JP2015181428A - 組換え細胞、並びに、環式モノテルペンの生産方法 - Google Patents
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すなわち、本発明の組換え細胞では、GPP合成酵素及び/又はNPP合成酵素の発現能と環式モノテルペン合成酵素の発現能とが、宿主細胞に対して新たに付加又は増強されている。
本発明の組換え細胞によれば、前記したC1化合物からイソペンテニル二リン酸(IPP)が合成される。そして、細胞内で発現されたGPP合成酵素の作用によってIPPからGPPが合成され、及び/又は、細胞内で発現されたNPP合成酵素の作用によってIPPからNPPが合成される。さらに、細胞内で発現された環式モノテルペン合成酵素の作用によって、GPP及び/又はNPPから環式モノテルペンが合成される。その結果、本発明の組換え細胞を培養することにより、環式モノテルペンを大量に生産することができる。
また本発明の別の態様に係る宿主細胞である「メチルテトラヒドロ葉酸、一酸化炭素、及びCoAからアセチルCoAを合成する機能」を有する細胞としては、図1に示すアセチルCoA経路(Wood-Ljungdahl pathway)及びメタノール経路(Methanol pathway)を有する嫌気性微生物が例示される。
(a)配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(b)配列番号2で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつゲラニル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質、
(c)配列番号2で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつゲラニル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質。
(d)配列番号4で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(e)配列番号4で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつネリル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質、
(f)配列番号4で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつネリル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質
(g)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(h)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつβ−フェランドレン合成酵素の活性を有するタンパク質、
(i)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつβ−フェランドレン合成酵素の活性を有するタンパク質。
そして本発明の一態様では、「非メバロン酸経路によるIPP合成能を有する宿主細胞」を用いる。
一方、メタノール経路は、メタノールをホルムアルデヒド(HCHO)、さらにギ酸(HCOOH)に変換する経路と、メタノールから[CH3]−THFを誘導する経路を含んでいる。
すなわち、メチルテトラヒドロ葉酸([CH3]−THF)、一酸化炭素(CO)、及びCoAからアセチルCoAを合成する経路は、アセチルCoA経路とメタノール経路とで共通している。
上記5種のClostridium属細菌、Moorella属細菌、又はAcetobacterium属細菌は、合成ガス資化性微生物の代表例として知られている。
このように、CODHを有する細菌は広く存在しており、その中から本発明で用いる宿主細胞を適宜選択することができる。例えば、CO、CO/H2(COとH2を主成分とするガス)、もしくはCO/CO2/H2(COとCO2とH2を主成分とするガス)を唯一の炭素源かつエネルギー源とした選択培地を用い、嫌気、微好気、もしくは好気的条件で、宿主細胞として利用できるCODHを有する細菌を分離することができる。
NPP合成酵素、環式モノテルペン合成酵素、及びこれらをコードする核酸についても同様である。
配列番号1に上記シロイヌナズナ由来GPP合成酵素をコードする核酸(DNA)の塩基配列と対応のアミノ酸配列、配列番号2にアミノ酸配列のみを示す。配列番号1で表される塩基配列を有するDNAは、GPP合成酵素をコードする核酸の一例となる。
(a)配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(b)配列番号2で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつゲラニル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質、
(c)配列番号2で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつゲラニル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質。
なお(c)におけるアミノ酸配列の相同性については、より好ましくは80%以上、さらに好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上である。
配列番号3に上記トマト由来NPP合成酵素をコードする核酸(DNA)の塩基配列と対応のアミノ酸配列、配列番号4にアミノ酸配列のみを示す。配列番号3で表される塩基配列を有するDNAは、NPP合成酵素をコードする核酸の一例となる。
(d)配列番号4で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(e)配列番号4で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつネリル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質、
(f)配列番号4で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつネリル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質。
なお(f)におけるアミノ酸配列の相同性については、より好ましくは80%以上、さらに好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上である。
配列番号5に上記トマト由来β−フェランドレン合成酵素をコードする核酸(DNA)の塩基配列と対応のアミノ酸配列、配列番号6にアミノ酸配列のみを示す。
配列番号7に上記ラベンダー由来のβ−フェランドレン合成酵素をコードする核酸(DNA)の塩基配列と対応のアミノ酸配列、配列番号8にアミノ酸配列のみを示す。
配列番号5又は配列番号7で表される塩基配列を有するDNAは、β−フェランドレン合成酵素をコードする核酸の一例となる。
(g)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(h)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつβ−フェランドレン合成酵素の活性を有するタンパク質、
(i)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつβ−フェランドレン合成酵素の活性を有するタンパク質。
なお(i)におけるアミノ酸配列の相同性については、より好ましくは80%以上、さらに好ましくは90%以上、特に好ましくは95%以上である。
細菌では、Lactobacillus helvecticus (Smeds A et al., DNA seq. 2001, 12(3), 187-190)、Corynebacterium amycolatum、Mycobacterium marinum、Bacillus coagulans、Enterococcus faecalis、Streptococuss agalactiae、Myxococcus xanthus等が挙げられる(Lombard J. et al., Mol. Biol. Evol. 2010, 28(1), 87-99)。
アーキアでは、Aeropyrum属、Sulfolobus属、Desulfurococcus属、Thermoproteus属、Halobacterium属、Methanococcus属、Thermococcus属、Pyrococcus属、Methanopyrus属、Thermoplasma属等が挙げられる(Lombard J. et al., Mol. Biol. Evol. 2010, 28(1), 87-99)。
上述したように、非メバロン酸経路で作用する酵素としては、DOXPシンターゼ、DOXPレダクトイソメラーゼ、4−ジホスホシチジル−2−C−メチル−D−エリトリトールシンターゼ、4−ジホスホヂチジル−2−C−メチル−D−エリトリトールキナーゼ、2−C−メチル−D−エリトリトール−2,4−シクロ二リン酸シンターゼ、HMB−PPシンターゼ、HMB−PPレダクターゼ、が挙げられる。例えば、これらの酵素群から1又は2以上の酵素を選択し、当該酵素をコードする核酸を宿主細胞に導入すればよい。
また、非メバロン酸経路で作用する酵素は、宿主細胞以外の由来であることが好ましい。かかる構成により、反応生成物による反応抑制を避けることができる。
これらの核酸についても、宿主細胞で転写されやすいコドンに改変したものを採用することができる。
例えば、宿主細胞が細菌等の原核生物の場合には、当該ベクターとして、宿主細胞において自立複製可能ないしは染色体中への組み込みが可能で、挿入された上記核酸(DNA)を転写できる位置にプロモーターを含有しているものを用いることができる。例えば、当該ベクターを用いて、プロモーター、リボソーム結合配列、上記核酸(DNA)、および転写終結配列からなる一連の構成を宿主細胞内で構築することが好ましい。
また、エネルギー源として水素(H2)を同時に提供することが好ましい。
本様相においても、これらのC1化合物については、1つのみを用いてもよいし、2つ以上を組み合わせて用いてもよい。また、エネルギー源として水素(H2)を同時に接触させることが好ましい。
・CO
・CO2
・CO/H2
・CO2/H2
・CO/CO2/H2
・CO/HCOOH
・CO2/HCOOH
・CO/CH3OH
・CO2/CH3OH
・CO/H2/HCOOH
・CO2/H2/HCOOH
・CO/H2/CH3OH
・CO2/H2/CH3OH
・CO/CO2/H2/HCOOH
・CO/CO2/H2/CH3OH
・CH3OH/H2
・HCOOH/H2
・CH3OH
・HCOOH
β−フェランドレン合成酵素遺伝子を含む遺伝子クラスターとして、配列番号9(3125bp)と配列番号10(3611bp)で表される人工合成遺伝子をそれぞれ構築した。配列番号9、10はいずれもトマト由来β−フェランドレン合成酵素遺伝子(GenBank Accession No.: FJ797957)の改変配列とT7ターミネーターを含み、さらに、両末端にBamHIとXhoIの認識配列を含む。また、配列番号9はトマト由来NPP合成酵素遺伝子(GenBank Accession No.: FJ797956)の改変配列を含む。一方、配列番号10は、シロイヌナズナ由来GPP合成酵素遺伝子(配列番号5、GenBank Accession No: Y17376)を含む。
上記(1)で作製したpSOS-PHS-NPPとpSOS-PHS-GPPを、それぞれエレクトロポレーションにてClostridium ljungdahlii(DSM13528/ATCC55383)に導入し、組換え体を取得した。コントロールとして、pSOS-MSを同様にしてClostridium ljungdahlii(DSM13528/ATCC55383)に導入し、組換え体を取得した。エレクトロポレーションは、Appl. Environ. Microbiol. 2013, 79(4):1102-9で推奨されている方法によって行った。
上記(2)で取得したpSOS-PHS-NPPとpSOS-PHS-GPPの各組換え体を、それぞれ37℃、嫌気条件下で培養した。培地として、4μg/mLクラリスロマイシンを含有するATCC medium 1754 PETC培地(ただし、フルクトース非含有)を用いた。27mL容の密閉可能なヘッドスペースバイアル容器に10mLの培地を仕込み、CO/CO2/H2=33/33/34%(体積比)の混合ガスを0.25MPa(絶対圧)のガス圧で充填し、アルミキャップで密封した後、振とう培養した。OD600が0.9に到達した時点で培養を終了し、気相をガスクロマトグラフィー(島津GCMS-QP2010 Ultra)にて分析したところ、それぞれβ−フェランドレンが検出された。またpSOS-PHS-NPP組換え体からは、pSOS-PHS-GPP組換え体の培地の2〜6倍程度のβ−フェランドレンが検出された。また、pSOS-PHS-NPPにおいてβ−フェランドレンに加えて、環式モノテルペンである4−カレンが、β−フェランドレンの約60%、リモネンが、約20%検出された。
一方、pSOS-MSベクターのみを導入したコントロールの組換え体では、β−フェランドレンは検出できなかった。
Claims (33)
- 環式モノテルペンを生産可能な組換え細胞であって、
非メバロン酸経路によるイソペンテニル二リン酸合成能を有する宿主細胞、又はメチルテトラヒドロ葉酸、一酸化炭素、及びCoAからアセチルCoAを合成する機能を有する宿主細胞に、ゲラニル二リン酸合成酵素をコードする核酸及びネリル二リン酸合成酵素をコードする核酸からなる群より選ばれた少なくとも1つの核酸と、環式モノテルペン合成酵素をコードする核酸とが導入されてなるものであり、
これらの核酸が前記宿主細胞内で発現し、
一酸化炭素及び二酸化炭素からなる群より選ばれた少なくとも1つのC1化合物から環式モノテルペンを生産可能である組換え細胞。 - 一酸化炭素脱水素酵素を有するものである請求項1に記載の組換え細胞。
- 前記宿主細胞は、Clostridium属細菌又はMoorella属細菌である請求項1又は2に記載の組換え細胞。
- 前記宿主細胞は、Clostridium ljungdahlii又はClostridium autoethanogenumである請求項3に記載の組換え細胞。
- 一酸化炭素を主成分とするガス、一酸化炭素と水素とを主成分とするガス、二酸化炭素と水素とを主成分とするガス、又は一酸化炭素と二酸化炭素と水素とを主成分とするガスから環式モノテルペンを生産可能である請求項1〜4のいずれかに記載の組換え細胞。
- ゲラニル二リン酸合成酵素をコードする核酸は、下記(a)、(b)又は(c)のタンパク質をコードするものである請求項1〜5のいずれかに記載の組換え細胞。
(a)配列番号2で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(b)配列番号2で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつゲラニル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質、
(c)配列番号2で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつゲラニル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質。 - ネリル二リン酸合成酵素をコードする核酸は、下記(d)、(e)又は(f)のタンパク質をコードするものである請求項1〜6のいずれかに記載の組換え細胞。
(d)配列番号4で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(e)配列番号4で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつネリル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質、
(f)配列番号4で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつネリル二リン酸合成酵素の活性を有するタンパク質。 - 前記環式モノテルペン合成酵素はβ−フェランドレン合成酵素であり、環式モノテルペンとしてβ−フェランドレン、4−カレン、又はリモネンを生産可能である請求項1〜7のいずれかに記載の組換え細胞。
- 少なくともネリル二リン酸合成酵素をコードする核酸が導入されたものである請求項8に記載の組換え細胞。
- β−フェランドレン合成酵素をコードする核酸は、下記(g)、(h)又は(i)のタンパク質をコードするものである請求項8又は9に記載の組換え細胞。
(g)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列からなるタンパク質、
(h)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列において、1〜20個のアミノ酸が欠失、置換若しくは付加されたアミノ酸配列からなり、かつβ−フェランドレン合成酵素の活性を有するタンパク質、
(i)配列番号6又は8で表されるアミノ酸配列と60%以上の相同性を示すアミノ酸配列を有し、かつβ−フェランドレン合成酵素の活性を有するタンパク質。 - メバロン酸経路で作用する酵素群をコードする核酸がさらに導入され、メバロン酸経路によるイソペンテニル二リン酸合成能をさらに有する請求項1〜10のいずれかに記載の組換え細胞。
- 前記メバロン酸経路は、酵母、原核生物、又は放線菌のメバロン酸経路である請求項11に記載の組換え細胞。
- 非メバロン酸経路で作用する少なくとも1つの酵素をコードする核酸がさらに導入され、当該核酸が宿主細胞内で発現する請求項1〜12のいずれかに記載の組換え細胞。
- 前記非メバロン酸経路は、宿主細胞以外の非メバロン酸経路である請求項13に記載の組換え細胞。
- 宿主細胞に導入された核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれている請求項1〜14のいずれかに記載の組換え細胞。
- 宿主細胞に導入された核酸は、プラスミドに組み込まれている請求項1〜14のいずれかに記載の組換え細胞。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり10mg以上の環式モノテルペンを生産可能である請求項1〜16のいずれかに記載の組換え細胞。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり10mg以上のβ−フェランドレンを生産可能である請求項17に記載の組換え細胞。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり6mg以上の4−カレンを生産可能である請求項17に記載の組換え細胞。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり2mg以上のリモネンを生産可能である請求項17に記載の組換え細胞。
- 請求項1〜20のいずれかに記載の組換え細胞を、一酸化炭素及び二酸化炭素からなる群より選ばれた少なくとも1つのC1化合物を炭素源として用いて培養し、当該組換え細胞に環式モノテルペンを生産させる環式モノテルペンの生産方法。
- 請求項1〜20のいずれかに記載の組換え細胞に、一酸化炭素及び二酸化炭素からなる群より選ばれた少なくとも1つのC1化合物を接触させ、当該組換え細胞に前記C1化合物から環式モノテルペンを生産させる環式モノテルペンの生産方法。
- 一酸化炭素を主成分とするガス、一酸化炭素と水素とを主成分とするガス、二酸化炭素と水素とを主成分とするガス、又は一酸化炭素と二酸化炭素と水素とを主成分とするガスを、前記組換え細胞に提供する請求項21又は22に記載の環式モノテルペンの生産方法。
- さらに、ギ酸又はメタノールを前記組換え細胞に提供する請求項23に記載の環式モノテルペンの生産方法。
- 組換え細胞は、Clostridium属細菌又はMoorella属細菌を宿主細胞とするものである請求項21〜24のいずれかに環式モノテルペンの生産方法。
- 前記環式モノテルペン合成酵素はβ−フェランドレン合成酵素であり、環式モノテルペンとしてβ−フェランドレン、4−カレン、又はリモネンを生産させる請求項21〜25のいずれかに環式モノテルペンの生産方法。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり10mg以上の環式モノテルペンを生産させる請求項21〜26のいずれかに記載の環式モノテルペンの生産方法。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり10mg以上のβ−フェランドレンを生産させる請求項27に記載の環式モノテルペンの生産方法。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり6mg以上の4−カレンを生産させる請求項27に記載の環式モノテルペンの生産方法。
- 組換え細胞の湿潤菌体1gあたり2mg以上のリモネンを生産させる請求項27に記載の環式モノテルペンの生産方法。
- 組換え細胞の細胞外に放出された環式モノテルペンを回収する請求項21〜30のいずれかに記載の環式モノテルペンの生産方法。
- 組換え細胞の培養系の気相から環式モノテルペンを回収する請求項21〜31のいずれかに記載の環式モノテルペンの生産方法。
- 二酸化炭素に代えて、重炭酸塩を用いる請求項21〜32のいずれかに記載の環式モノテルペンの生産方法。
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