JP2016514464A - 生物試料の安定化 - Google Patents
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Abstract
Description
本明細書で開示の技術は、特に、細胞含有試料、特に血液試料の安定化に適した方法と組成物、およびそれぞれに安定化された生物試料から核酸を単離する方法に関する。
核酸は診断分野で重要なバイオマーカーである。例えば、ゲノム(特に、mRNAおよびmiRNA)の転写物プロファイルは、分子インビトロ診断におけるバイオマーカーとして広く使用され、疾患の転帰を予測し、個人に合わせた療法の方針を示すことを期待した、正常な生物学的および病理学的プロセスに関する洞察(inside into)を与える。したがって、核酸、特に、RNAのプロファイリングは、疾患診断、予後およびバイオマーカー発見のための臨床試験において重要である。転写プロファイルからの定量的情報を得る能力は、基礎生物学の調査、疾患の診断、薬物開発の促進、特定の病状および遺伝的プロファイルに合わせるように治療薬の調整をするための強力なツールであり、また、生物学的または治療プロセスおよび治療方針に関連するデータベースを生成するための強力なツールでもある。ここ数年で、下流のアッセイおよびデータ分析(分析プロセス)の大きな改善が行われてきた。しかし、特に、新しい生体分子標的に対する解析前のステップ、例えば、試料取扱いおよび試料安定化は、発現プロファイルに重大な影響を与えており、その後の分析を損なう可能性があることが見出された(例えば、Haertelら,2001,Pahl und Brune,2002、を参照)。分析される試料の安定化に関する予防策を講じないと、試料は輸送および貯蔵の間に変化し、これにより標的分子の発現プロファイルを極度に変化させる可能性がある(例えば、Rainenら,2002;Baechlerら,2004を参照)。このように、遺伝子発現、特に、血液細胞遺伝子発現は、試料のエクスビボ取扱いに敏感である。試料の取扱いが原因で発現プロファイルが変化すると、その後の分析は試料の元の状況、したがって、患者の元の状況を反映するのではなく、試料の取扱い、輸送および貯蔵の間に生成された人工プロファイルを測定していることになる。したがって、最適化された安定化プロセスが必要であり、このプロセスにより、発現プロファイルを安定化させ、信頼性の高い分析が可能となる。特に、血液細胞遺伝子発現プロファイルの分析を可能とするために血液試料を安定化させる必要性がある。
a)本発明の第1の態様で定義される方法により細胞含有試料を安定化するステップと、
b)該安定化試料から核酸を単離するステップと、
を含む、方法が提供される。
a)少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択されるカルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、組成物が提供される。
a)好ましくは少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択されるカルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、容器が提供される。
本発明の第1の態様では、細胞含有試料、好ましくは血液試料と、少なくとも1つのカルボン酸アミドとを接触させることにより該試料を安定化する方法であって、該カルボン酸アミドは一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択される、方法が提供される。好ましくは、細胞含有生物試料および少なくとも1つのカルボン酸アミドを含む得られた組成物は、少なくとも0.25%の濃度のカルボン酸アミドを含む。
を有する。R1、R2およびR3の好適かつ好ましい例も下記に記載されている。
(1)アルキル:好ましくは短鎖アルキル、特に、直鎖および分岐C1−C5アルキルまたは長鎖アルキル:直鎖および分岐C5−C20アルキル;
(2)アルケニル:好ましくはC2−C6アルケニル;
(3)シクロアルキル:好ましくはC3−C8シクロアルキル;
(4)アルコキシ:好ましくはC1−C6アルコキシ;
(5)長鎖アルコキシ:好ましくは直鎖および分岐C5−C20アルコキシ;
(6)アルキレン:好ましくは二価の直鎖または分岐鎖の、2〜18炭素原子を有し、任意にヘテロ原子を含む、脂肪族、脂環式または芳香族炭化水素残基であり、例えば、メチレン、1,1−エチレン、1,1−プロピリデン、1,2−プロピレン、1,3−プロピレン、2,2−プロピリデン、ブタン−2−オ−ル−1,4−ジイル、プロパン−2−オ−ル−1,3−ジイル、1,4−ブチレン、1,4−ペンチレン、1,6−ヘキシレン、1,7−ヘプチレン、1,8−オクチレン、1,9−ノニレン、1,10−デシレン、1,11−ウンデシレン、1,12−ドセジレン、シクロヘキサン−1,1−ジイル、シクロヘキサン−1,2−ジイル、シクロヘキサン−1,3−ジイル、シクロヘキサン−1,4−ジイル、シクロペンタン−1,1−ジイル、シクロペンタン−1,2−ジイル、およびシクロペンタン−1,3−ジイル、を含む群より選択される;
(7)アルケンジイル:好ましくは、1,2−プロペンジイル、1,2−ブテンジイル、2,3−ブテンジイル、1,2−ペンテンジイル、2,3−ペンテンジイル、1,2−ヘキセンジイル、2,3−ヘキセンジイル、および3,4−ヘキセンジイル、を含む群より選択される;
(8)アルキンジイル:アルキンジイルは、−C≡C−に相当する;
(9)アリール:好ましくは、300Da未満の分子量を有する芳香族化合物から選択される;
(10)アリーレン:好ましくは、1,2−フェニレン、1,3−フェニレン、1,4−フェニレン、1,2−ナフタレニレン(1,2−naphtthalenylene)、1,3−ナフタレニレン(1,3−naphtthalenylene)、1,4−ナフタレニレン(1,4−naphtthalenylene)、2,3−ナフタレニレン(2,3−naphtthalenylene)、1−ヒドロキシ−2,3−フェニレン、1−ヒドロキシ−2,4−フェニレン、1−ヒドロキシ−2,5−フェニレン、1−ヒドロキシ−2,6−フェニレン、を含む群より選択される;
(11)カルボキシレート:好ましくは基−C(O)ORであり、式中、Rは、水素、C1−C6アルキル、フェニル、C1−C6アルキル−C6H5、Li、Na、K、Cs、Mg、Caから選択される;
(12)カルボニル:好ましくは基−C(O)Rであり、式中、Rは、水素、C1−C6アルキル、フェニル、C1−C6アルキル−C6H5および−NR’2の群より選択されるアミン(アミドを生成する)から選択され、式中、各R’は水素、C1−C6アルキル、C1−C6アルキル−C6H5およびフェニルから独立に選択され、両方のRがC1−C6アルキルを表す場合には、それらはNC3〜NC5ヘテロ環を形成し、その環のアルキル置換基が別のアルキル鎖を形成することができる;
(13)アルキルシリル:好ましくは基−SiR1R2R3であり、式中、R1、R2およびR3は、水素、アルキル、長鎖アルキル、フェニル、シクロアルキル、ハロアルキル、アルコキシ、長鎖アルコキシから相互に独立に選択される;
(14)アルキルシリルオキシ:好ましくは基−O−SiR1R2R3であり、式中、R1、R2およびR3は、水素、アルキル、長鎖アルキル、フェニル、シクロアルキル、ハロアルキル、アルコキシ、長鎖アルコキシから相互に独立に選択される。
に従う化合物の三級アミドとさらに接触させられる。
一実施形態では、細胞含有生物試料が少なくとも1つの式1に従う一級または二級カルボン酸アミドおよび三級アミドならびに安定化のために使用される追加の任意の添加物と接触させられた後、得られた混合物は、
i)少なくとも0.1%、少なくとも0.25%、少なくとも0.5%、少なくとも0.75%、少なくとも1%、少なくとも1.25%または少なくとも1.5%の濃度;および/または
ii)0.1%〜30%、0.25%〜20%、0.5%〜15%、0.7%〜10%、0.8%〜7.5%、0.9%〜6%または1%〜5%の範囲の濃度の式1に従う三級アミドを含む。
a)少なくとも1つの一級および/または二級カルボン酸アミド、好ましくは、ホルムアミドまたはブタンアミド(好ましい濃度は上述した通り)、
b)好ましくは1μM〜30μMの範囲の濃度の、少なくとも1つのカスパーゼ阻害剤、好ましくはQ−VD−OPh、および
c)追加の添加剤、好ましくは2mM〜100mMまたは4mM〜50mM、好ましくは4mM〜20mMの濃度範囲の好ましくはキレート化剤、最も好ましくはEDTA、と接触させられる。
さらに、第2の態様では、生物試料から核酸を単離する方法であって、
a)第1の態様による方法により細胞含有試料を安定化するステップと、
b)該安定化試料から核酸を単離するステップと、
を含む、方法が提供される。
a)第1の態様による方法により細胞含有試料を安定化することと、
b)該安定化試料から細胞内核酸を単離することと、を含む。
a)本発明の第1の態様で定義される方法により細胞含有試料に含まれる細胞外核酸集団を安定化するステップと、
b)細胞外核酸を単離するステップと、を含む。
さらに、本発明の第3の態様では、生物試料の安定化に適する組成物であって、
a)好ましくは少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択されるカルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、組成物が提供される。
本発明の第3の態様による安定化組成物を使用して、細胞含有試料に含まれている細胞外核酸集団を安定化することができる。さらに、本発明の第3の態様による安定化組成物を、試料に含有されている細胞を安定化するために使用することもできる。上述のように、安定化組成物は、特に、崩壊細胞から生じるゲノムDNAが細胞から放出されるのを低減する。したがって、それぞれの使用も有利であり、本発明による教示によって提供される。さらに、本発明の第3の態様による安定化組成物を、含まれる細胞中の転写物レベルを安定化するために使用することもできる。
また、本発明の第3の態様による組成物を製造する方法であって、組成物の成分は、好ましくは水溶液中で混合される、方法も提供される。
さらに、本発明は、細胞含有生物試料、好ましくは血液試料を採集するための容器であって、
a)好ましくは少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択されるカルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、容器を提供する。
a)好ましくは少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択されるカルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、採集容器が提供される。
第5の態様では、本発明の第4の態様による容器のチャンバ中に患者から試料を直接採集するステップを含む方法が提供される。容器および試料に関する詳細は、上述した。それぞれの開示が参照される。一実施形態では、血液試料が採集され、それは、好ましくは患者から吸引される。
を有する。
a)安定化は安定化試料から細胞の単離を可能とする;
b)細胞含有試料は血液試料であり、白血球が安定化される;
c)細胞の形態が保存される;
d)有核細胞の形態が保存される;
e)試料は血液試料であり、含まれるリンパ球および/または単球が安定化される;
f)細胞表面エピトープが保存される;および/または
g)細胞表面タンパク質が保存される。
a)一級または二級カルボン酸アミドである少なくとも1つのカルボン酸アミドおよび任意の追加の添加物が安定化組成物に含まれ、安定化組成物と特定の体積の細胞含有試料との体積比が、10:1〜1:20、5:1〜1:15、1:1〜1:10および1:2〜1:5から選択される;
b)安定化細胞含有試料は、核酸分析および/または検出方法に供される;
c)細胞内および/または細胞外核酸が安定化試料から単離され、単離核酸が分析および/または検出される;
d)安定化試料中に含まれる細胞が除去される;および/または
e)(i)安定化細胞含有生物試料、(ii)細胞が除去されている安定化試料および/または(iii)試料から除去された細胞、が貯蔵される。
に従う化合物の三級アミドとさらに接触させられる。式1に従う三級アミドは、カルボン酸アミドであってよい。それは、N,N−ジアルキルプロパンアミド、好ましくはN,N−ジメチルプロパンアミドであってよい。一実施形態では、式1に従う三級アミドは、N,N−ジメチルホルムアミド、N,N−ジメチルアセトアミド、N,N−ジメチルプロパンアミド、N,N−ジメチルブタンアミドからなる群より選択される。一実施形態では、細胞含有生物試料が少なくとも1つの式1に従う一級または二級カルボン酸アミド、好ましくはブタンアミド、および三級アミドならびに安定化のために使用される追加の任意の添加物と接触させられた後、得られた混合物は、
i)少なくとも0.1%、少なくとも0.25%、少なくとも0.5%、少なくとも0.75%、少なくとも1%、少なくとも1.25%または少なくとも1.5%の濃度;および/または
ii)0.1%〜30%、0.25%〜20%、0.5%〜15%、0.7%〜10%、0.8%〜7.5%、0.9%〜6%または1%〜5%の範囲の濃度の式1に従う三級アミドを含む。
a)第1の態様による方法により細胞含有試料を安定化するステップと、
b)該安定化試料から核酸を単離するステップと、
を含む、方法に関する。
i)修飾される;
ii)少なくとも1つの酵素と接触させられる;
iii)増幅される;
iv)逆転写される;
v)クローン化される;
vi)配列決定される;
vii)プローブと接触させられる;
viii)検出される;
ix)定量される;
ix)同定される;および/または
x)遺伝子発現プロファイリング用に分析される。
a)好ましくは少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択されるカルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、組成物が提供される。
a)組成物は、細胞を安定化し、細胞含有生物試料中に含まれる細胞からその試料の無細胞の部分へのゲノムDNAの放出を低減させることができる;
b)組成物は、安定化試料中に含まれる細胞由来のゲノムDNAによる生物試料中に含まれる細胞外DNA集団の希釈を減らすことができる;
c)組成物は、安定化試料中に含まれる細胞由来の細胞内核酸による生物試料中に含まれる細胞外核酸集団の希釈を減らすことができる;
d)安定化組成物は、細胞溶解を誘発または促進するであろう濃度の添加物を含まない;
e)安定化組成物は、タンパク質−DNAおよび/またはタンパク質−タンパク質架橋を誘発する架橋剤を含まない;
f)安定化組成物は、ホルムアルデヒド、ホルマリン、パラホルムアルデヒド、またはホルムアルデヒド放出剤を含まない;
g)安定化組成物は、毒性作用物質を含まない;および/または
h)安定化組成物は、冷蔵をしないで、好ましくは室温で、少なくとも2日間、少なくとも3日間、少なくとも2日〜3日間、少なくとも2日〜6日間、および/または少なくとも2日〜7日間から選択される期間、細胞含有生物試料中に含まれる細胞外核酸集団を安定化することができる。
a)生物試料は細胞外核酸を含む;
b)生物試料は全血である。
a)少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択されるカルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、容器が提供される。
1.材料と方法
選択された遺伝子(c−fos、IL−1β、IL−8、p53)由来の一定レベルの転写物により示される遺伝子転写物の安定化能力を有する試薬組成物を特定することができる試験システムおよび研究設備を確立した。以前の研究において、これらの転写物が貯蔵中に非常に不安定な転写物であると同定され、これらは採血後数分以内に誘発されるかまたは下方制御され(転写物の増加および減少)、したがって、選別目的では「最悪のケース」のマーカーとして選択された。
実施例1:ホルムアミドを使った安定化
血液を複数ドナーから複製EDTA血液チューブ(BD、試料安定化の[−]対照)および試料安定化の[+]対照として機能するPAXgene Blood RNA Tube(PreAnalytiX)に採取した。採血後直ちにEDTA血液試料の半分をRNA安定化試験溶液で処理し、血液試験試料を得た。詳細には、1mlの安定化添加剤(50%v/vのホルムアミド、5xMOPS緩衝液、pH5.5)を9mlのEDTA血液に加えた。血液の混合、インキュベーション、一定分量の血液試料のPAXgene Blood RNA Tubeへの移送、凍結、貯蔵およびRNA調製を上述のように行った。上述の材料と方法の項で記載したようにRNAを転写物レベル分析に供した。UV分光法およびRIN計算(Agilent BioanalyzerのNanochip)を備えた小型化キャピラリーゲル電気泳動によりRNAの量(RNA収率)および質(RNA純度、RNA完全性)を測定した。全RNA試料の転写物レベルを、反応へのテンプレート入力量に正規化したFOS、IL1B、IL8、およびTP53のモノプレックスアッセイを使ってリアルタイムRT−PCRにより分析した。転写物の量を反映している得られたCT値を直接比較した。室温での血液試料インキュベーションにより影響を受けない相対的転写物レベルを一定のCT値により表し、転写物の増加(例えば、遺伝子誘発による)をより低いCT値で、および転写物の減少(例えば、遺伝子抑制による)をより高いCT値で表した。血液スメアを顕微鏡により評価し、細胞完全性をフローサイトメトリー(FC)により評価して、細胞の形態を調査した。
EDTA血液試料を未処理のまま保持するか、または採血後直ちに8%w/vのアセトアミドと混合した。PAXgene RNA血液チューブ中の採集血液試料はこの場合も対照として機能した。材料と方法の項で記載のように、室温で1日間のインキュベーション後に、試料の取扱いおよび複製チューブなしの、および複製チューブ由来の血液試料からのRNA単離を行った。材料と方法の項で記載のように、全RNA試料の転写物レベルを、反応へのテンプレート入力量に正規化したFOS、IL1B、IL8、およびTP53のモノプレックスアッセイを使ったリアルタイムRT−PCRにより分析した。結果を図7〜10に示す。転写物の量を反映している得られたCT値を直接比較した。室温での血液試料インキュベーションにより影響を受けない相対的転写物レベルを一定のCT値により表し、転写物の増加(例えば、遺伝子誘発による)をより低いCT値で、および転写物の減少(例えば、遺伝子抑制による)をより高いCT値で表した。図から分かるように、一級カルボン酸アミドのアセトアミドも転写物レベルの安定化に極めて効果的であった。
実施例2で記載のように試料を調製し処理したが、血液試料および安定化剤を含む組成物中の2%(w/v)のN−メチルアセトアミドを安定化剤として使用した。結果を図11〜14に示す。図から分かるように、二級カルボン酸アミドのN−メチルアセトアミドは、3日間まで転写物レベルの安定化に効果的であった。
材料と方法
種々の一級および二級カルボン酸アミドの、細胞含有生物試料、この場合は全血試料を安定化する能力を単独でまたはカスパーゼ阻害剤と組み合わせて試験した。下記実施例から分かるように、一級および二級カルボン酸アミドは、血液試料を効率的に安定化することが明らかになり、特に、安定化血液試料中に含まれる細胞からのゲノムDNAの放出を抑制することが明らかになった。このように、カルボン酸アミドは、細胞外核酸集団を安定化することができた。さらに、一級および二級カルボン酸アミドをカスパーゼ阻害剤と組み合わせて使用することにより、好都合にも、達成された安定化効果が改善されたことが見出された。それぞれの組み合わせにより長期の安定化効果が得られ、さらに、異なるドナーから採取された血液試料で達成された安定化効果の変動がより小さいことが示された。このことは、それが、細胞外核酸集団を保存する血液試料に対する均一で信頼性の高い安定化方法を提供するので、重要な利点である。
ドナーから採取した血液を、10mlのK2 EDTAチューブ(BD)に採取した。4.5mlのそれぞれ採取した血液を0.9mlの種々の安定化溶液と混合した(下記の試験した安定化溶液の詳細に関する実施例を参照)。
血液含有チューブを4回反転させることによって、安定化された血液試料および安定化されていない(EDTA)血液試料から血漿を生成した。その後、チューブを1900xg、4℃で10分間遠心分離した。血漿画分2.5mlを、新しい15mlのfalconチューブに移し、16,000xg、4℃で10分間、遠心分離した。メーカーの取扱説明書に従って、QIAamp循環核酸キット(QIAGEN)を使用して細胞外核酸を単離するために、2mlのそれぞれに清澄化された血漿を使用した。
18SリボソームDNA:66bpアンプリコン
18SリボソームDNA:500bpアンプリコン
を標的とする2つの異なるqPCRアッセイを使って単離細胞外DNAを分析した。
後に記載の実施例に対応する図は、18S rRNA遺伝子の異なるアンプリコン長さを使った場合の、異なる安定化溶液での時点0に対するDNAの増加(倍数変化)を示す。バーは、条件および試験時点毎の3通りの試料の平均を示す。
実施例4では、血液試料の安定化のために、異なる濃度のホルムアミドを単独でまたはカスパーゼ阻害剤と組み合わせて使用した。分析の狙いは18S rDNAの増加を分析することにより決定される細胞外核酸集団の安定化であった。IIの材料と方法の項で記載のように試料の安定化および処理を行った。
カスパーゼ阻害剤を含まない安定化溶液には、種々の濃度のホルムアミドおよびEDTAを含めた。これらの安定化溶液を血液試料に添加すると、次の血液/安定化溶液混合物中の最終濃度が得られた:
7.2mg/mlのK2 EDTAおよび種々の濃度のホルムアミド(詳細は図を参照)。
これらの安定化溶液には、種々の濃度のホルムアミド、カスパーゼ阻害剤およびEDTAを含めた。これらの安定化溶液を血液試料に添加すると、次の血液/安定化溶液混合物中の最終濃度が得られた:
7.2mg/mlのK2 EDTA、1μMのキノリン−Val−Asp−CH2−OPH(カスパーゼ阻害剤)および種々の濃度のホルムアミド(詳細は図を参照)。
実施例5では、血液試料を安定化するために、種々の濃度のアセトアミドをカスパーゼ阻害剤と組み合わせて使用した。分析の狙いは18S rDNAの増加を分析することにより決定される細胞外核酸集団の安定化であった。IIの材料と方法の項で記載のように試料の安定化および処理を行った。
7.2mg/mlのK2 EDTA、1μMのキノリン−Val−Asp−CH2−OPH(カスパーゼ阻害剤)および種々の濃度のアセトアミド(詳細は図を参照)。
実施例6では、血液試料を安定化するために、種々の濃度のプロパンアミドをカスパーゼ阻害剤と組み合わせて使用した。分析の狙いは18S rDNAの増加を分析することにより決定される細胞外核酸集団の安定化であった。IIの材料と方法の項で記載のように試料の安定化および処理を行った。
7.2mg/mlのK2 EDTA、1μMのキノリン−Val−Asp−CH2−OPH(カスパーゼ阻害剤)および種々の濃度のプロパンアミド(詳細は図を参照)。
実施例7では、血液試料の安定化のために、種々の濃度のブタンアミドを単独でまたはカスパーゼ阻害剤と組み合わせて使用した。分析の狙いは18S rDNAの増加を分析することにより決定される細胞外核酸集団の安定化であった。IIの材料と方法の項で記載のように試料の安定化および処理を行った。
カスパーゼ阻害剤を含まない安定化溶液には、種々の濃度のブタンアミドおよびEDTAを含めた。これらの安定化溶液を血液試料に添加すると、次の血液/安定化溶液混合物中の最終濃度が得られた:
7.2mg/mlのK2 EDTAおよび種々の濃度のブタンアミド(詳細は図を参照)。
これらの安定化溶液には、種々の濃度のブタンアミド、カスパーゼ阻害剤およびEDTAを含めた。これらの安定化溶液を血液試料に添加すると、次の血液/安定化溶液混合物中の最終濃度が得られた:
7.2mg/mlのK2 EDTA、1μMのキノリン−Val−Asp−CH2−OPH(カスパーゼ阻害剤)および種々の濃度のブタンアミド(詳細は図を参照)。
実施例8では、血液試料を安定化するために、種々の濃度のN−メチルホルムアミドをカスパーゼ阻害剤と組み合わせて使用した。分析の狙いは18S rDNAの増加を分析することにより決定される細胞外核酸集団の安定化であった。IIの材料と方法の項で記載のように試料の安定化および処理を行った。
7.2mg/mlのK2 EDTA、1μMのキノリン−Val−Asp−CH2−OPH(カスパーゼ阻害剤)および種々の濃度のN−メチルホルムアミド(詳細は図を参照)。
実施例9では、血液試料を安定化するために、種々の濃度のN−メチルアセトアミドをカスパーゼ阻害剤と組み合わせて使用した。分析の狙いは18S rDNAの増加を分析することにより決定される細胞外核酸集団の安定化であった。IIの材料と方法の項で記載のように試料の安定化および処理を行った。
7.2mg/mlのK2 EDTA、1μMのキノリン−Val−Asp−CH2−OPH(カスパーゼ阻害剤)および種々の濃度のN−メチルアセトアミド(詳細は図を参照)。
Claims (44)
- 細胞含有生物試料を、少なくとも1つのカルボン酸アミドと接触させることによって前記試料を安定化するための方法であって、前記カルボン酸アミドが一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択され、好ましくは、前記細胞含有生物試料および少なくとも1つの前記カルボン酸アミドを含む得られた組成物が少なくとも0.25%の濃度の前記カルボン酸アミドを含む、方法。
- 前記安定化が、細胞内RNAの安定化をもたらし、および/または前記細胞含有試料に含まれる細胞外核酸集団が安定化される、請求項1に記載の方法。
- 前記方法が細胞溶解に基づかず、前記安定化が、タンパク質−核酸および/またはタンパク質−タンパク質架橋を誘発する架橋剤の使用を含まず、またホルムアルデヒド放出剤の使用を含まない、請求項1または2に記載の方法。
- 一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択される前記カルボン酸アミドが、式1:
- 前記細胞含有試料が、ホルムアミド、アセトアミド、プロパンアミドおよびブタンアミドからなる群より選択される少なくとも1つの一級カルボン酸アミド、好ましくはブタンアミドと接触させられる、請求項1〜4の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記細胞含有生物試料が、N−アルキルホルムアミド、N−アルキルアセトアミド、およびN−アルキルプロパンアミドからなる群より選択される、好ましくは、N−メチルホルムアミド、N−メチルアセトアミドおよびN−メチルプロパンアミドから選択される少なくとも1つの二級カルボン酸アミドと接触させられる、請求項1〜5の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記細胞含有生物試料を、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択される少なくとも1つの前記カルボン酸アミドと接触させて得られる混合物が、前記カルボン酸アミドを、少なくとも0.1%、少なくとも0.25%、少なくとも0.5%、少なくとも0.75%、少なくとも1%、少なくとも1.25%、少なくとも1.5%、または少なくとも2%の濃度で含む、請求項1〜6の1項またはそれより多くの項、特に請求項5または6に記載の方法。
- 前記細胞含有試料が血液試料であり、追加で抗凝固剤と接触させられる、請求項1〜7の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記細胞含有試料中に存在する核酸の分解が、前記安定化により低減される、請求項1〜8の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 細胞内RNAが安定化される、請求項1〜9の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記試料に含まれる細胞中のトランスクリプトームおよび/または転写物レベルが安定化される、請求項1〜10の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- c−fos、IL−1β、IL−8およびp53から選択される1つまたはそれを超えるマーカー遺伝子の転写物レベルが、安定化時に、少なくとも24時間、好ましくは少なくとも48時間安定化される、請求項11に記載の方法。
- 前記細胞含有試料中に含まれる細胞外核酸集団を安定化するために適する、請求項1〜9の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記試料中に含まれる細胞から前記試料の無細胞の部分へのゲノムDNAの放出が低減される、請求項13に記載の方法。
- 以下の特徴:
a)前記安定化が、安定化された前記試料から細胞の単離を可能とする;
b)前記細胞含有試料が血液試料であり、白血球が安定化される;
c)細胞の形態が保存される;
d)有核細胞の形態が保存される;
e)前記試料が血液試料であり、含まれるリンパ球および/または単球が安定化される;
f)細胞表面エピトープが保存される;および/または
g)細胞表面タンパク質が保存される、
のうちの1つまたはそれより多くを有する、請求項1〜14の1項またはそれより多くの項に記載の方法。 - 前記細胞含有試料が、安定化のために追加でアポトーシス阻害剤と接触させられる、請求項1〜15の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記アポトーシス阻害剤が、カスパーゼ阻害剤、好ましくは汎カスパーゼ阻害剤である、請求項16に記載の方法。
- 前記細胞含有試料が、好ましくはポリエチレングリコールである少なくとも1つのポリ(オキシエチレン)ポリマーと追加で接触させられる、請求項1〜17の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 以下の特徴:
a)一級または二級カルボン酸アミドである少なくとも1つの前記カルボン酸アミドおよび任意の追加の添加物が安定化組成物に含まれ、前記安定化組成物と特定の体積の前記細胞含有試料との体積比が、10:1〜1:20、5:1〜1:15、1:1〜1:10および1:2〜1:5から選択される;
b)安定化された前記細胞含有試料が、核酸分析および/または検出方法に供される;
c)細胞内および/または細胞外核酸が安定化された前記試料から単離され、単離された前記核酸が分析および/または検出される;
d)安定化された前記試料中に含まれる細胞が除去される;および/または
e)(i)安定化された前記細胞含有生物試料、(ii)細胞が除去されている安定化された前記試料および/または(iii)前記試料から除去された細胞、が貯蔵される、
のうちの1つまたはそれより多くを有する、請求項1〜18の1項またはそれより多くの項に記載の方法。 - 細胞が、安定化された前記試料から除去され、好ましくは除去された細胞が分析され、および/または核酸またはタンパク質などの生体分子が、除去された細胞から単離される、請求項1〜19の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- RNAが、安定化された前記試料中に含まれる細胞から単離される、請求項1〜20の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記細胞含有試料が、式1:
- 以下の特徴:
a)式1に従う前記三級アミドが、カルボン酸アミドである;
b)式1に従う前記三級アミドが、N,N−ジアルキルプロパンアミド、好ましくは、N,N−ジメチルプロパンアミドである;
c)式1に従う前記三級アミドが、N,N−ジメチルホルムアミド、N,N−ジメチルアセトアミド、N,N−ジメチルプロパンアミド、N,N−ジメチルブタンアミドからなる群より選択される、
のうちの1つまたはそれより多くを有する、請求項22に記載の方法。 - 前記細胞含有生物試料が、少なくとも1つの式1に従う一級または二級カルボン酸アミドおよび三級アミドならびに安定化のために使用される追加の任意の添加物と接触させられた後、得られた混合物が、
i)少なくとも0.1%、少なくとも0.25%、少なくとも0.5%、少なくとも0.75%、少なくとも1%、少なくとも1.25%または少なくとも1.5%の濃度;および/または
ii)0.1%〜30%、0.25%〜20%、0.5%〜15%、0.7%〜10%、0.8%〜7.5%、0.9%〜6%または1%〜5%の範囲
の濃度の式1に従う前記三級アミドを含む、請求項22または23に記載の方法。 - 生物試料から核酸を単離するための方法であって、
a)請求項1〜24の1項またはそれより多くの項に記載の方法により細胞含有試料を安定化するステップと、
b)安定化された前記試料から核酸を単離するステップと、
を含む、方法。 - ステップb)が、細胞内核酸、好ましくは細胞内RNAを単離することを含む、請求項25に記載の方法。
- 安定化された前記試料から細胞を除去するステップ、および除去された前記細胞から核酸を単離するステップを含む、請求項26に記載の方法。
- ステップb)が、細胞外核酸を単離することを含む、請求項25〜27の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 細胞が、残存する試料から分離され、ステップb)において、細胞外核酸が、前記残存する試料から単離され、および/または細胞内核酸が、除去された前記細胞から単離される、請求項25〜28の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 前記試料が血液である、請求項25〜29の1項またはそれより多くの項に記載の方法。
- 単離された前記核酸が、さらなるステップc)で処理および/または分析され、好ましくは、
i)修飾される;
ii)少なくとも1つの酵素と接触させられる;
iii)増幅される;
iv)逆転写される;
v)クローン化される;
vi)配列決定される;
vii)プローブと接触させられる;
viii)検出される;
ix)定量される;
ix)同定される;および/または
x)遺伝子発現プロファイリング用に分析される、
請求項25〜30の1項またはそれより多くの項に記載の方法。 - 細胞含有生物試料の安定化に適する組成物であって、以下:
a)少なくとも1%の濃度の、少なくとも1つのカルボン酸アミドであって、前記カルボン酸アミドが、一級カルボン酸アミドおよび二級カルボン酸アミドから選択される、カルボン酸アミドと、
b)少なくとも1つの抗凝固剤と、
を含む、組成物。 - 一級および二級カルボン酸から選択される少なくとも1つの前記カルボン酸アミドが、請求項4、5または6に記載される特徴を有する、請求項32に記載の組成物。
- 前記抗凝固剤がキレート化剤、好ましくはEDTAである、請求項32または33に記載の組成物。
- 前記細胞含有試料が血液試料である、請求項32〜34の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。
- 請求項22または23に記載される少なくとも1つの三級アミドを含む、請求項32〜35の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。
- 少なくとも1つのアポトーシス阻害剤、好ましくはカスパーゼ阻害剤、より好ましくは汎カスパーゼ阻害剤を含み、好ましくは前記汎カスパーゼ阻害剤が、Q−VD−OPhおよびZ−Val−Ala−Asp(OMe)−FMKからなる群より選択され、前記カスパーゼ阻害剤が、好ましくはQ−VD−OPhである、請求項32〜36の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。
- 含まれる細胞の遺伝子転写プロファイルを安定化することができ、および/または細胞含有試料中に含まれる細胞外核酸集団を安定化することができる、請求項32〜37の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。
- 以下の特徴:
a)前記組成物は、細胞を安定化し、前記細胞含有生物試料中に含まれる細胞から前記試料の無細胞の部分へのゲノムDNAの放出を低減させることができる;
b)前記組成物は、安定化された試料中に含まれる細胞由来のゲノムDNAによる前記生物試料中に含まれる細胞外DNA集団の希釈を減らすことができる;
c)前記組成物は、安定化された前記試料中に含まれる細胞由来の細胞内核酸による前記生物試料中に含まれる前記細胞外核酸集団の希釈を減らすことができる;
d)安定化組成物は、添加物を、前記添加物が細胞溶解を誘発または促進する濃度で含まない;
e)前記安定化組成物は、タンパク質−DNAおよび/またはタンパク質−タンパク質架橋を誘発する架橋剤を含まない;
f)前記安定化組成物は、ホルムアルデヒド、ホルマリン、パラホルムアルデヒド、またはホルムアルデヒド放出剤を含まない;
g)前記安定化組成物は毒性作用物質を含まない;
h)前記安定化組成物は、冷蔵せずに、好ましくは室温で、少なくとも2日間、少なくとも3日間、少なくとも2日〜3日間、少なくとも2日〜6日間、および/または少なくとも2日〜7日間から選択される期間、前記細胞含有生物試料中に含まれる細胞外核酸集団を安定化することができる;および/または
i)前記安定化組成物は、少なくとも1つのポリ(オキシエチレン)ポリマー、好ましくはポリエチレングリコールを含む、
のうちの1つまたはそれより多くを有する、請求項32〜38の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。 - 前記安定化組成物と血液試料との接触時に、c−fos、IL−1β、IL−8およびp53から選択される1つまたはそれを超えるマーカー遺伝子の転写物レベルが、安定化時に、少なくとも48時間安定化され、好ましくは、前記安定化組成物と前記細胞含有試料との体積比が、10:1〜1:20、5:1〜1:15、1:1〜1:10および1:2〜1:5から選択される、請求項32〜39の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。
- 前記試料が血液試料であり、白血球、好ましくはリンパ球の形態および/または細胞表面エピトープが保存される、請求項32〜40の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。
- 前記安定化組成物が、生物試料との混合物として提供される、請求項41に記載の組成物。
- 前記安定化組成物が、生物試料との混合物として提供され、前記試料が、以下の特徴:
a)前記試料は細胞外核酸を含む;
b)前記試料は全血である、
のうちの1つまたはそれより多くを有する、請求項32〜42の1項またはそれより多くの項に記載の組成物。 - 請求項1〜24の1項またはそれより多くの項に記載の安定化方法における、請求項32〜43の1項またはそれより多くの項に記載の組成物の使用。
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