JP2015006191A - マイクロアレイ基板上の生体物質の選択的プロセシング - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、それぞれ参照により本明細書に組み入れられる、2008年9月22日に出願された米国仮出願第61/099,035号、および2008年10月16日に出願された米国仮出願第61/106,083号に基づく優先権を主張する。
本発明は、マイクロアレイスライド表面での生体物質のプロセシングに関する。従って、本発明は、分子生物学および化学の分野に関わる。
本発明の記載および特許請求において、以下の用語は、下記に記載の定義に従って用いられる。
本発明は、マイクロアレイスライド上の個別の空間的位置から生体物質を選択的に溶出するための方法およびシステムを提供する。記載されているように、1つの態様では、マイクロアレイスライドは、生体物質をアッセイするための多数の特異的な結合部位またはハイブリダイゼーション部位を包含する。DNAマイクロアレイの場合には、例えば、特定の配列を有するヌクレオチドが特定のフィーチャーに集合し、それらは一般的にプローブセットと呼ばれる。その結果、相補的なヌクレオチド配列は、標的ヌクレオチド配列に対応するプローブフィーチャーにハイブリダイズし、そこに局在化され得る。従って、サンプル中の特異的ヌクレオチド配列の存在は、その配列に対応するプローブへのヌクレオチド結合によって検証され得る。
本発明の様々な態様をまとめて以下に示す。
1.
マイクロアレイスライドに結合した生体物質を回収する方法であって:
マイクロアレイスライドから回収されるべき生体物質を選択すること;
マイクロアレイスライド表面上の個別の(distinct)空間領域内の生体物質を検出すること;および、
該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域から実質的な量の選択されていない生体物質を溶出することなく、選択された生体物質の少なくとも一部を該個別の空間領域から溶出すること、
を含む、上記方法。
2.
溶出が更に前記個別の空間領域への溶出バッファーの添加を含む、上記1に記載の方法。
3.
前記溶出バッファーがマイクロアレイスライド表面から生体物質の一部を遊離させるように作用する変性バッファーである、上記2に記載の方法。
4.
前記個別の空間領域の少なくとも一部が加熱され、選択された生体物質の少なくとも一部がマイクロアレイ表面から遊離することを促進する、上記2に記載の方法。
5.
選択された生体物質が、DNA、cDNA、RNA、ペプチド、およびこれらの組合せからなる群より選択される要素である、上記1に記載の方法。
6.
マイクロアレイから核酸物質を回収する方法であって:
マイクロアレイスライド表面上の個別の空間領域にハイブリダイズしている核酸物質を選択すること;
選択された核酸物質を少なくとも部分的に変性させるために該個別の空間領域に変性バッファーを添加すること;および、
マイクロアレイ表面を不活性な回収バッファーで洗い流して、選択された核酸物質の変性部分を回収すること
を含む、上記方法。
7.
選択された核酸物質の変性部分を不活性な回収バッファーから回収することを更に含む、上記6に記載の方法。
8.
前記個別の空間領域に熱を加えて、選択された核酸物質の少なくとも一部の変性を促進することを更に含む、上記6に記載の方法。
9.
マイクロアレイから核酸物質を回収するシステムであって:
マイクロアレイ表面をスキャンして回収されるべき核酸物質の位置を同定するように設定されたマイクロアレイスキャナー;
マイクロアレイスキャナーからの入力を受けて、マイクロアレイスキャナーによって指示された位置でマイクロアレイ表面の分離した(discrete)分注領域上に溶出バッファーを分注するように設定された分注装置;および
マイクロアレイ表面から溶出バッファーを回収するように設定された回収装置
を含む、上記システム。
10.
前記の分離した分注領域を加熱するように設定された加熱装置を更に含む、上記9に記載のシステム。
11.
前記加熱装置がレーザーである、上記10に記載のシステム。
12.
前記回収装置が荷電表面である、上記10に記載のシステム。
13.
生体物質をin situハイブリダイゼーションプローブとして使用する方法であって:
上記1に記載されるように生体物質を回収すること;
該生体物質をin situハイブリダイゼーションのためのプローブとして利用すること
を含む、上記方法。
14.
前記生体物質が有意な増幅なしにプローブとして利用される、上記13に記載の方法。
15.
前記生体物質がプローブとして利用される前に増幅される、上記13に記載の方法。
16.
前記in situハイブリダイゼーションが蛍光in situハイブリダイゼーションである、上記13に記載の方法。
17.
マイクロアレイスライドに結合した生体物質を選択的に標識化する方法であって:
標識化されるべき生体物質を選択すること;
マイクロアレイスライド表面上の個別の空間領域内の生体物質の位置を特定すること;および
該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域に由来する実質的な量の選択されていない生体物質を標識化することなく、該個別の空間領域に由来する選択された生体物質の少なくとも一部を標識化すること
を含む、上記方法。
18.
標識化が更に:
前記個別の空間的位置で生体物質を選択的に修飾すること;および
マイクロアレイスライドの一部またはマイクロアレイスライド全体のいずれかを、事前に修飾された生体物質だけが反応し得る物質を用いて処理すること
を含む、上記17に記載の方法。
19.
前記生体物質が方向性を持った光(directed light)を用いて選択的に修飾される、上記18に記載の方法。
20.
前記生体物質が分注された試薬を用いて選択的に修飾される、上記18に記載の方法。
21.
標識化が更に:
前記個別の空間領域の実質的に外側のマイクロアレイスライドの領域を除き、前記個別の空間領域にバッファーを添加すること;および
バッファー中で少なくとも一部の生体物質が標識を取り込むことができるように、前記個別の空間領域でバッファーに標識を加えること
を含む、上記17に記載の方法。
22.
選択された生体物質が、DNA、cDNA、RNA、ペプチド、およびこれらの組合せからなる群より選択される要素である、上記17に記載の方法。
23.
マイクロアレイスライドに結合した生体物質を選択的に増幅する方法であって:
増幅されるべき生体物質を選択すること;
マイクロアレイスライド表面上の個別の空間領域内の生体物質の位置を特定すること;および
該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域に由来する実質的な量の選択されていない生体物質を増幅することなく、該個別の空間領域に由来する選択された生体物質の少なくとも一部を増幅すること
を含む、上記方法。
24.
標識化が更に:
前記個別の空間的位置で生体物質を選択的に修飾すること;および
マイクロアレイスライドの一部またはマイクロアレイスライド全体のいずれかを、事前に修飾された生体物質だけが反応し得る物質を用いて処理すること
を含む、上記23に記載の方法。
25.
前記生体物質が方向性を持った光を用いて選択的に修飾される、上記24に記載の方法。
26.
前記生体物質が分注された試薬を用いて選択的に修飾される、上記24に記載の方法。
27.
増幅が更に:
前記個別の空間領域の実質的に外側のマイクロアレイスライドの領域を除き、前記個別の空間領域に増幅バッファーを添加すること;および
増幅バッファー中で少なくとも一部の選択された生体物質を増幅すること
を含む、上記23に記載の方法。
28.
選択された生体物質の一部が等温サイクリング(isothermal cycling)によって増幅される、上記23に記載の方法。
29.
選択された生体物質の一部が温度サイクリング(thermal cycling)によって増幅される、上記23に記載の方法。
Claims (29)
- マイクロアレイスライドに結合した生体物質を回収する方法であって:
マイクロアレイスライドから回収されるべき生体物質を選択すること;
マイクロアレイスライド表面上の個別の(distinct)空間領域内の生体物質を検出すること;および、
該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域から実質的な量の選択されていない生体物質を溶出することなく、選択された生体物質の少なくとも一部を該個別の空間領域から溶出すること、
を含む、上記方法。 - 溶出が更に前記個別の空間領域への溶出バッファーの添加を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記溶出バッファーがマイクロアレイスライド表面から生体物質の一部を遊離させるように作用する変性バッファーである、請求項2に記載の方法。
- 前記個別の空間領域の少なくとも一部が加熱され、選択された生体物質の少なくとも一部がマイクロアレイ表面から遊離することを促進する、請求項2に記載の方法。
- 選択された生体物質が、DNA、cDNA、RNA、ペプチド、およびこれらの組合せからなる群より選択される要素である、請求項1に記載の方法。
- マイクロアレイから核酸物質を回収する方法であって:
マイクロアレイスライド表面上の個別の空間領域にハイブリダイズしている核酸物質を選択すること;
選択された核酸物質を少なくとも部分的に変性させるために該個別の空間領域に変性バッファーを添加すること;および、
マイクロアレイ表面を不活性な回収バッファーで洗い流して、選択された核酸物質の変性部分を回収すること
を含む、上記方法。 - 選択された核酸物質の変性部分を不活性な回収バッファーから回収することを更に含む、請求項6に記載の方法。
- 前記個別の空間領域に熱を加えて、選択された核酸物質の少なくとも一部の変性を促進することを更に含む、請求項6に記載の方法。
- マイクロアレイから核酸物質を回収するシステムであって:
マイクロアレイ表面をスキャンして回収されるべき核酸物質の位置を同定するように設定されたマイクロアレイスキャナー;
マイクロアレイスキャナーからの入力を受けて、マイクロアレイスキャナーによって指示された位置でマイクロアレイ表面の分離した(discrete)分注領域上に溶出バッファーを分注するように設定された分注装置;および
マイクロアレイ表面から溶出バッファーを回収するように設定された回収装置
を含む、上記システム。 - 前記の分離した分注領域を加熱するように設定された加熱装置を更に含む、請求項9に記載のシステム。
- 前記加熱装置がレーザーである、請求項10に記載のシステム。
- 前記回収装置が荷電表面である、請求項10に記載のシステム。
- 生体物質をin situハイブリダイゼーションプローブとして使用する方法であって:
請求項1に記載されるように生体物質を回収すること;
該生体物質をin situハイブリダイゼーションのためのプローブとして利用すること
を含む、上記方法。 - 前記生体物質が有意な増幅なしにプローブとして利用される、請求項13に記載の方法。
- 前記生体物質がプローブとして利用される前に増幅される、請求項13に記載の方法。
- 前記in situハイブリダイゼーションが蛍光in situハイブリダイゼーションである、請求項13に記載の方法。
- マイクロアレイスライドに結合した生体物質を選択的に標識化する方法であって:
標識化されるべき生体物質を選択すること;
マイクロアレイスライド表面上の個別の空間領域内の生体物質の位置を特定すること;および
該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域に由来する実質的な量の選択されていない生体物質を標識化することなく、該個別の空間領域に由来する選択された生体物質の少なくとも一部を標識化すること
を含む、上記方法。 - 標識化が更に:
前記個別の空間的位置で生体物質を選択的に修飾すること;および
マイクロアレイスライドの一部またはマイクロアレイスライド全体のいずれかを、事前に修飾された生体物質だけが反応し得る物質を用いて処理すること
を含む、請求項17に記載の方法。 - 前記生体物質が方向性を持った光(directed light)を用いて選択的に修飾される、請求項18に記載の方法。
- 前記生体物質が分注された試薬を用いて選択的に修飾される、請求項18に記載の方法。
- 標識化が更に:
前記個別の空間領域の実質的に外側のマイクロアレイスライドの領域を除き、前記個別の空間領域にバッファーを添加すること;および
バッファー中で少なくとも一部の生体物質が標識を取り込むことができるように、前記個別の空間領域でバッファーに標識を加えること
を含む、請求項17に記載の方法。 - 選択された生体物質が、DNA、cDNA、RNA、ペプチド、およびこれらの組合せからなる群より選択される要素である、請求項17に記載の方法。
- マイクロアレイスライドに結合した生体物質を選択的に増幅する方法であって:
増幅されるべき生体物質を選択すること;
マイクロアレイスライド表面上の個別の空間領域内の生体物質の位置を特定すること;および
該個別の空間領域内ではないマイクロアレイスライドの領域に由来する実質的な量の選択されていない生体物質を増幅することなく、該個別の空間領域に由来する選択された生体物質の少なくとも一部を増幅すること
を含む、上記方法。 - 標識化が更に:
前記個別の空間的位置で生体物質を選択的に修飾すること;および
マイクロアレイスライドの一部またはマイクロアレイスライド全体のいずれかを、事前に修飾された生体物質だけが反応し得る物質を用いて処理すること
を含む、請求項23に記載の方法。 - 前記生体物質が方向性を持った光を用いて選択的に修飾される、請求項24に記載の方法。
- 前記生体物質が分注された試薬を用いて選択的に修飾される、請求項24に記載の方法。
- 増幅が更に:
前記個別の空間領域の実質的に外側のマイクロアレイスライドの領域を除き、前記個別の空間領域に増幅バッファーを添加すること;および
増幅バッファー中で少なくとも一部の選択された生体物質を増幅すること
を含む、請求項23に記載の方法。 - 選択された生体物質の一部が等温サイクリング(isothermal cycling)によって増幅される、請求項23に記載の方法。
- 選択された生体物質の一部が温度サイクリング(thermal cycling)によって増幅される、請求項23に記載の方法。
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