JP2015530094A - 対象の肝臓癌を診断する方法及び肝臓癌を診断するためのキット - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、「METHODS OF DIAGNOSING LIVER CANCER IN A SUBJECT AND A KIT FOR DIAGNOSING LIVER CANCER」と題された2012年9月21日に出願された米国特許仮出願第61/704,425号明細書の優先権の利益を主張し、すべての目的のために、その全開示を参照により本明細書に完全に組み込む。
患者
原発性HCCを有する患者を、シンガポール国立癌センター(NCCS)での診断において動員した。中山大学癌センター肝胆道腫瘍科で、いくらかのHCC血液サンプルも収集した。慢性肝炎及び肝硬変(CHB)並びにHCCを有する患者の血液サンプルも、シンガポール総合病院消化器科の診療所に患者が訪れている間の様々な時に補充した。すべてのサンプルを、それぞれの機関審査委員会によって承認されたプロトコールに従って収集し、血液サンプルを収集する前に、インフォームドコンセントをすべての対象から得た。すべての健康な参加者は、肝臓疾患の病歴、ウイルス性肝炎及び悪性疾患がないNCCSの職員であり、口頭のインフォームドコンセントの後に血液サンプルを収集した。合計で10mlの血液をBD Vacutainer(登録商標)Plus Plastic K2 EDTAチューブ(Becton−Dickinson)に収集した。
癌性及び対応する遠位非癌性の肝組織を、HCCの根治治療として部分肝切除を受けた患者から得た。研究される癌性組織のすべては、少なくとも70%癌性であった。本研究で用いる組織サンプルのすべては、シンガポール国立癌センター組織保管機関(NCCS)の倫理委員会の方針に従って、この機関によって承認され、提供された。インフォームドコンセントを関与する患者すべてから得、研究者に提供される臨床的及び病理組織学的データのすべては、無名で与えられた。
収集6時間以内に、Ficoll−Paque PLUS(GE Healthcare)を使用する密度勾配遠心によって血液を処理した。Ficoll−Paque PLUSは、密度1.077+0.001g/mlの水溶液であり、100ml毎に、0.0231gのカルシウム二ナトリウムエチレンジアミン四酢酸と共に5.7gのFicoll400及び9gのジアトリゾ酸ナトリウムを含む。残留する赤血球を1mlのRBC溶解バッファー(BioLegend)に5分間溶解し、次いで10mlのリン酸緩衝食塩水で洗浄した。単離したPBMCを、試験するまで−80℃で保管した。PBMCサンプルが研究された患者の臨床特性を表1及び2にまとめる。
全RNAを、TRIzol試薬(Invitrogen、USA)を使用してWBCから抽出し、ND−1000 Nano−drop分光光度計(Thermo Scientific、USA)によって定量化した。RNAの完全性を、Agilent2100Bioanalyzer(Agilent、USA)によって評価した。非特許文献14に以前に記載されているように、RNA完全性数(RNA Integrity Number)(RIN)が6.7を超えるRNAサンプルのみを遺伝子マイクロアレイに使用した。以前に記載されているように(例えば、非特許文献15、非特許文献16参照)、得られた最終的なcRNAを、ジーンチップ・ヒトゲノムU133プラス2.0アレイ(Affymetrix、USA)にハイブリダイズさせた。Affymetrixマイクロアレイ・スイート・バージョン5.0によってcelファイル型式で生成されたすべてのデータを、Partek Genomicsスイート・ソフトウェア・パッケージ(Partek、USA)を使用して洗練した。
定量的PCR(q−PCR)を行って、遺伝子マイクロアレイから同定された9つの候補遺伝子を検証した。同定した遺伝子を増幅するのに使用するプライマーを図11に表し、以下の表にも示す。
血清AFPは、HCCのスクリーニング及び診断に最も一般的に使用される血清学的マーカーであり、全体的な感度は52%であり、特異性は80%である(例えば、非特許文献3参照)。50人のHCC及び50人のCHB患者という小集団を使用したトレーニングセットでは、同定した遺伝子マーカーは、92%を超える感度及び96%を超える特異性を示した。したがって、トレーニングセット/研究は、同定した遺伝子マーカーの感度をAFPの感度と比較して、CHB患者からHCCを区別するように設計した。片側検定の第1種過誤5%で90%検出力を達成するためには、109人の患者(50人のHCC及び59人のCHB)というサンプルサイズが必要であった(例えば、非特許文献17参照)。ソフトウェア「Sample Size Tables for Clinical Studiesソフトウェアプログラム・バージョン1.0」を解析に使用した。
HCC又はCHBを有する患者を4つの異なる病院で動員した。これらの患者の特性情報を(表1及び2)に列挙する。
高密度Affymetrixジーンチップ・ヒトゲノムU133プラス2.0アレイを使用して、潜在的遺伝子マーカーを末梢血WBCからスクリーニングした。28サンプル(10人のHCC、12人のCHB及び6人の健康な患者)由来の全RNA抽出物を、この初期スクリーニングステップで使用した(図1を参照されたい)。候補遺伝子マーカーを、CHB及び健康な対象と比較してHCCで差次的に発現している遺伝子から選択した(図10)。候補遺伝子マーカーを選択する際にいくつかの因子を考慮し、倍率変化(上方制御される遺伝子については>1.5、下方制御される遺伝子については<−1.5)、P値(<0.0003)を考慮した。これらの判断基準に従って9遺伝子を最終的に選択して、さらに定量的PCR(qPCR)によって検証した。
17候補遺伝子の発現レベルを、マイクロアレイスクリーニングで使用した26サンプル及びさらなる30サンプル(15人のHCC及び15人のCHB)を含む56サンプルからなる群において、q−PCRによって評価した。17候補遺伝子の中で9遺伝子が、CHB及び健康な対象と比較して、HCCにおいて有意に差がある発現レベルを示した(図10)。5つの上方制御された遺伝子及び4つの下方制御された遺伝子のROC曲線分析を表2に示す。10個すべての予測因子が0.7を超えるAUCを有しているが、TNFAIP3が最も強力な予測因子(AUCが0.943)である。5遺伝子(TNFAIP3、AREG、NFKBIA、NFKBIZ、CD83)は、HCCにおいて、対照の発現レベルより高い発現レベルを有し、2.8から8.2に及ぶ倍率変化を伴う。GIMAPファミリーの4遺伝子(GIMAP4、GIMAP5、GIMAP6及びGIMAP8)は、HCCにおいて、対照の発現レベルより低い発現レベルを有し、より程度の小さい1.9から2.4に及ぶ倍率変化を伴う(図9)。この群におけるこれら9つの重要な遺伝子のqPCRデータをトレーニングデータセットとして使用して、個々の遺伝子の判別力を組み合わせるためのモデルを開発した。
重要な遺伝子のいくつかは同じシグナル伝達経路又は同じ遺伝子ファミリーにあるので、これらの遺伝子発現は互いに相関する可能性がある。したがって、多重共線性検定を適用してから、遺伝子発現データをモデル開発に使用した。この検定は、TNFAIP3、NFKBIA及びNFKBIZの分散拡大要因指数(VIF)が5を超えることを示し、これは、多重共線性が存在することを示す。TNFAIP3が最も強力な予測因子であるので、NFKBIA及びNFKBIZをパネルから除去した。多重共線性検定を再び適用し、VIFが5未満の残りの8予測因子において多重共線性は検出されなかった。前向き方法を使用して、段階的ロジスティック回帰分析モデルを開発した:
Log(p/(1+p))=3.462+0.897×AREG+1.570×TNFAIP3−1.769×GIMAP5
トレーニング群で開発したモデルを、60人のHCC及び90人のCHB患者からなる独立のサンプル群において検証した。ROC曲線を図4Bに示す。トレーニング群のものと比較して、試験群のAUCは、単一遺伝子について0.891及び3遺伝子モデルについて0.909まで、わずかに低下した。
現在、AFPは最も一般に使用されるHCC用の血清学的マーカーであるが、感度及び特異性が不十分である。AFPの不十分な精度が原因で、2010年に出版された米国肝臓病学会(AASLD)診療ガイドラインでは、HCCをスクリーニング及び診断するためのマーカーとして、AFPをもはや推奨していなかった(例えば、非特許文献6参照)。
Claims (31)
- 腫瘍壊死因子、アルファ誘導性タンパク質3(TNFAIP3)遺伝子、アンフィレグリン(AREG)遺伝子及びGTPアーゼIMAPファミリーメンバー5(GIMAP5)遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子の遺伝子発現レベルを、対象から得られたサンプルにおいて決定することを含む、対象の肝臓癌を診断する方法。
- TNFAIP3遺伝子、AREG遺伝子及びGIMAP5遺伝子からなる群から選択されるマーカー遺伝子の少なくとも2つの発現レベルを決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- TNFAIP3遺伝子、AREG遺伝子及びGIMAP5遺伝子の3つすべての発現レベルを決定することを含む、請求項2に記載の方法。
- 前記肝臓癌が肝細胞癌(HCC)である、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対象がヒトである、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ヒトがHCCの症候を示さない、請求項5に記載の方法。
- 前記決定された発現レベルを対照サンプルと比較する、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対照サンプルと比較して前記対象の前記サンプルで増大した発現レベルが、HCCを発症する危険性を示す、請求項7に記載の方法。
- B型慢性肝炎に罹患している対象からHCCに罹患している対象を区別することを含む、請求項5から8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記HCCがバルセロナクリニック肝臓癌(BCLC)ステージAのHCCである、請求項9に記載の方法。
- 前記ヒトが肝硬変を有する、請求項5から10のいずれか一項に記載の方法。
- 前記サンプルが血液細胞又は肝組織を含む、請求項1から11のいずれか一項に記載の方法。
- 前記血液細胞が白血球である、請求項12に記載の方法。
- 前記遺伝子発現レベルの決定が核酸増幅アッセイを使用して行われる、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法。
- 前記増幅アッセイが定量的PCRアッセイ又はリアルタイムPCRアッセイである、請求項14に記載の方法。
- 肝硬変を有する対象が肝臓癌を発症する危険性を評価する方法であって、腫瘍壊死因子、アルファ誘導性タンパク質3(TNFAIP3)遺伝子、アンフィレグリン(AREG)遺伝子及びGTPアーゼIMAPファミリーメンバー5(GIMAP5)遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子の遺伝子発現レベルを、前記対象から得られたサンプルにおいて決定することを含む方法。
- 前記肝臓癌が肝細胞癌(HCC)である、請求項16に記載の方法。
- 前記対象がヒトである、請求項16又は17に記載の方法。
- 前記ヒトがHCCの症候を示さない、請求項18に記載の方法。
- 対照サンプルと比較して前記対象の前記サンプルで増大した発現レベルがHCCを発症する危険性を示す、請求項16から19のいずれか一項に記載の方法。
- 発現レベルが増大した場合に、前記HCCの発症について前記対象をモニタリングすることを含む、請求項20に記載の方法。
- 腫瘍壊死因子、アルファ誘導性タンパク質3(TNFAIP3、SwissProt受託番号:P21580)、アンフィレグリン(AREG、SwissProt受託番号P15514)及びGTPアーゼIMAPファミリーメンバー5(GIMAP5、SwissProt受託番号Q96F15)からなる群から選択される少なくとも1つのマーカータンパク質の存在又は量を、対象から得られたサンプルにおいて決定することを含む、対象の肝臓癌を診断する方法。
- 腫瘍壊死因子、アルファ誘導性タンパク質3(TNFAIP3)遺伝子、アンフィレグリン(AREG)遺伝子及びGTPアーゼ、IMAPファミリーメンバー5(GIMAP5)遺伝子からなる群から選択される少なくとも1つのマーカー遺伝子の発現レベルを決定することによって肝臓癌を診断するためのキットであって、前記マーカー遺伝子核酸分子の少なくとも1つに相補的な1つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含むキット。
- 2種類の1つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含み、それぞれの種類のオリゴヌクレオチドが前記マーカー遺伝子核酸分子の少なくとも2つのうちの1つに相補的である、請求項23に記載のキット。
- 3種類の1つ又は複数のオリゴヌクレオチドを含み、それぞれの種類のオリゴヌクレオチドが前記マーカー遺伝子核酸分子の少なくとも3つのうちの1つに相補的である、請求項23又は24に記載のキット。
- 前記オリゴヌクレオチドがオリゴヌクレオチドプローブである、請求項23から25のいずれか一項に記載のキット。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブが増幅プライマーである、請求項26に記載のキット。
- 前記増幅プライマーが増幅ステップでマーカー核酸分子を増幅するのに適する、請求項27に記載のキット。
- 前記オリゴヌクレオチドが、約30、約60又は約100ヌクレオチドまでの長さである、請求項23から28のいずれか一項に記載のキット。
- 前記オリゴヌクレオチドプローブが標識されている、請求項26から29のいずれか一項に記載のキット。
- 前記標識が放射性、蛍光、化学発光、親和性又は酵素標識である、請求項30に記載のキット。
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