JP2013505012A - 細胞培養データを処理するための装置および方法 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明の一実施形態によれば、細胞培養データを処理する方法が提供される。データは多数の試料からの結果を含み、結果は細胞培養の複数の段階を各試料について連続して実行することによって得られ、各段階は一組の特定条件をもつ細胞培養処理を表し、そのため各試料は細胞培養に適用される処理の固有性および順序によって規定される手順に従う。本方法は望ましい細胞培養の成果を生み出した試料のサブセットを規定する工程と、その試料のサブセットからの結果をコンピュータによって解析して結果を順序付けする工程または分類する工程とを含む。順序付けする工程または分類する工程は、望ましい細胞培養成果を得るのに効果的な一つ以上の手順を特定するのに役立ち、順序付けまたは分類を生み出すための解析は、異なる手順の間の類似性に関する情報を利用する。
(a)異なる処理の選択肢の数は、あるラウンドと他のラウンドでは異なる場合があり(すなわち「N」はラウンド間で異なる場合がある)、
(b)異なるラウンドの一組の処理の間になんらかの重複の程度(重複無し、部分的、完全)がある。例えば、第1のラウンドのある処理は、一つ以上後のラウンドの処理と同じである場合がある(例えば1B=2C=3C)。とりわけこれは、所与の処理に供する時間が重要か否かの検討(すなわち処理の順序付けの検討にも)に役立つ。
(c)各ラウンドは、一つ以上の試料がそのラウンド内の何らかの特定の処理に供されなかったことを示すために、「無効」処理を含む場合がある。
(d)手順候補(すなわち種々のラウンドの処理の有望な組合せ)が必ずしも全て実施されるわけではない。例えば、T1およびT2が2つの処理であり、順序付けが重要であるか検討するのが望ましいとすれば、1A=2A=T1および1B=2B=T2としてもよい。この場合、順序1A−2Bおよび1B−2Aは関心のある順序であるが、処理T1またはT2のどちらかの単純な繰返し(順序としては、1A−2Aおよび1B−2B)は実施されない場合がある。他の方法(例えば、貯留の後に分割する方法)の場合、陽性結果をもたらさない試料については追加解析(操作120)を行わないことを考えれば全ての手順を実施するほうが簡単であるものの、実験手順によっては、後者の順序を全く実施しなくてもよい(特に、各ラウンドの最後において分割−貯留する方法では)。
ここに、Nは経路候補の総数、Iは陽性結果の数、項数dは二重項(2つの試料が共に同じ手順を共有する)の数を示す(そのため、Iが奇数の場合は、項数は(I−1)/2で終わる)。したがってこの情報を用いて(i)潜在的偽陽性の識別を助け、(ii)統計的信頼性を高めるためにビーズの数などの最初の実験変数を設定することができる。
Claims (32)
- 細胞培養データを処理する方法であって、前記データは多数の試料の結果を含み、前記結果は前記細胞培養の複数の段階を前記各試料に順次実行することによって得られ、前記各段階は一組の特定条件をもつ細胞培養処理を表し、そのため前記各試料は前記細胞培養に適用された処理の固有性および順序によって定義される手順をたどり、
望ましい細胞培養成果を生み出した前記試料のサブセットを特定する工程と、
前記サブセット内の前記試料の前記結果をコンピュータで解析して前記結果を順序付けまたは分類する工程とを含み、前記結果を順序付けまたは分類する工程は前記望ましい細胞培養成果を得るために効果的な一つ以上の手順の特定に役立ち、前記順序付けまたは分類するための前記解析は異なる手順の間の類似性に関する情報を利用する、方法。 - 前記順序付けまたは分類するための前記解析は、前記各手順をたどる前記サブセットの試料の数をさらに利用する、請求項1に記載の方法。
- 前記異なる手順の間の前記類似性を評価する工程は、前記異なる手順の間の隔たりの程度を決定する工程を含む、請求項1または2に記載の方法。
- 前記異なる手順の間の前記隔たりの程度を決定する工程は、関心のある前記手順に共通の段階の数を数える工程を含む、請求項3に記載の方法。
- 前記隔たりの程度は、前記手順の個々の段階の処理の類似性の程度を与える、請求項3に記載の方法。
- 前記解析は前記サブセット内の前記各試料の記録を含む一組のデータに対して実行される、請求項1乃至5のいずれかに記載の方法。
- 前記各記録は、前記試料の識別子および前記試料に適用された前記手順に関する情報を含む、請求項6に記載の方法。
- 前記試料に適用された前記手順に関する前記情報は、前記試料に適用された前記処理の順序の一覧を含む、請求項7に記載の方法。
- 前記順序の一覧は二進列で表され、前記二進列の各桁は異なる段階の異なる処理に対応し、前記桁の値は前記処理がその特定の段階で前記試料に適用されたか否かを示す、請求項8に記載の方法。
- 前記結果を分類および順序付けする前記工程は、前記結果を集団化する工程を含む、請求項1乃至9のいずれかに記載の方法。
- 前記集団化する工程は階層的に集団化する工程を含む、請求項10に記載の方法。
- 前記階層的に集団化する工程はウォード連鎖に基づく、請求項11に記載の方法。
- 前記集団化する工程は自己組織化マップを含む、請求項10に記載の方法。
- 前記分類および順序付けする工程を用いて追加検討のための細胞培養処理を特定する工程をさらに含む、請求項1乃至13のいずれかに記載の方法。
- 前記特定した細胞培養処理を前記追加検討する工程をさらに含む、請求項14に記載の方法。
- 前記方法は、望ましい細胞培養成果を生み出した試料の少なくとも前記サブセットの測定値を解析して、前記サブセット内の前記各試料用の前記手順を決定する工程をさらに含む、請求項1乃至15のいずれかに記載の方法。
- 前記測定値によってその試料用の前記手順の信頼性のある決定ができない場合は、試料の前記結果を廃棄する工程をさらに含む、請求項16に記載の方法。
- 前記測定値は流れ細胞測定または走査細胞測定によって得られて前記試料に関連する蛍光標識を識別し、異なる処理は前記試料に異なる蛍光標識を与える、請求項16または17に記載の方法。
- 前記望ましい細胞培養成果は一つ以上の試験に合格することによって決定され、結果の前記分類を解析する工程をさらに含んで前記一つ以上の試験に合格する試料の異なる分類を特定し、前記異なる分類は異なる細胞培養特性をもつ、請求項1乃至18のいずれかに記載の方法。
- 前記異なる分類は異なる細胞表現型に対応する、請求項19に記載の方法。
- 前記細胞培養の前記複数の段階を実行して処理のための結果を生成する工程をさらに含む、請求項1乃至20のいずれかに記載の方法。
- 請求項1乃至21のいずれかに記載の方法を実行するためのコンピュータプログラム。
- 請求項22に記載の前記コンピュータプログラムをその中に保存したコンピュータで読み取り可能な持続性媒体。
- 細胞培養データを処理する方法を実行するコンピュータプログラムであって、前記データは多数の試料の結果を含み、前記結果は前記各試料について細胞培養の複数の段階を順次実行することによって得られ、前記各段階は一組の特定条件をもつ細胞培養処理を表し、そのため前記各試料は前記細胞培養に適用された処理の固有性および順序によって定義される手順をたどり、
望ましい細胞培養の成果を生み出した前記試料のサブセットを特定する工程と、
前記サブセット内の前記試料の前記結果をコンピュータで解析して前記結果を順序付けまたは分類する工程とを含み、前記結果を順序付けまたは分類する工程は前記望ましい細胞培養成果を得るために効果的な一つ以上の手順の特定に役立ち、前記順序付けまたは分類するための前記解析は異なる手順の間の類似性に関する情報を利用する、コンピュータプログラム。 - 請求項1乃至21のいずれかに記載の方法を実行するように構成された装置。
- 細胞培養データを処理する装置であって、前記データは多数の試料の結果を含み、前記結果は前記各試料について細胞培養の複数の段階を順次実行することによって得られ、前記各段階は一組の特定条件をもつ細胞培養処理を表し、そのため前記各試料は前記細胞培養に適用された処理の固有性および順序によって定義される手順をたどり、
望ましい細胞培養成果を生み出した前記試料のサブセットを特定するデータを含む記憶装置と、
前記サブセット内の前記試料の前記結果をコンピュータで解析して前記結果を順序付けまたは分類するよう構成された演算素子とを備え、前記結果の順序付けまたは分類は前記望ましい細胞培養の成果を得るために効果的な一つ以上の手順の特定に役立ち、前記順序付けまたは分類するための前記解析は異なる手順の間の類似性に関する情報を利用する、装置。 - 前記装置は前記試料を受け取り、前記結果を決定する測定システムをさらに備える、請求項26に記載の方法。
- 前記測定システムは細胞測定システムを備える、請求項27に記載の方法。
- 細胞培養データを処理する手段であって、前記データは多数の試料の結果を含み、前記結果は前記各試料について細胞培養の複数の段階を順次実行することによって得られ、前記各段階は一組の特定条件をもつ細胞培養処理を表し、そのため前記各試料は前記細胞培養に適用された前記処理の固有性および順序によって定義される手順をたどり、
望ましい細胞培養の成果を生み出した前記試料のサブセットを特定するデータを含む手段と、
前記サブセット内の前記試料の前記結果をコンピュータで解析して前記結果を順序付けまたは分類する手段とを備え、前記結果の順序付けまたは分類は前記望ましい細胞培養の成果を得るために効果的な一つ以上の手順の特定に役立ち、前記順序付けするまたは分類するための前記解析は異なる手順の間の類似性に関する情報を利用する手段。 - 添付図面を参照した本明細書の説明のほぼその通りに細胞培養データを処理する方法。
- 添付図面を参照した本明細書の説明のほぼその通りに細胞培養データを処理する装置。
- 添付図面を参照した本明細書の説明のほぼその通りに細胞培養データを処理するコンピュータプログラム。
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