JP2015107095A - 眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】被験者由来の核酸を用いて、当該被験者の特定の64個のSNPからなる群より選択される1個以上のSNPの遺伝子型、及び/又はHLA遺伝子の遺伝子型をタイピングするタイピング工程と、前記タイピング工程により得られたタイピング結果に基づき、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを評価する評価工程と、を有することを特徴とする、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
【選択図】なし
Description
そこで、本発明は、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスク、特に、SJSとTENのうち眼合併症を伴うものの発症リスクを評価する方法を提供することを目的とする。
[1] 被験者由来の核酸を用いて、当該被験者のrs4687960、rs1435653、rs11926371、rs9840095、rs394290、rs11153964、rs2294839、rs7010748、rs7828925、rs10897326、rs4963361、rs9667913、rs10772898、rs1555278、rs6021911、rs4809905、rs6096940、rs1474794、rs6068268、rs4652974、rs539322、rs10783115、rs12143501、rs10800873、rs1223742、rs6696223、rs2678286、rs6732571、rs13061546、rs1922836、rs1363285、rs13167735、rs12201938、rs12664194、rs7764800、rs9483590、rs897693、rs4917014、rs10276619、rs4917129、rs12672431、rs687836、rs3779866、rs6994029、rs11252692、rs2254322、rs11012496、rs12256363、rs7314409、rs4761639、rs7335931、rs6572982、rs8038172、rs1706377、rs7169360、rs6494206、rs16948512、rs385270、rs7265535、rs6033377、rs6041271、rs35880718、rs1479569、及びrs276919からなる群より選択される1個以上の一塩基多型(SNP)の遺伝子型、及び/又はHLA遺伝子の遺伝子型をタイピングするタイピング工程と、
前記タイピング工程により得られたタイピング結果に基づき、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを評価する評価工程と、
を有することを特徴とする、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
[2] 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、
(1)rs4687960の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(2)rs1435653の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(3)rs11926371の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(4)rs9840095の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(5)rs394290の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(6)rs11153964の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(7)rs2294839の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(8)rs7010748の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(9)rs7828925の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(10)rs10897326の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(11)rs4963361の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(12)rs9667913の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(13)rs10772898の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(14)rs1555278の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(15)rs6021911の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(16)rs4809905の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(17)rs6096940の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(18)rs1474794の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(19)rs6068268の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(20)rs4652974の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(21)rs539322の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(22)rs10783115の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(23)rs12143501の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(24)rs10800873の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(25)rs1223742の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(26)rs6696223の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(27)rs2678286の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(28)rs6732571の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(29)rs13061546の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(30)rs1922836の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(31)rs1363285の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(32)rs13167735の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(33)rs12201938の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(34)rs12664194の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(35)rs7764800の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(36)rs9483590の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(37)rs897693の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(38)rs4917014の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(39)rs10276619の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(40)rs4917129の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(41)rs12672431の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(42)rs687836の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(43)rs3779866の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(44)rs6994029の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(45)rs11252692の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(46)rs2254322の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(47)rs11012496の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(48)rs12256363の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(49)rs7314409の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(50)rs4761639の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(51)rs7335931の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(52)rs6572982の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(53)rs8038172の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(54)rs1706377の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(55)rs7169360の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(56)rs6494206の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(57)rs16948512の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(58)rs385270の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、(59)rs7265535の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(60)rs6033377の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、(61)rs6041271の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(62)rs35880718の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、(63)rs1479569の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、(64)rs276919の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、又は(65)HLA遺伝子の遺伝子型が、B*13:01、B*44:03、若しくはB*46:01である場合に、前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは高いと評価し、
(66)rs2294839の遺伝子型が、TT型である場合、(67)rs4963361の遺伝子型が、AA型である場合、(68)rs539322の遺伝子型が、GG型である場合、(69)rs12143501の遺伝子型が、CC型である場合、(70)rs1922836の遺伝子型が、GG型である場合、(71)rs7764800の遺伝子型が、CC型である場合、(72)rs897693の遺伝子型が、TT型である場合、(73)rs12672431の遺伝子型が、GG型である場合、(74)rs687836の遺伝子型が、CC型である場合、(75)rs2254322の遺伝子型が、TT型である場合、(76)rs12256363の遺伝子型が、TT型である場合、(77)rs4761639の遺伝子型が、CC型である場合、(78)rs6572982の遺伝子型が、GG型である場合、(79)rs6494206の遺伝子型が、CC型である場合、(80)rs16948512の遺伝子型が、CC型である場合、(81)rs7265535の遺伝子型が、GG型である場合、(82)rs6041271の遺伝子型が、CC型である場合、(83)rs35880718の遺伝子型が、AA型である場合、(84)rs1479569の遺伝子型が、CC型である場合、(85)rs276919の遺伝子型が、GG型である場合、又は(86)HLA遺伝子の遺伝子型が、B*15:01、B*52:01、B*54:01、若しくはB*67:01である場合に、前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは低いと評価する、前記[1]の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
[3] 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、
(1)rs4687960の遺伝子型が、TT型である場合、(2)rs1435653の遺伝子型が、GG型である場合、(3)rs11926371の遺伝子型が、GG型である場合、(4)rs9840095の遺伝子型が、TT型である場合、(5)rs394290の遺伝子型が、CC型である場合、(6)rs11153964の遺伝子型が、TT型又はGT型である場合、(7)rs2294839の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、(8)rs7010748の遺伝子型が、AA型である場合、(9)rs7828925の遺伝子型が、GG型である場合、(10)rs10897326の遺伝子型が、TT型又はCT型である場合、(11)rs4963361の遺伝子型が、CC型又はAC型である場合、(12)rs9667913の遺伝子型が、AA型である場合、(13)rs10772898の遺伝子型が、GG型である場合、(14)rs1555278の遺伝子型が、CC型である場合、(15)rs6021911の遺伝子型が、AA型である場合、(16)rs4809905の遺伝子型が、GG型である場合、(17)rs6096940の遺伝子型が、AA型である場合、(18)rs1474794の遺伝子型が、CC型である場合(19)rs6068268の遺伝子型が、CC型である場合(20)rs4652974の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(21)rs539322の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(22)rs10783115の遺伝子型が、GG型又はGT型である場合、(23)rs12143501の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(24)rs10800873の遺伝子型が、AA型又はAC型である場合、(25)rs1223742の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(26)rs6696223の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(27)rs2678286の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(28)rs6732571の遺伝子型が、CC型である場合、(29)rs13061546の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(30)rs1922836の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(31)rs1363285の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(32)rs13167735の遺伝子型が、CC型又はCG型である場合、(33)rs12201938の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(34)rs12664194の遺伝子型が、AA型又はAC型である場合、(35)rs7764800の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(36)rs9483590の遺伝子型が、TT型である場合、(37)rs897693の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、(38)rs4917014の遺伝子型が、TT型である場合、(39)rs10276619の遺伝子型が、GG型である場合、(40)rs4917129の遺伝子型が、TT型である場合、(41)rs12672431の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(42)rs687836の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(43)rs3779866の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、(44)rs6994029の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(45)rs11252692の遺伝子型が、TT型又はCT型である場合、(46)rs2254322の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、(47)rs11012496の遺伝子型が、AA型又はGA型である場合、(48)rs12256363の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、(49)rs7314409の遺伝子型が、GG型又はGA型である場合、(50)rs4761639の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(51)rs7335931の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、(52)rs6572982の遺伝子型が、TT型又はTG型である場合、(53)rs8038172の遺伝子型が、AA型又はCA型である場合、(54)rs1706377の遺伝子型が、CC型である場合、(55)rs7169360の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(56)rs6494206の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(57)rs16948512の遺伝子型が、GG型又はGC型である場合、(58)rs385270の遺伝子型が、GG型又はGA型である場合、(59)rs7265535の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(60)rs6033377の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、(61)rs6041271の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(62)rs35880718の遺伝子型が、CC型又はCA型である場合、(63)rs1479569の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、(64)rs276919の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、又は(65)HLA遺伝子の遺伝子型が、B*13:01、B*44:03、若しくはB*46:01である場合に、前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは高いと評価する、前記[1]の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
[4] 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、
(1)rs4687960の遺伝子型が、TT型である場合、(2)rs1435653の遺伝子型が、GG型である場合、(3)rs11926371の遺伝子型が、GG型である場合、(4)rs9840095の遺伝子型が、TT型である場合、(5)rs394290の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、(6)rs11153964の遺伝子型が、TT型又はGT型である場合、(7)rs2294839の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、(8)rs7010748の遺伝子型が、AA型である場合、(9)rs7828925の遺伝子型が、GG型である場合、(10)rs10897326の遺伝子型が、TT型である場合、(11)rs4963361の遺伝子型が、CC型又はAC型である場合、(12)rs9667913の遺伝子型が、AA型である場合、(13)rs10772898の遺伝子型が、GG型である場合、(14)rs1555278の遺伝子型が、CC型である場合、(15)rs6021911の遺伝子型が、AA型である場合、(16)rs4809905の遺伝子型が、GG型である場合、(17)rs6096940の遺伝子型が、AA型である場合、(18)rs1474794の遺伝子型が、CC型である場合、又は(19)rs6068268の遺伝子型が、CC型である場合に、前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは高いと評価する、前記[1]の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
[5] 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、HLA遺伝子の遺伝子型が、B*13:01又はB*15:01である場合に、アセトアミノフェンに起因する重症薬疹の発症リスクが高いと評価する、前記[1]の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
[6] 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、HLA遺伝子の遺伝子型が、B*46:01である場合に、ロキソプロフェンに起因する重症薬疹の発症リスクが高いと評価する、前記[1]の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
[7] 前記評価工程において、
前記タイピング工程により得られたタイピング結果と、前記被験者の涙液中のインターロイキン−6、インターロイキン−8、及びMCP−1(Monocyte Chemotactic Protein−1)からなる群より選択される1種以上の物質の濃度とに基づいて、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを評価する、前記[1]〜[6]のいずれかの眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
[8] rs4687960の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1435653の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11926371の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs9840095の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs394290の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11153964の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs2294839の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7010748の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7828925の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10897326の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4963361の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs9667913の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10772898の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1555278の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6021911の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4809905の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6096940の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1474794の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6068268の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4652974の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs539322の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10783115の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12143501の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10800873の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1223742の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6696223の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs2678286の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6732571の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs13061546の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1922836の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1363285の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs13167735の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12201938の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12664194の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7764800の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs9483590の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs897693の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4917014の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10276619の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4917129の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12672431の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs687836の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs3779866の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6994029の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11252692の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs2254322の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11012496の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12256363の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7314409の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4761639の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7335931の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6572982の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs8038172の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1706377の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7169360の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6494206の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs16948512の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs385270の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7265535の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6033377の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6041271の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs35880718の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1479569の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、及び、rs276919の遺伝子型をタイピングするための核酸分子からなる群より選択される1個以上を含むことを特徴とする、重症薬疹の発症リスクの評価キット。
[9] 前記核酸分子が基板に固定化されている、前記[8]の重症薬疹の発症リスクの評価キット。
[10] rs4687960、rs1435653、rs11926371、rs9840095、rs394290、rs11153964、rs2294839、rs7010748、rs7828925、rs10897326、rs4963361、rs9667913、rs10772898、rs1555278、rs6021911、rs4809905、rs6096940、rs1474794、rs6068268、rs4652974、rs539322、rs10783115、rs12143501、rs10800873、rs1223742、rs6696223、rs2678286、rs6732571、rs13061546、rs1922836、rs1363285、rs13167735、rs12201938、rs12664194、rs7764800、rs9483590、rs897693、rs4917014、rs10276619、rs4917129、rs12672431、rs687836、rs3779866、rs6994029、rs11252692、rs2254322、rs11012496、rs12256363、rs7314409、rs4761639、rs7335931、rs6572982、rs8038172、rs1706377、rs7169360、rs6494206、rs16948512、rs385270、rs7265535、rs6033377、rs6041271、rs35880718、rs1479569、及びrs276919からなる群より選択される1個以上のSNPの遺伝子型、及び/又はHLA遺伝子の遺伝子型について、それぞれ危険度数値及び重み付係数を予め設定し、
被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクが高いと評価される遺伝子型の重み付係数を乗じた危険度数値の合算値と、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクが低いと評価される遺伝子型の重み付係数を乗じた危険度数値の合算値との差に基づいて予測することを特徴とする、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの予測方法。
また、本発明に係る重症薬疹の発症リスクの評価キットを用いることにより、被験者由来の核酸から、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを簡便に評価することができる。
被験者由来の核酸を用いて、当該被験者の特定の64個のSNPからなる群より選択される1個以上のSNPの遺伝子型、及び/又はHLA遺伝子の遺伝子型をタイピングするタイピング工程。
前記タイピング工程により得られたタイピング結果に基づき、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを評価する評価工程。
重み付係数の数値は、SNPやHLA遺伝子型に対して個別に設定するのではなく、ハイリスク要因やローリスク要因の危険度の合計値全体や、SNPの危険度の合計やHLA遺伝子型の危険度の合計のそれぞれに対して与えてもよい。
このようにして、ハイリスク要因とローリスク要因を勘案して、眼合併症を伴うSJS/TENを発症する可能性がどのくらいあるかを予測することが可能である。
rs1435653の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1435653を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs11926371の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs11926371を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs9840095の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs9840095を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs394290の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs394290を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs11153964の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs11153964を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs2294839の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs2294839を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs7010748の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs7010748を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs7828925の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs7828925を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs10897326の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs10897326を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs4963361の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs4963361を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs9667913の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs9667913を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs10772898の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs10772898を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs1555278の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1555278を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs6021911の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6021911を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs4809905の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs4809905を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs6096940の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6096940を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs1474794の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1474794を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs6068268の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6068268を含む部分塩基配列(例えば、表1参照。)と相同的又は相補的な配列が挙げられる。
rs539322の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs539322を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs10783115の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs10783115を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs12143501の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs12143501を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs10800873の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs10800873を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs1223742の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1223742を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs6696223の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6696223を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs2678286の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs2678286を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs6732571の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6732571を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs13061546の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs13061546を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs1922836の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1922836を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs1363285の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1363285を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs13167735の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs13167735を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs12201938の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs12201938を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs12664194の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs12664194を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs7764800の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs7764800を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs9483590の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs9483590を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs897693の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs897693を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs4917014の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs4917014を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs10276619の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs10276619を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs4917129の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs4917129を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs12672431の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs12672431を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs687836の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs687836を含む部分塩基配列(例えば、表2参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs6994029の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6994029を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs11252692の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs11252692を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs2254322の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs2254322を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs11012496の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs11012496を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs12256363の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs12256363を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs7314409の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs7314409を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs4761639の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs4761639を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs7335931の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs7335931を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs6572982の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6572982を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs8038172の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs8038172を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs1706377の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1706377を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs7169360の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs7169360を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs6494206の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6494206を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs16948512の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs16948512を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs385270の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs385270を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs7265535の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs7265535を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs6033377の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6033377を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs6041271の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs6041271を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs35880718の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs35880718を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs1479569の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs1479569を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
rs276919の遺伝子型をタイピングするための核酸分子としては、ヒトゲノム中のrs276919を含む部分塩基配列(例えば、表3参照。)と相同的又は相補的な配列を有するポリヌクレオチドが挙げられる。
Affymetrix社のマイクロアレイ型のSNP分析キット「Axiom(登録商標) Genome−Wide ASI 1 Array」を用いて、眼合併症を伴うSJS/TEN患者104症例及び健常コントロール191名の計295名の日本人を対象に、ゲノムワイド関連研究(genome−wide association study;GWAS)を行った。なお、このマイクロアレイは、東アジア人のゲノムの共通配列にみられる頻度の低いアレル(MAF>1%)のゲノムカバー率を最大化するようにデザインされたアレイであり、このマイクロアレイを用いたGWASは、Affymetrix社の使用説明書に従って行った。Overall Call rate(全SNPsのうち遺伝子型が決定されたSNPの割合)の平均値は、SJS/TEN患者で99.49%であり、健常コントロールで99.25%であった。
次いで、SNPの品質コントロールのために、健常コントロールにおいて、[SNP Call rate]≧95%、[マイナーアレル頻度]≧2%、及び[HWE p値]≧0.001となるように閾値を設定し、データクリーニングを行った。なお、「SNP Call rate」は、各SNPについて、タイピングした全検体のうち遺伝子型を決定できた検体の割合を意味し、「HWE」は、ハーディー・ワインバーグ平衡(Hardy−Weinberg equilibrium)の略語である。
遺伝子型頻度=[その群における当該遺伝子型の検出数]/[その群における全遺伝子型の検出数] 式(2)
アレル1のオッズ比=[(SJS/TEN患者群における、アレル1の検出数) /(SJS/TEN患者群における、アレル2の検出数)]/[(健常コントロール群における、アレル1の検出数)/(健常コントロール群における、アレル2の検出数)] 式(3)
アレル1のホモ型のオッズ比=[(SJS/TEN患者群における、アレル1のホモ型の遺伝子型の検出数)/(SJS/TEN患者群における、アレル2のホモ型の遺伝子型の検出数と、SJS/TEN患者群における、ヘテロ型の遺伝子型の検出数の和)]/[(健常コントロール群における、アレル1のホモ型の遺伝子型の検出数)/(健常コントロール群における、アレル2のホモ型の遺伝子型の検出数と、健常コントロール群における、ヘテロ型の遺伝子型の検出数の和)] 式(4)
アレル1を含む遺伝子型のオッズ比=[(SJS/TEN患者群における、アレル1のホモ型の遺伝子型の検出数と、SJS/TEN患者群における、ヘテロ型の遺伝子型の検出数の和)/(SJS/TEN患者群における、アレル2のホモ型の遺伝子型の検出数)]/[(健常コントロール群における、アレル1のホモ型の遺伝子型の検出数と、健常コントロール群における、ヘテロ型の遺伝子型の検出数の和)/(健常コントロール群における、アレル2のホモ型の遺伝子型の検出数)] 式(5)
Affymetrix社のマイクロアレイ型のSNP分析キット「Axiom(登録商標) Genome−Wide ASI 1 Array version2」を用いて、実施例1と同様にして、眼合併症を伴うSJS/TEN患者121症例及び健常コントロール694名の計815名の日本人のSNPをタイピングした。得られた結果を、実施例1で解析した眼合併症を伴うSJS/TEN患者104症例及び健常コントロール191名の計295名の結果とあわせて、GWASを行った。
湧永製薬社の蛍光ビーズ法のHLA分析キット「WAKFlow(登録商標) HLAタイピングキット」を用いて、眼合併症を伴うSJS/TEN患者131症例及び健常コントロール220名の計351名の日本人のHLA遺伝子をタイピングし、統計解析を行った。なお、SJS/TEN患者のうち、59症例がアセトアミノフェンに起因するSJS/TEN患者であり、23症例がロキソプロフェンに起因するSJS/TEN患者であった。
Claims (10)
- 被験者由来の核酸を用いて、当該被験者のrs4687960、rs1435653、rs11926371、rs9840095、rs394290、rs11153964、rs2294839、rs7010748、rs7828925、rs10897326、rs4963361、rs9667913、rs10772898、rs1555278、rs6021911、rs4809905、rs6096940、rs1474794、rs6068268、rs4652974、rs539322、rs10783115、rs12143501、rs10800873、rs1223742、rs6696223、rs2678286、rs6732571、rs13061546、rs1922836、rs1363285、rs13167735、rs12201938、rs12664194、rs7764800、rs9483590、rs897693、rs4917014、rs10276619、rs4917129、rs12672431、rs687836、rs3779866、rs6994029、rs11252692、rs2254322、rs11012496、rs12256363、rs7314409、rs4761639、rs7335931、rs6572982、rs8038172、rs1706377、rs7169360、rs6494206、rs16948512、rs385270、rs7265535、rs6033377、rs6041271、rs35880718、rs1479569、及びrs276919からなる群より選択される1個以上の一塩基多型(SNP)の遺伝子型、及び/又はHLA遺伝子の遺伝子型をタイピングするタイピング工程と、
前記タイピング工程により得られたタイピング結果に基づき、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを評価する評価工程と、
を有することを特徴とする、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。 - 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、
(1)rs4687960の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(2)rs1435653の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(3)rs11926371の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(4)rs9840095の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(5)rs394290の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(6)rs11153964の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(7)rs2294839の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(8)rs7010748の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(9)rs7828925の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(10)rs10897326の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(11)rs4963361の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(12)rs9667913の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(13)rs10772898の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(14)rs1555278の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(15)rs6021911の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(16)rs4809905の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(17)rs6096940の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(18)rs1474794の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(19)rs6068268の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合
(20)rs4652974の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(21)rs539322の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(22)rs10783115の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(23)rs12143501の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(24)rs10800873の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(25)rs1223742の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(26)rs6696223の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(27)rs2678286の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(28)rs6732571の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(29)rs13061546の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(30)rs1922836の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(31)rs1363285の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(32)rs13167735の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(33)rs12201938の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(34)rs12664194の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(35)rs7764800の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(36)rs9483590の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(37)rs897693の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(38)rs4917014の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(39)rs10276619の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(40)rs4917129の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(41)rs12672431の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(42)rs687836の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(43)rs3779866の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(44)rs6994029の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(45)rs11252692の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(46)rs2254322の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(47)rs11012496の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(48)rs12256363の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(49)rs7314409の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(50)rs4761639の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(51)rs7335931の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(52)rs6572982の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(53)rs8038172の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(54)rs1706377の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(55)rs7169360の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(56)rs6494206の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(57)rs16948512の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(58)rs385270の遺伝子型が、Gアレルを持つ場合、
(59)rs7265535の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(60)rs6033377の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、
(61)rs6041271の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(62)rs35880718の遺伝子型が、Cアレルを持つ場合、
(63)rs1479569の遺伝子型が、Tアレルを持つ場合、
(64)rs276919の遺伝子型が、Aアレルを持つ場合、又は
(65)HLA遺伝子の遺伝子型が、B*13:01、B*44:03、若しくはB*46:01である場合に、
前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは高いと評価し、
(66)rs2294839の遺伝子型が、TT型である場合、
(67)rs4963361の遺伝子型が、AA型である場合、
(68)rs539322の遺伝子型が、GG型である場合、
(69)rs12143501の遺伝子型が、CC型である場合、
(70)rs1922836の遺伝子型が、GG型である場合、
(71)rs7764800の遺伝子型が、CC型である場合、
(72)rs897693の遺伝子型が、TT型である場合、
(73)rs12672431の遺伝子型が、GG型である場合、
(74)rs687836の遺伝子型が、CC型である場合、
(75)rs2254322の遺伝子型が、TT型である場合、
(76)rs12256363の遺伝子型が、TT型である場合、
(77)rs4761639の遺伝子型が、CC型である場合、
(78)rs6572982の遺伝子型が、GG型である場合、
(79)rs6494206の遺伝子型が、CC型である場合、
(80)rs16948512の遺伝子型が、CC型である場合、
(81)rs7265535の遺伝子型が、GG型である場合、
(82)rs6041271の遺伝子型が、CC型である場合、
(83)rs35880718の遺伝子型が、AA型である場合、
(84)rs1479569の遺伝子型が、CC型である場合、
(85)rs276919の遺伝子型が、GG型である場合、又は
(86)HLA遺伝子の遺伝子型が、B*15:01、B*52:01、B*54:01、若しくはB*67:01である場合に、
前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは低いと評価する、請求項1に記載の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。 - 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、
(1)rs4687960の遺伝子型が、TT型である場合、
(2)rs1435653の遺伝子型が、GG型である場合、
(3)rs11926371の遺伝子型が、GG型である場合、
(4)rs9840095の遺伝子型が、TT型である場合、
(5)rs394290の遺伝子型が、CC型である場合、
(6)rs11153964の遺伝子型が、TT型又はGT型である場合、
(7)rs2294839の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、
(8)rs7010748の遺伝子型が、AA型である場合、
(9)rs7828925の遺伝子型が、GG型である場合、
(10)rs10897326の遺伝子型が、TT型又はCT型である場合、
(11)rs4963361の遺伝子型が、CC型又はAC型である場合、
(12)rs9667913の遺伝子型が、AA型である場合、
(13)rs10772898の遺伝子型が、GG型である場合、
(14)rs1555278の遺伝子型が、CC型である場合、
(15)rs6021911の遺伝子型が、AA型である場合、
(16)rs4809905の遺伝子型が、GG型である場合、
(17)rs6096940の遺伝子型が、AA型である場合、
(18)rs1474794の遺伝子型が、CC型である場合、
(19)rs6068268の遺伝子型が、CC型である場合
(20)rs4652974の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(21)rs539322の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(22)rs10783115の遺伝子型が、GG型又はGT型である場合、
(23)rs12143501の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(24)rs10800873の遺伝子型が、AA型又はAC型である場合、
(25)rs1223742の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(26)rs6696223の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(27)rs2678286の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(28)rs6732571の遺伝子型が、CC型である場合、
(29)rs13061546の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(30)rs1922836の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(31)rs1363285の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(32)rs13167735の遺伝子型が、CC型又はCG型である場合、
(33)rs12201938の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(34)rs12664194の遺伝子型が、AA型又はAC型である場合、
(35)rs7764800の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(36)rs9483590の遺伝子型が、TT型である場合、
(37)rs897693の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、
(38)rs4917014の遺伝子型が、TT型である場合、
(39)rs10276619の遺伝子型が、GG型である場合、
(40)rs4917129の遺伝子型が、TT型である場合、
(41)rs12672431の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(42)rs687836の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(43)rs3779866の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、
(44)rs6994029の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(45)rs11252692の遺伝子型が、TT型又はCT型である場合、
(46)rs2254322の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、
(47)rs11012496の遺伝子型が、AA型又はGA型である場合、
(48)rs12256363の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、
(49)rs7314409の遺伝子型が、GG型又はGA型である場合、
(50)rs4761639の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(51)rs7335931の遺伝子型が、CC型又はCT型である場合、
(52)rs6572982の遺伝子型が、TT型又はTG型である場合、
(53)rs8038172の遺伝子型が、AA型又はCA型である場合、
(54)rs1706377の遺伝子型が、CC型である場合、
(55)rs7169360の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(56)rs6494206の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(57)rs16948512の遺伝子型が、GG型又はGC型である場合、
(58)rs385270の遺伝子型が、GG型又はGA型である場合、
(59)rs7265535の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(60)rs6033377の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、
(61)rs6041271の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(62)rs35880718の遺伝子型が、CC型又はCA型である場合、
(63)rs1479569の遺伝子型が、TT型又はTC型である場合、
(64)rs276919の遺伝子型が、AA型又はAG型である場合、又は
(65)HLA遺伝子の遺伝子型が、B*13:01、B*15:01、B*44:03、B*46:01、B*52:01、B*54:01、若しくはB*67:01である場合に、
前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは高いと評価する、請求項1に記載の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。 - 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、
(1)rs4687960の遺伝子型が、TT型である場合、
(2)rs1435653の遺伝子型が、GG型である場合、
(3)rs11926371の遺伝子型が、GG型である場合、
(4)rs9840095の遺伝子型が、TT型である場合、
(5)rs394290の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、
(6)rs11153964の遺伝子型が、TT型又はGT型である場合、
(7)rs2294839の遺伝子型が、CC型又はTC型である場合、
(8)rs7010748の遺伝子型が、AA型である場合、
(9)rs7828925の遺伝子型が、GG型である場合、
(10)rs10897326の遺伝子型が、TT型である場合、
(11)rs4963361の遺伝子型が、CC型又はAC型である場合、
(12)rs9667913の遺伝子型が、AA型である場合、
(13)rs10772898の遺伝子型が、GG型である場合、
(14)rs1555278の遺伝子型が、CC型である場合、
(15)rs6021911の遺伝子型が、AA型である場合、
(16)rs4809905の遺伝子型が、GG型である場合、
(17)rs6096940の遺伝子型が、AA型である場合、
(18)rs1474794の遺伝子型が、CC型である場合、又は
(19)rs6068268の遺伝子型が、CC型である場合に、
前記評価工程において、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクは高いと評価する、請求項1に記載の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。 - 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、HLA遺伝子の遺伝子型が、B*13:01又はB*15:01である場合に、アセトアミノフェンに起因する重症薬疹の発症リスクが高いと評価する、請求項1に記載の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
- 前記タイピング工程におけるタイピング結果が、HLA遺伝子の遺伝子型が、B*46:01である場合に、ロキソプロフェンに起因する重症薬疹の発症リスクが高いと評価する、請求項1に記載の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。
- 前記評価工程において、
前記タイピング工程により得られたタイピング結果と、前記被験者の涙液中のインターロイキン−6、インターロイキン−8、及びMCP−1(Monocyte Chemotactic Protein−1)からなる群より選択される1種以上の物質の濃度とに基づいて、前記被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを評価する、請求項1〜6のいずれか一項に記載の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの評価方法。 - rs4687960の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1435653の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11926371の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs9840095の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs394290の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11153964の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs2294839の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7010748の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7828925の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10897326の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4963361の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs9667913の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10772898の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1555278の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6021911の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4809905の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6096940の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1474794の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6068268の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4652974の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs539322の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10783115の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12143501の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10800873の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1223742の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6696223の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs2678286の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6732571の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs13061546の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1922836の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1363285の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs13167735の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12201938の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12664194の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7764800の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs9483590の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs897693の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4917014の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs10276619の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4917129の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12672431の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs687836の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs3779866の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6994029の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11252692の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs2254322の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs11012496の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs12256363の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7314409の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs4761639の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7335931の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6572982の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs8038172の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1706377の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7169360の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6494206の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs16948512の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs385270の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs7265535の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6033377の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs6041271の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs35880718の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、rs1479569の遺伝子型をタイピングするための核酸分子、及び、rs276919の遺伝子型をタイピングするための核酸分子からなる群より選択される1個以上を含むことを特徴とする、重症薬疹の発症リスクの評価キット。
- 前記核酸分子が基板に固定化されている、請求項8に記載の重症薬疹の発症リスクの評価キット。
- rs4687960、rs1435653、rs11926371、rs9840095、rs394290、rs11153964、rs2294839、rs7010748、rs7828925、rs10897326、rs4963361、rs9667913、rs10772898、rs1555278、rs6021911、rs4809905、rs6096940、rs1474794、rs6068268、rs4652974、rs539322、rs10783115、rs12143501、rs10800873、rs1223742、rs6696223、rs2678286、rs6732571、rs13061546、rs1922836、rs1363285、rs13167735、rs12201938、rs12664194、rs7764800、rs9483590、rs897693、rs4917014、rs10276619、rs4917129、rs12672431、rs687836、rs3779866、rs6994029、rs11252692、rs2254322、rs11012496、rs12256363、rs7314409、rs4761639、rs7335931、rs6572982、rs8038172、rs1706377、rs7169360、rs6494206、rs16948512、rs385270、rs7265535、rs6033377、rs6041271、rs35880718、rs1479569、及びrs276919からなる群より選択される1個以上のSNPの遺伝子型、及び/又はHLA遺伝子の遺伝子型について、それぞれ危険度数値及び重み付係数を予め設定し、
被験者の眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクを、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクが高いと評価される遺伝子型の重み付係数を乗じた危険度数値の合算値と、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクが低いと評価される遺伝子型の重み付係数を乗じた危険度数値の合算値との差に基づいて予測することを特徴とする、眼合併症を伴う重症薬疹の発症リスクの予測方法。
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WO2005047544A1 (en) * | 2003-11-10 | 2005-05-26 | Academia Sinica | Risk assessment for adverse drug reactions |
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