JP2017520240A - 植物における二倍体配偶子産生をもたらすtdm遺伝子の優性突然変異 - Google Patents

植物における二倍体配偶子産生をもたらすtdm遺伝子の優性突然変異 Download PDF

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Abstract

本発明は、植物における2n配偶子の産生をもたらす、TDM遺伝子の優性突然変異、前記突然変異を含む植物、及び植物育種におけるそれらの使用に関する。本発明は、TDM遺伝子の優性突然変異と、植物における減数分裂組換えに関与する遺伝子及び減数分裂の間の動原体の単極配向に関与する遺伝子の不活性化が組み合わさった植物にも関する。アポマイオシス性配偶子を産生するこれらの植物は、植物育種においても有用である。

Description

本発明は、植物における2n配偶子の産生をもたらす、TDM遺伝子の優性突然変異、前記突然変異を含む植物、及び植物育種におけるそれらの使用に関する。本発明は、TDM遺伝子の優性突然変異と、植物における減数分裂組換えに関与する遺伝子及び減数分裂の間の動原体の単極配向に関与する遺伝子の不活性化が組み合わさった植物にも関する。アポマイオシス性(apomeiotic)配偶子を産生するこれらの植物は、植物育種においても有用である。
減数分裂は、大多数の開花植物などの有性再生する真核生物の生活環における重要なステップである。
正常な減数分裂では、染色体がまず複製され、その結果、姉妹染色分体の対が生じる。この複製のラウンドの後に、第一減数分裂及び第二減数分裂として公知の2ラウンドの分裂が続く。第一減数分裂の間に、相同染色体が組み換えられ、2つの細胞区画に分離され、そのそれぞれが染色体の一倍体内容物全体を1つ含む。第二減数分裂では、第一減数分裂によって生じる2セットの染色体がさらに分裂し、姉妹染色分体が分離する。したがって、この分裂によって生じる4つの胞子は一倍体(n)であり、組み換えられた遺伝情報を有する。
これと比較すると、二倍体細胞における有糸分裂の間には、染色体が複製され、姉妹染色分体が分離して、二倍体(2n)であり始原細胞と遺伝的に同一である娘細胞が生成する。
減数分裂の間の例外によって生じる異常な配偶子が、作物を含めたいくつかの目的の植物の遺伝学的改善に有用であることが示されている(総説については、例えば、RAMANNA&JACOBSEN、Euphytica 2003年、133巻、3〜18頁を参照されたい)。特に、2n及びアポマイオシス性配偶子は、それらの遺伝的多様性を植物育種プログラムにおいて使用するために、倍数体植物の作製、又は倍数性レベルが異なる植物、例えば、四倍体作物植物とそれらの二倍体近縁野生種の交配に有用である。2n及びアポマイオシス性配偶子は、遺伝子マッピングの方法においても使用することができる。アポマイオシス性配偶子はまた、アポミクシス植物、すなわち、胚珠の母系組織から種子を形成し、その結果、母系親の遺伝子クローンである後代をもたらすことができる植物の作製のためにも関心が持たれる。
2n配偶子(二倍体配偶子としても公知)は、配偶体染色体数ではなく体細胞染色体数を有する配偶子である。2n配偶子形成をもたらす異常としては、特に、異常な細胞質分裂、第一減数分裂若しくは第二減数分裂のスキップ、又は異常な紡錘幾何学的形状が挙げられる(総説については、Veilleux、Plant Breeding Reviews、1985年、3巻、252〜288頁、又はBretagnolle&Thompson、New Phytologist、1995年、129巻、1〜22頁を参照されたい)。これらの異常により、異なるクラスの減少していない配偶子が生じる。例えば、第一減数分裂のスキップにより、第一分裂復旧(First Division Restitution)(FDR)配偶子が生じ、第二減数分裂が起こらないことにより、第二分裂復旧(Second Division Restitution)(SDR)配偶子が生じる。2n配偶子を産生することができる多数の突然変異体が種々の植物種において報告されている。しかし、これらの植物において二倍体配偶子の形成に関与する突然変異は特徴付けられていない。
アポマイオシス性配偶子は、始原細胞と遺伝的に同一であり、親の遺伝情報を全て保持する配偶子である。アポマイオシス性配偶子産生は、アポミクシスの重要な構成要素の1つである(Bicknell&Koltunow、Plant Cell、2004年、16巻、S228〜45頁)。400種を超える植物がアポミクシス性であるが、それらに含まれる作物種はわずかである。さらに、交配によってこの形質を導入するための試みは上手く行っていない(「アポミクシスの開花:機構から遺伝子工学まで(The Flowering of Apomixis:From Mechanisms to Genetic Engineering)」、2001年;Editor:Savidanら;Publisher:CIMMYT、IRD、European Commission DG VI(FAIR)、MEXICO、2001年。Spillaneら、Sexual Plant Reproduction、2001年、14巻、179〜187頁)。
現在まで、2n又はアポマイオシス性の花粉の形成に関係づけられる遺伝子はほんの数種しか同定されていない。
AtPS1(シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana) PARALLEL SPINDLES)の不活性化により、二倍体雄性胞子が生成し、それにより、遺伝情報が組み換えられた生存可能な二倍体花粉粒及び後代に自生三倍体植物が生じる(WO2010/004431;d’Erfurthら、PLoS Genet.、2008年、4巻、e1000274頁)。
TAM(遅発性同期性減数分裂(TARDY ASYNCHRONOUS MEIOSIS)、CYCA1;2としても公知)の不活性化又はOSD1(第二分裂の省略(OMMISSION OF SECOND DIVISION))の不活性化により、第一減数分裂後に減数分裂の早期終了がもたらされ、したがって、遺伝情報が組み換えられた二倍体胞子及びSDR配偶子が産生される(d’Erfuthら、PLoS Genet.、2010年、6巻、e1000989頁;d’Erfuthら、PLoS Biol.、2009年、7巻、e1000124頁;WO2010/079432)。
SPO11−1は、植物における効率的な減数分裂組換えに必要なタンパク質をコードし、その阻害により、組換え及び対形成が排除され(Grelonら、Embo J.、2001年、20巻、589〜600頁)、REC8(At2g47980)は、減数分裂の間の動原体の単極配向に必要なタンパク質をコードし(Chelyshevaら、J.Cell.Sci.、2005年、118巻、4621〜32頁)、その阻害により、染色分体の分離が改変される。Atspo11−1突然変異体は、不均衡な第一分裂、及びその後に第二分裂を受け、それにより、不均衡な胞子及び不稔性が生じる。Atspo11−1/Atrec8二重突然変異体は、正常な第一減数分裂の代わりに有糸分裂様分裂、その後に不均衡な第二分裂を受け、それにより、不均衡な胞子及び不稔性が生じる(Chelyshevaら、J.Cell.Sci.、2005年、118巻、4621〜32頁)。
三重osd1/spo11−1/rec8突然変異体では、spo11−1突然変異及びrec8突然変異が存在することにより有糸分裂様の第一減数分裂が生じ、osd1突然変異が存在することにより第二減数分裂の発生が妨げられる。したがって、減数分裂は、その後の有性プロセスに影響を及ぼすことなく有糸分裂で完全に置き換えられる。したがって、osd1/spo11−1/rec8突然変異体は、減数分裂の代わりに有糸分裂(Mitosis instead of Meiosis)の意味で、MiMeと称される(d’Erfuthら、PLoS Biol.、2009、7、e1000124頁及びWO2010/079432)。MiMe突然変異体から得られる胞子及び配偶子は始原細胞と遺伝的に同一である。
したがって、現在まで、2n又はアポマイオシス性配偶子を産生することができる植物の工学的作製は限られた数の遺伝子に制限されている。
したがって、2n又はアポマイオシス性配偶子を高頻度で産生するように改変することができる遺伝子の数を増加させるために、植物におけるこれらの配偶子の形成に関係づけられる他の遺伝子が必要とされている。
TDM(3分裂突然変異体(THREE−DIVISOIN MUTANT))遺伝子は、TDM1、MS5(タンパク質雄性不稔性5(PROTEIN MALE STERILE 5))又はPOLLENLESS3とも称され、植物において保存されている小さなタンパク質ファミリーに属するタンパク質をコードする。シロイヌナズナ(Arabidopsis thaliana)のTDM遺伝子の配列は、TAIRデータベースにおいて受託番号At4g20900の下で、又はGenBankデータベースにおいて受託番号NC_003075.7の下で入手可能である。これは、配列が添付の配列表において配列番号1として表されている434アミノ酸(aa)のタンパク質をコードする。
TDM遺伝子は、減数分裂の最後に第二減数分裂を終了させるために必要であるといわれている。TDM突然変異により、正常な第一減数分裂及び第二減数分裂後の異常な第三減数分裂の開始によって引き起こされる、多分胞子の形成及び雄性不稔性がもたらされる。tdm突然変異体は、C末端の305アミノ酸又は112アミノ酸を欠く切断型TDMタンパク質をコードする遺伝子をもたらす突然変異を有することが示された(Bulankovaら、The Plant Cell、2010年、22巻、3791〜3803頁;Cromerら、PLoS Genet.、2012年、8巻、e10028652012頁;Gloverら、The Plant Journal、1998年、15巻、345〜356頁;Rossら、Chrom.Res.、1997年、5巻、551〜559頁;WO/9730581)。
対照的に、本明細書で示されているように、本発明者らは、減数分裂の第二減数分裂前の早期終了、したがって、遺伝情報が組み換えられた二倍体の雄性及び雌性SDR配偶子並びに二倍体胞子の産生がもたらされる、TDM遺伝子の優性突然変異を同定した。さらに、TDM遺伝子の優性突然変異をspo11−1 rec8二重突然変異体に導入することによりMiMe突然変異体が生じることも示した。
したがって、本発明者らは、植物における2n及びアポマイオシス性配偶子の形成に関係づけられる別の遺伝子を同定した。
劣性であり、したがって、一次突然変異体(突然変異についてヘテロ接合性である)を自家受精させて突然変異についてホモ接合性の植物を得る追加的なステップを必要とする、二倍体配偶子産生に関与する他の突然変異と比較して、優性であるTDM遺伝子の突然変異には、このステップは必要ない。TDM遺伝子の優性突然変異を有する一次突然変異体は、2n配偶子を産生することができる。
したがって、本発明は、第二分裂復旧(SDR)2n配偶子を産生する植物を得るための方法であって、
本明細書ではTDMタンパク質と称されるタンパク質をコードする、本明細書ではTDM遺伝子と称される遺伝子に優性突然変異を含む植物をもたらすステップを含み、
該タンパク質が、該植物がアブラナ属の種(Brassica spp)である場合には配列番号1のTDMタンパク質のアミノ酸残基1〜286に対して少なくとも75%の配列同一性を有するか、又は該植物がアブラナ属の種とは異なる場合には該残基に対して少なくとも30%の配列同一性を有し、該タンパク質の最初の60アミノ酸が、本明細書ではTPP/Qモチーフと称されるモチーフX(Xはトレオニン(T)であり、Xはプロリン(P)であり、Xはプロリン(P)又はグルタミン(Q)である)を含み、
該優性突然変異が、SDR 2n配偶子を産生する能力を植物にもたらす方法を提供する。
以下の説明では、標準の1文字アミノ酸コードを使用する。
TDM遺伝子及びタンパク質配列は、例えば、限定することなく、Plazaデータバンク(http://bioinformatics.psb.ugent.be/plaza/)及びphytozome web portal http://www.phytozome.net/(phytosome v9.1)などの公共のデータベースにおいて入手可能である。
TDMタンパク質についてのタンパク質配列同一性は、初期パラメータを用いたT−Coffee(v6.85)(http://toolkit.tuebingen.mpg.de/t_coffee)を使用した配列アラインメント後に配列番号1の残基1〜286に対して算出し、百分率同一性は、このアラインメントから、Bioedit 7.2.5(Hall、T.A.、1999年、BioEdit:ウィンドウズ(登録商標)95/98/NT用の使用者が操作しやすい生物学的配列アラインメントエディター及び分析プログラム(a user− friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows95/98/NT.)Nucl.Acids.Symp.Ser.41巻:95〜98頁)を使用して得られる。
種のそれぞれがTDM遺伝子を1つ又は2つ、通常は1つ有する(図1及び2及び表I)。TDMタンパク質は、種に応じて、約400〜約850アミノ酸からなる(図1)。TDMタンパク質の最初の半分は、図1に示されている種々の被子植物種由来のTDMタンパク質のアラインメントで示される通り、保存されている。具体的には、全てのTDMタンパク質の最初の60アミノ酸が保存されたTPP/Qモチーフを含む(図1)。
種々の被子植物種由来のTDMタンパク質と配列番号1のTDMタンパク質の残基1〜286の百分率配列同一性を、初期パラメータを用いたT−Coffee(v6.85)(http://toolkit.tuebingen.mpg.de/t_coffee)を使用した多数の配列アラインメント後に算出した。このアラインメントから、Bioedit 7.2.5(Hall、T.A.、1999年、BioEdit:ウィンドウズ(登録商標)95/98/NT用の使用者が操作しやすい生物学的配列アラインメントエディター及び分析プログラム(a user− friendly biological sequence alignment editor and analysis program for Windows95/98/NT.)Nucl.Acids.Symp.Ser.41巻:95〜98頁)を使用して同一性行列を得た。結果を以下の表Iに示す。
配列番号1のTDMタンパク質のアミノ酸残基1〜286に対して少なくとも30%の配列同一性を有する配列は、配列番号1のTDMタンパク質のアミノ酸残基1〜286に対して少なくとも50%の配列類似性(sequence similarity)を有する。したがって、アブラナ属の種以外の植物のTDMタンパク質は、その代わりに、配列番号1のTDMタンパク質のアミノ酸残基1〜286に対して少なくとも50%の配列類似性を有し、該タンパク質の最初の60アミノ酸にTPP/Qモチーフを含むものとして定義される。
本発明に従って産生されるSDR 2n配偶子は、例えば、倍数体植物を作製するため、又は倍数性レベルが異なる植物の2n配偶子間の交配を可能にするための通常の適用の全てにおいて有用である。本発明に従って産生されるSDR 2n配偶子は、遺伝子マッピングの方法、例えば、WO2006/094774に開示されている「逆後代マッピング(Reverse progeny mapping)」の方法においても有用である。
第二分裂復旧2n配偶子を産生する植物を得るための方法の好ましい実施形態によると、前記タンパク質は、該植物がアブラナ属の種とは異なる場合には、配列番号1のTDMタンパク質に対して少なくとも35%、及び好ましさが増す順で、少なくとも40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%)配列同一性を有するか、又は該植物がアブラナ属の種である場合には、配列番号1のTDMタンパク質に対して少なくとも80%及び好ましさが増す順で、少なくとも85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有する。第二分裂復旧2n配偶子を産生する植物を得るための方法の別の好ましい実施形態によると、前記TPP/Qモチーフは、配列番号1の16〜18位により位置付けられる、前記タンパク質の領域内にある。
本発明によると、前記優性突然変異はTDM遺伝子の対立遺伝子又はTDM導入遺伝子にあり、TDM遺伝子又は導入遺伝子は、例えば、表Iに記載のものなどの任意の植物種に由来する。したがって、SDR 2n配偶子を産生することが可能な植物は、TDM遺伝子の標的化突然変異誘発若しくはランダム突然変異誘発によって、又は遺伝子形質転換によって得られる。
SDR 2n配偶子を産生することが可能な植物を得るための本発明の方法の好ましい実施形態によると、該方法は、
− TDM遺伝子の対立遺伝子に前記優性突然変異を有する植物であって、この突然変異についてヘテロ接合性又はホモ接合性である植物をもたらすステップ
を含む。
TDM遺伝子の突然変異誘発は、標的化突然変異誘発であってもランダム突然変異誘発であってもよい。例えばEMS突然変異誘発によるランダム突然変異誘発の後には、所望の遺伝子の突然変異体のスクリーニングを行う。ハイスループットな突然変異誘発及びスクリーニングの方法が当技術分野で利用可能である。例として、TILLING(McCallumらによる「ゲノム内への誘導局所変異のターゲティング(Targeting Induced Local Lesions IN Genomes)、Plant Physiology、2000年、123巻、439〜442頁)を挙げることができる。標的化突然変異誘発は当技術分野で公知の標準の技法を使用して実施され、好ましくは、例えばTALEN又はCRISPRなどのヌクレアーゼと組み合わせて、相同組換えを使用する。
SDR 2n配偶子を産生することが可能な植物をもたらすための本発明の方法の別の好ましい実施形態によると、該植物は、トランスジェニック植物であり、該方法は、
a)少なくとも1つの植物細胞を、前記優性突然変異を有するTDM遺伝子を含むDNA構築物を含有するベクターを用いて形質転換するステップと、
b)ゲノム内に該DNA構築物を含有する導入遺伝子を有する植物を再生するために、該形質転換された植物細胞を培養するステップと
を含む。
DNA構築物は、それが導入される植物と同じ種又は異なる種のいずれかに由来するTDM遺伝子を含む。
TDM遺伝子の突然変異の中で、SDR 2n配偶子を産生する能力をもたらすものは、この突然変異についてヘテロ接合性である植物の表現型特性に基づいて同定することができる:これらの植物は、減数分裂の産物として、少なくとも5%、好ましくは少なくとも10%、より好ましくは少なくとも20%、さらに好ましくは少なくとも50%、及び最大100%の二分胞子を形成し得る。
或いは、SDR 2n配偶子を産生する能力を突然変異体又はトランスジェニック植物にもたらすTDM遺伝子の優性突然変異は、シロイヌナズナ(A.Thaliana)spo11/rec8二重突然変異体の稔性を回復させるそれらの能力によって同定することができ、ここで、稔性spo11/rec8/tdm三重突然変異体は、シロイヌナズナspo11/rec8二重突然変異体を優性突然変異のスクリーニングのために使用し、次いで、優性突然変異を目的の植物に導入する本出願の実施例において実証されている通り、TDM突然変異についてヘテロ接合性である。
第二分裂復旧2n配偶子を産生する植物を得るための本発明の方法の別の好ましい実施形態によると、前記優性突然変異は、保存されたTPP/Qモチーフの少なくとも1つの残基の突然変異を含む又はそれからなる。
突然変異は、置換、挿入又は欠失、好ましくは置換又は欠失であってよい。
より好ましい実施形態では、前記優性突然変異は、T残基及び/又はその隣のP残基の突然変異を含む又はそれからなる。TPは、潜在的なリン酸化部位である。本出願の実施例により、T16残基又はP17残基の突然変異によって早期減数分裂終了を優性に付与すること可能であることが実証される。理論に束縛されることを望むものではないが、本発明者らは、これらの結果を考慮して、TDMがリン酸化によって調節されて、第一減数分裂から第二減数分裂への移行が確実になると考える。
したがって、突然変異は、前記モチーフのT残基のリン酸化を抑止する突然変異、すなわち、TPリン酸化部位を破壊する突然変異であることが有利である。
前記突然変異は、例えば、TがAで置換され、PがLで置換されるなど、前記T残基及び/又はP残基(単数又は複数)の異なる残基による置換が有利である。或いは、前記突然変異は、T残基及びP残基、最終的には前記T残基及び/又はP残基に隣接する追加的な残基の欠失、例えば、1〜10残基、好ましくは1〜5残基、なおより好ましくは1又は2残基の欠失などである。
本発明の別の態様は、上で定義された通り、SDR 2n配偶子を産生する能力を突然変異体/トランスジェニック植物にもたらす前記優性突然変異を有するTDM遺伝子を含むDNA構築物に関する。TDM遺伝子は、それが導入される植物と同じ種に由来するものであっても異なる種に由来するものであってもよい。DNA構築物は、TDM遺伝子を発現可能な形態で含む。TDM遺伝子は、植物細胞において機能的なプロモーターの転写制御下に置くことが好ましい。プロモーターは、前記TDM遺伝子の内在性プロモーターなどのTDM遺伝子プロモーターであっても、植物において機能的な別のプロモーターであってもよい。
植物において異種遺伝子を発現させるために適したプロモーターの広範な選択が当技術分野において利用可能である。
プロモーターは、例えば、植物、植物ウイルス、又はアグロバクテリウムなどの細菌から得ることができる。プロモーターとしては、構成的プロモーター、すなわち、大多数の組織及び細胞において、及び大多数の環境条件下で活性であるプロモーター、及び、ある特定の組織若しくはある特定の細胞型においてのみ、又は主にある特定の組織若しくはある特定の細胞型において活性である組織特異的又は細胞特異的プロモーター、並びに、線形動物感染によって生じるものなどの、物理的又は化学的刺激によって活性化される誘導性プロモーターが挙げられる。プロモーターは、減数母細胞において機能的であるように選択する。
植物細胞において一般に使用される構成的プロモーターの非限定的な例は、カリフラワーモザイクウイルス(CaMV)35Sプロモーター、Nosプロモーター、ルビスコプロモーター、キャッサバ葉脈モザイクウイルス(CsVMV)プロモーターである。
本発明において使用することができる器官又は組織特異的プロモーターとしては、特に、減数分裂に関連する発現を付与することが可能なプロモーター、例えばDMC1プロモーター(KLIMYUK&JONES、Plant J、1997年、11巻、1〜14頁)などが挙げられる。
一般に、本発明のDNA構築物として、転写ターミネーター(例えば、35S転写ターミネーター、ノパリンシンターゼ(Nos)転写ターミネーター又はTDM遺伝子ターミネーター)も挙げられる。
本発明は、本発明のDNA構築物を含有する組換えベクターも含む。古典的には、前記組換えベクターとして、形質転換された宿主の選択を可能にする1つ又は複数のマーカー遺伝子も挙げられる。
適切なベクター及びそれにDNA構築物を挿入するための方法の選択は、当業者には周知である。ベクターの選択は、意図された宿主及び該宿主の意図された形質転換方法に依存する。多くの植物種、双子葉植物又は単子葉植物に関して、植物細胞又は植物体を遺伝子形質転換するための種々の方法が当技術分野において利用可能である。非限定的な例として、ウイルス媒介性形質転換、微量注射による形質転換、電気穿孔による形質転換、微粒子銃媒介性形質転換、アグロバクテリウム媒介性形質転換などを挙げることができる。
本発明は、本発明の組換えDNA構築物を含む宿主細胞も提供する。前記宿主細胞は、原核細胞、例えば、アグロバクテリウム細胞であってもよく、真核細胞、例えば、本発明のDNA構築物によって遺伝的に形質転換された植物細胞であってもよい。構築物は、一過性に発現させることができ、安定な染色体外レプリコンに組み入れることも、染色体に組み込むこともできる。
本発明者らは、さらに、TDM突然変異における優性突然変異と、一方は減数分裂組換えの開始に必須な遺伝子であって、SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2(AT5G57880)、PRD3/PAIR1及びDFO(AT1G07060)の中から選択される遺伝子であり、他方はREC8である2つの遺伝子の不活性化とを組み合わせることにより、アポマイオシス性配偶子を産生するMiMe突然変異体がもたらされることを見いだした。
MiMe突然変異体によって産生されるアポマイオシス性配偶子は、SDR 2n配偶子と同様に、倍数体植物の作製、又は倍数性レベルが異なる植物の交配に使用することができる。これらはまた、アポミクシス植物、すなわち、胚珠の母系組織から種子を形成し、その結果、母系親の遺伝子クローンである後代をもたらすことができる植物の作製のためにも関心が持たれる。
したがって、本発明の別の目的は、アポマイオシス性配偶子を産生する植物を得るための方法であり、該方法は、
a)上で定義されたTDM遺伝子の優性突然変異を含む植物をもたらすステップと、
b)該植物において植物における減数分裂組換えの開始に関与する第1のタンパク質を阻害するステップであって、該タンパク質が、
− SPO11−1タンパク質と称されるタンパク質であって、添付の配列表における配列番号29に対応する、SwissProtデータベースにおける配列受託番号Q9M4A2を有するSPO11−1タンパク質に対して、少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも60%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
− SPO11−2タンパク質と称されるタンパク質であって、添付の配列表における配列番号30に対応する、SwissProtデータベースにおける配列受託番号Q9M4A2を有するSPO11−2タンパク質に対して、少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも60%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
− PRD1タンパク質と称されるタンパク質であって、添付の配列表における配列番号31に対応する、GenBankデータベースにおいて配列受託番号ABQ12642を有するPRD1タンパク質に対して、少なくとも25%、及び好ましさが増す順で、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも35%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
− PRD2タンパク質と称されるタンパク質であって、添付の配列表における配列番号32に対応する、Plazaデータバンクにおいて配列受託番号AT5G57880を有するPRD2タンパク質に対して、少なくとも25%、及び好ましさが増す順で、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも35%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
− PAIR1タンパク質と称されるタンパク質であって、添付の配列表の配列番号33に対応する、GenBankデータベースにおいて配列受託番号NP_171675を有するPAIR1タンパク質に対して少なくとも30%、及び好ましさが増す順で、少なくとも35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
− DFOタンパク質と称されるタンパク質であって、添付の配列表における配列番号34に対応する、Plazaデータバンクにおいて配列受託番号AT1G07060を有するDFOタンパク質に対して、少なくとも30%、及び好ましさが増す順で、少なくとも35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質
の中から選択される該ステップと、
c)該植物においてREC8タンパク質と称される第2のタンパク質を阻害するステップであって、該タンパク質が、添付の配列表における配列番号35に対応する、GenBankデータベースにおいて配列受託番号NP_196168を有するREC8タンパク質に対して、少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも45%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%配列同一性を有する該ステップと
を含む。
SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO、PAIR1、又はREC8タンパク質に関して本明細書において提供されるタンパク質配列同一性及び類似性の値は、BLASTPプログラムを初期パラメータの下で使用して算出する。類似性の算出は、スコアリング行列BLOSUM62を使用して実施する。
上記のSPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、PAIR1、DFO又はRec8タンパク質の阻害は、それらの機能を消滅させること、遮断すること、若しくは減少させることによって、又は有利に、対応する遺伝子の発現を妨げること若しくは下方制御することによってのいずれかで得ることができる。SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO、PAIR1、及びRec8タンパク質、並びに該タンパク質の阻害は、出願WO2010/00431において詳細に開示されている。
例として、前記タンパク質の阻害は、対応する遺伝子又はそのプロモーターの突然変異誘発、及び前記タンパク質の活性を部分的に又は完全に失った突然変異体の選択によって得ることができる。前記阻害は、参照により本明細書に組み込まれるWO2010/00431の5頁の最後の段落の最初から6頁の4段落目の最後まで、及び6頁の最後の段落に開示されている。
或いは、標的タンパク質の阻害は、対応する遺伝子のサイレンシングによって得られる。そのような阻害は、参照により本明細書に組み込まれるWO2010/00431の7頁の4段落目の始めから9頁の最後の前の段落の最後まで、及び10頁の最初の3つの段落に開示されている。
アポマイオシス性配偶子を産生することが可能な植物を得るための本発明の方法の好ましい実施形態によると、該方法は、
a)SDR 2n配偶子を産生する能力をもたらす優性突然変異を、TDM遺伝子の対立遺伝子に有する植物であって、この突然変異についてヘテロ接合性である植物をもたらすステップと、
b)SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO、又はPAIR1遺伝子の中から選択される遺伝子の対立遺伝子に、該対立遺伝子によりコードされるタンパク質の阻害をもたらす突然変異を有する植物であって、この突然変異についてヘテロ接合性である植物をもたらすステップと、
c)REC8遺伝子の対立遺伝子に、該対立遺伝子によりコードされるタンパク質の阻害をもたらす突然変異を有する植物であって、この突然変異についてヘテロ接合性である植物をもたらすステップと、
e)TDM遺伝子の対立遺伝子に優性突然変異、SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO又はPAIR1遺伝子の中から選択される遺伝子の対立遺伝子の突然変異、及びREC8遺伝子の対立遺伝子の突然変異を有する植物であって、各突然変異についてヘテロ接合性である植物を得るために、ステップa)、b)及びc)の植物を交配させるステップと、
f)TDM遺伝子の突然変異について、SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO又はPAIR1遺伝子の中から選択される遺伝子の突然変異について、及びREC8遺伝子の突然変異についてホモ接合性の植物を得るために、ステップe)の植物を自家受精させるステップと
を含む。
アポマイオシス性配偶子を産生することが可能な植物を得るための本発明の方法の別の好ましい実施形態によると、該植物は、トランスジェニック植物であり、該方法は、
a)少なくとも1つの植物細胞を、上で定義されたTDM遺伝子の優性突然変異を含む本発明のDNA構築物を含有するベクター、SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO及びPAIR1の中から選択される遺伝子を標的とするDNA構築物を含有するベクター、並びにREC8遺伝子を標的とするDNA構築物を含有するベクターを用いて形質転換するステップと、
b)ゲノム内に該DNA構築物を含有する導入遺伝子を有する植物を再生するために、該形質転換された植物細胞を培養するステップと
を含む。
TDM遺伝子の優性突然変異を含むDNA構築物の発現により、前記トランスジェニック植物に2n SDR配偶子を産生する能力がもたらされる。TDM遺伝子の優性突然変異を含むDNA構築物遺伝子、SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO及びPAIR1の中から選択される遺伝子を標的とするDNA構築物、並びにREC8遺伝子を標的とするDNA構築物の同時発現により、これらの3つの遺伝子によりコードされるタンパク質の下方制御がもたらされ、前記トランスジェニック植物にアポマイオシス性配偶子を産生する能力がもたらされる。
本発明は、本発明の方法によって得ることができる、SDR 2n又はアポマイオシス性配偶子を産生することが可能な植物も包含する。
これは、具体的には、上で定義されたTDM遺伝子に優性突然変異を含む植物、並びに、SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO又はPAIR1遺伝子の中から選択される遺伝子の第1の突然変異であって、この突然変異の結果として該遺伝子によりコードされるSPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO又はPAIR1タンパク質が阻害される第1の突然変異と、REC8遺伝子の第2の突然変異であって、この突然変異の結果としてREC8タンパク質が阻害される第2の突然変異とをさらに含む植物を含む。
これは、本発明のDNA構築物の少なくとも1つによって遺伝的に形質転換された植物も含む。前記植物がトランスジェニック植物であり、該構築物が植物ゲノム内に組み込まれた導入遺伝子に含有されており、したがって連続的な植物世代に伝わることが好ましい。
本発明は、SDR 2n配偶子を産生させるための方法であって、本発明の方法によって得ることができる植物を培養するステップと、該植物によって産生される配偶子を回収するステップとを含む方法も包含する。前記配偶子が少なくとも10%、より好ましくは少なくとも20%、及び好ましさが増す順で、少なくとも30%、40%、50%、60%、70%、80%、又は90%の生存可能な2n配偶子を含むことが好ましい。
本発明は、アポマイオシス性配偶子を産生させるための方法であって、本発明の方法によって得ることができる植物を培養するステップと、該植物によって産生される配偶子を回収するステップとを含む方法も包含する。前記配偶子が少なくとも10%、より好ましくは少なくとも20%、及び好ましさが増す順で、少なくとも30%、40%、50%、又は60%、70%、80%、又は90%の生存可能なアポマイオシス性配偶子を含むことが好ましい。
本発明は、農学的に興味深い広範囲の単子葉植物又は双子葉植物に適合している。非限定的な例として、ジャガイモ、イネ、コムギ、トウモロコシ、トマト、キュウリ、アルファルファ、サトウキビ、サツマイモ、キャッサバ、クローバー、ダイズ、ホソムギ、バナナ、メロン、スイカ、綿又はバラ、ユリ、チューリップ、及びスイセンなどの観葉植物を挙げることができる。
本発明の実施には、別段の指定のない限り、当技術分野の技術の範囲内に入る従来の技法を使用する。そのような技法は、文献において十分に説明されている。
上記の取り合わせに加えて、本発明はまた、添付図を参照して、本発明の主題の例示的な実施形態に従う、それを参照する説明から現れる他の取り合わせも含む。
種々の被子植物種由来のTDMタンパク質のアラインメントを表す図である。初期パラメータを用いたT−Coffee(v6.85)(http://toolkit.tuebingen.mpg.de/t_coffee)を用いて配列をアラインメントした。BioEditを用いて配列アラインメントを編集した。TDMタンパク質において保存されている配列の最初の半分のみが示されている。アラインメントされるTDMタンパク質内の、80%超の同一性を示す残基に濃淡が付けられている。TPP/Qモチーフを含む保存された領域が枠で囲まれている。 種々の被子植物に由来するTDMタンパク質、アブラナ目(Brassicales)由来のTDM_like1タンパク質並びにシロイヌナズナ由来のTDM様タンパク質及びミナトカモジグサ由来のTDM様タンパク質の系統樹である。Phylogeny.frプラットフォームで分析を実施し、以下のステップが含まれた。T−Coffee(v6.85)を用い、以下のペアワイズアラインメント方法を使用して配列をアラインメントした:10最良局所アラインメント(10 best local alignment)(Lalign_pair)、正確なグローバルアラインメント(accurate global alignment)(slow_pair)。アラインメント後、ギャップを伴う位置をアラインメントから除去した。PhyMLプログラム(v3.0 aLRT)で実行される最大尤度法を使用して系統樹を再構築した。全ての種についてTDMクレードのタンパク質が示されている(アブラナ目におけるTDM様1を含む)。より遠いTDMパラログはシロイヌナズナ及びミナトカモジグサについてのみ示されている。At:シロイヌナズナ、Al:ミヤマハタザオ。Bra:ブラッシカ・ラパ。Sly:トマト(Solanum lycopersicum)。St:ジャガイモ(Solanum tuberosum)。Csa :キュウリ(Cucumis sativus)。Eucgr:ユーカリプタス・グランディス。Cp:パパイヤ。ME:キャッサバ(Manihot esculenta)。TC:カカオ。Goraii:ゴシピウム・ライモンディ。FV:エゾヘビイチゴ。Pp:モモ。LJ:ミヤコグサ。MT:タルウマゴヤシ。GM:ダイズ(Glycine max.)。Pv:インゲンマメ。VV:ブドウ。Aq:アクイレギア・カエルレア。OS:ジャポニカ米。OSINDICA:インディカ米。BD:ミナトカモジグサ。SB:モロコシ。ZM:トウモロコシ(Zea mays)。Si:アワ。 図3A〜図3Cは、spo11−1 rec8(s)−40突然変異体が二分胞子を産生し、四倍体であることを示す図である。 図3Aは、野生型が四分胞子を産生することを示す図である。トルイジンブルーによって染色された雄性減数分裂産物を示す。 図3Bは、spo11−1 rec8が不均衡な多分胞子を産生することを示す図である。トルイジンブルーによって染色された雄性減数分裂産物を示す。 図3Cは、spo11−1 rec8(s)−40が二分胞子を産生することを示す図である。トルイジンブルーによって染色された雄性減数分裂産物を示す。スケールバー=10μM。 図3Dは、野生型が二倍体であり、有糸分裂の中期プレートに整列した10個の染色体を有することを示す図である。有糸分裂の核型を示す。 図3Eは、spo11−1 rec8が二倍体であることを示す図である。有糸分裂の核型を示す。 図3Fは、spo11−1 rec8(s)−40が四倍体であり、有糸分裂中期プレートに整列した20個の染色体を有することを示す図である。有糸分裂の核型を示す。スケールバー=10μM。 図4Aは、TDM−P17L減数分裂産物を例示する図である。TDM−P17Lを用いて形質転換したspo11−1 rec8突然変異体。野生型における四分胞子(図3A)及びspo11−1 rec8における多分胞子(図3B)と比較して、二分胞子が観察される。 図4Bは、TDM−P17L数分裂産物を例示する図である。TDM−P17Lによって形質転換した野生型植物。野生型における四分胞子(図3A)及びspo11−1 rec8における多分胞子(図3B)と比較して、二分胞子が観察される。 図4Cは、TDM−T16A減数分裂産物を例示する図である。TDM−T16Aによって形質転換した野生型植物。野生型における四分胞子(図3A)及びspo11−1 rec8における多分胞子(図3B)と比較して、二分胞子が観察される。 図4Dは、TDM−Δ14−19減数分裂産物を例示する図である。TDM−Δ14−19によって形質転換した野生型植物。野生型における四分胞子(図3A)及びspo11−1 rec8における多分胞子(図3B)と比較して、二分胞子が観察される。 図5Aは、野生型植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。5つの二価染色体が中期Iにおいて整列している。 図5Bは、野生型植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。野生型における減数分裂。相同染色体の対が終期Iにおいて2つの核に分布している。 図5Cは、野生型植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。野生型における減数分裂。5つの姉妹染色分体の対が2つの中期プレートに整列している。 図5Dは、野生型植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。野生型における減数分裂。4つの平衡した核が終期IIおいて形成される。 図5Eは、spo11−1 rec8植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。spo11−1 rec8における減数分裂。第一分裂は有糸分裂と類似している。10対の染色分体が中期プレートに整列している。 図5Fは、spo11−1 rec8植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。spo11−1 rec8における減数分裂。第一分裂は有糸分裂と類似している。10個の染色分体が2つの群に分離している。 図5Gは、spo11−1 rec8植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。spo11−1 rec8における減数分裂。第一分裂は有糸分裂と類似している。単一の染色分体が中期IIに適正に整列できていない。 図5Hは、TDM−P17植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。spo11−1 rec8における減数分裂。第一分裂は有糸分裂と類似している。単一の染色分体が中期IIに適正に整列できていないことにより、終期IIにおいて変動数の不均衡な核がある。 図5Iは、TDM−P17植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。TDM−P17を用いて形質転換した野生型植物における減数分裂。単一の第一減数分裂様分裂が観察される。 図5Jは、TDM−P17植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。TDM−P17を用いて形質転換した野生型植物における減数分裂。単一の第一減数分裂様分裂が観察される。 図5Kは、spo11−1 rec8 TDM−P17植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。TDM−P17を用いて形質転換したspo11−1 rec8植物における減数分裂。単一の有糸分裂様分裂が観察される。 図5Lは、TDM−P17植物及びspo11−1 rec8 TDM−P17植物における減数分裂による染色体スプレッドを例示する図である。TDM−P17を用いて形質転換したspo11−1 rec8植物における減数分裂。単一の有糸分裂様分裂が観察される。
実験手順
1.成長条件及び遺伝子型決定
シロイヌナズナ属の植物を、温室内で、以前に記載されている通り(Vignardら、PLoS Genet.、2007年、3巻、1894〜1906頁)、又はin vitroにおいてシロイヌナズナ属培地で、以前に記載されている通り(Estelle及びSomerville、Mol.Genet.、1987年、206巻、200〜206頁)、21℃、16時間〜18時間の光周期及び70%相対湿度の下で培養した。
spo11−1−3 rec8−2植物を、以前に記載されている通り遺伝子型決定した(d’Erfurthら、PLoS Biol.、2009年、7巻、e1000124頁)。tdm−3植物を、Cromerら、PLoS Genet.、2012年、8巻、e1002865頁に記載の通り遺伝子型決定した。
2.EMS突然変異誘発及び突然変異同定
EMS突然変異誘発を以前に記載されている通り実施した(Crismaniら、Science、2012年、336巻、1588〜1590頁)。全ゲノム配列決定をHigSeq(商標)2000(Illumina)によって行った。シロイヌナズナTAIR10(栽培品種Columbia)の参照ゲノムと比較してSNPの一覧を作成した。
3.細胞診及び倍数性分析
雄性減数分裂産物の観察、染色体スプレッド、及び倍数性測定を、d’Erfurthら(PLoS Genet.、2008年、4巻、e1000274頁)に記載されている技法を使用して行った。
4.定方向突然変異誘発構築物及び植物形質転換
TDMゲノムの断片を、TDM U(5’−GACATCGGCACTTGCTTAGAG−3’;配列番号36)及びTDM L(5’−GCGATATAGCTCCCACTGGTT−3’;配列番号37)を使用したPCRによって増幅した。増幅は、ATGの前986ヌクレオチド及び終止コドンの後537ヌクレオチドにわたるものであった。PCR産物を、Gateway(商標)技術(Invitrogen)によってpDONR207(商標)ベクター(Invitrogen)にクローニングしてpENTR−TDMを創出し、それに対して、Stratagene QuickChange(商標)Site−Directed Mutagenesis Kitを製造者の説明書に従って使用して定方向突然変異誘発を実施した。TDMの突然変異型を生成するために使用した変異原性プライマーは、配列番号38〜41:
− TDM−P17L:5’−GAGTTTACTATACTCTGCCGCCGGCGAGAAC−3’;
− TDM−T16A:5’−CTCC ACCTGGAGTTTACTATGCCCCGCCGCCGGCGAGA−3’;
− TDM−Y14A:5’−CCACCTGGAGTTGCGTATACTCCGCCGCGGCG−3’;
− TDM−Δ14−19:5’−CCACCTGGAGTTGCGAGAACAAGTGATCATGTGGC−3’;及び
それらのそれぞれの逆相補プライマーであった。植物を形質転換するためのバイナリーベクターを生成するために、Gateway(商標)システム用のバイナリーベクター、pGWB1(Nakagawaら、Journal of Bioscience and Bioengineering.2007年、104巻、34〜41頁)を用いてLR組換え反応を実施した。得られたバイナリーベクター、pTDM、pTDM−P17L、pT16A、及びpTDM−Y14Aを用いて、アグロバクテリウム媒介性フローラル・ディップ法(Clough,SJ.及びBent A.F.、Plant J.、1998年、16巻、735〜743頁)を使用して、野生型植物、及びspo11−1突然変異又はrec8突然変異又はtdm−3突然変異について分離される植物集団を形質転換した。20mg/Lのハイグロマイシンを含有する寒天プレートにおいて、形質転換された植物を選択した。
(例1)
TDMの優性突然変異により早期減数分裂終了がもたらされる
減数分裂の進行を制御する新しい遺伝子を同定するために、osd1及びcyca1;2/tamなどの、第二減数分裂のスキップをもたらす突然変異により、第二減数分裂においてのみ不均衡な染色体分離欠陥を有する突然変異体の稔性が回復するという考え(d’Erfurthら、PLoS Biol.、2009年、7巻、e1000124頁;d’Erfurthら、PLoS Genet.、2010年、6巻、e1000989頁及びWO2010/079432)に基づいて遺伝子スクリーニングを設計した。これは、第一減数分裂は有糸分裂と類似している(姉妹染色分体が反対側の極に平衡して分離する)が、第二分裂は不均衡であり、異数性の配偶子、したがって、非常に限定された稔性がもたらされるspo11 rec8二重突然変異体に当てはまる(図5)(Chelyshevaら、J.Cell.Sci.、2005年、118巻、4621〜32頁)。減数分裂の第二減数分裂の前での終了をもたらす、OSD1における突然変異(d’Erfurthら、PLoS Biol.、2009年、7巻、e1000124頁 2009年)又はCYCA1;2/TAMにおける突然変異(d’Erfurthら、PLoS Genet.、2010年、6巻、e1000989頁)により、実際に、spo11−1 rec8の稔性を回復させることができる。したがって、osd1又はtamと同様の欠陥を付与する突然変異体を同定することを目的として、spo11−1 rec8の稔性の回復に基づいて遺伝子スクリーニングを実行した。減数分裂による分離欠陥にもかかわらず、spo11−1 rec8植物は、エチルメタンスルホン酸(EMS)を用いて突然変異誘発された残存種子を十分に産生した。EMS突然変異についておそらくヘテロ接合性であるM1植物を自家受精させ、約5のバルクで回収してM2ファミリーを生じさせた。約2000のM2ファミリー(400バルク)を、稔性の増大についてspo11−1 rec8非突然変異誘発対照と比較してスクリーニングした。
3バルクにより稔性が増大した植物が分離された。遺伝子型決定により、これらがspo11−1 rec8突然変異体であることが確認され、これにより、真性の抑制因子であることが示された。トルイジンブルーによって染色された雄性減数分裂産物の分析から、3つの場合全てにおいて、稔性植物が、野生型において観察される四分胞子の代わりに、osd1又はcyca1;2/tamにおいて観察される二分胞子を産生したことが示され、これにより、これらの植物において第二減数分裂が起こらなかったことが示唆される(図3)。候補遺伝子(CYCA1;2/TAM及びOSD1)の配列決定により、3つのファミリーのうち2つにおいてCYCA1;−2/TAMにおける劣性の突然変異が同定された。同定された突然変異は、エクソン7におけるスプライシング部位(TAIR10 chrl:29082522 C>T)、及び、上流のアウトオブフレーム開始コドンが導入される5’UTR領域における突然変異(TAIR10 chrl:29084174 G>A)であった。相補性試験から、これらが対立遺伝子であることが示され、これにより、CYCA1;2における突然変異により二分胞子表現型及び稔性の回復が引き起こされることが確認される。第3のファミリー(spo11 rec8(s)−40)はOSD1にもCYCA1;2にも突然変異を有さず、本研究はこれに注目する。
予想外に、染色体スプレッドから、4つの植物が四倍体であることが示された(図3)。このことにより、原因突然変異が優性であり、M1植物の雄性器官と雌性器官のどちらにおいても二倍体配偶子の産生を引き起こすことが示唆された。約100×カバレッジを有する2つの姉妹植物のバルクの全ゲノム配列決定により、野生型と比較して1144のSNPが存在することが明らかになった。しかし、15のSNPのみがホモ接合体であることが明らかになった。これらの少数のホモ接合体SNPはゲノム内に分散しており、これにより、これらが、EMS誘導性突然変異の固定によって生じたのではなく、突然変異誘発前にspo11−1 rec8株に存在していたことが示唆される。検出された突然変異のほとんど全てがヘテロ接合体であるという事実から、原因突然変異が優性であることがさらに示唆された。この突然変異は、M1植物において表現型的に発現しており、spo11−1 rec8突然変異と組み合わさって、spo11−1 rec8 osd1三重突然変異体において観察される二倍体クローン配偶子の産生をもたらし(MiMe、d’Erfurthら、PLoS Biol.、2009年、7巻、e1000124頁及びWO2010/079432)、したがって、M1植物からのEMS誘導性突然変異のヘテロ接合性が四倍体M2植物において維持される。
次いで、原因突然変異の候補をヘテロ接合体SNPの中で探した。これらの1129の突然変異の中で、341が、コード配列に影響を及ぼすと予測された(ナンセンス、ミスセンス又はスプライシング部位)。それらの中で、アミノ酸の変化をもたらすTDMの突然変異(TDM−P17L)が潜在的な原因優性突然変異として良好な候補であると思われた。TDMは、第二減数分裂の最後に減数分裂終了のために必須であることが以前に示されている。tdmノックアウト突然変異体(余分のラウンドの分裂)において観察される減数分裂欠陥が(spo11 rec8(s)−40)欠陥とは全く違うものであっても、TDMの優性突然変異は(spo11 rec8(s)−40)における原因突然変異の潜在的な候補であると思われた。
この仮説を検証するために、tdm−3突然変異体(n=8の形質転換体、100%四分胞子)を補完することが可能な、TDM遺伝子(プロモーター及びターミネーターを含める)を含有するゲノムクローンを作製し、突然変異させて、スクリーニングにおいて同定された突然変異(TDM−P17L)を再度創出した。spo11−1 rec8植物に導入すると、TDM−P17Lクローンでは一次形質転換体の稔性が回復し(n=2/3、spo11−1 rec8:果実当たり種子0.1個(n=197)、spo11−1 rec8 TDM−P17L#15:果実当たり種子25個(n=15)、spo11−1 rec8 TDM−P17L#67:果実当たり種子48個(n=10))、二分胞子の産生がもたらされた(図4、表II)。これにより、TDMにおける突然変異が実際にspo11 rec8(s)−40における原因優性突然変異であることが実証される。spo11−1 rec8 TDM−P17L形質転換体における減数分裂による染色体スプレッドの分析により、有糸分裂様の第一分裂が示され、10個の一価が中期Iにおいて整列し、後期Iにおいて姉妹染色分体が分離し、第二分裂が起こらなかった(図5)。次に、spo11−1 rec8 TDM−P17L子孫の倍数性レベルを探究した。自殖後代の中では、四倍体(4n)のみが見いだされた(表III)。spo11−1 rec8 TDM−P17L花粉を使用して野生型植物を受精させた場合、得られた後代は全て三倍体であった(表III)。spo11−1 rec8 TDM−P17L胚珠を野生型花粉粒と受精させた場合、三倍体植物のみが見いだされた(表III)。これにより、TDM−P17Lによって形質転換されたspo11−1 rec8突然変異体では、高レベルの雄性及び雌性(100%)有糸分裂様由来胞子が産生され、それにより、機能的な二倍体配偶子がもたらされることが実証された。
野生型植物及びtdm−3突然変異体に導入したところ、TDM−P17Lゲノムクローンは、二分胞子を産生することにより、どちらの遺伝子型の減数分裂表現型も改変した(図4、表II)。
二分胞子を産生したTDM−P17L植物では野生型第一分裂及び第二減数分裂が起きないことが示され(図5)、これにより、osd1及びcyca1;2/tamによるものとよく類似した表現型である2n配偶子の形成が引き起こされた(d’Erfurthら、PLoS Biol.、2009年、7巻、e1000124頁及びWO2010/079432;d’Erfurthら、PLoS Genet.、2010年、6巻、e1000989頁)。TDM−P17L植物の子孫の中で倍数性レベルを測定した(表III)。自殖後代の中では、四倍体及び三倍体が見いだされた。TDM−P17L胚珠を野生型花粉粒と受精させると、二倍体植物及び三倍体植物が単離された(表III)。
要約すると、tdm−p17L優性突然変異により、劣性osd1又はtam突然変異と同様の減数分裂欠陥が付与され、それにより、第二分裂の前での減数分裂の早期終了、したがって、二倍体雄性及び雌性配偶子の産生がもたらされる。
TDMは、植物において保存されているタンパク質の小さなファミリーに属する。例えば、シロイヌナズナ属ゲノムは、TDMに対して有意な配列類似性を示す他の遺伝子を5つ含有する(図2)。これらのTDM様遺伝子の機能は分かっていない。タンパク質配列の分析から、原因突然変異が、一般には植物種当たり1つ又は2つの遺伝子を含有するTDMタンパク質サブファミリーにのみ保存されている小さなドメインであることが示された(図1)。Pro17アミノ酸は、隣のThr16アミノ酸と同様に絶対的に保存されている(図1)。これにより、T16上の最小のコンセンサスリン酸化部位が定義される。これを検証するために、このゲノムTDM遺伝子の2つの他の潜在的なリン酸化喪失型を、リン酸化可能なアミノ酸をリン酸化可能でないアミノ酸で置換することによって(TDM−T16A)、及び保存されたドメイン全体を欠失させることによって(TDM−Δ14_19)その部位において創出した。TDM−T16A及びTDM−Δ14_19のどちらでも、野生型植物に導入したところ、二分胞子表現型が優性に得られ、これにより、TDM−P17Lの効果が再現される(表II;図4)。さらに、tdm−3突然変異体に導入したところ、TDM−Δ14_19では同様に二分胞子表現型が示された(表II)。しかし、このドメインの、保存の程度がわずかに低いアミノ酸であるTDMチロシン14の突然変異(TDM−Y14A)では、野生型に導入した場合には二分胞子表現型を付与することができず、tdm−3突然変異を補完することはできた(表II)。要約すると、TDM−P17L突然変異、TDM−T16A突然変異及びTDM−Δ14−19突然変異の発現は、同等に、早期減数分裂終了を優性に付与することができる。TPは潜在的なリン酸化部位であるので、この結果により、TDMがリン酸化によって調節されて第一減数分裂から第二減数分裂への移行が確実になる可能性があることが示唆される。

Claims (16)

  1. 第二分裂復旧2n配偶子を産生する植物を得るための方法であって、
    ランダム突然変異誘発若しくは標的化突然変異誘発によって、又は遺伝子形質転換によって、本明細書ではTDMタンパク質と称されるタンパク質をコードする、本明細書ではTDM遺伝子と称される遺伝子に優性突然変異を含む植物をもたらすステップを含み、
    該タンパク質が、該植物がアブラナ属の種(brassica spp)である場合には配列番号1のTDMタンパク質のアミノ酸残基1〜286に対して少なくとも75%の配列同一性を有するか、又は該植物がアブラナ属の種(brassica spp)とは異なる場合には該残基に対して少なくとも30%の同一性を有し、該タンパク質の最初の60アミノ酸が、本明細書ではTPP/Qモチーフと称されるモチーフX(Xは、トレオニン(T)であり、Xはプロリン(P)であり、Xはプロリン(P)又はグルタミン(Q)である)を含み、
    該優性突然変異が、該TDMタンパク質のモチーフXの少なくとも1つの残基の突然変異を含み、第二分裂復旧2n配偶子を産生する能力を該植物にもたらす方法。
  2. 前記モチーフが、配列番号1の16〜18位に位置付けられる、前記タンパク質の領域内にある、請求項1に記載の方法。
  3. 前記残基が、T残基又はその隣のP残基である、請求項1又は2に記載の方法。
  4. 前記突然変異が、前記T残基及び/又はP残基の異なる残基による置換、並びに前記T残基及び/又はP残基の、単独で又は前記T残基及び/若しくはP残基に隣接する1若しくは2残基を伴う欠失からなる群から選択される、請求項3に記載の方法。
  5. 前記突然変異により、前記モチーフの前記T残基におけるリン酸化が抑止される、請求項1から4までのいずれか一項に記載の方法。
  6. ランダム突然変異誘発若しくは標的化突然変異誘発によって、TDM遺伝子の対立遺伝子に前記優性突然変異を有する植物であって、この突然変異についてヘテロ接合性である植物をもたらすステップを含む、請求項1から5までのいずれか一項に記載の方法。
  7. 前記植物がトランスジェニック植物であり、
    a)少なくとも1つの植物細胞を、前記優性突然変異を有するTDM遺伝子を含むDNA構築物を含有するベクターを用いて形質転換するステップと、
    b)該形質転換された植物細胞を培養して、ゲノム内に該DNA構築物を含有する導入遺伝子を有する植物を再生する、ステップと
    を含む、請求項1から5までのいずれか一項に記載の方法。
  8. アポマイオシス性配偶子を産生する植物を得るための方法であって、
    a)請求項1から7までのいずれか一項に記載のTDM遺伝子に前記優性突然変異を含む植物をもたらすステップと、
    b)該植物において植物における減数分裂組換えの開始に関与する第1のタンパク質を阻害するステップであって、該タンパク質が、
    − SPO11−1タンパク質と称されるタンパク質であって、配列番号29のSPO11−1タンパク質に対して、少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも60%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
    − SPO11−2タンパク質と称されるタンパク質であって、配列番号30のSPO11−2タンパク質に対して、少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも60%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
    − PRD1タンパク質と称されるタンパク質であって、配列番号31のPRD1タンパク質に対して、少なくとも25%、及び好ましさが増す順で、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも35%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
    − PRD2タンパク質と称されるタンパク質であって、配列番号32のPRD2タンパク質に対して、少なくとも25%、及び好ましさが増す順で、少なくとも30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも35%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
    − PAIR1タンパク質と称されるタンパク質であって、配列番号33のPAIR1タンパク質に対して少なくとも30%、及び好ましさが増す順で、少なくとも35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質、
    − DFOタンパク質と称されるタンパク質であって、配列番号34のDFOタンパク質に対して少なくとも30%、及び好ましさが増す順で、少なくとも35、40、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有するタンパク質
    の中から選択される該ステップと、
    c)該植物においてREC8タンパク質と称される第2のタンパク質を阻害するステップであって、該タンパク質が、配列番号35のREC8タンパク質に対して少なくとも40%、及び好ましさが増す順で、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性、又は少なくとも45%、及び好ましさが増す順で、少なくとも、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%又は98%の配列同一性を有する該ステップと
    を含む方法。
  9. SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO、PAIR1、又はREC8タンパク質のうちの少なくとも1つの阻害が、前記タンパク質をコードする遺伝子又はそのプロモーターの突然変異誘発、及び、前記タンパク質の活性を部分的に又は完全に失った突然変異体の選択によって得られる、請求項8に記載の方法。
  10. SPO11−1、SPO11−2、PRD1、PRD2、DFO、PAIR1又はREC8タンパク質のうちの少なくとも1つの阻害が、前記植物において、前記タンパク質をコードする遺伝子を標的とするサイレンシングRNAを発現させることによって得られる、請求項8に記載の方法。
  11. 請求項1から5までのいずれか一項に記載の優性突然変異を有するTDM遺伝子を含むDNA構築物。
  12. 請求項1から7までのいずれか一項に記載の方法によって得ることができる、第二分裂復旧2n配偶子を産生する植物であって、第二分裂復旧2n配偶子を産生する能力を該植物にもたらす前記優性突然変異を、TDMタンパク質のモチーフΧΧΧに含む植物。
  13. 請求項11に記載のDNA構築物を含む導入遺伝子を含有するトランスジェニック植物である、第二分裂復旧2n配偶子を産生する植物。
  14. 請求項8から10までのいずれか一項に記載の方法によって得ることができる、アポマイオシス性配偶子を産生する植物であって、第二分裂復旧2n配偶子を産生する能力を該植物にもたらす前記優性突然変異を、TDMタンパク質のモチーフXに含む植物。
  15. 第二分裂復旧2n配偶子を産生させるための方法であって、請求項1から7までのいずれか一項に記載の方法によって得ることができる植物を培養するステップであって、該植物が、第二分裂復旧2n配偶子を産生する能力を該植物にもたらす前記優性突然変異を、TDMタンパク質のモチーフXに含む該ステップと、該植物によって産生される配偶子を回収するステップとを含む方法。
  16. アポマイオシス性配偶子を産生させるための方法であって、請求項8から10までのいずれか一項に記載の方法によって得ることができる植物を培養するステップであって、該植物が、第二分裂復旧2n配偶子を産生する能力を該植物にもたらす前記優性突然変異を、TDMタンパク質のモチーフXに含む該ステップと、該植物によって産生される配偶子を回収するステップとを含む方法。
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