JP2015047132A - レトロトランスポゾンをマーカーとするジャトロファの系統分類・識別方法 - Google Patents
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Abstract
Description
バイオ燃料資源としてのジャトロファの利用性を高めるためには、耕作限界地でも生産可能なジャトロファ系統を選択する必要がある。さらに、環境ストレス耐性を高め、油の収率が高いジャトロファの育種開発のためには、現在存在しているジャトロファの品種、系統を分類・識別し、育種に活用することが望まれる。
ジャトロファは、メキシコ及び南米を起源とし、アフリカ、アジアにも広がったといわれている。ジャトロファのメキシコ・グアテマラ系統とアジア・アフリカ系統とが区別されているが、これらの系統の分類・識別方法についても、確立されていないのが現状である。
ここで、SSRとは、1〜4ヌクレオチドのモチーフがタンデムに繰り返している配列である。ゲノムに多数、散在しており、繰り返し数が変化しやすいので、DNAマーカーとして適している。また、SSRマーカーは共優性であり、RAPD等の優性マーカーより信頼性が高く、より多くの情報が得られる。例えば、繰り返し数の違いにより系統の違いを識別することが可能である。
しかしながら、SSRは、2〜4塩基の繰り返し配列回数の違いによる多型であることから、繰り返し回数の違いに基づいて、メキシコ・グアテマラ系統とアジア・アフリカ系統のような、種分化の違いを検出することはできるが、これらの系統の正確な区別のためには、さらなる検討が必要である。また、SSRでは、同系統内で、さらに分化した系統を区別、識別することは困難である。
また、特開2006−42808号公報、特開2010−172322号公報では、加工食品に含まれる原料植物の植物種を判定する方法として、植物ゲノムの特定位置にレトロトランスポゾンが挿入されているか否かを検出する方法が開示されている。
ジャトロファについては、一部のタンパク質コード配列について同定情報が公開されている。同定されていない配列データは、ゲノム配列の一部として公開されている(http://www.kazusa.or.jp/jatropha)。
本発明者らは、上記配列データを基に、Ty1-copia型レトロトランスポゾンの主要メンバーとそれらのLTRの配列を同定し、同定したLTR配列を基に、特定領域にレトロトランスポゾンの挿入があるか否かを検出できるプライマーを設計し、本発明を完成した。
下記(i)及び(ii)、並びに(iii)又は(iv)のプライマーを含むプライマーセットを用いて、判定対象のジャトロファから調製したDNAを鋳型として、核酸増幅反応を行う工程:
(i)左側LTRの5’側隣接領域の塩基配列と相補性を有する15〜60塩基のフォワードプライマー(以下、「隣接フォワードプライマー」という)、
(ii)右側LTRの3’側隣接領域の塩基配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「隣接リバースプライマー」という)、
(iii)前記右側LTR配列の3’末端配列およびその3’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のフォワードプライマー若しくは前記左側LTR配列の5’末端配列およびその5’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「LTRプライマー」という)、
(iv)前記左右LTR配列の間に存するレトロトランスポゾン配列の少なくとも一部と相補性を有する15〜60塩基のフォワード又はリバースプライマー(以下、「RTPフォワードプライマー」又は「RTPリバースプライマー」という);
並びに前記増幅反応により得られた増幅産物の有無及び長さに基づいて、(iii)及び(iv)で用いたレトロトランスポゾン配列を含むLTR型レトロトランスポゾンの挿入の有無を判定する工程を含む。
(a)配列番号1,2,及び3のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット;
(b)配列番号4,5,及び6のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(c)配列番号7,8,9,及び10のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(d)配列番号11,12,13,及び14のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(e)配列番号15,16,17,及び18のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(f)配列番号19,20,21,及び22のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(g)配列番号23,24,25,及び26のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(h)配列番号27,28,29,及び30のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(i)配列番号31,32,33及び34のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;及び
(j)配列番号35,36,37,及び38のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット。
下記(i)及び(ii)、並びに(iii)又は(iv)のプライマーを含むプライマーセットを用いて、判定対象のジャトロファから調製したDNAを鋳型として、核酸増幅反応を行う工程:
(i)左側LTRの5’側隣接領域の塩基配列と相補性を有する15〜60塩基のフォワードプライマー(以下、「隣接フォワードプライマー」という)、
(ii)右側LTRの3’側隣接領域の塩基配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「隣接リバースプライマー」という)、
(iii)前記右側LTR配列の3’末端配列およびその3’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のフォワードプライマー若しくは前記左側LTR配列の5’末端配列およびその5’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「LTRプライマー」という)、
(iv)前記左右LTR配列の間に存するレトロトランスポゾン配列の少なくとも一部と相補性を有する15〜60塩基のフォワード又はリバースプライマー(以下、「RTPフォワードプライマー」又は「RTPリバースプライマー」という);
並びに前記増幅反応により得られた増幅産物の有無及び長さに基づいて、(iii)及び(iv)で用いたレトロトランスポゾン配列を含むLTR型レトロトランスポゾンの挿入の有無を判定する工程を含む。
また、上記実施形態の方法によれば、レトロトランスポゾンの挿入の有無に基づいて増幅産物が得られる又は得られないことになり、あるいは得られる増幅産物の断片長が異なる。従って、増幅産物の有無及び断片長の差異に基づいて、レトロトランスポゾンの挿入の有無を検出することができ、作業が簡便である。
また、前記LTRの塩基配列としては、配列番号39〜41及び前記各配列と85%以上の配列同一性を有する配列より選ばれる1種で示される配列が挙げられる。
Jc3SのLTR型レトロトランスポゾン及びJc9SのLTR型レトロトランスポゾンは、それぞれJc3レトロトランスポゾン、Jc9レトロトランスポゾンの変異型で、LTR配列のみを有するレトロトランスポゾンである。したがって、Jc3S、Jc9SのLTR配列の存在の有無を検出することにより、ジャトロファの系統を分類することができる。
複数種類のレトロトランスポゾンの挿入の有無を検出し、検出結果の組み合わせにより、下流の系統分類までを総合的に行うことができる。
これらの手法を用いることで、検出作業の簡便化を図ることができる。
(1)前記LTRが配列番号39の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(a)配列番号1,2,及び3のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット;
(2)前記LTRが配列番号40の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(b)配列番号4,5,及び6のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(3)前記LTRが配列番号41の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(c)配列番号7,8,9,及び10のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(4)前記LTR配列が配列番号42の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(d)配列番号11,12,13,及び14のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット、
(5)前記LTRが配列番号43の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(e)配列番号15,16,17,及び18のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(6)前記LTRが配列番号44の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(f)配列番号19,20,21,及び22のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(7)前記LTRが配列番号45の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(g)配列番号23,24,25,及び26のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(8)前記LTRが配列番号46の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(h)配列番号27,28,29,及び30のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも3種のプライマーセット;
(9)前記LTRが配列番号47の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(i)配列番号31,32,33及び34のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;及び
(10)前記LTRが配列番号48の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(j)配列番号35,36,37,及び38のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット。
(a)配列番号1,2,及び3のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット;
(b)配列番号4,5,及び6のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(c)配列番号7,8,9,及び10のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(d)配列番号11,12,13,及び14のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(e)配列番号15,16,17,及び18のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(f)配列番号19,20,21,及び22のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(g)配列番号23,24,25,及び26のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(h)配列番号27,28,29,及び30のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(i)配列番号31,32,33及び34のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも3種のプライマーセット;及び
(j)配列番号35,36,37,及び38のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット。
本発明のジャトロファの系統分類・識別方法においてDNAマーカーとして使用するレトロトランスポゾンは、配列の両末端にLTR(Long Terminal Repeat)と呼ばれる反復配列をもつLTR型のレトロトランスポゾンである。レトロトランスポゾンのうち、Ty1-copia型に分類されるLTR型レトロトランスポゾンについては、図1に示すように、その両端にLTRが存在し、5’側及び3’側のLTRのすぐ内側には、逆転写の際に必要な配列であるPBS(primer binding site)及びPPT(poly purine truct)がそれぞれ存在する。LTRに挟まれた内部翻訳領域には、自身の転写後のcDNAの形成、組み込みに必要なタンパク質をコードするpol領域、組み込み酵素などを包み込むウィルス粒子を形成するのに必要なGAG領域、インテグラーゼ領域などが存在する。
これらの特徴から、レトロトランスポゾンの全長配列が調べられていない作物であっても、DNAデータべースにおいて既知の、あるいは新たに逆転写領域の配列を同定すれば、その延長配列を単離するTAIL(Thermal Asymmetric InterLaced)PCR(Polymerase Chain Reaction)、SuppressionPCR等により、末端のLTR配列までを同定することが可能である。
同定したLTR配列を表1及び配列番号39〜48に示す。表1−1は、Jc3ファミリーのLTR配列を示す。表1−2は、Jc7ファミリーのLTR配列を示す。Jc7ファミリーについては、3種類の多型(Jc7A,Jc7B,Jc7C)が存在した。表1−3は、Jc8ファミリーのLTR配列を示す。Jc8ファミリーについては、4種類の多型(Jc8A,Jc8B,Jc8C,Jc8D)が存在した。表1−4は、Jc9ファミリーの多型を示す。Jc9ファミリーについては、2種類の多型(Jc9A、Jc9S1)が存在した。尚、表1に示すLTR配列は、今回同定したレトロトランスポゾンファミリーの配列であり、実際のジャトロファでは、これらの配列に多型が存在する。通常、表1に示す配列と85%以上、好ましくは90%以上の相同性を有する多型が存在する。
表1中、Jc3S1、Jc9S2は、単一のLTR配列のみを有するメンバーのLTR配列を示している。
本発明の方法で使用するプライマーは、下記(i),(ii),(iii),(iv)である。
(ii)右側LTRの3’側隣接領域の塩基配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「隣接リバースプライマー」又は「F_Rプライマー」という);
(iii)前記右側LTR配列の3’末端配列およびその3’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のフォワードプライマー若しくは前記左側LTR配列の5’末端配列及びその5’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「LTRプライマー」、フォワードプライマー,リバースプライマーを区別する場合にはそれぞれ「LTR_Lプライマー」「LTR_Rプライマー」という)
(iv)前記左右LTR配列の間に存するレトロトランスポゾン配列の少なくとも一部と相補性を有する15〜60塩基のフォワード又はリバースプライマー(以下、「RTPプライマー」という);
RTPプライマーの場合、レトロトランスポゾンとして特異的な配列が含まれるように、開始点C1、C2の塩基位置を選択する必要がある。
LTRプライマーの場合、LTRと隣接領域との境界を横断するように、LTR配列及び隣接領域の一部と相補性を有する配列を含むように開始点B、Dの塩基位置を選択する必要がある。
従って、プライマーの設計に当たっては、3’端側15塩基において標的とする配列と通常80%以上、好ましくは90%以上、より好ましくは95%以上の配列同一性を有すればよい。かかる配列同一性により、通常、数塩基だけ配列が相異する多型も増幅させることが可能となる。
以上のようにして設計されたプライマーセットを用いて、LTR型レトロトランスポゾンの有無を検出することにより、未だ分類されていないジャトロファの系統を分類することができる。また、本発明の分類方法により分類した系統樹に基づき、対象とするジャトロファ個体がいずれの系統に属するか、さらにはいずれの系統から分化、進化したものであるかといった情報を得ることができる。
ゲノムDNAの抽出には、ジャトロファ個体の任意の組織(例えば、葉、茎、根、花弁、カルスなど)を用いることができる。
第1態様の識別方法は、上記プライマー(i)(ii)及び(iii)のプライマーセットを用いる場合である。すなわち、図6において、開始点Aの隣接フォワードプライマー、開始点Eの隣接リバースプライマー、及び開始点BのLTRフォワードプライマー又はDのLTRリバースプライマーの組み合わせであるプライマーセットを用いる。
このような態様では、系統Iの増幅産物であるA−B断片(又はD−E断片)と、系統IIの増幅産物であるA−E断片との長さが、区別が容易な程度に断片長の異なるものを得られる場合にマルチプルPCRを行うことができる。
使用するプライマーセットは、上記プライマー(i)(ii)及び(iv)のプライマーセットである。すなわち、図2に示す開始点Aの隣接フォワードプライマー、開始点Eの隣接リバースプライマー、及び開始点C1のRTPフォワードプライマー又はC2 のRTPリバースプライマーである。
よって、系統Iと系統IIとは、得られた増幅産物の種類(長さ、配列など)が相違するので、区別することができる。すなわち、得られた増幅産物の種類(長さ、配列など)に応じて判定対象となるジャトロファ個体が系統Iに属するか、系統IIに属するかを判定できる。
第3態様は、複数のレトロトランスポゾンのファミリーを検出できるように、レトロトランスポゾン検出のためのプライマー対を適宜組み合わせたプライマーセットを用いて、異なる遺伝子座に挿入されている、対応のレトロトランスポゾンを検出し、挿入されているレトロトランスポゾンの組み合わせに基づいて、系統を分類、識別する態様である。
例えば、Jc7ファミリーのレトロトランスポゾンの挿入の有無と、Jc8ファミリーのレトロトランスポゾンの挿入の有無をそれぞれ検出し、これらのレトロトランスポゾンの挿入の組み合わせに基づき、分類する。例えば、Jc7ファミリーのレトロトランスポゾンの挿入の有無により、系統Iと系統IIに分類され、さらに、系統Iについて、Jc8ファミリーのレトロトランスポゾンの有無に基づき、系統IIIと系統IVを分類することができる。
第4態様でレトロトランスポゾンを検出する場合、(i)隣接フォワードプライマー、(ii)隣接リバースプライマー、(iii)LTRフォワード又はリバースプライマー、(iv)RTPフォワード又はリバースプライマーを含む。
このような態様は、LTR多型又は隣接領域の多型の差異も含めた系統の識別を行いたい場合に有用である。
判定対象であるジャトロファ個体から抽出したDNAサンプルを鋳型として、識別しようとする系統に特異的なプライマーセットを用いて、増幅反応を行う。複数のレトロトランスポゾンを検出するためのプライマー対のセットを用いて、未分類のジャトロファがいかなる系統に属するかという分類、識別を行うことができる。
以上のようにして、未分類のジャトロファの系統を分類することができる。そして、各ジャトロファ個体が、各種LTRファミリーメンバーとの関係分類に基づき、いずれの系統に属するかを判別できる。また、増幅産物の配列を調べることにより、同系統の近縁種の系統間を識別することができる。
種々の系統のジャトロファの葉から、CTAB(Cetyl trimethyl ammonium bromide)法にてDNA抽出し、識別用サンプルを調製した。
各識別用サンプルについて、表2に示すJc7BのLTR検出用プライマー群(LTR_L、LTR_R、F_L、F_R)を用いて、下記条件でPCRを行い、PCR産物を得た。PCR反応は、プライマー対1(F_LとLTR_L)、プライマー対2(LTR_RとF_R)、プライマー対3(F_LとF_R)を用いてそれぞれについて行った。
94℃で2分置いた後、94℃で15秒、55℃で45秒、72℃で2分を1サイクルとして、35サイクル繰り返し、最後に72℃で10分間伸長反応を行った。
なお、Guatemala2については、メキシコ・グアテマラ系統であるにもかかわらず、プライマー対1、プライマー対2を用いた場合に増幅産物が得られ、対応するバンドが認められた。この結果によれば、Guatemala2はMexico2bやGuatemala1よりもアジア・アフリカ系統に近い系統であると考えられる。すなわち、Mexico2bやGuatemala1の共通祖先と、Guatemala2とアジア・アフリカ系統の共通祖先がまず分岐し、その後、Guatemala2とアジア・アフリカ系統が分かれたと考えられる。
このように、Jc7のレトロトランスポゾンに着目することにより、メキシコ・グアテマラ系統における更なる系統分類が可能であることがわかる。
Claims (13)
- LTR(Long Terminal Repeat)型レトロトランスポゾンマーカーを用いたジャトロファの系統分類・識別方法であって、
下記(i)及び(ii)、並びに(iii)又は(iv)のプライマーを含むプライマーセットを用いて、判定対象のジャトロファから調製したDNAを鋳型として、核酸増幅反応を行う工程:
(i)左側LTRの5’側隣接領域の塩基配列と相補性を有する15〜60塩基のフォワードプライマー(以下、「隣接フォワードプライマー」という)、
(ii)右側LTRの3’側隣接領域の塩基配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「隣接リバースプライマー」という)、
(iii)前記右側LTR配列の3’末端配列およびその3’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のフォワードプライマー又は前記左側LTR配列の5’末端配列およびその5’側隣接配列と相補性を有する15〜60塩基のリバースプライマー(以下、「LTRプライマー」という)、
(iv)前記左右LTR配列の間に存するレトロトランスポゾン配列の少なくとも一部と相補性を有する15〜60塩基のフォワード又はリバースプライマー(以下、「RTPフォワードプライマー」又は「RTPリバースプライマー」という);
並びに前記増幅反応により得られた増幅産物の有無及び長さに基づいて、(iii)及び(iv)で用いたレトロトランスポゾン配列を含むLTR型レトロトランスポゾンの挿入の有無を判定する工程
を含むジャトロファの系統分類・識別方法。 - 前記プライマーセットとして、上記(i)及び(ii)、及び(iii)のLTRフォワードプライマー及びLTRリバースプライマーを用いる、請求項1に記載のジャトロファの系統分類・識別方法。
- 前記レトロトランスポゾンは、Jc3(配列番号49)、Jc7(配列番号50)、Jc8(配列番号51)、及びJc9(配列番号52)、並びに前記各配列と85%以上の相同性を有する配列で表されるレトロトランスポゾンからなる群より選ばれる少なくとも1種である請求項1又は請求項2に記載のジャトロファの系統分類・識別方法。
- 前記LTRの塩基配列は、配列番号39〜41より選ばれる1種で示される配列と85%以上の相同性を有する配列である請求項1又は請求項2に記載のジャトロファの系統分類・識別方法。
- 配列番号1、2及び3に示すプライマー、又は前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなるプライマーセットを用いて、Jc3SのLTR型レトロトランスポゾンの有無を検出するジャトロファの系統分類・識別方法。
- 配列番号35、36、37及び38に示すプライマー、又は前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなるプライマーセットを用いて、Jc9SのLTR型レトロトランスポゾンの有無を検出するジャトロファの系統分類・識別方法。
- 前記プライマーセットとして、複数のレトロトランスポゾンの挿入の有無を判定するための複数のプライマーセットを使用し、
さらに、各レトロトランスポゾンの挿入の有無に基づいて、ジャトロファの系統を分類・識別する工程を含む請求項1又は請求項2に記載のジャトロファの系統分類・識別方法。 - レトロトランスポゾンを含む系統の増幅産物の断片長は、50〜2000bpである請求項1〜請求項7のいずれか1項に記載のジャトロファの系統分類・識別方法。
- 前記核酸増幅反応は、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)である請求項1〜請求項8のいずれか1項に記載のジャトロファの系統分類・識別方法。
- 前記増幅産物の長さの区別は、アガロースゲル電気泳動又はポリアクリルアミドゲル電気泳動により行う請求項1〜請求項9のいずれか1項に記載のジャトロファの系統分類・識別方法。
- 下記LTRの配列に基づく前記プライマーセットは、以下のとおりである請求項1〜請求項10のいずれか1項に記載のジャトロファの系統分類・識別方法:
(1)前記LTRが配列番号39の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(a)配列番号1,2,及び3のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット;
(2)前記LTRが配列番号40の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(b)配列番号4,5,及び6のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(3)前記LTRが配列番号41の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、を有する場合、(c)配列番号7,8,9,及び10のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(4)前記LTR配列が配列番号42の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(d)配列番号11,12,13,及び14のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(5)前記LTRが配列番号43の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(e)配列番号15,16,17,及び18のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(6)前記LTRが配列番号44の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(f)配列番号19,20,21,及び22のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(7)前記LTRが配列番号45の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(g)配列番号23,24,25,及び26のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(8)前記LTRが配列番号46の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(h)配列番号27,28,29,及び30のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも3種のプライマーセット;
(9)前記LTRが配列番号47の配列又は当該配列と85%以上の相同性を有する場合、(i)配列番号31,32,33及び34のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;及び
(10)前記LTRが配列番号48の配列を有する場合、(j)配列番号35,36,37,及び38のプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット。 - 下記プライマーセットから選択される少なくとも1つのプライマーセットを含むジャトロファの系統分類・識別キット。
(a)配列番号1,2,及び3のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット;
(b)配列番号4,5,及び6のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(c)配列番号7,8,9,及び10のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(d)配列番号11,12,13,及び14のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(e)配列番号15,16,17,及び18のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(f)配列番号19,20,21,及び22のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(g)配列番号23,24,25,及び26のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(h)配列番号27,28,29,及び30のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(i)配列番号31,32,33及び34のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも3種のプライマーセット;及び
(j)配列番号35,36,37,及び38のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット。 - 下記プライマーセットをすべて含むジャトロファの系統分類・識別キット。
(a)配列番号1,2,及び3のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも1種のプライマーセット;
(b)配列番号4,5,及び6のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(c)配列番号7,8,9,及び10のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(d)配列番号11,12,13,及び14のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(e)配列番号15,16,17,及び18のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(f)配列番号19,20,21,及び22のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(g)配列番号23,24,25,及び26のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(h)配列番号27,28,29,及び30のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも2種のプライマーセット;
(i)配列番号31,32,33及び34のプライマー、並びに前記各プライマーと3’端側15塩基において80%以上の配列同一性を有するプライマーからなる群より選ばれる少なくとも3種のプライマーセット;及び
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