JP2015117228A - 新規ヌクレオシド誘導体、それを含むポリヌクレオチドならびに該ポリヌクレオチドを用いたボトムアップ的三次元細胞培養方法および核酸アプタマーの選択方法 - Google Patents
新規ヌクレオシド誘導体、それを含むポリヌクレオチドならびに該ポリヌクレオチドを用いたボトムアップ的三次元細胞培養方法および核酸アプタマーの選択方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2015117228A JP2015117228A JP2014085895A JP2014085895A JP2015117228A JP 2015117228 A JP2015117228 A JP 2015117228A JP 2014085895 A JP2014085895 A JP 2014085895A JP 2014085895 A JP2014085895 A JP 2014085895A JP 2015117228 A JP2015117228 A JP 2015117228A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- polynucleotide
- thrombin
- solution
- reaction
- derivative
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 title claims abstract description 114
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 title claims abstract description 114
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 title claims abstract description 114
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 title claims description 31
- 108091008104 nucleic acid aptamers Proteins 0.000 title claims description 21
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 title claims description 12
- 238000010187 selection method Methods 0.000 title description 5
- 229960004072 thrombin Drugs 0.000 claims abstract description 60
- 108090000190 Thrombin Proteins 0.000 claims abstract description 55
- 108010049003 Fibrinogen Proteins 0.000 claims abstract description 42
- 102000008946 Fibrinogen Human genes 0.000 claims abstract description 42
- 229940012952 fibrinogen Drugs 0.000 claims abstract description 41
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims abstract description 13
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 claims description 44
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 claims description 40
- 239000000126 substance Substances 0.000 claims description 32
- 239000000758 substrate Substances 0.000 claims description 30
- 108010073385 Fibrin Proteins 0.000 claims description 29
- 102000009123 Fibrin Human genes 0.000 claims description 29
- BWGVNKXGVNDBDI-UHFFFAOYSA-N Fibrin monomer Chemical compound CNC(=O)CNC(=O)CN BWGVNKXGVNDBDI-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 29
- 229950003499 fibrin Drugs 0.000 claims description 29
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 claims description 24
- 239000010452 phosphate Substances 0.000 claims description 24
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 23
- -1 phosphorothioate compound Chemical class 0.000 claims description 20
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 claims description 17
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 15
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 claims description 13
- 238000002372 labelling Methods 0.000 claims description 13
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 11
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 10
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical group OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 9
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 claims description 9
- 239000013076 target substance Substances 0.000 claims description 9
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 claims description 8
- 150000002430 hydrocarbons Chemical group 0.000 claims description 8
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 claims description 5
- 238000012258 culturing Methods 0.000 claims description 5
- 125000006367 bivalent amino carbonyl group Chemical group [H]N([*:1])C([*:2])=O 0.000 claims description 4
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 claims description 4
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 claims description 4
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 claims description 4
- 238000012136 culture method Methods 0.000 abstract description 2
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 122
- OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N methanol Substances OC OKKJLVBELUTLKV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 105
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 103
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 57
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 37
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Chemical compound O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 35
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 32
- 229960003766 thrombin (human) Drugs 0.000 description 30
- 108091023037 Aptamer Proteins 0.000 description 29
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 28
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 23
- 238000002330 electrospray ionisation mass spectrometry Methods 0.000 description 22
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 21
- JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N N,N-Diisopropylethylamine (DIPEA) Chemical compound CCN(C(C)C)C(C)C JGFZNNIVVJXRND-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M Sodium bicarbonate Chemical compound [Na+].OC([O-])=O UIIMBOGNXHQVGW-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 20
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 20
- XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N Ethyl acetate Chemical compound CCOC(C)=O XEKOWRVHYACXOJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 19
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 18
- 238000010898 silica gel chromatography Methods 0.000 description 16
- 239000000706 filtrate Substances 0.000 description 15
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 15
- NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N Guanosine Chemical class C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O NYHBQMYGNKIUIF-UUOKFMHZSA-N 0.000 description 14
- IJKVHSBPTUYDLN-UHFFFAOYSA-N dihydroxy(oxo)silane Chemical compound O[Si](O)=O IJKVHSBPTUYDLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 14
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 12
- RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N imidazole Natural products C1=CNC=N1 RAXXELZNTBOGNW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 12
- 239000012074 organic phase Substances 0.000 description 12
- WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N Acetonitrile Chemical compound CC#N WEVYAHXRMPXWCK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 10
- 235000017557 sodium bicarbonate Nutrition 0.000 description 10
- 229910000030 sodium bicarbonate Inorganic materials 0.000 description 10
- HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M sodium;chloride;hydrate Chemical class O.[Na+].[Cl-] HPALAKNZSZLMCH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 10
- 239000007864 aqueous solution Substances 0.000 description 9
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 9
- 239000012153 distilled water Substances 0.000 description 9
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 9
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 238000002875 fluorescence polarization Methods 0.000 description 9
- VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N n-Hexane Chemical compound CCCCCC VLKZOEOYAKHREP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 9
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical class O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 8
- 150000003835 adenosine derivatives Chemical class 0.000 description 8
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 8
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 8
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 8
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 8
- XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N phosphoryl trichloride Chemical compound ClP(Cl)(Cl)=O XHXFXVLFKHQFAL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 8
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 8
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 7
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 7
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 7
- NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N hydroxybenzotriazole Substances O=C1C=CC=C2NNN=C12 NPZTUJOABDZTLV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 7
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 239000008346 aqueous phase Substances 0.000 description 6
- UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N cytidine Chemical class O=C1N=C(N)C=CN1[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](CO)O1 UHDGCWIWMRVCDJ-ZAKLUEHWSA-N 0.000 description 6
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 6
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 6
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 5
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 5
- 238000005349 anion exchange Methods 0.000 description 5
- 108010015046 cell aggregation factors Proteins 0.000 description 5
- 230000010261 cell growth Effects 0.000 description 5
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 5
- 238000005755 formation reaction Methods 0.000 description 5
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 5
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 5
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 5
- 108010067306 Fibronectins Proteins 0.000 description 4
- 102000016359 Fibronectins Human genes 0.000 description 4
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 4
- 150000001412 amines Chemical class 0.000 description 4
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 4
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 4
- MOOGIHKPTRJVRV-ZHVXJWHRSA-N chembl1814697 Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(N)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C(NC(=O)C(C)=C2)=O)COP(N)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)COP(N)(=O)O[C@@H]2[C@H](O[C@H](C2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)COC(=O)CCCC[C@H]2[C@H]3NC(=O)N[C@H]3CS2)[C@@H](OP(N)(=O)OC[C@H]2O[C@H]([C@H](OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C4=C(C(NC(N)=N4)=O)N=C3)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C(NC(=O)C(C)=C3)=O)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C4=C(C(NC(N)=N4)=O)N=C3)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C(NC(=O)C(C)=C3)=O)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C4=C(C(NC(N)=N4)=O)N=C3)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C4=C(C(NC(N)=N4)=O)N=C3)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C(NC(=O)C(C)=C3)=O)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C(NC(=O)C(C)=C3)=O)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C4=C(C(NC(N)=N4)=O)N=C3)OP(N)(=O)OC[C@@H]3[C@H](C[C@@H](O3)N3C4=C(C(NC(N)=N4)=O)N=C3)O)C2)N2C3=C(C(NC(N)=N3)=O)N=C2)C1 MOOGIHKPTRJVRV-ZHVXJWHRSA-N 0.000 description 4
- XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-N diphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(O)=O XPPKVPWEQAFLFU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229920001427 mPEG Polymers 0.000 description 4
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 4
- 238000010791 quenching Methods 0.000 description 4
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 4
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 4
- BCNZYOJHNLTNEZ-UHFFFAOYSA-N tert-butyldimethylsilyl chloride Chemical compound CC(C)(C)[Si](C)(C)Cl BCNZYOJHNLTNEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M tetrabutylammonium fluoride Chemical compound [F-].CCCC[N+](CCCC)(CCCC)CCCC FPGGTKZVZWFYPV-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- HWCKGOZZJDHMNC-UHFFFAOYSA-M tetraethylammonium bromide Chemical compound [Br-].CC[N+](CC)(CC)CC HWCKGOZZJDHMNC-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- GJFNRSDCSTVPCJ-UHFFFAOYSA-N 1,8-bis(dimethylamino)naphthalene Chemical compound C1=CC(N(C)C)=C2C(N(C)C)=CC=CC2=C1 GJFNRSDCSTVPCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- SFHYNDMGZXWXBU-LIMNOBDPSA-N 6-amino-2-[[(e)-(3-formylphenyl)methylideneamino]carbamoylamino]-1,3-dioxobenzo[de]isoquinoline-5,8-disulfonic acid Chemical compound O=C1C(C2=3)=CC(S(O)(=O)=O)=CC=3C(N)=C(S(O)(=O)=O)C=C2C(=O)N1NC(=O)N\N=C\C1=CC=CC(C=O)=C1 SFHYNDMGZXWXBU-LIMNOBDPSA-N 0.000 description 3
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 3
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 3
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 239000002246 antineoplastic agent Substances 0.000 description 3
- 230000021164 cell adhesion Effects 0.000 description 3
- 230000008859 change Effects 0.000 description 3
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 3
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 3
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 3
- QFTYSVGGYOXFRQ-UHFFFAOYSA-N dodecane-1,12-diamine Chemical compound NCCCCCCCCCCCCN QFTYSVGGYOXFRQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 3
- 239000003102 growth factor Substances 0.000 description 3
- 239000007758 minimum essential medium Substances 0.000 description 3
- 239000011259 mixed solution Substances 0.000 description 3
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000000047 product Substances 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N pyridine Substances C1=CC=NC=C1 JUJWROOIHBZHMG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 3
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 description 3
- 125000004434 sulfur atom Chemical group 0.000 description 3
- 230000002194 synthesizing effect Effects 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 230000009772 tissue formation Effects 0.000 description 3
- WVLBCYQITXONBZ-UHFFFAOYSA-N trimethyl phosphate Chemical compound COP(=O)(OC)OC WVLBCYQITXONBZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- UOXJNGFFPMOZDM-UHFFFAOYSA-N 2-[di(propan-2-yl)amino]ethylsulfanyl-methylphosphinic acid Chemical compound CC(C)N(C(C)C)CCSP(C)(O)=O UOXJNGFFPMOZDM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OUPMUGIXWNVDSN-UHFFFAOYSA-N 2-[hydroxy-(1-oxido-4-oxoquinoxalin-4-ium-2-yl)methyl]-4-methoxyphenol Chemical compound COC1=CC=C(O)C(C(O)C=2N(C3=CC=CC=C3[N+](=O)C=2)[O-])=C1 OUPMUGIXWNVDSN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- DGMOBVGABMBZSB-UHFFFAOYSA-N 2-methylpropanoyl chloride Chemical compound CC(C)C(Cl)=O DGMOBVGABMBZSB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000053642 Catalytic RNA Human genes 0.000 description 2
- 108090000994 Catalytic RNA Proteins 0.000 description 2
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000006144 Dulbecco’s modified Eagle's medium Substances 0.000 description 2
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010010803 Gelatin Proteins 0.000 description 2
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 2
- ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N L-glutamine Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(N)=O ZDXPYRJPNDTMRX-VKHMYHEASA-N 0.000 description 2
- 229930182816 L-glutamine Natural products 0.000 description 2
- XCHARIIIZLLEBL-UHFFFAOYSA-N Medicagenic acid 3-O-beta-D-glucoside Chemical compound C12CC(C)(C)CCC2(C(O)=O)CCC(C2(CCC3C4(C)C(O)=O)C)(C)C1=CCC2C3(C)CC(O)C4OC1OC(CO)C(O)C(O)C1O XCHARIIIZLLEBL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BAPJBEWLBFYGME-UHFFFAOYSA-N Methyl acrylate Chemical compound COC(=O)C=C BAPJBEWLBFYGME-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NSGDYZCDUPSTQT-UHFFFAOYSA-N N-[5-bromo-1-[(4-fluorophenyl)methyl]-4-methyl-2-oxopyridin-3-yl]cycloheptanecarboxamide Chemical compound Cc1c(Br)cn(Cc2ccc(F)cc2)c(=O)c1NC(=O)C1CCCCCC1 NSGDYZCDUPSTQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- LQZMLBORDGWNPD-UHFFFAOYSA-N N-iodosuccinimide Chemical compound IN1C(=O)CCC1=O LQZMLBORDGWNPD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- BELBBZDIHDAJOR-UHFFFAOYSA-N Phenolsulfonephthalein Chemical compound C1=CC(O)=CC=C1C1(C=2C=CC(O)=CC=2)C2=CC=CC=C2S(=O)(=O)O1 BELBBZDIHDAJOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000031737 Tissue Adhesions Diseases 0.000 description 2
- 108090000631 Trypsin Proteins 0.000 description 2
- 102000004142 Trypsin Human genes 0.000 description 2
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000003242 anti bacterial agent Substances 0.000 description 2
- 229940088710 antibiotic agent Drugs 0.000 description 2
- 239000012888 bovine serum Substances 0.000 description 2
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000003054 catalyst Substances 0.000 description 2
- IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N chlorotrimethylsilane Chemical compound C[Si](C)(C)Cl IJOOHPMOJXWVHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 2
- 239000008273 gelatin Substances 0.000 description 2
- 229920000159 gelatin Polymers 0.000 description 2
- 235000019322 gelatine Nutrition 0.000 description 2
- 235000011852 gelatine desserts Nutrition 0.000 description 2
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 2
- 238000003505 heat denaturation Methods 0.000 description 2
- IKGLACJFEHSFNN-UHFFFAOYSA-N hydron;triethylazanium;trifluoride Chemical compound F.F.F.CCN(CC)CC IKGLACJFEHSFNN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N insulin Chemical compound N1C(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(NC(=O)CN)C(C)CC)CSSCC(C(NC(CO)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CCC(N)=O)C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)NC(CC=2C=CC(O)=CC=2)C(=O)NC(CSSCC(NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2C=CC(O)=CC=2)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(C)NC(=O)C(CCC(O)=O)NC(=O)C(C(C)C)NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(CC=2NC=NC=2)NC(=O)C(CO)NC(=O)CNC2=O)C(=O)NCC(=O)NC(CCC(O)=O)C(=O)NC(CCCNC(N)=N)C(=O)NCC(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC=CC=3)C(=O)NC(CC=3C=CC(O)=CC=3)C(=O)NC(C(C)O)C(=O)N3C(CCC3)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)NC(C)C(O)=O)C(=O)NC(CC(N)=O)C(O)=O)=O)NC(=O)C(C(C)CC)NC(=O)C(CO)NC(=O)C(C(C)O)NC(=O)C1CSSCC2NC(=O)C(CC(C)C)NC(=O)C(NC(=O)C(CCC(N)=O)NC(=O)C(CC(N)=O)NC(=O)C(NC(=O)C(N)CC=1C=CC=CC=1)C(C)C)CC1=CN=CN1 NOESYZHRGYRDHS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 239000000463 material Substances 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 239000006225 natural substrate Substances 0.000 description 2
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 2
- 125000004430 oxygen atom Chemical group O* 0.000 description 2
- 229960003531 phenolsulfonphthalein Drugs 0.000 description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 2
- BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N pyrene Chemical compound C1=CC=C2C=CC3=CC=CC4=CC=C1C2=C43 BBEAQIROQSPTKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000002994 raw material Substances 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 108091092562 ribozyme Proteins 0.000 description 2
- 239000012488 sample solution Substances 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 239000012588 trypsin Substances 0.000 description 2
- 210000003556 vascular endothelial cell Anatomy 0.000 description 2
- KIUKXJAPPMFGSW-DNGZLQJQSA-N (2S,3S,4S,5R,6R)-6-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-Acetamido-2-[(2S,3S,4R,5R,6R)-6-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-2,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy-2-carboxy-4,5-dihydroxyoxan-3-yl]oxy-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)oxan-4-yl]oxy-3,4,5-trihydroxyoxane-2-carboxylic acid Chemical compound CC(=O)N[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O)[C@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](O[C@H]3[C@@H]([C@@H](O)[C@H](O)[C@H](O3)C(O)=O)O)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)NC(C)=O)[C@@H](C(O)=O)O1 KIUKXJAPPMFGSW-DNGZLQJQSA-N 0.000 description 1
- BZSALXKCVOJCJJ-IPEMHBBOSA-N (4s)-4-[[(2s)-2-acetamido-3-methylbutanoyl]amino]-5-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[(2s,3r)-1-[[(2s)-1-[[(2s)-1-[[2-[[(2s)-1-amino-1-oxo-3-phenylpropan-2-yl]amino]-2-oxoethyl]amino]-5-(diaminomethylideneamino)-1-oxopentan-2-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]amino]-3-hydroxy Chemical compound CC(=O)N[C@@H](C(C)C)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H](CCCC)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](C)C(=O)N[C@@H](CCCN=C(N)N)C(=O)NCC(=O)N[C@H](C(N)=O)CC1=CC=CC=C1 BZSALXKCVOJCJJ-IPEMHBBOSA-N 0.000 description 1
- YWQZUENVQOQEHJ-PIXDULNESA-N (e)-3-[1-[(2r,4s,5r)-4-hydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-2,4-dioxopyrimidin-5-yl]prop-2-enoic acid Chemical compound C1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C(=O)NC(=O)C(\C=C\C(O)=O)=C1 YWQZUENVQOQEHJ-PIXDULNESA-N 0.000 description 1
- PJOHVEQSYPOERL-SHEAVXILSA-N (e)-n-[(4r,4as,7ar,12br)-3-(cyclopropylmethyl)-9-hydroxy-7-oxo-2,4,5,6,7a,13-hexahydro-1h-4,12-methanobenzofuro[3,2-e]isoquinoline-4a-yl]-3-(4-methylphenyl)prop-2-enamide Chemical compound C1=CC(C)=CC=C1\C=C\C(=O)N[C@]1(CCC(=O)[C@@H]2O3)[C@H]4CC5=CC=C(O)C3=C5[C@]12CCN4CC1CC1 PJOHVEQSYPOERL-SHEAVXILSA-N 0.000 description 1
- RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 1,4-Dioxane Chemical compound C1COCCO1 RYHBNJHYFVUHQT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- YQTCQNIPQMJNTI-UHFFFAOYSA-N 2,2-dimethylpropan-1-one Chemical group CC(C)(C)[C]=O YQTCQNIPQMJNTI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JAPYIBBSTJFDAK-UHFFFAOYSA-N 2,4,6-tri(propan-2-yl)benzenesulfonyl chloride Chemical compound CC(C)C1=CC(C(C)C)=C(S(Cl)(=O)=O)C(C(C)C)=C1 JAPYIBBSTJFDAK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JTTIOYHBNXDJOD-UHFFFAOYSA-N 2,4,6-triaminopyrimidine Chemical compound NC1=CC(N)=NC(N)=N1 JTTIOYHBNXDJOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 2-deoxy-D-ribose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)CC=O ASJSAQIRZKANQN-CRCLSJGQSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- VIVLSUIQHWGALQ-UHFFFAOYSA-N 4-chloro-7h-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-2-amine Chemical compound NC1=NC(Cl)=C2C=CNC2=N1 VIVLSUIQHWGALQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101000651036 Arabidopsis thaliana Galactolipid galactosyltransferase SFR2, chloroplastic Proteins 0.000 description 1
- 210000002237 B-cell of pancreatic islet Anatomy 0.000 description 1
- 102000007350 Bone Morphogenetic Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010007726 Bone Morphogenetic Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108050007957 Cadherin Proteins 0.000 description 1
- 102000000905 Cadherin Human genes 0.000 description 1
- 102100023126 Cell surface glycoprotein MUC18 Human genes 0.000 description 1
- 102000002029 Claudin Human genes 0.000 description 1
- 108050009302 Claudin Proteins 0.000 description 1
- MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N Crotonoside Natural products C1=NC2=C(N)NC(=O)N=C2N1[C@H]1O[C@@H](CO)[C@H](O)[C@@H]1O MIKUYHXYGGJMLM-GIMIYPNGSA-N 0.000 description 1
- NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N D-guanosine Natural products C1=2NC(N)=NC(=O)C=2N=CN1C1OC(CO)C(O)C1O NYHBQMYGNKIUIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010014258 Elastin Proteins 0.000 description 1
- 102000016942 Elastin Human genes 0.000 description 1
- 102400001368 Epidermal growth factor Human genes 0.000 description 1
- 101800003838 Epidermal growth factor Proteins 0.000 description 1
- 102000010834 Extracellular Matrix Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010037362 Extracellular Matrix Proteins Proteins 0.000 description 1
- 108050007372 Fibroblast Growth Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000018233 Fibroblast Growth Factor Human genes 0.000 description 1
- 108010054964 H-hexahydrotyrosyl-alanyl-arginine-4-nitroanilide Proteins 0.000 description 1
- 102000003745 Hepatocyte Growth Factor Human genes 0.000 description 1
- 108090000100 Hepatocyte Growth Factor Proteins 0.000 description 1
- 101000623903 Homo sapiens Cell surface glycoprotein MUC18 Proteins 0.000 description 1
- 101000724418 Homo sapiens Neutral amino acid transporter B(0) Proteins 0.000 description 1
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 1
- 108090001061 Insulin Proteins 0.000 description 1
- 102000004877 Insulin Human genes 0.000 description 1
- 108700010674 N-acetylVal-Nle(7,8)- allatotropin (5-13) Proteins 0.000 description 1
- 108010025020 Nerve Growth Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000015336 Nerve Growth Factor Human genes 0.000 description 1
- 102100028267 Neutral amino acid transporter B(0) Human genes 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 102000003940 Occludin Human genes 0.000 description 1
- 108090000304 Occludin Proteins 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 108010038512 Platelet-Derived Growth Factor Proteins 0.000 description 1
- 102000010780 Platelet-Derived Growth Factor Human genes 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 108090000184 Selectins Proteins 0.000 description 1
- 102000003800 Selectins Human genes 0.000 description 1
- 108060008245 Thrombospondin Proteins 0.000 description 1
- 102000002938 Thrombospondin Human genes 0.000 description 1
- 108010009583 Transforming Growth Factors Proteins 0.000 description 1
- 102000009618 Transforming Growth Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010073929 Vascular Endothelial Growth Factor A Proteins 0.000 description 1
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 description 1
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 description 1
- 238000010521 absorption reaction Methods 0.000 description 1
- 125000002777 acetyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)=O 0.000 description 1
- 125000002252 acyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 1
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 1
- 210000001789 adipocyte Anatomy 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 1
- 239000004019 antithrombin Substances 0.000 description 1
- QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N atomic oxygen Chemical compound [O] QVGXLLKOCUKJST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 1
- 125000003236 benzoyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C(*)=O 0.000 description 1
- 125000001797 benzyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C(C([H])=C1[H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 description 1
- 229940112869 bone morphogenetic protein Drugs 0.000 description 1
- 239000012578 cell culture reagent Substances 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 238000003501 co-culture Methods 0.000 description 1
- 230000000052 comparative effect Effects 0.000 description 1
- 230000000536 complexating effect Effects 0.000 description 1
- 229940126214 compound 3 Drugs 0.000 description 1
- 239000012141 concentrate Substances 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 238000011161 development Methods 0.000 description 1
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 1
- 230000004069 differentiation Effects 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N disiloxane Chemical group [SiH3]O[SiH3] KPUWHANPEXNPJT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 1
- 229920002549 elastin Polymers 0.000 description 1
- 229940116977 epidermal growth factor Drugs 0.000 description 1
- 210000002919 epithelial cell Anatomy 0.000 description 1
- 125000005678 ethenylene group Chemical group [H]C([*:1])=C([H])[*:2] 0.000 description 1
- 125000000816 ethylene group Chemical group [H]C([H])([*:1])C([H])([H])[*:2] 0.000 description 1
- 210000002744 extracellular matrix Anatomy 0.000 description 1
- 210000002950 fibroblast Anatomy 0.000 description 1
- 229940126864 fibroblast growth factor Drugs 0.000 description 1
- GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N fluoranthrene Natural products C1=CC(C2=CC=CC=C22)=C3C2=CC=CC3=C1 GVEPBJHOBDJJJI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 1
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 1
- MKXKFYHWDHIYRV-UHFFFAOYSA-N flutamide Chemical compound CC(C)C(=O)NC1=CC=C([N+]([O-])=O)C(C(F)(F)F)=C1 MKXKFYHWDHIYRV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 1
- 229940029575 guanosine Drugs 0.000 description 1
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- 229940106780 human fibrinogen Drugs 0.000 description 1
- 229920002674 hyaluronan Polymers 0.000 description 1
- 229960003160 hyaluronic acid Drugs 0.000 description 1
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 229940125396 insulin Drugs 0.000 description 1
- 102000006495 integrins Human genes 0.000 description 1
- 108010044426 integrins Proteins 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 1
- 229940053128 nerve growth factor Drugs 0.000 description 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 1
- 108010008217 nidogen Proteins 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 235000015097 nutrients Nutrition 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 210000000963 osteoblast Anatomy 0.000 description 1
- 229910052760 oxygen Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000001301 oxygen Substances 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 230000000865 phosphorylative effect Effects 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 230000001766 physiological effect Effects 0.000 description 1
- 229920000728 polyester Polymers 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 1
- AAEVYOVXGOFMJO-UHFFFAOYSA-N prometryn Chemical compound CSC1=NC(NC(C)C)=NC(NC(C)C)=N1 AAEVYOVXGOFMJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004805 propylene group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([*:1])C([H])([H])[*:2] 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 230000036632 reaction speed Effects 0.000 description 1
- 238000010992 reflux Methods 0.000 description 1
- 230000001172 regenerating effect Effects 0.000 description 1
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 1
- 125000003808 silyl group Chemical group [H][Si]([H])([H])[*] 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- 241000894007 species Species 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000001308 synthesis method Methods 0.000 description 1
- 238000010189 synthetic method Methods 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 125000000999 tert-butyl group Chemical group [H]C([H])([H])C(*)(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- 125000000037 tert-butyldiphenylsilyl group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[Si]([H])([*]C(C([H])([H])[H])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 1
- 230000017423 tissue regeneration Effects 0.000 description 1
- 125000000025 triisopropylsilyl group Chemical group C(C)(C)[Si](C(C)C)(C(C)C)* 0.000 description 1
- 125000000026 trimethylsilyl group Chemical group [H]C([H])([H])[Si]([*])(C([H])([H])[H])C([H])([H])[H] 0.000 description 1
- VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N uroanthelone Chemical compound C([C@@H](C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CC(N)=O)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@H](C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)CC)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)C(=O)N[C@@H](CO)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CS)C(=O)N[C@@H](CCC(N)=O)C(=O)N[C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CC=1C2=CC=CC=C2NC=1)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(=O)N[C@@H](CC(C)C)C(=O)N[C@@H](CCCNC(N)=N)C(O)=O)C(C)C)[C@@H](C)O)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CCC(O)=O)NC(=O)[C@@H](NC(=O)[C@H](CC=1NC=NC=1)NC(=O)[C@H](CCSC)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@@H](NC(=O)CNC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(N)=O)NC(=O)[C@H](CC(C)C)NC(=O)[C@H](CS)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)CNC(=O)[C@H](CC(O)=O)NC(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CS)NC(=O)CNC(=O)[C@H]1N(CCC1)C(=O)[C@H](CC=1C=CC(O)=CC=1)NC(=O)[C@H](CO)NC(=O)[C@@H](N)CC(N)=O)C(C)C)[C@@H](C)CC)C1=CC=C(O)C=C1 VBEQCZHXXJYVRD-GACYYNSASA-N 0.000 description 1
- 238000001291 vacuum drying Methods 0.000 description 1
- 230000002792 vascular Effects 0.000 description 1
Landscapes
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Saccharide Compounds (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Medicinal Preparation (AREA)
- Medicines That Contain Protein Lipid Enzymes And Other Medicines (AREA)
- Medicines Containing Antibodies Or Antigens For Use As Internal Diagnostic Agents (AREA)
Abstract
Description
[1] 下記式(I−1)〜(I−4)の何れかの式で表されるヌクレオシド誘導体又はその塩。
キシル基(−OH)、アミノ基(−NH2)、又はメルカプト基(−SH)を、R2はそれぞれ独立に水素原子(−H)又はヒドロキシル基の保護基を、R3はそれぞれ独立に水素
原子(−H)又は炭素数1〜6の炭化水素基を、Aは−CONH−または−CH2NHCO−を、Yは分岐構造及び/又は不飽和結合を含んでいてもよい炭素数2〜12の2価の炭化水素基を、nは2〜20の整数を、pは1〜6の整数を、qは1〜20の整数を、rは1〜6の整数を表す。)
[2] [1]に記載のヌクレオシド誘導体の5’−リン酸エステル、ホスホロチオエート体又はそれらの塩。
[3] [2]に記載の5’−リン酸エステル、ホスホロチオエート体もしくはそれらの塩、又はこれに標識物質を導入した標識ヌクレオチド誘導体を含む、ポリヌクレオチド合成用基質溶液。
[4] [3]に記載のポリヌクレオチド合成用基質溶液を含む、ポリヌクレオチド合成用試薬。
[5] [2]に記載の5’−リン酸エステル、ホスホロチオエート体もしくはそれらの塩、又はこれらに標識物質を導入した標識ヌクレオチド誘導体を合成用基質として用いることを特徴とする、ポリヌクレオチドの製造方法。
[6] [2]に記載のヌクレオシド誘導体の5’−リン酸エステル及び/又はそのホスホロチオエート体を構成単位として含むポリヌクレオチド。
[7] リガンド結合配列を含む、請求項6に記載のポリヌクレオチド。
[8] リガンド結合配列がトロンビンもしくはフィブリン、フィブリノゲン結合配列で
ある、[7]に記載のポリヌクレオチド。
[9] [7]または[8]に記載のポリヌクレオチドとトロンビン、もしくはポリヌクレオチドとトロンビン及びフィブリノゲンを用いて細胞を培養することを特徴とする、細胞培養方法。
[10] [7]または[8]に記載のポリヌクレオチドとトロンビン、もしくは該ポリヌクレオチドとトロンビン及びフィブリノゲンを含む、フィブリンゲル。
[11] 核酸アプタマーである、[6]に記載のポリヌクレオチド。
[12] [6]または[11]に記載のポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドライブラリー。
[13] [12]に記載のポリヌクレオチドライブラリーを用いて標的物質結合性ポリヌクレオチドを選択する工程を含む、核酸アプタマーの選択方法。
[14] トロンビン結合物質とトロンビン、もしくはトロンビン結合物質とトロンビン及びフィブリノゲンを内包する、フィブリンゲル。
本発明のヌクレオシド誘導体を含むポリヌクレオチドがリガンド結合配列を含むことにより、リガンドと結合した状態で細胞表面上に固定化されることができる。これにより、リガンド成分が細胞表面上に濃縮されるので、細胞が足場や接着面を形成しやすくなり、さらに親油性基及び両親媒性基と生成したフィブリンとの相互作用により、細胞どうしの接着が促進され、細胞が三次元的に集合し、育成される。
本発明は、培地に試薬等を添加するだけで、細胞の三次元的生育を可能にするための方法論を与える。これにより、従来法にみられるような細胞の撒布と足場材の塗布の反復などといった煩雑な操作や、特殊な三次元培養プラットフォーム等を省略することができる。また、集合体形成が細胞の自発的生長に委ねられるため、血管内皮細胞等との共培養により、従来のトップダウン的微細加工技術等を要することなく、酸素や養分、排泄物等を運搬する血管網を有する人工組織・器官等の作製が期待できる。また、トロンビン結合性アプタマーを介して細胞生長の足場となるフィブリンゲルに種々の機能基を導入できることで、組織培養のみならず、細胞の組織形成を阻害できることも考えられるため、固形がんの形成阻害剤等の新しいタイプの抗がん剤が開発されることが期待される。
このようなボトムアップ的な三次元細胞培養法は、試験管や培養器中での器官形成や組織再生への応用が期待される。本発明は、再生医療や医薬品開発、発生・分化や疾患メカニズムの解明研究など、ライフイノベーションにおける重大分野に幅広く応用されることが期待される。
本発明の修飾ヌクレオシド三リン酸を同時に複数種用いることで多重修飾DNAが酵素的
に合成可能であり、SELEX法などによる核酸アプタマーの選択を効率よく行うことができ
る。
本発明の一態様であるヌクレオシド誘導体は、下記式(I−1)〜(I−4)の何れかの式で表されることを特徴とする。なお、かかるヌクレオシド誘導体から得られる塩も本発明の範囲に含まれるものとし、以下、ヌクレオシド誘導体とその塩を含めて「本発明のヌクレオシド誘導体等」と略す場合がある。
ロキシル基(−OH)、アミノ基(−NH2)、又はメルカプト基(−SH)を、R2はそれぞれ独立に水素原子(−H)又はヒドロキシル基の保護基を、R3はそれぞれ独立に水
素原子(−H)又は炭素数1〜6の炭化水素基を、Aは−CONH−または−CH2NHCO−を、Yは分岐構造及び/又は不飽和結合を含んでいてもよい炭素数2〜10の2価の炭化水素基を、nは2〜20の整数を表し、pは1〜6の整数を、qは1〜20の整数を、rは1〜6の整数を表す。)
キシル基(−OH)、アミノ基(−NH3)、又はメルカプト基(−SH)を表している
が、水素原子であること、即ち、ヌクレオシド誘導体等の糖部位は、デオキシリボースであることが好ましい。
保護基はヒドロキシル基の保護基として利用されるものであれば特に限定されない。例えばメチル基、ベンジル基、p−メトキシベンジル基、tert−ブチル基等のエーテル系保護基;アセチル基、ピバロイル基、ベンゾイル基等のアシル系保護基;トリメチルシリル基、トリエチルシリル基、tert−ブチルジメチルシリル基、トリイソプロピルシリル基、tert−ブチルジフェニルシリル基等のシリルエーテル系保護基等が挙げられる。
)−)、n−ブチレン基(−CH2−CH2−CH2−CH2−)、n−ブタンジエニレン基(−CH=CH−CH=CH−)等が挙げられる。
mは2〜20の整数を表す)。
本発明のヌクレオシド誘導体等は、結合親和性や標的多様性に優れる核酸アプタマーを製造するために有用な化合物であるが、本発明のヌクレオシド誘導体をリン酸化して得られるヌクレオチド、即ちヌクレオシド誘導体の5’−リン酸エステルやホスホロチオエート体も本発明の一態様である。なお、本発明の5’−リン酸エステルやホスホロチオエート体から得られる塩も本発明の範囲に含まれるものとする。
のヌクレオシド誘導体等と同義である。
本発明の5’−リン酸エステル及びその塩、ホスホロチオエート体及びその塩、又はそれ並びにこれらに標識物質を導入した標識ヌクレオチド誘導体は、ポリヌクレオチドを合成するために有用な合成用基質であるが、これらの少なくとも1種を含むポリヌクレオチド合成用基質溶液、このポリヌクレオチド合成用基質溶液を含むポリヌクレオチド合成用試薬、さらにこれらを合成用基質として用いるポリヌクレオチドの製造方法も本発明の一態様である。
本発明のヌクレオシド誘導体等は、結合親和性や標的多様性に優れる核酸アプタマーを製造するために有用な化合物であるが、本発明のヌクレオシド誘導体等を用いて製造される核酸、即ち本発明の5’−リン酸エステル及び/又はそのホスホロチオエート体を構成単位として含むポリヌクレオチドも本発明の一態様である(以下、「本発明のポリヌクレオチド」と略す場合がある。)。なお、蛍光物質等の標識物質を導入した5’−リン酸エステルを構成単位として含む標識ポリヌクレオチドも本発明の範囲に含まれるものとする。
本発明のポリヌクレオチドは、例えば下記式(III−1)〜(III−4)の何れか
の式で表すことができるヌクレオチド構造を少なくとも含むものが挙げられる。
発明のヌクレオシド誘導体等と同義である。また、式(III−1)〜(III−4)中の括弧書きは、隣接したヌクレオチド構造との結合位置をそれぞれ表している。さらに、「そのホスホロチオエート体」とは、Zが硫黄原子であるものを意味するものとする。
ン酸エステルを複数個含んでもよいし、複数種類(アデノシン誘導体、シチジン誘導体、チミジン誘導体、グアノシンの2種類以上)含んでもよい。また、本発明のポリヌクレオチドの塩基数は、通常10以上、好ましくは15以上であり、通常200以下、好ましくは100以下、より好ましくは70以下である。
とができる。本発明の5’−リン酸エステルを基質としてPCRによってポリヌクレオチド
を合成する場合、反応系にアセトニトリルを加えることが好ましい。特に、本発明の5’−リン酸エステルを複数種類用いてPCRを行う場合、ポリヌクレオチドの増幅効率が向上
するので好ましい。ポリヌクレオチドを合成した後、陰イオン交換カラムクロマトグラフィー等を用いて精製することによって、本発明のポリヌクレオチドを製造することができる。
また、本発明のポリヌクレオチドにおけるホスホロチオエート体構造は、公知のホスホロチオエート基の導入方法を適宜採用して形成することができる。
また、本発明のポリヌクレオチドの用途は特に限定されず、触媒、核酸アプタマー等の公知の用途に適宜利用することができるが、核酸アプタマーとして利用することが好ましい。例えば、アンチセンス分子やアンチジーン分子等の遺伝子発現を調節するための核酸医薬として利用することもできる。本発明のポリヌクレオチドは、優れた細胞膜透過性や遺伝子抑制作用、副作用の緩和、ヌクレアーゼ耐性を発揮することができ、有効な核酸医薬として利用できる。
本発明のポリヌクレオチドは、SELEX法等に使用するポリヌクレオチドライブラリーに利用することができるが、本発明のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチドライブラリー、並びにこのポリヌクレオチドライブラリーを用いて標的物質結合性ポリヌクレオチドを選択する工程を含む核酸アプタマーの選択方法も本発明の一態様である。
ポリヌクレオチドライブラリーは、本発明のポリヌクレオチドを含むものであればその他については特に限定されないが、ランダム配列を含む複数種類のポリヌクレオチドを含むことが好ましい。
選択方法は、ポリヌクレオチドライブラリーを用いて標的物質結合性ポリヌクレオチドを選択する工程を含むものであればその他については特に限定されず、例えばSELEX法において行われる工程を含むことができる。なお、SELEX法は、通常、標的物質をビーズ等の担体に固定化し、これにポリヌクレオチドライブラリーを添加し、標的物質に結合する核酸を回収し、回収したポリヌクレオチドを増幅し、増幅したポリヌクレオチドを再び標的物質に添加するという一連の工程を繰り返して、標的物質に対する特異性および結合力が高いポリヌクレオチドを濃縮し、その塩基配列を決定することで、標的物質結合性アプタマーを獲得する方法である。
本発明の選択方法によって、種々の生体関連物質等に対する核酸アプタマーや特定反応を触媒するリボザイム等、実用可能性があるさまざまな機能性核酸をスクリーニングすることができる。すなわち、ランダムなポリヌクレオチドを複数合成し、その中から酵素活性などを指標に特定のポリヌクレオチドを選択することにより、生理活性を有するアプタマーやリボザイムを得ることができる。
また、本発明のポリヌクレオチドはランダム配列を含むポリヌクレオチドライブラリーであってもよいが、トロンビンもしくはフィブリノゲンやフィブリンが結合し得る配列を含むもの(トロンビンやフィブリノゲン結合アプタマー)が好ましい。また、当該結合により、トロンビンの活性がある程度阻害されるものであってもよい。さらに、他のリガンドが結合し得るリガンド結合配列を含む他のアプタマーと共に用いることも有り得る。
本発明のポリヌクレオチドは親油性または両親媒性の基を有するため、このようなリガンド結合配列を細胞膜の構成成分等にターゲッティングすることができる。
足場成分(細胞外マトリックス)
コラーゲン(collagen)
フィブロネクチン(fibronection)
ラミニン(laminin)
エラスチン(elastin)
プロテオグリカン(proteoglycan)
エンタクチン(entactin)
ビトロネクチン(vitronectin)
フィブリノゲン(fibrinogen)
テネイシン(tenascin)
オステオポンチン
ナイドジェン(nidogen)
トロンボスポンジン
ヒアルロン酸(hyaluronic acid)
接着成分
インテグリン
カドヘリン
セレクチン
クローディン
オクルディン
免疫グロブリンファミリー(ICAM, MCAM, VCAM, CD4,8など)
本発明のポリヌクレオチドはトロンビンやフィブリン、フィブリノゲンの結合配列を有することで、培地に加えて細胞を培養した時に、フィブリンゲルを細胞近傍に形成させることができる。これにより、細胞が足場や接着面を形成しやすくなり、細胞どうしの接着が促進され、細胞が三次元的に集合し、培養される。
用いる培地などの培養条件は細胞の種類に応じて適宜選択することができるが、培地としては、最小必須培地(MEM)、ダルベッコ改変イーグル培地(DMEM)、イスコフ改変ダ
ルベッコ培地(IMDM)、Ham's F-12培地などが例示される。
培地には、トロンビンやフィブリノゲンを同時に添加することが好ましい。
トロンビンは120nMの濃度で添加することが好ましい。
フィブリノゲンは600nMの濃度で添加することが好ましい。
この場合、本発明のポリヌクレオチドとトロンビン、もしくは本発明のポリヌクレオチドとトロンビン及びフィブリノゲンを同時に添加してもよいが、本発明のポリヌクレオチドで前処理しておくことが好ましい。
途や膜形成用途などの医薬用途に使用することもできる。
なお、本発明のポリヌクレオチドとトロンビン、もしくは本発明のポリヌクレオチドとトロンビン及びフィブリノゲンを用いることによって得られるフィブリンゲルも本発明の範囲に含まれる。当該フィブリンゲルには、トロンビン結合性アプタマーを用いて任意に機能基を導入できることから、目的に応じた機能基を導入して医薬用途に使用することもできる。例えば、細胞の組織形成を阻害する機能基を導入し、抗がん剤として使用することができる。
た。(E)-5-(2-carboxyvinyl)-2'-deoxyuridine (300 mg, 335 μmol, F.W. 298.25)、PyBOP (631 mg, 1.21 mmol, F.W. 520.39)、HOBt・H2O (210 mg, 1.37 mmol, F.W. 153.44)
をDry-DMF (3 mL)に溶かしDIPEA (3.5 mL, 20. 0 mmol)を加えたものを滴下し、室温で1
時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-MeOH (5 mL)に溶かし、TEA (450 μL, 3.24 mmol, F.W. 101.19, d=0.728 g/mL)、TFA Ethyl Ester (3.6 mL, 30.2 mmol, F.W. 142.08, d=1.190 g/mL)を加え、室温で2時
間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、CHCl3(10 mL)で3回共沸させ真空乾燥さ
せた。真空乾燥させた残渣をDry-DMF (5 mL)に溶かし、imidazole (699 mg, 10.3 mmol, F.W. 68.08)、TBDMS-Cl(759 mg, 504 μmol, F.W. 150.72)をDry-DMF (2 mL)に溶かした
ものを加え、室温で5時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、残渣をAcOEt:Et2O=1:1混合液に溶かし、飽和重曹水と飽和食塩水で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後
、吸引濾過し、濾液を減圧留去した。これをシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 100%CH2Cl2→3% MeOH/CH2Cl2) ,(Silica gel 60, 40-50 μm, 30%→50% AcOEt /hexane)によって精製し化合物T2を得た。
収量:400 mg 収率:49%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.85 (1H, s) 7.08-7.19 (2H, m) 6.27 (1H, dd) 4.39 (1H, m) 3.98 (1H, m) 3.89 (2H, m) 3.28-3.37 (4H, m) 2.32 (1H, m) 1.99 (1H, m) 1.48-1.58 (4H, m) 1.24-1.28 (17H, m) 0.87-0.90 (18H, m) 0.06-0.13 (12H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=805.1, calculated for [(M+H)+]=805.5
、28%NH3水溶液を加え、室温で攪拌した。反応が進行しなくなったら反応液を減圧留去し、再度NH3/MeOH溶液と28%NH3水溶液を加えた。反応終了後、反応液を減圧留去し真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-DMF (2 mL)に溶かし、mPEG acid(329 mg, 559 μmol,F.W.588.7)、HBTU (289 mg, 762 μmol, F.W. 379.25)、HOBt・H2O (114 mg, 762 μmol,
F.W. 153.44)のDry-DMF溶液 (3 mL)にDIPEA (200 μL, 1.15 mmol, F.W. 129.55, d=0.742 g/mL)を加えたものを滴下し、室温で1時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、残渣をethyl acetateに溶かし、飽和重曹水と飽和食塩水で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去した。これをシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 2%→3% MeOH/CHCl3)によって精製し化合物T3を得た。
収量:473 mg 収率:74%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.86 (1H, s) 7.10-7.27 (2H, m) 6.29 (1H, dd) 4.41 (1H, m) 4.00 (1H, m) 3.80 (2H, m) 3.73 (2H, t) 3.64-3.66 (46H, m) 3.38 (3H, s) 3.34(2H, m) 3.22 (2H, m) 2.47 (2H, t) 2.35 (1H, m) 2.01 (1H, m) 1.45-1.56 (4H, m) 1.24-1.29 (18H, m) 0.90-0.93 (18H, m) 0.09-0.16 (18H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1301.2, calculated for [(M+Na)+]=1301.8
、TREAT-HF (1.11 mL, 6.80 mmol, F.W. 161.21, d=0.989 g/mL)を加え、室温で2時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、残渣をAcOEtに溶かし、飽和重曹水と飽和食
塩水で洗浄した。有機相と水相に目的物が存在したため、有機相をMgSO4で乾燥後、吸引
濾過し、濾液を減圧留去し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210mesh, 2%→3% MeOH/CHCl3)によって精製し化合物3を得た。水相をシリカゲルカラムク
ロマトグラフィー(Wakosil 40C18, 30-50 μm, 10%→90% MeOH/H2O)によって精製し化合
物T4を得た。
収量:251 mg 収率:66%
1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.38 (1H, s) 7.04-7.23 (2H, m) 6.28 (1H, t) 4.43 (1H,m) 3.81 (2H, m) 3.81 (2H, m) 3.72 (2H, t) 3.59-3.63 (45H, m) 3.36 (3H, s) 3.25 (2H, t) 3.17 (2H, t) 2.43 (2H, t) 2.23-2.36 (2H, m) 1.48-1.55 (4H, m) 1.31 (17H,m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1073.9, calculated for [(M+Na)+]=1073.6
撹拌した。氷浴下で5分攪拌後、TEAB bufferを加え反応をクエンチさせた。反応液を減圧留去し濃縮後、蒸留水とEt2Oで分液した。水相を減圧留去し濃縮後、陰イオン交換カラムクロマトグラフィー、中圧カラムクロマトグラフィーで精製し、化合物T5を得た。
収量:18 mg 収率:15%
ESI-MS (negative ion mode) m/z, found=1288.4, calculated for [(M-H)-]=1289.5
を減圧留去し真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-MeOH (8 mL)に溶かし、TEA (876 μL, 6.30 mmol, F.W. 101.19, d=0.728 g/mL)、TFA Ethyl Ester (5.3 mL, 44.3 mmol, F.W. 142.08, d=1.190 g/mL)を加え、室温で2時間攪拌した。反応終了後、反応液を
減圧留去し、CHCl3(10 mL)で3回共沸させ真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-DMF(5 mL)に溶かし、imidazole (1.020 g, 15.0 mmol, F.W. 68.08)、TBDMS-Cl(1.128 g, 7.48 mmol, F.W. 150.72)をDry-DMF (5 mL)に溶かしたものを加え、室温で3時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、残渣をAcOEt:Et2O=1:1混合液に溶かし、飽和重曹
水と飽和食塩水で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去した
。これをシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μL, 0.5→5% MeOH /CH2Cl2) , (Silica gel 60, 40-50 μL, 30%→50% AcOEt /hexane)によって精製し化合物A2および化合物A2-1を得た。
収量:288 mg 収率:24%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.29 (1H, s) 7.76 (1H, d) 7.47 (1H, s) 6.65 (1H, t) 6.14 (1H, d) 4.53 (1H, m) 3.96 (1H, m) 3.77 (2H, m) 3.30-3.36 (4H, m) 2.30-2.43 (2H, m) 1.50-1.55 (4H, m) 1.24-1.28 (19H, m) 0.87-0.91 (18H, m) 0.05-0.09 (12H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=827.7, calculated for [(M+H)+]=827.5
収量:176 mg 収率:17%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.32 (1H, s) 7.77 (1H, d) 7.51 (1H, s) 6.71 (1H, t) 6.18 (1H, d) 4.62 (1H, m) 4.04 (1H, m) 3.86 (2H, m) 3.34-3.42 (4H, m) 2.44-2.60 (2H, m) 1.54-1.60 (4H, m) 1.27-1.33 (16H, m) 0.92-0.94 (9H, m) 0.10-0.12 (12H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=713.1, calculated for [(M+H)+]=713.4
、28%NH3水溶液を加え、室温で攪拌した。反応が進行しなくなったら反応液を減圧留去し、再度NH3/MeOH溶液と28%NH3水溶液を加えた。反応終了後、反応液を減圧留去し真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-DMF (1 mL)に溶かし、mPEG acid (269 mg, 457 μmol, F.W.588.7)、HBTU (210 mg, 554 μmol, F.W. 379.25)、HOBt・H2O (87 mg, 567 μmol, F.W. 153.44)のDry-DMF溶液 (1 mL)にDIPEA (128 μL, 733 μmol, F.W. 129.55, d=0.742 g/mL)を加えたものを滴下し、室温で1時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留
去し、残渣をethyl acetateに溶かし、飽和重曹水と飽和食塩水で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去した。これをシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 2-3% MeOH/CHCl3)によって精製し化合物A3を得た。
収量:375 mg 収率:79%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.31 (1H, s) 7.76 (1H, d) 7.52 (1H, s) 6.68 (1H, t) 6.24 (1H, d) 4.56 (1H, m) 3.99 (1H, m) 3.80 (2H, m) 3.73 (2H, t) 3.64-3.66 (45H, m) 3.38 (3H, s) 3.34-3.41 (2H, m) 3.18-3.25 (2H, m) 2.49 (2H, t) 2.33-2.43 (2H, m) 1.47-1.60 (4H, m) 1.27-1.33 (17H, m) 0.91-0.94 (19H, m) 0.09-0.11 (12H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1301.3, calculated for [(M+Na)+]=1301.8
し、28%NH3水溶液を加え、室温で攪拌した。反応が進行しなくなったら反応液を減圧留去し、再度NH3/MeOH溶液と28%NH3水溶液を加えた。反応終了後、反応液を減圧留去し真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-DMF (1 mL)に溶かし、mPEG acid (162 mg, 375 μmol, F.W.588.7)、HBTU (148 mg, 369 μmol, F.W. 379.25)、HOBt・H2O (59 mg, 385 μmol, F.W. 153.44)のDry-DMF溶液 (1 mL)にDIPEA (88 μL, 504 μmol, F.W. 129.55, d=
0.742 g/mL)を加えたものを滴下し、室温で1時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、残渣をethyl acetateに溶かし、飽和重曹水と飽和食塩水で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去した。これをシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 2-4% MeOH/CHCl3)によって精製し化合物A3-1を得た。
収量:160 mg 収率:54%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.30 (1H, s) 7.76 (1H, d) 7.53 (1H, s) 6.70 (1H, t) 6.25 (1H, d) 4.62 (1H, m) 4.02 (1H, m) 3.86 (2H, m) 3.73 (2H, t) 3.60-3.66 (44H, m) 3.38 (3H, s) 3.34-3.45 (2H, m) 3.18-3.25 (2H, m) 2.47 (2H, t) 2.45-2.56 (2H, m) 1.49-1.61 (4H, m) 1.27-1.32 (16H, m) 0.92-0.93 (9H, m) 0.11 (6H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1187.2, calculated for [(M+Na)+]=1187.7
合物A3-1 (135 mg, 134 μmol, F.W. 1301.84)をDry-DMF (1 mL)に溶かし、1 M Tetra-n-butylammonium fluoride inTHF (410 μL, 410 μmol, F.W. 261.45)を加え、室温で1時
間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去した。残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 3-5% MeOH/CHCl3), (Wakosil 40C18, 30-50 μm, 100%H2O→70% MeOH/H2O)によって精製し化合物A4を得た。
収量:423 mg 収率:93%
1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.25 (1H, s) 7.74 (1H, d) 7.42 (1H, s) 6.33 (1H, d) 6.32 (1H, t) 4.76 (1H, m) 4.15 (1H, m) 3.81-3.96 (2H, m) 3.72 (2H, t) 3.63-3.66 (43H, m) 3.38 (3H, s) 3.20-3.29 (6H, m) 2.61 (3H, m) 2.46 (2H, t) 2.30-2.35 (1H, m) 1.55-1.67 (4H, m) 1.26-1.29 (15H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=
1073.9, calculated for [(M+Na)+]=1073.6
した。氷浴下で5分攪拌後、TEAB bufferを加え反応をクエンチさせた。反応液を減圧留去し濃縮後、蒸留水とEt2Oで分液した。水相を減圧留去し濃縮後、陰イオン交換カラムクロマトグラフィー、中圧カラムクロマトグラフィーで精製し、化合物A5を得た。
収量:19 mg 収率:14%
ESI-MS (negative ion mode) m/z, found=1311.4, calculated for [(M-H)-]=1311.6
拌後、2,4,6-Triisopropylbenzenesulfonyl chloride (256 mg, 845 μmol, F.W. 302.86)とN,N-dimethyl-4-aminopyridine (16 mg, 131 μmol, F.W. 122.17)をDry-CH2Cl2 (1mL)に溶かしたものを加え、10 ℃で20時間攪拌した。ここにNH3/MeOH溶液 (5 mL)を加え、10 ℃で1時間攪拌した。反応液を減圧留去し、CH2Cl2に溶かし水で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 3%→10% MeOH/CHCl3)によって精製し化合物C1を得た。
収量:282 mg 収率:78%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.00 (1H, s) 7.32 (1H, d) 6.29 (1H, dd) 6.25 (1H, t) 4.37 (1H, m) 4.01 (1H, m) 3.81 (2H, m) 3.72 (2H, t) 3.63-3.66 (50H, m) 3.38 (3H,s) 3.19-3.30 (4H, m) 2.50 (1H, m) 2.46 (2H, t) 2.00 (1H, m) 1.45-1.50 (4H, m) 1.25-1.28 (19H, m) 0.89-0.90 (19H, m) 0.08-0.11 (13H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1301.0, calculated for [(M+Na)+]=1300.8
、TREAT-HF (822 μL, 4.89 mmol, F.W. 161.21, d=0.989 g/mL)を加え、室温で2時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、シリカゲルカラムクロマトグラフィー(Wakosil 40C18, 30-50 μm, 10%→90% MeOH/H2O)によって精製し化合物C2を得た。
収量:172 mg 収率:98%
1H NMR (400 MHz, CD3OD) δ 8.77 (1H, s) 7.37 (1H, d) 7.09 (1H, s) 6.41 (1H, d) 4.42 (1H, m) 4.00 (1H, m) 3.86 (2H, m) 3.72 (2H, t) 3.60-3.63 (45H, m) 3.36 (3H, s) 3.15-3.31 (4H, m) 2.46 (1H, m) 2.43 (2H, t) 2.27 (1H, m) 1.48-1.57 (4H, m) 1.31-1.34 (17H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1050.9, calculated for [(M+H)+]=1050.5
回共沸し、Dry-MeCN (5 mL)で3回共沸し、N,N,N´,N´-Tetramethyl-1,8-naphthalenediamine (21 mg, 98.0 μmol, F.W. 214.31)を加え、一晩真空乾燥させた。これをTrimethylphosphate (1 mL)に溶かし、氷冷下で30分攪拌した。氷冷下でPhosphoryl chloride (12.2 μL, 131 μmol, F.W. 153.33, d = 1.645 g/mL)を加え、45分撹拌した。その後、氷冷下でDry-Tributhyl amine (65 μL, 272 μmol, F.W. 185.35, d = 0.775 g/mL)、0.5 M Diphosphoric acid in DMF (840μL, 420 μmol, F.W. 177.98)を加え、室温で1時間撹拌した。氷浴下で5分攪拌後、TEAB bufferを加え反応をクエンチさせた。反応液を減圧留去し濃縮後、蒸留水とEt2Oで分液した。水相を減圧留去し濃縮後、陰イオン交換カラムクロマトグラフィー、中圧カラムクロマトグラフィー、HPLCで精製し、化合物C3を得た。
収量:1.1 mg 収率:1.4%
ESI-MS (negative ion mode) m/z, found=1287.3, calculated for [(M-H)-]=1288.5
化合物G2を得た。同様の反応を再度行なった。
収量:1.958 g 収率:56%
総収量:2.648 総収率:53%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.38 (1H, m) 6.56 (1H, m) 1.31 (1H, d); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=239.2, calculated for [(M+Na)+]=239.1
かし、 N-iodosuccinimide (1.131 g, 5.03 mmol, F.W. 224.98)をDry-DMF (4 mL)に溶かして加え、室温で1時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、残渣を水と少量のMeOHを加え懸濁させ、吸引濾過し、濾物を冷MeOHで洗浄し化合物G3を得た。同様の反応を
再度行なった。
収量:1.367 g 収率:82%
総収量:3.345 g 総収率:87%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.52 (1H, s) 2.78 (1H, m) 1.20 (1H, d); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=364.9, calculated for [(M+H)+]=364.9
化合物G4を得た。同様の反応を再度行なった。
収量:2.127 g 収率:81%
総収量:5.504 g 総収率:82%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.95 (5H, m) 7.42 (1H, s) 7.27 (4H, m) 6.69 (1H, t) 5.76 (1H, m) 4.72 (2H, m) 4.60 (1H, m) 2.92 (1H, m) 2.73-2.90 (2H, m) 2.45 (3H,s)
2.43 (3H, s) 1.29 (6H, d); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=717.0, calculated for [(M+H)+]=717.1
乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 100% CH2Cl2→20% AcOEt /CH2Cl2)によって精製し、残渣をMeOHに懸濁させ吸引濾過し、濾物として化合物G5を得た。同様の反応を再度行なった。
収量:1.503 g 収率:72%
総収量:3.536 g 総収率:68%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 8.08 (1H, d) 7.92-8.00 (5H, m) 7.62 (1H, s) 6.73 (1H,t) 5.97 (1H, d) 5.80 (1H, m) 4.85 (1H, m) 4.61-4.68 (2H, m) 3.81 (3H, s) 2.97 (1H, m) 2.80-2.91 (2H, m) 2.46 (3H, s) 2.43 (3H, s) 1.30 (3H, s) 1.28 (3H, s); ESI
-MS (positive ion mode) m/z, found=675.2, calculated for [(M+H)+]=675.2
シリカゲルカラムクロマトグラフィー(Wakosil 40C18, 30-50 μm, 100%水→70% MeOH/水)によって精製し化合物G6を得た。同様の反応を再度行なった。
総収量:1.371 g 総収率:81%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.55 (1H, d) 7.39 (1H, s) 6.63 (1H, d) 6.39 (1H, t) 4.50 (1H, m) 4.06 (3H, s) 3.97 (1H, m) 3.75 (2H, m) 2.63 (1H, m) 2.26 (1H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=351.3, calculated for [(M+H)+]=351.1
濁させ、NaI (808 mg, 5.39 mmol, F.W. 149.89)をDry-MeCN (10 mL)に溶かして加えたのち、Trimethylsilyl chloride (680 μL, 5.38 mmol, F.W. 108.64)を加え、室温で1時間攪拌した。90 ℃のオイルバスで終夜還流させた。反応終了後、反応液を減圧留去し、残
渣を水に懸濁させ、吸引濾過し、濾物をMeOHで洗浄した。濾液はシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Wakosil 40C18, 30-50 μm, 100%水→70% MeOH/水)によって精製し化合物G7を得た。同様の反応を再度行なった。
総収量:800 mg 総収率:69%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.67 (1H, d) 7.42 (1H, s) 7.11 (1H, d) 6.40 (1H, t) 4
.48 (1H, m) 3.94 (1H, m) 3.74 (1H, m) 2.49 (1H, m) 2.28 (1H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=337.3, calculated for [(M+H)+]=337.1
。化合物G7 (160 mg, 476 μmol, F.W. 336.30)、PyBOP (631 mg, 1.21 mmol, F.W. 520.39)、HOBt・H2O (210 mg, 1.37 mmol, F.W. 153.44)をDry-DMF (10 mL)に溶かしDIPEA (1.7 mL, 9.74 mmol)を加えたものを滴下し、室温で1時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-MeOH (2.5 mL)に溶かし、TEA (200 μL, 1.44 mmol, F.W. 101.19, d=0.728 g/mL)、TFA Ethyl Ester (1.70 mL, 14.2 mmol, F.W. 142.08, d=1.190 g/mL)を加え、室温で2時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、CHCl3 (10 mL)で3回共沸させ真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-DMF (2 mL)に溶かし、imidazole (330 mg, 4.85 mmol, F.W. 68.08)、TBDMS-Cl(360 mg, 2.89 μmol, F.W. 150.72)をDry-DMF (2 mL)に溶かしたものを加え、室温で2時間攪拌した
。反応の進行が止まったため、imidazole (664 mg, 9.75 mmol)、TBDMS-Cl(717 mg, 4.76μmol)をDry-DMF (2 mL)に溶かしたものを加え、室温で4時間攪拌した。反応終了後、反
応液を減圧留去し、残渣をAcOEt:Et2O=1:1混合液に溶かし、飽和重曹水と飽和食塩水
で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去した。これをシリカ
ゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 40-50 μm, 50%→60% AcOEt /hexane)によって精製し化合物G8を得た。
収量:213 mg 収率:53%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.52 (1H, d) 7.18 (1H, d) 7.10 (1H, s) 6.42 (1H, t) 4.51 (1H, m) 3.94 (1H, m) 3.75 (2H, m) 3.24-3.37 (4H, m) 2.28-2.33 (2H, m) 1.47-1.58 (4H, m) 1.22-1.27 (18H, m) 0.92-0.90 (18H, m) 0.09-0.11 (12H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=843.5, calculated for [(M+H)+]=843.5
、28%NH3水溶液を加え、室温で攪拌した。反応が進行しなくなったら反応液を減圧留去し、再度NH3/MeOH溶液と28%NH3水溶液を加えた。反応終了後、反応液を減圧留去し真空乾燥させた。真空乾燥させた残渣をDry-DMF (1 mL)に溶かし、mPEG acid(176 mg, 299 μmol,F.W. 588.7)、HBTU (146 mg, 385 μmol, F.W. 379.25)、HOBt・H2O (58 mg, 378 μmol,
F.W. 153.44)をDry-DMFに溶かしDIPEA (88 μL, 504 μmol, F.W. 129.55, d=0.742 g/mL)を加えたものを滴下し、室温で1時間攪拌した。反応終了後、反応液を減圧留去し、
残渣をAcOEtに溶かし、飽和重曹水と飽和食塩水で洗浄した。有機相をMgSO4で乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去した。これをシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 3%→6% MeOH/CHCl3)によって精製し化合物G9を得た。
収量: 171 mg 収率:51%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.48 (2H, d) 7.04 (1H, s) 6.44 (1H, t) 4.52 (1H, m) 3.91 (1H, m) 3.69-3.76 (4H, m) 3.64-3.66 (49H, m) 3.39 (3H, s) 3.36 (2H, m) 3.23 (2H, m) 2.48 (2H, t) 2.20-2.34 (2H, m) 1.44-1.56 (6H, m) 1.26 (19H, m) 0.90-0.95(20H, m) 0.09-0.11 (12H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1317.9, calculated for [(M+H)+]=1317.8
し、氷浴下で10分攪拌した。Trimethylsilyl chloride (94 μL, 744 μmol, F.W. 108.64, d=0.856 g/mL)を加え氷浴下で30分攪拌後、isobutyryl chloride (60 μL, 573 μmol, F.W. 106.55, d=1.107 g/mL)を加え室温で1時間攪拌した。反応終了後、反応液を減
圧留去し、残渣をAcOEtに溶かし、飽和重曹水と飽和食塩水で洗浄した。有機相をMgSO4で
乾燥後、吸引濾過し、濾液を減圧留去した。これをシリカゲルカラムクロマトグラフィー(Silica gel 60, 63-210 μm, 1%→5% MeOH/CHCl3)によって精製し化合物G10を得た。
収量:58 mg 収率:44%
1H NMR (400 MHz, CDCl3) δ 7.63 (1H, d) 7.49 (1H, s) 7.24 (1H, d) 6.42 (1H, m) 4.55 (1H, m) 4.19 (1H, m) 3.95 (1H, m) 3.78-3.83 (2H, m) 3.73 (4H, t) 3.39 (3H, s) 3.64-3.66 (62H, m) 3.35 (3H, m) 3.21 (3H, m) 2.59-2.75 (2H, m) 2.47 (3H, m) 2.23-2.36 (3H, m) 1.45-1.56 (4H, m) 1.26-1.31 (18H, m) 0.93 (21H, m) 0.09-0.12 (14H, m); ESI-MS (positive ion mode) m/z, found=1409.5, calculated for [(M+Na)+]=1409.9
冷下でDry-Tributhyl amine (95 μL, 402 μmol, F.W. 185.35, d = 0.775 g/mL)、0.5 M Diphosphoric acid in DMF (1.24 mL, 620 μmol, F.W. 177.98)を加え、室温で1時間
撹拌した。氷浴下で5分攪拌後、TEAB bufferを加え反応をクエンチさせた。反応液を減圧留去し濃縮後、蒸留水とEt2Oで分液した。水相を減圧留去し濃縮後、陰イオン交換カラムクロマトグラフィー、中圧カラムクロマトグラフィーで精製し、化合物G12-1を得た。
収量:8 mg 収率:18%
ESI-MS (negative ion mode) m/z, found=1327.6, calculated for [(M+H)+]=1327.6
1. 修飾アデノシン誘導体A5の導入 Primer Extension
行った(0.5分、5分)。伸長反応の確認は20%変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(TBE Buffer、200V、45℃、140分)によって行った。結果を図1に示す。
Primer 5'-GGATTAGCGAACAGGCCATACCTTT-3' 配列番号1
Template 3'-CCTAATCGCTTGTCCGGTATGGAAATAAGCC-5' 配列番号2
行った(0.5分、5分)。伸長反応の確認は20%変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(TB
E Buffer、200V、45℃、140分)によって行った。結果を図2に示す。
Primer 5'-GGATTAGCGAACAGGCCATACCTTT-3' 配列番号1
Template 3'-CCTAATCGCTTGTCCGGTATGGAAAATAGCC-5' 配列番号3
行った(0.5分、5分)。伸長反応の確認は20%変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(TBE Buffer、200V、45℃、140分)によって行った。結果を図3に示す。
Primer 5'-GGATTAGCGAACAGGCCATACCTTT-3' 配列番号1
Template 3'-CCTAATCGCTTGTCCGGTATGGAAAGAAGCC-5' 配列番号4
行った(0.5分、5分)。伸長反応の確認は20%変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(TBE Buffer、200V、45℃、140分)によって行った。結果を図4に示す。
Primer 5'-GGATTAGCGAACAGGCCATACCTTT-3' 配列番号1
Template 3'-CCTAATCGCTTGTCCGGTATGGAAACAAGCC-5' 配列番号5
天然の基質の代わりに修飾基質を用いて、One primer PCRを以下の条件で行なった。
反応の確認は10%変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(TBE Buffer、200V、45℃、45分)によって行った。結果を図5に示す。
天然の基質の代わりに修飾基質を用いて、One primer PCRを以下の条件で行なった。
反応の確認は10%変性ポリアクリルアミドゲル電気泳動(TBE Buffer、200V、45℃、45分)によって行った。結果を図6に示す。
PCRを以下の条件で行なった。A5、T5、C3、G12-1の混合液と天然のdNTPsを、比を変え
て混合し、基質として用いた。修飾基質の割合が15%および20%の反応液には最終濃度が5%になるようにMeCNを添加した。
反応の確認は1%アガロースゲル電気泳動(TBE Buffer、100V、室温、45分)を行い、EtBr染色により確認した。結果を図7に示す。
5'-GAGCGGCAGTTTGATGGAAGTTATCCGTCAAACGTTACGGGTCCTCAAATCGGTCCCATAACGTTACGGGATCCAGTTTCGAATACCCCACACCCGCTCTTTGGTTCT-3' 配列番号6
primer領域
Primer FE#P2F
5'-AGAACCAAAGAGCGGGTGTG-3' 配列番号7
修飾体三種導入における連続配列
ATC導入
5'-GAGCGGCAGTTTGATGGAAGTTATCCGTCAAACGTTACGGGTCCTCAAATCGGTCCCATAACGTTACGGGATCCAGTTTCGAATACCCCACACCCGCTCTTTGGTTCT-3' 配列番号6
ATG導入
5'-GAGCGGCAGTTTGATGGAAGTTATCCGTCAAACGTTACGGGTCCTCAAATCGGTCCCATAACGTTACGGGATCCAGTTTCGAATACCCCACACCCGCTCTTTGGTTCT-3' 配列番号6
ACG導入
5'-GAGCGGCAGTTTGATGGAAGTTATCCGTCAAACGTTACGGGTCCTCAAATCGGTCCCATAACGTTACGGGATCCAGTTTCGAATACCCCACACCCGCTCTTTGGTTCT-3' 配列番号6
TCG導入
5'-GAGCGGCAGTTTGATGGAAGTTATCCGTCAAACGTTACGGGTCCTCAAATCGGTCCCATAACGTTACGGGATCCAGTTTCGAATACCCCACACCCGCTCTTTGGTTCT-3' 配列番号6
PCRを以下の条件で行なった。A5、T5、C3、G12-1の混合液と天然のdNTPsを、15:85の比
で混合し、基質として用いた。最終濃度が5%になるようにMeCNを添加した。
反応の確認は1%アガロースゲル電気泳動(TBE Buffer、100V、室温、45分)を行い、488nnレーザー照射(FAM等検出モード)と512nnレーザー照射(EtBr等検出モード)により確認した。結果を図8に示す。
PCRを以下の条件で行なった。A5、T5、C3、G12-1の混合液と天然のdNTPsを、20:80の比で混合し、基質として用いた。最終濃度が5%になるようにMeCNを添加した。
反応の確認は1%アガロースゲル電気泳動(TBE Buffer、100V、室温、45分)を行い、外
部レーザー(FAM)とEtBr染色により確認した。結果を図9に示す。
導入を検討したアプタマー
・TBA:AGT CCG TGG TAG GGC AGG TTG GGG TGA CT:配列番号8
・TBA#Tm4(TBAに修飾T(T5) 4個入り)
AGT CCG TGG TAG GGC AGG TTG GGG TGA CT t t t t:配列番号9
tは修飾T(DP3)を示す。
TBA:Thrombin-binding aptamer(トロンビン結合アプタマー)
・HEPG2(どのウェルも1つあたり7.5×104cell)
新田ゼラチン製cellmatrix 0.3mg/ml 塩酸溶液を150μLずつチャンバーセル(1cm×1cm)に入れた。1時間室温で放置して溶液を取り出した。1晩自然乾燥した。ディッシュに培養した細胞を取り出すために培地を抜き取り、PBS1mM EDTA溶液で洗浄後、トリプシン溶液
で細胞を取り出した。そこに培地4mLを加えて全量5mLとして全量を遠沈管にうつし、1krpm.1minで遠心分離した。上澄みを捨てて、さらに5mLの培地を加えて懸濁させて1krpm.1minで遠心分離した。これをもう一度繰り返した。その後7.5×104cell/450μlの細胞溶液
を調製した。コラーゲン処理したチャンバーに450μLの細胞液を中心によらないように流し入れた。24時間培養した。37℃,95%Air,5%CO2.培地を400μL抜き取ったあと、培地を360μLいれ40μL(DNA・Thr20μL(DNA2.7μM、Th2.7μM) ,FIB20μL(13.5μM))の試薬(PBS
溶液)を添加した。そのまま48時間培養した。48時間後、細胞を解離処理しチャンバーか
ら剥がし、顕微鏡で観察した。
培地:Wako D-MEM 低グルコース、(L-グルタミン、フェノールレッド含有)
抗生物質、ウシ血清入り
培養条件37℃,95%Air,5%CO2
PBS:11.8mM リン酸,157mM NaCl,4.5mM KCl
DNA・Th溶液はDNAを5.4μMでアニーリング後5.4μMのTh溶液を1:1 で加えて(共にPBS溶液)37℃でインキュベートした。
アプタマーとしてはTBAよりも、本発明の修飾ヌクレオチドを導入したTBA#Tm4が効果的であった。アプタマーにTBA#Tm4を用い、トロンビンとフィブリノゲンを加えた時に、解離
処理後も細胞同士が特に強固に接着した塊が観察された(図11(D))。
導入検討したアプタマー
・TBA#Tm4(TBAに修飾T(T5) 4個入り)
導入検討に用いた細胞
・HeLa (どのウェルも1つあたり10×104cell)
新田ゼラチン製cellmatrix 0.3mg/ml 塩酸溶液を150μLずつチャンバーセル(1cm×1cm)に入れた。1時間室温で放置して溶液を取り出した。1晩自然乾燥した。
ディッシュに培養した細胞を取り出すために培地を抜き取り、PBS 1mM・EDTA溶液で洗浄
、除去、続いてトリプシン溶液1mLで細胞をはがし取り出した。そこに培地4mLを加えて全量5mLとして遠沈管にうつし、1krpm.1minで遠心分離した。上澄みを捨てて、さらに5mL
の培地を加えて懸濁させて1krpm.1minで遠心分離した。これをもう一度繰り返した。その後2.2×105cell/ml(10×104cell/450μl)の細胞溶液を調製した。コラーゲン処理したチ
ャンバーに450μLの細胞懸濁液を中心によらないように流し入れた。24時間培養した(37℃,95%Air,5%CO2)。その後培地を300μL抜き取ったあと、培地を225μLいれ75μL(DNA
・Thr30μL , Fibronectin (FN)25μL,FIB20μL)の試薬(PBS溶液)を添加した。そのまま72時間培養した。72時間後の各培養液の様子を撮影した。
培地:Wako D-MEM 低グルコース、(L-グルタミン、フェノールレッド含有)
抗生物質、ウシ血清入り
培養条件37℃,95%Air,5%CO2
PBS:11.8mM リン酸,157mM NaCl,4.5mM KCl
DNA・Th溶液はDNAを18μMでアニーリング後、18μMまたは3.6μMの濃度で18μMまたは3.6μMのTh溶液を1:1 (容量比)で混合しインキュベート37℃30minを行った。
m4(120nM)+Th(120nM)+FIB(600nM)(FN120nM)が最も良い結果をもたらした(図12(D)
)。尚、FNの添加による効果は小さかった。
1.ヒトトロンビン溶液の調製
ヒトトロンビン(Thrombin, Human Plasma, High Activity: Calbiochem)を蒸留水に溶かし、3時間静置した。その後、Buffer A(PO4 3-(11.8mM), Na+(157mM), K+(4.5mM), Cl-(約140mM); pH 7.4)にヒトトロンビン(40nM)を含む溶液を調製し、室温下で3時間静置した。その後、アプタマーとの混合液の調製に用いた。
阻害剤となるアプタマー(TBAもしくはTBA-m4)溶液(2μM)3.5μLに10×Buffer A 3.5μLと蒸留水28μLを加えてアプタマー溶液(200nM)を調製した。続いて、アプタマー溶液(200nM)35μLをアニーリングした(アニーリングは、熱変性を94℃で0.5分間行った後、0.5℃/分の速さで降温して25℃とした)。
アプタマー溶液(200nM)31μLとヒトトロンビン溶液(40nM)31μLとを混合し、37℃で30minインキュベーションした。
基質(SPECTROZYME TH:Sekisui Diagnostics,LLC)水溶液(5mM)40μLに10×Buffer A 20μLと蒸留水140μLを加えて基質溶液(1mM)を調製した。調製した基質溶液は温めて37℃とした。
μLをセルの中で混合した。アプタマーとヒトトロンビン、基質の最終濃度は、それぞれ50nMおよび10nM、0.5mMである。
変化2秒おきに記録し2000秒間追跡した。結果を図16に示す。
図16において、コントロール溶液は阻害剤を含まない反応液である。
p-nitroanilideのε405=9650M-1を用いて反応初速度を算出した。
反応初速度:v0
Control : 52.8nM・s-1
TBA-m4 : 12.8nM・s-1
TBA : 7.86nM・s-1
以上から、ヒトトロンビンに対し5当量の阻害剤存在下でも、プロテアーゼ活性は残っ
ていることが示された。
a) サンプル溶液の調製
1.ヒトトロンビン溶液の調製
ヒトトロンビンを蒸留水に溶かし3時間静置した。その後、Buffer Aにヒトトロンビン(480nM)を含む溶液を調製し、室温下で3時間放置した。その後、アプタマーとの混合液の
調製に用いた。
Buffer Aに溶解させたDNA溶液(480nM)を調製した。DNA溶液(480nM)をアニーリングした(アニーリングは、熱変性を94℃で0.5分間行った後、0.5℃/分の速さで降温して25℃とした)。
TBA :5’-FAM-AGT CCG TGG TAG GGC AGG TTG GGG TGA CT-3’(配列番号8)
TBA-m4:5’-FAM-AGT CCG TGG TAG GGC AGG TTG GGG TGA CTt ttt-3’(配列番号9)
WS :5’-FAM-TTT TTT TTT TAG GGC AGG TTG GGG TGA CT-3’(配列番号10)
WS-m4 :5’-FAM-TTT TTT TTT TAG GGC AGG TTG GGG TGA CTt ttt-3’(配列番号11)t=修飾T
DNA溶液(480nM) 20μLとヒトトロンビン溶液(480nM)20μLとを混合し、37℃で30分間インキュベーションした。
Buffer Aに溶解させたFluorescein (480 nM)を調製した。
Fluorescein溶液(480nM) 20μLとヒトトロンビン溶液(480nM)20μLとを混合し、37℃で30分間インキュベーションした。
FL-Thrombinは、キット(Fluorescein Labeling Kit-NH2; Dojindo)でヒトトロンビンを蛍光標識化することで調製した。Buffer AにFL-Thrombin (240nM)を含む溶液40μLを調製し、37℃で30分間インキュベーションした。
フィブリノゲン(Fibrinogen, Human Plasma:Calbiochem)はBuffer Aに溶解し3時間
転倒混和させた。その後、室温下で6時間静置した。続いて、Buffer Aで希釈し12μM, 6
μM, 3μM, 2.0μM, 1.2μM, 0.6μMのフィブリノゲン溶液をそれぞれ調製した。
DNA・ヒトトロンビン混合液(各240nM) 35μLと濃度の異なるフィブリノゲン溶液(12μM, 6μM, 3μM, 2.0μM, 1.2μM, 0.6μM, 0μM) 35μLとをそれぞれ混合し、25℃で30分
反応させた。
同様に、Fluorescein・ヒトトロンビン混合液およびFL-Thrombin溶液もフィブリノゲン溶液とそれぞれ混合し、25℃で30分反応させた。
最終濃度はそれぞれDNA(120nM), ヒトトロンビン(120nM), Fluorescein(120nM), FL-Thrombin(120nM), フィブリノゲン(6μM, 3μM, 2.0μM, 1.2μM, 0.6μM, 0.3μM, 0μM)
である。
、その平均値をプロットした。ただし、FL-Thrombinを用いた測定では、励起波長497nm、モニター波長522nmとした。結果を図17に示す。
反応液にヒトトロンビンがないときは蛍光偏光に大きな変化はないが、ヒトトロンビンが存在しフィブリンゲルが形成される条件下では、TBAもしくはTBA-m4があると蛍光偏光
が大きく上昇する(図17のA,B)。しかし、ヒトトロンビンに結合しないDNA(WS, WS-m4)
やFluoresceinでは、ヒトトロンビンが存在しようがしまいが蛍光偏光に大きな変化はな
い(図17のC,D,E)。また、FL-ThrombinはTBAが存在しようがしまいが、蛍光偏光が大き
く変化する(図17のF)。
以上から、ヒトトロンビンはフィブリンゲルに取り込まれ、また、ヒトトロンビンと複合体化するTBAおよびTBA-m4もフィブリンゲルに取り込まれることが示された。
[1]試薬の準備
a.試料溶液の調製
1.DNAのアニーリング
蒸留水に溶けている9.6μMのDNA30μLに2×BufferAを30μL加えて4.8μMのDNA BufferA溶液60μLを調製した。
4.8μMのDNA BufferA溶液を94℃で30秒のdenatureを行い、その後94℃から25℃まで0.5℃/分の早さでannealingした。
9.6μMのトロンビン溶液30μLに2×BufferA溶液を30μL加えて4.8μMトロンビン BufferA 溶液60μLを調製した。
4.8μMのDNA BufferA溶液60μLと4.8μMトロンビン BufferA 溶液60μLを混合し37℃で30分間インキュベートした。
フィブリノゲンをBufferAに溶解し3時間転倒混和させた。その後BufferAで希釈して6μM BufferA溶液を調製した。
1.培地で置換したトランズウェル(トランズウェルクリアー(ポリエステル製メンブレ
ン) メンブレン直径6.5mm,培養面積0.33cm2,メンブレン孔サイズ0.4μm, Corning Life science)1枚当たりに3.3×104/100μL, 1.5×104/100μL, 0.6×104/100μLのHe-La細胞
をまいた。メンブレンに定着するように24時間CO2インキュベーターにいれて培養した。
は、溶液量が100μLでDNA+Th複合体が120nM,フィブリノーゲンが600nMとなる。
プレートの方には、培地を90μL抜き取り、2.4μM のDNA+Th複合体( [20倍溶液],Final120nM) 30μL、6μMのフィブリノーゲン([10倍溶液],600nM) 60μLをいれた。最終濃度は、溶液量が600μLでDNA+Th複合体が120nM,フィブリノーゲンが600nMとなる。
図18(A)及び(B)は、それぞれコントロール及びフィブリノゲン添加の結果である。これらは、成長しきった細胞がはがれてしまっているため、写真内の細胞数は少なく、閑散としている。
(C)はフィブリノゲン及びDNA-トロンビン複合体を添加したものである。細胞同士は
ある程度密に集まっているが、次に示す(D)ほどの効果は見られなかった。
(D)はフィブリノゲン及びTBA-m4-トロンビン複合体を添加したものである。細胞同士が密に接着しており、他の3つと比べても効果が大きい。
Claims (14)
- 下記式(I−1)〜(I−4)の何れかの式で表されるヌクレオシド誘導体又はその塩。
キシル基(−OH)、アミノ基(−NH2)、又はメルカプト基(−SH)を、R2はそれぞれ独立に水素原子(−H)又はヒドロキシル基の保護基を、R3はそれぞれ独立に水素
原子(−H)又は炭素数1〜6の炭化水素基を、Aは−CONH−または−CH2NHCO−を、Yは分岐構造及び/又は不飽和結合を含んでいてもよい炭素数2〜12の2価の炭化水素基を、nは2〜20の整数を、pは1〜6の整数を、qは1〜20の整数を、rは1〜6の整数を表す。) - 請求項1に記載のヌクレオシド誘導体の5’−リン酸エステル、ホスホロチオエート体又はそれらの塩。
- 請求項2に記載の5’−リン酸エステル、ホスホロチオエート体もしくはそれらの塩、又はこれに標識物質を導入した標識ヌクレオチド誘導体を含む、ポリヌクレオチド合成用基質溶液。
- 請求項3に記載のポリヌクレオチド合成用基質溶液を含む、ポリヌクレオチド合成用試薬。
- 請求項2に記載の5’−リン酸エステル、ホスホロチオエート体もしくはそれらの塩、又はこれらに標識物質を導入した標識ヌクレオチド誘導体を合成用基質として用いることを特徴とする、ポリヌクレオチドの製造方法。
- 請求項2に記載のヌクレオシド誘導体の5’−リン酸エステル及び/又はそのホスホロチオエート体を構成単位として含むポリヌクレオチド。
- リガンド結合配列を含む、請求項6に記載のポリヌクレオチド。
- リガンド結合配列がトロンビンまたはフィブリン、フィブリノゲン結合配列である、請求項7に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項7または8に記載のポリヌクレオチドとトロンビン、もしくはポリヌクレオチドとトロンビン及びフィブリノゲンを用いて細胞を培養することを特徴とする、細胞培養方法。
- 請求項7または8に記載のポリヌクレオチドとトロンビン、もしくは該ポリヌクレオチドとトロンビン及びフィブリノゲンを含む、フィブリンゲル。
- 核酸アプタマーである、請求項6に記載のポリヌクレオチド。
- 請求項6または11に記載のポリヌクレオチドを含む、ポリヌクレオチドライブラリー。
- 請求項12に記載のポリヌクレオチドライブラリーを用いて標的物質結合性ポリヌクレオチドを選択する工程を含む、核酸アプタマーの選択方法。
- トロンビン結合物質とトロンビン、もしくはトロンビン結合物質とトロンビン及びフィブリノゲンを内包する、フィブリンゲル。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2014085895A JP6274570B2 (ja) | 2013-11-12 | 2014-04-17 | 新規ヌクレオシド誘導体、それを含むポリヌクレオチドならびに該ポリヌクレオチドを用いたボトムアップ的三次元細胞培養方法および核酸アプタマーの選択方法 |
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2013234473 | 2013-11-12 | ||
JP2013234473 | 2013-11-12 | ||
JP2014085895A JP6274570B2 (ja) | 2013-11-12 | 2014-04-17 | 新規ヌクレオシド誘導体、それを含むポリヌクレオチドならびに該ポリヌクレオチドを用いたボトムアップ的三次元細胞培養方法および核酸アプタマーの選択方法 |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017254708A Division JP6479154B2 (ja) | 2013-11-12 | 2017-12-28 | トロンビン結合物質とトロンビンを含む、フィブリンゲル |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2015117228A true JP2015117228A (ja) | 2015-06-25 |
JP6274570B2 JP6274570B2 (ja) | 2018-02-07 |
Family
ID=53530290
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2014085895A Active JP6274570B2 (ja) | 2013-11-12 | 2014-04-17 | 新規ヌクレオシド誘導体、それを含むポリヌクレオチドならびに該ポリヌクレオチドを用いたボトムアップ的三次元細胞培養方法および核酸アプタマーの選択方法 |
JP2017254708A Active JP6479154B2 (ja) | 2013-11-12 | 2017-12-28 | トロンビン結合物質とトロンビンを含む、フィブリンゲル |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2017254708A Active JP6479154B2 (ja) | 2013-11-12 | 2017-12-28 | トロンビン結合物質とトロンビンを含む、フィブリンゲル |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (2) | JP6274570B2 (ja) |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012085064A1 (en) * | 2010-12-23 | 2012-06-28 | Roche Diagnostics Gmbh | Detection of a posttranslationally modified polypeptide by a bi-valent binding agent |
US20130231473A1 (en) * | 2012-03-01 | 2013-09-05 | Tom Brown | Oligonucleotide ligation |
Family Cites Families (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP3576063B2 (ja) * | 2000-02-22 | 2004-10-13 | 株式会社ホギメディカル | 凝固蛋白質を含む可溶性創傷治癒止血セルロース繊維とその製造方法 |
US20100080791A1 (en) * | 2008-09-26 | 2010-04-01 | Rousseau Robert A | Composition and Method For Treating Tissue Defects |
-
2014
- 2014-04-17 JP JP2014085895A patent/JP6274570B2/ja active Active
-
2017
- 2017-12-28 JP JP2017254708A patent/JP6479154B2/ja active Active
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012085064A1 (en) * | 2010-12-23 | 2012-06-28 | Roche Diagnostics Gmbh | Detection of a posttranslationally modified polypeptide by a bi-valent binding agent |
US20130231473A1 (en) * | 2012-03-01 | 2013-09-05 | Tom Brown | Oligonucleotide ligation |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP6479154B2 (ja) | 2019-03-06 |
JP6274570B2 (ja) | 2018-02-07 |
JP2018058898A (ja) | 2018-04-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP6867636B1 (ja) | アンチセンス核酸 | |
KR102335810B1 (ko) | 안티센스 핵산 | |
JP2021073182A (ja) | 修飾二本鎖rna剤 | |
Sahu et al. | Synthesis of conformationally preorganized and cell-permeable guanidine-based γ-peptide nucleic acids (γGPNAs) | |
CA2682161A1 (en) | Compositions and methods for inhibiting expression of a gene from ebola virus | |
CN106795197A (zh) | 改性寡核苷酸及其制备方法 | |
KR102520362B1 (ko) | 당쇄 리간드가 링커를 통해 올리고뉴클레오티드와 결합한 핵산 복합체 | |
JP2021507709A (ja) | キラル富化二本鎖rna剤 | |
CN104024414A (zh) | 反义核酸 | |
UA44253C2 (uk) | Похідні фосфономоноефірів нуклеїнових кислот та олігонуклеотидвмісні похідні фосфономоноефірів нуклеїнових кислот | |
JP6368318B2 (ja) | ヌクレオシド誘導体又はその塩、ヌクレオシド誘導体の5’−リン酸エステル又はその塩、ヌクレオシド誘導体の3’−ホスホロアミダイト化物又はその塩、並びにポリヌクレオチド | |
US5908845A (en) | Polyether nucleic acids | |
JPH09506770A (ja) | c−erbBの発現が関与する疾患を予防及び治療するためのアンチセンス核酸 | |
WO2005014609A2 (en) | Method of producing a highly stereoregular phosphorus atom-modified nucleotide analogue | |
JP2005015395A (ja) | 新規ピリミドピリミジンヌクレオシドとその構造類縁体 | |
WO2018156056A1 (ru) | Модифицированные олигонуклеотиды, активирующие рнказу н | |
JP2013040118A (ja) | 抗癌剤結合性核酸アプタマー及びその利用 | |
CN110760516A (zh) | 核酸适配体衍生物和氨基化的核酸适配体衍生物以及它们的应用和药物偶合物 | |
WO2022186350A1 (ja) | 非環式スレオニノール核酸 | |
Bhingardeve et al. | Receptor-specific delivery of peptide nucleic acids conjugated to three sequentially linked N-acetyl galactosamine moieties into hepatocytes | |
JP6704196B2 (ja) | オリゴヌクレオチド | |
TW202227135A (zh) | 用於遞送治療劑之脂質結合物 | |
JP6479154B2 (ja) | トロンビン結合物質とトロンビンを含む、フィブリンゲル | |
JPH08208686A (ja) | アミド主鎖を有するオリゴリボヌクレオチド | |
KR20140019435A (ko) | 동위체를 갖는 인산 화합물의 제조 방법 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20170328 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20170919 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20171117 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20171205 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20171228 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 6274570 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |