JP2012513450A - 硫化剤およびオリゴヌクレオチドを合成するためのその使用 - Google Patents
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Abstract
【化1】
(式中、Aは、ジェミナル置換されたアルキレン基、好ましくはCH2であり、XおよびYは、SおよびOから独立に選択され、R0は、場合により置換された炭素に結合した有機残基(特に、場合により置換されたアルキルまたはアリール等)、SRx、ORx、およびNRxRy(式中、Rxおよび/またはRyは、Hおよび有機残基から選択され、少なくともRxはH以外の置換基である)からなる群から選択される)に相当する、オリゴヌクレオチド。本発明の他の目的は、オリゴヌクレオチドの製造に有用な硫化剤およびその製造である。
Description
本発明は、特に、添付の特許請求の範囲に記載する発明に関する。本発明はまた、本明細書、特に実施例に実質的に記載する方法および試薬にも関する。
−CH2−CH2−、−CH=CH−、−CH2−O−CH2−、
CH2Cl2は、ジクロロメタン、KIはヨウ化カリウム、Na2S2O3はチオ硫酸ナトリウム、DMEはジメトキシエタン、DIPEAはジイソプロピルエチルアミン、NaClは塩化ナトリウム、MTBEはメチルtert−ブチルエーテル、EtOAcは酢酸エチル、HClは塩酸、Na2SO4は硫酸ナトリウム、N2は二窒素(dinitrogen)、Br2は臭素、SO2Cl2は塩化チオニル、NaHCO3は炭酸水素ナトリウム、CDCl3は重水素化クロロホルム、THFはテトラヒドロフラン、DMSOはジメチルスルホキシド、DMFはN,N−ジメチルホルムアミドである。
Apは、AがN−(プリン−6−イル)ベンズアミドである2−デオキシリボース核酸塩基であり、Gpは、GがN−(6−(2,5−ジクロロフェノキシ)−プリン−2−イル)イソブチルアミドである2−デオキシリボース核酸塩基であり、Tpは、Tが5−メチル−4−フェノキシピリミジン−2−オンである核酸塩基である。
6−N−(ベンゾイル(bezoyl))−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2’−デオキシアデノシン−3’H−ホスホン酸トリエチルアンモニウム(4.94g、6.0mmol)および3’−O−レブリニルチミジン(1.70g、5.0mmol)の混合物をピリジンと一緒に蒸発させることによって無水物にし、無水ピリジン(12.5mL)で希釈し、N2中、0℃で撹拌した。次いで、塩化ピバロイル(1.24mL、10.0mmol)を2分間かけてゆっくりと加えた。反応混合物を0℃で5分間撹拌し、塩化メチレン(100mL)および1.25N酢酸ナトリウム−酢酸緩衝液(2×100mL)で分液した。この緩衝液は、1.25Nの酢酸ナトリウム水溶液190mLおよび1.25Nの酢酸水溶液10mLを混合することにより作製した。有機層を乾燥(Na2SO4)して濃縮した。残渣をトルエン50mLと一緒に共蒸発させ、無水塩化メチレン(25mL)に溶解し、N2中、N−プロピオニルオキシメチルチオ−N−メチルメタンスルホンアミド(2.05g、9.0mmol)の無水塩化メチレン(1.0mL)中溶液を用いて0℃で処理した後、N,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.87mL、5.0mmol)を加えた。室温で30分間撹拌した後、溶液A(MTBE:ヘキサン=1:2、37.5mL)を10分間で加え、次いでセライト(7.5g)を加えた。混合物を撹拌し、追加分のA(37.5mL)を30分間で加えた。この撹拌をさらに30分間継続し、混合物を濾過した。固体を、溶液AおよびCH2Cl2から比率5:1で作製された溶媒の混合物(60mL)で洗浄した。次いでこの固体を塩化メチレン(4×40mL)で抽出した。塩化メチレンの濾液を濃縮した。残渣をアセトニトリル(20mL)に溶解し、氷水浴中で撹拌し、冷水(14mL)を20分間で加えた。下層を塩化メチレン(100mL)および水(1:1)食塩水溶液(60mL)で分液した。有機層を乾燥(Na2SO4)して濃縮することにより生成物(5.7g)を白色固体として得た。収率:97%。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=26.7,26.3。
亜リン酸(78.7g、960.0mmol)をピリジン(500mL)と一緒に蒸発させることにより無水物にし、2’−デオキシ−6−O−(2,5−ジクロロフェニル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2−N−イソブチリルグアノシン(62.8g、80.0mmol)を加えて、混合物をピリジンと一緒に蒸発させることによって再び無水物にした。残渣を無水ピリジン(480mL)で処理し、塩化ピバロイル(64.0mL、520.0mmol)を30分間かけて10℃で加えた。反応混合物を室温で6時間撹拌して濃縮した。残渣を塩化メチレン800mLに溶解し、冷水(800mL)、炭酸水素トリエチルアンモニウム(2.0N、400mL×2)で順次洗浄した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。残渣を塩化メチレン80mLに溶解し、撹拌しながら溶液A(MTBE:ヘキサン=1:2、360mL)を20分間かけて加えた後、セライト(80g)を加えた。次いで、さらなる溶液A(360mL)を30分間かけてゆっくりと加えた。混合物を濾過し、固体をMTBE(300mL)で洗浄した。次いで固体を塩化メチレン(200mL×4)で抽出した。塩化メチレンの濾液を濃縮することにより生成物(70.4g)を白色の泡状物として得た。収率:93%。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=2.71。
2’−デオキシ−6−O−(2,5−ジクロロフェニル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2−N−イソブチリルグアノシン−3’H−ホスホン酸トリエチルアンモニウム(54.9g、58.0mmol)および3’−O−レブリニル−4−O−フェニルチミジン(20.1g、48.3mmol)の混合物をピリジンと一緒に蒸発させることにより無水物にし、無水ピリジン(121mL)で希釈した。N2中、この溶液を塩化ピバロイル(11.8mL、96.6mmol)を用いて0℃で5分間処理した。さらに5分間撹拌した後、N−プロピオニルオキシメチルチオ−N−メチルメタンスルホンアミド(22.0g、96.6mmol)の無水塩化メチレン(20mL)中溶液を加え、次いでN,N−ジイソプロピルエチルアミン(8.4mL、48.3mmol)を加えた。反応混合物を室温で30分間撹拌し、塩化メチレン600mLで希釈した。有機層を冷水(600mL)および飽和炭酸水素ナトリウム(500mL×2)で順次洗浄し、乾燥(無水Na2SO4)し、濃縮した。残渣を塩化メチレン97mLに溶解し、撹拌しながら溶液A(MTBE:ヘキサン=1:2、194mL)を20分間で加えた後、セライト(73g)を加え、追加分の溶液A(194mL)を30分間で加えた。さらに30分間撹拌した後、混合物を濾過した。固体をMTBE:ヘキサン=4:1(200mL)で洗浄し、塩化メチレン(150mL×4)で抽出した。塩化メチレンの濾液を濃縮することにより生成物(68.1g)を黄色の泡状物として得た。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=26.9,26.2。この生成物をさらに精製することなく次のステップに用いた。上の生成物(64g)の塩化メチレン117mL中溶液を0℃で撹拌しながら、ピリジン:酢酸:ヒドラジン一水和物=37.5mL:25.0mL:2.5mL(51.6mmol)の冷混合物を加えた。0℃で1時間撹拌した後、反応混合物を塩化メチレン(200mL)で希釈し、冷水(500mL)で洗浄した。水層を塩化メチレン(100mL)で逆抽出した。合一した塩化メチレン抽出液を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。残渣をアセトニトリル235mLに溶解し、氷水浴中で撹拌し、冷水(188mL)を30分間かけてゆっくりと加えることによって処理した。下層の有機層を分離し、塩化メチレン200mLで希釈して乾燥した(無水Na2SO4)。これを濃縮した後、残渣を塩化メチレン94mLに溶解し、撹拌しながら溶液A(MTBE:ヘキサン=1:2、94mL)を20分間で加え、セライト(70g)を加え、再び溶液A(94mL)を30分間で加えた。混合物を濾過し、固体をMTBE:ヘキサン=4:1(300mL)で洗浄し、塩化メチレン(150mL×4)で抽出した。塩化メチレンの濾液を濃縮することにより生成物(52g)を黄色の泡状物として得た。収率:87%。この生成物をそのまま次のステップに使用した。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=28.1,25.3。
2’−デオキシ−6−O−(2,5−ジクロロフェニル)−5’−O−(4,4’−ジメトキシトリチル)−2−N−イソブチリルグアノシン−3’H−ホスホン酸トリエチルアンモニウム(45.4g、48.0mmol)および2’−デオキシ−3’−O−レブリニル−6−N−ベンゾイルアデノシン(18.1g、40.0mmol)の混合物をピリジンと一緒に蒸発させることにより無水物にした。残渣を無水ピリジン(100mL)で希釈し、得られた溶液を塩化ピバロイル(9.9mL、80.0mmol)を用いてN2中0℃で10分間処理した。反応混合物を0℃でさらに5分間撹拌し、N−プロピオニルオキシメチルチオ−N−メチルメタンスルホンアミド(18.2g、80.0mmol)の無水塩化メチレン(10mL)中溶液、次いでN,N−ジイソプロピルエチルアミン(7.0mL、40.0mmol)で処理した。室温で30分間撹拌した後、反応混合物を塩化メチレン600mLで希釈し、冷水(600mL)および飽和炭酸水素ナトリウム(300mL×2)で順次洗浄した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。残渣を塩化メチレン80mLに溶解し、溶液A(MTBE:ヘキサン=1:2、160mL)で20分間、次いでセライト(60g)および追加分の溶液A(160mL)で30分間かけて順次処理した。30分間撹拌した後、混合物を濾過した。固体をMTBE:ヘキサン=4:1(200mL)で洗浄し、塩化メチレン(150mL×4)で抽出した。塩化メチレンの濾液を濃縮した。残渣をアセトニトリル160mLに溶解し、氷水浴中で撹拌し、冷水(112mL)で30分間処理した。下層の有機層を分離し、塩化メチレン(320mL)および水(320mL)で分液した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮することにより生成物(64.1g)を黄色の泡状物として得た。この生成物をさらに精製することなく次のステップに用いた。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=26.2,26.0。
亜リン酸(29.8g、364.0mmol)をピリジン(182mL)と一緒に蒸発させることにより無水物にした。残渣にDMTr−Gp(s)T−OH(33.0g、26.0mmol)を加えて混合物を再びピリジンと一緒に蒸発させることによって無水物にした。混合物を無水ピリジン(130mL)で希釈し、塩化ピバロイル(24.0mL、195.0mmol)を10℃で30分間かけて加えた。混合物を室温で16時間撹拌し、濃縮し、残渣を塩化メチレン400mLに溶解した。この溶液を冷水(400mL)および炭酸水素トリエチルアンモニウム(2.0N、200mL×3)で順次洗浄した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。トルエン150mLと一緒に共蒸発させた後、残渣を塩化メチレン52mLに溶解し、溶液A(MTBE:ヘキサン=1:1,78mL)で20分間、セライト(39g)、および追加分の溶液A(78mL)で30分間かけて順次処理した。混合物を濾過し、固体を溶液AおよびCH2Cl2から比率5:1(180mL)で作製された溶媒混合物で洗浄した。固体を塩化メチレン(150mL×4)で抽出し、濾液を濃縮することにより生成物(33.1g)をオフホワイトの泡状物として得た。収率:89%。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=26.9,25.4,3.0,2.9。
DMTr−Gp(s)Tp(H)のトリエチルアンモニウム塩(28.6g、20.0mmol)およびHO−Gp(s)A−Lev(16.9g、15.4mmol)の混合物をピリジンと一緒に蒸発させることにより無水物にした。残渣を無水ピリジン(62.0mL)で希釈し、塩化ピバロイル(4.8mL、38.5mmol)を用いてN2中0℃で5分間処理した。0℃でさらに10分間撹拌した後、N−プロピオニルオキシメチルチオ−N−メチルメタンスルホンアミド(7.0g、30.8mmol)の無水塩化メチレン(10mL)中溶液、次いでN,N−ジイソプロピルエチルアミン(2.7mL、15.4mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、反応混合物を塩化メチレン450mLで希釈し、冷水(450mL)および飽和炭酸水素ナトリウム(300mL×2)で順次洗浄した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。トルエン100mLと共蒸発させた後、残渣を塩化メチレン62mLに溶解し、溶液A(MTBE:ヘキサン=1:1、124mL)で20分間、次いでセライト(46.2g)、および追加分の溶液A(124mL)で30分間かけて順次処理した。30分間撹拌した後、混合物を濾過し、固体を溶液A:CH2Cl2=6:1(140mL)で洗浄した。次いで、固体を塩化メチレン(150mL×4)で洗浄した。塩化メチレンの濾液を濃縮した。残渣をアセトニトリル123mLに溶解し、氷浴中で撹拌しながら冷水(86mL)で20分間処理した。下層の有機層を分離し、塩化メチレン(300mL)および水(1:1)食塩水溶液(200mL)で分液した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)および濃縮して生成物DMTr−Gp(s)Tp(s)Gp(s)A−Lev(43.4g)を黄色の泡状物として得た。この生成物をさらに精製することなく次のステップに用いた。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=27.9−25.8(m)。
DMTr−Gp(s)Tp(s)Gp(s)A−Lev(7.2g、2.84mmol)の塩化メチレン14mL中溶液を0℃で撹拌しながら、ピロール(2.0mL、28.4mmol)、次いでジクロロ酢酸(2.34mL,28.4mmol)を3分間かけて加えた。0℃で30分間撹拌した後、反応混合物を塩化メチレン14mLで希釈し、次いで飽和炭酸水素ナトリウム(50mL)をゆっくりと加えた。水層を塩化メチレン(40mL)で抽出し、合一した塩化メチレン抽出液を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。残渣を塩化メチレン30mLに溶解し、溶液A(MTBE:ヘキサン=2:1、45.0mL)、セライト(9.0g)、および再び溶液A(45.0mL)で30分間かけて順次処理した。混合物を濾過し、固体をMTBE(40mL×2)で洗浄し、塩化メチレン(50mL×4)で抽出した。塩化メチレン抽出液を濃縮し、残渣をアセトニトリル28.4mLに溶解し、氷浴中で撹拌しながら冷水(28.4mL)で20分間処理した。有機層を塩化メチレン(80mL)で希釈し、乾燥(無水Na2SO4)して濃縮することにより生成物(5.7g)を白色固体として得た。収率:95%。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=27.4−26.2(m)。
亜リン酸(4.7g、57.3mmol)をピリジン(29mL)と一緒に蒸発させ、DMTr−Gp(s)Tp(s)Gp(s)A−OH(8.7g、3.58mmol)と混合した。混合物にピリジンを加えて蒸発させることにより無水物にし、無水ピリジン(29.0mL)で希釈した。混合物を撹拌し、塩化ピバロイル(3.75mL、30.4mmol)を10℃で5分間かけて加えた。混合物を室温で6時間撹拌し、濃縮した。残渣を塩化メチレン200mLに溶解し、冷水(100mL)、および炭酸水素トリエチルアンモニウム(2.0N、100mL×3)で順次洗浄した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮することにより生成物(9.15g)をオフホワイトの泡状物として得た。収率:98%。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=27.5−25.8(m),2.9,2.8。
DMTr−Gp(s)Tp(s)Gp(s)Ap(H)のトリエチルアンモニウム塩(10.1g、3.9mmol)およびHO−Gp(s)Tp(s)Gp(s)A−Lev(6.7g、3.0mmol)の混合物をピリジンと一緒に蒸発させることにより無水物にし、無水ピリジン(15.0mL)で希釈した。この混合物を撹拌しながら塩化ピバロイル(1.1mL、9.0mmol)を0℃で2分間かけてゆっくりと加えた。混合物を室温で30分間撹拌し、再び0℃に冷却し、N−プロピオニルオキシメチルチオ−N−メチルメタンスルホンアミド(1.70g、7.5mmol)の無水塩化メチレン(2.0mL)中溶液、次いでN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.78mL、4.5mmol)を加えた。反応混合物を室温で1時間撹拌し、塩化メチレン300mLで希釈した。有機層を冷水(300mL)および飽和炭酸水素ナトリウム(200mL)で順次洗浄し、乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。残渣を塩化メチレン(24mL)に溶解し、溶液A(MTBE:ヘキサン=1:1、48mL)で10分間、セライト(18g)、および追加分の溶液A(48mL)で30分間かけて順次処理した。30分間撹拌した後、混合物を濾過し、固体をMTBE:ヘキサン=2:1(60mL)で洗浄し、塩化メチレン(50mL×4)で抽出した。塩化メチレン抽出液を濃縮し、残渣をアセトニトリル(48mL)に溶解し、氷水浴中で撹拌しながら冷水(34mL)で20分間処理した。下層を分離し、塩化メチレン(150mL)および水(1:1)食塩水溶液(160mL)で分液した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)し、濃縮して、生成物(11.7g)を灰色固体として得た。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=27.7−25.8(m)。この生成物をさらに精製することなくそのまま次のステップに用いた。
DMTr−Gp(s)Tp(s)Gp(s)Ap(H)のトリエチルアンモニウム塩(6.85g、2.64mmol)およびHO−Gp(s)Tp(s)Gp(s)Ap(s)Gp(s)Tp(s)Gp(s)A−Lev(8.2g、1.81mmol)をピリジンと一緒に蒸発させることにより無水物にした。残渣に無水ピリジン(14mL)を加え、得られた溶液をN2中0℃で撹拌し、塩化ピバロイル(0.8mL、6.48mmol)を3分間かけて加えることによって処理した。冷浴を取り除いて混合物を室温で30分間撹拌した。混合物を0℃に冷却し、N−プロピオニルオキシメチルチオ−N−メチルメタンスルホンアミド(1.23g、5.40mmol)の無水塩化メチレン(2.0mL)中溶液、次いでN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.56mL、3.24mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、反応混合物を塩化メチレン250mLで希釈し、冷却した半飽和炭酸水素ナトリウム(250mL)で洗浄した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮した。残渣をトルエン50mLと一緒に共蒸発させ、塩化メチレン43mLに溶解し、溶液A(MTBE:ヘキサン=1:1、43mL)で20分間、セライト(19.4g)、および追加分の溶液A(43mL)で30分間かけて順次処理した。30分間撹拌した後、混合物を濾過し、固体を、溶液AおよびCH2Cl2から比率4:1で作製された混合物(100mL×2)で洗浄した。固体を塩化メチレン(100mL×4)で抽出し、抽出液を濃縮した。残渣をアセトニトリル65mLに溶解し、冷水(46mL)を20分間かけて加えながら処理した。下層の有機層を分離し、塩化メチレン(200mL)および水(1:1)食塩水溶液(200mL)で分液した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して濃縮することにより生成物(12.8g)を黄色の泡状物として得た。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=30.0−24.8(m)。
DMTr−Gp(s)Tp(s)Gp(s)Ap(H)のトリエチルアンモニウム塩(3.64g、1.4mmol)およびHO−Gp(s)Tp(s)Gp(s)Ap(s)Gp(s)Tp(s)Gp(s)Ap(s)Gp(s)Tp(s)Gp(s)A−Lev(6.1g、0.89mmol)の混合物をピリジンと一緒に蒸発させることにより無水物にした。残渣を無水ピリジン(10mL)で希釈し、N2中0℃で塩化ピバロイル(0.37mL、3.0mmol)を3分間かけてゆっくりと加えることによって処理した。冷浴を取り除き、混合物を室温で1時間撹拌した。混合物を0℃に冷却し、N−プロピオニルオキシメチルチオ−N−メチルメタンスルホンアミド(568.3mg、2.5mmol)の無水塩化メチレン(1.0mL)中溶液、次いでN,N−ジイソプロピルエチルアミン(0.26mL、1.5mmol)を加えた。室温で1時間撹拌した後、反応混合物を塩化メチレン120mLで希釈し、冷水(120mL)および半飽和炭酸水素ナトリウム(120mL)で順次洗浄した。有機層を乾燥(無水Na2SO4)して、濃縮した。残渣を塩化メチレン32mLに溶解し、溶液A(MTBE:ヘキサン=1:1、32mL)を20分間かけて加え、セライト(16.0g)、および追加分の溶液A(64mL)を30分間かけて加えて順次処理した。30分間撹拌した後、混合物を濾過し、固体を、溶液AおよびCH2Cl2から比率5:1で作製された溶媒混合物(60mL)で洗浄した。固体を塩化メチレン(80mL×4)で抽出し、抽出液を濃縮した。残渣をアセトニトリル40mLに溶解し、撹拌しながら冷水(28mL)を20分間かけて加えることによって処理した。下層である有機層を分離し、塩化メチレン(150mL)および水(1:1)食塩水溶液(150mL)で分液した。有機層を乾燥(Na2SO4)して濃縮することにより生成物(6.92g)を黄色固体として得た。31P NMR(CDCl3,121.5MHz):δ=27.6−26.3(m)。この生成物をさらに精製することなく次のステップで用いた。
完全に保護されたテトラマーであるHO−Gp(s)Tp(s)Gp(s)A−Lev(1.38g、0.62mmol)にピリジンを加えて蒸発させることにより無水物にした。残渣に1,2,4−トリアゾール(192.7mg、2.79mmol)、4Åモレキュラーシーブ(1.5g)、および無水ピリジン(6.0mL)を加えた。この混合物をN2中で撹拌して0℃に冷却し、tert−ブチルアミン(1.95mL、18.6mmol)を加えた。次いで、得られた混合物を室温で4時間撹拌した。混合物を濾過し、モレキュラーシーブをピリジン(5mL×2)で洗浄した。濾液を合一し、濃縮して乾固させた。残渣にsyn−2−ピリジンアルドキシム(909mg、7.44mmol)、次いでアセトニトリル(10mL)を加えた。混合物を撹拌して0℃に冷却し、1,8−ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデク−7−エン(1.67mL、11.2mmol)を加えた。室温で15時間撹拌した後、MTBE(50mL)を10分間かけてゆっくりと加えた。さらに20分間撹拌した後、上層の透明溶液を傾瀉し、残渣を酢酸エチル(20mL)で洗浄した。残渣を蒸発させることにより残留溶媒を除去し、28%アンモニア水(10.0mL)および2−メルカプトエタノール(0.5mL)の混合物に溶解した。得られた混合物を55℃で15時間加熱した。混合物を冷却した後、イソプロパノール:THF=1:3混合物(80mL)に撹拌しながら10分間かけて滴下した。さらに20分間撹拌した後、上層の透明溶液を傾瀉し、残渣をTHF(20mL)で洗浄した。残渣を逆相C18クロマトグラフィーで精製した。得られた生成物をアンバーライト(Amberlite)(登録商標)IR−120(プラス(plus))イオン交換樹脂(ナトリウム形)のカラム(8cm×直径3cm)に適用した。カラムを水で溶出し、所望の画分を合一して凍結乾燥することにより生成物である完全に脱保護されたナトリウム形のオリゴヌクレオチドホスホロチオエート684mgを白色固体として得た。収率:83%。31P NMR(D2O,121.5MHz):δ=55.4−54.6(m)。
Claims (49)
- Rが、メチレンアシルオキシ基、メチレンカーボネート基、およびメチレンカルバメート基から選択される、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド。
- Rが、式−CH2−O−C(O)−R0(式中、R0は、飽和、不飽和、複素環式、または芳香族のC1〜C20炭化水素残基である)に相当する、請求項1または2に記載のオリゴヌクレオチド。
- Rが、式−CH2−O−C(O)−NRxRy(式中、RxおよびRyは、アルキルまたは(ヘテロ)アリールから独立に選択され、好ましくは、RxおよびRyがアルキルであるかまたはRxおよびRyが一緒になってO、N、およびSから選択されるさらなる環上ヘテロ原子を場合により含む3〜8員環を形成する)のメチレンカルバメート基に相当する、請求項1または2に記載のオリゴヌクレオチド。
- Rが、式−CH2−O−C(O)ORx(式中、Rxは、場合により置換されたアルキル、シクロアルキルおよび(ヘテロ)アリール基から選択される)のメチレンカーボネート基に相当する、請求項1または2に記載のオリゴヌクレオチド。
- Rxが、低級アルキルまたはシクロアルキル(C1〜C7)、置換フェニルおよびナフチル基を含むフェニルから選択される、請求項2〜5のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- 2〜30個のヌクレオチドを含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- リボヌクレオシド、2’−デオキシリボヌクレオシド、2’−置換リボヌクレオシド、2’−4’−ロックド−リボヌクレオシド、3’−アミノ−リボヌクレオシド、3’−アミノ−2’−デオキシリボヌクレオシドから選択されるヌクレオシドを含む、請求項1〜6のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- プロドラッグとしての、請求項1〜8のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
- 少なくとも1個のチオリン酸エステル結合を有する第2のオリゴヌクレオチドを生成させる方法であって、(a)請求項1〜8のいずれか一項に記載の第1のオリゴヌクレオチドを提供することと、(b)前記第1のオリゴヌクレオチドから少なくとも1個のR基を切断することによって少なくとも1個のホスホロチオエート結合を有する前記第2のオリゴヌクレオチドを生成させることとを含む、方法。
- 前記R基が、前記第1オリゴヌクレオチドを、好ましくはアルキル、シクロアルキル、および芳香族アミンから、より好ましくは第1級または第2級アルキルアミンから、最も好ましくはn−プロピルおよびtert−ブチルアミンから選択される塩基と溶液中で反応させることによって切断される、請求項10に記載の方法。
- 前記塩基が第1級ヒンダードアミンである、請求項11に記載の方法。
- 前記切断が、立体障害塩基および通常はN−複素芳香族塩基である活性化剤の存在下に実施される、請求項10〜12のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1の塩基が、アルキル基が直鎖または分岐のC1〜C20アルキルから選択される同一であるかまたは異なる置換基を有する第1級アルキルアミンである、請求項24に記載の方法。前記第1の塩基が、アリール基が2および/または6位に直鎖または分岐のアルキルまたはアリール基を有する第1級アリールアミンである、請求項24に記載の方法。
- 前記活性化剤が、1,2,4−トリアゾールまたは他のトリアゾールおよびテトラゾール誘導体である、請求項24または25に記載の方法。
- 請求項24〜26のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドを脱保護する方法であって、前記立体障害塩基がtert−ブチルアミンである、方法。
- 少なくとも1個のチオリン酸エステル結合を有する前記第2のオリゴヌクレオチドを精製することをさらに含む、請求項9〜16のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第2のオリゴヌクレオチドを少なくとも沈殿させることを含む、請求項17に記載の方法。
- 前記第2のオリゴヌクレオチドを溶媒で抽出することをさらに含む、請求項17または18に記載の方法。
- 前記第2のオリゴヌクレオチドを、好ましくは塩化メチレン、クロロホルム、アセトニトリル、アセトン、およびピリジンから選択される極性有機溶媒に溶解することを含む、請求項18または19に記載の方法。
- 使用される溶媒の量が、約0.5(n+1)mL〜約2.0(n+1)mLの範囲内にあり、好ましくは約1.0(n+1)mLであり、nは、ホスホロチオエートトリエステル結合のミリモル数である、請求項20に記載の方法。
- 前記第2のオリゴヌクレオチドの前記溶液が、好ましくは炭化水素、エーテル溶媒、およびこれらの混合物から選択される非極性有機溶媒を用いて前記溶液が濁るまで処理される、請求項20または21に記載の方法。
- 使用される溶媒の量が、約1(n+1)mL〜約4(n+1)mLの範囲内にあり、好ましくは約2.0(n+1)mLであり、nは、ホスホロチオエートトリエステル結合のミリモル数である、請求項22に記載の方法。
- 前記濁った溶液が、沈殿剤で処理される、請求項22または23に記載の方法。
- 前記沈殿剤が、好ましくはセライト、木炭、木材セルロース、およびシリカ、アルミナ等のクロマトグラフィー固定相から選択される不活性多孔質固体から選択される、請求項23に記載の方法。
- 前記沈殿剤が、約0.25(n+1)g〜約1.5(n+1)gの範囲内、好ましくは約0.75(n+1)gの量で使用され、nは、ホスホロチオエートトリエステル結合のミリモル数である、請求項24または25に記載の方法。
- 前記沈殿剤を添加した後、前記混合物が非極性有機溶媒の第2画分で処理され、前記画分の量が、通常は約1(n+1)mL〜約4(n+1)mLの範囲内にあり、好ましくは約2.0(n+1)mLであり、nは、ホスホロチオエートトリエステル結合のミリモル数である、請求項25に記載の方法。
- 前記沈殿ステップにおいて得られた固体物質が、濾去および洗浄される、請求項24〜27のいずれか一項に記載の方法。
- 前記オリゴヌクレオチドが、前記オリゴヌクレオチド含有沈殿物から溶媒を用いて抽出される、請求項18〜28のいずれか一項に記載の方法。
- 前記溶媒が、好ましくはアセトニトリル、アセトン、THF、DMF、DMSOおよびピリジンから選択される極性有機溶媒と、好ましくは水である水性媒体との混合物を含み、極性有機溶媒/水性媒体の体積比が好ましくは約0.5〜約1.5、より好ましくは約0.7である、請求項29に記載の方法。
- 好ましくは前記メチレンアシルオキシ基、前記メチレンカルバメート基、または前記メチレンカーボネート基から選択される前記R基が、人間の体内または動物の体内で切断される、請求項10に記載の方法。
- Rが、メチレンアシルオキシ基、メチレンカルバメート基、またはメチレンカーボネート基から選択され、R”は脱離基である、請求項32に記載の硫化剤。
- Rが、請求項1〜6のいずれか一項と同義である、請求項32または33に記載の硫化剤。
- R”が、スルホンアミド基、好ましくはN−置換−N−アルキルスルホニルである、請求項32〜35のいずれか一項に記載の硫化剤。
- R”がジカルボキシルアミドである、請求項32〜35のいずれか一項に記載の硫化剤。
- オリゴヌクレオチドの合成方法であって、前記オリゴヌクレオチドの前駆体の少なくとも1個のリンを含むインターヌクレオチド結合を硫化するために請求項32〜39のいずれか一項に記載の硫化剤を用いることを含む、方法。
- 前記リンを含むインターヌクレオチド結合が、H−ホスホン酸ジエステル結合である、請求項40に記載の方法。
- H−ホスホン酸モノエステル塩を、遊離ヒドロキシ基を有する保護されたヌクレオシドまたはオリゴヌクレオチドと結合させることにより前記H−ホスホン酸ジエステル結合を形成することをさらに含む、請求項41に記載の方法。
- 前記結合が、液相中で実施される、請求項41または42に記載の方法。
- 請求項32〜37のいずれか一項に記載の硫化剤の合成方法であって、(a)ハロゲン化スルフリル、好ましくは塩化スルフリルを、式R−S−C(O)−R2(式中、Rは、請求項1〜6のいずれか一項と同義であり、R2は、好ましくは場合により不飽和または芳香族であるC1〜C20炭化水素残基から選択される有機残基である)のチオアセタールと反応させることにより式R−S−W(式中、Wは、ハロゲン、好ましくはClである)の中間体生成物を生成させることと、(b)前記中間体生成物をN−スルホニル化合物またはN−アシル化合物と反応させることとを含む、方法。
- 前記チオアセタールが、式R1−C(O)−O−CH2−S−C(O)−R2(式中、R1およびR2は、独立に、場合により不飽和または芳香族のC1〜C20炭化水素残基である)であり、前記チオアセタールが、塩化スルフリルと反応させることによって式R1−C(O)−O−CH2−S−Cl(式中、R1は、独立に、場合により不飽和または芳香族のC1〜C20炭化水素残基である)の中間体生成物を生成する、請求項44に記載の方法。
- ステップ(b)において、前記中間体が、式R3−S(O)2−NH−R4(式中、R3およびR4は、独立に有機残基、好ましくは、場合により不飽和または芳香族のC1〜C20炭化水素残基である)のN−スルホニル化合物と反応される、請求項44または45に記載の方法。
- R1が、低級アルキルまたはシクロアルキル(C1〜C7)、置換フェニルおよびナフチル基を含むフェニル基から選択され、より好ましくはエチル基である、請求項45〜47のいずれか一項に記載の方法。
- R2、R3、およびR4が、低級アルキルまたはシクロアルキル(C1〜C7)、置換フェニルおよびナフチル基を含むフェニル基から選択され、より好ましくはメチル基である、請求項44〜47のいずれか一項に記載の方法。
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