JP2015536146A - 細胞特異的に有効な新規ヌクレオチド分子及び該分子使用のための投与キット - Google Patents

細胞特異的に有効な新規ヌクレオチド分子及び該分子使用のための投与キット Download PDF

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Abstract

細胞特異的に有効なヌクレオチド分子及び該分子使用のための投与キット。本発明の目的は、長い核酸分子の生物学的機能が化学修飾により確実に不活性化され、且つ細胞特異的に完全に回復され得るよう、長い核酸分子を修飾することにある。本発明によれば、複数のペプチド又はポリマーがヌクレオチド分子に結合して、該ヌクレオチド分子の空間的構造が著しく変化することにより、該ヌクレオチド分子の生物学的機能がもはや確保されない、或いは通常であれば核酸に付加する分子が核酸に進入できなくなる。これら分子は核酸の導入による細胞特異的な細胞への影響化に特に用いられる。【選択図】図1

Description

本発明は、特定の細胞において遺伝子の発現が意図的に誘起又は低減され得る、ヌクレオチドに基づく新しい生物学的に有効な分子、並びに該分子を使用するための投与キットに関する。
細胞に核酸を導入することにより、これらの細胞に導入されたDNA配列にコードされる遺伝子又は遺伝子セグメント、タンパク質又はタンパク質断片、及び短鎖ペプチド又は長鎖ペプチドが生成される。また、干渉RNA分子を導入する場合には、RNAと相補的な遺伝子セグメントの発現が特異的に抑制されるようになる。とりわけ、遺伝子発現の阻害はsiRNA(short interfering RNA)又はmiRNA(microRNA)の導入によって達成される。siRNA分子は通常の方法で活性化された後に標的遺伝子のmRNAと相互作用して、特異的エンドリボヌクレアーゼと共に「RISC」(RNA誘導サイレンシング複合体)と呼ばれるRNAタンパク質複合体を形成する。RISC複合体は標的mRNAに結合し、エンドヌクレアーゼは標的mRNAを切断する。このようにして遺伝子発現が阻害され、ひいては標的タンパク質の生成が阻害される。
短い(19〜23bp)二本鎖RNA分子(siRNA)を真核細胞に導入することにより、標的遺伝子のmRNAの配列セグメントに対して特異的に遺伝子発現を阻害することは既に報告されている(エルバシル・SMら、「培養哺乳類細胞のRNA干渉を媒介する21ヌクレオチドRNAの二重らせん」、ネイチャー、2001年5月24日、411(6836)、p.494〜8;リュウ・Yら、「ペプチド核酸による細胞遺伝子発現の効率的イソ型選択的阻害」、バイオケミストリー、2004年2月24日、43(7)、p.1921〜7;米国特許第5,898,031 A明細書;米国特許第7,056,704 B2明細書)。
このような分子を用いると、遺伝子の転写及びmRNAの生成は阻害されないが、siRNAによって標的mRNAを分解するという標的細胞固有のメカニズムが誘起される。最終的に、上述のように、他の遺伝子の発現を損ねることなく特定のタンパク質の生成が抑制される(転写後遺伝子サイレンシング)。
現在siRNAの使用に際しては、ある種の細胞の特定な遺伝子の発現のみを抑制することが通常求められている。その場合、複数の遺伝子が同時に又は非特異的に遮断される効果は望まれないため、siRNAの配列はこれらの効果をもたらさないように形成される。
また、siRNAを増強して標的組織の細胞にin vivo導入する方法(イケダら、「リガンドを標的とした治療用siRNAのデリバリー」、ファーマシューティカルリサーチ、23巻8号、2006年8月)や、細胞特異的に分解される短鎖ペプチドを結合することによって細胞特異性を達成する方法(WO2008/098569A2)が開発されている。これら修飾されたsiRNA分子の使用により、特定の細胞において選択的に遺伝子発現を低減又は阻止することができる。
しかしながらこれらの方法では、意図した核酸の効果を得るために核酸配列の長さは短く制限されている。長い配列とすると分子が不安定となり、標的細胞に効果的に導入できないという問題点がある。従来行われている長い核酸の末端への短鎖ペプチドの結合とその細胞特異的な分解においては、狙いとする細胞特異的な効果が得られないことが普通である。それは、ペプチドが長いRNA配列又はDNA配列の末端に結合しても十分な不活性化に至らないからである。
米国特許第5,898,031 A明細書 米国特許第7,056,704 B2明細書 WO2008/098569A2
エルバシル・SMら、「培養哺乳類細胞のRNA干渉を媒介する21ヌクレオチドRNAの二重らせん」、ネイチャー、2001年5月24日、411(6836)、p.494〜8 リュウ・Yら、「ペプチド核酸による細胞遺伝子発現の効率的イソ型選択的阻害」、バイオケミストリー、2004年2月24日、43(7)、p.1921〜7 イケダら、「リガンドを標的とした治療用siRNAのデリバリー」、ファーマシューティカルリサーチ、23巻8号、2006年8月 カワイ及びアキラ、Ann N Y Acad Sci 1143:p.1〜20(2008年) シュレーら、Immunol Rev.、227(l):p.66〜74(2009年)
本発明の目的は、長い核酸分子の生物学的機能が化学修飾により確実に不活性化され、且つ細胞特異的に完全に回復され得るように、長い核酸分子を修飾することである。
本発明によれば、複数のペプチド又はポリマーがヌクレオチド分子に結合して、これらのヌクレオチド分子の空間的構造が著しく変化することにより、これら分子の生物学的機能がもはや確保されないか、或いは通常核酸に付加できる分子が核酸に進入できなくなる。
本発明の目的は、細胞に導入するための22塩基長以上の一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子によって解決される。これらのヌクレオチド分子には少なくとも1個のペプチド又はポリマーが結合しているため、不活性化されている。これらペプチド又はポリマーはヌクレオチド分子の生物学的効果を阻害し、且つ酵素によって分解されることにより生物学的効果が再び誘起されることを特徴とする。一実施形態においては、ヌクレオチド分子を阻害するために、少なくとも1個のペプチド又はポリマーが該ヌクレオチドの末端の間で結合され得る。他の実施形態においては、ヌクレオチド分子を阻害するために、少なくとも1個のペプチドが、該ヌクレオチドの両末端が互いに結合されるようにヌクレオチドの主鎖部分に結合され得る。更に他の実施形態においては、ヌクレオチド分子を阻害するために、少なくとも1個のペプチド又はポリマーがヌクレオチドの末端の間で、且つヌクレオチドの両末端が互いに結合されるようにヌクレオチドの主鎖部分に結合される構成も提供される。
本発明は根本的に、特に上述の意味において、長い核酸分子の生物学的機能が化学修飾により確実に不活性化され、且つ細胞特異的に完全に回復され得るように、長い核酸分子が形成されていることに基づいている。本発明に関連して「長いヌクレオチド分子」又は「長い核酸分子」という概念には22塩基長以上のものだけが包含されるのではなく、特に24塩基長以上のヌクレオチド分子又は核酸分子も包含されている。好ましくは、26塩基長以上のヌクレオチド分子又は核酸分子である。他の好適な実施形態において、本発明に係る長い核酸分子は、それらの生物学的機能が確実に不活性化され、且つ細胞特異的に完全に回復され得るように化学修飾により修飾されており、これらの核酸分子又はヌクレオチド分子の長さは31塩基以上、41塩基以上、51塩基以上又はそれ以上である。
本発明は更に、細胞に導入するための一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子であって、ヌクレオチド分子がその不活性化のために少なくとも1個のペプチド又はポリマーに結合されており、このペプチド又はポリマーはヌクレオチド分子の生物学的効果を阻害し、且つ酵素によって分解され得ることにより生物学的効果が再び誘起され、23〜10000塩基長の範囲にある分子が提供される。
特に好ましくは、本発明に係るヌクレオチド分子又は核酸分子は23塩基長、25塩基長、30塩基長、40塩基長、又は50〜100塩基長の範囲、特に23〜100塩基長の範囲にある。通常、これらの塩基長はshRNA、miRNA及びアンチセンスヌクレオチドの群に属するヌクレオチド分子又は核酸分子に見いだされるが、これらに制限されない。
他の好適な実施形態においては、細胞に導入するための一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子であって、ヌクレオチド分子がその不活性化のために少なくとも1個のペプチド又はポリマーに結合されており、このペプチド又はポリマーはヌクレオチド分子の生物学的効果を阻害し、且つ酵素によって分解され得ることにより生物学的効果が再び誘起されることを特徴とする、100〜2000塩基長の範囲にある分子が提供される。通常、これらの塩基長は合成mRNA、シュピーゲルマー及びアプタマーの群に属するヌクレオチド分子又は核酸分子に見いだされるが、これらに制限されない。
更に他の好適な実施形態においては、細胞に導入するための一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子であって、ヌクレオチド分子がその不活性化のために少なくとも1個のペプチド又はポリマーに結合されており、このペプチド又はポリマーはヌクレオチド分子の生物学的効果を阻害し、且つ酵素によって分解され得ることにより生物学的効果が再び誘起されることを特徴とする、2000〜10000塩基長の範囲にある分子が提供される。通常これらの塩基長さはmRNA等のヌクレオチド分子又は核酸分子に見いだされるが、これらに制限されない。
短いヌクレオチド分子がペプチド又はポリマーの結合により生物学的に不活性化され、その原因がペプチドの構造に帰せられる従来の方法とは異なり、本発明においては、ペプチド又はポリマーは、ヌクレオチドの構造が変化することによってヌクレオチドの生物学的活性が阻害されるように形成される。ペプチド又はポリマーが特異的酵素によりヌクレオチドから分離されると、これらのヌクレオチドは最初の構造に戻り、それらの通常の生物学的活性を発揮する。
特異的酵素による分解は、これらの酵素が細胞の特異的な病態又は発達状態(特に細胞周期又は幹細胞における分化)において、特定の細胞種又は細胞の病的変化(特に変性又は感染)に特異的に、或いは遺伝子型特異的に活性を示すことによって誘起される。更に、この特異的分解は、特定の酵素の検出の目的、或いは上述の使用において行うことができる。
この場合、特異的酵素の例としては、プロテアーゼ又はペプチダーゼ(カスパーゼ、アミノペプチダーゼ又はセリンプロテアーゼ、具体的にはカスパーゼ−1、カスパーゼ−2、カスパーゼ−3、カスパーゼ−4、カスパーゼ−5、カスパーゼ−6、カスパーゼ−7、カスパーゼ−8、KLK4、PLAP、IRAP、uPA、FAP−α又はウイルスプロテアーゼ、例えばHIVプロテアーゼ、コクサッキーウイルスプロテアーゼ、エプスタイン・バーウイルスプロテアーゼ、A型、B型及びC型肝炎ウイルスプロテアーゼ)、ヌクレアーゼ、グリコシダーゼ、サッカラーゼ及びキチナーゼが挙げられる。
上述のペプチド又はポリマーが、例えばマイクロ(mi)RNAに結合すると、通常発生する三次元構造が配列相同性により変化するようになる。ペプチド又はポリマーがmRNAに結合する際に、例えば翻訳のためにリボソームがmRNAに付加するための開始部位が覆われて、mRNAにコ―ドされるタンパク質が発現しないようになる。
この場合、ペプチド又はポリマーの結合部位はヌクレオチド分子の末端に制限されず、ヌクレオチドの糖分子、リン酸又は有機塩基のいずれでも行われ得る。
上述のように、本発明の一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子の本質は、特定の核酸分子又はヌクレオチド分子に限定されない。従って本発明によれば、一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子はmRNA、DNA、shRNA又はPNAであることができる。本発明に係る一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子は、アプタマー又はシュピーゲルマーであることができる。他の実施形態においては、本発明による一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子は免疫刺激性RNAであり得る。更に、本発明による一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子は上述の単独のヌクレオチド分子種の形で提供されるのみでなく、好適な実施形態においては、本発明による一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子の単独の種(mRNA、DNA、shRNA、PNA、免疫刺激性RNA、アプタマー及び/又はシュピーゲルマー)の混合物又は混合形態としても提供される。
「アプタマー」の概念は、三次元構造を介して特異的分子を結合できる短い一本鎖DNA又はRNAオリゴヌクレオチドを包含する。「シュピーゲルマー」の概念はL−リボ核酸アプタマー(略してL−RNAアプタマー)を包含する。L−リボ核酸アプタマーは、非天然型L−リボヌクレオチドから構成されたリボ核酸(RNA)類似の分子である。これらは人工的オリゴヌクレオチド及び天然型オリゴヌクレオチドの立体化学的鏡像である。従ってL−リボ核酸アプタマーはアプタマーの特殊な形態をなしており、これらの特異的分子のように三次元構造を介して結合できる。L−リボ核酸アプタマーは「シュピーゲルマー」の登録商標として知られている。
本発明における免疫刺激性RNAとは、細胞固有の分子複合体、例えばRIG−I(RIG−I(「レチノイン酸誘導性遺伝子I」)は、RIG−I様受容体(RLR)のファミリーに属するRIG−I様受容体dsRNAヘリカーゼ酵素である)と相互作用できるRNA分子として理解される。相互作用によりシグナル形質導入鎖が活性化され、及び/又は免疫反応及び/又はアポトーシスが誘発される(カワイ及びアキラ、Ann N Y Acad Sci 1143:p.1〜20(2008年)及びシュレーら、Immunol Rev.、227(l):p.66〜74(2009年)を参照)。これらの免疫刺激性RNAは更に5′−三リン酸によって特徴付けられる。
生物学的に有効なヌクレオチド分子を使用及び投与するための投与キットは、少なくとも次の要素からなることが有利である。
−生物学的に有効な分子を含み、且つ他のものも含むことができる少なくとも1本のアンプル(アンプルA)
−トランスフェクションシステム、例えば細胞透過性ペプチド、ナノ粒子、ポリエチレンイミン又は脂質を含む少なくとも1本の他のアンプル(アンプルB)
−生物学的に有効な分子に結合するための他の構成要素又はトランスフェクションシステムを含む少なくとも1本の他のアンプル(アンプルC)
−アンプルA、B及びCの内容物に対する希釈バッファー及び反応バッファー
−アンプル内容物からなる混合物を、標的細胞を含む媒体に注入するためのカニューレを備える1本以上のプローブ若しくは注射器及びその他の必要な器材
−使用又は投与のための使用説明書
以下、本発明を図面に示された実施例に基づいて詳細に説明する。
公知の方法で生物学的分子又は分子複合体、例えばリボソーム(2)に付加し、それによって生物学的プロセスを誘起するmRNA(la)の例示的な概略図。更に、例えばペプチド(3a)によるmRNA(lb)の修飾が示されており、この修飾により生物学的分子又は分子複合体、例えばリボソーム(2)の付加が、ひいては生物学的プロセスの誘起が阻害される。ペプチド(3a)が再びmRNAから分離されると、生物学的分子又は分子複合体(2)は再び公知の形でmRNA(la)に付加して公知の生物学的プロセスを誘起する。 公知の方法で生物学的分子又は分子複合体、例えばリボソーム(2)に付加し、それによって生物学的プロセスを誘起するmRNA(la)の例示的な概略図。更に、例えばペプチド(3b)によるmRNA(lb)の修飾が示されており、この修飾によりmRNAの空間的構造が変化して、生物学的分子又は分子複合体、例えばリボソーム(2)の付加が、ひいては生物学的プロセスの誘起が阻害される。このプロセスはランダム又は適宜設計された相同性によりRNAの二本鎖が生成されることによって助長される。ペプチド(3b)が再び部分的に又は完全にmRNAから分離されると、再びmRNAの空間的構造が変化して、生物学的分子又は分子複合体(2)は再び公知の方式でmRNA(la)に付加して公知の生物学的プロセスを誘起する。
図1にmRNA(la)に基づくメカニズムの一例を示す。通常、例えばリボソーム(2)がmRNAに付加することにより、生物学的プロセス(リボソームの場合は翻訳)が誘起される。結合されたペプチド(3a)によるmRNA(lb)の修飾によって、例えばリボソーム(2)の付加が阻害される。リボソーム(2)の場合、このmRNA(lb)の翻訳は起こり得ない。ペプチド(3a)が例えば酵素によって分解されると、リボソーム(2)のmRNA(la)への付加はもはや阻害されず、通常の生物学的プロセス(リボソームの場合は翻訳)が起こる。その際、リボソームの開始部位又はmRNAの他の部位へのペプチド(3a)の結合が起こり得る。結合部位に応じてリボソーム(2)の付加又はmRNAの完全な転写が阻害される。しかし、ペプチドが結合するとmRNAの通常の生物学的機能はもはや達成されない。
図2に、mRNA(la)に基づく可能なメカニズムの他の一例を示す。この場合、通常、例えばリボソーム(2)がmRNAに付加することにより、生物学的プロセス(リボソームの場合は翻訳)が誘起される。結合されたペプチド(3b)によるmRNA(lc)の修飾によってmRNAの空間的構造が変化して、リボソーム(2)の付加が阻害される。リボソーム(2)の場合、mRNA(lC)の翻訳は起こり得ない。ペプチド(3b)が例えば酵素によって分解されると、リボソーム(2)のmRNA(la)への付加はもはや阻害されず、通常の生物学的プロセス(リボソームの場合は翻訳)が起こる。
標的細胞における毒性タンパク質生成の誘起:
RNAは、その配列が毒性タンパク質又はペプチドの1以上のセグメントに対して、或いは全毒性タンパク質又はペプチドをコーヂするよう選択することができる。例としては、細菌性毒素、例えばジフテリア、アントラックスA、アントラックスB、ボツリヌストキシン又は高等生物(イモガイ、ヘビ、トカゲ、昆虫、クモ、サソリ)の毒素が挙げられる。
標的細胞におけるアレルゲン生成の誘起:
特に細胞表面におけるアレルゲンの発現を引き起こす輸送配列と組み合わせると、アレルゲンが免疫系に進入できるようになる。アレルゲンをHLA配列(特に配列に前後して)、或いはHLA配列内部の一部位に組み合わせることにより、アレルゲンとHLAが共に細胞表面に発現されることが特に好ましい。アレルゲンとしては、非ヒトアレルゲン(例えばアンブロシア)が特に好適である。
例えば組織又は器官の移植後に免疫寛容を誘起するため、細胞表面に発現するHLAタンパク質の生成の特異的誘起(移植医療)。
1 mRNA
1a、1b 阻害されたmRNA
2 リボソーム
3a、3b ペプチド

Claims (13)

  1. 細胞に導入するための22塩基長以上の一本鎖又は二本鎖ヌクレオチド分子であって、前記ヌクレオチド分子が該分子不活性化のために少なくとも1個のペプチド又はポリマーに結合されており、前記ペプチド又はポリマーは前記分子の生物学的効果を阻害し、且つ酵素によって分解され得ることにより生物学的効果が再び誘起されることを特徴とするヌクレオチド分子。
  2. 前記ヌクレオチド分子を阻害するために、プロテアーゼの分解配列を含む少なくとも1個のペプチドが結合されることを特徴とする、請求項1に記載のヌクレオチド分子。
  3. 前記ヌクレオチド分子を阻害するために、少なくとも1個のペプチドが、ヌクレオチドの両末端が互いに結合されるように該ヌクレオチドの主鎖部分に結合されることを特徴とする、請求項2に記載のヌクレオチド分子。
  4. 前記ヌクレオチド分子を阻害するために、少なくとも1個のペプチドがヌクレオチドの末端の間で結合されることを特徴とする、請求項2に記載のヌクレオチド分子。
  5. 前記ヌクレオチド分子を阻害するために、酵素によって分解され得る少なくとも1個のポリマーが結合されることを特徴とする、請求項1に記載のヌクレオチド分子。
  6. 前記ヌクレオチド分子を阻害するために、酵素によって分解され得る、少なくとも1個のポリマーと少なくとも1個のペプチドとの組合せが結合されることを特徴とする、請求項1に記載のヌクレオチド分子。
  7. 前記ヌクレオチド分子はmRNAであることを特徴とする、請求項1〜5のいずれか一項以上に記載のヌクレオチド分子。
  8. 前記ヌクレオチド分子はmiRNAであることを特徴とする、請求項1〜5のいずれか一項以上に記載のヌクレオチド分子。
  9. 前記ヌクレオチド分子はDNAであることを特徴とする、請求項1〜5のいずれか一項以上に記載のヌクレオチド分子。
  10. 前記ヌクレオチド分子はshRNAであることを特徴とする、請求項1〜5のいずれか一項以上に記載のヌクレオチド分子。
  11. 前記ヌクレオチド分子はPNAであることを特徴とする、請求項1〜5のいずれか一項以上に記載のヌクレオチド分子。
  12. 前記ヌクレオチド分子は他の修飾、特にLNAを含むことを特徴とする、請求項1〜10のいずれか一項以上に記載のヌクレオチド分子。
  13. ヌクレオチド分子を含み、且つ他のものも含み得る少なくとも1本のアンプル(アンプルA)と、
    トランスフェクションシステム、例えば細胞透過性ペプチド、ナノ粒子、ポリエチレンイミン又は脂質を含む少なくとも1本の他のアンプル(アンプルB)と、
    生物学的に有効な分子に結合するための他の構成要素又はトランスフェクションシステムを含む少なくとも1本の他のアンプル(アンプルC)と、
    アンプルAとアンプルBの内容物に対する希釈バッファー及び反応バッファーと、
    アンプル内容物からなる混合物を、標的細胞を含む媒体に注入するためのカニューレを備える1本以上のプローブ若しくは注射器及びその他の必要な器材と、
    使用又は投与のための使用説明書と、
    を少なくとも含む請求項1〜10に記載のヌクレオチド分子を使用及び投与するための投与キット。
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