JP2014001156A

JP2014001156A - パラジウムに結合するペプチド

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Publication number: JP2014001156A
Application number: JP2012136608A
Authority: JP
Inventors: Kazuaki Nishio; 和晃西尾
Original assignee: Panasonic Corp
Current assignee: Panasonic Corp
Priority date: 2012-06-18
Filing date: 2012-06-18
Publication date: 2014-01-09

Abstract

【課題】新規なパラジウム認識ペプチドを提供する。
【解決手段】SQMMGHMGHGNMNHMNHGGKFDFHH（配列番号：０１）によって表されるアミノ酸配列からなるペプチドは、パラジウムを認識する。
【選択図】なし

Description

本発明は、パラジウムに結合するペプチドに関する。

非特許文献１は、パラジウム結合型ペプチドの合成を開示している。

磯崎勝弘ら、「パラジウム結合型ペプチドの合成」、日本化学会第86春季年会、2F1-12、千葉（日本大学） George et. al., "Effect of Surface Wettability on the Adsorption of Proteins and Detergents", Journal of the American Chemical Society, Vol. 120, pp 3464-3473 (1998)

本発明の目的は、パラジウムに結合する新規なペプチドを提供することである。

本発明は、パラジウムに結合する新規なペプチドであって、配列番号：０１によって表されるアミノ酸配列からなる。

本発明は、パラジウムに結合する新規なペプチドを提供する。

図１は、実験例１に含まれる比較例１によるアビジン１０１およびビオチン−ＰＥＧ１２（参照符号：１０２）の２成分複合体１０３の概略図を示す。図２は、実験例１に含まれる実施例１によるアビジン１０４およびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド１０５の複合体１０６の概略図を示す。図３は、実験例１に含まれる実施例１−１および実施例１−２によるパラジウムナノ粒子１０７、アビジン１０４、およびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド１０５の３成分複合体１０８の概略図を示す。図４は、実験例１の結果を示す電気泳動写真である。

以下、本発明の実施形態が説明される。

本発明者は、SQMMGHMGHGNMNHMNHGGKFDFHH（配列番号：０１）によって表されるアミノ酸配列からなるペプチドは、パラジウムを認識することを見出した。本発明は、その知見に基づいて提供される。

配列番号：０１により表されるアミノ酸からなるペプチドは、ＣｕｅＯの３８２番目のアミノ酸から４０６番目のアミノ酸のアミノ酸配列に由来する。用語「ＣｕｅＯ」は、大腸菌ＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉＫ−１２株のマルチ銅酸化酵素を意味する。

（実施例）
以下の実験例は、本発明をより詳細に説明する。

（実験例１）
実験例１は、実施例１および比較例１から構成される。

実験例１では、プルダウン法が実施された。実施例１によるプルダウン法が、以下、簡単に説明される。

実験例１によるプルダウン法では、アビジン、ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド、およびパラジウムナノ粒子の３成分複合体が水溶液中で形成される。３成分複合体を含有する水溶液が遠心分離に供された後、３成分複合体は上清として回収されない。言い換えれば、３成分複合体は沈殿物（残渣）として水溶液中に残る。その後、３成分複合体が熱により分解され、そして水溶液が電気泳動に供される。電気泳動の後、アビジンのサブユニットモノマーのバンドが観察される。

一方、アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２の２成分複合体は、パラジウムナノ粒子と結合しない。２成分複合体を含有する水溶液が遠心分離に供された後、２成分複合体は上清として除去される。水溶液が加熱された後、水溶液が電気泳動に供される。しかし、アビジンは上清に含まれる１つの化学成分として既に除去されているので、アビジンのサブユニットモノマーのバンドは観察されない。

実験例１では、以下の溶液が調製された。

ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド溶液
ビオチン−ＰＥＧ１２溶液
Ｔｒｉｓ塩酸緩衝液
アビジン水溶液
アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２の２成分複合体水溶液（図１参照）
アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの複合体水溶液（図２参照）
ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート水溶液
ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレートを含有する緩衝液
ドデシル硫酸ナトリウム溶液
グリセロール水溶液
変性ポリアクリルアミドゲルを用いた電気泳動用の水溶液
パラジウムナノ粒子分散液
これらの試薬を調製する詳細な方法が以下、記述される。

（ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド溶液の調製）
本発明者は、下記の式（Ｉ）によって表される化合物（以下、「ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド」という）の合成を、シグマアルドリッチジャパン（株）に依頼した。固相合成法がビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの合成のために用いられた。
（化１）
ビオチン−ＰＥＧ１２−ＳＱＭＭＧＨＭＧＨＧＮＭＮＨＭＮＨＧＧＫＦＤＦＨＨ（配列番号：０１） (I)
シグマアルドリッチジャパン（株）によって調製されたビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドは、９６．２％の純度を有していた。

式（Ｉ）から明らかなように、ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドでは、配列番号：０１によって表されるアミノ酸からなるペプチドのＮ末端が、ビオチン−ポリエチレングリコールによって化学的に修飾されている。

ビオチン−ポリエチレングリコールでペプチドのＮ末端側を修飾させる方法は公知である。一例として、ＥＺ−ＬｉｎｋＮＨＳ−ＰＥＧ１２−ビオチン（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社より入手可能）が用いられ得る。

ＥＺ−ＬｉｎｋＮＨＳ−ＰＥＧ１２−ビオチンは、以下の（ＩＩ）に示される化学構造を有する。

「ＮＨＳ」とは、N- hydroxysuccinimideを意味する。ＮＨＳは活性エステル基に結合している。ペプチドが添加されると、ＮＨＳによって活性化されたエステル基は、ペプチドのＮ末端またはリジン残基の側鎖に位置するＮＨ₂基と速やかに反応して、アミド結合を形成する。

「ＰＥＧ」とは、ポリエチレングリコールを意味する。より詳細には、以下の化学式（ＩＩＩ）により表される。

−（−ＣＨ₂−ＣＨ₂−Ｏ）_n− （ＩＩＩ）
ここで、ｎは自然数である。

ｎの値は１以上２０以下であることが望ましい。「ＰＥＧ１２」とは、ｎ＝１２であるＰＥＧを意味する。

ポリエチレングリコールを介して結合された２つの分子間での非特異的な相互作用は、ポリエチレングリコールによって抑制されると考えられる。言い換えれば、このようなポリエチレングリコールは、ポリエチレングリコールの両端に化学的に結合された２つの分子間での非特異的な相互作用を抑制すると考えられる。なぜなら、化学式（ＩＩ）からも明らかなように、２つの分子に挟まれるポリエチレングリコールにより、２つの生体分子は互いに遠くに位置するためである。詳細について必要ならば、非特許文献１を参照せよ。

従って、式（Ｉ）において、ビオチンおよび配列番号：０１により表されるアミノ酸配列からなるペプチドは、ＰＥＧ１２により、相互作用しない。

（ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド溶液の調製）
シグマアルドリッチジャパン（株）から入手したビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドが、超純水を用いて溶解され、０．１ｍＭの濃度を有するビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド溶液を調製した。調製されたビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド溶液は、−３０℃の温度下で保管された。

（ビオチン−ＰＥＧ１２溶液の調製）
ＥＺ−ＬｉｎｋＮＨＳ−ＰＥＧ１２−Ｂｉｏｔｉｎ（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社製）が、ジメチルスルホキシドを用いて溶解され、１０ｍＭの濃度を有するＮＨＳ−ＰＥＧ１２−Ｂｉｏｔｉｎ溶液を調製した。

次に、表１に示される試薬が混合された。混合液は２５℃の温度下で１時間放置された。

このようにして、１ｍＭの濃度を有するビオチン−ＰＥＧ１２溶液が調製された。このビオチン−ＰＥＧ１２溶液は、水で希釈され、０．１ｍＭの濃度を有するビオチン−ＰＥＧ１２溶液を調製した。

（Ｔｒｉｓ塩酸緩衝液の調製）
塩酸がＴｒｉｓ緩衝液に添加され、表２に示される４種類のＴｒｉｓ塩酸緩衝液を調製した。

（アビジン水溶液の調製）
アビジン（商品名：ＮｅｕｔｒＡｖｉｄｉｎ、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社製、１０ミリグラム）が、超純水で溶解されて、１０ミリグラム／ミリリットルのアビジン水溶液を調製した。図１において、アビジンは、参照符号１０１を有する。

（アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２の２成分複合体水溶液の調製）
下記の表３に示す試薬が混合された。図１において、ビオチン−ＰＥＧ１２は、参照符号１０２を有する。混合物は、２３℃の温度下で２時間放置された。

その後、混合物（５００マイクロリットル）は、遠心分離型限外ろ過ユニット（ＡｍｉｃｏｎＵｌｔｒａ−０．５、ＭＷＣＯ：３０，０００；メルク社製）を用いて濾過され、残渣を得た。遠心分離は、１０，０００ｘｇのｒｐｍで、４℃の温度下で、２０分間行われた。このようにして、混合物は濃縮され、約５０マイクロリットルの濃縮液を得た。

１０ｍＭの濃度を有するＴｒｉｓ塩酸緩衝液（ｐＨ：８、４５０マイクロリットル）が、濃縮液に混合された。濃縮液は、再度、上記の条件で遠心分離に供され、約５０マイクロリットルの濃縮液を再度、得た。これがもう一度繰り返された。

濃縮液は、１０ｍＭの濃度を有するＴｒｉｓ塩酸緩衝液（ｐＨ：８）で希釈され、アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２の２成分複合体を含有する水溶液を得た。この水溶液は、５００マイクロリットルの容量を有していた。図１において、アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２の２成分複合体は、参照符号１０３を有する。

（アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの複合体の調製）
表３に示される試薬に代えて、下記の表４に示す試薬が混合されたこと以外は、アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２の複合体の調製と同様の手順が実行され、アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの複合体を含有する水溶液を調製した。

図２において、アビジンは、参照符号１０４を有する。ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドは、参照番号１０５を有する。複合体は、参照番号１０６を有する。

（ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート水溶液の調製）
１０重量％の濃度を有するポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート（ＡＮＡＰＯＥ―２０；Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社製）の水溶液が、超純水で希釈され、１重量％の濃度を有するポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート水溶液が調製された。同様に、０．１重量％の濃度を有するポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート水溶液も調製された。ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレートは、界面活性剤として用いられ得る。

（ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレートを含有する緩衝液の調製）
表５に示される２種類の緩衝液が調製された。

（ドデシル硫酸ナトリウム水溶液の調製）
ドデシル硫酸ナトリウム（和光純薬工業社製）が、超純水で溶解され、１０重量％の濃度を有するドデシル硫酸ナトリウム水溶液を調製した。

（グリセロール水溶液の調製）
グリセロール（ライフテクノロジーズ社製）が、超純水で溶解され、５０重量％の濃度を有するグリセロール水溶液を調製した。

（変性ポリアクリルアミドゲルを用いた電気泳動用の水溶液の調製）
下記の表６に示す試薬が混合され、水溶液を得た。さらにおよそ１ミリグラムのブロモフェノールブルー（粉末）が水溶液に添加された。その後、水溶液はよく攪拌された。このようにして、変性ポリアクリルアミド電気泳動用の水溶液が調製された。

（パラジウムナノ粒子分散液の調製）
２〜７ナノメートルの直径を有するパラジウムナノ粒子の分散液（ルネッサンス・エナジー・リサーチ社製、０．５ミリリットル）に超純水（０．５ミリリットル）が混合された。

混合液が、２９０，０００×ｇのｒｐｍで、４℃の温度下で、２時間、遠心分離に供された。その後、上清が除去され１００マイクロリットルの容積を有する濃縮液を得た。このようにして、混合液が濃縮された。

次いで、０．１重量％ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート水溶液が濃縮液に添加された。その後、濃縮液は、上記の条件で、再度、遠心分離に供され、上清が除去された。このようにして、１００マイクロリットルの容量を有する濃縮液を得た。

もう一度、０．１重量％ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート水溶液が濃縮液に添加された。その後、濃縮液は、上記の条件で、再度、遠心分離に供され、上清が除去された。このようにして、１００マイクロリットルの容量を有する濃縮液が再度、得られた。

濃縮液に、０．１重量％ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレート水溶液が添加され、１ミリリットルの容量を有するパラジウムナノ粒子分散液を得た。

（実験例１）
下記の表７に示される試薬が混合された。混合物は、２５℃の温度下で１０分間放置された。

図３において、パラジウムナノ粒子は参照符号１０７を有する。アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの複合体は、参照符号１０６を有する。パラジウムナノ粒子、アビジン、およびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの３成分複合体は、参照符号１０８を有する。アビジンを加熱することによって得られるアビジンのサブユニットモノマーは、参照符号１０９を有する。加熱後のビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドは、参照符号１１０を有する。

混合物は、２９０，０００ｘｇのｒｐｍで、４℃の温度下で、３０分間、遠心分離に供された。その後、上清が除去され、未反応のビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドを除去した。このようにして、混合物は濃縮され、１０マイクロリットルの容量を有する濃縮液（残渣）を得た。

次いで、０．１重量％ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレートを含有するＴｒｉｓ塩酸緩衝液（ｐＨ：８、１０ｍＭ、２００マイクロリットル）が濃縮液に添加された。その後、濃縮液は、上記の条件で、再度、遠心分離に供され、上清が除去された。このようにして、１０マイクロリットルの容量を有する濃縮液（残渣）が得た。

もう一度、０．１重量％ポリオキシエチレン（２０)ソルビタンモノラウレートを含有するＴｒｉｓ塩酸緩衝液（ｐＨ：８、１０ｍＭ、２００マイクロリットル）が濃縮液に添加された。その後、濃縮液は、上記の条件で、再度、遠心分離に供され、上清が除去された。このようにして、１０マイクロリットルの容量を有する濃縮液（残渣）が再度、得られた。この濃縮液は、茶褐色を有していた。パラジウムナノ粒子分散液は茶褐色を有するので、得られた濃縮液は、パラジウムナノ粒子を含有していたことが肉眼で確認された。

変性ポリアクリルアミドゲルを用いた電気泳動用の水溶液が、濃縮されたパラジウムナノ粒子分散液に添加された。添加後の水溶液の容量は２０マイクロリットルであった。

その後、超音波が、超音波洗浄機（ＵＳＫ−１Ａ，アズワン社製、設定：Ｈｉｇｈ）を用いて、水溶液に印加された。
濃縮されたパラジウムナノ粒子分散液は、９８℃の温度下で、１０分間、加熱され、アビジン分子をアビジンサブユニットモノマーに分解した。

加熱後、濃縮されたパラジウムナノ粒子分散液は、１０，０００ｘｇのｒｐｍで１分間、遠心分離に供された。このようにして実施例１によるサンプル溶液が得られた。

（比較例１）
ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドに代えて、ビオチン−ＰＥＧ１２が用いられたこと以外を除き、実施例１と同様の手順が行われた。このようにして、比較例１によるサンプル溶液が得られた。

（実験例１の電気泳動）
実施例１および比較例１によるこれらの２種類のサンプル溶液が、電気泳動に供された。以下、電気泳動の詳細が説明される。

ポリアクリルアミドゲル（プレキャストゲル；バイオ・ラッドラボラトリーズ社製、商品名：１２％ミニプロティアンＴＧＸ）が電気泳動槽にセットされた。電気泳動バッファーとして、プレミックスバッファー（バイオ・ラッドラボラトリーズ社製、商品名：プレミックスバッファー１０ｘＴｒｉｓ／グリシン／ＳＤＳ）が超純水で１０倍に希釈された。この希釈液が電気泳動槽に注がれた。

実施例１および比較例１による２つのサンプル溶液（各１５マイクロリットル）が、ポリアクリルアミドゲルの上部に設けられたウェルに添加された。

ベンチマークタンパク質ラダー（ライフテクノロジーズ社製、５マイクロリットル）が、分子量マーカーとして、ポリアクリルアミドゲルの上部に設けられたウェルに添加された。

一定電圧１５０ボルトの電圧下で、電気泳動が行われた。

水溶液に含まれるブロモフェノールブルーがポリアクリルアミドゲルの下端付近まで泳動されたら泳動を停止した。その後、ＣＢＢ染色キット（ＣＢＢＲ−２５０ステイン＆デステインキット；バイオ・ラッドラボラトリーズ社製）を用いて、ＣＢＢ染色が行われた。

染色されたポリアクリルアミドゲルの画像が、フラットベッドスキャナ（ＣａｎｏＳｃａｎＤ２４００Ｕ；キャノン社製）で読み込まれた。読み込まれた画像に基づいて、画像処理ソフトウェアＩｍａｇｅＪ（ＮａｔｉｏｎａｌＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓｏｆＨｅａｌｔｈ製）を用いて、アビジンのサブユニットモノマーのバンドが定量された。

図４は、電気泳動の結果を示す。

図４に示されるように、実施例１では、明瞭なバンドが観察された。一方、比較例１では、そのような明瞭なバンドが観察されなかった。

画像処理ソフトウェアによれば、実施例１によるバンドは、比較例１によるバンドよりも１．６倍のアビジンのサブユニットモノマーを含有していた。

図４に示される電気泳動の結果、すなわち、プルダウン法の結果から、ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドがパラジウムナノ粒子に結合して、凝集物（すなわち、沈殿物）を形成することが分かった。ＰＥＧ１２によってビオチンおよびペプチドが相互作用しないので、配列番号：０１によって表されるアミノ酸配列からなるペプチドはパラジウムに結合することが見出された。言い換えれば、配列番号：０１によって表されるアミノ酸配列からなるペプチドはパラジウムを認識することが見出された。

１０１、１０４アビジン
１０２ビオチン−ＰＥＧ１２
１０３アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２の２成分複合体
１０５、１１０ビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチド
１０６アビジンおよびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの複合体
１０７パラジウムナノ粒子
１０８パラジウムナノ粒子、アビジン、およびビオチン−ＰＥＧ１２−ペプチドの３成分複合体
１０９アビジンのサブユニットモノマー

Claims

配列番号：０１によって表されるアミノ酸配列からなる、パラジウムに結合するペプチド。
ペプチドをパラジウムに結合させる方法であって、以下の工程を具備する：
パラジウムを、配列番号：０１によって表されるアミノ酸配列からなるペプチドを含む溶液に混合し、配列番号：０１によって表されるアミノ酸配列からなるペプチドをパラジウムに結合させる工程。