JP2013522649A5

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Publication number: JP2013522649A5
Application number: JP2013501408A
Authority: JP
Filing date: 2011-03-22
Publication date: 2014-05-08
Anticipated expiration: 2031-03-22

Claims

試験化合物を催奇性物質又は非催奇性物質として分類するための方法であって、
（a）（i）試験化合物の存在下; 及び
（ii）試験化合物の不存在下で、
hSLCsを培養する工程、
（b）試験化合物の不存在下で培養されたhSLCsと比較して、試験化合物の存在下で培養されたhSLCsに関連するアルギニンの変化率を測定する工程;
（c）試験化合物の不存在下で培養されたhSLCsと比較して、試験化合物の存在下で培養されたhSLCsに関連する非対称性ジメチルアルギニン（ADMA）の変化率を測定する工程;
（d）ADMAにおける変化率に対するアルギニンの変化率の比を測定する工程であって、
（i）少なくとも0.9未満又は少なくとも1.1以上の比が、試験化合物の催奇性を示し、
（ii）少なくとも0.9以上且つ少なくとも1.1未満の比が、試験化合物の非催奇性を示す工程、
を含む、方法。
工程（a）中に既知の非催奇性化合物の存在下で、hSLCsがさらに培養される、請求項１に記載の方法。
試験化合物の催奇性の予測方法であって、
（a）（i）第一の既知の催奇性化合物の存在下; 及び
（ii）第一の既知の催奇性化合物の不存在下で、
hSLCsを培養する工程、
（b）第一の既知の催奇性化合物に曝露されていないhSLCsと比較して、第一の既知の催奇性化合物に曝露されたhSLCsに関連する3000 ダルトン未満の分子量を有する複数の代謝物を検出し、第一の既知の催奇性化合物に曝露されていないhSLCsと比較した、第一の既知の催奇性化合物に曝露されたhSLCsの代謝応答における違いを同定する工程;
（c）代謝応答における違いを分析し、第一の催奇性化合物へのhSLCsの曝露に関連する質量特性のセットを生じる工程;
（d）毎回異なる既知の催奇性化合物で、工程a）〜c）を複数回繰り返す工程;
（e）催奇性化合物への各曝露から生じる質量特性を分類し、質量特性の第一の参照プロファイルを得る工程;
（f）試験化合物へのhSLCsの曝露で生じる質量特性のプロファイルを、第一の参照プロファイルと比較し、試験化合物の催奇性を予測する工程;
（g）試験化合物が催奇性物質であると予測される場合に、質量特性のプロファイルを第一の参照プロファイルへ追加し、第二の参照プロファイルを得る工程であって、第二の参照プロファイルの予測正確性が第一の参照プロファイルの予測正確性より高い工程; 及び
（h）工程f）とg）とを、毎回異なる試験化合物で複数回繰り返し、最終参照プロファイルを得る工程、
を含む、予測方法。
工程a）中に既知の非催奇性化合物の存在下で、hSLCsがさらに培養される、請求項３に記載の方法。
最終参照プロファイルが、少なくとも80%の正確性で試験化合物の催奇性を予測する、請求項３に記載の方法。
最終参照プロファイルが、少なくとも90%の正確性で試験化合物の催奇性を予測する、請求項３に記載の方法。
hSLCsが、ヒト胚性幹細胞（hESCs）、ヒト人工多能性（iPS）細胞、又はヒト胚様体を含む、請求項３に記載の方法。
１又は２以上の測定される代謝物が、hSLCsから分泌される代謝物である、請求項３に記載の方法。
１又は２以上の測定される代謝物が、hSLCsから排出される代謝物である、請求項３に記載の方法。
１又は２以上の測定される代謝物が、hSLCsによって同定される代謝物である、請求項３に記載の方法。
同定された代謝物に関する代謝応答の違いが、hSLCsを介した代謝物のフラックスを測定することによって決定される、請求項３に記載の方法。
hSLCsの代謝応答が、試験化合物の不存在下より試験化合物の存在下で高い、請求項３に記載の方法。
hSLCsの代謝応答が、試験化合物の不存在下より試験化合物の存在下で低い、請求項３に記載の方法。
代謝物が、物理的分離方法を使用して同定される、請求項３に記載の方法。
物理的分離方法が質量分析である、請求項１４に記載の方法。
同定された代謝物のサブセットが、バイオマーカープロファイルを含む、請求項３に記載の方法。
同定された代謝物のサブセットが、毒性又は催奇性化合物へのhSLCの応答のバイオマーカープロファイル特性を含む、請求項１６に記載の方法。
最終参照プロファイルが、少なくとも95%の感度で試験化合物の催奇性を予測する、請求項３に記載の方法。
最終参照プロファイルが、少なくとも85%の特異度で試験化合物の催奇性を予測する、請求項３に記載の方法。
質量分析が液体クロマトグラフィー/エレクトロスプレーイオン化質量分析である、請求項１５に記載の方法。
試験化合物を催奇性物質として分類するための方法であって、
（a）（i）試験化合物の存在下; 及び
（ii）試験化合物の不存在下で、
hSLCsを培養する工程、
（b）hSLCsに関連する3000ダルトン未満の分子量を有する複数の代謝物を測定することによって、試験化合物の不存在下で培養されたhSLCsと比較した、試験化合物の存在下のhSLCsの代謝応答における違いを同定する工程であって、試験化合物の不存在下で培養されたhSLCsに対する、試験化合物の存在下で培養されたhSLCsに関連する複数の代謝物における違いが、代謝応答における違いを示す工程、及び
（c）第一の代謝物を含むhSLCsの代謝応答を、第二の代謝物を含むhSLCsの代謝応答に対して測定する工程であって、
（i）第一の代謝物が第二の代謝物の前駆体である; 又は
（ii）第一の代謝物がアミノ酸であり、第二の代謝物がアミノ酸の代謝阻害剤であるとともに、
第二の代謝物を含むhSLCsの代謝応答に対する第一の代謝物を含むhSLCsの代謝応答における違いが、試験化合物が催奇性物質であることを示す工程、
を含む、方法。
hSLCsが、既知の非催奇性化合物の存在下で工程（a）中にさらに培養される、請求項２１に記載の方法。
第一及び第二の代謝物が、hSLCsによって分泌される、請求項２１に記載の方法。
第一及び第二の代謝物が、hSLCsによって排出される、請求項２１に記載の方法。
第一及び第二の代謝物が、hSLCsによって消費される、請求項２１に記載の方法。
消費された第一の代謝物と消費された第二の代謝物に関する代謝応答における違いが、hSLCsを介した第一及び第二の代謝物のフラックスを測定することによって決定される、請求項２１に記載の方法。
催奇性物質として試験化合物を確認するための方法であって、
（a）3000ダルトン未満の分子量を有する代謝物のセットを固形で供する工程であって、催奇性化合物の不存在下で培養されたhSLCsと比較して、１又は２以上の既知の催奇性化合物の存在下で培養されたhSLCsによって、当該代謝物が異なって代謝される工程;
（ｂ）所定の量の生理的に適した緩衝剤に代謝物のセットを再懸濁する工程であって、緩衝剤中の各代謝物の最終濃度が、１又は２以上の既知の催奇性化合物の存在下で培養されたhSLCsに関連する代謝物の濃度と同一である工程;
（ｃ）当該代謝物の参照プロファイルを得る工程; 及び
（ｄ）試験化合物へのhSLCsの曝露で得られた質量特性のプロファイルを代謝物の参照プロファイルと比較し、試験化合物の催奇性を確認する工程、
を含む、方法。
催奇性化合物の代謝効果を同定する方法であって、
（ａ）（i）催奇性化合物の存在下; 及び
（ii）催奇性化合物の不存在下で;
hSLCsを培養する工程、
（b）催奇性化合物に曝露されていないhSLCsと比較して、催奇性化合物に曝露されたhSLCsに関連する3000ダルトン未満の分子量を有する複数の代謝物を検出し、催奇性化合物に曝露されていないhSLCsと比較した、催奇性化合物に曝露されたhSLCsの代謝応答における違いを同定する工程;
（c）複数の代謝物を１又は２以上の代謝ネットワークへマッピングする工程; 及び
（d）複数の代謝物が、１又は２以上の代謝ネットワークの既知の崩壊により影響を受けた代謝物と同一である場合に、催奇性化合物の代謝効果を同定する工程、
を含む、方法。
工程（a）中に既知の非催奇性化合物の存在下で、hSLCsがさらに培養される、請求項２８に記載の方法。
１又は２以上の代謝ネットワークが、アラニン、アスパラギン酸及びグルタミン酸代謝ネットワーク、アルギニン及びプロリン代謝ネットワーク、アスコルビン酸及びアルダル酸代謝ネットワーク、クエン酸回路、システイン及びメチオニン代謝ネットワーク、ガラクトース代謝ネットワーク、グルタチオン代謝ネットワーク、グリオキシル酸及びジカルボン酸代謝ネットワーク、ニコチン酸及びニコチンアミド代謝ネットワーク、パントテン酸及び補酵素A生合成経路、ペントース及びグルクロン酸相互変換経路、ペントースリン酸経路、プロピオン酸代謝ネットワーク、ピルビン酸代謝ネットワーク、及びビタミンB6代謝ネットワークから成る群から選択される、請求項２８に記載の方法。
同定された代謝物のサブセットが、ピルビン酸、L-バリン、ジメチルリンゴ酸、パントイン酸、パントテン酸、ホスホパントテノイル（phospho-patothenoyl）-L-システイン、5,6-ジヒドロウラシル、N-カルバモイル-βアラニン、及び補酵素Aから成る群から選択され、代謝ネットワークがパントテン酸及び補酵素A生合成経路である、請求項２８に記載の方法。
複数の代謝物が、5-オキソプロリン、L-グルタミン酸、グリシン、L-γ-グルタミルシステイン、グリシン、デヒドロアスコルビン酸、グルタチオニルスペルミン、及びL-オルニチンから成る群から選択され、代謝ネットワークがグルタチオン代謝ネットワークである、請求項２８に記載の方法。
複数の代謝物が、ピルビン酸、ジメチルアルギニン、L-アルギニン、L-シトルリン、グルタミン、アスパラギン酸、L-アルギニノコハク酸（argosuccinate）、グアニジノ酢酸リン酸、フマル酸、サルコシン、2-オキソアルギニン、ピルビン酸、5-アミノ-ペンタン酸、リナチン、ピロール-2-カルボン酸塩、プトレシン、6-オキソ-l,4,5,6-テトラヒドロニコチン酸、2,6-ジヒドロキシニコチン酸（dihydroxynictinate）、フマル酸、及びGABAから成る群から選択され、代謝ネットワークがアルギニン及びプロリン代謝ネットワークである、請求項２８に記載の方法。
複数の代謝物が、6-オキソ-l,4,5,6-テトラヒドロニコチン酸、2,6-ジヒドロキシニコチン酸、及びフマル酸から成る群から選択され、代謝ネットワークがニコチン酸及びニコチンアミド代謝ネットワークである、請求項２８に記載の方法。
複数の代謝物が、シスチン、Nl-アセチルスペルミジン、非対称性ジメチルアルギニン、シスタチオニン、2'-デオキシウリジン、GABA、リンゴ酸、コハク酸、及びアスパラギン酸から成る群から選択される５個又は６個以上の代謝物である、請求項３に記載の方法。