Proteins 0.000 description 1
- 206010059866 Drug resistance Diseases 0.000 description 1
- 102000010451 Folate receptor alpha Human genes 0.000 description 1
- 108050001931 Folate receptor alpha Proteins 0.000 description 1
- 102000029749 Microtubule Human genes 0.000 description 1
- 108091022875 Microtubule Proteins 0.000 description 1
- CXQHYVUVSFXTMY-UHFFFAOYSA-N N1'-[3-fluoro-4-[[6-methoxy-7-[3-(4-morpholinyl)propoxy]-4-quinolinyl]oxy]phenyl]-N1-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxamide Chemical compound C1=CN=C2C=C(OCCCN3CCOCC3)C(OC)=CC2=C1OC(C(=C1)F)=CC=C1NC(=O)C1(C(=O)NC=2C=CC(F)=CC=2)CC1 CXQHYVUVSFXTMY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000019055 Nucleoside Transport Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102000007079 Peptide Fragments Human genes 0.000 description 1
- 108010033276 Peptide Fragments Proteins 0.000 description 1
- 102400000745 Potential peptide Human genes 0.000 description 1
- 101800001357 Potential peptide Proteins 0.000 description 1
- 108010038105 Ribonucleoside-diphosphate reductase Proteins 0.000 description 1
- 102000028649 Ribonucleoside-diphosphate reductase Human genes 0.000 description 1
- 229940123237 Taxane Drugs 0.000 description 1
- 239000007983 Tris buffer Substances 0.000 description 1
- 101710202239 Tubulin beta-3 chain Proteins 0.000 description 1
- 230000001594 aberrant effect Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000001261 affinity purification Methods 0.000 description 1
- 229930013930 alkaloid Natural products 0.000 description 1
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- 239000012491 analyte Substances 0.000 description 1
- 229940045799 anthracyclines and related substance Drugs 0.000 description 1
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 1
- 230000000340 anti-metabolite Effects 0.000 description 1
- 230000000259 anti-tumor effect Effects 0.000 description 1
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 1
- 229940100197 antimetabolite Drugs 0.000 description 1
- 239000002256 antimetabolite Substances 0.000 description 1
- 230000001851 biosynthetic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000481 breast Anatomy 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 230000005907 cancer growth Effects 0.000 description 1
- 239000012830 cancer therapeutic Substances 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- -1 cell Substances 0.000 description 1
- 239000013592 cell lysate Substances 0.000 description 1
- 210000003850 cellular structure Anatomy 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 210000001072 colon Anatomy 0.000 description 1
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 1
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 1
- 239000003599 detergent Substances 0.000 description 1
- 239000003534 dna topoisomerase inhibitor Substances 0.000 description 1
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 1
- 229950008692 foretinib Drugs 0.000 description 1
- 239000008098 formaldehyde solution Substances 0.000 description 1
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 description 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 1
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 1
- 229930002839 ionone Natural products 0.000 description 1
- 150000002499 ionone derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 1
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 1
- WSFSSNUMVMOOMR-NJFSPNSNSA-N methanone Chemical compound O=[14CH2] WSFSSNUMVMOOMR-NJFSPNSNSA-N 0.000 description 1
- 238000001531 micro-dissection Methods 0.000 description 1
- 210000004688 microtubule Anatomy 0.000 description 1
- 238000007479 molecular analysis Methods 0.000 description 1
- YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N n-[3-[[6-[3-(trifluoromethyl)anilino]pyrimidin-4-yl]amino]phenyl]cyclopropanecarboxamide Chemical compound FC(F)(F)C1=CC=CC(NC=2N=CN=C(NC=3C=C(NC(=O)C4CC4)C=CC=3)C=2)=C1 YOHYSYJDKVYCJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229930014626 natural product Natural products 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 1
- 108091006527 nucleoside transporters Proteins 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 230000007170 pathology Effects 0.000 description 1
- 229910052697 platinum Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 210000002307 prostate Anatomy 0.000 description 1
- 238000002731 protein assay Methods 0.000 description 1
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000012207 quantitative assay Methods 0.000 description 1
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 description 1
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 1
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 208000011581 secondary neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 239000006152 selective media Substances 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 1
- 238000004611 spectroscopical analysis Methods 0.000 description 1
- 235000020354 squash Nutrition 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 1
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 description 1
- 229940044693 topoisomerase inhibitor Drugs 0.000 description 1
- LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N tris Chemical compound OCC(N)(CO)CO LENZDBCJOHFCAS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000004222 uncontrolled growth Effects 0.000 description 1
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
Classifications
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
- A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
- A61P35/00—Antineoplastic agents
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
- G01N33/57423—Specifically defined cancers of lung
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6848—Methods of protein analysis involving mass spectrometry
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6893—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids related to diseases not provided for elsewhere
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2560/00—Chemical aspects of mass spectrometric analysis of biological material
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/70—Mechanisms involved in disease identification
- G01N2800/7023—(Hyper)proliferation
- G01N2800/7028—Cancer
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Pathology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Oncology (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Public Health (AREA)
- Pharmacology & Pharmacy (AREA)
- Animal Behavior & Ethology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Veterinary Medicine (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
Abstract
Description
癌は、増殖及び分割する細胞を殺傷し、様々な方法で機能する治療剤集で処置される。一般的な化学療法剤集は、独立してまたは併用されてのいずれかで、数十年にわたって使用されており、この一般的な薬剤集は、臨床腫瘍学実践において従来及び通常の癌処置となっている。これらの従来の化学療法薬は、大半の癌細胞の主な特性の1つである迅速な分割を行うすべての細胞を殺傷することにより作用する。そのような薬剤には、DNAを直接損傷するアルキル化剤、微小管形成を阻止するタキサン、DNA及びRNA複製を妨害する代謝拮抗薬、DNA複製に関与する酵素を妨害するアントラサイクリン(抗腫瘍抗生物質)、DNA複製を阻止するトポイソメラーゼ阻害薬、酵素が細胞増殖に必要なタンパク質を作成することを阻止する天然産物に由来するアルカロイド及び他の化合物、DNAの架橋を引き起こしてDNA修復及び/またはDNA合成を阻害するプラチナ製剤が挙げられる。これらの群の化学療法剤は、元々、癌細胞の増殖を阻害するというそれらの基礎機能に基づいて開発され、それらの標的化作用様式の事前知識はほとんどなかった。それらが、既知のタンパク質を特異的に標的し、直接阻害するように開発されていなかったため、これらの薬剤は、歴史的に「標的化」癌治療剤とみなされていない。しかしながら、それらの開発以来、これらの群の薬剤のそれぞれの生化学機能が十分に理解されるようになり、それぞれが特定のタンパク質、酵素、または核酸に「標的化」効果を有することが見出されている。これらの化学療法剤の「標的」も、十分に理解され、ゆえに所与の癌に対する最も効果的な化学療法剤を、その癌の中のこれらの特定の「標的」の存在の有無に基づいて選択することができる。これらの薬剤がそれらの標的に効果を有し得るかどうかを予測することができる特定のバイオマーカーが存在する。この実施形態は、患者由来の生体試料において直接的に化学療法のこれらのバイオマーカーの存在の有無についてアッセイするための特定の方法を記載する。
原理的には、既知の特異性の任意のタンパク質分解プロセスによって調製される、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質に由来する任意の予測されるペプチドが、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の存在量を決定するための代理レポーターとして使用されてよい。一実施形態では、試料は、既知の特異性のプロテアーゼ(1つまたは複数)(例えば、トリプシン及び/またはエンドプロテイナーゼLys−Cのうちの1つ以上)で消化される。タンパク質分解処理から生じる1つ以上のペプチドを代理レポーターとして使用して、質量分析ベースのSRM/MRMアッセイなどの好適なアッセイにおいて、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質のうちの1つ以上の存在量を決定することができる。同様に、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質中で修飾されることが知られている部位にアミノ酸残基を含有する、任意の予測されるペプチド配列を使用して、試料中のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の修飾の程度をアッセイしてもよい。
一旦溶解物が調製されると、試料中のペプチドは、それらの分析及び測定(定量化)を促進する様々な技術に供されてよい。分析を質量分析により行う場合、分析を促進するために、1つ以上のクロマトグラフ法を採用してよい。
本発明のある特定の実施形態を以下に記載する。
以下に記載される方法は、1)ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質についての質量分析ベースのSRM/MRMアッセイのために使用することができるENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来の候補ペプチドを同定し、2)ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来の標的ペプチドのための個別のSRM/MRMアッセイ(1つまたは複数)を開発し、3)定量アッセイを癌診断及び/または最適治療の選択に適用するために使用された。
a.プロテアーゼ(1つまた複数)(トリプシンを含んでも含まなくてもよい)を使用して、ホルマリン固定生体試料からLiquid Tissue(商標)タンパク質溶解物を調製して、タンパク質を消化する
b.イオントラップタンデム質量分析計で、Liquid Tissue(商標)溶解物中の全タンパク質断片を分析し、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来の全断片ペプチドを同定し、この場合、個別の断片ペプチドは、リン酸化またはグリコシル化などのいかなるペプチド修飾も含有しない
c.イオントラップタンデム質量分析計で、Liquid Tissue(商標)溶解物中の全タンパク質断片を分析し、例えば、リン酸化またはグリコシル化残基などのペプチド修飾を有するENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来の全断片ペプチドを同定する
d.完全長ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質全体から特定の消化方法により生成された全ペプチドは、潜在的に測定可能であるが、SRM/MRMアッセイの開発に使用される好ましいペプチドは、ホルマリン固定生体試料から調製された複合Liquid Tissue(商標)タンパク質溶解物中で直接的に質量分析により同定されるものである
e.患者または対象組織中で特異的に修飾され(リン酸化、グリコシル化等)、イオン化し、ゆえに、ホルマリン固定生体試料からのLiquid Tissue(商標)溶解物を分析するときに、質量分析計において検出することができるペプチドは、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質のペプチド修飾をアッセイするための候補ペプチドとして同定される。
2.ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来の断片ペプチドのための質量分析アッセイ
a.Liquid Tissue(商標)溶解物中で同定された個別の断片ペプチドのための三連四重極質量分析計でのSRM/MRMアッセイを、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来のペプチドに適用する
i.ゲル電気泳動法、液体クロマトグラフィー、キャピラリー電気泳動法、ナノ逆相液体クロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー、または逆相高速液体クロマトグラフィーが含まれるが、これらに限定されない、最適なクロマトグラフィー条件のための断片ペプチドに対する最適保持時間を決定する
ii.各ペプチドに対するSRM/MRMアッセイを開発するために、ペプチドのモノアイソトピック質量、各ペプチドに対する前駆物質電荷状態、各ペプチドに対する前駆物質m/z値、各ペプチドに対するm/z遷移イオン、及び各断片ペプチドに対する各遷移イオンのイオン型を決定する。
iii.次いで、(i)及び(ii)からの情報を用いて、三連四重極質量分析計でSRM/MRMアッセイを行うことができ、この場合、各ペプチドは、三連四重極質量分析計で行われるときに固有のSRM/MRMアッセイを的確に規定する特徴的及び固有のSRM/MRM特徴的ピークを有する。
b.SRM/MRM質量分析の分析から固有のSRM/MRM特徴的ピーク面積の関数として、検出されるENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の断片ペプチドの量が、特定のタンパク質溶解物中のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の相対及び絶対量の両方を示すことができるように、SRM/MRM分析を行う。
i.相対的定量化は、以下により達成され得る:
1.1つのホルマリン固定生体試料からのLiquid Tissue(商標)溶解物中で検出された所与のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2AペプチドからのSRM/MRM特徴的ピーク面積を、少なくとも第2、第3、第4、またはそれを超えるホルマリン固定生体試料からの少なくとも第2、第3、第4、またはそれを超えるLiquid Tissue(商標)溶解物中の同一のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2A断片ペプチドの同一のSRM/MRM特徴的ピーク面積と比較することにより、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の存在の増加または減少を決定すること
2.1つのホルマリン固定生体試料からのLiquid Tissue(商標)溶解物中で検出された所与のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2AペプチドからのSRM/MRM特徴的ピーク面積を、異なる別個の生物学的源由来の他の試料中の他のタンパク質由来の断片ペプチドから発生したSRM/MRM特徴的ピーク面積と比較することにより、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の存在の増加または減少を決定し、この場合、ペプチド断片に対する2つの試料間のSRM/MRM特徴的ピーク面積の比較は、各試料中で分析されたタンパク質の量に正規化される。
3.ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の変化するレベルを、様々な細胞条件下でのそれらの発現レベルを変化させない他のタンパク質のレベルに正規化するために、所与のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2AペプチドのSRM/MRM特徴的ピーク面積を、ホルマリン固定生体試料からの同一のLiquid Tissue(商標)溶解物中の異なるタンパク質に由来する他の断片ペプチドのSRM/MRM特徴的ピーク面積と比較することにより、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の存在の増加または減少を決定すること。
4.これらのアッセイは、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の非修飾断片ペプチド、ならびに修飾断片ペプチドの両方に適用することができ、この場合、修飾は、限定されないが、リン酸化及び/またはグリコシル化を含み、修飾ペプチドの相対レベルは、非修飾ペプチドの相対量を決定するのと同一の様式で決定される。
ii.所与のペプチドの絶対定量化は、個別の生体試料中のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来の所与の断片ペプチドのSRM/MRM特徴的ピーク面積を、生体試料からのタンパク質溶解物中にスパイクされた内部断片ペプチド標準物のSRM/MRM特徴的ピーク面積と比較することにより、達成され得る
1.内部標準物は、調べられているENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質由来の断片ペプチドの標識された合成バージョンである。この標準物は、既知量で試料中にスパイクされ、SRM/MRM特徴的ピーク面積は、生体試料中の内部断片ペプチド標準物及び天然断片ペプチドの両方に対し、別々に決定することができ、その後、両方のピーク面積を比較することができる
2.これは、非修飾断片ペプチド及び修飾断片ペプチドに適用することができ、この場合、修飾は、限定されないが、リン酸化及び/またはグリコシル化を含み、修飾ペプチドの絶対レベルは、非修飾ペプチドの絶対的量を決定するのと同一の様式で決定することができる。
3.癌診断及び処置への断片ペプチド定量化の適用
a.ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の断片ペプチドレベルの相対及び/または絶対定量化を行い、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質発現の、患者または対象の腫瘍組織における癌の病期/グレード/状態に対する、以前に決定され、ならびに癌の分野で十分に理解されている、関連性が確認されることを実証する
b.ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の断片ペプチドレベルの相対及び/または絶対定量化を行い、異なる処置戦略からの臨床転帰との相関を実証し、この場合、この相関は、この分野ですでに実証されているか、または患者もしくは対象のコホート、及びそれらの患者もしくは対象からの組織にわたる相関研究を通して将来実証することができる。一旦以前に確立された相関関係、または将来得られる相関関係のいずれかがこのアッセイにより確認されると、本アッセイ方法を使用して、最適な処置戦略を決定することができる。
Claims (17)
- 生体試料中のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質のレベルを測定するための方法であって、質量分析を使用して前記生体試料から調製されたタンパク質消化物中の1つ以上の修飾及び/または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量を検出及び/または定量化すること、並びに前記試料中の修飾または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質のレベルを算出することを含み、
前記量が、相対量または絶対量である、前記方法。 - 1つ以上の修飾または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量を検出及び/または定量化する前に、前記タンパク質消化物を分画するステップをさらに含む、請求項1に記載の方法。
- 前記生体試料の前記タンパク質消化物が、Liquid Tissue(商標)プロトコルによって調製される、請求項1に記載の方法。
- 前記タンパク質消化物が、プロテアーゼ消化物を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記質量分析が、タンデム質量分析、イオントラップ質量分析、三連四重極質量分析、MALDI−TOF質量分析、MALDI質量分析、及び/または飛行時間型質量分析を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドが、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号81、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、及び配列番号103に記載されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 前記生体試料が、血液試料、尿試料、血清試料、腹水試料、喀痰試料、リンパ液、唾液試料、細胞、または固形組織である、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 修飾及び/または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドを定量化することをさらに含む、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 前記ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドを定量化することが、1つの生体試料中の配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号81、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号97、配列番号98、配列番号99、配列番号100、配列番号101、配列番号102、及び配列番号103に示されるENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の約8〜約45個のアミノ酸残基のアミノ酸配列を含む1つ以上のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量を、異なる別個の生体試料中の同一のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量と比較することを含む、請求項8に記載の方法。
- 1つ以上のENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドを定量化することが、生体試料中の前記ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドのそれぞれの量を、既知量の添加内部標準ペプチドへの比較によって決定することを含み、前記生体試料中の前記ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドがそれぞれ、同一のアミノ酸配列を有する内部標準ペプチドと比較される、請求項9に記載の方法。
- 前記内部標準ペプチドが、同位体標識ペプチドである、請求項10に記載の方法。
- 前記タンパク質消化物中の1つ以上の修飾または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量を検出及び/または定量化することが、修飾または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の存在、ならびに患者または対象における、肺癌を含む癌との関連性を示す、請求項1〜5のいずれかに記載の方法。
- 1つ以上の修飾または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量、または前記ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の量の前記検出及び/または定量化の結果を、肺癌を含む前記癌の診断上の病期/グレード/状態と相関させることをさらに含む、請求項12に記載の方法。
- 1つ以上の修飾または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量、または前記ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の量の前記検出及び/または定量化の結果を、前記癌の診断上の病期/グレード/状態と相関させることが、他のタンパク質または他のタンパク質由来のペプチドの量を検出及び/または定量化することと多重形式で組み合わされて、肺癌を含む前記癌の診断上の病期/グレード/状態に関するさらなる情報を提供する、請求項13に記載の方法。
- 前記生体試料が得られた患者または対象に、治療有効量の治療剤を投与することをさらに含み、前記治療剤及び/または投与される前記治療剤の量が、1つ以上の修飾または非修飾ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質断片ペプチドの量、またはENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質の量に基づく、請求項13に記載の方法。
- 前記処置または前記治療剤が、ENT1、ERCC1、FOLR1、RRM1、TUBB3、TOPO1、及び/またはTOPO2Aタンパク質を発現する癌細胞に指向される、請求項15に記載の方法。
- 表1中のペプチド(配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配列番号26、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、配列番号52、配列番号53、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、配列番号64、配列番号65、配列番号66、配列番号67、配列番号68、配列番号69、配列番号70、配列番号71、配列番号72、配列番号73、配列番号74、配列番号75、配列番号76、配列番号77、配列番号78、配列番号79、配列番号80、配列番号81、配列番号82、配列番号83、配列番号84、配列番号85、配列番号86、配列番号87、配列番号88、配列番号89、配列番号90、配列番号91、配列番号92、配列番号93、配列番号94、配列番号95、配列番号96、配列番号配列番号97、配列番号98、配列番号99、及び配列番号100、配列番号101、配列番号102、及び配列番号103)のうちの1つ以上、2つ以上、3つ以上、4つ以上、5つ以上、6つ以上、7つ以上、8つ以上、9つ以上、もしくは10以上及び/またはそれに対する抗体を含む組成物。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US201462019830P | 2014-07-01 | 2014-07-01 | |
US62/019,830 | 2014-07-01 | ||
US201462023725P | 2014-07-11 | 2014-07-11 | |
US62/023,725 | 2014-07-11 | ||
PCT/US2015/038874 WO2016004233A2 (en) | 2014-07-01 | 2015-07-01 | Srm assays to chemotherapy targets |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2017523406A true JP2017523406A (ja) | 2017-08-17 |
JP6670288B2 JP6670288B2 (ja) | 2020-03-18 |
Family
ID=55020096
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017500071A Active JP6670288B2 (ja) | 2014-07-01 | 2015-07-01 | 化学療法標的に対するsrmアッセイ |
Country Status (9)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20170168057A1 (ja) |
EP (1) | EP3164708A4 (ja) |
JP (1) | JP6670288B2 (ja) |
KR (2) | KR20200028510A (ja) |
CN (1) | CN107110840A (ja) |
AU (1) | AU2015284050A1 (ja) |
CA (1) | CA2954051A1 (ja) |
IL (1) | IL249873A0 (ja) |
WO (1) | WO2016004233A2 (ja) |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2020532751A (ja) * | 2017-09-05 | 2020-11-12 | イミュノジェン, インコーポレイテッド | 患者の試料中のヒト葉酸受容体1を検出するための方法 |
Families Citing this family (13)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2694106B1 (en) | 2011-04-01 | 2017-12-13 | ImmunoGen, Inc. | Methods for increasing efficacy of folr1 cancer therapy |
BR112016003665B1 (pt) | 2013-08-30 | 2024-01-09 | Immunogen, Inc | Anticorpo ou fragmento de ligação ao antígeno do mesmo que se liga especificamente a um epítopo do receptor de folato 1, polinucleotídeo, vetor,célula hospedeira procariótica ou de levedura, composição, seus usos e métodos in vitro para detecção da expressão do receptor de folato 1 e identificação de um câncer |
US20190219549A1 (en) * | 2016-09-07 | 2019-07-18 | Expression Pathology, Inc. | SRM/MRM Assay For The Tubulin Beta-3 Chain (TUBB3) Protein |
WO2018089754A1 (en) * | 2016-11-10 | 2018-05-17 | Expression Pathology, Inc. | Srm/mrm assays for cancer |
US10617717B2 (en) | 2016-12-04 | 2020-04-14 | Expression Pathology, Inc. | Methods of treating lung cancer by predicting responders to cisplatin-pemetrexed combination therapy |
WO2018207760A1 (ja) * | 2017-05-09 | 2018-11-15 | 国立大学法人京都大学 | キナーゼ基質 |
JP2020522500A (ja) * | 2017-06-02 | 2020-07-30 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッドExpression Pathology, Inc. | 胃癌治療成績の予測方法 |
US20200278353A1 (en) * | 2017-09-26 | 2020-09-03 | Nantomics, Llc | Protein Expression Analysis For Breast Cancer Prognosis And Treatment |
WO2019108922A1 (en) * | 2017-12-01 | 2019-06-06 | Nantomics, Llc | Srm/mrm assay for subtyping head and neck cancer histology |
CN108003168A (zh) * | 2017-12-23 | 2018-05-08 | 广东赛博科技有限公司 | 一种硝基苯哌嗪三唑结构的化合物及其用途 |
CN108003171A (zh) * | 2017-12-23 | 2018-05-08 | 广东赛博科技有限公司 | 含吗啉和哌嗪三唑类化合物、制备方法及其用途 |
CN112601962A (zh) | 2018-08-17 | 2021-04-02 | 瑞泽恩制药公司 | 用于从头蛋白质测序的方法 |
WO2023218231A1 (en) * | 2022-05-13 | 2023-11-16 | Betagro Public Company Limited | Novel isolated peptides, protein hydrolysate comprising the said isolated peptides and use thereof |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006519996A (ja) * | 2003-03-10 | 2006-08-31 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッド | 組織病理学的に加工処理された生物サンプル、組織および細胞からの液体組織調製物 |
WO2007055116A1 (ja) * | 2005-11-08 | 2007-05-18 | Tohoku University | 質量分析計を使った膜タンパク質の定量方法 |
WO2012142411A1 (en) * | 2011-04-15 | 2012-10-18 | Clavis Pharma Asa | Systems and methods for detecting hent1 expression in hematological disorders |
JP2014507640A (ja) * | 2010-12-27 | 2014-03-27 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッド | cMETタンパク質SRM/MRMアッセイ |
US20140162888A1 (en) * | 2010-04-06 | 2014-06-12 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | Circulating biomarkers for disease |
Family Cites Families (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US7501286B2 (en) | 2002-08-14 | 2009-03-10 | President And Fellows Of Harvard College | Absolute quantification of proteins and modified forms thereof by multistage mass spectrometry |
US7632686B2 (en) | 2002-10-03 | 2009-12-15 | Anderson Forschung Group | High sensitivity quantitation of peptides by mass spectrometry |
WO2013040142A2 (en) * | 2011-09-16 | 2013-03-21 | Iogenetics, Llc | Bioinformatic processes for determination of peptide binding |
-
2015
- 2015-07-01 CN CN201580045634.1A patent/CN107110840A/zh active Pending
- 2015-07-01 KR KR1020207006793A patent/KR20200028510A/ko active Application Filing
- 2015-07-01 KR KR1020177002572A patent/KR20170027805A/ko not_active Application Discontinuation
- 2015-07-01 CA CA2954051A patent/CA2954051A1/en not_active Withdrawn
- 2015-07-01 JP JP2017500071A patent/JP6670288B2/ja active Active
- 2015-07-01 US US15/323,689 patent/US20170168057A1/en not_active Abandoned
- 2015-07-01 AU AU2015284050A patent/AU2015284050A1/en not_active Withdrawn
- 2015-07-01 WO PCT/US2015/038874 patent/WO2016004233A2/en active Application Filing
- 2015-07-01 EP EP15814792.6A patent/EP3164708A4/en not_active Withdrawn
-
2017
- 2017-01-01 IL IL249873A patent/IL249873A0/en unknown
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006519996A (ja) * | 2003-03-10 | 2006-08-31 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッド | 組織病理学的に加工処理された生物サンプル、組織および細胞からの液体組織調製物 |
WO2007055116A1 (ja) * | 2005-11-08 | 2007-05-18 | Tohoku University | 質量分析計を使った膜タンパク質の定量方法 |
US20140162888A1 (en) * | 2010-04-06 | 2014-06-12 | Caris Life Sciences Luxembourg Holdings | Circulating biomarkers for disease |
JP2014507640A (ja) * | 2010-12-27 | 2014-03-27 | エクスプレッション、パソロジー、インコーポレイテッド | cMETタンパク質SRM/MRMアッセイ |
WO2012142411A1 (en) * | 2011-04-15 | 2012-10-18 | Clavis Pharma Asa | Systems and methods for detecting hent1 expression in hematological disorders |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
MURATA ET AL.: "Human equilibrative nucleoside transporter 1 expression is a strong independent prognostic factor in", J HEPATOBILIARY PANCREAT SCI., vol. 19, no. 4, JPN6019008683, 2012, US, pages 413 - 425, XP035086569, ISSN: 0003995816, DOI: 10.1007/s00534-011-0440-3 * |
REYES ET AL: "The Equilibrative Nucleoside Transporter (ENT1) can be phosphorylated at multiple sites by PKC and P", MOL MEMBR BIOL., vol. vol. 28, no. 5-6, JPN6019008682, 2011, GB, pages 412 - 26, ISSN: 0003995815 * |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2020532751A (ja) * | 2017-09-05 | 2020-11-12 | イミュノジェン, インコーポレイテッド | 患者の試料中のヒト葉酸受容体1を検出するための方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2016004233A3 (en) | 2016-04-07 |
IL249873A0 (en) | 2017-03-30 |
EP3164708A4 (en) | 2018-03-14 |
KR20200028510A (ko) | 2020-03-16 |
CN107110840A (zh) | 2017-08-29 |
EP3164708A2 (en) | 2017-05-10 |
US20170168057A1 (en) | 2017-06-15 |
CA2954051A1 (en) | 2016-01-07 |
WO2016004233A2 (en) | 2016-01-07 |
KR20170027805A (ko) | 2017-03-10 |
AU2015284050A1 (en) | 2017-02-02 |
JP6670288B2 (ja) | 2020-03-18 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6596555B2 (ja) | 癌療法を示すためのsrmアッセイ | |
JP6670288B2 (ja) | 化学療法標的に対するsrmアッセイ | |
JP6612414B2 (ja) | Pd−l1に対するsrmアッセイ | |
US9766246B2 (en) | SRM/MRM assay for subtyping lung histology | |
US10718780B2 (en) | SRM/MRM assay for the tyrosine-protein kinase receptor UFO(AXL) protein | |
WO2016183595A1 (en) | Srm/mrm assay for the 6-o-methylguanine-dna methyltransferase (mgmt) protein | |
EP3295181A1 (en) | Srm/mrm assay for the fibroblast growth factor receptor 2 (fgfr2) protein | |
CA2986120A1 (en) | Srm/mrm assay for the mesothelin (msln) protein |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20180522 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20190228 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20190315 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20190617 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20190815 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20200131 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20200228 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6670288 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |