JP2013538355A - 血液成分を含むフィブリノゲン含有サンプルからターゲット分子又は粒子を分離する方法 - Google Patents
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Abstract
【選択図】図3
Description
(a)サンプルにフィブリノゲンを加えるステップと;
(b)このサンプルに加えたフィブリノゲンをフィブリンに変換してフィブリンネットワークを形成することによって、フィブリンネットワーク内にターゲット分子又は粒子を捕獲するステップと;
(c)このフィブリンネットワークを取り出してフィブリンクロットを形成するステップと;
(d)周辺サンプル培地からこのフィブリンクロットを分離するステップと;
を具える。
(a)サンプルに含まれるフィブリノゲンを少なくとも部分的にフィブリンに変換してフィブリンネットワークを形成することによって、フィブリンネットワーク内にターゲット分子又は粒子を捕獲するステップと;
(b)このフィブリンネットワークを取り出して、フィブリンクロットを形成するステップと;
(c)このフィブリンクロットを周辺サンプル培地から分離するステップと;
を具える。
血液成分サンプルからの黄色ブドウ球菌(SA)の捕捉:
多血小板血漿(PRP)サンプル。500μlのクエン酸PRPサンプルを100CFUのSA菌でスパイクする。濃度10U.I./mlのトロンビン5μlを加えてインキュベートし、スモールサイズのパレット(10乃至20μlサイズ)を形成した。このように形成したパレットを100μlの溶解緩衝液(0.01% サポニン、0.05% ツイーン(Tween)、及び0.05% トリトンX)で溶解させ、5μlのプロティナーゼK(10U.I./ml)によって、溶解緩衝液中で最初にスパイクしたSA菌の90乃至100%を回復させる。
血液成分サンプルからの黄色ブドウ球菌(SA)の捕捉:
少血小板血漿(PPP)サンプル。500μlのクエン酸PPPサンプルを100CFUのSA菌でスパイクして、例1と同じプロトコルで処理する。同じ回復パーフォーマンスが得られる。しかし、PRPの場合に比べると、フィブリンクロットが大きい。この差は、PPPサンプルの場合、フィブリンクロットの退縮が低いためである。この退縮は、PRPサンプル中に存在する血小板細胞によってむしろ確実になる。
血液成分サンプルからの黄色ブドウ球菌(SA)の捕捉:
セラムサンプル。500μlのクエン酸セラムを100CFUのSA菌でスパイクして、例1と同じプロトコルで処理する。この場合、セラムサンプル中にフィブリノゲンがないため、クロット/ペレットは形成されない。1.25mgのヒトフィブリノゲンをセラムサンプルに加えることによって、フィブリンクロットを形成することができ、これによって、セラムサンプルからSA菌を分離する。
グラム陽性細菌及び菌類を全血から捕捉:
100CFUの微生物でスパイクした4mlの全血からの回復。
微生物 株/種 収率
S.pyogenes M57 85%
C.albicans 92%
MRSE 83%
E.faecalis 70%
複合サンプルからのバクテリアの特定の捕捉:
1mlの複合PBSサンプルを、サンプル中の様々な濃度のフィブリノゲンで黄色ブドウ球菌(SA)(1000CFU/ml)又はシトロバクターフロインディ(18000CFU/ml)をスパイクする。
フィブリノゲン濃度を低くすることによって、パレットサイズ(すなわち、濃縮度)が下がり、フィブリンネットワークの気孔サイズが下がる。このような条件で、SA捕獲率は非常に効率が良いが、C.フロインディ捕獲率は大きく下がる。この捕獲効率の差は、SAバクテリアはフィブリノゲンに対して強い天然の親和性を持つが(ClfA表面タンパク質を通して)、C.フロインディはこのような親和性に欠けることに起因する。
複合サンプルからの特定のバクテリアの捕獲:
例5と同じ条件で、更に、ブドウ球菌ClfAタンパク質で標識したグラム陰性脂質A表面タンパク質に対する抗体をサンプルに加えた変形を行ったサンプルとして、1mlの複合PBS中のC.フロインディを用いた。この条件では、図3(b)に示すように、抗体がC.フロインディと結合して、フィブリノゲンに対して効率よく結合し、その後、フィブリンペレット中で効果的に分離する(ほぼ100%)。
Claims (42)
- フィブリノゲンを含む液体サンプルを処理して当該サンプルからターゲット分子又は粒子を分離し濃縮する方法において:
a.前記サンプルをトロンビン又はトロンビン様酵素にさらすことによってフィブリンネットワークに前記ターゲット分子又は粒子を捕獲して、前記サンプル中に含まれるフィブリノゲンを少なくとも部分的にフィブリンに変換して、前記フィブリンネットワークを形成するステップと;
b.前記フィブリンネットワークを退縮させて、フィブリンクロットを形成するステップと;
c.前記フィブリンクロットを周辺サンプル培地から分離するステップと;
を具えることを特徴とする方法。 - 請求項1に記載の方法において、前記サンプル中の前記フィブリノゲンの濃度が少なくとも1μg/mlであることを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記サンプル中のトロンビン又はトロンビン様酵素の濃度が、サンプル1ml当たり0.01乃至10IUであることを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記サンプルが更に、クロット因子XIIIを含むことを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記サンプルが更にカルシウムを含むことを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記サンプルが更に、GDTA、EDTA、及びクエン酸からなる群から選択されたキレート剤を含むことを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記サンプルが更に、活性化血小板細胞あるいは活性化血小板細胞溶解物を含むことを特徴とする方法。
- 請求項7に記載の方法において、前記血小板が、アデノシンジホスフェートと、コラーゲンとからなる群から選択された血小板アゴニストで活性化されることを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記退縮ステップ(b)が更に、前記フィブリンネットワークに捕獲され、磁場にさらされた磁気粒子によって強化されることを特徴とする方法。
- 請求項9に記載の方法において、前記磁気粒子がフィブリノゲン/フィブリン結合部分で被覆されていることを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記ステップ(b)で形成したクロットが最初のサンプル量の1/10より小さいサイズであることを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法が更に、前記フィブリンクロットを溶解させて前記ターゲット分子又は粒子を回復させるステップを具えることを特徴とする方法。
- 請求項12に記載の方法において、前記クロットを溶解させるステップが繊維素溶解剤を用いて行われることを特徴とする方法。
- 請求項12に記載の方法において、前記溶解ステップが、細胞崩壊酵素、プロテアーゼ及び核酸分解酵素からなる群から選択された成分を用いることを特徴とする方法。
- 請求項12に記載の方法において、前記溶解ステップが、洗浄剤の使用を含むことを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、前記サンプルが血液サンプルであることを特徴とする方法。
- 請求項16に記載の方法において、前記血液サンプルが、全血、多血小板血漿、少血小板血漿、及びセラムからなる群から選択されることを特徴とする方法。
- 請求項16に記載の方法において、前記血液サンプルが、血液サンプルをフィブリノゲン分解サンプルと組み合わせることで得た人工的に合成した血液サンプルであることを特徴とする方法。
- 請求項16に記載の方法において、前記血液サンプルが、クロット因子をフィブリノゲン分解サンプルと組み合わせて得た人工的に合成した血液サンプルであることを特徴とする方法。
- 請求項19に記載の方法において、前記クロット因子がフィブリノゲンであることを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、ステップ(a)における捕獲が、前記フィブリンネットワークで前記ターゲット粒子又は分子をサイズで捕獲することによって行われることを特徴とする方法。
- 請求項1に記載の方法において、ステップ(a)における捕獲が、前記フィブリンネットワークにおける前記ターゲット粒子の親和性で捕獲することによって行われることを特徴とする方法。
- 請求項22に記載の方法において、前記ターゲット分子又は粒子のフィブリノゲン又はフィブリンに対する天然の親和性によって化学的捕獲を実現することを特徴とする方法。
- 請求項23に記載の方法において、前記化学的捕獲が、(i)フィブリン/フィブリノゲン結合部分と、(ii)前記ターゲット分子又は粒子に対する物質捕捉部分と、からできた分子を具えることを特徴とする方法。
- 請求項23に記載の方法において、前記フィブリノゲンが、前記ターゲット分子又は粒子に対する捕捉部分ドメインを有するフィブリノゲン融合タンパク質であることを特徴とする方法。
- 請求項24に記載の方法において、フィブリン/フィブリノゲン結合部分が、トロンビン、フィブロネクチン、細菌性フィブリノゲン結合タンパク質、組織型プラズミノゲン活性剤、インテグリンからなる群、及びこの群のいずれかの員から抽出した部分から選択されることを特徴とする方法。
- 請求項24及び25に記載の方法において、前記ターゲット分子又は粒子に対する物質捕捉部分が、抗体、核酸、前記ターゲット分子又は粒子を特に認識するように設計されたアプタマーからなる群から選択されることを特徴とする方法。
- 液体サンプルからターゲット分子又は粒子を分離し濃縮するサンプル捕集デバイスにおいて:(i)当該デバイスを用い、前記ターゲットを分離するサンプル型を識別するコードと;(ii)前記サンプルを収容する容器と;(iii)当該コンテナに収容したフィブリノゲン含有サンプルと;を具え、すべてが、前記デバイス中のトロンビン、又はトロンビン様酵素に露出させたときに前記ターゲット分子又は粒子を分離可能な方法で捕獲するフィブリンクロットを形成するように構成されていることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスにおいて、前記サンプル容器の容量が0.1乃至20mlであることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスにおいて、前記サンプル中のフィブリノゲンの濃度が0.1乃至10mg/mlであることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスにおいて、前記フィブリノゲンが前記サンプルに対して天然であることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスにおいて、前記フィブリノゲンが最初から前記デバイス中に含まれていることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスにおいて、前記トロンビン又はトロンビン酵素が、最初から前記デバイス中に含まれていることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスにおいて、前記トロンビン又はトロンビン酵素が、サンプル捕集後に前記デバイスに加えられることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスが更に、カルシウム、キレート剤、活性化血小板血細胞、又は活性化血小板細胞溶解物、及び因子XIIIからなる群から選択された添加剤を含むことを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスが更に、磁気粒子を含むことを特徴とするデバイス。
- 請求項36に記載のデバイスにおいて、前記磁気粒子がフィブリノゲン/フィブリン結合部分で被覆されていることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスが更に、(I)フィブリン/フィブリノゲン結合部分と、(II)前記ターゲット分子又は粒子に対する物質捕獲部分と、を有する分子を具えることを特徴とするデバイス。
- 請求項28に記載のデバイスにおいて、前記サンプル中のフィブリノゲンが遺伝子組み換えフィブリノゲンであることを特徴とするデバイス。
- 請求項39に記載のデバイスにおいて、前記サンプル中のフィブリノゲンが、前記ターゲット分子又は粒子に対する捕捉部分ドメインを有するフィブリノゲン融合タンパク質であることを特徴とするデバイス。
- 請求項1乃至27のいずれか1項に記載の方法、又は請求項28乃至40のいずれか1項に記載のデバイスにおいて、前記ターゲット分子又は粒子が、細菌、ウィルス、イースト、タンパク質、ペプチド、及び/又は核酸を具えることを特徴とするデバイス。
- 請求項28乃至41のいずれか1項に記載のデバイスを用いる方法において:
a.請求項28に記載の反応デバイスを提供するステップであって、当該デバイスが乾燥試薬製剤を含むステップと;
b.前記デバイスにターゲット分子又は粒子を含む生物サンプルを加えるステップと;
c.前記デバイス内にフィブリンクロットを形成する条件下で前記生物サンプルをインキュベートするステップと;
d.前記デバイスからサンプル液を除去するステップと;
e.前記フィブリンクロットを溶解させ、前記ターゲット分子又は粒子を放出するステップと;
を具えることを特徴とする方法。
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