JP2012509083A - ポリヌクレオチドのマッピング及び配列決定 - Google Patents
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Abstract
【選択図】 図2C
Description
画像化技術
いくつかの技術は、少なくとも一つの大きさの順により、蛍光画像化において、光学解像度を向上させる。単分子DNA及びRNA分析へのこれらの画像化技術の適用は、前述した分析を非常に加速させる。
構造的変異はヒトの健康及び一般的な疾患において重要な役割を果たしている。これらの変異は1kbよりも長いものとして定義される。しかしその重要性にもかかわらず、コピー数多型(CNVs)を検出するための最も多くの遺伝子の幅広いアプローチは間接的であり、信号強度への依存は、サンプル間で異なり、及び、変異体の領域を予測することを制御する。したがって、このようなアプローチは、信号及び位置情報の定量化には限度があり、逆位及び転座のような平衡した事象を検出することはできない。例えば、SNPアレイ、オリゴ比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)アレイ、及びBACCGHアレイを含むプラットフォームに基づいたマイクロアレイは、構造的変異を発見するための主要な技術である。感度、特異度及びこれらのプラットフォームのプローブ濃度の不均一性は、同一サンプル間ですら矛盾した結果をしばしば導く。この定性測定は、PCR及びFISHのような低スループット検出方法による立証がさらに必要とされる。
上述の単一分子技術は構造的変異の研究に適している。しかしながら、マッピングの光学的性質により、約1kbpよりも厳密な解像には限界がある。有意に高いマッピングの効率は、100bp未満で特徴を解像することによって達成されうる。同様に、これは、生来の構造的変異体、長い遺伝子DNA分子を同定する能力を実質的に含む。
インシリカマッピングは、現在使用可能な切断酵素及び我々の現存の光学検知システムに基づいて独自にマップされ得るDNAフラグメントの割合を測定するのに用いられる。
図1Cにおいて、150kbpの挿入を有するフラグメントの例が示されている。フラグメントの上手いマッピング(ひいては遺伝子内の挿入位置の同定)は、挿入位置に隣接する8つの切断部位の連続的なセットを使用することができる。光学的解像度の限界により、これは大きな(>300kbp)遺伝子フラグメントが必要となる。これらはDNAらせん構造抽出プロトコルにより生成することは困難である。反対に、100bp解像度により、フラグメントを独自にマップする挿入よりも一回り大きいのみのフラグメントを使用する高い密度の切断部位分布が使われることもある。
改善されたマッピングの性能により多大な恩恵を受けうる他の核酸分析はRNAの選択的スプライシングである。RNAスプライシングの間に、イントロンが除去され、及び、エキソンが成熟RNAに一緒に結合される。選択的スプライシングは、単一の一次転写が異なる成熟RNAを生成するによるプロセスである。これは、様々な及び拮抗する機能によりタンパク質アイソフォームの生成を導く。最近の研究は、大きなプロテオミクスの複雑性及び多様性が限られた数の遺伝子により達成されることを示した。ヒト遺伝子においては、ヒト遺伝子の〜75%が選択的スプライシングを示す。25,000遺伝子を含むヒト遺伝子に対して、選択的スプライシングによって、タンパク質の数十万の異なるタイプを生成することができる。
分解能向上を可能にする利点の例として、一つは、タウタンパク質(MAPT)遺伝子する微小管のための光学バーコーディングアプローチを検討できることにある。タウタンパク質(MAPT)遺伝子はポリメリゼーション及び神経におけるアキソナル輸送と同様にマイクロチューブの安定性のために必要とされる。タウエキソン10の異常スプライシングは認知症FTDP−17のような神経変性疾患の進行を先導する。
異なるエキソンに関する標識を識別することができない。エキソンの位置が解決されると、測定された標識の間の距離は、バーコードを読み取るのと同様に、各スプライシング変異体を識別する。
ヒトゲノムプロジェクト(HGP)の成功は、並列化、自動化、小型化、化学的及び情報的精度を高めることを経た、サンガーシークエンシング法の絶え間ない進歩によるところが大きい。ヒトゲノムプロジェクトの立役者として、サンガーシークエンシング法は、30年近くDNAシークエンシングの分野において卓越し、その800 Q20塩基を読める長さは重要なものである。
10の距離が、多重メンバーを有するそれぞれ異なる色の各蛍光色素分子を使用することにより、潜在的に解像され得る。DNAにこれを適用するために、二本鎖DNAは、表面をコーティングされたポリアクリル酸及びポリアリルアミン上で引き伸ばされる。ポリアクリル酸及びポリアリルアミンはDNAを比較的真っ直ぐにする。SHRIMPをテストするために、DNA構成は32nm、58nm及び90nmの間の距離に対応する475bp、172bp、及び94bpに位置する3つのCy3に続いてビオチンから作られる(図7B)。
Claims (46)
- 1またはそれ以上のエキソンの相対位置を分析する方法であって、
バイオポリマーサンプル上の第一及び第二の位置を、それぞれ、第一及び第二の標識が少なくとも一つの定常エキソンを含むバイオポリマーサンプルの第一の領域の側面に位置するように、前記第一及び第二の標識によって標識する工程と、
前記第一及び第二の標識の間の距離を、バイオポリマーの前記第一の領域における選択的エキソンの存在または相対位置と関連付ける工程と
を有する、方法。 - 請求項1記載の方法において、前記バイオポリマーは、mRNAと相補的相補的なDNAを有するものである、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記第一及び第二の標識は、同じ蛍光色素分子を有するものである、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記第一及び第二の標識は、異なる蛍光色素分子を有するものである、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記第一及び第二の標識の間の距離を、1またはそれ以上の選択的エキソンの存在、非存在、または相対位置と関連付ける工程は、前記バイオポリマーサンプル上に存在する前記第一及び第二の標識の間の距離と、選択的エキソンを含まないことが知られているバイオポリマーの第一の領域の側面に位置する標識の間の距離とを比較する工程を有するものである、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記関連付ける工程は、前記第一及び第二の標識の間の距離と、第一及び第二の位置の間の選択的エキソンが欠乏するバイオポリマー上の前記第一及び第二の位置の間の距離とを比較する工程を有するものである、方法。
- 請求項1記載の方法であって、この方法は、さらに、前記バイオポリマーサンプル上の少なくとも第三の位置を第三の標識で標識する工程を有するものである、方法。
- 請求項7記載の方法において、前記第三の標識は、前記第一の標識、前記第二の標識、またはその両方と同じ蛍光色素分子を有するものである、方法。
- 請求項8記載の方法であって、この方法は、さらに、前記第三の標識と前記第一の標識との間、前記第三の標識と前記第二の標識との間、またはその両方の距離と、前記第三の標識と前記第一の標識との間、前記第三の標識と前記第二の標識との間、またはその両方に配置された選択的エキソンの存在、非存在、または相対位置とを関連付ける工程を有するものである、方法。
- 請求項9記載の方法において、前記関連付ける工程は、前記第三及び第一の標識、前記第三及び第二の標識の間、またはその両方の距離と、前記第三及び第一の位置の間、前記第三及び第二の位置の間、またはその両方の選択的エキソンが欠乏するバイオポリマー上の前記第三及び第一の標識の間、前記第三及び第二の標識の間、またはその両方の距離とを比較する工程を有するものである、方法。
- 請求項1記載の方法であって、この方法は、さらに、前記バイオポリマーサンプルの少なくとも一部を線形化する工程を有するものである、方法。
- 請求項11記載の方法において、前記バイオポリマーサンプルの線形化された部分は、少なくとも二つの標識を有するものである、方法。
- 請求項1記載の方法において、前記二つの標識は、互いに約30bp離れているものである、方法。
- 請求項1記載の方法であって、この方法は、さらに、2またはそれ以上のプローブの相対的順序を、前記バイオポリマーサンプルの1またはそれ以上の構造的特徴と関連付ける工程を有するものである、方法。
- DNAサンプルについて構造的情報を得るための方法であって、
第一の二本鎖DNAサンプルを配列特異的切断エンドヌクレアーゼで切断する工程と、
前記切断エンドヌクレアーゼで生じた2またはそれ以上の切断部位に、1またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドを組み込む工程と、
少なくとも二つの色素標識されたヌクレオチドを含む前記第一の二本鎖DNAサンプルの一部を線形化する工程と、
2またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドの相対位置を記録する工程と
を有するものである、方法。 - 請求項15記載の方法において、1またはそれ以上の前記標識されたヌクレオチドは、ターミネーターヌクレオチドを有するものである、方法。
- 請求項15記載の方法において、2またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドは、同じ蛍光色素分子を有するものである、方法。
- 請求項15記載の方法であって、この方法は、さらに、2またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドの相対位置と、前記第一の二本鎖DNAサンプルの1またはそれ以上の構造的特徴とを関連付ける工程を有するものである、方法。
- 請求項15記載の方法であって、この方法は、さらに、第一の二本鎖DNAサンプルの由来する主要な二本鎖DNAサンプルにおける前記第一の二本鎖DNAサンプルの相対位置を測定する工程を有するものである、方法。
- 請求項19記載の方法において、前記第一の二本鎖DNAサンプルは、主要な二本鎖DNAを消化することによって得られるものである、方法。
- 請求項15記載の方法であって、この方法は、さらに、第二の二本鎖DNAサンプルを配列特異的切断エンドヌクレアーゼで切断する工程と、前記切断エンドヌクレアーゼで生じた2またはそれ以上の切断部位に1またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドを組み込む工程と、少なくとも二つの色素標識されたヌクレオチドを含む前記第二の二本鎖DNAサンプルの一部を線形化する工程と、2またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドの相対位置を記録する工程とを有するものである、方法。
- 請求項21記載の方法であって、この方法は、さらに、第一及び第二の二本鎖DNAサンプルの由来する主要な二本鎖DNAサンプルにおける前記第一及び第二の二本鎖DNAサンプル間の関係を測定する工程を有するものである、方法。
- 請求項15記載の方法であって、この方法は、さらに、2またはそれ以上の色素標識されたヌクレオチドの相対位置と、同じ切断エンドヌクレアーゼと接触した第二の二本鎖DNAサンプル上における同一の色素標識されたヌクレオチドの位置とを比較する工程を有するものである、方法。
- 請求項15記載の方法において、二つの標識は、互いに約30bp離れているものである、方法。
- 核酸バイオポリマーについて配列情報を得る方法であって、
第一の結合配列を有する蛍光標識された配列特異的プローブと一本鎖核酸バイオポリマーとを結合する工程と、
前記一本鎖核酸バイオポリマーを、蛍光標識Aを有する第一のターミネーターヌクレオチド、蛍光標識Bを有する第二のターミネーターヌクレオチド、蛍光標識Cを有する第三のターミネーターヌクレオチド、及び蛍光標識Dを有する第四のターミネーターヌクレオチドと接触させる工程と、
前記核酸バイオポリマーを照射する工程であって、これにより前記第一の標識された配列特異的プローブと隣接する、前記第一のターミネーターヌクレオチド、前記第二のターミネーターヌクレオチド、前記第三のターミネーターヌクレオチド、前記第四のターミネーターヌクレオチド、またはそれらの任意の組み合わせの存在、相対位置、またはその両方を測定するものである、前記照射する工程と
を有するものである、方法。 - 請求項25記載の方法において、前記第一の結合配列は4〜6ヌクレオチドを有するものである、方法。
- 請求項25記載の方法において、蛍光標識A、蛍光標識B、蛍光標識Cまたは蛍光標識Dの少なくとも二つは、異なる励起波長を有するものである、方法。
- 請求項27記載の方法において、蛍光標識A、蛍光標識B、蛍光標識Cまたは蛍光標識Dの少なくとも一つは、前記第一の蛍光標識された配列特異的プローブの励起波長とは異なる励起波長を有するものである、方法。
- 請求項25記載の方法であって、この方法は、さらに、第二、第三、第四、及び第五の結合配列をそれぞれ有する少なくとも四つの蛍光標識されたプローブを、前記一本鎖核酸バイオポリマーに接触させる工程を有するものである、方法。
- 請求項29記載の方法において、前記第二の結合配列は、前記第一の結合配列の5’末端における塩基を除去し、且つ、前記第一の結合配列の3’末端に第一の置換塩基を付加することによって構築されるものである、方法。
- 請求項29記載の方法において、前記第三の結合配列は、前記第一の結合配列の5’末端における塩基を除去し、且つ、前記第一の結合配列の3’末端に第ニの置換塩基を付加することによって構築されるものである、方法。
- 請求項29記載の方法において、前記第四の結合配列は、前記第一の結合配列の5’末端における塩基を除去し、且つ、前記第一の結合配列の3’末端に第三の置換塩基を付加することによって構築されるものである、方法。
- 請求項29記載の方法において、前記第五の結合配列は、前記第一の結合配列の5’末端における塩基を除去し、且つ、前記第一の結合配列の3’末端に第四の置換塩基を付加することによって構築されるものである、方法。
- 請求項29記載の方法において、前記第二の蛍光標識された配列特異的プローブは、前記第一の蛍光標識された配列特異的プローブとは異なる励起波長を有するものである、方法。
- 請求項29記載の方法において、前記第二の結合配列は、前記第一の配列とは異なるものである、方法。
- 請求項35記載の方法において、前記第二の結合配列は、4〜6ヌクレオチドを有するものである、方法。
- 請求項29記載の方法であって、この方法は、さらに、前記核酸バイオポリマーを照射する工程であって、これにより前記第二の標識された配列特異的プローブに隣接する、前記第一のターミネーターヌクレオチド、前記第二のターミネーターヌクレオチド、前記第三のターミネーターヌクレオチド、前記第四のターミネーターヌクレオチド、またはそれらの任意の組み合わせの存在または相対位置を測定するものである、前記照射する工程を有するものである、方法。
- 核酸バイオポリマーについて構造的情報を得るための方法であって、
(a)少なくとも二つの切断部位を生じさせるために、二本鎖バイオポリマーを、切断エンドヌクレアーゼと接触させる工程と、
(b)前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Aを有する第一のヌクレオチドと接触させる工程と、
(c)余剰の第一のヌクレオチドを除去する工程と、
(d)前記第一のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と、
(e)前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Bを有する第二のヌクレオチドと接触させる工程と、
(f)余剰の第二のヌクレオチドを除去する工程と、
(g)前記第二のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と、
(h)前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Cを有する第三のヌクレオチドと接触させる工程と、
(i)余剰の第三のヌクレオチドを除去する工程と、
(j)前記第三のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と、
(k)前記少なくとも二つの切断部位を、蛍光標識Dを有する第四のヌクレオチドと接触させる工程と、
(l)余剰の第四のヌクレオチドを除去する工程と、
(m)前記第四のヌクレオチドの存在または相対位置を測定するために、前記二本鎖バイオポリマーを照射する工程と
を有するものである、方法。 - 請求項38記載の方法であって、この方法は、さらに、工程(b)〜工程(m)を繰り返す工程を有するものである、方法。
- 請求項38記載の方法であって、この方法は、さらに、少なくとも二つの標識されたヌクレオチドを含む二本鎖バイオポリマーの一部を線形化する工程を有するものである、方法。
- 請求項40記載の方法であって、この方法は、さらに、前記二本鎖バイオポリマーの線形化部分に存在する2またはそれ以上の標識されたヌクレオチド間の距離を測定する工程を有するものである、方法。
- 請求項38記載の方法であって、この方法は、さらに、前記第一の切断部位に存在するヌクレオチドに隣接する第二の切断部位を誘導する工程を有するものである、方法。
- 請求項38記載の方法において、標識されたヌクレオチドは、少なくとも一つのバイオポリマー領域を、隣接する切断部位間に完全に密集させるものである、方法。
- 請求項38記載の方法において、前記隣接する切断部位間の少なくとも一つのバイオポリマー領域の少なくとも一部は、標識されたヌクレオチドで完全には密集されていないものである、方法。
- 請求項38記載の方法であって、この方法は、さらに、前記ヌクレオチドへの照射下で見ることのできる蛍光色素分子の順番と、対応する1またはそれ以上の蛍光色素分子とを関連付けることによって、前記バイオポリマーサンプルの少なくとも一部の配列を決定する工程を有するものである、方法。
- 多重ハイブリダイゼーションを実行するためのキットであって、
それぞれ異なる色の複数のハイブリダイゼーションプローブと、
前記複数のハイブリダイゼーションプローブの少なくとも二つを核酸サンプルに適用するため、且つ少なくとも一つのハイブリダイズされた核酸を線形化及び画像化するための説明書と
を有するものである、キット。
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