JP2016536002A5 - - Google Patents
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Description
代表的な実施形態は参照される図面に示される。本明細書に開示される実施形態及び図面は、限定的というよりもむしろ例示的に考慮されるべきであることが意図される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
対象の治療を選択する方法であって、
前記対象から試料を得ることと、
前記試料においてTL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
前記対象がTL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗TL1A療法を処方し、前記対象がTL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗TL1A療法を処方しないこととを含む、方法。
(項目2)
前記試料において、TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記発現レベルをアッセイする前に、IL12、IL18、もしくはTL1A、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、項目1の方法。
(項目3)
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、本明細書で表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている、項目1の方法。
(項目4)
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、項目1の方法。
(項目5)
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、項目1の方法。
(項目6)
前記対象がヒトである、項目1の方法。
(項目7)
前記対象がTL1A関連疾患の兆候を有する、項目1の方法。
(項目8)
前記対象がTL1A関連疾患を有する疑いがある、項目1の方法。
(項目9)
前記対象がTL1A関連疾患を有すると診断されている、項目1の方法。
(項目10)
前記試料が、T細胞、CD4 + T細胞、CD8 + T細胞、CD56 + T細胞、CD45R0 + T細胞、CD45RA + T細胞、NK細胞、末梢血単核球(PBMC)、または末梢血リンパ球(PBL)、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目11)
前記TL1A関連疾患は、線維症、クローン病(CD)、炎症性大腸疾患(IBD)、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎(RA)、多発性硬化症(MS)、乾癬、1型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、項目7の方法。
(項目12)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、mRNAレベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目13)
mRNAレベルをアッセイすることは、RNAシーケンシング、ノーザンブロット、in situハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションアレイ、遺伝子発現の連続分析(SAGE)、逆転写PCR、リアルタイムPCR、リアルタイム逆転写PCR、もしくは定量PCR、またはそれらの組み合わせを使用することを含む、項目12の方法。
(項目14)
mRNAレベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子のmRNAと特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブと前記試料を接触し、これによりプローブ標的ハイブリダイゼーション複合体を形成することを含む、項目12のプロセス。
(項目15)
mRNAレベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のmRNAと特異的にハイブリダイズすることが可能な1以上のポリヌクレオチドプライマーと前記試料を接触し、プライマー鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成し、PCR反応を行うことを含む、項目12のプロセス。
(項目16)
前記1以上のポリヌクレオチドプライマーは、表2に挙げられたプライマーである、項目15のプロセス。
(項目17)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、タンパク質レベルをアッセイすることを含む、項目1の方法。
(項目18)
タンパク質レベルをアッセイすることは、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、放射免疫測定法、もしくは質量分析法またはそれらの組み合わせを使用することを含む、項目17の方法。
(項目19)
タンパク質レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のタンパク質と特異的に結合することができる抗体と前記試料を接触し、これにより抗原抗体複合体を形成することを含む、項目17の方法。
(項目20)
発現レベルの前記基準値は、TL1A関連疾患を有しない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目1の方法。
(項目21)
発現レベルの前記基準値は、抗TL1A療法に対する反応性の見込みがない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目1の方法。
(項目22)
発現レベルの前記基準値は、抗TL1A療法に対する反応性がない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目1の方法。
(項目23)
前記抗TL1A療法は、抗TL1A抗体またはそのフラグメントを含む、項目1の方法。
(項目24)
前記抗TL1A療法は、抗DR3抗体またはそのフラグメントを含む、項目1の方法。(項目25)
前記抗TL1A療法は、可溶性デコイDR3ポリペプチド、DR3細胞外ドメインを含むポリペプチド、もしくはDR3プレリガンドアセンブリドメインを含むポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目26)
前記抗TL1A療法は、TL1Aの核酸アンタゴニスト、もしくはDR3の核酸アンタゴニスト、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目27)
前記抗TL1A療法は、GEPペプチド、アトストリン(Atsttrin)、もしくはその変異体、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目28)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも2つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目29)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも3つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目30)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも4つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目31)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも5つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目32)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子の全ての前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目33)
対象を治療する方法であって、
前記対象から試料を得ることと、
前記試料において表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
前記対象が表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗TL1A療法を処方し、前記対象が表1、表4、表5及び/または表6に挙げられているいずれの遺伝子の前記基準値に対しても高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗TL1A療法を処方しないこととを含む、方法。
(項目34)
前記1以上の遺伝子は、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、項目33の方法。
(項目35)
前記1以上の遺伝子は、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、項目33の方法。
(項目36)
対象から試料を得ることと、
前記試料において本明細書で表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記1以上の遺伝子の発現レベルの基準値と前記発現レベルを比較することと、
前記発現レベルと前記基準値との間の相対的な相違に従って、前記対象における疾患を診断することとを含む、方法。
(項目37)
前記試料において、1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイする前に、IL12、IL18、もしくはTL1A、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、項目36の方法。
(項目38)
前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患があると診断しないことをさらに含む、項目36の方法。
(項目39)
前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患のサブタイプがあると診断しないことをさらに含む、項目36の方法。
(項目40)
前記疾患はTL1A関連疾患である、項目36の方法。
(項目41)
前記疾患は、線維症、クローン病(CD)、炎症性大腸疾患(IBD)、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎(RA)、多発性硬化症(MS)、乾癬、1型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、項目36の方法。
(項目42)
前記疾患は、抗TL1A療法に反応性のIBDサブタイプである、項目36の方法。
(項目43)
前記対象はヒトである、項目36の方法。
(項目44)
前記対象は、IBDサブタイプの兆候を有する、項目36の方法。
(項目45)
前記対象は、IBDサブタイプを有する疑いがある、項目36の方法。
(項目46)
前記1以上の遺伝子は、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、項目36の方法。(項目47)
前記1以上の遺伝子は、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、項目36の方法。
(項目48)
前記試料は、T細胞、CD4 + T細胞、CD8 + T細胞、CD56 + T細胞、CD45R0 + T細胞、CD45RA + T細胞、NK細胞、末梢血単核球(PBMC)、もしくは末梢血リンパ球(PBL)、またはそれらの組み合わせを含む、項目36の方法。
(項目49)
前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗TL1A療法を処方することをさらに含む、項目36の方法。
(項目50)
前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗TL1A療法を投与することをさらに含む、項目36の方法。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
対象の治療を選択する方法であって、
前記対象から試料を得ることと、
前記試料においてTL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
前記対象がTL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗TL1A療法を処方し、前記対象がTL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗TL1A療法を処方しないこととを含む、方法。
(項目2)
前記試料において、TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記発現レベルをアッセイする前に、IL12、IL18、もしくはTL1A、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、項目1の方法。
(項目3)
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、本明細書で表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている、項目1の方法。
(項目4)
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、項目1の方法。
(項目5)
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、項目1の方法。
(項目6)
前記対象がヒトである、項目1の方法。
(項目7)
前記対象がTL1A関連疾患の兆候を有する、項目1の方法。
(項目8)
前記対象がTL1A関連疾患を有する疑いがある、項目1の方法。
(項目9)
前記対象がTL1A関連疾患を有すると診断されている、項目1の方法。
(項目10)
前記試料が、T細胞、CD4 + T細胞、CD8 + T細胞、CD56 + T細胞、CD45R0 + T細胞、CD45RA + T細胞、NK細胞、末梢血単核球(PBMC)、または末梢血リンパ球(PBL)、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目11)
前記TL1A関連疾患は、線維症、クローン病(CD)、炎症性大腸疾患(IBD)、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎(RA)、多発性硬化症(MS)、乾癬、1型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、項目7の方法。
(項目12)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、mRNAレベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目13)
mRNAレベルをアッセイすることは、RNAシーケンシング、ノーザンブロット、in situハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションアレイ、遺伝子発現の連続分析(SAGE)、逆転写PCR、リアルタイムPCR、リアルタイム逆転写PCR、もしくは定量PCR、またはそれらの組み合わせを使用することを含む、項目12の方法。
(項目14)
mRNAレベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子のmRNAと特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブと前記試料を接触し、これによりプローブ標的ハイブリダイゼーション複合体を形成することを含む、項目12のプロセス。
(項目15)
mRNAレベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のmRNAと特異的にハイブリダイズすることが可能な1以上のポリヌクレオチドプライマーと前記試料を接触し、プライマー鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成し、PCR反応を行うことを含む、項目12のプロセス。
(項目16)
前記1以上のポリヌクレオチドプライマーは、表2に挙げられたプライマーである、項目15のプロセス。
(項目17)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、タンパク質レベルをアッセイすることを含む、項目1の方法。
(項目18)
タンパク質レベルをアッセイすることは、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、放射免疫測定法、もしくは質量分析法またはそれらの組み合わせを使用することを含む、項目17の方法。
(項目19)
タンパク質レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のタンパク質と特異的に結合することができる抗体と前記試料を接触し、これにより抗原抗体複合体を形成することを含む、項目17の方法。
(項目20)
発現レベルの前記基準値は、TL1A関連疾患を有しない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目1の方法。
(項目21)
発現レベルの前記基準値は、抗TL1A療法に対する反応性の見込みがない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目1の方法。
(項目22)
発現レベルの前記基準値は、抗TL1A療法に対する反応性がない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、項目1の方法。
(項目23)
前記抗TL1A療法は、抗TL1A抗体またはそのフラグメントを含む、項目1の方法。
(項目24)
前記抗TL1A療法は、抗DR3抗体またはそのフラグメントを含む、項目1の方法。(項目25)
前記抗TL1A療法は、可溶性デコイDR3ポリペプチド、DR3細胞外ドメインを含むポリペプチド、もしくはDR3プレリガンドアセンブリドメインを含むポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目26)
前記抗TL1A療法は、TL1Aの核酸アンタゴニスト、もしくはDR3の核酸アンタゴニスト、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目27)
前記抗TL1A療法は、GEPペプチド、アトストリン(Atsttrin)、もしくはその変異体、またはそれらの組み合わせを含む、項目1の方法。
(項目28)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも2つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目29)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも3つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目30)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも4つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目31)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも5つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目32)
前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子の全ての前記発現レベルをアッセイすることを含む、項目2の方法。
(項目33)
対象を治療する方法であって、
前記対象から試料を得ることと、
前記試料において表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することと、
前記対象が表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記基準値に対して高い発現レベルを有する場合には前記対象に抗TL1A療法を処方し、前記対象が表1、表4、表5及び/または表6に挙げられているいずれの遺伝子の前記基準値に対しても高い発現レベルを有しない場合には前記対象に抗TL1A療法を処方しないこととを含む、方法。
(項目34)
前記1以上の遺伝子は、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、項目33の方法。
(項目35)
前記1以上の遺伝子は、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、項目33の方法。
(項目36)
対象から試料を得ることと、
前記試料において本明細書で表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記1以上の遺伝子の発現レベルの基準値と前記発現レベルを比較することと、
前記発現レベルと前記基準値との間の相対的な相違に従って、前記対象における疾患を診断することとを含む、方法。
(項目37)
前記試料において、1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイする前に、IL12、IL18、もしくはTL1A、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、項目36の方法。
(項目38)
前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも高い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患があると診断しないことをさらに含む、項目36の方法。
(項目39)
前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有する場合には前記対象において前記疾患があると診断すること、または前記対象が前記基準値よりも低い発現レベルを有しない場合には前記対象において前記疾患のサブタイプがあると診断しないことをさらに含む、項目36の方法。
(項目40)
前記疾患はTL1A関連疾患である、項目36の方法。
(項目41)
前記疾患は、線維症、クローン病(CD)、炎症性大腸疾患(IBD)、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎(RA)、多発性硬化症(MS)、乾癬、1型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、項目36の方法。
(項目42)
前記疾患は、抗TL1A療法に反応性のIBDサブタイプである、項目36の方法。
(項目43)
前記対象はヒトである、項目36の方法。
(項目44)
前記対象は、IBDサブタイプの兆候を有する、項目36の方法。
(項目45)
前記対象は、IBDサブタイプを有する疑いがある、項目36の方法。
(項目46)
前記1以上の遺伝子は、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、項目36の方法。(項目47)
前記1以上の遺伝子は、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、項目36の方法。
(項目48)
前記試料は、T細胞、CD4 + T細胞、CD8 + T細胞、CD56 + T細胞、CD45R0 + T細胞、CD45RA + T細胞、NK細胞、末梢血単核球(PBMC)、もしくは末梢血リンパ球(PBL)、またはそれらの組み合わせを含む、項目36の方法。
(項目49)
前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗TL1A療法を処方することをさらに含む、項目36の方法。
(項目50)
前記対象が前記疾患を有すると診断される場合には前記対象に抗TL1A療法を投与することをさらに含む、項目36の方法。
Claims (50)
- TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの発現レベルを対象の治療を選択するための指標とする方法であって、
前記対象から得られた試料において前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの発現レベルをアッセイすることと、
前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することとを含み、
TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高い発現レベルが前記対象に抗TL1A療法を処方することの指標であり、TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記基準値に対して高くない発現レベルが、前記対象に対する抗TL1A療法を処方しないことの指標である、方法。 - 前記試料において、TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーの前記発現レベルをアッセイする前に、IL12、IL18、もしくはTL1A、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、請求項1の方法。
- 前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、本明細書で表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている、請求項1の方法。
- 前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、請求項1の方法。
- 前記TL1Aシグナル伝達に関連する1以上のバイオマーカーは、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、請求項1の方法。
- 前記対象がヒトである、請求項1の方法。
- 前記対象がTL1A関連疾患の兆候を有する、請求項1の方法。
- 前記対象がTL1A関連疾患を有する疑いがある、請求項1の方法。
- 前記対象がTL1A関連疾患を有すると診断されている、請求項1の方法。
- 前記試料が、T細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD56+T細胞、CD45R0+T細胞、CD45RA+T細胞、NK細胞、末梢血単核球(PBMC)、または末梢血リンパ球(PBL)、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1の方法。
- 前記TL1A関連疾患は、線維症、クローン病(CD)、炎症性大腸疾患(IBD)、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎(RA)、多発性硬化症(MS)、乾癬、1型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、請求項7の方法。
- 前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、mRNAレベルをアッセイすることを含む、請求項2の方法。
- mRNAレベルをアッセイすることは、RNAシーケンシング、ノーザンブロット、in situハイブリダイゼーション、ハイブリダイゼーションアレイ、遺伝子発現の連続分析(SAGE)、逆転写PCR、リアルタイムPCR、リアルタイム逆転写PCR、もしくは定量PCR、またはそれらの組み合わせを使用することを含む、請求項12の方法。
- mRNAレベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子のmRNAと特異的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドプローブと前記試料を接触し、これによりプローブ標的ハイブリダイゼーション複合体を形成することを含む、請求項12のプロセス。
- mRNAレベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のmRNAと特異的にハイブリダイズすることが可能な1以上のポリヌクレオチドプライマーと前記試料を接触し、プライマー鋳型ハイブリダイゼーション複合体を形成し、PCR反応を行うことを含む、請求項12のプロセス。
- 前記1以上のポリヌクレオチドプライマーは、表2に挙げられたプライマーである、請求項15のプロセス。
- 前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、タンパク質レベルをアッセイすることを含む、請求項1の方法。
- タンパク質レベルをアッセイすることは、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着測定法(ELISA)、放射免疫測定法、もしくは質量分析法またはそれらの組み合わせを使用することを含む、請求項17の方法。
- タンパク質レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のタンパク質と特異的に結合することができる抗体と前記試料を接触し、これにより抗原抗体複合体を形成することを含む、請求項17の方法。
- 発現レベルの前記基準値は、TL1A関連疾患を有しない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項1の方法。
- 発現レベルの前記基準値は、抗TL1A療法に対する反応性の見込みがない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項1の方法。
- 発現レベルの前記基準値は、抗TL1A療法に対する反応性がない対象の個体群からの中央値または平均発現レベルである、請求項1の方法。
- 前記抗TL1A療法は、抗TL1A抗体またはそのフラグメントを含む、請求項1の方法。
- 前記抗TL1A療法は、抗DR3抗体またはそのフラグメントを含む、請求項1の方法。
- 前記抗TL1A療法は、可溶性デコイDR3ポリペプチド、DR3細胞外ドメインを含むポリペプチド、もしくはDR3プレリガンドアセンブリドメインを含むポリペプチド、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1の方法。
- 前記抗TL1A療法は、TL1Aの核酸アンタゴニスト、もしくはDR3の核酸アンタゴニスト、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1の方法。
- 前記抗TL1A療法は、GEPペプチド、アトストリン(Atsttrin)、もしくはその変異体、またはそれらの組み合わせを含む、請求項1の方法。
- 前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも2つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項2の方法。
- 前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも3つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項2の方法。
- 前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも4つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項2の方法。
- 前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子のうち少なくとも5つの前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項2の方法。
- 前記試料において、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイすることは、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている遺伝子の全ての前記発現レベルをアッセイすることを含む、請求項2の方法。
- 1以上の遺伝子の発現レベルを対象を治療するための指標とする方法であって、
前記対象から得られた試料において表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている前記1以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の発現レベルの基準値と、前記発現レベルを比較することとを含み、
表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている1以上の遺伝子の前記基準値に対して高い発現レベルが、前記対象に抗TL1A療法を投与するための指標であり、表1、表4、表5及び/または表6に挙げられているいずれの遺伝子の前記基準値に対しても高くない発現レベルが、前記対象に抗TL1A療法を投与しないための指標である、方法。 - 前記1以上の遺伝子は、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、請求項33の方法。
- 前記1以上の遺伝子は、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、請求項33の方法。
- 1以上の遺伝子の発現レベルを対象における疾患のための指標とする方法であって、
前記対象から得られた試料において本明細書で表1、表4、表5及び/または表6に挙げられている前記1以上の遺伝子の発現レベルをアッセイすることと、
前記1以上の遺伝子の発現レベルの基準値と前記発現レベルを比較することとを含み、
前記発現レベルと前記基準値との間の相対的な相違が、前記対象が前記疾患を有するかどうかの指標である、方法。 - 前記試料において、1以上の遺伝子の前記発現レベルをアッセイする前に、IL12、IL18、もしくはTL1A、またはそれらの組み合わせにより前記試料を刺激することをさらに含む、請求項36の方法。
- 前記基準値よりも高い発現レベルが、前記対象が前記疾患を有することの指標であり、前記基準値よりも高くない発現レベルが、前記対象が前記疾患を有さないことの指標である、請求項36の方法。
- 前記基準値よりも低い発現レベルが、前記対象が前記疾患を有することの指標であり、前記基準値よりも低くない発現レベルが、前記対象が前記疾患のサブタイプを有さないことの指標である、請求項36の方法。
- 前記疾患はTL1A関連疾患である、請求項36の方法。
- 前記疾患は、線維症、クローン病(CD)、炎症性大腸疾患(IBD)、慢性閉塞性肺疾患、アレルギー性肺炎症、喘息、アテローム性動脈硬化症、狼瘡、リウマチ性関節炎(RA)、多発性硬化症(MS)、乾癬、1型糖尿病、肺癌、結腸癌、白血病、リンパ腫、移植拒絶反応、移植片対宿主病、または中枢神経系損傷である、請求項36の方法。
- 前記疾患は、抗TL1A療法に反応性のIBDサブタイプである、請求項36の方法。
- 前記対象はヒトである、請求項36の方法。
- 前記対象は、IBDサブタイプの兆候を有する、請求項36の方法。
- 前記対象は、IBDサブタイプを有する疑いがある、請求項36の方法。
- 前記1以上の遺伝子は、BIRC3、C17orf49、CCL20、CSF2、CD274、CD74、EPSTI1、FAS、GBP1、GBP4、GBP5、HAPLN3、IFNG、IRF1、NFKBIA、NFKB2、RELB、RGS1、SGK1、STAT1、TAP1、及びTRAFD1からなる群から選択される、請求項36の方法。
- 前記1以上の遺伝子は、BATF、CCL20、CD274、CD83、CDKN1A、CHAC1、CSF2、DUSP5、FEZ1、GADD45G、HMSD、IFNG、IL22、IL26、IL4I1、IRF8、LTA、MFSD2A、MYO1B、NFKBIA、RPL21、SGK1、TNFRSF18、TNFRSF4、TRAF4、及びXISTからなる群から選択される、請求項36の方法。
- 前記試料は、T細胞、CD4+T細胞、CD8+T細胞、CD56+T細胞、CD45R0+T細胞、CD45RA+T細胞、NK細胞、末梢血単核球(PBMC)、もしくは末梢血リンパ球(PBL)、またはそれらの組み合わせを含む、請求項36の方法。
- 前記対象が前記疾患を有することが前記対象に抗TL1A療法を処方するための指標である、請求項36の方法。
- 前記対象が前記疾患を有することが前記対象に抗TL1A療法を投与するための指標である、請求項36の方法。
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