ES2626903T3 - Procesamiento selectivo de material biológico en un sustrato de micromatriz - Google Patents

Procesamiento selectivo de material biológico en un sustrato de micromatriz Download PDF

Info

Publication number
ES2626903T3
ES2626903T3 ES09815297.8T ES09815297T ES2626903T3 ES 2626903 T3 ES2626903 T3 ES 2626903T3 ES 09815297 T ES09815297 T ES 09815297T ES 2626903 T3 ES2626903 T3 ES 2626903T3
Authority
ES
Spain
Prior art keywords
microarray
biological material
buffer
slide
spatial region
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Active
Application number
ES09815297.8T
Other languages
English (en)
Inventor
Nils Adey
Arnold Oliphant
Wanyuan Ao
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Ventana Medical Systems Inc
Original Assignee
Ventana Medical Systems Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Ventana Medical Systems Inc filed Critical Ventana Medical Systems Inc
Application granted granted Critical
Publication of ES2626903T3 publication Critical patent/ES2626903T3/es
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6834—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase
    • C12Q1/6837—Enzymatic or biochemical coupling of nucleic acids to a solid phase using probe arrays or probe chips

Abstract

Un método para recuperar material biológico acoplado a un portaobjetos de micromatriz, que comprende: seleccionar un material biológico para recuperar del portaobjetos de micromatriz; encontrar el material biológico dentro de una región espacial distinta en la superficie del portaobjetos de micromatriz; y eluir al menos una parte del material biológico seleccionado de la región espacial distinta sin eluir cantidades sustanciales de material biológico no seleccionado de regiones del portaobjetos de micromatriz que no están dentro de la región espacial distinta, en el que la elución incluye aplicar un tampón desnaturalizante a la región espacial distinta que funciona liberando la parte del material biológico del portaobjetos de micromatriz.

Description

5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
DESCRIPCION
Procesamiento selectivo de material biologico en un sustrato de micromatriz Campo de la invencion
La presente invencion se refiere al procesamiento de materiales biologicos en una superficie de portaobjetos de micromatriz. Por consiguiente, la presente invencion implica los campos de biolog^a molecular y de qmmica.
Antecedentes
Una micromatriz es una tecnologfa de alto rendimiento que consiste en una serie ordenada de miles de manchas microscopicas de material biologico llamadas casillas. Una micromatriz de ADN, por ejemplo, comprende casillas que contienen fragmentos de ADN de una secuencia de ADN espedfica. Esto puede incluir una corta seccion de un gen o de otro elemento de ADN que se usa como sonda que puede hibridar con una muestra de ADNc o de ARNc (a veces llamada diana) en las condiciones apropiadas. La hibridacion de sonda-diana puede detectarse y cuantificarse usando deteccion basada en fluorescencia de dianas marcadas con fluoroforo para determinar la abundancia relativa de secuencias de acido nucleico. En micromatrices convencionales, las sondas se acoplan covalentemente a una superficie solida tal como vidrio o silicio.
Se ha descrito en la tecnica la liberacion espedfica de posicion del ADN de un chip usando desnaturalizacion fototermica (Okano et al., Sensors and Actuators B64 (2000), 88-94). Se han descrito metodos de extraccion para aislar moleculas diana de una muestra por el uso de un metodo de extraccion de microfluidos (documento WO 03/031965).
Sumario de la invencion
La presente invencion proporciona metodos y sistemas para eluir selectivamente material biologico de una localizacion espacial distinta y/o concreta o multiples localizaciones espaciales distintas y/o concretas en un portaobjetos de micromatriz. En un aspecto, por ejemplo, un metodo para recuperar material biologico acoplado a un portaobjetos de micromatriz puede incluir seleccionar un material biologico a recuperar del portaobjetos de micromatriz, encontrar el material biologico dentro de una region espacial distinta o concreta en la superficie del portaobjetos de micromatriz y eluir al menos una parte del material biologico seleccionado de la region espacial distinta sin eluir cantidades sustanciales de material biologico no seleccionado de regiones del portaobjeto de micromatriz que no estan dentro de la region espacial distinta o concreta, donde eluir incluye aplicar un tampon desnaturalizante a la region espacial distinta o concreta, que funciona liberando la parte de material biologico de la superficie del portaobjetos de micromatriz. En otra realizacion espedfica mas, al menos una parte de la region espacial distinta se calienta para facilitar la liberacion de al menos una parte del material biologico seleccionado de la superficie de la micromatriz. Se contemplan numerosos tipos de material biologico para su uso en la presente invencion incluyendo, sin limitacion, ADN, ADNc, ARN, peptidos y combinaciones de los mismos.
En otro aspecto, se proporciona un metodo para recuperar material de acido nucleico de una micromatriz. Dicho metodo puede incluir seleccionar un material de acido nucleico que se ha hibridado en una superficie de portaobjetos de micromatriz en una region espacial distinta o concreta, aplicar un tampon desnaturalizante a la region espacial distinta para al menos desnaturalizar parcialmente el material de acido nucleico seleccionado y lavar abundantemente la superficie de la micromatriz con un tampon de recuperacion inerte para recuperar la parte desnaturalizada del material de acido nucleico seleccionado. En un aspecto mas espedfico, el metodo puede incluir adicionalmente recoger la parte desnaturalizada del material de acido nucleico seleccionado del tampon de recuperacion inerte. En otro aspecto mas espedfico, el metodo puede incluir adicionalmente aplicar calor a la region espacial distinta para facilitar la desnaturalizacion de al menos una parte del material de acido nucleico seleccionado.
La presente invencion proporciona adicionalmente sistemas para eluir selectivamente material biologico de una localizacion espacial distinta en un portaobjetos de micromatriz. En un aspecto, por ejemplo, un sistema para recuperar material de acido nucleico de una micromatriz puede incluir un escaner de micromatriz para explorar una superficie de la micromatriz e identificar una localizacion de un material de acido nucleico a recuperar, un instrumento de distribucion configurado para recibir la entrada del escaner de micromatriz y distribuir un tampon de elucion en un area de distribucion concreta de una superficie de la micromatriz en la localizacion indicada por el escaner de micromatriz y un instrumento de recuperacion configurado para recuperar el tampon de elucion de la superficie de la micromatriz.
Tambien es posible recibir entrada de informacion desde otra fuente, tal como una matriz diferente, para determinar las regiones a eluir. En una realizacion mas espedfica, el sistema puede incluir adicionalmente un dispositivo calentador configurado para calentar el area de distribucion concreta. En otra realizacion mas espedfica, el dispositivo calentador es un laser.
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
La presente invencion describe adicionalmente metodos para marcar selectivamente material biologico acoplado a un portaobjetos de micromatriz. En un aspecto, dicho metodo puede incluir la seleccion de un material biologico a marcar, la localizacion del material biologico dentro de una region espacial distinta en la superficie del portaobjetos de micromatriz y el marcaje en al menos una parte del material biologico seleccionado de la region espacial distinta sin marcar cantidades sustanciales de material biologico no seleccionado de regiones del portaobjetos de micromatriz que no estan dentro de la region espacial distinta. Aunque puede utilizarse una diversidad de tecnicas de marcaje selectivo, en un aspecto el marcaje puede incluir adicionalmente aplicar un tampon a la region espacial distinta excluyendo las regiones del portaobjetos de micromatrices sustancialmente fuera de la region espacial distinta y anadir un marcador para el tampon en la region espacial distinta, de modo que al menos una parte del material biologico dentro del tampon incorpore el marcador. Tambien es posible distribuir una cantidad de reactivo que pueda desproteger los acidos nucleicos localizados en las regiones espaciales o posiciones de interes. Estas secuencias desprotegidas pueden reaccionar selectivamente con posteriores tratamientos. En algunos aspectos, esto puede hacerse usando el equipo rtpicamente usado para sintetizar la matriz. En otro aspecto de la invencion, puede usarse luz para promover el marcaje y la recuperacion del material presente en la localizacion seleccionada. Por ejemplo, puede usarse luz dirigida para desproteger los grupos reactivos que despues pueden hacerse reaccionar con una marca fluorescente u otra marca visible, o un hapteno tal como biotina. En algunos aspectos, esto puede hacerse usando el equipo usado para sintetizar la matriz. Ademas, el material biologico seleccionado puede incluir cualquier material biologico con capacidad de marcarse, incluyendo, sin limitacion, ADN, ADNc, ARN, peptidos y combinaciones de los mismos.
La presente invencion tambien describe metodos para amplificar material biologico acoplado a un portaobjetos de micromatriz. En un aspecto, dicho metodo puede incluir la seleccion de un material biologico a amplificar, la localizacion del material biologico dentro de una region espacial distinta en la superficie del portaobjeto de micromatriz y la amplificacion de al menos una parte del material biologico seleccionado de la region espacial distinta sin amplificar cantidades sustanciales de material biologico no seleccionado de regiones del portaobjeto de micromatriz que no estan dentro de la region espacial distinta. En un aspecto espedfico, la amplificacion puede incluir adicionalmente aplicar un tampon de amplificacion a la region espacial distinta excluyendo las regiones del portaobjetos de micromatriz sustancialmente fuera de la region espacial distinta y amplificar al menos una parte del material biologico seleccionado dentro del tampon de amplificacion. En otro aspecto, puede usarse luz para promover la amplificacion del material presente en las localizaciones seleccionadas. Por ejemplo, puede usarse luz para desproteger los extremos 3' de los acidos nucleicos en las regiones seleccionadas y promover la amplificacion seleccionada. En algunas situaciones, esto puede hacerse usando el equipo usado para sintetizar la matriz.
Cualquier tecnica de amplificacion capaz de amplificar un material biologico sobre la superficie de un portaobjetos de micromatriz debe considerarse dentro del presente alcance. Los ejemplos no limitantes pueden incluir ciclado isotermico y ciclado termico.
Por tanto, se ha resumido bastante ampliamente, las caractensticas mas importantes de la invencion de modo que la siguiente descripcion detallada de la misma puede entenderse mejor, y de modo que la presente contribucion a la tecnica pueda apreciarse mejor. Llegaran a estar mas claras otras caractensticas de la presente invencion a partir de la siguiente descripcion detallada de la invencion, tomada junto con los dibujos adjuntos y reivindicaciones, o pueden aprenderse por la practica de la invencion.
Descripcion detallada
Antes de divulgar y de describir la presente invencion, debe entenderse que la terminologfa empleada en este documento se usa con el fin de describir realizaciones particulares solamente y no pretende ser limitante.
Debe apreciarse que, como se usa en esta memoria descriptiva y en las reivindicaciones adjuntas, las formas singulares "uno", "una" y "el", "la" incluyen referencias en plural salvo que el contexto indique claramente otra cosa. Por tanto, por ejemplo, una referencia a "un tampon" incluye uno o mas de dichos tampones, y una referencia a "el agente qmmico" incluye una referencia a uno o mas de dichos agentes qrnmicos.
Definiciones
En la descripcion y la reivindicacion de la presente invencion, se usara la siguiente terminologfa de acuerdo con las definiciones expuestas a continuacion.
Como se usa en este documento, el termino "elucion" se refiere al acto de retirar una muestra biologica de un sustrato o de una solucion. En algunos aspectos, dicha retirada puede lograrse a traves del uso de un lfquido o fluido, tal como un tampon.
Como se usa en este documento, la expresion "localizacion espacial distinta" se refiere a una localizacion espacial distinta en un portaobjeto de micromatriz del que puede recuperarse el material biologico. En un aspecto, la localizacion espacial distinta puede ser un conjunto de sondas que tiene un lfmite distinto rodeando el conjunto de sondas. Dicho lfmite puede incluir un espacio sobre la superficie del portaobjetos que esta libre de sonda adherida.
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
En otro aspecto, la localizacion espacial distinta puede ser un conjunto de sondas que esta localizado dentro de un area mayor de sonda depositada sobre la superficie del portaobjetos de micromatriz, y en dicho caso, puede no haber un area rodeando la localizacion espacial distinta que esta libre de la sonda.
Como se usa en este documento, el termino "sustancialmente" se refiere al alcance o grado completo o casi completo de una accion, caractenstica, propiedad, estado, estructura, detalle o resultado. Por ejemplo, un objeto que esta "sustancialmente" encerrado significana que el objeto esta completamente encerrado o casi completamente encerrado. El grado admisible exacto de desviacion de la totalidad absoluta puede depender, en algunos casos, del contexto espedfico. Sin embargo, hablando en lmeas generales, la casi totalidad sera tener el mismo resultado global que si se obtuviera totalidad absoluta y total. El uso de "sustancialmente" es igualmente aplicable cuando se usa en una connotacion negativa para hacer referencia a la ausencia completa o casi completa de una accion, caractenstica, propiedad, estado, estructura, detalle o resultado. Por ejemplo, una composicion que esta "sustancialmente libre de" parrtculas podna carecer completamente de parrtculas o tambien carecer casi completamente de parrtculas, de modo que el efecto sena el mismo que si careciera completamente de parrtculas. En otras palabras, una composicion que esta "sustancialmente libre de" un ingrediente o elemento aun puede contener realmente dicho detalle siempre que no haya un efecto medible del mismo.
Como se usa en este documento, el termino "aproximadamente" se usa para proporcionar flexibilidad a un punto final de intervalo numerico proporcionando que un valor dado pueda estar "un poco por encima" o "un poco por debajo" del punto final.
Como se usa en este documento, puede presentarse una pluralidad de detalles, elementos estructurales, elementos de composicion y/o materiales en una lista comun por conveniencia. Sin embargo, estas listas deben interpretarse como si cada miembro de la lista se identificara individualmente como un miembro diferente y unico. Por tanto, ningun miembro individual de dicha lista debe interpretarse como un equivalente de hecho de cualquier otro miembro de la misma lista basandose unicamente en su representacion en un grupo comun sin indicaciones a lo contrario.
Las concentraciones, cantidades y otros datos numericos pueden expresarse o presentarse en este documento en un formato de intervalo. Debe entenderse que dicho formato de intervalo se usa simplemente por conveniencia y brevedad y por tanto debe interpretarse cierta flexibilidad para incluir no solamente los valores numericos indicados de forma explfcita como los lfmites del intervalo, sino tambien incluyendo todos los valores numericos individuales o sub-intervalos abarcados dentro de ese intervalo como si cada valor numerico y su intervalo estuviera indicado de forma explfcita. Como una ilustracion, un intervalo numerico de "aproximadamente 1 a aproximadamente 5" debe interpretarse incluyendo no solamente los valores indicados de forma explfcita de aproximadamente 1 a aproximadamente 5, sino tambien incluyendo valores individuales y sub-intervalos dentro del intervalo indicado. Por tanto, se incluyes en este intervalo numerico los valores individuales tales como 2, 3 y 4 los sub-intervalos tales como de 1-3, de 2-4 y de 3-5, etc., asf como 1, 2, 3, 4 y 5 individualmente. Este mismo principio se aplica a intervalos que indican solamente un valor numerico como un mmimo o un maximo. Ademas, dicha interpretacion debe aplicarse independientemente de la amplitud del intervalo o las caractensticas que se estan describiendo.
Invencion
La presente invencion proporciona metodos y sistemas para eluir selectivamente un material biologico de una localizacion espacial distinta en un portaobjetos de micromatriz. Como se ha descrito, en un aspecto un portaobjetos de micromatriz contiene varios sitios espedficos de union o hibridacion para ensayar materiales biologicos. En el caso de una micromatriz de ADN, por ejemplo, se agrupan nucleotidos que tienen una secuencia espedfica, juntos en casillas espedficas, rtpicamente mencionados como conjunto de sondas. Una secuencia complementaria de nucleotidos entonces puede hibridar con y, por tanto, localizarse en la casilla de sonda correspondiente a la secuencia de nucleotidos diana. Por consiguiente, la presencia de una secuencia espedfica de nucleotidos en una muestra puede verificarse debido a la union del nucleotido a la sonda correspondiente a esa secuencia.
Las micromatrices se han utilizado frecuentemente debido a su alta utilidad de diagnostico. Sin embargo, los usos previos a menudo han estado limitados a catalogar materiales biologicos o analizar cambios en los niveles de expresion. Ha demostrado ser dirtcil aislar secuencias espedficas de la matriz debido a las altas cantidades de secuencia diana unidas a la micromatriz. La recuperacion de una secuencia diana de la micromatriz generalmente ha implicado desnaturalizar todas las secuencias unidas de la micromatriz y amplificar la secuencia diana de interes.
La presente invencion proporciona tecnicas para aislar una secuencia diana o un conjunto de secuencias diana de un portaobjetos de micromatriz. Dicha secuencia o secuencias diana o, en otras palabras, un material biologico, se selecciona para recuperarse del portaobjetos de micromatriz. El material biologico puede seleccionarse como resultado de la utilidad de diagnostico del portaobjetos de micromatriz. Por ejemplo, el material biologico deseado puede identificarse basandose en su localizacion de union en el portaobjetos de micromatriz. Por tanto, una superficie de portaobjetos de micromatriz puede disenarse para disponer espacialmente sondas en localizaciones que faciliten la identificacion y recuperacion selectiva de un material biologico que se une a la misma. Adicionalmente, las sondas pueden disponerse sobre la superficie del portaobjetos de micromatriz de modo que el
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
material biologico relacionado se agrupe espacialmente para facilitar la identificacion simultanea y la recuperacion selectiva del material biologico agrupado.
Debe apreciarse que un conjunto de sondas puede definirse de una diversidad de maneras, todas las cuales deben incluirse dentro del alcance de la presente invencion. En un aspecto, por ejemplo, un conjunto de sondas podna incluir una mezcla de numerosas sondas que se depositan sobre un portaobjetos de micromatriz en una localizacion espacial distinta o mancha. Por tanto, las sondas pueden estar mezcladas homogeneamente en toda la localizacion espacial distinta. La recuperacion del material biologico que hibrida con este conjunto de sondas incluina una mezcla de material biologico que empareja con la mezcla de sondas depositada en esa localizacion distinta. En otro aspecto, puede depositarse un conjunto de sondas en un portaobjetos de micromatriz de modo que una localizacion espacial distinta pueda incluir numerosas manchas de sondas individuales o multiples. En otras palabras, la localizacion espacial distinta puede estar compuesta de numerosas manchas de sonda mas pequenas, donde cada mancha de sonda contiene un subconjunto del conjunto total de sondas, pero donde el conjunto total de sondas esta representado a traves del conjunto de manchas de sonda. En un aspecto espedfico, cada mancha de sonda puede contener una unica secuencia de sonda. En otro aspecto espedfico, cada mancha de sonda puede contener un subconjunto de secuencias de sonda del conjunto total. El material biologico puede recuperarse a traves de la localizacion espacial distinta completa o, en algunos casos, de un subconjunto de las manchas de sonda dentro del conjunto de sondas. Tambien se contempla que la localizacion espacial distinta pueda estar compuesta de un conjunto de manchas de sonda que contiene secuencias de sonda individuales y un conjunto de manchas de sonda que contienen mas de una secuencia de sonda.
El material biologico seleccionado entonces se localiza en una casilla o, en otras palabras, en una localizacion distinta en un portaobjetos de micromatriz. Al menos una parte del material biologico seleccionado entonces se eluye de la region espacial distinta sin eluir cantidades sustanciales de material biologico no seleccionado de regiones del portaobjetos de micromatriz que no estan dentro de la region espacial distinta. Dicha elucion selectiva puede producirse de numerosas maneras. Por ejemplo, puede aplicarse un tampon de elucion a la micromatriz. En el contexto de la presente invencion, el tampon de elucion es un tampon de desnaturalizacion que facilita la desnaturalizacion del material biologico seleccionado de la micromatriz. En dicho caso, puede ser beneficioso limitar la aplicacion del tampon de desnaturalizacion a la localizacion espacial distinta para evitar la desnaturalizacion del material biologico no seleccionado.
El tampon de elucion puede configurarse como un tampon que no promueve sustancialmente la desnaturalizacion del material biologico. En dichos casos, se aplicana un mecanismo de desnaturalizacion secundario para desnaturalizar el material biologico seleccionado. Por ejemplo, en un aspecto, puede aplicarse un tampon de elucion a la localizacion espacial distinta, y el material biologico seleccionado puede desnaturalizarse a traves de la aplicacion de una fuente de calor a la localizacion espacial distinta. Por tanto, el calor generado de la fuente de calor puede utilizarse para desnaturalizar el material biologico, que despues se libera de la micromatriz para suspenderse en el tampon de elucion. En otro aspecto, puede aplicarse un tampon de elucion a traves de un area mayor de la micromatriz, y la fuente de calor puede aplicarse a la localizacion espacial distinta para desnaturalizar el material biologico seleccionado. Como el tampon de elucion no esta facilitando sustancialmente la desnaturalizacion del material biologico, principalmente el material biologico seleccionado debe liberarse de la superficie del portaobjetos de micromatriz en el tampon de elucion debido a la accion localizada de la fuente de calor desnaturalizante. Puede utilizarse mas calor en esta tecnica debido al mayor volumen del tampon de elucion disponible, en comparacion con situaciones en las que el tampon solamente se aplica a la localizacion espacial distinta. Tambien debe apreciarse que la fuente de calor puede aplicarse a la localizacion espacial distinta en presencia de un tampon desnaturalizante para facilitar adicionalmente la desnaturalizacion del material biologico seleccionado. En otro aspecto mas, la elucion puede facilitarse por luz. Por ejemplo, si los oligonucleotidos que comprenden la micromatriz prehibridada se adhieren a la superficie usando un enlace qrnmico fotoinestable, la luz dirigida puede escindir espedficamente los oligonucleotidos y el material hibridado en localizaciones seleccionadas. En mas situaciones, esto puede hacerse usando el equipo usado para sintetizar la matriz.
Despues de la desnaturalizacion del material biologico seleccionado, la micromatriz puede lavarse abundantemente con un tampon de recuperacion inerte para recuperar el material biologico eluido. El material biologico seleccionado entonces puede utilizarse mientras esta en el tampon de recuperacion, o dicho material puede aislarse adicionalmente del tampon de recuperacion usando tecnicas convencionales. Repitiendo las etapas de aplicacion del tampon de elucion, de desnaturalizacion y recuperacion del material biologico, puede conseguirse la recuperacion separada de los diferentes materiales diana de un unico portaobjetos de micromatriz.
En un aspecto espedfico, el material biologico seleccionado puede recuperarse por el uso de una superficie cargada. En el caso de recuperacion de acidos nucleicos, por ejemplo, la superficie tendna una carga positiva. La superficie cargada puede ser de cualquier configuracion geometrica que facilite la recuperacion del material biologico. Los ejemplos no limitantes pueden incluir superficies planas, agujas, hemisferios, etc. En un aspecto, puede disponerse un tampon desnaturalizante sobre un area espacial distinta de interes, y puede introducirse una superficie cargada positivamente en el tampon de desnaturalizacion para atraer el material biologico cargado negativamente a la misma. La superficie cargada entonces puede colocarse en una solucion de recuperacion y puede aplicarse una carga negativa a la superficie cargada para liberar el material biologico. Un beneficio de dicha
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
tecnica incluye la capacidad de lavar las cargas de la superficie antes de liberar el material biologico para retirar el tampon desnaturalizante.
Los fragmentos de material biologico eluido recuperado pueden usarse posteriormente para procesos adicionales tales como secuenciacion, hibridacion, PCR, etc. En un aspecto, los materiales recuperados podnan usarse como muestras de entrada para la secuenciacion. Por ejemplo, la micromatriz puede usarse para aislar uno o mas subconjuntos de fragmentos de acido nucleico de las combinaciones de entrada, y los subconjuntos recuperados entonces pueden usarse para la secuenciacion. En algunos aspectos, puede explorarse la matriz despues de la hibridacion y los fragmentos de acido nucleico diana se pueden seleccionar y recoger de forma individual o simultanea para la secuenciacion u otro uso. La localizacion sobre la matriz puede usarse como parte del metodo de identificacion de fragmentos diana para la recuperacion. Los fragmentos diana para su recogida pueden preidentificarse en este proceso o pueden identificarse durante el proceso. La capacidad de identificar y recoger fragmentos diana de acuerdo con el proceso de la presente invencion mejora enormemente la eficacia de los posteriores procesos de secuenciacion.
En otro aspecto, el material biologico puede usarse para hibridacion in situ. En un aspecto mas espedfico, una tecnica de hibridacion in situ puede incluir utilizar el material biologico como sonda o como multiples sondas para analisis FISH (hibridacion fluorescente in situ) de regiones cromosomicas identificadas por aCGH (hibridacion genomica comparativa de matriz). La aCGH es una tecnologfa basada en matriz usada para examinar alteraciones en el numero de copias genomicas. Un problema potencial con aCGH es la heterogeneidad de la muestra de entrada, particularmente con tejido tumoral, que a menudo esta experimentando alteraciones genomicas repetidas y a menudo esta mezclado con tejido no transformado. Si el numero de copias genomicas es variable en la poblacion celular usada para preparar la muestra, los datos resultantes representaran un promedio de esta poblacion y, por tanto, reducinan la sensibilidad de cualquier celula individual de interes. FISH permite el examen y cuantificacion de los loci cromosomicos espedficos en celulas individuales.
La cantidad de moleculas de ADN diana en FISH cromosomico a menudo puede ser muy pequena, dos por celula en condiciones normales. Por lo tanto, debe generarse una senal fluorescente significativa a partir de cada molecula de sonda para observarse en microscopios fluorescentes de laboratorio convencionales. Para compensarlo, las sondas de acido nucleico (a menudo BAC) usadas en FISH tfpicamente son muy largas (mas de 100 kb) de modo que se incorporan miles de moleculas de colorante fluorescente en cada sonda. Estas sondas BAC pueden compartirse en pequenos fragmentos de ADN, pero el resultado tfpicamente es de mas de 100 kb de la region cromosomica de interes que se aborda por la sonda marcada de forma fluorescente. Este es un problema potencial cuando se usan fragmentos recuperados de una matriz CGH de todo el genoma donde las sondas se localizan de forma relativamente dispersa a lo largo del cromosoma y las dianas marcadas son relativamente cortas. Un ejemplo puede ser una matriz CGH de 300.000 sondas humanas hibridadas con dianas marcadas de un promedio de 300 bases de longitud. Si se quiere recuperar material para abordar una region de 100 kb en FISH, se recuperana material de exactamente 10 sondas en la micromatriz (300 k sondas/3 billones de bases = 1 sonda/10 k bases) y exactamente un 3 % de la region cromosomica de interes estana abordada (1 sonda/10 k bases x 300 bases de promedio/sonda = 3 %). Por lo tanto, la senal potencial seria exactamente de un 3 % la que podna obtenerse usando sondas BAC, que abordan hasta un 100 % de la region de interes. Por lo tanto, es preferible usar matrices de alta densidad y dianas marcadas mas largas en el experimento de micromatriz. Por ejemplo, si se hibrida una matriz de 2,1 millones de sondas usando fragmentos de 600 pb, se abordana un 42 % de la region cromosomica de interes en el experimento FISH (2100 k sondas/3 billones de bases = 1 sonda/1430 bases x 600 bases de promedio/sonda = 42 %).
Como se ha descrito, la presente invencion proporciona metodos para recuperar fragmentos de sondas individuales en una matriz de alta densidad. En otros aspectos, sin embargo, puede ser deseable crear una micromatriz que consiste en "conjuntos" de sondas inmovilizadas, siendo cada sonda en un conjunto dado una secuencia diferente y correspondiendo cada conjunto de sondas a una unica localizacion genomica. Por ejemplo, el genoma humano de 3000 megabases podna ensayarse por CGH en matriz creando una micromatriz de conjuntos de 3000 sondas. Estos conjuntos estanan espacialmente separados en la matriz de modo que sena posible desnaturalizar y recuperar el material hibridado de cada sonda dentro de un unico grupo o un grupo pequeno de conjuntos sin afectar a ninguno de los conjuntos adyacentes. La desnaturalizacion y recuperacion podna conseguirse usando una punta de micropipeta que distribuye de forma repetida y aspira una gota mfima de tampon de desnaturalizacion en una localizacion de sonda dada. En este ejemplo, cada conjunto representana sondas derivadas de secuencias dentro de una region contigua de una megabase. Un conjunto podna estar hecho de 1000 sondas espaciadas de forma aproximadamente uniforme por toda la region de una megabase. Este proceso dana una resolucion de una megabase, en otras palabras, permite el muestreo de todos los fragmentos genomicos dentro de cualquier ventana de una megabase para los posteriores procesos bioqmmicos tales como FISH.
Tambien debe apreciarse que las sondas inmovilizadas en un "conjunto" pueden corresponder a una diversidad de localizaciones genomica. Por ejemplo, las sondas para secuencias diana en material biologico que tiene funcion similar, o relacion con una enfermedad o afeccion particular, podnan localizarse en un conjunto para facilitar la recuperacion simultanea de material biologico funcionalmente relacionado.
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
En un aspecto, esta tecnologfa puede ser particularmente ventajosa para FISH si la muestra marcada eluida puede usarse directamente como sonda FISH sin la necesidad de amplificacion. Como la cantidad total de material eluido probablemente sea muy pequena, el instrumento debe recuperar el material eluido en un volumen muy pequeno, tal como un microlitro, para maximizar la concentracion en la reaccion de hibridacion. Por lo tanto, la muestra tisular usada en la hibridacion FISH tendna que ser muy pequena (unos pocos mililitros o menos de diametro) y el volumen de la camara necesitana ser de exactamente unos pocos microlitros. Esta tecnologfa es particularmente muy adecuada para dispositivos de microfluidos. Dicho equipo ejemplar puede incluir sin limitacion, la mezcladora MAUI de 16 camaras de BioMicro. En otro aspecto, el material biologico puede amplificarse o modificarse qmmicamente de otra manera posterior a la recuperacion del portaobjetos de micromatriz pero antes de su uso.
Se contempla adicionalmente que todos los tipos de materiales biologicos que pueden localizarse en una superficie de portaobjetos de micromatriz pueden aislarse por las tecnicas de la presente invencion. Los ejemplos no limitantes de dichos materiales biologicos incluyen ADN, ADNc, ARN, peptidos, lfpidos, carbohidratos, etc., y combinaciones de los mismos. Un experto en la materia entendena que las configuraciones de la micromatriz, las soluciones y tampones, las fuentes de calor y las temperaturas, etc., pueden variar dependiendo del tipo de material biologico. Por tanto, estas variaciones deben considerarse dentro del presente alcance.
La presente invencion proporciona adicionalmente sistemas para eluir selectivamente un material biologico de una localizacion espacial distinta en un portaobjetos de micromatriz. En un aspecto, por ejemplo, un sistema para recuperar un material de acido nucleico de una micromatriz puede incluir un escaner de micromatriz configurado para explorar una superficie de la micromatriz e identificar una localizacion de un material de acido nucleico a recuperar, un instrumento de distribucion configurado para recibir la entrada del escaner de micromatriz y distribuir un tampon de elucion en un area de distribucion concreta de la superficie de la micromatriz en la localizacion indicada por el escaner de micromatriz, y un instrumento de recuperacion configurado para recuperar el tampon de elucion de la superficie de la micromatriz. En un aspecto mas espedfico, el sistema puede incluir adicionalmente un dispositivo de calentamiento configurado para calentar el area de distribucion concreta. En otro aspecto mas espedfico, el dispositivo de calentamiento es un laser.
Como un ejemplo, el proceso de elucion de fragmentos podna realizarse del siguiente modo: una micromatriz hibridada y lavada podna explorarse usando un escaner de micromatriz convencional. Los archivos salientes resultantes se usanan para guiar al instrumento de distribucion en la localizacion precisa de un tampon desnaturalizante sobre la micromatriz. Por ejemplo, un aplicador puntual de micromatriz tal como el ArrayJet® podna usarse como instrumento de distribucion. El tampon desnaturalizante y el protocolo deben eluir de forma eficaz los fragmentos hibridados con los que contacta, no debe evaporarse durante el proceso y debe poder recuperarse sin causar desnaturalizacion de los fragmentos de las localizaciones no pretendidas en la matriz. En un aspecto, una posible solucion es distribuir un tampon que contiene urea y glicerol, calentar la matriz para causar la desnaturalizacion, enfriar la matriz para detener la desnaturalizacion y despues lavar abundantemente la matriz completa con un tampon de recuperacion no desnaturalizante y recoger los fragmentos eluidos.
Ademas, la eficacia de la desnaturalizacion y la recuperacion podnan reducirse de forma significativa y continua con cada ronda de lavado y secado del portaobjetos. Para estabilizar los fragmentos hibridados y mejorar la eficacia de recuperacion espedfica, puede ser posible desarrollar un tampon de lavado estabilizante (que contiene tensioactivos especiales) o una superficie de la micromatriz.
Tambien debe apreciarse que la recuperacion de fragmentos de localizaciones en la matriz no sometidas a tampon desnaturalizante podnan contaminar los fragmentos eluidos. Puede ser util recuperar el tampon de elucion directamente de la localizacion en la matriz en que se distribuyo. Esto puede conseguirse succionando el tampon de elucion de nuevo de la micromatriz usando un tampon de recuperacion mmimo e implicando la cantidad minima posible de localizaciones adyacentes de la matriz. Tambien pueden recuperarse lfquidos y fragmentos desnaturalizados por transferencia, o por el uso de perlas. Esto debe evitar que cualquier fluido entre en contacto con otras partes de la matriz, que debe eliminar la recuperacion de fragmentos no pretendidos.
La distancia entre manchas de un centro a otro de las casillas de muchas micromatrices puede ser mucho mas pequena que el tamano posible mmimo de las gotas distribuidas de tampon desnaturalizante, haciendo diffcil recuperar los fragmentos de una unica macha. Una solucion posible es emplear una matriz en placa de ceramica en la que las manchas se disponen para minimizar la distancia genomica entre las sondas en cualquier espacio de elucion".
En otro aspecto, se proporciona un metodo para marcar selectivamente un material biologico acoplado a un portaobjetos de micromatriz. En un aspecto, dicho metodo puede incluir la seleccion de un material biologico a macar, la localizacion del material biologico dentro de una region espacial distinta en la superficie de portaobjetos de micromatriz y el marcaje de al menos una parte del material biologico seleccionado de la region espacial distinta sin marcar cantidades sustanciales de material biologico no seleccionado de regiones del portaobjetos de micromatriz que no estan dentro de la region espacial distinta. Aunque puede utilizarse una diversidad de tecnicas de marcaje selectivo, en un aspecto, el marcaje puede incluir adicionalmente aplicar un tampon a la region espacial distinta excluyendo regiones del portaobjetos de micromatriz sustancialmente fuera de la region espacial distinta y anadir un
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
marcador al tampon en la region espacial distinta, de modo que al menos una parte del material biologico dentro del tampon incorpore el marcador. Ademas, un material biologico seleccionado puede incluir cualquier material biologico con capacidad de marcarse, incluyendo, aunque sin limitacion, ADN, ADNc, ARN, peptidos y combinaciones de los mismos.
Dicha selectividad puede incluir el marcaje de exactamente el material biologico presente en localizaciones espedficas en la matriz. Despues de la etapa de marcaje, el material marcado podna recuperarse de las localizaciones precisas o el material marcado junto con otro material podna recuperarse de la matriz completa. La tecnica de recuperacion del material marcado junto con el material no marcado (o marcado con diferente marcador) puede emplearse para procesos posteriores tales como hibridacion in situ (ISH) si el material recuperado no marcado (o marcado con diferente marcador) no interfiere con el ensayo ISH. Un ejemplo sena una matriz CGH con dianas marcadas de forma fluorescente. En un aspecto, el marcaje espedfico espacial podna usar un hapteno tal como biotina, una oligosecuencia o secuencia peptfdica distintiva y otras moleculas que podnan distinguirse en el posterior ensayo ISH. La ventaja de usar oligosecuencias o secuencias peptfdicas distintivas es que pueden hacerse multiples reacciones de marcaje de forma simultanea en multiples localizaciones distintas. Despues de la recuperacion desde la superficie de la matriz, podnan ensayarse multiples regiones sugeridas del analisis aCGH simultaneamente en el mismo ensayo ISH. En algunos aspectos, los multiples marcadores tambien pueden usarse para posteriormente purificar por afinidad los fragmentos marcados de forma diferencial, y recuperados en diferentes combinaciones para aplicaciones posteriores tales como secuenciacion.
Despues de la etapa de marcaje, pueden utilizarse diversos mecanismos para liberar el material inmovilizado, tal como las sondas, de la superficie de la micromatriz. Los mecanismos no limitantes pueden incluir desnaturalizacion del material hibridado o unido de forma no covalente, incorporacion de un enlace reversible entre la sonda y el sustrato (tal como un enlace tio), escision parcial del material deseado (por ejemplo, el uso de una nucleasa) o liberacion en masa de todo el material unido al sustrato. En un aspecto espedfico, un mecanismo para liberar los materiales de las localizaciones espedficas en la matriz podna utilizar un enlace fotoinestable que se descompone por la luz dirigida, ya que esto permitina una liberacion precisa de exactamente le material de interes.
En otro aspecto, se proporciona un metodo para amplificar selectivamente un material biologico acoplado a un portaobjetos de micromatriz. En un aspecto, dicho metodo puede incluir la seleccion de un material biologico a amplificar, la localizacion del material biologico dentro de una region espacial distinta en la superficie de portaobjetos de micromatriz y la amplificacion de al menos una parte del material biologico seleccionado de la region espacial distinta sin amplificar cantidades sustanciales de material biologico no seleccionado de regiones del portaobjetos de micromatriz que no estan dentro de la region espacial distinta. En un aspecto espedfico, la amplificacion puede incluir adicionalmente aplicar un tampon de amplificacion a la region espacial distinta excluyendo las regiones del portaobjetos de micromatriz sustancialmente fuera de la region espacial distinta y amplificar al menos una parte del material biologico seleccionado dentro del tampon de amplificacion. Cualquier tecnica de amplificacion capaz de amplificar un material biologico sobre la superficie de un portaobjetos de micromatriz debena considerarse dentro del presente alcance. Los ejemplos no limitantes pueden incluir ciclado isotermico y ciclado termico.
Hay varios beneficios potenciales de dicho enfoque para la amplificacion, incluyendo sin limitacion: 1) pueden producirse multiples amplificaciones simultaneamente en diferentes localizaciones en la matriz; y 2) cada amplificacion puede incorporar un marcador diferente, permitiendo de ese modo que todos los productos de amplificacion se recuperen juntos y cada producto podna mantener su identidad unica.
Ademas, los siguientes metodos pueden usarse para conseguir la amplificacion en localizaciones espedficas en una micromatriz: 1) los acidos nucleicos hibridados podnan usarse como molde; y 2) las sondas inmovilizadas pueden usarse como cebadores para un molde no espedfico de localizacion presente en los reactivos de reaccion. En este ultimo caso, la informacion espacial puede obtenerse de una fuente diferente tal como una micromatriz diferente.
Los reactivos de la reaccion de amplificacion incluyendo cebadores pueden aplicarse de forma precisa a las localizaciones deseadas usando un medio o mecanismo tal como, una pipeta o impresora de chorro de tinta. La reaccion de amplificacion entonces progresa usando ciclado termico o medios o metodos isotermicos. Se conocen diversos metodos termicos e isotermicos, y cualquiera de dichos metodos que sea adecuado para la amplificacion selectiva de material biologico en un portaobjetos de micromatriz debe considerarse dentro del presente alcance.
En un aspecto, la amplificacion puede controlarse para que este en una localizacion concreta bloqueando primero la amplificacion en todas las localizaciones de la matriz, despues desbloqueando de forma precisa las regiones de interes. El desbloqueo puede controlarse de forma precisa usando luz dirigida.

Claims (5)

  1. 5
    10
    15
    20
    25
    30
    35
    REIVINDICACIONES
    1. Un metodo para recuperar material biologico acoplado a un portaobjetos de micromatriz, que comprende:
    seleccionar un material biologico para recuperar del portaobjetos de micromatriz; encontrar el material biologico dentro de una region espacial distinta en la superficie del portaobjetos de micromatriz; y
    eluir al menos una parte del material biologico seleccionado de la region espacial distinta sin eluir cantidades sustanciales de material biologico no seleccionado de regiones del portaobjetos de micromatriz que no estan dentro de la region espacial distinta,
    en el que la elucion incluye aplicar un tampon desnaturalizante a la region espacial distinta que funciona liberando la parte del material biologico del portaobjetos de micromatriz.
  2. 2. El metodo de la reivindicacion 1, en el que la elucion incluye adicionalmente:
    calentar al menos una parte de la region espacial distinta para facilitar la liberacion de al menos una parte del material biologico seleccionado de la superficie de la micromatriz; o aplicar una fuente de calor a la region espacial distinta en presencia del tampon desnaturalizante; y
    lavar abundantemente la superficie de la micromatriz con un tampon de recuperacion para recuperar el material biologica seleccionado.
  3. 3. El metodo de la reivindicacion 1, en el que el material biologico seleccionado es un miembro seleccionado del grupo que consiste en ADN, ADNc, ARN, peptidos y combinaciones de los mismos.
  4. 4. Un sistema para recuperar material de acido nucleico de una micromatriz, que comprende:
    un escaner de micromatriz configurado para explorar una superficie de la micromatriz e identificar una localizacion de un material de acido nucleico a recuperar;
    un instrumento de distribucion configurado para recibir la entrada del escaner de micromatriz y distribuir un tampon de elucion sobre un area de distribucion concreta de la superficie de la micromatriz en la localizacion indicada por el escaner de micromatriz; y
    un instrumento de recuperacion configurado para recuperar el tampon de elucion de la superficie de la micromatriz.
  5. 5. El sistema de la reivindicacion 4, que comprende adicionalmente un dispositivo de calentamiento configurado para calentar el area de distribucion concreta y en el que el instrumento de recuperacion es una superficie cargada electricamente.
ES09815297.8T 2008-09-22 2009-09-18 Procesamiento selectivo de material biológico en un sustrato de micromatriz Active ES2626903T3 (es)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US9903508P 2008-09-22 2008-09-22
US99035P 2008-09-22
US10608308P 2008-10-16 2008-10-16
US106083P 2008-10-16
PCT/US2009/057539 WO2010033844A2 (en) 2008-09-22 2009-09-18 Selective processing of biological material on a microarray substrate

Publications (1)

Publication Number Publication Date
ES2626903T3 true ES2626903T3 (es) 2017-07-26

Family

ID=42038330

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
ES09815297.8T Active ES2626903T3 (es) 2008-09-22 2009-09-18 Procesamiento selectivo de material biológico en un sustrato de micromatriz

Country Status (8)

Country Link
US (1) US20100076185A1 (es)
EP (1) EP2350648B8 (es)
JP (2) JP2012502660A (es)
CN (2) CN102292635B (es)
CA (1) CA2738596C (es)
DK (1) DK2350648T3 (es)
ES (1) ES2626903T3 (es)
WO (1) WO2010033844A2 (es)

Families Citing this family (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2012525147A (ja) 2009-04-30 2012-10-22 グッド スタート ジェネティクス， インコーポレイテッド 遺伝マーカーを評価するための方法および組成物
DK2556171T3 (en) 2010-04-05 2015-12-14 Prognosys Biosciences Inc Spatially CODED BIOLOGICAL ASSAYS
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
US9163281B2 (en) 2010-12-23 2015-10-20 Good Start Genetics, Inc. Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
US8209130B1 (en) 2012-04-04 2012-06-26 Good Start Genetics, Inc. Sequence assembly
KR101595159B1 (ko) * 2012-12-07 2016-02-18 서울대학교산학협력단 마이크로어레이 기판 상의 생화학 분자들의 분리방법
CN111662960B (zh) 2013-06-25 2024-04-12 普罗格诺西斯生物科学公司 采用微流控装置的空间编码生物分析
WO2016040446A1 (en) * 2014-09-10 2016-03-17 Good Start Genetics, Inc. Methods for selectively suppressing non-target sequences
US9625355B2 (en) 2014-12-01 2017-04-18 General Electric Company Extraction of materials from regions of interest in a sample
CA3010579A1 (en) 2015-01-06 2016-07-14 Good Start Genetics, Inc. Screening for structural variants
DK3901281T3 (da) 2015-04-10 2023-01-23 Spatial Transcriptomics Ab Rumligt adskilt, multipleks nukleinsyreanalyse af biologiske prøver
US10577643B2 (en) * 2015-10-07 2020-03-03 Illumina, Inc. Off-target capture reduction in sequencing techniques
WO2020123320A2 (en) 2018-12-10 2020-06-18 10X Genomics, Inc. Imaging system hardware
US11768175B1 (en) 2020-03-04 2023-09-26 10X Genomics, Inc. Electrophoretic methods for spatial analysis
WO2021252499A1 (en) 2020-06-08 2021-12-16 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
CN114622821A (zh) 2020-12-11 2022-06-14 圣州企业股份有限公司 多功能梯架结构
EP4121555A1 (en) 2020-12-21 2023-01-25 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes

Family Cites Families (40)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6277569B1 (en) * 1990-09-20 2001-08-21 Vysis, Inc. Methods for multiple direct label probe detection of multiple chromosomes or regions thereof by in situ hybridization
DE69232753T2 (de) * 1991-11-01 2003-05-15 Diatech Pty Ltd Feststoff-phase erweiterungsverfahren
US5364790A (en) * 1993-02-16 1994-11-15 The Perkin-Elmer Corporation In situ PCR amplification system
US5681697A (en) * 1993-12-08 1997-10-28 Chiron Corporation Solution phase nucleic acid sandwich assays having reduced background noise and kits therefor
US5801155A (en) * 1995-04-03 1998-09-01 Epoch Pharmaceuticals, Inc. Covalently linked oligonucleotide minor grove binder conjugates
JP2965131B2 (ja) * 1995-07-07 1999-10-18 東洋紡績株式会社 核酸結合用磁性担体およびそれを用いる核酸単離方法
US6127188A (en) * 1995-10-06 2000-10-03 Mj Research, Inc. Method and apparatus for controlling evaporation in histological procedures
US6013473A (en) * 1996-03-11 2000-01-11 Human Genome Sciences, Inc. Human mutY
US5858671A (en) * 1996-11-01 1999-01-12 The University Of Iowa Research Foundation Iterative and regenerative DNA sequencing method
CA2270132A1 (en) * 1996-11-06 1998-05-14 Sequenom, Inc. Dna diagnostics based on mass spectrometry
US6541212B2 (en) * 1997-03-10 2003-04-01 The Regents Of The University Of California Methods for detecting prostate stem cell antigen protein
US20040035690A1 (en) * 1998-02-11 2004-02-26 The Regents Of The University Of Michigan Method and apparatus for chemical and biochemical reactions using photo-generated reagents
US6043039A (en) * 1998-02-17 2000-03-28 Applied Spectral Imaging Method of and composite for in situ fluorescent hybridization
JP2002522065A (ja) * 1998-08-10 2002-07-23 ジェノミック ソリューションズ インコーポレイテッド 核酸ハイブリダイズ用熱及び流体循環装置
WO2000041524A2 (en) * 1999-01-11 2000-07-20 President And Fellows Of Harvard College Isothermal amplification of dna
US6670124B1 (en) * 1999-12-20 2003-12-30 Stemcyte, Inc. High throughput methods of HLA typing
JP2002253238A (ja) * 2000-01-26 2002-09-10 Nisshinbo Ind Inc 核酸分離回収法
US6545758B1 (en) * 2000-08-17 2003-04-08 Perry Sandstrom Microarray detector and synthesizer
EP1184349A1 (en) * 2000-09-01 2002-03-06 A.S.B.L. Facultes Universitaires Notre-Dame De La Paix Method for obtaining a surface activation of a solid support for building biochips microarrays
AU2001292142A1 (en) * 2000-09-11 2002-03-22 Affymetrix, Inc. Photocleavable protecting groups
US20030203372A1 (en) * 2000-12-08 2003-10-30 Ward Neil Raymond Analysis method
US20020100836A1 (en) * 2001-01-31 2002-08-01 Hunt Robert Daniel Hydrogen and oxygen battery, or hudrogen and oxygen to fire a combustion engine and/or for commerce.
DE10149947A1 (de) * 2001-10-10 2003-04-17 Febit Ferrarius Biotech Gmbh Mikrofluidisches Extraktionsverfahren
EP1457782A1 (en) * 2001-11-22 2004-09-15 Riken Substrate for biomolecule microarray, process for producing the same, biomolecule microarray and method of collecting data on biomolecule microarray
US7163790B2 (en) * 2001-11-28 2007-01-16 Bio-Rad Laboratories, Inc. Parallel polymorphism scoring by amplification and error correction
AU2003209082A1 (en) * 2002-02-07 2003-09-02 Huntsman International Llc Cold curable isocyanate adhesives with reduced foaming
US7300755B1 (en) * 2003-05-12 2007-11-27 Fred Hutchinson Cancer Research Center Methods for haplotyping genomic DNA
CN1280428C (zh) * 2003-05-19 2006-10-18 清华大学 一种基于微小颗粒的生物芯片系统及其应用
JP4836795B2 (ja) * 2003-05-19 2011-12-14 ブランデイズ ユニバーシティー 核酸プロセシング方法、キット、及び装置
CN1590560A (zh) * 2003-09-01 2005-03-09 王进科 一种从复杂组分物质如中药和化学混合物中高通量筛选、捕获和分离目标分子的方法
EP1645640B1 (en) * 2004-10-05 2013-08-21 Affymetrix, Inc. Method for detecting chromosomal translocations
EP1669433A1 (en) * 2004-12-13 2006-06-14 Basf Aktiengesellschaft Hydrocarbyl succinic acid and hydrocarbylsuccinic acid derivatives as friction modifiers
US20080045418A1 (en) * 2005-02-04 2008-02-21 Xia Xueliang J Method of labeling and profiling rnas
US7550583B2 (en) * 2005-02-04 2009-06-23 Geno Sensor Corp. Method of isolating, labeling and profiling small RNAs
US20070037169A1 (en) * 2005-08-09 2007-02-15 Combimatrix Corporation Selective Dehybridization using Electrochemically-Generated Reagent on an Electrode Microarray
US20070231823A1 (en) * 2006-03-23 2007-10-04 Mckernan Kevin J Directed enrichment of genomic DNA for high-throughput sequencing
WO2008115185A2 (en) * 2006-04-24 2008-09-25 Nimblegen Systems, Inc. Use of microarrays for genomic representation selection
US20080194414A1 (en) * 2006-04-24 2008-08-14 Albert Thomas J Enrichment and sequence analysis of genomic regions
CN1932033A (zh) * 2006-09-22 2007-03-21 东南大学 基于微阵列芯片的核酸测序方法
CN103588839B (zh) * 2008-06-11 2017-04-12 激光基因公司 核苷酸和核苷以及将其用于dna测序的方法

Also Published As

Publication number Publication date
CN104328109A (zh) 2015-02-04
EP2350648A2 (en) 2011-08-03
CN102292635B (zh) 2015-04-01
WO2010033844A3 (en) 2010-08-19
EP2350648B8 (en) 2017-07-19
DK2350648T3 (en) 2017-05-22
US20100076185A1 (en) 2010-03-25
CA2738596A1 (en) 2010-03-25
JP6144237B2 (ja) 2017-06-07
CA2738596C (en) 2015-06-30
EP2350648A4 (en) 2012-10-31
EP2350648B1 (en) 2017-03-29
JP2015006191A (ja) 2015-01-15
JP2012502660A (ja) 2012-02-02
CN102292635A (zh) 2011-12-21
WO2010033844A2 (en) 2010-03-25

Similar Documents

Publication Publication Date Title
ES2626903T3 (es) Procesamiento selectivo de material biológico en un sustrato de micromatriz
ES2935860T3 (es) Análisis de ácidos nucleicos múltiplex, espacialmente distinguidos de especímenes biológicos
US6143496A (en) Method of sampling, amplifying and quantifying segment of nucleic acid, polymerase chain reaction assembly having nanoliter-sized sample chambers, and method of filling assembly
AU2004214891B2 (en) Random array DNA analysis by hybridization
EP2358906B2 (en) System and instrument for processing biological samples and manipulating liquids having biological samples
US9404155B2 (en) Alternative nucleic acid sequencing methods
JP5222723B2 (ja) 個々に細胞を解析するための装置及び方法
US9850482B2 (en) Heterologous DNA barcoding method
JP2018529314A5 (es)
US20080108112A1 (en) Apparatus and methods for parallel processing of micro-volume liquid reactions
US20050112634A1 (en) High density sequence detection methods and apparatus
CN110573253B (zh) 流体通道的亲水涂层
US9771575B2 (en) Methods for on-array fragmentation and barcoding of DNA samples
JP6665090B2 (ja) マイクロ流体装置並びにかかる装置に試薬及び生体試料を供給するための配置
US20170130258A1 (en) Multiplex on-array droplet pcr and quantitative pcr
EP4157992A1 (en) Apparatus and method for fast digital detection