JP2012531211A5 - - Google Patents

Claims (6)

1. 試料中の操作的分類単位(OTU)の存在を判定するための方法であって、
   a)標識された核酸を含む試料を準備する工程；
   b)パーフェクトマッチ(PM)プローブとミスマッチ(MM)プローブとの対と前記核酸を接触させる工程であって、PMプローブは、OTUに対応するポリヌクレオチドに相補性を有するオリゴヌクレオチドであり、MMプローブは、一つ以上のヌクレオチド位置で対応するPMプローブとは異なるオリゴヌクレオチドである、工程；
   c)前記プローブのそれぞれについてのハイブリダイゼーションシグナル強度を測定する工程；並びに
   d)前記核酸がOTUから由来するか否かを判定する工程であって、前記判定は、
   (i)PMプローブとMMプローブのシグナル強度を比較する工程；
   (ii)試料に添加された既知の核酸を相補する陽性対照プローブについてのシグナル強度の分布を測定する工程；
   (iii)PMプローブによって相補される何れの核酸も相補しない陰性対照プローブについてのシグナル強度の分布を測定する工程；
   (iv)少なくとも一対のPM及びMMプローブが、試料中のOTUの存在の指標となる可能性を計算する工程
   についてのコンピュータ判読可能な指示を含むコンピュータシステムを使用することを含む、工程
   を含む、方法。
2. (A)工程(iv)が少なくとも一対のPM及びMMプローブの応答スコアrを計算することを含む、及び/または(B)工程(d)が対応するPMプローブの推定上のクロスハイブリダイゼーション能に従った可能性についてペナルティを課すことを更に含む、請求項１に記載の方法。
3. 前記強度がOTU存在量の尺度である、請求項１に記載の方法。
4. 場合により、少なくとも２つの試料の一方は不健康な個体から得られ、少なくとも２つの試料のもう一方は一般に健康な集団から由来する、少なくとも２つの試料の間のOTUの存在または存在量を比較する工程を更に含む、請求項１に記載の方法。
5. 前記試料が不健康な個体から得た試料であり、(A)不健康な個体における不健康な状態に関連する微生物を除去または減少すること、及び/または(B)不健康な個体における健康な状態と関連する微生物の増殖を促進すること、を更に含む、請求項１に記載の方法。
6. コンピュータによって実行された際に、パーフェクトマッチ(PM)プローブとミスマッチ(MM)プローブの対を含むマイクロアレイから得たハイブリダイゼーションシグナル強度を測定し、核酸がOTUから由来するか否かを判定する方法を実施する指示を含む一過的ではないコンピュータ判読可能な媒体であって、
   (a) PMプローブは、OTUに対応するポリヌクレオチドに相補性を有するオリゴヌクレオチドであり、MMプローブは、一つ以上のヌクレオチド位置で対応するPMプローブとは異なるオリゴヌクレオチドであり；
   (b)前記アレイは標識された核酸を含む試料によって接触され；
   (c)前記判定は、
   (i)PMプローブとMMプローブのシグナル強度を比較する工程；
   (ii)試料に添加された既知の核酸を相補する陽性対照プローブについてのシグナル強度の分布を測定する工程；
   (iii)PMプローブによって相補される何れの核酸も相補しない陰性対照プローブについてのシグナル強度の分布を測定する工程；
   (iv)少なくとも一対のPM及びMMプローブが、試料中のOTUの存在の指標となる可能性を計算する工程
   によって実施される、一過的ではないコンピュータ判読可能な媒体。