JP2012515544A - Ｐｔａ０８９タンパク質 - Google Patents

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Abstract

本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療、スクリーニング、診断及び予後のための方法及び組成物、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌治療の効果をモニタリングするための方法及び組成物、並びに薬剤開発のための方法及び組成物を提供する。
【選択図】なし

Description

（緒言）
本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌と関連している膜タンパク質の識別に関し、これは膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌、並びに膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌の転移の標識として有用性を有し、また、治療抗体（若しくは他の親和性試薬）又は他の医薬薬剤が作成され得る生物学的標的、前記タンパク質/ポリペプチドを含む製剤/組成物、療法における前記タンパク質/ポリペプチド若しくはこれらを含む組成物の使用、療法における使用のための抗体、関連するポリペプチドに対する治療抗体若しくは抗体の組合せを含む組成物、及び療法におけるこれらの使用も形成する。また本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌の1以上の診断のための、関連するタンパク質、その断片又はそれらに対する抗体の使用、及び前記タンパク質、断片又は抗体を含むキット、並びに診断方法における前記キットの使用にまで及ぶ。
（発明の背景）
（膀胱癌）
米国において、膀胱癌は、男性における4番目に最も一般的な型の癌であり、かつ女性における9番目に最も一般的な型の癌である。毎年、51,000人超の男性及び17,000人の女性が膀胱癌と診断され、合計約14,000人が死亡する。男性における膀胱癌の比較的高い発病率の1つの理由は、女性よりも男性において非常に高度に活性であるアンドロゲン受容体が、その癌の発生において主要な役割を果たすということである。
膀胱癌の発病率は、年齢と共に増加する。70歳をこえる人々は、55〜69歳の人々より2〜3倍高頻度に、及び30〜54歳の人々より15〜20倍高頻度に、該疾患を発病する。膀胱癌は、男性において2〜3倍、より一般的である。喫煙が主要な寄与因子であり、先進諸国において、男性の事例では最高65パーセント、及び女性の事例では30パーセントの割合を占める。
米国において、およそ20億米国ドルが膀胱癌の治療に費やされていると推定されている。膀胱癌調査におけるNCIの投資は、2000年の19,100,000米国ドルから2005年の推定34,800,000米国ドルへ増加した。
（膀胱癌診断）
ほとんどの患者は、最初に膀胱癌と診断されたとき、膀胱に限定されるそれらの癌を有する（74%）。19%の事例において、この癌は膀胱の外側で隣接組織に拡がり、3%においてこの癌は遠い部位まで拡がっている。
膀胱癌は、膀胱鏡検査、生検、尿細胞学、及び静脈腎盂像（IVP）、コンピュータ断層撮影（CT）スキャン、磁気共鳴映像法（MRI）スキャン、又は超音波などのイメージング試験を使用して診断できる。
（膀胱癌の病期分類）
膀胱癌は、米国対癌合同委員会（AJCC）TNMシステムを使用して、ステージI〜IVに段階分けされる。
（膀胱癌治療）
膀胱癌の治療の主要な型は、手術、放射線療法、免疫療法及び化学療法である。手術は、単独又は他の治療と併用して、事例の90%超において使用される。初期又は表在性膀胱癌については、経尿道切除（TUR）が最も一般的である。最初に診断されるとき、患者の約70〜80%は表在性癌を有している。膀胱癌が侵襲性の場合、膀胱切除がしばしば必要である。局所的に進行した膀胱癌についての代替的方法は、放射線療法及び化学療法を伴うTURであり得る。
バチルス属のカルメット‐ゲラン桿菌（BCG）を、低いステージの膀胱癌を治療するための免疫療法として使用できる。
腫瘍免疫賦活剤又は補助化学療法を、膀胱癌の治療に使用できる。マイトマイシン及びチオテパは、膀胱内化学療法に最も頻繁に使用される薬剤である。膀胱癌を治療するために使用される全身化学療法の併用には、M-VAC（メトトレキサート、ビンブラスチン、ドキソルビシン及びシスプラチン）、MCV（メトトレキサート、シスプラチン及びビンブラスチン）及びGemCIS（ゲムシタビン及びシスプラチン）を含む。
外照射療法、又は局所若しくは組織内放射線療法を、手術後に化学療法と併用することができる。
（ステージごとの膀胱癌生存）
Figure 2012515544
（結腸直腸癌）
結腸直腸癌（CRC）は、癌関連の罹患率及び死亡率の主要な事例の一つであり、1年あたり推定500,000人の死に関与し、大部分が西側の先進国におけるものである。これらの地域において、CRCは、3番目に一般的な悪性病変である（米国及びEUにおける年間の新規事例の推定数は、1年あたりおよそ350,000件である）。米国において結腸直腸癌の治療に関連した推定保健医療費は、80億ドルを超える。
（結腸直腸癌診断）
今日において、便潜血試験、及び極めて侵襲的手段である結腸鏡検査は、結腸直腸癌の最も頻繁に使用されるスクリーニング及び診断方法である。他の診断ツールには、軟性S状結腸鏡検査（結腸の約半分のみの観察を可能にする）及び二重造影バリウム注腸（DCBE、X線像を得るため）を含む。
（結腸直腸癌の病期分類）
CRCは、4つの異なるステージを有する：米国国立衛生研究所（NIH）によると、ステージI疾患の患者は90%超の5年生存率を有し、転移性ステージIV疾患の患者は5%未満の生存率を有する。
（結腸直腸癌治療）
いったんCRCと診断されると、正しい治療を選択する必要がある。手術は通常、直腸癌の主要な治療であるが、放射線及び化学療法がしばしば手術前になされる。手術の考えられる副次的影響は、手術中の出血、深部静脈血栓、及び手術中の近傍器官への損傷を含む。
現在、結腸直腸癌患者の60パーセントが、それらの疾患を治療するために化学療法を受けているが、この治療形態は、該集団の数パーセントのみに利益を与える一方で、大きな毒性の危険性をもたらし、それゆえ患者の選択基準をより明確にする必要が明示されている。
結腸直腸癌は、初期診断後、平均18ヵ月以内に30〜40パーセントの再発率を有する。全ての癌と同様に、それがより早く検出されるほど、特に病理学者が大多数のCRC腫瘍が良性腺腫から一連の明確に規定されたステージで発病することを認めることがより早いほど、その癌が治癒する見込みは高くなる。
（ステージごとの結腸癌生存）
Figure 2012515544
（頭頸部癌）
用語頭頸部癌とは、口唇、口腔（口）、鼻腔、副鼻腔、咽頭及び喉頭を含む、上気道消化管から生じる生物学的に類似の癌の群をいう。大部分の頭頸部癌は扁平上皮癌であり、これらの領域の粘膜的裏打ち（上皮）から生じる。頭頸部癌は多くの場合、首のリンパ節まで拡がり、これがしばしば診断時の疾患の第1の徴候となる。
2006年の米国における頭頸部癌の新規事例数は、40,490件であり、成人悪性の約3%を占めた。11,170人の患者が、2006年に該疾患で死亡した。世界的な発病率は、毎年500,000事例を上回る。頭頸部癌の85%は、タバコの使用に関連する。北アメリカ及びヨーロッパにおいて、腫瘍は通常、口腔、中咽頭又は喉頭から生じるが、鼻咽頭癌が、地中海の国々及び極東においてはより一般的である。東南中国及び台湾において、頭頸部癌、特に鼻咽頭癌は、青年において最も一般的な死因である。アフリカ系アメリカ人は、若年齢での発病、高い死亡率、及び呈示に際してより進行した疾患を伴い、頭頸部癌に偏って罹患する。
（頭頸部癌診断）
頭頸部癌は、理学的検査、内視鏡検査、X線、コンピュータ断層撮影（CT）スキャン、磁気共鳴映像法（MRI）スキャン、PETスキャン及び生検を含み得る試験の組合せを使用して診断される。頭頸部癌の初期徴候はしばしば検出されず、大多数の頭頸部癌患者は進行した疾患を呈し、かつ多くの場合、二次腫瘍を有する。
（頭頸部癌の病期分類）
頭頸部癌は、米国対癌合同委員会（AJCC）TNMシステムを使用して、ステージI〜IVに段階分けされる。頭頸部癌の全てのステージについての5年生存は35〜50%であり、これは部分的には遅い呈示に起因する。ステージI及びIIの生存率は40〜95%であり、ステージIII及びIVの生存率は0〜50%である。頭頸部癌患者の少なくとも1/3は、該疾患の結果として最終的に死亡すると予測される。治療様式の進歩にもかかわらず、5年死亡率は、この数十年間それほど変化していない。
（頭頸部癌治療）
手術及び放射線療法が、主要な療法様式であり、しばしば併用される。化学療法は、手術を伴い又は伴わず、導入療法として、又は放射線療法に対する補助として使用できる。
（腎癌）
腎癌は、世界の癌事例の約1.9%及び死亡の1.5%を占める。腎癌の世界的な発病率は、約208,000事例であり、100,000人超が死亡する。腎癌の発病率は先進諸国において非常に高く、西ヨーロッパにおいて6番目に最も一般的な癌の形態である。毎年米国においては、約38,900の腎癌の新規事例が診断され、約12,800人が死亡する。腎癌は45歳未満では非常に稀であり、その発病率は55歳〜84歳において最も高い。腎癌を呈している人々の割合は、1年あたり約1.5%増加してきたが、死亡率は増加していなかった。腎細胞癌は、悪性腎腫瘍の90%超を占める。米国において毎年、およそ19億米国ドルが腎癌を治療することに費やされていると推定されている。
（腎癌診断）
多くの腎細胞癌が遅い段階で発見される。腎細胞癌はいかなる痛み又は不快も生じることなく非常に大きくなる場合があり、早期に腎細胞癌を検出できる単純な試験は存在しない。腎細胞癌患者の約25%は、診断されるときに、既にそれらの癌の転移拡散を有している。
腎細胞癌はしばしば、CTスキャン、MRI、超音波、陽電子放射断層撮影（PET）スキャン、静脈腎盂像（IVP）及び/又は血管造影法を使用して、生検を必要とすることなく診断できる。しかしながら、細針吸引生検は、イメージング結果が腎臓を取り出すことを正当化するのに十分決定的でない場合、価値があり得る。
（腎癌の病期分類）
腎細胞癌は通常、1〜4のスケールに等級分けされる。また腎細胞癌は、米国対癌合同委員会（AJCC）TNMシステムを使用して、ステージI〜IVに段階分けされる。カリフォルニア大学ロサンゼルス校の総合ステージングシステムを使用することもでき、これは腫瘍の拡大のない患者を3群、すなわち低リスク、中リスク及び高リスクに分類する。5年癌特異的生存は、低リスク群について91%であり、中リスク群について80%であり、高リスク群について55%である。腫瘍の拡大を有する患者もまた、3群、すなわち低リスク、中リスク及び高リスクに分類される。5年癌特異的生存は、低リスク群について32%であり、中リスク群について20%であり、高リスク群について0%である。
（腎癌治療）
根治的腎摘除（及び多くの場合、局所的リンパ節切除）、部分的な腎摘除又は腹腔鏡腎摘除による手術が、腎細胞癌の主要な治療である。腎細胞癌腫は放射線にほとんど感受性がない。そのため、この癌を取り除く前又は後に放射線療法を使用することは、研究により生存率の改善が示されていないので、ルーチン的には推奨されない。
腎細胞癌は、現在の形態の化学療法に非常に抵抗性である。ビンブラスチン、フロキシウリジン及び5-フルオロウラシル（5-FU）などのある種の薬剤は、若干有効である。5-FU及びゲムシタビンの併用は、一部の患者の利益になった。5-FU様薬剤であるカペシタビンも、いくぶんの利益を有し得る。
サイトカイン（インターロイキン-2（IL-2）及びインターフェロン-α）は、転移性腎細胞癌に対する標準治療の1つになった。これらは、患者の約10%〜20%において、この癌をその元のサイズの半分未満に縮小させる。IL-2に応答する患者は、持続的な応答を有する傾向がある。IL-2、インターフェロン及び化学療法（5-フルオロウラシルを使用）の併用を用いた最近の研究も有望であり、部分的な又は完全な寛解のより良好な機会を提供し得る。しかしながら、サイトカイン治療用量は、重篤な副作用を有する。
ソラフェニブ（ネクサバール）、スニチニブ（スーテント）及びベバシヅマブ（アバスチン）は、腎細胞癌に対しても有効であり得る他の薬剤である。
（ステージごとの腎癌生存）
Figure 2012515544
（肝癌）
肝癌の全症例のおよそ80%が、肝細胞癌（HCC）であり、これは肝臓の主要細胞（肝細胞）から発生する。それは通常肝臓に限られており、患者の50%〜80%で硬変症と関係している。肝細胞癌は、女性より男性において、約3倍よく見られる。B型肝炎ウイルス（HBV）又はC型肝炎ウイルス（HCV）による慢性感染症は、HCCの主な原因であり、肝癌を世界の多くの地域で最も一般的な癌とさせている。米国において、C型肝炎感染症は、全ての肝癌の約50%〜60%となっており、B型肝炎は、残り20%となっている。また、主に温暖及び熱帯の国々において、アフラトキシンへの曝露もHCCの原因である。肝癌は、世界的な全ての癌の症例の約5.8%（約626,000件）を占め、1年あたりの死亡の8.9%（約598,000）を占める。それは、世界中の男性及び女性の両方で、3番目に多い癌関連の死亡原因となっている。HCCは、アジア及びアフリカで主に見られ、症例の80%を占める。USAにおいて、年間およそ18,500の新しい症例があり、1年あたり16,000が死亡している。肝癌と診断される人々の約85%が、45〜85歳である。約4%が35〜44歳であり、わずか2.4%が、35より若い人である。
（肝癌診断）
肝癌の症状は、疾患が進行するまで現れないことが多いので、少数の癌だけが、初期段階で見つかり、手術によって除去され得る。
肝癌の多くの徴候及び症状は、比較的非特異性である。つまりそれらは、他の癌又は非癌性の疾患によって引き起こされ得る。超音波、コンピュータ断層撮影（CT）、磁気共鳴画像法（MRI）及び血管造影などのイメージング検査が、HCCを診断するのに一般に使用されている。他の診断手段を挙げると、腹腔鏡検査、生検、αフェトプロテイン（AFP）血液検査、肝機能検査（LFT）、プロトロンビン時間（PT）、並びにB型肝炎及びC型肝炎の検査がある。
（肝癌の病期分類）
肝癌は、米国対癌合同委員会（AJCC）TNMシステムに従って、4つのステージ、ステージI〜IVを有する。HCCは、切除可能な限局性、切除不能な限局性、又は進行性に分類することができる。肝癌について、5年相対生存率は約9%である。
この低い生存率の1つの理由は、大部分の肝癌患者が、それ自身致命的となり得る肝硬変も有していることにある（肝癌及びクラスCの硬変症を有する人々は、一般に、いかなる治療に対してもあまりに病的であり、通常数か月で死亡する）。手術後の切除可能な限局性HCCについて、5年生存率は40%〜70%である。進行性HCCについては、標準的な治療はなく、5年生存率は5%未満である。診断及び治療後、生存率は、10年までに2.5%未満であるように低下し続ける。
（肝癌治療）
肝癌の治療は、腫瘍のサイズ、及び患者が硬変症を有しているかどうかによって左右される。現在のところ、手術（切除又は肝臓移植によるどちらでも）が、肝癌を治療する唯一の機会を提供する。硬変症のない人々は、手術による腫瘍の除去によって良くなり得る。
しかしながら、多くの場合、限局性の肝癌を支障なく除去することは、可能ではないかもしれない。試験開腹の患者の30%未満が、彼らの癌を手術によって完全に取り除くことができる。部分的な肝切除術は、30%〜40%の5年生存率をもたらす。硬変症又は非常に大きな腫瘍がある場合、大抵の専門家は、主な治療として肝臓移植を推薦する。肝臓移植患者の5年生存率は、およそ70%であるが、肝臓移植の機会は限られている。
他の治療を挙げると、ラジオ波焼灼療法（RFA）、エタノールアブレーション、凍結手術、肝動脈塞栓術、化学塞栓療法又は3次元原体照射（3DCRT）がある。また化学療法も使用することができるが、5の腫瘍で1未満を収縮する。これは、肝動脈注入（HAI）によって改善することができる。使用される化学療法薬を挙げると、アドリアマイシン、VP-16、シスプラチン、マイトマイシン、5-FU及びロイコボリンがある。
進行性、反復性、又は再発性疾患のいずれの治療された原発性肝癌患者の予後は、乏しいものである。初期療法後に再発する肝癌の治療は、再発部位、初期治療の種類、及び肝機能を含む多くの要因によって決まる。同じ場所に再発した切除可能な限局性の疾患を有する患者は、更なる手術に好適となり得る。
（肺癌）
肺癌は、世界的に最も一般的な癌であり（癌事例の約12%を占める）、主要な癌による死因である（死亡の約18%を占める）。肺癌の世界的な発病率は、1年あたり1,300,000件であり、1,100,000人超の死亡数を有する。米国において、1年あたり約170,000件の新規事例（全ての癌の約13%）があり、約160,000人が死亡（癌死の約28%）である。肺癌は、女性より男性においてより高度に蔓延している。肺癌と診断される人々のほぼ70%は65歳より上であり、全ての事例の3%未満が45歳未満の人々で発見される。全ての肺癌の約15%は、体内に広く拡散する傾向がある小細胞型（SCLC）であり、残りの85%は非小細胞（NSCLC）である。米国において毎年、およそ96億米国ドルが肺癌を治療することに費やされると推定されている。
（肺癌診断）
肺癌は、胸部X線で検出できる前でさえもしばしば転移するので、致命的な疾患である。通常、肺癌の症状は、進行した段階まで現れない。これまでに、人の治癒機会を向上させることを示したスクリーニング試験は存在しない。胸部X線、CTスキャン、MRIスキャン又はPETスキャンなどのイメージング試験を使用して、肺癌を検出することができる。次いで、診断を確認する試験が実施される。該試験には、痰細胞学、針生検、気管支鏡法、気管支内超音波及び完全血球測定（CBC）を含む。
（肺癌の病期分類）
肺癌と診断された人々の約60%は、診断の1年以内に死亡し、75%は2年以内に死亡する。NSCLCと診断された人々についての5年生存率は約15%であり、SCLCについての5年生存率は約6%である。NSCLCは、米国対癌合同委員会（AJCC）TNMシステムを使用して、ステージ0〜ステージIVに段階分けされる。ステージごとの5年生存率は、以下の通りである：ステージI:47%、ステージII:26%、ステージIII:8%、及びステージIV:2%。SCLCは、2段階システム、すなわち、限定ステージ及び広範ステージを有する。SCLC患者の約2/3は、診断で広範疾患を有する。SCLCが非常に早期に見つかり、肺のみに限局する場合、5年生存率は約21%であるが、患者の6%のみがこのカテゴリ内にある。該癌が拡散した場合、5年生存は約11%である。広範疾患を有する患者について、5年生存はわずかに2%である。
（肺癌治療）
手術は、NSCLCを治癒するための唯一の信頼性の高い方法である。手術の種類には、肺葉切除術、肺切除、部分切除術、及びビデオ補助胸部手術（小腫瘍について）を含む。
特に患者の健康が手術を受けるにはあまりに劣っている場合、外照射療法がしばしば一次治療として使用される。また放射線療法を、手術後に使用することもできる。化学療法を、一次治療として又は手術に対する補助として提供してもよい。他の治療が失敗した後に、ゲフィチニブ又はエルロチニブなどの上皮細胞増殖因子受容体（EGFR）アンタゴニストを使用する標的治療を提供することもできる。ベバシズマブなどの抗血管新生薬は、進行した肺癌患者の生存を延長することが見出されている。また光力学性治療が、肺癌の治療として研究されている。
SCLCのための主要な治療は、化学療法単独、又は外照射療法及びごくまれに手術と併用しての化学療法である。
NSCLC及びSCLCに使用される化学療法剤には、シスプラチン、カルボプラチン、マイトマイシンC、イフォスファミド、ビンブラスチン、ゲムシタビン、エトポシド、ビノレルビン、パクリタキセル、ドセタキセル及びイリノテカンを含む。
（前立腺癌）
前立腺癌は、世界的に男性における3番目に最も一般的な癌であり、これは世界的に全ての癌事例の5.4%及び癌関連の死の3.3%を占める。前立腺癌の世界的な発病率は、約680,000事例であり、約221,000が死亡する。米国において、前立腺癌は、米国の男性において、皮膚癌以外の最も一般的な癌である。毎年米国では、前立腺癌の約234,460の新規事例が診断される。男性の約6分の1がその生涯に前立腺癌と診断され、34人に1人のみがそれで死亡する。1,800,000人強の米国男性が、前立腺癌の生存者である。前立腺癌を呈する危険は年齢と共に著しく上昇し、事例の60%は70歳を超えた男性に生じる。前立腺癌は、米国男性の癌死の2番目の主因である。米国の約27,350人の男性が、毎年前立腺癌で死亡する。前立腺癌は、男性の癌関連死の約10%を占める。検出及び治療の最新の方法は、前立腺癌が今日ではより早く発見され、より効果的に治療されることを意味する。これは、近年、約3.5%の死亡率の毎年の低下をもたらした。前立腺癌は、北アメリカ及び北西部ヨーロッパに最も一般的である。それは、アジア、アフリカ、中米及び南米において、比較的一般的でない。約80億米国ドルが米国において毎年前立腺癌を治療することに費やされていることが推定されている。
（前立腺癌診断）
前立腺癌は多くの場合、血中の前立腺特異抗原（PSA）の量をテストすることによって、早期に発見されることが可能である。デジタル直腸診（DRE）を実施することもできる。しかしながら、現在のスクリーニング法に関する潜在的課題がある。PSA試験もDREも、100%正確ではない。コア針生検は、前立腺癌を診断するために使用される主要な方法である。経直腸的超音波（TRUS）は、前立腺の生検の間に使用できる。
（前立腺癌の病期分類）
前立腺癌は、グリーソンシステムに従って等級分けされ、これは1〜5に等級分けされ、これは1〜10のグリーソンスコアとなる。前立腺癌は、米国対癌合同委員会（AJCC）TNMシステム使用して段階分けされ、グリーソンスコアと併せ、I〜IVの段階を与える。
全ての前立腺癌の91パーセントは、局所段階及び領域段階で発見され；これらの男性についての5年相対生存率は、ほぼ100%である。前立腺癌が診断時に身体の遠位部まで既に拡がった男性についての5年相対生存率は、約34%である。
（前立腺癌治療）
前立腺癌は多くの場合、非常にゆっくりと成長するので、一部の男性は全く治療せず、期待管理（expectant management）が推奨される。治療が要求され、かつ癌が腺の外側に拡がったと考えられない場合、根治的前立腺切除を実施され得る。前立腺の経尿道的切除（TURP）を実施でき、これは症状を軽減するが、前立腺癌は治癒しない。
外照射療法（3次元原体照射療法（3DCRT）、強度変調放射線療法（IMRT）又は等角陽子線放射線療法）又は近接照射療法を治療として使用することもできる。
凍結手術はしばしば、限局性前立腺癌を治療するために使用されるが、凍結手術の長期の効果についてそれほどよくわかっていないのみならず、該手術は、前立腺癌についての第1の治療として日常的に使用されない。該手術は、他の治療後の再発性癌に使用できる。
アンドロゲン除去療法（ADT）（除睾術又は黄体形成ホルモン放出ホルモン（LHRH）の類似体若しくはアンタゴニスト）は、前立腺癌を縮小させ、又はそれらをよりゆっくり成長させるために使用できる。
前立腺癌が前立腺の外側に拡がり、ホルモン療法抵抗性である場合、化学療法がしばしば使用される。化学療法剤には、ドセタキセル、プレドニゾン、ドキソルビシン、エトポシド、ビンブラスチン、パクリタキセル、カルボプラチン、エストラムスチン、ビノレルビンを含む。ホルモン療法の様に、化学療法は治癒をもたらしそうにない。
（皮膚癌）
皮膚の癌は、全ての癌で最も一般的であり、おそらく全ての癌の50%より多くを占める。黒色腫は皮膚癌事例の約4%を占めるが、皮膚癌死の大半の原因となる。全ての黒色腫の半分が、57歳未満の人々で見られる。15〜19歳の女子の30,000人に約1人が、黒色腫を発症する。この年齢の男子については、その割合は、15,000に約1人である。米国において、約62,000の新しい黒色腫が毎年診断され、およそ8,000が死亡する。米国において診断された新しい黒色腫の数は、増加している。米国の白人の男性及び女性の中で、黒色腫の増加比率は、1973から1980代前半までに、1年あたり約6%で急激に増加している。しかしながら、1981年から該増加率は、1年あたりほとんど3%に減少した。1973から、黒色腫の死亡率は、50%増加している。最近では、黒色腫による死亡率は、男性については横ばいであり、女性についてはわずかに減少している。黒色腫の危険は、白人はアフリカ系アメリカ人よりも約20倍高い。
（皮膚癌診断）
切除生検が、好ましい診断方法であるが、生検、薄片生検、及びパンチ生検を含む他の種類の皮膚生検も使用することができる。最初の黒色腫が皮膚から取り除かれてからずっと後まで、転移性黒色腫は見られないであろう。転移性黒色腫は、穿刺吸引細胞診、外科リンパ節生検、並びにセンチネルリンパ節マッピング及び生検を含む多くの方法を使用して診断することができる。胸部X線、コンピュータ断層撮影（CT）、磁気共鳴画像法（MRI）、陽電子放射断層撮影（PET）、及び核骨のスキャン（nuclear bone scan）などのイメージング検査も使用することができる。
（皮膚癌の病期分類）
皮膚癌は、米国対癌合同委員会（AJCC）TNMシステムを使用して、ステージ0〜ステージIVに段階分けされる。黒色腫の厚さは、ブレスロー測定（Breslow measurement）を使用して測定される。
（皮膚癌治療）
薄い黒色腫は、切除によって完全に治癒できる。黒色腫が指又は足指にある場合、治療は、指の切断を伴う場合がある。黒色腫がリンパ節まで拡がった場合、リンパ節解剖が要求され得る。
現在の治療は、通常、ステージIVの黒色腫を治療できない。化学療法は通常、いくつかの他の型の癌よりも黒色腫において有効でないにもかかわらず、ステージIV黒色腫を有する一部の患者の症状を軽減することができ、又は生存を延長できる。多くの場合、黒色腫を治療するために使用される化学療法剤には、ダカルバジン、カルマスチン、シスプラチン、ビンブラスチン及びテモゾロマイドを含む。最近の調査は、いくつかの化学療法剤と1以上の免疫治療薬剤を併用する生化学療法が、単一化学療法剤単独よりも有効であり得ることを見出した。免疫治療薬剤には、インターフェロンα及び/又はインターロイキン-2を含む。どちらの薬剤も、患者の約10%〜20%において、転移性（ステージIII及びIV）黒色腫を縮小させるのに役立ち得る。手術後のステージIIIの黒色腫の患者に与えられるインターフェロンα2bは、黒色腫の再発を遅らせることができる。メルファランを使用する分離式肢灌流は、腕又は脚に限定した転移性黒色腫の治療に使用される実験的種類の化学療法である。放射線療法は再発性黒色腫を治療するために使用でき、骨及び脳に対する転移の緩和として使用する。
すでに黒色腫を有した者は、再び黒色腫になる危険が増加する。一研究において、黒色腫を有する約11%の人々が、5年以内に第2の黒色腫が発生した。第2の黒色腫が発生した者は、5年以内に30%の第3の黒色腫の発生の可能性を有した。
（ステージごとの黒色腫生存）
Figure 2012515544
（治療的挑戦）
上述の癌の治療における主な挑戦は、早期検出率を改良すること、疾患進行を追跡し、再発を同定するために使用できる新規な非侵襲性標識を発見すること、及び、特に5年生存が未だ劣っているより進行した疾患について改良され、かつより毒性の低い療法を発見することである。癌細胞により特異的である標的、例えばそれらが免疫治療剤及び標的化毒素のような新規な方法を約束することにより攻撃できるように腫瘍細胞の表面に発現されるものを同定する大きな必要性が存在する。
本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌のスクリーニング、診断、予後及び療法のための方法及び組成物、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌患者の層化のための方法及び組成物、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療の有効性をモニターするための方法及び組成物、並びに膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療用薬剤開発のための方法及び組成物を提供する。
本出願人らは、ICAT試薬でのタグ付けにより生じたペプチド、及び前立腺癌の組織試料から抽出した膜タンパク質のトリプシン消化物を同定するために、質量分析を使用した。ペプチド配列を、既存のタンパク質及びcDNAデータベース並びに同定された対応する遺伝子配列と比較した。免疫組織化学実験も実施したところ、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌試料において、強い染色が観察された。本発明のタンパク質は、これまで、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の細胞膜から生じるとの報告がなされておらず、これらは新たな診断的及び治療的価値のあるタンパク質であることを表す。
本発明の第1の態様は、癌、特に膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌などの疾患の治療、スクリーニング、検出及び/又は診断における使用のための、PTA089若しくはその断片に特異的に結合し得る作用物質、又はPTA089をコードする核酸にハイブリダイズし得るハイブリダイズ剤、又はPTA089の活性を検出し得る作用物質である。
本発明の別の態様は、癌、特に膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌などの疾患の治療、スクリーニング、検出及び/又は診断における使用のための、PTA089若しくはその断片である。
本発明の別の態様は、PTA089若しくはその断片に特異的結合し得る親和性試薬であり、例えば、検出可能な標識を含むか若しくはそれに抱合化されている、又は細胞傷害性部分などの治療的部分を含むか若しくはそれに抱合化されている、親和性試薬である。該親和性試薬は、例えば、抗体であり得る。
いくつかの実施態様において、本発明の抗体は、以下からなる群から選択される：全抗体、抗体断片、ヒト化抗体、単鎖抗体、免疫複合体、脱フコシル化抗体、及び二重特異性抗体。抗体断片は、以下からなる群から選択できる：ユニボディ、ドメイン抗体及びナノボディ。いくつかの実施態様において、本発明の免疫複合体には、治療剤を含む。本発明の別の態様において、治療剤は、細胞毒素又は放射性同位元素である。
いくつかの実施態様において、本発明の抗体は、以下からなる群から選択される：アフィボディ、DARPin、アンチカリン、アビマー、バーサボディ及びデュオカリン。
本発明の別の態様は、PTA089をコードする核酸にハイブリダイズし得るハイブリダイズ剤、例えば、検出可能な標識を含むか又はこれに抱合化されているハイブリダイズ剤である。ハイブリダイズ剤の1つの例は、阻害性RNA（RNAi）である。他の例は、アンチセンスオリゴヌクレオチド及びリボザイムを含む。
また本発明は、前述の方法におけるそれらの使用のための取扱説明書と共に、PTA089及び/又はその1以上の断片を含むか、又は1以上の前述の親和性試薬及び/又はハイブリダイズ剤を含むか、又はPTA089の活性を検出し得る1以上の作用物質を含む、キットを提供する。本キットは、前記親和性試薬及び/又はハイブリダイズ剤のそれらの結合パートナーへの結合を検出し、かつ報告できる試薬を更に含むことができる。
本発明の別の態様は、PTA089若しくはその断片に特異的結合し得る親和性試薬の治療上有効量を含む医薬組成物である。
本発明の別の態様は、1以上の親和性試薬又は前述のハイブリダイズ試薬、及び医薬として許容し得る希釈剤又は担体を含む、医薬として許容し得る希釈剤若しくは担体及び医薬組成物である。
いくつかの実施態様において、本発明は、抗PTA089抗体を生産する方法であって：本発明の抗体をコードする1以上の核酸分子を含む宿主細胞を得る工程；該宿主細胞を宿主細胞培地で培養する工程；1以上の核酸分子が発現される宿主細胞培地条件を提供する工程；及び該宿主細胞から、又は宿主細胞培地から抗体を回収する工程；を含む、前記生産方法である。
本発明の他の態様は、本発明の抗体を生産する方法であって：ヒト免疫グロブリン遺伝子を含むトランスジェニック動物をPTA089ペプチドで免疫化する工程；前記トランスジェニック動物からB細胞を回収する工程；前記B細胞からハイブリドーマを作る工程；PTA089を結合する抗体を発現するハイブリドーマを選択する工程；及び前記選択されたハイブリドーマからPTA089を結合する前記抗体を回収する工程；を含む、前記生産方法に関する。
他の実施態様において、抗PTA089抗体を生産する方法は：
ヒト免疫グロブリン遺伝子を含むトランスジェニック動物をPTA089ペプチドで免疫化する工程；
前記トランスジェニック動物のB細胞からmRNAを回収する工程；
前記mRNAをcDNAに変換する工程；
前記cDNAによってコードされる抗PTA089抗体が前記ファージの表面に提示されるように、ファージにおいて前記cDNAを発現させる工程；
抗PTA089抗体を提示するファージを選択する工程；
前記抗PTA089免疫グロブリンをコードする前記選択されたファージから核酸分子を回収する工程；
宿主細胞において前記回収された核酸分子を発現させる工程；及び
PTA089を結合する前記宿主細胞から抗体を回収する工程；を含む。
本発明の別の態様は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療又は予防のための、PTA089ポリペプチド、その1以上の免疫原性断片又は誘導体の使用を提供する。
別の態様において、本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療する方法であって、（a）膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の発症又は発病を予防するために、（b）膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行を予防するために、又は（c）膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の症状を寛解させるために、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する患者において、本発明のタンパク質の発現若しくは生物活性（又はその両方）を調節（例えば、上方制御するか又は下方制御する）又は補完する化合物の治療上有効量を、患者に投与することを含む、前記方法を提供する。
本発明の別の態様では、本出願人らは、対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングし、若しくはこれらの進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、前記対象における、PTA089若しくはその1以上の断片の存在若しくはレベル、又はPTA089をコードする核酸の存在若しくはレベル、又はPTA089の活性の存在若しくはレベルを検出することを含む、あるいはそれらのレベルの変化を検出することを含む、前記方法を提供する。
本発明の別の態様によると、本出願人らは、候補対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングする方法であって、前記候補対象におけるPTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在を検出することを含み、ここで（a）健常対象のレベルと比較しての候補対象における、PTA089若しくはその1以上の断片のレベルの上昇、若しくはPTA089をコードする核酸のレベルの上昇の存在、又はPTA089の活性レベルの上昇の存在、又は（b）健常対象において対応する検出不可能なレベルと比較しての候補対象における、PTA089若しくはその1以上の断片の検出可能なレベル、若しくはPTA089をコードする核酸の検出可能なレベルの存在、又はPTA089活性の検出可能なレベルの存在のいずれかが、前記対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の存在を示す、前記方法を提供する。
本発明の別の態様によると、本出願人らは、対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、第1の時点及びその後の時点での前記候補対象におけるPTA089若しくはその1以上の断片の存在、若しくはPTA089をコードする核酸の存在、若しくはPTA089の活性の存在を検出すること、前記第1の時点での該対象におけるレベルと比較してその後の時点での該対象におけるPTA089若しくは前記その1以上の断片のレベルの上昇若しくは低下、若しくはPTA089をコードする核酸のレベルの上昇若しくは低下の存在、又はPTA089の活性レベルの上昇若しくは低下の存在を検出することを含み、これが前記対象における、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行若しくは退行を示し、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果若しくは非効果を示す、前記方法を提供する。
PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在は、例えば、前記対象から得られる生体試料の分析により検出できる。
発明の方法は、典型的には、前記対象から分析のために生体試料を得る工程を含み得る。
使用される生物学的試料は、血清試料又は組織試料、例えば、膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚の組織などの任意の供給源由来であり得る。例えば、転移性の膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の根拠を探す場合、1つには、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の転移の主要部位、例えば、膀胱癌については前立腺、子宮、膣、骨、肝臓又は肺；結腸直腸癌については肝臓、腹膜腔、骨盤、後腹膜及び肺；頭頸部癌については肺、骨及び肝臓；腎癌については骨、肺及び肝臓；肝癌については肺及び骨；肺癌については脳、肝臓、骨及び副腎；前立腺癌については膀胱、直腸及び骨；並びに皮膚癌については肺、脳及び骨；をみるであろう。
あるいは、PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在は、インサイチュウ分析により検出できる。
ある種の実施態様において、本明細書中に記載されている診断の方法は、少なくとも部分的に又は完全に、インビトロで実施できる。
好適には、PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在は、定量的に検出される。
例えば、定量的に検出することは、以下を含むことができる：
（a）生体試料を、PTA089に特異的な親和性試薬と接触させること（前記親和性試薬は、任意に検出可能な標識に抱合化されている）；及び、
（b）結合が、該試料において該親和性試薬と少なくとも1つの種との間に発生したかどうかを検出すること（前記検出は、直接的又は間接的に実施される）。
あるいは、PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在は、イメージング技術の使用を含む手段によって定量的に検出できる。
別の実施態様において、本発明の方法は、PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在を測定するための膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚の組織切片における免疫組織化学の使用、並びにこれによる膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の細胞を限局化することを含む。
一実施態様において、PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片の存在は、例えば、抗体などの、PTA089若しくはその1以上の断片に特異的結合し得る親和性試薬を使用して検出される。
別の実施態様において、PTA089の活性が検出される。PTA089は、リガンド依存的様式においてRhoAを活性化し、浸潤性増殖及び細胞遊走への影響を与える（Basileらの文献、2005, Mol. Cell. Biology 25: 6889-6898）。その特異的リガンドがライゲーションされると、PTA089は、細胞とのPDZ-RhoGEF/LARG/RhoAタンパク質複合体に関与し、RhoA下流の標的であるRhoキナーゼ（ROK）のリン酸化を誘導し、次に接着斑複合体の形成、ミオシン軽鎖のリン酸化、及び張力繊維の収縮を促進する（Swierczらの文献、2008, J. Biol. Chem. 2883: 1893-1901）。張力繊維が収縮する場合、それらは接着斑で張力を生成し、これは機械的シグナルから生物学的シグナルに変換され、結果、Pyk2のチロシンリン酸化が起こる。次いで、Pyk2は、チロシンキナーゼ依存性シグナリングネットワークを活性化し、ホスファチジルイノシトール3キナーゼ、AKT及びERK1/2の下流の刺激が起こる（Basileらの論文、2008, J. Biol. Chem. 282: 34888-34895）。これらの細胞プロセスのいくつか、例えば、特定のタンパク質リン酸化、細胞遊走及び浸潤性増殖などは、当業者によって測定可能である。
本発明の別の態様によると、対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングし、若しくはこれらの進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、前記対象における、PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在若しくはレベルを検出することを含み、又はそのレベルの変化を検出することを含む、前記方法が提供される。
本発明の別の態様によると、対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングする方法であって、前記対象において、PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在を検出することを含み、ここで（a）健常対象のレベルと比較しての前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体のレベルの上昇の存在、又は（b）健常対象において対応する検出不可能なレベルと比較しての前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の検出可能なレベルの存在のいずれかが、前記対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の存在を示す、前記方法も提供される。
膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングする1つの具体的方法は：
（a）試験すべき生体試料をPTA089又はその1以上のエピトープ含有断片との接触に供すること；及び
（b）該対象において、PTA089又はその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在を検出すること；を含む。
本発明の別の態様によると、対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、第1の時点及びその後の時点での前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在、前記第1の時点での前記対象におけるレベルと比較してその後の時点での前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体のレベルの上昇若しくは低下の存在を検出することを含み、これが前記対象における、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行若しくは退行を示し、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果若しくは非効果を示す、前記方法が提供される。
PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在は、典型的には、前記対象から得られる生体試料（例示的な生体試料は、先に記載しており、例えば当該試料は、膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚の組織、又は他には血液若しくは唾液の試料である）の分析によって検出される。
当該方法は、典型的には、前記対象から分析のために前記生体試料を得るステップを含む。
検出できる抗体には、IgA、IgM及びIgG抗体を含む。
上記方法のいずれかにおいて、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する候補対象において検出され得るレベルは、健常対象におけるレベルよりも2倍以上高い。
一実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、膀胱癌である。
別の実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、結腸直腸癌である。
別の実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、頭頸部癌である。
別の実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、腎癌である。
別の実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、肝癌である。
別の実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、肺癌である。
別の実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、前立腺癌である。
別の実施態様において、検出され、予防され又は治療される癌は、皮膚癌である。
本発明の他の態様は、本明細書の下部、及び特許請求の範囲において記載される。
本発明のタンパク質のアミノ酸配列を示す。質量分析によって実験的に検出されるトリプシン類はハイライト表示し、質量マッチペプチドは太字で示し、タンデムペプチドは下線が引かれている。 本発明のタンパク質についてのmRNA発現データを示す。 20の最も一般的な癌の種類の高密度アレイにおけるIHC分析の結果を示す。結果は、罹患率%、及び抗体1（図3a）及び抗体2（図3b）に対する各腫瘍型について、異なる強度（+、++、+++）での染色を示している。
（発明の詳細な説明）
以下に詳細に記載されている本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防するための、哺乳動物対象への治療組成物の投与を包含する。また本発明は、哺乳動物対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の臨床スクリーニング、診断及び予後のための方法及び組成物、特定の治療に最も応答しそうな患者を同定ための方法及び組成物、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の療法の結果をモニタリングするための方法及び組成物、薬剤スクリーニング及び薬剤開発のための方法及び組成物を提供する。
一態様において、本発明は、癌などの疾患、特に膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療、スクリーニング、検出及び/又は診断における使用のための、PTA089若しくはその断片に特異的結合し得る作用物質、又はPTA089をコードする核酸にハイブリダイズし得るハイブリダイズ剤、又はPTA089の活性を検出し得る作用物質を提供する。
本発明の別の態様は、PTA089若しくはその断片に特異的結合し得る親和性試薬であり、例えば、検出可能な標識を含むか若しくはそれに抱合化されている、又は細胞傷害性部分などの治療的部分を含むか若しくはそれに抱合化されている親和性試薬である。該親和性試薬は、例えば、抗体であり得る。
本発明の別の態様は、PTA089若しくはその断片に特異的結合し得る親和性試薬の治療上有効量を含む医薬組成物である。
別の態様において、本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療又は予防のために、PTA089ポリペプチド又はその1以上の断片若しくは誘導体の使用を提供する。
また本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療又は予防のための医薬品の製造における、PTA089ポリペプチド、その1以上の断片若しくは誘導体の使用を提供する。
一態様において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療又は予防のために、PTA089ポリペプチド、その1以上の断片若しくは誘導体、又はその1以上の断片若しくは誘導体の治療上有効量を投与することを含む、治療方法を提供する。
本発明は更に、対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療若しくは予防の方法、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌に対し対象にワクチン接種する方法であって、PTA089ポリペプチド及び/又はその1以上の抗原性若しくは免疫原性断片の有効量を、例えばワクチンとして対象に投与するステップを含む前記方法を提供する。
哺乳動物対象は、ヒト以外の哺乳動物でもよいが、好ましくはヒト、より好ましくはヒトの成人、すなわち少なくとも21歳（より好ましくは、少なくとも35歳、少なくとも50歳、少なくとも60歳、少なくとも70歳又は少なくとも80歳）のヒト対象である。
一態様において、対象において免疫応答を誘発し得る組成物であって、PTA089ポリペプチド及び/又はその1以上の抗原性若しくは免疫原性断片、並びに1以上の適切な補助剤（適切な補助剤は後に記載する）を含む、前記組成物が提供される。
免疫応答を誘発し得る組成物は、例えば、PTA089ポリペプチド又はその誘導体及び/又はその1以上の抗原性若しくは免疫原性断片を含むワクチンとして提供できる。
開示の明確化のために、及び限定を目的とせずに、本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌組織の分析に関して記載されている。しかしながら、当業者に公知であるように、後に記載する分析及び技術は、他のタイプの患者試料に適用でき、該試料には体液（例えば、血液、尿又は唾液）、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌のリスクを有する患者からの組織試料（例えば、膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚などの生検）又はそのホモジェネートを含む。本発明の方法及び組成物は、生存対象のスクリーニング、診断及び予後に特に適するが、例えば、同疾患を発病するリスクのある家族メンバーを同定するために、対象の死後診断用に使用することもできる。
（PTA089）
本発明の一態様において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌のスクリーニング又は診断、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌患者の予後の判断、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌療法の効果のモニタリング、又は薬剤開発のために、本発明のタンパク質の発現を測定するために、同位体コード親和性タグ（ICAT）又は他の適切な方法を使用して、対象、好ましくは生存対象からの膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌組織試料を分析する。
本明細書中で使用される用語「本発明のタンパク質」又は「PTA089」は、前立腺癌組織試料のICAT分析によって実験的に検出された、図1に示されるタンパク質を指す。この配列のタンパク質誘導体もまた、本明細書中に記載される同一目的に有用であり得る。
このタンパク質は、実施例1に記載の好ましい技術の方法及び装置（ICAT、及び膜タンパク質抽出物のトリプシン消化物）によって、前立腺癌患者由来の前立腺癌組織試料の膜タンパク質抽出物中に同定された。ペプチド配列を、SWISS PROT及びtrEMBLデータベース（スイスバイオインフォマティクス研究所（SIB）及び欧州バイオインフォマティクス研究所（EBI）保有、これらはwww.expasy.comで利用可能である）と比較し、次のエントリー：O43157、プレキシン-B1を同定した。
SWISS-PROTによると、プレキシン-B1は、胎児の腎臓において高度に、及び胎児の脳、肺及び肝臓においてやや低レベルで発現されている。それはSEMA4Dの受容体であり、RHOA活性化、及び後続のアクチン細胞骨格の変化において役割を果たしている。それは軸索誘導、浸潤性増殖及び細胞遊走においても役割を果たしている。
またPTA089は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌において発現されることが示されている。免疫組織化学的実験（実施例2及び図3を参照）は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌において強い染色を示した。RNAプロファイリング結果（実施例3及び図2を参照）は、正常組織において、低いPTA089のmRNA発現を示した。mRNA発現は、PTA089タンパク質発現の兆候である。
本発明のタンパク質は、断片、特にエピトープ含有断片、例えばその抗原性若しくは免疫原性断片及びその誘導体として有用である。抗原性若しくは免疫原性断片を含むエピトープ含有断片は、典型的には、長さ12アミノ酸以上、例えば20アミノ酸以上、例えば50又は100アミノ酸以上である。断片は、完全なタンパク質の長さの95%以上、例えば90%以上、例えば完全なタンパク質の長さの75%又は50%又は25%又は10%以上であってよい。
あるいは、本明細書中において使用され又は言及されるタンパク質/ポリペプチドは、本願明細書に具体的に列挙/記載したもの、又はそれに80、85、90、91、92、93、94、95、96、97、98若しくは99%同一若しくは類似のものに限定され得る。
抗原性若しくは免疫原性断片を含むエピトープ含有断片は、患者において関連する免疫応答を誘発できる。本発明のタンパク質をコードするDNAは、その断片、例えばその免疫原性断片などの本発明のタンパク質の断片をコードするDNAとしても有用である。本発明のタンパク質をコードする核酸（例えばDNA）の断片は、完全なコード領域の長さの95%以上、例えば90%以上、例えば完全なコード領域の長さの75%又は50%又は25%又は10%以上であってよい。核酸（例えばDNA）の断片は、36ヌクレオチド以上、例えば60ヌクレオチド以上、例えば150又は300ヌクレオチド以上の長さであってよい。
本発明のタンパク質の誘導体は、1以上（例えば1〜20、例えば15アミノ酸、又はタンパク質の全長に基づくアミノ酸の数に対して最大で20%、例えば最大で10%又は5%又は1%）の欠失、挿入又は置換がなされた配列上の異型を含む。置換は、典型的には、保存的置換であり得る。誘導体は、典型的には、それらが誘導されるタンパク質と同じ生物学的機能を基本的に有する。誘導体は、典型的には、それらが誘導されるタンパク質に同等に抗原性であるか又は免疫原性である。誘導体は、典型的には、それらが誘導されるタンパク質のうち、リガンド結合活性若しくは活性受容体複合体形成能力のいずれか、又は好ましくはその両方を有する。
タンパク質の誘導体には、例えば精製中に処理された、カルボキシメチル化された、カルボキシアミド化された、アセチル化されたタンパク質などの化学的に処理されたタンパク質も含む。
表1は、前立腺癌患者由来の前立腺組織試料の膜タンパク質抽物の質量分析により検出されたPTA089の個別的発生を示す。第一列には試料番号を提供し、第二列には質量分析により観測された配列及び対応する配列番号の一覧を提供する。
Figure 2012515544
PTA089について、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌を有しない対象由来の組織を分析することで得られた検出レベルに対する膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象由来の組織を分析することで得られた検出レベルは、使用される具体的な分析プロトコル及び検出技術に依存する。したがって、本発明は、各研究室が、診断技術において従来のように、使用に際しての分析プロトコル及び検出技術に従い、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌を有しない対象における参照範囲を確立することを意図する。好ましくは、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが既知の対象からの少なくとも1つの陽性対照の組織試料、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でないことが既知の対象からの少なくとも1つの陰性対照の組織試料（より好ましくは、陽性及び陰性の対照試料の両方）が、分析される試験試料の各バッチに含まれる。
PTA089は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の検出、予後、診断若しくはモニタリング、又は薬剤開発に使用することができる。本発明の一実施態様において、対象（例えば、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する疑いのある対象）からの組織が、PTA089の検出のために、ICATによって分析される。膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌を有しない対象（単数）又は対象（複数）由来の組織、又は予め決定された参照範囲に対して相対的な対象由来の組織におけるPTA089の量の増加は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の存在を示す。
表1に示される配列は、本発明の任意の関連する態様で使用できる。
PTA089の変異体、断片、エピトープ含有断片、免疫原性断片又は抗原性断片に関して：
前立腺癌適用について、本発明の一態様において、これらは、表1の第二列でトリプシン断片配列として同定された配列を含む。
本明細書中で使用するように、PTA089は、実質的に混入タンパク質がない調製物、すなわち、タンパク質総量の10%未満（好ましくは5%未満、好ましくは1%未満）が混入タンパク質である調製物で存在する場合、「単離」されている。混入タンパク質は、質量スペクトル分析によって決定されるとおり、単離されたPTA089の配列と著しく異なるアミノ酸配列を有するタンパク質である。本明細書中で使用する「著しく異なる」配列は、本明細書の実施例1に記載されている参照プロトコルに従って実施される質量スペクトル分析によってPTA089から分離された混入タンパク質を認めるものである。
したがって、一態様において、本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療のための医薬組成物であって、治療上有効量のPTA089ポリペプチド（特に上記に定義したもの）又はその免疫原性断片及び補助剤を含む、前記医薬組成物を提供する。
PTA089は、限定はされないが、本明細書中に記載の好ましい技術、キナーゼアッセイ、酵素アッセイ、結合アッセイ及び他の機能アッセイ、イムノアッセイ、並びにウェスタンブロッティングを含む当業者に公知の任意の方法によってアッセイすることができる。一実施態様において、PTA089は、同位体コードアフィニティータグ（ICAT）を使用して分析される。
あるいは、PTA089は、イムノアッセイで検出できる。一実施態様において、イムノアッセイは、PTA089が存在する場合に、結合（例えば免疫特異的結合）が起こり得る条件下で、試験される対象由来の試料を、抗PTA089抗体（又は他の親和性試薬）と接触させること、及び前記親和性物質による任意の結合（例えば免疫特異的結合）の量を検出又は測定することにより、実施される。PTA089結合剤は、本明細書に教示される方法及び技術によって製造できる。
PTA089は、その断片、例えばそのエピトープ含有（例えば、免疫原性又は抗原性）断片の検出特性により検出できる。断片は、少なくとも10、より典型的には少なくとも20アミノ酸、例えば少なくとも50又は100アミノ酸、例えば少なくとも200又は500アミノ酸、例えば少なくとも800又は1000アミノ酸、例えば少なくとも1500又は2000アミノ酸の長さを有することができる。
一実施態様において、組織切片における親和性試薬（例えば抗体）の結合を使用して、異常なPTA089局在、又はPTA089の異常なレベルを検出することができる。特定の実施態様において、PTA089に対する抗体（又は他の親和性試薬）を使用して、PTA089のレベルについて患者組織（例えば、膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚の組織）をアッセイすることができ、ここで異常なレベルのPTA089は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の指標となる。本明細書中で使用する「異常なレベル」とは、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌を有しない対象におけるレベル、又は参照レベルと比較して増加したレベルを意味する。
ウェスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ELISA（酵素結合免疫吸着測定法）、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫沈降アッセイ、沈降素反応、ゲル拡散沈降素反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体結合アッセイ、免疫放射線測定法、蛍光イムノアッセイ及びタンパク質Aイムノアッセイなどの技術を使用する競合的及び非競合的アッセイ系を含むがこれに限定されない、任意の適切なイムノアッセイを使用することができる。
例えば、PTA089は、二段階サンドイッチアッセイによって、流体試料（例えば、血液、尿又は唾液）において検出できる。第一段階において、捕捉試薬（例えば、抗PTA089抗体又は他の親和性試薬）を使用して、PTA089を捕捉する。該捕捉試薬は任意に、固相上に固定できる。第二段階において、直接又は間接的に標識された検出試薬を使用して、捕捉されたPTA089を検出する。一実施態様において、該検出試薬は、レクチンである。PTA089と同じコアタンパク質を有する他のアイソフォーム、又は該抗体により認識される抗原決定基を共有する他のタンパク質に対してよりも、PTA089に優先的に結合するこの目的のために、任意のレクチンを使用できる。好ましい実施態様において、選択されたレクチンは、PTA089と同じコアタンパク質を有する前記他のアイソフォーム、又は該親和性試薬により認識される抗原決定基を共有する前記他のタンパク質に対してよりも、少なくとも2倍大きな親和性、より好ましくは少なくとも5倍大きな親和性、更により好ましくは少なくとも10倍大きな親和性で、PTA089を結合する。本記載に基づき、PTA089を検出することに適しているレクチンは、当該分野で周知の方法、例えば、Gabius H-J及びGabius S (編), 1993, 「レクチン及び糖鎖生物学（Lectins and Glycobiology）」の158-174頁におけるSumarらによる「疾患関連糖形態の指標としてのレクチン（Lectins as Indicators of Disease-Associated Glycoforms）」の158〜159頁の表Iに列挙されている1以上のレクチン（引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）の試験における方法によって容易に同定できる。代替的実施態様において、検出試薬は抗体（又は他の親和性試薬）であり、例えば特に他の翻訳後修飾を（例えば免疫特異的に）検出する抗体、例えばリン酸化されたアミノ酸に免疫特異的に結合する抗体である。この種の抗体の例には、ホスホチロシンに結合する抗体（BD Transduction Laboratories社、カタログ番号：P11230-050/P11230-150; P11120; P38820; P39020）、ホスホセリンに結合する抗体（Zymed Laboratories社、South San Francisco, CA, カタログ番号61-8100）、及びホスホスレオニンに結合する抗体（Zymed Laboratories社、South San Francisco, CA, カタログ番号71-8200, 13-9200）に結合する抗体を含む。
必要に応じて、相補配列を含み、PTA089、関連する遺伝子、又は関連する核酸配列若しくはサブ配列をコードする遺伝子もハイブリダイゼーションアッセイに使用できる。PTA089をコードするヌクレオチド、又は少なくとも8ヌクレオチド、好ましくは少なくとも12ヌクレオチド、及び最も好ましくは少なくとも15ヌクレオチドを含むそのサブ配列は、ハイブリダイゼーションプローブとして使用できる。PTA089をコードする遺伝子の異所性発現に関連する状態、障害若しくは疾患状態の検出、予後、診断若しくはモニタリングのために、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌で示唆的徴候又は症状を有する対象の鑑別診断のために、ハイブリダイゼーションアッセイを使用できる。具体的には、この種のハイブリダイゼーションアッセイは、核酸を含んでいる対象の試料を、PTA089をコードするDNA若しくはRNAにハイブリダイズし得る核酸プローブと、ハイブリダイゼーションが起こり得る条件下で接触させること、及びその結果生じたハイブリダイゼーションの全てを検出若しくは測定すること、を含む方法により実施できる。
それゆえ、PTA089をコードする核酸（例えばDNA、又はより好適にはRNA）は、例えば、PTA089をコードする核酸にハイブリダイズし得るハイブリダイズ剤を使用して検出できる。
そのような例示的方法は、以下を含む：
（a）PTA089をコードするヌクレオチド配列に相補的な10以上の連続ヌクレオチドを含む1以上のオリゴヌクレオチドプローブを、対象由来の生体試料から得られるRNAと、又はRNAからコピーしたcDNAと接触させることであって、存在する場合、該プローブの該ヌクレオチド配列へのハイブリダイゼーションを許容する条件下で起こる、前記接触工程；
（b）該プローブと該ヌクレオチド配列との間におけるハイブリダイゼーションを存在する場合に検出する工程；及び
（c）工程（b）において検出される場合、該ハイブリダイゼーションを、対照試料において検出されるハイブリダイゼーションと、又は予め決定された参照範囲と比較する工程；を含む。
本発明はまた、抗PTA089抗体（又は他の親和性試薬）を含む診断用キットを提供する。加えて、このようなキットは、以下の1つ以上を任意に含んでいてもよい：（1）診断、予後、治療的モニタリング又は任意のこれら適用の組合せについて、抗PTA089親和性試薬を使用するための取扱説明書；（2）親和性試薬に対する標識化結合パートナー；（3）抗PTA089親和性試薬が固定されている固相（試薬ストリップなど）；及び（4）診断、予後若しくは治療的使用又は任意のそれらの組み合わせのための規制認可を示す標識又は挿入物。該親和性試薬に標識された結合パートナーがない場合、抗PTA089親和性試薬自体を、検出可能なマーカー、例えば化学発光部分、酵素部分、蛍光部分、放射性部分で標識してもよい。
また本発明は、PTA089をコードする核酸、好適にはRNAにハイブリダイズし得る核酸プローブを含むキットを提供する。特定の実施態様において、キットは、1以上の容器に、適切な反応条件下で、例えばポリメラーゼ連鎖反応（例えば、Innisらの文献, 1990, 「PCRプロトコル（PCR Protocols）」, Academic Press社, San Diego, CAを参照されたい）、Qβレプリカーゼのリガーゼ連鎖反応（EP 320,308を参照）使用、周期的プローブ反応又は公知技術の他の方法により、PTA089をコードする核酸の少なくとも一部の増幅を開始することができる一対のプライマー（例えば、各々、6〜30ヌクレオチド、より好ましくは10〜30ヌクレオチド及び更により好ましくは10〜20ヌクレオチドのサイズ範囲）を含む。
キットは、任意に、例えば標準又は対照として、予め定められた量のPTA089又はPTA089をコードする核酸を更に含むことができる。
（臨床研究における使用）
本発明の診断法及び組成物は、例えば、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の療法用薬剤を評価するための臨床研究をモニタリングする際に助力できる。一実施態様において、候補分子は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象のPTA089レベルを、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌を有しない対象において見出されるレベルに回復させるそれらの能力について、又は治療された対象におけるPTA089レベルを非膀胱癌、非結腸直腸癌、非頭頸部癌、非腎癌、非肝癌、非肺癌、非前立腺癌又は非皮膚癌の値に若しくはその近傍に保持するそれらの能力について、試験される。
別の実施態様において、本発明の方法及び組成物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する個人を同定するための臨床研究の候補をスクリーニングするために使用され；その後、当該個人は、研究から除外できるか、又は治療若しくは分析について別々のコホートに置くことができる。
（本発明のタンパク質及び対応する核酸の生産）
一態様において、本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法であって、そのような治療又は予防を必要とする対象に、治療上有効量のPTA089をコードする核酸又はその1以上の断片若しくは誘導体を、例えばワクチンの形態で投与することを含む、前記方法を提供する。
別の態様において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法であって、そのような治療又は予防を必要とする対象に、PTA089の機能若しくは発現を阻害する核酸の治療上有効量を投与することを含む、前記方法を提供する。
本発明の方法（及び/又は本明細書に開示される他のDNA態様）は、例えば、該核酸がPTA089アンチセンス核酸若しくはリボザイムである方法を含み得る。
したがって、本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防するための薬剤の製造における、PTA089をコードする核酸又はその1以上の断片若しくは誘導体の使用を含む。
膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防するための医薬の製造における、PTA089の機能又は発現を阻害する核酸の使用も提供される。
本発明に使用されるDNAは、開始物質として市販のmRNAを使用してcDNAライブラリからcDNA断片として単離することにより得ることができ、そのヌクレオチド配列を決定及び同定することができる。すなわち、具体的には、クローンは、Oharaらの方法（DNA Research 第4巻、53-59(1997)）に従って調製されるcDNAライブラリからランダムに単離される。次に、ハイブリダイゼーションを介し、複製されたクローン（これは繰り返し現れる）を取り除いた後、インビトロ転写及び翻訳を実施する。50kDa以上の産物が確認されたクローンの両方の末端ヌクレオチド配列を決定する。
更に、公知の遺伝子データベースで、このようにして得られた末端ヌクレオチドチド配列を問合わせとして使用して、相同性について検索する。
上記スクリーニング方法に加え、cDNAの5'及び3'末端配列をヒトゲノム配列に関連づける。次いで、未知の長鎖遺伝子を該配列間の領域で確認し、該cDNAの全長を分析する。このようにして、既知の遺伝子に依存する従来のクローニング方法によって得られることができない未知の遺伝子を体系的にクローン化できる。
更に、本発明のDNAを含んでいるヒト由来遺伝子の領域の全ては、短い断片又は得られた配列において起こる人為的誤りを防ぐのに充分な注意を払いながら、RACEなどのPCR法を使用して調製することもできる。上述の通り、本発明のDNAを有するクローンを得ることができる。
本発明のDNAをクローニングするための別の手段において、本発明の一部のポリペプチドの適切なヌクレオチド配列を有する合成DNAプライマーを作成した後、適切なライブラリを使用するPCR法により増幅させる。あるいは、選択は、適切なベクターに組み込まれ、本発明のポリペプチドの領域の一部若しくは全部をコードするDNA断片又は合成DNAで標識されたDNAを用いる、本発明のDNAのハイブリダイゼーションにより実施できる。ハイブリダイゼーションは、例えば、分子生物学の最新プロトコル（Current Protocols in Molecular Biology）（Frederick M. Ausubelら編, 1987）に記載される方法により実施できる。本発明のDNAは、それらが上記の本発明のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む限り、いかなるDNAであってもよい。このようなDNAは、cDNAライブラリから同定及び単離されたcDNAであってよく、膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚の組織に由来するようなものであってもよい。この種のDNAは、合成DNA等であってもよい。ライブラリ構築物に使用するベクターは、バクテリオファージ、プラスミド、コスミド、ファージミド等のいずれかであってよい。更に、上記の細胞及び/又は組織から調製される総RNA画分又はmRNA画分の使用により、増幅は、直接的な逆転写共役ポリメラーゼ連鎖反応（以下、「RT-PCR法」と略記される）により実施できる。
PTA089のアミノ酸配列に実質的に同一であるアミノ酸配列からなる上記ポリペプチドをコードするDNA、又は該アミノ酸配列の一部を構成している1以上のアミノ酸の欠失、置換若しくは追加によるPTA089のアミノ酸配列に由来するアミノ酸配列からなる上記ポリペプチドをコードするDNAは、例えば、当業者に公知の部位特異的変異誘発法、遺伝子相同組換え法、プライマー伸長法及びPCR法の適切な組合せにより、容易に生産できる。加えて、現時点で、ポリペプチドに実質的に同等な生物活性をもたらす見込みのある方法は、ポリペプチドを構成しているアミノ酸間での相同アミノ酸（例えば、極性及び無極性アミノ酸、疎水性及び親水性アミノ酸、正荷電及び負荷電アミノ酸、並びに芳香族アミノ酸）の置換である。更に、実質的に同等な生物活性を維持するために、本発明のポリペプチドに含まれる機能的ドメイン内のアミノ酸は、好ましくは保存される。
更に、本発明のDNAの例には、PTA089のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むDNA、及び該DNAにストリンジェントな状態下でハイブリダイズし、かつPTA089のアミノ酸配列からなるポリペプチドの機能に同等な生物活性（機能）を有するポリペプチド（タンパク質）をコードするDNAを含む。このような条件下で、PTA089のアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列を含むDNAにハイブリダイズし得るこの種のDNAの例は、DNAの全ヌクレオチド配列にある程度、例えば、およそ80%以上、より好ましくはおよそ90%以上、及びより好ましくはおよそ95%以上の全体平均相同性を有するヌクレオチド配列を含むDNAである。ハイブリダイゼーションは、分子生物学における最新プロトコル（Current Protocols in Molecular Biology）(Frederick M. Ausubelら編, 1987)に記載される方法などの当業者に公知の方法、又はそれに準じる方法により実施できる。ここで、「ストリンジェントな条件」は、例えば、およそ1*SSC、0.1% SDS及び37℃、よりストリンジェントな条件とはおよそ0.5*SSC、0.1% SDS及び42℃、又はより更にストリンジェントな条件とはおよそ0.2*SSC、0.1% SDS及び65℃である。よりストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いると、プローブ配列に高い相同性を有するDNAの単離が予想できる。SSC、SDS及び温度条件の上記組合せは、説明目的のために与えられる。上記に類似するストリンジェンシーは、ハイブリダイゼーションストリンジェンシーの決定のための上記因子又は他の因子（例えば、ハイブリダイゼーションのためのプローブ濃度、プローブ長及び反応時間）の適切な組合せを使用して、当業者により達成できる。
本発明のクローン化DNAは、目的に応じて、直接使用できるか、又は必要に応じて制限酵素での消化若しくはリンカーの追加の後に使用できる。DNAは、5'末端側の翻訳開始コドンとしてATGを有することができ、3'末端側の翻訳終止コドンとして、TAA、TGA又はTAGを有することができる。これらの翻訳開始及び翻訳終止コドンは、適切な合成DNAアダプタを使用して追加することもできる。
本発明の方法/使用において、PTA089は、例えば、PTA089ポリペプチドが少なくともある程度まで精製されたものなどの単離された形態で提供できる。PTA089ポリペプチドは、実質的に純粋な形態で、すなわち実質的範囲で他のタンパク質を含まない形態で、提供できる。PTA089ポリペプチドは、組換え法を使用して生産でき、合成的に生産でき、又はこれらの方法の組合せによって生産することもできる。PTA089は、当業者に公知の任意の方法によっても容易に調製でき、それには、本発明のDNAを含んでいる発現ベクター又は本発明のDNAを含んでいる遺伝子を生産すること、該発現ベクターを使用して形質転換された形質転換体を培養すること、本発明のポリペプチド又は該ポリペプチドを含んでいる組換えタンパク質を産生し蓄積すること、及びその後に該結果として得られた物を回収することを含む。
組換えPTA089ポリペプチドは、発現系を含む遺伝子操作された宿主細胞から周知技術の方法により生産できる。したがって、本発明は、PTA089ポリペプチド又は核酸を含む発現系に、この種の発現系によって遺伝子操作された宿主細胞に、及び組換え技術によるPTA089ポリペプチドの生産にも関する。組換えPTA089ポリペプチド生産について、宿主細胞は核酸について、その発現系又は部分を組み込むように遺伝子操作できる。この種の組み込みは、公知技術の方法、例えば、リン酸カルシウムトランスフェクション、DEAD-デキストラン媒介型トランスフェクション、トランスベクション、マイクロインジェクション、カチオン脂質媒介型トランスフェクション、エレクトロポーレーション、形質導入、切屑負荷（scrape loading）、バレット導入又は感染を使用して実施できる（例えばDavisらの文献, 分子生物学における基本的方法（Basic Methods in Molecular Biology）, 1986、並びにSambrookらの文献, 分子クローニング：研究室マニュアル（Molecular Cloning: A Laboratory Manual）,第2版, Cold Spring Harbour laboratory Press, Cold Spring Harbour, NY, 1989を参照されたい）。
宿主細胞として、例えば、エシェリキア属、ストレプトコッカス属、スタフィロコッカス属、ストレプトマイセス属の細菌、バチルス属の細菌、酵母、アスペルギルス細胞、昆虫細胞、昆虫、及び動物細胞が使用される。本明細書に使用されるエシェリキア属の細菌の具体例には、大腸菌K12及びDH1（Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 60, 160 (1968)）、JM103（Nucleic Acids Research, Vol. 9, 309 (1981)）、JA221（Journal of Molecular Biology, Vol. 120, 517 (1978)）、及びHB101（Journal of Molecular Biology, Vol. 41, 459 (1969)）を含む。バチルス属の細菌としては、例えば、枯草菌MI114（Gene, Vol. 24, 255 (1983)）及び207-21（Journal of Biochemistry, Vol. 95, 87 (1984)）が使用される。酵母としては、例えば、出芽酵母（Saccaromyces cerevisiae） AH22、AH22R-、NA87-11A、DKD-5D及び20B-12、分裂酵母（Schizosaccaromyces pombe）NCYC1913及びNCYC2036、並びにピキア・パストリス（Pichia pastoris）が使用される。昆虫細胞としては、例えば、ショウジョウバエS2及びスポドプテラSf9細胞が使用される。動物細胞としては、例えば、COS-7及びベロサル細胞、CHOチャイニーズハムスター細胞（以下、CHO細胞と略記される）、dhfr遺伝子欠損CHO細胞、マウスL細胞、マウスAtT-20細胞、マウス骨髄腫細胞、ラットGH3細胞、ヒトFL細胞、COS、HeLa、C127、3T3、HEK 293、BHK及びボーズメラノーマ細胞が使用される。
無細胞翻訳システムも、組換えポリペプチドを生産するために使用できる（例えば、ウサギ網状赤血球溶解液、小麦麦芽溶解液、SP6/T7インビトロT&T及びRTS 100大腸菌HY転写及び翻訳キット（Roche Diagnostics 社、英国、ルイス）、並びにTNTクイック共役転写/翻訳システム（Promega UK社、英国、サウサンプトン））。
発現ベクターは、当該分野で公知の方法に従って生産できる。例えば、ベクターは、（1）本発明のDNAを含んでいるDNA断片又は本発明のDNAを含んでいる遺伝子を切り取ること、及び（2）適切な発現ベクターにおいてプロモータの下流にDNA断片を連結すること、により生産できる。広範囲の発現系を使用でき、例えば、染色体、エピソーム及びウイルスから派生した系、例えば大腸菌（例えばpBR322、pBR325、pUC18及びpUC118）に由来するプラスミド、枯草菌（例えばpUB110、pTP5及びpC194）に由来するプラスミド、バクテリオファージ由来の系、トランスポゾン由来の系、酵母エピソーム由来の系（例えばpSH19及びpSH15）、挿入因子由来の系、酵母染色体要素由来の系、バキュロウイルス、パポバウイルス、例えばSV40、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病ウイルス及びレトロウイルスなどのウイルス由来の系、並びにこれらの組合せ、例えばプラスミド由来の系及びバクテリオファージ（λファージなど）遺伝因子、例えばコスミド及びファージミドなどであるが、これらに限定されない。発現系は、発現を生じさせるのみならず発現を制御する制御領域を含み得る。本発明において使用されるプロモータは、遺伝子発現のために使用される宿主に適している限り、任意のプロモータであってよい。例えば、宿主が大腸菌である場合、trpプロモータ、lacプロモータ、recAプロモータ、pLプロモータ、lppプロモータなどが好ましい。宿主が枯草菌である場合、SPO1プロモータ、SPO2プロモータ、penPプロモータなどが好ましい。宿主が酵母である場合、PHO5プロモータ、PGKプロモータ、GAPプロモータ、ADHプロモータなどが好ましい。動物細胞を宿主として使用する場合、この事例における使用のためのプロモータの例にはSRaプロモータ、SV40プロモータ、LTRプロモータ、CMVプロモータ及びHSV-TKプロモータを含む。通常、宿主においてポリペプチドを産生する核酸を維持し、増殖させ又は発現することができる、任意の系又はベクターを使用できる。
適切な核酸配列は、上掲のSambrookらの文献に記載されるものなどの任意の様々な周知かつルーチンの技術により、発現系に挿入できる。適切な分泌シグナルは、小胞体内腔、細胞膜周辺腔又は細胞外環境への翻訳タンパク質の分泌を可能にするために、PTA089ポリペプチドに組み込むことができる。これらのシグナルはPTA089ポリペプチドに内在性であってよく、又はシグナルは異種性シグナルでもよい。宿主細胞の形質転換は、当該分野で公知の方法に従って実施できる。例えば、以下の文書を参照することができる：Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 69, 2110 (1972)；Gene, Vol. 17, 107 (1982)；Molecular & General Genetics, Vol. 168, 111 (1979)；Methods in Enzymology, Vol. 194, 182-187 (1991)；Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., Vol. 75, 1929 (1978)；Cell Technology, 別冊8, 「新規細胞技術、実験プロトコル（New Cell Technology, Experimental Protocol）」263-267 (1995) (Shujunsha発行)；及びVirology, Vol. 52, 456 (1973)。このように、本発明のDNAを含む発現ベクター又は本発明のDNAを含む遺伝子で形質転換して得られた形質転換体は、当該分野で公知の方法に従って培養できる。例えば、宿主がエシェリキア属の細菌である場合、該細菌は通常、およそ15℃〜43℃でおよそ3〜24時間培養する。必要に応じて、通気又は振盪も追加できる。宿主がバチルス属の細菌である場合、該細菌は通常、およそ30℃〜40℃でおよそ6〜24時間培養する。必要に応じて、通気又は振盪も追加できる。宿主が酵母である形質転換体を培養する場合、培養は通常、pHがおよそ5〜8であるように調整した培地を使用して、およそ20℃〜35℃でおよそ24〜72時間実施する。必要に応じて、通気又は振盪も追加できる。宿主が動物細胞である形質転換体を培養する場合、該細胞は通常、pHがおよそ6〜8であるように調整した培地を使用して、およそ30℃〜40℃でおよそ15〜60時間培養する。必要に応じて、通気又は振盪も追加できる。
PTA089ポリペプチドが細胞ベースのスクリーニング分析アッセイ用に発現される場合、該ポリペプチドは細胞表面に産生されることが好ましい。この場合、該細胞は、スクリーニングアッセイの使用の前に回収できる。PTA089ポリペプチドが培地に分泌される場合、前記ポリペプチドを単離するために、該培地は回収され得る。細胞内で産生される場合、該細胞は、PTA089ポリペプチドが回収される前に、最初に溶解されなければならない。
PTA089ポリペプチドは、組換え細胞培養物から、又はその他の生物学的供給源から、硫酸アンモニウム若しくはエタノール沈殿、酸抽出、陰イオン若しくは陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、疎水性相互作用クロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、分子篩クロマトグラフィー、遠心分離法、電気泳動方法及びレクチンクロマトグラフィーを含む周知の方法により、回収及び精製できる。一実施態様において、これらの方法の組合せが使用される。別の実施態様において、高速液体クロマトグラフィーが使用される。更なる実施態様において、PTA089ポリペプチドに特異的に結合する抗体は、前記ポリペプチドのPTA089ポリペプチドを含む試料を減少させるか又は前記ポリペプチドを精製するために使用することができる。
培養生成物から本発明のポリペプチド又はタンパク質を分離し、かつ精製するために、例えば、培養後に、微生物本体又は細胞を公知方法により回収し、それらを適切な緩衝液に懸濁し、該微生物本体又は細胞を、例えば、超音波、リゾチームオリゴマー、及び/又は凍結融解で破壊し、次いで、その結果物を遠心単離又は濾過に供し、その後該タンパク質の粗抽出液を得ることができる。該緩衝液は、尿素若しくは塩酸グアニジンなどのタンパク質変性剤、又はTriton X-100（商標）などの界面活性剤も含み得る。タンパク質が培養液に分泌される場合、微生物本体又は細胞及び上清は、培養の完了後に公知の方法によって分離され、該上清は回収される。このようにして得られた培養上清又は抽出液に含まれるタンパク質は、公知の分離法と精製法との適切な組合せにより精製できる。こうして得られた本発明のポリペプチド（タンパク質）は、公知方法又はこれに準じる方法によって塩に変換できる。逆に、本発明のポリペプチド（タンパク質）が塩の形態で得られる場合、それは公知方法又はこれに準じる方法によって、遊離タンパク質又はペプチド又は他の塩に変換できる。更に、トリプシン又はキモトリプシンなどの適切なタンパク質修飾酵素は、精製の前又は後に、組換えによって産生されたタンパク質に、修飾が任意に追加されるか、又はポリペプチドが部分的に除去できるように作用する。本発明のポリペプチド（タンパク質）又はその塩の存在は、様々な結合アッセイ、特異的抗体を使用する酵素イムノアッセイなどで測定できる。
ポリペプチドが単離及び/又は精製の間に変性した場合、当該分野で周知の技術を使用して、PTA089ポリペプチドの天然の又は活性な立体構造を再生するためにリフォールディングすることができる。本発明の文脈において、PTA089ポリペプチドは、血液試料又は組織試料、例えば膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚組織試料などであるがこれらに限定されない、任意の供給源からの生体試料より得ることができる。
PTA089ポリペプチドは、「成熟タンパク質」の形態であり得るか、又は融合タンパク質などのより大きなタンパク質の一部であり得る。多くの場合、分泌若しくはリーダー配列、プレ-、プロ-又はプレプロ-タンパク質配列を含む追加的アミノ酸配列、又は親和性タグ、例えば複数のヒスチジン残基、FLAGタグ、HAタグ又はmycタグ（これらに限定されない）などの精製を助ける配列を含むことが有益である。
PTA089は、例えば、ヘモフィルス・インフルエンザBからのタンパク質Dとして知られる表在性タンパク質、NS1などのインフルエンザウイルスからの非構造タンパク質、B型肝炎からのS抗原、又はそのC末端などのLYTAとして公知のタンパク質などの異種融合パートナーと融合させることができる。
組換え生産の間に安定性を提供できる追加的配列を使用することもできる。この種の配列は、追加的配列又はその一部として切断可能配列を組み込むことにより、必要に応じて、任意に取り除くことができる。したがって、PTA089ポリペプチドは、他のポリペプチド又はタンパク質（例えば、グルタチオンS-トランスフェラーゼ及びプロテインA）を含む他の部分に融合できる。この種の融合タンパク質は、適切なプロテアーゼを使用して切断でき、次いで、各タンパク質に分離することができる。この種の追加的配列及び親和性タグは周知技術である。上記に加え、所望であれば、エンハンサ、スプライシングシグナル、polyA付加シグナル、選択マーカー及びSV40複製起点などの当該分野で公知の特徴を発現ベクターに追加することができる。
（PTA089に対する親和性試薬の生産）
公知技術によれば、3種類の主要な免疫親和性試薬、すなわちモノクローナル抗体、ファージ発現抗体、並びにアフィボディ、ドメイン抗体（dAb）、ナノボディ、ユニボディ、DARPin、アンチカリン、デュオカリン、アビマー又はバーサボディなどのより小さな抗体由来分子がある。一般に抗体の使用が記載される本発明の適用において、他の親和性試薬（例えば、アフィボディ、ドメイン抗体、ナノボディ、ユニボディ、DARPin、アンチカリン、デュオカリン、アビマー又はバーサボディ）を使用できる。この種の物質は、PTA089に免疫特異的に結合可能であると考えられる。適切である場合、用語「親和性試薬」は、免疫親和性試薬及びPTA089に特異的結合し得る他の物質を包含するものとし、限定されないが、リガンド、レクチン、ストレプトアビジン、抗体模倣体及び合成結合剤を含む。
（PTA089に対する抗体の生産）
本発明のPTA089によると、PTA089類似体、PTA089関連タンパク質、又は上述のいずれかの断片若しくは誘導体を免疫原として使用し、当該免疫原に免疫特異的に結合する抗体を生産することができる。このような免疫原は、先に記載した方法を含む任意の都合のよい手段によって単離できる。本明細書で使用する用語「抗体」とは、抗原又はエピトープを特異的に結合し得る、免疫グロブリン遺伝子又はその断片に由来し、それらに倣って産生され、又はそれらにより実質的にコードされる、ペプチド又はポリペプチドをいう。例えば、「基礎免疫学（Fundamental Immunology）」第3版, W.E. Paul編, Raven Press, N.Y. (1993)；Wilsonの文献 (1994) J. Immunol. Methods 175:267-273；Yarmushの文献 (1992) J. Biochem. Biophys. Methods 25:85-97を参照されたい。用語「抗体」には、抗原結合部分、すなわち、抗原を結合する能力を保持する「抗原結合部位」（例えば、断片、サブ配列、相補性決定領域（CDR））を含み、（i）Fabフラグメント、すなわちVL、VH、CL及びCH1ドメインからなる一価断片；（ii）F(ab')2断片、すなわちヒンジ領域でジスルフィド結合により連結された2つのFab断片を含む二価断片；（iii）VH及びCH1ドメインからなるFd断片；（iv）抗体の1本の腕のVL及びVHドメインからなるFv断片；（v）VHドメインからなるdAb断片（Wardらの文献, (1989) Nature, 341:544-546）；及び、（vi）単離された相補性決定領域（CDR）；を含む。単鎖抗体も、用語「抗体」の言及に含まれる。本発明の抗体には、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体若しくはキメラ抗体、単鎖抗体、Fab断片及びF(ab')2断片、Fab発現ライブラリによって産生される断片、抗イディオタイプ（抗Id）抗体、並びに上記いずれかのエピトープ結合断片を含むが、これらに限定されない。本発明の免疫グロブリン分子は、免疫グロブリン分子の任意のクラス（例えばIgG、IgE、IgM、IgD及びIgA）又はサブクラスであり得る。
用語「特異的に結合」（又は「免疫特異的に結合」）は、抗体がその意図する標的のみに結合することを示すことを意図するものではない。むしろ、抗体は、その意図する標的に対する親和性が、非標的分子に対するその親和性と比較した場合に、約5倍を上回る場合に、「特異的に結合する」。好適には、望ましくない物質、特に健常な人又は動物の天然存在型タンパク質又は組織との有意な交差反応又は交差結合がない。例えば、該抗体の親和性は、非標的分子に対するその親和性よりも少なくとも約5倍、例えば10倍、例えば25倍、特に50倍、及び特に100倍以上、標的分子に対して大きな親和性である。いくつかの実施態様において、抗体又は他の結合剤と抗原との間の特異的結合は、少なくとも106M-1の結合親和性を意味する。抗体は、例えば、少なくとも約107M-1、例えば約108M-1〜約109M-1、約109M-1〜約1010M-1、又は約1010M-1〜約1011M-1の親和性で結合し得る。
親和性はKd＝koff/konとして算出される（koffは解離速度定数であり、konは会合速度定数であり、Kdは平衡定数である）。親和性は、様々な濃度（c）で標識化リガンドの画分結合（r）を測定することによって、平衡で決定できる。データは、下記のスキャッチャード式を使用してグラフ化される：r/c＝K(n-r)：
式中
r＝平衡時の結合したリガンドのモル数/受容体のモル数；
c＝平衡時の遊離リガンド濃度；
K＝平衡会合定数；及び、
n＝受容体分子1個あたりのリガンド結合部位の数。
図式解法により、r/cをY軸にプロットし、対してrをX軸にプロットし、こうしてスキャッチャードプロットを作製する。親和性は、その線の負の傾斜である。Koffは、結合した標識化リガンドを、非標識の過剰なリガンドと競合させることにより測定できる（例えば、米国特許第6,316,409号を参照されたい)。その標的分子に対する標的剤の親和性は、例えば、少なくとも約1×10-6モル/リットル、例えば少なくとも約1×10-7モル/リットル、例えば少なくとも約1×10-8モル/リットル、特に少なくとも約1×10-9モル/リットル、及び特に少なくとも約1×10-10モル/リットルである。スキャッチャード分析による抗体親和性測定は、当該分野において周知である。例えば、van Erpらの文献, J. Immunoassay 12: 425-43, 1991；Nelson及びGriswoldの文献, Comput. Methods Programs Biomed. 27: 65-8, 1988を参照されたい。
一実施態様において、PTA089をコードする遺伝子の遺伝子産物を認識する抗体は、公然利用可能である。別の実施態様において、当業者に公知の方法を使用して、PTA089、PTA089類似体、PTA089関連ポリペプチド、又は前述のいずれかの断片若しくは誘導体を認識する抗体を生産する。当業者は、例えば、抗体、研究室マニュアル（Antibodies, A Laboratory Manual）, Harlow及びDavid Lane編, Cold Spring Harbor Laboratory (1988), Cold Spring Harbor, N.Yに記載されるような多くの手段が抗体生産に利用可能であることを認識するであろう。当業者はまた、抗体を模倣する結合断片又はFab断片も、様々な手段により遺伝情報から調製することもできることを認めるであろう（抗体工学：実践的アプローチ（Antibody Engineering: A Practical Approach）(Borrebaeck, C.編), 1995, Oxford University Press, Oxford；J. Immunol. 149, 3914-3920 (1992)）。
本発明の一実施態様において、PTA089の特定のドメインに対する抗体が生産される。特定の実施態様において、PTA089の親水性断片が、抗体生産のための免疫原として使用される。
抗体生産において、所望の抗体のスクリーニングは、当該分野において公知の技術、例えばELISA（酵素結合免疫吸着アッセイ）によって達成できる。例えば、PTA089の特定のドメインを認識する抗体を選択するために、そのようなドメインを含むPTA089断片に結合する生成物について生産されたハイブリドーマをアッセイできる。第1のPTA089相同体を特異的に結合するが、第2のPTA089相同体には特異的に結合しない（又はこれに結合性が低い）抗体の選択について、第1のPTA089相同体への陽結合、及び第2のPTA089相同体への結合の欠如（又は結合の減少）に基づき選択できる。同様に、PTA089を特異的に結合するが、同タンパク質の異なるアイソフォーム（PTA089と同じコアペプチドを有する異なるグリコフォームなど）に特異的に結合しない（又は結合性が低い）抗体の選択について、PTA089への陽結合、及び異なるアイソフォーム（例えば異なるグリコフォーム）への結合の欠如（又は結合の減少）に基づき選択できる。したがって、本発明は、PTA089の異なるアイソフォーム（例えばグリコフォーム）に対してよりも、PTA089に対してより大きな親和性（例えば少なくとも2倍、例えば少なくとも5倍、特に少なくとも10倍大きな親和性）で結合する抗体（モノクローナル抗体など）を提供する。
本発明の方法で使用できるポリクローナル抗体は、免疫動物の血清から誘導される抗体分子の異種集団である。非分画免疫血清を使用することもできる。当該分野で周知の様々な手順は、PTA089、PTA089の断片、PTA089関連ポリペプチド、又はPTA089関連ポリペプチドの断片に対するポリクローナル抗体の生産に使用可能である。例えば、1つの方法は、関心対象ポリペプチドを精製すること、又は例えば、周知技術の固相ペプチド合成法を使用して、関心対象ポリペプチドを合成することである。例えば、タンパク質精製の手引き（Guide to Protein Purification）, Murray P. Deutcher編, Meth. Enzymol. Vol 182 (1990)；固相ペプチド合成（Solid Phase Peptide Synthesis）, Greg B. Fields編, Meth. Enzymol. Vol 289 (1997)；Kiso らの文献, Chem. Pharm. Bull. (Tokyo) 38:1192-99, 1990；Mostafaviらの文献, Biomed.Pept.Proteins Nucleic Acids 1:255-60, 1995；Fujiwaraらの文献, Chem.Pharm.Bull. (Tokyo)44:1326-31, 1996を参照されたい。選択されたポリペプチドは、次いで、ウサギ、マウス、ラットなどを含むがこれらに限定されない様々な宿主動物に注入免疫し、ポリクローナル抗体又はモノクローナル抗体を産生するために使用することができる。実施例1に記載の好ましい技術は、そのような免疫化に適した単離PTA089を提供する。PTA089がゲル電気泳動により精製される場合、PTA089はポリアクリルアミドゲルからの抽出を伴い又は伴わずに、免疫のために使用できる。完全又は不完全フロイントアジュバント、水酸化アルミニウムなどのミネラルゲル、リゾレシチンなどの表面活性物質、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、油乳剤、キーホールリンペットヘモシアニン、ジニトロフェノール、及びBCG（カルメット‐ゲラン桿菌）又はコリネバクテリウム・パルバムなどのアジュバントを含むがこれらに限定されない様々なアジュバント（すなわち免疫賦活剤）を、宿主種に応じて、免疫学的反応を強化するために使用することができる。更なるアジュバントも、当該分野で周知である。
PTA089、PTA089の断片、PTA089関連ポリペプチド、又はPTA089関連ポリペプチドの断片に指示されたモノクローナル抗体（mAb）の生産のために、培養で持続細胞株による抗体分子の生産を提供する任意の技術を使用できる。例えば、ハイブリドーマ技術は、Kohler及びMilstein（1975, Nature 256:495-497）により初めて開発され、同様にトリオーマ技術、ヒトB細胞ハイブリドーマ技術（Kozborらの文献, 1983、Immunology Today 4:72）及びEBV-ハイブリドーマ技術（Coleらの文献, 1985, モノクローナル抗体及び癌治療（Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy）, Alan R. Liss社, 77-96頁）がヒトモノクローナル抗体を生産するために開発された。このような抗体は、IgG、IgM、IgE、IgA、IgD及びそのいずれかのサブクラスを含む、任意の免疫グロブリンのクラスのものであり得る。本発明のmAbを産生するハイブリドーマは、インビトロ又はインビボで培養してもよい。本発明の更なる実施態様において、モノクローナル抗体は、公知技術を利用して無菌動物において産生できる（PCT/US90/02545（引用により本明細書に組み込まれる））。
モノクローナル抗体には、ヒトモノクローナル抗体及びキメラモノクローナル抗体（例えば、ヒト-マウスキメラ）を含むが、これらに限定されない。キメラ抗体は、異なる部分が異なる動物種由来である分子、例えばヒト免疫グロブリン定常領域及びマウスmAb由来の可変領域を有する分子である。例えば、Cabillyらの米国特許第4,816,567号；及びBossらの米国特許第4,816397号を参照されたい（これらは引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）。ヒト化抗体は、非ヒト種由来の1以上の相補性決定領域（CDR）、及びヒト免疫グロブリン分子由来のフレームワーク領域を有する、非ヒト種由来の抗体分子である。例えば、Queenの米国特許第5,585,089号を参照されたい（これは、その全体が引用により本明細書に組み込まれる）。
キメラ及びヒト化モノクローナル抗体は、例えば、下記文献に記載される方法を使用する当該分野で公知の組換えDNA技術によって生産することができる：国際公開番号WO87/02671；欧州特許出願第184,187号；欧州特許出願第171,496号；欧州特許出願第173,494号；国際公開番号WO86/01533；米国特許第4,816,567号；欧州特許出願第125,023号；Betterらの文献, 1988, Science 240:1041-1043；Liuらの文献, 1987, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:3439-3443；Liuらの文献, 1987, J. Immunol.139:3521-3526；Sunらの文献, 1987, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 84:214-218；Nishimuraらの文献, 1987, Canc.Res. 47:999-1005；Woodらの文献, 1985, Nature 314:446-449；及びShawらの文献, 1988, J.Natl. Cancer Inst. 80:1553-1559；Morrisonの文献, 1985, Science 229:1202-1207；Oiらの文献, 1986, Bio/Techniques 4:214；米国特許第5,225,539号；Jonesらの文献, 1986, Nature 321:552-525；Verhoeyanらの文献、(1988) Science 239：1534；及びBeidlerらの文献, 1988, J. Immunol.141:4053-4060。
完全ヒト抗体は、ヒト対象の治療的な処置のために特に望ましい。この種の抗体は、内在性免疫グロブリン重鎖及び軽鎖遺伝子を発現できないが、ヒト重鎖及び軽鎖遺伝子を発現できるトランスジェニックマウスを使用して、生産することができる。トランスジェニックマウスは、選択された抗原、例えばPTA089の全体又は一部を用いて通常の様式で免疫される。抗原に指示されたモノクローナル抗体は、従来のハイブリドーマ技術を使用して得ることができる。トランスジェニックマウスにより収容されているヒト免疫グロブリン導入遺伝子は、B細胞分化の間に再編成し、その後クラススイッチング及び体細胞突然変異を受ける。したがって、このような技術を使用して、治療的に有用なIgG、IgA、IgM及びIgE抗体を生産できる。ヒト抗体を生産するこの技術の概要については、Lonberg及びHuszarの文献 (1995, Int. Rev. Immunol. 13:65-93)を参照されたい。ヒト抗体及びヒトモノクローナル抗体を生産するためのこの技術、並びにこのような抗体を生産するためのプロトコルの詳細な考察については、以下を参照されたい：例えば、米国特許第5,625,126号；米国特許第5,633,425号；米国特許第5,569,825号；米国特許第5,661,016号；及び米国特許第5,545,806号。加えて、Abgenix社（Freemont，CA）及びGenpharm社（San Jose, CA）などの会社は、先に記載したものと類似の技術を使用して、選択された抗原に指示されたヒト抗体の提供に従事している。
選択されたエピトープを認識する完全ヒト抗体は、「ガイドセレクション」と呼ばれる技術を使用して生産できる。この方法において、選択された非ヒトモノクローナル抗体（例えばマウス抗体）は、同エピトープを認識する完全ヒト抗体の選択を導くために使用される（Jespersらの文献 (1994) Bio/technology 12:899-903）。
本発明の抗体は、選択された標的への結合について、ポリペプチドのライブラリを生産して選別するファージディスプレイ技術の使用により生産することもできる。例えば、Cwirlaらの文献, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 6378-82, 1990；Devlinらの文献, Science 249, 404-6, 1990；Scott及びSmithの文献, Science 249, 386-88, 1990；及びLadnerらの文献, 米国特許第5,571,698号を参照されたい。ファージディスプレイ法の基本的概念は、スクリーニングされるポリペプチドをコードしているDNAとそのポリペプチドとの間の物理的関連付けの確立である。この物理的関連付けは、該ポリペプチドをコードしているファージゲノムを封入しているキャプシドの一部としてポリペプチドを提示する、ファージ粒子により提供される。ポリペプチドとその遺伝物質との間の物理的関連付けの確立は、異なるポリペプチドを有する非常に多数のファージの同時大量スクリーニングを可能にする。標的への親和性を有するポリペプチドを提示するファージは該標的に結合し、これらのファージは、該標的への親和性スクリーニングにより濃縮される。これらのファージにより提示されるポリペプチドの同一性は、それらの各ゲノムにより決定できる。これらの方法を使用して所望の標的に結合親和性を有すると同定されたポリペプチドは、次いで、従来の手段により大量に合成できる。例えば、米国特許番号第6,057,098号を参照されたい（全ての表、図面及び特許請求の範囲を含むその全てが引用により本明細書に組み込まれる）。特に、この種のファージは、レパートリ又は組合せの抗体ライブラリ（例えばヒト又はマウス）から発現される抗原結合ドメインを提示するために利用できる。関心対象の抗原を結合する抗原結合ドメインを発現しているファージは、抗原、例えば、標識化抗原、又は固体表面若しくはビーズに結合若しくは捕獲された抗原を使用して、選択又は同定できる。これらの方法で使用するファージは、典型的には、ファージ遺伝子III又は遺伝子VIIIタンパク質のいずれかに組換え的に融合されたFab、Fv又はジスルフィド安定化Fv抗体ドメインを伴ってファージから発現されたfd 及びM13結合ドメインを含む、線維状ファージである。本発明の抗体を作るために使用することができるファージディスプレイ法は、以下に開示されるものを含む：Brinkmanらの文献, J. Immunol.Methods 182:41-50 (1995)；Amesらの文献, J. Immunol.Methods 184:177-186 (1995)；Kettleboroughらの文献, Eur.J. Immunol. 24:952-958 (1994)；Persicらの文献, Gene 187 9-18 (1997)；Burtonらの文献, Advances in Immunology 57:191-280 (1994)；国際出願番号PCT/GB91/01134；国際公開番号WO90/02809；WO91/10737；WO92/01047；WO92/18619；WO93/11236；WO95/15982；WO95/20401；及び米国特許第5,698,426号；第5,223,409号；第5,403,484号；第5,580,717号；第5,427,908号；第5,750,753号；第5,821,047号；第5,571,698号；第5,427,908号；第5,516,637号；第5,780,225号；第5,658,727号；第5,733,743号及び第5,969,108号（それぞれ、その全体が引用により本明細書に組み込まれる）。
上記文献に記載されているように、ファージ選択の後、該ファージ由来の抗体コード領域は、ヒト抗体を含む抗体全体、又は任意のその他の所望の抗原結合断片を生産するために単離して使用することができ、例えば下記で詳細に記載するように、哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞、酵母及び細菌を含む任意の所望の宿主において発現させることができる。例えば、Fab、Fab'及びF(ab')2断片を組換え的に生産する技術は、以下に開示されるものなどの、当該分野で公知の方法を使用して利用することもできる：国際公開番号WO92/22324；Mullinaxらの文献, BioTechniques 12(6):864-869 (1992)；及びSawaiらの文献, AJRI 34:26-34 (1995)；及びBetterらの文献, Science 240:1041-1043 (1988)（前記文献は引用によりその全てが組み込まれる）。
単鎖Fvs及び抗体を生産するために使用することができる技術の例には、米国特許4,946,778及び5,258,498；Hustonらの文献, Methods in Enzymology 203:46-88 (1991)；Shuらの文献, PNAS 90:7995-7999 (1993)；及びSkerraらの文献, Science 240:1038-1040 (1988)に記載されているものを含む。
本発明は、当該分野において公知の方法により作製できる二重特異性抗体の使用を更に提供する。完全長二重特異性抗体の従来的生産は、2つの免疫グロブリン重鎖-軽鎖対の同時発現であって、該2つの鎖が異なる特異性を有する前記同時発現に基づいている（Milsteinらの文献, 1983, Nature, 305：537-539）。免疫グロブリン重鎖及び軽鎖のランダムな分類のため、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、10の異なる抗体分子の潜在的混合物を生じ、そのうちの1つのみが的確な二重特異性構造を有する。通常、親和性クロマトグラフィー工程によってなされる的確な分子の精製は、やや扱いにくく、その産物収率は低い。同様の手法は、1993年5月13日に公開されたWO93/08829、及びTrauneckerらの文献、1991、EMBO J. 10：3655-3659に開示されている。
異なるアプローチ及びより好ましいアプローチに従って、所望の結合特異性をもつ抗体可変ドメイン（抗体-抗原結合部位）を免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合させる。該融合は、好ましくは、ヒンジ、CH2及びCH3領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインを伴う。該融合のうちの少なくとも1つに存在する軽鎖結合に必要な部位を含む、第1の重鎖定常部（CH1）を有することが好ましい。免疫グロブリン重鎖融合物、及び所望の場合、免疫グロブリン軽鎖をコードするDNAを別々の発現ベクターに挿入し、適切な宿主生物に同時トランスフェクトする。これは、該構築に使用した不均等な比率の3つのポリペプチド鎖が最適収量を提供する実施態様において、3つのポリペプチド断片の相互の比率を調節する際に優れた柔軟性を提供する。しかし、同等の比率の少なくとも2つのポリペプチド鎖の発現により高収率を生じる場合、又は該比率が具体的意義を有しない場合、2つ又は3つ全てのポリペプチド鎖のコード配列を1つの発現ベクターに挿入することができる。
このアプローチの特定の実施態様において、二重特異性抗体は、一方の腕における第1の結合特異性を有するハイブリッド免疫グロブリン重鎖、及び他方の腕における（第2の結合特性を提供する）ハイブリッド免疫グロブリン重鎖-軽鎖対から構成される。二重特異性分子の半分のみに免疫グロブリン軽鎖が存在することが、容易な単離方法を提供するので、この非対称構造は、望まれない免疫グロブリン鎖状結合からの所望の二重特異性化合物の単離を促進することがわかった。このアプローチは、1994年3月3日に公開されたWO94/04690に開示されている。二重特異性抗体の生産に関する更なる詳細については、例えば、Sureshらの文献、Methods in Enzymology, 1986 121：210を参照されたい。
本発明は、抗PTA089免疫グロブリン分子の機能的に活性な断片、誘導体又は類似体を提供する。機能的に活性とは、断片、誘導体又は類似体が、該断片、誘導体又は類似体が誘導される抗体により認識されるのと同じ抗原を認識する抗-抗-イディオタイプ抗体（すなわち、三次抗体）を誘発できることを意味する。具体的には、特定の実施態様において、免疫グロブリン分子のイディオタイプの抗原性は、フレームワーク及び特異的に該抗原を認識するCDR配列に対するC末端であるCDR配列の削除により強化できる。どのCDR配列が該抗原を結合するかについて決定するために、該CDR配列を含む合成ペプチドを、公知技術の任意の結合実験方法による該抗原を用いる結合アッセイに使用できる。
本発明は、F(ab')2断片及びFab断片などであるがこれらに限定されない抗体断片を提供する。特異的なエピトープを認識する抗体断片は、公知の技術によって生産できる。F(ab')2断片は、可変領域、軽鎖定常領域及び重鎖のCH1ドメインから構成され、該抗体分子のペプシン消化によって生産される。Fab断片は、F(ab')2断片のジスルフィド架橋を還元することにより生産される。また本発明は、本発明の抗体の重鎖と軽鎖との二量体、又はFvs若しくは単鎖抗体（SCA）などの任意のその最小断片（例えば、米国特許第4,946,778号；Birdの文献, 1988, Science 242:423-42；Hustonらの文献, 1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883；及びWardらの文献, 1989, Nature 334:544-54に記載されるようなもの）又は本発明の抗体と同じ特異性をもつ任意の他の分子も提供する。単鎖抗体は、アミノ酸架橋を介してFv領域の重鎖及び軽鎖断片を連結することにより形成され、一本鎖ポリペプチドを生じる。大腸菌（E. coli）における機能的なFv断片の集成のための技術を使用してもよい（Skerra らの文献, 1988, Science, 242：1038-1041）。
その他の実施態様において、本発明は、本発明の免疫グロブリンの融合タンパク質（又はその機能的に活性な断片）、例えば、該免疫グロブリンがN末端又はC末端にて共有結合（例えば、ペプチド結合）を介してその免疫グロブリンでない別のタンパク質のアミノ酸配列（又はその一部、好ましくは該タンパク質の少なくとも10、20又は50アミノ酸部分）に融合されている融合タンパク質を提供する。好ましくは、免疫グロブリン又はその断片は、定常ドメインのN末端にて他のタンパク質に共有結合で連結されている。上記のように、このような融合タンパク質は、精製を容易にし、インビボでの半減期を増大し、及び免疫系に対する上皮関門を越えた抗原の送達を増強し得る。
本発明の免疫グロブリンは、類似体及び誘導体、すなわちこの種の共有結合が免疫特異的結合を損なわない限りの任意の型の分子の共有結合によって修飾されたものを含む。例えば、限定目的ではないが、免疫グロブリンの誘導体及び類似体には、例えばグリコシル化、アセチル化、ペグ化、ホスフィレーション（phosphylation）、アミド化、公知の保護/保護基による誘導体化、タンパク質開裂、細胞リガンドに対する結合又は他のタンパク質、その他により更に修飾されたものを含む。特定の化学開裂、アセチル化、ホルミル化などを含むがこれらに限定されない、数多くの化学修飾のいずれかを、公知技術により実施できる。加えて、類似体又は誘導体は、1以上の非古典的アミノ酸を含むことができる。
前述の抗体は、PTA089の局在及び活性に関する当該分野で公知の方法、例えば、このタンパク質のイメージング、適切な生理的試料におけるそのレベルの測定、診断法などにおいて使用できる。
（PTA089に対するアフィボディの生産）
アフィボディ分子は、ブドウ球菌プロテインAのIgG-結合ドメインの1つに由来する、58アミノ酸残基のタンパク質ドメインに基づく親和性タンパク質の新規なクラスを表す。この三重螺旋束ドメインは、コンビナトリアルファージミドライブラリの構築に対する足場として使用され、これからファージディスプレイ技術を使用して、所望の分子を標的化するアフィボディバリアントを選択することができる（Nord K, Gunneriusson E, Ringdahl J, Stahl S, Uhlen M, Nygren PAの文献, 「αヘリカル細菌受容体ドメインのコンビナトリアルライブラリから選択された結合タンパク質（Binding proteins selected from combinatorial libraries of an α-helical bacterial receptor domain）」, Nat Biotechnol 1997; 15:772-7. Ronmark J, Gronlund H, Uhlen M, Nygren PAの文献, 「プロテインAのコンビナトリアル工学からのヒト免疫グロブリンA（IgA）特異的リガンド（Human immunoglobulin A (IgA)-specific ligands from combinatorial engineering of protein A）」, Eur J Biochem 2002;269:2647-55）。その低分子量（6kDa）と組み合わせたアフィボディ分子の単純で堅固な構造は、該分子を広範囲の用途、例えば検出試薬として（Ronmark J, Hansson M, Nguyen T,らの文献 「大腸菌において産生されるアフィボディ-Fcキメラの構築及び特徴づけ（Construction and characterization of Affibody-Fc chimeras produced in Escherichia coli）」, J Immunol Methods 2002;261:199-211）、及び受容体相互作用を阻害すること（Sandstorm K, Xu Z, Forsberg G, Nygren PAの文献, 「コンビナトリアルタンパク質工学により開発されたCD28結合アフィボディリガンドによるCD28-CD80共刺激シグナルの阻害（Inhibition of the CD28-CD80 co-stimulation signal by a CD28-binding Affibody ligand developed by combinatorial protein engineering）」, Protein Eng 2003;16:691-7）に適切なものとさせる。アフィボディ及びその生産方法の更なる詳細は、米国特許第5831012号（引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）を参照することにより得ることができる。
また標識化アフィボディは、アイソフォームの存在量を決定するためのイメージング用途に有用であり得る。
（PTA089に対するドメイン抗体の生産）
本明細書における抗体への言及は、ドメイン抗体への言及を包含する。ドメイン抗体（dAb）は、抗体の最も小さな機能的結合単位であり、ヒト抗体の重（VH）鎖又は軽（VL）鎖のいずれかの可変領域に対応する。ドメイン抗体は、およそ13kDaの分子量を有する。ドマンティス（Domantis）は、完全ヒトVH及びVL dAbの一連の大きくかつ高度に機能的なライブラリを開発し（各ライブラリにおいて100億超の異なる配列）、これらのライブラリを使用して治療標的に特異的であるdAbを選択する。多くの従来抗体とは対照的に、ドメイン抗体は、細菌、酵母及び哺乳動物細胞系において良好に発現する。ドメイン抗体及びその生産方法の更なる詳細は、以下を参照することによって得ることができる：米国特許第6,291,158号；第6,582,915号；第6,593,081号；第6,172,197号；第6,696,245号；米国出願番号2004/0110941；欧州特許出願第1433846号、並びに欧州特許第0368684号及び第0616640号；WO05/035572、WO04/101790、WO04/081026、WO04/058821、WO04/003019及びWO03/002609（これらのそれぞれは、その全体が本明細書に引用により組み込まれる）。
（PTA089に対するナノボディの生産）
ナノボディは、抗体由来の治療的タンパク質であり、天然に存在する重鎖抗体の固有の構造及び機能特性を含む。これらの重鎖抗体は、1つの可変ドメイン（VHH）及び2つの定常ドメイン（CH2及びCH3）を含む。重要なことに、クローン化されかつ単離されたVHHドメインは、元の重鎖抗体の全抗原結合能を保持する完全に安定なポリペプチドである。ナノボディは、ヒト抗体のVH領域と高い相同性を有し、活性の損失を全く伴わずに更にヒト化できる。重要なことに、ナノボディは低免疫原性能を有し、これは霊長類研究において、ナノボディリード化合物を用いて確認された。
ナノボディは、従来型抗体の利点を、小分子薬剤の重要な特徴と組み合わせる。従来の抗体の様に、ナノボディは、高い標的特異性、それらの標的に対する高親和性、及び低い固有毒性を示す。しかしながら、小分子薬剤の様に、それらは、酵素を阻害でき、受容体間隙に容易に到達できる。更に、ナノボディは極めて安定であり、注入以外の手段により投与でき（例えば、WO04/041867（引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）を参照）、生産が容易である。ナノボディの他の利点には、それらの小型の結果として一般的でないか又は隠れたエピトープを認識すること、それら特有の三次元構造に起因する高親和性及び選択性によりタンパク質標的の腔若しくは活性部位に結合すること、薬剤様式柔軟性、半減期の合目的化、並びに薬剤発見の容易性及び迅速性を含む。
ナノボディは、1つの遺伝子によってコードされ、ほとんど全ての原核及び真核生物宿主、例えば大腸菌（例えば、US6,765,087（引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）を参照）、カビ（例えば、アスペルギルス又はトリコデルマ）、及び酵母（例えば、サッカロマイセス、クルイベロマイセス（Kluyveromyces）、ハンセヌラ（Hansenula）又はピキア）（例えば、US6,838,254（引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）を参照）において効率的に生産されている。生産過程は計測可能であり、数キログラム量のナノボディを生産した。ナノボディは、従来の抗体と比較して優れた安定性を発揮するので、それらは長期貯蔵寿命、使用準備済溶液として製剤できる。
ナノクローン法（例えば、WO06/079372（引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）を参照）は、B細胞の自動化ハイスループット選択に基づき、所望の標的に対してナノボディを生成する特許方法である。
（PTA089に対するユニボディの生産）
ユニボディは、別の抗体断片技術である。しかしながら、これは、IgG4抗体のヒンジ領域の除去に基づくものである。ヒンジ領域の削除は、従来のIgG4抗体の基本的に半分のサイズであり、かつIgG4抗体の二価結合領域よりもむしろ一価結合領域を有する分子を生じる。IgG4抗体が不活性で、それゆえ免疫系と相互作用しないことも周知であり、これは免疫応答が望ましくない場合における疾患の治療に有利であり得、この効果はユニボディに受け継がれている。例えば、ユニボディは、それらが結合した細胞を阻害又は抑制するように機能することができるが、殺さない。加えて、癌細胞に結合しているユニボディは、該癌細胞が増殖することを刺激しない。更に、ユニボディは従来型IgG4抗体の約半分のサイズであるので、それらは可能性として有利な効率で、より大きな固形腫瘍中に、より良好な分布を示すことができる。ユニボディは、全IgG4抗体と同等の速度で身体から排出され、それらの抗原に対し全抗体と同等の親和性で結合できる。ユニボディの詳細は、特許WO2007/059782（引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）を参照することにより得ることができる。
（PTA089に対するDARPinの生産）
DARPin（設計されたアンキリンリピートタンパク質（Designed Ankyrin Repeat Proteins））は、抗体模倣体DRP（設計されたリピートタンパク質（Designed Repeat Protein））技術の1つの例であり、非抗体ポリペプチドの結合能力を利用するために開発された。アンキリン又はロイシンリッチリピートタンパク質などのリピートタンパク質は遍在的な結合分子であり、抗体と異なった様式で、細胞内及び細胞外で生じる。それらの固有のモジュラー構造は、構造単位を反復すること（繰り返し）を特徴とし、それらは共に積み重なり、可変的及びモジュラー標的結合表面を提示する長いリピートドメインを形成する。このモジュラリティに基づき、高度に多様化された結合特異性を有するポリペプチドのコンビナトリアルライブラリを作製できる。この戦略には、可変表面残基を提示する自家和合性リピートのコンセンサス設計及びリピートドメインへのそれらのランダムなアセンブリを含む。
DARPinは、細菌発現系において非常に高収率で生産でき、それらは公知の最も安定したタンパク質に属する。ヒト受容体、サイトカイン、キナーゼ、ヒトプロテアーゼ、ウイルス及び膜タンパク質を含む広範囲の標的タンパク質に対し高度に特異的で高親和性なDARPinが選択された。一桁代のナノモル〜ピコモル範囲に親和性を有するDARPinを得ることができる。
DARPinは、ELISA、サンドイッチELISA、フローサイトメトリー分析（FACS）、免疫組織化学（IHC）、チップ用途、親和性精製又はウェスタンブロット法を含む、広範囲の用途に使用される。DARPinは、例えば、緑色蛍光タンパク質（GFP）に融合した細胞内マーカータンパク質として、細胞内区画内で高い活性を有することも判明した。DARPinは更に、pM範囲のIC50でウイルス侵入を阻害するために使用された。DARPinは、タンパク質-タンパク質相互作用を遮断するために理想的であるのみならず、酵素も阻害する。プロテアーゼ、キナーゼ及び輸送体は、ほぼアロステリック阻害様式で、阻害に成功している。腫瘍上での非常に速くかつ特異的な濃縮、及び非常に有利な腫瘍対血液比は、DARPinをインビボ診断又は治療的アプローチに適したものにさせる。
DARPin及び他のDRP技術に関する追加的情報は、米国特許出願公開番号第2004/0132028号及び国際特許出願公開番号WO02/20565に見出すことができる（この両方は引用によりそれらの全てが本明細書に組み込まれる）。
（PTA089に対するアンチカリンの生産）
アンチカリンは更なる抗体模倣技術であるが、この場合における結合特異性は、ヒト組織及び体液において自然にかつ豊富に発現される低分子量ファミリーのタンパク質である、リポカリンに由来する。リポカリンは、化学的感応性の又は不溶性の化合物の生理学的輸送及び貯蔵に関連して、インビボで様々な機能を実施するために進化してきた。リポカリンは、該タンパク質の一方の末端で4つのループを支持する、高度に保存されたβバレルを含む、堅固な固有の構造を有する。これらのループは、結合ポケットへの入口、及び個々のリポカリンの間の結合特異性におけるバリエーションの主因である該分子のこの部分における高次構造的な差異を形成する。
保存されたβ-シートフレームワークにより支持される超可変ループの全体構造は免疫グロブリンを連想させるが、リポカリンは、サイズに関して抗体とはかなり異なり、これは1つの免疫グロブリンドメインよりわずかに大きい160〜180アミノ酸の1つのポリペプチド鎖からなる。
リポカリンはクローン化され、それらのループはアンチカリンを作成するために操作に供される。構造的に多様なアンチカリンのライブラリが作製されており、アンチカリンディスプレイは結合機能の選択及びスクリーニングを可能にし、それに続けて原核系又は真核生物系の更なる分析のための可溶タンパク質の発現及び生産がなされる。研究により、実質的に任意のヒト標的タンパク質に特異的であるようにアンチカリンを開発できることの実証に成功しており、それらは単離でき、ナノモル以上の範囲の結合親和性を得ることができる。
アンチカリンは、二重標的化タンパク質、いわゆるデュオカリンとして構成することもできる。デュオカリンは、標準製造プロセスを使用して、1つの容易に生成された単量体タンパク質における2つの別々の治療標的を結合するとともに、その2つの結合ドメインの構造方向にかかわらず標的特異性及び親和性を保持する。
1つの分子を介する複数の標的の調節は、1つより多くの原因因子を含むことが公知の疾患において、特に有利である。更に、デュオカリンなどの二価又は多価の結合様式は、疾患において細胞表面分子を標的化すること、シグナル伝達経路においてアゴニスト的効果を媒介すること、又は細胞表面受容体の結合及びクラスタリングを介する強化された内部移行効果を誘導することにおいて、顕著な潜在性を有する。更に、デュオカリンの高度に固有な安定性は単量体アンチカリンに匹敵し、柔軟な製剤及びデュオカリンの送達能を提供する。
アンチカリンに関する追加的情報は、米国特許第7,250,297号及び国際特許出願公開番号WO99/16873において見出すことができる（その両方は、引用によりそれらの全てが本明細書に組み込まれる）。
（PTA089に対するアビマーの生産）
アビマーは、インビトロエキソンシャフリング及びファージディスプレイにより、ヒト細胞外受容体の大きなファミリーから進化し、これは結合特性及び阻害特性を有するマルチドメインタンパク質を生じる。複数の独立する結合ドメインを連結することは、結合能力を生み出すことが示されており、従来の単一エピトープ結合タンパク質と比較して親和性及び特異性の向上をもたらす。他の可能性のある利点には、大腸菌における複数標的特異的分子の単純かつ効果的な生産、改良耐熱性及びプロテアーゼに対する抵抗性を含む。サブナノモラーの親和性を有するアビマーは、様々な標的に対して得られている。
アビマーに関する追加的情報は、米国特許出願公開番号第2006/0286603号、第2006/0234299号、第2006/0223114号、第2006/0177831号、第2006/0008844号、第2005/0221384号、第2005/0164301号、第2005/0089932号、第2005/0053973号、第2005/0048512号、第2004/0175756号において見出すことができる（これらの全ては、引用によりその全てが本明細書に組み込まれる）。
（PTA089に対するバーサボディの生産）
バーサボディは、15%超のシステインを有する3〜5kDaの小さなタンパク質であり、これは高いジスルフィド密度足場を形成し、典型的なタンパク質が有する疎水性核を置換する。疎水性核を含み、少数のジスルフィドを有する多数の疎水性アミノ酸の置換は、より小さく、より親水性で（より少ない凝集及び非特異的結合）、プロテアーゼ及び熱に対しより抵抗性であり、かつより低密度のT細胞エピトープを有するタンパク質を生じる。なぜなら、MHC提示に大部分寄与する残基は疎水性であるからである。これら4つの特性の全ては免疫原性に影響を及ぼすことが周知であり、併せることで、それらは免疫原性に大きな減少を引き起こすと予測される。
バーサボディについてのインスピレーションは、ヒル、ヘビ、クモ、サソリ、カタツムリ及びアネモネによって産生される自然の注射可能なバイオ医薬品から生じ、これらは予想外に低い免疫原性を示すことが公知である。サイズ、疎水性、タンパク質分解性抗原プロセシング、及びエピトープ密度を設計し、スクリーニングすることにより選択された天然のタンパク質ファミリーで開始することは、天然の注射可能なタンパク質の平均をはるかに下回るレベルに最小化する。
バーサボディの構造を与えられた場合、これらの抗体模倣体は、多価性、複特異性、半減期機構の多様性、組織標的化モジュール、及び抗体Fc領域の不在を含む、多用な様式を提供する。更にまた、バーサボディは大腸菌において高収率で生産され、それらの親水性及び小型のため、バーサボディは高度に可溶性であり、高濃度で製剤化できる。バーサボディは、例外的に、熱安定性（それらは沸騰できる）であり、長期の貯蔵寿命を提供する。
バーサボディに関する追加的情報は、引用によりその全てが本明細書に組み込まれる米国特許出願公開番号第2007/0191272号において見出すことができる。
（親和性試薬の発現）
（抗体の発現）
本発明の抗体は、抗体合成についての任意の公知技術の方法、特に、化学合成によって、又は組換え発現によって生産でき、好ましくは組換え発現技術によって生産される。
抗体又はその断片、誘導体若しくは類似体の組換え発現は、該抗体をコードする核酸の構築を必要とする。抗体ヌクレオチド配列が公知である場合、抗体をコードする核酸は、化学的に合成されたオリゴヌクレオチドから集成してもよく（例えば、Kutmeierらの文献, 1994, BioTechniques, 17：242に記載）、これは、簡単にいうと、抗体をコードする配列の部分を含む重複するオリゴヌクレオチドの合成、これらのオリゴヌクレオチドのアニーリング及びライゲーション、次いでPCRによる連結されたオリゴヌクレオチドの増幅を含む。
あるいは、抗体をコードする核酸は、該抗体をクローニングすることによって得ることができる。特定の抗体をコードする核酸を含むクローンは利用できないが、該抗体分子の配列が公知の場合、該抗体をコードする核酸は、適切な供給源（例えば、抗体cDNAライブラリ、又は該抗体を発現している任意の組織又は細胞から生産されるcDNAライブラリ）から、該配列の3'及び5'末端にハイブリダイズできる合成プライマーを使用するPCR増幅、又は特定の遺伝子配列に特異的なオリゴヌクレオチドプローブを使用するクローニングによって、得ることができる。
特定の抗原を特異的に認識する抗体分子（又は、このような抗体をコードする核酸をクローニングするためのcDNAライブラリーのための供与源）が利用できない場合、特定の抗原に特異的な種の抗体は、当該分野において公知の任意の方法によって、例えばウサギなどの動物を免疫して、ポリクローナル抗体を生産することによって、又はより好ましくは、モノクローナル抗体を生産することによって、生産してもよい。あるいは、少なくとも抗体のFab部分をコードするクローンは、特異抗原を結合するFab断片のクローン用のFab発現ライブラリをスクリーニングすることによって（例えばHuseらの文献, 1989, Science 246:1275-1281に記載されるように）、又は抗体ライブラリをスクリーニングすることによって（例えば、Clacksonらの文献, 1991, Nature 352:624；Haneらの文献, 1997 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:4937を参照されたい）、得ることができる。
いったん、少なくとも抗体分子の可変ドメインをコードする核酸が得られたら、それを、該抗体分子の定常領域をコードするヌクレオチド配列を含むベクターに導入できる（例えば、国際公開番号WO86/05807；国際公開番号WO89/01036；及び、米国特許第5,122,464号を参照されたい）。完全な抗体分子の発現を可能にする核酸との同時発現のための完全な軽鎖又は重鎖を含むベクターも利用できる。それから、該抗体をコードする核酸を使用して、スルフヒドリル（sulfhydyl）基を含まないアミノ酸残基と鎖内ジスルフィド結合に関与している1以上の可変領域システイン残基を置換（又は欠失）するのに必要なヌクレオチド置換又は欠失を導入することができる。このような修飾は、ヌクレオチド配列における特定の突然変異又は欠失の導入のための当該分野において公知の任意の方法、例えば化学的突然変異誘発、インビトロ部位特異的突然変異誘発（Hutchinsonらの文献, 1978, J. Biol. Chem. 253：6551）、PCTに基づく方法などであるがこれらに限定されない方法で実施できる。
加えて、適切な生物活性のヒト抗体分子由来遺伝子と共に適切な抗原特異性のマウス抗体分子由来遺伝子をスプライシングすることによる、「キメラ抗体」の生産のために開発された技術（Morrisonらの文献, 1984, Proc. Natl. Acad. Sci. 81:851-855；Neubergerらの文献, 1984, Nature 312:604-608；Takedaらの文献, 1985, Nature 314:452-454）を使用できる。上記のように、キメラ抗体は、異なる部分が異なる動物の種に由来する分子、例えば、マウスmAb及びヒト抗体定常領域に由来する可変領域を有する、例えばヒト化抗体などの分子である。
いったん、本発明の抗体分子をコードする核酸が得られたら、該抗体分子の生産のためのベクターは、当該分野において周知の技術を使用する組換えDNA技術によって生産できる。したがって、該抗体分子の配列を含む核酸を発現することにより本発明のタンパク質を生産するための方法が本明細書に記載される。当業者に周知の方法を使用して、抗体分子コード配列並びに適切な転写及び翻訳制御シグナルを含む発現ベクターを構築できる。これらの方法には、例えば、インビトロ組換えDNA技術、合成技術、及びインビボ遺伝子組換えを含む。例えば、Sambrookらの文献（1990, 「分子クローニング：研究室マニュアル（Molecular Cloning, A Laboratory Manual）」,第2版, Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY）及びAusubelらの文献(編, 1998, 「分子生物学の最新プロトコル（Current Protocols in Molecular Biology）」, John Wiley & Sons, NY)に記載される技術を参照されたい。
発現ベクターを従来技術によって宿主細胞に移し、次いで該トランスフェクト細胞を従来技術によって培養し、本発明の抗体を生産する。
本発明の組換え抗体を発現するために使用される宿主細胞は、大腸菌などの細菌細胞、又は好ましくは特に組換え抗体分子全体の発現のための真核細胞のいずれであってもよい。チャイニーズハムスター卵巣細胞（CHO）などの哺乳動物細胞は、ヒトサイトメガロウイルス由来の主要中初期遺伝子プロモータエレメントなどのベクターと併せて、抗体の有効な発現系である（Foeckingらの文献, 1986, Gene 45: 101；Cockettらの文献, 1990, Bio/Technology 8:2）。
種々の宿主-発現ベクター系を、本発明の抗体分子を発現させるために利用してもよい。このような宿主-発現系は、関心対象のコード配列を生産し、その後に精製され得る媒体を表すのみならず、適切な配列をコードするヌクレオチドで形質転換されたか、又はトランスフェクトされた場合、本発明の抗体分子をインサイチュウで発現し得る細胞も表し得る。これらには、以下を含むが、これらに限定されない：抗体コード配列を含む組換えバクテリオファージDNA、プラスミドDNA若しくはコスミドDNA発現ベクターで形質転換された細菌（例えば、大腸菌、枯草菌）などの微生物；抗体コード配列を含む組換え酵母発現ベクターで形質転換された酵母（例えば、サッカロマイセス、ピキア）；抗体コード配列を含む組換えウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）を感染させた昆虫細胞系；組換えウイルス発現ベクターで感染させた植物細胞系（例えば、カリフラワーモザイクウイルス、CaMV；タバコモザイクウイルス、TMV)、又は抗体コード配列を含む組換えプラスミド発現ベクター（例えば、Tiプラスミド）で形質転換された植物細胞系；又は、哺乳動物細胞のゲノムに由来する（例えば、メタロチオネインプロモータ）若しくは哺乳動物ウイルスに由来するプロモータ（例えば、アデノウイルス後期プロモータ、ワクシニアウイルス7.5Kプロモータ）を含む組換え発現構築物を収容している哺乳動物細胞系（例えば、COS、CHO、BHK、293、3T3細胞）。
細菌系では、発現される抗体分子について意図される用途に応じて、多数の発現ベクターを都合よく選択してもよい。例えば、大量のこのようなタンパク質が生産される場合、抗体分子を含む医薬組成物の生産のために、容易に精製される融合タンパク質産物の高レベルの発現を指示するベクターが望ましい場合がある。そのようなベクターには、以下のものを含むがこれらに限定されない：抗体コード配列がインフレームでlacZコード領域を有するベクターにそれぞれ連結され、それゆえ融合タンパク質が生産され得る、大腸菌発現ベクターpUR278（Rutherらの文献, 1983, EMBO J. 2:1791）；pINベクター（Inouye及びInouyeの文献, 1985, Nucleic Acids Res. 13：3101-3109）；Van Heeke及びSchusterの文献, 1989, J. Biol. Chem. 24:5503-5509)；など。pGEXベクターを使用して、グルタチオンS-トランスフェラーゼ（GST）との融合タンパク質として外来ポリペプチドを発現させてもよい。一般に、このような融合タンパク質は可溶性であり、マトリクスグルタチオン-アガロースビーズへの吸着及び結合、続く遊離グルタチオンの存在下における溶出により、溶解した細胞から容易に精製できる。pGEXベクターは、クローン化された標的遺伝子産物がGST部分から放出できるように、トロンビン又はXa因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計する。
昆虫系では、外来遺伝子を発現するためのベクターとして、オートグラファ・カリフォルニカ（Autographa californica）核多角体病ウイルス（AcNPV）を使用する。ウイルスは、ヨトウガ（Spodoptera frugiperda）細胞において増殖する。抗体コード配列は、ウイルスの非必須領域（例えば、ポリヘドリン遺伝子）に個々にクローン化でき、AcNPVプロモーター（例えば、ポリヘドリンプロモーター）の制御下に置いてもよい。哺乳動物宿主細胞において、多くのウイルスに基づく発現系（例えば、アデノウイルス発現系）を利用できる。
上記のように、挿入された配列の発現を調節し、又は望まれる特定の様式で遺伝子産物を修飾及び加工された宿主細胞株を選択できる。タンパク質産物のこのような修飾（例えば、グリコシル化）及びプロセシング（例えば、切断）は、タンパク質の機能に重要であり得る。
組換え抗体の長期多収生産のためには、安定な発現が好ましい。例えば、安定的に関心対象の抗体を発現する細胞系は、該細胞を該抗体のヌクレオチド配列及び選択可能な（例えばネオマイシン又はハイグロマイシン）ヌクレオチド配列を含む発現ベクターでトランスフェクトすること、及び該選択可能マーカーの発現について選択することにより、生産される。このような操作された細胞株は、抗体分子と直接的に又は間接的に相互作用する化合物のスクリーニング及び評価に特に有用であり得る。
抗体分子の発現レベルは、ベクター増幅によって増加できる（再調査のためには、Bebbington及びHentschelの文献, 「DNAクローニングにおける哺乳動物細胞中のクローン化遺伝子の発現についての遺伝子増幅に基づくベクターの使用（The use of vectors based on gene amplification for the expression of cloned genes in mammalian cells in DNA cloning）」, 第3版、Academic Press, New York, 1987を参照されたい）。抗体を発現するベクター系においてマーカーが増幅可能である場合、宿主細胞の培養に存在する阻害剤のレベルを高めることは、該マーカー遺伝子のコピー数を増加させる。増幅された領域は抗体遺伝子と関係しているので、抗体の生産も増加する（Crouseらの文献, 1983, Mol. Cell. Biol. 3:257）。
宿主細胞は、本発明の2つの発現ベクター、すなわち重鎖由来ポリペプチドをコードする第1のベクター、及び軽鎖由来ポリペプチドをコードする第2のベクターを用いて同時トランスフェクトしてもよい。該2つのベクターは、同等の重鎖及び軽鎖ポリペプチドの発現を可能にする、同一の選択可能なマーカーを含んでいてもよい。あるいは、両方の重鎖及び軽鎖ポリペプチドをコードする1つのベクターを使用してもよい。このような状況において、有毒な遊離重鎖過剰を避けるために、軽鎖を重鎖の前に置くべきである（Proudfoot, 1986, Nature 322:52; Kohler, 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:2197）。重鎖及び軽鎖のコード配列には、cDNA又はゲノムDNAを含んでいてもよい。
いったん本発明の抗体分子が組換え発現されたならば、それを、抗体分子の精製のための当該分野において公知の任意の方法、例えば、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換クロマトグラフィー、プロテインA若しくは特異抗原などを用いる親和性クロマトグラフィー、及びサイズカラムクロマトグラフィー）、遠心単離、差動的溶解度により、又はタンパク質の精製のためのその他の任意の標準的技術により、精製できる。
あるいは、任意の融合タンパク質は、発現される融合タンパク質に対して特異的な抗体を利用することによって、容易に精製できる。例えば、Janknechtらの文献により記載されている系は、ヒト細胞株において発現される非変性融合タンパク質の手早い精製を可能にする（Janknechtらの文献, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:8972-897）。この系では、遺伝子のオープンリーディングフレームが6ヒスチジン残基からなるアミノ末端タグに翻訳可能的に融合されるように、関心対象遺伝子をワクシニア組換えプラスミドにサブクローニングする。タグは、該融合タンパク質に対するマトリクス結合ドメインとして有用である。組換えワクシニアウイルスを感染させた細胞からの抽出液をNi2+ニトリロ酢酸-アガロースカラムに添加し、ヒスチジンタグを付けたタンパク質を、イミダゾール含有緩衝液で選択的に溶出させる。
次いで、これらの方法により生産された抗体を、関心対象の精製ポリペプチドとの親和性及び特異性について最初にスクリーニングし、必要であれば、該抗体の親和性及び特異性の結果を、結合から除外されることが望まれるポリペプチドと比較することによって、選択してもよい。スクリーニング手順には、マイクロタイタープレートの別々のウェルにおける精製ポリペプチドの固定化を含むことができる。次いで、可能性のある抗体又は抗体群を含む溶液をそれぞれのマイクロタイターのウェルに入れ、約30分間〜2時間インキュベートする。それからマイクロタイターのウェルを洗浄し、標識化二次抗体（例えば、産生抗体がマウス抗体である場合、アルカリホスファターゼに抱合化された抗マウス抗体）をウェルに添加し、約30分間インキュベートし、その後洗浄する。基質をウェルに添加し、固定されたポリペプチドに対する抗体が存在する場合、呈色反応がみられる。
次いで、こうして同定された抗体を、選択したアッセイデザインにおいて親和性及び特異性について更に分析してもよい。標的タンパク質に関する免疫アッセイの開発において、精製した標的タンパク質は、選択された抗体を使用する免疫アッセイの感受性及び特異性を判断するための標準としての役割を果たす。様々な抗体の結合親和性は異なり得るので、特定の抗体対（例えば、サンドイッチアッセイにおいて）が立体配置的になどで互いに妨げることがあり得、抗体のアッセイ性能は、抗体の絶対親和性及び特異性よりも重要な基準であり得る。
当業者であれば、多くのアプローチは、抗体又は結合断片を生産すること、種々のポリペプチドに対する親和性及び特異性についてスクリーニング及び選択することに採用できるが、これらのアプローチが本発明の範囲を変更しないことを認識するであろう。
治療的用途に関し、抗体（特に、モノクローナル抗体）は、好適には、ヒト又はヒト化動物（例えば、マウス）抗体であってもよい。動物抗体は、免疫原としてヒトタンパク質（例えばPTA089）を使用し、動物において産生することができる。ヒト化は、典型的には、これにより同定されるCDRをヒトフレームワーク領域に移植することを含む。通常、鎖の高次構造を最適化するために、いくつかのその後のレトロ突然変異が必要とされる。このような方法は、当業者に公知である。
（アフィボディの発現）
アフィボディの構築は、他で記載されており（Ronnmark J, Gronlund H, Uhlen, M., Nygren P.Aの文献, 「プロテインAのコンビナトリアル工学からのヒト免疫グロブリンA（IgA）特異リガンド（Human immunoglobulin A (IgA)-specific ligands from combinatorial engineering of protein A）」, 2002, Eur. J. Biochem. 269, 2647-2655）、アフィボディファージディスプレイライブラリの構築を含む（Nord, K., Nilsson, J., Nilsson, B., Uhlen, M.及びNygren, P.Aの文献, 「a-ヘリカル細菌受容体ドメインのコンビナトリアルライブラリ（A combinatorial library of an a-helical bacterial receptor domain）」, 1995, Protein Eng. 8, 601-608。Nord, K., Gunneriusson, E., Ringdahl, J., Stahl, S., Uhlen, M.及びNygren, P.Aの文献, 「a-ヘリカル細菌受容体ドメインのコンビナトリアルライブラリから選択された結合タンパク質（Binding proteins selected from combinatorial libraries of an a-helical bacterial receptor domain）」, 1997, Nat. Biotechnol. 15, 772-777）。
バイオセンサ結合研究を使用して最適なアフィボディバリアントを調査するためのバイオセンサ分析は、他にも記載されている（Ronnmark J, Gronlund H, Uhlen, M., Nygren P.Aの文献, 「プロテインAのコンビナトリアル工学からのヒト免疫グロブリンA（IgA）特異リガンド（Human immunoglobulin A (IgA)-specific ligands from combinatorial engineering of protein A）」, 2002, Eur. J. Biochem. 269, 2647-2655）。
（親和性試薬修飾）
好ましい実施態様において、抗体又はその断片などの抗PTA089親和性試薬は、診断部分（検出可能な標識など）又は治療的部分に抱合化される。抗体は、診断のために、又は所与の治療計画の有効性を決定するために、使用できる。検出は、抗体を検出可能な物質（標識）に連結することによって促進できる。検出可能な物質の例には、種々の酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質、放射性核種、ポジトロン放射金属（ポジトロン放出断層撮影における使用のため）、及び非放射性常磁性金属イオンを含む。一般に、本発明に従った診断法として使用するために抗体に抱合化できる金属イオンについては米国特許第4,741,900号を参照されたい。適切な酵素には、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β‐ガラクトシダーゼ又はアセチルコリンエステラーゼを含み；適切な補欠分子族には、ストレプトアビジン、アビジン及びビオチンを含み；適切な蛍光物質には、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド及びフィコエリトリンを含み；適切な発光物質には、ルミノールを含み；適切な生物発光物質には、ルシフェラーゼ、ルシフェリン及びエクオリンを含み；及び、適切な放射性核種には、125I、131I、111In及び99Tcを含む。68Gaも利用できる。
抗PTA089抗体若しくはその断片並びに他の親和性試薬は、所与の生物学的反応を修飾するために治療剤又は薬部分に抱合化できる。親和性試薬が抱合化できる例示的な治療剤は、細胞傷害性部分である。治療剤又は薬剤部分は、古典的な化学治療剤に限定されるものとして解釈されるべきではない。例えば、薬物部分は、所望の生物活性を有するタンパク質又はポリペプチドであってもよい。このようなタンパク質には、例えば、以下を含んでいてもよい：アブリン、リシンA、シュードモナス外毒素、又はジフテリア毒素などの毒素；腫瘍壊死因子、α-インターフェロン、β-インターフェロン、神経成長因子、血小板由来成長因子、組織プラスミノーゲン活性化因子、血栓薬又は抗血管新生薬、例えばアンギオスタチン又はエンドスタチンなどのタンパク質；又は、リンホカイン、インターロイキン-1（IL-1）、インターロイキン-2（IL-2）、インターロイキン-6（IL-6）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（GM-CSF）、顆粒球コロニー刺激因子（G-CSF）、神経成長因子（NGF）又は他の成長因子などの生物学的応答変更物質。
この種の治療的部分を抗体に抱合化するための技術は周知であり、例えば以下を参照されたい：Arnonらの文献, 「モノクローナル抗体及び癌治療（Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy）」中「癌治療における薬剤の免疫標的化のためのモノクローナル抗体（Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy）」, Reisfeldらの文献 (編), 243-56頁(Alan R. Liss社1985)；Hellstromらの文献, 「制御薬剤送達（Controlled Drug Delivery）」中「薬剤送達用抗体（Antibodies For Drug Delivery）」(第2版), Robinsonらの文献 (編), 623-53頁(Marcel Dekker社 1987)；Thorpeの文献,「モノクローナル抗体'84：生物学的及び臨床的用途（Monoclonal Antibodies '84: Biological And Clinical Applications）」中「癌治療における細胞傷害剤の抗体担体：総説（Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy: A Review）」, Pincheraらの文献 (編), 475-506頁(1985)；「癌検出及び治療のたえのモノクローナル抗体（Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy）」中「癌治療における放射標識抗体の治療的使用の解析、結果及び将来的展望（Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy）」, Baldwinらの文献 (編), 303-16頁(Academic Press 1985)、及び Thorpeらの文献, 「抗体-毒素抱合体の調製及び細胞毒性特性（The Preparation And Cytotoxic Properties Of Antibody-Toxin Conjugates）」, Immunol. Rev., 62:119-58 (1982)。
あるいは、Segalにより米国特許第4,676,980号に記載されたように、抗体を第2の抗体に抱合化し、抗体ヘテロ抱合体を形態することができる。
抗体は抱合化された治療的部分の有無にかかわらず、単独で、又は細胞傷害性因子及び/若しくはサイトカインと組合せて投与される治療剤として使用できる。
本発明は、抗体に指示された細胞媒介性細胞毒性（ADCC）を誘導する、完全ヒト又はヒト化抗体も提供する。完全ヒト抗体は、該タンパク質配列が天然に存在するヒト免疫グロブリン配列によってコードされており、単離された抗体産生ヒトBリンパ球、又は染色体領域をコードするマウス免疫グロブリンがオルソログ的なヒト配列により置換されたマウスのトランスジェニックマウスBリンパ球のいずれかに由来する。後者の型のトランスジェニック抗体には、HuMab（Medarex社、CA）及びXenomouse（Abgenix社、CA）を含むがこれらに限定されない。ヒト化抗体は、適切な抗原特異性の非ヒト抗体分子の定常領域が、適切なエフェクター機能を有するヒト抗体の、好ましくはIgGサブタイプの定常領域により置換される抗体である（Morrisonらの文献, 1984, Proc. Natl. Acad. Sci. 81:851-855；Neubergerらの文献, 1984, Nature 312:604-608；Takedaらの文献, 1985, Nature 314:452-454）。適切なエフェクター機能にはADCCを含み、これは、完全ヒト抗体又はヒト化抗体が癌細胞の表面上の標的に結合した場合、通常の免疫系の一部であるリンパ球の細胞殺生特性のスイッチを入れることによる、天然のプロセスである。これらの活性なリンパ球、いわゆるナチュラルキラー（NK）細胞は、抗体が結合する生細胞を破壊するために、細胞傷害プロセスを使用する。ADCC活性は、抗原特異的抗体及び免疫適格の生存ヒト対象から抽出した末梢血単核細胞の存在下、ユーロピウム（Eu3+）標識された生細胞からのEu3+の放出を測定することにより検出及び定量化できる。ADCCプロセスは、Janeway Jr. C.A.らの文献, Immunobiology, 第5版, 2001, Garland Publishing, ISBN 0-8153-3642-X；Pier G.B.らの文献, Immunology, Infection, and Immunity, 2004, p246-5；Albanell J.らの文献, Advances in Experimental Medicine and Biology, 2003, 532:p2153-68、及びWeng, W.-K.らの文献, Journal of Clinical Oncology, 2003, 21:p 3940-3947に詳細に記載されている。ADCCの検出及び定量化のための適切な方法は、Blombergらの文献, Journal of Immunological Methods. 1986, 86:p225-9；Blombergらの文献, Journal of Immunological Methods. 1986, 21;92:p117-23、並びにPatel及びBoydの文献, Journal of Immunological Methods. 1995, 184:p29-38に見出すことができる。
ADCCは、典型的には、NK細胞の活性化を含み、NK細胞の表面上のFc受容体によって、抗体で被覆した細胞の認識に依存している。Fc受容体は、標的細胞の表面に特異的に結合した、IgGなどの抗体のFc（結晶質）部分を認識する。NK細胞の活性化を誘発するFc受容体は、CD16又はFcγRIIIaと呼ばれている。いったんFcγRIIIa受容体がIgG Fcに結合すると、NK細胞はIFN-γなどのサイトカイン、並びに標的細胞に入り、アポトーシスを誘発することによって細胞死を促進するパーフォリン及びグランザイムを含む細胞傷害性顆粒を放出する。
抗体による抗体依存性細胞傷害活性（ADCC）の誘導は、抗体定常領域（Fc）と、免疫系の細胞の表面に存在する様々な受容体との間の相互作用を変える修飾により強化できる。この種の修飾は、哺乳動物細胞において天然若しくは組換え合成の間、抗体のFcに通常添加される複雑なオリゴ糖鎖におけるα1,6結合フコース部分の減少又は欠如を含む。好ましい実施態様において、抗体又はその断片などの非フコシル化抗PTA089親和性試薬は、ADCC反応を誘導するそれらの能力を強化するために生産される。
Fcのオリゴ糖類におけるα1,6結合フコース部分を低減又は切除するための技術はよく確立されている。1つの例において、組換え抗体は、α1,6結合のフコースを、N結合二分岐複雑型Fcオリゴ糖の最も内側のN-アセチルグルコサミンに加えるその能力にが欠損した細胞株において、合成される。この種の細胞株には、低レベルのα1,6-フコシル基転移酵素遺伝子（FUT8）を発現するラットハイブリドーマYB2/0を含むがこれに限定されるものではない。好ましくは、抗体は、FUT8遺伝子の両方のコピーの欠失により、α1,6結合フコシル部分を複雑なオリゴ糖鎖に加えることができない細胞株において、合成される。この種の細胞株には、FUT8-/- CHO/DG44細胞株を含むが、これに限定されるものではない。部分的にフコシル化された若しくは非フコシル化された抗体及び親和性試薬を合成する技術は、Shinkawaらの文献, J. Biol. Chem. 278:3466-34735 (2003)；Yamane-Ohnukiらの文献, Biotechnology and Bioengineering 87: 614-22 (2004)並びにWO00/61739A1、WO02/31140A1及びWO03/085107A1に記載されている。第2の例において、組換え抗体のフコシル化は、二分したN-アセチルグルコサミンを運搬する複雑なN結合オリゴ糖の生産を最大にするレベルで糖タンパク質修飾グリコシルトランスフェラーゼを過剰発現させるように遺伝子操作した細胞株の合成によって、低減されるか又は廃止される。例えば、該抗体は、酵素N-アセチルグルコサミン転移酵素III（GnT III）を発現している、チャイニーズハムスター卵巣細胞株において合成される。好適な糖タンパク質修飾グリコシル転移酵素で安定的にトランスフェクトされた細胞株、及びこれらの細胞を使用する抗体の合成法はWO9954342に開示されている。
非フコシル化抗体又は親和性試薬は、単独で、又は細胞傷害性因子及び/若しくはサイトカインと組合せて投与される治療薬として使用することができる。
更なる修飾において、抗体Fcのアミノ酸配列は、リガンド親和性に影響を及ぼすことなく、ADCC活性化を強化する方法で変更される。そのような修飾の例は、Lazarらの論文、Proceedings of the National Academy of Sciences 2006, 103: p4005-4010；WO03074679、及びWO2007039818に記載されている。これらの例において、239位のセリンのアスパラギン酸へ、及び332位のグルタミン酸のイソロイシンへなどの抗体Fc内のアミノ酸の置換は、Fc受容体への抗体の結合親和性を変更し、ADCC活性化の増大をもたらした。
アミノ酸置換に起因した増強されたADCC活性化を伴う抗体試薬は、単独で、又は細胞傷害性因子及び/若しくはサイトカインと組合せて投与される治療薬として使用することができる。
（膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の診断）
本発明によれば、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか又は有することが既知の対象から得られた膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚組織、血清、血漿又は尿の試験試料を診断又はモニタリングのために使用できる。一実施態様において、対照試料（膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でない対象から）又は予め決定された基準範囲に比較しての試験試料におけるPTA089の存在量の変化は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の存在を示す。別の実施態様において、対照試料又は予め決定された基準範囲に比較しての試験試料におけるPTA089の相対的存在量は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌のサブタイプを示す（例えば、扁平上皮細胞膀胱癌、家族性又は散発性結腸直腸癌、上咽頭癌、移行上皮腎癌、線維層板状肝細胞癌、扁平上皮肺癌、移行上皮前立腺癌、又は扁平上皮皮膚癌）。更に別の実施態様において、対照試料又は予め決定された基準範囲に比較しての試験試料におけるPTA089の相対的存在量は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌（例えば転移についての可能性）の程度又は重篤性を示す。上述した方法のいずれかにおいて、PTA089の検出は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌についての1以上の追加的なバイオマーカーの検出と任意に組み合わせることができる。本明細書に記載する好ましい技術、キナーゼアッセイ、PTA089を検出し及び/又は視覚化する免疫アッセイ（例えば、ウェスタンブロット、免疫沈降に続くドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動、免疫組織化学、その他）を含むがこれらに限定されない任意の適切な方法を利用して、PTA089のレベルを測定できる。更なる態様において、対照試料又は予め決定された基準範囲に比較しての試験試料におけるPTA089をコードするmRNAの存在量の変化は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の存在を示す。任意の適切なハイブリダイゼーションアッセイ法を使用して、PTA089をコードするmRNAを検出し及び/又は視覚化することによりPTA089発現を検出することができる（例えば、ノーザンアッセイ、ドットブロット、インサイチュウハイブリダイゼーション、その他）。
本発明の別の一実施例において、PTA089に特異的に結合する標識化抗体（又は他の親和性試薬）、その誘導体及び類似体は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出し、診断し又はモニタリングするための診断目的に使用できる。例えば、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌は、動物において、より好ましくは哺乳動物、及び最も好ましくはヒトにおいて検出できる。
（スクリーニングアッセイ）
本発明は、PTA089に結合し、又はPTA089の発現若しくは活性に刺激効果若しくは阻害効果を有する作用物質（例えば、候補化合物又は試験化合物）を同定する方法を提供する。また本発明は、PTA089関連ポリペプチド若しくはPTA089融合タンパク質に結合するか、又はPTA089関連ポリペプチド若しくはPTA089融合タンパク質の発現若しくは活性に刺激効果若しくは阻害効果を有する作用物質、候補化合物又は試験化合物を同定する方法を提供する。作用物質、候補化合物又は試験化合物の例には、核酸（例えば、DNA及びRNA）、炭水化物、脂質、タンパク質、ペプチド、ペプチド模倣体、小分子及び他の薬物を含むが、これらに限定されない。作用物質は、以下のものを含む、公知技術のコンビナトリアルライブラリ法における多数のアプローチのいずれかを使用して得ることができる：生物学的ライブラリ；空間的にアドレス指定可能な並列固相又は溶液相ライブラリ；逆重畳を必要とする合成ライブラリ法；「1ビーズ1化合物」ライブラリ法；及び、親和性クロマトグラフィー選択を使用する合成ライブラリ法。生物学的ライブラリアプローチはペプチドライブラリに限られる一方で、その他の4つのアプローチは、化合物のペプチド、非ペプチドオリゴマー又は小分子ライブラリに適用できる（Lamの文献、1997、Anticancer Drug Des. 12:145；米国特許第5,738,996号；及び、米国特許第5,807,683号。それぞれその全体が引用により本明細書に組み込まれる)。
分子ライブラリの合成についての方法の例は、当該分野において、例えば以下に見いだすことができる：DeWittらの文献、1993、Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90：6909；Erbらの文献、1994、Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 91：11422；Zuckermannらの文献, 1994, J. Med. Chem. 37:2678；Choらの文献, 1993, Science 261:1303；Carrellらの文献, 1994, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2059；Carellらの文献, 1994, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33:2061；及び、Gallopらの文献, 1994, J. Med. Chem. 37:1233。これらのそれぞれは引用によりその全てが本明細書に組み込まれる。
化合物のライブラリは、以下に存在し得る：例えば溶液中で（例えば、Houghtenの文献, 1992, Bio/Techniques, 13：412-421）、又はビーズ上（Lamの文献, 1991, Nature 354：82-84）、チップ（Fodorの文献, 1993, Nature, 364：555-556）、細菌（米国特許第5,223,409号）、胞子（特許番号第5,571,698号；第5,403,484号；及び第5,223,409号)、プラスミド（Cullらの文献, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89：1865-1869）若しくはファージ（Scott及びSmithの文献, 1990 Science, 249：386-390；Devlinの文献, 1990, Science 249:404-406；Cwirlaらの文献, 1990, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:6378-6382；及びFeliciの文献, 1991, J. Mol. Biol. 222:301-310）に存在し、これらのそれぞれは引用によりその全てが本明細書に組み込まれる。
一実施態様において、PTA089、PTA089断片（例えば機能的に活性な断片）、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片、又はPTA089融合タンパク質と相互作用する（すなわち、結合する）作用物質は、細胞に基づくアッセイ系で同定される。この実施態様によれば、PTA089、PTA089の断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片、又はPTA089融合タンパク質を発現している細胞を候補化合物又は対照化合物と接触させ、PTA089と相互作用する候補化合物の能力を測定する。所望の場合、このアッセイを使用して、複数の候補化合物（例えば、ライブラリ）をスクリーニングできる。該細胞は、例えば原核生物起源（例えば、大腸菌）又は真核生物起源（例えば、酵母又は哺乳動物）であり得る。更に、細胞は、PTA089、PTA089の断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質を内因的に発現できるか、又はPTA089、PTA089の断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質を発現するように遺伝子操作できる。特定の場合において、PTA089、PTA089の断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質、又は候補化合物は、例えば、放射性標識（例えば32P、35S及び125I）又は蛍光標識（例えばフルオレッセインイソチオシアネート、ローダミン、フィコエリトリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン、o-フタルアルデヒド又はフルオレサミン）で標識し、PTA089と候補化合物との間の相互作用の検出を可能にする。PTA089、PTA089の断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質により直接的に又は間接的に相互作用する候補化合物の能力は、当業者に公知の方法で測定できる。例えば、候補化合物とPTA089、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質との間の相互作用は、フローサイトメトリー、シンチレーションアッセイ、免疫沈降又はウェスタンブロット分析で測定できる。
別の実施態様において、PTA089、PTA089断片（例えば、機能的に活性な断片）、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質と相互作用する（すなわち、結合する）作用物質は、無細胞アッセイ系で同定される。この実施態様によれば、天然又は組換え型のPTA089若しくはその断片、天然又は組換え型のPTA089関連ポリペプチド若しくはその断片、PTA089融合タンパク質若しくはその断片を候補化合物又は対照化合物と接触させ、PTA089、又はPTA089関連ポリペプチド、又はPTA089融合タンパク質と相互作用する候補化合物の能力を測定する。所望の場合、このアッセイ法を使用して、複数の候補化合物（例えば、ライブラリ）を選別できる。好ましくは、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質は、はじめに、例えばPTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質を、これらを特異的に認識し結合する固定された抗体（又は他の親和性試薬）と接触させることにより、又はPTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質の精製調製物を、タンパク質を結合するように設計された表面と接触させることにより固定される。PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質は、部分的に若しくは完全に精製でき（例えば部分的に又は完全に他のポリペプチドがない）、又は細胞溶解液の一部であり得る。更に、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド又はPTA089関連ポリペプチドの断片は、PTA089若しくはその生物学的活性部分、又はPTA089関連ポリペプチド、及びグルタチオンSトランスフェラーゼなどのドメインを含む融合タンパク質であり得る。あるいは、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質は、当業者に周知の技術を使用してビオチン化できる（例えばビオチン化キット、Pierce Chemicals；Rockford, IL）。PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質と相互作用する候補化合物の能力は、当業者に公知の方法で測定できる。
別の実施態様において、細胞に基づくアッセイ系を使用して、PTA089の産生若しくは分解の原因であり、又はPTA089の翻訳後修飾の原因である酵素などのタンパク質又はその生物学的活性部分に結合し又はその活性を調節する作用物質を同定する。一次選別において、複数の化合物（例えばライブラリ）を、天然に又は組換え的に以下を発現する細胞と接触させる：（i）PTA089、PTA089アイソフォーム、PTA089相同体、PTA089関連ポリペプチド、PTA089融合タンパク質又は前述のいずれかの生物学的に活性な断片；及び（ii）PTA089、PTA089アイソフォーム、PTA089相同体、PTA089関連ポリペプチド、PTA089融合タンパク質のプロセシングの原因であるタンパク質、又はPTA089、PTA089アイソフォーム、PTA089相同体、PTA089関連ポリペプチド、PTA089融合タンパク質若しくは断片の産生、分解又は翻訳後修飾を調節する化合物を同定するための断片。必要に応じて、一次選別において同定された化合物をそれから、天然に又は組換え的にPTA089を発現する細胞に対する二次選別においてアッセイできる。PTA089、アイソフォーム、相同体、PTA089関連ポリペプチド又はPTA089融合タンパク質の産生、分解又は翻訳後修飾を調節する候補化合物の能力は、フローサイトメトリー、シンチレーションアッセイ、免疫沈降及びウェスタンブロット分析を含むがこれらに限定されない、当業者に公知の方法で測定できる。
別の実施態様において、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質に競合的に相互作用する（すなわち、結合する）作用物質を競合結合アッセイで同定する。この実施態様によれば、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質を発現している細胞を、候補化合物、及びPTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質と相互作用することが公知の化合物と接触させ；それから、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質に優先的に相互作用する候補化合物の能力を測定する。あるいは、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド又はPTA089関連ポリペプチドの断片に優先的に相互作用する（すなわち、結合する）作用物質は、無細胞アッセイ系において、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片、若しくはPTA089融合タンパク質を、候補化合物、及びPTA089、PTA089関連ポリペプチド若しくはPTA089融合タンパク質と相互作用することが公知の化合物と接触させることにより同定される。上記のように、PTA089、PTA089断片、PTA089関連ポリペプチド、PTA089関連ポリペプチドの断片若しくはPTA089融合タンパク質と相互作用する候補化合物の能力は、当業者に公知の方法で測定できる。これらの細胞に基づくアッセイ、又は無細胞アッセイのいずれかを使用して、複数の候補化合物（例えば、ライブラリ）を選別できる。
別の実施態様において、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの発現又は活性を調節する（すなわち、上方制御するか又は下方制御する）作用物質は、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドを発現している細胞（例えば原核起源又は真核生物起源の細胞）を候補化合物又は対照化合物（例えばリン酸緩衝食塩水（PBS））と接触させること、及びPTA089、PTA089関連ポリペプチド、又はPTA089融合タンパク質、PTA089をコードするmRNA、又はPTA089関連ポリペプチドをコードするmRNAの発現を測定することにより同定される。候補化合物の存在下におけるPTA089、PTA089関連ポリペプチド、PTA089をコードするmRNA又はPTA089関連ポリペプチドをコードするmRNAの発現レベルは、候補化合物の不在下における（例えば対照化合物の存在下における）PTA089、PTA089関連ポリペプチド、PTA089をコードするmRNA又はPTA089関連ポリペプチドをコードするmRNAの発現レベルと比較される。候補化合物はそれから、この比較に基づいて、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの発現のモジュレータとして同定できる。例えば、PTA089又はmRNAの発現が、その不在下よりも候補化合物の存在下で著しく多い場合、該候補化合物はPTA089又はmRNAの発現の刺激剤として同定される。あるいは、PTA089又はmRNAの発現が、その不在下よりも候補化合物の存在下で著しく少ない場合、該候補化合物はPTA089又はmRNAの発現の阻害剤として同定される。PTA089又はそれをコードするmRNAの発現レベルは、当業者に公知の方法により測定できる。例えば、mRNA発現は、ノーザンブロット分析又はRT-PCRにより評価することができ、タンパク質レベルは、ウェスタンブロット分析により評価できる。
別の実施態様において、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの活性を調節する作用物質は、PTA089若しくはPTA089関連ポリペプチドを含む調製物、又はPTA089若しくはPTA089関連ポリペプチドを発現する細胞（例えば原核又は真核生物細胞）を、試験化合物若しくは対照化合物と接触させること、及び、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの活性を調節する（例えば、刺激又は阻害する）試験化合物の能力を測定することにより、同定される。PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの活性は、PTA089若しくはPTA089関連ポリペプチドの細胞シグナル伝達経路の誘導（例えば、細胞内Ca2+、ジアシルグリセロール、IP3、その他）を検出すること、適切な基質における標的の触媒若しくは酵素活性を検出すること、レポーター遺伝子（例えば、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドに応答性であり、かつ検出可能なマーカー（例えばルシフェラーゼ）をコードする核酸に機能的に連結された、制御エレメント）の誘導を検出すること、又は細胞応答、例えば細胞分化若しくは細胞増殖を検出することにより、評価できる。本記載に基づき、当業者に公知の技術が、これらの活性を測定するために使用できる（例えば、米国特許第5,401,639号（引用により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。候補化合物はそれから、対照化合物に対する該候補化合物の効果を比較することにより、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの活性のモジュレータとして同定できる。適切な対照化合物には、リン酸緩衝食塩水（PBS）及び通常の食塩水（NS）を含む。
別の実施態様において、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの発現、活性、又は発現及び活性の両方を調節する（すなわち、上方制御するか又は下方制御する）作用物質を動物モデルにおいて同定する。適切な動物の例には、マウス、ラット、ウサギ、サル、モルモット、イヌ及びネコを含むが、これらに限定されない。好ましくは、使用する動物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌のモデルを表す（例えば、UCRU-BL-12、UCRU-BL-13及びUCRU-BL-14などの膀胱癌細胞系の異種移植片、Russellらの文献, Cancer Res. 1986 Apr;46(4 Pt 2):2035-40；エストロゲン欠乏SCIDマウスにおけるMDA-MB-345などのヒト結腸直腸癌細胞系の異種移植片、Ecclesらの文献, 1994 Cell Biophysics 24/25, 279；FaDu及びHNX-OEなどの頭頸部癌細胞系の異種移植片；免疫欠損マウスにおけるLABAZ1などの腎臓細胞癌細胞系の異種移植片、Zismanらの文献 Cancer Research 63, 4952-4959, August 15, 2003；ヌードマウスにおけるMHCC97などの肝癌細胞株の異種移植片、Tianらの文献, Br J 5 Cancer 1999 Nov;81(5):814-21；A549及びH460などの非小細胞肺癌株の異種移植片、及びNCI-H345などの小細胞肺癌株の異種移植片；ヌードマウスにおけるCWR-22などの前立腺癌細胞系の異種移植片、Pretlowらの文献, J Natl Cancer Inst. 1993 Mar 3;85(5):394-8；又はヌードマウスにおけるMV3などの皮膚癌細胞系の異種移植片、van Muijenらの文献, Int J Cancer 1991 Apr 22;48(1):85-91）。これらは、該モデルにおいて呈される病理が、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌のものと類似していることから、PTA089のレベルを調節する試験化合物に利用できる。この実施態様により、試験化合物又は対照化合物を適切な動物に投与し（例えば、経口的に、直腸に、又は非経口的に、例えば腹膜内に又は静注で）、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの発現、活性、又は発現及び活性の両方における効果を測定する。PTA089又はPTA089関連ポリペプチドの発現における変化は、先に概要を示した方法で評価できる。
更に別の実施態様において、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドは、PTA089又はPTA089関連ポリペプチドに結合する又は相互作用する他のタンパク質を同定するためのツーハイブリッドアッセイ又はスリーハイブリッドアッセイにおける「ベイトタンパク質」として使用される（例えば、米国特許第5,283,317号；Zervosらの文献 (1993) Cell 72:223-232；Maduraらの文献(1993) J. Biol. Chem. 268:12046-12054；Bartelらの文献(1993) Bio/Techniques 14:920-924；Iwabuchiらの文献(1993) Oncogene 8:1693-1696；及び国際公開番号WO94/10300を参照されたい）。当業者に認識されているように、このような結合タンパク質は、例えば、PTA089を含むシグナリング経路の上流又は下流の要素として、PTA089によりシグナルの伝播に関与する可能性もある。
本発明は、先に記載したスクリーニングアッセイ法により同定される新規作用物質、及び本明細書に記載したような治療についてのその使用を更に提供する。加えて、本発明はまた、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療用医薬の製造における、PTA089と相互作用するか又はその活性を調節する作用物質の使用を提供する。
（PTA089の治療的使用）
本発明は、治療的化合物の投与による様々な疾患及び障害の治療又は予防を提供する。このような化合物には、以下を含むが、これらに限定されるものではない：PTA089、PTA089類似体、PTA089関連ポリペプチド及びその誘導体（断片を含む）；前述のものに対する抗体（又は他の親和性試薬）；PTA089、PTA089類似体、PTA089関連ポリペプチド及びその断片をコードする核酸；PTA089又はPTA089関連ポリペプチドをコードする遺伝子に対するアンチセンス核酸；及びPTA089又はPTA089関連ポリペプチドをコードする遺伝子のモジュレータ（例えばアゴニスト及びアンタゴニスト）。本発明の重要な特徴は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌に関与するPTA089をコードする遺伝子の同定である。膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象の血清若しくは組織におけるPTA089の機能又は発現を減少させる治療的化合物の投与により治療でき（例えば、症状を改善するか又は発症若しくは進行を遅延させる）又は予防できる。
一実施態様において、それぞれPTA089に特異的に結合する1以上の抗体（又は他の親和性試薬）を、単独で、又は1以上の追加的な治療的化合物若しくは治療と組み合わせて投与する。
抗体（又は他の親和性試薬）などの生物学的生成物は、それが投与される対象に対し同種（allogeneic）である。一実施態様において、ヒトのPTA089若しくはヒトのPTA089関連ポリペプチド、ヒトのPTA089若しくはヒトのPTA089関連ポリペプチドをコードする核酸、又はヒトのPTA089若しくはヒトのPTA089関連ポリペプチドに対する抗体（又は他の親和性試薬）を、治療法（例えば、症状を改善するか又は発症若しくは進行を遅延させる）又は予防のためにヒト対象に投与する。
理論により制限されることなく、PTA089に特異的に結合する抗体（又は他の親和性試薬）の治療的活性は、抗体依存性細胞傷害（ADCC）の現象を介して達成できることが想到される（例えば、Janeway Jr. C.A.らの文献, Immunobiology, 第5版, 2001, Garland Publishing, ISBN 0-8153-3642-X；Pier G.B. らの文献, Immunology, Infection, and Immunity, 2004, p246-5；Albanell J. らの文献, Advances in Experimental Medicine and Biology, 2003, 532:p2153-68、及びWeng, W.-K. らの文献, Journal of Clinical Oncology, 2003, 21:p 3940-3947を参照されたい）。
（膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療及び予防）
膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか若しくは有することが既知の対象への、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を発病する危険性のある対象への、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でない対象の血清又は組織と比較して膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象の血清又は組織に示差的に存在するPTA089のレベル又は活性（すなわち、機能）を調節する（増加又は減少させる）化合物の投与により、治療又は予防される。一実施態様において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか若しくは有することが既知の対象への、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を発病する危険性のある対象への、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象の血清又は組織において減少したPTA089のレベル又は活性（すなわち、機能）を上方制御する（すなわち増加させる）化合物を投与することにより、治療又は予防される。このような化合物の例には、PTA089のアンチセンスオリゴヌクレオチド又はリボザイム、PTA089に対して指示された抗体（又は他の親和性試薬）、及びPTA089の酵素活性を阻害する化合物を含むがこれらに限定されない。他の有用な化合物、例えばPTA089のアンタゴニスト及びPTA089の小分子アンタゴニストは、インビトロアッセイを使用して同定できる。
膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌はまた、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか若しくは有することが既知の対象への、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を発病する危険性のある対象への、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌有する対象の血清又は組織において増加したPTA089のレベル又は活性（すなわち、機能）を下方制御する化合物の投与により、治療又は予防される。このような化合物の例には以下を含むが、これらに限定されない：PTA089、PTA089の断片及びPTA089関連ポリペプチド；（例えば遺伝子療法における使用のための）PTA089、PTA089の断片及びPTA089関連ポリペプチドをコードする核酸；及び、酵素活性を有するPTA089又はPTA089関連ポリペプチドのための、酵素活性を調節することが公知の化合物又は分子。使用できる他の化合物、例えばPTA089のアゴニストは、インビトロアッセイを使用して同定できる。
別の実施態様において、治療又は予防は、個々の対象の必要に合わせて調製する。したがって、特定の実施態様において、PTA089のレベル又は機能を促進する化合物は、PTA089のレベル若しくは機能がないか、又は対照若しくは正常の基準範囲に比較して減少している膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか若しくは有することが既知の対象に、治療的に若しくは予防的に投与される。更なる実施態様において、PTA089のレベル又は機能を促進する化合物は、PTA089のレベル若しくは機能が対照若しくは基準範囲に比較して増加している転移癌を含む膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか若しくは有することが既知の対象に、治療的に若しくは予防的に投与される。更なる実施態様において、PTA089のレベル又は機能を減少させる化合物は、PTA089のレベル若しくは機能が対照若しくは基準範囲に比較して増加している膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか若しくは有することが既知の対象に、治療的に若しくは予防的に投与される。更なる実施態様において、PTA089のレベル又は機能を減少させる化合物は、PTA089のレベル若しくは機能が対照若しくは基準範囲に比較して減少している膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有することが疑われるか若しくは有することが既知の対象に、治療的に若しくは予防的に投与される。そのような化合物の投与によるPTA089の機能又はレベルにおける変化は、例えば、試料（例えば、血液又は尿）を得ることにより、及びPTA089のインビトロレベル若しくは活性、又はPTA089をコードするmRNAのレベル、又は上述の任意の組合せをアッセイすることにより、容易に検出できる。このようなアッセイは、本明細書に記載するように、本化合物の投与前及び後に実施できる。
本発明の化合物には、PTA089プロファイルを正常な方へ回復させる任意の化合物、例えば小さな有機分子、タンパク質、ペプチド、抗体（又は他の親和性試薬）、核酸などを含むが、これらに限定されるものではない。本発明の化合物は、任意の他の化学療法薬と組み合わせて与えることができる。
（ワクチン療法）
本発明の別の態様は、PTA089若しくはそのエピトープ含有断片、又はPTA089をコードする核酸若しくはその断片を、任意に免疫賦活剤と共に含む、免疫原性組成物、好適にはワクチン組成物である。
また、このような組成物を対象に投与することを含む免疫応答賦活法、並びに、このような組成物の治療上有効量をその必要のある対象に投与することを含む膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療方法又は予防方法、及び膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を予防又は治療することにおける使用のためのこのような組成物を提供する。
したがって、PTA089は、抗原性物質として有用であり得、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療又は予防のためのワクチンの製造に使用できる。このような物質は、「抗原性」及び/又は「免疫原性」であり得る。通常、「抗原性」は、タンパク質が抗体（又は他の親和性試薬）を上げるために使用できるか、又は実際に対象若しくは実験動物における抗体反応を誘導できることを意味する。「免疫原性」は、タンパク質が対象又は実験動物において保護免疫応答などの免疫応答を誘発できることを意味する。したがって、後者の場合、該タンパク質は、抗体反応を引き起こし得るのみならず、更に抗体に基づかない免疫応答をも引き起こし得る。また、「免疫原性」は、該タンパク質がインビトロ設定（例えばT細胞増殖アッセイ）における免疫様反応を誘発できるか否かも含む。適切な免疫応答の生成は、1以上のアジュバントの存在及び/又は抗原の適切な提示を必要とし得る。
当業者は、PTA089の相同体又は誘導体も抗原性/免疫原性物質としての使用が見出されることを認識する。したがって、例えば、1以上の付加、削除、置換等を含むタンパク質は、本発明に含まれる。加えて、1つのアミノ酸を別の類似の「型」に置き換えることが可能であり得る。例えば、1つの疎水性アミノ酸を別のものに置き換える。アミノ酸配列を比較するために、CLUSTALプログラムなどのプログラムを使用できる。このプログラムはアミノ酸配列を比較し、適切な様にいずれかの配列にスペースを挿入することにより最適整列を見出す。最適整列についてのアミノ酸同一性又は類似性（アミノ酸型の同一性及び保存）を算出することができる。BLASTxのようなプログラムは、類似配列で最も長いストレッチを整列配置し、値を適合するように割り当てる。このようにしていくつかの類似領域が見出される比較を得ることが可能であり、その各々は異なるスコアを有する。両方のタイプの分析が、本発明において考察される。
相同体及び誘導体の場合、本明細書に記載するタンパク質との同一性の程度は、該相同体又は誘導体がその抗原性及び/又は免疫原性を保持すべきであることよりも重要ではない。しかしながら、好適には、本明細書に記載するタンパク質又はポリペプチドとの少なくとも60%の類似性を有する（上記のような）相同体又は誘導体が提供され、例えば、少なくとも80%の類似性などの少なくとも70%の類似性を有する相同体又は誘導体を提供する。特に、少なくとも90%又は95%の類似性さえも有する相同体又は誘導体が提供される。好適には、相同体又は誘導体は本明細書に記載したタンパク質又はポリペプチドと少なくとも60%の配列同一性を有する。好ましくは、相同体又は誘導体は少なくとも70%、より好ましくは少なくとも80%の同一性を有する。最も好ましくは、相同体又は誘導体は、少なくとも90%又は95%の同一性さえ有する。
代わりのアプローチにおいて、相同体又は誘導体は、例えば所望のタンパク質又はポリペプチドに効果的にタグを付けることによって精製がより容易になる部分を組み込んだ融合タンパク質であり得る。それは「タグ」を除去するのに必要であり得、又はそれは融合タンパク質自体が有用であるのに充分な抗原性を保持する場合でもあり得る。
エピトープ領域、すなわちタンパク質又はポリペプチドの抗原性又は免疫原性の原因となるその領域を同定するために抗原性タンパク質又はポリペプチドを選別することが可能であることは周知である。当業者に周知の方法は、抗原性について断片及び/又は相同体及び/又は誘導体を試験するのに使用できる。したがって、本発明の断片は、1以上のこのようなエピトープ領域を含むべきであるか又はこれらの抗原性/免疫原性特性を保持するためにこのような領域に十分に類似すべきである。従って、本発明による断片について、それらは本明細書に記載するタンパク質又はポリペプチド、相同体若しくは誘導体の特定の部分に100%同一であり得るので、同一性の程度はおそらく無関係である。重要な問題は、再度、該断片は、それが由来するタンパク質の抗原性/免疫原性特性を保持するということである。
相同体、誘導体及び断片にとって重要なことは、これらが、その由来するタンパク質又はポリペプチドの抗原性/免疫原性の少なくとも1の程度を有することである。したがって、追加的な本発明の態様において、PTA089の抗原性若しくは免疫原性断片、又はその相同体若しくは誘導体を提供する。
PTA089又はその抗原性断片は、精製された若しくは単離された調製物として、単独で提供できる。これらは、本発明の1以上の他のタンパク質又はその抗原性断片との混合物の一部として提供できる。したがって、更なる態様において、本発明は、PTA089及び/又はその1以上の抗原性断片を含む抗原組成物を提供する。このような組成物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の検出及び/又は診断に使用できる。
本発明によるワクチン組成物は、予防的又は治療的なワクチン組成物のいずれでもよい。
本発明のワクチン組成物は、1以上のアジュバント（免疫賦活剤）を含み得る。周知技術の例には、水酸化アルミニウムなどの無機ゲル類、及び不完全フロイントアジュバントなどの油中水乳剤を含む。他の有用なアジュバントは、当業者に周知である。
癌の治療のためにワクチン組成物に使用される適切なアジュバントには、以下を含む：3De-Oアシル化モノホスホリル脂質A（3D-MPL又は単にMPLとして公知。WO92/116556を参照されたい）、サポニン、例えばQS21又はQS7、及び例えばWO95/26204にて開示されるCpG含有分子などのTLR4アゴニスト。
使用されるアジュバントは、構成要素、例えばMPL及びQS21又はMPL、QS21及びCpG含有部分の組合せでもよい。
アジュバントは、水中油乳剤又はリポソーム製剤として製剤化できる。
このような調製物は、他のビヒクルを含み得る。
別の実施態様において、PTA089又はPTA089のペプチド断片をコードするヌクレオチド配列に相補的な10以上の連続するヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドの調製物を、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療のためのワクチンとして使用する。このような調製物は、アジュバント又は他のビヒクルを含み得る。
（膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療するためのPTA089の阻害）
本発明の一実施態様において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でない対象の血清又は組織と比較して、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象の血清又は組織において上昇するPTA089のレベル及び/又は機能をアンタゴナイズする（阻害する）化合物の投与により治療されるか又は予防される。
この目的のために有用な化合物には、抗PTA089抗体（又は他の親和性試薬、並びにその結合領域を含んでいる断片及び誘導体）、PTA089のアンチセンス又はリボザイム核酸、及び相同組換えによる内因性PTA089機能を「ノックアウト」するのに使用され得る非機能的PTA089をコードする核酸を含むがこれらに限定されない（例えば、Capecchiの文献, 1989, Science 244:1288-1292を参照されたい）。PTA089の機能を阻害する他の化合物は、公知のインビトロアッセイ、例えば別のタンパク質又は結合パートナーへのPTA089の結合を阻害する、又はPTA089の公知の機能を阻害する試験化合物の能力についてのアッセイの使用により、同定できる。
このような阻害は、例えば、インビトロで又は細胞培養でアッセイできるが、遺伝的アッセイを利用することもできる。本明細書に記載する好ましい技術を使用して、化合物の投与の前後でPTA089のレベルを検出することもできる。適切なインビトロ又はインビボアッセイは、以下により詳細に記載するように、具体的化合物の効果、及びその投与が罹患組織の治療を示すか否かを測定するのに利用される。
特定の実施態様において、PTA089の機能（活性）を阻害する化合物は、本発明による治療を受けていない膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象の血清若しくは組織と比較して、PTA089の血清若しくは組織レベル又は機能的活性の増加（例えば、正常レベル又は所望のレベルよりも高い）が検出される対象に治療的又は予防的に投与され、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でない対象において見出されるレベル若しくは活性又は予め決定された基準範囲をもたらすように、治療的又は予防的に投与される。先に概説したように、当該分野における標準的方法を利用して、PTA089のレベル又は機能における増加を測定できる。PTA089の適切な阻害因子組成物には、例えば、小分子、すなわち1000ダルトン以下の分子を含み得る。このような小分子は、本明細書に記載するスクリーニング法により同定できる。
（治療的又は予防的化合物についてのアッセイ）
本発明は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療又は予防のための化合物の有効性を同定又は検証するために、薬剤開発における使用のためのアッセイも提供する。
したがって、PTA089の活性を調節する化合物のスクリーニングの方法が提供され、該方法には以下を含む：（a）PTA089又はその生物学的活性部分を候補化合物と接触させること；及び（b）PTA089の活性がそれにより調節されているか否かを測定すること。このようなプロセスは、（a）PTA089又はその生物学的活性部分を試料中の候補化合物と接触させること；及び（b）前記候補化合物を接触させた後の前記試料中のPTA089又はその生物学的活性部分の活性を、前記候補化合物を接触させる前の前記試料中のPTA089又はその生物学的活性部分の活性と、又は基準レベルの活性と比較すること；を含み得る。
スクリーニングの方法は、PTA089の活性を阻害する化合物のスクリーニングの方法であり得る。
PTA089又はその生物学的活性部分は、例えば細胞上に又は細胞により発現され得る。PTA089又はその生物学的活性部分は、例えばそれを発現する細胞から単離できる。PTA089又はその生物学的活性部分は、例えば固相上に固定できる。
PTA089又はPTA089をコードする核酸の発現を調節する化合物のスクリーニングの方法も提供され、該方法には以下を含む：（a）PTA089又はPTA089をコードする核酸を発現している細胞を候補化合物と接触させること；及び（b）PTA089又はPTA089をコードする核酸の発現がそれにより調節されているか否かを測定すること。このようなプロセスは、（a）PTA089又はPTA089をコードする核酸を発現している細胞を試料中の候補化合物と接触させること；及び、（b）前記候補化合物を接触させた後の前記試料中のPTA089又はPTA089をコードする核酸の発現を、前記候補化合物を接触させる前の前記試料中のPTA089又はPTA089をコードする核酸の発現と、又は基準レベルの発現と比較すること；を含み得る。
本方法は、PTA089又はPTA089をコードする核酸の発現を阻害する化合物のスクリーニング方法であり得る。
本発明の他の態様は、以下を含む：上述したスクリーニング法により入手できる化合物、PTA089又はPTA089をコードする核酸の活性又は発現を調節する化合物、例えばPTA089又はPTA089をコードする核酸の活性又は発現を阻害する化合物。
このような化合物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防することにおける使用のために提供される。このような化合物の治療上有効量をその必要のある対象に投与することを含む、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法も提供される。
試験化合物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でない対象において見出されるレベルに対して膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象におけるPTA089のレベルを回復させる、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の実験動物モデルにおいて同様の変化をもたらす、それらの能力についてアッセイできる。膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でない対象において見出されるレベルに対して膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象におけるPTA089のレベルを回復させることができる、又は膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の実験動物モデルにおいて同様の変化をもたらすことができる化合物を、更なる創薬のリード化合物として使用でき、又は治療的に使用できる。PTA089の発現は、本明細書に記載する好ましい技術、免疫アッセイ、ゲル電気泳動とそれに続く視覚化、PTA089の活性の検出、又は本明細書に教示されるか若しくは当業者に公知の他の任意の方法によってアッセイできる。このような分析は、臨床モニタリングにおいて、又は薬剤開発において、候補薬物を選別するために使用でき、ここで、PTA089の存在量は臨床疾患の代理マーカーとして扱うことができる。
様々な特定の実施態様において、インビトロアッセイを、対象の障害に関与する細胞型の代表的な細胞により実施して、化合物がこのような細胞型に所望の影響を有するか否か測定することができる。
療法に使用するための化合物は、ヒトでの試験前に、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ウサギなど含むが、これらに限定されない適切な動物モデル系で試験できる。インビボ試験については、ヒトに対する投与の前に、当該分野において公知の任意の動物モデル系を使用できる。膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の動物モデルの例には、以下を含むがこれらに限定されない：「UCRU-BL-12、UCRU-BL-13及びUCRU-BL-14などの膀胱癌細胞系の異種移植片（xenografts of bladder cancer cell lines such as UCRU-BL-12, UCRU-BL-13 and UCRU-BL-14）」Russellらの文献 Cancer Res. 1986 Apr;46(4 Pt 2):2035-40；「エストロゲン欠乏SCIDマウスにおけるMDA-MB-345などのヒト結腸直腸癌細胞系の異種移植片（xenografts of human colorectal cancer cell lines such as MDA-MB-345 in oestrogen-deprived SCID mice）」Ecclesらの文献 1994 Cell Biophysics 24/25, 279；「FaDu及びHNX-OEなどの頭頸部癌細胞系の異種移植片；免疫欠損マウスにおけるLABAZ1などの腎臓細胞癌細胞系の異種移植片（xenografts of head and neck cancer cell lines such as FaDu and HNX-OE; xenografts of kidney cancer cell lines such as LABAZ1 in immune compromised mice）」Zismanらの文献 Cancer Research 63, 4952-4959, August 15, 2003；「ヌードマウスにおけるMHCC97などの肝癌細胞系の異種移植片（xenografts of liver cancer cell lines such as MHCC97 in nude mice）」Tianらの文献、Br J 5 Cancer 1999 Nov;81(5):814-21；「A549及びH460などの非小細胞肺癌細胞系の異種移植片、並びにNCI-H345などの小細胞肺癌細胞系の異種移植片（xenografts of non small cell lung cancer cell lines such as A549 and H460 and xenografts of small cell lung cancer cell lines such as NCI-H345）」；「ヌードマウスにおけるCWR-22などの前立腺癌細胞系の異種移植片（xenografts of prostate cancer cell lines such as CWR-22 in nude mice）」Pretlowらの文献, J Natl Cancer Inst. 1993 Mar 3;85(5):394-8；又は「ヌードマウスにおけるMV3などの皮膚癌細胞系の異種移植片（xenografts of skin cancer cell lines such as MV3 in nude mice）」van Muijenらの文献, Int J Cancer 1991 Apr 22;48(1):85-91。これらは、該モデルにおいて呈される病理が、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌のものと類似していることから、PTA089のレベルを調節する試験化合物に利用できる。また、本開示に基づき、トランスジェニック動物がPTA089をコードする遺伝子又は遺伝子群の「ノックアウト」変異を有して産生され得ることは、当業者にとって明らかである。遺伝子の「ノックアウト」変異は、変異された遺伝子を発現させなくするか、又は異常形態で若しくは低レベルで発現させる突然変異であり、その結果、該遺伝子産物に関連する活性がほとんど又は完全になくなる。好ましくは、トランスジェニック動物は哺乳動物であり；より好ましくは、該トランスジェニック動物はマウスである。
一実施態様において、PTA089の発現を調節する試験化合物は、非ヒト動物（例えばマウス、ラット、サル、ウサギ及びモルモット）において、好ましくはPTA089を発現する膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌についての非ヒト動物モデルにおいて同定される。この実施態様により、試験化合物又は対照化合物を動物に投与し、PTA089の発現における試験化合物の影響を測定する。PTA089の発現を変える試験化合物は、試験化合物で処置した動物若しくは動物群におけるPTA089（又はそれをコードするmRNA）のレベルを、対照化合物で処置した動物若しくは動物群におけるPTA089又はmRNAのレベルと比較することにより、同定できる。当業者に公知の技術、例えばインサイチュウハイブリダイゼーションを使用して、mRNA及びタンパク質レベルを測定することができる。動物は、試験化合物の効果をアッセイするために犠牲にすることができ、又は犠牲にしなくてもよい。
別の実施態様において、PTA089又はその生物学的活性部分の活性を調節する試験化合物は、PTA089を発現する、非ヒト動物（例えばマウス、ラット、サル、ウサギ及びモルモット）、好ましくは膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌についての非ヒト動物モデルにおいて同定される。この実施態様により、試験化合物又は対照化合物を動物に投与し、PTA089の活性における試験化合物の影響を測定する。PTA089の活性を変える試験化合物は、対照化合物で処置した動物、及び試験化合物で処置した動物をアッセイすることにより同定できる。PTA089の活性は、PTA089の細胞セカンドメッセンジャー（例えば細胞内Ca2+、ジアシルグリセロール、IP3、その他）の誘導を検出すること、PTA089若しくはその結合パートナーの触媒活性又は酵素活性を検出すること、リポーター遺伝子（例えば、ルシフェラーゼ又は緑色蛍光タンパク質などの検出可能なマーカーをコードする核酸を機能的に連結したPTA089応答性制御エレメント）の誘導を検出すること、又は細胞応答（例えば細胞分化又は細胞増殖）を検出することにより評価できる。当業者に公知の技術は、PTA089の活性の変化を検出するために利用できる（例えば、米国特許第5,401,639号（引用により本明細書に組み込まれる）を参照されたい）。
更に別の実施態様において、PTA089のレベル又は発現を調節する試験化合物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有するヒト対象において、特に重篤な膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有するヒト対象において同定される。この実施態様により、試験化合物又は対照化合物をヒト対象に投与し、PTA089の発現における試験化合物の影響を、生体試料（例えば、血清、血漿又は尿）中のPTA089又はこれをコードするmRNAを分析することにより測定する。PTA089の発現を変える試験化合物は、対照化合物で処置した対象又は対象群におけるPTA089又はそれをコードするmRNAのレベルを、試験化合物で処置した対象又は対象群におけるPTA089又はそれをコードするmRNAのレベルと比較することにより、同定できる。あるいは、PTA089の発現の変化は、試験化合物の投与前又は後の対象又は対象群におけるPTA089又はそれをコードするmRNAのレベルを比較することにより同定できる。当業者に公知の技術を使用して、生体試料を得、mRNA又はタンパク質発現を解析することができる。例えば、本明細書に記載する好ましい技術は、PTA089のレベルの変化を評価するために使用できる。
別の実施態様において、PTA089の活性を調節する試験化合物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有するヒト対象（好ましくは、重篤な膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有するヒト対象）で同定される。この実施態様において、試験化合物又は対照化合物をヒト対象に投与し、PTA089の活性における試験化合物の影響を測定する。PTA089の活性を変える試験化合物は、対照化合物で処置した対象からの試料を、試験化合物で処置した対象からの生体試料と比較することにより同定できる。あるいは、PTA089の活性の変化は、試験化合物の投与前又は後の対象又は対象群におけるPTA089の活性を比較することにより同定できる。PTA089の活性は、生体試料（例えば、血清、血漿又は尿）における、PTA089の細胞シグナル伝達経路（例えば細胞内Ca2+、ジアシルグリセロール、IP3、その他）、PTA089若しくはその結合パートナーの触媒活性若しくは酵素活性、又は細胞応答、例えば、細胞分化若しくは細胞増殖の誘導を検出することにより評価できる。当業者に公知の技術を使用して、PTA089のセカンドメッセンジャーの誘導における変化、又は細胞応答の変化を検出することができる。例えば、RT-PCRを使用して、細胞セカンドメッセンジャーの誘導における変化を検出できる。
別の実施態様において、対照対象（例えば膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でないヒト）において検出されたレベルに対し、PTA089のレベル又は発現を変化させる試験化合物は、更なる試験使用又は治療的使用のために選択される。別の実施態様において、対照対象（例えば膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌及び皮膚癌でないヒト）において見出される活性に対し、PTA089の活性を変化させる試験化合物は、更なる試験使用又は治療的使用のために選択される。
別の実施態様において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌に関連する1以上の症状の重篤性を減少させる試験化合物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有するヒト対象、特に重篤な膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象で同定される。この実施態様により、試験化合物又は対照化合物を対象に投与し、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の1以上の症状における試験化合物の影響を測定する。1以上の症候を減少させる試験化合物は、対照化合物で処置した対象を試験化合物で処置した対象と比較することにより同定できる。膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌に精通している医師に公知の技術を使用して、試験化合物が膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌に関連する1以上の症状を減少させるか否かを測定できる。例えば、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象において腫瘍量を減少させる試験化合物は、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する対象のために有益である。
別の実施態様において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有するヒトにおいて膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌に関連する1以上の症状の重篤性を減少させる試験化合物は、更なる試験使用又は治療的使用のために選択される。
（治療的及び予防的組成物並びにこれらの使用）
本発明は、本発明の化合物の有効量を対象に投与することを含む、治療（及び予防）の方法を提供する。特定の態様において、本化合物は、実質的に精製されている（例えば、その作用を制限するか又は望ましくない副作用をもたらす物質を実質的に含まない）。対象は、例えば、ウシ、ブタ、ウマ、ニワトリ、ネコ、イヌなどを含むがこれらに限定されない動物であり、例えばヒトなどの哺乳動物である。特定の実施態様において、非ヒト哺乳動物が対象である。
本化合物が核酸を含むときに利用できる製剤及び投与方法は、先に記載しており；更なる適切な製剤及び投与経路を以下に記載してある。
例えば、リポソーム内のカプセル化、微小粒子、マイクロカプセル、本化合物を発現できる組換え細胞、受容体媒介型エンドサイトーシス（例えばWu及びWuの文献, 1987, J. Biol. Chem. 262:4429-4432を参照されたい)、レトロウイルス又はその他のベクターの一部としての核酸の構築などの種々の送達系が公知であり、本発明の化合物を投与するために使用できる。導入の方法は、経腸的又は非経口的であることができ、皮内、筋肉内、腹腔内、静脈内、皮下、鼻腔内、硬膜外及び経口経路を含むが、これらに限定されない。本化合物は、任意の好都合な経路により、例えば注入又は大量瞬時投与により、上皮性又は粘膜皮膚の裏打ち（例えば、口腔粘膜、直腸及び腸管粘膜など)を介した吸収により投与でき、他の生体活性物質と共に投与してもよい。投与は、全身又は局所であり得る。加えて、脳室内及び髄腔内注射を含む任意の適切な経路により、本発明の医薬組成物を中枢神経系に導入することが望ましい可能性があり；例えば、脳室内注入は、例えばオマヤレザバー（Ommaya reservoir）などの貯蔵部に取り付けられた脳室内カテーテルにより容易化し得る。また、例えば吸入器又は噴霧器の使用により、及びエアロゾル化剤での処方により、肺投与も利用できる。
本発明の一態様において、本発明で利用される核酸は、例えば粒子媒介型表皮性送達を利用して真皮に送達できる。
特定の実施態様において、治療を必要とする領域に局所的に本発明の医薬組成物を投与することが望ましい場合があり；これは、例えば、限定するものではないが、外科手術の間の局部的な注入、局所適用、例えば注射によって、カテーテルによって、又はインプラントによって達成してもよく、前記インプラントは、サイラスティック（sialastic）膜などの膜を含む多孔性、非多孔性若しくはゲル状物質又は線維である。一実施態様において、投与は、膀胱組織、結腸直腸組織、頭頸部組織、腎臓組織、肝臓組織、肺組織、前立腺組織又は皮膚組織への直接注入によるものであり得、又は悪性腫瘍組織若しくは新生物組織若しくは前新生物組織の部位（又は前者の部位）での直接注入によるものであり得る。
別の実施態様において、本化合物は、小胞、特にリポソームで送達できる（Langerの文献, 1990, Science 249:1527 1533；Treatらの文献, 「感染性疾患及び癌の治療法におけるリポソーム（Liposomes in the Therapy of Infectious Disease and Cancer）」中, Lopez Berestein及びFidler (編), Liss, New York, pp. 353-365 (1989)；Lopez Beresteinの文献, 同書, pp. 317-327；同書を一般に参照されたい）。
更に別の実施態様において、本化合物は、徐放系で送達できる。一実施態様において、ポンプを使用できる（Langerの文献,上掲；Seftonの文献, 1987, CRC Crit. Ref. Biomed. Eng. 14:201；Buchwaldらの文献, 1980, Surgery 88:507；Saudekらの文献, 1989, N. Engl. J. Med. 321:574を参照されたい）。別の実施態様において、ポリマー物質を使用できる（「徐放の医学的適用（Medical Applications of Controlled Release）」, Langer及びWise (編), CRC Pres., Boca Raton, Florida (1974);「制御薬剤生体利用能、薬剤生産設計及び性能（Controlled Drug Bioavailability, Drug Product Design and Performance）」, Smolen及びBall (編), Wiley, New York (1984)；Ranger及びPeppas, J.の文献, 1983, Macromol. Sci. Rev. Macromol. Chem. 23:61を参照されたく；また、Levyらの文献, 1985, Science 228:190；Duringらの文献, 1989, Ann. Neurol. 25:351；Howardらの文献, 1989, J. Neurosurg. 71:105も参照されたい）。更に別の実施態様において、徐放系は治療標的、すなわち膀胱、胸部、結腸直腸、胃、頭頸部、腎臓、肺、骨芽細胞、膵臓、前立腺、皮膚、甲状腺若しくは子宮の近傍に置くことができ、それゆえ、全身用量の一部のみが必要とされる（例えばGoodsonの文献, 「徐放の医学的適用（Medical Applications of Controlled Release）」中,上掲, vol. 2, pp. 115-138 (1984)を参照されたい）。
他の徐放系は、Langerによる総説(1990, Science 249:1527-1533)にて議論されている。
本発明の化合物がタンパク質をコードする核酸である特定の実施態様において、該核酸は、適切な核酸発現ベクターの一部としてそれを構築し、それが細胞内になるように投与することにより、例えばレトロウイルスベクターの使用により（米国特許第4,980,286号を参照）、又は直接注入により、又は微粒子照射の使用により（例えば遺伝子銃；Biolistic, Dupont）、又は脂質若しくは細胞表面受容体若しくはトランスフェクト試薬での被覆により、又は核内に入ることが公知のホメオボックス様ペプチドに関連付けてそれを投与すること（Joliotらの文献, 1991, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 88:1864-1868）などにより、インビボで投与して、そのコードタンパク質の発現を促進できる。あるいは、核酸は、細胞内に導入し、相同組換えにより発現のために宿主細胞DNA内に組み込むことができる。
また本発明は、医薬組成物を提供する。このような組成物は、治療上有効量の化合物及び医薬として許容し得る担体を含む。特定の実施態様において、用語「医薬として許容し得る」は、動物及びより具体的にはヒトにおける使用について、連邦政府若しくは州政府の規制当局により承認に適切であり得る、又は米国薬局方若しくは他の一般的に認められている薬局方に収載されていることを意味する。用語「担体」とは、治療薬と共に投与される希釈剤、アジュバント、賦形剤又はビヒクルをいう。このような医薬担体は、水及び油等の滅菌液であり得、ピーナッツ油、大豆油、鉱油、ゴマ油等の石油、動物、植物又は合成起源のものを含む。水は、医薬組成物を静脈内投与するときに好ましい担体である。特に注射用溶液については、生理食塩水並びに水性デキストロース溶液及びグリセロール溶液も液体担体として利用できる。適切な医薬賦形剤には、デンプン、グルコース、ラクトース、スクロース、ゼラチン、麦芽、コメ、小麦粉、チョーク、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレン、グリコール、水、エタノールなどを含む。組成物には、所望の場合、微量の湿潤剤若しくは乳化剤又はpH緩衝剤も含み得る。これらの組成物は、液剤、懸濁剤、乳剤、錠剤、丸剤、カプセル剤、散剤、徐放性製剤などの形態をとることができる。組成物は、坐薬として、トリグリセリドなどの従来型の結合剤及び担体と共に製剤化できる。経口製剤には、医薬品等級のマンニトール、乳糖、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム、その他のなどの標準的担体を含み得る。適切な医薬担体の例は、E.W. Martinによる「レミントンの薬学（Remington's Pharmaceutical Sciences）」に記載されている。このような組成物には、治療的有効量の本化合物を、好ましくは精製した形態で、対象への投与に適した形態を提供するのに適切な量の担体と共に含む。製剤化は、投与様式に合わせるべきである。
例えば、1以上の抗体が利用される実施態様において、本組成物は、ヒトへの静脈内投与に適合化された医薬組成物としてルーチン手順に従い製剤化される。典型的には、静脈内投与用組成物は、無菌の等張性水性緩衝液中の溶液である。必要な場合、本組成物は、溶解剤、及び注射部位における疼痛を緩和するリドカインなどの局所麻酔薬も含み得る。一般に、該成分は、別々に、又は単位剤形、例えば活性剤の量を示すアンプル若しくはサッシェなどの密封封止容器内に乾燥凍結乾燥粉末として若しくは水を含まない濃縮物として混合され、供給される。本組成物を輸液により投与する場合、無菌医薬品等級の水又は生理食塩水を含有する輸液ボトルで供給できる。本組成物が注射により投与される場合、該成分が投与前に混合できるように、注射用滅菌水又は生理食塩水のアンプルを提供できる。
本発明の化合物は、中性又は塩形態として製剤化できる。医薬として許容し得る塩には、適当である場合、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸などに由来するものなどの遊離アミノ基と形成されたもの、及びナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、水酸化第2鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、2-エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどの遊離カルボキシル基と形成されたものを含む。
膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の治療に効果的である本発明の化合物の量は、標準的な臨床技術により測定できる。加えて、最適な用量範囲を同定するのを補助するために、インビトロアッセイ法を任意に使用できる。また、製剤に利用される正確な用量は、投与経路及び疾患又は障害の重症度に依存し、従事者の判断及び各対象の状況に従って決定されるべきである。しかし、静脈内投与に適切な用量範囲は、一般に、体重1キログラムあたり約20〜500μgの活性化合物である。鼻腔内投与に適切な用量範囲は、一般に、約0.01pg/kg体重〜1mg/kg体重である。有効用量は、インビトロ又は動物モデル試験系に由来する用量反応曲線から推定できる。
坐薬は、一般に、0.5重量％〜10重量％の範囲の活性成分を含み、経口製剤は、好ましくは10％〜95％の活性成分を含む。
また、本発明は、本発明の医薬組成物の1以上の成分を充填した1以上の容器を含む医薬パック又はキットも提供する。このような容器には、医薬製品又は生物学的製品の製造、使用又は販売を規制する政府当局により規定された形態での通知を任意に伴うことができ、この通知は（a）ヒト投与についての製造、使用又は販売の当該機関による承認、（b）使用の方向性、又はその両方を反映する。
したがって、キットが本発明で利用される抗体を含むという態様において、例えば、抗体は、投与又は使用の前の再構成のために凍結乾燥できる。キットが癌などの療法/治療における使用のための場合、抗体は等張水溶液により再構成できこれは、任意にキットで提供できる。一態様において、キットは、本発明で使用される免疫原性ポリペプチドなどのポリペプチドを含むことができ、これは例えば凍結乾燥できる。後者のキットは、免疫原性ポリペプチドを再構成するためのアジュバントを更に含むことができる。
また本発明は、本明細書に記載する組成物、例えば対象において免疫応答を誘発するための医薬組成物及び/又はワクチン組成物にも拡張する。
（イメージング技術によるPTA089の存在量の測定）
イメージング技術によるPTA089の存在量の測定の利点は、このような方法が非侵襲性であり（試薬を投与する必要があり得ることは別として）、該対象から試料を抽出する必要がないことであり得る。
適切なイメージング技術には、ポジトロン放出断層撮影（PET）及び単光子放出コンピュータ断層撮影（SPECT）を含む。このような技術を使用するPTA089の視覚化は、適切な標識、例えば18F、11C又は123Iなどの放射性トレーサの取り込み又は結合を必要とする（例えばNeuroRx - The Journal of the American Society for Experimental NeuroTherapeutics (2005) 2(2), 348-360、及び該技術の更なる詳細について上掲361-371頁を参照されたい）。放射性トレーサ又は他の標識は、好適に標識された特定のリガンドの対象への投与により（例えば注入により）、PTA089に組み込むことができる。あるいは、これらは、（例えば注入により）対象に投与できるPTA089に特異的な結合親和性試薬（例えば抗体）に組み込むことができる。イメージングについてのアフィボディの使用に関する考察については、例えばOrlova A, Magnusson M, Eriksson TL, Nilsson M, Larsson B, Hoiden-Guthenberg I, Widstrom C, Carlsson J, Tolmachev V, Stahl S, Nilsson FYの文献, 「ピコモル親和性HER2結合アフィボディ分子を使用する腫瘍イメージング（Tumor imaging using a picomolar affinity HER2 binding Affibody molecule）」, Cancer Res. 2006 Apr 15;66(8):4339-48を参照されたい。
（免疫組織化学を使用する膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の診断及び治療）
免疫組織化学は優れた検出技術であり、それゆえ、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の診断及び治療に非常に有用であり得る。免疫組織化学は、蛍光色素、酵素、放射性元素又はコロイド金などのマーカーにより視覚化される抗原-抗体相互作用を介する特異試薬として、PTA089に特異的に結合する標識化抗体（又は他の親和性試薬）、その誘導体及び類似体の使用により、組織切片におけるPTA089抗原の局在を介して、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出し、診断し又はモニタリングするために使用できる。
モノクローナル抗体技術の発達は、ヒト新生物の最新の正確な顕微鏡診断における免疫組織化学の立場を保証する際にきわめて重要であった。免疫組織化学による拡散した腫瘍的形質転換細胞の同定は、癌浸潤及び転移、並びに悪性度増加に対する腫瘍細胞関連免疫表現型の進化のより鮮明な画像を可能にする。将来の抗新生物治療アプローチには、個々の患者の腫瘍性疾患に伴う特定の免疫表現型的パターンに特異的な様々な個別的免疫治療を含み得る。更なる考察については、例えばBodey Bの論文, 「新生物の診断及び治療における免疫組織化学の意義（The significance of immunohistochemistry in the diagnosis and therapy of neoplasms）」, Expert Opin Biol Ther. 2002 Apr;2(4):371-93を参照されたい。
本発明の各態様の好適な特徴は、必要な変更を加えた他の態様の各々に関して同様である。本明細書に記載の従来技術文献は、法律により許される最大範囲で組み込まれる。
（実施例1：前立腺癌組織試料において発現する膜タンパク質の同定）
下記の参照プロトコルを使用し、前立腺癌組織試料から抽出された膜タンパク質を同位体コード親和性タグ（ICAT）を用いて分析した。
（1.1 材料及び方法）
（1.1.1−膜画分の調製）
前立腺癌から回収した細胞を溶解し、1000Gで遠心分離に供した。上清を取り、その後、これを3000Gで遠心分離した。もう一度上清を取り、次いで、これを100000Gで遠心分離した。
得られたペレットを標識化緩衝液（50mMのトリス-HCl pH8.3、5mMのEDTA、0.5%SDS）中で沸騰させて溶解し、タンパク質濃度を測定した。
ウェスタンブロットを使用して、膜タンパク質マーカーを検証した。
（1.1.2−ICAT試薬の合成）
使用したICAT試薬は、以下の同位元素的に異なる基質により合成した：4,7,10-トリオキサ-1,13-トリデカンジアミン(A)（Aldrich, Milwaukee, WI）及び2,2',3,3',11,11',12,12'-オクタデウテロ-4,7,10-トリオキサ-1,13-トリデカンジアミン(B)（Gerber, S.A., Scott, C.R., Turecek, F.及びGelb, M.H.の文献「エレクトロスプレーイオン化質量分析による細胞溶解液中の複数の酵素の速度解析（Analysis of rates of multiple enzymes in cell lysates by electrospray ionization mass spectrometry）」J. Am. Chem. Soc. 121, 1102-1103 (1999)）。N-(13-アミノ-4,7,10-トリオキサトリデカニル)ビオチンアミド(C)の合成は以下の通りであった。過剰なN,N-ジイソプロピルエチルアミン（Aldrich）を含んでいるビオチン-ペンタフルオロフェニルエステル（Pierce, Rockford, IL）の乾燥ジメチルホルムアミド溶液に、5当量の(A)を室温で3時間撹拌しながら加えた。溶媒を減圧下で除去し、(C)を逆相HPLCにより均質に精製した。重い類似体を(C)について調製したが、5当量の(B)を用いた。N-(13-ヨードアセトアミド-4,7,10-トリオキサトリデカニル)ビオチンアミド(D)の合成は以下の通りであった。過剰のN,N-ジイソプロピルエチルアミンを含んでいる乾燥したジメチルホルムアミド中の (C)（又は重い類似体）に、2当量のヨード酢酸無水物（Aldrich）を室温で3時間撹拌しながら加えた。溶媒を減圧下で除去し、(D)を逆相HPLCにより均質に精製し、MSにより特徴づけた。
（1.1.3−ICAT分析）
100μgの総タンパク質を使用した。変性タンパク質混合物のジスルフィド結合を37℃で1時間還元した（50mMのトリス緩衝液pH8.5、6MのグアニジンHCl、5mMのトリブチルホスフィン）。各混合物中のシステイニル基を、5倍モル過剰の適切なICAT試薬でそれぞれビオチン化した。過剰なICAT試薬を、0.1%SDS含有トリス緩衝液（50mM、pH8.5）でのゲル濾過（Bio-Rad, Richmond, CA）により複合サンプルから除去し、タンパク質画分を37℃で終夜トリプシン（Promega, Madison, WI）にて消化した。次いでペプチド溶液を、調製済み単量体アビジンカラム（Pierce）に通した。カラムを水で洗浄し、ビオチン化ペプチドを0.3%ギ酸（1ml画分）で溶出させた。溶出したサンプルの量（0.3%ギ酸中）を、1,000から50μlまで減らした。全手順にわたるペプチド回収は、およそ70%と推定した。
LCQイオントラップ質量分析器（Finnigan MAT, San Jose, CA）は、自社作成のマイクロエレクトロスプレー源（例えば、Figeys, D.らの文献 「新規質量分析技術と組み合わせた電気泳動：タンパク質及びプロテオームの解析のための強力なツール（Electrophoresis combined with novel mass spectrometry techniques: powerful tools for the analysis of proteins and proteomes）」Electrophoresis 19, 1811-1818 (1998)を参照されたい）及びHP1100溶媒送達システム （Hewlett Packard, Palo Alto, CA）を用いて使用した。5-80%の溶媒Bを用いて60分の2成分勾配を行った（アセトニトリル及び0.005%ヘプタフルオロ酪酸（HFBA））。溶媒Aは、0.4%酢酸及び0.005%HFBAから成った。0.5μl/分の流量を、社内でMonitor球状シリカ（Column Engineering, Ontario, CA）を充填した100μm×12cmのフューズドシリカキャピラリーカラムとともに使用した。機能的クロマトグラフィーを、H2O中500pmolと同程度のペプチドロードを用いるこの構成で達成した。1μlのペプチド混合物をカラムに加圧ロードした。溶出ペプチドを、他に記載されるようなμLC-MS及びμLC-MS/MS技術によって分析した（例えば、Gygi, S.P., Rochon, Y., Franza, B.R.及びAebersold, Rの文献, 「酵母におけるタンパク質とmRNA多量性との間の相関（Correlation between protein and mRNA abundance in yeast）」, Mol. Cell. Biol. 19, 1720-1730 (1999)、及びGygi, S.P., Han, D.K.M., Gingras, A.C., Sonenberg, N.及びAebersold, Rの文献, 「質量分析及び配列データベース検索によるタンパク質解析：ポストゲノム時代における癌治療のためのツール（Protein analysis by mass spectrometry and sequence database searching: tools for cancer research in the post-genomic era）」, Electrophoresis 20, 310-319 (1999)を参照されたい）。ペプチド対溶出の強度は、走査式質量分析器において測定した。示差的にタグ付けされたペプチド対の溶出時間には、軽い類似体の1〜2秒前に重い類似体が溶出するという、わずかな違いが存在する。こうした理由から、各溶出ペプチドの全てのピーク面積を再構築し、比率算出に使用した。アミノ酸配列を決定するために、質量分析器は、データ依存的MS/MSモードで操作し（完全走査質量スペクトルの後に、タンデム型の質量スペクトルが続く）、ここで前駆体イオンは、先の走査から「飛行中に」選択される。断片化のために選択されたイオンについてのm/z比をリストに置き、更なる断片化から1分間動的に除外した。部分的なアミノ酸配列及びPTA089の同定について、トリプシンペプチドの未解釈のタンデム型質量スペクトルをSEQUEST検索プログラムを使用して検索し（Eng, J., McCormack, A.L.及びYates, J.R.の文献 「ペプチドのタンデム型質量スペクトルデータをタンパク質データベースにおけるアミノ酸配列と相関させるためのアプローチ（An approach to correlate tandem mass spectral data of peptides with amino acid sequences in a protein database.）」J. Am. Soc. Mass Spectrom. 5, 976-989 (1994)）、これは、OWL非冗長性配列データベースに対し、タンデム型の質量スペクトルを検索した（Bleasby, A.J., Akrigg, D.及びAttwood, T.K. 「OWL非冗長複合タンパク質配列データベース（OWL-a non-redundant composite protein sequence database）」Nucleic Acids Res. 22, 3574-3577 (1994)）。
（1.1.4−前立腺癌関連のタンパク質の識別）
PTA089を同定する方法には、天然に存在するヒトタンパク質の上記質量分析により実験的に得られたペプチド配列を使用し、既報のヒトゲノム配列におけるコードエキソンを同定し、組織化する。
ヒトゲノムの化学的配列の決定における近年の劇的な進歩は、この膨大な作業を完遂間近へと導いた（Venter, J.C.らの文献 (2001) 「ヒトゲノムの配列（The sequence of the human genome）」Science 16: 1304-51；国際ヒトゲノム配列コンソーシアム(2001)、「ヒトゲノムの一次配列及び解析（Initial sequencing and analysis of the human genome）」Nature 409: 860-921）。この配列情報は、我々が、分子進化、比較ゲノム学、病理メカニズム及び分子医薬を含む多くの生物学的プロセスを理解する上で、実質的な衝撃を有することにはおよそ疑いがない。ヒトゲノムの配列に固有の完全な医学的価値が実現されるためには、ゲノムが「組織化」され、注釈付けされる必要がある。これは、少なくとも以下の3つのことを意味する：（i）ゲノムの個々の部分の配列の集合を、それぞれの染色体の干渉的（coherent）で連続的な配列に構築すること；（ii）遺伝子を含む各染色体のそれらの領域の明確な同定；（iii）遺伝子の微細構造並びにそのmRNA及びタンパク質産物の特性の決定。「遺伝子」の定義付けはますます複雑な問題となる一方で（H Pearsonの文献:「遺伝子とは何か？（What is a gene?）」 Nature (2006) 24: 399-401）、創薬及び薬剤開発にとっての当座の興味は、機能的な発現タンパク質をコードするこれらの遺伝子のカタログである。これらの遺伝子のサブセットは、全てとまではいかないまでもほとんどの病態の分子基盤に関与する。したがって、医薬産業にとって重要かつ当面の目標は、ヒトゲノムにおいてそのような全ての遺伝子を同定し、それらの微細構造を説明することである。
（OGAP（登録商標）データベースを形成するためのペプチド質量、ペプチド特徴、EST及びパブリックドメインゲノム配列データのプロセシング及び組み込み）
個別の遺伝学的単位（エキソン、転写物及び遺伝子）を以下の一連の工程を使用して同定した：
1．Ensembl及び様々な遺伝子予測プログラムから入手可能な遺伝子同定を組み合わせることによりヒトゲノムに位置づけられたトリプシンペプチドを含む「仮想トランスクリプトーム」を生成する。これには、遺伝子同定のSNPデータ（dbSNPから）及び全ての選択的スプライシングも組み込む。また、公知の混入物を仮想トランスクリプトームに追加した。
2．仮想トランスクリプトームにおける1つに対して位置づけることができるペプチドを産生するために、OGeS質量分析データベースにおける全てのタンデムスペクトルを解釈する。一連の自動化されたスペクトル解釈アルゴリズムを使用してペプチド同定がなされた。
3．OGeS質量分析データベースにおいて全ての質量マッチペプチドのセットは、典型的には20ppmという質量分析器の質量精度に基づいた公差を使用して、タンデムペプチドによりヒットした転写物由来の全てのペプチドを検索することによって作製される。
4．全てのタンデムペプチド及び質量マッチペプチドを、「タンパク質クラスター」の形態で組合せる。これは、配列を共通のペプチドヒットに基づいてクラスターへとグループ化する再帰的プロセスを使用してなされる。生物学的配列は、これらが1以上のタンデムペプチド又は質量マッチペプチドを共有する場合に、同じクラスターに属するとみなす。
5．誤って同定したペプチドを除外するための一次フィルタリングの後、得られたクラスターをヒトゲノムにおいて位置づける。
6．次いで、タンパク質クラスター内のペプチドのそれらの近接度及び同時観察を使用して、タンパク質クラスターを予備的遺伝子境界を規定する領域に集約させる。近接度は、同じ染色体の同じ鎖上の80,000ヌクレオチド内に存在するペプチドとして定義される。クラスター観察スコアリング及びゲノムに対する複数マッピングに基づいた種々の排除則を使用して出力結果を洗練する。得られる「確認された遺伝子」は、各クラスターにおいて質量分析により観測されたペプチド及び質量の最良を占めるものである。また、遺伝子の公称座標がこの段階の出力である。
7．それぞれの確認された遺伝子の転写物の最良のセットを、タンパク質クラスター、ペプチド、EST、候補エキソン及び元のタンパク質スポットの分子量から作製する。
8．同定された各転写物を、観測されたペプチドを提供する試料に関連づけた。
9．データを考察し、マイニングするためのアプリケーションの使用。工程1〜8の結果は、それぞれが多数のエキソン及び1以上の転写物からなる遺伝子を含むデータベースであった。アプリケーションは、この統合したゲノム/プロテオームデータを示して、検索するために記載した。Ensemblにより同じGolden経路座標系に位置づけられた任意の特徴（OMIM疾患座、InterProなど）は、位置及び微細構造の一致により、これらの遺伝子に相互参照できた。
（結果）
本プロセスを使用して、タンパク質コード遺伝子及びそれらのエキソンを同定するためのおよそ1,000,000ペプチド配列を生成し、B細胞非ホジキンリンパ腫における501遺伝子、膀胱癌における506遺伝子、乳癌における4,713遺伝子、バーキットリンパ腫における766遺伝子、子宮頸癌における1,371遺伝子、結腸直腸癌における949遺伝子、肝臓細胞癌における1,782遺伝子、慢性リンパ性白血病における2,424遺伝子、肺癌における978遺伝子、黒色腫における1,764遺伝子、卵巣癌における1,033遺伝子、膵臓癌における2,961遺伝子及び前立腺癌における3,307遺伝子を含む、67の異なる組織及び57の疾患にわたる18083遺伝子についてのタンパク質配列の同定がなされ、前立腺癌の試料から単離及び同定されたPTA089により本明細書において実証された。OGAP（登録商標）データベースにおける配列と実験的に決定された配列との比較に続き、PTA089は、予後及び診断特性の指標である前立腺癌への高度な特異性を示した。
（1.2 結果）
これらの実験は、本明細書に更に記載されているように、PTA089を同定した。全長のPTA089は、前立腺癌試料の膜において検出され、サイトゾルにおいては検出されなかった。
タンパク質指数をPTA089について算出した。各遺伝子について、タンパク質指数は、質量分析データを使用して、グローバルデータベースに相対的な各疾患に対するスコアを割り当てる。次いで、タンパク質指数は、癌の指標における高いスコア、並びに正常及び他の疾患における低い/ごくわずかなスコアを用いて、癌特異的遺伝子を同定することができる。該指数は、56の疾患から質量分析を介して配列決定された1,000,000までのペプチドを含む。各遺伝子について、これは、各疾患及び細胞内位置についてスコアを生じる。
PTA089についてのタンパク質指数は、前立腺癌膜において中程度であり、正常な脳膜においてきわめて低い。PTA089は、他のいずれの疾患においても検出されなかった。これは、PTA089が前立腺癌膜の良好なマーカーとなる可能性があることを示す。
（実施例2：PTA089に対する抗体を使用する免疫組織化学）
以下の参照プロトコルを使用し、PTA089に対する2つのウサギポリクローナル抗体（Abcam, ab39717及びab41064）を使用して、免疫組織化学をFFPE腫瘍及び正常組織において実施した。
（2.1 材料及び方法）
抗ウサギEnVisionプラスキット（K4010）は、DAKO、CA、米国から得た。EX-De-Waxは、BioGenex、CA、米国から得た。組織切片及びアレイは、Biomax、MD、米国から得た。
（2.1.1−脱パラフィン化及び再水和）
スライドを、緩衝液なしで水浴中50mlファルコンにおいて、60℃で2時間加熱した。各ファルコンは、1つのスライド、又はスライドが互いに固着することを防ぐために間に長いゲルローディングチップを有する背中合わせの2つのスライドを有した。スライドは、黒いスライドラックにおいて5分間EZ-DeWaxで脱パラフィン化し、次いで1mlのピペットを使用して同じDeWax溶液でよくリンスし、その後洗瓶の水で洗浄した。スライドを水で満たされたコプリンジャー（coplin jar）内に置き；水を2回交換した。
（2.1.2−抗原回復）
水を抗原回復溶液、すなわち1×クエン酸緩衝液、pH6（DAKO）と交換した。抗原は、水浴法で回復した。抗原回復溶液におけるプラスチックコプリンジャー内のスライドを水浴に入れ、次いで60℃〜90℃に加熱した。該スライドを90℃で20分間インキュベートし、次に、室温で20分間放置して冷却した。スライドをPBS-3T（0.5LのPBS＋3滴のTween-20）で1×5分洗浄し、PBS中に置いた。
（2.1.3−染色）
抗原回復後、スライドを、シャンドン（Shandon）カバープレート系に取り付けた。スライドとプラスチックカバープレートとの間の気泡の捕捉は、カバープレートをPBSで満たされたコプリンジャーに入れ、組織切片を有するスライドをカバープレートに穏やかに摺動させることにより防止した。スライドをコプリンジャーから引き抜くと同時に、それをカバープレートと共にきつく保った。組み立てたスライドをラックに入れ、PBSを漏斗内及びスライドとカバープレートとの間に捕捉し、通り抜けさせた。スライドを、2×2ml（又は4×1ml）のPBS-3T、1×2mlのPBSで洗浄し、全てのPBSがスライドからなくなり、かつ実質的にPBSが漏斗内からなくなるまで待機した。
内在性ペルオキシド遮断を、EnVision＋キットで供給される溶液を使用して実施した。スライドあたり1〜4滴のペルオキシド溶液を使用し、5分間インキュベートした。スライドを水でリンスし、その後2mlのPBS-3Tで1回及び2mlのPBSで1回リンスし；実質的に液体が漏斗に残らなくなるまで待機し、その後、新しい部の洗浄緩衝液を加えることが重要であった。
一次抗体を、抗体希釈試薬（DAKO）で希釈した。最適な希釈は、1:300であることを決定した。最大200μlの希釈一次抗体を、各スライドに加え、室温で45分間インキュベートした。スライドを2×2ml（又は4×1ml）のPBS-3T、次いで、1×2mlのPBSで洗浄した。
抗ウサギペルオキシダーゼポリマーを、スライド当たり2×2滴適用し、室温で35分間インキュベートした。該スライドを、上記のように洗浄した。
DAB基質を、希釈緩衝液で作成し；2滴の基質を含む2mlで、10スライドについて十分であった。DAB試薬を、一度に数滴を適用することにより、スライドに加え、10分間放置した。スライドを1×2ml（又は2×1ml）のPBS-3Tで、及び1×2ml（又は2×1ml）のPBSで洗浄した。
ヘマトキシリン（DAKO）を適用し；1mlで10スライドについて十分であり、かつスライドを室温で1分間インキュベートした。シャンドンカバープレート系の漏斗を2mlの水で満たし、通り抜けさせた。スライドが過剰のヘマトキシリンがない場合に、該系を分解し、組織切片及び/又はアレイを洗瓶からの水で洗浄し、黒いスライドラックに入れた。組織を、EZ-DeWaxにおいて5分間、その後95%エタノールにおいて2〜5分間インキュベートすることにより、脱水した。
スライドを、室温のベンチで放置して乾燥させ、それから包埋溶媒で包埋し、カバーグラスでカバーした。
（2.2 結果）
免疫組織化学分析より、結腸直腸癌、肺癌、腎癌、頭頸部癌、膀胱癌及び前立腺癌における腫瘍細胞の特異的染色が明らかとなった。高倍率で、細胞の多くは、形質膜が強く染色されていることがわかり、相当量の細胞質染色も細画分においてみられた。したがって、我々の臨床試料のスコア化は、膜染色のみの観察に基づいている。
下記の表2及び図3は、癌（20事例/型）及び正常対照（5事例/型）の20の最も一般的な型からの500の組織核を含む高密度アレイの結果を示す。PTA089の細胞外領域の異なる部分に結合する2つの異なる抗体を使用して、免疫組織化学を実施した。癌細胞におけるPTA089の染色の増加が、結腸直腸癌、肺癌、腎癌、頭頸部癌、膀胱癌及び前立腺癌にみられた。図3a及び3bは、抗体1及び抗体2のそれぞれに対する各腫瘍型の、有病率%及び異なる強度の染色（+＝弱い染色；++＝中程度の染色；+++＝強い染色）を示している。
Figure 2012515544
Figure 2012515544
（実施例3：PTA089のRNAプロファイリング）
Asterand社によって実施された以下の参照プロトコルを使用し、72の異なる組織種で定量的リアルタイムPCRを用いて、PTA089についての遺伝子発現データを得た。
（3.1 材料及び方法）
72の異なる組織種でリアルタイムPCRを使用して、PTA089の遺伝子発現データを得た。各組織種は、3人の異なるヒトドナーから得た（図2a−2c）。オリゴヌクレオチドプライマーセットを選択して、PTA089（配列番号1）を表した。
Asterand社は、全ての遺伝子の発現の測定に適用できる世界標準曲線（GSC）を生成している。アッセイにおいて、mRNAのコピー数を定量化するために、閾値に達するのに必要なPCRサイクルの数を、開始コピー数と関連付ける必要がある。これを81遺伝子について行った。これは、プライマープローブセットがイントロンに及び、それゆえゲノムDNAからの増幅に失敗するような位置にある場合に、特に有用である。このような状況において、開始コピー数の定量化は、関心対象の標的の異なる標準を用いて行われなければならない。
GSCは、1000〜20000の範囲のコピー数をカバーしている。いくつかの遺伝子について、これは、より広範囲（25〜250,000コピー）をカバーするように拡張されている。検討した遺伝子について、GSCと類似の結果が得られた。これは、GSC式に基づいた25〜250,000の範囲に渡るコピー数の推定の確かさを提供する。
（3.2 結果）
PTA089のmRNA発現を、一連の72の正常なヒト組織において、定量的リアルタイムPCRによって解析した。細胞中に含まれるRNAの総量は、平均すると10pgである。したがって、総RNA ngあたり100コピーのPTA089発現は、細胞あたり1コピーに相当する。図2a〜2cは、PTA089が、正常なヒト組織において、細胞あたり1未満のコピー数で発現されているか、又は実質的に検出不可能であったことを示している。図2aは、脳組織におけるmRNA発現データを示している。脳における発現は、全ての脳組織において低い（細胞あたり1未満のコピー数）ことが見出された。図2bは、重要器官におけるmRNA発現データである。重要器官における発現は、低い（細胞あたり1未満のコピー数）ことが見出された。図2cは、種々の組織におけるmRNA発現データである。組織の広範な選択において、RNA発現を定量化したところ、全発現が低い（細胞あたり1未満のコピー数）ことが見出された。
（実施例4：MRM質量分析を用いた結腸直腸癌、肺癌及び腎癌組織試料において発現されたPTA089の定量化）
以下の参照プロトコルを使用して、結腸直腸癌、肺癌及び腎癌組織試料、並びに正常な隣接結腸直腸、肺及び腎臓組織試料から抽出した膜タンパク質を消化し、結果として生じた相対的なPTA089のペプチド発現レベルをMRM質量分析により測定した。
（4.1 材料及び方法）
（4.1.1−形質膜分画）
結腸直腸癌、肺癌及び腎癌、並びに正常な隣接結腸直腸、肺及び腎臓組織試料から回収した細胞を溶解し、1000Gでの遠心に供した。上清を回収し、その後それを3000Gで遠心分離した。もう一度、上清を回収し、次いで、それを100000Gで遠心分離した。
結果として生じたペレットを回収し、15〜60%ショ糖密度勾配上においた。
ウェスタンブロットを使用して、サブ細胞内マーカーを同定し、形質膜画分をプールした。
（4.1.2−トリプシン消化）
結腸直腸癌、肺癌及び腎癌組織試料、並びに正常な隣接結腸直腸、肺及び腎臓組織試料由来の、PBSに懸濁させた形質膜画分を、12〜14℃で45分間、最大速度15300Gで遠心分離した。上清を除去し、2mg/mlの濃度を得るのに必要な量の上清をペレットに戻した。次いで、1%w/v SDSの対応量を加えた。その後、試料を室温でボルテックスし、次いで、12〜15℃で30分間、15300Gで遠心分離した。ペレットを残して、該試料を回収した。
各タンパク質溶液の量を50μgにし、150μlの0.5M重炭酸トリエチルアンモニウム（TEAB）溶液を添加した。各試料に、3μlの50mM トリス-(2-カルボキシエチル)ホスフィンを加え、該混合物を60℃で1時間インキュベートした。次いで、1μlのシステインブロッキング試薬、200mMのイソプロパノール中メチルメタンチオスルホナート（MMTS）を添加した。室温で10分間のインキュベーション後、15μlの1μg/μlトリプシンを各試料に添加し、続いて37℃で一晩インキュベーションした。
消化した試料を真空下で乾燥させて、40μlの0.1%水性ギ酸を添加し、続いて、該溶液のpHを＜3に低下させるのに十分なトリフルオロ酢酸（TFA）を添加し、その後、イオン交換分画を行った。
（4.1.3−ペプチドの分画及び分析）
試料を、Agilent 1200クロマトグラフ（Agilent社, Santa Clara, CA, USA）を使用して強陽イオン交換クロマトグラフィーにより分画した。試料を、20分にわたり0-100mM酢酸ナトリウム、及びその後10分にわたり1Mまでの20μl/分の勾配を使用して、Agilent Zorbax Bio-SCXIIカラム（3.5μm；50×0.8mm）から溶出した。1分の画分は、30分のランにわたって回収した。
安定同位体標識されたPTA089ペプチド（LQQIAAAVENK（配列番号4））を合成し、PTA089のより正確な定量を可能にするための内部標準として使用した。
関心対象のペプチドを含む画分を、標識したペプチドでスパイクし、PepMap 100-C18 150mm×75μmカラム（Dionex Corporation, Sunnyvale, CA, USA）及び4000Qトラップハイブリッド三重極/リニアイオントラップ装置（Applied Biosystems, Framingham, MA, USA）を取り付けたテンポクロマトグラフ（Tempo chromatograph）（Applied Biosystems, Framingham, MA, USA）を使用して、液体クロマトグラフィー/質量分析により分析した。ペプチドは、60分でアセトニトリルが5%から40%まで増加する300nl/分の勾配で、溶出された。データは、MRMモードで、前駆体イオン（Q1）、並びに非標識分析物及び標識内部標準の両方の2つのyシリーズフラグメントイオン（Q3）を選択することによって得られた。
MRMデータは、MultiQuantソフトウェア（Applied Biosystems/MDX Sciex）を使用して平滑化し、積算した。ピーク面積の比（分析物:標識内部標準）を計算し、MRM遷移の保持時間を記録した。腫瘍/正常な隣接組織対における相対的PTA089存在量を、該MRM結果から算出した。
（4.2 結果）
結腸直腸癌、肺癌及び腎癌組織試料と、それらの適合する正常な隣接試料との間の相対的ペプチド発現レベルの比率の分析は、癌試料におけるPTA089レベルが、適合する正常な隣接試料よりも高いことを示した。肺癌試料の60%、結腸直腸癌試料の40%、及び腎癌試料の20%において、上方制御が観察された。
表3は、10の肺腫瘍/正常隣接組織（NAT）対において、PTA089が全ての患者で検出されたことを示し、＞3倍の上方制御が6/10患者に見られ、このうち2人が＞5倍、うち1人が＞10倍の上方制御を示している。
Figure 2012515544
表4は、10の結腸直腸腫瘍/正常隣接組織（NAT）対において、PTA089が全ての患者で検出されたことを示し、＞3倍の上方制御が4/10患者に見られ、このうち3人が＞5倍の上方制御を示している。
Figure 2012515544
表5は、10の腎腸瘍/正常隣接組織（NAT）対において、PTA089が8/10の患者で検出されたことを示し、＞3倍の上方制御が2/10患者に見られる。
Figure 2012515544
特許及び特許出願を含む本出願において言及する全ての引用文献は、参照によりその可能な最大限の範囲で本明細書に組み込まれる。
本明細書及び添付する特許請求の範囲を通じて、文脈が別途要求しない限り、用語「含む（comprise）」並びに「含む（comprises）」及び「含むこと（comprising）」などの変形体は、述べられた整数、ステップ、整数の群又はステップの群を包含するだけではなく、任意のその他の整数、ステップ、整数の群又はステップの群を除外しないことを意味すると解する。
本発明の実施態様は本明細書に記載されており、これは特定の要素を含む。また、本発明は、同じ要素から成っているか又は基本的に成っている個別的な実施態様にまで拡張し、逆もまた同じである。
任意の次なる出願に関し、この記載及び請求項が部分を形成する出願は、優先権の基礎として使用できる。このような次なる出願の請求項は、本明細書に記載されている任意の特徴又は特徴の組合せに関し得る。それらは、物クレーム、組成物クレーム、方法クレーム又は使用クレームの形態をとることができ、例示目的であって限定ではないが、以下の請求項を含み得る。
Figure 2012515544

Claims (79)

  1. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法であって、PTA089又はその断片に特異的結合し得る親和性試薬、及び医薬として許容し得る希釈剤又は担体を含む組成物の治療上有効量を、その必要のある対象に投与することを含み、該PTA089が前記癌において過剰発現される、前記方法。
  2. PTA089又はその断片に特異的結合し得る親和性試薬。
  3. 治療的部分を含む又は治療的部分に抱合化されている、請求項2記載の親和性試薬。
  4. 前記治療的部分が細胞傷害性部分又は放射性アイソタイプである、請求項3記載の親和性試薬。
  5. 検出可能な標識を含む又は検出可能な標識に抱合化されている、請求項2記載の親和性試薬。
  6. 抗体である、請求項2〜5のいずれか1項記載の親和性試薬。
  7. 単離されたモノクローナル抗体、若しくはその抗原結合部分、抗体断片又は抗体模倣体である、請求項6記載の抗体。
  8. 前記抗体がIgG1、IgG2、IgG3又はIgG4アイソタイプの全長抗体である、請求項7記載の単離されたモノクローナル抗体。
  9. 前記抗体が、全抗体、抗体断片、ヒト化抗体、単鎖抗体、免疫複合体、脱フコシル化抗体及び二重特異性抗体からなる群から選択される、請求項7記載の単離されたモノクローナル抗体。
  10. 前記断片が、ユニボディ、ドメイン抗体及びナノボディからなる群から選択される、請求項7記載の抗体断片。
  11. 前記模倣体が、アフィボディ、DARPin、アンチカリン、アビマー、バーサボディ及びデュオカリンからなる群から選択される、請求項7記載の抗体模倣体。
  12. ヒト補体の存在下で、PTA089抗原発現細胞に対し細胞傷害性を有する、請求項7記載のモノクローナル抗体。
  13. ヒト免疫エフェクター細胞の存在下で、PTA089抗原発現細胞に対し細胞傷害性を有する、請求項7記載のモノクローナル抗体。
  14. 請求項2〜13のいずれか1項において定義した親和性試薬又はその断片の治療上有効量、及び医薬として許容し得る希釈剤又は担体を含む、医薬組成物。
  15. 請求項2〜13のいずれか1項に定義した1以上の親和性試薬、及び医薬として許容し得る賦形剤を含む、請求項14記載の医薬組成物。
  16. 疾患を治療又は予防するのに使用するための、請求項2〜13のいずれか1項に定義した作用物質、又は請求項14若しくは請求項15に定義した組成物。
  17. 前記疾患が癌である、請求項16記載の作用物質。
  18. 前記癌が、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌である、請求項17記載の作用物質。
  19. 疾患を治療又は予防するのに使用するための、PTA089又はその断片。
  20. 前記疾患が癌である、請求項19記載のPTA089又はその断片。
  21. 前記癌が、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌である、請求項20記載のPTA089又はその断片。
  22. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法であって、請求項2〜13のいずれか1項に定義した作用物質、又は請求項14若しくは請求項15に定義した組成物の治療上有効量を、その必要のある対象に投与することを含む、前記方法。
  23. 請求項7記載の単離された抗体又はその抗原結合部分をコードする、単離された核酸分子。
  24. 請求項23記載の核酸分子を含む、発現ベクター。
  25. 請求項24記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
  26. 前記親和性試薬が、治療及び/又は診断における使用に適している、請求項2〜13のいずれか１項記載の1以上の親和性試薬、又は請求項14に定義された組成物を含む、キット。
  27. 請求項16〜18のいずれか1項に定義された前記親和性試薬の使用についての取扱説明書を更に含む、請求項26記載のキット。
  28. ハイブリダイズ剤を更に含む、請求項26又は請求項27記載のキット。
  29. PTA089の活性を調節する化合物のスクリーニング方法であって：（a）PTA089又はその生物学的活性部分を、候補化合物と接触させること；及び（b）PTA089の活性がこれにより調節されるかどうかを測定すること；を含む、前記方法。
  30. （a）試料において、PTA089又はその生物学的活性部分を、候補化合物と接触させること；及び（b）前記候補化合物との接触後の前記試料におけるPTA089又はその生物学的活性部分の活性を、前記候補化合物との接触前の前記試料におけるPTA089又はその生物学的活性部分の活性と、又は参照レベルの活性と比較すること；を含む、請求項29記載の方法。
  31. PTA089の活性を阻害する化合物のスクリーニングの方法である、請求項29又は請求項30記載の方法。
  32. PTA089又はその生物学的活性部分が、細胞上に、又は細胞により発現される、請求項29〜31のいずれか1項記載の方法。
  33. PTA089又はその生物学的活性部分が、それを発現する細胞から単離される、請求項29〜31のいずれか1項記載の方法。
  34. PTA089又はその生物学的活性部分が、固相上に固定されている、請求項33記載の方法。
  35. PTA089又はPTA089をコードする核酸の発現を調節する化合物のスクリーニング方法であって：（a）PTA089又はPTA089をコードする核酸を発現している細胞を、候補化合物と接触させること；及び（b）PTA089又はPTA089をコードする核酸の発現がこれにより調節されるかどうかを測定すること；を含む、前記方法。
  36. （a）試料において、PTA089又はPTA089をコードする核酸を発現している細胞を、候補化合物と接触させること；及び（b）前記候補化合物との接触後の前記試料におけるPTA089又はPTA089をコードする核酸の発現を、前記候補化合物との接触前の前記試料におけるPTA089又はPTA089をコードする核酸の発現と、又は参照レベルの発現と比較すること；を含む、請求項35記載の方法。
  37. PTA089又はPTA089をコードする核酸の発現を阻害する化合物のスクリーニングの方法である、請求項35又は請求項36記載の方法。
  38. 請求項29〜37のいずれか1項記載の方法により得られる化合物。
  39. PTA089若しくはPTA089をコードする核酸の活性又は発現を調節する化合物。
  40. PTA089若しくはPTA089をコードする核酸の活性又は発現を阻害する、請求項39記載の化合物。
  41. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防するのに使用するための、請求項38〜40のいずれか1項記載の化合物。
  42. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法であって、請求項38〜40のいずれか1項記載の化合物の治療上有効量を、その必要のある対象に投与することを含む、前記方法。
  43. PTA089をコードする核酸にハイブリダイズしてmRNAの転写を阻害できる、ハイブリダイズ剤。
  44. 検出可能な標識を含む、又は検出可能な標識に抱合化されている、請求項43記載のハイブリダイズ剤。
  45. 請求項43又は請求項44に定義した1以上のハイブリダイズ剤、及び医薬として許容し得る希釈剤又は担体を含む、医薬組成物。
  46. 前記ハイブリダイズ剤が、治療及び/又は診断における使用に適している、請求項43〜45のいずれか1項記載の1以上のハイブリダイズ剤を含むキット。
  47. 前記ハイブリダイズ剤のそれらの結合パートナーへの結合を検出して報告できる試薬を更に含む、請求項46記載のキット。
  48. 治療に使用するための、請求項43又は請求項44のいずれか1項に定義した、ハイブリダイズ剤。
  49. 前記治療が癌のためのものである、請求項48記載のハイブリダイズ剤。
  50. 前記癌が、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌から選択される、請求項49記載のハイブリダイズ剤。
  51. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法であって、PTA089をコードする核酸にハイブリダイズし得るハイブリダイズ剤、及び医薬として許容し得る希釈剤若しくは担体を含む組成物の治療上有効量を、その必要のある対象に投与することを含む、前記方法。
  52. PTA089若しくはそのエピトープ含有断片、又はPTA089若しくはその断片をコードする核酸を、任意に免疫賦活剤と共に含む、免疫原性組成物。
  53. PTA089若しくはそのエピトープ含有断片、又はPTA089若しくはそのエピトープ含有断片をコードする核酸を、任意に免疫賦活剤と共に含む、ワクチン組成物。
  54. 請求項52記載の組成物を対象に投与することを含む、免疫応答賦活法。
  55. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を治療又は予防する方法であって、請求項52又は請求項53記載の組成物の治療上有効量を、その必要のある対象に投与することを含む、前記方法。
  56. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を予防又は治療するのに使用するための、請求項52又は請求項53記載の組成物。
  57. 対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングし、若しくはこれらの進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、前記対象における、PTA089若しくはその1以上の断片の存在若しくはレベル、又はPTA089をコードする核酸の存在若しくはレベル、又はPTA089の活性の存在若しくはレベルを検出することを含む、又は該レベルの変化を検出することを含む、前記方法。
  58. 候補対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングする方法であって、前記候補対象におけるPTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在を検出することを含み、ここで（a）健常対象のレベルと比較しての該候補対象における、PTA089若しくは前記その1以上の断片のレベルの上昇、若しくはPTA089をコードする核酸のレベルの上昇の存在、又はPTA089活性レベルの上昇の存在、あるいは（b）健常対象において対応する検出不可能なレベルと比較しての該候補対象における、PTA089若しくは前記その1以上の断片の検出可能なレベル、若しくはPTA089をコードする核酸の検出可能なレベルの存在、又はPTA089活性の検出可能なレベルの存在が、前記対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の存在を示す、前記方法。
  59. 対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、第1の時点及びその後の時点での前記候補対象におけるPTA089若しくはその1以上の断片の存在、若しくはPTA089をコードする核酸の存在、若しくはPTA089の活性の存在、又は前記第1の時点での該対象におけるレベルと比較してその後の時点での対象におけるPTA089若しくは前記その1以上の断片のレベルの上昇若しくは低下、若しくはPTA089をコードする核酸のレベルの上昇若しくは低下の存在、又はPTA089の活性のレベルの上昇若しくは低下の存在を検出することを含み、これが前記対象における、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行若しくは退行を示し、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果若しくは非効果を示す、前記方法。
  60. 前記PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在が、前記対象から得られる生体試料の分析により検出される、請求項57〜59のいずれか1項記載の方法。
  61. 前記対象から分析のために前記試料を得る工程を含む、請求項60記載の方法。
  62. 前記試料が、膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚組織の試料である、請求項60又は請求項61記載の方法。
  63. PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在が、定量的に検出される、請求項57〜62のいずれか1項記載の方法。
  64. PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在が、イメージング技術の使用を含む手段によって定量的に検出される、請求項63記載の方法。
  65. PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在を測定し、これにより膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の細胞を限局化するための組織切片における免疫組織化学の使用を含む、請求項57〜63のいずれか1項記載の方法。
  66. PTA089若しくはその1以上の断片の存在、又はPTA089をコードする核酸の存在、又はPTA089の活性の存在が、インサイチュウ分析により検出される、請求項57〜59のいずれか1項記載の方法。
  67. PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片の存在が検出される、請求項57〜66のいずれか1項記載の方法。
  68. PTA089若しくはその1以上の断片の存在が、PTA089若しくはその1以上の断片に特異的結合し得る親和性試薬を使用して検出される、請求項67記載の方法。
  69. 前記親和性試薬が抗体である、請求項68記載の方法。
  70. PTA089をコードする核酸が検出される、請求項57〜66のいずれか1項記載の方法。
  71. PTA089をコードする核酸が、PTA089をコードする核酸にハイブリダイズし得るハイブリダイズ剤を使用して検出される、請求項70記載の方法。
  72. PTA089の活性が検出される、請求項57〜66のいずれか1項記載の方法。
  73. 対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌若しくは皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングし、又はこれらの進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、前記対象における、PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在若しくはレベルを検出することを含む、又はそのレベルの変化を検出することを含む、前記方法。
  74. 対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を検出、診断及び/又はスクリーニングする方法であって、前記対象において、PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在を検出することを含み、ここで（a）健常対象のレベルと比較しての前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体のレベルの上昇の存在、又は（b）健常対象において対応する検出不可能なレベルと比較しての前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の検出可能なレベルの存在が、前記対象における膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の存在を示す、前記方法。
  75. 対象において、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行をモニタリングする方法、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果をモニタリングする方法であって、第1の時点及びその後の時点での前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在、前記第1の時点での前記対象におけるレベルと比較してその後の時点での前記対象におけるPTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体のレベルの上昇若しくは低下の存在を検出することを含み、これが前記対象における、膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌の進行若しくは退行を示し、又は抗膀胱癌、抗結腸直腸癌、抗頭頸部癌、抗腎癌、抗肝癌、抗肺癌、抗前立腺癌又は抗皮膚癌の薬剤若しくは療法の効果若しくは非効果を示す、前記方法。
  76. 前記PTA089若しくはその1以上のエピトープ含有断片に免疫特異的に結合し得る抗体の存在が、前記対象から得られる生体試料の分析により検出される、請求項73〜75のいずれか1項記載の方法。
  77. 前記対象からの分析のために前記試料を得るステップを含む、請求項76記載の方法。
  78. 前記試料が、膀胱、結腸直腸、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、前立腺又は皮膚組織の試料である、請求項76又は請求項77記載の方法。
  79. 膀胱癌、結腸直腸癌、頭頸部癌、腎癌、肝癌、肺癌、前立腺癌又は皮膚癌を有する候補対象において検出され得るレベルが、健常対象におけるレベルより2倍以上高い、請求項57〜78のいずれか1項記載の方法。
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