JP2013511269A - 微生物核酸および必要に応じて追加のウイルス核酸を選択的に富化し単離するための方法 - Google Patents
微生物核酸および必要に応じて追加のウイルス核酸を選択的に富化し単離するための方法 Download PDFInfo
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Abstract
Description
1.該遊離の循環核酸、より具体的には該細胞外核酸など、該試料の液体成分中に溶解している物質を含めた、この液体成分を、該試料の固体成分、より具体的には細胞成分から実質的に分離するステップと、
2.該固体試料成分中に存在する該真核生物細胞を、該微生物細胞を同時に溶解させることなく、選択的に溶解させるステップと、
3.ステップ2で得られた溶解物の液体成分中に溶解している物質を含めた、この液体成分から、該微生物細胞を含めた、固体成分を実質的に分離するステップと、
4.ステップ3で得られた固体成分を再懸濁させるステップと、
5.ステップ4で得られた懸濁物中に存在する該微生物細胞を溶解させるステップと、
6.ステップ1で得られた液体成分から、該遊離の循環核酸、より具体的には該細胞外微生物核酸を精製および/もしくは濃縮し、かつ/またはステップ5で得られた溶解物から、該細胞内微生物核酸を精製および/もしくは濃縮するステップと
を含む方法を提供する。
1.チオシアン酸グアニジニウム(GTC)、塩酸グアニジニウム(GuHCl)、イソチオシアン酸グアニジニウム(GIT)、過塩素酸アルカリ、ヨウ化アルカリ、尿素、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つのカオトロピック物質と、
2.特に、脂肪酸のソルビタンエステル、脂肪酸のポリオキシエチレンソルビタンエステル、脂肪酸アルコールのポリオキシアルキレンエーテル、アルキルフェノールのポリオキシアルキレンエーテル、ポロキサマー、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが特に好ましい、少なくとも1つの界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤と、
3.トリス、MES、MOPS、HEPES、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つの緩衝剤物質と
を含む混合物(緩衝液1)において実施することが好ましい。
1.トリス−HCl、MES、MOPS、HEPES、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つの緩衝剤物質と、
2.二価金属イオンの、少なくとも1つの錯化剤、好ましくはEDTAと、
3.脂肪酸のソルビタンエステル、脂肪酸のポリオキシエチレンソルビタンエステル、脂肪酸アルコールのポリオキシアルキレンエーテル、アルキルフェノールのポリオキシアルキレンエーテル、ポロキサマー、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが特に好ましい、少なくとも1つの界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤と、
4.必要に応じて、Reagent DX(QIAGEN、Hilden、Germany)およびSILFOAM(登録商標)SRE(Wacker Chemie、Munich、Germany)、および類似の適切な発泡抑制剤を含む群から選択されることが好ましい発泡抑制剤と
を含み、pHが6〜10の範囲にあり、好ましくは7〜9の範囲にあり、最も好ましくは8であることが好ましい。
1.チオシアン酸グアニジニウム(GTC)、塩酸グアニジニウム(GuHCl)、イソチオシアン酸グアニジニウム(GIT)、過塩素酸アルカリ、ヨウ化アルカリ、尿素、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つのカオトロピック物質と、
2.脂肪酸のソルビタンエステル、脂肪酸のポリオキシエチレンソルビタンエステル、脂肪酸アルコールのポリオキシアルキレンエーテル、アルキルフェノールのポリオキシアルキレンエーテル、ポロキサマー、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが特に好ましい、少なくとも1つの界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤と、
3.トリス、MES、MOPS、HEPES、およびこれらの混合物が好ましい、少なくとも1つの緩衝剤物質と
を含むことが好ましい。
6a)手順ステップ5からの溶解物に、(1)直鎖状または分枝状のC1〜C4アルコール、より具体的には、メタノール、エタノール、プロパノール、イソプロパノールまたはn−ブタノール、イソブタノール、sec−ブタノール、またはtert−ブタノール、好ましくはイソプロパノールと、(2)緩衝液3に対応する緩衝液との、好ましくは、緩衝液3の容量20〜70%に対して、直鎖状または分枝状のC1〜C4アルコールの容量30〜80%の比による混合物を含むことが好ましい混合物(結合緩衝液)を添加し、結果として得られる混合物をインキュベートするステップと、
6b)該試料を、適切なクロマトグラフィー装置、好ましくは、微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸を、吸着、特に好ましくはシリカベースの吸着により選択的に結合させるためのクロマトグラフィー装置にアプライするステップと、
6c)必要に応じて、該結合させた微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸を、1回以上にわたり、好ましくは(1)チオシアン酸グアニジニウム(GTC)、塩酸グアニジニウム(GuHCl)、イソチオシアン酸グアニジニウム(GIT)、過塩素酸アルカリ、ヨウ化アルカリ、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つのカオトロピック物質、(2)直鎖状または分枝状のC1〜C4アルコール、好ましくはエタノール、ならびに(3)濃度が2〜4Mの範囲にあることが好ましい、少なくとも1つのカオトロピック塩を含む第1の溶液(洗浄緩衝液1)で洗浄し、好ましくは、その後、(1)直鎖状または分枝状のC1〜C4アルコール、好ましくはエタノール、(2)濃度が10〜200mMの範囲にある非カオトロピック塩、好ましくは塩化ナトリウム、および(3)1〜25mMの、トリス、MES、MOPS、HEPES、またはこれらの混合物(pH7.5)であることが好ましい緩衝剤物質を含むが、カオトロピック物質を含まない第2の溶液(洗浄緩衝液2)により洗浄するステップと、
6d)必要に応じて、好ましくは水、または(1)少なくとも1つの緩衝剤物質、および(2)金属イオン、より具体的には、二価金属イオンに対する、少なくとも1つの錯化剤を含む溶液(溶出緩衝液)により、該微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸を溶出させるステップと
を含むことが好ましい。同様に、他の従来の溶出剤も用いることができる。
1.溶解特性を有することが好ましい、上記で既に詳細に説明されている第1の緩衝液(緩衝液1)と、
2.溶解特性を有することが好ましい、少なくとも1つの第2の緩衝液(緩衝液2)、および/または溶解特性を有することが好ましく、同様に上記で既に詳細に説明されているさらなる緩衝液(緩衝液3)と、
3.直径が400〜600μmの範囲にあることが好ましく、直径が500μmであることが特に好ましいガラスビーズと
を含むキットをさらに提供する。
全血試料からの真菌DNAの選択的な蓄積および単離
全血に、遊離AspergillusDNA(全血1ml当たり、1×104個のゲノム当量)、ならびにC. albicansおよびI. orientalisの細胞(各場合において、全血1ml当たり、1×104個の細胞)をスパイクした。真菌DNAを単離するために、スパイクした血液の一部を、合計4つの異なる方法A〜Dにより処理した。
全血試料からの細菌DNAの選択的な蓄積および単離
全血に、遊離のS. haemolyticusDNA(全血1ml当たり、1×104個のゲノム当量)、ならびにE. coliおよびS. pyogenesの細胞(各場合において、全血1ml当たり、1×104個の細胞)をスパイクした。細菌DNAを単離するために、スパイクした血液の一部を、合計3つの異なる方法である、実施例1に記載したA、B、およびDにより処理した。細菌DNAを検出するために、各精製試料7.5μlを採取し、マルチプレックスPCRにかけた。その結果を図3に示す。
全血試料からのウイルス核酸の選択的な蓄積および単離
各場合において、血液試料中のウイルス濃度5.0×104IU/ml(1ミリリットル当たりの国際単位)が得られるように、ヒト全血に、市販のHBV基準物質およびHCV基準物質(Acrometrix Benicia、California、USA)をスパイクした。
結合緩衝液において異なるイソプロパノール濃度を用いる微生物核酸の単離
ヒト全血に、Aspergillus fumigatusおよびCandida albicansの遊離DNA、またはS. pyogenesおよびE. coliの生細胞をスパイクした。まず、上記のDで説明した、本発明による方法に従い、ヒト血液細胞に由来するgDNAをこれらの試料から枯渇させ、それらを含有する試料中の微生物細胞を、上記の通りに破壊した。各場合において、4mlの溶解緩衝液3および0.5mlのプロテイナーゼK溶液を、混合した血漿画分(各場合において、合計5ml)に添加した。得られた混合物を、60℃で20分間にわたりインキュベートし、1.2MのGTC、5.5%のBrij 58、27.6mMのトリス、およびイソプロパノールを含む9mlの結合緩衝液を添加し、ボルテックスすることにより混合し、イソプロパノール濃度が、該結合混合物中で約19.5%のイソプロパノール濃度、または約42%のイソプロパノール濃度をもたらす結合緩衝液と共に氷上で5分間にわたりインキュベートした(各場合において、結合緩衝液は当初、5.4mlの溶解緩衝液、1.2MのGTC、5.5%のBrij 58、27.6mMのトリス、および3.6mlのイソプロパノールを含んだ。イソプロパノール濃度を増大させる混合物では、該混合物に、7mlのさらなるイソプロパノールを添加した)。上記の通りに、その試料をさらに処理した。
Claims (15)
- 微生物細胞、高等真核生物細胞、および遊離の循環核酸、より具体的には細胞外微生物核酸の混合物を液体中に含む試料から、微生物核酸を選択的に蓄積および/または単離する方法であって、
1.該遊離の循環核酸、より具体的には該細胞外核酸など、該試料の液体成分中に溶解している物質を含めた、この液体成分を、該試料の固体成分、より具体的には細胞成分から実質的に分離するステップと、
2.該固体試料成分中に存在する該真核生物細胞を、該微生物細胞を同時に溶解させることなく、選択的に溶解させるステップと、
3.ステップ2で得られた溶解物の液体成分中に溶解している物質を含めた、この液体成分から、該微生物細胞を含めた、固体成分を実質的に分離するステップと、
4.ステップ3で得られた該固体成分を再懸濁させるステップと、
5.ステップ4で得られた懸濁物中に存在する該微生物細胞を溶解させるステップと、
6.ステップ1で得られた該液体成分から、該遊離の循環核酸、より具体的には該細胞外微生物核酸を精製および/もしくは濃縮し、かつ/またはステップ5で得られた溶解物から、前記細胞内微生物核酸を精製および/もしくは濃縮するステップと
を含む方法。 - 前記高等真核生物細胞が、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞を表わす、請求項1に記載の方法。
- 前記試料が、体液、その濃縮物もしくは希釈溶液、またはスワブにより取得された再懸濁細胞材料、好ましくは血液または血液濃縮物である、請求項1または2に記載の方法。
- 前記微生物細胞が、細菌細胞および/または真菌細胞である、請求項1から3のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1に記載の手順ステップ1および/または3における前記固体成分からの前記液体成分の実質的な分離が、前記試料の遠心分離、濾過、および/またはデカンテーションにより達成される、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法。
- 1.チオシアン酸グアニジニウム(GTC)、塩酸グアニジニウム(GuHCl)、イソチオシアン酸グアニジニウム(GIT)、過塩素酸アルカリ、ヨウ化アルカリ、尿素、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つのカオトロピック物質と、
2.脂肪酸のソルビタンエステル、脂肪酸のポリオキシエチレンソルビタンエステル、脂肪酸アルコールのポリオキシアルキレンエーテル、アルキルフェノールのポリオキシアルキレンエーテル、ポロキサマー、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが特に好ましい、少なくとも1つの界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤と、
3.トリス、MES、MOPS、HEPES、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つの緩衝剤物質と
を含む混合物(緩衝液1)を添加した後の前記試料におけるこれらの物質の濃度が、(1)好ましくはグアニジニウムを含むカオトロープ0.1〜2M;(2)界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤0.5〜5%(w/v);および(3)緩衝剤物質2〜50mM、好ましくは4〜10mMであって、好ましくはpH8.0であるように、これらの物質を含む該混合物中で、請求項1に記載の手順ステップ2による前記真核生物細胞の選択的溶解を実施する、請求項1から5のいずれか一項に記載の方法。 - 請求項1に記載の手順ステップ5における前記微生物細胞の溶解を、緩衝剤溶液の存在下において、少なくとも部分的には機械的に、好ましくは、粒子、好ましくはガラスビーズを用いる、特に好ましくはサイズが400〜600μmの範囲にあるガラスビーズを用いる、前記試料の機械的ホモジナイズにより実施する、請求項1から6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記緩衝剤溶液(緩衝液2)が、
1.トリス−HCl、MES、MOPS、HEPES、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つの緩衝剤物質と、
2.金属イオン、より具体的には、二価金属イオンの、少なくとも1つの錯化剤、好ましくはEDTAと、
3.脂肪酸のソルビタンエステル、脂肪酸のポリオキシエチレンソルビタンエステル、脂肪酸アルコールのポリオキシアルキレンエーテル、アルキルフェノールのポリオキシアルキレンエーテル、ポロキサマー、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが特に好ましい、少なくとも1つの界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤と、
4.必要に応じて、Reagent DXおよびSILFOAM SREを含む群から選択されることが好ましい発泡抑制剤と
を含み、
pHが6〜10、好ましくは7.0〜9.0であり、
該緩衝剤溶液の有する物質は、より具体的には、機械的溶解の間では、(1)緩衝剤物質が2〜20mM、(2)錯化剤が0.1〜5mM、(3)界面活性剤が0.1〜5%(w/v)、および(4)必要に応じて、発泡抑制剤が0.1〜1%(v/v)の濃度で、pH8.0で存在する、請求項7に記載の方法。 - 請求項1に記載の手順ステップ5における前記微生物細胞の前記溶解を、少なくとも部分的には、請求項1に記載の手順ステップ4からの前記懸濁物に、または請求項7もしくは8から結果として得られる溶解物に、プロテイナーゼ、好ましくはプロテイナーゼKと、
1.チオシアン酸グアニジニウム(GTC)、塩酸グアニジニウム(GuHCl)、イソチオシアン酸グアニジニウム(GIT)、過塩素酸アルカリ、ヨウ化アルカリ、尿素、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つのカオトロピック物質、
2.脂肪酸のソルビタンエステル、脂肪酸のポリオキシエチレンソルビタンエステル、脂肪酸アルコールのポリオキシアルキレンエーテル、アルキルフェノールのポリオキシアルキレンエーテル、ポロキサマー、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが特に好ましい、少なくとも1つの界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤、
3.トリス、MES、MOPS、HEPES、およびこれらの混合物を含む群から選択されることが好ましい、少なくとも1つの緩衝剤物質、ならびに
4.必要に応じて、請求項1に記載の手順ステップ1からの前記液体成分
を含み、
緩衝剤溶液(緩衝液3)の有する物質が、より具体的には、該溶解の間では、(1)カオトロープ1〜5M、(2)界面活性剤5〜20%(w/v)、および(3)緩衝剤物質20〜100mMの濃度で存在し、より具体的には、pH8.0で存在する該緩衝剤溶液を添加し、得られた混合物をインキュベートすることにより実施する、請求項1から8のいずれか一項に記載の方法。 - 微生物細胞、高等真核生物細胞、および遊離の循環核酸、より具体的には、細胞外微生物核酸の混合物だけでなく、ウイルスも液体中に含む試料から、ウイルス核酸を蓄積および/または単離することもさらに含み、請求項1に記載の手順ステップ1における前記試料の前記液体成分と併せた前記固体試料成分から該ウイルスを取り出す、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1に記載の手順ステップ1において取り出され、前記細胞外核酸、好ましくは微生物核酸、および存在する場合はウイルス核酸を含む前記液体成分を、請求項1に記載の手順ステップ5において得られ、請求項1に記載の手順ステップ6により前記細胞内微生物核酸が精製および/または濃縮される前の該細胞内微生物核酸を含む前記溶解物と混合する、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1に記載の手順ステップ1において得られ、前記細胞外微生物核酸、および存在する場合はウイルス核酸を含む前記液体成分、ならびに請求項1に記載の手順ステップ5において得られ、前記細胞内微生物核酸を含む前記溶解物を、互いに独立して精製および/または濃縮する、請求項1から10のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1に記載のステップ6による、前記微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸の精製および濃縮が、
6a)請求項1に記載の手順ステップ5からの前記溶解物に、および適当な場合は、ステップ1からの前記液体成分に、(1)直鎖状または分枝状のC1〜C4アルコール、好ましくはイソプロパノールと、(2)(1)3〜6Mのカオトロープ、(2)10〜30%(w/v)の界面活性剤、および(3)50〜150mMの緩衝剤物質を含み、より具体的にはpH8.0である、請求項9に記載の緩衝液3との、好ましくは20〜70%の緩衝液3に対して、30〜80%の直鎖状または分枝状のC1〜C4アルコールの比による混合物を含むことが好ましい溶液(結合緩衝液)を添加し、結果として得られる混合物をインキュベートするステップと、
6b)前記試料を、適切なクロマトグラフィー装置、好ましくは、前記微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸を、吸着、特に好ましくはシリカベースの吸着により選択的に結合させるためのクロマトグラフィー装置にアプライするステップと、
6c)必要に応じて、前記結合させた微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸を、1回以上にわたり洗浄するステップと、
6d)必要に応じて、前記微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸を溶出させるステップと
を含む、請求項1から12のいずれか一項に記載の方法。 - 微生物細胞、高等真核生物細胞、および遊離の循環核酸、より具体的には細胞外微生物核酸、さらには追加として任意のウイルスの混合物を液体中に含む試料から、細胞内微生物核酸、さらには遊離の循環核酸、より具体的には細胞外微生物核酸、および追加として任意のウイルス核酸を、選択的に蓄積および/または単離するためのキットであって、
1.(1)0.2〜4Mの、好ましくはグアニジニウムを含むカオトロープ;(2)0.5〜10%(w/v)の界面活性剤、好ましくは非イオン性界面活性剤;および(3)2〜100mMの緩衝剤物質を含み、好ましくはpH8.0である、請求項6に記載の第1の緩衝液と、
2.(1)5〜50mMの緩衝剤物質、(2)0.5〜10mMの錯化剤、(3)0.2〜10%(w/v)の界面活性剤、および(4)必要に応じて、0.1〜3%(v/v)の発泡抑制剤を含み、pH8.0である、請求項8に記載の少なくとも1つの第2の緩衝液、ならびに/または(1)3〜10Mのカオトロープ、(2)10〜40%(w/v)の界面活性剤、および(3)40〜200mMの緩衝剤物質を含み、より具体的にはpH8.0である、請求項9に記載の少なくとも1つの第2の緩衝液と、
3.直径が400〜600μmの範囲にあることが好ましく、直径が500μmであることが特に好ましいガラスビーズと
を含むキット。 - 前記微生物核酸および存在する場合はウイルス核酸を精製および/または濃縮するためのクロマトグラフィー装置、好ましくは、該微生物核酸およびウイルス核酸を、吸着、特に好ましくはシリカベースの吸着により選択的に結合させるためのクロマトグラフィー装置をさらに含み、また、結合緩衝液、好ましくは請求項13に記載の結合緩衝液、必要に応じて1つ以上の洗浄緩衝液、必要に応じて溶出緩衝液、ならびに必要に応じて蓄積および/または単離された核酸を検出するためのさらなる構成要素もさらに含む、請求項14に記載のキット。
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Cited By (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR20160069519A (ko) * | 2013-11-07 | 2016-06-16 | 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 | 인간 마이크로바이옴 및 그의 성분의 분석을 위한 무세포 핵산 |
JP2016540508A (ja) * | 2013-12-02 | 2016-12-28 | バイオカーティス エヌ ヴイ | 循環核酸の抽出 |
JP2022050415A (ja) * | 2014-09-17 | 2022-03-30 | ヒーリクスバインド インコーポレイテッド | 微生物を検出し同定するための方法およびデバイス |
Families Citing this family (20)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP2761001B1 (en) | 2011-09-26 | 2018-08-01 | Qiagen GmbH | Rapid method for isolating extracellular nucleic acids |
US10053722B2 (en) | 2011-12-21 | 2018-08-21 | Geneohm Sciences Canada Inc. | Enrichment and isolation of microbial cells and microbial nucleic acids from a biological sample |
US9707555B2 (en) | 2012-11-30 | 2017-07-18 | Qvella Corporation | Method for pretreatment of microbial samples |
US8975060B2 (en) * | 2012-11-30 | 2015-03-10 | Qvella Corporation | Method for pretreatment of microbial samples |
WO2014160233A1 (en) | 2013-03-13 | 2014-10-02 | Abbott Molecular Inc. | Systems and methods for isolating nucleic acids |
WO2015172255A1 (en) | 2014-05-16 | 2015-11-19 | Qvella Corporation | Apparatus, system and method for performing automated centrifugal separation |
JP6976167B2 (ja) | 2014-06-13 | 2021-12-08 | キュー−リネア エービー | 微生物の検出及び特徴付け方法 |
EP3719141B1 (en) | 2015-04-20 | 2023-01-25 | QIAGEN GmbH | Method, lysis solution and kit for selectively depleting animal nucleic acids in a sample |
GB201507026D0 (en) | 2015-04-24 | 2015-06-10 | Linea Ab Q | Medical sample transportation container |
CA2978858A1 (en) * | 2015-06-10 | 2016-12-15 | Qiagen Gmbh | Method for isolating extracellular nucleic acids using anion exchange particles |
GB201511129D0 (en) | 2015-06-24 | 2015-08-05 | Linea Ab Q | Method of determining antimicrobial susceptibility of a microorganism |
EP3347485B1 (en) * | 2015-09-11 | 2021-11-03 | Bacteria Detection Ltd | Methods for isolating microbial cells from a blood sample |
GB2554767A (en) | 2016-04-21 | 2018-04-11 | Q Linea Ab | Detecting and characterising a microorganism |
GB201617713D0 (en) | 2016-10-19 | 2016-11-30 | Q-Linea Ab | Method for recovering microbial cells |
US20220064695A1 (en) * | 2018-03-11 | 2022-03-03 | Bacteria Detection Ltd | Methods for isolating microbial cells from a blood sample |
CN108753767A (zh) * | 2018-08-02 | 2018-11-06 | 广州奕昕生物科技有限公司 | 一种病毒核酸提取试剂盒及提取方法 |
CN110272898B (zh) * | 2019-07-11 | 2023-06-09 | 上海市浦东新区疾病预防控制中心 | 一种通用型微生物病原体裂解液及其应用 |
CN112391291B (zh) * | 2019-08-19 | 2022-03-29 | 广州微远医疗器械有限公司 | 细胞内微生物的富集方法及试剂 |
CN113249436A (zh) * | 2020-02-12 | 2021-08-13 | 广州微远基因科技有限公司 | 降低生物样本中宿主核酸的方法和应用 |
CN113403203B (zh) * | 2021-06-30 | 2022-07-05 | 中国科学院微生物研究所 | 从复杂样本中富集真菌的方法及其在真菌研究中的应用 |
Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH10501246A (ja) * | 1994-06-14 | 1998-02-03 | インヴィテーク ゲーエムベーハー | 極度に少量でかつ非常に強く汚染された非常に種々の出発物質から核酸を単離および精製する一般的方法 |
JP2003520578A (ja) * | 1999-11-29 | 2003-07-08 | アバンテイス・フアルマ・エス・アー | 環境サンプルからの核酸の入手方法、得られた核酸、および新規化合物の合成における用途 |
JP2008531028A (ja) * | 2005-03-02 | 2008-08-14 | モルジム ゲーエムベーハー ウント コンパニー カーゲー | カオトロピック剤および/または界面活性剤の存在下で核酸を分解するためのヌクレアーゼの使用 |
WO2009015484A1 (en) * | 2007-08-02 | 2009-02-05 | Universite Laval | Concentration and enrichment of microbial cells and microbial nucleic acids from bodily fluids |
Family Cites Families (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1997007238A2 (de) | 1995-08-17 | 1997-02-27 | Eberhard-Karls-Universität Tübingen | Extraktion, amplifikation und sequentielle hybridisierung von pilzzellen-dna sowie verfahren zum nachweisen von pilzzellen in klinischem material |
US7255989B1 (en) * | 1999-11-29 | 2007-08-14 | Aventis Pharma S.A. | Method for obtaining nucleic acids from an environment sample, resulting nucleic acids and use in synthesis of novel compounds |
EP2351857B1 (en) | 2005-02-17 | 2014-10-29 | TrovaGene, Inc. | Compositions and methods for detecting pathogen specific nucleic acids in urine |
EP2049677B1 (en) | 2006-08-10 | 2011-07-20 | Merck Patent GmbH | Method for isolating cells |
DE102008026058A1 (de) * | 2008-05-30 | 2009-12-03 | Qiagen Gmbh | Lyse, Binde- und/oder Waschreagenz verwendbar zur Isolierung und/oder Reinigung von Nukleinsäuren |
-
2009
- 2009-11-19 EP EP09014446A patent/EP2325312A1/de not_active Withdrawn
-
2010
- 2010-11-19 US US13/510,525 patent/US9012146B2/en active Active
- 2010-11-19 WO PCT/EP2010/067787 patent/WO2011061274A1/de active Application Filing
- 2010-11-19 JP JP2012539331A patent/JP5965843B2/ja active Active
- 2010-11-19 EP EP10777038.0A patent/EP2501811B1/de active Active
Patent Citations (4)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH10501246A (ja) * | 1994-06-14 | 1998-02-03 | インヴィテーク ゲーエムベーハー | 極度に少量でかつ非常に強く汚染された非常に種々の出発物質から核酸を単離および精製する一般的方法 |
JP2003520578A (ja) * | 1999-11-29 | 2003-07-08 | アバンテイス・フアルマ・エス・アー | 環境サンプルからの核酸の入手方法、得られた核酸、および新規化合物の合成における用途 |
JP2008531028A (ja) * | 2005-03-02 | 2008-08-14 | モルジム ゲーエムベーハー ウント コンパニー カーゲー | カオトロピック剤および/または界面活性剤の存在下で核酸を分解するためのヌクレアーゼの使用 |
WO2009015484A1 (en) * | 2007-08-02 | 2009-02-05 | Universite Laval | Concentration and enrichment of microbial cells and microbial nucleic acids from bodily fluids |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
JPN6014049334; Appl. Environ. Microbiol. Vol.75, No.16, 200908, pp.5390-5395 * |
JPN6014049338; Crit Care. Vol.10, No.2, 2006, R60 * |
Cited By (10)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
KR20160069519A (ko) * | 2013-11-07 | 2016-06-16 | 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 | 인간 마이크로바이옴 및 그의 성분의 분석을 위한 무세포 핵산 |
JP2017500015A (ja) * | 2013-11-07 | 2017-01-05 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー | ヒトミクロビオームおよびその成分の分析のための無細胞核酸 |
KR102205950B1 (ko) | 2013-11-07 | 2021-01-22 | 더 보드 어브 트러스티스 어브 더 리랜드 스탠포드 주니어 유니버시티 | 인간 마이크로바이옴 및 그의 성분의 분석을 위한 무세포 핵산 |
JP2021072777A (ja) * | 2013-11-07 | 2021-05-13 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー | ヒトミクロビオームおよびその成分の分析のための無細胞核酸 |
US11365453B2 (en) | 2013-11-07 | 2022-06-21 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Cell-free nucleic acids for the analysis of the human microbiome associated with respiratory infection |
US11427876B2 (en) | 2013-11-07 | 2022-08-30 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Cell-free nucleic acids for the analysis of the human microbiome and components thereof |
JP7451070B2 (ja) | 2013-11-07 | 2024-03-18 | ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ レランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティー | ヒトミクロビオームおよびその成分の分析のための無細胞核酸 |
JP2016540508A (ja) * | 2013-12-02 | 2016-12-28 | バイオカーティス エヌ ヴイ | 循環核酸の抽出 |
US10385330B2 (en) | 2013-12-02 | 2019-08-20 | Biocartis N.V. | Extraction of circulating nucleic acids |
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